These are the main institutions with whom there are ongoing collaborations:
- Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
- Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.
- Departamento de Computação e Estatística, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil.
- Laboratório Nacional de Computação Científica, Ministério da Ciência e da Tecnologia, Petrópolis, Rio de Janeiro, Brazil.
- Centro de Biotecnologia, Universidade Federal de Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.
- Instituto de Biologia Molecular do Paraná – Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.
- Center for Mathematical Modeling (CMM), University of Chile at Santiago, Chile.
- Center for Genomics and Bioinformatics, Universidad Mayor, Santiago, Chile.
- Instituto Superior Técnico Lisbon, Portugal.
- INRAE UMR1331 Toxalim at Inrae-Toulouse headed by Fabien Jourdan.
More recent collaborations that may develop further in the future include both biology- and computation/math-oriented groups.
The main non academic collaborators were:
- TecSinapse, Brazil.
- Chr. Hansen A/S, Copenhagen, Denmark.
- Maat Pharma, Lyon, France (just starting)
