Publications

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Publications HAL de la structure erable;bamboo

2017

Journal articles

titre
Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
auteur
Leandro Lima, Blerina Sinaimeri, Gustavo Sacomoto, Helene Lopez-Maestre, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), pp.2. 〈10.1186/s13015-017-0091-2〉
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https://hal.inria.fr/hal-01474524/file/13015_2017_Article_91.pdf BibTex
titre
A 13-gene expression-based radioresistance score highlights the heterogeneity in the response to radiation therapy across HPV-negative HNSCC molecular subtypes
auteur
Jean-Philippe Foy, Louis Bazire, Sandra Ortiz-Cuaran, Sophie Deneuve, Janice Kielbassa, Emilie Thomas, Alain Viari, Alain Puisieux, Patrick Goudot, Chloé Bertolus, Nicolas Foray, Youlia Kirova, Pierre Verrelle, Pierre Saintigny
article
BMC Medicine, BioMed Central, 2017, 15 (1), pp.703 – 719. 〈10.1186/s12916-017-0929-y〉
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https://hal.inria.fr/hal-01599731/file/foy2017.pdf BibTex
titre
Efficient enumeration of graph orientations with sources
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2017, 〈10.1016/j.dam.2017.08.002〉
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https://hal.inria.fr/hal-01609009/file/1-s2.0-S0166218X1730375X-main.pdf BibTex
titre
The immune microenvironment of HPV-negative oral squamous cell carcinoma from never-smokers and never-drinkers patients suggests higher clinical benefit of IDO1 and PD1/PD-L1 blockade
auteur
P. Foy, Chloé Bertolus, Marie-Cécile Michallet, Sophie Deneuve, R. Incitti, Nathalie Bendriss-Vermare, Marie-Alexandra Albaret, Sandra Ortiz-Cuaran, E. Thomas, A. Colombe, C. Py, Nicolas Gadot, Jean-Philippe Michot, Jerôme Fayette, Alain Viari, Benoit Van den Eynde, Patrick Goudot, Mojgan Devouassoux-Shisheboran, Alain Puisieux, Christophe Caux, Philippe Zrounba, Sylvie Lantuejoul, Pierre Saintigny
article
Annals of Oncology, Oxford University Press (OUP), 2017, 〈10.1093/annonc/mdx210〉
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https://hal.inria.fr/hal-01560943/file/foy2017_2.pdf BibTex
titre
Impact of Wolbachia on oxidative stress sensitivity in the parasitic wasp Asobara japonica
auteur
David Monnin, Natacha Kremer, Emmanuel Desouhant, Fabrice Vavre
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 5, pp.10. 〈10.1371/journal.pone.0175974.s002〉
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https://hal.inria.fr/hal-01523927/file/pone.0175974.pdf BibTex
titre
TEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
auteur
Emmanuelle Lerat, Marie Fablet, Laurent Modolo, Hélène Lopez-Maestre, Cristina Vieira
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2017, 45, pp.13. 〈10.1093/nar/gkw953〉
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https://hal.inria.fr/hal-01524877/file/gkw953.pdf BibTex
titre
Less effective selection leads to larger genomes
auteur
Tristan Lefébure, Claire Morvan, Florian Malard, Clémentine François, Lara Konecny-Dupré, Laurent Guéguen, Michèle Weiss-Gayet, Andaine Orlando, Luca Ermini, Clio Der Sarkissian, N. Pierre Charrier, David Eme, Florian Mermillod-Blondin, Laurent Duret, Cristina Vieira, Ludovic Orlando, Christophe Jean Douady
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2017, 〈10.1101/gr.212589.116〉
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https://hal.inria.fr/hal-01544879/file/GenomeSize_57.pdf BibTex
titre
On Unrooted and Root-Uncertain Variants of Several Well-Known Phylogenetic Network Problems
auteur
Leo Van Iersel, Steven Kelk, Georgios Stamoulis, Leen Stougie, Olivier Boes
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2017, 64 (4), pp.621 – 637. 〈10.1093/sysbio/syv020〉
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https://hal.inria.fr/hal-01599716/file/iersel2017.pdf BibTex
titre
BCL2 mutations do not confer adverse prognosis in follicular lymphoma patients treated with rituximab
auteur
Sarah Huet, Edith Szafer-Glusman, Bruno Tesson, Luc Xerri, Wayne J. Fairbrother, Kiran Mukhyala, Chris Bolen, Elizabeth Punnoose, Laurie Tonon, Catherine Chassagne-Clément, Pierre Feugier, Alain Viari, Fabrice Jardin, Gilles Salles, Pierre Sujobert
article
American Journal of Hematology, Wiley, 2017, 92 (6), pp.515 – 519. 〈10.1002/ajh.24701〉
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https://hal.inria.fr/hal-01524901/file/huet2017_2.pdf BibTex
titre
Performance Improvements for Search Systems using an Integrated Cache of Lists+Intersections
auteur
Gabriel Tolosa, Luca Becchetti, Esteban Feuerstein, Alberto Marchetti-Spaccamela
article
Information Retrieval Journal, Springer, 2017, 20 (3), pp.172-198. 〈10.1007/978-3-319-11918-2_22〉
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https://hal.inria.fr/hal-01528536/file/alberto2017_1.pdf BibTex
titre
EZH2 alterations in follicular lymphoma: biological and clinical correlations
auteur
Sarah Huet, Luc Xerri, Bruno Tesson, Sylvain Mareschal, Sébastien Taix, Lenaïg Mescam-Mancini, Emilie Sohier, Cécile Carrère, Julien Lazarovici, Olivier Casasnovas, Laurie Tonon, Sandrine Boyault, Sandrine Hayette, Corinne Haioun, Bettina Fabiani, Alain Viari, Fabrice Jardin, Gilles Salles
article
Blood Cancer Journal, Nature Publishing Group, 2017, 7 (4), 〈10.1038/bcj.2017.32〉
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https://hal.inria.fr/hal-01566524/file/huet2017.pdf BibTex
titre
Identification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
auteur
Hélène Lopez-Maestre, Elias A. G. Carnelossi, Vincent Lacroix, Nelly Burlet, Bruno Mugat, Séverine Chambeyron, Claudia M. A. Carareto, Cristina Vieira
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, pp.40618
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01524879/file/srep40618%20%281%29.pdf BibTex
titre
Sorting Circular Permutations by Super Short Reversals
auteur
Gustavo Rodrigues Galvao, Christian Baudet, Zanoni Dias
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, 14 (3), pp.620-633. 〈http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=7374688〉. 〈10.1109/TCBB.2016.2515594〉
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titre
Whole-Genome Sequencing Reveals Breast Cancers with Mismatch Repair Deficiency
auteur
Helen Davies, Sandro Morganella, Colin A. Purdie, Se Jin Jang, Elin Borgen, Hege Russnes, Dominik Glodzik, Xueqing Zou, Alain Viari, Andrea L. Richardson, Anne-Lise Børresen-Dale, Alastair Thompson, Jorunn E. Eyfjord, Gu Kong, Michael R. Stratton, Serena Nik-Zainal
article
Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2017, 77 (18), pp.4755-4762. 〈10.1158/0008-5472.CAN-17-1083〉
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https://hal.inria.fr/hal-01599736/file/4755.full.pdf BibTex
titre
Exact Response Time Analysis for Fixed Priority Memory-Processor Co-Scheduling
auteur
Alessandra Melani, Marko Bertogna, Robert Davis, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
article
IEEE Transactions on Computers, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, 66, pp.631 – 646. 〈10.1109/TC.2016.2614819〉
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https://hal.inria.fr/hal-01556792/file/melani2016.pdf BibTex
titre
Schedulability Analysis of Conditional Parallel Task Graphs in Multicore Systems
auteur
Alessandra Melani, Marko Bertogna, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
article
IEEE Transactions on Computers, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, 66 (2), pp.339-353. 〈10.1109/TC.2016.2584064〉
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https://hal.inria.fr/hal-01556802/file/melani2016%281%29.pdf BibTex
titre
An ant-colony based approach for real-time implicit collaborative information seeking
auteur
Alessio Malizia, Kai A. Olsen, Tommaso Turchi, Pierluigi Crescenzi
article
Information Processing and Management, Elsevier, 2017, 53 (3), pp.608 – 623. 〈10.1016/j.ipm.2016.12.005〉
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https://hal.inria.fr/hal-01525753/file/malizia2017.pdf BibTex
titre
Apport et défis des Big Data en cancérologie
auteur
Pierre Saintigny, Philippe Foy, Anthony Ferrari, Philippe Cassier, Alain Viari, Alain Puisieux
article
Bulletin du Cancer, John Libbey Eurotext, 2017, 104 (3), pp.281 – 287. 〈10.1016/j.bulcan.2016.10.020〉
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https://hal.inria.fr/hal-01525736/file/saintigny2016.pdf BibTex
titre
Evolutionary changes in symbiont community structure in ticks
auteur
Olivier Duron, Florian Binetruy, Valérie Noël, Julie Cremaschi, Karen Mccoy, Céline Arnathau, Olivier Plantard, John Goolsby, Adalberto Pérez de León, Dieter Heylen, Arend Raoul Van Oosten, Yuval Gottlieb, Gad Baneth, Alberto Guglielmone, Agustin Estrada-Peña, Maxwell Opara, Lionel Zenner, Fabrice Vavre, Christine Chevillon
article
Molecular Ecology, Wiley, 2017, 26 (11), pp.2905-2921. 〈10.1111/mec.14094〉
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https://hal.inria.fr/hal-01523998/file/Duron_et_al-2017-Molecular_Ecology.pdf BibTex
titre
High-Throughput Sequencing of Transposable Element Insertions Suggests Adaptive Evolution of the Invasive Asian Tiger Mosquito Towards Temperate Environments
auteur
Clément Goubert, Hélène Henri, Guillaume Minard, Claire Valiente Moro, Patrick Mavingui, Cristina Vieira, Matthieu Boulesteix
article
Molecular Ecology, Wiley, 2017, pp.1-14. 〈10.1111/mec.14184〉
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https://hal.inria.fr/hal-01546749/file/Goubert_et_al-2017-Molecular_Ecology.pdf BibTex
titre
How Long Does Wolbachia Remain on Board?
auteur
Marc Bailly-Bechet, Patricia Martins-Simões, Gergely Szöllősi, Gladys Mialdea, Marie-France Sagot, Sylvain Charlat
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2017, 34, pp.1183 – 1193. 〈10.1093/molbev/msx073〉
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https://hal.inria.fr/hal-01524867/file/full_manuscript.pdf BibTex
titre
HRDetect is a predictor of BRCA1 and BRCA2 deficiency based on mutational signatures
auteur
Helen Davies, Dominik Glodzik, Sandro Morganella, Lucy R Yates, Johan Staaf, Xueqing Zou, Manasa Ramakrishna, Sancha Martin, Sandrine Boyault, Anieta M Sieuwerts, Peter T Simpson, Tari A King, Keiran Raine, Jorunn E Eyfjord, Gu Kong, Åke Borg, Ewan Birney, Hendrik G Stunnenberg, Marc J Van de Vijver, Anne Børresen-Dale, John W M Martens, Paul N Span, Sunil R Lakhani, Anne Vincent-Salomon, Christos Sotiriou, Andrew Tutt, Alastair M Thompson, Steven Van Laere, Andrea L Richardson, Alain Viari, Peter J Campbell, Michael R Stratton, Serena Nik-Zainal
article
Nature Medicine, Nature Publishing Group, 2017, 23 (4), pp.517 – 525. 〈10.1038/nm.4292〉
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https://hal.inria.fr/hal-01525050/file/davies2017.pdf BibTex
titre
Somatic mutations reveal asymmetric cellular dynamics in the early human embryo
auteur
Young Seok Ju, Inigo Martincorena, Moritz Gerstung, Mia Petljak, Ludmil B. Alexandrov, Raheleh Rahbari, David C. Wedge, Helen R. Davies, Manasa Ramakrishna, Anthony Fullam, Sancha Martin, Christopher Alder, Nikita Patel, Steve Gamble, Sarah O’meara, Dilip D. Giri, Torril Sauer, Sarah E. Pinder, Colin A. Purdie, Åke Borg, Henk Stunnenberg, Marc Van de Vijver, Benita K. T. Tan, Carlos Caldas, Andrew Tutt, Naoto T. Ueno, Laura J. Van ’t Veer, John W. M. Martens, Christos Sotiriou, Stian Knappskog, Paul N. Span, Sunil R. Lakhani, Jórunn Erla Eyfjörd, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea Richardson, Alastair M. Thompson, Alain Viari, Matthew E. Hurles, Serena Nik-Zainal, Peter J. Campbell, Michael R. Stratton
article
Nature, Nature Publishing Group, 2017, 543 (7647), pp.714 – 718. 〈10.1038/nature21703〉
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https://hal.inria.fr/hal-01525712/file/nature21703.pdf BibTex
titre
A somatic-mutational process recurrently duplicates germline susceptibility loci and tissue-specific super-enhancers in breast cancers
auteur
Dominik Glodzik, Sandro Morganella, Helen Davies, Peter T Simpson, Yilong Li, Xueqing Zou, Javier Diez-Perez, Johan Staaf, Ludmil B Alexandrov, Marcel Smid, Arie B Brinkman, Inga Hansine Rye, Hege Russnes, Keiran Raine, Colin A Purdie, Sunil R Lakhani, Alastair M Thompson, Ewan Birney, Hendrik G Stunnenberg, Marc J Van de Vijver, John W M Martens, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea L Richardson, Gu Kong, Alain Viari, Douglas Easton, Gerard Evan, Peter J Campbell, Michael R Stratton, Serena Nik-Zainal
article
Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2017, 49 (3), pp.341 – 348. 〈10.1038/ng.3771〉
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https://hal.inria.fr/hal-01525728/file/Hotspots.Glodzik.Manuscript.pdf BibTex
titre
Algorithms for k-meet-semidistributive lattices
auteur
Laurent Beaudou, Arnaud Mary, Lhouari Nourine
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2017, 658, pp.391 – 398. 〈10.1016/j.tcs.2015.10.029〉
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https://hal.inria.fr/hal-01571243/file/meet_sd.pdf BibTex
titre
Fast Output-Sensitive Pattern Discovery in Massive Sequences using the Motif Trie
auteur
Roberto Grossi, Giulia Menconi, Nadia Pisanti, Roberto Trani, Søren Vind
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2017, pp.25. 〈10.1016/j.tcs.2017.04.012〉
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https://hal.inria.fr/hal-01525745/file/Auth-TCS17.pdf BibTex

Conference papers

titre
A Fast Algorithm for Large Common Connected Induced Subgraphs
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Lorenzo Tattini, Luca Versari
article
AlCoB 2017: 4th International Conference on Algorithms for Computational Biology, Jun 2017, Aveiro, Portugal. 37, pp.828 – 74, 2017, 〈10.1021/ci9601675〉
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https://hal.inria.fr/hal-01555996/file/A%20Fast%20Algorithm%20for%20Large%20Common%20Connected%20Induced%20Subgraphs.pdf BibTex
titre
Tight Bounds for Online TSP on the Line
auteur
Antje Bjelde, Yann Disser, Jan Hackfeld, Christoph Hansknecht, Maarten Lipmann, Julie Meißner, Kevin Schewior, Miriam Schlöter, Leen Stougie
article
ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), Jan 2017, Barcelona, Spain. pp.994 – 1005, 2017, 〈10.1137/1.9781611974782.63〉
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https://hal.inria.fr/hal-01549685/file/stougie-soda2017.pdf BibTex
titre
An Axiomatic and an Average-Case Analysis of Algorithms and Heuristics for Metric Properties of Graphs
auteur
Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Luca Trevisan
article
SODA 2017 – Twenty-Eighth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms , Jan 2017, Barcelona, Spain. pp.920 – 939, 2017, Proceedings of the Proceedings of the Twenty-Eighth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms. 〈10.1137/1.9781611974782.58〉
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https://hal.inria.fr/hal-01525752/file/1604.01445.pdf BibTex
titre
Listing Maximal Independent Sets with Minimal Space and Bounded Delay
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Takeaki Uno, Luca Versari
article
International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE), 2017, Palermo, Italy. 10508 (1-2), pp.144-160, 2017, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-319-67428-5_13〉
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https://hal.inria.fr/hal-01609012/file/conte_etal_2017.pdf BibTex
titre
On-line pattern matching on similar texts
auteur
Roberto Grossi, Costas Iliopoulos, Chang Liu, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Ahmad Retha, Giovanna Rosone, Fatima Vayani, Luca Versari
article
28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM’17), 2017, Varsovie, Poland. pp.7 – 8, 〈10.4230/LIPIcs.CPM.2017.07〉
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https://hal.inria.fr/hal-01526650/file/CPM17.pdf BibTex

Theses

titre
Analyses et méthodes pour les données transcriptomiques issues d’espèces non modèles : variation de l’expression des éléments transposables (et des gènes) et variants nucléotidiques
auteur
Hélène Lopez-Maestre
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2017. Français. 〈NNT : 2017LYSE1025〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01587789/file/TH2017LopezMaestreHelene.pdf BibTex
titre
Analyses et méthodes pour les données transcriptomiques issues d’espèces non modèles : Variation de l’expression des éléments transposables (et des gènes) et variants nucléotidiques
auteur
Hélène Lopez-Maestre
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Claude Bernard Lyon 1, 2017. Français
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https://hal.inria.fr/tel-01575640/file/Lopez_These_versionDepot.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Enumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks
auteur
Ricardo Andrade, Martin Wannagat, Cecilia C. Klein, Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Paulo V. Milreu, Leen Stougie, Marie-France Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11 (1), pp.25. 〈10.1186/s13015-016-0087-3〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01368653/file/13015_2016_Article_87.pdf BibTex
titre
Insights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling
auteur
Mariana G. Ferrarini, Franciele M. Siqueira, Scheila G. Mucha, Tony L. Palama, Elodie Jobard, Bénédicte Elena-Herrmann, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Florence Tardy, Irene S. Schrank, Arnaldo Zaha, Marie-France Sagot
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.353. 〈10.1186/s12864-016-2644-z〉
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BibTex
titre
DegreeCox – a network-based regularization method for survival analysis
auteur
André Veríssimo, Arlindo Limede Oliveira, Marie-France Sagot, Susana Vinga
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (Suppl 16), pp.109-121. 〈10.1186/s12859-016-1310-4〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01415968/file/12859_2016_Article_1310.pdf BibTex
titre
Computational pan-genomics: status, promises and challenges
auteur
Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. De Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick De Ridder, Jeroen De Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 〈10.1093/bib/bbw089〉
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https://hal.inria.fr/hal-01390478/file/Brief%20Bioinform-2016--bib-bbw089.pdf BibTex
titre
Greedily Improving Our Own Closeness Centrality in a Network
auteur
Pierluigi Crescenzi, Gianlorenzo D’Angelo, Lorenzo Severini, Yllka Velaj
article
ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data (TKDD), ACM, 2016, 11 (1), pp.1-32. 〈10.1145/2953882〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01390134/file/crescenzi2016.pdf BibTex
titre
A Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design
auteur
Alice Julien-Laferrière, Laurent Bulteau, Delphine Parrot, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Susana Vinga, Arnaud Mary, Marie-France Sagot
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 〈http://www.nature.com/articles/srep29182〉. 〈10.1038/srep29182〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01344296/file/srep29182.pdf BibTex
titre
Robustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Cophylogeny
auteur
Laura Urbini, Catherine Matias, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
article
Springer – Lecture Notes in Computer Science (LNCS), 2016, Algorithms for Computational Biology, 9702, pp.12. 〈10.1007/978-3-319-38827-4_10〉
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https://hal.inria.fr/hal-01349773/file/main.pdf BibTex
titre
Rumor Spreading in Random Evolving Graphs
auteur
Andrea Clementi, Pierluigi Crescenzi, Carola Doerr, Pierre Fraigniaud, Francesco Pasquale, Riccardo Silvestri
article
Random Structures and Algorithms, Wiley, 2016, 48 (2), pp.290-312. 〈10.1002/rsa.20586〉
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https://hal.inria.fr/hal-01390133/file/rsa2016.pdf BibTex
titre
Drosophila Females Undergo Genome Expansion after Interspecific Hybridization
auteur
Valèria Romero-Soriano, Nelly Burlet, Doris Vela, Antonio Fontdevila, Cristina Vieira, Maria Pilar Garciá Guerreiro
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2016, 8 (3), pp.556-561. 〈10.1093/gbe/evw024〉
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https://hal.inria.fr/hal-01352572/file/Romero-Soriano-2016.pdf BibTex
titre
Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
auteur
Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves-Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
article
GigaScience, BioMed Central, 2016, 5 (1), 〈10.1186/s13742-015-0105-2〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01280238/file/colibread_galaxy.pdf BibTex
titre
Circular sequence comparison: algorithms and applications
auteur
Roberto Grossi, Costas S. Iliopoulos, Robert Mercas, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Ahmad Retha, Fatima Vayani
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2016, 11 (1), 〈10.1186/s13015-016-0076-6〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01388449/file/Almob16.pdf BibTex
titre
SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
auteur
Hélène Lopez-Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2016, 〈10.1093/nar/gkw655〉
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https://hal.inria.fr/hal-01352586/file/Lopez-Maestre-2016.pdf BibTex
titre
CIDANE: comprehensive isoform discovery and abundance estimation
auteur
Stefan Canzar, Sandro Andreotti, David Weese, Knut Reinert, Gunnar Klau
article
Genome Biology, BioMed Central, 2016, 17, pp.16. 〈10.1186/s13059-015-0865-0〉
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https://hal.inria.fr/hal-01397539/file/cidane.pdf BibTex
titre
Disruption of phenylalanine hydroxylase reduces adult lifespan and fecundity, and impairs embryonic development in parthenogenetic pea aphids
auteur
Pierre Simonet, Karen Gaget, Nicolas Parisot, Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, Gérard Febvay, Hubert Charles, Patrick Callaerts, Stefano Colella, Federica Calevro
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, 〈10.1038/srep34321〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388523/file/srep34321.pdf BibTex
titre
Direct flow cytometry measurements reveal a fine-tuning of symbiotic cell dynamics according to the host developmental needs in aphid symbiosis
auteur
Pierre Simonet, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, Gérard Febvay, Hubert Charles, José Viñuelas, Abdelaziz Heddi, Federica Calevro
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.19967. 〈10.1038/srep19967〉
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https://hal.inria.fr/hal-01352561/file/Simonet-2016.pdf BibTex
titre
On the Minimum Error Correction Problem for Haplotype Assembly in Diploid and Polyploid Genomes
auteur
Paola Bonizzoni, Riccardo Dondi, Gunnar W. Klau, Yuri Pirola, Nadia Pisanti, Simone Zaccaria
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2016, 23 (9), pp.718 – 736. 〈10.1089/cmb.2015.0220〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388448/file/Auth-JCB16.pdf BibTex
titre
Into the Square: On the Complexity of Some Quadratic-time Solvable Problems
auteur
Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Michel Habib
article
Electronic Notes in Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 322, pp.51-67. 〈10.1016/j.entcs.2016.03.005〉
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https://hal.inria.fr/hal-01390131/file/IntoTheSquare.pdf BibTex
titre
PWHATSHAP: efficient haplotyping for future generation sequencing
auteur
Andrea Bracciali, Marco Aldinucci, Murray Patterson, Tobias Marschall, Nadia Pisanti, Ivan Merelli, Massimo Torquati
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 14, pp.405 – 405. 〈10.1186/s12859-016-1170-y〉
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https://hal.inria.fr/hal-01526638/file/bracialli2016.pdf BibTex
titre
Mycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets
auteur
Franciele Siqueira, Guilherme Loss de Morais, Susan Higashi, Laura Scherer Beier, Gabriela Merker Breyer, Caio Padoan de Sá Godinho, Marie-France Sagot, Irene Silveira Schrank, Arnaldo Zaha, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 23, pp.1289 – 26. 〈10.1186/s12864-016-3061-z〉
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https://hal.inria.fr/hal-01393122/file/Maboni-2016.pdf BibTex
titre
Pairwise Compatibility Graphs: A Survey
auteur
Tiziana Calamoneri, Blerina Sinaimeri
article
SIAM Review, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2016, 58 (3), pp.445 – 460. 〈10.1137/140978053〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388533/file/SurveyPCG.pdf BibTex
titre
HapCol: accurate and memory-efficient haplotype assembly from long reads
auteur
Yuri Pirola, Simone Zaccaria, Riccardo Dondi, Gunnar W. Klau, Nadia Pisanti, Paola Bonizzoni
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 〈10.1093/bioinformatics/btv495〉
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titre
metaModules identifies key functional subnetworks in microbiome-related disease
auteur
Ali May, Bernd W. Brandt, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Egija Zaura, Wim Crielaard, Jaap Heringa, Sanne Abeln
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (11), pp.1678 – 1685. 〈10.1093/bioinformatics/btv526〉
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titre
ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods
auteur
Patrice Baa-Puyoulet, Nicolas Parisot, Gérard Febvay, Jaime Huerta-Cepas, Augusto F Vellozo, Toni Gabaldon, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella
article
Database – The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2016, 〈10.1093/database/baw081〉
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https://hal.inria.fr/hal-01352558/file/BaaPuyoulet-2016.pdf BibTex
titre
Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences
auteur
Serena Nik-Zainal, Helen R. Davies, Johan Staaf, Manasa Ramakrishna, Dominik Glodzik, Xueqing Zou, Inigo Martincorena, Ludmil B. Alexandrov, Sancha Martin, David C. Wedge, Peter Van Loo, Young Seok Ju, Marcel Smid, Arie B. Brinkman, Sandro Morganella, Miriam R. Aure, Ole Christian Lingjærde, Anita Langerød, Markus Ringnér, Sung-Min Ahn, Sandrine Boyault, Jane E. Brock, Anne Broeks, Adam Butler, Christine Desmedt, Luc Dirix, Serge Dronov, Aquila Fatima, John A. Foekens, Moritz Gerstung, Gerrit K. J. Hooijer, Se Jin Jang, David R. Jones, Hyung-Yong Kim, Tari A. King, Savitri Krishnamurthy, Hee Jin Lee, Jeong-Yeon Lee, Yilong Li, Stuart Mclaren, Andrew Menzies, Ville Mustonen, Sarah O’meara, Iris Pauporté, Xavier Pivot, Colin A. Purdie, Keiran Raine, Kamna Ramakrishnan, F. Germán Rodríguez-González, Gilles Romieu, Anieta M. Sieuwerts, Peter Simpson, Rebecca Shepherd, Lucy Stebbings, Olafur A. Stefansson, Jon Teague, Stefania Tommasi, Isabelle Treilleux, Gert G. Van den Eynden, Peter Vermeulen, Anne Vincent-Salomon, Lucy Yates, Carlos Caldas, Laura Van’t Veer, Andrew Tutt, Stian Knappskog, Benita Kiat Tee Tan, Jos Jonkers, Åke Borg, Naoto T. Ueno, Christos Sotiriou, Alain Viari, P. Andrew Futreal, Peter J. Campbell, Paul N. Span, Steven Van Laere, Sunil R. Lakhani, Jorunn E. Eyfjord, Alastair M. Thompson, Ewan Birney, Hendrik G. Stunnenberg, Marc J. Van de Vijver, John W. M. Martens, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea L. Richardson, Gu Kong, Gilles Thomas, Michael R. Stratton
article
Nature, Nature Publishing Group, 2016, 534 (7605), pp.47 – 54. 〈10.1038/nature17676〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388447/file/emss-68344.pdf BibTex
titre
Linear-size suffix tries
auteur
Maxime Crochemore, Chiara Epifanio, Roberto Grossi, Filippo Mignosi
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 638, pp.171 – 178. 〈10.1016/j.tcs.2016.04.002〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388452/file/LinearSizeSuffixTrie4.pdf BibTex
titre
A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers
auteur
Anthony Ferrari, Anne Vincent-Salomon, Xavier Pivot, Anne-Sophie Sertier, Emile Thomas, Laurie Tonon, Sandrine Boyault, Eskeatnaf Mulugeta, Isabelle Treilleux, Gaëtan Macgrogan, Laurent Arnould, Janice Kielbassa, Vincent Le Texier, Hélène Blanché, Jean-François Deleuze, Jocelyne Jacquemier, Marie-Christine Mathieu, Frédérique Penault-Llorca, Frédéric Bibeau, Maria Mariani, Cécile Mannina, Jean-Yves Pierga, Olivier Trédan, Thomas Bachelot, Hervé Bonnefoi, Gilles Romieu, Pierre Fumoleau, Suzette Delaloge, Maria Rios, Jean-Marc Ferrero, Carole Tarpin, Catherine Bouteille, Fabien Calvo, Ivo Glynne Gut, Marta Gut, Sancha Martin, Serena Nik-Zainal, Michael R. Stratton, Iris Pauporté, Pierre Saintigny, Daniel Birnbaum, Alain Viari, Gilles Thomas
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2016, 7, pp.Article number: 12222. 〈10.1038/ncomms12222〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388446/file/ferrari2016.pdf BibTex
titre
Breast cancer genome and transcriptome integration implicates specific mutational signatures with immune cell infiltration
auteur
Marcel Smid, F. Germán Rodríguez-González, Anieta M. Sieuwerts, Roberto Salgado, Wendy J. C. Prager-Van Der Smissen, Michelle van Der Vlugt-Daane, Anne Van Galen, Serena Nik-Zainal, Johan Staaf, Arie B. Brinkman, Marc J. Van de Vijver, Andrea L. Richardson, Aquila Fatima, Kim Berentsen, Adam Butler, Sancha Martin, Helen R. Davies, Reno Debets, Marion E. Meijer-Van Gelder, Carolien H. M. Van Deurzen, Gaëtan Macgrogan, Gert G. G. M. Van den Eynden, Colin Purdie, Alastair M. Thompson, Carlos Caldas, Paul N. Span, Peter T. Simpson, Sunil R. Lakhani, Steven Van Laere, Christine Desmedt, Markus Ringnér, Stefania Tommasi, Jorunn Eyford, Anne Broeks, Anne Vincent-Salomon, P. Andrew Futreal, Stian Knappskog, Tari A King, Gilles Thomas, Alain Viari, Anita Langerød, Anne-Lise Børresen-Dale, Ewan Birney, Hendrik G. Stunnenberg, Mike Stratton, John A. Foekens, John W. M. Martens
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2016, 7, 〈10.1038/ncomms12910〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388445/file/smid2016.pdf BibTex

Conference papers

titre
Directing Road Networks by Listing Strong Orientations
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi, Luca Versari
article
Veli Mäkinen ; Simon J. Puglisi ; Leena Salmela. Combinatorial Algorithms – 27th International Workshop, IWOCA 2016, Aug 2016, Helsinki, Finland. Springer, 9843, 2016, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-319-44543-4_7〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388476/file/Strong_Orientations.pdf BibTex
titre
On Maximal Chain Subgraphs and Covers of Bipartite Graphs
auteur
Tiziana Calamoneri, Mattia Gastaldello, Arnaud Mary, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
article
Veli Mäkinen; Simon J. Puglisi; Leena Salmela. Combinatorial Algorithms – 27th International Workshop, IWOCA 2016, Aug 2016, Helsinki, Finland. Springer, Lecture Notes in Computer Science, 9843, pp.137-150, 2016, Combinatorial Algorithms. 〈10.1007/978-3-319-44543-4_11〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388546/file/PaperIWOCA2016.pdf BibTex
titre
Superstring Graph: A New Approach for Genome Assembly
auteur
Bastien Cazaux, Gustavo Sacomoto, Eric Rivals
article
Riccardo Dondi, Guillaume Fertin, Giancarlo Mauri Eleventh International Conference on Algorithmic Aspects in Information and Management, Jul 2016, Bergamo, Italy. Springer International Publishing AG Switzerland, Lecture Notes in Computer Science, 9778, pp.39 – 52, 2016, Eleventh International Conference on Algorithmic Aspects in Information and Management. 〈https://aaim2016.wordpress.com/〉. 〈10.1007/978-3-319-41168-2_4〉
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01446428/file/Cazaux-etal-assembly-superstring-AAIM-2016.pdf BibTex
titre
Sublinear-Space Bounded-Delay Enumeration for Massive Network Analytics: Maximal Cliques *
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Luca Versari
article
43rd International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP 2016), Jul 2016, Schloss Dagstuhl, Germany. 148, pp.1 – 148, 2016, 〈10.4230/LIPIcs.ICALP.2016.148〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388461/file/LIPIcs-ICALP-2016-148.pdf BibTex
titre
ILP-Based Approaches to Partitioning Recurrent Workloads Upon Heterogeneous Multiprocessors ILP-based approaches to partitioning recurrent workloads upon heterogeneous multiprocessors
auteur
Renato Bruni, Alberto Marchetti-Spaccamela, Sanjoy Baruah, Vincenzo Bonifaci
article
28th Euromicro Conference on Real-Time Systems, ECRTS 2016, Jul 2016, Toulouse, France. pp.215-225, 2016, IEEE Computer Society. 〈10.1109/ECRTS.2016.10〉
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https://hal.inria.fr/hal-01397810/file/baruah2016.pdf BibTex
titre
Multiprocessor Real-Time Scheduling with Hierarchical Processor Affinities
auteur
Vincenzo Bonifaci, Björn Brandenburg, Gianlorenzo D’Angelo, Alberto Marchetti-Spaccamela
article
28th Euromicro Conference on Real-Time Systems, ECRTS 2016, Jul 2016, Toulouse, France. pp.237-247, 2016, IEEE Computer Society. 〈10.1109/ECRTS.2016.24〉
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https://hal.inria.fr/hal-01397807/file/bonifaci2016.pdf BibTex
titre
Computing and Listing st-Paths in Subway Networks
auteur
Kateřina Böhmová, Matúš Mihalák, Tobias Pröger, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot, Peter Widmayer
article
Alexander S. Kulikov ; Gerhard J. Woeginger CSR 2016 – 11th International Computer Science Symposium in Russia, Jun 2016, St. Petersburg, Russia. Springer, 9691, pp.102-116, 2016, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-319-34171-2_8〉
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https://hal.inria.fr/hal-01348869/file/bounded_turns_paths.pdf BibTex
titre
Analyzing and Comparing On-Line News Sources via (Two-Layer) Incremental Clustering
auteur
Francesco Cambi, Pierluigi Crescenzi, Linda Pagli
article
8th International Conference on Fun with Algorithms, FUN 2016, Jun 2016, La Maddalena, Italy. 2016, 〈10.4230/LIPIcs.FUN.2016.9〉
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https://hal.inria.fr/hal-01390139/file/AnalyzingAndComparing.pdf BibTex
titre
Listing Acyclic Orientations of Graphs with Single and Multiple Sources
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
article
Evangelos Kranakis ; Gonzalo Navarro ; Edgar Chávez. LATIN 2016: Theoretical Informatics – 12th Latin American Symposium, Apr 2016, Ensenada, Mexico. Springer, 9644, pp.319-333, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-662-49529-2_24〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388470/file/EnumeratingAcyclicOrientations.pdf BibTex
titre
Clique covering of large real-world networks
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino
article
31st Annual ACM Symposium on Applied Computing (SAC 2016), Apr 2016, Pisa, Italy. ACM, pp.1134-1139, 2016, <10.1145/2851613.2851816>
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https://hal.inria.fr/hal-01388477/file/edgeclique.pdf BibTex
titre
Efficient Enumeration of Solutions Produced by Closure Operations
auteur
Arnaud Mary, Yann Strozecki
article
33rd Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science, STACS 2016, Feb 2016, Orléans, France. 47, 2016, LIPIcs. 〈10.4230/LIPIcs.STACS.2016.52〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388505/file/increm2.pdf BibTex
titre
New Bounds for Approximating Extremal Distances in Undirected Graphs
auteur
Massimo Cairo, Roberto Grossi, Romeo Rizzi
article
SIAM: ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA’16), Jan 2016, Arlington, United States. pp.363 – 376, 2016, 〈10.1137/1.9781611974331.ch27〉
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https://hal.inria.fr/hal-01526665/file/soda2016.pdf BibTex
titre
Enumerating Cyclic Orientations of a Graph
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
article
26th International Workshop on Combinatorial Algorithms, IWOCA 2015, 2016, Verona, Italy. 9538, pp.88 – 99, 2015, 〈10.1007/978-3-319-29516-9_8〉
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https://hal.inria.fr/hal-01557026/file/conte2016.pdf BibTex
titre
Computing Top-k Closeness Centrality Faster in Unweighted Graphs
auteur
Elisabetta Bergamini, Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Andrea Marino, Henning Meyerhenke
article
Eighteenth Workshop on Algorithm Engineering and Experiments, ALENEX 2016, 2016, Arlington, United States. 2016, 〈10.1137/1.9781611974317.6〉
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https://hal.inria.fr/hal-01390137/file/closeness-JV.pdf BibTex

Other publications

titre
Introduction to the Special Theme – Tackling Big Data in the Life Sciences
auteur
Roeland M.H. Merks, Marie-France Sagot
article
Special Issue Ercim: Tackling Big Data in the Life Sciences. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01576388/file/ercim2016.pdf BibTex
titre
The Source of the Data Flood: Sequencing Technologies
auteur
Alberto Magi, Nadia Pisanti, Lorenzo Tattini
article
Special Issue Ercim: Tackling Big Data in the Life Sciences. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01576393/file/ercim_nadia.pdf BibTex

Poster communications

titre
Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
auteur
Mariana G Ferrarini, Franciele Maboni Siqueira, Scheila G Mucha, T Palama, E Jobard, B Herrmann, Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos, F Tardy, Irene S Schrank, A Zaha, Marie-France Sagot
article
JOBIM 2016, Sep 2016, Lyon, France. JOBIM, 〈10.1186/s12864-016-2644-z〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01394118/file/FERRARINI_Poster_JOBIM.pdf BibTex
titre
MultiPus: Conception de communautés microbiennes pour la production de composés d’intérêt
auteur
A Julien-Laferrière, Laurent Bulteau, D Parrot, A Marchetti-Spaccamela, L Stougie, S Vinga, A Mary, M.-F Sagot
article
Jobim, Jun 2016, Lyon, France
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https://hal.inria.fr/hal-01394119/file/poster.pdf BibTex

Theses

titre
Models and algorithms applied to metabolism: From revealing the responses to perturbations towards the design of microbial consortia
auteur
Alice Julien-Laferriere
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2016. English. 〈NNT : 2016LYSE1260〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01394113/file/TH2016JULIENLAFERRIEREALICE.pdf BibTex
titre
Study of the evolution of symbiosis at the metabolic level using models from game theory and economics
auteur
Martin Wannagat
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2016. English. 〈NNT : 2016LYSE1094〉
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https://hal.inria.fr/tel-01394107/file/TH2016WANNAGATMARTIN.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Sorting by weighted inversions considering length and symmetry
auteur
Christian Baudet, Ulisses Dias, Zanoni Dias
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 19), pp.11. 〈10.1186/1471-2105-16-S19-S3〉
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https://hal.inria.fr/hal-01316998/file/art_10.1186_1471-2105-16-S19-S3.pdf BibTex
titre
Natalie 2.0: Sparse Global Network Alignment as a Special Case of Quadratic Assignment
auteur
Mohammed El-Kebir, Jaap Heringa, Gunnar Klau
article
Algorithms, MDPI AG, 2015, 8 (4), 〈10.3390/a8041035〉
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https://hal.inria.fr/hal-01248544/file/algorithms-08-01035.pdf BibTex
titre
Automatic Classification of Protein Structure Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
auteur
Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Gunnar Klau, Mathilde Boudic-Jamin, Inken Wohlers
article
Algorithms, MDPI AG, 2015, 8 (4), 〈10.3390/a8040850〉
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https://hal.inria.fr/hal-01248543/file/algorithms-08-00850-v2.pdf BibTex
titre
Strong LP formulations for scheduling splittable jobs on unrelated machines
auteur
José Correa, Alberto Marchetti-Spaccamela, Jannik Matuschke, Leen Stougie, Ola Svensson, Víctor Verdugo, José Verschae
article
Mathematical Programming, Springer Verlag, 2015, 154 (1-2), pp.305-328. 〈10.1007/s10107-014-0831-8〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249090/file/RsplitCmax.pdf BibTex
titre
Genome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci
auteur
Qiong Rao, Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Dan-Tong Zhu, Diego Santos-Garcia, Francisco J Silva, Andrés Moya, Amparo Latorre, Cecilia C Klein, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Shu-Sheng Liu, Laurence Mouton, Xiao-Wei Wang
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16, pp.226. 〈10.1186/s12864-015-1379-6〉
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https://hal.inria.fr/hal-01139508/file/bemicia.pdf BibTex
titre
Genome sequence analysis with MonetDB – A case study on Ebola virus diversity
auteur
Robin Cijvat, Stefan Manegold, Martin Kersten, Gunnar W. Klau, Alexander Schönhuth, Tobias Marschall, Ying Zhang
article
Datenbank-Spektrum, Springer, 2015, 15 (3), pp.185-191. 〈10.1007/s13222-015-0198-x〉
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https://hal.inria.fr/hal-01248546/file/Cijvat-Genome_sequence_analysis_wi.pdf BibTex
titre
Synchronous context-free grammars and optimal linear parsing strategies
auteur
Pierluigi Crescenzi, Daniel Gildea, Andrea Marino, Gianluca Rossi, Giorgio Satta
article
Journal of Computer and System Sciences (JCSS), Elsevier, 2015, 81 (7), pp.1333-1356. 〈10.1016/j.jcss.2015.04.003〉
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1311.6421v1 BibTex
titre
An average study of hypergraphs and their minimal transversals
auteur
Julien David, Loïck Lhote, Arnaud Mary, François Rioult
article
Journal of Theoretical Computer Science (TCS), Elsevier, 2015, 596, pp.124-141. 〈10.1016/j.tcs.2015.06.052〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01086638/file/AP-DAVID-2012-1.pdf BibTex
titre
An average study of hypergraphs and their minimal transversals
auteur
Julien David, Loïck Lhote, Arnaud Mary, François Rioult
article
Journal of Theoretical Computer Science (TCS), Elsevier, 2015, 596, pp.124-141. 〈10.1016/j.tcs.2015.06.052〉
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BibTex
titre
Parasite-Parasite Interactions in the Wild: How To Detect Them?
auteur
Eléonore Hellard, David Fouchet, Fabrice Vavre, Dominique Pontier
article
Trends in Parasitology, Elsevier, 2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01227711/file/hellard2015.pdf BibTex
titre
Assigning sporadic tasks to unrelated machines
auteur
Alberto Marchetti-Spaccamela, Cyriel Rutten, Suzanne Van Der Ster, Andreas Wiese
article
Mathematical Programming, Springer Verlag, 2015, 152 (1-2), pp.247-274 〈10.1007/s10107-014-0786-9〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01249101/file/marchettispaccamela2014.pdf BibTex
titre
Fast diameter and radius BFS-based computation in (weakly connected) real-world graphs
auteur
Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Michel Habib, Walter A. Kosters, Andrea Marino, Frank W. Takes
article
Journal of Theoretical Computer Science (TCS), Elsevier, 2015, 586, pp.59-80. 〈10.1016/j.tcs.2015.02.033〉
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https://hal.inria.fr/hal-01248555/file/Fast%20diameter%20and%20radius%20BFS-based%20computation.pdf BibTex
titre
WhatsHap: Weighted Haplotype Assembly for Future-Generation Sequencing Reads
auteur
Murray Patterson, Tobias Marschall, Nadia Pisanti, Leo Van Iersel, Leen Stougie, Gunnar W Klau, Alexander Schönhuth
article
Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology, Mary Ann Liebert 2015, 22 (6), pp.498-509. 〈10.1089/cmb.2014.0157〉
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https://hal.inria.fr/hal-01225988/file/JCB15.pdf BibTex
titre
Computing the Burrows–Wheeler transform in place and in small space
auteur
Maxime Crochemore, Roberto Grossi, Juha Kärkkäinen, Gad M. Landau
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2015, 32, pp.44-52. 〈10.1016/j.jda.2015.01.004〉
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titre
The Recent Evolution of a Maternally-Inherited Endosymbiont of Ticks Led to the Emergence of the Q Fever Pathogen, Coxiella burnetii
auteur
Olivier Duron, Valérie Noël, Karen D. Mccoy, Matteo Bonazzi, Karim Sidi-Boumedine, Olivier Morel, Fabrice Vavre, Lionel Zenner, Elsa Jourdain, Patrick Durand, Céline Arnathau, François Renaud, Jean-François Trape, Abel S. Biguezoton, Julie Cremaschi, Muriel Dietrich, Elsa Léger, Anaïs Appelgren, Marlène Dupraz, Elena Gómez-Díaz, Georges Diatta, Guiguigbaza-Kossigan Dayo, Hassane Adakal, Sébastien Zoungrana, Laurence Vial, Christine Chevillon
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2015, 11 (5), 〈10.1371/journal.ppat.1004892〉
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https://hal.inria.fr/hal-01250470/file/journal.ppat.1004892.PDF BibTex
titre
Preemptive Uniprocessor Scheduling of Mixed-Criticality Sporadic Task Systems
auteur
Sanjoy Baruah, Vincenzo Bonifaci, Gianlorenzo D’Angelo, Haohan Li, Alberto Marchetti-Spaccamela, Suzanne Van Der Ster, Leen Stougie
article
Journal of the ACM (JACM), Association for Computing Machinery, 2015, 62 (2), pp.14. 〈10.1145/2699435〉
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titre
De novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti).
auteur
Clément Goubert, Laurent Modolo, Cristina Vieira, Claire Valientemoro, Patrick Mavingui, Matthieu Boulesteix
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (4), pp.1192-205
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https://hal.inria.fr/hal-01227710/file/evv050.pdf BibTex
titre
MeDuSa: A multi-draft based scaffolder.
auteur
Emanuele Bosi, Beatrice Donati, Marco Galardini, Sara Brunetti, Marie-France Sagot, Pietro Lió, Pierluigi Crescenzi, Renato Fani, Marco Fondi
article
Bioinformatics (Oxford, England), 2015, pii: btv171 [Epub ahead of print]. 〈10.1093/bioinformatics/btv171〉
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BibTex
titre
Detection of genetically isolated entities within the Mediterranean species of Bemisia tabaci: new insights into the systematics of this worldwide pest
auteur
Laurence Mouton, Olivier Gnankiné, Hélène Henri, Gabriel Terraz, Guillaume Ketoh, Thibaud Martin, Frédéric Fleury, Fabrice Vavre
article
Pest Management Science, Wiley, 2015, 71 (3), pp.452-458. 〈10.1002/ps.3834〉
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https://hal.inria.fr/hal-01250472/file/Mouton.pdf BibTex
titre
EUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator
auteur
Beatrice Donati, Christian Baudet, Blerina Sinaimeri, Pierluigi Crescenzi, Marie-France Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2015, 10 (1), pp.11. 〈10.1186/s13015-014-0031-3〉
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https://hal.inria.fr/hal-01092977/file/s13015-014-0031-3.pdf BibTex
titre
On Tree-Constrained Matchings and Generalizations
auteur
Stefan Canzar, Khaled Elbassioni, Gunnar W. Klau, Julián Mestre
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2015, 71 (1), 〈10.1007/s00453-013-9785-0〉
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https://hal.inria.fr/hal-01248542/file/tree_matching.pdf BibTex
titre
Two Host Clades, Two Bacterial Arsenals: Evolution through Gene Losses in Facultative Endosymbionts.
auteur
Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Diego Santos-Garcia, Qiong Rao, Marie-France Sagot, Francisco J Silva, Hélène Henri, Einat Zchori-Fein, Amparo Latorre, Andrés Moya, Valérie Barbe, Shu-Sheng Liu, Xiao-Wei Wang, Fabrice Vavre, Laurence Mouton
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.839-855
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https://hal.inria.fr/hal-01139507/file/evv030.pdf BibTex
titre
A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
auteur
Gustavo Sacomoto, Vincent Lacroix, Marie‑france Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2015, pp.10. 〈10.1186/s13015-015-0046-4〉
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https://hal.inria.fr/hal-01170399/file/Sacomoto2015.pdf BibTex
titre
Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
auteur
Pascaline Dumas, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre, Erwan Scaon, Marion Orsucci, Karine Labadie, Sylvie Gimenez, Anne Laure Clamens, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Jean-Marc Aury, Philippe Fournier, Gael Kergoat, Emmanuelle D’Alençon
article
Genetica, Springer Verlag, 2015, 143 (3), pp.305-316. 〈10.1007/s10709-015-9829-2〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01208780/file/Dumas%202015%20Genetica_%7B568C1922-7476-4C67-AE44-595F83C3FFFE%7D.pdf BibTex
titre
Combinatorial voter control in elections
auteur
Laurent Bulteau, Jiehua Chen, Piotr Faliszewski, Rolf Niedermeier, Nimrod Talmon
article
Journal of Theoretical Computer Science (TCS), Elsevier, 2015, 589, pp.99-120. 〈10.1016/j.tcs.2015.04.023〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01260623/file/BCFNT-tcs15.pdf BibTex
titre
Fast Flux Module Detection Using Matroid Theory
auteur
Arne C. Reimers, Frank J. Bruggeman, Brett G. Olivier, Leen Stougie
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (5), 〈10.1089/cmb.2014.0141〉
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https://hal.inria.fr/hal-01227722/file/modules_jcb.pdf BibTex
titre
Computing an Evolutionary Ordering is Hard
auteur
Laurent Bulteau, Gustavo Sacomoto, Blerina Sinaimeri
article
Electronic Notes in Discrete Mathematics, Elsevier, 2015, 〈10.1016/j.endm.2015.07.043〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01249259/file/evolution-sets-Lagos.pdf BibTex
titre
Mitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption.
auteur
Allan C. Azevedo-Martins, A. C. L. Machado, Cecilia Coimbra Klein, L. Ciapina, Luiz Gonzaga, Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos, Marie-France Sagot, Wanderley De Souza, Marcelo Einicker-Lamas, Antonio Galina, Maria Cristina Machado Motta
article
Parasitology, Cambridge University Press (CUP), 2015, 142 (2), pp.352-362. 〈10.1017/S0031182014001139〉
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https://hal.inria.fr/hal-01073754/file/Mit.pdf BibTex
titre
Erratum to: Computational complexity of stochastic programming problems
auteur
Martin Dyer, Leen Stougie
article
Mathematical Programming, Springer Verlag, 2015, 153 (2), pp.723-725 〈10.1007/s10107-015-0935-9〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249093/file/corrigendum7.pdf BibTex
titre
Split scheduling with uniform setup times
auteur
Frans Schalekamp, René Sitters, Suzanne Van Der Ster, Leen Stougie, Víctor Verdugo, Anke Van Zuylen
article
Journal of Scheduling, Springer Verlag, 2015, 18 (2), pp.119-129 〈10.1007/s10951-014-0370-4〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249095/file/SplitSchedulingJoS_rev2.pdf BibTex
titre
Mirinho: An efficient and general plant and animal pre-miRNA predictor for genomic and deep sequencing data
auteur
Susan Higashi, Cyril Fournier, Christian Gautier, Christine Gaspin, Marie-France Sagot
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.179. 〈10.1186/s12859-015-0594-0〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01166487/file/Mirinho%20an%20efficient%20and%20general%20plant%20and%20animal%20pre-miRNA%20predictor%20for%20genomic%20and%20deep%20sequencing%20data_CG_%7B64A75F8F-D6FB-48F9-B211-5B72503B68EB%7D.pdf BibTex
titre
xHeinz: an algorithm for mining cross-species network modules under a flexible conservation model
auteur
Mohammed El-Kebir, Hayssam Soueidan, Thomas Hume, Daniela Beisser, Marcus Dittrich, Tobias Müller, Guillaume Blin, Jaap Heringa, Macha Nikolski, Lodewyk F. A. Wessels, Gunnar W. Klau
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (19), 〈10.1093/bioinformatics/btv316〉
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titre
Cophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation
auteur
Christian Baudet, Béatrice Donati, Blerina Sinaimeri, Pierluigi Crescenzi, Christian Gautier, Catherine Matias, Marie-France Sagot
article
Systematic Biology, Oxford University Press (OUP), 2015, 64 (3), pp.416-431. 〈10.1093/sysbio/syu129〉
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https://hal.inria.fr/hal-01092972/file/CoalaSystematicBiology.pdf BibTex

Conference papers

titre
Memory-processor co-scheduling in fixed priority systems
auteur
Alessandra Melani, Marko Bertogna, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
article
International Conference on Real Time and Networks Systems (RTNS), Nov 2015, Lille, France. pp.87-96, 〈10.1145/2834848.2834854〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249107/file/melani2015.pdf BibTex
titre
Java-Meets Eclipse – An IDE for Teaching Java Following the Object-later Approach
auteur
Lorenzo Bettini, Pierluigi Crescenzi
article
International Conference on Software Paradigm Trend (ICSOFT-PT), Sep 2015, Colmar, France. pp.31-42, 〈10.5220/0005512600310042〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249109/file/ICSOFT-PT_2015_9.pdf BibTex
titre
Circular Sequence Comparison with q-grams
auteur
Robert Grossi, Costas Iliopoulos, Robert Mercas, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Ahmad Retha, Fatima Vayani
article
Mihai Pop; Hélène Touzet. 15th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2015), Sep 2015, Atlanta, United States. Springer, 9289, pp.203 – 216, 2015, 〈10.1007/978-3-662-48221-6_15〉
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https://hal.inria.fr/hal-01246271/file/WABI15.pdf BibTex
titre
On Computing the Hyperbolicity of Real-World Graphs
auteur
Michele Borassi, David Coudert, Pierluigi Crescenzi, Andrea Marino
article
23rd Annual European Symposium on Algorithms (ESA), Sep 2015, Patras, Greece. Springer, 9294, pp.215-226, 2015, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-662-48350-3_19〉
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https://hal.inria.fr/hal-01199860/file/BCCM15.pdf BibTex
titre
Preclinical Tests for Cerebral Stroke
auteur
Maria Francesca Zini, N Pisanti, E Biasci, A Podda, V Mey, F Piras, G.L. L’Abbate, S Marini, D Fratta, S Bonaretti, S Trasciatti
article
The 2015 IEEE/ACM International Conference on Advances in Social Networks Analysis and Mining (ASONAM), Aug 2015, Paris, France. 2015, 〈10.1145/2808797.2808816〉
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https://hal.inria.fr/hal-01246340/file/CameraReady.pdf BibTex
titre
Stochastic and Robust Scheduling in the Cloud
auteur
Lin Chen, Nicole Megow, Roman Rischke, Leen Stougie
article
Approximation, Randomization, and Combinatorial Optimization. Algorithms and Techniques (APPROX/RANDOM), Aug 2015, Princeton, United States. pp.175-186, 〈10.4230/LIPIcs.APPROX-RANDOM.2015.175〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249100/file/paperAPPROX.pdf BibTex
titre
Optimal Algorithms and a PTAS for Cost-Aware Scheduling
auteur
Lin Chen, Nicole Megow, Roman Rischke, Leen Stougie, José Verschae
article
Giuseppe F. Italiano; Giovanni Pighizzini; Donald T. Sannella. Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS), Aug 2015, Milan, Italy. Springer, Lecture Notes in Computer Science, 9235, pp.211-222, 2015, 〈10.1007/978-3-662-48054-0_18〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249098/file/ChenMRSV-MFCS15.pdf BibTex
titre
Incremental complexity of a bi-objective hypergraph transversal problem
auteur
Ricardo Andrade, Etienne Birmelé, Arnaud Mary, Thomas Picchetti, Marie-France Sagot
article
Fundamentals of Computation Theory (FCT2015), Aug 2015, Gdansk, Poland. Lecture Notes in Computer Science, 9210, pp.202-213, 2015, Fundamentals of Computation Theory (FCT2015). 〈10.1007/978-3-319-22177-9_16 〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01149392/file/FCT2015.pdf BibTex
titre
Polynomial Delay Algorithm for Listing Minimal Edge Dominating Sets in Graphs
auteur
Mamadou Moustapha Kanté, Vincent Limouzy, Arnaud Mary, Lhouari Nourine, Takeaki Uno
article
Frank Dehne; Jörg-Rüdiger Sack; Ulrike Stege. Algorithms and Data Structures (WADS), Aug 2015, Victoria, Canada. Springer, Lecture Notes in Computer Science, 9214, pp.446-457
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https://arxiv.org/pdf/1404.3501 BibTex
titre
Response-Time Analysis of Conditional {DAG} Tasks in Multiprocessor Systems
auteur
Alessandra Melani, Vincenzo Bonifaci, Marko Bertogna, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
article
ECRTS 2015 – Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2015, Lund, Sweden. pp.211-221, 2015, 〈10.1109/ECRTS.2015.26〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249103/file/melani2015%281%29.pdf BibTex
titre
The Global EDF Scheduling of Systems of Conditional Sporadic DAG Tasks
auteur
Sanjoy Baruah, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela
article
ECRTS 2015 – Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2015, Lund, Sweden. pp.222-231, 2015, 〈10.1109/ECRTS.2015.27〉
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https://hal.inria.fr/hal-01249105/file/baruah2015.pdf BibTex
titre
Greedily Improving Our Own Centrality in A Network
auteur
Pierluigi Crescenzi, Gianlorenzo D’Angelo, Severini Lorenzo, Yllka Velaj
article
Evripidis Bampis. SEA 2015 – 14th International Symposium Experimental Algorithms , Jun 2015, Paris, France. Springer, Lecture Notes in Computer Science, Springer-Verlag, 9125, pp.43-55, 2015, LNCS – Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-319-20086-6_4〉
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https://hal.inria.fr/hal-01248558/file/Greedily%20Improving%20Our%20Own%20Centrality%20in%20A%20Network.pdf BibTex
titre
On the Fixed Parameter Tractability and Approximability of the Minimum Error Correction Problem
auteur
Paola Bonizzoni, Riccardo Dondi, Gunnar W Klau, Yuri Pirola, Nadia Pisanti, Simone Zaccaria
article
26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), Jun 2015, Ischia, Italy. 〈10.1007/978-3-319-19929-0〉
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https://hal.inria.fr/hal-01246260/file/Auth-CPM15.pdf BibTex
titre
Sorting Signed Circular Permutations by Super Short Reversals
auteur
Gustavo Galvão, Christian Baudet, Zanoni Dias
article
Robert Harrison ; Yaohang Li; Ion Măndoiu 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States. Springer International Publishing, Proceedings of the 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2015), 9096, pp.272-283, 2015, Bioinformatics Research and Applications. 〈http://grid.cs.gsu.edu/isbra15/〉. 〈10.1007/978-3-319-19048-8_23〉
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https://hal.inria.fr/hal-01316993/file/SortingSignedCircularPermutationsBySuperShortReversals_author_version.pdf BibTex
titre
CIDANE: Comprehensive Isoform Discovery and Abundance Estimation
auteur
Stefan Canzar, Andreotti Sandro, David Weese, Reinert Knut, Klau Gunnar
article
Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Apr 2015, Warsaw, Poland. Lecture Notes in Computer Science, Springer-Verlag, 9029, pp.60-84, 2015, 〈10.1007/978-3-319-16706-0_8〉
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BibTex
titre
High-Performance Haplotype Assembly
auteur
Marco Aldinucci, Andrea Bracciali, Tobias Marschall, Murray Patterson, Nadia Pisanti, Massimo Torquati
article
Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB’15), 2015, Cambridge, United Kingdom. 29, pp.281 – 258, 2015, 〈10.1016/j.compbiolchem.2005.05.001〉
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https://hal.inria.fr/hal-01526652/file/CIBB15.pdf BibTex

Theses

titre
Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
auteur
Mariana Galvao Ferrarini
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2015. English. 〈NNT : 2015LYO10302〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01315159/file/TH2015GalvaoFerrariniMariana.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Reference-free detection of isolated SNPs
auteur
Raluca Uricaru, Guillaume Rizk, Vincent Lacroix, Elsa Quillery, Olivier Plantard, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2014, pp.e11. 〈10.1093/nar/gku1187〉
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https://hal.inria.fr/hal-01083715/file/discoSnp_NAR_2014.pdf https://hal.inria.fr/hal-01083715/file/discoSnp_NAR_add_file_2014.pdf BibTex
titre
Microbial impacts on insect evolutionary diversification: from patterns to mechanisms
auteur
Fabrice Vavre, Natacha Kremer
article
Current Opinion in Insect Science, Elsevier, 2014, Molecular physiology/Environmental physiology, 4, pp.29–34. 〈10.1016/j.cois.2014.08.003〉
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https://hal.inria.fr/hal-01104106/file/Vavre.pdf BibTex
titre
New insight into the RNA interference response against cathepsin-L gene in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: Molting or gut phenotypes specifically induced by injection or feeding treatments.
auteur
Panagiotis Sapountzis, Gabrielle Duport, Séverine Balmand, Karen Gaget, Stéphanie Jaubert-Possamai, Gérard Febvay, Hubert Charles, Yvan Rahbé, Stefano Colella, Federica Calevro
article
Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 2014, to be published. 〈10.1016/j.ibmb.2014.05.005〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01002574/file/Sapountzis_et_al._IBMB_2014.pdf BibTex
titre
Epidemiology of asexuality induced by the endosymbiotic Wolbachia across phytophagous wasp species: host plant specialization matters.
auteur
Thomas Boivin, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Cindy Gidoin, Philippe Veber, Jean-Noël Candau, Emmanuelle Magnoux, Alain Roques, Marie-Anne Auger-Rozenberg
article
Molecular Ecology Notes, Wiley-Blackwell, 2014, 23 (9), pp.2362-2375
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https://hal.inria.fr/hal-01092614/file/Boivin.pdf BibTex
titre
The Genome of Cardinium cBtQ1 Provides Insights into Genome Reduction, Symbiont Motility, and Its Settlement in Bemisia tabaci
auteur
Diego Santos-Garcia, Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Francisco Beitia, Einat Zchori-Fein, Fabrice Vavre, Laurence Mouton, Andrés Moya, Amparo Latorre, Francisco J Silva
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2014, 6 (4), pp.1013-1030
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https://hal.inria.fr/hal-01092610/file/evu077.pdf BibTex
titre
Telling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure
auteur
Paulo Vieira Milreu, Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Vicente Acuña, Etienne Birmelé, Michele Borassi, Christophe Junot, Alberto Marchetti-Spaccamela, Andrea Marino, Leen Stougie, Fabien Jourdan, Pierluigi Crescenzi, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2014, 30 (1), pp.61-70. 〈10.1093/bioinformatics/btt597〉
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BibTex
titre
A Genome-Wide Survey of Genetic Instability by Transposition in Drosophila Hybrids
auteur
Doris Vela, Antonio Fontdevila, Cristina Vieira, García Guerreiro María Pilar
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9, pp.87 – 87. 〈10.1371/journal.pone.0088992.s005〉
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https://hal.inria.fr/hal-01526703/file/journal.pone.0088992.PDF BibTex
titre
Specific Activation of an I-Like Element in Drosophila Interspecific Hybrids
auteur
Elias Carnelossi, Emmanuelle Lerat, Hélène Henri, Sonia Martinez, Claudia Carareto, Cristina Vieira
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2014, 6, pp.1806 – 1817. 〈10.1093/gbe/evu141〉
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https://hal.inria.fr/hal-01526700/file/evu141.pdf BibTex
titre
Using cascading Bloom filters to improve the memory usage for de Brujin graphs
auteur
Kamil Salikhov, Gustavo Sacomoto, Gregory Kucherov
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9 (1), pp.2. 〈10.1186/1748-7188-9-2〉
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https://hal.inria.fr/hal-00971576/file/1748-7188-9-2.pdf BibTex
titre
Genomic regions harboring insecticide resistance-associated Cyp genes are enriched by transposable element fragments carrying putative transcription factor binding sites in two sibling Drosophila species
auteur
Claudia M A Carareto, Eric H Hernandez, Cristina Vieira
article
Gene, Elsevier, 2014, 537 (1), pp.93-99. 〈10.1016/j.gene.2013.11.080〉
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https://hal.inria.fr/hal-00922703/file/carareto2014.pdf BibTex
titre
Variable expression levels detected in the Drosophila effectors of piRNA biogenesis
auteur
Marie Fablet, Abdou Akkouche, Virginie Braman, Cristina Vieira
article
Gene, Elsevier, 2014, 537 (1), pp.149-153. 〈10.1016/j.gene.2013.11.095〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00922704/file/Fablet_08nov2013.pdf BibTex
titre
Endothelial, epithelial, and fibroblast cells exhibit specific splicing programs independently of their tissue of origin
auteur
Pierre Mallinjoud, Jean-Philippe Villemin, Hussein Mortada, Micaela Polay Espinoza, François-Olivier Desmet, Samaan Samaan, Emilie Chautard, Léon-Charles Tranchevent, Didier Auboeuf
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014, 24 (3), pp.511-521. 〈10.1101/gr.162933.113〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01091290/file/511.pdf BibTex
titre
Navigating in a Sea of Repeats in RNA-seq without Drowning
auteur
Gustavo Sacomoto, Blerina Sinaimeri, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Lecture Notes in Bioinformatics, Springer, 2014, Proceedings of 14th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, 8701, pp.82-96. 〈10.1007/978-3-662-44753-6_7〉
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https://arxiv.org/pdf/1406.1022v1 BibTex
titre
Rime: Repeat identification
auteur
Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2014, 163 (3), pp.275-286. 〈10.1016/j.dam.2013.02.016〉
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https://hal.inria.fr/hal-00802023/file/federico2014.pdf BibTex
titre
Signs of Neutralization in a Redundant Gene Involved in Homologous Recombination in Wolbachia Endosymbionts
auteur
Myriam Badawi, Isabelle Giraud, Fabrice Vavre, Pierre Grève, Richard Cordaux
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2014, 10 (6), pp.2654-2664. 〈10.1093/gbe/evu207〉
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https://hal.inria.fr/hal-01091858/file/evu207.pdf BibTex
titre
Manipulation of arthropod sex determination by endosymbionts: diversity and molecular mechanisms
auteur
Wen-Juan Ma, Fabrice Vavre, Leo W. Beukeboom
article
Sexual Development, Karger, 2014, pp.59-73
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https://hal.inria.fr/hal-01092616/file/Ma.pdf BibTex

Conference papers

titre
Length and Symmetry on the Sorting by Weighted Inversions Problem
auteur
Christian Baudet, Ulisses Dias, Zanoni Dias
article
Sérgio Campos. 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. Lecture Notes in Computer Science, 8826, pp.99 – 106, 2014, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 〈10.1007/978-3-319-12418-6_13〉
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https://hal.inria.fr/hal-01092607/file/bsb2014.pdf BibTex
titre
Efficiently listing bounded length st-paths
auteur
Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot
article
Twenty-Fifth International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2014), Sep 2014, Duluth, Minnesota, France. Lecture Notes in Computer Science, in press, 2014
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https://arxiv.org/pdf/1411.6852 BibTex
titre
Amortized Õ(|V|) -Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
auteur
Rui Ferreira, Roberto Grossi, Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot
article
22th Annual European Symposium on Algorithms, Sep 2014, Wroclaw, Poland. 8737, pp.418-429, 2014, Algorithms ESA 2014, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-662-44777-2_35〉
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https://hal.inria.fr/hal-01081031/file/esa20140_submission_183.pdf BibTex

Theses

titre
MiRNA and co: Methodologically exploring the world of small RNAs
auteur
Susan Higashi
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Universite Claude Bernard Lyon 1, 2014. English
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01096833/file/thesis.pdf BibTex
titre
Évolution des génomes des endosymbiotes chez les insectes phloémophages : le cas d’Hamiltonella defensa en interaction avec ses différents partenaires
auteur
Pierre-Antoine Rollat-Farnier
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Claude Bernard Lyon 1, 2014. Français
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https://hal.inria.fr/tel-01102943/file/Manuscrit_de_these_Rollat_Farnier_Pierre_Antoine.pdf BibTex
titre
Graph models and algorithms in (co-)evolutionary contexts
auteur
Beatrice Donati
article
Computer Science [cs]. Universite Claude Bernard Lyon 1; Università degli studi di Firenze, 2014. English
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https://hal.inria.fr/tel-01095298/file/DonatiPhDThesisFRANCE.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Aphid Resistance in Florist’s Chrysanthemum (Chrysanthemum morifolium Ramat.) Induced by Sea Anemone Equistatin Overexpression
auteur
Mahmood Valizadeh, C. Deraison, S.K. Kazemitabar, Yvan Rahbé, Maarten A Jongsma
article
African Journal of Biotechnology, Academic Journals, 2013, pp.12(50):6922-6930. 〈10.5897/AJB2013.12956〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00919389/file/Valizadeh_2013-17057.pdf BibTex
titre
On the identifiability of metabolic network models.
auteur
Sara Berthoumieux, Matteo Brilli, Daniel Kahn, Hidde De Jong, Eugenio Cinquemani
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2013, 67 (6-7), pp.1795-832. 〈http://link.springer.com/article/10.1007/s00285-012-0614-x〉. 〈10.1007/s00285-012-0614-x〉
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https://hal.inria.fr/hal-00762620/file/On_The_Identifiability_Of_Metabolic_Network_Models.pdf BibTex
titre
On the genetic architecture of cytoplasmic incompatibility: inference from phenotypic data
auteur
Igor Nor, Jan Engelstädter, Olivier Duron, Max Reuter, Marie-France Sagot, Sylvain Charlat
article
American Naturalist, University of Chicago Press, 2013, 182 (1), pp.15-24. 〈10.1086/670612〉
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titre
S1PR5 is pivotal for the homeostasis of patrolling monocytes.
auteur
Emilie Debien, Katia Mayol, Vincent Biajoux, Cécile Daussy, Mercedes Gomez De Aguero, Morgan Taillardet, Nicolas Dagany, Lilia Brinza, Thomas Henry, Bertrand Dubois, Dominique Kaiserlian, Jacqueline Marvel, Karl Balabanian, Thierry Walzer
article
European Journal of Immunology, Wiley-VCH Verlag, 2013, 43 (6), pp.1667-75. 〈10.1002/eji.201343312〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00972078/file/Debien_et_al-2013-European_Journal_of_Immunology.pdf BibTex
titre
Learning the local Bayesian network structure around the ZNF217 oncogene in breast tumours
auteur
Emmanuel Prestat, Sérgio Rodrigues De Morais, Julie A Vendrell, Aurélie Thollet, Christian Gautier, Pascale A Cohen, Alex Aussem
article
Computers in Biology and Medicine, Elsevier, 2013, 43 (4), pp.334-341. 〈10.1016/j.compbiomed.2012.12.002〉
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titre
Maternally deposited germline piRNAs silence the tirant retrotransposon in somatic cells
auteur
Abdou Akkouche, Thomas Grentzinger, Marie Fablet, Claudia Armenise, Nelly Burlet, Virginie Braman, Séverine Chambeyron, Cristina Vieira
article
EMBO Reports, EMBO Press, 2013, 14 (5), pp.458-64. 〈10.1038/embor.2013.38〉
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BibTex
titre
Wavelet-based clustering for mixed-effects functional models in high dimension
auteur
Madison Giacofci, Sophie Lambert-Lacroix, Guillemette Marot, Franck Picard
article
Biometrics, Wiley, 2013, 69 (1), pp.31-40. 〈10.1111/j.1541-0420.2012.01828.x〉
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BibTex
titre
Distribution of endosymbiotic reproductive manipulators reflects invasion process and not reproductive system polymorphism in the little fire ant Wasmannia auropunctata
auteur
Olivier Rey, Arnaud Estoup, Benoit Facon, Anne Loiseau, Alexandre Aebi, Olivier Duron, Fabrice Vavre, Julien Foucaud
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (3), pp.e58467. 〈10.1371/journal.pone.0058467〉
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https://hal.inria.fr/hal-00850303/file/Publis013-cbgp-015_Rey_PlosOne_Distribution%20endosymbiotic%20reproductive%20Wasmannia%20auropunctata_%7B002FCB9B-0B3E-4AAE-84EE-D668C05807E2%7D.pdf BibTex
titre
Biosynthesis of vitamins and cofactors in bacterium-harbouring trypanosomatids depends on the symbiotic association as revealed by genomic analyses
auteur
Cecilia C Klein, João M P Alves, Myrna G Serrano, Gregory A Buck, Ana Tereza R Vasconcelos, Marie-France Sagot, Marta M G Teixeira, Erney P Camargo, Maria Cristina M Motta
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (11), pp.e79786. 〈10.1371/journal.pone.0079786〉
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https://hal.inria.fr/hal-00922587/file/pone.0079786.pdf BibTex
titre
Expression and Biological Activity of the Cystine Knot Bioinsecticide PA1b (Pea Albumin 1 Subunit b).
auteur
Vanessa Eyraud, Lamis Karaki, Isabelle Rahioui, Catherine Sivignon, Pedro Da Silva, Yvan Rahbé, Corinne Royer, Frédéric Gressent
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (12), pp.e81619. 〈10.1371/journal.pone.0081619〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00921788/file/Eyraud_20132-Xxx.pdf BibTex
titre
Transcriptome of Dickeya dadantii infecting Acyrthosiphon pisum reveals a strong defense against antimicrobial peptides
auteur
Denis Costechareyre, Jean-François Chich, Jean-Marc Strub, Yvan Rahbé, Guy Condemine
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.e54118. 〈10.1371/journal.pone.0054118〉
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BibTex
titre
Predicting the proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and their respective endosymbionts reveals new aspects of the trypanosomatidae family
auteur
Maria Cristina Machado Motta, Allan Cezar de Azevedo Martins, Silvana Sant’Anna De Souza, Carolina Moura Costa Catta-Preta, Rosane Silva, Cecilia Coimbra Klein, Luiz Gonzaga Paula De Almeida, Oberdan De Lima Cunha, Luciane Prioli Ciapina, Marcelo Brocchi, Ana Cristina Colabardini, Bruna De Araujo Lima, Carlos Renato Machado, Célia Maria De Almeida Soares, Christian Macagnan Probst, Claudia Beatriz Afonso De Menezes, Claudia Elizabeth Thompson, Daniella Castanheira Bartholomeu, Daniela Fiori Gradia, Daniela Parada Pavoni, Edmundo C Grisard, Fabiana Fantinatti-Garboggini, Fabricio Klerynton Marchini, Gabriela Flávia Rodrigues-Luiz, Glauber Wagner, Gustavo Henrique Goldman, Juliana Lopes Rangel Fietto, Maria Carolina Elias, Maria Helena S Goldman, Marie-France Sagot, Maristela Pereira, Patrícia H Stoco, Rondon Pessoa De Mendonça-Neto, Santuza Maria Ribeiro Teixeira, Talles Eduardo Ferreira Maciel, Tiago Antônio De Oliveira Mendes, Turán P Ürményi, Wanderley De Souza, Sergio Schenkman, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (4), pp.e60209. 〈10.1371/journal.pone.0060209〉
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BibTex
titre
Endosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers
auteur
João Alves, Cecilia Klein, Flávia Da Silva, André Costa-Martins, Myrna Serrano, Gregory Buck, Ana Tereza Vasconcelos, Marie-France Sagot, Marta Teixeira, Maria Cristina Motta, Erney Camargo
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2013, 13 (1), pp.190. 〈10.1186/1471-2148-13-190〉
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https://hal.inria.fr/hal-00868763/file/1471-2148-13-190.pdf BibTex
titre
Endosymbiont diversity among sibling weevil species competing for the same resource
auteur
Adrien Merville, Samuel Venner, Hélène Henri, Agnès Vallier, Frédéric Menu, Fabrice Vavre, Abdelaziz Heddi, Marie-Claude Bel-Venner
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2013, 13, pp.28. 〈10.1186/1471-2148-13-28〉
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BibTex
titre
Tyrosine pathway regulation is host-mediated in the pea aphid symbiosis during late embryonic and early larval development
auteur
Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, Panagiotis Sapountzis, Nadia Bendridi, Marjolaine Rey, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.235. 〈10.1186/1471-2164-14-235〉
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https://hal.inria.fr/hal-00824527/file/1471-2164-14-235.pdf BibTex
titre
Genomic analysis of the regulatory elements and links with intrinsic DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera
auteur
Lilia Brinza, Federica Calevro, Hubert Charles
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.73. 〈10.1186/1471-2164-14-73〉
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https://hal.inria.fr/hal-00788161/file/1471-2164-14-73.pdf BibTex
titre
Short and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
auteur
Matteo Brilli, Pietro Liò, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.309. 〈10.1186/1471-2164-14-309〉
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https://hal.inria.fr/hal-00834426/file/1471-2164-14-309.pdf BibTex

Conference papers

titre
Greedy Randomized Search Procedure to Sort Genomes using Symmetric, Almost-Symmetric and Unitary Inversions
auteur
Ulisses Dias, Christian Baudet, Zanoni Dias
article
Jing Gao. Proceedings of the 4th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics (ACM BCB 2013), Sep 2013, Maryland, United States. pp.181–190, 2013, 〈http://dl.acm.org/citation.cfm?doid=2506583.2506614〉. 〈10.1145/2506583.2506614〉
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https://hal.inria.fr/hal-00922670/file/p181-Dias.pdf BibTex
titre
Using cascading Bloom filters to improve the memory usage for de Brujin graphs
auteur
Kamil Salikhov, Gustavo Sacomoto, Gregory Kucherov
article
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2013, Sophia Antipolis, France. Springer, 8126, 13p, 2013, Lecture Notes in Computer Science
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https://arxiv.org/pdf/1302.7278 BibTex
titre
A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
auteur
Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
article
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2013, Nice, France. Springer-Verlag, 2013, Lecture Notes in Computer Science
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BibTex
titre
Telling Stories Fast
auteur
Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Vincent Lacroix, Andrea Marino, Marie-France Sagot, Paulo Vieira Milreu
article
12th International Symposium Experimental Algorithms (SEA), Jun 2013, Rome, Italy. 7933, pp.200-211, 2013, Lecture Notes in Computer Science
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BibTex
titre
Spatial modelling of plant diversity from high-throughput environmental dna sequence data
auteur
Angelika Studeny, Florence Forbes, Eric Coissac, Alain Viari, Celine Mercier, Lucie Zinger, Aurélie Bonin, Frédéric Boyer, Pierre Taberlet
article
45èmes Journées de Statistique, May 2013, Toulouse, France. 2013
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BibTex
titre
Optimal Listing of Cycles and st-Paths in Undirected Graphs
auteur
Etienne Birmelé, Rui Ferreira, Roberto Grossi, Andrea Marino, Nadia Pisanti, Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto
article
24th Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2013, New Orleans, United States. 2013
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BibTex
titre
AphidAtlas : avancées récentes
auteur
Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé
article
Uzest, M. Proceedings of BAPOA 2013 MOP. INRA, CIRAD Lavalette Campus Montpellier, France, 2013, Montpellier, France. 2013
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BibTex

Theses

titre
Bioinformatic study of the metabolic dialog between a non-pathogenic trypanosomatid and its endosymbiont with evolutionary and functional goals
auteur
Cecilia Coimbra Klein
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2013. English. 〈NNT : 2013LYO10208〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01050338/file/TH2013_Coimbra-Klein_Cecilia_V_Expurgee.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Reconciliation of metabolites and biochemical reactions for metabolic networks.
auteur
Thomas Bernard, Alan Bridge, Anne Morgat, Sébastien Moretti, Ioannis Xenarios, Marco Pagni
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, epub ahead of print. 〈10.1093/bib/bbs058〉
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BibTex
titre
Complete Genome Sequence of “Candidatus Portiera aleyrodidarum” BT-QVLC, an Obligate Symbiont That Supplies Amino Acids and Carotenoids to Bemisia tabaci.
auteur
Diego Santos-Garcia, Pierre-Antoine Farnier, Francisco Beitia, Einat Zchori-Fein, Fabrice Vavre, Laurence Mouton, Andrés Moya, Amparo Latorre, Francisco J Silva
article
Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 2012, 194 (23), pp.6654-6655. 〈10.1128/JB.01793-12〉
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BibTex
titre
[Big Data in biology].
auteur
Alain Viari
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2012, 28 (12), pp.1027-8. 〈10.1051/medsci/20122812001〉
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titre
ChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data.
auteur
Milana Frenkel-Morgenstern, Alessandro Gorohovski, Vincent Lacroix, Mark Rogers, Kristina Ibanez, Cesar Boullosa, Eduardo Andres Leon, Asa Ben-Hur, Alfonso Valencia
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2012, 41, pp.D142-151. 〈10.1093/nar/gks1041〉
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titre
De la bioinformatique à la cellule numérique
auteur
Alain Viari
article
Collection “20 ans d’avancées et de perspectives en sciences du numérique”, INRIA, 2012, 2 p
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https://hal.inria.fr/hal-00812694/file/De_la_bioinformatique_A_la_cellule_numA_rique.pdf BibTex
titre
A comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.
auteur
Cristina Vieira, Marie Fablet, Emmanuelle Lerat, Matthieu Boulesteix, Rita Rebollo, Nelly Burlet, Abdou Akkouche, Benjamin Hubert, Hussein Mortada, Christian Biémont
article
Journal of Environmental Radioactivity, Elsevier, 2012, 113, pp.83-6. 〈10.1016/j.jenvrad.2012.04.001〉
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BibTex
titre
Navigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches.
auteur
Nuno D Mendes, Steffen Heyne, Ana T Freitas, Marie-France Sagot, Rolf Backofen
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 28 (23), pp.3034-3041. 〈10.1093/bioinformatics/bts574〉
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BibTex
titre
Algorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks.
auteur
Vicente Acuña, Paulo Vieira Milreu, Ludovic Cottret, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Marie-France Sagot
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 28 (19), pp.2474-2483. 〈10.1093/bioinformatics/bts423〉
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BibTex
titre
Modelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator.
auteur
Thasso Griebel, Benedikt Zacher, Paolo Ribeca, Emanuele Raineri, Vincent Lacroix, Roderic Guigó, Michael Sammeth
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2012, 40 (20), pp.10073-10083. 〈10.1093/nar/gks666〉
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titre
Transposon proliferation in an asexual parasitoid.
auteur
Ken Kraaijeveld, Brechtje Zwanenburg, Benjamin Hubert, Cristina Vieira, Sylvia De Pater, Jacques Van Alphen, Johan T Den Dunnen, Peter De Knijff
article
Molecular Ecology, Wiley, 2012, 21 (16), pp.3898-906. 〈10.1111/j.1365-294X.2012.5582.x〉
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BibTex
titre
Chimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts.
auteur
Milana Frenkel-Morgenstern, Vincent Lacroix, Iakes Ezkurdia, Yishai Levin, Alexandra Gabashvili, Jaime Prilusky, Angela Del Pozo, Michael Tress, Rory Johnson, Roderic Guigo, Alfonso Valencia
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, 22 (7), pp.1231-42. 〈10.1101/gr.130062.111〉
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BibTex
titre
Making (good) use of Wolbachia: what the models say.
auteur
Fabrice Vavre, Sylvain Charlat
article
Current Opinion in Microbiology, Elsevier, 2012, 15 (3), pp.263-8. 〈10.1016/j.mib.2012.03.005〉
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BibTex
titre
Exceptional plant penetration and feeding upon cortical parenchyma cells by the woolly poplar aphid.
auteur
Sophie Pointeau, Arnaud Ameline, Françoise Laurans, Aurélien Sallé, Yvan Rahbé, Stéphanie Bankhead-Dronnet, François Lieutier
article
Journal of Insect Physiology, Elsevier, 2012, 58 (6), pp.857-66. 〈10.1016/j.jinsphys.2012.03.008〉
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BibTex
titre
The CanOE strategy: integrating genomic and metabolic contexts across multiple prokaryote genomes to find candidate genes for orphan enzymes.
auteur
Adam Alexander Thil Smith, Eugeni Belda, Alain Viari, Claudine Medigue, David Vallenet
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2012, 8 (5), 〈10.1371/journal.pcbi.1002540〉
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BibTex
titre
tirant, a newly discovered active endogenous retrovirus in Drosophila simulans.
auteur
Abdou Akkouche, Rita Rebollo, Nelly Burlet, Caroline Esnault, Sonia Martinez, Barbara Viginier, Christophe Terzian, Cristina Vieira, Marie Fablet
article
Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2012, 86 (7), pp.3675-81. 〈10.1128/JVI.07146-11〉
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BibTex
titre
Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in Escherichia coli
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde De Jong
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2012, 295, pp.100-115. 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519311005728〉. 〈10.1016/j.jtbi.2011.11.010〉
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BibTex
titre
Triterpene saponins of Quillaja saponaria show strong aphicidal and deterrent activity against the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
auteur
Ellen De Geyter, Guy Smagghe, Yvan Rahbé, Danny Geelen
article
Pest Management Science, Wiley, 2012, 68 (2), pp.164-9. 〈10.1002/ps.2235〉
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BibTex
titre
Influence of Wolbachia on host gene expression in an obligatory symbiosis.
auteur
Natacha Kremer, Delphine Charif, Hélène Henri, Frédérick Gavory, Patrick Wincker, Patrick Mavingui, Fabrice Vavre
article
BMC Microbiology, BioMed Central, 2012, 12 Suppl 1, pp.S7. 〈10.1186/1471-2180-12-S1-S7〉
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BibTex
titre
UniPathway: a resource for the exploration and annotation of metabolic pathways.
auteur
Anne Morgat, Eric Coissac, Elisabeth Coudert, Kristian B Axelsen, Guillaume Keller, Amos Bairoch, Alan Bridge, Lydie Bougueleret, Ioannis Xenarios, Alain Viari
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2012, 40 (Database issue), pp.D761-D769. 〈10.1093/nar/gkr1023〉
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BibTex
titre
Rhea–a manually curated resource of biochemical reactions.
auteur
Rafael Alcântara, Kristian B Axelsen, Anne Morgat, Eugeni Belda, Elisabeth Coudert, Alan Bridge, Hong Cao, Paula De Matos, Marcus Ennis, Steve Turner, Gareth Owen, Lydie Bougueleret, Ioannis Xenarios, Christoph Steinbeck
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2012, 40 (Database issue), pp.D754-60. 〈10.1093/nar/gkr1126〉
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BibTex
titre
Heritable variation in an extended phenotype: the case of a parasitoid manipulated by a virus.
auteur
Julien Martinez, F. Fleury, J. Varaldi
article
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2012, 25 (1), pp.54-65. 〈10.1111/j.1420-9101.2011.02405.x〉
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titre
Influence of the virus LbFV and of Wolbachia in a host-parasitoid interaction.
auteur
Julien Martinez, Anne Duplouy, Megan Woolfit, Fabrice Vavre, Scott L O’Neill, Julien Varaldi
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (4), 〈10.1371/journal.pone.0035081〉
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titre
Dickeya dadantii, a plant pathogenic bacterium producing Cyt-like entomotoxins, causes septicemia in the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
auteur
Denis Costechareyre, Séverine Balmand, Guy Condemine, Yvan Rahbé
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (1), pp.e30702. 〈10.1371/journal.pone.0030702〉
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titre
Sampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals
auteur
Christian Baudet, Zanoni Dias, Marie-France Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2012, 7 (1), pp.18. 〈10.1186/1748-7188-7-18〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784400/file/1748-7188-7-18.pdf BibTex
titre
Complex dynamic of dengue virus serotypes 2 and 3 in Cambodia following series of climate disasters
auteur
Veasna Duong, Matthew R. Henn, Cameron Simmons, Chantha Ngan, Bunthin Y, Laurent Gavotte, Alain Viari, Sivuth Ong, Rekol Huy, Niall J. Lennon, Sowath Ly, Sirenda Vong, Bruce W. Birren, Jeremy J. Farrar, Vincent Deubel, Roger Frutos, Philippe Buchy
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2012, pp.N/A. 〈10.1016/j.meegid.2012.05.012〉
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https://hal-riip.archives-ouvertes.fr/pasteur-00793267/file/Complex_dynamic_of_dengue_virus_serotypes_2_and_3_in_Cambodia_following_series_of_climate_disasters_Duong_V_2012_.pdf BibTex
titre
Dynamic of H5N1 virus in Cambodia and emergence of a novel endemic sub-clade
auteur
San Sorn, Touch Sok, Sovann Ly, Sareth Rith, Nguyen Tung, Alain Viari, Laurent Gavotte, Davun Holl, Heng Seng, Nima Asgari, Beat Richner, Denis Laurent, Nora Chea, Veasna Duong, Tetsuya Toyoda, Chadwick Y. Yasuda, Paul Kitsutani, Paul Zhou, Sun Bing, V. Deubel, Ruben Donis, Roger Frutos, Philippe Buchy
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2012, pp.N/A. 〈10.1016/j.meegid.2012.05.013〉
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https://hal-riip.archives-ouvertes.fr/pasteur-00793265/file/Dynamic_of_H5N1_virus_in_Cambodia_and_emergence_of_a_novel_endemic_sub-clade_Sorn_S_2012_.pdf BibTex
titre
Mod/Resc Parsimony Inference: Theory and application
auteur
Igor Nor, Danny Hermelin, Sylvain Charlat, Jan Engelstadter, Max Reuter, Olivier Duron, Marie-France Sagot
article
Information and Computation, Elsevier, 2012, 213, pp.23-32. 〈10.1016/j.ic.2011.03.008〉
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titre
The sex-specific impact of meiotic recombination on nucleotide composition.
auteur
Alexandra Popa, Paul Samollow, Christian Gautier, Dominique Mouchiroud
article
Genome Biol Evol, Oxford University Press, 2012, 4 (3), pp.412-422. 〈10.1093/gbe/evs023〉
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titre
BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
auteur
Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves D’Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine De Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
article
Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2012, 2012 (893048), 5 p. 〈10.1155/2012〉
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titre
Structural and dynamical analysis of biological networks.
auteur
Cecilia Klein, Andrea Marino, Marie-France Sagot, Paulo Vieira Milreu, Matteo Brilli
article
Briefings in Functional Genomics and Proteomics, Oxford University Press, 2012, 14, pp.309. 〈10.1093/bfgp/els030〉
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titre
Evidence for Transcript Networks Composed of Chimeric RNAs in Human Cells
auteur
Sarah Djebali, Julien Lagarde, Philipp Kapranov, Vincent Lacroix, Christelle Borel, Jonathan M. Mudge, Cedric Howald, Sylvain Foissac, Catherine Ucla, Jacqueline Chrast, Paolo Ribeca, David Martin, Ryan R. Murray, Xinping Yang, Lila Ghamsari, Chenwei Lin, Ian Bell, Erica Dumais, Jorg Drenkow, Michael L. Tress, Josep L. Gelpi, Modesto Orozco, Alfonso Valencia, Nynke L. Van Berkum, Bryan R. Lajoie, Marc Vidal, John Stamatoyannopoulos, Philippe Batut, Alex Dobin, Jennifer Harrow, Tim Hubbard, Job Dekker, Adam Frankish, Kourosh Salehi-Ashtiani, Alexandre Reymond, Stylianos E. Antonarakis, Roderic Guigo, Thomas R. Gingeras
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7, pp.1-22
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00698428/file/DjebaliS2012.pdf BibTex
titre
A snapshot of histone modifications within transposable elements in Drosophila wild type strains.
auteur
Rita Rebollo, Béatrice Horard, Flora Begeot, Marion Delattre, Eric Gilson, Cristina Vieira
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (9), pp.e44253. 〈10.1371/journal.pone.0044253〉
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titre
KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
auteur
Gustavo Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (Suppl 6), pp.S5. 〈10.1186/1471-2105-13-S6-S5〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784407/file/1471-2105-13-S6-S5.pdf BibTex
titre
Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria
auteur
Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Janice Kielbassa, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.438. 〈10.1186/1471-2164-13-438〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784396/file/1471-2164-13-438.pdf BibTex
titre
Telling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets
auteur
Vicente Acuña, Etienne Birmelé, Ludovic Cottret, Pierluigi Crescenzi, Fabien Jourdan, Vincent Lacroix, Alberto Marchetti-Spaccamela, Andrea Marino, Paulo Vieira Milreu, Marie-France Sagot, Leen Stougie
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2012, 457, pp.1–9. 〈10.1016/j.tcs.2012.07.023〉
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https://hal.inria.fr/hal-00764025/file/stories.pdf BibTex

Conference papers

titre
Efficient Bubble Enumeration in Directed Graphs
auteur
Etienne Birmelé, Pierluigi Crescenzi, Rui Ferreira, Roberto Grossi, Vincent Lacroix, Andrea Marino, Nadia Pisanti, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot
article
String Processing and Information Retrieval (SPIRE), Oct 2012, Cartagena, Colombia. 7608, pp.118-129, 2012, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-34109-0_13〉
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https://hal.inria.fr/hal-00738927/file/article15_spire.pdf BibTex
titre
Minimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone
auteur
Alexandre da Silva Freire, Vicente Acuña, Pierluigi Crescenzi, Carlos Eduardo Ferreira, Vincent Lacroix, Paulo Vieira Milreu, Eduardo Moreno, Marie-France Sagot
article
Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO), Apr 2012, Athens, Greece. Springer-Verlag, 7422, pp.165–177, 2012, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-32147-4_16〉
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Book sections

titre
Analysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing
auteur
Paolo Ribeca, Vincent Lacroix, Michael Sammeth, Roderic Guigó
article
Stefan Stamm, Christopher W. J. Smith, Reinhard Lührmann. Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 2012, 9783527636778. 〈10.1002/9783527636778.ch50〉
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Theses

titre
Diversity and dynamics of Wolbachia-host associations in arthropods from the Society archipelago, French Polynesia
auteur
Patrícia Martins Simões
article
Biodiversité. Université Claude Bernard – Lyon I, 2012. Français
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2011

Journal articles

titre
ecoPrimers: inference of new DNA barcode markers from whole genome sequence analysis.
auteur
Tiayyba Riaz, Wasim Shehzad, Alain Viari, François Pompanon, Pierre Taberlet, Eric Coissac
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2011, 39 (21), pp.e145. 〈10.1093/nar/gkr732〉
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titre
Biased mutational pattern and quasispecies hypothesis in H5N1 virus.
auteur
Ramona Alikiiteaga Gutiérrez, Alain Viari, Bernard Godelle, Roger Frutos, Philippe Buchy
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2011, pp.69-76. 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134811003765#〉. 〈10.1016/j.meegid.2011.10.019〉
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titre
Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
auteur
José Viñuelas, Gérard Febvay, Gabrielle Duport, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, Hubert Charles, Yvan Rahbé, Federica Calevro
article
Molecular Microbiology, Wiley, 2011, 81 (5), pp.1271-85. 〈10.1111/j.1365-2958.2011.07760.x〉
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titre
Vertical inheritance and bursts of transposition have shaped the evolution of the BS non-LTR retrotransposon in Drosophila.
auteur
Adriana Granzotto, Fabrício R Lopes, Cristina Vieira, Claudia M A Carareto
article
Molecular Genetics and Genomics, Springer Verlag, 2011, 286 (1), pp.57-66. 〈10.1007/s00438-011-0629-9〉
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titre
Bacterial symbionts in insects or the story of communities affecting communities.
auteur
Julia Ferrari, Fabrice Vavre
article
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Royal Society, The, 2011, 366 (1569), pp.1389-400. 〈10.1098/rstb.2010.0226〉
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titre
Wolbachia detection: an assessment of standard PCR protocols.
auteur
P. M. Simões, G. Mialdea, D. Reiss, Marie-France Sagot, S. Charlat
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2011, 11 (3), pp.567-72. 〈10.1111/j.1755-0998.2010.02955.x〉
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titre
Comparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes.
auteur
Emmanuelle Lerat, Nelly Burlet, Christian Biémont, Cristina Vieira
article
Gene, Elsevier, 2011, 473 (2), pp.100-9. 〈10.1016/j.gene.2010.11.009〉
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titre
Does a parthenogenesis-inducing Wolbachia induce vestigial cytoplasmic incompatibility?
auteur
Ken Kraaijeveld, Barbara M Reumer, Laurence Mouton, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Jacques Van Alphen
article
Naturwissenschaften, Springer Verlag, 2011, 98 (3), pp.175-80. 〈10.1007/s00114-010-0756-x〉
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titre
Intraspecific specialization of the generalist parasitoid Cotesia sesamiae revealed by polyDNAvirus polymorphism and associated with different Wolbachia infection.
auteur
Antoine Branca, Bruno Pierre Le Ru, Fabrice Vavre, Jean-François Silvain, Stéphane Dupas
article
Molecular Ecology, Wiley, 2011, 20 (5), pp.959-71. 〈10.1111/j.1365-294X.2010.04977.x〉
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titre
Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource.
auteur
Anne Morgat, R. Apweiler, Martin Mj, C. O’Donovan, M. Magrane, Y. Alam-Faruque, R. Antunes, D. Barrell, B. Bely, M. Bingley, D. Binns, L. Bower, P. Browne, Chan Wm, E. Dimmer, R. Eberhardt, F. Fazzini, A. Fedotov, R. Foulger, J. Garavelli, Castro Lg, R. Huntley, J. Jacobsen, M. Kleen, K. Laiho, D. Legge, Q. Lin, W. Liu, J. Luo, S. Orchard, S. Patient, K. Pichler, D. Poggioli, N. Pontikos, M. Pruess, S. Rosanoff, T. Sawford, H. Sehra, E. Turner, M. Corbett, M. Donnelly, Van Rensburg P, I. Xenarios, L. Bougueleret, A. Auchincloss, G. Argoud-Puy, K. Axelsen, A. Bairoch, D. Baratin, Blatter Mc, B. Boeckmann, J. Bolleman, L. Bollondi, E. Boutet, Quintaje Sb, L. Breuza, A. Bridge, E. Decastro, E. Coudert, I. Cusin, M. Doche, D. Dornevil, S. Duvaud, A. Estreicher, L. Famiglietti, M. Feuermann, S. Gehant, S. Ferro, E. Gasteiger, A. Gateau, V. Gerritsen, A. Gos, N. Gruaz-Gumowski, U. Hinz, C. Hulo, N. Hulo, J. James, S. Jimenez, F. Jungo, T. Kappler, G. Keller, V. Lara, P. Lemercier, D. Lieberherr, X. Martin, P. Masson, M. Moinat, S. Paesano, I. Pedruzzi, S. Pilbout, S. Poux, M. Pozzato, N. Redaschi, C. Rivoire, B. Roechert, M. Schneider, C. Sigrist, K. Sonesson, S. Staehli, E. Stanley, A. Stutz, S. Sundaram, M. Tognolli, L. Verbregue, Veuthey Al, Wu Ch, Arighi Cn, L. Arminski, Barker Wc, C. Chen, Y. Chen, P. Dubey, He Huang, R. Mazumder, P. Mcgarvey, Natale Da, Natarajan Tg, J. Nchoutmboube, Roberts Nv, Suzek Be, U. Ugochukwu, Vinayaka Cr, Q. Wang, Y. Wang, Yeh Ls, J. Zhang
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2011, 39 (Database issue), pp.D214-9. 〈10.1093/nar/gkq1020〉
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titre
PhEVER: a database for the global exploration of virus-host evolutionary relationships.
auteur
Leonor Palmeira, Simon Penel, Vincent Lotteau, Chantal Rabourdin-Combe, Christian Gautier
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2011, 39 (Database issue), pp.D569-75. 〈10.1093/nar/gkq1013〉
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titre
CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.
auteur
Augusto F Vellozo, Amélie S Véron, Patrice Baa-Puyoulet, Jaime Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, Angela E Douglas, Toni Gabaldón, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
article
Database (Weston, Conn.) (Weston, Conn.), Oxford Journals, 2011, 2011, pp.bar008. 〈10.1093/database/bar008〉
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titre
A genomic reappraisal of symbiotic function in the aphid/Buchnera symbiosis: reduced transporter sets and variable membrane organisations.
auteur
Hubert Charles, Séverine Balmand, Araceli Lamelas, Ludovic Cottret, Vicente Pérez-Brocal, Béatrice Burdin, Amparo Latorre, Gérard Febvay, Stefano Colella, Federica Calevro, Yvan Rahbé
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (12), pp.e29096. 〈10.1371/journal.pone.0029096〉
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titre
The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex
auteur
Teva Vernoux, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Valérie Morin, Hilde Daele, Jonathan Legrand, Marina Oliva, Pradeep Das, Antoine Larrieu, Darren Wells, Yann Guédon, Lynne Armitage, Franck Picard, Soazig Guyomarch, Coralie Cellier, Geraint Parry, Rachil Koumproglou, John H. Doonan, Mark Estelle, Christophe Godin, Stefan Kepinski, Malcolm Bennett, Lieven Veylder, Jan Traas
article
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2011, 7 (508), 〈10.1038/msb.2011.39〉
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https://hal.inria.fr/hal-00828880/file/msb201139.pdf BibTex
titre
Genetic diversity and lineage dynamic of dengue virus serotype 1 (DENV-1) in Cambodia
auteur
Veasna Duong, Cameron Simmons, Laurent Gavotte, Alain Viari, Sivuth Ong, Ngan Chantha, Niall J. Lennon, Bruce W. Birren, Sirenda Vong, Jeremy J. Farrar, Matthew R. Henn, Vincent Deubel, Roger Frutos, Philippe Buchy
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2011, N/A (N/A), pp.N/A. 〈10.1016/j.meegid.2011.06.019〉
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https://hal-riip.archives-ouvertes.fr/pasteur-00805484/file/Genetic_diversity_and_lineage_dynamic_of_dengue_virus_serotype_1_DENV-1_in_Cambodia_D_Veasna_2011_.pdf BibTex
titre
A dynamic programming algorithm for the tree mapping problem
auteur
C.E. Ferreira, A. S. Freire, G. A. Puglia
article
Electronic Notes in Discrete Mathematics, Elsevier, 2011, pp.147-152
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BibTex
titre
Bacterial syntenies: an exact approach with gene quorum.
auteur
Yves-Pol Deniélou, Marie-France Sagot, Frédéric Boyer, Alain Viari
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12, pp.193. 〈10.1186/1471-2105-12-193〉
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titre
Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
auteur
Amélie Véron, Claire Lemaitre, Christian Gautier, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2011, 12 (1), pp.303. 〈10.1186/1471-2164-12-303〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784423/file/1471-2164-12-303.pdf BibTex
titre
Exploring the symbiotic pangenome of the nitrogen-fixing bacterium Sinorhizobium meliloti.
auteur
Marco Galardini, Alessio Mengoni, Matteo Brilli, Francesco Pini, Antonella Fioravanti, Susan Lucas, Alla Lapidus, Jan-Fang Cheng, Lynne Goodwin, Samuel Pitluck, Miriam Land, Loren Hauser, Tanja Woyke, Natalia Mikhailova, Natalia Ivanova, Hajnalka Daligault, David Bruce, Chris Detter, Roxanne Tapia, Cliff Han, Hazuki Teshima, Stefano Mocali, Marco Bazzicalupo, Emanuele G Biondi
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2011, 12, pp.235. 〈10.1186/1471-2164-12-235〉
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titre
Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.
auteur
Aïda Ouangraoua, Eric Tannier, Cedric Chauve
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27, pp.2664-2671
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titre
Identification of metabolic network models from incomplete high-throughput datasets
auteur
Sara Berthoumieux, Matteo Brilli, Hidde Jong, Daniel Kahn, Eugenio Cinquemani
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27, pp.i186-i195. 〈10.1093/bioinformatics/btr225〉
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Conference papers

titre
Finding Long and Multiple Repeats with Edit Distance
auteur
Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
The Prague Stringology Conference 2011, Aug 2011, Prague, Czech Republic. 2011
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titre
Partial enumeration of solutions traces for the problem of sorting by signed reversals
auteur
Christian Baudet, Zanoni Dias
article
Proceedings of the 2nd ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine, Aug 2011, Chicago, United States. ACM, pp.505–507, 2011, 〈10.1145/2147805.2147884〉
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titre
ArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
auteur
Marie-France Sagot, Patrice Baa-Puyoulet, Augusto F Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, T. Gabaldon, Hubert Charles, Stefano Colella
article
5th Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity”, Jun 2011, Kansas City, United States. 2011
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titre
Metabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis
auteur
Cecilia Klein, Ludovic Cottret, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana T Vasconcelos, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
article
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics, 2011, Berlin, Germany. 2011
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titre
Initial metabolic reconstruction of Klebsiella pneumoniae Kp13, a multidrug resistant pathogen involved in nosocomial outbreaks in Brazil
auteur
P. Ivan, Cecilia Klein, Ludovic Cottret, Ana T Vasconcelos, Ac Gales, Marie-France Sagot, M. Nicolas
article
X-meeting, 2011, Florianópolis, Brazil. 2011
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titre
Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development
auteur
Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, Yvan Rahbé, Patrice Baa-Puyoulet, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
article
Sixth International Symposium on Molecular Insect Science, 2011, Amsterdam, Netherlands. 2011
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titre
A New Algorithm for Sparse Suffix Trees
auteur
Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, Alair Pereira Do Lago
article
Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2011, Brasília, Brazil. 2011, 〈http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2032977〉
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titre
NGS without a reference genome, comparison and visualisation of non assembled data
auteur
Vincent Lacroix
article
Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), 2011, Paris, France. 2011
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BibTex
titre
Telling Stories
auteur
Vicente Acuña, Etienne Birmele, Ludovic Cottret, Pierluigi Crescenzi, Fabien Jourdan, Vincent Lacroix, Alberto Marchetti-Spaccamela, Andrea Marino, Paulo Vieira Milreu, Marie-France Sagot, Leen Stougie
article
ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA), 2011, Zurich, Switzerland. 2011, 〈10.1016/j.tcs.2012.07.023〉
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BibTex
titre
RNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
auteur
M.-C. Carpentier, J. Charif, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot, Fabrice Vavre
article
JOBIM, 2011, Paris, France. 2011
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Etude structurelle des réseaux : modèles aléatoires, motifs et cycles.
auteur
Etienne Birmele
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université d’Evry-Val d’Essonne, 2011
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Reports

titre
kisSplice, détection d’évènements d’épissages alternatifs dans les données RNA-seq
auteur
Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, J. Kielbassa, Pavlos Antoniou, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
article
[Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12
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https://hal.inria.fr/hal-00654249/file/RR-7852.pdf BibTex
titre
Identification of metabolic network models from incomplete high-throughput datasets
auteur
Sara Berthoumieux, Matteo Brilli, Hidde De Jong, Kahn Daniel, Eugenio Cinquemani
article
[Research Report] RR-7524, INRIA. 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00561999/file/RR-7524.pdf BibTex

Theses

titre
Expression et évolution du phénotype étendu dans une association parasitoïde-virus
auteur
Julien Martinez
article
Sciences agricoles. Université Claude Bernard – Lyon I, 2011. Français. 〈NNT : 2011LYO10329〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00751985/file/TH2011_Martinez_Julien.pdf BibTex
titre
Efficient algorithms for the identification of miRNA motifs in DNA sequences
auteur
Nuno D Mendes
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. UNIVERSIDADE TECNICA DE LISBOA INSTITUTO SUPERIOR TECNICO, 2011. English
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titre
The evolution of recombination and genomic structures: a modeling approach.
auteur
Alexandra Popa
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2011. English
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2010

Journal articles

titre
Cyt toxin expression reveals an inverse regulation of insect and plant virulence factors of Dickeya dadantii.
auteur
Denis Costechareyre, Bedis Dridi, Yvan Rahbé, Guy Condemine
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2010, 12 (12), pp.3290-301. 〈10.1111/j.1462-2920.2010.02305.x〉
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titre
Do variable compensatory mechanisms explain the polymorphism of the dependence phenotype in the Asobara tabida-wolbachia association?
auteur
Natacha Kremer, Franck Dedeine, Delphine Charif, Cédric Finet, Roland Allemand, Fabrice Vavre
article
Evolution, Wiley, 2010, 64 (10), pp.2969-79. 〈10.1111/j.1558-5646.2010.01034.x〉
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titre
The transmission efficiency of tomato yellow leaf curl virus by the whitefly Bemisia tabaci is correlated with the presence of a specific symbiotic bacterium species.
auteur
Yuval Gottlieb, Einat Zchori-Fein, Netta Mozes-Daube, Svetlana Kontsedalov, Marisa Skaljac, Marina Brumin, Iris Sobol, Henryk Czosnek, Fabrice Vavre, Frédéric Fleury, Murad Ghanim
article
Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2010, 84 (18), pp.9310-7. 〈10.1128/JVI.00423-10〉
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titre
Genes devoid of full-length transposable element insertions are involved in development and in the regulation of transcription in human and closely related species.
auteur
Hussein Mortada, Cristina Vieira, Emmanuelle Lerat
article
Journal of Molecular Evolution, Springer Verlag, 2010, 71 (3), pp.180-91. 〈10.1007/s00239-010-9376-5〉
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titre
Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
auteur
Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, Marie-France Sagot
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (15), pp.1897-8. 〈10.1093/bioinformatics/btq301〉
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titre
MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.
auteur
Ludovic Cottret, David Wildridge, Florence Vinson, Michael P Barrett, Hubert Charles, Marie-France Sagot, Fabien Jourdan
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. 〈10.1093/nar/gkq312〉
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titre
Binding properties of the N-acetylglucosamine and high-mannose N-glycan PP2-A1 phloem lectin in Arabidopsis.
auteur
Julie Beneteau, Denis Renard, Laurent Marché, Elise Douville, Laurence Lavenant, Yvan Rahbé, Didier Dupont, Françoise Vilaine, Sylvie Dinant
article
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2010, 153 (3), pp.1345-61. 〈10.1104/pp.110.153882〉
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titre
Jumping genes and epigenetics: Towards new species.
auteur
Rita Rebollo, Béatrice Horard, Benjamin Hubert, Cristina Vieira
article
Gene, Elsevier, 2010, 454 (1-2), pp.1-7. 〈10.1016/j.gene.2010.01.003〉
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titre
A note on the complexity of finding and enumerating elementary modes.
auteur
Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Marie-France Sagot, Leen Stougie
article
BioSystems, Elsevier, 2010, 99 (3), pp.210-4. 〈10.1016/j.biosystems.2009.11.004〉
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titre
Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola.
auteur
A. C. C. Wilson, P. D. Ashton, F. Calevro, H. Charles, S. Colella, G. Febvay, G. Jander, P. F. Kushlan, S. J. Macdonald, J. F. Schwartz, G. H. Thomas, A. E. Douglas
article
Insect Molecular Biology, Wiley, 2010, 19 Suppl 2, pp.249-58. 〈10.1111/j.1365-2583.2009.00942.x〉
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titre
Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
auteur
Iagc The International Aphid Genomics Consortium, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella, Gérard Febvay, Caroline Anselme, Abdelaziz Heddi, Carole Vincent-Monégat, Yvan Rahbé, A. Vellozo, Marie-France Sagot
article
PLoS Biology, Public Library of Science, 2010, 8 (2), pp.e1000313. 〈10.1371/journal.pbio.1000313〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00459970/file/IAGC_2010-Xxx.pdf BibTex
titre
Immunity and other defenses in pea aphids, Acyrthosiphon pisum.
auteur
Nicole M Gerardo, Boran Altincicek, Caroline Anselme, Hagop Atamian, Seth M Barribeau, Martin De Vos, Elizabeth Duncan, Jay D Evans, Toni Gabaldon, Murad Ghanim, Adelaziz Heddi, Isgouhi Kaloshian, Amparo Latorre, Andres Moya, Atsushi Nakabachi, Benjamin J Parker, Vincente Perez-Brocal, Miguel Pignatelli, Yvan Rahbe, John S Ramsey, Chelsea Spragg, Javier Tamames, Daniel Tamarit, Cecilia Tamborindeguy, Caroline Vincent-Monegat, Andreas Vilcinskas
article
Genome Biology, BioMed Central, 2010, 11 (2), pp.R21. 〈10.1186/gb-2010-11-2-r21〉
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titre
Graph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.
auteur
Ludovic Cottret, Paulo Vieira Milreu, Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Hubert Charles, Marie-France Sagot
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2010, 6 (9), epub ahead of print. 〈10.1371/journal.pcbi.1000904〉
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titre
Exploring the evolutionary dynamics of plasmids: the Acinetobacter pan-plasmidome
auteur
M. Fondi, G. Bacci, M. Brilli, C.M. Papaelo, A. Mengoni, M. Vaneechoutte, L. Dijkshoorn, R. Fani
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2010, 10(59), pp.1-41
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titre
Comparative genomics of VirR regulons in Clostridium perfringens strains
auteur
A. Frandi, A. Mengoni, M. Brilli
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2010, –, pp.1-20
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titre
Intragenomic conflict in populations infected by Parthenogenesis Inducing Wolbachia ends with irreversible loss of sexual reproduction
auteur
R. Stouthamer, J.E. Russel, F. Vavre, L. Nunney
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2010, 10(229), pp.1-12
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titre
Intragenomic conflict in populations infected by Parthenogenesis Inducing Wolbachia ends with irreversible loss of sexual reproduction.
auteur
Richard Stouthamer, James E Russell, Fabrice Vavre, Leonard Nunney
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2010, 10, pp.229. 〈10.1186/1471-2148-10-229〉
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titre
Combination of measures distinguishes pre-miRNAs from other stem-loops in the genome of the newly sequenced Anopheles darlingi
auteur
Nuno Mendes, Ana Freitas, Ana Vasconcelos, Marie-France Sagot
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2010, 11 (1), pp.529. 〈http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=20920257〉. 〈10.1186/1471-2164-11-529〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784432/file/1471-2164-11-529.pdf BibTex
titre
Transcriptome analysis in non-model species: a new method for the analysis of heterologous hybridization on microarrays.
auteur
Cyril Degletagne, Céline Keime, Benjamin Rey, Marc De Dinechin, Fabien Forcheron, Paul Chuchana, Pierre Jouventin, Christian Gautier, Claude Duchamp
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2010, 11, pp.344. 〈10.1186/1471-2164-11-344〉
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titre
Structure and dynamics of the operon map of Buchnera aphidicola sp. strain APS.
auteur
Lilia Brinza, Federica Calevro, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Christian Gautier, Hubert Charles
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2010, 11, pp.666. 〈10.1186/1471-2164-11-666〉
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titre
The diversity and evolution of cell cycle regulation in alpha-proteobacteria: a comparative genomic analysis.
auteur
Matteo Brilli, Marco Fondi, Renato Fani, Alessio Mengoni, Lorenzo Ferri, Marco Bazzicalupo, Emanuele G Biondi
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2010, 4, pp.52. 〈10.1186/1752-0509-4-52〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00682798/file/Brilli_et_al._-_2010_-_The_diversity_and_evolution_of_cell_cycle_regulation_in_alpha-proteobacteria_a_comparative_genomic_analysis._copy.pdf BibTex

Conference papers

titre
Identifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
auteur
Pierre Peterlongo, Nicolas Schnel, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
String Processing and Information Retrieval, Oct 2010, Los Cabos, Mexico. 2010, Lecture Notes in Computer Science
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https://hal.inria.fr/inria-00514887/file/kisSnp_spire_reviewed.pdf BibTex
titre
Enumerating Chemical Organisations in Consistent Metabolic Networks: Complexity and Algorithms
auteur
Paulo Milreu, Vicente Acuña, Etienne Birmelé, Pierluigi Crescenzi, Alberto Marchetti-Spaccamela, Marie-France Sagot, Leen Stougie, Vincent Lacroix
article
Moulton, Vincent and Singh, Mona. Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2010, Liverpool, United Kingdom. Springer Berlin Heidelberg, 6293, pp.226-237, 2010, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-15294-8_19〉
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https://hal.inria.fr/hal-00751339/file/Enumerating_Chemical_Organisations_in_Consistent_Networks_Milreu_et_al_2010_.pdf BibTex
titre
Characterization of partenogenetic embryo development in the context of symbiosis using transcriptome analysis in the pea aphid model
auteur
Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
article
EMBO Workshop on Systems Biology of Development, Aug 2010, Ascona, Switzerland. 1 p., 2010
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titre
Mod/Resc Parsimony Inference
auteur
Igor Nor, Danny Hermelin, Sylvain Charlat, Jan Engelstadter, Max Reuter, Olivier Duron, Marie-France Sagot
article
Combinatorial Pattern Matching, Jun 2010, New York, United States. Springer Verlag, 6129, pp.202–213, 2010, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-13509-5_19〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00681830/file/Mod-Resc.pdf BibTex
titre
An improved algorithm to enumerate all traces that sort a signed permutation by reversals
auteur
Christian Baudet, Zanoni Dias
article
ACM. ACM Symposium on Applied Computing (SAC), Mar 2010, Sierre, Switzerland. pp.1521-1525, 2010, 〈10.1145/1774088.1774416〉
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titre
Chronological order of reversal events on Rickettsia genus
auteur
Christian Baudet, Zanoni Dias
article
Proceedings of the International Symposium on Biocomputing, Feb 2010, Calicut, Kerala, India. ACM, pp.1:1–1:5, 2010, 〈10.1145/1722024.1722026〉
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titre
The carbon assimilation network in Escherichia coli is densely connected and largely sign-determined by directions of metabolic fluxes
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Yves Markowicz, Daniel Kahn, Hans Geiselmann, Hidde Jong
article
Actes des Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2010), 2010, Montpellier, France. pp.11-12, 2010
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Book sections

titre
Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN
auteur
Hubert Charles, Federica Calevro
article
Denis Tagu and Jean-Loup Risler. Bioinformatique : Principes d’utilisation des outils, Edition Quae, pp.190-198, 2010
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Master thesis

titre
Annotation et évolution des familles de transporteurs chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum
auteur
N. Parisot
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2010
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titre
Analyse différentielle et classification de l’expression des gènes du puceron du pois A. pisum au cours du développement embryonnaire
auteur
P. Masselot
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2010
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Poster communications

titre
A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources
auteur
Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, Patrice Bâa-Puyoulet, Marie-France Sagot, Toni Gabaldon, Olivier Collin, Hubert Charles, Denis Tagu
article
10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010
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Theses

titre
Exploration et inférence du réseau de régulation de la transcription de la bactérie symbiotique intracellulaire à génome réduit Buchnera aphidicola
auteur
Lilia Brinza
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. INSA de Lyon, 2010. Français
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titre
Alignement Multiple de Données Génomiques et Post-Génomiques : Approches Algorithmiques
auteur
Yves-Pol Denielou
article
Autre [cs.OH]. Université de Grenoble, 2010. Français
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titre
Models and algorithms for metabolic networks: elementary modes and precursor sets
auteur
Vicente Acuña
article
Algorithme et structure de données [cs.DS]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2010. Français
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2009

Journal articles

titre
Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
auteur
Lilia Brinza, José Viñuelas, Ludovic Cottret, Federica Calevro, Yvan Rahbé, Gérard Febvay, Gabrielle Duport, Stefano Colella, Andréane Rabatel, Christian Gautier, Jean-Michel Fayard, Marie-France Sagot, Hubert Charles
article
Comptes Rendus Biologies, Elsevier Masson, 2009, 332 (11), pp.1034-49. 〈10.1016/j.crvi.2009.09.007〉
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titre
Student’s Performance and Satisfaction with Web vs. paper-based practice quizzes and lecture notes
auteur
Mônica Macedo-Rouet, Muriel Ney, Sandrine Charles, Geneviève Lallich-Boidin
article
Computers and Education, Elsevier, 2009, 53 (2), pp. 375-384. 〈10.1016/j.compedu.2009.02.013〉
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titre
Global analysis of DNA methylation and transcription of human repetitive sequences.
auteur
Béatrice Horard, Angéline Eymery, Geneviève Fourel, Nikita Vassetzky, Jacques Puechberty, Gérard Roizes, Kevin Lebrigand, Pascal Barbry, Aurélie Laugraud, Christian Gautier, Elsa Ben Simon, Frédéric Devaux, Frédérique Magdinier, Claire Vourc’H, Eric Gilson
article
Epigenetics, Taylor & Francis, 2009, 4 (5), pp.339-50
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BibTex
titre
Genomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila.
auteur
Marie Fablet, Emmanuelle Lerat, Rita Rebollo, Béatrice Horard, Nelly Burlet, Sonia Martinez, Emilie Brasset, Eric Gilson, Chantal Vaury, Cristina Vieira
article
FASEB Journal, Federation of American Society of Experimental Biology, 2009, 23 (5), pp.1482-9. 〈10.1096/fj.08-123513〉
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BibTex
titre
Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance
auteur
Pierre Peterlongo, Gustavo Sacomoto, Alair Do Lago, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2009, 4 (1), pp.3. 〈10.1186/1748-7188-4-3〉
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titre
Overexpression of transcription factor Sp1 leads to gene expression perturbations and cell cycle inhibition.
auteur
Emmanuelle Deniaud, Joël Baguet, Roxane Chalard, Bariza Blanquier, Lilia Brinza, Julien Meunier, Marie-Cécile Michallet, Aurélie Laugraud, Claudette Ah-Soon, Anne Wierinckx, Marc Castellazzi, Joël Lachuer, Christian Gautier, Jacqueline Marvel, Yann Leverrier
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2009, 4 (9), pp.e7035. 〈10.1371/journal.pone.0007035〉
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BibTex
titre
Multichromosomal median and halving problems under different genomic distances
auteur
Eric Tannier, Chunfang Zheng, David Sankoff
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10 (1), pp.120. 〈10.1186/1471-2105-10-120〉
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titre
The evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes.
auteur
Adriana Granzotto, Fabrício R Lopes, Emmanuelle Lerat, Cristina Vieira, Claudia M A Carareto
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2009, 9, pp.174. 〈10.1186/1471-2148-9-174〉
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BibTex
titre
Analysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation
auteur
Claire Lemaitre, Lamia Zaghloul, Marie-France Sagot, Christian Gautier, Alain Arneodo, Eric Tannier, Benjamin Audit
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2009, 10 (1), pp.335. 〈10.1186/1471-2164-10-335〉
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Conference papers

titre
Multiple alignment of biological networks: A flexible approach
auteur
Yves-Pol Deniélou, Frédéric Boyer, Marie-France Sagot, Alain Viari
article
Combinatorial Pattern Matching (CPM), Jun 2009, Lille, France. 5577, pp.263-273, 2009, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-02441-2_23〉
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titre
The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism
auteur
Stefano Colella, A. Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, A.E. Douglas, Marie-France Sagot, Hubert Charles
article
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium “Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France
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titre
A model aphid bacterial pathogen: the phytopathogen Dickeya dadantii (Erwinia chrysanthemi) and its insect-specific virulence factors
auteur
Y. Rahbé, D. Costechareyre, S. Balmand, G. Condemine
article
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1, 2009
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titre
AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
auteur
S. Colella, A. Vellozo, L. Cottret, G. Febvay, F. Calevro, Y. Rahbé, M.F. Sagot, H. Charles
article
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1, 2009
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titre
CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases
auteur
A. Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, A. Veron, Jaime Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, Toni Gabaldón, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
article
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France
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2006

Journal articles

titre
Coding with variable block maps
auteur
Gilles Didier, Vicente Acuña, Alejandro Maass
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2006, 369 (1-3), pp.396 – 405. 〈10.1016/j.tcs.2006.09.024〉
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Conference papers

titre
Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006)
auteur
L. Cottret, L. Brinza, J. Vinuelas, G. Duport, F. Calevro, G. Febvay, Y. Rahbé, J.M. Fayard, H. Charles
article
Journée INRA-INRIA “Insertion des mathématiques dans les approches biologiques : du gène à l’organisme”, 2006, Lyon (France), décembre 2006, France. pp.1-1, 2006
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2004

Journal articles

titre
Bioinformatique et protéomique
auteur
Alain Viari
article
Interstices, INRIA, 2004
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