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2023
Journal articles
- titre
- Succinct representation for (non)deterministic finite automata
- auteur
- Sankardeep Chakraborty, Roberto Grossi, Kunihiko Sadakane, Srinivasa Rao Satti
- article
- Journal of Computer and System Sciences, 2023, 131, pp.1-12. ⟨10.1016/j.jcss.2022.07.002⟩
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-
2022
Journal articles
- titre
- Mutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex
- auteur
- Fatimat Almentina Ramos Shidi, Audric Cologne, Marion Delous, Alicia Besson, Audrey Putoux, Anne-Louise Leutenegger, Vincent Lacroix, Patrick Edery, Sylvie Mazoyer, Rémy Bordonné
- article
- Nucleic Acids Research, 2022, ⟨10.1093/nar/gkac1182⟩
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-
- titre
- Efficiently sparse listing of classes of optimal cophylogeny reconciliations
- auteur
- Yishu Wang, Arnaud Mary, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2022, 17 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s13015-022-00206-y⟩
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-
- titre
- Efficient compartmentalization in insect bacteriomes protects symbiotic bacteria from host immune system
- auteur
- Mariana Galvão Ferrarini, Elisa Dell’aglio, Agnès Vallier, Séverine Balmand, Carole Vincent-Monégat, Sandrine Hughes, Benjamin Gillet, Nicolas Parisot, Anna Zaidman-Rémy, Cristina Vieira, Abdelaziz Heddi, Rita Rebollo
- article
- Microbiome, 2022, 10 (1), pp.156. ⟨10.1186/s40168-022-01334-8⟩
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-
- titre
- All-pairs suffix/prefix in optimal time using Aho-Corasick space
- auteur
- Grigorios Loukides, Solon P Pissis
- article
- Information Processing Letters, 2022, 178, pp.106275. ⟨10.1016/j.ipl.2022.106275⟩
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-
- titre
- Proximity Search for Maximal Subgraph Enumeration
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Takeaki Uno, Luca Versari
- article
- SIAM Journal on Computing, 2022, 51 (5), pp.1580-1625. ⟨10.1137/20M1375048⟩
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-
- titre
- BrumiR: A toolkit for de novo discovery of microRNAs from sRNA-seq data
- auteur
- Carol Moraga, Evelyn Sanchez, Mariana Galvão Ferrarini, Rodrigo A Gutierrez, Elena A Vidal, Marie-France Sagot
- article
- GigaScience, 2022, 11, ⟨10.1093/gigascience/giac093⟩
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-
- titre
- SMAD2/3 mediate oncogenic effects of TGF-β in the absence of SMAD4
- auteur
- Adrien Bertrand-Chapel, Cassandre Caligaris, Tanguy Fenouil, Clara Savary, Sophie Aires, Sylvie Martel, Paul Huchedé, Christelle Chassot, Véronique Chauvet, Victoire Cardot-Ruffino, Anne-Pierre Morel, Fabien Subtil, Kayvan Mohkam, Jean-Yves Mabrut, Laurie Tonon, Alain Viari, Philippe Cassier, Valérie Hervieu, Marie Castets, Alain Mauviel, Stéphanie Sentis, Laurent Bartholin
- article
- Communications Biology, 2022, 5 (1), pp.1068. ⟨10.1038/s42003-022-03994-6⟩
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-
- titre
- Alterations in Homologous Recombination-Related Genes and Distinct Platinum Response in Metastatic Triple-Negative Breast Cancers: A Subgroup Analysis of the ProfiLER-01 Trial
- auteur
- Elise Bonnet, Véronique Haddad, Stanislas Quesada, Kim-Arthur Baffert, Audrey Lardy-Cléaud, Isabelle Treilleux, Daniel Pissaloux, Valéry Attignon, Qing Wang, Adrien Buisson, Pierre-Etienne Heudel, Thomas Bachelot, Armelle Dufresne, Lauriane Eberst, Philippe Toussaint, Valérie Bonadona, Christine Lasset, Alain Viari, Emilie Sohier, Sandrine Paindavoine, Valérie Combaret, David Pérol, Isabelle Ray-Coquard, Jean-Yves Blay, Olivier Trédan
- article
- Journal of Personalized Medicine, 2022, 12, pp.1595. ⟨10.3390/jpm12101595⟩
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-
- titre
- Approximation Algorithms for Replenishment Problems with Fixed Turnover Times
- auteur
- Thomas Bosman, Martijn van Ee, Yang Jiao, Alberto Marchetti-Spaccamela, R. Ravi, Leen Stougie
- article
- Algorithmica, 2022, 84 (9), pp.2597-2621. ⟨10.1007/s00453-022-00974-4⟩
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-
- titre
- On the domination number of t-constrained de Bruijn graphs
- auteur
- Tiziana Calamoneri, Angelo Monti, Blerina Sinaimeri
- article
- Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 2022
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-
- titre
- Genetic Analysis of Lung Cancer and the Germline Impact on Somatic Mutation Burden
- auteur
- Aurélie a G Gabriel, Joshua R Atkins, Ricardo C C Penha, Karl Smith-Byrne, Valerie Gaborieau, Catherine Voegele, Behnoush Abedi-Ardekani, Maja Milojevic, Robert Olaso, Vincent Meyer, Anne Boland, Jean François Deleuze, David Zaridze, Anush Mukeriya, Beata Swiatkowska, Vladimir Janout, Miriam Schejbalová, Dana Mates, Jelena Stojšić, Miodrag Ognjanovic, John S Witte, Sara R Rashkin, Linda Kachuri, Rayjean J Hung, Siddhartha Kar, Paul Brennan, Anne-Sophie Sertier, Anthony Ferrari, Alain Viari, Mattias Johansson, Christopher I Amos, Matthieu Foll, James D Mckay
- article
- JNCI: Journal of the National Cancer Institute, 2022, 114 (8), pp.1159-1166. ⟨10.1093/jnci/djac087⟩
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-
- titre
- Immune and Genetic Signatures of Breast Carcinomas Triggering Anti-Yo–Associated Paraneoplastic Cerebellar Degeneration
- auteur
- Elise Peter, Isabelle Treilleux, Valentin Wucher, Emma Jougla, Alberto Vogrig, Daniel Pissaloux, Sandrine Paindavoine, Justine Berthet, Géraldine Picard, Véronique Rogemond, Marine Villard, Clémentine Vincent, Laurie Tonon, Alain Viari, Jérôme Honnorat, Bertrand Dubois, Virginie Desestret
- article
- Neurology Neuroimmunology & Neuroinflammation, 2022, 9 (5), pp.e200015. ⟨10.1212/nxi.0000000000200015⟩
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-
- titre
- CALDERA: Finding all significant de Bruijn subgraphs for bacterial GWAS
- auteur
- Hector Roux de Bézieux, Leandro Lima, Fanny Perraudeau, Arnaud Mary, Sandrine Dudoit, Laurent Jacob
- article
- Bioinformatics, 2022, ⟨10.1093/bioinformatics/btac238⟩
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-
- titre
- Elastic-Degenerate String Matching via Fast Matrix Multiplication
- auteur
- Giulia Bernardini, Paweł Gawrychowski, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
- article
- SIAM Journal on Computing, 2022, 51 (3), pp.549-576. ⟨10.1137/20M1368033⟩
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-
- titre
- Efficient Computation of Sequence Mappability
- auteur
- Panagiotis Charalampopoulos, Costas Iliopoulos, Tomasz Kociumaka, Solon Pissis, Jakub Radoszewski, Juliusz Straszyński
- article
- Algorithmica, 2022, 84 (5), pp.1418-1440. ⟨10.1007/s00453-022-00934-y⟩
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-
- titre
- A duality based 2-approximation algorithm for maximum agreement forest
- auteur
- Neil Olver, Frans Schalekamp, Suzanne van Der Ster, Leen Stougie, Anke van Zuylen
- article
- Mathematical Programming, 2022, ⟨10.1007/s10107-022-01790-y⟩
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-
- titre
- Hide and Mine in Strings: Hardness, Algorithms, and Experiments
- auteur
- Giulia Bernardini, Alessio Conte, Garance Gourdel, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giulia Punzi, Leen Stougie, Michelle Sweering
- article
- IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2022, pp.1-6. ⟨10.1109/TKDE.2022.3158063⟩
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-
- titre
- Clustering sequence graphs
- auteur
- Haodi Zhong, Grigorios Loukides, Solon P Pissis
- article
- Data and Knowledge Engineering, 2022, 138, pp.101981. ⟨10.1016/j.datak.2022.101981⟩
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-
- titre
- Totoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations
- auteur
- Mariana Galvão Ferrarini, Irene Ziska, Ricardo Andrade, Alice Julien-Laferrière, Louis Duchemin, Roberto Marcondes César, Arnaud Mary, Susana Vinga, Marie-France Sagot
- article
- Frontiers in Genetics, 2022, 13, pp.1-12. ⟨10.3389/fgene.2022.815476⟩
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-
- titre
- High Stability of the Epigenome in Drosophila Interspecific Hybrids
- auteur
- Alejandra Bodelón, Marie Fablet, Philippe Veber, Cristina Vieira, Maria Pilar García Guerreiro
- article
- Genome Biology and Evolution, 2022, 14 (2), ⟨10.1093/gbe/evac024⟩
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-
Conference papers
- titre
- Reconstructing Phylogenetic Networks via Cherry Picking and Machine Learning
- auteur
- Giulia Bernardini, Leo van Iersel, Esther Julien, Leen Stougie
- article
- WABI 2022 – 2nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2022, Potsdam, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2022.16⟩
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-
- titre
- Making de Bruijn Graphs Eulerian
- auteur
- Giulia Bernardini, Huiping Chen, Grigorios Loukides, Solon P Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
- article
- CPM 2022 – 33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2022, Prague, Czech Republic. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2022.12⟩
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-
- titre
- Longest Palindromic Substring in Sublinear Time
- auteur
- Panagiotis Charalampopoulos, Solon P Pissis, Jakub Radoszewski
- article
- 33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), 2022, Prague, Czech Republic. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2022.20⟩
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-
- titre
- Elastic-Degenerate String Matching with 1 Error
- auteur
- Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
- article
- LATIN 2022: Theoretical Informatics, 2022, Guanajuato, Mexico. pp.20-37, ⟨10.1007/978-3-031-20624-5_2⟩
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-
- titre
- phyBWT: Alignment-Free Phylogeny via eBWT Positional Clustering
- auteur
- Veronica Guerrini, Alessio Conte, Roberto Grossi, Gianni Liti, Giovanna Rosone, Lorenzo Tattini
- article
- WABI 2022 – 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, 2022, Berlin/Postdam, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2022.23⟩
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-
- titre
- Polynomial Delay Algorithm for Minimal Chordal Completions
- auteur
- Caroline Brosse, Vincent Limouzy, Arnaud Mary
- article
- 49th International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP), 2022, Paris, France. ⟨10.4230/LIPIcs.ICALP.2022.33⟩
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-
- titre
- Approximate Circular Pattern Matching
- auteur
- Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Solon P Pissis, Wojciech Rytter, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
- article
- ESA 2022 – 30th Annual European Symposium on Algorithms, 2022, Berlin/Potsdam, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.ESA.2022.35⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- On Strings Having the Same Length-k Substrings
- auteur
- Giulia Bernardini, Alessio Conte, Esteban Gabory, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Solon P Pissis, Giulia Punzi, Michelle Sweering
- article
- 33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), 2022, Prague, Czech Republic. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2022.16⟩
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-
- titre
- Computing the 4-Edge-Connected Components of a Graph: An Experimental Study
- auteur
- Loukas Georgiadis, Giuseppe F Italiano, Evangelos Kosinas
- article
- ESA 2022 – 30th Annual European Symposium on Algorithms, 2022, Berlin/Potsdam, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.ESA.2022.60⟩
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-
Poster communications
- titre
- High-throughput genomics and transcriptomics to decipher host-symbiont molecular dialogue in the cereal weevil Sitophilus oryzae andSodalis pierantonius endosymbiotic association
- auteur
- Nicolas Parisot, Mariana Galvão Ferrarini, Clément Goubert, Carlos Vargas-Chávez, Agnès Vallier, Benjamin Gillet, Sandrine Hughes, Patrice Baa-Puyoulet, Hubert Charles, Federica Calevro, Rosario Gil, Amparo Latorre, Cristina Vieira, R. Rebollo, Abdelaziz Heddi
- article
- ISS 2022 – 10th Congress of the International Symbiosis Society, Jul 2022, Lyon, France
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Phyloformer: towards fast and accurate phylogeny estimation with self-attention networks
- auteur
- Luca Nesterenko, Bastien Boussau, Laurent Jacob
- article
- 2022
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-
- titre
- Cophylogeny Reconstruction Allowing for Multiple Associations Through Approximate Bayesian Computation
- auteur
- Blerina Sinaimeri, Laura Urbini, Marie-France Sagot, Catherine Matias
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- IUPACpal: efficient identification of inverted repeats in IUPAC-encoded DNA sequences
- auteur
- Hayam Alamro, Mai Alzamel, Costas S Iliopoulos, Solon P Pissis, Steven Watts
- article
- BMC Bioinformatics, 2021, 22, pp.1-12. ⟨10.1186/s12859-021-03983-2⟩
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-
- titre
- The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae
- auteur
- Nicolas Parisot, Carlos Vargas-Chávez, Clément Goubert, Patrice Baa-Puyoulet, Séverine Balmand, Louis Beranger, Caroline Blanc, Aymeric Bonnamour, Matthieu Boulesteix, Nelly Burlet, Federica Calevro, Patrick Callaerts, Théo Chancy, Hubert Charles, Stefano Colella, André da Silva Barbosa, Elisa Dell’aglio, Alex Di Genova, Gérard Febvay, Toni Gabaldón, Mariana Galvão Ferrarini, Alexandra Gerber, Benjamin Gillet, Robert Hubley, Sandrine Hughes, Emmanuelle Jacquin-Joly, Justin Maire, Marina Marcet-Houben, Florent Masson, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Andrés Moya, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Gautier Richard, Jeb Rosen, Marie-France Sagot, Arian Smit, Jessica Storer, Carole Vincent-Monégat, Agnès Vallier, Aurélien Vigneron, Anna Zaidman-Remy, Waël Zamoum, Cristina Vieira, Rita Rebollo, Amparo Latorre, Abdelaziz Heddi
- article
- BMC Biology, 2021, 19 (1), pp.241. ⟨10.1186/s12915-021-01158-2⟩
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-
- titre
- Applicability of several rooted phylogenetic network algorithms for representing the evolutionary history of SARS-CoV-2
- auteur
- Rosanne Wallin, Leo van Iersel, Steven Kelk, Leen Stougie
- article
- BMC Ecology and Evolution, 2021, 21 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s12862-021-01946-y⟩
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-
- titre
- Molecular profile to guide personalized medicine in adult patients with primary brain tumors: results from the ProfiLER trial
- auteur
- Alice Bonneville-Levard, Didier Frappaz, Olivier Tredan, Emilie Lavergne, Véronique Corset, Vincent Agrapart, Sylvie Chabaud, Daniel Pissaloux, Qing Wang, Valery Attignon, Stéphanie Cartalat, François Ducray, Laure Thomas-Maisonneuve, Jérôme Honnorat, David Meyronet, Luc Taillandier, Marie Blonski, Alain Viari, Christian Baudet, Emilie Sohier, Sylvie Lantuejoul, Sandrine Paindavoine, Isabelle Treilleux, Christine Rodriguez, David Pérol, Jean-Yves Blay
- article
- Medical Oncology, 2021, 39 (1), pp.4. ⟨10.1007/s12032-021-01536-4⟩
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-
- titre
- Cytotype Affects the Capability of the Whitefly Bemisia tabaci MED Species To Feed and Oviposit on an Unfavorable Host Plant
- auteur
- Sylvain Benhamou, Isabelle Rahioui, Hélène Henri, Hubert Charles, Pedro da Silva, Abdelaziz Heddi, Fabrice Vavre, Emmanuel Desouhant, Federica Calevro, L. Mouton
- article
- mBio, 2021, 12 (6), pp.1-16. ⟨10.1128/mBio.00730-21⟩
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-
- titre
- Sampling hypergraphs with given degrees
- auteur
- Martin Dyer, Catherine Greenhill, Pieter Kleer, James Ross, Leen Stougie
- article
- Discrete Mathematics, 2021, 344 (11), pp.1-14. ⟨10.1016/j.disc.2021.112566⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification of driver genes for critical forms of COVID-19 in a deeply phenotyped young patient cohort
- auteur
- Raphael Carapito, Richard Li, Julie Helms, Christine Carapito, Sharvari Gujja, Véronique Rolli, Raony Guimaraes, Jose Malagon-Lopez, Perrine Spinnhirny, Alexandre Lederle, Razieh Mohseninia, Aurélie Hirschler, Leslie Muller, Paul Bastard, Adrian Gervais, Qian Zhang, François Danion, Yvon Ruch, Maleka Schenck, Olivier Collange, Thiên-Nga Chamaraux-Tran, Anne Molitor, Angélique Pichot, Alice Bernard, Ouria Tahar, Sabrina Bibi-Triki, Haiguo Wu, Nicodème Paul, Sylvain Mayeur, Annabel Larnicol, Géraldine Laumond, Julia Frappier, Sylvie Schmidt, Antoine Hanauer, Cécile Macquin, Tristan Stemmelen, Michael Simons, Xavier Mariette, Olivier Hermine, Samira Fafi-Kremer, Bernard Goichot, Bernard Drenou, Khaldoun Kuteifan, Julien Pottecher, Paul-Michel Mertes, Shweta Kailasan, M. Javad Aman, Elisa Pin, Peter Nilsson, Anne Thomas, Alain Viari, Damien Sanlaville, Francis Schneider, Jean Sibilia, Pierre-Louis Tharaux, Jean-Laurent Casanova, Yves Hansmann, Daniel Lidar, Mirjana Radosavljevic, Jeffrey Gulcher, Ferhat Meziani, Christiane Moog, Thomas Chittenden, Seiamak Bahram
- article
- Science Translational Medicine, 2021, pp.1-59. ⟨10.1126/scitranslmed.abj7521⟩
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-
- titre
- The Worldwide Invasion of Drosophila suzukii Is Accompanied by a Large Increase of Transposable Element Load and a Small Number of Putatively Adaptive Insertions
- auteur
- Vincent Mérel, Patricia Gibert, Inessa Buch, Valentina Rodriguez Rada, Arnaud Estoup, Mathieu Gautier, Marie Fablet, Matthieu Boulesteix, Cristina Vieira
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (10), pp.4252-4267. ⟨10.1093/molbev/msab155⟩
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-
- titre
- Algorithms for hierarchical and semi-partitioned parallel scheduling
- auteur
- Vincenzo Bonifaci, Gianlorenzo d’Angelo, Alberto Marchetti-Spaccamela
- article
- Journal of Computer and System Sciences, 2021, 120, pp.116-136. ⟨10.1016/j.jcss.2021.03.006⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimal algorithms for scheduling under time-of-use tariffs
- auteur
- Lin Chen, Nicole Megow, Roman Rischke, Leen Stougie, José Verschae
- article
- Annals of Operations Research, 2021, 304 (1-2), pp.85-107. ⟨10.1007/s10479-021-04059-3⟩
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-
- titre
- K-plex cover pooling for graph neural networks
- auteur
- Davide Bacciu, Alessio Conte, Roberto Grossi, Francesco Landolfi, Andrea Marino
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2021, 35, pp.2200 – 2220. ⟨10.1007/s10618-021-00779-z⟩
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-
- titre
- Efficient pattern matching in elastic-degenerate strings
- auteur
- Costas S Iliopoulos, Ritu Kundu, Solon P Pissis
- article
- Information and Computation, 2021, 279, pp.1-13. ⟨10.1016/j.ic.2020.104616⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Constructing Antidictionaries of Long Texts in Output-Sensitive Space
- auteur
- Lorraine a K Ayad, Golnaz Badkobeh, Gabriele Fici, Alice Héliou, Solon P Pissis
- article
- Theory of Computing Systems, 2021, 65 (5), pp.777-797. ⟨10.1007/s00224-020-10018-5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Maximum parsimony distance on phylogenetic trees: A linear kernel and constant factor approximation algorithm
- auteur
- Mark Jones, Steven Kelk, Leen Stougie
- article
- Journal of Computer and System Sciences, 2021, 117, pp.165-181. ⟨10.1016/j.jcss.2020.10.003⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dichloroacetate and Pyruvate Metabolism: Pyruvate Dehydrogenase Kinases as Targets Worth Investigating for Effective Therapy of Toxoplasmosis
- auteur
- Mariana Galvão Ferrarini, Lindice Mitie Nisimura, Richard Marcel Bruno Moreira Girard, Mayke Bezerra Alencar, Mariana Sayuri Ishikawa Fragoso, Carlla Assis Araújo-Silva, Alan de Almeida Veiga, Ana Paula Ressetti Abud, Sheila Cristina Nardelli, Rossiane C Vommaro, Ariel Mariano Silber, Marie-France Sagot, Andréa Rodrigues Ávila
- article
- MSphere, 2021, 6 (1), ⟨10.1128/mSphere.01002-20⟩
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-
- titre
- Circular pattern matching with k mismatches
- auteur
- Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Solon P Pissis, Jakub Radoszewski, Wojciech Rytter, Juliusz Straszyński, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
- article
- Journal of Computer and System Sciences, 2021, 115, pp.73-85. ⟨10.1016/j.jcss.2020.07.003⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Tight Bounds for Online TSP on the Line
- auteur
- Antje Bjelde, Yann Disser, Jan Hackfeld, Christoph Hansknecht, Maarten Lipmann, Julie Meissner, Kevin Schewior, Miriam Schlöter, Leen Stougie
- article
- ACM Transactions on Algorithms, 2021, 17 (1), pp.1-58. ⟨10.1145/3422362⟩
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-
- titre
- Influence maximization in the presence of vulnerable nodes: A ratio perspective
- auteur
- Huiping Chen, Grigorios Loukides, Solon P Pissis, Hau Chan
- article
- Theoretical Computer Science, 2021, 852, pp.84-103. ⟨10.1016/j.tcs.2020.11.020⟩
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-
- titre
- Local improvement algorithms for a path packing problem: A performance analysis based on linear programming
- auteur
- Koen M J de Bontridder, Bjarni V Halldórsson, Magnús M Halldórsson, Cor a J Hurkens, Jan Karel Lenstra, Ramamoorthi Ravi, Leen Stougie
- article
- Operations Research Letters, 2021, 49 (1), pp.62-68. ⟨10.1016/j.orl.2020.11.005⟩
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-
- titre
- A family of tree-based generators for bubbles in directed graphs
- auteur
- Vicente Acuña, Leandro Ishi Soares de Lima, Giuseppe F Italiano, Luca Pepè Sciarria, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- Journal of Graph Algorithms and Applications, 2021, 25 (1), pp.549-562. ⟨10.7155/jgaa.00572⟩
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-
- titre
- A comprehensive evaluation of binning methods to recover human gut microbial species from a non-redundant reference gene catalog
- auteur
- Marianne Borderes, Cyrielle Gasc, Emmanuel Prestat, Mariana Galvão Ferrarini, Susana Vinga, Lilia Boucinha, Marie-France Sagot
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2021, 3 (1), ⟨10.1093/nargab/lqab009⟩
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-
- titre
- Phenotypic and Transcriptomic Responses to Stress Differ According to Population Geography in an Invasive Species
- auteur
- Pierre Marin, Angelo Jaquet, Justine Picarle, Marie Fablet, Vincent Merel, Marie-Laure Delignette-Muller, Mariana Galvão Ferrarini, Patricia Gibert, Cristina Vieira
- article
- Genome Biology and Evolution, 2021, 13 (9), pp.evab208. ⟨10.1093/gbe/evab208⟩
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-
Conference papers
- titre
- Succinct Representation for (Non)Deterministic Finite Automata
- auteur
- Sankardeep Chakraborty, Roberto Grossi, Kunihiko Sadakane, Srinivasa Rao Satti
- article
- LATA 2021 – 15th International Conference on Language and Automata Theory and Applications, Sep 2021, Milan, Italy. pp.55-67, ⟨10.1007/978-3-030-68195-1_5⟩
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-
- titre
- Beyond the BEST Theorem: Fast Assessment of Eulerian Trails
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giulia Punzi
- article
- FCT 2021 – 23rd International Symposium on Fundamentals of Computation Theory, Sep 2021, Athens, Greece. pp.162-175, ⟨10.1007/978-3-030-86593-1_11⟩
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-
- titre
- Bidirectional String Anchors: A New String Sampling Mechanism
- auteur
- Grigorios Loukides, Solon Pissis
- article
- ESA 2021 – 29th Annual European Symposium on Algorithms, Sep 2021, Lisbon, Portugal. pp.1-21, ⟨10.4230/LIPIcs.ESA.2021.64⟩
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-
- titre
- A General Framework for Enumerating Equivalence Classes of Solutions
- auteur
- Yishu Wang, Arnaud Mary, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- ESA 2021 – 29th Annual European Symposium on Algorithms, Sep 2021, Virtual, Portugal. pp.1-14, ⟨10.4230/LIPIcs.ESA.2021.80⟩
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-
- titre
- Computing the 4-Edge-Connected Components of a Graph in Linear Time
- auteur
- Loukas Georgiadis, Giuseppe F Italiano, Evangelos Kosinas
- article
- ESA 2021 – 29th Annual European Symposium on Algorithms, Sep 2021, Lisbon, Portugal. pp.1-41
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- titre
- Faster Algorithms for Longest Common Substring
- auteur
- Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Solon P Pissis, Jakub Radoszewski
- article
- ESA 2021 – 29th Annual European Symposium on Algorithms, Sep 2021, Virtual, Portugal
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- titre
- Symmetric continuous subgraph matching with bidirectional dynamic programming
- auteur
- Seunghwan Min, Sung Gwan Park, Kunsoo Park, Dora Giammarresi, Giuseppe Italiano, Wook-Shin Han
- article
- VLDB 2021 – 47th International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2021, Copenhagen, Denmark. pp.1298-1310, ⟨10.14778/3457390.3457395⟩
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-
- titre
- On Breaking Truss-Based Communities
- auteur
- Huiping Chen, Alessio Conte, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Solon P Pissis, Michelle Sweering
- article
- KDD 2021 – 27th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2021, Virtual Event Singapore, Singapore. pp.117-126, ⟨10.1145/3447548.3467365⟩
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-
- titre
- Making Sense of a Cophylogeny Output: Efficient Listing of Representative Reconciliations
- auteur
- Yishu Wang, Arnaud Mary, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- WABI 2021 – 21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Chicago, United States. pp.1-18, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2021.3⟩
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-
- titre
- Submodular Maximization subject to a Knapsack Constraint: Combinatorial Algorithms with Near-optimal Adaptive Complexity *
- auteur
- Georgios Amanatidis, Federico Fusco, Philip Lazos, Stefano Leonardi, Alberto Marchetti-Spaccamela, Rebecca Reiffenhäuser
- article
- ICML 2021 – 38th International Conference on Machine Learning, Jul 2021, Lugano, Italy. pp.1-25
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-
- titre
- Feasibility Analysis of Conditional DAG Tasks
- auteur
- Sanjoy Baruah, Alberto Marchetti-Spaccamela
- article
- ECRTS 2021 – 33rd Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2021, Modena, Italy. pp.1-17, ⟨10.4230/LIPIcs.ECRTS.2021.12⟩
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-
- titre
- Internal Shortest Absent Word Queries in Constant Time and Linear Space
- auteur
- Golnaz Badkobeh, Panagiotis Charalampopoulos, Dmitry Kosolobov, Solon P Pissis
- article
- CPM 2021 – 32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jul 2021, Wroclaw, Poland. pp.1-13
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-
- titre
- String Sanitization Under Edit Distance: Improved and Generalized
- auteur
- Takuya Mieno, Solon P Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
- article
- CPM 2021 – 32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jul 2021, Wrocław, Poland. pp.1-21
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-
- titre
- Compressed Weighted de Bruijn Graphs
- auteur
- Giuseppe F Italiano, Nicola Prezza, Blerina Sinaimeri, Rossano Venturini
- article
- CPM 2021 – 32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jul 2021, Wroclaw, Poland. pp.1-16, ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2021.16⟩
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-
- titre
- Constructing Strings Avoiding Forbidden Substrings
- auteur
- Giulia Bernardini, Alberto Marchetti-Spaccamela, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
- article
- CPM 2021 – 32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jul 2021, Wroclaw, Poland. pp.1-18
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-
- titre
- Computing Vertex-Edge Cut-Pairs and 2-Edge Cuts in Practice
- auteur
- Loukas Georgiadis, Konstantinos Giannis, Giuseppe F Italiano, Evangelos Kosinas
- article
- SEA 2021 – 19th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2021, Nice, France. pp.1-19, ⟨10.4230/LIPIcs.SEA.2021.20⟩
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- titre
- Planar Reachability Under Single Vertex or Edge Failures
- auteur
- Giuseppe F Italiano, Adam Karczmarz, Nikos Parotsidis
- article
- SODA 2021 – ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2021, Alexandria, United States. pp.2739-2758, ⟨10.1137/1.9781611976465.163⟩
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-
- titre
- All-Pairs LCA in DAGs: Breaking through the $O ( n 2.5 )$ barrier
- auteur
- Fabrizio Grandoni, Giuseppe F Italiano, Aleksander Łukasiewicz, Nikos Parotsidis, Przemysław Uznański
- article
- SODA 2021 – ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2021, Alexandria, United States. pp.273-289, ⟨10.1137/1.9781611976465.18⟩
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-
Poster communications
- titre
- Influence of secondary symbionts on host plant utilization and selection in the whitefly Bemisia tabaci.
- auteur
- Sylvain Benhamou, Isabelle Rahioui, Hélène Henri, Zainab Belgaidi, Hubert Charles, Pedro da Silva, Abdelaziz Heddi, Fabrice Vavre, Emmanuel Desouhant, Federica Calevro, Laurence Mouton
- article
- 10. Congress of the International Symbiosis Society – 3rd International Conference on Holobionts, Jul 2021, Lyon, France
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-
Theses
- titre
- Développement de méthodes bio-informatiques pour l’étude de l’épissage chez les espèces non modèles : Épissage complexe et apport des technologies de séquençage de 3eme génération.
- auteur
- Camille Sessegolo
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. ERABLE – Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale; LBBE – Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive – UMR 5558; Univ Lyon, Université Claude-Bernard Lyon 1, 2021. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Algorithmic investigations of the dynamics of species interactions
- auteur
- Yishu Wang
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2021. English. ⟨NNT : 2021LYSE1196⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Within-host genetic micro-diversity of Mycobacterium tuberculosis and the link with tuberculosis disease features
- auteur
- Charlotte Genestet, Elisabeth Hodille, François Massol, Guislaine Refrégier, Alexia Barbry, Emilie Westeel, Gérard Lina, Florence Ader, Laurent Jacob, Stéphane Dray, Jean-Luc Berland, Samuel Venner, Oana Dumitrescu
- article
- 2021
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-
2020
Journal articles
- titre
- Efficient hybrid de novo assembly of human genomes with WENGAN
- auteur
- Alex Di Genova, Elena Buena-Atienza, Stephan Ossowski, Marie-France Sagot
- article
- Nature Biotechnology, 2020, 39, pp.422-430. ⟨10.1038/s41587-020-00747-w⟩
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-
- titre
- Combinatorial Algorithms for String Sanitization
- auteur
- Giulia Bernardini, Huiping Chen, Alessio Conte, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P Pissis, Giovanna Rosone, Michelle Sweering
- article
- ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data (TKDD), 2020, 15 (1), pp.1-34. ⟨10.1145/3418683⟩
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-
- titre
- MOMO – multi-objective metabolic mixed integer optimization: application to yeast strain engineering
- auteur
- Ricardo Andrade, Mahdi Doostmohammadi, João Santos, Marie-France Sagot, Nuno P Mira, Susana Vinga
- article
- BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.1-13. ⟨10.1186/s12859-020-3377-1⟩
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-
- titre
- Transposable elements in Drosophila
- auteur
- Vincent Mérel, Matthieu Boulesteix, Marie Fablet, Cristina Vieira
- article
- Mobile DNA, 2020, 11 (1), ⟨10.1186/s13100-020-00213-z⟩
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-
- titre
- Influenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing
- auteur
- Usama Ashraf, Clara Benoit-Pilven, Vincent Navratil, Cécile Ligneau, Guillaume Fournier, Sandie Munier, Odile Sismeiro, Jean-Yves Coppée, Vincent Lacroix, Nadia Naffakh
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (4), ⟨10.1093/nargab/lqaa095⟩
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-
- titre
- String factorisations with maximum or minimum dimension
- auteur
- Angelo Monti, Blerina Sinaimeri
- article
- Theoretical Computer Science, 2020, 842, pp.65-73. ⟨10.1016/j.tcs.2020.07.029⟩
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-
- titre
- Minimizing bed occupancy variance by scheduling patients under uncertainty
- auteur
- Anne van den Broek d’Obrenan, Ad Ridder, Dennis Roubos, Leen Stougie
- article
- European Journal of Operational Research, 2020, 286 (1), pp.336-349. ⟨10.1016/j.ejor.2020.03.026⟩
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-
- titre
- Comparing Degenerate Strings
- auteur
- Mai Alzamel, Lorraine a K Ayad, Giulia Bernardini, Roberto Grossi, Costas S Iliopoulos, Nadia Pisanti, Solon P Pissis, Giovanna Rosone
- article
- Fundamenta Informaticae, 2020, 175, pp.41 – 58. ⟨10.3233/fi-2020-1947⟩
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-
- titre
- Genomic analysis of European Drosophila melanogaster populations reveals longitudinal structure, continent-wide selection, and previously unknown DNA viruses
- auteur
- Martin Kapun, Maite G Barrón, Fabian Staubach, Darren J Obbard, R Axel W. Wiberg, Jorge Vieira, Clément Goubert, Omar Rota-Stabelli, Maaria Kankare, María Bogaerts-Márquez, Annabelle A. Haudry, Lena Waidele, Iryna Kozeretska, Elena G Pasyukov, Volker Loeschcke, Marta Pascual, Cristina P Vieira, Svitlana Serga, Catherine Montchamp-Moreau, Jessica Abbott, Patricia Gibert, Damiano Porcelli, Nico Posnien, Alejandro Sánchez-Gracia, Sonja Grath, Élio Sucena, Alan O Bergland, Maria Pilar Garcia Guerreiro, Banu Sebnem Onder, Eliza Argyridou, Lain Guio, Fristrup Schou, Bart Deplancke, Cristina Vieira, Michael G Ritchie, Bas J Zwaan, Eran Tauber, Dorcas J Orengo, Eva Puerma, Montserrat Aguadé, Paul S Schmidt, John Parsch, Andrea J Betancourt, Thomas Flatt, Josefa González
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (9), pp.2661-2678. ⟨10.1093/molbev/msaa120⟩
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-
- titre
- Variable-order reference-free variant discovery with the Burrows-Wheeler Transform
- auteur
- Nicola Prezza, Nadia Pisanti, Marinella Sciortino, Giovanna Rosone
- article
- BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S8), ⟨10.1186/s12859-020-03586-3⟩
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-
- titre
- Capybara: equivalence ClAss enumeration of coPhylogenY event-BAsed ReconciliAtions
- auteur
- Yishu Wang, Arnaud Mary, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (14), pp.4197-4199. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa498⟩
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-
- titre
- Controlling technical variation amongst 6693 patient microarrays of the randomized MINDACT trial
- auteur
- Laurent Jacob, Anke Witteveen, Inès Beumer, Leonie Delahaye, Diederik Wehkamp, Jeroen van den Akker, Mireille Snel, Bob Chan, Arno Floore, Niels Bakx, Guido Brink, Coralie Poncet, Jan Bogaerts, Mauro Delorenzi, Martine Piccart, Emiel Rutgers, Fatima Cardoso, Terence Speed, Laura van ’t Veer, Annuska Glas
- article
- Communications Biology, 2020, 3, ⟨10.1038/s42003-020-1111-1⟩
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-
- titre
- A transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
- auteur
- Mohamed Mourdas, Nguyet Thi-Minh Dang, Yuki Ogyama, Nelly Burlet, Bruno Mugat, Matthieu Boulesteix, Vincent Mérel, Philippe Veber, Judit Salces-Ortiz, Dany Severac, Alain Pélisson, Cristina Vieira, François Sabot, Marie Fablet, Séverine Chambeyron
- article
- Cells, 2020, 9 (8), pp.1776. ⟨10.3390/cells9081776⟩
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-
- titre
- Clinical interpretation of variants identified in RNU4ATAC, a non-coding spliceosomal gene
- auteur
- Clara Benoit-Pilven, Alicia Besson, Audrey Putoux, Claire Benetollo, Clément Saccaro, Justine Guguin, Gabriel Sala, Audric Cologne, Marion Delous, Gaetan Lesca, Richard A Padgett, Anne-Louise Leutenegger, Vincent Lacroix, Patrick Edery, Sylvie Mazoyer
- article
- PLoS ONE, 2020, 15 (7), pp.e0235655. ⟨10.1371/journal.pone.0235655⟩
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-
- titre
- Stress & Symbiosis: Heads or Tails?
- auteur
- Alexis Bénard, Fabrice Vavre, Natacha Kremer
- article
- Frontiers in Ecology and Evolution, 2020, pp.1-9. ⟨10.3389/fevo.2020.00167⟩
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-
- titre
- CDYL2 Epigenetically Regulates MIR124 to Control NF-kB/STAT3-Dependent Breast Cancer Cell Plasticity
- auteur
- Maha Siouda, Audrey D Dujardin, Laetitia Barbollat-Boutrand, Marco Mendoza-Parra, Benjamin Gibert, Maria Ouzounova, Jebrane Bouaoud, Laurie Tonon, Marie Robert, Jean-Philippe Foy, Vincent Lavergne, Serge Manie, Alain Viari, Alain Puisieux, Gabriel Ichim, Hinrich Gronemeyer, Pierre Saintigny, Peter Mulligan
- article
- iScience, 2020, 23 (6), pp.101141. ⟨10.1016/j.isci.2020.101141⟩
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-
- titre
- Longest property-preserved common factor: A new string-processing framework
- auteur
- Lorraine A.K. Ayad, Giulia Bernardini, Roberto Grossi, Costas S Iliopoulos, Nadia Pisanti, Solon P Pissis, Giovanna Rosone
- article
- Theoretical Computer Science, 2020, 812, pp.244-251. ⟨10.1016/j.tcs.2020.02.012⟩
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-
- titre
- Drosophila-associated bacteria differentially shape the nutritional requirements of their host during juvenile growth
- auteur
- Jessika Consuegra, Théodore Grenier, Patrice Baa-Puyoulet, Isabelle Rahioui, Houssam Akherraz, Hugo Gervais, Nicolas Parisot, Pedro da Silva, Hubert Charles, Federica Calevro, François Leulier
- article
- PLoS Biology, 2020, 18 (3), pp.e3000681. ⟨10.1371/journal.pbio.3000681⟩
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-
- titre
- Homology-Free Detection of Transposable Elements Unveils Their Dynamics in Three Ecologically Distinct Rhodnius Species
- auteur
- Marcelo Castro, Clément Goubert, Fernando Monteiro, Cristina Vieira, Claudia M A Carareto
- article
- Genes, 2020, 11 (2), pp.170. ⟨10.3390/genes11020170⟩
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-
- titre
- Actualités en recherche en oncologie : l’essentiel du 4e Symposium International 2019 du Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
- auteur
- Frédéric Catez, Nicole Dalla Venezia, Jean-Jacques Diaz, Bertrand Dubois, Anthony Ferrari, Boris Guyot, Virginie Marcel, Maria Ouzounova, Roxane M Pommier, Alain Viari, Patrick Mehlen
- article
- Bulletin du Cancer, 2020, 107 (1), pp.136-140. ⟨10.1016/j.bulcan.2019.12.002⟩
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-
- titre
- Complexity of inventory routing problems when routing is easy
- auteur
- Annelieke C Baller, Martijn van Ee, Maaike Hoogeboom, Leen Stougie
- article
- Networks, 2020, 75 (2), pp.113-123. ⟨10.1002/net.21908⟩
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-
- titre
- Biological Invasion: The Influence of the Hidden Side of the (Epi)Genome
- auteur
- Pierre Marin, Julien Genitoni, Dominique D. Barloy, Stéphane Maury, Patricia Gibert, Cameron K Ghalambor, Cristina Vieira
- article
- Functional Ecology, 2020, 34 (2), pp.385-400. ⟨10.1111/1365-2435.13317⟩
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-
- titre
- MOOMIN – Mathematical explOration of ’Omics data on a MetabolIc Network
- auteur
- Taneli Pusa, Mariana G. Ferrarini, Ricardo Andrade, Arnaud Mary, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Marie-France Sagot
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (2), pp.514-523. ⟨10.1093/bioinformatics/btz584⟩
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-
- titre
- Algorithms for the quantitative Lock/Key model of cytoplasmic incompatibility
- auteur
- Tiziana Calamoneri, Mattia Gastaldello, Arnaud Mary, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2020, pp.1-16. ⟨10.1186/s13015-020-00174-1⟩
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-
- titre
- Mycoplasma hyopneumoniae J elicits an antioxidant response and decreases the expression of ciliary genes in infected swine epithelial cells
- auteur
- Scheila Gabriele Mucha, Mariana G. Ferrarini, Carol Moraga, Alex Di Genova, Laurent Guyon, Florence Tardy, Sophie Rome, Marie-France Sagot, Arnaldo Zaha
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (13707), ⟨10.1038/s41598-020-70040-y⟩
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-
- titre
- Truly Scalable K-Truss and Max-Truss Algorithms for Community Detection in Graphs
- auteur
- Alessio Conte, Daniele de Sensi, Roberto Grossi, Andrea Marino, Luca Versari
- article
- IEEE Access, 2020, 8, pp.139096-139109. ⟨10.1109/ACCESS.2020.3011667⟩
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-
Conference papers
- titre
- Finding the Anticover of a String
- auteur
- Mai Alzamel, Alessio Conte, Shuhei Denzumi, Roberto Grossi, Costas S Iliopoulos, Kazuhiro Kurita, Kunihiro Wasa
- article
- CPM 2020 – 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2020, Copenhagen, Denmark. pp.1-11, ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2020.2⟩
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-
- titre
- Unary Words Have the Smallest Levenshtein k-Neighbourhoods
- auteur
- Panagiotis Charalampopoulos, Solon P Pissis, Jakub Radoszewski, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
- article
- CPM 2020 – 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2020, Copenhagen, Denmark. pp.1-12, ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2020.10⟩
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-
- titre
- String Sanitization Under Edit Distance
- auteur
- Giulia Bernardini, Huiping Chen, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
- article
- CPM 2020 – 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2020, Copenhagen, Denmark. pp.1-14, ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2020.7⟩
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-
- titre
- Finding Structurally and Temporally Similar Trajectories in Graphs
- auteur
- Roberto Grossi, Andrea Marino, Shima Moghtasedi
- article
- SEA 2020 – 18th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2020, Catania, Italy. pp.1-13, ⟨10.4230/LIPIcs.SEA.2020.24⟩
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-
- titre
- A Family of Tree-Based Generators for Bubbles in Directed Graphs
- auteur
- Vicente Acuña, Leandro Ishi Soares de Lima, Giuseppe F Italiano, Luca Pepè Sciarria, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- IWOCA 2020 – 31st International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jun 2020, Bordeaux, France. pp.17-29, ⟨10.1007/978-3-030-48966-3_2⟩
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-
- titre
- On the Complexity of Conditional DAG Scheduling in Multiprocessor Systems
- auteur
- Alberto Marchetti-Spaccamela, Nicole Megow, Jens Schlöter, Martin Skutella, Leen Stougie
- article
- IPDPS 2020 – IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium, May 2020, New Orleans / Virtual, United States. pp.1061-1070, ⟨10.1109/IPDPS47924.2020.00112⟩
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-
- titre
- Strain-Aware Assembly of Genomes from Mixed Samples Using Flow Variation Graphs
- auteur
- Jasmijn A Baaijens, Leen Stougie, Alexander Schönhuth
- article
- RECOMB 2020 – 24th International Conference on Research in Computational Molecular Biology, May 2020, Padova (Virtual), Italy. pp.221-222, ⟨10.1007/978-3-030-45257-5_14⟩
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-
Theses
- titre
- Models and algorithms for investigating and exploiting the metabolism of microorganisms
- auteur
- Irene Ziska
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Development of new algorithms to advance on the discovery of microRNAs
- auteur
- Carol Moraga
- article
- Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université Claude Bernard Lyon 1, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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-
2019
Journal articles
- titre
- SNPs detection by eBWT positional clustering
- auteur
- Nicola Prezza, Nadia Pisanti, Marinella Sciortino, Giovanna Rosone
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2019, 14 (1), pp.1-13. ⟨10.1186/s13015-019-0137-8⟩
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-
- titre
- Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules
- auteur
- Camille Sessegolo, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Audric Cologne, Marion Dubarry, Thomas Derrien, Vincent Lacroix, Jean-Marc Aury
- article
- Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.14908. ⟨10.1038/s41598-019-51470-9⟩
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-
- titre
- Integrative and comparative genomic analyses identify clinically relevant pulmonary carcinoid groups and unveil the supra-carcinoids
- auteur
- Nicolas Alcala, Noémie Leblay, Aurélie Gabriel, Lise Mangiante, Davis Hervás, T. Giffon, Anne-Sophie Sertier, Anthony Ferrari, Jules Derks, Akram Ghantous, Tiffany Delhomme, Amélie Chabrier, Cyrille Cuenin, Behnoush Abedi-Ardekani, Anne Boland, Robert Olaso, Vincent Meyer, Janine Altmuller, Florence Le Calvez-Kelm, Geoffroy Durand, Catherine Voegele, Sandrine Boyault, Laura Moonen, Nicolas Lemaître, Philippe Lorimier, Anne-Claire Toffart, Alex Soltermann, Joachim Clement, Jörg Saenger, John Field, Marie Brevet, Cécile Blanc-Fournier, Françoise Galateau-Sallé, Nolwenn Le Stang, Prue Russell, Gavin Wright, Gabriella Sozzi, Ugo Pastorino, Stéphanie Lacomme, Jean Vignaud, Véronique Hofman, Paul Hofman, Odd Terje Brustugun, Marius Lund-Iversen, Vincent Thomas de Montpreville, Lucia Anna Muscarella, Paolo Graziano, Helmut H. Popper, Jelena Stojsic, Jean-Francois Deleuze, Zdenko Herceg, Alain Viari, Peter Nuernberg, Giuseppe Pelosi, Anne-Marie C. Dingemans, Massimo Milione, Luca Roz, Luka Brcic, Marco Volante, Mauro Papotti, Christophe Caux, J. Sandoval, Hector Hernandez-Vargas, Elizabeth Brambilla, E. Speel, Nicolas Girard, Sylvie Lantuéjoul, James Mckay, M. Foll, Lynnette Fernandez-Cuesta
- article
- Nature Communications, 2019, 10 (1), pp.1-21. ⟨10.1038/s41467-019-11276-9⟩
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-
- titre
- Overlap graph-based generation of haplotigs for diploids and polyploids
- auteur
- Jasmijn A Baaijens, Alexander Schönhuth
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (21), pp.4281-4289. ⟨10.1093/bioinformatics/btz255⟩
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-
- titre
- Repurposing rotavirus vaccines for intratumoral immunotherapy can overcome resistance to immune checkpoint blockade
- auteur
- Tala Shekarian, Eva Sivado, Anne-Catherine Jallas, Stephane Depil, Janice Kielbassa, Isabelle Janoueix-Lerosey, Gregor Hutter, Nadège Goutagny, Christophe Bergeron, Alain Viari, Sandrine Valsesia-Wittmann, Christophe Caux, Aurélien Marabelle
- article
- Science Translational Medicine, 2019, 11 (515), pp.eaat5025. ⟨10.1126/scitranslmed.aat5025⟩
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-
- titre
- Polynomial-Delay Enumeration of Maximal Common Subsequences
- auteur
- Andrea Marino, Luca Versari, Alessio Conte, Roberto Grossi, Giulia Punzi, Takeaki Uno
- article
- SIAM Journal on Discrete Mathematics, 2019, 33 (2), pp.189-202. ⟨10.1007/978-3-030-32686-9_14⟩
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-
- titre
- Toll-like receptor 3 downregulation is an escape mechanism from apoptosis during hepatocarcinogenesis
- auteur
- Marc Bonnin, Nadim Fares, Barbara Testoni, Yann Estornes, Kathrin Weber, Béatrice Vanbervliet, Lydie Lefrancois, Amandine Garcia, Alain Kfoury, Floriane Pez, Isabelle Coste, Valérie Hervieu, Pierre Saintigny, Alain Viari, Kévin Lang, Baptiste Guey, Brigitte Bancel, Birke Bartoch, David Durantel, Toufic Renno, Philippe Merle, Serge Lebecque
- article
- Journal of Hepatology, 2019, 71 (4), pp.763-772. ⟨10.1016/j.jhep.2019.05.031⟩
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-
- titre
- Actionable molecular alterations in advanced gynaecologic malignancies: updated results from the ProfiLER programme
- auteur
- Romain Varnier, Olivia Le Saux, Sylvie Chabaud, Gwenaëlle Garin, Emilie Sohier, Qing Wang, Sandrine Paindavoine, David Pérol, Christian Baudet, Valéry Attignon, Daniel Pissaloux, Pierre Heudel, Benoit You, Cécile Leyronnas, Olivier Collard, Olivier Trédan, Nathalie Bonnin, Jérôme Long, Jean-Philippe Jacquin, Philippe A. Cassier, Olfa Derbel, Gilles Freyer, Alain Viari, Jean-Yves Blay, Isabelle Ray-Coquard
- article
- European Journal of Cancer, 2019, 118, pp.156 – 165. ⟨10.1016/j.ejca.2019.06.017⟩
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-
- titre
- Approximating the smallest 2-vertex connected spanning subgraph of a directed graph
- auteur
- Loukas Georgiadis, Giuseppe F Italiano, Aikaterini Karanasiou
- article
- Theoretical Computer Science, 2019, pp.1-16. ⟨10.1016/j.tcs.2019.09.040⟩
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-
- titre
- Co-divergence and tree topology
- auteur
- Tiziana Calamoneri, Angelo Monti, Blerina Sinaimeri
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2019, 79 (3), pp.1149-1167. ⟨10.1007/s00285-019-01385-w⟩
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-
- titre
- Approximate pattern matching on elastic-degenerate text
- auteur
- Giulia Bernardini, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
- article
- Theoretical Computer Science, 2019, pp.1-30. ⟨10.1016/j.tcs.2019.08.012⟩
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-
- titre
- Using the structure of genome data in the design of deep neural networks for predicting amyotrophic lateral sclerosis from genotype
- auteur
- Bojian Yin, Marleen Balvert, Rick van Der Spek, Bas E Dutilh, Sander Bohte, Jan Veldink, Alexander Schönhuth
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (14), pp.i538-i547. ⟨10.1093/bioinformatics/btz369⟩
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-
- titre
- Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data
- auteur
- Leandro Lima, Camille Marchet, Ségolène Caboche, Corinne da Silva, Benjamin Istace, Jean-Marc Aury, Hélène Touzet, Rayan Chikhi
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
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-
- titre
- A Generalized Parallel Task Model for Recurrent Real-time Processes
- auteur
- Vincenzo Bonifaci, Andreas Wiese, Sanjoy K. Baruah, Alberto Marchetti-Spaccamela, Sebastian Stiller, Leen Stougie
- article
- ACM Transactions on Parallel Computing, 2019, 6 (1), pp.63-72. ⟨10.1109/RTSS.2012.59⟩
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-
- titre
- Efficient enumeration of solutions produced by closure operations
- auteur
- Arnaud Mary, Yann Strozecki
- article
- Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 2019, pp.1-30. ⟨10.23638/DMTCS-21-3-22⟩
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-
- titre
- Molecular screening program to select molecular-based recommended therapies for metastatic cancer patients: analysis from the ProfiLER trial
- auteur
- Olivier Trédan, Qiang Wang, Daniel Pissaloux, Pierre Cassier, Arnaud de La Fouchardière, Jérôme Fayette, Françoise Desseigne, Isabelle Ray-Coquard, Christelle de La Fouchardière, Didier Frappaz, Pierre E. Heudel, Alice Bonneville-Levard, Aude Flechon, Mathieu Sarabi, Philippe Guibert, Thomas Bachelot, Maurice Pérol, Benoit You, Nathalie Bonnin, Olivier Collard, Cécile Leyronnas, Valéry Attignon, Christian Baudet, Emilie Sohier, Jean-Philippe Villemin, Alain Viari, Sandrine Boyault, Sylvie Lantuejoul, Sandrine Paindavoine, Isabelle Treillleux, Cécile Rodriguez, Vincent Agrapart, Veronique Corset, Gwenaelle Garin, Sylvie Chabaud, David Perol, Jean-Yves Blay
- article
- Annals of Oncology, 2019, 30 (5), pp.757-765. ⟨10.1093/annonc/mdz080⟩
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-
- titre
- Metabolic Games
- auteur
- Taneli Pusa, Martin Wannagat, Marie-France Sagot
- article
- Frontiers in Applied Mathematics and Statistics, 2019, 5, pp.1-13. ⟨10.3389/fams.2019.00018⟩
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-
- titre
- ILP models for the allocation of recurrent workloads upon heterogeneous multiprocessors
- auteur
- Sanjoy K. Baruah, Vincenzo Bonifaci, Renato Bruni, Alberto Marchetti-Spaccamela
- article
- Journal of Scheduling, 2019, 22 (2), pp.195-209. ⟨10.1007/s10951-018-0593-x⟩
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-
- titre
- On the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses
- auteur
- Emmanuelle Lerat, Josep Casacuberta, Cristian Chaparro, Cristina Vieira
- article
- Genes, 2019, 10 (4), pp.258. ⟨10.3390/genes10040258⟩
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-
- titre
- The circular RNome of primary breast cancer
- auteur
- Marcel Smid, Saskia M Wilting, Katharina Uhr, F. Germán Rodríguez-González, Vanja de Weerd, Wendy J.C. Prager-van Der Smissen, Michelle van Der Vlugt-Daane, Anne van Galen, Serena Nik-Zainal, Adam P Butler, Sancha Martin, Helen R Davies, Johan Staaf, Marc J van de Vijver, Andrea L Richardson, Gaëten Macgrogan, Roberto Salgado, Gert G.G.M. van den Eynden, Colin A Purdie, Alastair M Thompson, Carlos Caldas, Paul N Span, Fred C.G.J. Sweep, Peter T Simpson, Sunil R Lakhani, Steven van Laere, Christine Desmedt, Angelo Paradiso, Jorunn Eyfjord, Annegien Broeks, Anne Vincent-Salomon, Andrew P Futreal, Stian Knappskog, Tari King, Alain Viari, Anne-Lise Børresen-Dale, Hendrik G Stunnenberg, Mike Stratton, John A Foekens, Anieta M Sieuwerts, John W.M. Martens
- article
- Genome Research, 2019, 29 (3), pp.356-366. ⟨10.1101/gr.238121.118⟩
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-
- titre
- Dynamic Interactions Between the Genome and an Endogenous Retrovirus: Tirant in Drosophila simulans Wild-Type Strains
- auteur
- Marie Fablet, Angelo Jacquet, Rita Rebollo, Annabelle A. Haudry, Carine Rey, Judit Salces-Ortiz, Prajakta Bajad, Nelly Burlet, Michael Jantsch, Maria Pilar Garcia Guerreiro, Cristina Vieira
- article
- G3, 2019, 9 (3), pp.855-865. ⟨10.1534/g3.118.200789⟩
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-
- titre
- Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
- auteur
- Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés A Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
- article
- BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
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-
- titre
- Mutational Profile of Aggressive, Localised Prostate Cancer from African Caribbean Men Versus European Ancestry Men
- auteur
- Laurie Tonon, Gaëlle Fromont, Sandrine Boyault, Emilie Thomas, Anthony Ferrari, Anne-Sophie Sertier, Janice Kielbassa, Vincent Le Texier, Aurélie Kamoun, Nabila Elarouci, Jacques Irani, Luc Multigner, Ivo I. Gut, Marta Gut, Pascal Blanchet, Aurélien de Reyniès, Geraldine Cancel-Tassin, Alain Viari, Olivier Cussenot
- article
- European Urology, 2019, 75 (1), pp.11-15. ⟨10.1016/j.eururo.2018.08.026⟩
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-
- titre
- Advances in Analyzing Virus-Induced Alterations of Host Cell Splicing
- auteur
- Usama Ashraf, Clara Benoit-Pilven, Vincent Lacroix, Vincent Navratil, Nadia Naffakh
- article
- Trends in Microbiology, 2019, 27 (3), pp.268-281. ⟨10.1016/j.tim.2018.11.004⟩
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-
- titre
- New insights into minor splicing-a transcriptomic analysis of cells derived from TALS patients
- auteur
- Audric Cologne, Clara Benoit-Pilven, Alicia Besson, Audrey Putoux, Amandine Campan-Fournier, Michael B Bober, Christine E. de Die-Smulders, Aimee Paulussen, Lucile Pinson, Annick Toutain, Chaim M Roifman, Anne-Louise Leutenegger, Sylvie Mazoyer, Patrick Edery, Vincent Lacroix
- article
- RNA, 2019, pp.1-21. ⟨10.1261/rna.071423.119⟩
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-
- titre
- On Bubble Generators in Directed Graphs
- auteur
- Vicente Acuña, Roberto Grossi, Giuseppe F. Italiano, Leandro Lima, Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- Algorithmica, 2019, pp.1-19. ⟨10.1007/s00453-019-00619-z⟩
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-
- titre
- Automatic discovery of 100-miRNA signature for cancer classification using ensemble feature selection
- auteur
- Alejandro Lopez-Rincon, Marlet Martinez-Archundia, Gustavo U Martinez-Ruiz, Alexander Schoenhuth, Alberto Tonda
- article
- BMC Bioinformatics, 2019, 20 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s12859-019-3050-8⟩
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-
- titre
- Exploring the Robustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Host-Symbiont Cophylogeny
- auteur
- Laura Urbini, Blerina Sinaimeri, Catherine Matias, Marie-France Sagot
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019, pp.1-11. ⟨10.1109/TCBB.2018.2838667⟩
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-
- titre
- MALVA: Genotyping by Mapping-free ALlele Detection of Known VAriants
- auteur
- Giulia Bernardini, Paola Bonizzoni, Luca Denti, Marco Previtali, Alexander Schönhuth
- article
- iScience, 2019, 18, pp.20-27. ⟨10.1016/j.isci⟩
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-
Conference papers
- titre
- A Fast Discovery Algorithm for Large Common Connected Induced Subgraphs
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Lorenzo Tattini, Luca Versari
- article
- WEPA 2019 – Workshop on Enumeration Problems & Applications, Oct 2019, Awaji Island, Japan. pp.1-26
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Technology and Species independent Simulation of Sequencing data and Genomic Variants
- auteur
- Filippo Geraci, Riccardo Massidda, Nadia Pisanti
- article
- BIBE 2019 – 19th annual IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering, Oct 2019, Athens, Greece. pp.1-8
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-
- titre
- Polynomial-Delay Enumeration of Maximal Common Subsequences
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Giulia Punzi, Takeaki Uno
- article
- SPIRE 2019 – 26th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2019, Segovia, Spain. pp.189-202, ⟨10.1007/978-3-030-32686-9_14⟩
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-
- titre
- String Sanitization: A Combinatorial Approach
- auteur
- Giulia Bernardini, Huiping Chen, Alessio Conte, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
- article
- ECML PKDD 2019 – Joint European Conference on Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases, Sep 2019, Würzburg, Germany. pp.627-644, ⟨10.1007/978-3-030-46150-8_37⟩
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-
- titre
- Listing Induced Steiner Subgraphs as a Compact Way to Discover Steiner Trees in Graphs
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Mamadou Moustapha Kanté, Andrea Marino, Takeaki Uno, Kunihiro Wasa
- article
- MFCS 2019 – 44th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, Aug 2019, Aachen, Germany. pp.1-14, ⟨10.4230/LIPIcs.MFCS.2019.73⟩
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-
- titre
- The Perfect Matching Reconfiguration Problem
- auteur
- Marthe Bonamy, Nicolas Bousquet, Marc Heinrich, Takehiro Ito, Yusuke Kobayashi, Arnaud Mary, Moritz Mühlenthaler, Kunihiro Wasa
- article
- MFCS 2019 – 44th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, Aug 2019, Aachen, Germany. pp.1-14, ⟨10.4230/LIPIcs.MFCS.2019.80⟩
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-
- titre
- Even Faster Elastic-Degenerate String Matching via Fast Matrix Multiplication
- auteur
- Giulia Bernardini, Paweł Gawrychowski, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
- article
- ICALP 2019 – 46th International Colloquium on Automata, Languages and Programming, Jul 2019, Patras, Greece. pp.1-15, ⟨10.4230/LIPIcs.ICALP.2019.21⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- On the Complexity of Exact Pattern Matching in Graphs: Binary Strings and Bounded Degree
- auteur
- Massimo Equi, Roberto Grossi, Veli Makinen
- article
- ICALP 2019 – 46th International Colloquium on Automata, Languages and Programming, Jul 2019, Patras, Greece. pp.1-15
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-
- titre
- Faster Algorithms for All-Pairs Bounded Min-Cuts
- auteur
- Amir Abboud, Loukas Georgiadis, Giuseppe F. Italiano, Robert Krauthgamer, Nikos Parotsidis, Ohad Trabelsi, Przemysław Uznański, Daniel Wolleb-Graf
- article
- ICALP 2019 – 46th International Colloquium on Automata, Languages and Programming, Jul 2019, Patras, Greece. pp.1-15, ⟨10.4230/LIPIcs.ICALP.2019.7⟩
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-
- titre
- Dynamic Algorithms for the Massively Parallel Computation Model
- auteur
- Giuseppe F Italiano, Silvio Lattanzi, Vahab Mirrokni, Nikos Parotsidis
- article
- SPAA 2019 – 31st ACM Symposium on Parallelism in Algorithms and Architectures, Jun 2019, Phoenix, France. pp.49-58, ⟨10.1145/3323165.3323202⟩
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-
- titre
- Dominating Sets and Connected Dominating Sets in Dynamic Graphs
- auteur
- Niklas Hjuler, Giuseppe F. Italiano, Nikos Parotsidis, David Saulpic
- article
- STACS 2019 – 36th International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science, Mar 2019, Berlin, Germany. pp.1-17, ⟨10.4230/LIPIcs.STACS.2019.35⟩
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-
Book sections
- titre
- Algorithms Foundations
- auteur
- Nadia P Pisanti
- article
- Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 1, Elsevier, pp.1-4, 2019, ⟨10.1016/b978-0-12-809633-8.20315-4⟩
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-
Theses
- titre
- Exploration du rôle de l’épissage mineur dans le développement embryonnaire : modèle du syndrome de Taybi-Linder) (TALS)
- auteur
- Audric Cologne
- article
- Neurosciences. Université de Lyon, 2019. Français. ⟨NNT : 2019LYSE1190⟩
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-
- titre
- De novo algorithms to identify patterns associated with biological events in de Bruijn graphs built from NGS data
- auteur
- Leandro Ishi Soares de Lima
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon; Università degli studi di Roma “Tor Vergata” (1972-..), 2019. English. ⟨NNT : 2019LYSE1055⟩
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-
2018
Journal articles
- titre
- Exploring and Visualising Spaces of Tree Reconciliations
- auteur
- Katharina Huber, Vincent Moulton, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- Systematic Biology, 2018, pp.1-36. ⟨10.1093/sysbio/syy075⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An attempt to select non-genetic variation in resistance to starvation and reduced chill coma recovery time in Drosophila melanogaster
- auteur
- Bianca Menezes, Judit Salces-Ortiz, Héloise Muller, Nelly Burlet, Sonia Martinez, Marie Fablet, Cristina Vieira
- article
- Journal of Experimental Biology, 2018, 221 (23), pp.jeb186254. ⟨10.1242/jeb.186254⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- The Importance of Revisiting Legionellales Diversity
- auteur
- Olivier Duron, Patricia Doublet, Fabrice Vavre, Didier Bouchon
- article
- Trends in Parasitology, 2018, 34 (12), pp.1027 – 1037. ⟨10.1016/j.pt.2018.09.008⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Stress affects the epigenetic marks added by natural transposable element insertions in Drosophila melanogaster
- auteur
- Lain Guio, Cristina Vieira, Josefa González
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s41598-018-30491-w⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
- auteur
- Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Audric Cologne, Sophie Terrone, Louis Dulaurier, Jean-Baptiste Claude, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-21770-7⟩
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-
- titre
- Integrated analysis highlights APC11 protein expression as a likely new independent predictive marker for colorectal cancer
- auteur
- Youenn Drouet, Isabelle Treilleux, Alain Viari, Sophie Léon, Mojgan Devouassoux-Shisheboran, Nicolas Voirin, Christelle de La Fouchardiere, Brigitte Manship, Alain Puisieux, Christine Lasset, Caroline Moyret-Lalle
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-25631-1⟩
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-
- titre
- Genetic exchange in eukaryotes through horizontal transfer: connected by the mobilome
- auteur
- Gabriel Luz Wallau, Cristina Vieira, Élgion Lúcio Silva Loreto
- article
- Mobile DNA, 2018, 9 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s13100-018-0112-9⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- On variants of Vertex Geography on undirected graphs
- auteur
- Angelo Monti, Blerina Sinaimeri
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2018, 251, pp.268-275. ⟨10.1016/j.dam.2018.05.044⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Sex gap in aging and longevity: can sex chromosomes play a role?
- auteur
- Gabriel A.B. Marais, Jean-Michel Gaillard, Cristina Vieira, Ingrid Plotton, Damien Sanlaville, François Gueyffier, Jean-François Lemaître
- article
- Biology of Sex Differences, 2018, 9 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13293-018-0181-y⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A fast and agnostic method for bacterial genome-wide association studies: bridging the gap between k-mers and genetic events
- auteur
- Magali Jaillard, Leandro Lima, Maud Tournoud, Pierre Mahé, Alex van Belkum, Vincent Lacroix, Laurent Jacob
- article
- PLoS Genetics, 2018, 14 (11), pp.1-28. ⟨10.1371/journal.pgen.1007758⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The stochastic programming heritage of Maarten van der Vlerk
- auteur
- David P Morton, Ward Ward Romeijnders, Rüdiger Rüdiger Schultz, Leen Stougie
- article
- Computational Management Science, 2018, 15 (3-4), pp.319 – 323. ⟨10.1007/s10287-018-0335-8⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Pierce’s Disease of Grapevines: A Review of Control Strategies and an Outline of an Epidemiological Model
- auteur
- Ifigeneia Kyrkou, Taneli Pusa, Lea Ellegaard-Jensen, Marie-France Sagot, Lars Hestbjerg Hansen
- article
- Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.1-23. ⟨10.3389/fmicb.2018.02141⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Immunological and classical subtypes of oral premalignant lesions
- auteur
- Jean-Philippe Foy, Chloé Bertolus, Sandra Ortiz-Cuaran, Marie-Alexandra Albaret, William N Williams, Wenhua Lang, Solène Destandau, Geneviève De Souza, Emilie Sohier, Janice Kielbassa, Emilie Thomas, Sophie Deneuve, Patrick Goudot, Alain Puisieux, Alain Viari, Li Mao, Christophe Caux, Scott M. M Lippman, Pierre Saintigny
- article
- OncoImmunology, 2018, 7 (12), pp.12. ⟨10.1080/2162402X.2018.1496880⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Data-driven analysis of Bitcoin properties: exploiting the users graph
- auteur
- Damiano Di Francesco Maesa, Andrea Marino, Laura Ricci
- article
- International Journal of Data Science and Analytics, 2018, 6 (1), pp.63-80. ⟨10.1007/s41060-017-0074-x⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Tick-Bacteria Mutualism Depends on B Vitamin Synthesis Pathways
- auteur
- Olivier Duron, Olivier Morel, Valérie Noël, Marie Buysse, Florian Binetruy, Renaud Lancelot, Etienne Loire, Claudine Ménard, Olivier Bouchez, Fabrice Vavre, Laurence Vial
- article
- Current Biology – CB, 2018, 28 (12), pp.1896 – 1902.e5. ⟨10.1016/j.cub.2018.04.038⟩
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-
- titre
- Fast-SG: an alignment-free algorithm for hybrid assembly
- auteur
- Alex Di Genova, Gonzalo A Ruz, Marie-France Sagot, Alejandro Maass
- article
- GigaScience, 2018, 7 (5), pp.1 – 15. ⟨10.1093/gigascience/giy048⟩
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-
- titre
- Bioinformatics Meets Virology: The European Virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting
- auteur
- Bashar Ibrahim, Ksenia Arkhipova, Arno C Andeweg, Susana Posada-Céspedes, François Enault, Arthur Gruber, Eugene Koonin, Anne Kupczok, Philippe Lemey, Alice C Mchardy, Dino P Mcmahon, Brett E Pickett, David Robertson, Richard H Scheuermann, Alexandra Zhernakova, Mark P Zwart, Alexander Schönhuth, Bas E Dutilh, Manja Marz
- article
- Viruses, 2018, 10 (5), pp.256. ⟨10.3390/v10050256⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Bounding the Order of a Graph Using Its Diameter and Metric Dimension: A Study Through Tree Decompositions and VC Dimension
- auteur
- Laurent Beaudou, Peter Dankelmann, Florent Foucaud, Michael Antony Henning, Arnaud Mary, Aline Parreau
- article
- SIAM Journal on Discrete Mathematics, 2018, 32 (2), pp.902 – 918. ⟨10.1137/16M1097833⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A gene-expression profiling score for prediction of outcome in patients with follicular lymphoma: a retrospective training and validation analysis in three international cohorts
- auteur
- Sarah Huet, Bruno Tesson, Jean-Philippe Jais, Andrew Feldman, Laura Magnano, Emilie Thomas, Alexandra Traverse-Glehen, Benoit Albaud, Marjorie Carrère, Luc Xerri, Stephen Ansell, Lucile Baseggio, Cecile Reyes, Karin Tarte, Sandrine Boyault, Corinne Haioun, Brian Link, Pierre Feugier, Armando Lopez-Guillermo, Herve Tilly, Pauline Brice, Sandrine Hayette, Fabrice Jardin, Fritz Offner, Pierre Sujobert, David Gentien, Alain Viari, Elias Campo, James Cerhan, Gilles Salles
- article
- Lancet Oncology, 2018, 19 (4), pp.549 – 561. ⟨10.1016/S1470-2045(18)30102-5⟩
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-
- titre
- Cancer Is Not (Only) a Senescence Problem
- auteur
- Frédéric Thomas, Fabrice Vavre, Tazzio Tissot, Marion Vittecoq, Mathieu Giraudeau, Florence F. Bernex, Dorothée Missé, François Renaud, Nynke Raven, Christa Beckmann, Rodrigo Hamede, Peter Biro, Beata Ujvari
- article
- Trends in Cancer, 2018, 4 (3), pp.169 – 172. ⟨10.1016/j.trecan.2018.01.002⟩
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-
- titre
- Bacteriocyte cell death in the pea aphid/ Buchnera symbiotic system
- auteur
- Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, Kurt Buhler, Gabrielle Duport, Veerle Vulsteke, Gérard Febvay, Abdelaziz Heddi, Hubert Charles, Patrick Callaerts, Federica Calevro
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, 115 (8), pp.E1819 – E1828. ⟨10.1073/pnas.1720237115⟩
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-
- titre
- Motif trie: An efficient text index for pattern discovery with don’t cares
- auteur
- Roberto P Grossi, Giulia Menconi, Nadia P Pisanti, Roberto Trani, Søren Vind
- article
- Theoretical Computer Science, 2018, 710, pp.74-87. ⟨10.1016/j.tcs.2017.04.012⟩
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-
- titre
- Hydrogen peroxide production and myo-inositol metabolism as important traits for virulence of Mycoplasma hyopneumoniae
- auteur
- Mariana G. Ferrarini, Scheila Gabriele Mucha, Delphine Parrot, Guillaume Meiffren, José Fernando Ruggiero Bachega, Gilles Comte, Arnaldo Zaha, Marie-France Sagot
- article
- Molecular Microbiology, 2018, pp.1-45. ⟨10.1111/mmi.13957⟩
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-
- titre
- Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
- auteur
- Stefano Colella, Nicolas Parisot, Pierre Simonet, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Gérard Febvay, Patrick Callaerts, Federica Calevro
- article
- Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩
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-
- titre
- Back and forth Wolbachia transfers reveal efficient strains to control spotted wing drosophila populations
- auteur
- Julien Cattel, Katerina Nikolouli, Thibault Andrieux, Julien Martinez, Francis Jiggins, Sylvain Charlat, Fabrice Vavre, David Lejon, Patricia Gibert, Laurence Mouton
- article
- Journal of Applied Ecology, 2018, 55 (5), pp.2408-2418. ⟨10.1111/1365-2664.13101⟩
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-
- titre
- Population specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations
- auteur
- Emmanuelle Lerat, Clément Goubert, Sara Guirao-Rico, Miriam Merenciano, Anne-Béatrice Dufour, Cristina Vieira, Josefa González
- article
- Molecular Ecology, 2018, pp.1-17. ⟨10.1111/mec.14963⟩
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-
- titre
- Abundance of Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae) and its parasitoids on vegetables and cassava plants in Burkina Faso (West Africa)
- auteur
- Rahim Romba, Olivier Gnankine, Samuel Fogné Drabo, Fidèle Tiendrébéogo, Hélène Henri, Laurence Mouton, Fabrice Vavre
- article
- Ecology and Evolution, 2018, 8 (12), pp.6091-6103. ⟨10.1002/ece3.4078⟩
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-
- titre
- On Unrooted and Root-Uncertain Variants of Several Well-Known Phylogenetic Network Problems
- auteur
- Leo van Iersel, Steven Kelk, Georgios Stamoulis, Leen Stougie, Olivier Boes
- article
- Algorithmica, 2018, 64 (4), pp.621 – 637. ⟨10.1093/sysbio/syv020⟩
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-
- titre
- Impact of pest management practices on the frequency of insecticide resistance alleles in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) populations in three countries of West Africa
- auteur
- Olivier Gnankine, Omer Hema, Moussa Namountougou, Laurence Mouton, Fabrice Vavre
- article
- Crop Protection, 2018, 104, pp.86 – 91. ⟨10.1016/j.cropro.2017.10.020⟩
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-
- titre
- Geometric medians in reconciliation spaces
- auteur
- Katharina Huber, Vincent Moulton, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- Information Processing Letters, 2018, 136, pp.96 – 101. ⟨10.1016/j.ipl.2018.04.001⟩
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-
- titre
- Efficient enumeration of graph orientations with sources
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2018, 246, pp.22-37. ⟨10.1016/j.dam.2017.08.002⟩
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-
- titre
- Computational pan-genomics: status, promises and challenges
- auteur
- Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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-
Conference papers
- titre
- Compressed Communication Complexity of Longest Common Prefixes
- auteur
- Philip Bille, Mikko Berggreen Ettienne, Roberto P Grossi, Inge Li Gørtz, Eva Rotenberg
- article
- SPIRE 2018 – International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2018, Lima, Peru. pp.74-87, ⟨10.1007/978-3-030-00479-8_7⟩
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-
- titre
- Listing Subgraphs by Cartesian Decomposition
- auteur
- Alessio Conte, Roberto P Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi, Luca P Versari
- article
- MFCS 2018 – International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, Aug 2018, Liverpool, United Kingdom. pp.1868-8969, ⟨10.4230/LIPIcs.MFCS.2018.84⟩
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-
- titre
- The Itinerant List Update Problem
- auteur
- Neil Olver, Kirk Pruhs, Kevin Schewior, Rene Sitters, Leen Stougie
- article
- WAOA 2018 – 16th International Workshop on Approximation and Online Algorithms, Aug 2018, Helsinki, Finland. pp.310-326, ⟨10.1007/978-3-030-04693-4_19⟩
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-
- titre
- Reconfiguration of graphs with connectivity constraints
- auteur
- Nicolas Bousquet, Arnaud Mary
- article
- WAOA 2018 – International Workshop on Approximation and Online Algorithms, Aug 2018, Helsinki, Finland. pp.295-309, ⟨10.1007/978-3-030-04693-4_18⟩
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-
- titre
- Degenerate String Comparison and Applications
- auteur
- Mai Alzamel, Lorraine a K Ayad, Giulia Bernardini, Roberto P Grossi, Costas S. Iliopoulos, Nadia P Pisanti, Solon P Pissis, Giovanna Rosone
- article
- WABI 2018 – 18th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2018, Helsinki, Finland. pp.1-14, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2018.21⟩
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-
- titre
- Round-Hashing for Data Storage: Distributed Servers and External-Memory Tables
- auteur
- Roberto P Grossi, Luca P Versari
- article
- ESA 2018 – 26th Annual European Symposium on Algorithms, Aug 2018, Helsinki, Finland. pp.1 – 43, ⟨10.4230/LIPIcs.ESA.2018.43⟩
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-
- titre
- Node Similarity with q -Grams for Real-World Labeled Networks
- auteur
- Alessio Conte, Gaspare Ferraro, Roberto P Grossi, Andrea Marino, Kunihiko Sadakane, Takeaki Uno
- article
- KDD 2018 – ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2018, London, United Kingdom. pp.1282-1291, ⟨10.1145/3219819.3220085⟩
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-
- titre
- D2K: Scalable Community Detection in Massive Networks via Small-Diameter k-Plexes
- auteur
- Alessio Conte, Tiziano de Matteis, Daniele de Sensi, Roberto P Grossi, Andrea Marino, Luca P Versari
- article
- KDD 2018 – ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2018, London, United Kingdom. pp.1272-1281
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-
- titre
- Maximum colorful cliques in vertex-colored graphs
- auteur
- Giuseppe F Italiano, Yannis Manoussakis, Kim Thang Nguyen, Hong-Phong Pham
- article
- COCOON 2018 – 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China. pp.480-491, ⟨10.1007/978-3-319-94776-1_40⟩
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-
- titre
- Finding Maximal Common Subgraphs via Time-Space Efficient Reverse Search
- auteur
- Alessio Conte, Roberto P Grossi, Andrea Marino, Luca P Versari
- article
- COCOON 2018 – International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qing Dao, China. pp.328-340, ⟨10.1007/978-3-319-94776-1_28⟩
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-
- titre
- Tight Lower Bounds for the Number of Inclusion-Minimal st-Cuts
- auteur
- Alessio Conte, Roberto P Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi, Takeaki Uno, Luca P Versari
- article
- WG 2018 – International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, Jun 2018, Cottbus, Germany. pp.100-110, ⟨10.1007/978-3-030-00256-5_9⟩
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-
- titre
- Maximum Colorful Cycles in Vertex-Colored Graphs
- auteur
- Giuseppe F Italiano, Yannis Manoussakis, Nguyen Kim Thang, Hong-Phong Pham
- article
- CSR 2018 – 13th International Computer Science Symposium in Russia, Jun 2018, Moscow, Russia. pp.106-117, ⟨10.1007/978-3-319-90530-3_10⟩
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-
- titre
- An image representation based convolutional network for DNA classification
- auteur
- Bojian Yin, Marleen Balvert, Davide Zambrano, Alexander Schönhuth, Sander Bohte
- article
- ICLR 2018 – 6th International Conference on Learning Representations, Apr 2018, Vancouver, Canada. pp.1-17
- Accès au bibtex
-
- titre
- Full-length de novo viral quasispecies assembly through variation graph construction
- auteur
- Jasmijn A Baaijens, Bastiaan van Der Roest, Johannes Koester, Leen Stougie, Alexander Schoenhuth
- article
- RECOMB-Seq 2018 – RECOMB Satellite on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-12, ⟨10.1101/287177⟩
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-
- titre
- Efficient Algorithms for Listing k Disjoint st-Paths in Graphs
- auteur
- Roberto P Grossi, Andrea Marino, Luca P Versari
- article
- LATIN 2018 – 13th Latin American Symposium on Theoretical Informatics, Apr 2018, Buenos Aires, Argentina. pp.544-557, ⟨10.1007/978-3-319-77404-6_40⟩
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-
- titre
- Approximation Algorithms for Replenishment Problems with Fixed Turnover Times
- auteur
- Thomas Bosman, Martijn van Ee, Yang Jiao, Alberto Marchetti-Spaccamela, R. Ravi, Leen Stougie
- article
- LATIN 2018 – 13th Latin American Symposium on Theoretical Informatics, Apr 2018, Buenos Aires, Argentina. pp.217-230
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Longest Property-Preserved Common Factor
- auteur
- Lorraine a K Ayad, Giulia Bernardini, Roberto P Grossi, Costas S. Iliopoulos, Nadia Pisanti, Solon P Pissis, Giovanna Rosone
- article
- International Symposium on String Processing and Information Retrieval, 2018, Lima, Peru
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Decremental SPQR-trees for Planar Graphs
- auteur
- Jacob Holm, Giuseppe F Italiano, Adam Karczmarz, Jakub Łącki, Eva Rotenberg
- article
- European Symposium on Algorithms, 2018, Helsinki, Finland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Preventing Ransomware Attacks Through File System Filter Drivers
- auteur
- Giovanni Bottazzi, Giuseppe F Italiano, Domenico Spera
- article
- Second Italian Conference on Cyber Security, 2018, Milan, Italy
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Incremental Strong Connectivity and 2-Connectivity in Directed Graphs
- auteur
- Loukas Georgiadis, Giuseppe F Italiano, Nikos Parotsidis
- article
- Latin American Symposium on Theoretical Informatics, 2018, Buenos Aires, Argentina
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Detecting Mutations by eBWT
- auteur
- Nicola Prezza, Nadia P Pisanti, Marinella Sciortino, Giovanna Rosone
- article
- Workshop on Algorithms in Bioinformatics, 2018, Helsinki, Finland. ⟨10.4230/LIPIcs.CVIT.2016.23⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Simulation of RNA sequencIng with Oxford Nanopore Technologies
- auteur
- Camille Marchet, Leandro Lima
- article
- JOBIM 2018 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Dualities in Tree Representations
- auteur
- Rayan Chikhi, Alexander Schönhuth
- article
- 2018
- Accès au bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- A 13-gene expression-based radioresistance score highlights the heterogeneity in the response to radiation therapy across HPV-negative HNSCC molecular subtypes
- auteur
- Jean-Philippe Foy, Louis Bazire, Sandra Ortiz-Cuaran, Sophie Deneuve, Janice Kielbassa, Emilie Thomas, Alain Viari, Alain Puisieux, Patrick Goudot, Chloé Bertolus, Nicolas Foray, Youlia Kirova, Pierre Verrelle, Pierre Saintigny
- article
- BMC Medicine, 2017, 15 (1), pp.703 – 719. ⟨10.1186/s12916-017-0929-y⟩
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-
- titre
- The fitness cost of mis-splicing is the main determinant of alternative splicing patterns
- auteur
- Baptiste Saudemont, Alexandra Popa, Joanna Parmley, Vincent Rocher, Corinne Blugeon, Anamaria Necsulea, Eric Meyer, Laurent Duret
- article
- Genome Biology, 2017, 18 (1), ⟨10.1186/s13059-017-1344-6⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
- auteur
- Leandro Lima, Blerina Sinaimeri, Gustavo Sacomoto, Helene Lopez-Maestre, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), pp.2. ⟨10.1186/s13015-017-0091-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- OptPipe – a pipeline for optimizing metabolic engineering targets
- auteur
- András Hartmann, Ana Vila-Santa, Nicolai Kallscheuer, Michael Vogt, Alice Julien-Laferrière, Marie-France Sagot, Jan Marienhagen, Susana Vinga
- article
- BMC Systems Biology, 2017, 11, pp.1-9. ⟨10.1186/s12918-017-0515-0⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Transposable Element Misregulation Is Linked to the Divergence between Parental piRNA Pathways in Drosophila Hybrids
- auteur
- Valèria Romero-Soriano, Laurent Modolo, Hélène Lopez-Maestre, Bruno Mugat, Eugénie Pessia, Séverine Chambeyron, Cristina Vieira, Maria Pilar Garcia Guerreiro
- article
- Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (6), pp.1450 – 1470. ⟨10.1093/gbe/evx091⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The immune microenvironment of HPV-negative oral squamous cell carcinoma from never-smokers and never-drinkers patients suggests higher clinical benefit of IDO1 and PD1/PD-L1 blockade
- auteur
- P. Foy, Chloé Bertolus, Marie-Cécile Michallet, Sophie Deneuve, R. Incitti, Nathalie Bendriss-Vermare, Marie-Alexandra Albaret, Sandra Ortiz-Cuaran, E. Thomas, A. Colombe, C. Py, Nicolas Gadot, Jean-Philippe Michot, Jerôme Fayette, Alain Viari, Benoit van den Eynde, Patrick Goudot, Mojgan Devouassoux-Shisheboran, Alain Puisieux, Christophe Caux, Philippe Zrounba, Sylvie Lantuejoul, Pierre Saintigny
- article
- Annals of Oncology, 2017, 28 (8), pp.1934-1941. ⟨10.1093/annonc/mdx210⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Characterizing isomiR variants within the micro RNA ‐34/449 family
- auteur
- Olivier Mercey, Alexandra Popa, Amelie Cavard, Agnès Paquet, Benoît Chevalier, Nicolas Pons, Virginie Magnone, Joséphine Zangari, Patrick Brest, Laure‐emmanuelle Zaragosi, Gilles Ponzio, Kevin Lebrigand, Pascal Barbry, Brice Marcet
- article
- FEBS Letters, 2017, 591 (5), pp.693-705. ⟨10.1002/1873-3468.12595⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Obligate dependence does not preclude changing partners in a Russian dolls symbiotic system
- auteur
- Emmanuelle Jousselin, Fabrice Vavre
- article
- Peer Community in Evolutionary Biology, 2017, pp.1-2. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100002⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Strong Connectivity in Directed Graphs under Failures, with Applications *
- auteur
- Loukas Georgiadis, Giuseppe F Italiano, Nikos Parotsidis
- article
- SIAM Journal on Computing, 2017, 49 (5), pp.1880 – 1899. ⟨10.1137/19M1258530⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- How Long Does Wolbachia Remain on Board?
- auteur
- Marc Bailly-Bechet, Patricia Martins-Simões, Gergely Szöllősi, Gladys Mialdea, Marie-France Sagot, Sylvain Charlat
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2017, 34 (5), pp.1183 – 1193. ⟨10.1093/molbev/msx073⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BacHBerry: BACterial Hosts for production of Bioactive phenolics from bERRY fruits
- auteur
- Alexey Dudnik, Filipa Almeida, Ricardo Andrade, Barbara Avila, Pilar Bañados, Barbay Diane, Jean-Etienne Bassard, Mounir Benkoulouche, Michael Bott, Adelaide Braga, Dario Breitel, Rex Brennan, Laurent Bulteau, Celine Chanforan, Inês Costa, Rafael S. Costa Costa, Mahdi Doostmohammadi, Nuno Faria, Chengyong Feng, Roberto Ferro, Armando Fernandes, Patricia Ferreira, Alexandre Foito, Sabine Freitag, Carolina Jardim, Gonçalo Garcia, Paula Gaspar, Joana Godinho-Pereira, Björn Hamberger, András Hartmann, Harald Heider, Shanshan Li, Alice Julien-Laferrière, Nicolai Kallscheuer, Wolfgang Kerbe, Oscar P Kuipers, Nicola Love, Alberto Marchetti-Spaccamela, Jan Marienhagen, Cathie Martin, Arnaud Mary, Vincent Mazurek, Camillo Meinhart, David Méndez Sevillano, Regina Menezes, Michael Naesby, Morten H. H. Nørholm, Finn T. Okkels, Joana Oliveira, Marcel Ottens, Delphine Parrot, Lei Pei, Isabel Rocha, Rita Rosado-Ramos, Caroline Rousseau, Marie-France Sagot, Claudia Nunes dos Santos, Markus Schmidt, Tatiana Shelenga, Louise Shepherd, Ana Rita Silva, Marcelo Henriques da Silva, Olivier Simon, Steen Gustav Stahlhut, Ana Solopova, Artem Sorokin, Derek Stewart, Leen Stougie, Martin Trick, Shang Su, Vera Thole, Olga Tikhonova, Philippe Vain, André Veríssimo, Ana Vila-Santa, Susana Vinga, Michael Vogt, Liangsheng Wang, Lijin Wang, Wei Wei, Sandra Youssef, Ana Rute, Jochen Förster
- article
- Phytochemistry Reviews, 2017, pp.1-36. ⟨10.1007/s11101-017-9532-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BCL2 mutations do not confer adverse prognosis in follicular lymphoma patients treated with rituximab
- auteur
- Sarah Huet, Edith Szafer-Glusman, Bruno Tesson, Luc Xerri, Wayne J. Fairbrother, Kiran Mukhyala, Chris Bolen, Elizabeth Punnoose, Laurie Tonon, Catherine Chassagne-Clément, Pierre Feugier, Alain Viari, Fabrice Jardin, Gilles Salles, Pierre Sujobert
- article
- American Journal of Hematology, 2017, 92 (6), pp.515 – 519. ⟨10.1002/ajh.24701⟩
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-
- titre
- Somatic mutations reveal asymmetric cellular dynamics in the early human embryo
- auteur
- Young Seok Ju, Inigo Martincorena, Moritz Gerstung, Mia Petljak, Ludmil B. Alexandrov, Raheleh Rahbari, David C. Wedge, Helen R. Davies, Manasa Ramakrishna, Anthony Fullam, Sancha Martin, Christopher Alder, Nikita Patel, Steve Gamble, Sarah O’meara, Dilip D. Giri, Torril Sauer, Sarah E. Pinder, Colin A. Purdie, Åke Borg, Henk Stunnenberg, Marc van de Vijver, Benita K. T. Tan, Carlos Caldas, Andrew Tutt, Naoto T. Ueno, Laura J. van ’t Veer, John W. M. Martens, Christos Sotiriou, Stian Knappskog, Paul N. Span, Sunil R. Lakhani, Jórunn Erla Eyfjörd, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea Richardson, Alastair M. Thompson, Alain Viari, Matthew E. Hurles, Serena Nik-Zainal, Peter J. Campbell, Michael R. Stratton
- article
- Nature, 2017, 543 (7647), pp.714 – 718. ⟨10.1038/nature21703⟩
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-
- titre
- TEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
- auteur
- Emmanuelle Lerat, Marie Fablet, Laurent Modolo, Hélène Lopez-Maestre, Cristina Vieira
- article
- Nucleic Acids Research, 2017, 45, pp.13. ⟨10.1093/nar/gkw953⟩
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-
- titre
- Evolutionary changes in symbiont community structure in ticks
- auteur
- Olivier Duron, Florian Binetruy, Valérie Noël, Julie Cremaschi, Karen Mccoy, Céline Arnathau, Olivier Plantard, John Goolsby, Adalberto Pérez de León, Dieter Heylen, Arend Raoul van Oosten, Yuval Gottlieb, Gad Baneth, Alberto Guglielmone, Agustin Estrada-Peña, Maxwell Opara, Lionel Zenner, Fabrice Vavre, Christine Chevillon
- article
- Molecular Ecology, 2017, 26 (11), pp.2905-2921. ⟨10.1111/mec.14094⟩
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-
- titre
- Whole-Genome Sequencing Reveals Breast Cancers with Mismatch Repair Deficiency
- auteur
- Helen Davies, Sandro Morganella, Colin A. Purdie, Se Jin Jang, Elin Borgen, Hege Russnes, Dominik Glodzik, Xueqing Zou, Alain Viari, Andrea L. Richardson, Anne-Lise Børresen-Dale, Alastair Thompson, Jorunn E. Eyfjord, Gu Kong, Michael R. Stratton, Serena Nik-Zainal
- article
- Cancer Research, 2017, 77 (18), pp.4755-4762. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-17-1083⟩
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-
- titre
- Impact of Wolbachia on oxidative stress sensitivity in the parasitic wasp Asobara japonica
- auteur
- David Monnin, Natacha Kremer, Emmanuel Desouhant, Fabrice Vavre
- article
- PLoS ONE, 2017, 5, pp.10. ⟨10.1371/journal.pone.0175974⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Less effective selection leads to larger genomes
- auteur
- Tristan Lefébure, Claire Morvan, Florian Malard, Clémentine François, Lara Konecny-Dupré, Laurent Guéguen, Michèle Weiss-Gayet, Andaine Seguin-Orlando, Luca Ermini, Clio Der Sarkissian, N. Pierre Charrier, David Eme, Florian Mermillod-Blondin, L. Duret, Cristina Vieira, Ludovic Orlando, Christophe Jean Douady
- article
- Genome Research, 2017, 27, pp.1016-1028. ⟨10.1101/gr.212589.116⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Exact Response Time Analysis for Fixed Priority Memory-Processor Co-Scheduling
- auteur
- Alessandra Melani, Marko Bertogna, Robert Davis, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
- article
- IEEE Transactions on Computers, 2017, 66, pp.631 – 646. ⟨10.1109/TC.2016.2614819⟩
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-
- titre
- Fast Output-Sensitive Pattern Discovery in Massive Sequences using the Motif Trie
- auteur
- Roberto Grossi, Giulia Menconi, Nadia Pisanti, Roberto Trani, Søren Vind
- article
- Theoretical Computer Science, 2017, pp.25. ⟨10.1016/j.tcs.2017.04.012⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Performance Improvements for Search Systems using an Integrated Cache of Lists+Intersections
- auteur
- Gabriel Tolosa, Luca Becchetti, Esteban Feuerstein, Alberto Marchetti-Spaccamela
- article
- Information Retrieval Journal, 2017, 20 (3), pp.172-198. ⟨10.1007/978-3-319-11918-2_22⟩
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-
- titre
- Sorting Circular Permutations by Super Short Reversals
- auteur
- Gustavo Rodrigues Galvao, Christian Baudet, Zanoni Dias
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, 14 (3), pp.620-633. ⟨10.1109/TCBB.2016.2515594⟩
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-
- titre
- Identification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
- auteur
- Hélène Lopez-Maestre, Elias Alberto Gutierrez Carnelossi, Vincent Lacroix, Nelly Burlet, Bruno Mugat, Séverine Chambeyron, Claudia Marcia Aparecida Carareto, Cristina Vieira
- article
- Scientific Reports, 2017, 7, pp.40618. ⟨10.1038/srep40618⟩
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-
- titre
- EZH2 alterations in follicular lymphoma: biological and clinical correlations
- auteur
- Sarah Huet, Luc Xerri, Bruno Tesson, Sylvain Mareschal, Sébastien Taix, Lenaïg Mescam-Mancini, Emilie Sohier, Marjorie Carrère, Julien Lazarovici, Olivier Casasnovas, Laurie Tonon, Sandrine Boyault, Sandrine Hayette, Corinne Haioun, Bettina Fabiani, Alain Viari, Fabrice Jardin, Gilles Salles
- article
- Blood Cancer Journal, 2017, 7 (4), ⟨10.1038/bcj.2017.32⟩
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-
- titre
- Algorithms for k-meet-semidistributive lattices
- auteur
- Laurent Beaudou, Arnaud Mary, Lhouari Nourine
- article
- Theoretical Computer Science, 2017, 658, pp.391 – 398. ⟨10.1016/j.tcs.2015.10.029⟩
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-
- titre
- HRDetect is a predictor of BRCA1 and BRCA2 deficiency based on mutational signatures
- auteur
- Helen Davies, Dominik Glodzik, Sandro Morganella, Lucy R Yates, Johan Staaf, Xueqing Zou, Manasa Ramakrishna, Sancha Martin, Sandrine Boyault, Anieta M Sieuwerts, Peter T Simpson, Tari A King, Keiran Raine, Jorunn E Eyfjord, Gu Kong, Åke Borg, Ewan Birney, Hendrik G Stunnenberg, Marc J van de Vijver, Anne Børresen-Dale, John W M Martens, Paul N Span, Sunil R Lakhani, Anne Vincent-Salomon, Christos Sotiriou, Andrew Tutt, Alastair M Thompson, Steven van Laere, Andrea L Richardson, Alain Viari, Peter J Campbell, Michael R Stratton, Serena Nik-Zainal
- article
- Nature Medicine, 2017, 23 (4), pp.517 – 525. ⟨10.1038/nm.4292⟩
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-
- titre
- Schedulability Analysis of Conditional Parallel Task Graphs in Multicore Systems
- auteur
- Alessandra Melani, Marko Bertogna, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
- article
- IEEE Transactions on Computers, 2017, 66 (2), pp.339-353. ⟨10.1109/TC.2016.2584064⟩
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-
- titre
- A somatic-mutational process recurrently duplicates germline susceptibility loci and tissue-specific super-enhancers in breast cancers
- auteur
- Dominik Glodzik, Sandro Morganella, Helen Davies, Peter T Simpson, Yilong Li, Xueqing Zou, Javier Diez-Perez, Johan Staaf, Ludmil B Alexandrov, Marcel Smid, Arie B Brinkman, Inga Hansine Rye, Hege Russnes, Keiran Raine, Colin A Purdie, Sunil R Lakhani, Alastair M Thompson, Ewan Birney, Hendrik G Stunnenberg, Marc J van de Vijver, John W M Martens, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea L Richardson, Gu Kong, Alain Viari, Douglas Easton, Gerard Evan, Peter J Campbell, Michael R Stratton, Serena Nik-Zainal
- article
- Nature Genetics, 2017, 49 (3), pp.341 – 348. ⟨10.1038/ng.3771⟩
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-
- titre
- High-Throughput Sequencing of Transposable Element Insertions Suggests Adaptive Evolution of the Invasive Asian Tiger Mosquito Towards Temperate Environments
- auteur
- Clément Goubert, Hélène Henri, Guillaume Minard, Claire Valiente Moro, Patrick Mavingui, Cristina Vieira, Matthieu Boulesteix
- article
- Molecular Ecology, 2017, 26 (15), pp.1-14. ⟨10.1111/mec.14184⟩
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-
- titre
- An ant-colony based approach for real-time implicit collaborative information seeking
- auteur
- Alessio Malizia, Kai A. Olsen, Tommaso Turchi, Pierluigi Crescenzi
- article
- Information Processing and Management, 2017, 53 (3), pp.608 – 623. ⟨10.1016/j.ipm.2016.12.005⟩
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-
- titre
- Apport et défis des Big Data en cancérologie
- auteur
- Pierre Saintigny, Philippe Foy, Anthony Ferrari, Philippe Cassier, Alain Viari, Alain Puisieux
- article
- Bulletin du Cancer, 2017, 104 (3), pp.281 – 287. ⟨10.1016/j.bulcan.2016.10.020⟩
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-
Conference papers
- titre
- Tropical paths in vertex-colored graphs
- auteur
- Johanne Cohen, Giuseppe F. Italiano, Yannis Manoussakis, Nguyen Kim Thang, Phong E Pham, Hong-Phong Pham
- article
- COCOA 2017 – 11th Annual International Conference on Combinatorial Optimization and Applications, Dec 2017, Shangai, China. pp.291-305, ⟨10.1007/978-3-319-71147-8_20⟩
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-
- titre
- Pattern Matching on Elastic-Degenerate Text with Errors
- auteur
- Giulia Bernardini, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
- article
- SPIRE 2017 – 24th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Sep 2017, Palermo, Italy. pp.74-90, ⟨10.1007/978-3-319-67428-5_7⟩
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-
- titre
- Listing Maximal Independent Sets with Minimal Space and Bounded Delay
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Takeaki Uno, Luca P Versari
- article
- International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE), Sep 2017, Palermo, Italy. pp.144-160, ⟨10.1007/978-3-319-67428-5_13⟩
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-
- titre
- Token Jumping in minor-closed classes
- auteur
- Nicolas Bousquet, Arnaud Mary, Aline Parreau
- article
- International symposium on fundamentals of computer theory (FCT 2017), Sep 2017, Bordeaux, France. pp.136-149, ⟨10.1007/978-3-662-55751-8_12⟩
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-
- titre
- On Bubble Generators in Directed Graphs
- auteur
- Vicente Acuna, Roberto Grossi, Giuseppe F Italiano, Leandro Lima, Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- WG 2017 – 43rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, Jun 2017, Eindhoven, Netherlands. pp.18-31, ⟨10.1007/978-3-319-68705-6_2⟩
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-
- titre
- A Fast Algorithm for Large Common Connected Induced Subgraphs
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Lorenzo Tattini, Luca Versari
- article
- AlCoB 2017: 4th International Conference on Algorithms for Computational Biology, Jun 2017, Aveiro, Portugal. pp.828 – 74, ⟨10.1021/ci9601675⟩
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-
- titre
- Tight Bounds for Online TSP on the Line
- auteur
- Antje Bjelde, Yann Disser, Jan Hackfeld, Christoph Hansknecht, Maarten Lipmann, Julie Meissner, Kevin Schewior, Miriam Schlöter, Leen Stougie
- article
- ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), Jan 2017, Barcelona, Spain. pp.994 – 1005, ⟨10.1137/1.9781611974782.63⟩
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-
- titre
- An Axiomatic and an Average-Case Analysis of Algorithms and Heuristics for Metric Properties of Graphs
- auteur
- Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Luca Trevisan
- article
- SODA 2017 – Twenty-Eighth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms , Jan 2017, Barcelona, Spain. pp.920 – 939, ⟨10.1137/1.9781611974782.58⟩
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-
- titre
- On-line pattern matching on similar texts
- auteur
- Roberto P Grossi, Costas S Iliopoulos, Chang Liu, Nadia P Pisanti, Solon P Pissis, Ahmad Retha, Giovanna Rosone, Fatima Vayani, Luca P Versari
- article
- 28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM’17), 2017, Varsovie, Poland. pp.7 – 8, ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2017.07⟩
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-
Theses
- titre
- Analyses et méthodes pour les données transcriptomiques issues d’espèces non modèles : variation de l’expression des éléments transposables (et des gènes) et variants nucléotidiques
- auteur
- Hélène Lopez-Maestre
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LYSE1025⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Annotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
- auteur
- Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
- article
- 2017
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-
2016
Journal articles
- titre
- Insights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling
- auteur
- Mariana G. Ferrarini, Franciele M. Siqueira, Scheila G. Mucha, Tony Lionel Palama, Elodie Jobard, Bénédicte Elena-Herrmann, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Florence Tardy, Irene S. Schrank, Arnaldo Zaha, Marie-France Sagot
- article
- BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.353. ⟨10.1186/s12864-016-2644-z⟩
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-
- titre
- Enumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks
- auteur
- Ricardo Andrade, Martin Wannagat, Cecilia C. Klein, Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Paulo V. Milreu, Leen Stougie, Marie-France Sagot
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11 (1), pp.25. ⟨10.1186/s13015-016-0087-3⟩
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-
- titre
- DegreeCox – a network-based regularization method for survival analysis
- auteur
- André Veríssimo, Arlindo Limede Oliveira, Marie-France Sagot, Susana Vinga
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (Suppl 16), pp.109-121. ⟨10.1186/s12859-016-1310-4⟩
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-
- titre
- Greedily Improving Our Own Closeness Centrality in a Network
- auteur
- Pierluigi Crescenzi, Gianlorenzo d’Angelo, Lorenzo Severini, Yllka Velaj
- article
- ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data (TKDD), 2016, 11 (1), pp.1-32. ⟨10.1145/2953882⟩
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-
- titre
- A Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design
- auteur
- Alice Julien-Laferrière, Laurent Bulteau, Delphine Parrot, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Susana Vinga, Arnaud Mary, Marie-France Sagot
- article
- Scientific Reports, 2016, ⟨10.1038/srep29182⟩
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-
- titre
- Robustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Cophylogeny
- auteur
- Laura Urbini, Blerina Sinaimeri, Catherine Matias, Marie-France Sagot
- article
- Lecture Notes in Computer Science, 2016, Algorithms for Computational Biology, 9702, pp.12. ⟨10.1007/978-3-319-38827-4_10⟩
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-
- titre
- MicroRNA-375/SEC23A as biomarkers of the in vitro efficacy of vandetanib
- auteur
- Sandra Lassalle, Joséphine Zangari, Alexandra Popa, Marius I. Ilie, Véronique Hofman, Elodie Long, Martine Patey, Frédérique Tissier, Geneviève Belleannée, Hélène Trouette, Bogdan Catargi, Isabelle Peyrottes, Jean-Louis Sadoul, Olivier Bordone, Christelle Bonnetaud, Catherine Butori, Alexandre Bozec, Nicolas Guevara, José Santini, Imène Sarah Hénaoui, Géraldine Lemaire, Olivier Blanck, Philippe Vielh, Pascal Barbry, Bernard Mari, Patrick Brest, Paul Hofman
- article
- Oncotarget, 2016, 7 (21), ⟨10.18632/oncotarget.8458⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Rumor Spreading in Random Evolving Graphs
- auteur
- Andrea Clementi, Pierluigi Crescenzi, Carola Doerr, Pierre Fraigniaud, Francesco Pasquale, Riccardo Silvestri
- article
- Random Structures and Algorithms, 2016, 48 (2), pp.290-312. ⟨10.1002/rsa.20586⟩
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-
- titre
- Drosophila Females Undergo Genome Expansion after Interspecific Hybridization
- auteur
- Valèria Romero-Soriano, Nelly Burlet, Doris Vela, Antonio Fontdevila, Cristina Vieira, Maria Pilar Garciá Guerreiro
- article
- Genome Biology and Evolution, 2016, 8 (3), pp.556-561. ⟨10.1093/gbe/evw024⟩
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-
- titre
- Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
- auteur
- Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
- article
- GigaScience, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
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-
- titre
- HapCol: accurate and memory-efficient haplotype assembly from long reads
- auteur
- Yuri Pirola, Simone Zaccaria, Riccardo Dondi, Gunnar W. Klau, Nadia Pisanti, Paola Bonizzoni
- article
- Bioinformatics, 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv495⟩
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-
- titre
- Pairwise Compatibility Graphs: A Survey
- auteur
- Tiziana Calamoneri, Blerina Sinaimeri
- article
- SIAM Review, 2016, 58 (3), pp.445 – 460. ⟨10.1137/140978053⟩
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-
- titre
- Breast cancer genome and transcriptome integration implicates specific mutational signatures with immune cell infiltration
- auteur
- Marcel Smid, F. Germán Rodríguez-González, Anieta M. Sieuwerts, Roberto Salgado, Wendy J. C. Prager-van Der Smissen, Michelle van Der Vlugt-Daane, Anne van Galen, Serena Nik-Zainal, Johan Staaf, Arie B. Brinkman, Marc J. van de Vijver, Andrea L. Richardson, Aquila Fatima, Kim Berentsen, Adam Butler, Sancha Martin, Helen R. Davies, Reno Debets, Marion E. Meijer-Van Gelder, Carolien H. M. van Deurzen, Gaëtan Macgrogan, Gert G. G. M. van den Eynden, Colin Purdie, Alastair M. Thompson, Carlos Caldas, Paul N. Span, Peter T. Simpson, Sunil R. Lakhani, Steven van Laere, Christine Desmedt, Markus Ringnér, Stefania Tommasi, Jorunn Eyford, Anne Broeks, Anne Vincent-Salomon, P. Andrew Futreal, Stian Knappskog, Tari A King, Gilles Thomas, Alain Viari, Anita Langerød, Anne-Lise Børresen-Dale, Ewan Birney, Hendrik G. Stunnenberg, Mike Stratton, John A. Foekens, John W. M. Martens
- article
- Nature Communications, 2016, 7, ⟨10.1038/ncomms12910⟩
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-
- titre
- Direct flow cytometry measurements reveal a fine-tuning of symbiotic cell dynamics according to the host developmental needs in aphid symbiosis
- auteur
- Pierre Simonet, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, Gérard Febvay, Hubert Charles, José Viñuelas, Abdelaziz Heddi, Federica Calevro
- article
- Scientific Reports, 2016, 6, pp.19967. ⟨10.1038/srep19967⟩
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-
- titre
- Circular sequence comparison: algorithms and applications
- auteur
- Roberto Grossi, Costas S. Iliopoulos, Robert Mercas, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Ahmad Retha, Fatima Vayani
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13015-016-0076-6⟩
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-
- titre
- Linear-size suffix tries
- auteur
- Maxime Crochemore, Chiara Epifanio, Roberto Grossi, Filippo Mignosi
- article
- Theoretical Computer Science, 2016, 638, pp.171 – 178. ⟨10.1016/j.tcs.2016.04.002⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets
- auteur
- Franciele Maboni Siqueira, Guilherme Loss de Morais, Susan Higashi, Laura Scherer Beier, Gabriela Merker Breyer, Caio Padoan de Sá Godinho, Marie-France Sagot, Irene Silveira Schrank, Arnaldo Zaha, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
- article
- BMC Genomics, 2016, 23, pp.1289 – 26. ⟨10.1186/s12864-016-3061-z⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Disruption of phenylalanine hydroxylase reduces adult lifespan and fecundity, and impairs embryonic development in parthenogenetic pea aphids
- auteur
- Pierre Simonet, Karen Gaget, Nicolas Parisot, Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, Gérard Febvay, Hubert Charles, Patrick Callaerts, Stefano Colella, Federica Calevro
- article
- Scientific Reports, 2016, 6, pp.1-12. ⟨10.1038/srep34321⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers
- auteur
- Anthony Ferrari, Anne Vincent-Salomon, Xavier Pivot, Anne-Sophie Sertier, Emile Thomas, Laurie Tonon, Sandrine Boyault, Eskeatnaf Mulugeta, Isabelle Treilleux, Gaëtan Macgrogan, Laurent Arnould, Janice Kielbassa, Vincent Le Texier, Hélène Blanché, Jean-François Deleuze, Jocelyne Jacquemier, Marie-Christine Mathieu, Frédérique Penault-Llorca, Frédéric Bibeau, Maria Mariani, Cécile Mannina, Jean-Yves Pierga, Olivier Trédan, Thomas Bachelot, Hervé Bonnefoi, Gilles Romieu, Pierre Fumoleau, Suzette Delaloge, Maria Rios, Jean-Marc Ferrero, Carole Tarpin, Catherine Bouteille, Fabien Calvo, Ivo Glynne Gut, Marta Gut, Sancha Martin, Serena Nik-Zainal, Michael R. Stratton, Iris Pauporté, Pierre Saintigny, Daniel Birnbaum, Alain Viari, Gilles Thomas
- article
- Nature Communications, 2016, 7, pp.Article number: 12222. ⟨10.1038/ncomms12222⟩
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-
- titre
- Into the Square: On the Complexity of Some Quadratic-time Solvable Problems
- auteur
- Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Michel Habib
- article
- Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2016, 322, pp.51-67. ⟨10.1016/j.entcs.2016.03.005⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PWHATSHAP: efficient haplotyping for future generation sequencing
- auteur
- Andrea Bracciali, Marco Aldinucci, Murray Patterson, Tobias Marschall, Nadia Pisanti, Ivan Merelli, Massimo Torquati
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 14, pp.405 – 405. ⟨10.1186/s12859-016-1170-y⟩
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-
- titre
- CIDANE: comprehensive isoform discovery and abundance estimation
- auteur
- Stefan Canzar, Sandro Andreotti, David W Weese, Knut Reinert, Gunnar W Klau
- article
- Genome Biology, 2016, 17, pp.16. ⟨10.1186/s13059-015-0865-0⟩
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-
- titre
- ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods
- auteur
- Patrice Baa-Puyoulet, Nicolas Parisot, Gérard Febvay, Jaime Huerta-Cepas, Augusto F Vellozo, Toni Gabaldon, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- Database – The journal of Biological Databases and Curation, 2016, pp.1-9. ⟨10.1093/database/baw081⟩
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-
- titre
- SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
- auteur
- Hélène Lopez-Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- Nucleic Acids Research, 2016, ⟨10.1093/nar/gkw655⟩
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-
- titre
- metaModules identifies key functional subnetworks in microbiome-related disease
- auteur
- Ali May, Bernd W. Brandt, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Egija Zaura, Wim Crielaard, Jaap Heringa, Sanne Abeln
- article
- Bioinformatics, 2016, 32 (11), pp.1678 – 1685. ⟨10.1093/bioinformatics/btv526⟩
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-
- titre
- On the Minimum Error Correction Problem for Haplotype Assembly in Diploid and Polyploid Genomes
- auteur
- Paola Bonizzoni, Riccardo Dondi, Gunnar W. Klau, Yuri Pirola, Nadia Pisanti, Simone Zaccaria
- article
- Journal of Computational Biology, 2016, 23 (9), pp.718 – 736. ⟨10.1089/cmb.2015.0220⟩
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-
- titre
- Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences
- auteur
- Serena Nik-Zainal, Helen R. Davies, Johan Staaf, Manasa Ramakrishna, Dominik Glodzik, Xueqing Zou, Inigo Martincorena, Ludmil B. Alexandrov, Sancha Martin, David C. Wedge, Peter van Loo, Young Seok Ju, Marcel Smid, Arie B. Brinkman, Sandro Morganella, Miriam R. Aure, Ole Christian Lingjærde, Anita Langerød, Markus Ringnér, Sung-Min Ahn, Sandrine Boyault, Jane E. Brock, Anne Broeks, Adam Butler, Christine Desmedt, Luc Dirix, Serge Dronov, Aquila Fatima, John A. Foekens, Moritz Gerstung, Gerrit K. J. Hooijer, Se Jin Jang, David R. Jones, Hyung-Yong Kim, Tari A. King, Savitri Krishnamurthy, Hee Jin Lee, Jeong-Yeon Lee, Yilong Li, Stuart Mclaren, Andrew Menzies, Ville Mustonen, Sarah O’meara, Iris Pauporté, Xavier Pivot, Colin A. Purdie, Keiran Raine, Kamna Ramakrishnan, F. Germán Rodríguez-González, Gilles Romieu, Anieta M. Sieuwerts, Peter Simpson, Rebecca Shepherd, Lucy Stebbings, Olafur A. Stefansson, Jon Teague, Stefania Tommasi, Isabelle Treilleux, Gert G. van den Eynden, Peter Vermeulen, Anne Vincent-Salomon, Lucy Yates, Carlos Caldas, Laura Van’t Veer, Andrew Tutt, Stian Knappskog, Benita Kiat Tee Tan, Jos Jonkers, Åke Borg, Naoto T. Ueno, Christos Sotiriou, Alain Viari, P. Andrew Futreal, Peter J. Campbell, Paul N. Span, Steven van Laere, Sunil R. Lakhani, Jorunn E. Eyfjord, Alastair M. Thompson, Ewan Birney, Hendrik G. Stunnenberg, Marc J. van de Vijver, John W. M. Martens, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea L. Richardson, Gu Kong, Gilles Thomas, Michael R. Stratton
- article
- Nature, 2016, 534 (7605), pp.47 – 54. ⟨10.1038/nature17676⟩
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-
Conference papers
- titre
- On Maximal Chain Subgraphs and Covers of Bipartite Graphs
- auteur
- Tiziana Calamoneri, Mattia Gastaldello, Arnaud Mary, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
- article
- Combinatorial Algorithms – 27th International Workshop, IWOCA 2016, Aug 2016, Helsinki, Finland. pp.137-150, ⟨10.1007/978-3-319-44543-4_11⟩
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-
- titre
- Directing Road Networks by Listing Strong Orientations
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi, Luca Versari
- article
- Combinatorial Algorithms – 27th International Workshop, IWOCA 2016, Aug 2016, Helsinki, Finland. ⟨10.1007/978-3-319-44543-4_7⟩
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-
- titre
- Superstring Graph: A New Approach for Genome Assembly
- auteur
- Bastien Cazaux, Gustavo Sacomoto, Eric Rivals
- article
- AAIM: Algorithmic Aspects in Information and Management, Università degli Studi di Bergamo, Jul 2016, Bergamo, Italy. pp.39-52, ⟨10.1007/978-3-319-41168-2_4⟩
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- titre
- Sublinear-Space Bounded-Delay Enumeration for Massive Network Analytics: Maximal Cliques *
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Luca Versari
- article
- 43rd International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP 2016), Jul 2016, Schloss Dagstuhl, Germany. pp.1 – 148, ⟨10.4230/LIPIcs.ICALP.2016.148⟩
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-
- titre
- ILP-Based Approaches to Partitioning Recurrent Workloads Upon Heterogeneous Multiprocessors ILP-based approaches to partitioning recurrent workloads upon heterogeneous multiprocessors
- auteur
- Renato Bruni, Alberto Marchetti-Spaccamela, Sanjoy K Baruah, Vincenzo Bonifaci
- article
- 28th Euromicro Conference on Real-Time Systems, ECRTS 2016, Jul 2016, Toulouse, France. pp.215-225, ⟨10.1109/ECRTS.2016.10⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multiprocessor Real-Time Scheduling with Hierarchical Processor Affinities
- auteur
- Vincenzo Bonifaci, Björn Brandenburg, Gianlorenzo d’Angelo, Alberto Marchetti-Spaccamela
- article
- 28th Euromicro Conference on Real-Time Systems, ECRTS 2016, Jul 2016, Toulouse, France. pp.237-247, ⟨10.1109/ECRTS.2016.24⟩
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-
- titre
- Computing and Listing st-Paths in Subway Networks
- auteur
- Kateřina Böhmová, Matúš Mihalák, Tobias Pröger, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot, Peter Widmayer
- article
- CSR 2016 – 11th International Computer Science Symposium in Russia, Jun 2016, St. Petersburg, Russia. pp.102-116, ⟨10.1007/978-3-319-34171-2_8⟩
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-
- titre
- Analyzing and Comparing On-Line News Sources via (Two-Layer) Incremental Clustering
- auteur
- Francesco Cambi, Pierluigi Crescenzi, Linda Pagli
- article
- 8th International Conference on Fun with Algorithms, FUN 2016, Jun 2016, La Maddalena, Italy. ⟨10.4230/LIPIcs.FUN.2016.9⟩
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-
- titre
- Listing Acyclic Orientations of Graphs with Single and Multiple Sources
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
- article
- LATIN 2016: Theoretical Informatics – 12th Latin American Symposium, Apr 2016, Ensenada, Mexico. pp.319-333, ⟨10.1007/978-3-662-49529-2_24⟩
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-
- titre
- Clique covering of large real-world networks
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino
- article
- 31st Annual ACM Symposium on Applied Computing (SAC 2016), Apr 2016, Pisa, Italy. pp.1134-1139, ⟨10.1145/2851613.2851816⟩
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-
- titre
- Efficient Enumeration of Solutions Produced by Closure Operations
- auteur
- Arnaud Mary, Yann Strozecki
- article
- 33rd Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science, STACS 2016, Feb 2016, Orléans, France. ⟨10.4230/LIPIcs.STACS.2016.52⟩
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-
- titre
- New Bounds for Approximating Extremal Distances in Undirected Graphs
- auteur
- Massimo Cairo, Roberto Grossi, Romeo Rizzi
- article
- SIAM: ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA’16), Jan 2016, Arlington, United States. pp.363 – 376, ⟨10.1137/1.9781611974331.ch27⟩
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-
- titre
- Computing Top-k Closeness Centrality Faster in Unweighted Graphs
- auteur
- Elisabetta Bergamini, Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Andrea Marino, Henning Meyerhenke
- article
- Eighteenth Workshop on Algorithm Engineering and Experiments, ALENEX 2016, 2016, Arlington, United States. ⟨10.1137/1.9781611974317.6⟩
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-
- titre
- Enumerating Cyclic Orientations of a Graph
- auteur
- Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
- article
- 26th International Workshop on Combinatorial Algorithms, IWOCA 2015, 2016, Verona, Italy. pp.88 – 99, ⟨10.1007/978-3-319-29516-9_8⟩
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Book sections
- titre
- A Polynomial Delay Algorithm for Enumerating Minimal Dominating Sets in Chordal Graphs
- auteur
- Mamadou Moustapha Kanté, Vincent Limouzy, Arnaud Mary, Lhouari Nourine, Takeaki Uno
- article
- WG 2015: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, pp.138-153, 2016, ⟨10.1007/978-3-662-53174-7_11⟩
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-
Other publications
- titre
- The Source of the Data Flood: Sequencing Technologies
- auteur
- Alberto Magi, Nadia Pisanti, Lorenzo Tattini
- article
- 2016
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-
- titre
- Introduction to the Special Theme – Tackling Big Data in the Life Sciences
- auteur
- Roeland M.H. Merks, Marie-France Sagot
- article
- 2016
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-
Poster communications
- titre
- Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
- auteur
- Mariana G Ferrarini, Franciele Maboni Siqueira, Scheila G Mucha, Tony L Palama, Elodie E Jobard, Bénédicte Elena-Herrmann, Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos, Florence Tardy, Irene S Schrank, A Zaha, Marie-France Sagot
- article
- JOBIM 2016, Sep 2016, Lyon, France. JOBIM, ⟨10.1186/s12864-016-2644-z⟩
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-
- titre
- MultiPus: Conception de communautés microbiennes pour la production de composés d’intérêt
- auteur
- A Julien-Laferrière, Laurent Bulteau, D Parrot, A Marchetti-Spaccamela, L Stougie, S Vinga, Arnaud Mary, M.-F Sagot
- article
- Jobim, Jun 2016, Lyon, France
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-
Theses
- titre
- Models and algorithms applied to metabolism : from revealing the responses to perturbations towards the design of microbial consortia
- auteur
- Alice Julien-Laferriere
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2016. English. ⟨NNT : 2016LYSE1260⟩
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-
- titre
- Study of the evolution of symbiosis at the metabolic level using models from game theory and economics
- auteur
- Martin Wannagat
- article
- Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2016. English. ⟨NNT : 2016LYSE1094⟩
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-
2015
Journal articles
- titre
- Sorting by weighted inversions considering length and symmetry
- auteur
- Christian Baudet, Ulisses Dias, Zanoni Dias
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 19), pp.11. ⟨10.1186/1471-2105-16-S19-S3⟩
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-
- titre
- Natalie 2.0: Sparse Global Network Alignment as a Special Case of Quadratic Assignment
- auteur
- Mohammed El-Kebir, Jaap Heringa, Gunnar Klau
- article
- Algorithms, 2015, 8 (4), ⟨10.3390/a8041035⟩
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-
- titre
- Genome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci
- auteur
- Qiong Rao, Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Dan-Tong Zhu, Diego Santos-Garcia, Francisco J Silva, Andrés Moya, Amparo Latorre, Cecilia C Klein, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Shu-Sheng Liu, Laurence Mouton, Xiao-Wei Wang
- article
- BMC Genomics, 2015, 16, pp.226. ⟨10.1186/s12864-015-1379-6⟩
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-
- titre
- Automatic Classification of Protein Structure Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
- auteur
- Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Gunnar Klau, Mathilde Boudic-Jamin, Inken Wohlers
- article
- Algorithms, 2015, 8 (4), ⟨10.3390/a8040850⟩
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-
- titre
- Strong LP formulations for scheduling splittable jobs on unrelated machines
- auteur
- José Correa, Alberto Marchetti-Spaccamela, Jannik Matuschke, Leen Stougie, Ola Svensson, Víctor Verdugo, José Verschae
- article
- Mathematical Programming, 2015, 154 (1-2), pp.305-328. ⟨10.1007/s10107-014-0831-8⟩
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-
- titre
- Synchronous context-free grammars and optimal linear parsing strategies
- auteur
- Pierluigi Crescenzi, Daniel Gildea, Andrea Marino, Gianluca Rossi, Giorgio Satta
- article
- Journal of Computer and System Sciences, 2015, 81 (7), pp.1333-1356. ⟨10.1016/j.jcss.2015.04.003⟩
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-
- titre
- Genome sequence analysis with MonetDB – A case study on Ebola virus diversity
- auteur
- Robin Cijvat, Stefan Manegold, Martin Kersten, Gunnar W. Klau, Alexander Schönhuth, Tobias Marschall, Ying Zhang
- article
- Datenbank-Spektrum, 2015, 15 (3), pp.185-191. ⟨10.1007/s13222-015-0198-x⟩
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-
- titre
- An average study of hypergraphs and their minimal transversals
- auteur
- Julien David, Loïck Lhote, Arnaud Mary, François Rioult
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, 596, pp.124-141. ⟨10.1016/j.tcs.2015.06.052⟩
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-
- titre
- Parasite-Parasite Interactions in the Wild: How To Detect Them?
- auteur
- Eléonore Hellard, David Fouchet, Fabrice Vavre, Dominique Pontier
- article
- Trends in Parasitology, 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Assigning sporadic tasks to unrelated machines
- auteur
- Alberto Marchetti-Spaccamela, Cyriel Rutten, Suzanne van Der Ster, Andreas Wiese
- article
- Mathematical Programming, 2015, 152 (1-2), pp.247-274 ⟨10.1007/s10107-014-0786-9⟩
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-
- titre
- Fast diameter and radius BFS-based computation in (weakly connected) real-world graphs
- auteur
- Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Michel Habib, Walter A. Kosters, Andrea Marino, Frank W. Takes
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, 586, pp.59-80. ⟨10.1016/j.tcs.2015.02.033⟩
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-
- titre
- WhatsHap: Weighted Haplotype Assembly for Future-Generation Sequencing Reads
- auteur
- Murray Patterson, Tobias Marschall, Nadia Pisanti, Leo van Iersel, Leen Stougie, Gunnar W Klau, Alexander Schönhuth
- article
- Journal of Computational Biology, 2015, 22 (6), pp.498-509. ⟨10.1089/cmb.2014.0157⟩
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-
- titre
- Preemptive Uniprocessor Scheduling of Mixed-Criticality Sporadic Task Systems
- auteur
- Sanjoy Baruah, Vincenzo Bonifaci, Gianlorenzo d’Angelo, Haohan Li, Alberto Marchetti-Spaccamela, Suzanne van Der Ster, Leen Stougie
- article
- Journal of the ACM (JACM), 2015, 62 (2), pp.14. ⟨10.1145/2699435⟩
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-
- titre
- Computing the Burrows–Wheeler transform in place and in small space
- auteur
- Maxime Crochemore, Roberto Grossi, Juha Kärkkäinen, Gad M. Landau
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2015, 32, pp.44-52. ⟨10.1016/j.jda.2015.01.004⟩
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-
- titre
- De novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti).
- auteur
- Clément Goubert, Laurent Modolo, Cristina Vieira, Claire Valientemoro, Patrick Mavingui, Matthieu Boulesteix
- article
- Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (4), pp.1192-205
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-
- titre
- MeDuSa: A multi-draft based scaffolder.
- auteur
- Emanuele Bosi, Beatrice Donati, Marco Galardini, Sara Brunetti, Marie-France Sagot, Pietro Lió, Pierluigi Crescenzi, Renato Fani, Marco Fondi
- article
- Bioinformatics, 2015, pii: btv171 [Epub ahead of print]. ⟨10.1093/bioinformatics/btv171⟩
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-
- titre
- Detection of genetically isolated entities within the Mediterranean species of Bemisia tabaci: new insights into the systematics of this worldwide pest
- auteur
- Laurence Mouton, Olivier Gnankiné, Hélène Henri, Gabriel Terraz, Guillaume Ketoh, Thibaud Martin, Frédéric Fleury, Fabrice Vavre
- article
- Pest Management Science, 2015, 71 (3), pp.452-458. ⟨10.1002/ps.3834⟩
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-
- titre
- EUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator
- auteur
- Beatrice Donati, Christian Baudet, Blerina Sinaimeri, Pierluigi Crescenzi, Marie-France Sagot
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2015, 10 (1), pp.11. ⟨10.1186/s13015-014-0031-3⟩
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-
- titre
- On tree-constrained matchings and generalizations
- auteur
- Stefan Canzar, Khaled Elbassioni, Gunnar W. Klau, Julián Mestre
- article
- Algorithmica, 2015, 71, pp.98-119. ⟨10.1007/s00453-013-9785-0⟩
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-
- titre
- xHeinz: an algorithm for mining cross-species network modules under a flexible conservation model
- auteur
- Mohammed El-Kebir, Hayssam Soueidan, Thomas Hume, Daniela Beisser, Marcus Dittrich, Tobias Müller, Guillaume Blin, Jaap Heringa, Macha Nikolski, Lodewyk F. A. Wessels, Gunnar W. Klau
- article
- Bioinformatics, 2015, 31 (19), ⟨10.1093/bioinformatics/btv316⟩
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-
- titre
- Two Host Clades, Two Bacterial Arsenals: Evolution through Gene Losses in Facultative Endosymbionts.
- auteur
- Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Diego Santos-Garcia, Qiong Rao, Marie-France Sagot, Francisco J Silva, Hélène Henri, Einat Zchori-Fein, Amparo Latorre, Andrés Moya, Valérie Barbe, Shu-Sheng Liu, Xiao-Wei Wang, Fabrice Vavre, Laurence Mouton
- article
- Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.839-855. ⟨10.1093/gbe/evv030⟩
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-
- titre
- Fast Flux Module Detection Using Matroid Theory
- auteur
- Arne C. Reimers, Frank J. Bruggeman, Brett G. Olivier, Leen Stougie
- article
- Journal of Computational Biology, 2015, 22 (5), ⟨10.1089/cmb.2014.0141⟩
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-
- titre
- Combinatorial voter control in elections
- auteur
- Laurent Bulteau, Jiehua Chen, Piotr Faliszewski, Rolf Niedermeier, Nimrod Talmon
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, 589, pp.99-120. ⟨10.1016/j.tcs.2015.04.023⟩
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-
- titre
- The Recent Evolution of a Maternally-Inherited Endosymbiont of Ticks Led to the Emergence of the Q Fever Pathogen, Coxiella burnetii
- auteur
- Olivier Duron, Valérie Noël, Karen D. Mccoy, Matteo Bonazzi, Karim Sidi-Boumedine, Olivier Morel, Fabrice Vavre, Lionel Zenner, Elsa Jourdain, Durand Patrick, Céline Arnathau, François Renaud, Jean-François Trape, Abel S. Biguezoton, Julie Cremaschi, Muriel Dietrich, Elsa Léger, Anaïs Appelgren, Marlène Dupraz, Elena Gómez-Díaz, Georges Diatta, Guiguigbaza-Kossigan Dayo, Hassane Adakal, Sébastien Zoungrana, Laurence Vial, Christine Chevillon
- article
- PLoS Pathogens, 2015, 11 (5), ⟨10.1371/journal.ppat.1004892⟩
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-
- titre
- Erratum to: Computational complexity of stochastic programming problems
- auteur
- Martin Dyer, Leen Stougie
- article
- Mathematical Programming, 2015, 153 (2), pp.723-725 ⟨10.1007/s10107-015-0935-9⟩
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-
- titre
- Cophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation
- auteur
- Christian Baudet, Béatrice Donati, Blerina Sinaimeri, Pierluigi Crescenzi, Christian Gautier, Catherine Matias, Marie-France Sagot
- article
- Systematic Biology, 2015, 64 (3), pp.416-431. ⟨10.1093/sysbio/syu129⟩
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-
- titre
- A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
- auteur
- Gustavo Sacomoto, Vincent Lacroix, Marie‑france Sagot
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2015, pp.10. ⟨10.1186/s13015-015-0046-4⟩
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-
- titre
- Split scheduling with uniform setup times
- auteur
- Frans Schalekamp, René Sitters, Suzanne van Der Ster, Leen Stougie, Víctor Verdugo, Anke van Zuylen
- article
- Journal of Scheduling, 2015, 18 (2), pp.119-129 ⟨10.1007/s10951-014-0370-4⟩
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-
- titre
- Mirinho: An efficient and general plant and animal pre-miRNA predictor for genomic and deep sequencing data
- auteur
- Susan Higashi, Cyril Fournier, Christian Gautier, Christine Gaspin, Marie-France Sagot
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), pp.179. ⟨10.1186/s12859-015-0594-0⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption.
- auteur
- Allan C. Azevedo-Martins, A. C. L. Machado, Cecilia Coimbra Klein, L. Ciapina, Luiz Gonzaga, Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos, Marie-France Sagot, Wanderley de Souza, Marcelo Einicker-Lamas, Antonio Galina, Maria Cristina Machado Motta
- article
- Parasitology, 2015, 142 (2), pp.352-362. ⟨10.1017/S0031182014001139⟩
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-
- titre
- Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
- auteur
- Pascaline Dumas, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre, Erwan Scaon, Marion Orsucci, Karine Labadie, Sylvie Gimenez, Anne Laure Clamens, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Jean-Marc Aury, Philippe Fournier, Gael Kergoat, Emmanuelle d’Alençon
- article
- Genetica, 2015, 143 (3), pp.305-316. ⟨10.1007/s10709-015-9829-2⟩
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-
- titre
- Computing an Evolutionary Ordering is Hard
- auteur
- Laurent Bulteau, Gustavo Sacomoto, Blerina Sinaimeri
- article
- Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2015, ⟨10.1016/j.endm.2015.07.043⟩
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-
Conference papers
- titre
- Memory-processor co-scheduling in fixed priority systems
- auteur
- Alessandra Melani, Marko Bertogna, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
- article
- International Conference on Real Time and Networks Systems (RTNS), Nov 2015, Lille, France. pp.87-96, ⟨10.1145/2834848.2834854⟩
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-
- titre
- Java-Meets Eclipse – An IDE for Teaching Java Following the Object-later Approach
- auteur
- Lorenzo Bettini, Pierluigi Crescenzi
- article
- International Conference on Software Paradigm Trend (ICSOFT-PT), Sep 2015, Colmar, France. pp.31-42, ⟨10.5220/0005512600310042⟩
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-
- titre
- Circular Sequence Comparison with q-grams
- auteur
- Robert P Grossi, Costas S Iliopoulos, Robert Mercas, Nadia P Pisanti, Solon P Pissis, Ahmad Retha, Fatima Vayani
- article
- 15th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2015), Sep 2015, Atlanta, United States. pp.203 – 216, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6_15⟩
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-
- titre
- On Computing the Hyperbolicity of Real-World Graphs
- auteur
- Michele Borassi, David Coudert, Pierluigi Crescenzi, Andrea Marino
- article
- 23rd Annual European Symposium on Algorithms (ESA), Sep 2015, Patras, Greece. pp.215-226, ⟨10.1007/978-3-662-48350-3_19⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Preclinical Tests for Cerebral Stroke
- auteur
- Maria Francesca Zini, N Pisanti, E Biasci, A Podda, V Mey, F Piras, G.L. L’Abbate, S Marini, D Fratta, S Bonaretti, S Trasciatti
- article
- The 2015 IEEE/ACM International Conference on Advances in Social Networks Analysis and Mining (ASONAM), Aug 2015, Paris, France. ⟨10.1145/2808797.2808816⟩
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-
- titre
- Stochastic and Robust Scheduling in the Cloud
- auteur
- Lin Chen, Nicole Megow, Roman Rischke, Leen Stougie
- article
- Approximation, Randomization, and Combinatorial Optimization. Algorithms and Techniques (APPROX/RANDOM), Aug 2015, Princeton, United States. pp.175-186, ⟨10.4230/LIPIcs.APPROX-RANDOM.2015.175⟩
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-
- titre
- Optimal Algorithms and a PTAS for Cost-Aware Scheduling
- auteur
- Lin Chen, Nicole Megow, Roman Rischke, Leen Stougie, José Verschae
- article
- Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS), Aug 2015, Milan, Italy. pp.211-222, ⟨10.1007/978-3-662-48054-0_18⟩
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-
- titre
- Incremental complexity of a bi-objective hypergraph transversal problem
- auteur
- Ricardo Andrade, Etienne E. Birmelé, Arnaud Mary, Thomas Picchetti, Marie-France Sagot
- article
- Fundamentals of Computation Theory (FCT2015), Aug 2015, Gdansk, Poland. pp.202-213, ⟨10.1007/978-3-319-22177-9_16⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Polynomial Delay Algorithm for Listing Minimal Edge Dominating Sets in Graphs
- auteur
- Mamadou Moustapha Kanté, Vincent Limouzy, Arnaud Mary, Lhouari Nourine, Takeaki Uno
- article
- Algorithms and Data Structures (WADS), Aug 2015, Victoria, Canada. pp.446-457
- Accès au bibtex
-
- titre
- The Global EDF Scheduling of Systems of Conditional Sporadic DAG Tasks
- auteur
- Sanjoy K. Baruah, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela
- article
- ECRTS 2015 – Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2015, Lund, Sweden. pp.222-231, ⟨10.1109/ECRTS.2015.27⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Response-Time Analysis of Conditional {DAG} Tasks in Multiprocessor Systems
- auteur
- Alessandra Melani, Vincenzo Bonifaci, Marko Bertogna, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
- article
- ECRTS 2015 – Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2015, Lund, Sweden. pp.211-221, ⟨10.1109/ECRTS.2015.26⟩
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-
- titre
- Design of Dynamic Algorithms via Primal-Dual Method
- auteur
- Sayan Bhattacharya, Monika Henzinger, Giuseppe F Italiano
- article
- ICALP 2018 – International Colloquium on Automata, Languages, and Programming, Jul 2015, Kyoto, Japan. pp.206-218, ⟨10.1007/978-3-662-47672-7_17⟩
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-
- titre
- Greedily Improving Our Own Centrality in A Network
- auteur
- Pierluigi Crescenzi, Gianlorenzo d’Angelo, Severini Lorenzo, Yllka Velaj
- article
- SEA 2015 – 14th International Symposium Experimental Algorithms , Jun 2015, Paris, France. pp.43-55, ⟨10.1007/978-3-319-20086-6_4⟩
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-
- titre
- On the Fixed Parameter Tractability and Approximability of the Minimum Error Correction Problem
- auteur
- Paola Bonizzoni, Riccardo Dondi, Gunnar W Klau, Yuri Pirola, Nadia Pisanti, Simone Zaccaria
- article
- 26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), Jun 2015, Ischia, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-19929-0⟩
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-
- titre
- Sorting Signed Circular Permutations by Super Short Reversals
- auteur
- Gustavo R Galvão, Christian Baudet, Zanoni Dias
- article
- 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States. pp.272-283, ⟨10.1007/978-3-319-19048-8_23⟩
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-
- titre
- CIDANE: Comprehensive Isoform Discovery and Abundance Estimation
- auteur
- Stefan Canzar, Andreotti Sandro, David Weese, Reinert Knut, Klau Gunnar
- article
- Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Apr 2015, Warsaw, Poland. pp.60-84, ⟨10.1007/978-3-319-16706-0_8⟩
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-
- titre
- High-Performance Haplotype Assembly
- auteur
- Marco Aldinucci, Andrea Bracciali, Tobias Marschall, Murray Patterson, Nadia Pisanti, Massimo Torquati
- article
- Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB’15), 2015, Cambridge, United Kingdom. pp.281 – 258, ⟨10.1016/j.compbiolchem.2005.05.001⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
- auteur
- Mariana Galvao Ferrarini
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2015. English. ⟨NNT : 2015LYO10302⟩
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-
2014
Journal articles
- titre
- Reference-free detection of isolated SNPs
- auteur
- Raluca Uricaru, Guillaume Rizk, Vincent Lacroix, Elsa Quillery, Olivier Plantard, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- Nucleic Acids Research, 2014, 43 (2), pp.e11. ⟨10.1093/nar/gku1187⟩
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-
- titre
- Microbial impacts on insect evolutionary diversification: from patterns to mechanisms
- auteur
- Fabrice Vavre, Natacha Kremer
- article
- Current Opinion in Insect Science, 2014, Molecular physiology/Environmental physiology, 4, pp.29–34. ⟨10.1016/j.cois.2014.08.003⟩
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- titre
- New insight into the RNA interference response against cathepsin-L gene in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: Molting or gut phenotypes specifically induced by injection or feeding treatments.
- auteur
- Panagiotis Sapountzis, Gabrielle Duport, Severine Balmand, Karen Gaget, Stéphanie Jaubert-Possamai, Gérard Febvay, Hubert Charles, Yvan Rahbé, Stefano Colella, Federica Calevro
- article
- Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2014, 51, to be published. ⟨10.1016/j.ibmb.2014.05.005⟩
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-
- titre
- Epidemiology of asexuality induced by the endosymbiotic Wolbachia across phytophagous wasp species: host plant specialization matters.
- auteur
- Thomas Boivin, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Cindy Gidoin, Philippe Veber, Jean-Noël Candau, Emmanuelle Magnoux, Alain Roques, Marie-Anne Auger-Rozenberg
- article
- Molecular Ecology Notes, 2014, 23 (9), pp.2362-2375. ⟨10.1111/mec.12737⟩
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-
- titre
- The Genome of Cardinium cBtQ1 Provides Insights into Genome Reduction, Symbiont Motility, and Its Settlement in Bemisia tabaci
- auteur
- Diego Santos-Garcia, Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Francisco Beitia, Einat Zchori-Fein, Fabrice Vavre, Laurence Mouton, Andrés Moya, Amparo Latorre, Francisco J Silva
- article
- Genome Biology and Evolution, 2014, 6 (4), pp.1013-1030
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-
- titre
- Telling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure
- auteur
- Paulo Vieira Milreu, Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Vicente Acuña, Etienne E. Birmelé, Michele Borassi, Christophe Junot, Alberto Marchetti-Spaccamela, Andrea Marino, Leen Stougie, Fabien Jourdan, Pierluigi Crescenzi, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- Bioinformatics, 2014, 30 (1), pp.61-70. ⟨10.1093/bioinformatics/btt597⟩
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-
- titre
- Rime: Repeat identification
- auteur
- Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2014, 163 (3), pp.275-286. ⟨10.1016/j.dam.2013.02.016⟩
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-
- titre
- Signs of Neutralization in a Redundant Gene Involved in Homologous Recombination in Wolbachia Endosymbionts
- auteur
- Myriam Badawi, Isabelle Giraud, Fabrice Vavre, Pierre Grève, Richard Cordaux
- article
- Genome Biology and Evolution, 2014, 10 (6), pp.2654-2664. ⟨10.1093/gbe/evu207⟩
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-
- titre
- Manipulation of arthropod sex determination by endosymbionts: diversity and molecular mechanisms
- auteur
- Wen-Juan Ma, Fabrice Vavre, Leo W. Beukeboom
- article
- Sexual Development, 2014, pp.59-73
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- titre
- Specific Activation of an I-Like Element in Drosophila Interspecific Hybrids
- auteur
- Elias a G Carnelossi, Emmanuelle Lerat, Hélène Henri, Sonia Martinez, Claudia M A Carareto, Cristina Vieira
- article
- Genome Biology and Evolution, 2014, 6, pp.1806 – 1817. ⟨10.1093/gbe/evu141⟩
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-
- titre
- Using cascading Bloom filters to improve the memory usage for de Brujin graphs
- auteur
- Kamil Salikhov, Gustavo Sacomoto, Gregory Kucherov
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2014, 9 (1), pp.2. ⟨10.1186/1748-7188-9-2⟩
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- titre
- Genomic regions harboring insecticide resistance-associated Cyp genes are enriched by transposable element fragments carrying putative transcription factor binding sites in two sibling Drosophila species
- auteur
- Claudia M A Carareto, Eric H Hernandez, Cristina Vieira
- article
- Gene, 2014, 537 (1), pp.93-99. ⟨10.1016/j.gene.2013.11.080⟩
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-
- titre
- A Genome-Wide Survey of Genetic Instability by Transposition in Drosophila Hybrids
- auteur
- Doris Vela, Antonio Fontdevila, Cristina Vieira, García Guerreiro María Pilar
- article
- PLoS ONE, 2014, 9, pp.87 – 87. ⟨10.1371/journal.pone.0088992.s005⟩
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-
- titre
- Endothelial, epithelial, and fibroblast cells exhibit specific splicing programs independently of their tissue of origin
- auteur
- Pierre Mallinjoud, Jean-Philippe Villemin, Hussein Mortada, Micaela Polay Espinoza, François-Olivier Desmet, Samaan Samaan, Emilie Chautard, Léon-Charles Tranchevent, Didier Auboeuf
- article
- Genome Research, 2014, 24 (3), pp.511-521. ⟨10.1101/gr.162933.113⟩
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-
- titre
- Variable expression levels detected in the Drosophila effectors of piRNA biogenesis
- auteur
- Marie Fablet, Abdou Akkouche, Virginie Braman, Cristina Vieira
- article
- Gene, 2014, 537 (1), pp.149-153. ⟨10.1016/j.gene.2013.11.095⟩
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-
Conference papers
- titre
- Length and Symmetry on the Sorting by Weighted Inversions Problem
- auteur
- Christian Baudet, Ulisses Dias, Zanoni Dias
- article
- 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. pp.99 – 106, ⟨10.1007/978-3-319-12418-6_13⟩
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-
- titre
- Efficiently listing bounded length st-paths
- auteur
- Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot
- article
- Twenty-Fifth International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2014), Sep 2014, Duluth, Minnesota, France. in press
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- titre
- Amortized Õ(|V|) -Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
- auteur
- Rui Ferreira, Roberto Grossi, Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot
- article
- 22th Annual European Symposium on Algorithms, Sep 2014, Wroclaw, Poland. pp.418-429, ⟨10.1007/978-3-662-44777-2_35⟩
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- titre
- Navigating in a Sea of Repeats in RNA-seq without Drowning
- auteur
- Gustavo Sacomoto, Blerina Sinaimeri, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- WABI 2014 – 14th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2014, Wroclaw, Poland. pp.82-96, ⟨10.1007/978-3-662-44753-6_7⟩
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-
Poster communications
- titre
- SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations
- auteur
- Mathieu Labernardiere, Patrice Baa-Puyoulet, Jean-Pierre Gauthier, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Jean-Christophe Simon, Stefano Colella
- article
- 13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , 1 p., 2014
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-
- titre
- Annotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS
- auteur
- Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Toni Gabaldon, Stefano Colella
- article
- 13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , 1 p., 2014
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-
Theses
- titre
- MiRNA and co: Methodologically exploring the world of small RNAs
- auteur
- Susan Higashi
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Universite Claude Bernard Lyon 1, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Évolution des génomes des endosymbiotes chez les insectes phloémophages : le cas d’Hamiltonella defensa en interaction avec ses différents partenaires
- auteur
- Pierre-Antoine Rollat-Farnier
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Claude Bernard Lyon 1, 2014. Français. ⟨NNT : ⟩
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2013
Journal articles
- titre
- Aphid Resistance in Florist’s Chrysanthemum (Chrysanthemum morifolium Ramat.) Induced by Sea Anemone Equistatin Overexpression
- auteur
- Mahmood Valizadeh, C. Deraison, S.K. Kazemitabar, Yvan Rahbé, Maarten A Jongsma
- article
- African Journal of Biotechnology, 2013, 12 (50), pp.12(50):6922-6930. ⟨10.5897/AJB2013.12956⟩
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-
- titre
- On the identifiability of metabolic network models.
- auteur
- Sara Berthoumieux, Matteo Brilli, Daniel Kahn, Hidde de Jong, Eugenio Cinquemani
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2013, 67 (6-7), pp.1795-832. ⟨10.1007/s00285-012-0614-x⟩
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-
- titre
- On the genetic architecture of cytoplasmic incompatibility: inference from phenotypic data
- auteur
- Igor Nor, Jan Engelstädter, Olivier Duron, Max Reuter, Marie-France Sagot, Sylvain Charlat
- article
- American Naturalist, 2013, 182 (1), pp.15-24. ⟨10.1086/670612⟩
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-
- titre
- Learning the local Bayesian network structure around the ZNF217 oncogene in breast tumours
- auteur
- Emmanuel Prestat, Sérgio Rodrigues de Morais, Julie A Vendrell, Aurélie Thollet, Christian Gautier, Pascale A Cohen, Alex Aussem
- article
- Computers in Biology and Medicine, 2013, 43 (4), pp.334-341. ⟨10.1016/j.compbiomed.2012.12.002⟩
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-
- titre
- Maternally deposited germline piRNAs silence the tirant retrotransposon in somatic cells
- auteur
- Abdou Akkouche, Thomas Grentzinger, Marie Fablet, Claudia Armenise, Nelly Burlet, Virginie Braman, Séverine Chambeyron, Cristina Vieira
- article
- EMBO Reports, 2013, 14 (5), pp.458-64. ⟨10.1038/embor.2013.38⟩
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-
- titre
- Distribution of Bemisia tabaci (Homoptera: Aleyrodidae) biotypes and their associated symbiotic bacteria on host plants in West Africa
- auteur
- Olivier Gnankine, Laurence Mouton, Hélène Henri, Gabriel Terraz, Thomas Houndeté, Thibaud Martin, Fabrice Vavre, Frédéric Fleury
- article
- Insect conservation and diversity, 2013, 6 (3), pp.411 – 421. ⟨10.1111/j.1752-4598.2012.00206.x⟩
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-
- titre
- Wavelet-based clustering for mixed-effects functional models in high dimension
- auteur
- Madison Giacofci, Sophie Lambert-Lacroix, Guillemette Marot, Franck Picard
- article
- Biometrics, 2013, 69 (1), pp.31-40. ⟨10.1111/j.1541-0420.2012.01828.x⟩
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-
- titre
- Biotype status and resistance to neonicotinoids and carbosulfan in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) in Burkina Faso, West Africa
- auteur
- Olivier Gnankine, Laurence Mouton, Aly Savadogo, Thibaud Martin, Antoine Sanon, Roch Dabiré, Fabrice Vavre, Frédéric Fleury
- article
- International Journal of Pest Management, 2013, 59 (2), pp.95-102. ⟨10.1080/09670874.2013.771806⟩
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-
- titre
- The DivJ, CbrA and PleC system controls DivK phosphorylation and symbiosis in Sinorhizobium meliloti
- auteur
- Francesco Pini, Benjamin Frage, Lorenzo Ferri, Nicole J. de Nisco, Saswat S. Mohapatra, Lucilla Taddei, Antonella Fioravanti, Frédérique Dewitte, Marco Galardini, Matteo Brilli, Vincent Villeret, Marco Bazzicalupo, Alessio Mengoni, Graham C. Walker, Anke Becker, Emanuele G. Biondi
- article
- Molecular Microbiology, 2013, 90 (1), pp.54 – 71. ⟨10.1111/mmi.12347⟩
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-
- titre
- Short and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
- auteur
- Matteo Brilli, Pietro Liò, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.309. ⟨10.1186/1471-2164-14-309⟩
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-
- titre
- Endosymbiont diversity among sibling weevil species competing for the same resource
- auteur
- Adrien Merville, Samuel Venner, Hélène Henri, Agnès Vallier, Frédéric Menu, Fabrice Vavre, Abdelaziz Heddi, Marie-Claude Bel-Venner
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2013, 13, pp.28. ⟨10.1186/1471-2148-13-28⟩
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-
- titre
- Predicting the proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and their respective endosymbionts reveals new aspects of the trypanosomatidae family
- auteur
- Maria Cristina Machado Motta, Allan Cezar de Azevedo Martins, Silvana Sant’Anna de Souza, Carolina Moura Costa Catta-Preta, Rosane Silva, Cecilia Coimbra Klein, Luiz Gonzaga Paula de Almeida, Oberdan de Lima Cunha, Luciane Prioli Ciapina, Marcelo Brocchi, Ana Cristina Colabardini, Bruna de Araujo Lima, Carlos Renato Machado, Célia Maria de Almeida Soares, Christian Macagnan Probst, Claudia Beatriz Afonso de Menezes, Claudia Elizabeth Thompson, Daniella Castanheira Bartholomeu, Daniela Fiori Gradia, Daniela Parada Pavoni, Edmundo C Grisard, Fabiana Fantinatti-Garboggini, Fabricio Klerynton Marchini, Gabriela Flávia Rodrigues-Luiz, Glauber Wagner, Gustavo Henrique Goldman, Juliana Lopes Rangel Fietto, Maria Carolina Elias, Maria Helena S Goldman, Marie-France Sagot, Maristela Pereira, Patrícia H Stoco, Rondon Pessoa de Mendonça-Neto, Santuza Maria Ribeiro Teixeira, Talles Eduardo Ferreira Maciel, Tiago Antônio de Oliveira Mendes, Turán P Ürményi, Wanderley de Souza, Sergio Schenkman, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (4), pp.e60209. ⟨10.1371/journal.pone.0060209⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Tyrosine pathway regulation is host-mediated in the pea aphid symbiosis during late embryonic and early larval development
- auteur
- Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, Panagiotis Sapountzis, Nadia Bendridi, Marjolaine Rey, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
- article
- BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.235. ⟨10.1186/1471-2164-14-235⟩
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-
- titre
- Biosynthesis of vitamins and cofactors in bacterium-harbouring trypanosomatids depends on the symbiotic association as revealed by genomic analyses
- auteur
- Cecilia C Klein, João M P Alves, Myrna G Serrano, Gregory A Buck, Ana Tereza R Vasconcelos, Marie-France Sagot, Marta M G Teixeira, Erney P Camargo, Maria Cristina M Motta
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (11), pp.e79786. ⟨10.1371/journal.pone.0079786⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Expression and Biological Activity of the Cystine Knot Bioinsecticide PA1b (Pea Albumin 1 Subunit b).
- auteur
- Vanessa Eyraud, Lamis Karaki, Isabelle Rahioui, Catherine Sivignon, Pedro da Silva, Yvan Rahbé, Corinne Royer, Frédéric Gressent
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (12), pp.e81619. ⟨10.1371/journal.pone.0081619⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Distribution of endosymbiotic reproductive manipulators reflects invasion process and not reproductive system polymorphism in the little fire ant Wasmannia auropunctata
- auteur
- Olivier REY, Arnaud Estoup, Benoit Facon, Anne Loiseau, Alexandre Aebi, Olivier Duron, Fabrice Vavre, Julien Foucaud
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (3), pp.e58467. ⟨10.1371/journal.pone.0058467⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genomic analysis of the regulatory elements and links with intrinsic DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera
- auteur
- Lilia Brinza, Federica Calevro, Hubert Charles
- article
- BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.73. ⟨10.1186/1471-2164-14-73⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Endosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers
- auteur
- João Alves, Cecilia Klein, Flávia Maia da Silva, André Costa-Martins, Myrna Serrano, Gregory Buck, Ana Tereza Vasconcelos, Marie-France Sagot, Marta Teixeira, Maria Cristina Motta, Erney Camargo
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2013, 13 (1), pp.190. ⟨10.1186/1471-2148-13-190⟩
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Conference papers
- titre
- AphidAtlas : avancées récentes
- auteur
- Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé
- article
- BAPOA 2013 MOP, Oct 2013, Montpellier, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Greedy Randomized Search Procedure to Sort Genomes using Symmetric, Almost-Symmetric and Unitary Inversions
- auteur
- Ulisses Dias, Christian Baudet, Zanoni Dias
- article
- Proceedings of the 4th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics (ACM BCB 2013), ACM Special Interest Group on Bioinformatics, Computational Biology, and Biomedical Informatics, Sep 2013, Maryland, United States. pp.181–190, ⟨10.1145/2506583.2506614⟩
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-
- titre
- A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
- auteur
- Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2013, Nice, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using cascading Bloom filters to improve the memory usage for de Brujin graphs
- auteur
- Kamil Salikhov, Gustavo Sacomoto, Gregory Kucherov
- article
- Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2013, Sophia Antipolis, France. 13p
- Accès au bibtex
-
- titre
- New developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
- auteur
- Alice Julien-Laferriere, Gustavo Sacomoto, Rayan Chikhi, Erwan Scaon, David P. Parsons, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Miele, Vincent Lacroix
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2013, Toulouse, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Telling Stories Fast
- auteur
- Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Vincent Lacroix, Andrea Marino, Marie-France Sagot, Paulo Vieira Milreu
- article
- 12th International Symposium Experimental Algorithms (SEA), Jun 2013, Rome, Italy. pp.200-211
- Accès au bibtex
-
- titre
- Spatial modelling of plant diversity from high-throughput environmental dna sequence data
- auteur
- Angelika Studeny, Florence Forbes, Eric Coissac, Alain Viari, Celine Mercier, Lucie Zinger, Aurélie Bonin, Frédéric Boyer, Pierre Taberlet
- article
- 45èmes Journées de Statistique, Société Française de Statistique, May 2013, Toulouse, France
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-
- titre
- Optimal Listing of Cycles and st-Paths in Undirected Graphs
- auteur
- Etienne E. Birmelé, Rui Ferreira, Roberto Grossi, Andrea Marino, Nadia Pisanti, Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto
- article
- 24th Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2013, New Orleans, United States
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-
Poster communications
- titre
- « ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.
- auteur
- Patrice Baa-Puyoulet, Stefano Colella, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, Toni Gabaldon, Marie-France Sagot, Hubert Charles
- article
- 17. Colloque de Biologie de l’Insecte – CBI-2013, Oct 2013, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases: development of ad hoc BioCyc DB (AcypiCyc, ArthropodaCyc
- auteur
- Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, Toni Gabaldon, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- 8. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium, Jan 2013, Harpenden, United Kingdom
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-
Theses
- titre
- Bioinformatic study of the metabolic dialog between a non-pathogenic trypanosomatid and its endosymbiont with evolutionary and functional goals
- auteur
- Cecilia Coimbra Klein
- article
- Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2013. English. ⟨NNT : 2013LYO10208⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- [Big Data in biology].
- auteur
- Alain Viari
- article
- médecine/sciences, 2012, 28 (12), pp.1027-8. ⟨10.1051/medsci/20122812001⟩
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-
- titre
- Complete Genome Sequence of “Candidatus Portiera aleyrodidarum” BT-QVLC, an Obligate Symbiont That Supplies Amino Acids and Carotenoids to Bemisia tabaci.
- auteur
- Diego Santos-Garcia, Pierre-Antoine Farnier, Francisco Beitia, Einat Zchori-Fein, Fabrice Vavre, Laurence Mouton, Andrés Moya, Amparo Latorre, Francisco J Silva
- article
- Journal of Bacteriology, 2012, 194 (23), pp.6654-6655. ⟨10.1128/JB.01793-12⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reconciliation of metabolites and biochemical reactions for metabolic networks.
- auteur
- Thomas Bernard, Alan Bridge, Anne Morgat, Sébastien Moretti, Ioannis Xenarios, Marco Pagni
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2012, 15 (1), pp.123-135. ⟨10.1093/bib/bbs058⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- ChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data.
- auteur
- Milana Frenkel-Morgenstern, Alessandro Gorohovski, Vincent Lacroix, Mark Rogers, Kristina Ibanez, Cesar Boullosa, Eduardo Andres Leon, Asa Ben-Hur, Alfonso Valencia
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 41 (D1), pp.D142-D151. ⟨10.1093/nar/gks1041⟩
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-
- titre
- De la bioinformatique à la cellule numérique
- auteur
- Alain Viari
- article
- Collection “20 ans d’avancées et de perspectives en sciences du numérique”, 2012, 2 p
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-
- titre
- A comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.
- auteur
- Cristina Vieira, Marie Fablet, Emmanuelle Lerat, Matthieu Boulesteix, Rita Rebollo, Nelly Burlet, Abdou Akkouche, Benjamin Hubert, Hussein Mortada, Christian Biémont
- article
- Journal of Environmental Radioactivity, 2012, 113, pp.83-86. ⟨10.1016/j.jenvrad.2012.04.001⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Navigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches.
- auteur
- Nuno D Mendes, Steffen Heyne, Ana T Freitas, Marie-France Sagot, Rolf Backofen
- article
- Bioinformatics, 2012, 28 (23), pp.3034-3041. ⟨10.1093/bioinformatics/bts574⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Algorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks.
- auteur
- Vicente Acuña, Paulo Vieira Milreu, Ludovic Cottret, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Marie-France Sagot
- article
- Bioinformatics, 2012, 28 (19), pp.2474-2483. ⟨10.1093/bioinformatics/bts423⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator.
- auteur
- Thasso Griebel, Benedikt Zacher, Paolo Ribeca, Emanuele Raineri, Vincent Lacroix, Roderic Guigó, Michael Sammeth
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 40 (20), pp.10073-10083. ⟨10.1093/nar/gks666⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A snapshot of histone modifications within transposable elements in Drosophila wild type strains.
- auteur
- Rita Rebollo, Béatrice Horard, Flora Begeot, Marion Delattre, Eric Gilson, Cristina Vieira
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.1-7. ⟨10.1371/journal.pone.0044253⟩
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-
- titre
- Transposon proliferation in an asexual parasitoid.
- auteur
- Ken Kraaijeveld, Brechtje Zwanenburg, Benjamin Hubert, Cristina Vieira, Sylvia de Pater, Jacques J.M. van Alphen, Johan T den Dunnen, Peter de Knijff
- article
- Molecular Ecology, 2012, 21 (16), pp.3898-3906. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.5582.x⟩
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-
- titre
- Chimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts.
- auteur
- Milana Frenkel-Morgenstern, Vincent Lacroix, Iakes Ezkurdia, Yishai Levin, Alexandra Gabashvili, Jaime Prilusky, Angela del Pozo, Michael Tress, Rory Johnson, Roderic Guigo, Alfonso Valencia
- article
- Genome Research, 2012, 22 (7), pp.1231-1242. ⟨10.1101/gr.130062.111⟩
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-
- titre
- Exceptional plant penetration and feeding upon cortical parenchyma cells by the woolly poplar aphid.
- auteur
- Sophie Pointeau, Arnaud Ameline, Françoise Laurans, Aurélien Sallé, Yvan Rahbé, Stéphanie Bankhead-Dronnet, François Lieutier
- article
- Journal of Insect Physiology, 2012, 58 (6), pp.857-66. ⟨10.1016/j.jinsphys.2012.03.008⟩
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-
- titre
- Making (good) use of Wolbachia: what the models say.
- auteur
- Fabrice Vavre, Sylvain Charlat
- article
- Current Opinion in Microbiology, 2012, 15 (3), pp.263-8. ⟨10.1016/j.mib.2012.03.005⟩
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-
- titre
- The CanOE strategy: integrating genomic and metabolic contexts across multiple prokaryote genomes to find candidate genes for orphan enzymes.
- auteur
- Adam Alexander Thil Smith, Eugeni Belda, Alain Viari, Claudine Médigue, David Vallenet
- article
- PLoS Computational Biology, 2012, 8 (5), ⟨10.1371/journal.pcbi.1002540⟩
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-
- titre
- tirant, a newly discovered active endogenous retrovirus in Drosophila simulans.
- auteur
- Abdou Akkouche, Rita Rebollo, Nelly Burlet, Caroline Esnault, Sonia Martinez, Barbara Viginier, Christophe Terzian, Cristina Vieira, Marie Fablet
- article
- Journal of Virology, 2012, 86 (7), pp.3675-3681. ⟨10.1128/JVI.07146-11⟩
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-
- titre
- Influence of the virus LbFV and of Wolbachia in a host-parasitoid interaction.
- auteur
- Julien Martinez, Anne Duplouy, Megan Woolfit, Fabrice Vavre, Scott L O’Neill, Julien Varaldi
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (4), pp.1-10. ⟨10.1371/journal.pone.0035081⟩
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-
- titre
- Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in Escherichia coli
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde de Jong
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2012, 295, pp.100-115. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.11.010⟩
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-
- titre
- Triterpene saponins of Quillaja saponaria show strong aphicidal and deterrent activity against the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
- auteur
- Ellen de Geyter, Guy Smagghe, Yvan Rahbé, Danny Geelen
- article
- Pest Management Science, 2012, 68 (2), pp.164-169. ⟨10.1002/ps.2235⟩
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-
- titre
- Influence of Wolbachia on host gene expression in an obligatory symbiosis.
- auteur
- Natacha Kremer, Delphine Charif, Hélène Henri, Frédérick F. Gavory, Patrick Wincker, Patrick Mavingui, Fabrice Vavre
- article
- BMC Microbiology, 2012, 12 (Suppl 1), pp.1-16. ⟨10.1186/1471-2180-12-S1-S7⟩
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-
- titre
- UniPathway: a resource for the exploration and annotation of metabolic pathways.
- auteur
- Anne Morgat, Eric Coissac, Elisabeth Coudert, Kristian B Axelsen, Guillaume Keller, Amos Bairoch, Alan Bridge, Lydie Bougueleret, Ioannis Xenarios, Alain Viari
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 40 (D1), pp.D761-D769. ⟨10.1093/nar/gkr1023⟩
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-
- titre
- Rhea–a manually curated resource of biochemical reactions.
- auteur
- Rafael Alcântara, Kristian B Axelsen, Anne Morgat, Eugeni Belda, Elisabeth Coudert, Alan Bridge, Hong Cao, Paula de Matos, Marcus Ennis, Steve Turner, Gareth Owen, Lydie Bougueleret, Ioannis Xenarios, Christoph Steinbeck
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 40 (Database issue), pp.D754-60. ⟨10.1093/nar/gkr1126⟩
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-
- titre
- Heritable variation in an extended phenotype: the case of a parasitoid manipulated by a virus.
- auteur
- Julien Martinez, Frédéric Fleury, Julien Varaldi
- article
- Journal of Evolutionary Biology, 2012, 25 (1), pp.54-65. ⟨10.1111/j.1420-9101.2011.02405.x⟩
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-
- titre
- Complex dynamic of dengue virus serotypes 2 and 3 in Cambodia following series of climate disasters
- auteur
- Veasna Duong, Matthew R. Henn, Cameron Simmons, Chantha Ngan, Bunthin Y, Laurent Gavotte, Alain Viari, Sivuth Ong, Rekol Huy, Niall J. Lennon, Sowath Ly, Sirenda Vong, Bruce W. Birren, Jeremy J. Farrar, Vincent Deubel, Roger Frutos, Philippe Buchy
- article
- Infection, Genetics and Evolution, 2012, pp.N/A. ⟨10.1016/j.meegid.2012.05.012⟩
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-
- titre
- Evidence for Transcript Networks Composed of Chimeric RNAs in Human Cells
- auteur
- Sarah Djebali, Julien Lagarde, Philipp Kapranov, Vincent Lacroix, Christelle Borel, Jonathan M. Mudge, Cedric Howald, Sylvain Foissac, Catherine Ucla, Jacqueline Chrast, Paolo Ribeca, David Martin, Ryan R. Murray, Xinping Yang, Lila Ghamsari, Chenwei Lin, Ian Bell, Erica Dumais, Jorg Drenkow, Michael L. Tress, Josep L. Gelpi, Modesto Orozco, Alfonso Valencia, Nynke L. van Berkum, Bryan R. Lajoie, Marc Vidal, John Stamatoyannopoulos, Philippe Batut, Alex Dobin, Jennifer Harrow, Tim Hubbard, Job Dekker, Adam Frankish, Kourosh Salehi-Ashtiani, Alexandre Reymond, Stylianos E. Antonarakis, Roderic Guigo, Thomas R. Gingeras
- article
- PLoS ONE, 2012, 7, pp.1-22
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-
- titre
- Structural and dynamical analysis of biological networks.
- auteur
- Cecilia C. Klein, Andrea Marino, Marie-France Sagot, Paulo Vieira Milreu, Matteo Brilli
- article
- Briefings in Functional Genomics and Proteomics, 2012, 14, pp.309. ⟨10.1093/bfgp/els030⟩
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-
- titre
- Telling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets
- auteur
- Vicente Acuña, Etienne Birmelé, Ludovic Cottret, Pierluigi Crescenzi, Fabien Jourdan, Vincent Lacroix, Alberto Marchetti-Spaccamela, Andrea Marino, Paulo Vieira Milreu, Marie-France Sagot, Leen Stougie
- article
- Theoretical Computer Science, 2012, 457, pp.1–9. ⟨10.1016/j.tcs.2012.07.023⟩
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-
- titre
- Mod/Resc Parsimony Inference: Theory and application
- auteur
- Igor Nor, Danny Hermelin, Sylvain Charlat, Jan Engelstadter, Max Reuter, Olivier Duron, Marie-France Sagot
- article
- Information and Computation, 2012, 213, pp.23-32. ⟨10.1016/j.ic.2011.03.008⟩
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-
- titre
- BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
- auteur
- Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves d’Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine de Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
- article
- Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, pp.1-5. ⟨10.1155/2012/893048⟩
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-
- titre
- The sex-specific impact of meiotic recombination on nucleotide composition.
- auteur
- Alexandra Popa, Paul Samollow, Christian Gautier, Dominique Mouchiroud
- article
- Genome Biology and Evolution, 2012, 4 (3), pp.412-422. ⟨10.1093/gbe/evs023⟩
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-
- titre
- Sampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals
- auteur
- Christian Baudet, Zanoni Dias, Marie-France Sagot
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2012, 7 (1), pp.18. ⟨10.1186/1748-7188-7-18⟩
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-
- titre
- Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria
- auteur
- Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Janice Kielbassa, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.438. ⟨10.1186/1471-2164-13-438⟩
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-
- titre
- KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
- auteur
- Gustavo Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 6), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-13-S6-S5⟩
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-
- titre
- Dynamic of H5N1 virus in Cambodia and emergence of a novel endemic sub-clade
- auteur
- San Sorn, Touch Sok, Sovann Ly, Sareth Rith, Nguyen Tung, Alain Viari, Laurent Gavotte, Davun Holl, Heng Seng, Nima Asgari, Beat Richner, Denis Laurent, Nora Chea, Veasna Duong, Tetsuya Toyoda, Chadwick Y. Yasuda, Paul Kitsutani, Paul Zhou, Sun Bing, V. Deubel, Ruben Donis, Roger Frutos, Philippe Buchy
- article
- Infection, Genetics and Evolution, 2012, pp.N/A. ⟨10.1016/j.meegid.2012.05.013⟩
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-
Conference papers
- titre
- Efficient Bubble Enumeration in Directed Graphs
- auteur
- Etienne E. Birmelé, Pierluigi Crescenzi, Rui Ferreira, Roberto Grossi, Vincent Lacroix, Andrea Marino, Nadia Pisanti, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot
- article
- String Processing and Information Retrieval (SPIRE), Oct 2012, Cartagena, Colombia. pp.118-129, ⟨10.1007/978-3-642-34109-0_13⟩
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-
- titre
- The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
- auteur
- Patrice Baa-Puyoulet, Augusto F. Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- 13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jul 2012, Rennes, France. Pagination multiple
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-
- titre
- Minimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone
- auteur
- Alexandre da Silva Freire, Vicente Acuña, Pierluigi Crescenzi, Carlos Eduardo Ferreira, Vincent Lacroix, Paulo Vieira Milreu, Eduardo Moreno, Marie-France Sagot
- article
- Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO), Apr 2012, Athens, Greece. pp.165–177, ⟨10.1007/978-3-642-32147-4_16⟩
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-
Book sections
- titre
- Analysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing
- auteur
- Paolo Ribeca, Vincent Lacroix, Michael Sammeth, Roderic Guigó
- article
- Stefan Stamm, Christopher W. J. Smith, Reinhard Lührmann. Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 2012, 9783527636778. ⟨10.1002/9783527636778.ch50⟩
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-
Poster communications
- titre
- The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
- auteur
- Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- 5. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2012, Villeurbanne, France. 2012
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-
Theses
- titre
- Diversity and dynamics of Wolbachia-host associations in arthropods from the Society archipelago, French Polynesia
- auteur
- Patrícia Martins Simões
- article
- Biodiversité. Université Claude Bernard – Lyon I, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
2011
Journal articles
- titre
- ecoPrimers: inference of new DNA barcode markers from whole genome sequence analysis.
- auteur
- Tiayyba Riaz, Wasim Shehzad, Alain Viari, François Pompanon, Pierre Taberlet, Eric Coissac
- article
- Nucleic Acids Research, 2011, 39 (21), pp.e145. ⟨10.1093/nar/gkr732⟩
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-
- titre
- Biased mutational pattern and quasispecies hypothesis in H5N1 virus.
- auteur
- Ramona Alikiiteaga Gutiérrez, Alain Viari, Bernard Godelle, Roger Frutos, Philippe Buchy
- article
- Infection, Genetics and Evolution, 2011, pp.69-76. ⟨10.1016/j.meegid.2011.10.019⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
- auteur
- José Viñuelas, Gérard Febvay, Gabrielle Duport, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, Hubert Charles, Yvan Rahbé, Federica Calevro
- article
- Molecular Microbiology, 2011, 81 (5), pp.1271-1285. ⟨10.1111/j.1365-2958.2011.07760.x⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Vertical inheritance and bursts of transposition have shaped the evolution of the BS non-LTR retrotransposon in Drosophila.
- auteur
- Adriana Granzotto, Fabrício R Lopes, Cristina Vieira, Claudia M A Carareto
- article
- Molecular Genetics and Genomics, 2011, 286 (1), pp.57-66. ⟨10.1007/s00438-011-0629-9⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Bacterial symbionts in insects or the story of communities affecting communities.
- auteur
- Julia Ferrari, Fabrice Vavre
- article
- Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2011, 366 (1569), pp.1389-400. ⟨10.1098/rstb.2010.0226⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Wolbachia detection: an assessment of standard PCR protocols.
- auteur
- P. M. Simões, G. Mialdea, D. Reiss, Marie-France Sagot, S. Charlat
- article
- Molecular Ecology Resources, 2011, 11 (3), pp.567-72. ⟨10.1111/j.1755-0998.2010.02955.x⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Comparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes.
- auteur
- Emmanuelle Lerat, Nelly Burlet, Christian Biémont, Cristina Vieira
- article
- Gene, 2011, 473 (2), pp.100-9. ⟨10.1016/j.gene.2010.11.009⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Intraspecific specialization of the generalist parasitoid Cotesia sesamiae revealed by polyDNAvirus polymorphism and associated with different Wolbachia infection.
- auteur
- Antoine Branca, Bruno Pierre Le Ru, Fabrice Vavre, Jean-François Silvain, Stéphane Dupas
- article
- Molecular Ecology, 2011, 20 (5), pp.959-71. ⟨10.1111/j.1365-294X.2010.04977.x⟩
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-
- titre
- Does a parthenogenesis-inducing Wolbachia induce vestigial cytoplasmic incompatibility?
- auteur
- Ken Kraaijeveld, Barbara M Reumer, Laurence Mouton, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Jacques J.M. van Alphen
- article
- The Science of Nature Naturwissenschaften, 2011, 98 (3), pp.175-80. ⟨10.1007/s00114-010-0756-x⟩
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-
- titre
- PhEVER: a database for the global exploration of virus-host evolutionary relationships.
- auteur
- Leonor Palmeira, Simon Penel, Vincent Lotteau, Chantal Rabourdin-Combe, Christian Gautier
- article
- Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Database issue), pp.D569-75. ⟨10.1093/nar/gkq1013⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource.
- auteur
- Anne Morgat, Rolf Apweiler, Maria-Jesus Martin, C. O’Donovan, M. Magrane, Y. Alam-Faruque, R. Antunes, D. Barrell, B. Bely, M. Bingley, D. Binns, L. Bower, P. Browne, Chan Wm, E. Dimmer, R. Eberhardt, Pier-Francesco Fazzini, A. Fedotov, R. Foulger, J. Garavelli, Castro Lg, R. Huntley, J. Jacobsen, M. Kleen, K. Laiho, D. Legge, Q. Lin, W. Liu, J. Luo, S. Orchard, S. Patient, K. Pichler, D. Poggioli, N. Pontikos, M. Pruess, S. Rosanoff, T. Sawford, H. Sehra, E. Turner, M. Corbett, M. Donnelly, Van Rensburg P, I. Xenarios, L. Bougueleret, A. Auchincloss, G. Argoud-Puy, K. Axelsen, A. Bairoch, D. Baratin, Blatter Mc, B. Boeckmann, J. Bolleman, L. Bollondi, E. Boutet, Quintaje Sb, L. Breuza, A. Bridge, E. Decastro, E. Coudert, I. Cusin, M. Doche, D. Dornevil, S. Duvaud, A. Estreicher, L. Famiglietti, M. Feuermann, S. Gehant, S. Ferro, E. Gasteiger, A. Gateau, V. Gerritsen, A. Gos, N. Gruaz-Gumowski, U. Hinz, C. Hulo, N. Hulo, J. James, S. Jimenez, F. Jungo, T. Kappler, G. Keller, V. Lara, P. Lemercier, D. Lieberherr, X. Martin, P. Masson, M. Moinat, S. Paesano, I. Pedruzzi, S. Pilbout, S. Poux, M. Pozzato, N. Redaschi, C. Rivoire, B. Roechert, M. Schneider, C. Sigrist, K. Sonesson, S. Staehli, E. Stanley, A. Stutz, S. Sundaram, M. Tognolli, L. Verbregue, Veuthey Al, Wu Ch, Arighi Cn, L. Arminski, Barker Wc, C. Chen, Y. Chen, P. Dubey, He Huang, R. Mazumder, P. Mcgarvey, Natale Da, Natarajan Tg, J. Nchoutmboube, Roberts Nv, Suzek Be, U. Ugochukwu, Vinayaka Cr, Qiang Wang, Y. Wang, Yeh Ls, J. Zhang
- article
- Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Database issue), pp.D214-9. ⟨10.1093/nar/gkq1020⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Bacterial syntenies: an exact approach with gene quorum.
- auteur
- Yves-Pol Deniélou, Marie-France Sagot, Frédéric Boyer, Alain Viari
- article
- BMC Bioinformatics, 2011, 12, pp.193. ⟨10.1186/1471-2105-12-193⟩
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-
- titre
- Identification of metabolic network models from incomplete high-throughput datasets
- auteur
- Sara Berthoumieux, Matteo Brilli, Hidde De Jong, Daniel Kahn, Eugenio Cinquemani
- article
- Bioinformatics, 2011, 27 (13), pp.i186-i195. ⟨10.1093/bioinformatics/btr225⟩
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-
- titre
- Exploring the symbiotic pangenome of the nitrogen-fixing bacterium Sinorhizobium meliloti.
- auteur
- Marco Galardini, Alessio Mengoni, Matteo Brilli, Francesco Pini, Antonella Fioravanti, Susan Lucas, Alla Lapidus, Jan-Fang Cheng, Lynne Goodwin, Samuel Pitluck, Miriam Land, Loren Hauser, Tanja Woyke, Natalia Mikhailova, Natalia Ivanova, Hajnalka Daligault, David Bruce, Chris Detter, Roxanne Tapia, Cliff Han, Hazuki Teshima, Stefano Mocali, Marco Bazzicalupo, Emanuele G Biondi
- article
- BMC Genomics, 2011, 12, pp.235. ⟨10.1186/1471-2164-12-235⟩
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-
- titre
- A dynamic programming algorithm for the tree mapping problem
- auteur
- C.E. Ferreira, A. S. Freire, G. A. Puglia
- article
- Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2011, pp.147-152
- Accès au bibtex
-
- titre
- A genomic reappraisal of symbiotic function in the aphid/buchnera symbiosis: reduced transporter sets and variable membrane organisations.
- auteur
- Hubert Charles, Severine Balmand, Araceli Lamelas, Ludovic Cottret, Vicente Pérez-Brocal, Béatrice Burdin, Amparo Latorre, Gérard Febvay, Stefano Colella, Federica Calevro, Yvan Rahbé
- article
- PLoS ONE, 2011, 6 (12), pp.e29096. ⟨10.1371/journal.pone.0029096⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genetic diversity and lineage dynamic of dengue virus serotype 1 (DENV-1) in Cambodia
- auteur
- Veasna Duong, Cameron Simmons, Laurent Gavotte, Alain Viari, Sivuth Ong, Ngan Chantha, Niall J. Lennon, Bruce W. Birren, Sirenda Vong, Jeremy J. Farrar, Matthew R. Henn, Vincent Deubel, Roger Frutos, Philippe Buchy
- article
- Infection, Genetics and Evolution, 2011, N/A (N/A), pp.N/A. ⟨10.1016/j.meegid.2011.06.019⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex
- auteur
- Teva Vernoux, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Valérie Morin, Hilde van Den Daele, Jonathan Legrand, Marina Oliva, Pradeep Das, Antoine Larrieu, Darren Wells, Yann Guédon, Lynne Armitage, Franck Picard, Soazig Guyomarch, Coralie Cellier, Geraint Parry, Rachil Koumproglou, John H. Doonan, Mark Estelle, Christophe Godin, Stefan Kepinski, Malcolm Bennett, Lieven De Veylder, Jan Traas
- article
- Molecular Systems Biology, 2011, 7 (508), ⟨10.1038/msb.2011.39⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
- auteur
- Amélie Véron, Claire Lemaitre, Christian Gautier, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- BMC Genomics, 2011, 12 (1), pp.303. ⟨10.1186/1471-2164-12-303⟩
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-
- titre
- Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.
- auteur
- Aïda Ouangraoua, Eric Tannier, Cedric Chauve
- article
- Bioinformatics, 2011, 27, 27 (19), pp.2664-2671. ⟨10.1093/bioinformatics/btr461⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.
- auteur
- Augusto F Vellozo, Amélie S Véron, Patrice Baa-Puyoulet, Jaime Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, Angela E Douglas, Toni Gabaldón, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- Database – The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar008. ⟨10.1093/database/bar008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Joint segmentation of multivariate Gaussian processes using mixed linear models
- auteur
- Franck F. Picard, E. Lebarbier, E. E. Budinska, Stephane S. Robin
- article
- Computational Statistics and Data Analysis, 2011, 55 (2), pp.1160 – 1170. ⟨10.1016/j.csda.2010.09.015⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Transcriptome analysis of embryo development in a parthenogenetic and symbiotic insect model, the pea aphid
- auteur
- Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
- article
- IPG’10 Integrative Post-Genomics, Centre Jacques Cartier. Lyon, FRA., Nov 2011, Lyon, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Absence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria
- auteur
- Cecilia Coimbra Klein, Ludovic Cottret, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- 6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics, Nov 2011, Lyon, France. 33 diapositives
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Réévaluation génomique de la fonction de transport chez Buchnera, endocytobiote des pucerons : une faible diversité de transporteurs et une organisation membranaire variable
- auteur
- Hubert Charles, Severine Balmand, Araceli Lamelas, Ludovic Cottret, Vicente Pérez-Brocal, Béatrice Burdin, Amparo Latorre, Gérard Febvay, Stefano Colella, Federica Calevro, Yvan Rahbé
- article
- 4. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2011, Paris, France
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-
- titre
- Finding Long and Multiple Repeats with Edit Distance
- auteur
- Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
- article
- The Prague Stringology Conference 2011, Aug 2011, Prague, Czech Republic
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-
- titre
- Partial enumeration of solutions traces for the problem of sorting by signed reversals
- auteur
- Christian Baudet, Zanoni Dias
- article
- Proceedings of the 2nd ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine, Aug 2011, Chicago, United States. pp.505–507, ⟨10.1145/2147805.2147884⟩
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-
- titre
- ArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
- auteur
- Patrice Baa-Puyoulet, Augusto F Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, T. Gabaldon, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- 5th Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity”, Jun 2011, Kansas City, United States
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-
- titre
- NGS without a reference genome, comparison and visualisation of non assembled data
- auteur
- Vincent Lacroix
- article
- Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), 2011, Paris, France
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-
- titre
- RNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
- auteur
- M.-C. Carpentier, J. Charif, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot, Fabrice Vavre
- article
- JOBIM, 2011, Paris, France
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-
- titre
- Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development
- auteur
- Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, Yvan Rahbé, Patrice Baa-Puyoulet, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
- article
- Sixth International Symposium on Molecular Insect Science, 2011, Amsterdam, Netherlands
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-
- titre
- Initial metabolic reconstruction of Klebsiella pneumoniae Kp13, a multidrug resistant pathogen involved in nosocomial outbreaks in Brazil
- auteur
- P. Ivan, Cecilia C. Klein, Ludovic Cottret, Ana T Vasconcelos, Ac Gales, Marie-France Sagot, M. Nicolas
- article
- X-meeting, 2011, Florianópolis, Brazil
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-
- titre
- A New Algorithm for Sparse Suffix Trees
- auteur
- Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, Alair Pereira Do Lago
- article
- Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2011, Brasília, Brazil
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-
- titre
- Telling Stories
- auteur
- Vicente Acuña, Etienne Birmele, Ludovic Cottret, Pierluigi Crescenzi, Fabien Jourdan, Vincent Lacroix, Alberto Marchetti-Spaccamela, Andrea Marino, Paulo Vieira Milreu, Marie-France Sagot, Leen Stougie
- article
- ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA), 2011, Zurich, Switzerland. ⟨10.1016/j.tcs.2012.07.023⟩
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-
- titre
- Metabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis
- auteur
- Cecilia C. Klein, Ludovic Cottret, Hubert Charles, Christian Gautier, Ana T Vasconcelos, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics, 2011, Berlin, Germany
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Etude structurelle des réseaux : modèles aléatoires, motifs et cycles.
- auteur
- Etienne Birmele
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université d’Evry-Val d’Essonne, 2011
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-
Poster communications
- titre
- Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development
- auteur
- Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Nadia Bendridi, Yvan Rahbé, Patrice Baa-Puyoulet, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
- article
- 6. International Symposium on Molecular Insect Science, Oct 2011, Amsterdam, Netherlands. Elsevier, 2011,
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-
- titre
- “ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
- auteur
- Patrice Baa-Puyoulet, Augusto Vellozo, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Toni Gabaldon, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- 5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity”, Jun 2011, Kansas City, United States. , 33 p., 2011, Fifth Annual Arthropod Genomics Symposium
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-
Reports
- titre
- kisSplice, détection d’évènements d’épissages alternatifs dans les données RNA-seq
- auteur
- Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, J. Kielbassa, Pavlos Antoniou, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
- article
- [Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12
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-
- titre
- Identification of metabolic network models from incomplete high-throughput datasets
- auteur
- Sara Berthoumieux, Matteo Brilli, Hidde de Jong, Kahn Daniel, Eugenio Cinquemani
- article
- [Research Report] RR-7524, INRIA. 2011
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-
Theses
- titre
- Expression et évolution du phénotype étendu dans une association parasitoïde-virus
- auteur
- Julien Martinez
- article
- Sciences agricoles. Université Claude Bernard – Lyon I, 2011. Français. ⟨NNT : 2011LYO10329⟩
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-
- titre
- Efficient algorithms for the identification of miRNA motifs in DNA sequences
- auteur
- Nuno D Mendes
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. UNIVERSIDADE TECNICA DE LISBOA INSTITUTO SUPERIOR TECNICO, 2011. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- The evolution of recombination and genomic structures: a modeling approach.
- auteur
- Alexandra Popa
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2011. English. ⟨NNT : ⟩
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-
2010
Journal articles
- titre
- Do variable compensatory mechanisms explain the polymorphism of the dependence phenotype in the Asobara tabida-wolbachia association?
- auteur
- Natacha Kremer, Franck Dedeine, Delphine Charif, Cédric Finet, Roland Allemand, Fabrice Vavre
- article
- Evolution – International Journal of Organic Evolution, 2010, 64 (10), pp.2969-79. ⟨10.1111/j.1558-5646.2010.01034.x⟩
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-
- titre
- The transmission efficiency of tomato yellow leaf curl virus by the whitefly Bemisia tabaci is correlated with the presence of a specific symbiotic bacterium species.
- auteur
- Yuval Gottlieb, Einat Zchori-Fein, Netta Mozes-Daube, Svetlana Kontsedalov, Marisa Skaljac, Marina Brumin, Iris Sobol, Henryk Czosnek, Fabrice Vavre, Frédéric Fleury, Murad Ghanim
- article
- Journal of Virology, 2010, 84 (18), pp.9310-7. ⟨10.1128/JVI.00423-10⟩
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-
- titre
- Genes devoid of full-length transposable element insertions are involved in development and in the regulation of transcription in human and closely related species.
- auteur
- Hussein Mortada, Cristina Vieira, Emmanuelle Lerat
- article
- Journal of Molecular Evolution, 2010, 71 (3), pp.180-91. ⟨10.1007/s00239-010-9376-5⟩
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-
- titre
- Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
- auteur
- Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, Marie-France Sagot
- article
- Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp.1897-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq301⟩
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-
- titre
- MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.
- auteur
- Ludovic Cottret, David Wildridge, Florence Vinson, Michael P Barrett, Hubert Charles, Marie-France Sagot, Fabien Jourdan
- article
- Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. ⟨10.1093/nar/gkq312⟩
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-
- titre
- Binding properties of the N-acetylglucosamine and high-mannose N-glycan PP2-A1 phloem lectin in Arabidopsis.
- auteur
- Julie Beneteau, Denis Renard, Laurent Marché, Elise Douville, Laurence Lavenant, Yvan Rahbé, Didier Dupont, Françoise Vilaine, Sylvie Dinant
- article
- Plant Physiology, 2010, 153 (3), pp.1345-61. ⟨10.1104/pp.110.153882⟩
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-
- titre
- Jumping genes and epigenetics: Towards new species.
- auteur
- Rita Rebollo, Béatrice Horard, Benjamin Hubert, Cristina Vieira
- article
- Gene, 2010, 454 (1-2), pp.1-7. ⟨10.1016/j.gene.2010.01.003⟩
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-
- titre
- Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola.
- auteur
- A. C. C. Wilson, P. D. Ashton, Federica Calevro, H. Charles, Stefano Colella, G. Febvay, G. Jander, P. F. Kushlan, S. J. Macdonald, J. F. Schwartz, G. H. Thomas, A. E. Douglas
- article
- Insect Molecular Biology, 2010, 19 Suppl 2 (S2), pp.249-58. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00942.x⟩
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-
- titre
- A note on the complexity of finding and enumerating elementary modes.
- auteur
- Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Marie-France Sagot, Leen Stougie
- article
- BioSystems, 2010, 99 (3), pp.210-4. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.11.004⟩
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-
- titre
- Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
- auteur
- Iagc The International Aphid Genomics Consortium, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella, Gérard Febvay, Caroline Anselme, Abdelaziz Heddi, Carole Vincent-Monégat, Yvan Rahbé, A. Vellozo, Marie-France Sagot, Denis Tagu
- article
- PLoS Biology, 2010, 8 (2), pp.e1000313. ⟨10.1371/journal.pbio.1000313⟩
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-
- titre
- Immunity and other defenses in pea aphids, Acyrthosiphon pisum.
- auteur
- Nicole M Gerardo, Boran Altincicek, Caroline Anselme, Hagop Atamian, Seth M Barribeau, Martin de Vos, Elizabeth Duncan, Jay D Evans, Toni Gabaldon, Murad Ghanim, Adelaziz Heddi, Isgouhi Kaloshian, Amparo Latorre, Andres Moya, Atsushi Nakabachi, Benjamin J Parker, Vincente Perez-Brocal, Miguel Pignatelli, Yvan Rahbé, John S Ramsey, Chelsea Spragg, Javier Tamames, Daniel Tamarit, Cecilia Tamborindeguy, Caroline Vincent-Monegat, Andreas Vilcinskas
- article
- Genome Biology, 2010, 11 (2), pp.R21. ⟨10.1186/gb-2010-11-2-r21⟩
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-
- titre
- Transcriptome analysis in non-model species: a new method for the analysis of heterologous hybridization on microarrays
- auteur
- Cyril Dégletagne, Céline Keime, Benjamin Rey, Marc de Dinechin, Fabien Forcheron, Paul Chuchana, Pierre Jouventin, Christian Gautier, Claude Duchamp
- article
- BMC Genomics, 2010, 11, pp.344. ⟨10.1186/1471-2164-11-344⟩
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-
- titre
- Intragenomic conflict in populations infected by Parthenogenesis Inducing Wolbachia ends with irreversible loss of sexual reproduction.
- auteur
- Richard Stouthamer, James E Russell, Fabrice Vavre, Leonard Nunney
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2010, 10, pp.229. ⟨10.1186/1471-2148-10-229⟩
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-
- titre
- Structure and dynamics of the operon map of Buchnera aphidicola sp. strain APS.
- auteur
- Lilia Brinza, Federica Calevro, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Christian Gautier, Hubert Charles
- article
- BMC Genomics, 2010, 11 (666), pp.666. ⟨10.1186/1471-2164-11-666⟩
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-
- titre
- Combination of measures distinguishes pre-miRNAs from other stem-loops in the genome of the newly sequenced Anopheles darlingi
- auteur
- Nuno Mendes, Ana Freitas, Ana Vasconcelos, Marie-France Sagot
- article
- BMC Genomics, 2010, 11 (1), pp.529. ⟨10.1186/1471-2164-11-529⟩
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-
- titre
- Graph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.
- auteur
- Ludovic Cottret, Paulo Vieira Milreu, Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Hubert Charles, Marie-France Sagot
- article
- PLoS Computational Biology, 2010, 6 (9), epub ahead of print. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000904⟩
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-
- titre
- The diversity and evolution of cell cycle regulation in alpha-proteobacteria: a comparative genomic analysis.
- auteur
- Matteo Brilli, Marco Fondi, Renato Fani, Alessio Mengoni, Lorenzo Ferri, Marco Bazzicalupo, Emanuele G Biondi
- article
- BMC Systems Biology, 2010, 4, pp.52. ⟨10.1186/1752-0509-4-52⟩
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-
- titre
- Comparative genomics of VirR regulons in Clostridium perfringens strains
- auteur
- A. Frandi, A. Mengoni, M. Brilli
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2010, 10, pp.1-20. ⟨10.1186/1471-2180-10-65⟩
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-
Conference papers
- titre
- Caractérisation transcriptomique du développement embryonnaire et larvaire du puceron du pois Acyrthosiphon pisum
- auteur
- Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
- article
- 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p
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-
- titre
- Identifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
- auteur
- Pierre Peterlongo, Nicolas Schnel, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- String Processing and Information Retrieval, Oct 2010, Los Cabos, Mexico. pp.147-158, ⟨10.1007/978-3-642-16321-0_14⟩
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- titre
- Enumerating Chemical Organisations in Consistent Metabolic Networks: Complexity and Algorithms
- auteur
- Paulo Vieira Milreu, Vicente Acuña, Etienne E. Birmelé, Pierluigi Crescenzi, Alberto Marchetti-Spaccamela, Marie-France Sagot, Leen Stougie, Vincent Lacroix
- article
- Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2010, Liverpool, United Kingdom. pp.226-237, ⟨10.1007/978-3-642-15294-8_19⟩
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-
- titre
- Characterization of partenogenetic embryo development in the context of symbiosis using transcriptome analysis in the pea aphid model
- auteur
- Andréane Rabatel, Gérard Febvay, Karen Gaget, Marie-Gabrielle Duport, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella
- article
- EMBO Workshop on Systems Biology of Development, EMBO. Heidelberg, DEU., Aug 2010, Ascona, Switzerland. 1 p
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-
- titre
- Mod/Resc Parsimony Inference
- auteur
- Igor Nor, Danny Hermelin, Sylvain Charlat, Jan Engelstadter, Max Reuter, Olivier Duron, Marie-France Sagot
- article
- Combinatorial Pattern Matching, Jun 2010, New York, United States. pp.202–213, ⟨10.1007/978-3-642-13509-5_19⟩
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-
- titre
- An improved algorithm to enumerate all traces that sort a signed permutation by reversals
- auteur
- Christian Baudet, Zanoni Dias
- article
- ACM Symposium on Applied Computing (SAC), Mar 2010, Sierre, Switzerland. pp.1521-1525, ⟨10.1145/1774088.1774416⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Chronological order of reversal events on Rickettsia genus
- auteur
- Christian Baudet, Zanoni Dias
- article
- Proceedings of the International Symposium on Biocomputing, Feb 2010, Calicut, Kerala, India. pp.1:1–1:5, ⟨10.1145/1722024.1722026⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- The carbon assimilation network in Escherichia coli is densely connected and largely sign-determined by directions of metabolic fluxes
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Yves Markowicz, Daniel Kahn, Hans Geiselmann, Hidde De Jong
- article
- Actes des Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2010), 2010, Montpellier, France. pp.11-12
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-
Master thesis
- titre
- Annotation et évolution des familles de transporteurs chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum
- auteur
- N. Parisot
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2010
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analyse différentielle et classification de l’expression des gènes du puceron du pois A. pisum au cours du développement embryonnaire
- auteur
- P. Masselot
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2010
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-
Poster communications
- titre
- Réponse tissu-spécifique au traitement par RNAi chez le puceron du pois : une étude cinétique à l’échelle de l’individu
- auteur
- Panagiotis Sapountzis, Marie-Gabrielle Duport, Karen Gaget, Severine Balmand, Stéphanie Jaubert-Possamai, Gérard Febvay, Hubert Charles, Yvan Rahbé, Stefano Colella, Federica Calevro
- article
- 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. , 126 p., 2010, CB-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l’Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010
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-
- titre
- Analyse génomique de la fonction de transport dans le système symbiotique du puceron du pois Acyrthosiphon pisum
- auteur
- Nicolas Parisot, Karen Gaget, Stefano Colella, Andréane Rabatel, Federica Calevro, Marie-Gabrielle Duport, Gérard Febvay, Toni Gabaldon., Hubert Charles, Yvan Rahbé
- article
- 16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. , 126 p., 2010, CBI-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l’Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010
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-
- titre
- A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources
- auteur
- Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, Marie-France Sagot, Toni Gabaldon, Olivier Collin, Hubert Charles, Denis Tagu
- article
- 10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010
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-
- titre
- MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks
- auteur
- Ludovic Cottret, David Wildridge, Florence Vinson, Michael P. Barrett, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Fabien Jourdan
- article
- JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. , 1 p., 2010, JOBIM 2010 Montpellier, Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Montpellier, France, 7 – 9 septembre 2010
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-
- titre
- Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”
- auteur
- Augusto Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, Jaime Huerta-Cepas, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, Toni Gabaldon, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- 4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 45 p., 2010, Fourth Annual Arthropod Genomics Symposium
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-
Theses
- titre
- Exploration et inférence du réseau de régulation de la transcription de la bactérie symbiotique intracellulaire à génome réduit, Buchnera aphidicola
- auteur
- Lilia Brinza
- article
- Microbiologie et Parasitologie. Institut National des Sciences Appliquées de Lyon, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Exploration et inférence du réseau de régulation de la transcription de la bactérie symbiotique intracellulaire à génome réduit Buchnera aphidicola
- auteur
- Lilia Brinza
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. INSA de Lyon, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Alignement Multiple de Données Génomiques et Post-Génomiques : Approches Algorithmiques
- auteur
- Yves-Pol Denielou
- article
- Autre [cs.OH]. Université de Grenoble, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Models and algorithms for metabolic networks: elementary modes and precursor sets
- auteur
- Vicente Acuña
- article
- Algorithme et structure de données [cs.DS]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
2009
Journal articles
- titre
- Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
- auteur
- Lilia Brinza, José Viñuelas, Ludovic Cottret, Federica Calevro, Yvan Rahbé, Gérard Febvay, Gabrielle Duport, Stefano Colella, Andréane Rabatel, Christian Gautier, Jean-Michel Fayard, Marie-France Sagot, Hubert Charles
- article
- Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp.1034-49. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.007⟩
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-
- titre
- Student’s Performance and Satisfaction with Web vs. paper-based practice quizzes and lecture notes
- auteur
- Mônica Macedo-Rouet, Muriel Ney, Sandrine Charles, Geneviève Lallich-Boidin
- article
- Computers and Education, 2009, 53 (2), pp.375-384. ⟨10.1016/j.compedu.2009.02.013⟩
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-
- titre
- Global analysis of DNA methylation and transcription of human repetitive sequences.
- auteur
- Béatrice Horard, Angéline Eymery, Geneviève Fourel, Nikita Vassetzky, Jacques Puechberty, Gérard Roizes, Kevin Lebrigand, Pascal Barbry, Aurélie Laugraud, Christian Gautier, Elsa Ben Simon, Frédéric Devaux, Frédérique Magdinier, Claire Vourc’H, Eric Gilson
- article
- Epigenetics, 2009, 4 (5), pp.339-50. ⟨10.4161/epi.4.5.9284⟩
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-
- titre
- Genomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila.
- auteur
- Marie Fablet, Emmanuelle Lerat, Rita Rebollo, Béatrice Horard, Nelly Burlet, Sonia Martinez, Emilie Brasset, Eric Gilson, Chantal Vaury, Cristina Vieira
- article
- FASEB Journal, 2009, 23 (5), pp.1482-9. ⟨10.1096/fj.08-123513⟩
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-
- titre
- Multichromosomal median and halving problems under different genomic distances
- auteur
- Eric Tannier, Chunfang Zheng, David Sankoff
- article
- BMC Bioinformatics, 2009, 10 (1), pp.120. ⟨10.1186/1471-2105-10-120⟩
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-
- titre
- Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance
- auteur
- Pierre Peterlongo, Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, Alair Pereira Do Lago, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2009, 4 (1), pp.3. ⟨10.1186/1748-7188-4-3⟩
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-
- titre
- Overexpression of transcription factor Sp1 leads to gene expression perturbations and cell cycle inhibition.
- auteur
- Emmanuelle Deniaud, Joël Baguet, Roxane Chalard, Bariza Blanquier, Lilia Brinza, Julien Meunier, Marie-Cécile Michallet, Aurélie Laugraud, Claudette Ah-Soon, Anne Wierinckx, Marc Castellazzi, Joël Lachuer, Christian Gautier, Jacqueline Marvel, Yann Leverrier
- article
- PLoS ONE, 2009, 4 (9), pp.e7035. ⟨10.1371/journal.pone.0007035⟩
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-
- titre
- Assessing the exceptionality of coloured motifs in networks
- auteur
- Sophie S. Schbath, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology, 2009, 2009, 9 p. on line. ⟨10.1155/2009/616234⟩
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-
- titre
- Analysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation
- auteur
- Claire Lemaitre, Lamia Zaghloul, Marie-France Sagot, Christian Gautier, Alain Arneodo, Eric Tannier, Benjamin Audit
- article
- BMC Genomics, 2009, 10 (1), pp.335. ⟨10.1186/1471-2164-10-335⟩
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- titre
- The evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes.
- auteur
- Adriana Granzotto, Fabrício R Lopes, Emmanuelle Lerat, Cristina Vieira, Claudia M A Carareto
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2009, 9, pp.174. ⟨10.1186/1471-2148-9-174⟩
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Conference papers
- titre
- Multiple alignment of biological networks: A flexible approach
- auteur
- Yves-Pol Deniélou, Frédéric Boyer, Alain Viari, Marie-France Sagot
- article
- Combinatorial Pattern Matching (CPM), Jun 2009, Lille, France. pp.263-273, ⟨10.1007/978-3-642-02441-2_23⟩
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- titre
- The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism
- auteur
- Stefano Colella, A. Vellozo, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, A.E. Douglas, Marie-France Sagot, Hubert Charles
- article
- 5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium “Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France
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- titre
- AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses
- auteur
- Stefano Colella, A. Vellozo, L. Cottret, G. Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, M.F. Sagot, H. Charles
- article
- 8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
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- titre
- CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases
- auteur
- A. Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, A. Veron, Jaime Huerta-Cepas, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé, Toni Gabaldón, Marie-France Sagot, Hubert Charles, Stefano Colella
- article
- 1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France
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- titre
- A model aphid bacterial pathogen: the phytopathogen Dickeya dadantii (Erwinia chrysanthemi) and its insect-specific virulence factors
- auteur
- Yvan Rahbé, D. Costechareyre, Severine Balmand, G. Condemine
- article
- 8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
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2008
Journal articles
- titre
- PepLine: A Software Pipeline for High-Throughput Direct Mapping of Tandem Mass Spectrometry Data on Genomic Sequences
- auteur
- Myriam Ferro, Marianne Tardif, Erwan Reguer, Romain Cahuzac, Christophe Bruley, Thierry Vermat, Estelle Nugues, Marielle Vigouroux, Yves Vandenbrouck, Jérôme Garin, Alain Viari
- article
- Journal of Proteome Research, 2008, 7 (5), pp.1873-1883. ⟨10.1021/pr070415k⟩
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2006
Journal articles
- titre
- Coding with variable block maps
- auteur
- Gilles Didier, Vicente Acuña, Alejandro Maass
- article
- Theoretical Computer Science, 2006, 369 (1-3), pp.396 – 405. ⟨10.1016/j.tcs.2006.09.024⟩
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Conference papers
- titre
- Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006)
- auteur
- L. Cottret, L. Brinza, J. Vinuelas, G. Duport, Federica Calevro, G. Febvay, Yvan Rahbé, J.M. Fayard, H. Charles
- article
- Journée INRA-INRIA “Insertion des mathématiques dans les approches biologiques : du gène à l’organisme”, 2006, Lyon (France), décembre 2006, France. pp.1-1
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2004
Journal articles
- titre
- Bioinformatique et protéomique
- auteur
- Alain Viari
- article
- Interstices, 2004
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2003
Journal articles
- titre
- Integration of data and methods for genome analysis.
- auteur
- Patrick Durand, Claudine Médigue, Anne Morgat, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, François Rechenmann
- article
- Current Opinion in Drug Discovery and Development, 2003, 6 (3), pp.346-52
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