Sergei Grudinin

2022

Journal articles

titre

Docking-based long timescale simulation of cell-size protein systems at atomic resolution

auteur

Ilya A Vakser, Sergei Grudinin, Nathan W Jenkins, Petras J Kundrotas, Eric J Deeds

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (41), pp.e2210249119:1-8. ⟨10.1073/pnas.2210249119⟩

DOI

DOI : 10.1073/pnas.2210249119

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titre

3D time-lapse imaging of a mouse embryo using intensity diffraction tomography embedded inside a deep learning framework

auteur

William Pierré, Lionel Hervé, Chiara Paviolo, Ondrej Mandula, Vincent Remondiere, Sophie Morales, Sergei Grudinin, Pierre Ray, Magali Dhellemmes, Christophe Arnoult, Cédric Allier

article

Applied optics, 2022, 61 (12), pp.3337. ⟨10.1364/AO.453910⟩

DOI

DOI : 10.1364/AO.453910

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Conference papers

titre

3D live cell imaging of whole organoids in time-lapse using intensity diffraction tomography

auteur

William Pierré, Lionel Hervé, Cédric Allier, Sophie Morales, Sergei Grudinin, Pierre F. Ray, Christophe Arnoult, Magali Dhellemmes

article

SPIE Photonics Europe, Apr 2022, Strasbourg, France. ⟨10.1117/12.2625734⟩

DOI

DOI : 10.1117/12.2625734

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titre

Session introduction: AI-driven Advances in Modeling of Protein Structure

auteur

Krzysztof Fidelis, Sergei Grudinin

article

Pacific Symposium on Biocomputing 2022, Jan 2022, Fairmont Orchid – Hawaii, United States

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2021

Journal articles

titre

Protein sequence-to-structure learning: Is this the end(-to-end revolution)?

auteur

Elodie Laine, Stephan Eismann, Arne Elofsson, Sergei Grudinin

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2021, 89 (12), pp.1770-1786. ⟨10.1002/prot.26235⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.26235

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titre

Modeling SARS‐CoV‐2 proteins in the CASP‐commons experiment

auteur

Andriy Kryshtafovych, John Moult, Wendy M Billings, Dennis Della Corte, Krzysztof Fidelis, Sohee Kwon, Kliment Olechnovič, Chaok Seok, Česlovas Venclovas, Jonghun Won, Badri Adhikari, Recep Adiyaman, Joaquim Aguirre-Plans, Ivan Anishchenko, Minkyung Baek, David Baker, Frederico Baldassarre, Jacob Barger, Sutanu Bhattacharya, Debswapna Bhattacharya, Mor Bitton, Renzhi Cao, Jianlin Cheng, Charles Christoffer, Cezary Czaplewski, Arne Elofsson, Eshel Faraggi, Michael Feig, Narcis Fernandez-Fuentes, Nick Grishin, Sergei Grudinin, Zhiye Guo, Yuya Hanazono, Demis Hassabis, Bryce Hedelius, Lim Heo, Naozumi Hiranuma, Cassandra Hunt, Ilia Igashov, Takashi Ishida, Robert L. Jernigan, David Jones, John Jumper, Maria Kadukova, Shaun Kandathil, Chen Keasar, Daisuke Kihara, Lisa Kinch, Yasuomi Kiyota, Andrzje Kloczkowski, Pushmeet Kohli, Mateusz Kogut, Elodie Laine, Cade Lilley, Jian Liu, Adam Liwo, Emilia Lubecka, Arup Mondal, Connor J. Morris, Liam Mcguffin, Alexis Molina, Tsukasa Nakamura, Baldo Oliva, Alberto Perez, Gabriele Pozzati, Daipayan Sarkar, Rin Sato, Torsten Schwede, Bikash Shrestha, Tomer Sidi, Gabriel Studer, Md Hossain Shuvo, Mayuko Takeda-Shitaka, Yuma Takei, Genki Terashi, Kentaro Tomii, Yuko Tsuchiya, Kathryn Tunyasuvunakool, Björn Waliner, Tianqi Wu, Jinbo Xu, Yu Yamamori, Chengxin Zhang, Yang Zhang, Wei Zheng

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2021, 89 (12), pp.1987-1996. ⟨10.1002/prot.26231⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.26231

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titre

Pepsi-SAXS/SANS -small-angle scattering-guided tools for integrative structural bioinformatics

auteur

Sergei Grudinin, Anne Martel, Sylvain Prevost

article

Acta Crystallographica Section A : Foundations and Advances [2014-..], 2021, 77 (A2), pp.C49. ⟨10.1107/S0108767321096288⟩

DOI

DOI : 10.1107/S0108767321096288

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titre

Deep learning entering the post-protein structure prediction era : new horizons for structural biology

auteur

Sergei Grudinin

article

Acta Crystallographica Section A : Foundations and Advances [2014-..], 2021, A77 (C473), ⟨10.1107/S0108767321092138⟩

DOI

DOI : 10.1107/S0108767321092138

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titre

Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14‐CAPRI experiment

auteur

Marc Lensink, Guillaume Brysbaert, Théo Mauri, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphael Chaleil, Tereza Clarence, Paul Bates, Ren Kong, Bin Liu, Guangbo Yang, Ming Liu, Hang Shi, Xufeng Lu, Shan Chang, Raj Roy, Farhan Quadir, Jian Liu, Jianlin Cheng, Anna Antoniak, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Mateusz Kogut, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Emilia Lubecka, Martyna Maszota‐zieleniak, Adam Sieradzan, Rafał Ślusarz, Patryk Wesołowski, Karolina Zięba, Carlos del Carpio Muñoz, Eiichiro Ichiishi, Ameya Harmalkar, Jeffrey Gray, Alexandre Bonvin, Francesco Ambrosetti, Rodrigo Vargas Honorato, Zuzana Jandova, Brian Jiménez‐garcía, Panagiotis Koukos, Siri van Keulen, Charlotte van Noort, Manon Réau, Jorge Roel‐touris, Sergei Kotelnikov, Dzmitry Padhorny, Kathryn Porter, Andrey Alekseenko, Mikhail Ignatov, Israel Desta, Ryota Ashizawa, Zhuyezi Sun, Usman Ghani, Nasser Hashemi, Sandor Vajda, Dima Kozakov, Mireia Rosell, Luis Rodríguez‐lumbreras, Juan Fernandez‐recio, Agnieszka Karczynska, Sergei Grudinin, Yumeng Yan, Hao Li, Peicong Lin, Sheng‐you Huang, Charles Christoffer, Genki Terashi, Jacob Verburgt, Daipayan Sarkar, Tunde Aderinwale, Xiao Wang, Daisuke Kihara, Tsukasa Nakamura, Yuya Hanazono, Ragul Gowthaman, Johnathan Guest, Rui Yin, Ghazaleh Taherzadeh, Brian Pierce, Didier Barradas‐bautista, Zhen Cao, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Yuanfei Sun, Shaowen Zhu, Yang Shen, Taeyong Park, Hyeonuk Woo, Jinsol Yang, Sohee Kwon, Jonghun Won, Chaok Seok, Yasuomi Kiyota, Shinpei Kobayashi, Yoshiki Harada, Mayuko Takeda‐shitaka, Petras Kundrotas, Amar Singh, Ilya Vakser, Justas Dapkūnas, Kliment Olechnovič, Česlovas Venclovas, Rui Duan, Liming Qiu, Xianjin Xu, Shuang Zhang, Xiaoqin Zou, Shoshana Wodak

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2021, 89 (12), pp.1800-1823. ⟨10.1002/prot.26222⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.26222

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titre

KORP-PL: a coarse-grained knowledge-based scoring function for protein-ligand interactions

auteur

Maria Kadukova, Karina dos Santos Machado, Pablo Chacón, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2021, 37 (7), pp.943-950. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa748⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa748

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titre

HOPMA: Boosting protein functional dynamics with colored contact maps

auteur

Elodie Laine, Sergei Grudinin

article

Journal of Physical Chemistry B, 2021, 125 (10), pp.2577-2588. ⟨10.1021/acs.jpcb.0c11633⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jpcb.0c11633

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titre

VoroCNN: Deep convolutional neural network built on 3D Voronoi tessellation of protein structures

auteur

Ilia Igashov, Kliment Olechnovic, Maria Kadukova, Česlovas Venclovas, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2021, 37 (16), pp.2332-2339. ⟨10.1093/bioinformatics/btab118⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btab118

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titre

Spherical convolutions on molecular graphs for protein model quality assessment

auteur

Ilia Igashov, Nikita Pavlichenko, Sergei Grudinin

article

Machine Learning: Science and Technology, 2021, ⟨10.1088/2632-2153/abf856⟩

DOI

DOI : 10.1088/2632-2153/abf856

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Conference papers

titre

Deep learning framework applied to optical diffraction tomography (ODT)

auteur

William Pierré, Lionel Hervé, Cédric Allier, Sophie Morales, Sergei Grudinin, Shwetadwip Chowdhury, Laura Waller, Christophe Arnoult, Pierre Ray, Magali Dhellemmes

article

Three-Dimensional and Multidimensional Microscopy: Image Acquisition and Processing XXVIII, SPIE, Mar 2021, Online Only, France. pp.1, ⟨10.1117/12.2582361⟩

DOI

DOI : 10.1117/12.2582361

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Preprints, Working Papers, …

titre

Convex-PL-R – Revisiting affinity predictions and virtual screening using physics-informed machine learning

auteur

Maria Kadukova, Vladimir Chupin, Sergei Grudinin

article

2021

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titre

6DCNN with roto-translational convolution filters for volumetric data processing

auteur

Dmitrii Zhemchuzhnikov, Ilia Igashov, Sergei Grudinin

article

2021

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2020

Journal articles

titre

Hydroxylation of antitubercular drug candidate, SQ109, by mycobacterial cytochrome P450

auteur

Sergey Bukhdruker, Tatsiana Varaksa, Irina Grabovec, Egor Marin, Polina Shabunya, Maria Kadukova, Sergei Grudinin, Anton Kavaleuski, Anastasiia Gusach, Andrei Gilep, Valentin Borshchevskiy, Natallia Strushkevich

article

International Journal of Molecular Sciences, 2020, ⟨10.1101/2020.08.27.269936⟩

DOI

DOI : 10.1101/2020.08.27.269936

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titre

Interdomain Flexibility within NADPH Oxidase Suggested by SANS Using LMNG Stealth Carrier

auteur

Annelise Vermot, Isabelle Petit-Härtlein, Cécile Breyton, Aline Le Roy, Michel Thépaut, Corinne Vivès, Martine Moulin, Michael Härtlein, Sergei Grudinin, Susan M E Smith, Christine Ebel, Anne Martel, Franck Fieschi

article

Biophysical Journal, 2020, 119 (3), pp.605-618. ⟨10.1016/j.bpj.2020.06.025⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.bpj.2020.06.025

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titre

Predicting protein functional motions: an old recipe with a new twist

auteur

Sergei Grudinin, Elodie Laine, Alexandre Hoffmann

article

Biophysical Journal, 2020, 118 (10), pp.2513-2525. ⟨10.1016/j.bpj.2020.03.020⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.bpj.2020.03.020

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titre

Combining molecular dynamics simulations with small-angle X-ray and neutron scattering data to study multi-domain proteins in solution

auteur

Andreas Haahr Larsen, Yong Wang, Alessandro Bottaro, Sergei Grudinin, Lise Arleth, Kresten Lindorff-Larsen

article

PLoS Computational Biology, 2020, 16 (4), pp.e1007870. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007870⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pcbi.1007870

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titre

Docking rigid macrocycles using Convex-PL, AutoDock Vina, and RDKit in the D3R Grand Challenge 4

auteur

Maria Kadukova, Vladimir Chupin, Sergei Grudinin

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2020, 34, pp.191-200. ⟨10.1007/s10822-019-00263-3⟩

DOI

DOI : 10.1007/s10822-019-00263-3

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Book sections

titre

AnAnaS: Software for Analytical Analysis of Symmetries in Protein Structures

auteur

Guillaume Pagès, Sergei Grudinin

article

Protein Structure Prediction. Methods in Molecular Biology, pp.245-257, 2020, ⟨10.1007/978-1-0716-0708-4_14⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-1-0716-0708-4_14

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2019

Journal articles

titre

DeepSymmetry : Using 3D convolutional networks for identification of tandem repeats and internal symmetries in protein structures

auteur

Guillaume Pagès, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2019, 35 (24), pp.5113-5120. ⟨10.1093/bioinformatics/btz454⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btz454

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titre

Assessment of chemical‐crosslink‐assisted protein structure modeling in CASP13

auteur

Jorge Eduardo Fajardo, Rojan Shrestha, Nelson Gil, Adam Belsom, Silvia Crivelli, Cezary Czaplewski, Krzysztof Fidelis, Sergei Grudinin, Mikhail Karasikov, Agnieszka Karczyńska, Andriy Kryshtafovych, Alexander Leitner, Adam Liwo, Emilia Lubecka, Bohdan Monastyrskyy, Guillaume Pagès, Juri Rappsilber, Adam Sieradzan, Celina Sikorska, Esben Trabjerg, Andras Fiser

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2019, Critical Assessment of Methods of Protein Structure Prediction (CASP) Special Issue, 87 (12), pp.1283-1297. ⟨10.1002/prot.25816⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.25816

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titre

Small angle X‐ray scattering‐assisted protein structure prediction in CASP13 and emergence of solution structure differences

auteur

Greg Hura, Curtis Hodge, Daniel Rosenberg, Dmytro Guzenko, Jose Duarte, Bohdan Monastyrskyy, Sergei Grudinin, Andriy Kryshtafovych, John Tainer, Krzysztof Fidelis, Susan Tsutakawa

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2019, Critical Assessment of Methods of Protein Structure Prediction (CASP) Special Issue, 87 (12), pp.1298-1314. ⟨10.1002/prot.25827⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.25827

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titre

Controlled‐advancement rigid‐body optimization of nanosystems

auteur

Petr Popov, Sergei Grudinin, Andrii Kurdiuk, Pavel Buslaev, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2019, 40 (27), pp.2391-2399. ⟨10.1002/jcc.26016⟩

DOI

DOI : 10.1002/jcc.26016

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titre

Blind prediction of homo‐ and hetero‐ protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment

auteur

Marc Lensink, Guillaume Brysbaert, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphaël A.G. Chaleil, Tereza Gerguri, Paul Bates, Elodie Laine, Alessandra Carbone, Sergei Grudinin, Ren Kong, Ran‐ran Liu, Xi‐ming Xu, Hang Shi, Shan Chang, Miriam Eisenstein, Agnieszka Karczynska, Cezary Czaplewski, Emilia Lubecka, Agnieszka Lipska, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Łukasz Golon, Sergey Samsonov, Adam Liwo, Silvia Crivelli, Guillaume Pagès, Mikhail Karasikov, Maria Kadukova, Yumeng Yan, Sheng‐you Huang, Mireia Rosell, Luis Angel Rodríguez‐lumbreras, Miguel Romero‐durana, Lucía Díaz‐bueno, Juan Fernandez‐recio, Charles Christoffer, Genki Terashi, Woong‐hee Shin, Tunde Aderinwale, Sai Raghavendra Maddhuri Venkata Subram, Daisuke Kihara, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Kathyn Porter, Dzmitry Padhorny, Israel Desta, Dmitri Beglov, Mikhail Ignatov, Sergey Kotelnikov, Iain Moal, David Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Maria Elisa Ruiz Echartea, Didier Barradas‐bautista, Zhen Cao, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Yue Cao, Yang Shen, Minkyung Baek, Taeyong Park, Hyeonuk Woo, Chaok Seok, Merav Braitbard, Lirane Bitton, Dina Scheidman‐duhovny, Justas Dapkūnas, Kliment Olechnovič, Česlovas Venclovas, Petras J. Kundrotas, Saveliy Belkin, Devlina Chakravarty, Varsha Badal, Ilya A. Vakser, Thom Vreven, Sweta Vangaveti, Tyler M. Borrman, Zhiping Weng, Johnathan D Guest, Ragul Gowthaman, Brian G Pierce, Xianjin Xu, Rui Duan, Liming Qiu, Jie Hou, Benjamin Ryan Merideth, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Panos Koukos, Jorge Roel‐touris, Francesco Ambrosetti, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Mikael Trellet, Adrien S.J. Melquiond, Li Xue, Brian Jiménez‐garcía, Charlotte Noort, Rodrigo Honorato, Alexandre M.J.J. Bonvin, Shoshana J. Wodak

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2019, 87 (12), pp.1200-1221. ⟨10.1002/prot.25838⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.25838

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titre

Protein model quality assessment using 3D oriented convolutional neural networks

auteur

Guillaume Pagès, Benoit Charmettant, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2019, 35 (18), pp.3313-3319. ⟨10.1093/bioinformatics/btz122⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btz122

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titre

KAP1 is an antiparallel dimer with a functional asymmetry

auteur

Giulia Fonti, Maria Marcaida, Louise Bryan, Sylvain Träger, Alexandra Kalantzi, Pierre-Yves Jl Helleboid, Davide Demurtas, Mark Tully, Sergei Grudinin, Didier Trono, Beat Fierz, Matteo Dal Peraro

article

Life Science Alliance, 2019, 2 (4), pp.e201900349. ⟨10.26508/lsa.201900349⟩

DOI

DOI : 10.26508/lsa.201900349

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titre

Smooth orientation-dependent scoring function for coarse-grained protein quality assessment

auteur

Mikhail Karasikov, Guillaume Pagès, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2019, 35 (16), pp.2801-2808. ⟨10.1093/bioinformatics/bty1037⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/bty1037

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2018

Journal articles

titre

Deep convolutional networks for quality assessment of protein folds

auteur

Georgy Derevyanko, Sergei Grudinin, Yoshua Bengio, Guillaume Lamoureux

article

Bioinformatics, 2018, 34 (23), pp.4046-4053. ⟨10.1093/bioinformatics/bty494⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/bty494

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titre

Analytical symmetry detection in protein assemblies. II. Dihedral and Cubic symmetries

auteur

Guillaume Pagès, Sergei Grudinin

article

Journal of Structural Biology, 2018, 203 (3), pp.185-194. ⟨10.1016/j.jsb.2018.05.005⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jsb.2018.05.005

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titre

RapidRMSD: Rapid determination of RMSDs corresponding to motions of flexible molecules

auteur

Emilie Neveu, Petr Popov, Alexandre Hoffmann, Angelo Migliosi, Xavier Besseron, Gregoire Danoy, Pascal Bouvry, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2018, 34 (16), pp.2757-2765. ⟨10.1093/bioinformatics/bty160⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/bty160

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titre

Analytical symmetry detection in protein assemblies. I. Cyclic symmetries

auteur

Guillaume Pagès, Elvira Kinzina, Sergei Grudinin

article

Journal of Structural Biology, 2018, 203 (2), pp.142-148. ⟨10.1016/j.jsb.2018.04.004⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jsb.2018.04.004

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titre

Eurecon: Equidistant Uniform Rigid-body Ensemble Constructor

auteur

Petr Popov, Sergei Grudinin

article

Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2018, 80, pp.313-319. ⟨10.1016/j.jmgm.2018.01.015⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jmgm.2018.01.015

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titre

Docking of small molecules to farnesoid X receptors using AutoDock Vina with the Convex-PL potential: lessons learned from D3R Grand Challenge 2

auteur

Maria Kadukova, Sergei Grudinin

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2018, 32 (1), pp.151-162. ⟨10.1007/s10822-017-0062-1⟩

DOI

DOI : 10.1007/s10822-017-0062-1

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Preprints, Working Papers, …

titre

User Guide for NOLB : Non-Linear Normal Mode Analysis

auteur

Sergei Grudinin

article

2018

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2017

Journal articles

titre

Convex-PL: a novel knowledge-based potential for protein-ligand interactions deduced from structural databases using convex optimization

auteur

Maria Kadukova, Sergei Grudinin

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2017, 31 (10), pp.943-958. ⟨10.1007/s10822-017-0068-8⟩

DOI

DOI : 10.1007/s10822-017-0068-8

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titre

A novel fast Fourier transform accelerated off-grid exhaustive search method for cryo-electron microscopy fitting

auteur

Alexandre Hoffmann, Valérie Perrier, Sergei Grudinin

article

Journal of Applied Crystallography, 2017, 50 (4), pp.1036-1047. ⟨10.1107/S1600576717008172⟩

DOI

DOI : 10.1107/S1600576717008172

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titre

Mechanism of transmembrane signaling by sensor histidine kinases

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Igor I Melkinov, Vitaly Polovinkin, Andrii Ishchenko, Anastasia Yuzhakova, Pavel Buslaev, Gleb Bourenkov, Sergei Grudinin, Ekaterina Round, Taras Balandin, Valentin Borshchevskiy, Dieter Willbold, Gordon Leonard, Georg Büldt, Alexander Popov, Valentin I. Gordeliy

article

Science, 2017, 356 (6342), pp.eaah6345. ⟨10.1126/science.aah6345⟩

DOI

DOI : 10.1126/science.aah6345

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titre

Pepsi-SAXS : an adaptive method for rapid and accurate computation of small-angle X-ray scattering profiles

auteur

Sergei Grudinin, Maria Garkavenko, Andrei Kazennov

article

Acta crystallographica Section D : Structural biology [1993-..], 2017, D73, pp.449 – 464. ⟨10.1107/S2059798317005745⟩

DOI

DOI : 10.1107/S2059798317005745

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titre

NOLB: Nonlinear Rigid Block Normal Mode Analysis Method

auteur

Alexandre Hoffmann, Sergei Grudinin

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2017, 13 (5), pp.2123-2134. ⟨10.1021/acs.jctc.7b00197⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jctc.7b00197

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titre

Modeling and minimizing CAPRI round 30 symmetrical protein complexes from CASP-11 structural models

auteur

Marwa El Houasli, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah W Ghoorah, Sergei Grudinin, David Ritchie

article

Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2017, Special Issue: Sixth Meeting on the Critical Assessment of Predicted Interactions 85 (3), pp.463-469. ⟨10.1002/prot.25182⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.25182

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titre

New Insights on Signal Propagation by Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex

auteur

Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Valentin Borshchevskiy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin, Johann Klare, Alina Remeeva, Vitaly Polovinkin, Petr Utrobin, Taras Balandin, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy

article

Scientific Reports, 2017, 7, pp.41811. ⟨10.1038/srep41811⟩

DOI

DOI : 10.1038/srep41811

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Preprints, Working Papers, …

titre

User Guide for AnAnaS : Analytical Analyzer of Symmetries

auteur

Guillaume Pagès, Sergei Grudinin

article

2017

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2016

Journal articles

titre

Prediction of homo- and hetero-protein complexes by protein docking and template-based modeling: a CASP-CAPRI experiment

auteur

Marc F. Lensink, Sameer Velankar, Andriy Kryshtafovych, Shen-You Huang, Dina Schneidman-Duhovy, Andrej Sali, Joan Segura, Narcis Fernandez-Fuentes, Shruthi Viswanath, Ron Elber, Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Hasup Lee, Minkyung Baek, Sangwoo Park, Lim Heo, Gyu Rie Lee, Chaok Seok, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, David W. Ritchie, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Mieczyslaw Torchala, Raphaël A.G. Chaleil, Paul A Bates, Efrat Ben-Zeev, Miriam Eisenstein, Surendra Negi S., Thom Vreven, Brian G Pierce, Tyler M. Borrman, Jinchao Yu, Françoise Ochsenbein, Zhiping Weng, Raphaël Guérois, Anna Vangone, João P.G.L.M. Rodrigues, Gydo van Zundert, Mehdi Nellen, Li Xue, Ezgi Karaca, Adrien S. J. Melquiond, Koen Visscher, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Xianjin Xu, Liming Qiu, Chengfei Yan, Jilong Li, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Yang Sheng, Lenna X. Peterson, Hyung-Rae Kim, Amit Roy, Xusi Han, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Xiaofeng Yu, Neil J. Bruce, Jonathan C. Fuller, Rebbecca C. Wade, Ivan Anishchenko, Petras J. Kundrotas, Ilya A. Vakser, Kenichiro Imai, Kazunori Yamada, Toshiyuki Oda, Tsukasa Nakamura, Kentaro Tomii, Chiara Pallara, Miguel Romero-Durana, Brian Jiménez-García, Iain H Moal, Juan Fernández-Recio, Jong Young Joung, Jong Yun Kim, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Scott Mottarella, David R. Hall, Dmitri Beglov, Artem Mamonov, Bing Xia, Tanggis Bohnuud, Carlos A. del Carpio, Eichiro Ichiishi, Nicholas Marze, Daisuke Kuroda, Shourya S. Roy Burman, Jeffrey J Gray, Edrisse Chermak, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Andrey Tovchigrechko, Shoshana J Wodak

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2016, Special Issue: Eleventh Meeting on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, 84 (S1), pp.323-348. ⟨10.1002/prot.25007⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.25007

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titre

Predicting binding poses and affinities for protein-ligand complexes in the 2015 D3R Grand Challenge using a physical model with a statistical parameter estimation

auteur

Sergei Grudinin, Maria Kadukova, Andreas Eisenbarth, Simon Marillet, Frédéric Cazals

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2016, 30 (9), pp.791-804. ⟨10.1007/s10822-016-9976-2⟩

DOI

DOI : 10.1007/s10822-016-9976-2

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PEPSI-Dock: a detailed data-driven protein–protein interaction potential accelerated by polar Fourier correlation

auteur

Emilie Neveu, David Ritchie, Petr Popov, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2016, 32 (7), pp.i693-i701. ⟨10.1093/bioinformatics/btw443⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btw443

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Knodle: A Support Vector Machines-Based Automatic Perception of Organic Molecules from 3D Coordinates

auteur

Maria Kadukova, Sergei Grudinin

article

Journal of Chemical Information and Modeling, 2016, 56 (8), pp.1410-1419. ⟨10.1021/acs.jcim.5b00512⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jcim.5b00512

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titre

Predicting Binding Poses and Affinities in the CSAR 2013―2014 Docking Exercises Using the Knowledge-Based Convex-PL Potential

auteur

Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Georgy Cheremovskiy

article

Journal of Chemical Information and Modeling, 2016, 56 (6), pp.1053-1062. ⟨10.1021/acs.jcim.5b00339⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jcim.5b00339

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titre

Principal component analysis of lipid molecule conformational changes in molecular dynamics simulations

auteur

Pavel Buslaev, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2016, 12 (3), pp.1019-1028. ⟨10.1021/acs.jctc.5b01106⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jctc.5b01106

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titre

Spherical polar Fourier assembly of protein complexes with arbitrary point group symmetry

auteur

David W. Ritchie, Sergei Grudinin

article

Journal of Applied Crystallography, 2016, 49 (1), pp.158-167. ⟨10.1107/S1600576715022931⟩

DOI

DOI : 10.1107/S1600576715022931

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Conference papers

titre

Inverse Protein Folding Problem via Quadratic Programming

auteur

Andrii Riazanov, Mikhail Karasikov, Sergei Grudinin

article

Information Technology and Systems 2016, Sep 2016, Repino, St. Petersburg, Russia. pp.561-568

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titre

Quadratic Programming Approach to Fit Protein Complexes into Electron Density Maps

auteur

Roman Pogodin, Alexander Katrutsa, Sergei Grudinin

article

Information Technology and Systems 2016, Sep 2016, Repino, St. Petersburg, Russia. pp.576-582

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2015

Journal articles

titre

Knowledge of Native Protein–Protein Interfaces Is Sufficient To Construct Predictive Models for the Selection of Binding Candidates

auteur

Petr Popov, Sergei Grudinin

article

Journal of Chemical Information and Modeling, 2015, 55 (10), pp.2242-2255. ⟨10.1021/acs.jcim.5b00372⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jcim.5b00372

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2014

Journal articles

titre

Advances in GPCR Modeling Evaluated by the GPCR Dock 2013 Assessment: Meeting New Challenges

auteur

Irina Kufareva, Vsevolod Katritch, Sergei Grudinin, Raymond C Stevens, Ruben Abagyan

article

Structure, 2014, 22 (8), pp.1120-1139. ⟨10.1016/j.str.2014.06.012⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.str.2014.06.012

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titre

HermiteFit: fast-fitting atomic structures into a low-resolution density map using three-dimensional orthogonal Hermite functions

auteur

Georgy Derevyanko, Sergei Grudinin

article

Acta crystallographica Section D : Structural biology [1993-..], 2014, 70 (8), pp.2069-2084. ⟨10.1107/S1399004714011493⟩

DOI

DOI : 10.1107/S1399004714011493

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titre

X-ray structure of a CDP-alcohol phosphatidyltransferase membrane enzyme and insights into its catalytic mechanism

auteur

Przemyslaw Nogly, Ivan Yu. Gushchin, Alina Remeeva, Ana M. Esteves, Nuno Borges, Pikyee Ma, Andrii Ishchenko, Sergei Grudinin, Ekaterina Round, Isabel Moraes, Valentin Borshchevskiy, Helena Santos, Valentin I. Gordeliy, Margarida Archer

article

Nature Communications, 2014, 5, pp.Article number: 4169. ⟨10.1038/ncomms5169⟩

DOI

DOI : 10.1038/ncomms5169

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titre

Rapid determination of RMSDs corresponding to macromolecular rigid body motions

auteur

Petr Popov, Sergei Grudinin

article

Journal of Computational Chemistry, 2014, 35 (12), pp.950-956. ⟨10.1002/jcc.23569⟩

DOI

DOI : 10.1002/jcc.23569

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titre

Unique DC-SIGN Clustering Activity of a Small Glycomimetic: A Lesson for Ligand Design

auteur

Ieva Sutkeviciute, Michel Thépaut, Sara Sattin, Angela Berzi, John Mcgeagh, Sergei Grudinin, Jörg Weiser, Aline Le Roy, Jose J. Reina, Javier Rojo, Mario Clerici, Anna Bernadi, Christine Ebel, Franck Fieschi

article

ACS Chemical Biology, 2014, 9 (6), pp.1377-1385. ⟨10.1021/cb500054h⟩

DOI

DOI : 10.1021/cb500054h

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titre

Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI

auteur

Marc F. Lensink, Aiain H. Moal, Paul A. Bates, Panagiotis L. Kastritis, Adrien S. J. Melquiond, Ezgi Karaca, Christophe Schmitz, Marc van Dijk, Alexandre M. J. J. Bonvin, Miriam Eisenstein, Brian Jiménez-Garcí, Solène Grosdidier, Albert Solernou, Laura Pérez-Cano, Chiara Pallar, Juan Fernández-Recio, Jianqing Xu, Pravin Muthu, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J. Gray, Sergei Grudinin, Georgy Derevyanko, Julie C. Mitchell, John Wieting, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Daron M. Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura, Matthieu Chavent, Hahnbeom Park, Junsu Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Yang Shen, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Petras J. Kundrotas, Ilya A. Vakser, Brian G. Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Idit Buch, Efrat Farkash, Haim J. Wolfson, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Shen-You Huang, Xiaoqin Zou, Justyna A. Wojdyla, Colin Kleanthous, Shoshana J. Wodak

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2014, 82 (4), pp.620-632. ⟨10.1002/prot.24439⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.24439

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titre

DockTrina: Docking triangular protein trimers

auteur

Petr Popov, David Ritchie, Sergei Grudinin

article

Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2014, 82 (1), pp.34-44. ⟨10.1002/prot.24344⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.24344

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2013

Journal articles

titre

Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions

auteur

Rocco Moretti, Sarel J Fleishman, Rudi Agius, Mieczyslaw Torchala, Paul A. Bates, Panagiotis L Kastritis, João P. G. L. M. Rodrigues, Mikael Trellet, Alexandre M. J. J. Bonvin, Meng Cui, Marianne Rooman, Dimitri Gillis, Yves Dehouck, Iain Moal, Miguel Romero-Durana, Laura Pérez-Cano, Chiara Pallara, Brian Jimenez, Juan Fernández-Recio, Samuel C Flores, Michael Pacella, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J Gray, Petr Popov, Sergei Grudinin, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Nan Zhao, Dmitry Korkin, Xiaolei Zhu, Omar N A Demerdash, Julie Mitchell, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura, Hasup Lee, Hahnbeom Park, Chaok Seok, Jamica Sarmiento, Shide Liang, Shusuke Teraguchi, Daron M Standley, Hiromitsu Shimoyama, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Dmitri Beglov, David R Hall, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Brian G Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Yangyu Huang, Haotian Li, Xiufeng Yang, Xiaofeng Ji, Shiyong Liu, Yi Xiao, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Sameer Velankar, Joel Janin, Shoshana J Wodak, David Baker

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2013, 81 (11), pp.1980 – 1987. ⟨10.1002/prot.24356⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.24356

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titre

Two Distinct States of the HAMP Domain from Sensory Rhodopsin Transducer Observed in Unbiased Molecular Dynamics Simulations

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin

article

PLoS ONE, 2013, 8 (7), pp.e66917. ⟨10.1371/journal.pone.0066917⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pone.0066917

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titre

Ground state structure of D75N mutant of sensory rhodopsin II in complex with its cognate transducer

auteur

Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Valentin Borshchevskiy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin, Johann P. Klare, Taras Balandin, Alina Remeeva, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy

article

Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology, 2013, 123, pp.55-58. ⟨10.1016/j.jphotobiol.2013.03.008⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jphotobiol.2013.03.008

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titre

Block-Adaptive Quantum Mechanics: An Adaptive Divide-and-Conquer Approach to Interactive Quantum Chemistry

auteur

Maël Bosson, Sergei Grudinin, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2013, 34 (6), pp.492-504. ⟨10.1002/jcc.23157⟩

DOI

DOI : 10.1002/jcc.23157

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2012

Journal articles

titre

A Novel Dimerization Interface of Cyclic Nucleotide Binding Domain, which is Disrupted in Presence of cAMP: Implications for CNG Channels Gating

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin

article

Journal of Molecular Modeling, 2012, 18 (9), pp.4053-4060. ⟨10.1007/s00894-012-1404-5⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00894-012-1404-5

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titre

Interactive physically-based structural modeling of hydrocarbon systems

auteur

Maël Bosson, Sergei Grudinin, Xavier Bouju, Stephane Redon

article

Journal of Computational Physics, 2012, 231 (6), pp.2581-2598. ⟨10.1016/j.jcp.2011.12.006⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jcp.2011.12.006

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titre

Interactive quantum chemistry: A divide-and-conquer ASED-MO method

auteur

Maël Bosson, Antoine Plet, Sergei Grudinin, Stephane Redon, Caroline Richard

article

Journal of Computational Chemistry, 2012, 33 (7), pp.779-790. ⟨10.1002/jcc.22905⟩

DOI

DOI : 10.1002/jcc.22905

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2011

Journal articles

titre

A comparison of neighbor search algorithms for large rigid molecules

auteur

Svetlana Artemova, Sergei Grudinin, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2011, 32 (13), pp.2865-2877. ⟨10.1002/jcc.21868⟩

DOI

DOI : 10.1002/jcc.21868

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titre

Active State of Sensory Rhodopsin II: Structural determinants for signal transfer and proton pumping

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Anastasia Reshetnyak, Valentin Borshchevskiy, Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Sergei Grudinin, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy

article

Journal of Molecular Biology, 2011, 412 (4), pp.591-600. ⟨10.1016/j.jmb.2011.07.022⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jmb.2011.07.022

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titre

Fast construction of assembly trees for molecular graphs

auteur

Svetlana Artemova, Sergei Grudinin, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2011, 32 (8), pp.1589-1598. ⟨10.1002/jcc.21738⟩

DOI

DOI : 10.1002/jcc.21738

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2010

Journal articles

titre

Role of the HAMP Domain Region of Sensory Rhodopsin Transducers in Signal Transduction

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin

article

Biochemistry, 2010, 50 (4), pp.574-580. ⟨10.1021/bi101032a⟩

DOI

DOI : 10.1021/bi101032a

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titre

Practical modeling of molecular systems with symmetries

auteur

Sergei Grudinin, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2010, 31 (9), pp.1799-1814. ⟨10.1002/jcc.21434⟩

DOI

DOI : 10.1002/jcc.21434

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2008

Journal articles

titre

Dynamical heterogeneity of specific amino acids in bacteriorhodopsin

auteur

K. Wood, Sergei Grudinin, B. Kessler, Martin Weik, M. Johnson, Gerald R. Kneller, D. Oesterheit, Giuseppe Zaccai

article

Journal of Molecular Biology, 2008, 380 (3), pp.581-591. ⟨10.1016/j.jmb.2008.04.077⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jmb.2008.04.077

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2005

Journal articles

titre

Water molecules and hydrogen-bonded networks in bacteriorhodopsinmolecular dynamics simulations of the ground state and the M-intermediate

auteur

Sergei Grudinin, Georg Büldt, Valentin Gordeliy, Artur Baumgaertner

article

Biophysical Journal, 2005, 88 (5), pp.3252–3261. ⟨10.1529/biophysj.104.047993⟩

DOI

DOI : 10.1529/biophysj.104.047993

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