Publications

2018

Journal articles

titre

Analytical symmetry detection in protein assemblies. II. Dihedral and Cubic symmetries

auteur

Guillaume Pagès, Sergei Grudinin

article

Journal of Structural Biology, 2018, 203 (3), pp.185-194. ⟨10.1016/j.jsb.2018.05.005⟩

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titre

Generating conformational transition paths with low potential-energy barriers for proteins

auteur

Minh Khoa Nguyen, Léonard Jaillet, Stephane Redon

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2018, 32 (8), pp.853-867. ⟨10.1007/s10822-018-0137-7⟩

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titre

Analytical symmetry detection in protein assemblies. I. Cyclic symmetries

auteur

Guillaume Pagès, Elvira Kinzina, Sergei Grudinin

article

Journal of Structural Biology, 2018, 203 (2), pp.142-148. ⟨10.1016/j.jsb.2018.04.004⟩

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titre

RapidRMSD: Rapid determination of RMSDs corresponding to motions of flexible molecules

auteur

Emilie Neveu, Petr Popov, Alexandre Hoffmann, Angelo Migliosi, Xavier Besseron, Gregoire Danoy, Pascal Bouvry, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2018, 34 (16), pp.2757-2765. ⟨10.1093/bioinformatics/bty160⟩

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titre

Incremental update of electrostatic interactions in adaptively restrained particle simulations

auteur

Semeho Prince A. Edorh, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2018, 39 (20), pp.1455-1469. ⟨10.1002/jcc.25215⟩

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titre

Langevin dynamics with general kinetic energies

auteur

Gabriel Stoltz, Zofia Trstanova

article

Multiscale Modeling and Simulation: A SIAM Interdisciplinary Journal, 2018, 16 (2), pp.777-806. ⟨10.1137/16M110575X⟩

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titre

ART-RRT: As-Rigid-As-Possible exploration of ligand unbinding pathways

auteur

Minh Khoa Nguyen, Léonard Jaillet, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2018, 39 (11), pp.665-678. ⟨10.1002/jcc.25132⟩

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titre

Single-pass Incremental Force Updates for Adaptively Restrained Molecular Dynamics

auteur

Krishna Kant Singh, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2018, 39 (8), pp.412-423. ⟨10.1002/jcc.25126⟩

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titre

Eurecon: Equidistant Uniform Rigid-body Ensemble Constructor

auteur

Petr Popov, Sergei Grudinin

article

Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2018, 80, pp.313-319. ⟨10.1016/j.jmgm.2018.01.015⟩

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titre

Docking of small molecules to farnesoid X receptors using AutoDock Vina with the Convex-PL potential: lessons learned from D3R Grand Challenge 2

auteur

Maria Kadukova, Sergei Grudinin

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2018, 32 (1), pp.151-162. ⟨10.1007/s10822-017-0062-1⟩

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Conference papers

titre

Atomistic Modelling and Simulation of Transmission Electron Microscopy Images: Application to Intrinsic Defects of Graphene

auteur

Cyril Guedj, Léonard Jaillet, François Rousse, Stephane Redon

article

SIMULTECH 2018 – 8th International Conference on Simulation and Modeling Methodologies, Technologies and Applications, Jul 2018, Porto, Portugal. ⟨10.5220/0006829200150024⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

User Guide for NOLB : Non-Linear Normal Mode Analysis

auteur

Sergei Grudinin

article

2018

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2017

Journal articles

titre

Convex-PL: a novel knowledge-based potential for protein-ligand interactions deduced from structural databases using convex optimization

auteur

Maria Kadukova, Sergei Grudinin

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2017, 31 (10), pp.943-958. ⟨10.1007/s10822-017-0068-8⟩

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titre

IM-UFF: extending the Universal Force Field for interactive molecular modeling

auteur

Léonard Jaillet, Svetlana Artemova, Stephane Redon

article

Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2017, 77, pp.350 – 362. ⟨10.1016/j.jmgm.2017.08.023⟩

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titre

Adaptive Physically Based Models in Computer Graphics

auteur

Pierre-Luc Manteaux, Chris Wojtan, Rahul Narain, Stéphane Redon, François Faure, Marie-Paule Cani

article

Computer Graphics Forum, 2017, 36 (6), pp.312-337 ⟨10.1111/cgf.12941⟩

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titre

A novel fast Fourier transform accelerated off-grid exhaustive search method for cryo-electron microscopy fitting

auteur

Alexandre Hoffmann, Valérie Perrier, Sergei Grudinin

article

Journal of Applied Crystallography, 2017, 50 (4), pp.1036-1047. ⟨10.1107/S1600576717008172⟩

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titre

Mechanism of transmembrane signaling by sensor histidine kinases

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Igor I Melkinov, Vitaly Polovinkin, Andrii Ishchenko, Anastasia Yuzhakova, Pavel Buslaev, Gleb Bourenkov, Sergei Grudinin, Ekaterina Round, Taras Balandin, Valentin Borshchevskiy, Dieter Willbold, Gordon Leonard, Georg Büldt, Alexander Popov, Valentin I. Gordeliy

article

Science, 2017, 356 (6342), pp.eaah6345. ⟨10.1126/science.aah6345⟩

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titre

Adaptively Restrained Molecular Dynamics in LAMMPS

auteur

Krishna Kant Singh, Stephane Redon

article

Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering, 2017, 25 (5), pp.055013. ⟨10.1088/1361-651X/aa7345⟩

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titre

Pepsi-SAXS : an adaptive method for rapid and accurate computation of small-angle X-ray scattering profiles

auteur

Sergei Grudinin, Maria Garkavenko, Andrei Kazennov

article

Acta crystallographica Section D : Structural biology [1993-..], 2017, D73, pp.449 – 464. ⟨10.1107/S2059798317005745⟩

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titre

NOLB: Nonlinear Rigid Block Normal Mode Analysis Method

auteur

Alexandre Hoffmann, Sergei Grudinin

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2017, 13 (5), pp.2123-2134. ⟨10.1021/acs.jctc.7b00197⟩

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titre

As-Rigid-As-Possible molecular interpolation paths

auteur

Minh Khoa Nguyen, Léonard Jaillet, Stephane Redon

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2017, 31 (4), pp.403 – 417. ⟨10.1007/s10822-017-0012-y⟩

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titre

Modeling and minimizing CAPRI round 30 symmetrical protein complexes from CASP-11 structural models

auteur

Marwa El Houasli, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah W Ghoorah, Sergei Grudinin, David Ritchie

article

Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2017, Special Issue: Sixth Meeting on the Critical Assessment of Predicted Interactions 85 (3), pp.463-469. ⟨10.1002/prot.25182⟩

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titre

New Insights on Signal Propagation by Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex

auteur

Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Valentin Borshchevskiy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin, Johann Klare, Alina Remeeva, Vitaly Polovinkin, Petr Utrobin, Taras Balandin, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy

article

Scientific Reports, 2017, 7, pp.41811. ⟨10.1038/srep41811⟩

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Conference papers

titre

Parallel Adaptively Restrained Molecular Dynamics

auteur

Krishna Kant Singh, Dmitriy F. Marin, Stephane Redon

article

2017 International Conference on High Performance Computing & Simulation (HPCS), Jul 2017, Genova, Italy. pp.308 – 314, ⟨10.1109/HPCS.2017.55⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

User Guide for AnAnaS : Analytical Analyzer of Symmetries

auteur

Guillaume Pagès, Sergei Grudinin

article

2017

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2016

Journal articles

titre

Prediction of homo- and hetero-protein complexes by protein docking and template-based modeling: a CASP-CAPRI experiment

auteur

Marc F. Lensink, Sameer Velankar, Andriy Kryshtafovych, Shen-You Huang, Dina Schneidman-Duhovy, Andrej Sali, Joan Segura, Narcis Fernandez-Fuentes, Shruthi Viswanath, Ron Elber, Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Hasup Lee, Minkyung Baek, Sangwoo Park, Lim Heo, Gyu Rie Lee, Chaok Seok, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, David W. Ritchie, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Mieczyslaw Torchala, Raphaël A.G. Chaleil, Paul A Bates, Efrat Ben-Zeev, Miriam Eisenstein, Surendra Negi S., Thom Vreven, Brian G Pierce, Tyler M. Borrman, Jinchao Yu, Françoise Ochsenbein, Zhiping Weng, Raphaël Guérois, Anna Vangone, João P.G.L.M. Rodrigues, Gydo van Zundert, Mehdi Nellen, Li Xue, Ezgi Karaca, Adrien S. J. Melquiond, Koen Visscher, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Xianjin Xu, Liming Qiu, Chengfei Yan, Jilong Li, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Yang Sheng, Lenna X. Peterson, Hyung-Rae Kim, Amit Roy, Xusi Han, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Xiaofeng Yu, Neil J. Bruce, Jonathan C. Fuller, Rebbecca C. Wade, Ivan Anishchenko, Petras J. Kundrotas, Ilya A. Vakser, Kenichiro Imai, Kazunori Yamada, Toshiyuki Oda, Tsukasa Nakamura, Kentaro Tomii, Chiara Pallara, Miguel Romero-Durana, Brian Jiménez-García, Iain H Moal, Juan Fernández-Recio, Jong Young Joung, Jong Yun Kim, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Scott Mottarella, David R. Hall, Dmitri Beglov, Artem Mamonov, Bing Xia, Tanggis Bohnuud, Carlos A. del Carpio, Eichiro Ichiishi, Nicholas Marze, Daisuke Kuroda, Shourya S. Roy Burman, Jeffrey J Gray, Edrisse Chermak, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Andrey Tovchigrechko, Shoshana J Wodak

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2016, Special Issue: Eleventh Meeting on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, 84 (S1), pp.323-348. ⟨10.1002/prot.25007⟩

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titre

Predicting binding poses and affinities for protein-ligand complexes in the 2015 D3R Grand Challenge using a physical model with a statistical parameter estimation

auteur

Sergei Grudinin, Maria Kadukova, Andreas Eisenbarth, Simon Marillet, Frédéric Cazals

article

Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2016, 30 (9), pp.791-804. ⟨10.1007/s10822-016-9976-2⟩

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titre

PEPSI-Dock: a detailed data-driven protein–protein interaction potential accelerated by polar Fourier correlation

auteur

Emilie Neveu, David Ritchie, Petr Popov, Sergei Grudinin

article

Bioinformatics, 2016, 32 (7), pp.i693-i701. ⟨10.1093/bioinformatics/btw443⟩

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titre

Error Analysis of Modified Langevin Dynamics

auteur

Stephane Redon, Gabriel Stoltz, Zofia Trstanova

article

Journal of Statistical Physics, 2016, 164 (4), pp.735-771. ⟨10.1007/s10955-016-1544-6⟩

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titre

Knodle: A Support Vector Machines-Based Automatic Perception of Organic Molecules from 3D Coordinates

auteur

Maria Kadukova, Sergei Grudinin

article

Journal of Chemical Information and Modeling, 2016, 56 (8), pp.1410-1419. ⟨10.1021/acs.jcim.5b00512⟩

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titre

Predicting Binding Poses and Affinities in the CSAR 2013―2014 Docking Exercises Using the Knowledge-Based Convex-PL Potential

auteur

Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Georgy Cheremovskiy

article

Journal of Chemical Information and Modeling, 2016, 56 (6), pp.1053-1062. ⟨10.1021/acs.jcim.5b00339⟩

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titre

Automatic molecular structure perception for the universal force field

auteur

Svetlana Artemova, Léonard Jaillet, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2016, 37 (13), pp.1191-1205. ⟨10.1002/jcc.24309⟩

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titre

Principal component analysis of lipid molecule conformational changes in molecular dynamics simulations

auteur

Pavel Buslaev, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2016, 12 (3), pp.1019-1028. ⟨10.1021/acs.jctc.5b01106⟩

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titre

Spherical polar Fourier assembly of protein complexes with arbitrary point group symmetry

auteur

David W. Ritchie, Sergei Grudinin

article

Journal of Applied Crystallography, 2016, 49 (1), pp.158-167. ⟨10.1107/S1600576715022931⟩

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titre

Multigrid solvers and multigrid preconditioners for the solution of variational data assimilation problems

auteur

Laurent Debreu, Emilie Neveu, Ehouarn Simon, François-Xavier Le Dimet, Arthur Vidard

article

Quarterly Journal of the Royal Meteorological Society, 2016, 142 (694), pp.515-528. ⟨10.1002/qj.2676⟩

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Conference papers

titre

Inverse Protein Folding Problem via Quadratic Programming

auteur

Andrii Riazanov, Mikhail Karasikov, Sergei Grudinin

article

Information Technology and Systems 2016, Sep 2016, Repino, St. Petersburg, Russia. pp.561-568

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titre

Quadratic Programming Approach to Fit Protein Complexes into Electron Density Maps

auteur

Roman Pogodin, Alexander Katrutsa, Sergei Grudinin

article

Information Technology and Systems 2016, Sep 2016, Repino, St. Petersburg, Russia. pp.576-582

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2015

Journal articles

titre

Knowledge of Native Protein–Protein Interfaces Is Sufficient To Construct Predictive Models for the Selection of Binding Candidates

auteur

Petr Popov, Sergei Grudinin

article

Journal of Chemical Information and Modeling, 2015, 55 (10), pp.2242-2255. ⟨10.1021/acs.jcim.5b00372⟩

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Theses

titre

Nouvelles méthodes de calcul pour la prédiction des interactions protéine-protéine au niveau structural

auteur

Petr Popov

article

Mathématiques générales [math.GM]. Université Grenoble Alpes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015GREAM005⟩

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2014

Journal articles

titre

Interactive Chemical Reactivity Exploration

auteur

Moritz P. Haag, Alain C. Vaucher, Maël Bosson, Stephane Redon, Markus Reiher

article

ChemPhysChem, 2014, 15 (15), pp.3301-3319. ⟨10.1002/cphc.201402342⟩

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titre

Advances in GPCR Modeling Evaluated by the GPCR Dock 2013 Assessment: Meeting New Challenges

auteur

Irina Kufareva, Vsevolod Katritch, Sergei Grudinin, Raymond C Stevens, Ruben Abagyan

article

Structure, 2014, 22 (8), pp.1120-1139. ⟨10.1016/j.str.2014.06.012⟩

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titre

HermiteFit: fast-fitting atomic structures into a low-resolution density map using three-dimensional orthogonal Hermite functions

auteur

Georgy Derevyanko, Sergei Grudinin

article

Acta crystallographica Section D : Structural biology [1993-..], 2014, 70 (8), pp.2069-2084. ⟨10.1107/S1399004714011493⟩

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titre

X-ray structure of a CDP-alcohol phosphatidyltransferase membrane enzyme and insights into its catalytic mechanism

auteur

Przemyslaw Nogly, Ivan Yu. Gushchin, Alina Remeeva, Ana M. Esteves, Nuno Borges, Pikyee Ma, Andrii Ishchenko, Sergei Grudinin, Ekaterina Round, Isabel Moraes, Valentin Borshchevskiy, Helena Santos, Valentin I. Gordeliy, Margarida Archer

article

Nature Communications, 2014, 5, pp.Article number: 4169. ⟨10.1038/ncomms5169⟩

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titre

ExaViz: a Flexible Framework to Analyse, Steer and Interact with Molecular Dynamics Simulations

auteur

Matthieu Dreher, Jessica Prevoteau-Jonquet, Mikael Trellet, Marc Piuzzi, Marc Baaden, Bruno Raffin, Nicolas Férey, Sophie Robert, Sébastien Limet

article

Faraday Discussions, 2014, Molecular simulations and visualization, 169, pp.119-142. ⟨10.1039/C3FD00142C⟩

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titre

Rapid determination of RMSDs corresponding to macromolecular rigid body motions

auteur

Petr Popov, Sergei Grudinin

article

Journal of Computational Chemistry, 2014, 35 (12), pp.950-956. ⟨10.1002/jcc.23569⟩

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titre

Unique DC-SIGN Clustering Activity of a Small Glycomimetic: A Lesson for Ligand Design

auteur

Ieva Sutkeviciute, Michel Thépaut, Sara Sattin, Angela Berzi, John Mcgeagh, Sergei Grudinin, Jörg Weiser, Aline Le Roy, Jose J. Reina, Javier Rojo, Mario Clerici, Anna Bernadi, Christine Ebel, Franck Fieschi

article

ACS Chemical Biology, 2014, 9 (6), pp.1377-1385. ⟨10.1021/cb500054h⟩

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titre

Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI

auteur

Marc F. Lensink, Aiain H. Moal, Paul A. Bates, Panagiotis L. Kastritis, Adrien S. J. Melquiond, Ezgi Karaca, Christophe Schmitz, Marc van Dijk, Alexandre M. J. J. Bonvin, Miriam Eisenstein, Brian Jiménez-Garcí, Solène Grosdidier, Albert Solernou, Laura Pérez-Cano, Chiara Pallar, Juan Fernández-Recio, Jianqing Xu, Pravin Muthu, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J. Gray, Sergei Grudinin, Georgy Derevyanko, Julie C. Mitchell, John Wieting, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Daron M. Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura, Matthieu Chavent, Hahnbeom Park, Junsu Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Yang Shen, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Petras J. Kundrotas, Ilya A. Vakser, Brian G. Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Idit Buch, Efrat Farkash, Haim J. Wolfson, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Shen-You Huang, Xiaoqin Zou, Justyna A. Wojdyla, Colin Kleanthous, Shoshana J. Wodak

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2014, 82 (4), pp.620-632. ⟨10.1002/prot.24439⟩

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titre

DockTrina: Docking triangular protein trimers

auteur

Petr Popov, David Ritchie, Sergei Grudinin

article

Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2014, 82 (1), pp.34-44. ⟨10.1002/prot.24344⟩

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Conference papers

titre

Editing molecular structures with smoothed articulated-body acceleration

auteur

Stephane Redon

article

Workshop on Robotics Methods for Structural and Dynamic Modeling of Molecular Systems, Robotics Science and Systems, Jul 2014, Berkeley, California, United States

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Book sections

titre

Modélisation et simulation adaptatives pour les nanosciences

auteur

Stephane Redon

article

Franck Varenne; Marc Silberstein. Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, 2, Éditions Matériologiques, 2014

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2013

Journal articles

titre

Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions

auteur

Rocco Moretti, Sarel J Fleishman, Rudi Agius, Mieczyslaw Torchala, Paul A. Bates, Panagiotis L Kastritis, João P. G. L. M. Rodrigues, Mikael Trellet, Alexandre M. J. J. Bonvin, Meng Cui, Marianne Rooman, Dimitri Gillis, Yves Dehouck, Iain Moal, Miguel Romero-Durana, Laura Pérez-Cano, Chiara Pallara, Brian Jimenez, Juan Fernández-Recio, Samuel C Flores, Michael Pacella, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J Gray, Petr Popov, Sergei Grudinin, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Nan Zhao, Dmitry Korkin, Xiaolei Zhu, Omar N A Demerdash, Julie Mitchell, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura, Hasup Lee, Hahnbeom Park, Chaok Seok, Jamica Sarmiento, Shide Liang, Shusuke Teraguchi, Daron M Standley, Hiromitsu Shimoyama, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Dmitri Beglov, David R Hall, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Brian G Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Yangyu Huang, Haotian Li, Xiufeng Yang, Xiaofeng Ji, Shiyong Liu, Yi Xiao, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Sameer Velankar, Joel Janin, Shoshana J Wodak, David Baker

article

Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2013, 81 (11), pp.1980 – 1987. ⟨10.1002/prot.24356⟩

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titre

Two Distinct States of the HAMP Domain from Sensory Rhodopsin Transducer Observed in Unbiased Molecular Dynamics Simulations

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin

article

PLoS ONE, 2013, 8 (7), pp.e66917. ⟨10.1371/journal.pone.0066917⟩

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titre

Ground state structure of D75N mutant of sensory rhodopsin II in complex with its cognate transducer

auteur

Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Valentin Borshchevskiy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin, Johann P. Klare, Taras Balandin, Alina Remeeva, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy

article

Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology, 2013, 123, pp.55-58. ⟨10.1016/j.jphotobiol.2013.03.008⟩

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titre

Block-Adaptive Quantum Mechanics: An Adaptive Divide-and-Conquer Approach to Interactive Quantum Chemistry

auteur

Maël Bosson, Sergei Grudinin, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2013, 34 (6), pp.492-504. ⟨10.1002/jcc.23157⟩

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titre

Interactive Molecular Dynamics: Scaling up to Large Systems

auteur

Matthieu Dreher, Marc Piuzzi, Ahmed Turki, Matthieu Chavent, Marc Baaden, Nicolas Férey, Sébastien Limet, Bruno Raffin, Sophie Robert

article

Procedia Computer Science, 2013, 2013 International Conference on Computational Science, 18, pp.20-29. ⟨10.1016/j.procs.2013.05.165⟩

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Conference papers

titre

Exploring the Use of Adaptively Restrained Particles for Graphics Simulations

auteur

Pierre-Luc Manteaux, François Faure, Stephane Redon, Marie-Paule Cani

article

VRIPHYS 2013 – 10th Workshop on Virtual Reality Interaction and Physical Simulation, Nov 2013, Lille, France. pp.17-24, ⟨10.2312/PE.vriphys.vriphys13.017-024⟩

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2012

Journal articles

titre

Adaptively Restrained Particle Simulations

auteur

Svetlana Artemova, Stephane Redon

article

Physical Review Letters, 2012, 109 (19), pp.190201:1-5. ⟨10.1103/PhysRevLett.109.190201⟩

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titre

A Novel Dimerization Interface of Cyclic Nucleotide Binding Domain, which is Disrupted in Presence of cAMP: Implications for CNG Channels Gating

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin

article

Journal of Molecular Modeling, 2012, 18 (9), pp.4053-4060. ⟨10.1007/s00894-012-1404-5⟩

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titre

Interactive physically-based structural modeling of hydrocarbon systems

auteur

Maël Bosson, Sergei Grudinin, Xavier Bouju, Stephane Redon

article

Journal of Computational Physics, 2012, 231 (6), pp.2581-2598. ⟨10.1016/j.jcp.2011.12.006⟩

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titre

Interactive quantum chemistry: A divide-and-conquer ASED-MO method

auteur

Maël Bosson, Antoine Plet, Sergei Grudinin, Stephane Redon, Caroline Richard

article

Journal of Computational Chemistry, 2012, 33 (7), pp.779-790. ⟨10.1002/jcc.22905⟩

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Theses

titre

Adaptive algorithms for computational chemistry and interactive modeling

auteur

Maël Bosson

article

Other [cs.OH]. Université de Grenoble, 2012. English. ⟨NNT : 2012GRENM089⟩

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titre

Adaptive algorithms for molecular simulation

auteur

Svetlana Artemova

article

Other [cs.OH]. Université de Grenoble, 2012. English. ⟨NNT : 2012GRENM062⟩

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2011

Journal articles

titre

A comparison of neighbor search algorithms for large rigid molecules

auteur

Svetlana Artemova, Sergei Grudinin, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2011, 32 (13), pp.2865-2877. ⟨10.1002/jcc.21868⟩

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titre

Active State of Sensory Rhodopsin II: Structural determinants for signal transfer and proton pumping

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Anastasia Reshetnyak, Valentin Borshchevskiy, Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Sergei Grudinin, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy

article

Journal of Molecular Biology, 2011, 412 (4), pp.591-600. ⟨10.1016/j.jmb.2011.07.022⟩

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titre

Fast construction of assembly trees for molecular graphs

auteur

Svetlana Artemova, Sergei Grudinin, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2011, 32 (8), pp.1589-1598. ⟨10.1002/jcc.21738⟩

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Conference papers

titre

Variable gain haptic coupling for molecular simulation

auteur

Aude Bolopion, Barthelemy Cagneau, Stephane Redon, Stéphane Régnier

article

WHC 2011 – IEEE World Haptics Conference, Jun 2011, Istanbul, Turkey. pp.469-474, ⟨10.1109/WHC.2011.5945531⟩

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2010

Journal articles

titre

Role of the HAMP Domain Region of Sensory Rhodopsin Transducers in Signal Transduction

auteur

Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin

article

Biochemistry, 2010, 50 (4), pp.574-580. ⟨10.1021/bi101032a⟩

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titre

Comparing position and force control for interactive molecular simulators with haptic feedback

auteur

Aude Bolopion, Barthelemy Cagneau, Stephane Redon, Stéphane Régnier

article

Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2010, 29 (2), pp.280-289. ⟨10.1016/j.jmgm.2010.06.003⟩

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titre

Practical modeling of molecular systems with symmetries

auteur

Sergei Grudinin, Stephane Redon

article

Journal of Computational Chemistry, 2010, 31 (9), pp.1799-1814. ⟨10.1002/jcc.21434⟩

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Conference papers

titre

Haptic molecular simulation based on force control

auteur

Aude Bolopion, Barthelemy Cagneau, Stephane Redon, Stéphane Régnier

article

AIM – 2010 IEEE/ASME International Conference on Advanced Intelligent Mechatronics, Jul 2010, Montréal, Canada. pp.329-334, ⟨10.1109/AIM.2010.5695764⟩

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2009

Journal articles

titre

Nanotechnologie : conception à l’échelle atomique par Stéphane Redon. Dynamique moléculaire interactive, entretien avec Serge Crouzy, propos recueillis par Dominique Chouchan.

auteur

Stéphane Redon, Serge Crouzy

article

Les Cahiers de l’INRIA – La Recherche, 2009, Les 10 découvertes de l’année, 426 janvier 2009

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Conference papers

titre

Haptic feedback for molecular simulation

auteur

Aude Bolopion, Barthelemy Cagneau, Stephane Redon, Stéphane Régnier

article

IROS 2009 – IEEE/RSJ International Conference on Intelligent Robots and Systems, Oct 2009, St. Louis, MO, United States. pp.237-242, ⟨10.1109/IROS.2009.5354256⟩

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Theses

titre

Structure prediction of P1-type ATPases and molecular dynamics simulations on their Metal Binding Domains

auteur

Karthik Arumugam

article

Modeling and Simulation. Université Joseph-Fourier – Grenoble I, 2009. English. ⟨NNT : ⟩

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2008

Journal articles

titre

Continuous Collision Detection for Adaptive Simulation of Articulated Bodies

auteur

Sujeong Kim, Stephane Redon, Young J. Kim

article

The Visual Computer, 2008, 24 (4), pp.261-269. ⟨10.1007/s00371-007-0196-6⟩

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titre

View-dependent dynamics of articulated bodies

auteur

Sujeong Kim, Stephane Redon, Young J. Kim

article

Computer Animation and Virtual Worlds, 2008, 19 (3-4), pp.223-233. ⟨10.1002/cav.245⟩

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Book sections

titre

Continuous Collision Detection

auteur

Stephane Redon

article

Ming C. Lin and Miguel A. Otaduy. Haptic Rendering: Foundations, Algorithms and Applications, A. K. Peters, Ltd., pp.253-276, 2008, 978-1568813325

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titre

Six Degree-of-Freedom Rendering of Rigid Environments

auteur

Michael Ortega, Stephane Redon, Sabine Coquillart

article

Ming C. Lin and Miguel A. Otaduy. Haptic Rendering: Foundations, Algorithms and Applications, A. K. Peters, Ltd., pp.333-354, 2008, 978-1568813325. ⟨10.1201/b10636-19⟩

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