Publications

Publications HAL de la structure 55137

2017

Journal articles

titre
Convex-PL: a novel knowledge-based potential for protein-ligand interactions deduced from structural databases using convex optimization
auteur
Maria Kadukova, Sergei Grudinin
article
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2017, 〈10.1007/s10822-017-0068-8〉
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https://hal.inria.fr/hal-01591154/file/2017-Kadukova-Convex-PL%3A%20a%20novel%20knowledge-based%20potential%20for%20protein-ligand%20interactions%20deduced%20from%20structural%20databases%20using%20convex%20optimization.pdf BibTex
titre
Docking of small molecules to farnesoid X receptors using AutoDock Vina with the Convex-PL potential: lessons learned from D3R Grand Challenge 2
auteur
Maria Kadukova, Sergei Grudinin
article
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2017, 〈10.1007/s10822-017-0062-1〉
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https://hal.inria.fr/hal-01591157/file/2017-Kadukova-Docking%20of%20small%20molecules%20to%20farnesoid%20X%20receptors%20using%20AutoDock%20Vina%20with%20the%20Convex-PL%20potential%3A%20lessons%20learned%20from%20D3R%20Grand%20Challenge%202.pdf BibTex
titre
Adaptive Physically Based Models in Computer Graphics
auteur
Pierre-Luc Manteaux, Chris Wojtan, Rahul Narain, Stéphane Redon, François Faure, Marie-Paule Cani
article
Computer Graphics Forum, Wiley, 2017, 36 (6), pp.312-337 〈10.1111/cgf.12941〉
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https://hal.inria.fr/hal-01367170/file/starAdaptivity-cgf.pdf BibTex
titre
A novel fast Fourier transform accelerated off-grid exhaustive search method for cryo-electron microscopy fitting
auteur
Alexandre Hoffmann, Valérie Perrier, Sergei Grudinin
article
Journal of Applied Crystallography, International Union of Crystallography, 2017, 50 (4), pp.1036-1047. 〈10.1107/S1600576717008172〉
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https://hal.inria.fr/hal-01553293/file/2017-Hoffmann-preprint-A%20novel%20fast%20Fourier%20transform%20accelerated%20off-grid%20exhaustive%20search%20method%20for%20cryo-electron%20microscopy%20fitting.pdf BibTex
titre
Mechanism of transmembrane signaling by sensor histidine kinases
auteur
Ivan Yu. Gushchin, Igor Melkinov, Vitaly Polovinkin, Andrii Ishchenko, Anastasia Yuzhakova, Pavel Buslaev, Gleb Bourenkov, Sergei Grudinin, Ekaterina Round, Taras Balandin, Valentin Borshchevskiy, Dieter Willbold, Gordon Leonard, Georg Büldt, Alexander Popov, Valentin I. Gordeliy
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2017, 356 (6342), pp.eaah6345. 〈10.1126/science.aah6345〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01526454/file/NarQ-Author-Version.pdf BibTex
titre
Adaptively Restrained Molecular Dynamics in LAMMPS
auteur
Krishna Kant Singh, Stephane Redon
article
Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering, IOP Publishing, 2017, 25 (5), pp.055013. 〈10.1088/1361-651X/aa7345〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01525253/file/ARMD.pdf BibTex
titre
Pepsi-SAXS : an adaptive method for rapid and accurate computation of small-angle X-ray scattering profiles
auteur
Sergei Grudinin, Maria Garkavenko, Andrei Kazennov
article
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, International Union of Crystallography, 2017, D73, pp.449 – 464. 〈10.1107/S2059798317005745〉
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https://hal.inria.fr/hal-01516719/file/2017-Grudinin-Pepsi-SAXS-an%20adaptive%20method%20for%20rapid%20and%20accurate%20computation%20of%20small-angle%20X-ray%20scattering%20profiles-reprint.pdf BibTex
titre
NOLB: Nonlinear Rigid Block Normal Mode Analysis Method
auteur
Alexandre Hoffmann, Sergei Grudinin
article
Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society, 2017, 13 (5), pp.2123-2134. 〈10.1021/acs.jctc.7b00197〉
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https://hal.inria.fr/hal-01505843/file/NOLB-Author-Version.pdf BibTex
titre
Modeling and minimizing CAPRI round 30 symmetrical protein complexes from CASP-11 structural models
auteur
Marwa El Houasli, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Sergei Grudinin, David Ritchie
article
Proteins: Structure, Function, and Genetics, Wiley, 2017, Special Issue: Sixth Meeting on the Critical Assessment of Predicted Interactions 85 (3), pp.463-469. 〈10.1002/prot.25182〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388654/file/marwa_proteins.pdf BibTex
titre
New Insights on Signal Propagation by Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex
auteur
Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Valentin Borshchevskiy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin, Johann Klare, Alina Remeeva, Vitaly Polovinkin, Petr Utrobin, Taras Balandin, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, pp.41811. 〈10.1038/srep41811〉
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https://hal.inria.fr/hal-01458744/file/srep41811.pdf BibTex

Conference papers

titre
Parallel Adaptively Restrained Molecular Dynamics
auteur
Krishna Singh, Dmitriy Marin, Stephane Redon
article
2017 International Conference on High Performance Computing & Simulation (HPCS), Jul 2017, Genova, Italy. IEEE, pp.308 – 314, 2017, 〈http://hpcs2017.cisedu.info/〉. 〈10.1109/HPCS.2017.55〉
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https://hal.inria.fr/hal-01591466/file/smr_armdmpi_jrnl.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
User Guide for NOLB : Non-Linear Normal Mode Analysis
auteur
Sergei Grudinin
article
2017
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2016

Journal articles

titre
Prediction of homo- and hetero-protein complexes by protein docking and template-based modeling: a CASP-CAPRI experiment
auteur
Marc F. Lensink, Sameer Velankar, Andriy Kryshtafovych, Shen-You Huang, Dina Schneidman-Duhovy, Andrej Sali, Joan Segura, Narcis Fernandez-Fuentes, Shruthi Viswanath, Ron Elber, Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Hasup Lee, Minkyung Baek, Sangwoo Park, Lim Heo, Gyu Rie Lee, Chaok Seok, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, David W. Ritchie, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Mieczyslaw Torchala, Raphaël Chaleil, Paul A Bates, Efrat Ben-Zeev, Miriam Eisenstein, Surendra Negi S., Thom Vreven, Brian G Pierce, Tyler Borrman, Jinchao Yu, Francoise Ochsenbein, Zhiping Weng, Raphaël Guerois, Anna Vangone, João Rodrigues, Gydo Van Zundert, Mehdi Nellen, Li Xue, Ezgi Karaca, Adrien S. J. Melquiond, Koen Visscher, Panagiotis L Kastritis, Alexandre Bonvin, Xianjin Xu, Liming Qiu, Chengfei Yan, Jilong Li, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Yang Sheng, Lenna Peterson, Hyung-Rae Kim, Amit Roy, Xusi Han, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Xiaofeng Yu, Neil J. Bruce, Jonathan C. Fuller, Rebbecca Wade, Ivan Anishchenko, Petras Kundrotas, Ilya Vakser, Kenichiro Imai, Kazunori Yamada, Toshiyuki Oda, Tsukasa Nakamura, Kentaro Tomii, Chiara Pallara, Miguel Romero-Durana, Brian Jiménez-García, Iain H Moal, Juan Fernández-Recio, Jong Young Joung, Jong Yun Kim, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Scott Mottarella, David Hall, Dmitri Beglov, Artem Mamonov, Bing Xia, Tanggis Bohnuud, Carlos Del Carpio, Eichiro Ichiishi, Nicholas Marze, Daisuke Kuroda, Shourya Burman, Jeffrey J Gray, Edrisse Chermak, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Andrey Tovchigrechko, Shoshana J Wodak
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2016, Special Issue: Eleventh Meeting on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, 84 (S1), pp.323-348 〈10.1002/prot.25007〉
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BibTex
titre
Predicting binding poses and affinities for protein-ligand complexes in the 2015 D3R Grand Challenge using a physical model with a statistical parameter estimation
auteur
Sergei Grudinin, Maria Kadukova, Andreas Eisenbarth, Simon Marillet, Frédéric Cazals
article
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2016, 30 (9), pp.791-804. 〈10.1007/s10822-016-9976-2〉
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https://hal.inria.fr/hal-01377738/file/2016-Grudinin-Predicting%20binding%20poses%20and%20affinities%20for%20protein%20-%20ligand%20complexes%20in%20the%202015%20D3R%20Grand%20Challenge%20using%20a%20physical%20model%20with%20a%20statistical%20parameter%20estimation-post-print.pdf BibTex
titre
PEPSI-Dock: a detailed data-driven protein–protein interaction potential accelerated by polar Fourier correlation
auteur
Emilie Neveu, David Ritchie, Petr Popov, Sergei Grudinin
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (7), pp.i693-i701. 〈10.1093/bioinformatics/btw443〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01358645/file/Bioinformatics-2016-Neveu-i693-701.pdf BibTex
titre
Error Analysis of Modified Langevin Dynamics
auteur
Stephane Redon, Gabriel Stoltz, Zofia Trstanova
article
Journal of Statistical Physics, Springer Verlag, 2016, 164 (4), pp.735-771. 〈10.1007/s10955-016-1544-6〉
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https://arxiv.org/pdf/1601.07411 BibTex
titre
Knodle: A Support Vector Machines-Based Automatic Perception of Organic Molecules from 3D Coordinates
auteur
Maria Kadukova, Sergei Grudinin
article
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2016, 56 (8), pp.1410-1419. 〈http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.5b00512〉. 〈10.1021/acs.jcim.5b00512〉
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https://hal.inria.fr/hal-01381010/file/Knodle-AuthorVersion.pdf BibTex
titre
Predicting Binding Poses and Affinities in the CSAR 2013―2014 Docking Exercises Using the Knowledge-Based Convex-PL Potential
auteur
Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Georgy Cheremovskiy
article
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2016, 56 (6), pp.1053-1062. 〈10.1021/acs.jcim.5b00339〉
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BibTex
titre
Automatic molecular structure perception for the universal force field
auteur
Svetlana Artemova, Léonard Jaillet, Stephane Redon
article
Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2016, 37 (13), pp.1191-1205. 〈10.1002/jcc.24309〉
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BibTex
titre
Principal component analysis of lipid molecule conformational changes in molecular dynamics simulations
auteur
Pavel Buslaev, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin
article
Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society, 2016, 12 (3), pp.1019-1028. 〈10.1021/acs.jctc.5b01106〉
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BibTex
titre
Spherical polar Fourier assembly of protein complexes with arbitrary point group symmetry
auteur
David W. Ritchie, Sergei Grudinin
article
Journal of Applied Crystallography, International Union of Crystallography, 2016, 49 (1), pp.158-167. 〈10.1107/S1600576715022931〉
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https://hal.inria.fr/hal-01261402/file/ritchie_grudinin_jac_2016.pdf BibTex
titre
Multigrid solvers and multigrid preconditioners for the solution of variational data assimilation problems
auteur
Laurent Debreu, Emilie Neveu, Ehouarn Simon, François-Xavier Le Dimet, Arthur Vidard
article
Quarterly Journal of the Royal Meteorological Society, Wiley, 2016, 142 (694), pp.515-528. 〈10.1002/qj.2676〉
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BibTex

Conference papers

titre
Inverse Protein Folding Problem via Quadratic Programming
auteur
Andrii Riazanov, Mikhail Karasikov, Sergei Grudinin
article
Information Technology and Systems 2016, Sep 2016, Repino, St. Petersburg, Russia. pp.561-568, 〈http://itas2016.iitp.ru/en/〉
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https://hal.inria.fr/hal-01419374/file/Riazanov2016InverseProteinFoldingProblem.pdf BibTex
titre
Quadratic Programming Approach to Fit Protein Complexes into Electron Density Maps
auteur
Roman Pogodin, Alexander Katrutsa, Sergei Grudinin
article
Information Technology and Systems 2016, Sep 2016, Repino, St. Petersburg, Russia. pp.576-582, 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01419380/file/itas.pdf BibTex

Theses

titre
Mathematical and Algorithmic Analysis of Modified Langevin Dynamics
auteur
Zofia Trstanova
article
Modeling and Simulation. Université Grenoble Alpes, 2016. English
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https://hal.inria.fr/tel-01452457/file/Zofia%20Trstanova.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Stable and accurate schemes for Langevin dynamics with general kinetic energies
auteur
Gabriel Stoltz, Zofia Trstanova
article
2016
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https://arxiv.org/pdf/1609.02891 BibTex

2015

Journal articles

titre
Knowledge of Native Protein–Protein Interfaces Is Sufficient To Construct Predictive Models for the Selection of Binding Candidates
auteur
Petr Popov, Sergei Grudinin
article
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2015, 55 (10), pp.2242-2255. 〈10.1021/acs.jcim.5b00372〉
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BibTex

Theses

titre
Nouvelles méthodes de calcul pour la prédiction des interactions protéine-protéine au niveau structural
auteur
Petr Popov
article
Mathématiques générales [math.GM]. Université Grenoble Alpes, 2015. Français. 〈NNT : 2015GREAM005〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01167112/file/POPOV_2015_archivage.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Interactive Chemical Reactivity Exploration
auteur
Moritz P. Haag, Alain C. Vaucher, Maël Bosson, Stephane Redon, Markus Reiher
article
ChemPhysChem, Wiley-VCH Verlag, 2014, 15 (15), pp.3301-3319. 〈10.1002/cphc.201402342〉
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BibTex
titre
Advances in GPCR Modeling Evaluated by the GPCR Dock 2013 Assessment: Meeting New Challenges
auteur
Irina Kufareva, Vsevolod Katritch, Sergei Grudinin, Raymond C Stevens, Ruben Abagyan
article
Structure, 2014, 22 (8), pp.1120-1139. 〈10.1016/j.str.2014.06.012〉
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BibTex
titre
HermiteFit: fast-fitting atomic structures into a low-resolution density map using three-dimensional orthogonal Hermite functions
auteur
Georgy Derevyanko, Sergei Grudinin
article
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, International Union of Crystallography, 2014, 70 (8), pp.2069-2084. 〈10.1107/S1399004714011493〉
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https://hal.inria.fr/hal-01078550/file/HermiteFit_%3A_fast-fitting_atomic_structures_into_a_low-resolution_density_map_using_three-dimensional_orthogonal_Hermite_functions.pdf BibTex
titre
X-ray structure of a CDP-alcohol phosphatidyltransferase membrane enzyme and insights into its catalytic mechanism
auteur
Przemyslaw Nogly, Ivan Yu. Gushchin, Alina Remeeva, Ana M. Esteves, Nuno Borges, Pikyee Ma, Andrii Ishchenko, Sergei Grudinin, Ekaterina Round, Isabel Moraes, Valentin Borshchevskiy, Helena Santos, Valentin I. Gordeliy, Margarida Archer
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2014, 5, pp.Article number: 4169. 〈10.1038/ncomms5169〉
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BibTex
titre
ExaViz: a Flexible Framework to Analyse, Steer and Interact with Molecular Dynamics Simulations
auteur
Matthieu Dreher, Jessica Prevoteau-Jonquet, Mikael Trellet, Marc Piuzzi, Marc Baaden, Bruno Raffin, Nicolas Férey, Sophie Robert, Sébastien Limet
article
Faraday Discussions of the Chemical Society, Royal Society of Chemistry, 2014, Molecular simulations and visualization, 169, pp.119-142. 〈10.1039/C3FD00142C〉
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https://hal.inria.fr/hal-00942627/file/faraday.pdf BibTex
titre
Rapid determination of RMSDs corresponding to macromolecular rigid body motions
auteur
Petr Popov, Sergei Grudinin
article
Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2014, 35 (12), pp.950-956. 〈10.1002/jcc.23569〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00952248/file/JCC_RMSD_final.pdf BibTex
titre
Unique DC-SIGN Clustering Activity of a Small Glycomimetic: A Lesson for Ligand Design
auteur
Ieva Sutkeviciute, Michel Thépaut, Sara Sattin, Angela Berzi, John Mcgeagh, Sergei Grudinin, Jörg Weiser, Aline Le Roy, Jose J. Reina, Javier Rojo, Mario Clerici, Anna Bernadi, Christine Ebel, Franck Fieschi
article
ACS Chemical Biology, American Chemical Society, 2014, 9 (6), pp.1377-1385. 〈10.1021/cb500054h〉
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BibTex
titre
Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI
auteur
Marc F. Lensink, Aiain H. Moal, Paul A. Bates, Panagiotis L. Kastritis, Adrien S. J. Melquiond, Ezgi Karaca, Christophe Schmitz, Marc Van Dijk, Alexandre Bonvin, Miriam Eisenstein, Brian Jiménez-Garcí, Solène Grosdidier, Albert Solernou, Laura Pérez-Cano, Chiara Pallar, Juan Fernández-Recio, Jianqing Xu, Pravin Muthu, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey Gray, Sergei Grudinin, Georgy Derevyanko, Julie Mitchell, John Wieting, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Daron Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura, Matthieu Chavent, Hahnbeom Park, Junsu Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Yang Shen, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Petras Kundrotas, Ilya Vakser, Brian Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Idit Buch, Efrat Farkash, Haim Wolfson, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Shen-You Huang, Xiaoqin Zou, Justyna Wojdyla, Colin Kleanthous, Shoshana Wodak
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2014, 82 (4), pp.620-632. 〈10.1002/prot.24439〉
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BibTex
titre
DockTrina: Docking triangular protein trimers
auteur
Petr Popov, David Ritchie, Sergei Grudinin
article
Proteins: Structure, Function, and Genetics, Wiley, 2014, 82 (1), pp.34-44. 〈10.1002/prot.24344〉
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Conference papers

titre
Editing molecular structures with smoothed articulated-body acceleration
auteur
Stephane Redon
article
Workshop on Robotics Methods for Structural and Dynamic Modeling of Molecular Systems, Robotics Science and Systems, Jul 2014, Berkeley, California, United States
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BibTex

Book sections

titre
Modélisation et simulation adaptatives pour les nanosciences
auteur
Stephane Redon
article
Franck Varenne; Marc Silberstein. Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, 2, Éditions Matériologiques, 2014
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BibTex

2013

Journal articles

titre
Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions
auteur
Rocco Moretti, Sarel J Fleishman, Rudi Agius, Mieczyslaw Torchala, Paul A. Bates, Panagiotis L Kastritis, João P. G. L. M. Rodrigues, Mikael Trellet, Alexandre M. J. J. Bonvin, Meng Cui, Marianne Rooman, Dimitri Gillis, Yves Dehouck, Iain Moal, Miguel Romero-Durana, Laura Pérez-Cano, Chiara Pallara, Brian Jimenez, Juan Fernández-Recio, Samuel C Flores, Michael Pacella, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J Gray, Petr Popov, Sergei Grudinin, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Nan Zhao, Dmitry Korkin, Xiaolei Zhu, Omar N A Demerdash, Julie Mitchell, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura, Hasup Lee, Hahnbeom Park, Chaok Seok, Jamica Sarmiento, Shide Liang, Shusuke Teraguchi, Daron M Standley, Hiromitsu Shimoyama, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Dmitri Beglov, David R Hall, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Brian G Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Yangyu Huang, Haotian Li, Xiufeng Yang, Xiaofeng Ji, Shiyong Liu, Yi Xiao, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Sameer Velankar, Joel Janin, Shoshana J Wodak, David Baker
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2013, 81 (11), pp.1980 – 1987. 〈10.1002/prot.24356〉
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BibTex
titre
Two Distinct States of the HAMP Domain from Sensory Rhodopsin Transducer Observed in Unbiased Molecular Dynamics Simulations
auteur
Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (7), pp.e66917. 〈10.1371/journal.pone.0066917〉
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https://hal.inria.fr/hal-00881143/file/IGushchin2013TwoDistinctStatesoftheHAMPDomain_journal.pone.0066917.pdf BibTex
titre
Ground state structure of D75N mutant of sensory rhodopsin II in complex with its cognate transducer
auteur
Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Valentin Borshchevskiy, Sergei Grudinin, Ivan Yu. Gushchin, Johann P. Klare, Taras Balandin, Alina Remeeva, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy
article
Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology, Elsevier, 2013, 123, pp.55-58. 〈10.1016/j.jphotobiol.2013.03.008〉
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https://hal.inria.fr/hal-00881553/file/A_Ishchenko_et_al_Ground_State_Structure_of_D75N_Mutant_of_Sensory_Rhodopsin_II_2013.pdf BibTex
titre
Block-Adaptive Quantum Mechanics: An Adaptive Divide-and-Conquer Approach to Interactive Quantum Chemistry
auteur
Maël Bosson, Sergei Grudinin, Stephane Redon
article
Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2013, 34 (6), pp.492-504. 〈10.1002/jcc.23157〉
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BibTex
titre
Interactive Molecular Dynamics: Scaling up to Large Systems
auteur
Matthieu Dreher, Marc Piuzzi, Ahmed Turki, Matthieu Chavent, Marc Baaden, Nicolas Férey, Sébastien Limet, Bruno Raffin, Sophie Robert
article
Procedia Computer Science, Elsevier, 2013, 2013 International Conference on Computational Science, 18, pp.20-29. 〈10.1016/j.procs.2013.05.165〉
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BibTex

Conference papers

titre
Exploring the Use of Adaptively Restrained Particles for Graphics Simulations
auteur
Pierre-Luc Manteaux, François Faure, Stephane Redon, Marie-Paule Cani
article
VRIPHYS 2013 – 10th Workshop on Virtual Reality Interaction and Physical Simulation, Nov 2013, Lille, France. Eurographics Association, pp.17-24, 2013, VRIPHYS 2013 – 10th Workshop on Virtual Reality Interaction and Physical Simulation. 〈10.2312/PE.vriphys.vriphys13.017-024〉
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https://hal.inria.fr/hal-00914653/file/arps-vriphys2013.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Adaptively Restrained Particle Simulations
auteur
Svetlana Artemova, Stephane Redon
article
Physical Review Letters, American Physical Society, 2012, 109 (19), pp.190201:1-5. 〈10.1103/PhysRevLett.109.190201〉
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https://hal.inria.fr/hal-00756121/file/PhysRevLett.109.190201.pdf BibTex
titre
A Novel Dimerization Interface of Cyclic Nucleotide Binding Domain, which is Disrupted in Presence of cAMP: Implications for CNG Channels Gating
auteur
Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin
article
Journal of Molecular Modeling, Springer Verlag (Germany), 2012, 18 (9), pp.4053-4060. 〈10.1007/s00894-012-1404-5〉
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https://hal.inria.fr/hal-00766015/file/A_novel.pdf BibTex
titre
Interactive physically-based structural modeling of hydrocarbon systems
auteur
Maël Bosson, Sergei Grudinin, Xavier Bouju, Stephane Redon
article
Journal of Computational Physics, Elsevier, 2012, 231 (6), pp.2581-2598. 〈10.1016/j.jcp.2011.12.006〉
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https://hal.inria.fr/hal-00755542/file/HydrocarbonPrototyping.pdf BibTex
titre
Interactive quantum chemistry: A divide-and-conquer ASED-MO method
auteur
Maël Bosson, Caroline Richard, Antoine Plet, Sergei Grudinin, Stephane Redon
article
Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2012, 33 (7), pp.779-790. 〈10.1002/jcc.22905〉
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Theses

titre
Adaptive algorithms for computational chemistry and interactive modeling
auteur
Maël Bosson
article
Other [cs.OH]. Université de Grenoble, 2012. English. 〈NNT : 2012GRENM089〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00846458/file/30876_BOSSON_2012_archivage1.pdf BibTex
titre
Adaptive algorithms for molecular simulation
auteur
Svetlana Artemova
article
Other [cs.OH]. Université de Grenoble, 2012. English. 〈NNT : 2012GRENM062〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00846690/file/Artemova.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
A comparison of neighbor search algorithms for large rigid molecules
auteur
Svetlana Artemova, Sergei Grudinin, Stephane Redon
article
Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2011, 32 (13), pp.2865-2877. 〈10.1002/jcc.21868〉
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BibTex
titre
Active State of Sensory Rhodopsin II: Structural determinants for signal transfer and proton pumping
auteur
Ivan Yu. Gushchin, Anastasia Reshetnyak, Valentin Borshchevskiy, Andrii Ishchenko, Ekaterina Round, Sergei Grudinin, Martin Engelhard, Georg Büldt, Valentin I. Gordeliy
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2011, 412 (4), pp.591-600. 〈10.1016/j.jmb.2011.07.022〉
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https://hal.inria.fr/hal-00766090/file/110623_NpSRII_manuscript_final.pdf BibTex
titre
Fast construction of assembly trees for molecular graphs
auteur
Svetlana Artemova, Sergei Grudinin, Stephane Redon
article
Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2011, 32 (8), pp.1589-1598. 〈10.1002/jcc.21738〉
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Conference papers

titre
Variable gain haptic coupling for molecular simulation
auteur
Aude Bolopion, Barthelemy Cagneau, Stephane Redon, Stéphane Régnier
article
WHC – 2011 IEEE World Haptics Conference, Jun 2011, Istanbul, Turkey. IEEE, pp.469-474, 2011, 〈10.1109/WHC.2011.5945531〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784641/file/_WHC.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Role of the HAMP Domain Region of Sensory Rhodopsin Transducers in Signal Transduction
auteur
Ivan Yu. Gushchin, Valentin I. Gordeliy, Sergei Grudinin
article
Biochemistry, American Chemical Society, 2010, 50 (4), pp.574-580. 〈10.1021/bi101032a〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784550/file/Role_of_the_HAMP_domain_region_of_sensory_rhodopsin_transducers_in_signal_transduction.pdf BibTex
titre
Comparing position and force control for interactive molecular simulators with haptic feedback
auteur
Aude Bolopion, Barthelemy Cagneau, Stephane Redon, Stéphane Régnier
article
Journal of Molecular Graphics and Modelling, Elsevier, 2010, 29 (2), pp.280-289. 〈10.1016/j.jmgm.2010.06.003〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00748030/file/JMGM.pdf BibTex
titre
Practical modeling of molecular systems with symmetries
auteur
Sergei Grudinin, Stephane Redon
article
Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2010, 31 (9), pp.1799-1814. 〈10.1002/jcc.21434〉
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Conference papers

titre
Haptic molecular simulation based on force control
auteur
Aude Bolopion, Barthelemy Cagneau, Stephane Redon, Stéphane Régnier
article
AIM – 2010 IEEE/ASME International Conference on Advanced Intelligent Mechatronics, Jul 2010, Montréal, Canada. IEEE, pp.329-334, 2010, 〈10.1109/AIM.2010.5695764〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784663/file/_aim10.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
Nanotechnologie : conception à l’échelle atomique par Stéphane Redon. Dynamique moléculaire interactive, entretien avec Serge Crouzy, propos recueillis par Dominique Chouchan.
auteur
Stéphane Redon, Serge Crouzy
article
Les Cahiers de l’INRIA – La Recherche, INRIA, 2009, Les 10 découvertes de l’année
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https://hal.inria.fr/inria-00527621/file/inria-n426-jan09.pdf BibTex

Conference papers

titre
Haptic feedback for molecular simulation
auteur
Aude Bolopion, Barthelemy Cagneau, Stephane Redon, Stéphane Régnier
article
IROS 2009 – IEEE/RSJ International Conference on Intelligent Robots and Systems, Oct 2009, St. Louis, MO, United States. IEEE, pp.237-242, 2009, 〈10.1109/IROS.2009.5354256〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784678/file/iros09.pdf BibTex

Theses

titre
Structure prediction of P1-type ATPases and molecular dynamics simulations on their Metal Binding Domains
auteur
Karthik Arumugam
article
Modeling and Simulation. Université Joseph-Fourier – Grenoble I, 2009. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00481898/file/thesis.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Continuous Collision Detection for Adaptive Simulation of Articulated Bodies
auteur
Sujeong Kim, Stephane Redon, Young Kim
article
Visual Computer, Springer Verlag, 2008, 24 (4), pp.261-269. 〈10.1007/s00371-007-0196-6〉
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https://hal.inria.fr/inria-00390311/file/VisualComputer2008.pdf BibTex
titre
View-dependent dynamics of articulated bodies
auteur
Sujeong Kim, Stephane Redon, Young Kim
article
Computer Animation and Virtual Worlds, Wiley, 2008, 19 (3-4), pp.223-233. 〈10.1002/cav.245〉
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https://hal.inria.fr/inria-00390310/file/CAVW2008.pdf BibTex

Book sections

titre
Continuous Collision Detection
auteur
Stephane Redon
article
Ming C. Lin and Miguel A. Otaduy. Haptic Rendering: Foundations, Algorithms and Applications, A. K. Peters, Ltd., pp.253-276, 2008, 978-1568813325
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BibTex
titre
Six Degree-of-Freedom Rendering of Rigid Environments
auteur
Michael Ortega, Stephane Redon, Sabine Coquillart
article
Ming C. Lin and Miguel A. Otaduy. Haptic Rendering: Foundations, Algorithms and Applications, A. K. Peters, Ltd., pp.333-354, 2008, 978-1568813325. 〈10.1201/b10636-19〉
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