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Publications of the team

Publications HAL du labo/EPI soda

2024

Journal articles

titre
NNEoS : Neural network-based thermodynamically consistent equation of state for fast and accurate flash calculations
auteur
Jingang Qu, Soleiman Yousef, Thibault Faney, Jean-Charles de Hemptinne, Patrick Gallinari
article
Applied Energy, 2024, 374, pp.124025. ⟨10.1016/j.apenergy.2024.124025⟩
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https://ifp.hal.science/hal-04696095/file/NNEoS.pdf BibTex
titre
Individual Brain Charting dataset extension, third release for movie watching and retinotopy data
auteur
Ana Luísa Pinho, Hugo Richard, Ana Fernanda Ponce, Michael Eickenberg, Alexis Amadon, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Juan Jesús Torre, Swetha Shankar, Himanshu Aggarwal, Alexis Thual, Thomas Chapalain, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion
article
Scientific Data , 2024, 11 (590)
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https://hal.science/hal-04272993/file/data_paper3_hal.pdf BibTex
titre
Uncertainty-biased molecular dynamics for learning uniformly accurate interatomic potentials
auteur
Viktor Zaverkin, David Holzmüller, Henrik Christiansen, Federico Errica, Francesco Alesiani, Makoto Takamoto, Mathias Niepert, Johannes Kästner
article
npj Computational Materials, 2024, npj Computational Materials, 10 (1), pp.83. ⟨10.1038/s41524-024-01254-1⟩
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https://hal.science/hal-04712228/file/Uncertainty-biased%20molecular%20dynamics%20for%20learning%20uniformly%20accurate%20interatomic%20potentials%20%28npjCompMat%29.pdf BibTex
titre
Concomitant medication, comorbidity and survival in patients with breast cancer
auteur
Elise Dumas, Beatriz Grandal Rejo, Paul Gougis, Sophie Houzard, Judith Abécassis, Floriane Jochum, Benjamin Marande, Annabelle Ballesta, Elaine del Nery, Thierry Dubois, Samar Alsafadi, Bernard Asselain, Aurélien Latouche, Marc Espie, Enora Laas, Florence Coussy, Clémentine Bouchez, Jean-Yves Pierga, Christine Le Bihan-Benjamin, Philippe-Jean Bousquet, Judicaël Hotton, Chloé-Agathe Azencott, Fabien Reyal, Anne-Sophie Hamy
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.2966. ⟨10.1038/s41467-024-47002-3⟩
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https://hal.science/hal-04673415/file/s41467-024-47002-3-1.pdf BibTex
titre
stanscofi and benchscofi: a new standard for drug repurposing by collaborative filtering
auteur
Clémence Réda, Jill-Jênn Vie, Olaf Wolkenhauer
article
Journal of Open Source Software, 2024, 9 (93), pp.5973. ⟨10.21105/joss.05973⟩
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https://hal.science/hal-04329740/file/10.21105.joss.05973.pdf BibTex
titre
Mutual Domain Adaptation
auteur
Sunghong Park, Myung Jun Kim, Kanghee Park, Hyunjung Shin
article
Pattern Recognition, 2024, 145, pp.109919. ⟨10.1016/j.patcog.2023.109919⟩
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BibTex
titre
Causal inference methods for combining randomized trials and observational studies: a review
auteur
Bénédicte Colnet, Imke Mayer, Guanhua Chen, Awa Dieng, Ruohong Li, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Vert, Julie Josse, Shu Yang
article
Statistical Science, In press
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https://hal.science/hal-03008276/file/main.pdf BibTex
titre
Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation
auteur
Annika Reinke, Minu D. Tizabi, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, A. Emre Kavur, Tim Rädsch, Carole H. Sudre, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, Florian Buettner, M. Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Jianxu Chen, Evangelia Christodoulou, Beth A. Cimini, Gary S. Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian Galdran, Bram van Ginneken, Ben Glocker, Patrick Godau, Robert Haase, Daniel A. Hashimoto, Michael M. Hoffman, Merel Huisman, Fabian Isensee, Pierre Jannin, Charles E. Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Hannes Kenngott, Jens Kleesiek, Florian Kofler, Thijs Kooi, Annette Kopp-Schneider, Michal Kozubek, Anna Kreshuk, Tahsin Kurc, Bennett A. Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier-Hein, Anne L. Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel G. M. Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Susanne M. Rafelski, Nasir Rajpoot, Mauricio Reyes, Michael A. Riegler, Nicola Rieke, Julio Saez-Rodriguez, Clara I. Sánchez, Shravya Shetty, Ronald M. Summers, Abdel A. Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios A. Tsaftaris, Ben van Calster, Gaël Varoquaux, Ziv R. Yaniv, Paul F. Jäger, Lena Maier-Hein
article
Nature Methods, 2024, 21, pp.182-194. ⟨10.1038/s41592-023-02150-0⟩
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https://arxiv.org/pdf/2302.01790 BibTex
titre
The Past, Present, and Future of the Brain Imaging Data Structure (BIDS)
auteur
Russell Poldrack, Christopher Markiewicz, Stefan Appelhoff, Yoni Ashar, Tibor Auer, Sylvain Baillet, Shashank Bansal, Leandro Beltrachini, Christian Benar, Giacomo Bertazzoli, Suyash Bhogawar, Ross Blair, Marta Bortoletto, Mathieu Boudreau, Teon Brooks, Vince Calhoun, Filippo Maria Castelli, Patricia Clement, Alexander Cohen, Julien Cohen-Adad, Sasha d’Ambrosio, Gilles de Hollander, María de la Iglesia-Vayá, Alejandro de la Vega, Arnaud Delorme, Orrin Devinsky, Dejan Draschkow, Eugene Paul Duff, Elizabeth Dupre, Eric Earl, Oscar Esteban, Franklin Feingold, Guillaume Flandin, Anthony Galassi, Giuseppe Gallitto, Melanie Ganz, Rémi Gau, James Gholam, Satrajit Ghosh, Alessio Giacomel, Ashley Gillman, Padraig Gleeson, Alexandre Gramfort, Samuel Guay, Giacomo Guidali, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Nell Hardcastle, Peer Herholz, Dora Hermes, Christopher Honey, Robert Innis, Horea-Ioan Ioanas, Andrew Jahn, Agah Karakuzu, David Keator, Gregory Kiar, Balint Kincses, Angela Laird, Jonathan Lau, Alberto Lazari, Jon Haitz Legarreta, Adam Li, Xiangrui Li, Bradley Love, Hanzhang Lu, Eleonora Marcantoni, Camille Maumet, Giacomo Mazzamuto, Steven Meisler, Mark Mikkelsen, Henk Mutsaerts, Thomas Nichols, Aki Nikolaidis, Gustav Nilsonne, Guiomar Niso, Martin Norgaard, Thomas Okell, Robert Oostenveld, Eduard Ort, Patrick Park, Mateusz Pawlik, Cyril Pernet, Franco Pestilli, Jan Petr, Christophe Phillips, Jean-Baptiste Poline, Luca Pollonini, Pradeep Reddy Raamana, Petra Ritter, Gaia Rizzo, Kay Robbins, Alexander Rockhill, Christine Rogers, Ariel Rokem, Chris Rorden, Alexandre M Routier, Jose Manuel Saborit-Torres, Taylor Salo, Michael Schirner, Robert Smith, Tamas Spisak, Julia Sprenger, Nicole Swann, Martin Szinte, Sylvain Takerkart, Bertrand Thirion, Adam Thomas, Sajjad Torabian, Gaël Varoquaux, Bradley Voytek, Julius Welzel, Martin Wilson, Tal Yarkoni, Krzysztof Gorgolewski
article
Imaging Neuroscience, 2024, 2, pp.1-19. ⟨10.1162/imag_a_00103⟩
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https://hal.science/hal-04346097/file/imag_a_00103.pdf BibTex

Conference papers

titre
CARTE: Pretraining and Transfer for Tabular Learning
auteur
Myung Jun Kim, Léo Grinsztajn, Gaël Varoquaux
article
Forty-first International Conference on Machine Learning, ICML 2024, Jul 2024, Vienna, Austria
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https://hal.science/hal-04596816/file/kim24d.pdf BibTex
titre
Optimizing human learning using reinforcement learning
auteur
Samuel Girard, Jill-Jênn Vie, Françoise Tort, Amel Bouzeghoub
article
Educational Data Mining 2024, Jul 2024, Atlanta (USA), United States
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https://hal.science/hal-04637464/file/Doctoral_consortium-5.pdf BibTex
titre
Adaptation of the Multi-Concept Multivariate Elo Rating System to Medical Students’ Training Data
auteur
Erva Nihan Kandemir, Jill-Jênn Vie, Adam Hegel Sanchez Ayte, Olivier Palombi, Franck Ramus
article
LAK 2024 – The 14th Learning Analytics and Knowledge Conference, Mar 2024, Kyoto, Japan. pp.1-10, ⟨10.1145/3636555.3636858⟩
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https://hal.science/hal-04371748/file/LAK24_96_preprint_HAL.pdf BibTex
titre
Optimizing Human Learning. 4th Workshop eliciting Adaptive Sequences for Learning and Educational RecSys (WASL 2024)
auteur
Jill-Jênn Vie, Yong Zheng, Fabrice Popineau, Yizhu Gao, Samuel Girard, Hisashi Kashima
article
Learning Analytics and Knowledge 2024, Mar 2024, Kyoto, Japan
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https://inria.hal.science/hal-04604552/file/LAK24_submission_44.pdf BibTex
titre
Learning High-Quality and General-Purpose Phrase Representations
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek
article
EACL 2024 – The 18th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, Mar 2024, La Valette, Malta
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https://telecom-paris.hal.science/hal-04465022/file/eacl-2024.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Active Learning for Neural PDE Solvers
auteur
Daniel Musekamp, Marimuthu Kalimuthu, David Holzmüller, Makoto Takamoto, Mathias Niepert
article
2024
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https://hal.science/hal-04707402/file/Active%20Learning%20for%20Neural%20PDE%20Solvers.pdf BibTex
titre
What is the Role of Small Models in the LLM Era: A Survey
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux
article
2024
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https://hal.science/hal-04712720/file/a_survey_of_the_role_of_small_models.pdf BibTex
titre
Imputation for prediction: beware of diminishing returns
auteur
Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux
article
2024
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https://hal.science/hal-04662937/file/LeMorvan2024imputation.pdf BibTex
titre
Better by Default: Strong Pre-Tuned MLPs and Boosted Trees on Tabular Data
auteur
David Holzmüller, Léo Grinsztajn, Ingo Steinwart
article
2024
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https://hal.science/hal-04641923/file/paper_arxiv_without_comments.pdf BibTex
titre
Comprehensive evaluation of collaborative filtering in drug repurposing
auteur
Clémence Réda, Jill-Jênn Vie, Olaf Wolkenhauer
article
2024
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https://hal.science/hal-04626970/file/reda2024comprehensive.pdf BibTex
titre
Joint Embedding-Classifier Learning for Interpretable Collaborative Filtering
auteur
Clémence Réda, Jill-Jênn Vie, Olaf Wolkenhauer
article
2024
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https://hal.science/hal-04625183/file/reda2024joint.pdf BibTex
titre
Teaching Models To Survive: Proper Scoring Rule and Stochastic Optimization with Competing Risks
auteur
Julie Alberge, Vincent Maladière, Olivier Grisel, Judith Abécassis, Gaël Varoquaux
article
2024
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https://hal.science/hal-04617672/file/competing_risks.pdf BibTex
titre
Retrieve, Merge, Predict: Augmenting Tables with Data Lakes (Experiment, Analysis & Benchmark Paper)
auteur
Riccardo Cappuzzo, Gaël Varoquaux, Aimee Coelho, Paolo Papotti
article
2024
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https://hal.science/hal-04509600/file/main.pdf BibTex
titre
Risk ratio, odds ratio, risk difference… Which causal measure is easier to generalize?
auteur
Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
2024
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https://arxiv.org/pdf/2303.16008 BibTex
titre
Towards Efficient and Optimal Covariance-Adaptive Algorithms for Combinatorial Semi-Bandits
auteur
Julien Zhou, Pierre Gaillard, Thibaud Rahier, Houssam Zenati, Julyan Arbel
article
2024
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https://hal.science/hal-04470568/file/soumission_HAL.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Fast Prediction for Criminal Suspects through Neighbor Mutual Information-Based Latent Network
auteur
Jong Ho Jhee, Myung Jun Kim, Myeonggeon Park, Jeongheun Yeon, Hyunjung Shin
article
International Journal of Intelligent Systems, 2023, 2023, pp.1-12. ⟨10.1155/2023/9922162⟩
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https://hal.science/hal-04234981/file/9922162.pdf BibTex
titre
BOOM! Tephrochronological dataset and exploration tool of the Southern (33–46° S) and Austral (49–55° S) volcanic zones of the Andes
auteur
Consuelo Martínez Fontaine, Vanessa Peña-Araya, Chiara Marmo, Marine Le Morvan, Guillaume Delpech, Karen Fontijn, Giuseppe Siani, Lucile Cosyn-Wexsteen
article
Quaternary Science Reviews, 2023, 316, pp.108254. ⟨10.1016/j.quascirev.2023.108254⟩
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https://hal.science/hal-04219211/file/Mart%C3%ADnezFontaineetal2023_BOOM%21_author_version%20%281%29.pdf BibTex
titre
Evolution of synchronous female bilateral breast cancers and response to treatment
auteur
Anne-Sophie Hamy, Judith Abécassis, Keltouma Driouch, Lauren Darrigues, Mathias Vandenbogaert, Cecile Laurent, Francois Zaccarini, Benjamin Sadacca, Myriam Delomenie, Enora Laas, Odette Mariani, Thanh Lam, Beatriz Grandal, Marick Laé, Ivan Bieche, Sophie Vacher, Jean-Yves Pierga, Etienne Brain, Celine Vallot, Judicael Hotton, Wilfrid Richer, Dario Rocha, Zakia Tariq, Veronique Becette, Didier Meseure, Laetitia Lesage, Anne Vincent-Salomon, Natalie Filmann, Jenny Furlanetto, Sibylle Loibl, Elise Dumas, Joshua Waterfall, Fabien Reyal
article
Nature Medicine, 2023, ⟨10.1038/s41591-023-02216-8⟩
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BibTex
titre
Pore distances of particulate organic matter predict N 2 O emissions from intact soil at moist conditions
auteur
Patricia Ortega-Ramírez, Valérie Pot, Patricia Laville, Steffen Schlüter, David Arturo Amor-Quiroz, Dalila Hadjar, Arnaud Mazurier, Marine Lacoste, Chloé Caurel, Valérie Pouteau, Claire Chenu, Isabelle Basile-Doelsch, Catherine Henault, Patricia Garnier
article
Geoderma, 2023, 429, pp.art. 116224. ⟨10.1016/j.geoderma.2022.116224⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03878855/file/2022-383.pdf BibTex
titre
Energy-momentum tensor in the scalar diquark model
auteur
Arturo Amor-Quiroz, William Focillon, Cédric Lorcé, Simone Rodini
article
European Physical Journal C: Particles and Fields, 2023, 83 (11), pp.1012. ⟨10.1140/epjc/s10052-023-12190-7⟩
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https://arxiv.org/pdf/2304.10339 BibTex
titre
Relational Data Embeddings for Feature Enrichment with Background Information
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev, Alexandre Allauzen, Gaël Varoquaux
article
Machine Learning, 2023, 112 (2), pp.687-720. ⟨10.1007/s10994-022-06277-7⟩
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https://hal.science/hal-03848124/file/main.pdf BibTex

Conference papers

titre
The Locality and Symmetry of Positional Encodings
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek
article
EMNLP 2023 – Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing, Dec 2023, Singapore, Singapore
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https://hal.science/hal-04330367/file/The_Locality_and_Symmetry_of_Positional_Encodings.pdf BibTex
titre
Deep Knowledge Tracing is an implicit dynamic multidimensional item response theory model
auteur
Jill-Jênn Vie, Hisashi Kashima
article
ICCE 2023 – The 31st International Conference on Computers in Education, Asia-Pacific Society for Computers in Education, Dec 2023, Matsue, Shimane, Japan
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https://inria.hal.science/hal-04180391/file/ICCE2023-pdfa3b.pdf BibTex
titre
False Discovery Proportion control for aggregated Knockoffs
auteur
Alexandre Blain, Bertrand Thirion, Olivier Grisel, Pierre Neuvial
article
NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans, United States. ⟨10.48550/arXiv.2310.10373⟩
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https://hal.science/hal-04250621/file/2310.10373.pdf BibTex
titre
Towards Scalable Adaptive Learning with Graph Neural Networks and Reinforcement Learning
auteur
Jean Vassoyan, Jill-Jênn Vie, Pirmin Lemberger
article
EDM 2023 – 16th International Conference on Educational Data Mining, Jul 2023, Bangalore, India
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https://inria.hal.science/hal-04108408/file/article_EDM2023.pdf BibTex
titre
GLADIS: A General and Large Acronym Disambiguation Benchmark
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek
article
EACL 2023 – The 17th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, May 2023, Dubrovnik, Croatia
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https://hal.science/hal-04039173/file/2302.01860.pdf BibTex
titre
Beyond calibration: estimating the grouping loss of modern neural networks
auteur
Alexandre Perez-Lebel, Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux
article
ICLR 2023 – The Eleventh International Conference on Learning Representations, May 2023, Kigali, Rwanda
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https://hal.science/hal-03829870/file/beyond_calibration.pdf BibTex

Book sections

titre
Evaluating machine learning models and their diagnostic value
auteur
Gaël Varoquaux, Olivier Colliot
article
Olivier Colliot. Machine Learning for Brain Disorders, Springer, 2023
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https://hal.science/hal-03682454/file/Chapter%2020%20-%20Final.pdf BibTex

Reports

titre
Lessons from shortcomings in machine learning for medical imaging
auteur
Gaël Varoquaux, Veronika Cheplygina
article
OECD. 2023
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https://hal.science/hal-04342020/file/paper_oecd.pdf BibTex

Theses

titre
Representations and inference from time-varying routine care data
auteur
Matthieu Doutreligne
article
Machine Learning [stat.ML]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG073⟩
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https://theses.hal.science/tel-04343116/file/126435_DOUTRELIGNE_2023_archivage.pdf BibTex
titre
Embedding models for relational data analytics
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev
article
Machine Learning [cs.LG]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG004⟩
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https://theses.hal.science/tel-04026672/file/122136_CVETKOV-ILIEV_2023_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Vectorizing string entries for data processing on tables: when are larger language models better?
auteur
Léo Grinsztajn, Myung Jun Kim, Edouard Oyallon, Gaël Varoquaux
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04345931/file/ICDE_paper%20%288%29.pdf BibTex
titre
Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation
auteur
Annika Reinke, Minu D. Tizabi, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, A. Emre Kavur, Tim Rädsch, Carole H. Sudre, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, Florian Buettner, M. Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Jianxu Chen, Evangelia Christodoulou, Beth A. Cimini, Gary S. Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian Galdran, Bram van Ginneken, Ben Glocker, Patrick Godau, Robert Haase, Daniel A. Hashimoto, Michael M. Hoffman, Merel Huisman, Fabian Isensee, Pierre Jannin, Charles E. Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Hannes Kenngott, Jens Kleesiek, Florian Kofler, Thijs Kooi, Annette Kopp-Schneider, Michal Kozubek, Anna Kreshuk, Tahsin Kurc, Bennett A. Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier-Hein, Anne L. Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel G. M. Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Susanne M. Rafelski, Nasir Rajpoot, Mauricio Reyes, Michael A. Riegler, Nicola Rieke, Julio Saez-Rodriguez, Clara I. Sánchez, Shravya Shetty, Ronald M. Summers, Abdel A. Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios A. Tsaftaris, Ben van Calster, Gaël Varoquaux, Ziv R. Yaniv, Paul F. Jäger, Lena Maier-Hein
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04345927/file/2302.01790.pdf BibTex
titre
Causal thinking for decision making on Electronic Health Records: why and how
auteur
Matthieu Doutreligne, Tristan Struja, Judith Abecassis, Claire Morgand, Leo Anthony Celi, Gaël Varoquaux
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04174834/file/preprint_causal_thinking_for_decision_making.pdf BibTex
titre
Confidence intervals for performance estimates in 3D medical image segmentation
auteur
Rosana El Jurdi, Gaël Varoquaux, Olivier Colliot
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04166803/file/confidence_intervals_segmentation.pdf BibTex
titre
How to select predictive models for decision making or causal inference?
auteur
Matthieu Doutreligne, Gaël Varoquaux
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03946902/file/how_to_select_causal_models.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Comprehensive decoding mental processes from Web repositories of functional brain images
auteur
Romuald Menuet, Raphael Meudec, Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Scientific Reports, 2022, 12 (7050), ⟨10.1038/s41598-022-10710-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03666470/file/article%20%281%29.pdf BibTex
titre
Machine learning for medical imaging: methodological failures and recommendations for the future
auteur
Gaël Varoquaux, Veronika Cheplygina
article
npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.48. ⟨10.1038/s41746-022-00592-y⟩
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https://arxiv.org/pdf/2103.10292 BibTex
titre
Body-weight variability and risk of cardiovascular outcomes in patients with type 1 diabetes: a retrospective observational analysis of data from the DCCT/EDIC population.
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Nicolas Venteclef, Kamel Mohammedi, Ronan Roussel, Marion Camoin, Gianluca Perseghin, Gilberto Velho, Louis Potier
article
Cardiovascular Diabetology, 2022, 21 (1), pp.247. ⟨10.1186/s12933-022-01689-0⟩
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https://hal.science/hal-04021480/file/BMC_Cardiovascular%20Diabetology%20_2022_PETRIA.pdf BibTex
titre
Predicting future cognitive decline from non-brain and multimodal brain imaging data in healthy and pathological aging
auteur
Bruno Hebling Vieira, Franziskus Liem, Kamalaker Dadi, Denis Engemann, Alexandre Gramfort, Pierre Bellec, Richard Cameron Craddock, Jessica Damoiseaux, Christopher Steele, Tal Yarkoni, Nicolas Langer, Daniel Margulies, Gaël Varoquaux
article
Neurobiology of Aging, 2022, 118, pp.55-65. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2022.06.008⟩
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BibTex
titre
Causal effect on a target population: a sensitivity analysis to handle missing covariates
auteur
Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
Journal of Causal Inference, 2022, 10 (1), pp.372-414. ⟨10.1515/jci-2021-0059⟩
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https://hal.science/hal-03473691/file/JCI-version-finale.pdf BibTex
titre
424-P: Body-Weight Variability and Risk of Cardiovascular Outcomes in Type 1 Diabetes: Results from the DCCT/EDIC Studies
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Gilberto Velho, Gianluca Perseghin, Ronan Roussel, Louis Potier
article
Diabetes, 2022, 71 (Supplement_1), ⟨10.2337/db22-424-P⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Understanding Brain Network Dynamics in Autism Begs for Generalization
auteur
Yong Liu, Gaël Varoquaux
article
Biological Psychiatry, 2022, 91 (11), pp.916-917. ⟨10.1016/j.biopsych.2022.03.007⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
How to remove or control confounds in predictive models, with applications to brain biomarkers
auteur
Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Michael Milham, Bertrand Thirion
article
GigaScience, 2022, 11, ⟨10.1093/gigascience/giac014⟩
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https://inria.hal.science/hal-03607651/file/giac014.pdf BibTex
titre
Multidimensional Item Response Theory in the Style of Collaborative Filtering
auteur
Yoav Bergner, Peter Halpin, Jill-Jênn Vie
article
Psychometrika, In press, 87 (1), pp.266-288. ⟨10.1007/s11336-021-09788-9⟩
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https://hal.science/hal-03895623/file/CF_IRTv3.pdf BibTex
titre
Insights from an autism imaging biomarker challenge: promises and threats to biomarker discovery
auteur
Nicolas Traut, Katja Heuer, Guillaume Lemaître, Anita Beggiato, David Germanaud, Monique Elmaleh, Alban Bethegnies, Laurent Bonnasse-Gahot, Weidong Cai, Stanislas Chambon, Freddy Cliquet, Ayoub Ghriss, Nicolas Guigui, Amicie de Pierrefeu, Meng Wang, Valentina Zantedeschi, Alexandre Boucaud, Joris van Den Bossche, Balázs Kegl, Richard Delorme, Thomas Bourgeron, Roberto Toro, Gaël Varoquaux
article
NeuroImage, 2022, 255, pp.119171. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119171⟩
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https://hal.science/hal-03637273/file/1-s2.0-S1053811922002981-main.pdf BibTex
titre
Advancing brain network models to reconcile functional neuroimaging and clinical research
auteur
Xenia Kobeleva, Gaël Varoquaux, Alain Dagher, Mohit Adhikari, Christian Grefkes, Matthieu Gilson
article
Neuroimage-Clinical, 2022, 36, pp.103262. ⟨10.1016/j.nicl.2022.103262⟩
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titre
Standardized Description of the Feature Extraction Process to Transform Raw Data Into Meaningful Information for Enhancing Data Reuse: Consensus Study
auteur
Antoine Lamer, Mathilde Fruchart, Nicolas Paris, Benjamin Popoff, Anaïs Payen, Thibaut Balcaen, William Gacquer, Guillaume Bouzillé, Marc Cuggia, Matthieu Doutreligne, Emmanuel Chazard
article
JMIR Medical Informatics, 2022, 10 (10), pp.e38936. ⟨10.2196/38936⟩
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https://hal.science/hal-03818320/file/document.pdf BibTex
titre
Analytics on Non-Normalized Data Sources: more Learning, rather than more Cleaning
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev, Alexandre Allauzen, Gaël Varoquaux
article
IEEE Access, In press, 10, pp.42420-42431. ⟨10.1109/ACCESS.2022.3168013⟩
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https://hal.science/hal-03647434/file/final.pdf BibTex

Conference papers

titre
Variational Factorization Machines for Preference Elicitation in Large-Scale Recommender Systems
auteur
Jill-Jênn Vie, Tomas Rigaux, Hisashi Kashima
article
IEEE BigData 2022, Dec 2022, Osaka, Japan
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https://inria.hal.science/hal-03880215/file/main.pdf BibTex
titre
Why do tree-based models still outperform deep learning on typical tabular data?
auteur
Léo Grinsztajn, Edouard Oyallon, Gaël Varoquaux
article
36th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2022) Track on Datasets and Benchmarks, Nov 2022, New Orleans, United States
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https://hal.science/hal-03723551/file/Tabular_NeurIPS2022%20%2828%29.pdf BibTex
titre
Privacy-Preserving Synthetic Educational Data Generation
auteur
Jill-Jênn Vie, Tomas Rigaux, Sein Minn
article
EC-TEL 2022 – 17th European Conference on Technology Enhanced Learning, Sep 2022, Toulouse, France
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https://inria.hal.science/hal-03715416/file/EC_TEL_2022_paper_83_Vie.pdf BibTex
titre
Imputing out-of-vocabulary embeddings with LOVE makes language models robust with little cost
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian Suchanek
article
ACL 2022 – 60th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics, May 2022, Dublin, Ireland
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https://hal.science/hal-03613101/file/Imputing%20OOV%20Embeddings%20with%20LOVE.pdf BibTex
titre
Interpretable Knowledge Tracing: Simple and Efficient Student Modeling with Causal Relations
auteur
Sein Minn, Jill-Jênn Vie, Koh Takeuchi, Hisashi Kashima, Feida Zhu
article
Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Vancouver, Canada. pp.12810-12818, ⟨10.1609/aaai.v36i11.21560⟩
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https://inria.hal.science/hal-03895625/file/IKT_EAAI.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Reweighting the RCT for generalization: finite sample error and variable selection
auteur
Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
2022
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https://hal.science/hal-03822662/file/covariate_selection_generalization_November2022.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
External validation of prognostic scores for COVID-19: a multicenter cohort study of patients hospitalized in Greater Paris University Hospitals
auteur
Yannis Lombardi, Loris Azoyan, Piotr Szychowiak, Ali Bellamine, Guillaume Lemaitre, Mélodie Bernaux, Christel Daniel, Judith Leblanc, Quentin Riller, Olivier Steichen, Pierre-Yves Ancel, Alain Bauchet, Nathanael Beeker, Vincent Benoit, Romain Bey, Aurélie Bourmaud, Stéphane Bréant, Anita Burgun, Fabrice Carrat, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Sylvie Cormont, Julien Dubiel, Catherine Duclos, Loic Esteve, Marie Frank, Nicolas Garcelon, Alexandre Gramfort, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Martin Guilbaud, Claire Hassen-Khodja, François Hemery, Martin Hilka, Anne Sophie Jannot, Jerome Lambert, Richard Layese, Léo Lebouter, Damien Leprovost, Ivan Lerner, Kankoe Levi Sallah, Aurélien Maire, Marie-France Mamzer, Patricia Martel, Arthur Mensch, Thomas Moreau, Antoine Neuraz, Nina Orlova, Nicolas Paris, Bastien Rance, Hélène Ravera, Antoine Rozes, Pierre Rufat, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Patricia Serre, Xavier Tannier, Jean-Marc Treluyer, Damien van Gysel, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Maxime Wack, Perceval Wajsburt, Demian Wassermann, Eric Zapletal
article
Intensive Care Medicine, 2021, 47 (12), pp.1426-1439. ⟨10.1007/s00134-021-06524-w⟩
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https://inria.hal.science/hal-03967472/file/s00134-021-06524-w.pdf BibTex

Conference papers

titre
A lightweight neural model for biomedical entity linking
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian Suchanek
article
AAAI 2021 – The Thirty-Fifth Conference on Artificial Intelligence, Association for the Advancement of Artificial Intelligence, Feb 2021, Palo Alto (virtual), United States. pp.12657-12665
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https://hal.science/hal-03086044/file/Biomedical_Entity_Linking.pdf BibTex

Proceedings

titre
Proceedings of the 14th International Conference on Educational Data Mining
auteur
I-Han Sharon Hsiao, Shaghayegh Sherry Sahebi, François Bouchet, Jill-Jênn Vie
article
2021, 978-1-7336736-2-4
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https://hal.science/hal-03918191/file/EDM2021Proceedings.pdf BibTex

2020

Preprints, Working Papers, …

titre
Individual Brain Charting dataset extension, fourth release of high-resolution fMRI data for cognitive mapping
auteur
Juan Jesus Torre, Ana Luísa Pinho, Swetha Shankar, Alexis Amadon, Mani Saignavongs, Marcela Perrone-Bertolotti, Thomas Bazeille, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Chantal Ginisty, S Éverine Becuwe-Desmidt, Éverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Jean- Philippe Lachaux, Patrick G Bissett, Ayse Zeynep Enkavi, Ian Eisenberg, Russell Poldrack, Roberta Santoro, Elia Formisano, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion
article
2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04668980/file/data_paper4.pdf BibTex

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