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Publications of the team

Publications HAL du labo/EPI soda

2023

Journal articles

titre
Evolution of synchronous female bilateral breast cancers and response to treatment
auteur
Anne-Sophie Hamy, Judith Abécassis, Keltouma Driouch, Lauren Darrigues, Mathias Vandenbogaert, Cecile Laurent, Francois Zaccarini, Benjamin Sadacca, Myriam Delomenie, Enora Laas, Odette Mariani, Thanh Lam, Beatriz Grandal, Marick Laé, Ivan Bieche, Sophie Vacher, Jean-Yves Pierga, Etienne Brain, Celine Vallot, Judicael Hotton, Wilfrid Richer, Dario Rocha, Zakia Tariq, Veronique Becette, Didier Meseure, Laetitia Lesage, Anne Vincent-Salomon, Natalie Filmann, Jenny Furlanetto, Sibylle Loibl, Elise Dumas, Joshua Waterfall, Fabien Reyal
article
Nature Medicine, 2023, ⟨10.1038/s41591-023-02216-8⟩
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titre
Pore distances of particulate organic matter predict N 2 O emissions from intact soil at moist conditions
auteur
Patricia Ortega-Ramírez, Valérie Pot, Patricia Laville, Steffen Schlüter, David Arturo Amor-Quiroz, Dalila Hadjar, Arnaud Mazurier, Marine Lacoste, Chloé Caurel, Valérie Pouteau, Claire Chenu, Isabelle Basile-Doelsch, Catherine Henault, Patricia Garnier
article
Geoderma, 2023, 429, pp.art. 116224. ⟨10.1016/j.geoderma.2022.116224⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03878855/file/2022-383.pdf BibTex

Conference papers

titre
Towards Scalable Adaptive Learning with Graph Neural Networks and Reinforcement Learning
auteur
Jean Vassoyan, Jill-Jênn Vie, Pirmin Lemberger
article
Educational Data Mining 2023, Jul 2023, Bangalore, India
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https://arxiv.org/pdf/2305.06398 BibTex
titre
GLADIS: A General and Large Acronym Disambiguation Benchmark
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek
article
EACL 2023 – The 17th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, May 2023, Dubrovnik, Croatia
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https://hal.science/hal-04039173/file/2302.01860.pdf BibTex
titre
Beyond calibration: estimating the grouping loss of modern neural networks
auteur
Alexandre Perez-Lebel, Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux
article
ICLR 2023 – The Eleventh International Conference on Learning Representations, May 2023, Kigali, Rwanda
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https://hal.science/hal-03829870/file/beyond_calibration.pdf BibTex

Book sections

titre
Evaluating machine learning models and their diagnostic value
auteur
Gaël Varoquaux, Olivier Colliot
article
Olivier Colliot. Machine Learning for Brain Disorders, Springer, 2023
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https://hal.science/hal-03682454/file/Chapter%2020%20-%20Final.pdf BibTex

Theses

titre
Embedding models for relational data analytics
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev
article
Machine Learning [cs.LG]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG004⟩
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https://theses.hal.science/tel-04026672/file/122136_CVETKOV-ILIEV_2023_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Energy-momentum tensor in the scalar diquark model
auteur
Arturo Amor-Quiroz, William Focillon, Cédric Lorcé, Simone Rodini
article
2023
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https://arxiv.org/pdf/2304.10339 BibTex
titre
How to select predictive models for causal inference?
auteur
Matthieu Doutreligne, Gaël Varoquaux
article
2023
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https://hal.science/hal-03946902/file/how_to_select_causal_models.pdf BibTex
titre
Causal inference methods for combining randomized trials and observational studies: a review
auteur
Bénédicte Colnet, Imke Mayer, Guanhua Chen, Awa Dieng, Ruohong Li, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Vert, Julie Josse, Shu Yang
article
2023
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https://hal.science/hal-03008276/file/main.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Comprehensive decoding mental processes from Web repositories of functional brain images
auteur
Romuald Menuet, Raphael Meudec, Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Scientific Reports, 2022, 12 (7050), ⟨10.1038/s41598-022-10710-1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03666470/file/article%20%281%29.pdf BibTex
titre
Machine learning for medical imaging: methodological failures and recommendations for the future
auteur
Gaël Varoquaux, Veronika Cheplygina
article
npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.48. ⟨10.1038/s41746-022-00592-y⟩
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https://arxiv.org/pdf/2103.10292 BibTex
titre
Body-weight variability and risk of cardiovascular outcomes in patients with type 1 diabetes: a retrospective observational analysis of data from the DCCT/EDIC population.
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Nicolas Venteclef, Kamel Mohammedi, Ronan Roussel, Marion Camoin, Gianluca Perseghin, Gilberto Velho, Louis Potier
article
Cardiovascular Diabetology, 2022, 21 (1), pp.247. ⟨10.1186/s12933-022-01689-0⟩
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https://hal.science/hal-04021480/file/BMC_Cardiovascular%20Diabetology%20_2022_PETRIA.pdf BibTex
titre
Predicting future cognitive decline from non-brain and multimodal brain imaging data in healthy and pathological aging
auteur
Bruno Hebling Vieira, Franziskus Liem, Kamalaker Dadi, Denis Engemann, Alexandre Gramfort, Pierre Bellec, Richard Cameron Craddock, Jessica Damoiseaux, Christopher Steele, Tal Yarkoni, Nicolas Langer, Daniel Margulies, Gaël Varoquaux
article
Neurobiology of Aging, 2022, 118, pp.55-65. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2022.06.008⟩
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BibTex
titre
Causal effect on a target population: a sensitivity analysis to handle missing covariates
auteur
Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
Journal of Causal Inference, 2022, 10 (1), pp.372-414. ⟨10.1515/jci-2021-0059⟩
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https://hal.science/hal-03473691/file/JCI-version-finale.pdf BibTex
titre
424-P: Body-Weight Variability and Risk of Cardiovascular Outcomes in Type 1 Diabetes: Results from the DCCT/EDIC Studies
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Gilberto Velho, Gianluca Perseghin, Ronan Roussel, Louis Potier
article
Diabetes, 2022, 71 (Supplement_1), ⟨10.2337/db22-424-P⟩
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BibTex
titre
Understanding Brain Network Dynamics in Autism Begs for Generalization
auteur
Yong Liu, Gaël Varoquaux
article
Biological Psychiatry, 2022, 91 (11), pp.916-917. ⟨10.1016/j.biopsych.2022.03.007⟩
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BibTex
titre
How to remove or control confounds in predictive models, with applications to brain biomarkers
auteur
Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Michael Milham, Bertrand Thirion
article
GigaScience, 2022, 11, ⟨10.1093/gigascience/giac014⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03607651/file/giac014.pdf BibTex
titre
Multidimensional Item Response Theory in the Style of Collaborative Filtering
auteur
Yoav Bergner, Peter Halpin, Jill-Jênn Vie
article
Psychometrika, In press, 87 (1), pp.266-288. ⟨10.1007/s11336-021-09788-9⟩
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https://hal.science/hal-03895623/file/CF_IRTv3.pdf BibTex
titre
Relational Data Embeddings for Feature Enrichment with Background Information
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev, Alexandre Allauzen, Gaël Varoquaux
article
Machine Learning, In press
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https://hal.science/hal-03848124/file/main.pdf BibTex
titre
Insights from an autism imaging biomarker challenge: promises and threats to biomarker discovery
auteur
Nicolas Traut, Katja Heuer, Guillaume Lemaître, Anita Beggiato, David Germanaud, Monique Elmaleh, Alban Bethegnies, Laurent Bonnasse-Gahot, Weidong Cai, Stanislas Chambon, Freddy Cliquet, Ayoub Ghriss, Nicolas Guigui, Amicie de Pierrefeu, Meng Wang, Valentina Zantedeschi, Alexandre Boucaud, Joris van Den Bossche, Balázs Kegl, Richard Delorme, Thomas Bourgeron, Roberto Toro, Gaël Varoquaux
article
NeuroImage, 2022, 255, pp.119171. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119171⟩
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https://hal.science/hal-03637273/file/1-s2.0-S1053811922002981-main.pdf BibTex
titre
Advancing brain network models to reconcile functional neuroimaging and clinical research
auteur
Xenia Kobeleva, Gaël Varoquaux, Alain Dagher, Mohit Adhikari, Christian Grefkes, Matthieu Gilson
article
Neuroimage-Clinical, 2022, 36, pp.103262. ⟨10.1016/j.nicl.2022.103262⟩
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BibTex
titre
Analytics on Non-Normalized Data Sources: more Learning, rather than more Cleaning
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev, Alexandre Allauzen, Gaël Varoquaux
article
IEEE Access, In press, 10, pp.42420-42431. ⟨10.1109/ACCESS.2022.3168013⟩
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https://hal.science/hal-03647434/file/final.pdf BibTex
titre
Standardized Description of the Feature Extraction Process to Transform Raw Data Into Meaningful Information for Enhancing Data Reuse: Consensus Study
auteur
Antoine Lamer, Mathilde Fruchart, Nicolas Paris, Benjamin Popoff, Anaïs Payen, Thibaut Balcaen, William Gacquer, Guillaume Bouzillé, Marc Cuggia, Matthieu Doutreligne, Emmanuel Chazard
article
JMIR Medical Informatics, 2022, 10 (10), pp.e38936. ⟨10.2196/38936⟩
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Conference papers

titre
Variational Factorization Machines for Preference Elicitation in Large-Scale Recommender Systems
auteur
Jill-Jênn Vie, Tomas Rigaux, Hisashi Kashima
article
IEEE BigData 2022, Dec 2022, Osaka, Japan
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https://inria.hal.science/hal-03880215/file/main.pdf BibTex
titre
Why do tree-based models still outperform deep learning on typical tabular data?
auteur
Léo Grinsztajn, Edouard Oyallon, Gaël Varoquaux
article
NeurIPS 2022 Datasets and Benchmarks Track, Nov 2022, New Orleans, United States
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https://hal.science/hal-03723551/file/Tabular_NeurIPS2022%20%2822%29.pdf BibTex
titre
Privacy-Preserving Synthetic Educational Data Generation
auteur
Jill-Jênn Vie, Tomas Rigaux, Sein Minn
article
EC-TEL 2022 – 17th European Conference on Technology Enhanced Learning, Sep 2022, Toulouse, France
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https://hal.inria.fr/hal-03715416/file/EC_TEL_2022_paper_83_Vie.pdf BibTex
titre
Imputing out-of-vocabulary embeddings with LOVE makes language models robust with little cost
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian Suchanek
article
ACL 2022 – 60th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics, May 2022, Dublin, Ireland
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https://hal.science/hal-03613101/file/Imputing%20OOV%20Embeddings%20with%20LOVE.pdf BibTex
titre
Interpretable Knowledge Tracing: Simple and Efficient Student Modeling with Causal Relations
auteur
Sein Minn, Jill-Jênn Vie, Koh Takeuchi, Hisashi Kashima, Feida Zhu
article
Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Vancouver, Canada. pp.12810-12818, ⟨10.1609/aaai.v36i11.21560⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03895625/file/IKT_EAAI.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Reweighting the RCT for generalization: finite sample error and variable selection
auteur
Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
2022
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https://hal.science/hal-03822662/file/covariate_selection_generalization_November2022.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
External validation of prognostic scores for COVID-19: a multicenter cohort study of patients hospitalized in Greater Paris University Hospitals
auteur
Yannis Lombardi, Loris Azoyan, Piotr Szychowiak, Ali Bellamine, Guillaume Lemaitre, Mélodie Bernaux, Christel Daniel, Judith Leblanc, Quentin Riller, Olivier Steichen, Pierre-Yves Ancel, Alain Bauchet, Nathanael Beeker, Vincent Benoit, Romain Bey, Aurélie Bourmaud, Stéphane Bréant, Anita Burgun, Fabrice Carrat, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Sylvie Cormont, Julien Dubiel, Catherine Duclos, Loic Esteve, Marie Frank, Nicolas Garcelon, Alexandre Gramfort, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Martin Guilbaud, Claire Hassen-Khodja, François Hemery, Martin Hilka, Anne Sophie Jannot, Jerome Lambert, Richard Layese, Léo Lebouter, Damien Leprovost, Ivan Lerner, Kankoe Levi Sallah, Aurélien Maire, Marie-France Mamzer, Patricia Martel, Arthur Mensch, Thomas Moreau, Antoine Neuraz, Nina Orlova, Nicolas Paris, Bastien Rance, Hélène Ravera, Antoine Rozes, Pierre Rufat, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Patricia Serre, Xavier Tannier, Jean-Marc Treluyer, Damien van Gysel, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Maxime Wack, Perceval Wajsburt, Demian Wassermann, Eric Zapletal
article
Intensive Care Medicine, 2021, 47 (12), pp.1426-1439. ⟨10.1007/s00134-021-06524-w⟩
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https://inria.hal.science/hal-03967472/file/s00134-021-06524-w.pdf BibTex

Proceedings

titre
Proceedings of the 14th International Conference on Educational Data Mining
auteur
I-Han Sharon Hsiao, Shaghayegh Sherry Sahebi, François Bouchet, Jill-Jênn Vie
article
2021, 978-1-7336736-2-4
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https://hal.science/hal-03918191/file/EDM2021Proceedings.pdf BibTex

Older publications

Publications HAL de gael varoquaux

2023

Journal articles

titre
Risk of Death in Individuals Hospitalized for COVID-19 With and Without Psychiatric Disorders: An Observational Multicenter Study in France
auteur
Nicolas Hoertel, Marina Sánchez-Rico, Pedro de la Muela, Miriam Abellán, Carlos Blanco, Marion Leboyer, Céline Cougoule, Erich Gulbins, Johannes Kornhuber, Alexander Carpinteiro, Katrin Anne Becker, Raphaël Vernet, Nathanaël Beeker, Antoine Neuraz, Jesús Alvarado, Juan José Herrera-Morueco, Guillaume Airagnes, Cédric Lemogne, Frédéric Limosin, Pierre-Yves Ancel, Alain Bauchet, Nathanaël Beeker, Vincent Benoit, Mélodie Bernaux, Ali Bellamine, Romain Bey, Aurélie Bourmaud, Stéphane Breant, Anita Burgun, Fabrice Carrat, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Sylvie Cormont, Christel Daniel, Julien Dubiel, Catherine Ducloas, Loic Esteve, Marie Frank, Nicolas Garcelon, Alexandre Gramfort, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Martin Guilbaud, Claire Hassen-Khodja, François Hemery, Martin Hilka, Anne Sophie Jannot, Jerome Lambert, Richard Layese, Judith Leblanc, Léo Lebouter, Guillaume Lemaitre, Damien Leprovost, Ivan Lerner, Kankoe Levi Sallah, Aurélien Maire, Marie-France Mamzer, Patricia Martel, Arthur Mensch, Thomas Moreau, Antoine Neuraz, Nina Orlova, Nicolas Paris, Bastien Rance, Hélène Ravera, Antoine Rozes, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Patricia Serre, Xavier Tannier, Jean-Marc Treluyer, Damien van Gysel, Gaël Varoquaux, Jill Jen Vie, Maxime Wack, Perceval Wajsburt, Demian Wassermann, Eric Zapletal
article
Biological Psychiatry Global Open Science, 2023, 3 (1), pp.56-67. ⟨10.1016/j.bpsgos.2021.12.007⟩
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Conference papers

titre
GLADIS: A General and Large Acronym Disambiguation Benchmark
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek
article
EACL 2023 – The 17th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, May 2023, Dubrovnik, Croatia
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04039173/file/2302.01860.pdf BibTex
titre
Beyond calibration: estimating the grouping loss of modern neural networks
auteur
Alexandre Perez-Lebel, Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux
article
ICLR 2023 – The Eleventh International Conference on Learning Representations, May 2023, Kigali, Rwanda
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https://hal.science/hal-03829870/file/beyond_calibration.pdf BibTex

Book sections

titre
Evaluating machine learning models and their diagnostic value
auteur
Gaël Varoquaux, Olivier Colliot
article
Olivier Colliot. Machine Learning for Brain Disorders, Springer, 2023
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https://hal.science/hal-03682454/file/Chapter%2020%20-%20Final.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
How to select predictive models for causal inference?
auteur
Matthieu Doutreligne, Gaël Varoquaux
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03946902/file/how_to_select_causal_models.pdf BibTex
titre
Causal inference methods for combining randomized trials and observational studies: a review
auteur
Bénédicte Colnet, Imke Mayer, Guanhua Chen, Awa Dieng, Ruohong Li, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Vert, Julie Josse, Shu Yang
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03008276/file/main.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
International comparisons of laboratory values from the 4CE collaborative to predict COVID-19 mortality
auteur
Griffin Weber, Chuan Hong, Zongqi Xia, Nathan Palmer, Paul Avillach, Sehi L’yi, Mark Keller, Shawn Murphy, Alba Gutiérrez-Sacristán, Clara-Lea Bonzel, Arnaud Serret-Larmande, Antoine Neuraz, Gilbert Omenn, Shyam Visweswaran, Jeffrey Klann, Andrew South, Ne Hooi Will Loh, Mario Cannataro, Brett Beaulieu-Jones, Riccardo Bellazzi, Giuseppe Agapito, Mario Alessiani, Bruce Aronow, Douglas Bell, Vincent Benoit, Florence Bourgeois, Luca Chiovato, Kelly Cho, Arianna Dagliati, Scott Duvall, Noelia García Barrio, David Hanauer, Yuk-Lam Ho, John Holmes, Richard Issitt, Molei Liu, Yuan Luo, Kristine Lynch, Sarah Maidlow, Alberto Malovini, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Michael Matheny, Jason Moore, Jeffrey Morris, Michele Morris, Danielle Mowery, Kee Yuan Ngiam, Lav Patel, Miguel Pedrera Jiménez, Rachel Ramoni, Emily Schriver, Petra Schubert, Pablo Serrano Balazote, Anastasia Spiridou, Amelia Tan, Byorn Tan, Valentina Tibollo, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Xuan Wang, James Aaron, Adem Albayrak, Giuseppe Albi, James Balshi, Anna Alloni, Danilo Amendola, François Angoulvant, Brett Beaulieu-Jones, Li Anthony, Fatima Ashraf, Andrew Atz, Paul Avillach, Paula Azevedo, Antonio Bellasi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal-Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Surbhi Bhatnagar, Alvar Blanco-Martínez, Martin Boeker, John Booth, Silvano Bosari, Robert Bradford, Gabriel Brat, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, Raffaele Bruno, William Bryant, Mauro Bucalo, Emily Bucholz, Anita Burgun, Tianxi Cai, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Krista Chen, Jin Chen, Lorenzo Chiudinelli, Kelly Cho, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz-Bermúdez, Jaime Cruz-Rojo, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Priyam Das, Batsal Devkota, Lana Garmire, Audrey Dionne, Rui Duan, Julien Dubiel, Loic Esteve, Hossein Estiri, Shirley Fan, Robert Follett, Thomas Ganslandt, Noelia García-Barrio, Nils Gehlenborg, Emily Getzen, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Alba Gutiérrez-Sacristán, Larry Han, David Hanauer, Christian Haverkamp, Daniel Key, Derek Hazard, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, Kenneth Huling, Meghan Hutch, Richard Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Chris Kennedy, Kate Kernan, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Isaac Kohane, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Trang Le, Judith Leblanc, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Qi Long, Sara Lozano-Zahonero, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Adeline Makoudjou, Anupama Maram, Patricia Martel, Marcelo Martins, Jayson Marwaha, Aaron Masino, Maria Mazzitelli, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Bertrand Moal, Taha Mohseni Ahooyi, Jason Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Karyn Moshal, Sajad Mousavi, Douglas Murad, Shawn Murphy, Thomas Naughton, Carlos Tadeu Breda Neto, Jane Newburger, Kee Yuan Ngiam, Wanjiku Njoroge, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Gilbert Omenn, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Lav Patel, Miguel Pedrera-Jiménez, Ashley Pfaff, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Sara Pizzimenti, Hans Prokosch, Robson Prudente, Andrea Prunotto, Víctor Quirós-González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig-Domínguez, Pablo Rojo, Paula Rubio-Mayo, Paolo Sacchi, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu, L. Nelson Sanchez-Pinto, Arnaud Sandrin, Nandhini Santhanam, Janaina Santos, Fernando Sanz Vidorreta, Maria Savino, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil Sebire, Pablo Serrano-Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Mohsin Shah, Zahra Shakeri Hossein Abad, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Andrew South, Francesca Sperotto, Zachary Strasser, Amelia Tan, Bryce Tan, Suzana Tanni, Deanne Taylor, Ana Terriza-Torres, Patric Tippmann, Emma Toh, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret Vella, Guillaume Verdy, Jill-Jênn Vie, Shyam Visweswaran, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Demian Wassermann, Griffin Weber, Martin Wolkewitz, Scott Wong, Zongqi Xia, Xin Xiong, Ye Ye, Nadir Yehya, William Yuan, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Daniela Zöller, Valentina Zuccaro, Chiara Zucco, Isaac Kohane, Tianxi Cai, Gabriel Brat
article
npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.74. ⟨10.1038/s41746-022-00601-0⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Comprehensive decoding mental processes from Web repositories of functional brain images
auteur
Romuald Menuet, Raphael Meudec, Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Scientific Reports, 2022, 12 (7050), ⟨10.1038/s41598-022-10710-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-03666470/file/article%20%281%29.pdf BibTex
titre
Machine learning for medical imaging: methodological failures and recommendations for the future
auteur
Gaël Varoquaux, Veronika Cheplygina
article
npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.48. ⟨10.1038/s41746-022-00592-y⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2103.10292 BibTex
titre
Body-weight variability and risk of cardiovascular outcomes in patients with type 1 diabetes: a retrospective observational analysis of data from the DCCT/EDIC population.
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Nicolas Venteclef, Kamel Mohammedi, Ronan Roussel, Marion Camoin, Gianluca Perseghin, Gilberto Velho, Louis Potier
article
Cardiovascular Diabetology, 2022, 21 (1), pp.247. ⟨10.1186/s12933-022-01689-0⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04021480/file/BMC_Cardiovascular%20Diabetology%20_2022_PETRIA.pdf BibTex

 

Publications HAL de jill-jenn vie

2023

Conference papers

titre
Towards Scalable Adaptive Learning with Graph Neural Networks and Reinforcement Learning
auteur
Jean Vassoyan, Jill-Jênn Vie, Pirmin Lemberger
article
Educational Data Mining 2023, Jul 2023, Bangalore, India
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2305.06398 BibTex

2022

Journal articles

titre
International comparisons of laboratory values from the 4CE collaborative to predict COVID-19 mortality
auteur
Griffin Weber, Chuan Hong, Zongqi Xia, Nathan Palmer, Paul Avillach, Sehi L’yi, Mark Keller, Shawn Murphy, Alba Gutiérrez-Sacristán, Clara-Lea Bonzel, Arnaud Serret-Larmande, Antoine Neuraz, Gilbert Omenn, Shyam Visweswaran, Jeffrey Klann, Andrew South, Ne Hooi Will Loh, Mario Cannataro, Brett Beaulieu-Jones, Riccardo Bellazzi, Giuseppe Agapito, Mario Alessiani, Bruce Aronow, Douglas Bell, Vincent Benoit, Florence Bourgeois, Luca Chiovato, Kelly Cho, Arianna Dagliati, Scott Duvall, Noelia García Barrio, David Hanauer, Yuk-Lam Ho, John Holmes, Richard Issitt, Molei Liu, Yuan Luo, Kristine Lynch, Sarah Maidlow, Alberto Malovini, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Michael Matheny, Jason Moore, Jeffrey Morris, Michele Morris, Danielle Mowery, Kee Yuan Ngiam, Lav Patel, Miguel Pedrera Jiménez, Rachel Ramoni, Emily Schriver, Petra Schubert, Pablo Serrano Balazote, Anastasia Spiridou, Amelia Tan, Byorn Tan, Valentina Tibollo, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Xuan Wang, James Aaron, Adem Albayrak, Giuseppe Albi, James Balshi, Anna Alloni, Danilo Amendola, François Angoulvant, Brett Beaulieu-Jones, Li Anthony, Fatima Ashraf, Andrew Atz, Paul Avillach, Paula Azevedo, Antonio Bellasi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal-Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Surbhi Bhatnagar, Alvar Blanco-Martínez, Martin Boeker, John Booth, Silvano Bosari, Robert Bradford, Gabriel Brat, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, Raffaele Bruno, William Bryant, Mauro Bucalo, Emily Bucholz, Anita Burgun, Tianxi Cai, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Krista Chen, Jin Chen, Lorenzo Chiudinelli, Kelly Cho, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz-Bermúdez, Jaime Cruz-Rojo, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Priyam Das, Batsal Devkota, Lana Garmire, Audrey Dionne, Rui Duan, Julien Dubiel, Loic Esteve, Hossein Estiri, Shirley Fan, Robert Follett, Thomas Ganslandt, Noelia García-Barrio, Nils Gehlenborg, Emily Getzen, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Alba Gutiérrez-Sacristán, Larry Han, David Hanauer, Christian Haverkamp, Daniel Key, Derek Hazard, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, Kenneth Huling, Meghan Hutch, Richard Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Chris Kennedy, Kate Kernan, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Isaac Kohane, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Trang Le, Judith Leblanc, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Qi Long, Sara Lozano-Zahonero, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Adeline Makoudjou, Anupama Maram, Patricia Martel, Marcelo Martins, Jayson Marwaha, Aaron Masino, Maria Mazzitelli, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Bertrand Moal, Taha Mohseni Ahooyi, Jason Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Karyn Moshal, Sajad Mousavi, Douglas Murad, Shawn Murphy, Thomas Naughton, Carlos Tadeu Breda Neto, Jane Newburger, Kee Yuan Ngiam, Wanjiku Njoroge, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Gilbert Omenn, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Lav Patel, Miguel Pedrera-Jiménez, Ashley Pfaff, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Sara Pizzimenti, Hans Prokosch, Robson Prudente, Andrea Prunotto, Víctor Quirós-González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig-Domínguez, Pablo Rojo, Paula Rubio-Mayo, Paolo Sacchi, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu, L. Nelson Sanchez-Pinto, Arnaud Sandrin, Nandhini Santhanam, Janaina Santos, Fernando Sanz Vidorreta, Maria Savino, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil Sebire, Pablo Serrano-Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Mohsin Shah, Zahra Shakeri Hossein Abad, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Andrew South, Francesca Sperotto, Zachary Strasser, Amelia Tan, Bryce Tan, Suzana Tanni, Deanne Taylor, Ana Terriza-Torres, Patric Tippmann, Emma Toh, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret Vella, Guillaume Verdy, Jill-Jênn Vie, Shyam Visweswaran, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Demian Wassermann, Griffin Weber, Martin Wolkewitz, Scott Wong, Zongqi Xia, Xin Xiong, Ye Ye, Nadir Yehya, William Yuan, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Daniela Zöller, Valentina Zuccaro, Chiara Zucco, Isaac Kohane, Tianxi Cai, Gabriel Brat
article
npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.74. ⟨10.1038/s41746-022-00601-0⟩
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titre
Body-weight variability and risk of cardiovascular outcomes in patients with type 1 diabetes: a retrospective observational analysis of data from the DCCT/EDIC population.
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Nicolas Venteclef, Kamel Mohammedi, Ronan Roussel, Marion Camoin, Gianluca Perseghin, Gilberto Velho, Louis Potier
article
Cardiovascular Diabetology, 2022, 21 (1), pp.247. ⟨10.1186/s12933-022-01689-0⟩
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https://hal.science/hal-04021480/file/BMC_Cardiovascular%20Diabetology%20_2022_PETRIA.pdf BibTex
titre
424-P: Body-Weight Variability and Risk of Cardiovascular Outcomes in Type 1 Diabetes: Results from the DCCT/EDIC Studies
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Gilberto Velho, Gianluca Perseghin, Ronan Roussel, Louis Potier
article
Diabetes, 2022, 71 (Supplement_1), ⟨10.2337/db22-424-P⟩
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titre
Multidimensional Item Response Theory in the Style of Collaborative Filtering
auteur
Yoav Bergner, Peter Halpin, Jill-Jênn Vie
article
Psychometrika, In press, 87 (1), pp.266-288. ⟨10.1007/s11336-021-09788-9⟩
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https://hal.science/hal-03895623/file/CF_IRTv3.pdf BibTex

Conference papers

titre
Variational Factorization Machines for Preference Elicitation in Large-Scale Recommender Systems
auteur
Jill-Jênn Vie, Tomas Rigaux, Hisashi Kashima
article
IEEE BigData 2022, Dec 2022, Osaka, Japan
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https://inria.hal.science/hal-03880215/file/main.pdf BibTex
titre
Privacy-Preserving Synthetic Educational Data Generation
auteur
Jill-Jênn Vie, Tomas Rigaux, Sein Minn
article
EC-TEL 2022 – 17th European Conference on Technology Enhanced Learning, Sep 2022, Toulouse, France
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https://hal.inria.fr/hal-03715416/file/EC_TEL_2022_paper_83_Vie.pdf BibTex
titre
Interpretable Knowledge Tracing: Simple and Efficient Student Modeling with Causal Relations
auteur
Sein Minn, Jill-Jênn Vie, Koh Takeuchi, Hisashi Kashima, Feida Zhu
article
Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Vancouver, Canada. pp.12810-12818, ⟨10.1609/aaai.v36i11.21560⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03895625/file/IKT_EAAI.pdf BibTex

 

Publications HAL de marine le morvan

2023

Conference papers

titre
Beyond calibration: estimating the grouping loss of modern neural networks
auteur
Alexandre Perez-Lebel, Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux
article
ICLR 2023 – The Eleventh International Conference on Learning Representations, May 2023, Kigali, Rwanda
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https://hal.science/hal-03829870/file/beyond_calibration.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Benchmarking missing-values approaches for predictive models on health databases
auteur
Alexandre Perez-Lebel, Gaël Varoquaux, Marine Le Morvan, Julie Josse, Jean-Baptiste Poline
article
GigaScience, In press, ⟨10.1093/gigascience/giac013⟩
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https://hal.science/hal-03526292/file/Benchmarking%20missing-values%20approaches%20for%20predictive%20models%20on%20health%20databases.pdf BibTex

2021

Conference papers

titre
What’s a good imputation to predict with missing values?
auteur
Marine Le Morvan, Julie Josse, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux
article
NeurIPS 2021 – 35th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2021, Virtual, France
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https://hal.science/hal-03243931/file/LeMorvan2021_ImputeThenRegress.pdf BibTex

2020

Conference papers

titre
NeuMiss networks: differentiable programming for supervised learning with missing values
auteur
Marine Le Morvan, Julie Josse, Thomas Moreau, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux
article
NeurIPS 2020 – 34th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2020, Vancouver / Virtual, Canada
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https://hal.science/hal-02888867/file/main.pdf BibTex
titre
Linear predictor on linearly-generated data with missing values: non consistency and solutions
auteur
Marine Le Morvan, Nicolas Prost, Julie Josse, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux
article
AISTATS 2020 – International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, Aug 2020, Online, France. pp.3165-3174
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https://hal.science/hal-02464569/file/aistats.pdf BibTex

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