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Publications of the team

Publications HAL du labo/EPI soda

2025

Journal articles

titre
Incidence of death and amputation in patients with a first diabetic foot ulcer: results from the CODIA cohort
auteur
Julla Jean-Baptiste, Jolivet Théo, Estellat Candice, Gaël Varoquaux, Carlier Aurélie, Gautier Jean-François, Julie Alberge, Abouleka Yawa, Bergès Audrey, Liu Elise, Judith Abécassis, Tubach Florence, Potier Louis
article
Diabetes & Metabolism, 2025, pp.101700. ⟨10.1016/j.diabet.2025.101700⟩
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titre
Extremely fast graph integration for semi-supervised learning via Gaussian fields with Neumann approximation
auteur
Taehwan Yun, Myung Jun Kim, Hyunjung Shin
article
Pattern Recognition, 2025, 164, pp.111495. ⟨10.1016/j.patcog.2025.111495⟩
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titre
Table Foundation Models: on knowledge pre-training for tabular learning
auteur
Myung Jun Kim, Félix Lefebvre, Gaëtan Brison, Alexandre Perez-Lebel, Gaël Varoquaux
article
Transactions on Machine Learning Research Journal, 2025
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https://hal.science/hal-05224811/file/4841_Table_Foundation_Models_o.pdf BibTex
titre
Advancing science- and evidence-based AI policy
auteur
Rishi Bommasani, Sanjeev Arora, Jennifer Chayes, Yejin Choi, Mariano-Florentino Cuéllar, Li Fei-Fei, Daniel E Ho, Dan Jurafsky, Sanmi Koyejo, Hima Lakkaraju, Arvind Narayanan, Alondra Nelson, Emma Pierson, Joelle Pineau, Scott Singer, Gaël Varoquaux, Suresh Venkatasubramanian, Ion Stoica, Percy Liang, Dawn Song
article
Science, 2025, 389 (6759), pp.459-461. ⟨10.1126/science.adu8449⟩
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https://hal.science/hal-05223459/file/Evidence-Based%20AI%20Policy.pdf BibTex
titre
Time-to-pregnancy in patients with previous breast cancer and unexposed women: a prospective exposed-unexposed cohort study
auteur
Anne-Sophie Hamy, Agathe Chabassier, Clara Sebbag, Christine Rousset-Jablonski, Clémentine Berkach, Isabelle Ray-Coquard, Laura Sablone, Lauren Darrigues, Elise Dumas, Angélique Bobrie, William Jacot, Marc Espié, Sylvie Giacchetti, Floriane Jochum, Aullène Toussaint, Geneviève Plu-Bureau, Lorraine Maitrot-Mantelet, Anne Gompel, Paul Gougis, Raphaëlle Bas, Christine Decanter, Bernard Asselain, Charles Coutant, Lili Sohn, Guillemette Jacob, Claire Saule, Sophie Frank, Judith Abécassis, Florence Coussy, Fabien Reyal, Seintinelles Research Network
article
EClinicalMedicine, 2025, 86, pp.103392. ⟨10.1016/j.eclinm.2025.103392⟩
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https://hal.science/hal-05209092/file/PIIS2589537025003244.pdf BibTex
titre
Rapid emergence of a maths gender gap in first grade
auteur
P. Martinot, B. Colnet, T. Breda, J. Sultan, L. Touitou, P. Huguet, E. Spelke, G. Dehaene-Lambertz, P. Bressoux, S. Dehaene
article
Nature, 2025, ⟨10.1038/s41586-025-09126-4⟩
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titre
Retrieve, Merge, Predict: Augmenting Tables with Data Lakes
auteur
Riccardo Cappuzzo, Aimee Coelho, Félix Lefebvre, Paolo Papotti, Gaël Varoquaux
article
Transactions on Machine Learning Research Journal, 2025
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https://hal.science/hal-04509600/file/main.pdf BibTex
titre
From prediction to prescription: Machine learning and Causal Inference
auteur
Judith Abécassis, Élise Dumas, Julie Alberge, Gaël Varoquaux
article
Annual Review of Biomedical Data Science, 2025, ⟨10.1146/annurev-biodatasci-103123-095750⟩
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https://hal.science/hal-04774700/file/CausalReview.pdf BibTex
titre
Confidence intervals for performance estimates in brain MRI segmentation
auteur
Rosana El Jurdi, Gaël Varoquaux, Olivier Colliot
article
Medical Image Analysis, In press, pp.103565. ⟨10.1016/j.media.2025.103565⟩
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https://hal.science/hal-04166803/file/postprint_HAL.pdf BibTex
titre
Step-by-step causal analysis of EHRs to ground decision-making
auteur
Matthieu Doutreligne, Tristan Struja, Judith Abecassis, Claire Morgand, Leo Anthony Celi, Gaël Varoquaux
article
PLOS Digital Health, 2025, 4 (2), pp.e0000721. ⟨10.1371/journal.pdig.0000721⟩
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https://hal.science/hal-04174834/file/causal_decision_making.pdf BibTex
titre
Joint Embedding-Classifier Learning for Interpretable Collaborative Filtering
auteur
Clémence Réda, Jill-Jênn Vie, Olaf Wolkenhauer
article
BMC Bioinformatics, 2025, 26 (1), pp.26. ⟨10.1186/s12859-024-06026-8⟩
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https://hal.science/hal-04625183/file/reda2024joint.pdf BibTex
titre
Comprehensive evaluation of pure and hybrid collaborative filtering in drug repurposing
auteur
Clémence Réda, Jill-Jênn Vie, Olaf Wolkenhauer
article
Scientific Reports, 2025, 15 (2711), pp.2711. ⟨10.1038/s41598-025-85927-x⟩
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https://hal.science/hal-04626970/file/reda2024comprehensive.pdf BibTex
titre
How to select predictive models for decision making or causal inference?
auteur
Matthieu Doutreligne, Gaël Varoquaux
article
GigaScience, 2025, 14, ⟨10.1093/gigascience/giaf016⟩
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https://hal.science/hal-03946902/file/how_to_select_latex.pdf BibTex

Conference papers

titre
Diversified recommendations of cultural activities with personalized determinantal point processes
auteur
Carole Ibrahim, Bederina Hiba, Cuesta Daniel, Montier Laurent, Delabre Cyrille, Jill-Jênn Vie
article
RecSoGood 2025 – Second International Workshop on Recommender Systems for Sustainability and Social Good, Sep 2025, Prague, Czech Republic
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https://inria.hal.science/hal-05252385/file/recsogood-ibrahim.pdf BibTex
titre
Some hidden traps of confidence intervals in medical image segmentation: coverage issues
auteur
Pascaline André, Charles Heitz, Evangelia Christodoulou, Annika Reinke, Carole H Sudre, Michela Antonelli, M Jorge Cardoso, Antoine Gilson, Sophie Tezenas Du Montcel, Gaël Varoquaux, Lena Maier-Hein, Olivier Colliot
article
BRIDGE 2025 – MICCAI Workshop Bridging Regulatory Science and Medical Imaging Evaluation, Sep 2025, Deajeon, South Korea
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https://hal.science/hal-05240740/file/MICCAI_2025_CIs.pdf BibTex
titre
AlgoAce: Retrieval-Augmented Generation for Assistance in Competitive Programming
auteur
Anav Agrawal, Jill-Jênn Vie
article
CSEDM 2025 – 9th Educational Data Mining in Computer Science Education Workshop, Jul 2025, Palermo, Italy
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https://hal.science/hal-05089333/file/CSEDM_EDM_25_submission%20%283%29.pdf BibTex
titre
TabICL: A Tabular Foundation Model for In-Context Learning on Large Data
auteur
Jingang Qu, David Holzmüller, Gaël Varoquaux, Marine Le Morvan
article
ICML 2025 – 42nd International Conference on Machine Learning, Jul 2025, Vancouver, Canada
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https://hal.science/hal-05100518/file/TabICL-%20A%20Tabular%20Foundation%20Model%20for%20In-Context%20Learning%20on%20Large%20Data.pdf BibTex
titre
To Each Metric Its Decoding: Post-Hoc Optimal Decision Rules of Probabilistic Hierarchical Classifiers
auteur
Roman Plaud, Alexandre Perez-Lebel, Matthieu Labeau, Antoine Saillenfest, Thomas Bonald
article
ICML 2025 – 42nd International Conference on Machine Learning, Jul 2025, Vancouver (CA), Canada
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https://hal.science/hal-05094804/file/icml2025_camera_ready%20%282%29.pdf BibTex
titre
Hype, Sustainability, and the Price of the Bigger-is-Better Paradigm in AI
auteur
Gaël Varoquaux, Alexandra Sasha Luccioni, Meredith Whittaker
article
FAccT 2025 – ACM Conference on Fairness, Accountability, and Transparency, Jun 2025, Athens, Greece
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https://hal.science/hal-05113443/file/main_facct.pdf BibTex
titre
CO11.2 – Explorer les fonctions cognitives dans UK Biobank avec une analyse de médiation causale
auteur
Judith Abécassis, Houssam Zenati, Sami Boumaïza, Julie Josse, Bertrand Thirion
article
EPICLIN 2025 – Conférence francophone d’EPIdémiologie CLINique, May 2025, Bordeaux, France. pp.203025, ⟨10.1016/j.jeph.2025.203025⟩
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BibTex
titre
Decision from Suboptimal Classifiers: Excess Risk Pre-and Post-Calibration
auteur
Alexandre Perez-Lebel, Gaël Varoquaux, Sanmi Koyejo, Matthieu Doutreligne, Marine Le Morvan
article
AISTATS 2025 – the 28th International Conference on Artifi- cial Intelligence and Statistics, May 2025, Mai Khao, Thailand
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https://hal.science/hal-04987054/file/main.pdf BibTex
titre
Survival Models: Proper Scoring Rule and Stochastic Optimization with Competing Risks
auteur
Julie Alberge, Vincent Maladière, Olivier Grisel, Judith Abécassis, Gaël Varoquaux
article
AISTATS 2025 – 28th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, May 2025, Phuket, Thailand
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https://hal.science/hal-04617672/file/survivalmodels.pdf BibTex
titre
Double Debiased Machine Learning for Mediation Analysis with Continuous Treatments
auteur
Houssam Zenati, Judith Abécassis, Julie Josse, Bertrand Thirion
article
AISTATS – 28th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, May 2025, Mai Khao, Thailand
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https://hal.science/hal-04982992/file/Causal_Mediation___Houssam%20%283%29.pdf BibTex
titre
Imputation for prediction: beware of diminishing returns
auteur
Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux
article
ICLR 2025 – International Conference on Learning Representations, Apr 2025, Singapore, Singapore
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https://hal.science/hal-04662937/file/iclr2025_conference.pdf BibTex

Poster communications

titre
Survival models: Proper scoring rule and stochastic optimization with competing risks
auteur
Julie Alberge, Vincent Maladière, Olivier Grisel, Judith Abécassis, G. Varoquaux
article
EPICLIN 2025 – Conférence francophone d’EPIdémiologie CLINique, May 2025, Bordeaux, France., May 2025, Bordeaux, France. 73, pp.203083, 2025, ⟨10.1016/j.jeph.2025.203083⟩
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BibTex
titre
Innovative Clinical Trial Approach for Evaluating Digital Medical Devices under European Fast-Track Regulatory Frameworks
auteur
Moreno Ursino, Sandrine Boulet, Corinne Collignon, Florence Francis-Oliviero, Edouard Lhomme, Raphaël Porcher, Florence Saillour, Gaël Varoquaux, Rodolphe Thiébaut, Sarah Zohar
article
EPICLIN 2025 – Conférence francophone d’EPIdémiologie CLINique, May 2025, Bordeaux, France
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BibTex

Reports

titre
International AI Safety Report
auteur
Yoshua Bengio, Sören Mindermann, Daniel Privitera, Tamay Besiroglu, Rishi Bommasani, Stephen Casper, Yejin Choi, Philip Fox, Ben Garfinkel, Danielle Goldfarb, Hoda Heidari, Anson Ho, Sayash Kapoor, Leila Khalatbari, Shayne Longpre, Sam Manning, Vasilios Mavroudis, Mantas Mazeika, Julian Michael, Jessica Newman, Kwan Yee Ng, Chinasa Okolo, Deborah Raji, Girish Sastry, Elizabeth Seger, Theodora Skeadas, Tobin South, Emma Strubell, Florian Tramèr, Lucia Velasco, Nicole Wheeler, Daron Acemoglu, Olubayo Adekanmbi, David Dalrymple, Thomas Dietterich, Edward Felten, Pascale Fung, Pierre-Olivier Gourinchas, Fredrik Heintz, Geoffrey Hinton, Nick Jennings, Andreas Krause, Susan Leavy, Percy Liang, Teresa Ludermir, Vidushi Marda, Helen Margetts, John Mcdermid, Jane Munga, Arvind Narayanan, Alondra Nelson, Clara Neppel, Alice Oh, Gopal Ramchurn, Stuart Russell, Marietje Schaake, Bernhard Schölkopf, Dawn Song, Alvaro Soto, Lee Tiedrich, Gaël Varoquaux, Andrew Yao, Ya-Qin Zhang, Fahad Albalawi, Marwan Alserkal, Olubunmi Ajala, Guillaume Avrin, Christian Busch, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho, Bronwyn Fox, Amandeep Singh Gill, Ahmet Halit Hatip, Juha Heikkilä, Gill Jolly, Ziv Katzir, Hiroaki Kitano, Antonio Krüger, Chris Johnson, Saif Khan, Kyoung Mu Lee, Dominic Vincent Ligot, Oleksii Molchanovskyi, Andrea Monti, Nusu Mwamanzi, Mona Nemer, Nuria Oliver, José Ramón López Portillo, Balaraman Ravindran, Raquel Pezoa Rivera, Hammam Riza, Crystal Rugege, Ciarán Seoighe, Jerry Sheehan, Haroon Sheikh, Denise Wong, Yi Zeng
article
AI safety institute. 2025
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https://hal.science/hal-05223593/file/2501.17805v1.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Peaks2Image: reconstructing fMRI maps from stereotactic coordinates to enhance cognitive meta-analysis
auteur
Raphael Meudec, Jérôme Dockès, Fateme Ghayem, Demian Wassermann, Bertrand Thirion
article
2025
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https://inria.hal.science/hal-05243856/file/RaphaelM___Plos_CompBio-6.pdf BibTex
titre
Causal Meta-Analysis: Rethinking the Foundations of Evidence-Based Medicine
auteur
Clément Berenfeld, Ahmed Boughdiri, Bénédicte Colnet, Wouter A. C. van Amsterdam, Aurélien Bellet, Rémi Khellaf, Erwan Scornet, Julie Josse
article
2025
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https://inria.hal.science/hal-05086779/file/main.pdf BibTex
titre
Handling Missing Data in Downstream Tasks With Distribution-Preserving Guarantees
auteur
Rahul Bordoloi, Clémence Réda, Saptarshi Bej, Olaf Wolkenhauer
article
2025
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https://hal.science/hal-05067568/file/bordoloi2025handling.pdf BibTex
titre
Causal mediation analysis with one or multiple mediators: a comparative study
auteur
Judith Abécassis, Houssam Zenati, Sami Boumaïza, Julie Josse, Bertrand Thirion
article
2025
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https://hal.science/hal-05060162/file/abecassis_et_al2023.pdf BibTex
titre
Beyond ReLU: How Activations Affect Neural Kernels and Random Wide Networks
auteur
David Holzmüller, Max Schölpple
article
2025
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https://hal.science/hal-05136950/file/2023_ntk_rkhs_without_comments.pdf BibTex
titre
LOGLO-FNO: Efficient Learning of Local and Global Features in Fourier Neural Operators
auteur
Marimuthu Kalimuthu, David Holzmüller, Mathias Niepert
article
2025
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https://hal.science/hal-05136953/file/LOGLO-FNO_%20Efficient%20Learning%20of%20Local%20and%20Global%20Features%20in%20Fourier%20Neural%20Operators.pdf BibTex
titre
TabArena: A Living Benchmark for Machine Learning on Tabular Data
auteur
Nick Erickson, Lennart Purucker, Andrej Tschalzev, David Holzmüller, Prateek Mutalik Desai, David Salinas, Frank Hutter
article
2025
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https://hal.science/hal-05136945/file/TabArena_%20A%20Living%20Benchmark%20for%20Machine%20Learning%20on%20Tabular%20Data.pdf BibTex

2024

Journal articles

titre
NNEoS : Neural network-based thermodynamically consistent equation of state for fast and accurate flash calculations
auteur
Jingang Qu, Soleiman Yousef, Thibault Faney, Jean-Charles de Hemptinne, Patrick Gallinari
article
Applied Energy, 2024, 374, pp.124025. ⟨10.1016/j.apenergy.2024.124025⟩
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https://ifp.hal.science/hal-04696095/file/NNEoS.pdf BibTex
titre
Individual Brain Charting dataset extension, third release for movie watching and retinotopy data
auteur
Ana Luísa Pinho, Hugo Richard, Ana Fernanda Ponce, Michael Eickenberg, Alexis Amadon, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Juan Jesús Torre, Swetha Shankar, Himanshu Aggarwal, Alexis Thual, Thomas Chapalain, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion
article
Scientific Data , 2024, 11 (590)
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https://hal.science/hal-04272993/file/data_paper3_hal.pdf BibTex
titre
Reweighting the RCT for generalization: finite sample error and variable selection
auteur
Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
Journal of the Royal Statistical Society: Series A Statistics in Society, 2024, ⟨10.1093/jrsssa/qnae043⟩
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https://hal.science/hal-03822662/file/covariate_selection_generalization_November2022.pdf BibTex
titre
Uncertainty-biased molecular dynamics for learning uniformly accurate interatomic potentials
auteur
Viktor Zaverkin, David Holzmüller, Henrik Christiansen, Federico Errica, Francesco Alesiani, Makoto Takamoto, Mathias Niepert, Johannes Kästner
article
npj Computational Materials, 2024, npj Computational Materials, 10 (1), pp.83. ⟨10.1038/s41524-024-01254-1⟩
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https://hal.science/hal-04712228/file/Uncertainty-biased%20molecular%20dynamics%20for%20learning%20uniformly%20accurate%20interatomic%20potentials%20%28npjCompMat%29.pdf BibTex
titre
Concomitant medication, comorbidity and survival in patients with breast cancer
auteur
Elise Dumas, Beatriz Grandal Rejo, Paul Gougis, Sophie Houzard, Judith Abécassis, Floriane Jochum, Benjamin Marande, Annabelle Ballesta, Elaine del Nery, Thierry Dubois, Samar Alsafadi, Bernard Asselain, Aurélien Latouche, Marc Espie, Enora Laas, Florence Coussy, Clémentine Bouchez, Jean-Yves Pierga, Christine Le Bihan-Benjamin, Philippe-Jean Bousquet, Judicaël Hotton, Chloé-Agathe Azencott, Fabien Reyal, Anne-Sophie Hamy
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.2966. ⟨10.1038/s41467-024-47002-3⟩
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https://hal.science/hal-04673415/file/s41467-024-47002-3-1.pdf BibTex
titre
On the consistency of supervised learning with missing values
auteur
Julie Josse, Jacob M. Chen, Nicolas Prost, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
Statistical Papers, 2024, 65 (9), pp.5447-5479. ⟨10.1007/s00362-024-01550-4⟩
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https://hal.science/hal-02024202/file/main.pdf BibTex
titre
Taux de mortalité et facteurs de risque associés chez les patients diabétiques hospitalisés pour plaie du pied : étude de cohorte historique sur l’EDS-APHP
auteur
T. Jolivet, J-B. Julla, Y. Abouleka, A. Berges, Gaël Varoquaux, Judith Abécassis, Julie Alberge, T. Petit Jean, E. Larger, A. Hartemann, J-F. Gautier, L. Potier, C. Estellat, F. Tubach
article
Journal of Epidemiology and Population Health, 2024, 72, pp.202255. ⟨10.1016/j.jeph.2024.202255⟩
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BibTex
titre
Metrics reloaded: recommendations for image analysis validation
auteur
Lena Maier-Hein, Annika Reinke, Patrick Godau, Minu Tizabi, Florian Buettner, Evangelia Christodoulou, Ben Glocker, Fabian Isensee, Jens Kleesiek, Michal Kozubek, Mauricio Reyes, Michael Riegler, Manuel Wiesenfarth, A Emre Kavur, Carole Sudre, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, Tim Rädsch, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, M Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Beth Cimini, Gary Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian Galdran, Bram van Ginneken, Robert Haase, Daniel Hashimoto, Michael Hoffman, Merel Huisman, Pierre Jannin, Charles Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Florian Kofler, Annette Kopp-Schneider, Anna Kreshuk, Tahsin Kurc, Bennett Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier-Hein, Anne Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Nasir Rajpoot, Nicola Rieke, Julio Saez-Rodriguez, Clara Sánchez, Shravya Shetty, Maarten van Smeden, Ronald Summers, Abdel Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios Tsaftaris, Ben van Calster, Gaël Varoquaux, Paul Jäger
article
Nature Methods, 2024, 21 (2), pp.195-212. ⟨10.1038/s41592-023-02151-z⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-04477840/file/2206.01653.pdf BibTex
titre
stanscofi and benchscofi: a new standard for drug repurposing by collaborative filtering
auteur
Clémence Réda, Jill-Jênn Vie, Olaf Wolkenhauer
article
Journal of Open Source Software, 2024, 9 (93), pp.5973. ⟨10.21105/joss.05973⟩
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https://hal.science/hal-04329740/file/10.21105.joss.05973.pdf BibTex
titre
Mutual Domain Adaptation
auteur
Sunghong Park, Myung Jun Kim, Kanghee Park, Hyunjung Shin
article
Pattern Recognition, 2024, 145, pp.109919. ⟨10.1016/j.patcog.2023.109919⟩
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BibTex
titre
Causal inference methods for combining randomized trials and observational studies: a review
auteur
Bénédicte Colnet, Imke Mayer, Guanhua Chen, Awa Dieng, Ruohong Li, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Vert, Julie Josse, Shu Yang
article
Statistical Science, In press
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https://hal.science/hal-03008276/file/main.pdf BibTex
titre
Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation
auteur
Annika Reinke, Minu D. Tizabi, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, A. Emre Kavur, Tim Rädsch, Carole H. Sudre, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, Florian Buettner, M. Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Jianxu Chen, Evangelia Christodoulou, Beth A. Cimini, Gary S. Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian Galdran, Bram van Ginneken, Ben Glocker, Patrick Godau, Robert Haase, Daniel A. Hashimoto, Michael M. Hoffman, Merel Huisman, Fabian Isensee, Pierre Jannin, Charles E. Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Hannes Kenngott, Jens Kleesiek, Florian Kofler, Thijs Kooi, Annette Kopp-Schneider, Michal Kozubek, Anna Kreshuk, Tahsin Kurc, Bennett A. Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier-Hein, Anne L. Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel G. M. Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Susanne M. Rafelski, Nasir Rajpoot, Mauricio Reyes, Michael A. Riegler, Nicola Rieke, Julio Saez-Rodriguez, Clara I. Sánchez, Shravya Shetty, Ronald M. Summers, Abdel A. Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios A. Tsaftaris, Ben van Calster, Gaël Varoquaux, Ziv R. Yaniv, Paul F. Jäger, Lena Maier-Hein
article
Nature Methods, 2024, 21, pp.182-194. ⟨10.1038/s41592-023-02150-0⟩
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https://arxiv.org/pdf/2302.01790 BibTex
titre
The Past, Present, and Future of the Brain Imaging Data Structure (BIDS)
auteur
Russell Poldrack, Christopher Markiewicz, Stefan Appelhoff, Yoni Ashar, Tibor Auer, Sylvain Baillet, Shashank Bansal, Leandro Beltrachini, Christian Benar, Giacomo Bertazzoli, Suyash Bhogawar, Ross Blair, Marta Bortoletto, Mathieu Boudreau, Teon Brooks, Vince Calhoun, Filippo Maria Castelli, Patricia Clement, Alexander Cohen, Julien Cohen-Adad, Sasha d’Ambrosio, Gilles de Hollander, María de la Iglesia-Vayá, Alejandro de la Vega, Arnaud Delorme, Orrin Devinsky, Dejan Draschkow, Eugene Paul Duff, Elizabeth Dupre, Eric Earl, Oscar Esteban, Franklin Feingold, Guillaume Flandin, Anthony Galassi, Giuseppe Gallitto, Melanie Ganz, Rémi Gau, James Gholam, Satrajit Ghosh, Alessio Giacomel, Ashley Gillman, Padraig Gleeson, Alexandre Gramfort, Samuel Guay, Giacomo Guidali, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Nell Hardcastle, Peer Herholz, Dora Hermes, Christopher Honey, Robert Innis, Horea-Ioan Ioanas, Andrew Jahn, Agah Karakuzu, David Keator, Gregory Kiar, Balint Kincses, Angela Laird, Jonathan Lau, Alberto Lazari, Jon Haitz Legarreta, Adam Li, Xiangrui Li, Bradley Love, Hanzhang Lu, Eleonora Marcantoni, Camille Maumet, Giacomo Mazzamuto, Steven Meisler, Mark Mikkelsen, Henk Mutsaerts, Thomas Nichols, Aki Nikolaidis, Gustav Nilsonne, Guiomar Niso, Martin Norgaard, Thomas Okell, Robert Oostenveld, Eduard Ort, Patrick Park, Mateusz Pawlik, Cyril Pernet, Franco Pestilli, Jan Petr, Christophe Phillips, Jean-Baptiste Poline, Luca Pollonini, Pradeep Reddy Raamana, Petra Ritter, Gaia Rizzo, Kay Robbins, Alexander Rockhill, Christine Rogers, Ariel Rokem, Chris Rorden, Alexandre M Routier, Jose Manuel Saborit-Torres, Taylor Salo, Michael Schirner, Robert Smith, Tamas Spisak, Julia Sprenger, Nicole Swann, Martin Szinte, Sylvain Takerkart, Bertrand Thirion, Adam Thomas, Sajjad Torabian, Gaël Varoquaux, Bradley Voytek, Julius Welzel, Martin Wilson, Tal Yarkoni, Krzysztof Gorgolewski
article
Imaging Neuroscience, 2024, 2, pp.1-19. ⟨10.1162/imag_a_00103⟩
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https://hal.science/hal-04346097/file/imag_a_00103.pdf BibTex

Conference papers

titre
A Pre-Trained Graph-Based Model for Adaptive Sequencing of Educational Documents
auteur
Jean Vassoyan, Anan Schütt, Jill-Jênn Vie, Arun-Balajiee Lekshmi-Narayanan, Elisabeth André, Nicolas Vayatis
article
NeurIPS 2024 Workshop FM-EduAssess – The First Workshop on Large Foundation Models for Educational Assessment, Dec 2024, Vancouver, Canada
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https://inria.hal.science/hal-04779162/file/neurips2024edu%2Fneurips_2024.pdf BibTex
titre
Better by Default: Strong Pre-Tuned MLPs and Boosted Trees on Tabular Data
auteur
David Holzmüller, Léo Grinsztajn, Ingo Steinwart
article
Neural Information Processing Systems, Dec 2024, Vancouver (BC), Canada. ⟨10.48550/arXiv.2407.04491⟩
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https://arxiv.org/pdf/2407.04491 BibTex
titre
Reconfidencing LLM Uncertainty from the Grouping Loss Perspective
auteur
Lihu Chen, Alexandre Perez-Lebel, Fabian Suchanek, Gaël Varoquaux
article
EMNLP 2024 – Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing, Nov 2024, Miami, United States. ⟨10.48550/arXiv.2402.04957⟩
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https://hal.science/hal-04750567/file/Preprint_Reconfidencing_LLMs.pdf BibTex
titre
Operational challenges of building a million-patient cohort from EHRs: The COhort of DIabetic patients (CODIA) on the AP-HP EDS
auteur
Judith Abécassis, Théo Jolivet, Audrey Bergès, Elise Liu, Jean-Baptiste Julla, Yawa Abouleka, Julie Alberge, Isabel Bonnetier, Thomas Petit-Jean, Romain Bey, Candice Estellat, Florence Tubach, Gaël Varoquaux, Louis Potier
article
journée de l’Atelier TIDS (Traitement Informatique des Données de Santé) du GdR MaDICS, Oct 2024, Paris (PariSanté Campus), France
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https://hal.science/hal-04817434/file/diabetes_cohort_construction.pdf BibTex
titre
Confidence intervals uncovered: Are we ready for real-world medical imaging AI?
auteur
Evangelia Christodoulou, Annika Reinke, Rola Houhou, Piotr Kalinowski, Selen Erkan, Carole H Sudre, Ninon Burgos, Sofiène Boutaj, Sophie Loizillon, Maëlys Solal, Nicola Rieke, Veronika Cheplygina, Michela Antonelli, Leon D Mayer, Minu D Tizabi, M. Jorge Cardoso, Amber Simpson, Paul F Jäger, Annette Kopp-Schneider, Gaël Varoquaux, Olivier Colliot, Lena Maier-Hein
article
MICCAI 2024 – 27th International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Oct 2024, Marrakech, Morocco. pp.124-132, ⟨10.1007/978-3-031-72117-5_12⟩
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https://hal.science/hal-04715638/file/merged.pdf BibTex
titre
CARTE: Pretraining and Transfer for Tabular Learning
auteur
Myung Jun Kim, Léo Grinsztajn, Gaël Varoquaux
article
Forty-first International Conference on Machine Learning, ICML 2024, Jul 2024, Vienna, Austria
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https://hal.science/hal-04596816/file/kim24d.pdf BibTex
titre
Optimizing human learning using reinforcement learning
auteur
Samuel Girard, Jill-Jênn Vie, Françoise Tort, Amel Bouzeghoub
article
Educational Data Mining 2024, Jul 2024, Atlanta (USA), United States
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https://hal.science/hal-04637464/file/Doctoral_consortium-5.pdf BibTex
titre
YAGO 4.5: A Large and Clean Knowledge Base with a Rich Taxonomy
auteur
Fabian M. Suchanek, Mehwish Alam, Thomas Bonald, Lihu Chen, Pierre-Henri Paris, Jules Soria
article
SIGIR 2024 – The 47th International ACM SIGIR Conference on Research and Development in Information Retrieval, Jul 2024, Washington DC, United States. pp.131-140, ⟨10.1145/3626772.3657876⟩
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https://hal.science/hal-05104843/file/sigir-2024.pdf BibTex
titre
Adaptation of the Multi-Concept Multivariate Elo Rating System to Medical Students’ Training Data
auteur
Erva Nihan Kandemir, Jill-Jênn Vie, Adam Hegel Sanchez Ayte, Olivier Palombi, Franck Ramus
article
LAK 2024 – The 14th Learning Analytics and Knowledge Conference, Mar 2024, Kyoto, Japan. pp.1-10, ⟨10.1145/3636555.3636858⟩
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https://hal.science/hal-04371748/file/LAK24_96_preprint_HAL.pdf BibTex
titre
Optimizing Human Learning. 4th Workshop eliciting Adaptive Sequences for Learning and Educational RecSys (WASL 2024)
auteur
Jill-Jênn Vie, Yong Zheng, Fabrice Popineau, Yizhu Gao, Samuel Girard, Hisashi Kashima
article
Learning Analytics and Knowledge 2024, Mar 2024, Kyoto, Japan
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https://inria.hal.science/hal-04604552/file/LAK24_submission_44.pdf BibTex
titre
Learning High-Quality and General-Purpose Phrase Representations
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek
article
EACL 2024 – The 18th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, Mar 2024, La Valette, Malta
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https://telecom-paris.hal.science/hal-04465022/file/eacl-2024.pdf BibTex

Book sections

titre
Causality: fundamental principles and tools
auteur
Irene Balelli, Safaa Al-Ali, Elise Dumas, Judith Abécassis
article
Trustworthy AI in Medical Imaging, Chapitre 14, Elsevier, pp.297-314, 2024, 978-0-443-23761-4. ⟨10.1016/B978-0-44-323761-4.00026-2⟩
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https://hal.science/hal-04831368/file/Chapter_14_causality.pdf BibTex

Reports

titre
International Scientific Report on the Safety of Advanced AI: interim report
auteur
Yohsua Bengio, Soren Mindermann, Daniel Privitera, Tamay Besiroglu, Rishi Bommasani, Stephen Casper, Yejin Choi, Danielle Goldfarb, Hoda Heidari, Leila Khalatbari, Shayne Longpre, Vasilios Mavroudis, Mazeika Mantas, Kwan Yee Ng, Chinasa T. Okolo, Deborah Raji, Theodora Skeadas, Florian Tramèr, Bronwyn Fox, Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho, Mona Nemer, Raquel Pezoa Rivera, Yi Zeng, Juha Heikkilä, Guillaume Avrin, Antonio Krüger, Balaraman Ravindran, Hammam Riza, Ciarán Seoighe, Ziv Katvir, Andrea Monti, Hiroaki Kitano, Mary Kerema, José Ramón, Haroon Sheikh, Gill Jolly, Olubunmi Ajala, Dominic Ligot, Kyoung Mu Lee, Ahmet Halit, Crystal Rugege, Fahad Albalawi, Denise Wong, Nuria Oliver, Christian Busch, Oleksii Molchanovskyi, Marwan Alserkal, Saif Khan, Angela Mclean, Amandeep Gill, Bayo Adekanmbi, Paul Christiano, David Dalrymple, Thomas G. Dietterich, Edward Felten, Pascale Fung, Pierre-Olivier Gourinchas, Nick Jennings, Andreas Krause, Percy Liang, Teresa Ludermir, Vidushi Marda, Helen Margetts, John A. Mcdermid, Arvind Narayanan, Alondra Nelson, Alice Oh, Gopal Ramchurn, Stuart Russell, Marietje Schaake, Dawn Song, Alvaro Soto, Lee Tiedrich, Gaël Varoquaux, Andrew Yao, Yaqin Zhang
article
Department for Science, Innovation and Technology. 2024
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https://hal.science/hal-04612963/file/international_scientific_report_on_the_safety_of_advanced_ai_interim_report.pdf BibTex
titre
IA : Notre Ambition Pour La France
auteur
Philippe Aghion, Anne Bouverot, Arno Amabile, Cyprien Canivenc, Gilles Babinet, Joëlle Barral, Alexandra Bensamoun, Nozha Boujemaa, Bertrand Charlès, Luc Julia, Yann Lecun, Arthur Mensch, Cédric O, Isabelle Ryl, Franca Salis-Madinier, Martin Tisné, Gaël Varoquaux, Marc Auberger, Simon Bunel, Philippe Chantepie, Eloy Dorado, Emilie-Pauline Gallié, Paul Jolie, Arnaud Mazier, Vincent Montreuil, Erwan Paitel, Timothée Paris, Christophe Ravier, Ulrich Tan, Louis Charles Viossat
article
Gouvernement Français. 2024
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https://hal.science/hal-04825691/file/rapport_commission_ia.pdf BibTex

Theses

titre
Evaluation of probabilistic classifiers and impact on decision-making
auteur
Alexandre Perez-Lebel
article
Machine Learning [stat.ML]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG093⟩
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https://theses.hal.science/tel-05115306/file/138765_PEREZ_2024_archivage.pdf BibTex
titre
Reconciling deep learning with tabular data
auteur
Léo Grinsztajn
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG065⟩
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https://theses.hal.science/tel-05035507/file/140164_GRINSZTAJN_2024_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Hype, Sustainability, and the Price of the Bigger-is-Better Paradigm in AI
auteur
Gaël Varoquaux, Alexandra Sasha Luccioni, Meredith Whittaker
article
2024
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https://arxiv.org/pdf/2409.14160 BibTex
titre
Active Learning for Neural PDE Solvers
auteur
Daniel Musekamp, Marimuthu Kalimuthu, David Holzmüller, Makoto Takamoto, Mathias Niepert
article
2024
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https://hal.science/hal-04707402/file/Active%20Learning%20for%20Neural%20PDE%20Solvers.pdf BibTex
titre
What is the Role of Small Models in the LLM Era: A Survey
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux
article
2024
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https://hal.science/hal-04712720/file/a_survey_of_the_role_of_small_models.pdf BibTex
titre
Risk ratio, odds ratio, risk difference… Which causal measure is easier to generalize?
auteur
Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
2024
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https://arxiv.org/pdf/2303.16008 BibTex
titre
Towards Efficient and Optimal Covariance-Adaptive Algorithms for Combinatorial Semi-Bandits
auteur
Julien Zhou, Pierre Gaillard, Thibaud Rahier, Houssam Zenati, Julyan Arbel
article
2024
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https://hal.science/hal-04470568/file/CovCombBanditsNeurIPS2024%20%289%29.pdf BibTex
titre
Performance evaluation of predictive AI models to support medical decisions: Overview and guidance
auteur
Ben van Calster, Gary S. Collins, Andrew J. Vickers, Laure Wynants, Kathleen F. Kerr, Lasai Barreñada, Gaël Varoquaux, Karandeep Singh, Karel G. M. Moons, Tina Hernandez-Boussard, Dirk Timmerman, David J. Mclernon, Maarten van Smeden, Ewout W. Steyerberg
article
2024
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https://hal.science/hal-04841858/file/2412.10288v1.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Fast Prediction for Criminal Suspects through Neighbor Mutual Information-Based Latent Network
auteur
Jong Ho Jhee, Myung Jun Kim, Myeonggeon Park, Jeongheun Yeon, Hyunjung Shin
article
International Journal of Intelligent Systems, 2023, 2023, pp.1-12. ⟨10.1155/2023/9922162⟩
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https://hal.science/hal-04234981/file/9922162.pdf BibTex
titre
BOOM! Tephrochronological dataset and exploration tool of the Southern (33–46° S) and Austral (49–55° S) volcanic zones of the Andes
auteur
Consuelo Martínez Fontaine, Vanessa Peña-Araya, Chiara Marmo, Marine Le Morvan, Guillaume Delpech, Karen Fontijn, Giuseppe Siani, Lucile Cosyn-Wexsteen
article
Quaternary Science Reviews, 2023, 316, pp.108254. ⟨10.1016/j.quascirev.2023.108254⟩
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https://hal.science/hal-04219211/file/Mart%C3%ADnezFontaineetal2023_BOOM%21_author_version%20%281%29.pdf BibTex
titre
Evolution of synchronous female bilateral breast cancers and response to treatment
auteur
Anne-Sophie Hamy, Judith Abécassis, Keltouma Driouch, Lauren Darrigues, Mathias Vandenbogaert, Cecile Laurent, Francois Zaccarini, Benjamin Sadacca, Myriam Delomenie, Enora Laas, Odette Mariani, Thanh Lam, Beatriz Grandal, Marick Laé, Ivan Bieche, Sophie Vacher, Jean-Yves Pierga, Etienne Brain, Celine Vallot, Judicael Hotton, Wilfrid Richer, Dario Rocha, Zakia Tariq, Veronique Becette, Didier Meseure, Laetitia Lesage, Anne Vincent-Salomon, Natalie Filmann, Jenny Furlanetto, Sibylle Loibl, Elise Dumas, Joshua Waterfall, Fabien Reyal
article
Nature Medicine, 2023, ⟨10.1038/s41591-023-02216-8⟩
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BibTex
titre
Pore distances of particulate organic matter predict N 2 O emissions from intact soil at moist conditions
auteur
Patricia Ortega-Ramírez, Valérie Pot, Patricia Laville, Steffen Schlüter, David Arturo Amor-Quiroz, Dalila Hadjar, Arnaud Mazurier, Marine Lacoste, Chloé Caurel, Valérie Pouteau, Claire Chenu, Isabelle Basile-Doelsch, Catherine Henault, Patricia Garnier
article
Geoderma, 2023, 429, pp.art. 116224. ⟨10.1016/j.geoderma.2022.116224⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03878855/file/2022-383.pdf BibTex
titre
Relational Data Embeddings for Feature Enrichment with Background Information
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev, Alexandre Allauzen, Gaël Varoquaux
article
Machine Learning, 2023, 112 (2), pp.687-720. ⟨10.1007/s10994-022-06277-7⟩
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https://hal.science/hal-03848124/file/main.pdf BibTex
titre
Energy-momentum tensor in the scalar diquark model
auteur
Arturo Amor-Quiroz, William Focillon, Cédric Lorcé, Simone Rodini
article
European Physical Journal C: Particles and Fields, 2023, 83 (11), pp.1012. ⟨10.1140/epjc/s10052-023-12190-7⟩
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https://arxiv.org/pdf/2304.10339 BibTex

Conference papers

titre
The Locality and Symmetry of Positional Encodings
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek
article
EMNLP 2023 – Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing, Dec 2023, Singapore, Singapore
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https://hal.science/hal-04330367/file/The_Locality_and_Symmetry_of_Positional_Encodings.pdf BibTex
titre
Deep Knowledge Tracing is an implicit dynamic multidimensional item response theory model
auteur
Jill-Jênn Vie, Hisashi Kashima
article
ICCE 2023 – The 31st International Conference on Computers in Education, Asia-Pacific Society for Computers in Education, Dec 2023, Matsue, Shimane, Japan
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https://inria.hal.science/hal-04180391/file/ICCE2023-pdfa3b.pdf BibTex
titre
False Discovery Proportion control for aggregated Knockoffs
auteur
Alexandre Blain, Bertrand Thirion, Olivier Grisel, Pierre Neuvial
article
NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans, United States. ⟨10.48550/arXiv.2310.10373⟩
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https://hal.science/hal-04250621/file/2310.10373.pdf BibTex
titre
Towards Scalable Adaptive Learning with Graph Neural Networks and Reinforcement Learning
auteur
Jean Vassoyan, Jill-Jênn Vie, Pirmin Lemberger
article
EDM 2023 – 16th International Conference on Educational Data Mining, Jul 2023, Bangalore, India
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https://inria.hal.science/hal-04108408/file/article_EDM2023.pdf BibTex
titre
GLADIS: A General and Large Acronym Disambiguation Benchmark
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek
article
EACL 2023 – The 17th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, May 2023, Dubrovnik, Croatia
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https://hal.science/hal-04039173/file/2302.01860.pdf BibTex
titre
Beyond calibration: estimating the grouping loss of modern neural networks
auteur
Alexandre Perez-Lebel, Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux
article
ICLR 2023 – The Eleventh International Conference on Learning Representations, May 2023, Kigali, Rwanda
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https://hal.science/hal-03829870/file/beyond_calibration.pdf BibTex
titre
Fast Integration for Multiple Graphs with Neumann Approximation
auteur
Taehwan Yun, Myung Jun Kim, Hyunjung Shin
article
2023 IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing (BigComp), Feb 2023, Jeju, South Korea. pp.100-104, ⟨10.1109/BigComp57234.2023.00024⟩
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BibTex
titre
Lazy Node-Dropping Autoencoder
auteur
Jaewon Lee, Myung Jun Kim, Hyunjung Shin
article
2023 IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing (BigComp), Feb 2023, Jeju, South Korea. pp.64-68, ⟨10.1109/BigComp57234.2023.00018⟩
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BibTex
titre
Fast Prediction for Suspect Candidates from Criminal Networks
auteur
Jong Ho Jhee, Myung Jun Kim, Myunggeon Park, Jeongheun Yeon, Yoonshin Kwak, Hyunjung Shin
article
2023 IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing (BigComp), Feb 2023, Jeju, South Korea. pp.353-355, ⟨10.1109/BigComp57234.2023.00080⟩
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BibTex

Book sections

titre
Evaluating machine learning models and their diagnostic value
auteur
Gaël Varoquaux, Olivier Colliot
article
Olivier Colliot. Machine Learning for Brain Disorders, Springer, 2023
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https://hal.science/hal-03682454/file/Chapter%2020%20-%20Final.pdf BibTex

Reports

titre
Lessons from shortcomings in machine learning for medical imaging
auteur
Gaël Varoquaux, Veronika Cheplygina
article
OECD. 2023
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https://hal.science/hal-04342020/file/paper_oecd.pdf BibTex

Theses

titre
Representations and inference from time-varying routine care data
auteur
Matthieu Doutreligne
article
Machine Learning [stat.ML]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG073⟩
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https://theses.hal.science/tel-04343116/file/126435_DOUTRELIGNE_2023_archivage.pdf BibTex
titre
Embedding models for relational data analytics
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev
article
Machine Learning [cs.LG]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG004⟩
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https://theses.hal.science/tel-04026672/file/122136_CVETKOV-ILIEV_2023_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Vectorizing string entries for data processing on tables: when are larger language models better?
auteur
Léo Grinsztajn, Myung Jun Kim, Edouard Oyallon, Gaël Varoquaux
article
2023
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https://hal.science/hal-04345931/file/ICDE_paper%20%288%29.pdf BibTex
titre
Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation
auteur
Annika Reinke, Minu D. Tizabi, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, A. Emre Kavur, Tim Rädsch, Carole H. Sudre, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, Florian Buettner, M. Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Jianxu Chen, Evangelia Christodoulou, Beth A. Cimini, Gary S. Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian Galdran, Bram van Ginneken, Ben Glocker, Patrick Godau, Robert Haase, Daniel A. Hashimoto, Michael M. Hoffman, Merel Huisman, Fabian Isensee, Pierre Jannin, Charles E. Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Hannes Kenngott, Jens Kleesiek, Florian Kofler, Thijs Kooi, Annette Kopp-Schneider, Michal Kozubek, Anna Kreshuk, Tahsin Kurc, Bennett A. Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier-Hein, Anne L. Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel G. M. Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Susanne M. Rafelski, Nasir Rajpoot, Mauricio Reyes, Michael A. Riegler, Nicola Rieke, Julio Saez-Rodriguez, Clara I. Sánchez, Shravya Shetty, Ronald M. Summers, Abdel A. Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios A. Tsaftaris, Ben van Calster, Gaël Varoquaux, Ziv R. Yaniv, Paul F. Jäger, Lena Maier-Hein
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04345927/file/2302.01790.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Comprehensive decoding mental processes from Web repositories of functional brain images
auteur
Romuald Menuet, Raphael Meudec, Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Scientific Reports, 2022, 12 (7050), ⟨10.1038/s41598-022-10710-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03666470/file/article%20%281%29.pdf BibTex
titre
Machine learning for medical imaging: methodological failures and recommendations for the future
auteur
Gaël Varoquaux, Veronika Cheplygina
article
npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.48. ⟨10.1038/s41746-022-00592-y⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2103.10292 BibTex
titre
Body-weight variability and risk of cardiovascular outcomes in patients with type 1 diabetes: a retrospective observational analysis of data from the DCCT/EDIC population.
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Nicolas Venteclef, Kamel Mohammedi, Ronan Roussel, Marion Camoin, Gianluca Perseghin, Gilberto Velho, Louis Potier
article
Cardiovascular Diabetology, 2022, 21 (1), pp.247. ⟨10.1186/s12933-022-01689-0⟩
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https://hal.science/hal-04021480/file/BMC_Cardiovascular%20Diabetology%20_2022_PETRIA.pdf BibTex
titre
Predicting future cognitive decline from non-brain and multimodal brain imaging data in healthy and pathological aging
auteur
Bruno Hebling Vieira, Franziskus Liem, Kamalaker Dadi, Denis Engemann, Alexandre Gramfort, Pierre Bellec, Richard Cameron Craddock, Jessica Damoiseaux, Christopher Steele, Tal Yarkoni, Nicolas Langer, Daniel Margulies, Gaël Varoquaux
article
Neurobiology of Aging, 2022, 118, pp.55-65. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2022.06.008⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Causal effect on a target population: a sensitivity analysis to handle missing covariates
auteur
Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet
article
Journal of Causal Inference, 2022, 10 (1), pp.372-414. ⟨10.1515/jci-2021-0059⟩
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https://hal.science/hal-03473691/file/JCI-version-finale.pdf BibTex
titre
424-P: Body-Weight Variability and Risk of Cardiovascular Outcomes in Type 1 Diabetes: Results from the DCCT/EDIC Studies
auteur
Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Gilberto Velho, Gianluca Perseghin, Ronan Roussel, Louis Potier
article
Diabetes, 2022, 71 (Supplement_1), ⟨10.2337/db22-424-P⟩
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BibTex
titre
Understanding Brain Network Dynamics in Autism Begs for Generalization
auteur
Yong Liu, Gaël Varoquaux
article
Biological Psychiatry, 2022, 91 (11), pp.916-917. ⟨10.1016/j.biopsych.2022.03.007⟩
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BibTex
titre
How to remove or control confounds in predictive models, with applications to brain biomarkers
auteur
Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Michael Milham, Bertrand Thirion
article
GigaScience, 2022, 11, ⟨10.1093/gigascience/giac014⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03607651/file/giac014.pdf BibTex
titre
Multidimensional Item Response Theory in the Style of Collaborative Filtering
auteur
Yoav Bergner, Peter Halpin, Jill-Jênn Vie
article
Psychometrika, In press, 87 (1), pp.266-288. ⟨10.1007/s11336-021-09788-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03895623/file/CF_IRTv3.pdf BibTex
titre
Standardized Description of the Feature Extraction Process to Transform Raw Data Into Meaningful Information for Enhancing Data Reuse: Consensus Study
auteur
Antoine Lamer, Mathilde Fruchart, Nicolas Paris, Benjamin Popoff, Anaïs Payen, Thibaut Balcaen, William Gacquer, Guillaume Bouzillé, Marc Cuggia, Matthieu Doutreligne, Emmanuel Chazard
article
JMIR Medical Informatics, 2022, 10 (10), pp.e38936. ⟨10.2196/38936⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03818320/file/document.pdf BibTex
titre
Advancing brain network models to reconcile functional neuroimaging and clinical research
auteur
Xenia Kobeleva, Gaël Varoquaux, Alain Dagher, Mohit Adhikari, Christian Grefkes, Matthieu Gilson
article
Neuroimage-Clinical, 2022, 36, pp.103262. ⟨10.1016/j.nicl.2022.103262⟩
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titre
Insights from an autism imaging biomarker challenge: promises and threats to biomarker discovery
auteur
Nicolas Traut, Katja Heuer, Guillaume Lemaître, Anita Beggiato, David Germanaud, Monique Elmaleh, Alban Bethegnies, Laurent Bonnasse-Gahot, Weidong Cai, Stanislas Chambon, Freddy Cliquet, Ayoub Ghriss, Nicolas Guigui, Amicie de Pierrefeu, Meng Wang, Valentina Zantedeschi, Alexandre Boucaud, Joris van Den Bossche, Balázs Kegl, Richard Delorme, Thomas Bourgeron, Roberto Toro, Gaël Varoquaux
article
NeuroImage, 2022, 255, pp.119171. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119171⟩
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https://hal.science/hal-03637273/file/1-s2.0-S1053811922002981-main.pdf BibTex
titre
Analytics on Non-Normalized Data Sources: more Learning, rather than more Cleaning
auteur
Alexis Cvetkov-Iliev, Alexandre Allauzen, Gaël Varoquaux
article
IEEE Access, In press, 10, pp.42420-42431. ⟨10.1109/ACCESS.2022.3168013⟩
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https://hal.science/hal-03647434/file/final.pdf BibTex

Conference papers

titre
Variational Factorization Machines for Preference Elicitation in Large-Scale Recommender Systems
auteur
Jill-Jênn Vie, Tomas Rigaux, Hisashi Kashima
article
IEEE BigData 2022, Dec 2022, Osaka, Japan
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https://inria.hal.science/hal-03880215/file/main.pdf BibTex
titre
Why do tree-based models still outperform deep learning on typical tabular data?
auteur
Léo Grinsztajn, Edouard Oyallon, Gaël Varoquaux
article
36th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2022) Track on Datasets and Benchmarks, Nov 2022, New Orleans, United States
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https://hal.science/hal-03723551/file/Tabular_NeurIPS2022%20%2828%29.pdf BibTex
titre
Privacy-Preserving Synthetic Educational Data Generation
auteur
Jill-Jênn Vie, Tomas Rigaux, Sein Minn
article
EC-TEL 2022 – 17th European Conference on Technology Enhanced Learning, Sep 2022, Toulouse, France
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https://inria.hal.science/hal-03715416/file/EC_TEL_2022_paper_83_Vie.pdf BibTex
titre
Imputing out-of-vocabulary embeddings with LOVE makes language models robust with little cost
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian Suchanek
article
ACL 2022 – 60th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics, May 2022, Dublin, Ireland
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https://hal.science/hal-03613101/file/Imputing%20OOV%20Embeddings%20with%20LOVE.pdf BibTex
titre
Interpretable Knowledge Tracing: Simple and Efficient Student Modeling with Causal Relations
auteur
Sein Minn, Jill-Jênn Vie, Koh Takeuchi, Hisashi Kashima, Feida Zhu
article
Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Vancouver, Canada. pp.12810-12818, ⟨10.1609/aaai.v36i11.21560⟩
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https://inria.hal.science/hal-03895625/file/IKT_EAAI.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
External validation of prognostic scores for COVID-19: a multicenter cohort study of patients hospitalized in Greater Paris University Hospitals
auteur
Yannis Lombardi, Loris Azoyan, Piotr Szychowiak, Ali Bellamine, Guillaume Lemaitre, Mélodie Bernaux, Christel Daniel, Judith Leblanc, Quentin Riller, Olivier Steichen, Pierre-Yves Ancel, Alain Bauchet, Nathanael Beeker, Vincent Benoit, Romain Bey, Aurélie Bourmaud, Stéphane Bréant, Anita Burgun, Fabrice Carrat, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Sylvie Cormont, Julien Dubiel, Catherine Duclos, Loic Esteve, Marie Frank, Nicolas Garcelon, Alexandre Gramfort, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Martin Guilbaud, Claire Hassen-Khodja, François Hemery, Martin Hilka, Anne Sophie Jannot, Jerome Lambert, Richard Layese, Léo Lebouter, Damien Leprovost, Ivan Lerner, Kankoe Levi Sallah, Aurélien Maire, Marie-France Mamzer, Patricia Martel, Arthur Mensch, Thomas Moreau, Antoine Neuraz, Nina Orlova, Nicolas Paris, Bastien Rance, Hélène Ravera, Antoine Rozes, Pierre Rufat, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Patricia Serre, Xavier Tannier, Jean-Marc Treluyer, Damien van Gysel, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Maxime Wack, Perceval Wajsburt, Demian Wassermann, Eric Zapletal
article
Intensive Care Medicine, 2021, 47 (12), pp.1426-1439. ⟨10.1007/s00134-021-06524-w⟩
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https://inria.hal.science/hal-03967472/file/s00134-021-06524-w.pdf BibTex

Conference papers

titre
A lightweight neural model for biomedical entity linking
auteur
Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian Suchanek
article
AAAI 2021 – The Thirty-Fifth Conference on Artificial Intelligence, Association for the Advancement of Artificial Intelligence, Feb 2021, Palo Alto (virtual), United States. pp.12657-12665
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https://hal.science/hal-03086044/file/Biomedical_Entity_Linking.pdf BibTex

Proceedings

titre
Proceedings of the 14th International Conference on Educational Data Mining
auteur
I-Han Sharon Hsiao, Shaghayegh Sherry Sahebi, François Bouchet, Jill-Jênn Vie
article
2021, 978-1-7336736-2-4
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https://hal.science/hal-03918191/file/EDM2021Proceedings.pdf BibTex

2020

Preprints, Working Papers, …

titre
Individual Brain Charting dataset extension, fourth release of high-resolution fMRI data for cognitive mapping
auteur
Juan Jesus Torre, Ana Luísa Pinho, Swetha Shankar, Alexis Amadon, Mani Saignavongs, Marcela Perrone-Bertolotti, Thomas Bazeille, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Chantal Ginisty, S Éverine Becuwe-Desmidt, Éverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Jean- Philippe Lachaux, Patrick G Bissett, Ayse Zeynep Enkavi, Ian Eisenberg, Russell Poldrack, Roberta Santoro, Elia Formisano, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion
article
2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04668980/file/data_paper4.pdf BibTex