Publications

2025

Journal articles

titre

Encoding of Numerosity With Robustness to Object and Scene Identity in Biologically Inspired Object Recognition Networks

auteur

Thomas Chapalain, Bertrand Thirion, Evelyn Eger

article

Neural Computation, 2025, pp.1-36. ⟨10.1162/neco.a.30⟩

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titre

Deep learning assessment of metastatic relapse risk from digitized breast cancer histological slides

auteur

Ingrid Garberis, Valentin Gaury, Charlie Saillard, Damien Drubay, Kevin Elgui, Benoit Schmauch, Alexandre Jaeger, Loïc Herpin, J. Linhart, M. Sapateiro, F. Bernigole, Aurélie Kamoun, Alexandre Filiot, Oussama Tchita, Rémy Dubois, M. Auffret, Lionel Guillou, I. Bousaid, Mikael Azoulay, Jerome Lemonnier, Meriem Sefta, Sibille Everhard, Alexandre Sarrazin, Jean François Reboud, Fabien Brulport, Jocelyn Dachary, Barbara Pistilli, Suzette Delaloge, Pierre Courtiol, Fabrice André, Victor Aubert, Magali Lacroix-Triki

article

Nature Communications, 2025, 16 (1), pp.5876. ⟨10.1038/s41467-025-60824-z⟩

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titre

Sample-efficient decoding of visual stimuli from fMRI through inter-individual functional alignment

auteur

Alexis Thual, Yohann Benchetrit, Félix Geilert, Jérémy Rapin, Iurii Makarov, Stanislas Dehaene, Bertrand Thirion, Hubert Banville, Jean-Rémi King

article

Transactions on Machine Learning Research Journal, 2025

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titre

sbi reloaded: a toolkit for simulation-based inference workflows

auteur

Jan Boelts, Michael Deistler, Manuel Gloeckler, Álvaro Tejero-Cantero, Jan-Matthis Lueckmann, Guy Moss, Peter Steinbach, Thomas Moreau, Fabio Muratore, Julia Linhart, Conor Durkan, Julius Vetter, Benjamin Kurt Miller, Maternus Herold, Abolfazl Ziaeemehr, Matthijs Pals, Theo Gruner, Sebastian Bischoff, Nastya Krouglova, Richard Gao, Janne K Lappalainen, Bálint Mucsányi, Felix Pei, Auguste Schulz, Zinovia Stefanidi, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Cornelius Schröder, Faried Abu Zaid, Jonas Beck, Jaivardhan Kapoor, David S Greenberg, Pedro J Gonçalves, Jakob H Macke

article

Journal of Open Source Software, 2025, 10 (108), pp.7754. ⟨10.21105/joss.07754⟩

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titre

FDP control in mass-univariate linear models using the residual bootstrap

auteur

Samuel Davenport, Bertrand Thirion, Pierre Neuvial

article

Electronic Journal of Statistics , 2025, 19, pp.1313 – 1336. ⟨10.1214/25-EJS2354⟩

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titre

Generative T2*-weighted images as a substitute for true T2*-weighted images on brain MRI in patients with acute stroke

auteur

Antoine Pelcat, Alice Le Berre, Wagih Ben Hassen, Clément Debacker, Sylvain Charron, Bertrand Thirion, Laurence Legrand, Guillaume Turc, Catherine Oppenheim, Joseph Benzakoun

article

Diagnostic and Interventional Imaging, 2025, ⟨10.1016/j.diii.2025.03.004⟩

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titre

A comparative machine learning study of schizophrenia biomarkers derived from functional connectivity

auteur

Victoria Shevchenko, R Austin Benn, Robert Scholz, Wei Wei, Carla Pallavicini, Ulysse Klatzmann, Francesco Alberti, Theodore D Satterthwaite, Demian Wassermann, Pierre-Louis Bazin, Daniel S Margulies

article

Scientific Reports, 2025, 15 (2849), ⟨10.1038/s41598-024-84152-2⟩

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Conference papers

titre

Measuring Variable Importance in Heterogeneous Treatment Effects with Confidence

auteur

Joseph Paillard, Angel Reyero Lobo, Vitaliy Kolodyazhniy, Bertrand Thirion, Denis Engemann

article

ICML 2025 – 42nd International Conference on Machine Learning, Jul 2025, Vancouver, Canada. ⟨10.48550/arXiv.2408.13002⟩

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titre

False Coverage Proportion Control for Conformal Prediction

auteur

Alexandre Blain, Bertrand Thirion, Pierre Neuvial

article

ICML 2025 – 42 nd International Conference on Machine Learning, Jul 2025, Vancouver (BC), Canada

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titre

Hierarchical Variable Importance with Statistical Control for Medical Data-Based Prediction

auteur

Joseph Paillard, Antoine Collas, Denis A Engemann, Bertrand Thirion

article

IPMI 2025 – Information Processing in Medical Imaging, May 2025, Kos Island, Greece. pp.79-93, ⟨10.1007/978-3-031-96625-5_6⟩

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titre

CO11.2 – Explorer les fonctions cognitives dans UK Biobank avec une analyse de médiation causale

auteur

Judith Abécassis, Houssam Zenati, Sami Boumaïza, Julie Josse, Bertrand Thirion

article

EPICLIN 2025 – Conférence francophone d’EPIdémiologie CLINique, May 2025, Bordeaux, France., May 2025, Bordeaux, France. pp.203025, ⟨10.1016/j.jeph.2025.203025⟩

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titre

Double Debiased Machine Learning for Mediation Analysis with Continuous Treatments

auteur

Houssam Zenati, Judith Abécassis, Julie Josse, Bertrand Thirion

article

AISTATS – 28th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, May 2025, Mai Khao, Thailand

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Book sections

titre

Machine learning for NeuroImaging data analysis

auteur

Bertrand Thirion

article

Encyclopedia of the Human Brain, Elsevier, pp.580-588, 2025, ⟨10.1016/B978-0-12-820480-1.00158-3⟩

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Poster communications

titre

Reconstructing Functional Connectomes and Predicting Behavior Using Contrastive Learning

auteur

Victoria Shevchenko, Carlo Alberto Barbano, Malo Renaudin, Robert Scholz, R. Austin Benn, Wei Wei, Carla Pallavicini, Ulysse Klatzmann, Francesco Alberti, Pierre Louis Bazin, Theodore D Satterthwaite, Daniel S. Margulies, Demian Wassermann

article

OHBM 2025 – Organization for Human Brain Mapping, Jun 2025, Brisbane (AU), Australia. OHBM 2025 Annual Meeting Abstract Book, 2025

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Theses

titre

Investigating the representation of numerosity in humans and convolutional neural networks using high-variability photorealistic stimuli

auteur

Thomas Chapalain

article

Neurons and Cognition [q-bio.NC]. Université Paris-Saclay, 2025. English. ⟨NNT : 2025UPASG020⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

Aligning individual brains with Fused Unbalanced Gromov-Wasserstein

auteur

Alexis Thual, Huy Tran, Tatiana Zemskova, Nicolas Courty, Rémi Flamary, Stanislas Dehaene, Bertrand Thirion

article

2025

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titre

Enhanced generative model evaluation with Clipped Density and Coverage

auteur

Nicolas Salvy, Hugues Talbot, Bertrand Thirion

article

2025

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titre

Peaks2Image: reconstructing fMRI maps from stereotactic coordinates to enhance cognitive meta-analysis

auteur

Meudec Raphaël, Dockès Jérôme, Ghayem Fateme, Wassermann Demian, Thirion Bertrand

article

2025

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titre

Causal mediation analysis with one or multiple mediators: a comparative study

auteur

Judith Abécassis, Houssam Zenati, Sami Boumaïza, Julie Josse, Bertrand Thirion

article

2025

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titre

When Knockoffs fail: diagnosing and fixing non-exchangeability of Knockoffs

auteur

Alexandre Blain, Angel Reyero Lobo, Julia Linhart, Bertrand Thirion, Pierre Neuvial

article

2025

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titre

Multifractal analysis based on the weak scaling exponent and applications to MEG recordings in neuroscience

auteur

Patrice Abry, Phipippe Ciuciu, Merlin Dumeur, Stéphane Jaffard, Guillaume Saës

article

2025

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titre

Plug-and-Play reconstruction for 3D non-cartesian fMRI data

auteur

Pierre-Antoine Comby, Matthieu Terris, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

2025

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titre

Robust plug-and-play methods for highly accelerated non-Cartesian MRI reconstruction

auteur

Pierre-Antoine Comby, Benjamin Lapostolle, Matthieu Terris, Philippe Ciuciu

article

2025

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titre

gGRAPPA: A Flexible, GPU-Accelerated Python Package for Fast and Efficient generalized GRAPPA Reconstruction

auteur

Maxime Bertrait, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Philippe Ciuciu

article

2025

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titre

Bringing GRAPPA to non-Cartesian MRI through SPARKLING: An application to MPRAGE anatomical MRI

auteur

Chaithya Giliyar Radhakrishna, Alexandre Vignaud, Maxime Bertrait, Aurélien Massire, Michel Bottlaender, Philippe Ciuciu

article

2025

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2024

Journal articles

titre

Convolutional Sparse Coding for Time Series Via a l0 Penalty: An Efficient Algorithm With Statistical Guarantees

auteur

Charles Truong, Thomas Moreau

article

Statistical Analysis and Data Mining, 2024, 17 (6), pp.e70000. ⟨10.1002/sam.70000⟩

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titre

Beyond group classification: Probabilistic differential diagnosis of frontotemporal dementia and Alzheimer’s disease with MRI and CSF biomarkers

auteur

Agnès Pérez-Millan, Bertrand Thirion, Neus Falgàs, Sergi Borrego-Écija, Beatriz Bosch, Jordi Juncà-Parella, Adrià Tort-Merino, Jordi Sarto, Josep Maria Augé, Anna Antonell, Nuria Bargalló, Mircea Balasa, Albert Lladó, Raquel Sánchez-Valle, Roser Sala-Llonch

article

Neurobiology of Aging, 2024, 144, pp.1-11. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2024.08.008⟩

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titre

Deep image prior for limited-angle electron tomography

auteur

Zineb Saghi, Laure Guetaz, Thomas David, Philippe Ciuciu

article

BIO Web of Conferences, 2024, 129, pp.02012. ⟨10.1051/bioconf/202412902012⟩

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titre

The morphospace of the brain-cognition organisation

auteur

Valentina Pacella, Victor Nozais, Lia Talozzi, Majd Abdallah, Demian Wassermann, Stephanie Forkel, Michel Thiebaut de Schotten

article

Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.8452. ⟨10.1038/s41467-024-52186-9⟩

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titre

Brain state identification and neuromodulation to promote recovery of consciousness

auteur

Glenn J M van der Lande, Diana Casas-Torremocha, Arnau Manasanch, Leonardo Dalla Porta, Olivia Gosseries, Naji Alnagger, Alice Barra, Jorge F Mejías, Rajanikant Panda, Fabio Riefolo, Aurore Thibaut, Vincent Bonhomme, Bertrand Thirion, Francisco Clasca, Pau Gorostiza, Maria V Sanchez-Vives, Gustavo Deco, Steven Laureys, Gorka Zamora-López, Jitka Annen

article

Brain Communications, 2024, 6 (5), ⟨10.1093/braincomms/fcae362⟩

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titre

Multicenter Validation of Synthetic FLAIR as a substitute for FLAIR Sequence in Acute Ischemic Stroke

auteur

Guillaume Hamon, Laurence Legrand, Ghazi Hmeydia, Guillaume Turc, Wagih Ben Hassen, Sylvain Charron, Clement Debacker, Olivier Naggara, Bertrand Thirion, Bailiang Chen, Bertrand Lapergue, Catherine Oppenheim, Joseph Benzakoun

article

European Stroke Journal, 2024, pp.23969873241263418. ⟨10.1177/23969873241263418⟩

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titre

Individual Brain Charting dataset extension, third release for movie watching and retinotopy data

auteur

Ana Luísa Pinho, Hugo Richard, Ana Fernanda Ponce, Michael Eickenberg, Alexis Amadon, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Juan Jesús Torre, Swetha Shankar, Himanshu Aggarwal, Alexis Thual, Thomas Chapalain, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion

article

Scientific Data , 2024, 11 (590)

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titre

Non-cartesian 3D-SPARKLING vs cartesian 3D-EPI encoding schemes for functional magnetic resonance Imaging at 7 Tesla

auteur

Zaineb Amor, Philippe Ciuciu, Chaithya G. R., Guillaume Daval-Frérot, Franck Mauconduit, Bertrand Thirion, Alexandre Vignaud

article

PLoS ONE, 2024, 19 (5), pp.e0299925. ⟨10.1371/journal.pone.0299925⟩

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titre

Neuronal synchrony and critical bistability: Mechanistic biomarkers for localizing the epileptogenic network

auteur

Sheng H. Wang, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Vladislav Myrov, Paul Ferrari, Philippe Ciuciu, Satu Palva, J. Matias Palva

article

Epilepsia, 2024, 65 (7), pp.2041-2053. ⟨10.1111/epi.17996⟩

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titre

Impact of B0 field imperfections correction on BOLD sensitivity in 3D‐SPARKLING fMRI data

auteur

Zaineb Amor, Caroline Le Ster, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Nicolas Boulant, Franck Mauconduit, Bertrand Thirion, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud

article

Magnetic Resonance in Medicine, 2024, Volume 91 (Issue 4), pp.Pages 1434-1448. ⟨10.1002/mrm.29943⟩

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titre

Continuous evaluation of denoising strategies in resting-state fMRI connectivity using fMRIPrep and Nilearn

auteur

Hao-Ting Wang, Steven Meisler, Hanad Sharmarke, Natasha Clarke, Nicolas Gensollen, Christopher Markiewicz, François Paugam, Bertrand Thirion, Pierre Bellec

article

PLoS Computational Biology, 2024, 20 (3), pp.e1011942. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011942⟩

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titre

Methods and considerations for estimating parameters in biophysically detailed neural models with simulation based inference

auteur

Nicholas Tolley, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Alexandre Gramfort, Stephanie R Jones

article

PLoS Computational Biology, 2024, 20 (2), pp.e1011108. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011108⟩

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titre

Verbal fluency predicts work resumption after awake surgery in low-grade glioma patients

auteur

Marion Barberis, Isabelle Poisson, Cécile Prévost-Tarabon, Sophie Letrange, Sébastien Froelich, Bertrand Thirion, Emmanuel Mandonnet

article

Acta Neurochirurgica, 2024, 166 (1), pp.88. ⟨10.1007/s00701-024-05971-w⟩

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titre

Identifying the role of (dis)inhibition in the vicious cycle of substance use through ecological momentary assessment and resting-state fMRI

auteur

Valentine Chirokoff, Sylvie Berthoz, Melina Fatseas, David Misdrahi, Maud Dupuy, Majd Abdallah, Fuschia Serre, Marc Auriacombe, Adolf Pfefferbaum, Edith V Sullivan, Sandra Chanraud

article

Translational Psychiatry, 2024, 14 (1), pp.260. ⟨10.1038/s41398-024-02949-1⟩

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titre

Local linear convergence of proximal coordinate descent algorithm

auteur

Quentin Klopfenstein, Quentin Bertrand, Alexandre Gramfort, Joseph Salmon, S. Vaiter

article

Optimization Letters, 2024, 18, pp.135-154. ⟨10.1007/s11590-023-01976-z⟩

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titre

The Past, Present, and Future of the Brain Imaging Data Structure (BIDS)

auteur

Russell Poldrack, Christopher Markiewicz, Stefan Appelhoff, Yoni Ashar, Tibor Auer, Sylvain Baillet, Shashank Bansal, Leandro Beltrachini, Christian Benar, Giacomo Bertazzoli, Suyash Bhogawar, Ross Blair, Marta Bortoletto, Mathieu Boudreau, Teon Brooks, Vince Calhoun, Filippo Maria Castelli, Patricia Clement, Alexander Cohen, Julien Cohen-Adad, Sasha d’Ambrosio, Gilles de Hollander, María de la Iglesia-Vayá, Alejandro de la Vega, Arnaud Delorme, Orrin Devinsky, Dejan Draschkow, Eugene Paul Duff, Elizabeth Dupre, Eric Earl, Oscar Esteban, Franklin Feingold, Guillaume Flandin, Anthony Galassi, Giuseppe Gallitto, Melanie Ganz, Rémi Gau, James Gholam, Satrajit Ghosh, Alessio Giacomel, Ashley Gillman, Padraig Gleeson, Alexandre Gramfort, Samuel Guay, Giacomo Guidali, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Nell Hardcastle, Peer Herholz, Dora Hermes, Christopher Honey, Robert Innis, Horea-Ioan Ioanas, Andrew Jahn, Agah Karakuzu, David Keator, Gregory Kiar, Balint Kincses, Angela Laird, Jonathan Lau, Alberto Lazari, Jon Haitz Legarreta, Adam Li, Xiangrui Li, Bradley Love, Hanzhang Lu, Eleonora Marcantoni, Camille Maumet, Giacomo Mazzamuto, Steven Meisler, Mark Mikkelsen, Henk Mutsaerts, Thomas Nichols, Aki Nikolaidis, Gustav Nilsonne, Guiomar Niso, Martin Norgaard, Thomas Okell, Robert Oostenveld, Eduard Ort, Patrick Park, Mateusz Pawlik, Cyril Pernet, Franco Pestilli, Jan Petr, Christophe Phillips, Jean-Baptiste Poline, Luca Pollonini, Pradeep Reddy Raamana, Petra Ritter, Gaia Rizzo, Kay Robbins, Alexander Rockhill, Christine Rogers, Ariel Rokem, Chris Rorden, Alexandre M Routier, Jose Manuel Saborit-Torres, Taylor Salo, Michael Schirner, Robert Smith, Tamas Spisak, Julia Sprenger, Nicole Swann, Martin Szinte, Sylvain Takerkart, Bertrand Thirion, Adam Thomas, Sajjad Torabian, Gaël Varoquaux, Bradley Voytek, Julius Welzel, Martin Wilson, Tal Yarkoni, Krzysztof Gorgolewski

article

Imaging Neuroscience, 2024, 2, pp.1-19. ⟨10.1162/imag_a_00103⟩

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Scientific blog post

titre

How to compute Hessian-vector products?

auteur

Mathieu Dagréou, Pierre Ablin, Samuel Vaiter, Thomas Moreau

article

2024

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Conference papers

titre

Geodesic optimization for predictive shift adaptation on EEG data

auteur

Apolline Mellot, Antoine Collas, Sylvain Chevallier, Alexandre Gramfort, Denis Engemann

article

NeurIPS 2024 – 38th Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2024, Vancouver, Canada

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titre

Deep multivariate autoencoder for capturing complexity in Brain Structure and Behaviour Relationships

auteur

Gabriela Gómez Jiménez, Demian Wassermann

article

CDMRI 2024 – International Workshop on Computational Diffusion MRI, International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2024, Marrakech, Morocco

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titre

Across-subject ensemble-learning alleviates the need for large samples for fMRI decoding

auteur

Himanshu Aggarwal, Liza Al-Shikhley, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2024, 27th International Conference, Proceedings, Part III, Oct 2024, Marakkech, Morocco. pp.1-11

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titre

NeuroConText: Contrastive text-to-brain mapping for neuroscientific literature

auteur

Raphael Meudec, Fateme Ghayem, Jerome Dockes, Demian Wassermann, Bertrand Thirion

article

MICCAI24 – 27th International conference on medical image computing and computer assisted intervention, Oct 2024, Marrakesh, Morocco

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titre

On the Stability of Reduced-Rank Ridge Regression

auteur

David Degras, Thomas Chapalain, Bertrand Thirion

article

EUSIPCO 2024 – 32nd European signal processing conference, Patrice Abry; Maria Sabrina Greco, Aug 2024, Lyon, France

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titre

Physics-informed and Unsupervised Riemannian Domain Adaptation for Machine Learning on Heterogeneous EEG Datasets

auteur

Apolline Mellot, Antoine Collas, Sylvain Chevallier, Denis Engemann, Alexandre Gramfort

article

EUSIPCO 2024 – 32nd European Signal Processing Conference, Aug 2024, Lyon, France. ⟨10.48550/arXiv.2403.15415⟩

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titre

Machine Learning Models Trained in a Low-Dimensional Latent Space for Epileptogenic Zone (EZ) Localization

auteur

Sheng H. Wang, Morgane Marzulli, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Satu Palva, J Matias Palva, Philippe Ciuciu

article

2024 32nd European Signal Processing Conference (EUSIPCO), Aug 2024, Lyon, France. pp.1586-1590, ⟨10.23919/EUSIPCO63174.2024.10715112⟩

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titre

Equivariant plug-and-play image reconstruction

auteur

Matthieu Terris, Thomas Moreau, Nelly Pustelnik, Julian Tachella

article

CVPR 2024 – Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, Jun 2024, Seattle, United States

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titre

Achieving high temporal resolution using a sliding-window approach for SPARKLING fMRI data: A simulation study

auteur

Zaineb Amor, Pierre-Antoine Comby, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud

article

ISMRM & ISMRT 2024 – Annual Meeting & Exhibition, ISMRM, May 2024, Singapore, Singapore

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titre

Constant or logarithmic regret in asynchronous multiplayer bandits

auteur

Hugo Richard, Etienne Boursier, Vianney Perchet

article

AISTATS, May 2024, Valence (Espagne), Spain

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titre

A lower bound and a near-optimal algorithm for bilevel empirical risk minimization

auteur

Mathieu Dagréou, Thomas Moreau, Samuel Vaiter, Pierre Ablin

article

International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS), May 2024, Valencia, Spain. ⟨10.48550/arXiv.2302.08766⟩

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titre

Unsupervised Layer-Wise Score Aggregation for Textual OOD Detection

auteur

Maxime Darrin, Guillaume Staerman, Eduardo Dadalto Camara Gomes, Jackie Cheung, Pablo Piantanida, Pierre Colombo

article

AAAI 2024 – 38th Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.17880-17888, ⟨10.1609/aaai.v38i16.29742⟩

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titre

Variable importance in high-dimensional settings requires grouping

auteur

Ahmad Chamma, Bertrand Thirion, Denis Engemann

article

AAAI 2024 – The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada

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Book sections

titre

The Fisher-Rao geometry of CES distributions

auteur

Florent Bouchard, Arnaud Breloy, Antoine Collas, Alexandre Renaux, Guillaume Ginolhac

article

Springer. Elliptical Distributions in Signal Processing, 2024, ⟨10.1007/978-3-031-52116-4_2⟩

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Poster communications

titre

A Low-dimensional Assessments of Seizure Risk Dynamics

auteur

Wang Sheng H., Marzulli Morgane, David Degras, Arnulfo Gabriele, Nobili Lino, Myrov Vladislav, Palva Satu, Ferrari Paul, Palva Matias, Philippe Ciuciu

article

American Society for Epilepsy Meeting, Dec 2024, Los Ageles, United States

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titre

Non-invasive MEG Localization of Excitatory and Inhibitory Spikes Using Convolutional Dictionary Learning

auteur

Ferrari Paul, Wang Sheng H, Thomas Moreau, Arnulfo Gabriele, Nobili Lino, Palva Satu, Philippe Ciuciu, Palva Matias

article

American Society for Epilepsy Meeting (AES 2024), Dec 2024, Los angeles, United States

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titre

What is the best model for decoding neurophysiological signals? Depends on how you evaluate

auteur

Bruno Aristimunha, Thomas Moreau, Sylvain Chevallier, Raphael Y de Camargo, Marie-Constance Corsi

article

CNS 2024 – 33rd Annual Computational Neuroscience Meeting, Jul 2024, Natal, Brazil

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Theses

titre

Simulation-based inference with deep learning : application to neuroscience time series data

auteur

Julia Linhart

article

Machine Learning [stat.ML]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG091⟩

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titre

Machine learning and domain adaptation for enhancing the measure of brain health with MEG and EEG signals

auteur

Apolline Mellot

article

Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG068⟩

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titre

Contributions to stochastic bilevel optimization

auteur

Mathieu Dagréou

article

Optimization and Control [math.OC]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG041⟩

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titre

Joint representations for heterogeneous image sets and texts

auteur

Raphael Meudec

article

Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG029⟩

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titre

Statistical interpretation of high-dimensional complex prediction models for biomedical data

auteur

Ahmad Chamma

article

Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG028⟩

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titre

Bridging Simulation-based Inference and Hierarchical Modeling : Applications in Neuroscience

auteur

Louis Rouillard

article

Machine Learning [stat.ML]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG024⟩

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titre

Temporal point processes and scalable convolutional dictionary learning : a unified framework for m/eeg signal analysis in neuroscience

auteur

Cédric Allain

article

Machine Learning [stat.ML]. Université Paris-Saclay, 2024. English. ⟨NNT : 2024UPASG008⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

Synchronization networks reflect the contents of visual working memory

auteur

Hamed Haque, Sheng Wang, Felix Siebenhühner, Edwin Robertson, J. Matias Palva, Satu Palva

article

2024

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titre

Is mild ADHD beneficial? Brain criticality peaks at intermediate ADHD symptom scores across the population

auteur

Jonni Hirvonen, Hamed Haque, Sheng Wang, Jaana Simola, Isabel Morales-Muñoz, Benjamin Cowley, J. Matias Palva, Satu Palva

article

2024

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titre

Analysis and synthesis denoisers for forward-backward plug-and-play algorithms

auteur

Matthieu Kowalski, Benoît Malézieux, Thomas Moreau, Audrey Repetti

article

2024

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titre

FiRe: Fixed-points of restoration priors for solving inverse problems

auteur

Matthieu Terris, Ulugbek S. Kamilov, Thomas Moreau

article

2024

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titre

Where prior learning can and can’t work in unsupervised inverse problems

auteur

Benoît Malézieux, Florent Michel, Thomas Moreau, Matthieu Kowalski

article

2024

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titre

MRI-NUFFT: Doing non-Cartesian MRI has never been easier

auteur

Pierre-Antoine Comby, Guillaume Daval-Frérot, Caini Pan, Asma Tanabene, Léna Oudjman, Matteo Cencini, Philippe Ciuciu, Chaithya Giliyar Radhkrishna

article

2024

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titre

Benchmarking 3D multi-coil NC-PDNET MRI reconstruction

auteur

Asma Tanabene, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Aurélien Massire, Mariappan S. Nadar, Philippe Ciuciu

article

2024

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titre

Graphicacy across Age, Education, and Culture: A New Tool to Assess Intuitive Graphics Skills

auteur

Lorenzo Ciccione, Mathias Sablé-Meyer, Esther Boissin, Mathilde Josserand, Cassandra Potier-Watkins, Serge Caparos, Stanislas Dehaene

article

2024

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titre

Evaluating the structure of cognitive tasks with transfer learning

auteur

Bruno Aristimunha, Raphael de Camargo, Walter Pinaya, Sylvain Chevallier, Alexandre Gramfort, Cedric Rommel

article

2024

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titre

Diffusion posterior sampling for simulation-based inference in tall data settings

auteur

Julia Linhart, Gabriel Victorino Cardoso, Alexandre Gramfort, Sylvain Le Corff, Pedro Luiz Coelho Rodrigues

article

2024

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titre

Enhanced Hallucination Detection in Neural Machine Translation through Simple Detector Aggregation

auteur

Anas Himmi, Guillaume Staerman, Marine Picot, Pierre Colombo, Nuno Guerreiro

article

2024

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The largest EEG-based BCI reproducibility study for open science: the MOABB benchmark

auteur

Sylvain Chevallier, Igor Carrara, Bruno Aristimunha, Pierre Guetschel, Sara Sedlar, Bruna Junqueira Lopes, Sébastien Velut, Salim Khazem, Thomas Moreau

article

2024

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titre

SNAKE-fMRI: A modular fMRI data simulator from the space-time domain to k-space and back

auteur

Pierre-Antoine Comby, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

2024

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titre

Improving Individual-Specific Functional Parcellation Through Transfer Learning

auteur

Alexandre Le Bris, Louis Rouillard, Demian Wassermann

article

2024

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titre

Weakly supervised covariance matrices alignment through Stiefel matrices estimation for MEG applications

auteur

Antoine Collas, Rémi Flamary, Alexandre Gramfort

article

2024

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titre

Towards Efficient and Optimal Covariance-Adaptive Algorithms for Combinatorial Semi-Bandits

auteur

Julien Zhou, Pierre Gaillard, Thibaud Rahier, Houssam Zenati, Julyan Arbel

article

2024

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2023

Journal articles

titre

Melt pool evolution and microstructure simulation of SLM 316L based on SPH-PFM coupling model

auteur

Wenqi Li, Lixin Meng, Qianfen Zhang, Yan Liu, Sheng Wang, Ju Ma, Yan Zhou, Diaoyu Zhou, Hongxia Wang, Weili Cheng, Zhiyong You, Xiaofeng Niu, Yuhong Zhao

article

Journal of Materials Research and Technology, 2023, 28, pp.3037 – 3051. ⟨10.1016/j.jmrt.2023.12.206⟩

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titre

Information-Restricted Neural Language Models Reveal Different Brain Regions’ Sensitivity to Semantics, Syntax and Context

auteur

Alexandre Pasquiou, Yair Lakretz, Bertrand Thirion, Christophe Pallier

article

Neurobiology of Language, 2023, 4 (4), pp.611-636. ⟨10.1162/nol_a_00125⟩

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titre

A simulation-driven supervised learning framework to estimate brain microstructure using diffusion MRI

auteur

Chengran Fang, Zheyi Yang, Demian Wassermann, Jing-Rebecca Li

article

Medical Image Analysis, 2023, 90, pp.102979. ⟨10.1016/j.media.2023.102979⟩

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titre

Should one go for individual or group-level brain parcellations ? A deep-phenotyping benchmark

auteur

Bertrand Thirion, Himanshu Aggarwal, Ana Fernanda Ponce, Ana Luísa Pinho, Alexis Thual

article

Brain Structure and Function, 2023, ⟨10.1007/s00429-023-02723-x⟩

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titre

Harmonizing and aligning M/EEG datasets with covariance-based techniques to enhance predictive regression modeling

auteur

Apolline Mellot, Antoine Collas, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Denis Engemann, Alexandre Gramfort

article

Imaging Neuroscience, 2023, 1, pp.1-26. ⟨10.1162/imag_a_00040⟩

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titre

Open design of a reproducible videogame controller for MRI and MEG

auteur

Yann Harel, André Cyr, Julie Boyle, Basile Pinsard, Jeremy Bernard, Marie-France Fourcade, Himanshu Aggarwal, Ana Fernanda Ponce, Bertrand Thirion, Karim Jerbi, Pierre Bellec

article

PLoS ONE, 2023, 18 (11), pp.e0290158. ⟨10.1371/journal.pone.0290158⟩

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FastSRM: A fast, memory efficient and identifiable implementation of the shared response model

auteur

Hugo Richard, Bertrand Thirion

article

Aperture Neuro, 2023, ⟨10.52294/001c.87954⟩

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titre

Repurposing electroencephalogram monitoring of general anaesthesia for building biomarkers of brain ageing: an exploratory study

auteur

David Sabbagh, Jérôme Cartailler, Cyril Touchard, Jona Joachim, Alexandre Mebazaa, Fabrice Vallée, Étienne Gayat, Alexandre Gramfort, Denis A Engemann

article

British Journal of Anaesthesia open, 2023, 7, pp.100145. ⟨10.1016/j.bjao.2023.100145⟩

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titre

Incorporating interface permeability into the diffusion MRI signal representation while using impermeable Laplace eigenfunctions

auteur

Zheyi Yang, Chengran Fang, Jing-Rebecca Li

article

Physics in Medicine and Biology, 2023, 68 (17), pp.175036. ⟨10.1088/1361-6560/acf022⟩

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titre

Brain criticality predicts individual levels of inter-areal synchronization in human electrophysiological data

auteur

Sheng H. Wang, Marco Fuscà, Felix Siebenhühner, Vladislav Myrov, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, J Matias Palva, Satu Palva

article

Nature Communications, 2023, 14 (4736), ⟨10.5061/dryad.vdncjsxzn⟩

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titre

A Halfspace-Mass Depth-Based Method for Adversarial Attack Detection

auteur

Marine Picot, Federica Granese, Guillaume Staerman, Marco Romanelli, Francisco Messina, Pablo Piantanida, Pierre Colombo

article

Transactions on Machine Learning Research Journal, 2023

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titre

Functional anomaly detection: a benchmark study

auteur

Guillaume Staerman, Eric Adjakossa, Pavlo Mozharovskyi, Vera Hofer, Jayant Sen Gupta, Stéphan Clémençon

article

International Journal of Data Science and Analytics, 2023, 16 (1), pp.101-117. ⟨10.1007/s41060-022-00366-5⟩

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titre

Improving spreading projection algorithm for rapid k‐space sampling trajectories through minimized off‐resonance effects and gridding of low frequencies

auteur

Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

Magnetic Resonance in Medicine, 2023, 90 (3), pp.1069-1085. ⟨10.1002/mrm.29702⟩

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titre

Modules in connectomes of phase-synchronization comprise anatomically contiguous, functionally related regions

auteur

Nitin Williams, Sheng Wang, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Satu Palva, Matias J. Palva

article

NeuroImage, 2023, 272, pp.120036. ⟨10.1016/j.neuroimage.2023.120036⟩

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titre

Evolution of synchronous female bilateral breast cancers and response to treatment

auteur

Anne-Sophie Hamy, Judith Abécassis, Keltouma Driouch, Lauren Darrigues, Mathias Vandenbogaert, Cecile Laurent, Francois Zaccarini, Benjamin Sadacca, Myriam Delomenie, Enora Laas, Odette Mariani, Thanh Lam, Beatriz Grandal, Marick Laé, Ivan Bieche, Sophie Vacher, Jean-Yves Pierga, Etienne Brain, Celine Vallot, Judicael Hotton, Wilfrid Richer, Dario Rocha, Zakia Tariq, Veronique Becette, Didier Meseure, Laetitia Lesage, Anne Vincent-Salomon, Natalie Filmann, Jenny Furlanetto, Sibylle Loibl, Elise Dumas, Joshua Waterfall, Fabien Reyal

article

Nature Medicine, 2023, ⟨10.1038/s41591-023-02216-8⟩

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titre

Evidence of a predictive coding hierarchy in the human brain listening to speech

auteur

Charlotte Caucheteux, Alexandre Gramfort, Jean-Rémi King

article

Nature Human Behaviour, 2023, ⟨10.1038/s41562-022-01516-2⟩

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titre

On the statistics of brain/behavior associations

auteur

Bertrand Thirion

article

Aperture Neuro, 2023, ⟨10.52294/51f2e656-d4da-457e-851e-139131a68f14⟩

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titre

Fourier representation of the diffusion MRI signal using layer potentials

auteur

Chengran Fang, Demian Wassermann, Jing-Rebecca Li

article

SIAM Journal on Applied Mathematics, 2023, 83 (1), pp.99-121. ⟨10.1137/21M1439572⟩

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titre

Using convolutional dictionary learning to detect task-related neuromagnetic transients and ageing trends in a large open-access dataset

auteur

Lindsey Power, Cédric Allain, Thomas Moreau, Alexandre Gramfort, Timothy Bardouille

article

NeuroImage, 2023, 267, pp.119809. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119809⟩

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titre

Jointly Learning Non-Cartesian k-Space Trajectories and Reconstruction Networks for 2D and 3D MR Imaging through Projection

auteur

Chaithya Giliyar Radhakrishna, Philippe Ciuciu

article

Bioengineering, 2023, 10 (2), pp.158. ⟨10.3390/bioengineering10020158⟩

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titre

PAVI: Plate-Amortized Variational Inference

auteur

Louis Rouillard, Alexandre Le Bris, Thomas Moreau, Demian Wassermann

article

Transactions on Machine Learning Research Journal, 2023

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Conference papers

titre

Convolutional Monge Mapping Normalization for learning on sleep data

auteur

Theo Gnassounou, Rémi Flamary, Alexandre Gramfort

article

NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, Nouvelle Orléans, United States

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titre

L-C2ST: Local Diagnostics for Posterior Approximations in Simulation-Based Inference

auteur

Julia Linhart, Alexandre Gramfort, Pedro L C Rodrigues

article

NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans, LA, United States. pp.56384-56410, ⟨10.48550/arXiv.2306.03580⟩

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titre

Statistically Valid Variable Importance Assessment through Conditional Permutations

auteur

Ahmad Chamma, Denis Engemann, Bertrand Thirion

article

NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans (Louisiana), United States

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titre

Non-Cartesian non-Fourier fmri imaging for high-resolution retinotopic mapping at 7 Tesla

auteur

Zaineb Amor, Pierre-Antoine Comby, Caroline Le Ster, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

CAMSAP 2023 – IEEE International Workshop on Computational Advances in Multi-Sensor Adaptive Processing, IEEE, Dec 2023, Los Suenos, Costa Rica

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titre

False Discovery Proportion control for aggregated Knockoffs

auteur

Alexandre Blain, Bertrand Thirion, Olivier Grisel, Pierre Neuvial

article

NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans, United States. ⟨10.48550/arXiv.2310.10373⟩

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titre

A Novel Information-Theoretic Objective to Disentangle Representations for Fair Classification

auteur

Pierre Colombo, Nathan Noiry, Guillaume Staerman, Pablo Piantanida

article

IJCNLP-AACL 2023 : The 13th International Joint Conference on Natural Language Processing and the 3rd Conference of the Asia-Pacific Chapter of the Association for Computational Linguistics, Nov 2023, Nusa Dua, Bali, Indonesia. pp.184-198, ⟨10.18653/v1/2023.findings-ijcnlp.17⟩

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titre

MultiView Independent Component Analysis with Delays

auteur

Ambroise Heurtebise, Pierre Ablin, Alexandre Gramfort

article

MLSP 2023 – 33rd IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing, Sep 2023, Rome, Italy

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titre

Entropic Wasserstein component analysis

auteur

Antoine Collas, Titouan Vayer, Rémi Flamary, Arnaud Breloy

article

IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing (MLSP), Sep 2023, Rome, Italy

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titre

Novel SPD matrix representations considering cross-frequency coupling for EEG classification using Riemannian geometry

auteur

Maria Sayu Yamamoto, Apolline Mellot, Sylvain Chevallier, Fabien Lotte

article

EUSIPCO 2023 – the 31st European Signal Processing Conference, Sep 2023, Helsinki, Finland. ⟨10.23919/EUSIPCO58844.2023.10290043⟩

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titre

L’entropie comme mesure de difficulté des problèmes inverses

auteur

Florent Michel, Benoît Malézieux, Matthieu Kowalski, Thomas Moreau

article

GRETSI’23 – XXIXème Colloque Francophone de Traitement du Signal et des Images, Aug 2023, Grenoble, France. pp.1013-1016

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titre

Probing brain context-sensitivity with masked-attention generation

auteur

Alexandre Pasquiou, Yair Lakretz, Bertrand Thirion, Christophe Pallier

article

CCN 2023 – Conference on Cognitive Computational Neuroscience, Aug 2023, Oxford, United Kingdom. ⟨10.48550/arXiv.2305.13863⟩

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titre

FaDIn: Fast Discretized Inference for Hawkes Processes with General Parametric Kernels

auteur

Guillaume Staerman, Cédric Allain, Alexandre Gramfort, Thomas Moreau

article

International Conference on Machine Learning, Jul 2023, Honololu, Hawaii, United States. pp.32575-32597

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titre

Sliced-Wasserstein on Symmetric Positive Definite Matrices for M/EEG Signals

auteur

Clément Bonet, Benoît Malézieux, Alain Rakotomamonjy, Lucas Drumetz, Thomas Moreau, Matthieu Kowalski, Nicolas Courty

article

ICML 2023 – 40th International Conference on Machine Learning, Jul 2023, Honololu, United States. pp.1-29, ⟨10.48550/arXiv.2303.05798⟩

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titre

Impact of $\Delta \textrm{B}_0$ field imperfections correction on BOLD sensitivity in 3D-SPARKLING fMRI data

auteur

Zaineb Amor, Caroline Le Ster, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Bertrand Thirion, Nicolas Boulant, Franck Mauconduit, Mirkes Christian, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud

article

ISMRM & ISMRT 2023 – Annual Meeting & Exhibition – Annual Meeting of the International Society for Magnetic Resonance in Medicine, International Society for Magnetic Resonance in Medicine, Jun 2023, Toronto, Canada

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titre

Denoising of FMRI volumes using local low rank methods

auteur

Pierre-Antoine Comby, Zaineb Amor, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

ISBI 2023 – International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2023, Carthagena de India, Colombia. pp.1-5, ⟨10.1109/ISBI53787.2023.10230489⟩

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Poster communications

titre

A Low-dimensional surface in Eigen Feature Space Characterizes an Interictal Continuum

auteur

Sheng H Wang, Morgane Marzulli, Paul Ferrari, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Satu Palva, Philippe Ciuciu, J Matias Palva

article

American Epilepsy Society Conference, Dec 2023, Orlando (FL), United States

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titre

Improving epileptogenic zone (EZ) classification by combining brain criticality and connectivity features

auteur

Sheng H. Wang, Paul Ferrari, Angel Hernandez, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Satu Palva, Philippe Ciuciu, J Matias Palva

article

International Society for the Advancement of Clinical Magnetoencephalography, May 2023, Osaka (JP), Japan

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Reports

titre

Recommendations on “Grey-Zone Publishers

auteur

Frédéric Blanqui, Anne Canteaut, Hidde De Jong, Sébastien Imperiale, Nathalie Mitton, Guillaume Pallez, Xavier Pennec, Xavier Rival, Bertrand Thirion

article

Inria. 2023, pp.1-3

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titre

Recommandations sur les « éditeurs de la zone grise »

auteur

Frédéric Blanqui, Anne Canteaut, Hidde de Jong, Sébastien Imperiale, Nathalie Mitton, Guillaume Pallez, Xavier Pennec, Xavier Rival, Bertrand Thirion

article

Inria. 2023, pp.1-3

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Theses

titre

Advances in Self-Supervised Learning : applications to neuroscience and sample-efficiency

auteur

l’Émir Omar Chéhab

article

Machine Learning [stat.ML]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG079⟩

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titre

A study of unrolled algorithms for dictionary learning and inverse problems, and contributions to M/EEG signal processing

auteur

Benoît Malézieux

article

Machine Learning [cs.LG]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG047⟩

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titre

Deciphering the neural bases of language comprehension using latent linguistic representations

auteur

Alexandre Pasquiou

article

Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG041⟩

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titre

Language representations in deep learning algorithms and the brain

auteur

Charlotte Caucheteux

article

Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG031⟩

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titre

Designing and learning non-Cartesian k-space sampling trajectories for accelerated 3D MRI

auteur

Chaithya Giliyar Radhakrishna

article

Medical Imaging. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPAST049⟩

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titre

Development of a probabilistic domain-specific language for brain connectivity including heterogeneous knowledge representation

auteur

Gaston Ezequiel Zanitti

article

Logic in Computer Science [cs.LO]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG022⟩

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titre

Neuron modeling, Bloch-Torrey equation, and their application to brain microstructure estimation using diffusion MRI

auteur

Chengran Fang

article

Medical Imaging. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG010⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

Altered Brain Dynamics in idiopathic REM sleep behavior disorder: Implications for a continuum from prodromal to overt alpha-synucleinopathies

auteur

M Roascio, Sh Wang, V Myrov, F Siebenhühner, R. Tro, P. Mattioli, F. Famà, S. Morbelli, M. Pardini, Jm Palva, D Arnaldi, G. Arnulfo

article

2023

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titre

Neuronal Synchrony and Critical Bistability: Mechanistic Biomarkers for Localizing the Epileptogenic Network

auteur

Sheng Wang, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Vladislav Myrov, Paul Ferrari, Philippe Ciuciu, Satu Palva, J Matias Palva

article

2023

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titre

Meta-Prior: Meta learning for Adaptive Inverse Problem Solvers

auteur

Matthieu Terris, Thomas Moreau

article

2023

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titre

Equivariant plug-and-play image reconstruction

auteur

Matthieu Terris, Thomas Moreau, Nelly Pustelnik, Julian Tachella

article

2023

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titre

Continuous Evaluation of Denoising Strategies in Resting-State fMRI Connectivity Using fMRIPrep and Nilearn

auteur

Hao-Ting Wang, Steven L Meiseler, Hanad Sharmarke, Natasha Clarke, Nicolas Gensollen, Christopher J Markiewicz, François Paugam, Bertrand Thirion, Pierre Bellec

article

2023

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titre

Covid-19 affects taste independently of smell: results from a combined chemosensory home test and online survey from a global cohort (N=10,953)

auteur

Ha Nguyen, Javier Albayay, Richard Höchenberger, Surabhi Bhutani, Sanne Boesveldt, Niko A. Busch, Ilja Croijmans, Keiland W. Cooper, Jasper H. B. de Groot, Michael C. Farruggia, Alexander W. Fjaeldstad, John E. Hayes, Thomas Hummel, Paule V. Joseph, Tatiana K. Laktionova, Thierry Thomas-Danguin, Maria G. Veldhuizen, Vera V. Voznessenskaya, Valentina Parma, M. Yanina Pepino, Kathrin Ohla

article

2023

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titre

Accelerated sodium MRI using undersampled 3D SPARKLING at 7T

auteur

Renata Porciuncula Baptista, Mathieu Naudin, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Franck Mauconduit, Alexa Haeger, Sandro Romanzetti, Marc Lapert, Philippe Ciuciu, Cécile Rabrait-Lerman, Remy Guillevin, Alexandre Vignaud, Fawzi Boumezbeur

article

2023

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2022

Journal articles

titre

Empirical facts from search for replicable associations between cortical thickness and psychometric variables in healthy adults

auteur

Shahrzad Kharabian Masouleh, Simon B Eickhoff, Somayeh Maleki Balajoo, Eliana Nicolaisen-Sobesky, Bertrand Thirion, Sarah Genon

article

Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.13286. ⟨10.1038/s41598-022-17556-7⟩

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titre

Comprehensive decoding mental processes from Web repositories of functional brain images

auteur

Romuald Menuet, Raphael Meudec, Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Scientific Reports, 2022, 12 (7050), ⟨10.1038/s41598-022-10710-1⟩

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titre

A large, curated, open-source stroke neuroimaging dataset to improve lesion segmentation algorithms

auteur

Sook-Lei Liew, Bethany Lo, Miranda Donnelly, Artemis Zavaliangos-Petropulu, Jessica Jeong, Giuseppe Barisano, Alexandre Hutton, Julia Simon, Julia Juliano, Anisha Suri, Zhizhuo Wang, Aisha Abdullah, Jun Kim, Tyler Ard, Nerisa Banaj, Michael Borich, Lara Boyd, Amy Brodtmann, Cathrin Buetefisch, Lei Cao, Jessica Cassidy, Valentina Ciullo, Adriana Conforto, Steven Cramer, Rosalia Dacosta-Aguayo, Ezequiel de la Rosa, Martin Domin, Adrienne Dula, Wuwei Feng, Alexandre Franco, Fatemeh Geranmayeh, Alexandre Gramfort, Chris Gregory, Colleen Hanlon, Brenton Hordacre, Steven Kautz, Mohamed Salah Khlif, Hosung Kim, Jan Kirschke, Jingchun Liu, Martin Lotze, Bradley Macintosh, Maria Mataró, Feroze Mohamed, Jan Nordvik, Gilsoon Park, Amy Pienta, Fabrizio Piras, Shane Redman, Kate Revill, Mauricio Reyes, Andrew Robertson, Na Jin Seo, Surjo Soekadar, Gianfranco Spalletta, Alison Sweet, Maria Telenczuk, Gregory Thielman, Lars Westlye, Carolee Winstein, George Wittenberg, Kristin Wong, Chunshui Yu

article

Scientific Data , 2022, 9 (1), pp.320. ⟨10.1038/s41597-022-01401-7⟩

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titre

Data augmentation for learning predictive models on EEG: a systematic comparison

auteur

Cédric Rommel, Joseph Paillard, Thomas Moreau, Alexandre Gramfort

article

Journal of Neural Engineering, 2022, 19 (6), ⟨10.1088/1741-2552/aca220⟩

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titre

A reusable benchmark of brain-age prediction from M/EEG resting-state signals

auteur

Denis Engemann, Apolline Mellot, Richard Höchenberger, Hubert Banville, David Sabbagh, Lukas Gemein, Tonio Ball, Alexandre Gramfort

article

NeuroImage, 2022, 262, pp.119521. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119521⟩

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titre

Wavelets in the deep learning era

auteur

Zaccharie Ramzi, Kevin Michalewicz, Jean-Luc Starck, Thomas Moreau, Philippe Ciuciu

article

Journal of Mathematical Imaging and Vision, 2022, 65, ⟨10.1007/s10851-022-01123-w⟩

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Predicting future cognitive decline from non-brain and multimodal brain imaging data in healthy and pathological aging

auteur

Bruno Hebling Vieira, Franziskus Liem, Kamalaker Dadi, Denis Engemann, Alexandre Gramfort, Pierre Bellec, Richard Cameron Craddock, Jessica Damoiseaux, Christopher Steele, Tal Yarkoni, Nicolas Langer, Daniel Margulies, Gaël Varoquaux

article

Neurobiology of Aging, 2022, 118, pp.55-65. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2022.06.008⟩

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titre

Deep Recurrent Encoder: an end-to-end network to model magnetoencephalography at scale

auteur

Omar Chehab, Alexandre Défossez, Loiseau Jean-Christophe, Alexandre Gramfort, Jean-Rémi King

article

Neurons, Behavior, Data analysis, and Theory, 2022, ⟨10.51628/001c.38668⟩

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Deep language algorithms predict semantic comprehension from brain activity

auteur

Charlotte Caucheteux, Alexandre Gramfort, Jean-Rémi King

article

Scientific Reports, 2022, ⟨10.1038/s41598-022-20460-9⟩

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Optimizing full 3D SPARKLING trajectories for high-resolution T2*-weighted Magnetic Resonance Imaging

auteur

Chaithya Giliyar Radhakrishna, Pierre Weiss, Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2022, 41 (8), pp.2105-2117. ⟨10.1109/TMI.2022.3157269⟩

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Iterative static $\Delta$B0 field map estimation for off-resonance correction in non-Cartesian susceptibility weighted imaging

auteur

Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Boris Mailhé, Mariappan Nadar, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

Magnetic Resonance in Medicine, In press, 88 (4), pp.1592-1607. ⟨10.1002/mrm.29297⟩

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Inverting brain grey matter models with likelihood-free inference: a tool for trustable cytoarchitecture measurements

auteur

Maëliss Jallais, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Alexandre Gramfort, Demian Wassermann

article

Journal of Machine Learning for Biomedical Imaging, 2022, pp.1-27. ⟨10.48550/arXiv.2111.08693⟩

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Editorial: From Raw MEG/EEG to Publication: How to Perform MEG/EEG Group Analysis With Free Academic Software

auteur

Arnaud Delorme, Robert Oostenveld, Francois Tadel, Alexandre Gramfort, Srikantan Nagarajan, Vladimir Litvak

article

Frontiers in Neuroscience, 2022, 16, pp.854471. ⟨10.3389/fnins.2022.854471⟩

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How to remove or control confounds in predictive models, with applications to brain biomarkers

auteur

Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Michael Milham, Bertrand Thirion

article

GigaScience, 2022, 11, ⟨10.1093/gigascience/giac014⟩

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titre

The effects of repeated brain MRI on chromosomal damage

auteur

Cecile Herate, Patricia Brochard, Florent de Vathaire, Michelle Ricoul, Bernadette Martins, Laurence Laurier, Jean-Robert Deverre, Bertrand Thirion, Lucie Hertz-Pannier, Laure Sabatier

article

European Radiology Experimental, 2022, 6 (12), ⟨10.1186/s41747-022-00264-2⟩

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titre

Network-level prediction of set-shifting deterioration after lower-grade glioma resection

auteur

Sofiane Mrah, Maxime Descoteaux, Michel Wager, Arnaud Boré, François Rheault, Bertrand Thirion, Emmanuel Mandonnet

article

Journal of Neurosurgery, 2022, pp.1-9. ⟨10.3171/2022.1.JNS212257⟩

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Intracranial Electrode Location and Analysis in MNE-Python

auteur

Alexander Rockhill, Eric Larson, Brittany Stedelin, Alessandra Mantovani, Ahmed Raslan, Alexandre Gramfort, Nicole Swann

article

Journal of Open Source Software, 2022, 7 (70), pp.3897. ⟨10.21105/joss.03897⟩

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NC-PDNet: a Density-Compensated Unrolled Network for 2D and 3D non-Cartesian MRI Reconstruction

auteur

Zaccharie Ramzi, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Jean-Luc Starck, Philippe Ciuciu

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2022, ⟨10.1109/TMI.2022.3144619⟩

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Synthetic FLAIR as a Substitute for FLAIR Sequence in Acute Ischemic Stroke

auteur

Joseph Benzakoun, Marc-Antoine Deslys, Laurence Legrand, Ghazi Hmeydia, Guillaume Turc, Wagih Ben Hassen, Sylvain Charron, Clément Debacker, Olivier Naggara, Jean-Claude Baron, Bertrand Thirion, Catherine Oppenheim

article

Radiology, 2022, pp.211394. ⟨10.1148/radiol.211394⟩

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Scalable Query Answering under Uncertainty to Neuroscientific Ontological Knowledge: The NeuroLang Approach

auteur

Gaston E Zanitti, Yamil Soto, Valentin Iovene, Maria Vanina Martinez, Ricardo O Rodriguez, Gerardo I Simari, Demian Wassermann

article

Neuroinformatics, 2022, ⟨10.3389/fninf.2014.00014⟩

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Notip: Non-parametric True Discovery Proportion control for brain imaging

auteur

Alexandre Blain, Bertrand Thirion, Pierre Neuvial

article

NeuroImage, 2022, 260, pp.119492. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119492⟩

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Foundational number sense training gains are predicted by hippocampal–parietal circuits

auteur

Hyesang Chang, Lang Chen, Yuan Zhang, Ye Xie, Carlo de Los Angeles, Emma Adair, Gaston Zanitti, Demian Wassermann, Miriam Rosenberg-Lee, Vinod Menon

article

Journal of Neuroscience, 2022, 42 (19), pp.JN-RM-1005-21. ⟨10.1523/JNEUROSCI.1005-21.2022⟩

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Meta-Analysis of the Functional Neuroimaging Literature with Probabilistic Logic Programming

auteur

Majd Abdallah, Valentin Iovene, Gaston Zanitti, Demian Wassermann

article

Scientific Reports, 2022, ⟨10.1038/s41598-022-21801-4⟩

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Functional gradients in the human lateral prefrontal cortex revealed by a comprehensive coordinate-based meta-analysis

auteur

Majd Abdallah, Gaston Zanitti, Valentin Iovene, Demian Wassermann

article

eLife, In press, ⟨10.7554/eLife.76926⟩

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Deep learning-assisted model-based off-resonance correction for non-Cartesian SWI

auteur

Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Boris Mailhé, Mariappan Nadar, Blanche Bapst, Alain Luciani, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

Magnetic Resonance in Medicine, 2022, 90 (4), pp.1431-1445. ⟨10.1002/mrm.29738⟩

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Conference papers

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Toward a realistic model of speech processing in the brain with self-supervised learning

auteur

Juliette Millet, Charlotte Caucheteux, Pierre Orhan, Yves Boubenec, Alexandre Gramfort, Christophe C Pallier, Ewan Dunbar, Jean-Rémi King

article

NeurIPS 2022 – 36th Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New Orleans, United States

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Aligning individual brains with Fused Unbalanced Gromov-Wasserstein

auteur

Alexis Thual, Huy Tran, Tatiana Zemskova, Nicolas Courty, Rémi Flamary, Stanislas Dehaene, Bertrand Thirion

article

NeurIPS 2022 – Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New-Orlean, France

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Validation Diagnostics for SBI algorithms based on Normalizing Flows

auteur

Julia Linhart, Alexandre Gramfort, Pedro Luiz Coelho Rodrigues

article

NeurIPS 2022 – the 36th conference on Neural Information Processing Systems – Machine Learning and the Physical Sciences workshop, Nov 2022, New Orleans, United States. pp.1-7

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titre

A Conditional Randomization Test for Sparse Logistic Regression in High-Dimension

auteur

Binh T. Nguyen, Bertrand Thirion, Sylvain Arlot

article

NeurIPS 2022, Nov 2022, New Orleans, United States

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Deep invariant networks with differentiable augmentation layers

auteur

Cédric Rommel, Thomas Moreau, Alexandre Gramfort

article

Thirty-sixth Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New Orleans, United States

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titre

Wrong HAL Entry

auteur

Juliette Millet, Charlotte Caucheteux, Pierre Orhan, Yves Boubenec, Alexandre Gramfort, Jean-Rémi King, Ewan Dunbar, Christophe C Pallier

article

NeurIPS 2022 – Thirty-sixth Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New Orleans, United States

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titre

A framework for bilevel optimization that enables stochastic and global variance reduction algorithms

auteur

Mathieu Dagréou, Pierre Ablin, Samuel Vaiter, Thomas Moreau

article

Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS), Nov 2022, New Orleans, United States

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titre

Benchopt: Reproducible, efficient and collaborative optimization benchmarks

auteur

Thomas Moreau, Mathurin Massias, Alexandre Gramfort, Pierre Ablin, Pierre-Antoine Bannier, Benjamin Charlier, Mathieu Dagréou, Tom Dupré La Tour, Ghislain Durif, Cassio F. Dantas, Quentin Klopfenstein, Johan Larsson, En Lai, Tanguy Lefort, Benoit Malézieux, Badr Moufad, Binh T Nguyen, Alain Rakotomamonjy, Zaccharie Ramzi, Joseph Salmon, Samuel Vaiter

article

NeurIPS 2022 – 36th Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, La Nouvelle Orléans, United States

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titre

Neural Posterior Estimation of hierarchical models in neuroscience

auteur

Julia Linhart, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Thomas Moreau, Gilles Louppe, Alexandre Gramfort

article

GRETSI 2022 – XXVIIIème Colloque Francophone de Traitement du Signal et des Images, Sep 2022, Nancy, France. pp.1-3

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The Optimal Noise in Noise-Contrastive Learning Is Not What You Think

auteur

Omar Chehab, Alexandre Gramfort, Aapo Hyvärinen

article

UAI 2022 – 38th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence, Aug 2022, Eindhoven, Netherlands

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Towards Heterogeneous Data Integration: The NeuroLang Approach

auteur

Gastón E Zanitti, Majd Abdallah, Demian Wassermann

article

OHBM 2022 – Organization for Human Brain Mapping, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom

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3D-SPARKLING for functional MRI: A pilot study for retinotopic mapping at 7T

auteur

Zaineb Amor, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Bertrand Thirion, Franck Mauconduit, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud

article

OHBM 2022, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom

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MORE-SPARKLING: non-cartesian trajectories with minimized off-resonance effects

auteur

Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Boris Mailhé, Mariappan Nadar, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB & ISMRT 31st Annual Meeting, May 2022, London, United Kingdom

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Prospects of non-Cartesian 3D-SPARKLING encoding for functional MRI: A preliminary case study for retinotopic mapping

auteur

Zaineb Amor, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Bertrand Thirion, Franck Mauconduit, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud

article

Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB & ISMRT 31st Annual Meeting, May 2022, London, United Kingdom

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titre

B0 field distortions monitoring and correction for 3D non-Cartesian fMRI acquisitions using a field camera: Application to 3D-SPARKLING at 7T

auteur

Zaineb Amor, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Caroline Le Ster, Guillaume Daval-Frérot, Nicolas Boulant, Franck Mauconduit, Christian Mirkes, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud

article

Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB & ISMRT 31st Annual Meeting, May 2022, London, United Kingdom

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titre

SHINE: SHaring the INverse Estimate from the forward pass for bi-level optimization and implicit models

auteur

Zaccharie Ramzi, Florian Mannel, Shaojie Bai, Jean-Luc Starck, Philippe Ciuciu, Thomas Moreau

article

ICLR 2022 – International Conference on Learning Representations, Apr 2022, Virtual, United States

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titre

CADDA: Class-wise automatic differentiable data augmentation for EEG signals

auteur

Cédric Rommel, Thomas Moreau, Joseph Paillard, Alexandre Gramfort

article

ICLR 2022 – Tenth International Conference on Learning Representations, Apr 2022, Virtual event, France

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titre

Hybrid learning of Non-Cartesian k-space trajectory and MR image reconstruction networks

auteur

Chaithya Giliyar Radhakrishna, Zaccharie Ramzi, Philippe Ciuciu

article

ISBI 2022 – IEEE 19th International Symposium on Biomedical Imaging, IEEE, Mar 2022, Kolkata, India

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titre

MC-PDNET: Deep unrolled neural network for multi-contrast mr image reconstruction from undersampled k-space data

auteur

Kumari Pooja, Zaccharie Ramzi, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Philippe Ciuciu

article

ISBI 2022 – IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2022, IEEE, Mar 2022, Kolkata, India

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Poster communications

titre

Benchmarking learned non-Cartesian k-space trajectories and reconstruction networks

auteur

Chaithya Giliyar Radhakrishna, Philippe Ciuciu

article

Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB & ISMRT 31st Annual Meeting, May 2022, London, United Kingdom

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Theses

titre

Advanced deep neural networks for MRI image reconstruction from highly undersampled data in challenging acquisition settings

auteur

Zaccharie Ramzi

article

Medical Imaging. Université Paris-Saclay, 2022. English. ⟨NNT : 2022UPAST025⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

Impact de la correction des imperfections $\Delta B_0$ sur les données IRMf collectées avec 3D-SPARKLING

auteur

Zaineb Amor, Caroline Le Ster, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Nicolas Boulant, Bertrand Thirion, Franck Mauconduit, Christian Mirkes, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud

article

2022

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titre

3D-SPARKLING en IRMf : Application à la rétinotopie

auteur

Zaineb Amor, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Bertrand Thirion, Franck Mauconduit, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud

article

2022

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titre

Parametric information geometry with the package Geomstats

auteur

Alice Le Brigant, Jules Deschamps, Antoine Collas, Nina Miolane

article

2022

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2021

Journal articles

titre

Spatially relaxed inference on high-dimensional linear models

auteur

Jérôme-Alexis Chevalier, Tuan-Binh Nguyen, Bertrand Thirion, Joseph Salmon

article

Statistics and Computing, 2021, 32 (83), ⟨10.1007/s11222-022-10139-6⟩

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titre

Predictive usefulness of RT-PCR testing in different patterns of Covid-19 symptomatology: analysis of a French cohort of 12,810 outpatients

auteur

Caroline Apra, Charlotte Caucheteux, Arthur Mensch, Jenny Mansour, Mélodie Bernaux, Agnès Dechartres, Xavier Lescure, Aurélien Dinh, Patrick Jourdain, Nicolas Paris, Alexandre Gramfort, Amélie Aime-Eusebi, Alexandre Bleibtreu, Laurène Deconinck, Christine Katlama, Josselin Lebel, Youri Yordanov, Yves Artigou, Amélie Banzet, Elodie Boucheron, Christiane Boudier, Edouard Buzenac, Marie-Claire Chapron, Dalhia Chekaoui, Laurent de Bastard, Erwan Debuc, Alexandre Grenier, Pierre-Etienne Haas, Julien Hody, Michèle Jarraya, Louis Lacaille, Aurélie Le Guern, Jeremy Leclert, Fanny Male, Jerome Marchand-Arvier, Emmanuel Martin-Blondet, Apolinne Nassour, Oussama Ourahou, Thomas Penn, Ambre Ribardière, Nicolas Robin, Camille Rouge, Nicolas Schmidt, Pascaline Villie

article

Scientific Reports, 2021, 11, pp.21233. ⟨10.1038/s41598-021-99991-6⟩

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2020

Journal articles

titre

Large-Scale Exome Sequencing Study Implicates Both Developmental and Functional Changes in the Neurobiology of Autism

auteur

F Kyle Satterstrom, Jack Kosmicki, Jiebiao Wang, Michael Breen, Silvia de Rubeis, Joon-Yong An, Minshi Peng, Ryan Collins, Jakob Grove, Lambertus Klei, Christine Stevens, Jennifer Reichert, Maureen Mulhern, Mykyta Artomov, Sherif Gerges, Brooke Sheppard, Xinyi Xu, Aparna Bhaduri, Utku Norman, Harrison Brand, Grace Schwartz, Rachel Nguyen, Elizabeth Guerrero, Caroline Dias, Catalina Betancur, Edwin Cook, Louise Gallagher, Michael Gill, James Sutcliffe, Audrey Thurm, Michael Zwick, Anders Børglum, Matthew State, A. Ercument Cicek, Michael Talkowski, David Cutler, Bernie Devlin, Stephan Sanders, Kathryn Roeder, Mark Daly, Joseph Buxbaum

article

Cell, 2020, 180 (3), pp.568-584.e23. ⟨10.1016/j.cell.2019.12.036⟩

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Software

titre

Benchopt

auteur

Thomas Moreau, Mathurin Massias, Alexandre Gramfort

article

2020, ⟨swh:1:dir:ad42344ce578e4957039a64829da8a534b99bb7f⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

Individual Brain Charting dataset extension, fourth release of high-resolution fMRI data for cognitive mapping

auteur

Juan Jesus Torre, Ana Luísa Pinho, Swetha Shankar, Alexis Amadon, Mani Saignavongs, Marcela Perrone-Bertolotti, Thomas Bazeille, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Chantal Ginisty, S Éverine Becuwe-Desmidt, Éverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Jean- Philippe Lachaux, Patrick G Bissett, Ayse Zeynep Enkavi, Ian Eisenberg, Russell Poldrack, Roberta Santoro, Elia Formisano, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion

article

2020

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2019

Journal articles

titre

SPARKLING: variable-density k-space filling curves for accelerated T 2 * -weighted MRI

auteur

Carole Lazarus, Pierre Weiss, Nicolas Chauffert, Franck Mauconduit, Loubna El Gueddari, Christophe Destrieux, Ilyess Zemmoura, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu

article

Magnetic Resonance in Medicine, 2019, 81 (6), pp.3643-3661. ⟨10.1002/mrm.27678⟩

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2013

Conference papers

titre

Regularized Spherical Polar Fourier Diffusion MRI with Optimal Dictionary Learning

auteur

Jian Cheng, Tianzi Jiang, Rachid Deriche, Shen Dinggang, Yap Pew-Thian

article

The 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Sep 2013, Nagoya, Japan. pp.639-646, ⟨10.1007/978-3-642-40811-3_80⟩

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