Publications

Publications HAL de la structure MIND

2024

Journal articles

titre
The Past, Present, and Future of the Brain Imaging Data Structure (BIDS)
auteur
Russell Poldrack, Christopher Markiewicz, Stefan Appelhoff, Yoni Ashar, Tibor Auer, Sylvain Baillet, Shashank Bansal, Leandro Beltrachini, Christian Benar, Giacomo Bertazzoli, Suyash Bhogawar, Ross Blair, Marta Bortoletto, Mathieu Boudreau, Teon Brooks, Vince Calhoun, Filippo Maria Castelli, Patricia Clement, Alexander Cohen, Julien Cohen-Adad, Sasha d’Ambrosio, Gilles de Hollander, María de la Iglesia-Vayá, Alejandro de la Vega, Arnaud Delorme, Orrin Devinsky, Dejan Draschkow, Eugene Paul Duff, Elizabeth Dupre, Eric Earl, Oscar Esteban, Franklin Feingold, Guillaume Flandin, Anthony Galassi, Giuseppe Gallitto, Melanie Ganz, Rémi Gau, James Gholam, Satrajit Ghosh, Alessio Giacomel, Ashley Gillman, Padraig Gleeson, Alexandre Gramfort, Samuel Guay, Giacomo Guidali, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Nell Hardcastle, Peer Herholz, Dora Hermes, Christopher Honey, Robert Innis, Horea-Ioan Ioanas, Andrew Jahn, Agah Karakuzu, David Keator, Gregory Kiar, Balint Kincses, Angela Laird, Jonathan Lau, Alberto Lazari, Jon Haitz Legarreta, Adam Li, Xiangrui Li, Bradley Love, Hanzhang Lu, Eleonora Marcantoni, Camille Maumet, Giacomo Mazzamuto, Steven Meisler, Mark Mikkelsen, Henk Mutsaerts, Thomas Nichols, Aki Nikolaidis, Gustav Nilsonne, Guiomar Niso, Martin Norgaard, Thomas Okell, Robert Oostenveld, Eduard Ort, Patrick Park, Mateusz Pawlik, Cyril Pernet, Franco Pestilli, Jan Petr, Christophe Phillips, Jean-Baptiste Poline, Luca Pollonini, Pradeep Reddy Raamana, Petra Ritter, Gaia Rizzo, Kay Robbins, Alexander Rockhill, Christine Rogers, Ariel Rokem, Chris Rorden, Alexandre M Routier, Jose Manuel Saborit-Torres, Taylor Salo, Michael Schirner, Robert Smith, Tamas Spisak, Julia Sprenger, Nicole Swann, Martin Szinte, Sylvain Takerkart, Bertrand Thirion, Adam Thomas, Sajjad Torabian, Gaël Varoquaux, Bradley Voytek, Julius Welzel, Martin Wilson, Tal Yarkoni, Krzysztof Gorgolewski
article
Imaging Neuroscience, 2024, 2, pp.1-19. ⟨10.1162/imag_a_00103⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04346097/file/imag_a_00103.pdf BibTex

Conference papers

titre
Achieving high temporal resolution using a sliding-window approach for SPARKLING fMRI data: A simulation study
auteur
Zaineb Amor, Pierre-Antoine Comby, Philippe Ciuciu, Vignaud Alexandre
article
ISMRM & ISMRT 2024 – Annual Meeting & Exhibition, ISMRM, May 2024, Singapore, Singapore
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04427082/file/Zaineb_ISMRM_2024.pdf BibTex
titre
A lower bound and a near-optimal algorithm for bilevel empirical risk minimization
auteur
Mathieu Dagréou, Thomas Moreau, Samuel Vaiter, Pierre Ablin
article
International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS), May 2024, Valencia, Spain. ⟨10.48550/arXiv.2302.08766⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04302861/file/56.pdf BibTex
titre
Variable importance in high-dimensional settings requires grouping
auteur
Ahmad Chamma, Bertrand Thirion, Denis Engemann
article
AAAI 2024 – The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04356917/file/AAAI_proceedings_Arxiv.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Diffusion posterior sampling for simulation-based inference in tall data settings
auteur
Julia Linhart, Gabriel Victorino Cardoso, Alexandre Gramfort, Sylvain Le Corff, Pedro Luiz Coelho Rodrigues
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04459545/file/DPS_for_SBI_HAL.pdf BibTex
titre
The largest EEG-based BCI reproducibility study for open science: the MOABB benchmark
auteur
Sylvain Chevallier, Igor Carrara, Bruno Aristimunha, Pierre Guetschel, Sara Sedlar, Bruna Junqueira Lopes, Sébastien Velut, Salim Khazem, Thomas Moreau
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://universite-paris-saclay.hal.science/hal-04537061/file/MOABB-arXiv.pdf BibTex
titre
SNAKE-fMRI: A modular fMRI data simulator from the space-time domain to k-space and back
auteur
Pierre-Antoine Comby, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04533862/file/main.pdf BibTex
titre
Improving Individual-Specific Functional Parcellation Through Transfer Learning
auteur
Alexandre Le Bris, Louis Rouillard, Demian Wassermann
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04506561/file/MICCAI24-2.pdf BibTex
titre
Weakly supervised covariance matrices alignment through Stiefel matrices estimation for MEG applications
auteur
Antoine Collas, Rémi Flamary, Alexandre Gramfort
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04422094/file/Mixing_model_Stiefel_Adaptation_Arxiv.pdf BibTex
titre
Covariance-Adaptive Least-Squares Algorithm for Stochastic Combinatorial Semi-Bandits
auteur
Julien Zhou, Pierre Gaillard, Thibaud Rahier, Houssam Zenati, Julyan Arbel
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04470568/file/main_hal.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Impact of B0 field imperfections correction on BOLD sensitivity in 3D‐SPARKLING fMRI data
auteur
Zaineb Amor, Caroline Le Ster, Chaithya Gr, Guillaume Daval-Frérot, Nicolas Boulant, Franck Mauconduit, Bertrand Thirion, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud
article
Magnetic Resonance in Medicine, 2023, ⟨10.1002/mrm.29943⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04363381/file/Main%20Document.pdf BibTex
titre
Information-Restricted Neural Language Models Reveal Different Brain Regions’ Sensitivity to Semantics, Syntax and Context
auteur
Alexandre Pasquiou, Yair Lakretz, Bertrand Thirion, Christophe Pallier
article
Neurobiology of Language, 2023, 4 (4), pp.611-636. ⟨10.1162/nol_a_00125⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04353489/file/final_version.pdf BibTex
titre
A simulation-driven supervised learning framework to estimate brain microstructure using diffusion MRI
auteur
Chengran Fang, Zheyi Yang, Demian Wassermann, Jing-Rebecca Li
article
Medical Image Analysis, 2023, 90, pp.102979. ⟨10.1016/j.media.2023.102979⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04254343/file/main_revise_v2.pdf BibTex
titre
Should one go for individual or group-level brain parcellations ? A deep-phenotyping benchmark
auteur
Bertrand Thirion, Himanshu Aggarwal, Ana Fernanda Ponce, Ana Luísa Pinho, Alexis Thual
article
Brain Structure and Function, 2023, ⟨10.1007/s00429-023-02723-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04331402/file/paper.pdf BibTex
titre
Harmonizing and aligning M/EEG datasets with covariance-based techniques to enhance predictive regression modeling
auteur
Apolline Mellot, Antoine Collas, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Denis Engemann, Alexandre Gramfort
article
Neuroscience Imaging, 2023, 1, pp.1-26. ⟨10.1162/imag_a_00040⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04328670/file/_REVISION_Aligning_MEEG_data_with_covariance_based_techniques_to_enhance_predictive_regression_modeling.pdf BibTex
titre
FastSRM: A fast, memory efficient and identifiable implementation of the shared response model
auteur
Hugo Richard, Bertrand Thirion
article
Aperture Neuro, 2023, ⟨10.52294/001c.87954⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04353509/file/87954-fastsrm-a-fast-memory-efficient-and-identifiable-implementation-of-the-shared-response-model.pdf BibTex
titre
Repurposing electroencephalogram monitoring of general anaesthesia for building biomarkers of brain ageing: an exploratory study
auteur
David Sabbagh, Jérôme Cartailler, Cyril Touchard, Jona Joachim, Alexandre Mebazaa, Fabrice Vallée, Étienne Gayat, Alexandre Gramfort, Denis A Engemann
article
British Journal of Anaesthesia open, 2023, 7, pp.100145. ⟨10.1016/j.bjao.2023.100145⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04191894/file/sabbagh23%20-%20bjao%20-%20repurposing%20electroencephalogram%20monitoring%20of%20general%20anaesthesia%20for%20building%20biomarkers%20of%20brain%20ageing%20an%20exploratory%20study%20%281%29.pdf BibTex
titre
Incorporating interface permeability into the diffusion MRI signal representation while using impermeable Laplace eigenfunctions
auteur
Zheyi Yang, Chengran Fang, Jing-Rebecca Li
article
Physics in Medicine and Biology, 2023, 68 (17), pp.175036. ⟨10.1088/1361-6560/acf022⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Brain criticality predicts individual levels of inter-areal synchronization in human electrophysiological data
auteur
Sheng H. Wang, Marco Fuscà, Felix Siebenhühner, Vladislav Myrov, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, J Matias Palva, Satu Palva
article
Nature Communications, 2023, 14 (4736), ⟨10.5061/dryad.vdncjsxzn⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Deep learning‐assisted model‐based off‐resonance correction for non‐Cartesian SWI
auteur
Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Boris Mailhé, Mariappan Nadar, Blanche Bapst, Alain Luciani, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
Magnetic Resonance in Medicine, 2023, 90 (4), pp.1431-1445. ⟨10.1002/mrm.29738⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Functional anomaly detection: a benchmark study
auteur
Guillaume Staerman, Eric Adjakossa, Pavlo Mozharovskyi, Vera Hofer, Jayant Sen Gupta, Stéphan Clémençon
article
International Journal of Data Science and Analytics, 2023, 16 (1), pp.101-117. ⟨10.1007/s41060-022-00366-5⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2201.05115 BibTex
titre
Improving spreading projection algorithm for rapid k‐space sampling trajectories through minimized off‐resonance effects and gridding of low frequencies
auteur
Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
Magnetic Resonance in Medicine, 2023, 90 (3), pp.1069-1085. ⟨10.1002/mrm.29702⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Modules in connectomes of phase-synchronization comprise anatomically contiguous, functionally related regions
auteur
Nitin Williams, Sheng Wang, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Satu Palva, Matias J. Palva
article
NeuroImage, 2023, 272, pp.120036. ⟨10.1016/j.neuroimage.2023.120036⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Evolution of synchronous female bilateral breast cancers and response to treatment
auteur
Anne-Sophie Hamy, Judith Abécassis, Keltouma Driouch, Lauren Darrigues, Mathias Vandenbogaert, Cecile Laurent, Francois Zaccarini, Benjamin Sadacca, Myriam Delomenie, Enora Laas, Odette Mariani, Thanh Lam, Beatriz Grandal, Marick Laé, Ivan Bieche, Sophie Vacher, Jean-Yves Pierga, Etienne Brain, Celine Vallot, Judicael Hotton, Wilfrid Richer, Dario Rocha, Zakia Tariq, Veronique Becette, Didier Meseure, Laetitia Lesage, Anne Vincent-Salomon, Natalie Filmann, Jenny Furlanetto, Sibylle Loibl, Elise Dumas, Joshua Waterfall, Fabien Reyal
article
Nature Medicine, 2023, ⟨10.1038/s41591-023-02216-8⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Evidence of a predictive coding hierarchy in the human brain listening to speech
auteur
Charlotte Caucheteux, Alexandre Gramfort, Jean-Rémi King
article
Nature Human Behaviour, 2023, ⟨10.1038/s41562-022-01516-2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04036331/file/s41562-022-01516-2%20%282%29.pdf BibTex
titre
On the statistics of brain/behavior associations
auteur
Bertrand Thirion
article
Aperture Neuro, 2023, ⟨10.52294/51f2e656-d4da-457e-851e-139131a68f14⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04353547/file/82039-on-the-statistics-of-brain-behavior-associations.pdf BibTex
titre
Fourier representation of the diffusion MRI signal using layer potentials
auteur
Chengran Fang, Demian Wassermann, Jing-Rebecca Li
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2023, 83 (1), pp.99-121. ⟨10.1137/21M1439572⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03940100/file/M143957.pdf BibTex
titre
Using convolutional dictionary learning to detect task-related neuromagnetic transients and ageing trends in a large open-access dataset
auteur
Lindsey Power, Cédric Allain, Thomas Moreau, Alexandre Gramfort, Timothy Bardouille
article
NeuroImage, 2023, 267, pp.119809. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119809⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Jointly Learning Non-Cartesian k-Space Trajectories and Reconstruction Networks for 2D and 3D MR Imaging through Projection
auteur
Chaithya Giliyar Radhakrishna, Philippe Ciuciu
article
Bioengineering, 2023, 10 (2), pp.158. ⟨10.3390/bioengineering10020158⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04370490/file/bioengineering-10-00158-v2.pdf BibTex
titre
PAVI: Plate-Amortized Variational Inference
auteur
Louis Rouillard, Alexandre Le Bris, Thomas Moreau, Demian Wassermann
article
Transactions on Machine Learning Research Journal, 2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03684389/file/ZXADya-1066_pavi_plate_amortized_variation.pdf BibTex

Conference papers

titre
Convolutional Monge Mapping Normalization for learning on sleep data
auteur
Theo Gnassounou, Rémi Flamary, Alexandre Gramfort
article
NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, Nouvelle Orléans, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04359792/file/2305.18831.pdf BibTex
titre
Statistically Valid Variable Importance Assessment through Conditional Permutations
auteur
Ahmad Chamma, Denis Engemann, Bertrand Thirion
article
NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans (Louisiana), United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04334161/file/NeurIPS_submission_supp.pdf BibTex
titre
L-C2ST: Local Diagnostics for Posterior Approximations in Simulation-Based Inference
auteur
Julia Linhart, Alexandre Gramfort, Pedro L C Rodrigues
article
NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans (LA), United States. pp.1-27, ⟨10.48550/arXiv.2306.03580⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04363348/file/2306.03580.pdf BibTex
titre
Non-Cartesian non-Fourier fmri imaging for high-resolution retinotopic mapping at 7 Tesla
auteur
Zaineb Amor, Pierre-Antoine Comby, Caroline Le Ster, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
CAMSAP 2023 – IEEE International Workshop on Computational Advances in Multi-Sensor Adaptive Processing, IEEE, Dec 2023, Los Suenos, Costa Rica
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04363378/file/IEEE_CAMSAP_2023%20%282%29.pdf BibTex
titre
False Discovery Proportion control for aggregated Knockoffs
auteur
Alexandre Blain, Bertrand Thirion, Olivier Grisel, Pierre Neuvial
article
NeurIPS 2023 – 37th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2023, New Orleans, United States. ⟨10.48550/arXiv.2310.10373⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04250621/file/2310.10373.pdf BibTex
titre
MultiView Independent Component Analysis with Delays
auteur
Ambroise Heurtebise, Pierre Ablin, Alexandre Gramfort
article
MLSP 2023 – 33rd IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing, Sep 2023, Rome, Italy
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04317549/file/MLSP_paper_standard_template.pdf BibTex
titre
Entropic Wasserstein component analysis
auteur
Antoine Collas, Titouan Vayer, Rémi Flamary, Arnaud Breloy
article
IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing (MLSP), Sep 2023, Rome, Italy
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04022713/file/otpca.pdf BibTex
titre
Novel SPD matrix representations considering cross-frequency coupling for EEG classification using Riemannian geometry
auteur
Maria Sayu Yamamoto, Apolline Mellot, Sylvain Chevallier, Fabien Lotte
article
EUSIPCO 2023 – The 31st European Signal Processing Conference, Sep 2023, Helsinki, Finland
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04131609/file/EUSIPCO2023_camera_ready.pdf BibTex
titre
Probing brain context-sensitivity with masked-attention generation
auteur
Alexandre Pasquiou, Yair Lakretz, Bertrand Thirion, Christophe Pallier
article
CCN 2023 – Conference on Cognitive Computational Neuroscience, Aug 2023, Oxford, United Kingdom. ⟨10.48550/arXiv.2305.13863⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04285201/file/2305.13863.pdf BibTex
titre
FaDIn: Fast Discretized Inference for Hawkes Processes with General Parametric Kernels
auteur
Guillaume Staerman, Cédric Allain, Alexandre Gramfort, Thomas Moreau
article
International Conference on Machine Learning, Jul 2023, Honololu, Hawaii, United States. pp.32575-32597
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2210.04635 BibTex
titre
Sliced-Wasserstein on Symmetric Positive Definite Matrices for M/EEG Signals
auteur
Clément Bonet, Benoît Malézieux, Alain Rakotomamonjy, Lucas Drumetz, Thomas Moreau, Matthieu Kowalski, Nicolas Courty
article
ICML 2023 – Fortieth International Conference on Machine Learning, Jul 2023, Honololu, United States. pp.1-29
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2303.05798 BibTex
titre
Impact of $\Delta \textrm{B}_0$ field imperfections correction on BOLD sensitivity in 3D-SPARKLING fMRI data
auteur
Zaineb Amor, Caroline Le Ster, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Bertrand Thirion, Nicolas Boulant, Franck Mauconduit, Mirkes Christian, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud
article
ISMRM & ISMRT 2023 – Annual Meeting & Exhibition – Annual Meeting of the International Society for Magnetic Resonance in Medicine, International Society for Magnetic Resonance in Medicine, Jun 2023, Toronto, Canada
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04052904/file/Zaineb_ISMRM_2023.pdf BibTex
titre
Denoising of FMRI volumes using local low rank methods
auteur
Pierre-Antoine Comby, Zaineb Amor, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
ISBI 2023 – International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2023, Carthagena de India, Colombia. pp.1-5, ⟨10.1109/ISBI53787.2023.10230489⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03895194/file/isbi2023_denoise.pdf BibTex

Book sections

titre
The Fisher-Rao geometry of CES distributions
auteur
Florent Bouchard, Arnaud Breloy, Antoine Collas, Alexandre Renaux, Guillaume Ginolhac
article
Springer. Elliptical Distributions in Signal Processing, In press
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04225646/file/main.pdf BibTex

Poster communications

titre
A Low-dimensional surface in Eigen Feature Space Characterizes an Interictal Continuum
auteur
Sheng H Wang, Morgane Marzulli, Paul Ferrari, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Satu Palva, Philippe Ciuciu, J Matias Palva
article
American Epilepsy Society Conference, Dec 2023, Orlando (FL), United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
Improving epileptogenic zone (EZ) classification by combining brain criticality and connectivity features
auteur
Sheng H. Wang, Paul Ferrari, Angel Hernandez, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Satu Palva, Philippe Ciuciu, J Matias Palva
article
International Society for the Advancement of Clinical Magnetoencephalography, May 2023, Osaka (JP), Japan
Accès au bibtex
BibTex

Reports

titre
Recommendations on “Grey-Zone Publishers
auteur
Frédéric Blanqui, Anne Canteaut, Hidde De Jong, Sébastien Imperiale, Nathalie Mitton, Guillaume Pallez, Xavier Pennec, Xavier Rival, Bertrand Thirion
article
Inria. 2023, pp.1-3
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04201298/file/CE_note-editeurs-douteux-EN.pdf BibTex
titre
Recommandations sur les « éditeurs de la zone grise »
auteur
Frédéric Blanqui, Anne Canteaut, Hidde de Jong, Sébastien Imperiale, Nathalie Mitton, Guillaume Pallez, Xavier Pennec, Xavier Rival, Bertrand Thirion
article
Inria. 2023, pp.1-3
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04001505/file/CE_note-editeurs-douteux.pdf BibTex

Theses

titre
A study of unrolled algorithms for dictionary learning and inverse problems, and contributions to M/EEG signal processing
auteur
Benoît Malézieux
article
Machine Learning [cs.LG]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG047⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-04325019/file/124935_MALEZIEUX_2023_archivage.pdf BibTex
titre
Deciphering the neural bases of language comprehension using latent linguistic representations
auteur
Alexandre Pasquiou
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG041⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-04165565/file/122406_PASQUIOU_2023_archivage.pdf BibTex
titre
Language representations in deep learning algorithms and the brain
auteur
Charlotte Caucheteux
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG031⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-04165471/file/130015_CAUCHETEUX_2023_diffusion.pdf BibTex
titre
Designing and learning non-Cartesian k-space sampling trajectories for accelerated 3D MRI
auteur
Chaithya Giliyar Radhakrishna
article
Medical Imaging. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPAST049⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-04166021/file/129778_GILIYAR_RADHAKRISHNA_2023_diffusion.pdf BibTex
titre
Development of a probabilistic domain-specific language for brain connectivity including heterogeneous knowledge representation
auteur
Gaston Ezequiel Zanitti
article
Logic in Computer Science [cs.LO]. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG022⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-04067126/file/121083_ZANITTI_2023_archivage.pdf BibTex
titre
Neuron modeling, Bloch-Torrey equation, and their application to brain microstructure estimation using diffusion MRI
auteur
Chengran Fang
article
Medical Imaging. Université Paris-Saclay, 2023. English. ⟨NNT : 2023UPASG010⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-04043104/file/122260_FANG_2023_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Altered Brain Dynamics in idiopathic REM sleep behavior disorder: Implications for a continuum from prodromal to overt alpha-synucleinopathies
auteur
M Roascio, Sh Wang, V Myrov, F Siebenhühner, R. Tro, P. Mattioli, F. Famà, S. Morbelli, M. Pardini, Jm Palva, D Arnaldi, G. Arnulfo
article
2023
Accès au bibtex
BibTex
titre
Neuronal Synchrony and Critical Bistability: Mechanistic Biomarkers for Localizing the Epileptogenic Network
auteur
Sheng Wang, Gabriele Arnulfo, Lino Nobili, Vladislav Myrov, Paul Ferrari, Philippe Ciuciu, Satu Palva, J Matias Palva
article
2023
Accès au bibtex
BibTex
titre
Non-cartesian 3D-SPARKLING vs cartesian 3D-EPI encoding schemes for functional magnetic resonance Imaging at 7 Tesla
auteur
Zaineb Amor, Philippe Ciuciu, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Franck Mauconduit, Bertrand Thirion, Alexandre Vignaud
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04350075/file/PONE_Non_Cartesian_3D_SPARKLING_vs_Cartesian_3D_EPI_encoding_schemes_for_functional_Magnetic_Resonance_Imaging_at_7_Tesla.pdf BibTex
titre
Meta-Prior: Meta learning for Adaptive Inverse Problem Solvers
auteur
Matthieu Terris, Thomas Moreau
article
2023
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2311.18710 BibTex
titre
Equivariant plug-and-play image reconstruction
auteur
Matthieu Terris, Thomas Moreau, Nelly Pustelnik, Julian Tachella
article
2023
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2312.01831 BibTex
titre
Continuous Evaluation of Denoising Strategies in Resting-State fMRI Connectivity Using fMRIPrep and Nilearn
auteur
Hao-Ting Wang, Steven L Meiseler, Hanad Sharmarke, Natasha Clarke, Nicolas Gensollen, Christopher J Markiewicz, François Paugam, Bertrand Thirion, Pierre Bellec
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04297325/file/2023.04.18.537240v3.full.pdf BibTex
titre
Constant or logarithmic regret in asynchronous multiplayer bandits
auteur
Hugo Richard, Etienne Boursier, Vianney Perchet
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04273108/file/2305.19691.pdf BibTex
titre
Individual Brain Charting third release, probing brain activity during Movie Watching and Retinotopic Mapping
auteur
Ana Luísa Pinho, Hugo Richard, Michael Eickenberg, Alexis Amadon, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Juan Jesús Torre, Swetha Shankar, Himanshu Aggarwal, Ana Fernanda Ponce, Alexis Thual, Thomas Chapalain, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04272993/file/data_paper3_hal.pdf BibTex
titre
Aligning individual brains with Fused Unbalanced Gromov-Wasserstein
auteur
Alexis Thual, Huy Tran, Tatiana Zemskova, Nicolas Courty, Rémi Flamary, Stanislas Dehaene, Bertrand Thirion
article
2023
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2206.09398 BibTex
titre
Covid-19 affects taste independently of smell: results from a combined chemosensory home test and online survey from a global cohort (N=10,953)
auteur
Ha Nguyen, Javier Albayay, Richard Höchenberger, Surabhi Bhutani, Sanne Boesveldt, Niko A. Busch, Ilja Croijmans, Keiland W. Cooper, Jasper H. B. de Groot, Michael C. Farruggia, Alexander W. Fjaeldstad, John E. Hayes, Thomas Hummel, Paule V. Joseph, Tatiana K. Laktionova, Thierry Thomas-Danguin, Maria G. Veldhuizen, Vera V. Voznessenskaya, Valentina Parma, M. Yanina Pepino, Kathrin Ohla
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04012100/file/nguyen_2023_preprint_medrxiv.pdf BibTex
titre
Accelerated sodium MRI using undersampled 3D SPARKLING at 7T
auteur
Renata Porciuncula Baptista, Mathieu Naudin, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Franck Mauconduit, Alexa Haeger, Sandro Romanzetti, Marc Lapert, Philippe Ciuciu, Cécile Rabrait-Lerman, Remy Guillevin, Alexandre Vignaud, Fawzi Boumezbeur
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03929787/file/Article_23Na_MRM.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Comprehensive decoding mental processes from Web repositories of functional brain images
auteur
Romuald Menuet, Raphael Meudec, Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Scientific Reports, 2022, 12 (7050), ⟨10.1038/s41598-022-10710-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03666470/file/article%20%281%29.pdf BibTex
titre
Empirical facts from search for replicable associations between cortical thickness and psychometric variables in healthy adults
auteur
Shahrzad Kharabian Masouleh, Simon B Eickhoff, Somayeh Maleki Balajoo, Eliana Nicolaisen-Sobesky, Bertrand Thirion, Sarah Genon
article
Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.13286. ⟨10.1038/s41598-022-17556-7⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04239274/file/s41598-022-17556-7.pdf BibTex
titre
A large, curated, open-source stroke neuroimaging dataset to improve lesion segmentation algorithms
auteur
Sook-Lei Liew, Bethany Lo, Miranda Donnelly, Artemis Zavaliangos-Petropulu, Jessica Jeong, Giuseppe Barisano, Alexandre Hutton, Julia Simon, Julia Juliano, Anisha Suri, Zhizhuo Wang, Aisha Abdullah, Jun Kim, Tyler Ard, Nerisa Banaj, Michael Borich, Lara Boyd, Amy Brodtmann, Cathrin Buetefisch, Lei Cao, Jessica Cassidy, Valentina Ciullo, Adriana Conforto, Steven Cramer, Rosalia Dacosta-Aguayo, Ezequiel de la Rosa, Martin Domin, Adrienne Dula, Wuwei Feng, Alexandre Franco, Fatemeh Geranmayeh, Alexandre Gramfort, Chris Gregory, Colleen Hanlon, Brenton Hordacre, Steven Kautz, Mohamed Salah Khlif, Hosung Kim, Jan Kirschke, Jingchun Liu, Martin Lotze, Bradley Macintosh, Maria Mataró, Feroze Mohamed, Jan Nordvik, Gilsoon Park, Amy Pienta, Fabrizio Piras, Shane Redman, Kate Revill, Mauricio Reyes, Andrew Robertson, Na Jin Seo, Surjo Soekadar, Gianfranco Spalletta, Alison Sweet, Maria Telenczuk, Gregory Thielman, Lars Westlye, Carolee Winstein, George Wittenberg, Kristin Wong, Chunshui Yu
article
Scientific Data , 2022, 9 (1), pp.320. ⟨10.1038/s41597-022-01401-7⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Data augmentation for learning predictive models on EEG: a systematic comparison
auteur
Cédric Rommel, Joseph Paillard, Thomas Moreau, Alexandre Gramfort
article
Journal of Neural Engineering, 2022, 19 (6), ⟨10.1088/1741-2552/aca220⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03853329/file/eeg_augmentations_comparison_clean.pdf BibTex
titre
A reusable benchmark of brain-age prediction from M/EEG resting-state signals
auteur
Denis Engemann, Apolline Mellot, Richard Höchenberger, Hubert Banville, David Sabbagh, Lukas Gemein, Tonio Ball, Alexandre Gramfort
article
NeuroImage, 2022, 262, pp.119521. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119521⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Wavelets in the deep learning era
auteur
Zaccharie Ramzi, Kevin Michalewicz, Jean-Luc Starck, Thomas Moreau, Philippe Ciuciu
article
Journal of Mathematical Imaging and Vision, 2022, 65, ⟨10.1007/s10851-022-01123-w⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03346892/file/learnlets_journal_paper.pdf BibTex
titre
Predicting future cognitive decline from non-brain and multimodal brain imaging data in healthy and pathological aging
auteur
Bruno Hebling Vieira, Franziskus Liem, Kamalaker Dadi, Denis Engemann, Alexandre Gramfort, Pierre Bellec, Richard Cameron Craddock, Jessica Damoiseaux, Christopher Steele, Tal Yarkoni, Nicolas Langer, Daniel Margulies, Gaël Varoquaux
article
Neurobiology of Aging, 2022, 118, pp.55-65. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2022.06.008⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Deep Recurrent Encoder: an end-to-end network to model magnetoencephalography at scale
auteur
Omar Chehab, Alexandre Défossez, Loiseau Jean-Christophe, Alexandre Gramfort, Jean-Rémi King
article
Neurons, Behavior, Data analysis, and Theory, 2022, ⟨10.51628/001c.38668⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03808304/file/chehab_nbdt_2022.pdf BibTex
titre
Deep language algorithms predict semantic comprehension from brain activity
auteur
Charlotte Caucheteux, Alexandre Gramfort, Jean-Rémi King
article
Scientific Reports, 2022, ⟨10.1038/s41598-022-20460-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03361426/file/Narratives_Understanding.pdf BibTex
titre
Optimizing full 3D SPARKLING trajectories for high-resolution T2*-weighted Magnetic Resonance Imaging
auteur
Chaithya Giliyar Radhakrishna, Pierre Weiss, Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03090471/file/2020_Full3D_SPARKLING.pdf BibTex
titre
Iterative static $\Delta$B0 field map estimation for off-resonance correction in non-Cartesian susceptibility weighted imaging
auteur
Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Boris Mailhé, Mariappan Nadar, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
Magnetic Resonance in Medicine, In press, 88 (4), pp.1592-1607. ⟨10.1002/mrm.29297⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Inverting brain grey matter models with likelihood-free inference: a tool for trustable cytoarchitecture measurements
auteur
Maëliss Jallais, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Alexandre Gramfort, Demian Wassermann
article
Journal of Machine Learning for Biomedical Imaging, 2022, pp.1-27. ⟨10.48550/arXiv.2111.08693⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03417406/file/main.pdf BibTex
titre
Editorial: From Raw MEG/EEG to Publication: How to Perform MEG/EEG Group Analysis With Free Academic Software
auteur
Arnaud Delorme, Robert Oostenveld, Francois Tadel, Alexandre Gramfort, Srikantan Nagarajan, Vladimir Litvak
article
Frontiers in Neuroscience, 2022, 16, ⟨10.3389/fnins.2022.854471⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
How to remove or control confounds in predictive models, with applications to brain biomarkers
auteur
Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Michael Milham, Bertrand Thirion
article
GigaScience, 2022, 11, ⟨10.1093/gigascience/giac014⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03607651/file/giac014.pdf BibTex
titre
The effects of repeated brain MRI on chromosomal damage
auteur
Cecile Herate, Patricia Brochard, Florent de Vathaire, Michelle Ricoul, Bernadette Martins, Laurence Laurier, Jean-Robert Deverre, Bertrand Thirion, Lucie Hertz-Pannier, Laure Sabatier
article
European Radiology Experimental, 2022, 6 (12), ⟨10.1186/s41747-022-00264-2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03599454/file/41747_2022_Article_264.pdf BibTex
titre
Network-level prediction of set-shifting deterioration after lower-grade glioma resection
auteur
Sofiane Mrah, Maxime Descoteaux, Michel Wager, Arnaud Boré, François Rheault, Bertrand Thirion, Emmanuel Mandonnet
article
Journal of Neurosurgery, 2022, pp.1-9. ⟨10.3171/2022.1.JNS212257⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Intracranial Electrode Location and Analysis in MNE-Python
auteur
Alexander Rockhill, Eric Larson, Brittany Stedelin, Alessandra Mantovani, Ahmed Raslan, Alexandre Gramfort, Nicole Swann
article
Journal of Open Source Software, 2022, 7 (70), pp.3897. ⟨10.21105/joss.03897⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
NC-PDNet: a Density-Compensated Unrolled Network for 2D and 3D non-Cartesian MRI Reconstruction
auteur
Zaccharie Ramzi, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Jean-Luc Starck, Philippe Ciuciu
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2022, ⟨10.1109/TMI.2022.3144619⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03188997/file/TMI_Density_compensated_unrolled_networks%20%287%29.pdf BibTex
titre
Synthetic FLAIR as a Substitute for FLAIR Sequence in Acute Ischemic Stroke
auteur
Joseph Benzakoun, Marc-Antoine Deslys, Laurence Legrand, Ghazi Hmeydia, Guillaume Turc, Wagih Ben Hassen, Sylvain Charron, Clément Debacker, Olivier Naggara, Jean-Claude Baron, Bertrand Thirion, Catherine Oppenheim
article
Radiology, 2022, pp.211394. ⟨10.1148/radiol.211394⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-03536623/file/Benzakoun%20et%20al.%20Radiology.%202022.pdf BibTex
titre
Notip: Non-parametric True Discovery Proportion control for brain imaging
auteur
Alexandre Blain, Bertrand Thirion, Pierre Neuvial
article
NeuroImage, 2022, 260, pp.119492. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119492⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03649114/file/Notip_v2.pdf BibTex
titre
Foundational number sense training gains are predicted by hippocampal–parietal circuits
auteur
Hyesang Chang, Lang Chen, Yuan Zhang, Ye Xie, Carlo de Los Angeles, Emma Adair, Gaston Zanitti, Demian Wassermann, Miriam Rosenberg-Lee, Vinod Menon
article
Journal of Neuroscience, 2022, 42 (19), pp.JN-RM-1005-21. ⟨10.1523/JNEUROSCI.1005-21.2022⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03670987/file/number%20sense%204wk%20prediction%20JN%20revision%202022-02-01.pdf BibTex
titre
Scalable Query Answering under Uncertainty to Neuroscientific Ontological Knowledge: The NeuroLang Approach
auteur
Gaston E Zanitti, Yamil Soto, Valentin Iovene, Maria Vanina Martinez, Ricardo O Rodriguez, Gerardo I Simari, Demian Wassermann
article
Neuroinformatics, 2022, ⟨10.3389/fninf.2014.00014⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03187887/file/Neuroinformatics___Neurolang.pdf BibTex
titre
Meta-Analysis of the Functional Neuroimaging Literature with Probabilistic Logic Programming
auteur
Majd Abdallah, Valentin Iovene, Gaston Zanitti, Demian Wassermann
article
Scientific Reports, 2022, ⟨10.1038/s41598-022-21801-4⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03590714/file/Manuscript.pdf BibTex
titre
Functional gradients in the human lateral prefrontal cortex revealed by a comprehensive coordinate-based meta-analysis
auteur
Majd Abdallah, Gaston Zanitti, Valentin Iovene, Demian Wassermann
article
eLife, In press, ⟨10.7554/eLife.76926⟩
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

titre
Toward a realistic model of speech processing in the brain with self-supervised learning
auteur
Juliette Millet, Charlotte Caucheteux, Pierre Orhan, Yves Boubenec, Alexandre Gramfort, Christophe C Pallier, Ewan Dunbar, Jean-Rémi King
article
NeurIPS 2022 – 36th Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New Orleans, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03808200/file/_neurips_2022__Charlotte_Juliette%20%284%29.pdf BibTex
titre
Aligning individual brains with Fused Unbalanced Gromov-Wasserstein
auteur
Alexis Thual, Huy Tran, Tatiana Zemskova, Nicolas Courty, Rémi Flamary, Stanislas Dehaene, Bertrand Thirion
article
NeurIPS 2022 – Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New-Orlean, France
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2206.09398 BibTex
titre
Deep invariant networks with differentiable augmentation layers
auteur
Cédric Rommel, Thomas Moreau, Alexandre Gramfort
article
Thirty-sixth Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New Orleans, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03691742/file/main.pdf BibTex
titre
A Conditional Randomization Test for Sparse Logistic Regression in High-Dimension
auteur
Binh T. Nguyen, Bertrand Thirion, Sylvain Arlot
article
NeurIPS 2022, Nov 2022, New Orleans, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03680792/file/large-crt-arxiv.pdf BibTex
titre
Validation Diagnostics for SBI algorithms based on Normalizing Flows
auteur
Julia Linhart, Alexandre Gramfort, Pedro Luiz Coelho Rodrigues
article
NeurIPS 2022 – the 36th conference on Neural Information Processing Systems – Machine Learning and the Physical Sciences workshop, Nov 2022, New Orleans, United States. pp.1-7
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03856444/file/NeurIPS_ML4PS_2022_ValDiagsSBI_arXivVersion.pdf BibTex
titre
A framework for bilevel optimization that enables stochastic and global variance reduction algorithms
auteur
Mathieu Dagréou, Pierre Ablin, Samuel Vaiter, Thomas Moreau
article
Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS), Nov 2022, New Orleans, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03562151/file/stochastic_bilevel_camera_ready.pdf BibTex
titre
Benchopt: Reproducible, efficient and collaborative optimization benchmarks
auteur
Thomas Moreau, Mathurin Massias, Alexandre Gramfort, Pierre Ablin, Pierre-Antoine Bannier, Benjamin Charlier, Mathieu Dagréou, Tom Dupré La Tour, Ghislain Durif, Cassio F Dantas, Quentin Klopfenstein, Johan Larsson, En Lai, Tanguy Lefort, Benoit Malézieux, Badr Moufad, Binh T Nguyen, Alain Rakotomamonjy, Zaccharie Ramzi, Joseph Salmon, Samuel Vaiter
article
NeurIPS 2022 – 36th Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New Orleans, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03830604/file/Benchopt_neurips_2022-1.pdf BibTex
titre
Wrong HAL Entry
auteur
Juliette Millet, Charlotte Caucheteux, Pierre Orhan, Yves Boubenec, Alexandre Gramfort, Jean-Rémi King, Ewan Dunbar, Christophe C Pallier
article
NeurIPS 2022 – Thirty-sixth Conference on Neural Information Processing Systems, Nov 2022, New Orleans, United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
Neural Posterior Estimation of hierarchical models in neuroscience
auteur
Julia Linhart, Pedro Luiz Coelho Rodrigues, Thomas Moreau, Gilles Louppe, Alexandre Gramfort
article
GRETSI 2022 – XXVIIIème Colloque Francophone de Traitement du Signal et des Images, Sep 2022, Nancy, France. pp.1-3
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03858828/file/Gretsi_2022_HNPE.pdf BibTex
titre
The Optimal Noise in Noise-Contrastive Learning Is Not What You Think
auteur
Omar Chehab, Alexandre Gramfort, Aapo Hyvärinen
article
UAI 2022 – 38th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence, Aug 2022, Eindhoven, Netherlands
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03808351/file/chehab_uai_2022.pdf BibTex
titre
Towards Heterogeneous Data Integration: The NeuroLang Approach
auteur
Gastón E Zanitti, Majd Abdallah, Demian Wassermann
article
OHBM 2022 – Organization for Human Brain Mapping, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03786717/file/OHBM_2022.pdf BibTex
titre
3D-SPARKLING for functional MRI: A pilot study for retinotopic mapping at 7T
auteur
Zaineb Amor, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Bertrand Thirion, Franck Mauconduit, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud
article
OHBM 2022, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03901259/file/OHBM_ZainebAmor2022.pdf BibTex
titre
Prospects of non-Cartesian 3D-SPARKLING encoding for functional MRI: A preliminary case study for retinotopic mapping
auteur
Zaineb Amor, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Bertrand Thirion, Franck Mauconduit, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud
article
Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB & ISMRT 31st Annual Meeting, May 2022, London, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03901204/file/ViewSub1_ZainebAmor.pdf BibTex
titre
MORE-SPARKLING: non-cartesian trajectories with minimized off-resonance effects
auteur
Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Boris Mailhé, Mariappan Nadar, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB & ISMRT 31st Annual Meeting, May 2022, London, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03923706/file/Abstract1435_ISMRM2022.pdf BibTex
titre
B0 field distortions monitoring and correction for 3D non-Cartesian fMRI acquisitions using a field camera: Application to 3D-SPARKLING at 7T
auteur
Zaineb Amor, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Caroline Le Ster, Guillaume Daval-Frérot, Nicolas Boulant, Franck Mauconduit, Christian Mirkes, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud
article
Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB & ISMRT 31st Annual Meeting, May 2022, London, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03901242/file/ViewSub2_ZainebAmor.pdf BibTex
titre
CADDA: Class-wise automatic differentiable data augmentation for EEG signals
auteur
Cédric Rommel, Thomas Moreau, Joseph Paillard, Alexandre Gramfort
article
ICLR 2022 – Tenth International Conference on Learning Representations, Apr 2022, Virtual event, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03483570/file/cadda.pdf BibTex
titre
SHINE: SHaring the INverse Estimate from the forward pass for bi-level optimization and implicit models
auteur
Zaccharie Ramzi, Florian Mannel, Shaojie Bai, Jean-Luc Starck, Philippe Ciuciu, Thomas Moreau
article
ICLR 2022 – International Conference on Learning Representations, Apr 2022, Virtual, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03246167/file/shine_iclr_2022.pdf BibTex
titre
Hybrid learning of Non-Cartesian k-space trajectory and MR image reconstruction networks
auteur
Chaithya Giliyar Radhakrishna, Zaccharie Ramzi, Philippe Ciuciu
article
ISBI 2022 – IEEE 19th International Symposium on Biomedical Imaging, IEEE, Mar 2022, Kolkata, India
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03394881/file/main.pdf BibTex
titre
MC-PDNET: Deep unrolled neural network for multi-contrast mr image reconstruction from undersampled k-space data
auteur
Kumari Pooja, Zaccharie Ramzi, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Philippe Ciuciu
article
ISBI 2022 – IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2022, IEEE, Mar 2022, Kolkata, India
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03389390/file/ISBI_KumariPooja.pdf BibTex

Poster communications

titre
Benchmarking learned non-Cartesian k-space trajectories and reconstruction networks
auteur
Chaithya Giliyar Radhakrishna, Philippe Ciuciu
article
Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB & ISMRT 31st Annual Meeting, May 2022, London, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03542931/file/main.pdf BibTex

Theses

titre
Advanced deep neural networks for MRI image reconstruction from highly undersampled data in challenging acquisition settings
auteur
Zaccharie Ramzi
article
Medical Imaging. Université Paris-Saclay, 2022. English. ⟨NNT : 2022UPAST025⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03623570/file/107723_RAMZI_2022_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
3D-SPARKLING en IRMf : Application à la rétinotopie
auteur
Zaineb Amor, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Bertrand Thirion, Franck Mauconduit, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03905991/file/ZainebAmor_3D-SPARKLINGenIRMf.pdf BibTex
titre
Impact de la correction des imperfections $\Delta B_0$ sur les données IRMf collectées avec 3D-SPARKLING
auteur
Zaineb Amor, Caroline Le Ster, Chaithya Giliyar Radhakrishna, Guillaume Daval-Frérot, Nicolas Boulant, Bertrand Thirion, Franck Mauconduit, Christian Mirkes, Philippe Ciuciu, Alexandre Vignaud
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03906004/file/ZainebAmor_Impactde%E2%88%86B0sur3D-SPARKLINGIRMf.pdf BibTex
titre
Deep learning-assisted model-based off-resonance correction for non-Cartesian susceptibility weighted imaging
auteur
Guillaume Daval-Frérot, Aurélien Massire, Boris Mailhé, Mariappan Nadar, Blanche Bapst, Alain Luciani, Alexandre Vignaud, Philippe Ciuciu
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03935487/file/main_manuscript.pdf BibTex
titre
Parametric information geometry with the package Geomstats
auteur
Alice Le Brigant, Jules Deschamps, Antoine Collas, Nina Miolane
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03862556/file/parametric-ig-geomstats.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
Spatially relaxed inference on high-dimensional linear models
auteur
Jérôme-Alexis Chevalier, Tuan-Binh Nguyen, Bertrand Thirion, Joseph Salmon
article
Statistics and Computing, 2021, 32 (83), ⟨10.1007/s11222-022-10139-6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03887430/file/2106.02590.pdf BibTex
titre
Predictive usefulness of RT-PCR testing in different patterns of Covid-19 symptomatology: analysis of a French cohort of 12,810 outpatients
auteur
Caroline Apra, Charlotte Caucheteux, Arthur Mensch, Jenny Mansour, Mélodie Bernaux, Agnès Dechartres, Xavier Lescure, Aurélien Dinh, Patrick Jourdain, Nicolas Paris, Alexandre Gramfort, Amélie Aime-Eusebi, Alexandre Bleibtreu, Laurène Deconinck, Christine Katlama, Josselin Lebel, Youri Yordanov, Yves Artigou, Amélie Banzet, Elodie Boucheron, Christiane Boudier, Edouard Buzenac, Marie-Claire Chapron, Dalhia Chekaoui, Laurent de Bastard, Erwan Debuc, Alexandre Grenier, Pierre-Etienne Haas, Julien Hody, Michèle Jarraya, Louis Lacaille, Aurélie Le Guern, Jeremy Leclert, Fanny Male, Jerome Marchand-Arvier, Emmanuel Martin-Blondet, Apolinne Nassour, Oussama Ourahou, Thomas Penn, Ambre Ribardière, Nicolas Robin, Camille Rouge, Nicolas Schmidt, Pascaline Villie
article
Scientific Reports, 2021, 11, pp.21233. ⟨10.1038/s41598-021-99991-6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03895166/file/s4159CollAl..pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Large-Scale Exome Sequencing Study Implicates Both Developmental and Functional Changes in the Neurobiology of Autism
auteur
F Kyle Satterstrom, Jack Kosmicki, Jiebiao Wang, Michael Breen, Silvia de Rubeis, Joon-Yong An, Minshi Peng, Ryan Collins, Jakob Grove, Lambertus Klei, Christine Stevens, Jennifer Reichert, Maureen Mulhern, Mykyta Artomov, Sherif Gerges, Brooke Sheppard, Xinyi Xu, Aparna Bhaduri, Utku Norman, Harrison Brand, Grace Schwartz, Rachel Nguyen, Elizabeth Guerrero, Caroline Dias, Catalina Betancur, Edwin Cook, Louise Gallagher, Michael Gill, James Sutcliffe, Audrey Thurm, Michael Zwick, Anders Børglum, Matthew State, A. Ercument Cicek, Michael Talkowski, David Cutler, Bernie Devlin, Stephan Sanders, Kathryn Roeder, Mark Daly, Joseph Buxbaum
article
Cell, 2020, 180 (3), pp.568-584.e23. ⟨10.1016/j.cell.2019.12.036⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-03135343/file/Satterstrom%202020.pdf BibTex

2013

Conference papers

titre
Regularized Spherical Polar Fourier Diffusion MRI with Optimal Dictionary Learning
auteur
Jian Cheng, Tianzi Jiang, Rachid Deriche, Shen Dinggang, Yap Pew-Thian
article
The 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Sep 2013, Nagoya, Japan. pp.639-646, ⟨10.1007/978-3-642-40811-3_80⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00824507/file/DL_SPFI_MICCAI.pdf BibTex

Comments are closed.