Publications

Publications HAL du labo/EPI 179586;260371;260374

2017

Conference papers

titre
Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid
auteur
Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, Sylvie Hudaverdian, Stéphanie Jaubert-Possamai, Nathalie Leterme-Prunier, Jacques Nicolas, Hervé Seitz, Anne Siegel, Sylvie Tanguy, Gael Le Trionnaire, Denis Tagu
article
10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States. 2017
typdoc
Conference papers
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2016

Journal articles

titre
Read mapping on de Bruijn graphs
auteur
Antoine Limasset, Bastien Cazaux, Eric Rivals, Pierre Peterlongo
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (1), <10.1186/s12859-016-1103-9>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01349636/file/RMDBG.pdf BibTex
titre
De novo transcriptome assembly of the grapevine phylloxera allows identification of genes differentially expressed between leaf- and root-feeding forms
auteur
Claude Rispe, Fabrice Legeai, Daciana Papura, Anthony Bretaudeau, Sylvie Hudaverdian, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu, Julie Jaquiéry, François Delmotte
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.219. <10.1186/s12864-016-2530-8>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01286528/file/12864_2016_Article_2530.pdf BibTex
titre
SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population
auteur
Gilles Boutet, Susete Alves Carvalho, Matthieu Falque, Pierre Peterlongo, Emeline Lhuillier, Olivier Bouchez, Clément Lavaud, Marie-Laure Pilet-Nayel, Nathalie Rivière, Alain Baranger
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.121. <10.1186/s12864-016-2447-2>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01275696/file/12864_2016_Article_2447.pdf BibTex
titre
Multiple comparative metagenomics using multiset k -mer counting
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
PeerJ Computer Science, 2016, 2, <10.7717/peerj-cs.94>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01397150/file/simka_revised_for_hal.pdf BibTex
titre
Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
auteur
Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 – i208. <10.1093/bioinformatics/btw279>
typdoc
Journal articles
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titre
Computational pan-genomics: status, promises and challenges
auteur
Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. De Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick De Ridder, Jeroen De Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, <10.1093/bib/bbw089>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01390478/file/Brief%20Bioinform-2016--bib-bbw089.pdf BibTex
titre
Genome sequence of the uncommon Streptococcus pyogenes M/emm66 strain STAB13021, isolated from clonal clustered cases in French Brittany
auteur
Alexandra Meygret, Vincent Pascal, Séverine Moullec, Jessica Nacazume, Yahia Adnani, Dominique Lavenier, Samer Kayal, Ahmad Faili
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2016, 4 (4), pp.e00689-16. <http://genomea.asm.org/content/4/4/e00689-16.short>. <10.1128/genomeA.00689-16>
typdoc
Journal articles
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titre
Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
auteur
Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves-Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
article
GigaScience, BioMed Central, 2016, 5 (1), <10.1186/s13742-015-0105-2>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01280238/file/colibread_galaxy.pdf BibTex
titre
SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
auteur
Hélène Lopez-Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2016, <10.1093/nar/gkw655>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01352586/file/Lopez-Maestre-2016.pdf BibTex
titre
Differential gene expression according to race and host plant in the pea aphid
auteur
Isobel Eyres, Julie Jaquiéry, Akiko Sugio, Ludovic Duvaux, Karim Gharbi, Jing-Jiang Zhou, Fabrice Legeai, Michaela Nelson, Jean-Christophe Simon, Carole M. Smadja, Roger Butlin, Julia Ferrari
article
Molecular Ecology, Wiley, 2016, 25 (17), pp.4197-4215. <10.1111/mec.13771>
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
DNA Mapping using Processor-in-Memory Architecture
auteur
Dominique Lavenier, Jean-Francois Roy, David Furodet
article
Workshop on Accelerator-Enabled Algorithms and Applications in Bioinformatics, Dec 2016, Shenzhen, China. 2016
typdoc
Conference papers
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01399997/file/PID4577775.pdf BibTex
titre
BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction
auteur
Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, Denis Tagu
article
XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States. XXVth International Congress of Entomology 2016, <http://ice2016orlando.org/>
typdoc
Conference papers
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titre
A New Approach to the Discretization of Multidimensional Scaling
auteur
Warley Gramacho, Antonio Mucherino, Jung-Hsin Lin, Carlile Lavor
article
IEEE Conference Proceedings of FedCSIS16, Sep 2016, Gandz, Poland. 2016, <https://fedcsis.org/2016/>
typdoc
Conference papers
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titre
InterCriteria Analysis of Ant Algorithm with Environment Change for GPS Surveying Problem
auteur
Stefka Fidanova, Olympia Roeva, Antonio Mucherino, K. Kapanova
article
Christo Dichev ; Gennady Agre 17th International Conference on Artificial Intelligence: Methodology Systems, Applications (AIMSA16), Sep 2016, Varna, Bulgaria. Springer, 9883, pp.271-278, Lecture Notes in Artificial Intelligence. <10.1007/978-3-319-44748-3_26>
typdoc
Conference papers
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titre
Global Optimization Methods for Genome Scaffolding
auteur
Sebastien François, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
article
12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics , Sep 2016, Toulouse, France. 2016, <http://cp2016.a4cp.org/program/workshops/ws-wcb16.html>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01385665/file/WCB16_paper_6.pdf BibTex
titre
Identifying Genetic Variant Combinations using Skypatterns
auteur
Hoang-Son Pham, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
article
7th International Workshop on Biological Knowledge Discovery and Data Mining (Workshop BIOKDD ’16 ), Sep 2016, Porto, Portugal. 2016, <http://www.dexa.org/biokdd2016>. <10.1109/DEXA.2016.13>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01385614/file/BioKDD2016.pdf BibTex
titre
A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics
auteur
Camille Marchet, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
article
Prageu Stringology Conference , Aug 2016, Prague, Czech Republic. <http://www.stringology.org/event/>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01386744/file/commet_linked_PSC2016.pdf BibTex

Book sections

titre
GPU-accelerated shortest paths computations for planar graphs
auteur
Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier, Rumen Andonov
article
Hamid Azad Advances in GPU Research and Practice , Elsevier, pp.774, 2016, 9780128037386 <https://www.elsevier.com/books/advances-in-gpu-research-and-practice/azad/978-0-12-803738-6>
typdoc
Book sections
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BibTex
titre
Introducing the Environment in Ant Colony Optimization
auteur
Antonio Mucherino, Stefka Fidanova, Maria Ganzha
article
Studies in Computational Intelligence, 655, Springer, pp.147-158, 2016, Recent Advances in Computational Optimization
typdoc
Book sections
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BibTex
titre
Genomics of Phenotypic plastity in Aphids
auteur
Jenn A. Brisson, Julie Jaquiéry, Fabrice Legeai, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
article
Henryk Czosnek; Murad Ghanim. Management of Insect Pests to Agriculture, Springer International Publishing, pp.65-96, 2016, 978-3-319-24049-7. <10.1007/978-3-319-24049-7_3>
typdoc
Book sections
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BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Lire les lectures : analyse de données de séquençage
auteur
Pierre Peterlongo
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université rennes1, 2016
typdoc
Habilitation à diriger des recherches
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https://hal.inria.fr/tel-01278275/file/HDR.pdf BibTex

Poster communications

titre
Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics
auteur
Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Melanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
article
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
typdoc
Poster communications
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BibTex
titre
Minimal perfect hash functions in large scale bioinformatics Problem
auteur
Antoine Limasset, Camille Marchet, Pierre Peterlongo, Lucie Bittner
article
JOBIM 2016, Jun 2016, Lyon, France
typdoc
Poster communications
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01341718/file/PosterJOBIM2016.pdf BibTex

Reports

titre
Evaluation des logiciels d’assemblage utilisant des lectures longues
auteur
Laurent Bouri, Dominique Lavenier
article
[Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes – Bretagne Atlantique. 2016
typdoc
Reports
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https://hal.inria.fr/hal-01282892/file/RR_Inria_5_1.pdf BibTex
titre
MAPPING on UPMEM
auteur
Dominique Lavenier, Charles Deltel, David Furodet, Jean-François Roy
article
[Research Report] RR-8923, INRIA. 2016, pp.17
typdoc
Reports
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01327511/file/RR-MAP_UPMEM_8923_June_2016.pdf BibTex
titre
BLAST on UPMEM
auteur
Dominique Lavenier, Charles Deltel, David Furodet, Jean-François Roy
article
[Research Report] RR-8878, INRIA Rennes – Bretagne Atlantique. 2016, pp.20
typdoc
Reports
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01294345/file/RR-BLAST_UPMEM_27_04_2016.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics
auteur
Camille Marchet, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
article
2016
typdoc
Preprints, Working Papers, …
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https://hal.inria.fr/hal-01322440/file/short_read_connectors.pdf BibTex
titre
Seamless Coarse Grained Parallelism Integration in Intensive Bioinformatics Workflows
auteur
Francois Moreews, Dominique Lavenier
article
2016
typdoc
Preprints, Working Papers, …
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https://hal.inria.fr/hal-00908842/file/seamless_draft.pdf BibTex
titre
Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
2016
typdoc
Preprints, Working Papers, …
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https://arxiv.org/pdf/1604.02412 BibTex

2015

Journal articles

titre
BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry
auteur
François Moreews, Olivier Sallou, Hervé Ménager, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Christophe Blanchet, Olivier Collin
article
F1000Research, Faculty of 1000, 2015, <10.12688/f1000research.7536.1>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01243520/file/bioshadock_final.pdf BibTex
titre
Automatic Classification of Protein Structure Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
auteur
Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Gunnar Klau, Mathilde Boudic-Jamin, Inken Wohlers
article
Algorithms, MDPI AG, 2015, 8 (4), <10.3390/a8040850>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01248543/file/algorithms-08-00850-v2.pdf BibTex
titre
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
auteur
Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida, Hélène Chiapello, Amal Hammani, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Marie-Noëlle Madec, Victoria Chuat, Gwenaël Jan, Pierre Peterlongo, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.35. <10.1186/s12864-015-1467-7>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01142363/file/s12864-015-1467-7.pdf BibTex
titre
All-Pairs Shortest Path Algorithms for Planar Graph for GPU-Accelerated Clusters
auteur
Hristo Djidjev, Guillaume Chapuis, Rumen Andonov, Sunil Thulasidasan, Dominique Lavenier
article
Journal of Parallel and Distributed Computing, Elsevier, 2015, 85, pp.91-103. <10.1016/j.jpdc.2015.06.008>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01235348/file/APSP-JPDC2.pdf BibTex
titre
Combining execution pipelines to improve parallel implementation of HMMER on FPGA
auteur
Naeem Abbas, Steven Derrien, Sanjay Rajopadhye, Patrice Quinton, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier
article
Microprocessors and Microsystems: Embedded Hardware Design (MICPRO), Elsevier, 2015, 39, pp.457-470. <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S014193311500085X>. <10.1016/j.micpro.2015.06.006>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Differential expression of the chemosensory transcriptome in two populations of the stemborer Sesamia nonagrioides
auteur
Nicolas Glaser, Aurore Gallot, Fabrice Legeai, Myriam Harry, Laure Kaiser, Bruno Le Ru, Paul-André Calatayud, Emmanuelle Jacquin-Joly
article
Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 2015, 65, pp.28-34. <10.1016/j.ibmb.2015.07.008>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Automatic Classification of Protein Structures Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
auteur
Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Klau Gunnar, Mathilde Le Boudic-Jamin, Inken Wohlers
article
Algorithms, MDPI AG, 2015, Special Issue Algorithmic Themes in Bioinformatics, Volume 8 (Issue 4), pp.20. < Giuseppe Lancia >. <10.3390/a8040850>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01250539/file/algorithms-4-850.pdf BibTex
titre
Reference-free compression of high throughput sequencing data with a probabilistic de Bruijn graph
auteur
Gaëtan Benoit, Claire Lemaitre, Dominique Lavenier, Erwan Drezen, Thibault Dayris, Raluca Uricaru, Guillaume Rizk
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (1), <10.1186/s12859-015-0709-7>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01214682/file/s12859-015-0709-7-1.pdf BibTex
titre
Assembler un génome sur un pico-ordinateur
auteur
Dominique Lavenier
article
Biofutur, Elsevier – Cachan : Lavoisier, 2015, 34 (363)
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Whole-genome re-sequencing of non-model organisms: lessons from unmapped reads
auteur
Anaïs Gouin, Fabrice Legeai, Pierre Nouhaud, Annabel Whibley, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
Heredity, Nature Publishing Group, 2015, 114, pp.494-501. <10.1038/hdy.2014.85>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01081094/file/Heredity_Gouin_preprint.pdf BibTex
titre
On the Representation of De Bruijn Graphs
auteur
Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Shaun Jackman, Jared T. Simpson, Paul Medvedev
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (5), pp.336 – 352. <10.1089/cmb.2014.0160>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Parallel Seed-Based Approach to Multiple Protein Structure Similarities Detection
auteur
Guillaume Chapuis, Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
article
Scientific Programming, IOS Press, 2015, 2015, <10.1155/2015/279715>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01235331/file/ppam2013_submission_241.pdf BibTex
titre
Identification of long non-coding RNAs in insects genomes
auteur
Fabrice Legeai, Thomas Derrien
article
Current Opinion in Insect Science, Elsevier, 2015, 7, pp.37 – 44. <10.1016/j.cois.2015.01.003>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
auteur
Pascaline Dumas, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre, Erwan Scaon, Marion Orsucci, Karine Labadie, Sylvie Gimenez, Anne Laure Clamens, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Jean-Marc Aury, Philippe Fournier, Gael Kergoat, Emmanuelle D’Alençon
article
Genetica, Springer Verlag, 2015, 143 (3), pp.305-316. <10.1007/s10709-015-9829-2>
typdoc
Journal articles
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01208780/file/Dumas%202015%20Genetica_%7B568C1922-7476-4C67-AE44-595F83C3FFFE%7D.pdf BibTex

Conference papers

titre
Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
auteur
Gaëtan Benoit
article
RCAM, Oct 2015, Paris, France
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01231795/file/2015_10_06_RCAM_Simka.pdf BibTex
titre
Ant Colony Optimization with Environment Changes: an Application to GPS Surveying
auteur
Antonio Mucherino, Stefka Fidanova, Maria Ganzha
article
Federated Conference on Computer Science and Iinformation Ssystems, Sep 2015, Lodz, Poland. 2015, IEEE conference proceedings
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
KLAST: fast and sensitive software to compare large genomic databanks on cloud
auteur
Ivaylo Petrov, Sébastien Brillet, Erwan Drezen, Sylvain Quiniou, L Antin, Patrick Durand, Dominique Lavenier
article
World Congress in Computer Science, Computer Engineering, and Applied Computing, Jul 2015, Las Vegas,, United States
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01235339/file/BioComp_BIC2743.pdf BibTex
titre
De novo detection of structure repeats in Proteins
auteur
Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov
article
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM , Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM à Clermont-Ferrand les 6-9 Juillet 2015
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01250541/file/kunoichi.pdf BibTex
titre
A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed
auteur
François Moreews, Olivier Sallou, Yvan Le Bras, Grosjean Marie, Cyril Monjeaud, Thomas A Darde, Olivier Collin, Christophe Blanchet
article
Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom. 2015, <http://gcc2015.tsl.ac.uk/>
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique
auteur
Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
article
IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Jun 2015, Rennes, France. pp.7, <https://colloque.inra.fr/in_ovive_2015>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01184903/file/bettembourg2015inovive.pdf BibTex
titre
Optimal Discretization Orders for Distance Geometry: a Theoretical Standpoint
auteur
Antonio Mucherino
article
LSSC2015 – Proceedings of Large Scale Scientific Computations, Jun 2015, Sozopol, Bulgaria. 2015, Lecture Notes in Computer Science
typdoc
Conference papers
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titre
Energy Modeling and Optimization for Tiled Nested-Loop Codes
auteur
Nirmal Prajapati, Waruna Ranasinghe, Vamsi Krishna Tandrapati, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sanjay Rajopadhye
article
Parallel and Distributed Processing Symposium Workshop (IPDPSW), May 2015, Hyderabad India. , pp.888 – 895 2015, Parallel and Distributed Processing Symposium Workshop (IPDPSW), 2015 IEEE International <10.1109/IPDPSW.2015.94>
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
A Pseudo de Bruijn Graph Representation for Discretization Orders for Distance Geometry
auteur
Antonio Mucherino
article
F. Ortuno; I. Rojas. Proceedings of IWBBIO15, May 2015, Granada, Spain. 9043, pp.514-523, 2015, Lectures Notes in Computer Science
typdoc
Conference papers
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titre
Discretization Orders and Distance Geometry
auteur
Antonio Mucherino
article
16ème conférence ROADEF :, Feb 2015, Marseille, France. 2015, Proceedings of ROADEF2015
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
The chemosensory transcriptome of the cotton leafworm Spodoptera littoralis
auteur
Emmanuelle Joly, Erwan Poivet, Aurore Gallot, Fabrice Legeai, Nicolas Montagné
article
24. Annual Meeting of the European-Chemoreception-Research-Organization (ECRO), 2015, NA, France. Oxford University Press, 40 (3), 2015, Chemical Senses
typdoc
Conference papers
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BibTex

Book sections

titre
Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
auteur
Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
article
David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, Humana Press – Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. <10.1007/978-1-4939-3167-5_17>
typdoc
Book sections
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https://hal.inria.fr/hal-01228488/file/plant_repeats_nicolas_finHAL.pdf BibTex
titre
Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming
auteur
Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
article
S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization
typdoc
Book sections
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Directions of work or proceedings

titre
Distance Geometry and Applications
auteur
Antonio Mucherino, Rosiane De Freitas, Carlile Lavor
article
special issue of Discrete Applied Mathematics, France. 197, 2015, <http://www.journals.elsevier.com/discrete-applied-mathematics/>
typdoc
Directions of work or proceedings
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Master thesis

titre
Test and Benchmarking of A New Scaffolding Methodology
auteur
Alexandrina Bodrug
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2015
typdoc
Master thesis
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https://hal.inria.fr/hal-01251303/file/Testing.pdf BibTex

Poster communications

titre
Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms
auteur
Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Emmanuelle D’Alençon, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
article
Genome Informatics, Oct 2015, Cold Spring Harbor Laboratory, United States. 2015
typdoc
Poster communications
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https://hal.inria.fr/hal-01231793/file/genome_informatics_gouin.pdf BibTex
titre
BGREAT: A De Bruijn graph read mapping tool
auteur
Antoine Limasset, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont ferrant, France
typdoc
Poster communications
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titre
Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. <http://www6.inra.fr/jobim2015>. <10.1093/Bioinforma-cs/btu406>
typdoc
Poster communications
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https://hal.inria.fr/hal-01180603/file/poster5.pdf BibTex
titre
VCF$\_$creator: Mapping and VCF Creation features in DiscoSnp++
auteur
Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
typdoc
Poster communications
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https://hal.inria.fr/hal-01176492/file/posterJOBIM29062015.pdf BibTex
titre
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of [i]Propionibacterium freudenreichii[/i]
auteur
Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Helene Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, V. Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwenael Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
article
JOBIM 16.Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 2015
typdoc
Poster communications
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BibTex
titre
Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms, a case study of the genomes of two Spodoptera frugiperda host strains
auteur
Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, K Labadie, Jean-Marc Aury, Emmanuelle D’Alençon, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
article
Arthropod Genomics 2015, Jun 2015, Manhattan (Kansas), United States. 2015
typdoc
Poster communications
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https://hal.inria.fr/hal-01240443/file/AGS15_poster.pdf BibTex

Theses

titre
Similarités et divergences, globales et locales entre structures protéiques
auteur
Mathilde Le Boudic-Jamin
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Rennes 1, 2015. Français
typdoc
Theses
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https://hal.inria.fr/tel-01250540/file/MLBJ.pdf BibTex
titre
Concevoir et partager des workflows d’analyse de données. Application aux traitements intensifs en bioinformatique
auteur
Francois Moreews
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. université de rennes 1, 2015. Français
typdoc
Theses
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https://hal.inria.fr/tel-01233191/file/these_francois_moreews_11_12_2015_final.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
MindTheGap: integrated detection and assembly of short and long insertions
auteur
Guillaume Rizk, Anaïs Gouin, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2014, 30 (24), pp.3451 – 3457. <10.1093/bioinformatics/btu545>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01081089/file/mindTheGap_preprint.pdf BibTex
titre
BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ
auteur
Anthony Bretaudeau, Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras, Fabrice Legeai, Olivier Collin
article
GigaScience, BioMed Central, 2014, 4, pp.22
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Reference-free detection of isolated SNPs
auteur
Raluca Uricaru, Guillaume Rizk, Vincent Lacroix, Elsa Quillery, Olivier Plantard, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2014, pp.e11. <10.1093/nar/gku1187>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01083715/file/discoSnp_NAR_2014.pdf https://hal.inria.fr/hal-01083715/file/discoSnp_NAR_add_file_2014.pdf BibTex
titre
On the Number of Realizations of Certain Henneberg Graphs arising in Protein Conformation
auteur
Leo Liberti, Benoît Masson, Jon Lee, Carlile Lavor, Antonio Mucherino
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2014, 165, pp.213-232. <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166218X13000449>
typdoc
Journal articles
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titre
Discretization Orders and Efficient Computation of Cartesian Coordinates for Distance Geometry
auteur
Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino
article
Optimization Letters, Springer Verlag, 2014, 8 (7), pp.2111-2125. <http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11590-014-0724-z>
typdoc
Journal articles
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titre
Euclidean Distance Geometry and Applications
auteur
Leo Liberti, Carlile Lavor, Nelson Maculan, Antonio Mucherino
article
SIAM Review, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2014, 56 (1), pp.3-69. <http://epubs.siam.org/doi/abs/10.1137/120875909>
typdoc
Journal articles
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titre
Discretization Orders for Protein Side Chains
auteur
Virginia Costa, Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Andrea Cassioli, Luiz Mariano Carvalho, Nelson Maculan
article
Journal of Global Optimization, Springer Verlag, 2014, 60 (2), pp.333-349
typdoc
Journal articles
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titre
Rime: Repeat identification
auteur
Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2014, 163 (3), pp.275-286. <10.1016/j.dam.2013.02.016>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00802023/file/federico2014.pdf BibTex
titre
Genetic Control of Contagious Asexuality in the Pea Aphid
auteur
Julie Jaquiéry, Solenn Stoeckel, Chloé Larose, Pierre Nouhaud, Claude Rispe, Lucie Mieuzet, Joël Bonhomme, Frédérique Mahéo, Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, Nathalie Prunier-Leterme, Denis Tagu, Jean-Christophe Simon
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2014, 10 (12), pp.e1004838. <10.1371/journal.pgen.1004838>
typdoc
Journal articles
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01093572/file/Jaquiery%26al2014Plos-Genetics.pdf BibTex
titre
Genome Sequence of Lactococcus lactis subsp. lactis bv. diacetylactis LD61.
auteur
Hélène Falentin, Delphine Naquin, Valentin Loux, Frédérique Barloy-Hubler, Pascal Loubière, Sebastien Nouaille, Dominique Lavenier, Pascal Le Bourgeois, Patrice François, Jacques Schrenzel, David Hernandez, Sergine Even, Yves Le Loir
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2014, 2 (1), pp.1. <10.1128/genomeA.01176-13>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Establishment and analysis of a reference transcriptome for Spodoptera frugiperda
auteur
Fabrice Legeai, Sylvie Gimenez, Bernard Duvic, Jean-Michel Escoubas, Anne-Sophie Gosselin Grenet, Florence Blanc, François Cousserans, Imène Séninet, Anthony Bretaudeau, Doriane Mutuel, Pierre-Alain Girard, Christelle Monsempes, Ghislaine Magdelenat, Frédérique Hilliou, René Feyereisen, Mylène Ogliastro, Anne-Nathalie Volkoff, Emmanuelle Jacquin-Joly, Emmanuelle D’Alençon, Nicolas Nègre, Philippe Fournier
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.704. <10.1186/1471-2164-15-704>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01058982/file/1471-2164-15-704.pdf BibTex
titre
GATB: Genome Assembly & Analysis Tool Box
auteur
Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2014, 30, pp.2959 – 2961. <10.1093/bioinformatics/btu406>
typdoc
Journal articles
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088571/file/GATB.pdf BibTex

Conference papers

titre
COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
auteur
Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom. 2014
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01080050/file/commet_camera_ready.pdf BibTex
titre
Quality metrics for benchmarking sequences comparison tools
auteur
Erwan Drezen, Dominique Lavenier
article
Sérgio Campos. 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Honrizonte, Brazil. Springer, 8826, pp.144-153, Advances in Bioinformatics and Computational Biology Lecture Notes in Computer Science. <http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-12418-6_18>
typdoc
Conference papers
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088595/file/ISCB_2014.pdf BibTex
titre
An Adaptive Branching Scheme for the Branch & Prune Algorithm applied to Distance Geometry
auteur
Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
article
Federated Conference on Computer Science and Information Systems (FedCSIS14), Workshop on Computational Optimization (WCO14), Sep 2014, Warsaw, Poland. IEEE, pp.463-469, 2014, <http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=6933051&punumber%3D6923033%26sortType%3Dasc_p_Sequence%26filter%3DAND(p_IS_Number%3A6932982)%26pageNumber%3D3>
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment
auteur
Francois Moreews, Yvan Le Bras, Olivier Dameron, Cyril Monjeaud, Olivier Collin
article
Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States. 2014
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Exact Protein Structure Classification Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
auteur
Inken Wohlers, Mathilde Le Boudic-Jamin, Hristo Djidjev, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov
article
1st International Conference on Algorithms for Computational Biology, AlCoB 2014, Jul 2014, Tarragona, Spain. pp.262 – 273, 2014, <10.1007/978-3-319-07953-0_21>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01093803/file/dominance_k_NN_final.pdf BibTex
titre
Mapping-free and assembly-free discovery of inversion breakpoints from raw NGS reads
auteur
Claire Lemaitre, Liviu Ciortuz, Pierre Peterlongo
article
Adrian-Horia Dediu; Carlos Martín-Vide; Bianca Truthe. Algorithms for Computational Biology, Jul 2014, Tarragona, Spain. Lecture Notes in Computer Science, 8542, pp.119-130, 2014, <10.1007/978-3-319-07953-0_10>
typdoc
Conference papers
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01063157/file/Lemaitre2014_preprint.pdf BibTex
titre
Long non-­‐coding RNA in the pea aphid; identification and comparative expression in sexual and asexual embryos
auteur
Fabrice Legeai, Thomas Derrien, Valentin Wucher, David Audrey, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
article
Arthropod Genomics Symposium, Jun 2014, Urbana, United States. 8th annual Arthopod Genomics Symposium, 2014
typdoc
Conference papers
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01091304/file/abstract_ArthropodGenomics_final.pdf https://hal.inria.fr/hal-01091304/file/lncRNA_AG14.pdf BibTex
titre
Efficient Multi-GPU Algorithm for All-Pairs Shortest Paths
auteur
Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Rumen Andonov, Sunil Thulasidasan, Dominique Lavenier
article
IPDPS 2014, May 2014, Phoenix, United States. 2014
typdoc
Conference papers
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00905738/file/APSP_paper_merged.pdf BibTex

Book sections

titre
BetaMDGP: Protein Structure Determination Algorithm Based on the Beta-complex
auteur
Jeongyeon Seo, Jae-Kwan Kim, Joonghyun Ryu, Carlile Lavor, Antonio Mucherino, Deok-Soo Kim
article
M.L. Gavrilova; C.J.K. Tan. Transactions on Computational Science XXII, Lecture Notes in Computer Science (8360), Springer, pp.130-155, 2014, <http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-54212-1_7>
typdoc
Book sections
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BibTex

Master thesis

titre
Combinatorial Optimization for Fast Scaffolding
auteur
Ivaylo Petrov
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2014
typdoc
Master thesis
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https://hal.inria.fr/hal-01251290/file/mri20132014_submission_59.pdf BibTex

Poster communications

titre
GATB: Toolbox for developing efficient NGS software
auteur
Erwan Drezen, G Rizk, R Chikhi, Charles Deltel, C Lemaitre, P Peterlongo, D Lavenier
article
9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Honrizonte, Brazil
typdoc
Poster communications
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088828/file/BSB_Poster.pdf BibTex
titre
Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry
auteur
Douglas Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino
article
Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014
typdoc
Poster communications
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BibTex
titre
Challenges for Extending Discretizable Molecular Distance Geometry to Interval Data
auteur
Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino
article
Proceedings of Many Faces of Distances (MFD14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014
typdoc
Poster communications
Accès au bibtex
BibTex
titre
MindTheGap: integrated detection and assembly of short and long insertions
auteur
Guillaume Rizk, Anaïs Gouin, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre
article
European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. ECCB 2014, 2014
typdoc
Poster communications
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01087832/file/mtg_abstract_ECCB.pdf https://hal.inria.fr/hal-01087832/file/mtg_poster_ECCB.pdf BibTex
titre
Reference-free high-throughput SNP detection in pea: an example of discoSnp usage for a non-model complex genome
auteur
Susete Alves Carvalho, Raluca Uricaru, Jorge Duarte, Claire Lemaitre, Nathalie Rivière, Gilles Boutet, Alain Baranger, Pierre Peterlongo
article
ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
typdoc
Poster communications
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01091184/file/PosterECCB14_DiscoSnp.pdf BibTex
titre
Bloocoo, a memory efficient read corrector
auteur
Gaëtan Benoit, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre, Guillaume Rizk
article
European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. ECCB 2014, 2014
typdoc
Poster communications
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01092960/file/bloocoo_poster_ECCB.pdf https://hal.inria.fr/hal-01092960/file/bloocoo_abstract_ECCB.pdf BibTex
titre
Identification and correction of genome mis-assemblies due to heterozygosity
auteur
Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
article
European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. ECCB 2014, 2014
typdoc
Poster communications
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01092959/file/ECCB_poster_final.pdf https://hal.inria.fr/hal-01092959/file/adaspodo_abstract_ECCB.pdf BibTex
titre
SNP discovery in pea: a powerful tool for academic research and breeding
auteur
Gilles Boutet, J. Duarte, Susete Alves Carvalho, Clément Lavaud, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo, Marie-Laure Nayel, Alain Baranger, Nathalie Riviere
article
6. International Food Legumes Research Conference (IFLRC VI), Jul 2014, Saskatook, Canada. 2014
typdoc
Poster communications
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BibTex
titre
Speeding up NGS software development
auteur
Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
article
Sequencing, Finishing and Analysis in the Future Meeting, May 2014, Santa Fé, United States
typdoc
Poster communications
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088683/file/PosterSFAF.pdf BibTex
titre
KLAST: a new high-­performance sequence similarity search tool
auteur
Erwan Drezen, Patrick Durand, Dominique Lavenier
article
Bio-IT World Conference, Apr 2014, Boston, United States
typdoc
Poster communications
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088629/file/Klast_poster_final_HD2.pdf BibTex
titre
GATB: a software toolbox for genome assembly and analysis
auteur
Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
article
Bio-IT World Conference, Apr 2014, Boston, United States
typdoc
Poster communications
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088641/file/BioIT_poster_v1.1.1.pdf BibTex

Reports

titre
Exact Protein Structure Classification Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
auteur
Inken Wohlers, Mathilde Le Boudic-Jamin, Hristo Djidjev, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov
article
[Research Report] INRIA Rennes – Bretagne Atlantique and University of Rennes 1, France; Genome Informatics, University of Duisburg-Essen, Germany; Life Sciences, CWI, Science Park 123, 1098 XG Amsterdam, The Netherlands; Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM, USA. 2014, pp.262 – 273
typdoc
Reports
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01093776/file/report.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Parallel seed-based approach to multiple protein structure similarities detection
auteur
Guillaume Chapuis, Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
article
2014
typdoc
Preprints, Working Papers, …
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01093809/file/sp_main.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms
auteur
Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2013, <10.1111/1755-0998.12179>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Graphics Processing Unit-Accelerated Quantitative Trait Loci Detection
auteur
Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Dominique Lavenier, Jean Michel Elsen, Pascale Leroy
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2013, 20 (9), pp.672-686. <10.1089/cmb.2012.0136>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00903794/file/cmb2013.pdf BibTex
titre
Masculinization of the X Chromosome in the Pea Aphid
auteur
Julie Jaquiéry, Claude Rispe, Denis Roze, Fabrice Legeai, Gaël Le Trionnaire, Solenn Stoeckel, Lucie Mieuzet, Corinne Da Silva, Julie Poulain, Nathalie Prunier-Leterme, Béatrice Ségurens, Denis Tagu, Jean-Christophe Simon
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2013, 9 (8), pp.e1003690. <10.1371/journal.pgen.1003690>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00916967/file/journal.pgen.1003690.pdf BibTex
titre
DSK: k-mer counting with very low memory usage
auteur
Guillaume Rizk, Dominique Lavenier, Rayan Chikhi
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (5), pp.652-653. <10.1093/bioinformatics/btt020>
typdoc
Journal articles
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00778473/file/dsk_preprint.pdf BibTex
titre
A comparison of the olfactory gene repertoires of adults and larvae in the noctuid moth Spodoptera littoralis
auteur
Erwan Poivet, Aurore Gallot, Nicolas Montagné, Nicolas Glaser, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jacquin-Joly
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (4), pp.e60263. <10.1371/journal.pone.0060263>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Candidate chemosensory genes in the Stemborer Sesamia nonagrioides
auteur
Nicolas Glaser, Aurore Gallot, Fabrice Legeai, Nicolas Montagné, Erwan Poivet, Myriam Harry, Paul-André Calatayud, Emmanuelle Jacquin-Joly
article
Int J Biol Sci, Ivyspring, 2013, 9 (5), pp.481-95. <10.7150/ijbs.6109>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Draft Genome Sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii, Two Species of the Ear Canal of Caprinae
auteur
Emilie Dordet-Frisoni, Eric Baranowski, Aurélien Barré, Alain Blanchard, Marc Breton, Carole Couture, Virginie Dupuy, Patrice Gaurivaud, Daniel Jacob, Claire Lemaitre, Lucía Manso-Silván, Macha Nikolski, Laurent-Xavier Nouvel, François Poumarat, Pascal Sirand-Pugnet, Patricia Thébault, Sébastien Theil, François Thiaucourt, Christine Citti, Florence Tardy
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2013, 1 (3), epub ahead of print. <10.1128/genomeA.00280-13>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Draft Genome Sequences of Mycoplasma alkalescens, Mycoplasma arginini, and Mycoplasma bovigenitalium, Three Species with Equivocal Pathogenic Status for Cattle
auteur
Lucía Manso-Silván, Florence Tardy, Eric Baranowski, Aurélien Barré, Alain Blanchard, Marc Breton, Carole Couture, Christine Citti, Emilie Dordet-Frisoni, Virginie Dupuy, Patrice Gaurivaud, Daniel Jacob, Claire Lemaitre, Macha Nikolski, Laurent-Xavier Nouvel, François Poumarat, Patricia Thébault, Sébastien Theil, François Thiaucourt, Pascal Sirand-Pugnet
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2013, 1 (3), pp.e00348-13. <10.1128/genomeA.00348-13>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Complete Genome Sequence of Mycoplasma putrefaciens Strain 9231, One of the Agents of Contagious Agalactia in Goats
auteur
Virginie Dupuy, Pascal Sirand-Pugnet, Eric Baranowski, Aurélien Barré, Marc Breton, Carole Couture, Emilie Dordet-Frisoni, Patrice Gaurivaud, Daniel Jacob, Claire Lemaitre, Lucía Manso-Silván, Macha Nikolski, Laurent-Xavier Nouvel, François Poumarat, Florence Tardy, Patricia Thébault, Sébastien Theil, Christine Citti, Alain Blanchard, François Thiaucourt
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2013, 1 (3), pp.e00354-13. <10.1128/genomeA.00354-13>
typdoc
Journal articles
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titre
The interval Branch & Prune Algorithm for the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem with Inexact Distances
auteur
Carlile Lavor, Leo Liberti, Antonio Mucherino
article
Journal of Global Optimization, Springer Verlag, 2013, 56 (3), pp.855-871
typdoc
Journal articles
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titre
Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter
auteur
Rayan Chikhi, Guillaume Rizk
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2013, 8 (1), pp.22. <10.1186/1748-7188-8-22>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00868805/file/1748-7188-8-22.pdf BibTex
titre
DALIX: optimal DALI protein structure alignment
auteur
Inken Wohlers, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 10 (1), pp.20
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Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00685824/file/RR-7915.pdf BibTex

Conference papers

titre
Energy-based Pruning Devices for the BP algorithm for Distance Geometry
auteur
Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
article
Workshop on Computational Optimization, Sep 2013, Krakow, Poland. IEEE, pp.335-340, 2013
typdoc
Conference papers
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titre
Parallel seed-based approach to protein structure similarity detection
auteur
Guillaume Chapuis, Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
article
Roman Wyrzykowski. PPAM 2013, Sep 2013, Varsovie, Poland. Springer, 2013
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00881507/file/PPAM2013.pdf BibTex
titre
On the Identification of Discretization Orders for Distance Geometry with Intervals
auteur
Antonio Mucherino
article
Geometric Science of Information (GSI13), Aug 2013, Paris, France. Springer, pp.231-238, 2013, Lectures Notes in Computer Science
typdoc
Conference papers
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titre
Whole genome re-sequencing : lessons from unmapped reads
auteur
Anaïs Gouin, Pierre Nouhaud, Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. 2013
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00907446/file/jobim_2013.pdf BibTex
titre
A new Algorithm to Finding Discretizable Orderings for Distance Geometry
auteur
Warley Gramacho, Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino, Nelson Maculan
article
Distance Geometry and Applications (DGA13), Jun 2013, Manaus, Amazonas, Brazil. pp.149-152, 2013
typdoc
Conference papers
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titre
Adaptive Branching in iBP with Clifford Algebra
auteur
Rafael Alves, Andrea Cassioli, Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
article
Distance Geometry and Applications (DGA13), Jun 2013, Manaus, Amazonas, Brazil. pp.65-69, 2013
typdoc
Conference papers
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titre
On the Discretization of iDMDGP instances regarding Protein Side Chains with Rings
auteur
Virginia Costa, Antonio Mucherino, L.M. Carvalho, Nelson Maculan
article
Distance Geometry and Applications (DGA13), Jun 2013, Manaus, Amazonas, Brazil. pp.99-102, 2013
typdoc
Conference papers
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titre
FAssem : FPGA based Acceleration of De Novo Genome Assembly
auteur
Sharat Chandra Varma, Paul Kolin, M. Balakrishnan, Dominique Lavenier
article
Proceeding of The 21st Annual International IEEE Symposium on Field Programmable Custom Computing Machines, Apr 2013, Seattle, United States. pp.FCCM’2013, 2013
typdoc
Conference papers
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00829055/file/fassemv5-2.pdf BibTex
titre
Analyse de transcriptomes de foies de canards par séquençage d’ARN (RNA-Seq)
auteur
Christian Diot, Magalie Houee, Olivier Demeure, Elisabeth Baeza, Alain Vignal, Frederique Pitel, Christel Marie-Etancelin, Christèle Robert-Granie, Caroline Molette, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Nathalie Marsaud, Christophe Klopp, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
article
10. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2013, La Rochelle, France. ITAVI – Institut Technique de l’Aviculture, 2013
typdoc
Conference papers
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titre
AphidAtlas : avancées récentes
auteur
Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé
article
Uzest, M. Proceedings of BAPOA 2013 MOP. INRA, CIRAD Lavalette Campus Montpellier, France, 2013, Montpellier, France. 2013
typdoc
Conference papers
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Book sections

titre
Distance Geometry in Structural Biology
auteur
Thérèse E. Malliavin, Antonio Mucherino, Michael Nilges
article
Mucherino, Antonio and Lavor, Carlile and Liberti, Leo and Maculan, Nelson. Distance Geometry: Theory, Methods and Applications, Springer, pp.329-350, 2013
typdoc
Book sections
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titre
A VNS-based Heuristic for Feature Selection in Data Mining
auteur
Antonio Mucherino, Leo Liberti
article
Talbi, E-G. Hybrid Metaheuristics, Springer, pp.353-368, 2013
typdoc
Book sections
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titre
The Discretizable Molecular Distance Geometry Problem seems Easier on Proteins
auteur
Leo Liberti, Carlile Lavor, Antonio Mucherino
article
Mucherino, Antonio and Lavor, Carlile and Liberti, Leo and Maculan, Nelson. Distance Geometry: Theory, Methods and Applications, Springer, pp.47-60, 2013
typdoc
Book sections
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Books

titre
Distance Geometry: Theory, Methods and Applications
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
article
Springer, pp.410, 2013
typdoc
Books
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Documents associated with scientific events

titre
MINIA on a Raspberry Pi, Assembling a 100 Mbp Genome on a Credit Card Sized Computer
auteur
Guillaume Collet, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
article
JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. 2013
typdoc
Documents associated with scientific events
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https://hal.inria.fr/hal-00842027/file/13_Jobim.pdf BibTex

Reports

titre
Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
auteur
Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger, Christophe Godin, Clarisse Holik, Claude Kirchner, Diane Rives, Elodie Darquie, Erwan Kerrien, Fabrice Neyret, Florent Masseglia, Florian Dufour, Gérard Berry, Gilles Dowek, Hélène Robak, Hélène Xypas, Irina Illina, Isabelle Gnaedig, Joanna Jongwane, Jocelyne Ehrel, Laurent Viennot, Laure Guion, Lisette Calderan, Lola Kovacic, Marie Collin, Marie-Agnès Enard, Marie-Hélène Comte, Martin Quinson, Martine Olivi, Mathieu Giraud, Mathilde Dorémus, Mia Ogouchi, Muriel Droin, Nathalie Lacaux, Nicolas Rougier, Nicolas Roussel, Pascal Guitton, Pierre Peterlongo, Rose-Marie Cornus, Simon Vandermeersch, Sophie Maheo, Sylvain Lefebvre, Sylvie Boldo, Thierry Viéville, Véronique Poirel, Aline Chabreuil, Arnaud Fischer, Claude Farge, Claude Vadel, Isabelle Astic, Jean-Pierre Dumont, Loic Féjoz, Patrick Rambert, Pierre Paradinas, Sophie De Quatrebarbes, Stéphane Laurent
article
[Interne] none. 2013, pp.34
typdoc
Reports
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titre
A Branch-and-Prune Algorithm for the Sensor Network Localization Problem
auteur
Maria Cristina De Cola, Antonio Mucherino, Giovanni Felice, Leo Liberti
article
[Research Report] 2013
typdoc
Reports
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Theses

titre
Comparaison de novo de données de séquençage issues de très grands échantillons métagénomiques : application sur le projet Tara Oceans
auteur
Nicolas Maillet
article
Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2013. Français. < NNT : 2013REN1S097 >
typdoc
Theses
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00941922/file/Maillet_Nicolas.pdf BibTex
titre
Exploiting parallel features of modern computer architectures in bioinformatics : applications to genetics, structure comparison and large graph analysis
auteur
Guillaume Chapuis
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. École normale supérieure de Cachan – ENS Cachan, 2013. English. < NNT : 2013DENS0068 >
typdoc
Theses
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01012222/file/Chapuis2013.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Genome scans reveal candidate regions involved in the adaptation to host plant in the pea aphid complex.
auteur
J. Jaquiéry, S. Stoeckel, P. Nouhaud, L. Mieuzet, F. Mahéo, F. Legeai, N. Bernard, A. Bonvoisin, R. Vitalis, J.-C. Simon
article
Molecular Ecology, Wiley, 2012, 21 (21), pp.5251-64. <10.1111/mec.12048>
typdoc
Journal articles
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titre
Oocyte-somatic cells interactions, lessons from evolution.
auteur
Cathy Charlier, Jérôme Montfort, Olivier Chabrol, Daphné Brisard, Thaovi Nguyen, Aurélie Le Cam, Laurent Richard-Parpaillon, Pierre Pontarotti, Francois Moreews, Svetlana Uzbekova, Franck Chesnel, Julien Bobe
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.560. <10.1186/1471-2164-13-560>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00753310/file/1471-2164-13-560.pdf BibTex
titre
Transcriptomic profiling of the reproductive mode switch in the pea aphid in response to natural autumnal photoperiod.
auteur
Gaël Le Trionnaire, Stéphanie Jaubert-Possamai, Joël Bonhomme, Jean-Pierre Gauthier, Grégory Guernec, Aurélie Le Cam, Fabrice Legeai, Jérôme Monfort, Denis Tagu
article
Journal of Insect Physiology, Elsevier, 2012, 58 (12), pp.1517-1524. <10.1016/j.jinsphys.2012.07.009>
typdoc
Journal articles
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titre
Characterization of rainbow trout gonad, brain and gill deep cDNA repertoires using a Roche 454-Titanium sequencing approach
auteur
Aurélie Le Cam, Julien Bobe, Olivier Bouchez, Cédric Cabau, Olivier Kah, Christophe Klopp, Jean-Jacques Lareyre, Isabelle Le Guen, Jérôme Lluch, Jérôme Montfort, Francois Moreews, Barbara Nicol, Patrick Prunet, Pierre-Yves Rescan, Arianna Servili, Yann Guiguen
article
Gene, Elsevier, 2012, 500 (1), pp.32-39. <10.1016/j.gene.2012.03.053>
typdoc
Journal articles
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titre
TriAnnot: A Versatile and High Performance Pipeline for the Automated Annotation of Plant Genomes.
auteur
Philippe Leroy, Nicolas Guilhot, Hiroaki Sakai, Aurélien Bernard, Frédéric Choulet, Sébastien Theil, Sébastien Reboux, Naoki Amano, Timothée Flutre, Céline Pelegrin, Hajime Ohyanagi, Michael Seidel, Franck Giacomoni, Mathieu Reichstadt, Michael Alaux, Emmanuelle Gicquello, Fabrice Legeai, Lorenzo Cerutti, Hisataka Numa, Tsuyoshi Tanaka, Klaus Mayer, Takeshi Itoh, Hadi Quesneville, Catherine Feuillet
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2012, 3, pp.5. <10.3389/fpls.2012.00005>
typdoc
Journal articles
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titre
The Discretizable Distance Geometry Problem
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
article
Optimization Letters, Springer Verlag, 2012, 6 (8), pp.1671-1686
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Comparison of gene repertoires and patterns of evolutionary rates in eight aphid species that differ by reproductive mode.
auteur
M. Ollivier, T. Gabaldón, J. Poulain, F. Gavory, N. Leterme, J.-P. Gauthier, Fabrice Legeai, D. Tagu, J. C. Simon, C. Rispe
article
Genome Biol Evol, Oxford University Press, 2012, 4 (2), pp.155-67. <10.1093/gbe/evr140>
typdoc
Journal articles
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titre
Exploiting Symmetry Properties of the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2012, 10 (3), pp.1242009(1-15)
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
CSA: Comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments
auteur
Inken Wohlers, Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2012, 40, pp.303-309
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00667920/file/RR-7874.pdf BibTex
titre
Recent Advances on the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
article
European Journal of Operational Research, Elsevier, 2012, 219, pp.698-706
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Candidate chemosensory genes in female antennae of the noctuid moth Spodoptera littoralis.
auteur
Emmanuelle Jacquin-Joly, Fabrice Legeai, Nicolas Montagné, Christelle Monsempes, Marie-Christine François, Julie Poulain, Frédéric Gavory, William B Walker, Bill S Hansson, Mattias C Larsson
article
Int J Biol Sci, Ivyspring, 2012, 8 (7), pp.1036-50. <10.7150/ijbs.4469>
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Discretization Orders for Distance Geometry Problems
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Lee Jon, John Lee S., Leo Liberti, Maxim Sviridenko
article
Optimization Letters, Springer Verlag, 2012, 6 (4), pp.783-796
typdoc
Journal articles
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titre
The Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
article
Computational Optimization and Applications, Springer Verlag, 2012, 52, pp.115-146
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
auteur
Gustavo Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (Suppl 6), pp.S5. <10.1186/1471-2105-13-S6-S5>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00784407/file/1471-2105-13-S6-S5.pdf BibTex
titre
Mapsembler, targeted and micro assembly of large NGS datasets on a desktop computer
auteur
Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.48. <10.1186/1471-2105-13-48>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00784408/file/1471-2105-13-48.pdf BibTex
titre
Compareads: comparing huge metagenomic experiments
auteur
Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (Suppl 19), pp.S10. <10.1186/1471-2105-13-S19-S10>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-00784394/file/1471-2105-13-S19-S10.pdf BibTex

Conference papers

titre
Compareads: comparing huge metagenomic experiments
auteur
Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
RECOMB Comparative Genomics 2012, Oct 2012, Niterói, Brazil. 2012
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00720951/file/compareads_recomb_cg.pdf BibTex
titre
Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter
auteur
Rayan Chikhi, Guillaume Rizk
article
WABI 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. 7534, pp 236-248, 2012, <10.1007/978-3-642-33122-0_19>
typdoc
Conference papers
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00753930/file/minia.pdf BibTex
titre
BlastGraph: intensive approximate pattern matching in string graphs and de-Bruijn graphs
auteur
Guillaume Holley, Pierre Peterlongo
article
PSC 2012, Aug 2012, Prague, Czech Republic. 2012
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00711911/file/blast_graph_reviewed.pdf BibTex
titre
Accelerating QTL mapping with graphics cards
auteur
Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Jean Michel Elsen, Dominique Lavenier, Pascale Le Roy
article
Albain Mancheron. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. 2012
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Modeling protein flexibility by distance geometry
auteur
Mathilde Le Boudic-Jamin, Antonio Mucherino, Rumen Andonov
article
ROADEF 2012, Apr 2012, Angers, France. Université d’Angers, 2012
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00757717/file/roadef-protein-flexy.pdf BibTex
titre
Variable Neighborhood Search for Robust Optimization and Applications to Aerodynamics
auteur
Antonio Mucherino, Fuchs Martin, Gratton Serge, Vasseur Xavier
article
8th International Conference on Large-Scale Scientific Computations (LSSC11), 2012, Sozopol, Bulgaria. Springer, 7116, pp.230-237, 2012, Lecture Notes in Computer Science
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
A Parallel BP Algorithm for the Discretizable Distance Geometry Problem
auteur
Antonio Mucherino, Gramacho Warley, Carlile Lavor, Nelson Maculan
article
Workshop on Parallel Computing and Optimization (PCO12), 26th IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium (IPDPS12), 2012, Shanghai, China. 2012
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
On Suitable Orders for Discretizing Molecular Distance Geometry Problems related to Protein Side Chains
auteur
Antonio Mucherino, Costa Virginia, Carvalho Luiz Mariano, Carlile Lavor, Nelson Maculan
article
IEEE Conference Proceedings, Federated Conference on Computer Science and Information Systems (FedCSIS12), Workshop on Computational Optimization (WCO12), 2012, Warsaw, Poland. 2012
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
On the Discretization of Distance Geometry Problems
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
article
Mathematics of Distances and Applications 2012 (MDA12), 2012, Varna, Bulgaria. 2012
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Finding Low-Energy Homopolymer Conformations by a Discrete Approach
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
article
Global Optimization Workshop 2012 (GOW12), 2012, Natal, Brazil. 2012
typdoc
Conference papers
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BibTex

Poster communications

titre
Compareads: comparing huge metagenomic experiments
auteur
Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
13e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. 2012
typdoc
Poster communications
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https://hal.inria.fr/hal-00760332/file/poster_nico_maillet.pdf BibTex

Theses

titre
Computational methods for de novo assembly of next-generation genome sequencing data
auteur
Rayan Chikhi
article
Other [cs.OH]. École normale supérieure de Cachan – ENS Cachan, 2012. English. < NNT : 2012DENS0033 >
typdoc
Theses
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00752033/file/Chikhi2012.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Cabomba as a model for studies of early angiosperm evolution.
auteur
Aurelie C M Vialette-Guiraud, Michael Alaux, Fabrice Legeai, Cedric Finet, Pierre Chambrier, Spencer C Brown, Aurelie Chauvet, Carlos Magdalena, Paula J Rudall, Charles P Scutt
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2011, 108 (4), pp.589-98. <10.1093/aob/mcr088>
typdoc
Journal articles
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BibTex

2010

Preprints, Working Papers, …

titre
A New Heuristic for Feature Selection by Consistent Biclustering
auteur
Antonio Mucherino, Sonia Cafieri
article
2010
typdoc
Preprints, Working Papers, …
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1003.3279 BibTex

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