2023
Journal articles
- titre
- MTG-Link: leveraging barcode information from linked-reads to assemble specific loci
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- BMC Bioinformatics, 2023, 24 (1), pp.284. ⟨10.1186/s12859-023-05395-w⟩
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-
- titre
- SVJedi-graph: improving the genotyping of close and overlapping structural variants with long reads using a variation graph
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (Supplement_1), pp.270 – 278. ⟨10.1093/bioinformatics/btad237⟩
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-
- titre
- Le SARS-CoV-2 : une expérience inédite de surveillance génomique mondiale
- auteur
- Hélène Touzet, Mikaël Salson, Claire Lemaitre, Florence Débarre
- article
- Interstices, 2023
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-
- titre
- fimpera: drastic improvement of Approximate Membership Query data-structures with counts
- auteur
- Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.1-16. ⟨10.1101/2022.06.27.497694⟩
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-
- titre
- Stocker les données : la piste prometteuse de l’ADN
- auteur
- Dominique Lavenier, Marc Antonini, Yannick Rondelez, A.J. Genot
- article
- Interstices, 2023
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-
- titre
- First chromosome scale genomes of ithomiine butterflies (Nymphalidae: Ithomiini): comparative models for mimicry genetic studies
- auteur
- Jérémy Gauthier, Joana Meier, Fabrice Legeai, Melanie McClure, Annabel Whibley, Anthony Bretaudeau, Hélène Boulain, Hugues Parrinello, Sam T. Mugford, Richard Durbin, Chenxi Zhou, Shane McCarthy, Christopher W. Wheat, Florence Piron-Prunier, Christelle Monsempes, Marie‐Christine François, Paul Jay, Camille Noûs, Emma Persyn, Emmanuelle Jacquin-Joly, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Marianne Elias, Claire Lemaitre
- article
- Molecular Ecology Resources, In press, pp.1-14. ⟨10.1111/1755-0998.13749⟩
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-
Conference papers
- titre
- Mapping-friendly Sequence Reductions to process compressed genomic data
- auteur
- Roland Faure, Baptiste Hilaire, Dominique Lavenier
- article
- SeqBIM 2023, Nov 2023, Lille, France. pp.1-1
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-
- titre
- Optimal Square Detection Over General Alphabets
- auteur
- Jonas Ellert, Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel
- article
- SODA – 2023 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2023, Florence, Italy. pp.5220-5242, ⟨10.1137/1.9781611977554.ch189⟩
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-
Master thesis
- titre
- Assemblage métagénomique d’écosystèmes complexes avec différentes technologies de séquençage de 3ème génération
- auteur
- Nicolas Maurice
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
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-
Poster communications
- titre
- BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
- auteur
- Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
- article
- JOBIM 2023 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Plouzané (Brest Métropole), France
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-
Reports
- titre
- Comparaison et visualisation de graphes de pangénomes
- auteur
- Siegfried Dubois, Claire Lemaitre, Thomas Faraut, Matthias Zytnicki
- article
- Université de rennes. 2023, pp.1-38
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Efficient and Robust Search of Microbial Genomes via Phylogenetic Compression
- auteur
- Karel Břinda, Leandro Lima, Simone Pignotti, Natalia Quinones-Olvera, Kamil Salikhov, Rayan Chikhi, Gregory Kucherov, Zamin Iqbal, Michael Baym
- article
- 2023
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-
- titre
- Compressed Consecutive Pattern Matching
- auteur
- Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya, Teresa Anna Steiner
- article
- 2023
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-
- titre
- Global exact optimisations for chloroplast genome multimeric forms scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- kmdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses
- auteur
- Téo Lemane, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (24), pp.5443-5445. ⟨10.1093/bioinformatics/btac689⟩
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-
- titre
- Host-plant adaptation as a driver of incipient speciation in the fall armyworm ( Spodoptera frugiperda )
- auteur
- Estelle Fiteni, Karine Durand, Sylvie Gimenez, Robert L. Meagher Jr., Fabrice Legeai, Gael J. Kergoat, Nicolas Nègre, Emmanuelle dAlençon, Ki Woong Nam
- article
- BMC Ecology and Evolution, 2022, 22, pp.133. ⟨10.1101/2022.09.30.510290⟩
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-
- titre
- QuickDeconvolution: fast and scalable deconvolution of linked-read sequencing data
- auteur
- Roland Faure, Dominique Lavenier
- article
- Bioinformatics Advances, 2022, pp.1-8. ⟨10.1093/bioadv/vbac068/6717790⟩
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-
- titre
- The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
- auteur
- Yoann Dufresne, Teo Lemane, Pierre Marijon, Pierre Peterlongo, Amatur Rahman, Marek Kokot, Paul Medvedev, Sebastian Deorowicz, Rayan Chikhi
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (18), pp.4423-4425. ⟨10.1093/bioinformatics/btac528⟩
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-
- titre
- Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
- auteur
- Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d’Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon
- article
- eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩
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-
- titre
- Spodoptera littoralis genome mining brings insights on the dynamic of expansion of gustatory receptors in polyphagous noctuidae
- auteur
- Camille Meslin, Pauline Mainet, Nicolas Montagné, Stéphanie Robin, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, J Spencer Johnston, Fotini A. Koutroumpa, Emma Persyn, Christelle Monsempès, Marie-Christine François, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- G3, 2022, 12 (8), pp.jkac131. ⟨10.1093/g3journal/jkac131⟩
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-
- titre
- kmtricks: Efficient construction of Bloom filters for large sequencing data collections
- auteur
- Téo Lemane, Paul Medvedev, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics Advances, 2022, ⟨10.1093/bioadv/vbac029⟩
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-
- titre
- Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2
- auteur
- Hélène Touzet, Mikaël Salson, Claire Lemaitre
- article
- Interstices, 2022
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-
- titre
- Comment la bioinformatique a résolu le puzzle du génome du SARS-CoV-2
- auteur
- Claire Lemaitre, Mikaël Salson, Hélène Touzet
- article
- Interstices, 2022
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-
- titre
- Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges
- auteur
- Fernando Meyer, Adrian Fritz, Zhi-Luo Deng, David Koslicki, Till Robin Lesker, Alexey Gurevich, Gary Robertson, Mohammed Alser, Dmitry Antipov, Francesco Beghini, Denis Bertrand, Jaqueline Brito, C. Titus Brown, Jan Buchmann, Aydin Buluç, Bo Chen, Rayan Chikhi, Philip Clausen, Alexandru Cristian, Piotr Wojciech Dabrowski, Aaron Darling, Rob Egan, Eleazar Eskin, Evangelos Georganas, Eugene Goltsman, Melissa Gray, Lars Hestbjerg Hansen, Steven Hofmeyr, Pingqin Huang, Luiz Irber, Huijue Jia, Tue Sparholt Jørgensen, Silas Kieser, Terje Klemetsen, Axel Kola, Mikhail Kolmogorov, Anton Korobeynikov, Jason Kwan, Nathan Lapierre, Claire Lemaitre, Chenhao Li, Antoine Limasset, Fabio Malcher-Miranda, Serghei Mangul, Vanessa Marcelino, Camille Marchet, Pierre Marijon, Dmitry Meleshko, Daniel Mende, Alessio Milanese, Niranjan Nagarajan, Jakob Nissen, Sergey Nurk, Leonid Oliker, Lucas Paoli, Vitor Piro, Jacob Porter, Simon Rasmussen, Evan Rees, Knut Reinert, Bernhard Renard, Espen Mikal Robertsen, Gail Rosen, Hans-Joachim Ruscheweyh, Varuni Sarwal, Nicola Segata, Enrico Seiler, Lizhen Shi, Fengzhu Sun, Shinichi Sunagawa, Søren Johannes Sørensen, Ashleigh Thomas, Chengxuan Tong, Mirko Trajkovski, Julien Tremblay, Gherman Uritskiy, Riccardo Vicedomini, Zhengyang Wang, Ziye Wang, Zhong Wang, Andrew Warren, Nils Peder Willassen, Katherine Yelick, Ronghui You, Georg Zeller, Zhengqiao Zhao, Shanfeng Zhu, Jie Zhu, Ruben Garrido-Oter, Petra Gastmeier, Stephane Hacquard, Susanne Häußler, Ariane Khaledi, Friederike Maechler, Fantin Mesny, Simona Radutoiu, Paul Schulze-Lefert, Nathiana Smit, Till Strowig, Andreas Bremges, Alexander Sczyrba, Alice Carolyn Mchardy, Pierre Peterlongo
- article
- Nature Methods, 2022, 19 (4), pp.429-440. ⟨10.1038/s41592-022-01431-4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties
- auteur
- Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, Jacques Nicolas, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- BMC Genomics, 2022, 23, pp.1-23. ⟨10.1186/s12864-022-08459-y⟩
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-
- titre
- Hide and Mine in Strings: Hardness, Algorithms, and Experiments
- auteur
- Giulia Bernardini, Alessio Conte, Garance Gourdel, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giulia Punzi, Leen Stougie, Michelle Sweering
- article
- IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2022, pp.1-6. ⟨10.1109/TKDE.2022.3158063⟩
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-
- titre
- Masculinization of the X-chromosome in aphid soma and gonads
- auteur
- Julie Jaquiéry, Jean-Christophe Simon, Stéphanie Robin, Gautier Richard, Jean Peccoud, Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Sylvie Tanguy, Nathalie Prunier Leterme, Gaël Le Trionnaire
- article
- Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.166⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multi-omic investigation of low-nitrogen conditional resistance to clubroot reveals Brassica napus genes involved in nitrate assimilation
- auteur
- Y Aigu, Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Nathalie Marnet, C Lariagon, Anne Laperche, F Legeai, Maria J Manzanares-Dauleux, Antoine Gravot
- article
- Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.790563. ⟨10.3389/fpls.2022.790563⟩
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-
Conference papers
- titre
- DNA Storage: Synthesis and Sequencing Semiconductor Technologies
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- IEDM 2022 – 68th Annual IEEE International Electron Devices Meeting, Dec 2022, San Francisco, United States. pp.1-4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- HairSplitter: assembling long reads in an unknown number of haplotypes
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- SeqBIM 2022 – Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2022, Bordeaux, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Pattern matching under DTW distance
- auteur
- Garance Gourdel, Anne Driemel, Pierre Peterlongo, Tatiana Starikovskaya
- article
- SPIRE 2022 – 29th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Nov 2022, Concepción, Chile. pp.315–330
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-
- titre
- Optimal Scaffolding for Chloroplasts’ Inverted Repeats
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov, Dominique Lavenier
- article
- JOBIM2022, Jul 2022, Rennes, France
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-
- titre
- Processing-in-Memory to speed up NGS analysis
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- SFA²F 2022 – Sequencing to Function: Analysis and Application for the Future, Jun 2022, Santa Fe, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A first proposal for secure data storage into DNA molecules compliant with biological constraints
- auteur
- Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier
- article
- DSMM 2022 – 1st International Conference on Data Storage in Molecular Media, Mar 2022, Virtual, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Experimental DNA storage platform
- auteur
- Olivier Boullé, Dominique Lavenier
- article
- DSMM 2022 – 1st International Conference on Data Storage in Molecular Media, Mar 2022, Virtual, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Linear integer programming approach for chloroplast genome scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 23ème congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d’Aide à la Décision, INSA Lyon, Feb 2022, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Genome Assembly
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics – SCIENCES – Bioinformatics – ISTE Wiley, 2022, 9781789450668
- Accès au bibtex
-
- titre
- Metagenomics and Metatranscriptomics
- auteur
- Cervin Guyomar, Claire Lemaitre
- article
- From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, ISTE, 2022, 9781789450668
- Accès au bibtex
-
- titre
- Streaming Regular Expression Membership and Pattern Matching
- auteur
- Bartłomiej Dudek, Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya
- article
- Proceedings of the 2022 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), Society for Industrial and Applied Mathematics, pp.670-694, 2022, ⟨10.1137/1.9781611977073.30⟩
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-
Poster communications
- titre
- Storing the declaration of human rights on one data DNA molecule
- auteur
- Gouenou Coatrieux, Chloé Berton, Elsa Dupraz, Belaid Hamoum, Thomas Derrien, Yann Audic, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas, Julien Leblanc, Olivier Boullé, Emeline Roux
- article
- CominLabs day 2022, Oct 2022, Rennes, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Hairsplitter: Separating noisy long reads into an unknown number of haplotypes
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- Genome Informatics 2022, Sep 2022, London / Virtual, United Kingdom. pp.1-1
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-
- titre
- SVJedi-graph: genotyping close and overlapping structural variants with a variation graph and long-reads
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties
- auteur
- Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, Jacques Nicolas, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- JOBIM 2022 – Les journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , pp.1-1, 2022
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-
- titre
- Secure data storage into DNA molecules compliant with biological constraints: Ensuring the confidentiality of data stored into DNA molecules
- auteur
- Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier
- article
- RITS 2022 – Recherche en Imagerie et Technologies pour la Santé, May 2022, Brest, France. pp.1-1
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-
Theses
- titre
- Indexing and analysis of large sequencing collections using k-mer matrices
- auteur
- Téo Lemane
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S127⟩
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-
- titre
- Indexing and analysis of large sequencing collections using kmer matrices
- auteur
- Téo Lemane
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1 (UR1), 2022. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Haplotype phasing from long reads with ASP : a flexible optimization approach
- auteur
- Clara Delahaye
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S093⟩
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-
- titre
- Haplotype phasing from long reads with ASP: a flexible optimization approach
- auteur
- Clara Delahaye
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification and quantification of microbial strains in metagenomic samples using variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Overlap Graphs for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- MTG-Link: leveraging barcode information from linked-reads to assemble specific loci
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Inverted Repeats Scaffolding for a Dedicated Chloroplast Genome Assembler
- auteur
- Victor Epain, Dominique Lavenier, Rumen Andonov
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integer Programming Approach for Nested Pairs Genome Scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Overlap Graph for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals
- auteur
- Victor Epain
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- Global patterns in genomic diversity underpinning the evolution of insecticide resistance in the aphid crop pest Myzus persicae
- auteur
- Kumar Saurabh Singh, Erick Cordeiro, Bartlomiej Troczka, Adam Pym, Joanna Mackisack, Thomas Mathers, Ana Duarte, Fabrice Legeai, Stéphanie Robin, Pablo Bielza, Hannah Burrack, Kamel Charaabi, Ian Denholm, Christian Figueroa, Richard Ffrench-Constant, Georg Jander, John Margaritopoulos, Emanuele Mazzoni, Ralf Nauen, Claudio Ramírez, Guangwei Ren, Ilona Stepanyan, Paul Umina, Nina Voronova, John Vontas, Martin Williamson, Alex Wilson, Gao Xi-Wu, Young-Nam Youn, Christoph Zimmer, Jean-Christophe Simon, Alex Hayward, Chris Bass
- article
- Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.847. ⟨10.1038/s42003-021-02373-x⟩
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-
- titre
- Scalable long read self-correction and assembly polishing with multiple sequence alignment
- auteur
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
- article
- Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-80757-5⟩
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-
- titre
- Comparative transcriptome analysis at the onset of speciation in a mimetic butterfly—The Ithomiini Melinaea marsaeus
- auteur
- Florence Piron-Prunier, Emma Persyn, Fabrice Legeai, Melanie Mcclure, Camille Meslin, Stéphanie Robin, Susete Alves Carvalho, Ammara Mohammad, Corinne Blugeon, Emmanuelle Jacquin‐joly, Nicolas Montagné, Marianne Elias, Jérémy Gauthier
- article
- Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (11), pp.1704-1721. ⟨10.1111/jeb.13940⟩
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-
- titre
- Sequencing DNA with nanopores: Troubles and biases
- auteur
- Clara Delahaye, Jacques Nicolas
- article
- PLoS ONE, 2021, pp.1-29. ⟨10.1371/journal.pone.0257521⟩
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-
- titre
- RNA sequencing data for responses to drought stress and/or clubroot infection in developing seeds of Brassica napus
- auteur
- Grégoire Bianchetti, Vanessa Clouet, Fabrice Legeai, Cécile Baron, Kévin Gazengel, Aurélien Carrillo, Maria M. Manzanares-Dauleux, Julia J Buitink, Nathalie Nesi
- article
- Data in Brief, 2021, 38, pp.1-11. ⟨10.1016/j.dib.2021.107392⟩
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-
- titre
- Plant‐phenotypic changes induced by parasitoid ichnoviruses enhance the performance of both unparasitized and parasitized caterpillars
- auteur
- Antonino Cusumano, S Urbach, Fabrice Legeai, Marc Ravallec, Marcel Dicke, Erik Poelman, Anne‐nathalie Volkoff
- article
- Molecular Ecology, 2021, 30 (18), pp.4567-4583. ⟨10.1111/mec.16072⟩
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-
- titre
- StrainFLAIR: strain-level profiling of metagenomic samples using variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
- article
- PeerJ, 2021, 9, pp.e11884. ⟨10.7717/peerj.11884⟩
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-
- titre
- Proteo-Trancriptomic Analyses Reveal a Large Expansion of Metalloprotease-Like Proteins in Atypical Venom Vesicles of the Wasp Meteorus pulchricornis (Braconidae)
- auteur
- Jean-Luc Gatti, Maya Belghazi, Fabrice Legeai, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, Stéphanie Robin, Djibril Aboubakar-Souna, Ramasamy Srinivasan, Manuele Tamò, Marylène Poirié, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- Toxins, 2021, 13 (7), pp.1-36. ⟨10.3390/toxins13070502⟩
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-
- titre
- Transcriptome Profiling of Starvation in the Peripheral Chemosensory Organs of the Crop Pest Spodoptera littoralis Caterpillars
- auteur
- Erwan Poivet, Aurore Gallot, Nicolas Montagné, Pavel Senin, Christelle Monsempès, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- Insects, 2021, 12 (7), pp.573. ⟨10.3390/insects12070573⟩
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-
- titre
- LRez: C ++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- Bioinformatics Advances, 2021, 1 (1), pp.1-4. ⟨10.1093/bioadv/vbab022⟩
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-
- titre
- Identification of Streptococcus thermophilus Genes Specifically Expressed under Simulated Human Digestive Conditions Using R-IVET Technology
- auteur
- Ophélie Uriot, Mounira Kebouchi, Emilie Lorson, Wessam Galia, Sylvain Denis, Sandrine Chalancon, Zeeshan Hafeez, Emeline Roux, Magali Genay, Stéphanie Blanquet-Diot, Annie Dary-Mourot
- article
- Microorganisms, 2021, 9 (6), pp.1-26. ⟨10.3390/microorganisms9061113⟩
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-
- titre
- Chromosomal scale assembly of parasitic wasp genome reveals symbiotic virus colonization
- auteur
- Jérémy Gauthier, Hélène Boulain, Joke J F A van Vugt, Lyam Baudry, Emma Persyn, Jean-Marc Aury, Benjamin Noel, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Sven Warris, Mohamed A Chebbi, Géraldine Dubreuil, Bernard Duvic, Natacha Kremer, Philippe Gayral, Karine Musset, Thibaut Josse, Diane Bigot, Christophe Bressac, Sébastien Moreau, Georges Périquet, Myriam Harry, Nicolas Montagne, Isabelle Boulogne, Mahnaz Sabeti-Azad, Martine Maïbèche, Thomas Chertemps, Frédérique Hilliou, David Siaussat, Joëlle Amselem, Isabelle Luyten, Claire Capdevielle-Dulac, Karine Labadie, Bruna Laís Merlin, Valérie Barbe, Jetske G de Boer, Martial Marbouty, Fernando Luis Cônsoli, Stéphane Dupas, Aurélie Hua-Van, Gaelle Le Goff, Annie Bézier, Emmanuelle Jacquin-Joly, James B Whitfield, Louise E M Vet, Hans M Smid, Laure Kaiser, Romain Koszul, Elisabeth Huguet, Elisabeth A. Herniou, Jean-Michel Drezen
- article
- Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.1-15. ⟨10.1038/s42003-020-01623-8⟩
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-
- titre
- Identification of isolated or mixed strains from long reads: a challenge met on Streptococcus thermophilus using a MinION sequencer
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Téo Lemane, Eric Guédon, Jacques Nicolas
- article
- Microbial Genomics, 2021, 7 (11), pp.1-14. ⟨10.1099/mgen.0.000654⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- findere: fast and precise approximate membership query
- auteur
- Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
- article
- SPIRE 2021 – The 28th annual Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2021, Lille / Virtual, France. ⟨10.1101/2021.05.31.446182⟩
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-
- titre
- Channel Model with Memory for DNA Data Storage with Nanopore Sequencing
- auteur
- Belaid Hamoum, Elsa Dupraz, Laura Conde-Canencia, Dominique Lavenier
- article
- ISTC 2021: 11th International Symposium on Topics in Coding, Aug 2021, Montreal, Canada. pp.1-5, ⟨10.1109/ISTC49272.2021.9594243⟩
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-
- titre
- Compressing and Indexing Aligned Readsets
- auteur
- Travis Gagie, Garance Gourdel, Giovanni Manzini
- article
- WABI 2021 – Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Online conference, France. pp.1-21, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2021.13⟩
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-
- titre
- Approximate Hashing for Bioinformatics
- auteur
- Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
- article
- CIAA 2021 – 25th International Conference on Implementation and Application of Automata, Jul 2021, Bremen, Germany. pp.1-12
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-
- titre
- Optimal de novo assemblies for chloroplast genomes based on inverted repeats patterns
- auteur
- Rumen Andonov, Victor Epain, Dominique Lavenier
- article
- BiATA 2021 – 4th International conference Bioinformatics: from Algorithms to Applications, Jul 2021, St. Petersbourg, Russia. pp.1-2
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-
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-8
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-
- titre
- GraphUnzip: unzipping assembly graphs with long reads and Hi-C
- auteur
- Roland Faure, Nadège Guiglielmoni, Jean-François Flot
- article
- JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-7
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-
- titre
- LEVIATHAN: efficient discovery of large structural variants by leveraging long-range information from Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-8
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-
- titre
- AskoR, A R Package for Easy RNASeq Data Analysis
- auteur
- Susete Alves Carvalho, Kévin Gazengel, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Stéphanie Daval, Fabrice Legeai
- article
- IECE 2021 – 1st International Electronic Conference on Entomology, Jul 2021, Virtual, France. pp.1-8, ⟨10.3390/IECE-10646⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Méthodes bioinformatiques pour l’étude des Variants de Structure avec des données de séquençages génomiques
- auteur
- Claire Lemaitre
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021
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-
Master thesis
- titre
- QuickDeconvolution: fast and scalable deconvolution of linked-reads sequencing data
- auteur
- Roland Faure
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2021
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-
Poster communications
- titre
- Identification of bacterial strains using ORI (Oxford nanopore Reads Identification)
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Rania Ouazahrou, Gaëlle Boudry, Eric Guédon, Emeline Roux, Jacques Nicolas
- article
- Microbes 2021 – Société Française de Microbiologie, Sep 2021, Nantes, France
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-
- titre
- LRez: C++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- SVJedi-graph: Structural Variant genotyping with long-reads using a variation graph
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- Approximate Hashing for Bioinformatics
- auteur
- Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
- article
- DCC 2021 – Data Compression Conference, Mar 2021, Virtual, United States
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-
Reports
- titre
- Constrained Consensus Sequence Algorithm for DNA Archiving
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- [Research Report] CNRS IRISA. 2021
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-
- titre
- SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins
- auteur
- Samuel Alizon, Frédéric Cazals, Stéphane Guindon, Claire Lemaitre, Tristan Mary-Huard, Anna Niarakis, Mikaël Salson, Celine Scornavacca, Hélène Touzet
- article
- [Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35
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-
Theses
- titre
- Identification of strains of a bacterial species from long reads
- auteur
- Grégoire Romain Siekaniec
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S083⟩
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-
2020
Journal articles
- titre
- Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, “Aphidius ervi” and “Lysiphlebus fabarum
- auteur
- Alice Dennis, Gabriel Ballesteros, Stéphanie Robin, Lukas Schrader, Jens Bast, Jan Berghöfer, Leo Beukeboom, Maya Belghazi, Anthony Bretaudeau, Jan Buellesbach, Elizabeth Cash, Dominique Colinet, Zoé Dumas, Mohammed Errbii, Patrizia Falabella, Jean-Luc Gatti, Elzemiek Geuverink, Joshua Gibson, Corinne Hertaeg, Stefanie Hartmann, Emmanuelle Joly Jacquin-Joly, Mark Lammers, Blas Lavandero, Ina Lindenbaum, Lauriane Massardier-Galatà, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nina Pak, Marylène Poirié, Rosanna Salvia, Denis Tagu, Sophie Tares, Heiko Vogel, Tanja Schwander, Jean-Christophe Simon, Christian Figueroa, Christoph Vorburger, Fabrice Legeai, Jürgen Gadau, R.Chris Smith
- article
- BMC Genomics, 2020, 21 (Art. 376), pp.1-27. ⟨10.1186/s12864-020-6764-0⟩
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-
- titre
- Cytosine methylation of mature microRNAs inhibits their functions and is associated with poor prognosis in glioblastoma multiforme
- auteur
- Mathilde Cheray, Amandine Etcheverry, Camille Jacques, Romain Pacaud, Gwenola Bougras-Cartron, Marc Aubry, Florent Denoual, Pierre Peterlongo, Arulraj Nadaradjane, Josephine Briand, Farida Akcha, Dominique Heymann, François M Vallette, Jean Mosser, Benjamin Ory, Pierre-Francois Cartron
- article
- Molecular Cancer, 2020, 19 (1), pp.1-36. ⟨10.1186/s12943-020-01155-z⟩
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-
- titre
- Genomic architecture of endogenous ichnoviruses reveals distinct evolutionary pathways leading to virus domestication in parasitic wasps
- auteur
- Fabrice F. Legeai, Bernardo F Santos, Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Rebecca B Dikow, Claire Lemaitre, Véronique Jouan, Marc Ravallec, Jean-Michel Drezen, Denis Tagu, Frédéric Baudat, Gabor Gyapay, Xin Zhou, Shanlin Liu, Bruce A Webb, Seán Brady, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-23. ⟨10.1186/s12915-020-00822-3⟩
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-
- titre
- The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest
- auteur
- Claude Rispe, Fabrice Legeai, Paul Nabity, Rosa Fernández, Arinder Arora, Patrice Baa-Puyoulet, Celeste Banfill, Leticia Bao, Miquel Barberà, Maryem Bouallegue, Anthony Bretaudeau, Jennifer A. Brisson, Federica Calevro, Pierre Capy, Olivier Catrice, Thomas Chertemps, Carole Couture, Laurent Deliere, Angela Douglas, Keith Dufault-Thompson, Paula Escuer, Honglin Feng, Astrid Forneck, Toni Gabaldón, Roderic Guigó, Frédérique Hilliou, Silvia Hinojosa-Alvarez, Yi-Min Hsiao, Sylvie Hudaverdian, Emmanuelle Jacquin-Joly, Edward James, Spencer J. Johnston, Benjamin Joubard, Gaëlle Le Goff, Gaël Le Trionnaire, Pablo Librado, Shanlin Liu, Eric Lombaert, Hsiao-Ling Lu, Martine Maïbèche, Mohamed Makni, Marina Marcet-Houben, David Martinez-Torres, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nancy Moran, Daciana Papura, Nicolas Parisot, Yvan Rahbé, Mélanie Ribeiro Lopes, Aida Ripoll-Cladellas, Stéphanie Robin, Céline Roques, Celine Lopez-Roques, Pascale Roux, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Jose Sánchez-Herrero, Didac Santesmasses, Iris Scatoni, Rémy-Félix Serre, Ming Tang, Wenhua Tian, Paul Umina, Manuella van Munster, Carole Vincent-Monégat, Joshua Wemmer, Alex Wilson, Ying Zhang, Chaoyang Zhao, Jing Zhao, Serena Zhao, Xin Zhou, François Delmotte, Denis Tagu
- article
- BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
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-
- titre
- Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in the fall armyworm
- auteur
- Sylvie Gimenez, Heba Abdelgaffar, Gaelle Le Goff, Frédérique Hilliou, Carlos Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Juan Luis Jurat-Fuentes, Emmanuelle d’Alençon, Kiwoong Nam
- article
- Communications Biology, 2020, 3 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s42003-020-01382-6⟩
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-
- titre
- Towards a better understanding of the low recall of insertion variants with short-read based variant callers
- auteur
- Wesley J Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
- article
- BMC Genomics, 2020, 21 (762), ⟨10.1186/s12864-020-07125-5⟩
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-
- titre
- Big Genes, Small Effectors: Pea Aphid Cassette Effector Families Composed From Miniature Exons
- auteur
- Matthew Dommel, Jonghee Oh, Jose Carlos Huguet-Tapia, Endrick Guy, Hélène Boulain, Akiko Sugio, Marimuthu Murugan, Fabrice Legeai, Michelle Heck, Michael C. Smith, Frank White
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, pp.1-11. ⟨10.3389/fpls.2020.01230⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SVJedi: genotyping structural variations with long reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (17), pp.4568-4575. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa527⟩
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-
- titre
- MinYS: mine your symbiont by targeted genome assembly in symbiotic communities
- auteur
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (3), pp.1-11. ⟨10.1093/nargab/lqaa047⟩
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-
- titre
- Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
- auteur
- Rosa Fernández, Marina Marcet-Houben, Fabrice Legeai, Gautier Richard, Stéphanie Robin, Valentin Wucher, Cinta Pegueroles, Toni Gabaldón, Denis Tagu
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (9), pp.2601-2615. ⟨10.1093/molbev/msaa110⟩
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-
- titre
- Whole genome sequence of the soybean aphid, Aphis glycines.
- auteur
- Jacob A Wenger, Bryan J Cassone, Fabrice Legeai, J Spencer Johnston, Raman Bansal, Ashley D Yates, Brad S Coates, Vitor a C Pavinato, Andy Michel
- article
- Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2020, 123, pp.102917. ⟨10.1016/j.ibmb.2017.01.005⟩
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-
- titre
- DiscoSnp-RAD: de novo detection of small variants for RAD-Seq population genomics
- auteur
- Jérémy Gauthier, Charlotte Mouden, Tomasz Suchan, Nadir Alvarez, Nils Arrigo, Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- PeerJ, 2020, pp.1-20. ⟨10.7717/peerj.9291⟩
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-
- titre
- Contrasting genomic and phenotypic outcomes of hybridization between pairs of mimetic butterfly taxa across a suture zone
- auteur
- Jérémy Gauthier, Donna Lisa De‐silva, Zachariah Gompert, Annabel Whibley, Céline Houssin, Yann Le Poul, Melanie Mcclure, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, James Mallet, Marianne Elias
- article
- Molecular Ecology, 2020, 29 (7), pp.1328-1343. ⟨10.1111/mec.15403⟩
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-
- titre
- A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2020, 92-102 (Volume 274), ⟨10.1016/j.dam.2018.03.035⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Complete Genome Sequences of Two Strains of Streptococcus pyogenes Belonging to an Emergent Clade of the Genotype emm89 in Brittany, France
- auteur
- Marie Devaere, Sarrah Boukthir, Séverine Moullec, Emeline Roux, Dominique Lavenier, Ahmad Faili, Samer Kayal
- article
- Microbiology Resource Announcements, 2020, 9 (11), pp.e00129-20. ⟨10.1128/MRA.00129-20⟩
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-
- titre
- ELECTOR : evaluator for long reads correction methods
- auteur
- Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo, Antoine Limasset
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (1), pp.1-12. ⟨10.1093/nargab/lqz015⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
- auteur
- Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, Charlotte Marteau, Cédric J-J Leroux, Simon M. Dittami, Pierre Sauleau, Erwan Corre, Jacques Nicolas, Catherine Boyen, Catherine Leblanc, Jonas Collén, Anne Siegel, Gabriel V Markov
- article
- iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics
- auteur
- Gaëtan Benoit, Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin, Sophie Schbath, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
- auteur
- Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2020, pp.1-9. ⟨10.1186/s13015-020-0163-6⟩
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-
Conference papers
- titre
- Variant Calling Parallelization on Processor-in-Memory Architecture
- auteur
- Dominique Lavenier, Remy Cimadomo, Romaric Jodin
- article
- BIBM 2020 – IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Dec 2020, Virtual, South Korea. pp.1-4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Graph-Theoretic Barcode Ordering Model for Linked-Reads
- auteur
- Yoann Dufresne, Chen Sun, Pierre Marijon, Dominique Lavenier, Cedric Chauve, Rayan Chikhi
- article
- WABI 2020 – 20th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2020, Pisa, Italy. pp.11 – 12, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2020.11⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards a better understanding of the low discovery rate of short-read based insertion variant callers
- auteur
- Wesley Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2020 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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-
- titre
- Approximating Longest Common Substring with k mismatches: Theory and Practice
- auteur
- Garance Gourdel, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Tatiana Starikovskaya
- article
- CPM 2020 – 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 2020, Copenhagen, Denmark. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2020.16⟩
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-
Book sections
- titre
- IA et bioinformatique
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Sébastien Konieczny; Henri Prade. L’intelligence artificielle: De quoi s’agit-il vraiment ?, Cépaduès, pp.101, 2020, 9782364938502
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Artificial Intelligence and Bioinformatics
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Marquis, P., Papini, O., Prade, H. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, III, Springer, pp.575, 2020, Interfaces and Applications of Artificial Intelligence, 978-3-030-06169-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Master thesis
- titre
- AlPha: A Mixed Integer Linear Programming Approach for Genome Haplotyping
- auteur
- Kerian Thuillier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Amélioration du positionnement de fragments ADN pour réalisation de séquences consensus dans le contexte de l’assemblage de novo de longues lectures
- auteur
- Victor Epain
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Other publications
- titre
- Nanopore MinION long read sequencer: an overview of its error landscape
- auteur
- Clara Delahaye, Jacques Nicolas
- article
- 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- Biodiversity Genomics 2020, Oct 2020, Virtual, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Bacterial strains identification using Oxford Nanopore sequencing
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Eric Guédon, Jacques Nicolas
- article
- JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2020 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Caractérisation et détection d’insertions constitutionnelles de grande taille dans le cadre d’un usage médical
- auteur
- Wesley Delage
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S049⟩
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-
- titre
- Structural variant genotyping with long read data
- auteur
- Lolita Lecompte
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S054⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in fall armyworms
- auteur
- Ki Woong Nam, Sylvie Gimenez, Frederique Hilliou, Carlos A Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Emmanuelle d’Alençon
- article
- 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Assemblage de Novo de Longues Lectures Par Programmation Linéaire
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2019
Journal articles
- titre
- RNA interference identifies domesticated viral genes involved in assembly and trafficking of virus-derived particles in ichneumonid wasps
- auteur
- Ange Lorenzi, Marc Ravallec, Magali Eychenne, Véronique Jouan, Stéphanie Robin, Isabelle Darboux, Fabrice Legeai, Anne-Sophie Gosselin-Grenet, Mathieu Sicard, Don Stoltz, Anne Nathalie Volkoff
- article
- PLoS Pathogens, 2019, 15 (12), pp.e1008210. ⟨10.1371/journal.ppat.1008210⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Differential Expression of Candidate Salivary Effector Genes in Pea Aphid Biotypes With Distinct Host Plant Specificity
- auteur
- Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Julie Jaquiéry, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
- article
- Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1301. ⟨10.3389/fpls.2019.01301⟩
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-
- titre
- Evidence for an ichnovirus machinery in parasitoids of coleopteran larvae
- auteur
- Stéphanie Robin, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, James Whitfield, Véronique Jouan, Fabrice Legeai, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- Virus Research, 2019, 263, pp.189-206. ⟨10.1016/j.virusres.2019.02.001⟩
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-
- titre
- Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
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-
- titre
- Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
- auteur
- Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés A Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
- article
- BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Role of the acquisition of a type 3 secretion system in the emergence of novel pathogenic strains of Xanthomonas
- auteur
- Valérian Méline, Wesley Delage, Chrystelle Brin, Camille Li-Marchetti, Daniel Sochard, Matthieu Arlat, Céline Rousseau, Armelle Darrasse, Martial Briand, Guillaume Lebreton, Perrine Portier, Marion Fischer-Le Saux, Karine Durand, Marie-Agnès Jacques, Etienne Belin, Tristan Boureau
- article
- Molecular Plant Pathology, 2019, 20 (1), pp.33-50. ⟨10.1111/mpp.12737⟩
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-
- titre
- Complete Assembly of Circular and Chloroplast Genomes Based on Global Optimization
- auteur
- Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sébastien François, Dominique Lavenier
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, In press, pp.1-28. ⟨10.1142/S0219720019500148⟩
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-
- titre
- Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks
- auteur
- Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩
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-
Conference papers
- titre
- Statistically Significant Discriminative Patterns Searching
- auteur
- Hoang Son Pham, Gwendal Virlet, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
- article
- DaWaK 2019 – 21st International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery, Aug 2019, Linz, Austria. pp.105-115, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
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-
- titre
- Genotyping Structural Variations using Long Read Data
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- HiTSeq 2019 – Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genotyping Structural Variations using Long Read data
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reference-guided genome assembly in metagenomic samples
- auteur
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression
- auteur
- Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
- article
- ICFCA 2019 – 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
- auteur
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
- article
- Recomb-Seq 2019 – 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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-
- titre
- Efficient exact associative structure for sequencing data
- auteur
- Camille Marchet, Maël Kerbiriou, Antoine Limasset
- article
- Recomb-Seq 2019 – 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Whashinton, United States. pp.1-16
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-
Master thesis
- titre
- Linear programming for metabolic network completion
- auteur
- Kerian Thuillier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
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-
- titre
- De novo long reads assembly using integer linear programming
- auteur
- Victor Epain
- article
- Operations Research [cs.RO]. 2019
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-
- titre
- Search engine for genomic sequencing data
- auteur
- Téo Lemane
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
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-
- titre
- Stockage d’information sur ADN
- auteur
- Ariane Badual
- article
- Biotechnologie. 2019
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-
Poster communications
- titre
- Advanced Coding Schemes for DNA-Based Data Storage Using Nanopore Sequencing Technologies
- auteur
- Dominique Lavenier, Emeline Roux, Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum
- article
- Journées CominLabs 2019, Nov 2019, Rennes, France. 2019
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-
- titre
- SVJedi : Structural variation genotyping using long reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- HiTSeq 2019 – Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland
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-
- titre
- From genomics to metagenomics: benchmark of variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
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-
- titre
- Error Correction Schemes for DNA Storage with Nanopore Sequencing
- auteur
- Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum, Dominique Lavenier, Emeline Roux
- article
- JOBIM 2019 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Linking Allele-Specific Expression And Natural Selection In Wild Populations
- auteur
- Romuald Laso-Jadart, Kevin Sugier, Emmanuelle Petit, Karine Labadie, Pierre Peterlongo, Christophe Ambroise, Patrick Wincker, Jean-Louis Jamet, Mohammed-Amin Madoui
- article
- 2019
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-
2018
Journal articles
- titre
- Discovering Millions of Plankton Genomic Markers from the Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea
- auteur
- Majda Arif, Jérémy Gauthier, Kevin Sugier, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Pierre Peterlongo, Mohammed-Amin Madoui
- article
- Molecular Ecology Resources, 2018, pp.1-24. ⟨10.1111/1755-0998.12985⟩
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-
- titre
- Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
- auteur
- Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Audric Cologne, Sophie Terrone, Louis Dulaurier, Jean-Baptiste Claude, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-21770-7⟩
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-
- titre
- Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
- auteur
- Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jousselin, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
- article
- Microbiome, 2018, 6 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s40168-018-0562-9⟩
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-
- titre
- A broad genomic panel of microsatellite loci from Brycon orbignyanus (Characiformes: Bryconidae) an endangered migratory Neotropical fish
- auteur
- Gabriel Yazbeck, Rafael Sachetto Oliveira, José Mauro Ribeiro, Raíssa Graciano, Rosiane Santos, Fausto Carmo, Dominique Lavenier
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.1-5. ⟨10.1038/s41598-018-26623-x⟩
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-
- titre
- Characterization and expression profiling of microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda
- auteur
- Yves Moné, Sandra Nhim, Sylvie Gimenez, Fabrice Legeai, Imène Séninet, Hugues Parrinello, Nicolas Negre, Emmanuelle d’Alençon
- article
- BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-5119-6⟩
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-
- titre
- Genome sequence of the wheat stem sawfly, Cephus cinctus, representing an early-branching lineage of the Hymenoptera, illuminates evolution of hymenopteran chemoreceptors
- auteur
- Robert Robertson, Robert Waterhouse, Kimberly Walden, Livio Ruzzante, Maarten Reijnders, Brad Coates, Fabrice Legeai, Joanna Gress, Sezgi Biyiklioglu, David Weaver, Kevin Wanner, Hikmet H. Budak
- article
- Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (11), pp.2997-3011. ⟨10.1093/gbe/evy232⟩
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-
- titre
- MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis
- auteur
- Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, Fabrice Legeai, Jérôme Montfort, Aurélie Le Cam, Anne Siegel, Julien Bobe, Violette Thermes
- article
- PLoS Genetics, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩
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-
- titre
- Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races
- auteur
- Pierre Nouhaud, Mathieu Gautier, Anaïs Gouin, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Fabrice Legeai, Lucie Mieuzet, Carole Smadja, Claire Lemaitre, Renaud Vitalis, Jean-Christophe Simon
- article
- Molecular Ecology, 2018, 27 (16), pp.3287 – 3300. ⟨10.1111/mec.14799⟩
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-
- titre
- A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems
- auteur
- Arnaud Meng, Camille Marchet, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Adriana A. Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Eric Pelletier, Ian Probert, Johan Decelle, Stéphane Le Crom, Fabrice Not, Lucie Bittner
- article
- Microbiome, 2018, pp.1-35. ⟨10.1186/s40168-018-0481-9⟩
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-
- titre
- Fast Evolution and Lineage-Specific Gene Family Expansions of Aphid Salivary Effectors Driven by Interactions with Host-Plants
- auteur
- Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Nadine Douglas, Jonghee Oh, Marimuthu Murugan, Michael Smith, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Frank White, James Carolan, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
- article
- Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (6), pp.1554-1572. ⟨10.1093/gbe/evy097⟩
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-
- titre
- Finding Maximum Cliques on the D-Wave Quantum Annealer
- auteur
- Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Georg Hahn, Guillaume Rizk
- article
- Journal of Signal Processing Systems, 2018, ⟨10.1007/s11265-018-1357-8⟩
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-
- titre
- Global Optimization for Scaffolding and Completing Genome Assemblies
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2018
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-
- titre
- De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
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-
- titre
- Computational pan-genomics: status, promises and challenges
- auteur
- Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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-
Conference papers
- titre
- Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction
- auteur
- François Coste, Jacques Nicolas
- article
- ICGI 2018 – 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 – 168
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-
- titre
- CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2018 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3
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-
- titre
- Mixed Integer Linear Programming Approach for a Distance-Constrained Elementary Path Problem
- auteur
- Sébastien Francois, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Metodi Traikov, Nicola Yanev
- article
- CTW 2018 – 16th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2018, Paris, France. pp.1-4
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-
- titre
- Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB 2018, Apr 2018, Paris, France
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-
- titre
- Global optimization approach for circular and chloroplast genome assembly
- auteur
- Sébastien Francois, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- BICoB 2018 – 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Mar 2018, Las Vegas, United States. pp.1-11, ⟨10.1101/231324⟩
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-
Poster communications
- titre
- ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Camille Marchet, Pierre Morisse, Antoine Limasset, Pierre Peterlongo, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq
- article
- JOBIM 2018 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
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-
- titre
- Simulation of RNA sequencIng with Oxford Nanopore Technologies
- auteur
- Camille Marchet, Leandro Lima
- article
- JOBIM 2018 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reference guided genome assembly in metagenomic samples
- auteur
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- RECOMB 2018 – 22nd International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB-seq 2018 – Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
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-
Reports
- titre
- Séparation d’haplotypes à partir de données de séquençage de troisième génération
- auteur
- Maxime Bridoux
- article
- [Stage] Inria Rennes – Bretagne Atlantique. 2018
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-
Theses
- titre
- From reads to transcripts: de novo methods for the analysis of transcriptome second and third generation sequencing.
- auteur
- Camille Marchet
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : ⟩
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-
2017
Journal articles
- titre
- Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species
- auteur
- Thomas C. Mathers, Yazhou Chen, Gemy Kaithakottil, Fabrice Legeai, Sam T. Mugford, Patrice Baa-Puyoulet, Anthony Bretaudeau, Bernardo Clavijo, Stefano Colella, Olivier Collin, Tamas Dalmay, Thomas Derrien, Honglin Feng, Toni Gabaldon, Anna Jordan, Irene Julca, Graeme J. Kettles, Krissana Kowitwanich, Dominique Lavenier, Paolo Lenzi, Sara Lopez-Gomollon, Damian Loska, Daniel Mapleson, Florian Maumus, Simon Moxon, Daniel R. G. Price, Akiko Sugio, Manuella van Munster, Marilyne Uzest, Darren Waite, Georg Jander, Denis Tagu, Alex C. C. Wilson, Cock van Oosterhout, David Swarbreck, Saskia A. Hogenhout
- article
- Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.27. ⟨10.1186/s13059-016-1145-3⟩
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-
- titre
- Two genomes of highly polyphagous lepidopteran pests (Spodoptera frugiperda, Noctuidae) with different host-plant ranges
- auteur
- Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Kiwoong Nam, Sylvie Gimenez, Jean-Marc Aury, Bernard Duvic, Frederique Hilliou, Nicolas Durand, Nicolas Montagné, Isabelle Darboux, Suyog Kuwar, Thomas Chertemps, David Siaussat, Anne Bretschneider, Yves Moné, Seung-Joon Ahn, Sabine Hänniger, Anne-Sophie Gosselin Grenet, David Neunemann, Florian Maumus, Isabelle Luyten, Karine Labadie, Wei Xu, Fotini A. Koutroumpa, Jean-Michel Escoubas, Angel Llopis, Martine Maïbèche-Coisne, Fanny Salasc, Archana Tomar, Alisha R Anderson, Sher Afzal Khan, Pascaline Dumas, Marion Orsucci, Julie Guy, Caroline Belser, Adriana A. Alberti, Benjamin Noel, Arnaud Couloux, Jonathan Mercier, Sabine Nidelet, Emeric Dubois, Nai-Yong Liu, Isabelle Boulogne, Olivier Mirabeau, Gaelle Le Goff, Karl Gordon, John Oakeshott, Fernando L Consoli, Anne-Nathalie Volkoff, Howard W Fescemyer, James H Marden, Dawn S Luthe, Salvador Herrero, David G Heckel, Patrick Wincker, Gael J Kergoat, Joelle Amselem, Hadi Quesneville, Astrid T Groot, Emmanuelle Jacquin-Joly, Nicolas Nègre, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, Emmanuelle D’alençon, Philippe Fournier
- article
- Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-017-10461-4⟩
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-
- titre
- Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
- auteur
- Leandro Lima, Blerina Sinaimeri, Gustavo Sacomoto, Helene Lopez-Maestre, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), pp.2. ⟨10.1186/s13015-017-0091-2⟩
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-
- titre
- Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
- auteur
- Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen, Johannes Dröge, Ivan Gregor, Stephan Majda, Jessika Fiedler, Eik Dahms, Andreas Bremges, Adrian Fritz, Ruben Garrido-Oter, Tue Sparholt Jørgensen, Nicole Shapiro, Philip D Blood, Alexey Gurevich, Yang Bai, Dmitrij Turaev, Matthew Z Demaere, Rayan Chikhi, Niranjan Nagarajan, Christopher Quince, Lars Hestbjerg Hansen, Søren J Sørensen, Burton K H Chia, Bertrand Denis, Jeff L Froula, Zhong Wang, Robert Egan, Dongwan Don Kang, Jeffrey J Cook, Charles Deltel, Michael Beckstette, Claire Lemaitre, Peter Peterlongo, Guillaume Rizk, Dominique Lavenier, Yu-Wei Wu, Steven W Singer, Chirag Jain, Marc Strous, Heiner Klingenberg, Peter Meinicke, Michael D Barton, Thomas Lingner, Hsin-Hung Lin, Yu-Chieh Liao, Genivaldo Gueiros Z Silva, Daniel A Cuevas, Robert A Edwards, Surya Saha, Vitor C Piro, Bernhard y Renard, Mihai Pop, Hans-Peter Klenk, Markus Göker, Nikos C Kyrpides, Tanja Woyke, Julia A Vorholt, Paul Schulze-Lefert, Edward M Rubin, Aaron E Darling, Thomas Rattei, Alice C Mchardy
- article
- Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 – 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genome scans on experimentally evolved populations reveal candidate regions for adaptation to plant resistance in the potato cyst nematode Globodera pallida.
- auteur
- Delphine Eoche-Bosy, Matthieu Gautier, Magali Esquibet, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, Olivier Bouchez, Sylvain Fournet, Eric Grenier, Josselin Montarry
- article
- Molecular Ecology, 2017, 26 (18), pp.4700-4711. ⟨10.1111/mec.14240⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dosage compensation and sex-specific epigenetic landscape of the X chromosome in the pea aphid.
- auteur
- Gautier Richard, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, Anthony Bretaudeau, Denis Tagu, Julie Jaquiéry, Gaël Le Trionnaire
- article
- Epigenetics & Chromatin, 2017, 10 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s13072-017-0137-1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome
- auteur
- Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Benoit Hedan, Guillaume Rizk, Laëtitia Lagoutte, Tosso Leeb, Vidhya Jagannathan, Edouard Cadieu, Audrey David, Hannes Lohi, Susanna Cirera, Merete Fredholm, Nadine Botherel, Peter A. J. Leegwater, Celine Le Beguec, Hille Fieten, Jeremy Johnson, Jessica Alföldi, Catherine André, Kerstin Lindblad-Toh, Christophe Hitte, Thomas Derrien
- article
- Nucleic Acids Research, 2017, 45 (8), pp.12. ⟨10.1093/nar/gkw1306⟩
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-
- titre
- Hardware acceleration of de novo genome assembly
- auteur
- Sharat Chandra Varma, Paul Kolin, M. Balakrishnan, Dominique Lavenier
- article
- International Journal of Embedded Systems, 2017, 9 (1), pp.74-89. ⟨10.1504/IJES.2017.10002593⟩
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-
- titre
- Full Sequencing and Genomic Analysis of Three emm75 Group A Streptococcus Strains Recovered in the Course of an Epidemiological Shift in French Brittany
- auteur
- Aude Rochefort, Sarrah Boukthir, Séverine Moullec, Alexandra Meygret, Yahia Adnani, Dominique Lavenier, Ahmad Faili, Samer Kayal
- article
- Genome Announcements, 2017, 5 (39), pp.e00957. ⟨10.1128/genomeA.00957-17⟩
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-
Conference papers
- titre
- Analyse thermodynamique du cycle de conversion utilisant le CO2 Supercritique pour une application en réacteur modulaire
- auteur
- Hoang-Son Pham, Jean-Henry Ferrasse, Olivier Boutin, Nicolas Alpy, Manuel Saez
- article
- SFGP 2017 – 16ème Congrès de la Société Française de Génie des Procédés, Jul 2017, Nancy, France
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-
- titre
- AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies
- auteur
- Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- JOBIM 2017 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1
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-
- titre
- Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics
- auteur
- Xavier Garnier, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau
- article
- Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
- auteur
- Antoine Limasset, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- 16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 – 11
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid
- auteur
- Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, Sylvie Hudaverdian, Stéphanie Jaubert-Possamai, Nathalie Leterme-Prunier, Jacques Nicolas, Hervé Seitz, Anne Siegel, Sylvie Tanguy, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
- article
- 10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- A transcriptomic approach to study marine plankton holobionts
- auteur
- Arnaud Meng, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Camille Marchet, Adriana A. Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Ian Probert, Noritoshi Suzuki, Stéphane Le Crom, Lucie Bittner, Fabrice Not
- article
- International Conference on Holobionts, Apr 2017, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
- auteur
- Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
- article
- International Conference on Holobionts, Apr 2017, Paris, France
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-
- titre
- Global Optimization for Scaffolding and Completing Genome Assemblies
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- International Network Optimization Conference , European Network Optimization Group (ENOG), Feb 2017, Lisboa, Portugal. pp.15
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-
Book sections
- titre
- De Novo NGS Data Compression
- auteur
- Gaëtan Benoit, Claire Lemaitre, Guillaume Rizk, Erwan Drezen, Dominique Lavenier
- article
- Mourad Elloumi. Algorithms for Next-Generation Sequencing Data, Springer, pp.91-115, 2017, 978-3-319-59826-0. ⟨10.1007/978-3-319-59826-0_4⟩
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-
Other publications
- titre
- LepidoDB Information system
- auteur
- Emmanuelle d’Alençon, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Nicolas Negre, Ki Woong Nam
- article
- 2017
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
- auteur
- Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
- article
- JOBIM 2017 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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-
- titre
- Simka: large scale de novo comparative metagenomics
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2017 – Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017 LILLE
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-
- titre
- Genome specific expression in the liver of mule and hinny duck hybrids
- auteur
- Christian Diot, Frédéric Herault, Julien Navarro, Laure Le Calvez, Elisabeth Baéza, Christophe C. Klopp, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Pierre Peterlongo
- article
- 10. European Symposium on Poultry Genetics (ESPG), Jun 2017, Saint-Malo, France. pp.1, 2017, Proceedings of the 10th European symposium on poultry genetics
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Evaluation of genome assembly software based on long reads
- auteur
- Laurent Bouri, Dominique Lavenier, Jean-Francois J.-F. Gibrat, Victoria Fabia Dominguez del Angel
- article
- [Research Report] France Genomique. 2017
- Accès au bibtex
-
- titre
- Evaluation of long read error correction software
- auteur
- Laurent Bouri, Dominique Lavenier
- article
- [Research Report] RR-9028, INRIA Rennes – Bretagne Atlantique; GenScale. 2017
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-
Theses
- titre
- Novel Pattern Mining Techniques for Genome-wide Association Studies
- auteur
- Hoang Son Pham
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. IRISA, equipe GENSCALE, 2017. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Métagénomique comparative de novo à grande échelle
- auteur
- Gaëtan Benoit
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S088⟩
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-
- titre
- Nouvelles approches pour l’exploitation des données de séquences génomique haut débit
- auteur
- Antoine Limasset
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S049⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Novel approaches for the exploitation of high throughput sequencing data
- auteur
- Antoine Limasset
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. English. ⟨NNT : ⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Annotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
- auteur
- Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
- article
- 2017
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-
2016
Journal articles
- titre
- SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population
- auteur
- Gilles Boutet, Susete Alves Carvalho, Matthieu Falque, Pierre Peterlongo, Emeline Lhuillier, Olivier Bouchez, Clément Lavaud, Marie-Laure Pilet-Nayel, Nathalie Rivière, Alain Baranger
- article
- BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.121. ⟨10.1186/s12864-016-2447-2⟩
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-
- titre
- Read mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Bastien Cazaux, Eric Rivals, Pierre Peterlongo
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), ⟨10.1186/s12859-016-1103-9⟩
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-
- titre
- De novo transcriptome assembly of the grapevine phylloxera allows identification of genes differentially expressed between leaf- and root-feeding forms
- auteur
- Claude Rispe, Fabrice Legeai, Daciana Papura, Anthony Bretaudeau, Sylvie Hudaverdian, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu, Julie Jaquiéry, François Delmotte
- article
- BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.219. ⟨10.1186/s12864-016-2530-8⟩
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-
- titre
- Multiple comparative metagenomics using multiset k -mer counting
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- PeerJ Computer Science, 2016, 2 (14), 25 p. ⟨10.7717/peerj-cs.94⟩
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-
- titre
- Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
- auteur
- Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev
- article
- Bioinformatics, 2016, 32 (12), pp.i201 – i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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-
- titre
- Differential gene expression according to race and host plant in the pea aphid
- auteur
- Isobel Eyres, Julie Jaquiéry, Akiko Sugio, Ludovic Duvaux, Karim Gharbi, Jing-Jiang Zhou, Fabrice Legeai, Michaela Nelson, Jean-Christophe Simon, Carole Smadja, Roger Butlin, Julia Ferrari
- article
- Molecular Ecology, 2016, 25 (17), pp.4197-4215. ⟨10.1111/mec.13771⟩
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-
- titre
- Genome sequence of the uncommon Streptococcus pyogenes M/emm66 strain STAB13021, isolated from clonal clustered cases in French Brittany
- auteur
- Alexandra Meygret, Vincent Pascal, Séverine Moullec, Jessica Nacazume, Yahia Adnani, Dominique Lavenier, Samer Kayal, Ahmad Faili
- article
- Genome Announcements, 2016, 4 (4), pp.e00689-16. ⟨10.1128/genomeA.00689-16⟩
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-
- titre
- Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
- auteur
- Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
- article
- GigaScience, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
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-
- titre
- SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
- auteur
- Hélène Lopez-Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- Nucleic Acids Research, 2016, ⟨10.1093/nar/gkw655⟩
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-
Conference papers
- titre
- DNA Mapping using Processor-in-Memory Architecture
- auteur
- Dominique Lavenier, Jean-Francois Roy, David Furodet
- article
- Workshop on Accelerator-Enabled Algorithms and Applications in Bioinformatics, Dec 2016, Shenzhen, China
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-
- titre
- BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction
- auteur
- Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, Denis Tagu
- article
- XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States
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-
- titre
- A New Approach to the Discretization of Multidimensional Scaling
- auteur
- Warley Gramacho, Antonio Mucherino, Jung-Hsin Lin, Carlile Lavor
- article
- IEEE Conference Proceedings of FedCSIS16, Sep 2016, Gandz, Poland
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-
- titre
- Global Optimization for Scafolding and Completing Genome Assemblies
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- 12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, Sep 2016, Toulouse, France
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-
- titre
- InterCriteria Analysis of Ant Algorithm with Environment Change for GPS Surveying Problem
- auteur
- Stefka Fidanova, Olympia Roeva, Antonio Mucherino, K. Kapanova
- article
- 17th International Conference on Artificial Intelligence: Methodology Systems, Applications (AIMSA16), Sep 2016, Varna, Bulgaria. pp.271-278, ⟨10.1007/978-3-319-44748-3_26⟩
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-
- titre
- Global Optimization Methods for Genome Scaffolding
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- 12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics , Sep 2016, Toulouse, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identifying Genetic Variant Combinations using Skypatterns
- auteur
- Hoang-Son Pham, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
- article
- 7th International Workshop on Biological Knowledge Discovery and Data Mining (Workshop BIOKDD ’16 ), DEXA, Sep 2016, Porto, Portugal. ⟨10.1109/DEXA.2016.13⟩
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-
- titre
- A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics
- auteur
- Camille Marchet, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
- article
- Prageu Stringology Conference , Aug 2016, Prague, Czech Republic
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-
Book sections
- titre
- GPU-accelerated shortest paths computations for planar graphs
- auteur
- Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier, Rumen Andonov
- article
- Hamid Azad Advances in GPU Research and Practice , Elsevier, pp.774, 2016, 9780128037386
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-
- titre
- Introducing the Environment in Ant Colony Optimization
- auteur
- Antonio Mucherino, Stefka Fidanova, Maria Ganzha
- article
- Studies in Computational Intelligence, 655, Springer, pp.147-158, 2016, Recent Advances in Computational Optimization
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-
- titre
- Genomics of Phenotypic plastity in Aphids
- auteur
- Jenn A. Brisson, Julie Jaquiéry, Fabrice Legeai, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
- article
- Henryk Czosnek; Murad Ghanim. Management of Insect Pests to Agriculture, Springer International Publishing, pp.65-96, 2016, 978-3-319-24049-7. ⟨10.1007/978-3-319-24049-7_3⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Lire les lectures : analyse de données de séquençage
- auteur
- Pierre Peterlongo
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université rennes1, 2016
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-
Poster communications
- titre
- Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics
- auteur
- Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Mélanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice F. Legeai
- article
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
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-
- titre
- Minimal perfect hash functions in large scale bioinformatics Problem
- auteur
- Antoine Limasset, Camille Marchet, Pierre Peterlongo, Lucie Bittner
- article
- JOBIM 2016, Jun 2016, Lyon, France
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-
Reports
- titre
- Evaluation des logiciels d’assemblage utilisant des lectures longues
- auteur
- Laurent Bouri, Dominique Lavenier
- article
- [Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes – Bretagne Atlantique. 2016
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-
- titre
- MAPPING on UPMEM
- auteur
- Dominique Lavenier, Charles Deltel, David Furodet, Jean-François Roy
- article
- [Research Report] RR-8923, INRIA. 2016, pp.17
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-
- titre
- BLAST on UPMEM
- auteur
- Dominique Lavenier, Charles Deltel, David Furodet, Jean-François Roy
- article
- [Research Report] RR-8878, INRIA Rennes – Bretagne Atlantique. 2016, pp.20
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Seamless Coarse Grained Parallelism Integration in Intensive Bioinformatics Workflows
- auteur
- François Moreews, Dominique Lavenier
- article
- 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- 2016
- Accès au bibtex
-
2015
Journal articles
- titre
- BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry
- auteur
- François Moreews, Olivier Sallou, Hervé Ménager, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Christophe Blanchet, Olivier Collin
- article
- F1000Research, 2015, ⟨10.12688/f1000research.7536.1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida, Hélène Chiapello, Amal Hammani, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Marie-Noëlle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.35. ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Automatic Classification of Protein Structure Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
- auteur
- Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Gunnar Klau, Mathilde Boudic-Jamin, Inken Wohlers
- article
- Algorithms, 2015, 8 (4), ⟨10.3390/a8040850⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- All-Pairs Shortest Path Algorithms for Planar Graph for GPU-Accelerated Clusters
- auteur
- Hristo Djidjev, Guillaume Chapuis, Rumen Andonov, Sunil Thulasidasan, Dominique Lavenier
- article
- Journal of Parallel and Distributed Computing, 2015, 85, pp.91-103. ⟨10.1016/j.jpdc.2015.06.008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combining execution pipelines to improve parallel implementation of HMMER on FPGA
- auteur
- Naeem Abbas, Steven Derrien, Sanjay Rajopadhye, Patrice Quinton, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier
- article
- Microprocessors and Microsystems: Embedded Hardware Design , 2015, 39, pp.457-470. ⟨10.1016/j.micpro.2015.06.006⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Automatic Classification of Protein Structures Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
- auteur
- Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Klau Gunnar, Mathilde Le Boudic-Jamin, Inken Wohlers
- article
- Algorithms, 2015, Special Issue Algorithmic Themes in Bioinformatics, Volume 8 (Issue 4), pp.20. ⟨10.3390/a8040850⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reference-free compression of high throughput sequencing data with a probabilistic de Bruijn graph
- auteur
- Gaëtan Benoit, Claire Lemaitre, Dominique Lavenier, Erwan Drezen, Thibault Dayris, Raluca Uricaru, Guillaume Rizk
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), ⟨10.1186/s12859-015-0709-7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Assembler un génome sur un pico-ordinateur
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- Biofutur, 2015, 34 (363)
- Accès au bibtex
-
- titre
- Whole-genome re-sequencing of non-model organisms: lessons from unmapped reads
- auteur
- Anaïs Gouin, Fabrice Legeai, Pierre Nouhaud, Annabel Whibley, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- Heredity, 2015, 114, pp.494-501. ⟨10.1038/hdy.2014.85⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- On the Representation of De Bruijn Graphs
- auteur
- Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Shaun Jackman, Jared T. Simpson, Paul Medvedev
- article
- Journal of Computational Biology, 2015, 22 (5), pp.336 – 352. ⟨10.1089/cmb.2014.0160⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Parallel Seed-Based Approach to Multiple Protein Structure Similarities Detection
- auteur
- Guillaume Chapuis, Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- Scientific Programming, 2015, 2015, ⟨10.1155/2015/279715⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification of long non-coding RNAs in insects genomes
- auteur
- Fabrice Legeai, Thomas Derrien
- article
- Current Opinion in Insect Science, 2015, 7, pp.37 – 44. ⟨10.1016/j.cois.2015.01.003⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ
- auteur
- Anthony Bretaudeau, Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras, Fabrice Legeai, Olivier Collin
- article
- GigaScience, 2015, 4, pp.22. ⟨10.1186/s13742-015-0063-8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
- auteur
- Pascaline Dumas, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre, Erwan Scaon, Marion Orsucci, Karine Labadie, Sylvie Gimenez, Anne Laure Clamens, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Jean-Marc Aury, Philippe Fournier, Gael Kergoat, Emmanuelle d’Alençon
- article
- Genetica, 2015, 143 (3), pp.305-316. ⟨10.1007/s10709-015-9829-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
- auteur
- Gaëtan Benoit
- article
- RCAM, Oct 2015, Paris, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ant Colony Optimization with Environment Changes: an Application to GPS Surveying
- auteur
- Antonio Mucherino, Stefka Fidanova, Maria Ganzha
- article
- Federated Conference on Computer Science and Iinformation Ssystems, Sep 2015, Lodz, Poland
- Accès au bibtex
-
- titre
- KLAST: fast and sensitive software to compare large genomic databanks on cloud
- auteur
- Ivaylo Petrov, Sébastien Brillet, Erwan Drezen, Sylvain Quiniou, L Antin, Patrick Durand, Dominique Lavenier
- article
- World Congress in Computer Science, Computer Engineering, and Applied Computing, Jul 2015, Las Vegas,, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- De novo detection of structure repeats in Proteins
- auteur
- Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov
- article
- Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM , Société Française de BioInformatique (SFBI), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed
- auteur
- François Moreews, Olivier Sallou, Yvan Le Bras, Grosjean Marie, Cyril Monjeaud, Thomas A Darde, Olivier Collin, Christophe Blanchet
- article
- Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique
- auteur
- Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
- article
- IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jun 2015, Rennes, France. pp.7
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimal Discretization Orders for Distance Geometry: a Theoretical Standpoint
- auteur
- Antonio Mucherino
- article
- LSSC2015 – Proceedings of Large Scale Scientific Computations, Jun 2015, Sozopol, Bulgaria
- Accès au bibtex
-
- titre
- Energy Modeling and Optimization for Tiled Nested-Loop Codes
- auteur
- Nirmal Prajapati, Waruna Ranasinghe, Vamsi Krishna Tandrapati, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sanjay Rajopadhye
- article
- Parallel and Distributed Processing Symposium Workshop (IPDPSW), May 2015, Hyderabad India. pp.888 – 895 ⟨10.1109/IPDPSW.2015.94⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Pseudo de Bruijn Graph Representation for Discretization Orders for Distance Geometry
- auteur
- Antonio Mucherino
- article
- Proceedings of IWBBIO15, May 2015, Granada, Spain. pp.514-523
- Accès au bibtex
-
- titre
- Discretization Orders and Distance Geometry
- auteur
- Antonio Mucherino
- article
- 16ème conférence ROADEF :, Feb 2015, Marseille, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- The chemosensory transcriptome of the cotton leafworm Spodoptera littoralis
- auteur
- Emmanuelle Joly, Erwan Poivet, Aurore Gallot, Fabrice Legeai, Nicolas Montagné
- article
- 24. Annual Meeting of the European-Chemoreception-Research-Organization (ECRO), 2015, NA, France
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
- auteur
- Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
- article
- David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, 1374, Humana Press – Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming
- auteur
- Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
- article
- S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization
- Accès au bibtex
-
Master thesis
- titre
- Test and Benchmarking of A New Scaffolding Methodology
- auteur
- Alexandrina Bodrug
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms
- auteur
- Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Emmanuelle d’Alençon, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- Genome Informatics, Oct 2015, Cold Spring Harbor Laboratory, United States. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- VCF$\_$creator: Mapping and VCF Creation features in DiscoSnp++
- auteur
- Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BGREAT: A De Bruijn graph read mapping tool
- auteur
- Antoine Limasset, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont ferrant, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of [i]Propionibacterium freudenreichii[/i]
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Helene Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- JOBIM 16.Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015
- Accès au bibtex
-
- titre
- Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , ⟨10.1093/Bioinforma-cs/btu406⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms, a case study of the genomes of two Spodoptera frugiperda host strains
- auteur
- Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, K Labadie, Jean-Marc Aury, Emmanuelle d’Alençon, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- Arthropod Genomics 2015, Jun 2015, Manhattan (Kansas), United States. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Hélène Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- 20. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2015, Lille, France. , 2015
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- titre
- Distance Geometry and Applications
- auteur
- Antonio Mucherino, Rosiane de Freitas, Carlile Lavor
- article
- special issue of Discrete Applied Mathematics, France. 197, , 2015
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Similarités et divergences, globales et locales, entre structures protéiques
- auteur
- Mathilde Le Boudic-Jamin
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S119⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Similarités et divergences, globales et locales entre structures protéiques
- auteur
- Mathilde Le Boudic-Jamin
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Concevoir et partager des workflows d’analyse de données : application aux traitements intensifs en bioinformatique
- auteur
- François Moreews
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S089⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- MindTheGap: integrated detection and assembly of short and long insertions
- auteur
- Guillaume Rizk, Anaïs Gouin, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2014, 30 (24), pp.3451 – 3457. ⟨10.1093/bioinformatics/btu545⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reference-free detection of isolated SNPs
- auteur
- Raluca Uricaru, Guillaume Rizk, Vincent Lacroix, Elsa Quillery, Olivier Plantard, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- Nucleic Acids Research, 2014, 43 (2), pp.e11. ⟨10.1093/nar/gku1187⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- On the Number of Realizations of Certain Henneberg Graphs arising in Protein Conformation
- auteur
- Leo Liberti, Benoît Masson, Jon Lee, Carlile Lavor, Antonio Mucherino
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2014, 165, pp.213-232
- Accès au bibtex
-
- titre
- Discretization Orders and Efficient Computation of Cartesian Coordinates for Distance Geometry
- auteur
- Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino
- article
- Optimization Letters, 2014, 8 (7), pp.2111-2125
- Accès au bibtex
-
- titre
- Euclidean Distance Geometry and Applications
- auteur
- Leo Liberti, Carlile Lavor, Nelson Maculan, Antonio Mucherino
- article
- SIAM Review, 2014, 56 (1), pp.3-69
- Accès au bibtex
-
- titre
- Discretization Orders for Protein Side Chains
- auteur
- Virginia Costa, Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Andrea Cassioli, Luiz Mariano Carvalho, Nelson Maculan
- article
- Journal of Global Optimization, 2014, 60 (2), pp.333-349
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-
- titre
- Genome Sequence of Lactococcus lactis subsp. lactis bv. diacetylactis LD61.
- auteur
- Hélène Falentin, Delphine Naquin, Valentin Loux, Frédérique Barloy-Hubler, Pascal Loubière, Sébastien Nouaille, Dominique Lavenier, Pascal Le Bourgeois, Patrice François, Jacques Schrenzel, David Hernandez, Sergine Even, Yves Le Loir
- article
- Genome Announcements, 2014, 2 (1), pp.1. ⟨10.1128/genomeA.01176-13⟩
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-
- titre
- Establishment and analysis of a reference transcriptome for Spodoptera frugiperda
- auteur
- Fabrice Legeai, Sylvie Gimenez, Bernard Duvic, Jean-Michel Escoubas, Anne-Sophie Gosselin Grenet, Florence Blanc, François Cousserans, Imène Séninet, Anthony Bretaudeau, Doriane Mutuel, Pierre-Alain Girard, Christelle Monsempes, Ghislaine Magdelenat, Frédérique Hilliou, René Feyereisen, Mylène Ogliastro, Anne-Nathalie Volkoff, Emmanuelle Jacquin-Joly, Emmanuelle d’Alençon, Nicolas Nègre, Philippe Fournier
- article
- BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.704. ⟨10.1186/1471-2164-15-704⟩
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-
- titre
- Genetic control of contagious asexuality in the pea aphid
- auteur
- Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Tiphaine Ouisse, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, Anaïs Gouin, Pierre Nouhaud, Jennifer A. Brisson, Ryan Bickel, Swapna Purandare, Julie Poulain, Christophe Battail, Claire Lemaitre, Lucie Mieuzet, Gaël Le Trionnaire, Jean-Christophe Simon, Claude Rispe
- article
- PLoS Genetics, 2014, 10 (12), pp.e1004838. ⟨10.1371/journal.pgen.1004838⟩
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-
- titre
- Rime: Repeat identification
- auteur
- Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2014, 163 (3), pp.275-286. ⟨10.1016/j.dam.2013.02.016⟩
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-
- titre
- GATB: Genome Assembly & Analysis Tool Box
- auteur
- Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
- article
- Bioinformatics, 2014, 30, pp.2959 – 2961. ⟨10.1093/bioinformatics/btu406⟩
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-
Conference papers
- titre
- COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
- auteur
- Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom
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-
- titre
- Quality metrics for benchmarking sequences comparison tools
- auteur
- Erwan Drezen, Dominique Lavenier
- article
- 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Honrizonte, Brazil. pp.144-153
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-
- titre
- An Adaptive Branching Scheme for the Branch & Prune Algorithm applied to Distance Geometry
- auteur
- Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
- article
- Federated Conference on Computer Science and Information Systems (FedCSIS14), Workshop on Computational Optimization (WCO14), Sep 2014, Warsaw, Poland. pp.463-469
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-
- titre
- Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment
- auteur
- François Moreews, Yvan Le Bras, Olivier Dameron, Cyril Monjeaud, Olivier Collin
- article
- Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States
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-
- titre
- Exact Protein Structure Classification Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
- auteur
- Inken Wohlers, Mathilde Le Boudic-Jamin, Hristo Djidjev, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov
- article
- 1st International Conference on Algorithms for Computational Biology, AlCoB 2014, Jul 2014, Tarragona, Spain. pp.262 – 273, ⟨10.1007/978-3-319-07953-0_21⟩
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-
- titre
- Mapping-free and assembly-free discovery of inversion breakpoints from raw NGS reads
- auteur
- Claire Lemaitre, Liviu Ciortuz, Pierre Peterlongo
- article
- Algorithms for Computational Biology, Jul 2014, Tarragona, Spain. pp.119-130, ⟨10.1007/978-3-319-07953-0_10⟩
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-
- titre
- Long non-‐coding RNA in the pea aphid; identification and comparative expression in sexual and asexual embryos
- auteur
- Fabrice Legeai, Thomas Derrien, Valentin Wucher, David Audrey, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
- article
- Arthropod Genomics Symposium, Jun 2014, Urbana, United States
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-
- titre
- Efficient Multi-GPU Algorithm for All-Pairs Shortest Paths
- auteur
- Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Rumen Andonov, Sunil Thulasidasan, Dominique Lavenier
- article
- IPDPS 2014, Manish Parashar, May 2014, Phoenix, United States
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-
Book sections
- titre
- BetaMDGP: Protein Structure Determination Algorithm Based on the Beta-complex
- auteur
- Jeongyeon Seo, Jae-Kwan Kim, Joonghyun Ryu, Carlile Lavor, Antonio Mucherino, Deok-Soo Kim
- article
- M.L. Gavrilova; C.J.K. Tan. Transactions on Computational Science XXII, Lecture Notes in Computer Science (8360), Springer, pp.130-155, 2014
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-
Master thesis
- titre
- Combinatorial Optimization for Fast Scaffolding
- auteur
- Ivaylo Petrov
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2014
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-
Poster communications
- titre
- GATB: Toolbox for developing efficient NGS software
- auteur
- Erwan Drezen, G Rizk, R Chikhi, Charles Deltel, C Lemaitre, P Peterlongo, D Lavenier
- article
- 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Honrizonte, Brazil
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-
- titre
- Challenges for Extending Discretizable Molecular Distance Geometry to Interval Data
- auteur
- Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino
- article
- Proceedings of Many Faces of Distances (MFD14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014
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-
- titre
- Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry
- auteur
- Douglas Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino
- article
- Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014
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-
- titre
- Reference-free high-throughput SNP detection in pea: an example of discoSnp usage for a non-model complex genome
- auteur
- Susete Alves Carvalho, Raluca Uricaru, Jorge Duarte, Claire Lemaitre, Nathalie Rivière, Gilles Boutet, Alain Baranger, Pierre Peterlongo
- article
- ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
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-
- titre
- Bloocoo, a memory efficient read corrector
- auteur
- Gaëtan Benoit, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre, Guillaume Rizk
- article
- European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. ECCB 2014, 2014
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-
- titre
- MindTheGap: integrated detection and assembly of short and long insertions
- auteur
- Guillaume Rizk, Anaïs Gouin, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre
- article
- European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , ECCB 2014, 2014
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-
- titre
- Identification and correction of genome mis-assemblies due to heterozygosity
- auteur
- Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , ECCB 2014, 2014
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-
- titre
- SNP discovery in pea: a powerful tool for academic research and breeding
- auteur
- Gilles Boutet, J. Duarte, Susete Alves Carvalho, Clément Lavaud, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo, Marie-Laure Pilet-Nayel, Alain Baranger, Nathalie Riviere
- article
- 6. International Food Legumes Research Conference (IFLRC VI), Jul 2014, Saskatook, Canada. , 2014
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-
- titre
- Speeding up NGS software development
- auteur
- Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
- article
- Sequencing, Finishing and Analysis in the Future Meeting, May 2014, Santa Fé, United States
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-
- titre
- GATB: a software toolbox for genome assembly and analysis
- auteur
- Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
- article
- Bio-IT World Conference, Apr 2014, Boston, United States
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-
- titre
- KLAST: a new high-performance sequence similarity search tool
- auteur
- Erwan Drezen, Patrick Durand, Dominique Lavenier
- article
- Bio-IT World Conference, Apr 2014, Boston, United States
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-
Reports
- titre
- Exact Protein Structure Classification Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
- auteur
- Inken Wohlers, Mathilde Le Boudic-Jamin, Hristo Djidjev, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov
- article
- [Research Report] INRIA Rennes – Bretagne Atlantique and University of Rennes 1, France; Genome Informatics, University of Duisburg-Essen, Germany; Life Sciences, CWI, Science Park 123, 1098 XG Amsterdam, The Netherlands; Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM, USA. 2014, pp.262 – 273
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Parallel seed-based approach to multiple protein structure similarities detection
- auteur
- Guillaume Chapuis, Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- 2014
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-
2013
Journal articles
- titre
- Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms
- auteur
- Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard
- article
- Molecular Ecology Resources, 2013, 14 (2), pp.393-400. ⟨10.1111/1755-0998.12179⟩
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-
- titre
- Graphics Processing Unit-Accelerated Quantitative Trait Loci Detection
- auteur
- Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Jean Michel J. M. Elsen, Dominique Lavenier, Pascale Le Roy
- article
- Journal of Computational Biology, 2013, 20 (9), pp.672-686. ⟨10.1089/cmb.2012.0136⟩
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-
- titre
- Masculinization of the X Chromosome in the Pea Aphid
- auteur
- Julie Jaquiéry, Claude Rispe, Denis Roze, Fabrice Legeai, Gaël Le Trionnaire, Solenn Stoeckel, Lucie Mieuzet, Corinne da Silva, Julie Poulain, Nathalie Prunier-Leterme, Béatrice Ségurens, Denis Tagu, Jean-Christophe Simon
- article
- PLoS Genetics, 2013, 9 (8), pp.e1003690. ⟨10.1371/journal.pgen.1003690⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Draft Genome Sequences of Mycoplasma alkalescens, Mycoplasma arginini, and Mycoplasma bovigenitalium, Three Species with Equivocal Pathogenic Status for Cattle
- auteur
- Lucía Manso-Silván, Florence Tardy, Eric Baranowski, Aurélien Barré, Alain Blanchard, Marc Breton, Carole Couture, Christine Citti, Emilie Dordet-Frisoni, Virginie Dupuy, Patrice Gaurivaud, Daniel Jacob, Claire Lemaitre, Macha Nikolski, Laurent-Xavier Nouvel, François Poumarat, Patricia Thébault, Sébastien Theil, François Thiaucourt, Pascal Sirand-Pugnet
- article
- Genome Announcements, 2013, 1 (3), pp.e00348-13. ⟨10.1128/genomeA.00348-13⟩
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-
- titre
- DSK: k-mer counting with very low memory usage
- auteur
- Guillaume Rizk, Dominique Lavenier, Rayan Chikhi
- article
- Bioinformatics, 2013, 29 (5), pp.652-653. ⟨10.1093/bioinformatics/btt020⟩
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-
- titre
- The interval Branch & Prune Algorithm for the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem with Inexact Distances
- auteur
- Carlile Lavor, Leo Liberti, Antonio Mucherino
- article
- Journal of Global Optimization, 2013, 56 (3), pp.855-871
- Accès au bibtex
-
- titre
- DALIX: optimal DALI protein structure alignment
- auteur
- Inken Wohlers, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2013, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 10 (1), pp.20
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-
- titre
- A comparison of the olfactory gene repertoires of adults and larvae in the noctuid moth Spodoptera littoralis
- auteur
- Erwan Poivet, Aurore Gallot, Nicolas Montagné, Nicolas Glaser, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (4), pp.e60263. ⟨10.1371/journal.pone.0060263⟩
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-
- titre
- Candidate Chemosensory Genes in the Stemborer Sesamia nonagrioides
- auteur
- Nicolas Glaser, Aurore Gallot, Fabrice Legeai, Nicolas Montagne, Erwan E. Poivet, Myriam Harry, Paul-André Calatayud, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- International Journal of Biological Sciences, 2013, 9 (5), pp.481-495. ⟨10.7150/ijbs.6109⟩
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-
- titre
- Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter
- auteur
- Rayan Chikhi, Guillaume Rizk
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2013, 8 (1), pp.22. ⟨10.1186/1748-7188-8-22⟩
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-
Conference papers
- titre
- AphidAtlas : avancées récentes
- auteur
- Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé
- article
- BAPOA 2013 MOP, Oct 2013, Montpellier, France
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-
- titre
- Energy-based Pruning Devices for the BP algorithm for Distance Geometry
- auteur
- Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
- article
- Workshop on Computational Optimization, Sep 2013, Krakow, Poland. pp.335-340
- Accès au bibtex
-
- titre
- Parallel seed-based approach to protein structure similarity detection
- auteur
- Guillaume Chapuis, Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- PPAM 2013, Roman Wyrzykowski, Sep 2013, Varsovie, Poland
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-
- titre
- On the Identification of Discretization Orders for Distance Geometry with Intervals
- auteur
- Antonio Mucherino
- article
- Geometric Science of Information (GSI13), Aug 2013, Paris, France. pp.231-238
- Accès au bibtex
-
- titre
- Whole genome re-sequencing : lessons from unmapped reads
- auteur
- Anaïs Gouin, Pierre Nouhaud, Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Adaptive Branching in iBP with Clifford Algebra
- auteur
- Rafael Alves, Andrea Cassioli, Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
- article
- Distance Geometry and Applications (DGA13), Jun 2013, Manaus, Amazonas, Brazil. pp.65-69
- Accès au bibtex
-
- titre
- On the Discretization of iDMDGP instances regarding Protein Side Chains with Rings
- auteur
- Virginia Costa, Antonio Mucherino, L.M. Carvalho, Nelson Maculan
- article
- Distance Geometry and Applications (DGA13), Jun 2013, Manaus, Amazonas, Brazil. pp.99-102
- Accès au bibtex
-
- titre
- A new Algorithm to Finding Discretizable Orderings for Distance Geometry
- auteur
- Warley Gramacho, Douglas Gonçalves, Antonio Mucherino, Nelson Maculan
- article
- Distance Geometry and Applications (DGA13), Jun 2013, Manaus, Amazonas, Brazil. pp.149-152
- Accès au bibtex
-
- titre
- FAssem : FPGA based Acceleration of De Novo Genome Assembly
- auteur
- Sharat Chandra Varma, Paul Kolin, M. Balakrishnan, Dominique Lavenier
- article
- Proceeding of The 21st Annual International IEEE Symposium on Field Programmable Custom Computing Machines, Apr 2013, Seattle, United States. pp.FCCM’2013
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analyse de transcriptomes de foies de canards par séquençage d’ARN (RNA-Seq)
- auteur
- Christian Diot, Magalie Houee, Olivier Demeure, Elisabeth Baéza, Alain Vignal, Frederique Pitel, Christel Marie-Etancelin, Christèle Robert-Granié, Caroline Molette, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Nathalie Marsaud, Christophe C. Klopp, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
- article
- 10. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, La Rochelle., Mar 2013, La Rochelle, France
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Distance Geometry in Structural Biology
- auteur
- Thérèse E. Malliavin, Antonio Mucherino, Michael Nilges
- article
- Mucherino, Antonio and Lavor, Carlile and Liberti, Leo and Maculan, Nelson. Distance Geometry: Theory, Methods and Applications, Springer, pp.329-350, 2013
- Accès au bibtex
-
- titre
- A VNS-based Heuristic for Feature Selection in Data Mining
- auteur
- Antonio Mucherino, Leo Liberti
- article
- Talbi, E-G. Hybrid Metaheuristics, Springer, pp.353-368, 2013
- Accès au bibtex
-
- titre
- The Discretizable Molecular Distance Geometry Problem seems Easier on Proteins
- auteur
- Leo Liberti, Carlile Lavor, Antonio Mucherino
- article
- Mucherino, Antonio and Lavor, Carlile and Liberti, Leo and Maculan, Nelson. Distance Geometry: Theory, Methods and Applications, Springer, pp.47-60, 2013
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Distance Geometry: Theory, Methods and Applications
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
- article
- Springer, pp.410, 2013
- Accès au bibtex
-
Documents associated with scientific events
- titre
- MINIA on a Raspberry Pi, Assembling a 100 Mbp Genome on a Credit Card Sized Computer
- auteur
- Guillaume Collet, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
- article
- JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. 2013
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
- auteur
- Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger, Christophe Godin, Clarisse Holik, Claude Kirchner, Diane Rives, Elodie Darquie, Erwan Kerrien, Fabrice Neyret, Florent Masseglia, Florian Dufour, Gérard Berry, Gilles Dowek, Hélène Robak, Hélène Xypas, Irina Illina, Isabelle Gnaedig, Joanna Jongwane, Jocelyne Ehrel, Laurent Viennot, Laure Guion, Lisette Calderan, Lola Kovacic, Marie Collin, Marie-Agnès Enard, Marie-Hélène Comte, Martin Quinson, Martine Olivi, Mathieu Giraud, Mathilde Dorémus, Mia Ogouchi, Muriel Droin, Nathalie Lacaux, Nicolas P. Rougier, Nicolas Roussel, Pascal Guitton, Pierre Peterlongo, Rose-Marie Cornus, Simon Vandermeersch, Sophie Maheo, Sylvain Lefebvre, Sylvie Boldo, Thierry Viéville, Véronique Poirel, Aline Chabreuil, Arnaud Fischer, Claude Farge, Claude Vadel, Isabelle Astic, Jean-Pierre Dumont, Loic Féjoz, Patrick Rambert, Pierre Paradinas, Sophie de Quatrebarbes, Stéphane Laurent
- article
- [Interne] Inria. 2013, pp.34
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Branch-and-Prune Algorithm for the Sensor Network Localization Problem
- auteur
- Maria Cristina de Cola, Antonio Mucherino, Giovanni Felice, Leo Liberti
- article
- [Research Report] 2013
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Comparaison de novo de données de séquençage issues de très grands échantillons métagénomiques : application sur le projet Tara Oceans
- auteur
- Nicolas Maillet
- article
- Autre [cs.OH]. Université de Rennes, 2013. Français. ⟨NNT : 2013REN1S097⟩
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-
- titre
- Exploiting parallel features of modern computer architectures in bioinformatics : applications to genetics, structure comparison and large graph analysis
- auteur
- Guillaume Chapuis
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. École normale supérieure de Cachan – ENS Cachan, 2013. English. ⟨NNT : 2013DENS0068⟩
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-
2012
Journal articles
- titre
- Genome scans reveal candidate regions involved in the adaptation to host plant in the pea aphid complex.
- auteur
- Julie Jaquiéry, Solenn Stoeckel, P. Nouhaud, L. Mieuzet, F. Mahéo, F. Legeai, N. Bernard, A. Bonvoisin, R. Vitalis, Jean-Christophe Simon
- article
- Molecular Ecology, 2012, 21 (21), pp.5251-64. ⟨10.1111/mec.12048⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Oocyte-somatic cells interactions, lessons from evolution.
- auteur
- Cathy Charlier, Jérôme Montfort, Olivier Chabrol, Daphné Brisard, Thuy Thao Vi Nguyen, Aurélie Le Cam, Laurent Richard-Parpaillon, Pierre Pontarotti, François Moreews, Svetlana Uzbekova, Franck Chesnel, Julien Bobe
- article
- BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.560. ⟨10.1186/1471-2164-13-560⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Transcriptomic profiling of the reproductive mode switch in the pea aphid in response to natural autumnal photoperiod.
- auteur
- Gaël Le Trionnaire, Stéphanie Jaubert-Possamai, Joël Bonhomme, Jean-Pierre Gauthier, Grégory Guernec, Aurélie Le Cam, Fabrice Legeai, Jérôme Montfort, Denis Tagu
- article
- Journal of Insect Physiology, 2012, 58 (12), pp.1517-1524. ⟨10.1016/j.jinsphys.2012.07.009⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Discretization Orders for Distance Geometry Problems
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Lee Jon, John Lee S., Leo Liberti, Maxim Sviridenko
- article
- Optimization Letters, 2012, 6 (4), pp.783-796. ⟨10.1007/s11590-011-0302-6⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- The Discretizable Distance Geometry Problem
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
- article
- Optimization Letters, 2012, 6 (8), pp.1671-1686. ⟨10.1007/s11590-011-0358-3⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Compareads: comparing huge metagenomic experiments
- auteur
- Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 19), pp.S10. ⟨10.1186/1471-2105-13-S19-S10⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- CSA: Comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments
- auteur
- Inken Wohlers, Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 40, pp.303-309
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- TriAnnot: A Versatile and High Performance Pipeline for the Automated Annotation of Plant Genomes.
- auteur
- Philippe Leroy, Nicolas Guilhot, Hiroaki Sakai, Aurélien Bernard, Frédéric Choulet, Sébastien Theil, Sébastien Reboux, Naoki Amano, Timothée Flutre, Céline Pelegrin, Hajime Ohyanagi, Michael Seidel, Franck Giacomoni, Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt, Michael Alaux, Emmanuelle Gicquello, Fabrice Legeai, Lorenzo Cerutti, Hisataka Numa, Tsuyoshi Tanaka, Klaus Mayer, Takeshi Itoh, Hadi Quesneville, Catherine Feuillet
- article
- Frontiers in Plant Science, 2012, 3, pp.5. ⟨10.3389/fpls.2012.00005⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
- article
- Computational Optimization and Applications, 2012, 24th International Federation for Information Processing-7th Technical Committee Conference on System Modeling and Optimization Jul 2009 Buenos Aires, 52, pp.115-146. ⟨10.1007/s10589-011-9402-6⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Recent Advances on the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
- article
- European Journal of Operational Research, 2012, 219, pp.698-706
- Accès au bibtex
-
- titre
- KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
- auteur
- Gustavo Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 6), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-13-S6-S5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mapsembler, targeted and micro assembly of large NGS datasets on a desktop computer
- auteur
- Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.48. ⟨10.1186/1471-2105-13-48⟩
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-
- titre
- Exploiting Symmetry Properties of the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2012, 10 (3), pp.1242009(1-15)
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-
- titre
- Comparison of gene repertoires and patterns of evolutionary rates in eight aphid species that differ by reproductive mode.
- auteur
- M. Ollivier, T. Gabaldón, J. Poulain, Frédérick F. Gavory, N. Leterme, J.-P. Gauthier, Denis Tagu, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon, C. Rispe
- article
- Genome Biology and Evolution, 2012, 4 (2), pp.155-67. ⟨10.1093/gbe/evr140⟩
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-
- titre
- Candidate chemosensory genes in female antennae of the noctuid moth Spodoptera littoralis.
- auteur
- Emmanuelle Jacquin-Joly, Fabrice Legeai, Nicolas Montagné, Christelle Monsempes, Marie-Christine François, Julie Poulain, Frédérick F. Gavory, William B Walker, Bill S Hansson, Mattias C Larsson
- article
- International Journal of Biological Sciences, 2012, 8 (7), pp.1036-50. ⟨10.7150/ijbs.4469⟩
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-
Conference papers
- titre
- Compareads: comparing huge metagenomic experiments
- auteur
- Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB Comparative Genomics 2012, Oct 2012, Niterói, Brazil
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-
- titre
- Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter
- auteur
- Rayan Chikhi, Guillaume Rizk
- article
- WABI 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp 236-248, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_19⟩
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-
- titre
- BlastGraph: intensive approximate pattern matching in string graphs and de-Bruijn graphs
- auteur
- Guillaume Holley, Pierre Peterlongo
- article
- PSC 2012, Aug 2012, Prague, Czech Republic
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- titre
- Accelerating QTL mapping with graphics cards
- auteur
- Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Jean Michel Elsen, Dominique Lavenier, Pascale Le Roy
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. 516 p
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-
- titre
- Modeling protein flexibility by distance geometry
- auteur
- Mathilde Le Boudic-Jamin, Antonio Mucherino, Rumen Andonov
- article
- ROADEF 2012, ROADEF, Apr 2012, Angers, France
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-
- titre
- On the Discretization of Distance Geometry Problems
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
- article
- Mathematics of Distances and Applications 2012 (MDA12), 2012, Varna, Bulgaria
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-
- titre
- Finding Low-Energy Homopolymer Conformations by a Discrete Approach
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti, Nelson Maculan
- article
- Global Optimization Workshop 2012 (GOW12), 2012, Natal, Brazil
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-
- titre
- On Suitable Orders for Discretizing Molecular Distance Geometry Problems related to Protein Side Chains
- auteur
- Antonio Mucherino, Costa Virginia, Carvalho Luiz Mariano, Carlile Lavor, Nelson Maculan
- article
- IEEE Conference Proceedings, Federated Conference on Computer Science and Information Systems (FedCSIS12), Workshop on Computational Optimization (WCO12), 2012, Warsaw, Poland
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-
- titre
- A Parallel BP Algorithm for the Discretizable Distance Geometry Problem
- auteur
- Antonio Mucherino, Gramacho Warley, Carlile Lavor, Nelson Maculan
- article
- Workshop on Parallel Computing and Optimization (PCO12), 26th IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium (IPDPS12), 2012, Shanghai, China
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-
- titre
- Variable Neighborhood Search for Robust Optimization and Applications to Aerodynamics
- auteur
- Antonio Mucherino, Fuchs Martin, Serge Gratton, Vasseur Xavier
- article
- 8th International Conference on Large-Scale Scientific Computations (LSSC11), 2012, Sozopol, Bulgaria. pp.230-237
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-
Poster communications
- titre
- Compareads: comparing huge metagenomic experiments
- auteur
- Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- 13e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. 2012
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-
Theses
- titre
- Computational methods for de novo assembly of next-generation genome sequencing data
- auteur
- Rayan Chikhi
- article
- Other [cs.OH]. École normale supérieure de Cachan – ENS Cachan, 2012. English. ⟨NNT : 2012DENS0033⟩
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-
2011
Journal articles
- titre
- Genomic approach to study floral development genes in Rosa sp.
- auteur
- Annick Dubois, Arnaud A. Remay, Olivier Raymond, Sandrine Balzergue, Aurélie Chauvet, Marion Maene, Yann Pécrix, Shu-Hua Yang, Julien Jeauffre, Tatiana Thouroude, Véronique Boltz, Marie-Laure Martin-Magniette, Stéphane Janczarski, Fabrice Legeai, Jean-Pierre Renou, Philippe Vergne, Manuel Le Bris, Fabrice Foucher, Mohammed Bendahmane
- article
- PLoS ONE, 2011, 6 (12), ⟨10.1371/journal.pone.0028455⟩
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-
- titre
- Cabomba as a model for studies of early angiosperm evolution.
- auteur
- Aurelie C M Vialette-Guiraud, Michael Alaux, Fabrice Legeai, Cedric Finet, Pierre Chambrier, Spencer C Brown, Aurelie Chauvet, Carlos Magdalena, Paula J Rudall, C.P. Scutt
- article
- Annals of Botany, 2011, 108 (4), pp.589-98. ⟨10.1093/aob/mcr088⟩
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-
2010
Preprints, Working Papers, …
- titre
- A New Heuristic for Feature Selection by Consistent Biclustering
- auteur
- Antonio Mucherino, Sonia Cafieri
- article
- 2010
- Accès au bibtex
-
2001
Journal articles
- titre
- Placing, Routing, and Editing Virtual FPGAs
- auteur
- Loïc Lagadec, Dominique Lavenier, Erwan Fabiani, Bernard Pottier
- article
- Transactions on Computational Science, 2001
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Inria
IRISA