Category: Events & Seminars

PhD defense of Nicolas Bajeux

La soutenance de thèse de Nicolas Bajeux (Inria Biocore) se tiendra le vendredi 7 juillet 2017 dans la salle Euler Violet (Inria Sophia Antipolis) à 13h30
Il y présentera ses travaux intitulés « Modélisation de stratégies d’introduction de populations, effets Allee et stochasticité« 
Résumé:

Cette thèse s’intéresse à l’étude des stratégies d’introduction de populations dans l’environnement. Les deux principaux contextes présentés sont la lutte biologique et la réintroduction d’espèces. Si ces deux types d’introduction diffèrent, des processus biotiques et abiotiques les influencent de manière similaire. En particulier les populations introduites, souvent de petite taille, peuvent être sensibles à diverses formes de stochasticité, voire subir une baisse de leur taux de croissance à faible effectif, ce qu’on appelle « effet Allee ». Ces processus peuvent interagir avec les stratégies d’introduction des organismes et moduler leur efficacité.

Dans un premier temps, nous modélisons le processus d’introduction à l’aide de systèmes dynamiques impulsionnels : la dynamique de la population est décrite par des équations différentielles ordinaires qui, à des instants donnés, sont perturbées par des augmentations soudaines de la taille de la population. Cette approche se concentre sur l’influence des effets Allee sur les populations isolées (réintroduction) ou dans un cadre proie-prédateur (lutte biologique). Dans un second temps, en nous concentrant sur l’aspect réintroduction, nous étendons ce cadre de modélisation pour prendre en compte des aspects stochastiques liés à l’environnement ou aux introductions elles-mêmes. Finalement, nous considérons un modèle individu centré pour étudier l’effet de la stochasticité démographique inhérente aux petites populations. Ces différentes approches permettent d’analyser l’influence de la distribution temporelle des introductions et ainsi déterminer les stratégies qui maximisent les chances de succès des introductions.

Jury:

M. Olivier Bernard, Inria Sophia Antipolis,  Directeur de thèse

M. Julien Arino, Université du Manitoba, Rapporteur

M. Jérôme Coville, INRA Avignon, Rapporteur

M. Fabien Campillo, Inria Sophia Antipolis, Examinateur

Mme Christelle Lopes, Université Lyon 1, Examinatrice
M. Xavier Fauvergue, INRA Sophia Antipolis, Examinateur

M. Frédéric Grognard, Inria Sophia Antipolis, Membre invité, co-encadrant
M. Ludovic Mailleret, INRA Sophia Antipolis, Membre invité, co-encadrant

Soutenance de thèse – Ghjuvan GRIMAUD – 14/06/16 @ 14h au LOV

Vous pourrez assister à la soutenance de thèse de Ghjuvan Grimaud le mardi 14 juin à 14h au LOV, Villefranche sur Mer.

Titre :

Automatisation et optimisation d’un dispositif destiné à améliorer les performances de microalgues à vocation énergétique par pression de sélection continue

Résumé :

Les organismes unicellulaires photosynthétiques formant le phytoplancton sont la base de la production primaire marine. Ne pouvant pas réguler leur température, ce facteur physique contraint fortement leur croissance. L’étude de son impact est d’une actualité brûlante dans un contexte de changement climatique. Dans cette thèse nous nous sommes efforcés de comprendre comment le phytoplancton s’acclimate à la température. En analysant la réponse du taux de croissance à la température de centaines d’espèces, nous avons mis en évidence les liens existant entre les températures cardinales ainsi que leurs fondements thermodynamiques grâce au modèle mécaniste de Hinshelwood. Nous avons testé l’hypothèse de Eppley « plus chaud implique plus rapide » pour 5 groupes phylogénétiques de phytoplancton et défini leurs limites évolutives intrinsèques. Nous avons examiné les mécanismes d’adaptation induits a long terme par des variations de température et construit un modèle évolutif en utilisant la théorie de la dynamique adaptative afin de prévoir l’issue évolutive de l’adaptation d’une espèce a un cycle de température simple. Nos résultats ont été confrontés a une expérience de sélection réalisée en laboratoire sur Tisochrysis lutea. Notre méthode a été étendue pour prédire l’adaptation d’une souche soumise a un profil de température périodique et étudier l’adaptation thermique du phytoplancton à l’échelle de l’océan mondial. Des données in situ de température de surface de l’océan ont permis de forcer le modèle et de montrer qu’une augmentation de température sera critique pour certains groupes dans les zones où l’amplitude thermique annuelle est grande, comme par exemple la mer Méditerranée.

Membres du jury :

  • JM GUARINI, UPMC, Banyuls sur Mer
  • Jean-Pierre GATTUSO, CNRS/UPMC, LOV
  • Jef HUISMAN, University of Amsterdam
  • JC POGGIALE, OCEANOMED – Campus de Luminy

Soutenance de thèse: Elsa ROUSSEAU – 27/05/16 @ 13h30 salle Euler Violet

Titre : Effet de la dérive génétique et de la sélection sur la durabilité de la résistance des plantes aux virus.

Une plante peut être totalement protégée d’un agent pathogène grâce à un gène majeur de résistance, mais ce dernier peut être rapidement contourné suite à l’apparition et à la propagation de variants pathogènes adaptés. Cette thèse s’intéresse aux mécanismes évolutifs permettant le ralentissement de ce contournement chez les virus de plantes en agissant sur deux forces évolutives majeures, la dérive génétique et la sélection, depuis le niveau de l’hôte jusqu’à celui de la parcelle. D’abord, un modèle épidémiologique stochastique de type SI au niveau d’une parcelle agricole a montré que la dérive génétique pouvait être particulièrement bénéfique au rendement agricole lorsque l’adaptation du virus au gène majeur induit un coût de fitness intermédiaire dans les plantes sensibles. Ensuite, la conception et la validation d’un modèle basé sur des équations déterministes de Lotka-Volterra et des processus stochastiques Dirichlet-multinomiaux a permis de distinguer les effets de la dérive génétique et ceux de la sélection sur des données temporelles de compétition intra-plante entre variants viraux, et de mettre en évidence le contrôle génétique de ces effets par les plantes. Enfin, une analyse de la corrélation entre ces estimations des intensités de dérive génétique et de sélection et une estimation expérimentale de la durabilité d’un gène majeur a montré qu’une forte dérive génétique lors des stades précoces de l’infection augmentait la durabilité du gène majeur. Ces résultats ouvrent des perspectives pour une gestion plus durable de la résistance des plantes, par la sélection de variétés de plantes induisant une forte dérive génétique sur les populations d’agents pathogènes.

Membres du jury:

Fernando GARCIA ARENAL, Universidad Politécnica de Madrid

Frédéric HOSPITAL, INRA

Elisabeta VERGU, INRA

Christian LANNOU, INRA

Gaël THEBAUD, INRA

Alain VIARI, Inria

Jean Luc GOUZE, Inria

Frédéric FABRE, INRA

Mots clés: dérive génétique, sélection, durabilité des résistances, évolution expérimentale, épidémiologie.

Soutenance de Thèse de Doctorat de HUBERT BONNEFOND au LOV le 9 Décembre 2015

HUBERT BONNEFOND soutiendra sa thèse de doctorat intitulée « Amélioration de microalgues à vocation énergétique par pression de sélection continue »

le 09 décembre 2015 au Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-mer

devant le jury composé de:

  • Jean-Paul CADORET (Rapporteur)
  • Tomas MORRISONOTTO (Rapporteur)
  • Gael BOUGARAN (Examinateur)
  • Louis CHEVIN (Examinateur)
  • Patrick MAYZAUD (Examinateur)
  • Alice GUEUDET (Examinateur)
  • Olivier BERNARD (Directeur)
  • Antoine SCIANDRA (Directeur)

 microalgues

Résumé:

Le monde fait face à une crise environnementale sans précédent, due à l’action toujours plus marquée de l’homme sur son milieu. Depuis le début de l’ère industrielle, l’utilisation massive des énergies fossiles a provoqué un dérèglement climatique planétaire. Les microalgues offrent la possibilité de produire des biocarburants avec une empreinte carbone réduite, mais nécessitent encore de nombreuses améliorations pour être économiquement viables. Une de ces améliorations, à l’instar de l’agriculture moderne, réside dans la sélection de souches plus productives. Dans ce travail de thèse, nous avons développé la sélection par pression continue qui consiste à utiliser les processus de l’évolution pour faire émerger des populations d’intérêt.
Une première voie explorée a cherché à utiliser la température, paramètre crucial de la croissance des microalgues, comme moteur de sélection. En soumettant une culture à des variations diurnes de température durant une année, nous sommes parvenus à adapter une souche de Tisochrysis lutea à une gamme de températures plus large, la rendant donc plus tolérante aux variations ce paramètre.
La seconde voie a cherché à accroitre la capacité de Cylindrotheca closterium à emmagasiner ou au contraire mobiliser son azote intracellulaire, propriété physiologiquement liée à sa capacité à produire des lipides. En forçant une population de microalgues à s’adapter à des apports discontinus d’azote (succession d’états de satiété et de carence), il a été possible de sélectionner les individus les plus riches en lipides.
Enfin, nous avons modifié l’appareil pigmentaire de Tisochrisis lutea pour la rendre plus transparente à la lumière. En soumettant cette espèce à une succession de chocs lumineux, il a été possible de sélectionner les individus possédant les antennes photosynthétiques les plus petites, permettant une productivité accrue.

Soutenance de thèse Philipp Hartmann – 14/04/14

Soutenance de thèse  » Effet de l’hydrodynamique sur l’utilisation de la lumière au sein de cultures de microalgues à grande échelle » par Philipp HARTMANN, le mercredi 14 mai à 14H00 en Salle Trégouboff, OBSERVATOIRE OCEANOGRAPHIQUE, STATION ZOOLOGIQUE, Villefranche sur mer

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52nd IEEE Conference on Decision and Control

 

 

 

NOLCOS 2013: Sept 4-6, 2013, Toulouse (France)

NOLCOS 2013: Sept 4-6, 2013, Toulouse (France)

[http://conf.laas.fr/NOLCOS2013/]

(English) 2012 IEEE 51st Annual Conference on Decision and Control (CDC)

Sponsored by Control Systems Society – CS

The conference discusses advances in theory, design and application of control systems. Papers will highlight the latest knowledge, exploratory developments, and practical applications in all aspects of the control systems from analysis and design through simulation and hardware. Its scope shall encompass components, and the integration of these components, as are necessary for the construction of such systems. The word `systems’ as used herein shall be interpreted to include physical, biological, organiz

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