2024
Journal articles
- titre
- A mechanistic modelling approach of the host–microbiota interactions to investigate beneficial symbiotic resilience in the human gut
- auteur
- Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Lorenzo Sala, Stanislas Mondot, Joël Doré
- article
- Journal of the Royal Society Interface, 2024, 21 (215), ⟨10.1098/rsif.2023.0756⟩
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-
- titre
- A liver digital twin for in silico testing of cellular and inter-cellular mechanisms in regeneration after drug-induced damage
- auteur
- Jieling Zhao, Ahmed Ghallab, Reham Hassan, Steven Dooley, Jan Georg Hengstler, Dirk Drasdo
- article
- iScience, 2024, 27 (2), pp.108077. ⟨10.1016/j.isci.2023.108077⟩
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-
Conference papers
- titre
- Convex optimization for binary tree-based transport networks
- auteur
- Raoul Sallé de Chou, Mohamed Ali Srir, Laurent Najman, Nicolas Passat, Hugues Talbot, Irene Vignon-Clementel
- article
- International Conference on Discrete Geometry and Mathematical Morphology (DGMM), 2024, Florence, Italy. pp.217-228, ⟨10.1007/978-3-031-57793-2_17⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Deep-learning and hemodynamics models: efficient complementarity for disease diagnosis and surgery planning
- auteur
- Irene Vignon-Clementel
- article
- 2024
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-
- titre
- In-silico modelling of cerebral vasculopathy risk for children with sickle cell disease
- auteur
- Weiqiang Liu, Morgane Garreau, Lazaros Papamanolis, Christian Kassasseya, Kim-Anh Nguyen-Peyre, Nour Belkeziz, Suzanne Verlhac, Pablo Bartolucci, Irène Vignon-Clémentel
- article
- 2024
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-
- titre
- Simulating interactions in microbial communities through Physics Informed Neural Networks: towards interaction estimation
- auteur
- Paguiel Javan Hossie, Béatrice Laroche, Thibault Malou, Lucas Perrin, Thomas Saigre, Lorenzo Sala
- article
- 2024
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-
2023
Journal articles
- titre
- Cardiovascular sex-differences: insights via physiology-based modeling and potential for noninvasive sensing via ballistocardiography
- auteur
- Mohamed Zaid, Lorenzo Sala, Laurel Despins, David Heise, Mihail Popescu, Marjorie Skubic, Salman Ahmad, Craig A Emter, Virginia H Huxley, Giovanna Guidoboni
- article
- Frontiers in Cardiovascular Medicine, 2023, 10, ⟨10.3389/fcvm.2023.1215958⟩
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-
- titre
- An integrative experimental and computational twin modeling approach to understand clonal dynamics in the normal liver
- auteur
- Dirk Drasdo, Jieling Zhao
- article
- Journal of Hepatology, 2023, 79 (2), pp.273-276. ⟨10.1016/j.jhep.2023.05.016⟩
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-
- titre
- A proof-of-concept pipeline to guide evaluation of tumor tissue perfusion by dynamic contrast-agent imaging: Direct simulation and inverse tracer-kinetic procedures
- auteur
- Irene Vignon-Clementel, Nick Jagiella, Jules Dichamp, Jérôme Kowalski, Wiltrud Lederle, Hendrik Laue, Fabian Kiessling, Oliver Sedlaczek, Dirk Drasdo
- article
- Frontiers in Bioinformatics, 2023, 3, ⟨10.3389/fbinf.2023.977228⟩
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-
- titre
- Engineering 3D micro-compartments for highly efficient and scale-independent expansion of human pluripotent stem cells in bioreactors
- auteur
- Philippe J.R. Cohen, Elisa Luquet, Justine Pletenka, Andrea Leonard, Elise Warter, Basile Gurchenkov, Jessica Carrere, Clément Rieu, Jerome Hardouin, Fabien Moncaubeig, Michael Lanero, Eddy Quelennec, Helene Wurtz, Emilie Jamet, Maelle Demarco, Celine Banal, Paul van Liedekerke, Pierre Nassoy, Maxime Feyeux, Nathalie Lefort, Kevin Alessandri
- article
- Biomaterials, 2023, 295, pp.122033. ⟨10.1016/j.biomaterials.2023.122033⟩
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-
- titre
- A HDG Method for Elliptic Problems with Integral Boundary Condition: Theory and Applications
- auteur
- Silvia Bertoluzza, Giovanna Guidoboni, Romain Hild, Daniele Prada, Christophe Prud’Homme, Riccardo Sacco, Lorenzo Sala, Marcela Szopos
- article
- Journal of Scientific Computing, 2023, 95 (1), pp.6. ⟨10.1007/s10915-023-02109-5⟩
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-
- titre
- Sensitivity Analysis of a Mathematical Model Simulating the Post-Hepatectomy Hemodynamics Response
- auteur
- Lorenzo Sala, Nicolas Golse, Alexandre Joosten, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
- article
- Annals of Biomedical Engineering, 2023, ⟨10.1007/s10439-022-03098-6⟩
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-
- titre
- The ocular mathematical virtual simulator: A validated multiscale model for hemodynamics and biomechanics in the human eye
- auteur
- Lorenzo Sala, Christophe Prud’Homme, Giovanna Guidoboni, Marcela Szopos, Alon Harris
- article
- International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2023, ⟨10.1002/cnm.3791⟩
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-
- titre
- In-vitro to in-vivo acetaminophen hepatotoxicity extrapolation using classical schemes, pharmaco-dynamic models and a multiscale spatial-temporal liver twin
- auteur
- Jules Dichamp, Geraldine Cellière, Ahmed Ghallab, Reham Hassan, Noemie Boissier, Ute Hofmann, Joerg Reinders, Selahaddin Sezgin, Sebastian Zühlke, Jan Hengstler, Dirk Drasdo
- article
- Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, In press, 11, ⟨10.3389/fbioe.2023.1049564⟩
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-
Conference papers
- titre
- Understanding Organ Vascular Behavior Through their Architecture
- auteur
- Jerome Kowalski, Lorenzo Sala, Dirk Drasdo, Irene Vignon-Clementel
- article
- The 12th International Conference on Complex Networks and their Applications, Nov 2023, Menton, France
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-
- titre
- Personalized Noninvasive Cardiovascular Monitoring via Ballistocardiography, Physiology-Based Modeling and Evolutionary Algorithm
- auteur
- Mohamed Zaid, Nicholas Mattia Marazzi, Lorenzo Sala, Salman Ahmad, Laurel Despins, Mihail Popescu, Marjorie Skubic, James Keller, Giovanna Guidoboni
- article
- Math 2 Product (M2P) Emerging Technologies in Computational Science for Industry, Sustainability and Innovation, May 2023, Taormina, Italy
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-
- titre
- Sensitivity Analysis of a Mathematical Model Simulating the Post-Hepatectomy Hemodynamics Response
- auteur
- Lorenzo Sala, Nicolas Golse, Alexandre Joosten, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
- article
- CMBBE 2023 – 18th International Symposium on Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering, May 2023, Paris, France. pp.270 – 289
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-
- titre
- Relationship Between Blood Velocity in the Central Retinal Artery and Cardiac Systolic Function: a Theoretical Study
- auteur
- Mohamed Zaid, Alon Harris, Lorenzo Sala, Marcela Szopos, Sergey Lapin, Gal Antman, Jeffrey Kuvin, Brent A Siesky, Alice Chandra Verticchio Vercellin, Giovanna Guidoboni
- article
- Investigative Ophthalmology & Visual Science, ARVO, Apr 2023, New Orleans, LA, United States
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-
- titre
- The impact of reduced left ventricular contractility on retinal perfusion
- auteur
- Michael Chang, Alon Harris, Mohamed Zaid, Lorenzo Sala, Marcela Szopos, Sergey Lapin, Jeffrey Kuvin, Thomas A Ciulla, Louis R Pasquale, Barbara M Wirostko, Alice Chandra Verticchio Vercellin, Gal Antman, Brent A Siesky, Giovanna Guidoboni
- article
- Investigative Ophthalmology & Visual Science, ARVO, Apr 2023, New Orleans, LA, United States
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-
- titre
- The Ocular Mathematical Virtual Simulator: the sensitivity analysis of a validate multiscale model for hemodynamics and biomechanics in the human eye.
- auteur
- Lorenzo Sala
- article
- Workshop Mathematical Modelling of Photoreceptors, Luca Alasio; Benoit Perthame, Jan 2023, Paris, France
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-
- titre
- Analysis of the Contribution of Cardiovascular Compartments to the Ballistocardiogram Signal Using Mathematical Modeling
- auteur
- Mohamed Zaid, Raul Invernizzi, Lorenzo Sala, Laurel A. Despins, Mihail Popescu, Marjorie Skubic, James Keller, Riccardo Sacco, Marcela Szopos, Virginia H. Huxley, Giovanna Guidoboni
- article
- Computing in Cardiology, 2023, Atlanta (GA), United States. ⟨10.22489/cinc.2023.406⟩
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-
Book sections
- titre
- Simulations hémodynamiques : paramétrage, données cliniques, planification d’interventions
- auteur
- Irene Vignon-Clementel, Sanjay Pant
- article
- Valérie DEPLANO; José-Maria FULLUNA; Claude VERDIER. Écoulements biologiques dans les grands vaisseaux: dialogue entre modélisations numériques et études expérimentales in vitro/in vivo, ISTE, 2023, 978-1-78948-065-8
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-
- titre
- Microvascular modeling for medical imaging and toxicity assessment
- auteur
- Jérôme Kowalski, Dirk Drasdo, Peter Kottman, Jules Dichamp, Irene Vignon-Clementel
- article
- Quantitative approaches to microcirculation: mathematical models, computational methods, measurements and data analysis, Springer, 2023, SEMA SIMAI Springer Series
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- A digital liver twin demonstrating the interplay between biomechanics and cell kinetics can explain fibrotic scar formation
- auteur
- Jieling Zhao, Seddik Hammad, Mathieu de Langlard, Pia Erdoesi, Yueni Li, Paul van Liedekerke, Andreas Buttenschoen, Manuel Winkler, Sina W Kürschner, Philipp-Sebastian Koch, Niels Grabe, Jan G Hengstler, Matthias P Ebert, Steven Dooley, Dirk Drasdo
- article
- 2023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modelling the interplay between the gut microbiota and its host : application to the analysis of diet impact on symbiosis
- auteur
- Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Lorenzo Sala, Stanislas Mondot, Joël Doré
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- 4D flow cardiovascular magnetic resonance recovery profiles following pulmonary endarterectomy in chronic thromboembolic pulmonary hypertension
- auteur
- Melody Dong, Arshid Azarine, Francois Haddad, Myriam Amsallem, Young-Wouk Kim, Weiguang Yang, Elie Fadel, Laure Aubrege, Michael Loecher, Daniel Ennis, Jérôme Le Pavec, Irene Vignon-Clementel, Jeffrey Feinstein, Olaf Mercier, Alison Marsden
- article
- Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance, 2022, 24 (1), pp.59. ⟨10.1186/s12968-022-00893-x⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multiscale modelling of Potts shunt as a potential palliative treatment for suprasystemic idiopathic pulmonary artery hypertension: a paediatric case study
- auteur
- Sanjay Pant, Aleksander Sizarov, Angela Knepper, Gaëtan Gossard, Alberto Noferi, Younes Boudjemline, Irene Vignon-Clementel
- article
- Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, 2022, 21 (2), pp.471-511. ⟨10.1007/s10237-021-01545-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mechanism-Driven Modeling to Aid Non-invasive Monitoring of Cardiac Function via Ballistocardiography
- auteur
- Mohamed Zaid, Lorenzo Sala, Jan Ivey, Darla Tharp, Christina Mueller, Pamela Thorne, Shannon Kelly, Kleiton Augusto Santos Silva, Amira Amin, Pilar Ruiz-Lozano, Michael Kapiloff, Laurel Despins, Mihail Popescu, James Keller, Marjorie Skubic, Salman Ahmad, Craig Emter, Giovanna Guidoboni
- article
- Frontiers in Medical Technology, 2022, 4, ⟨10.3389/fmedt.2022.788264⟩
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-
- titre
- Special Issue of the VPH2020 Conference: “Virtual Physiological Human: When Models, Methods and Experiments Meet the Clinic”
- auteur
- Irène Vignon-Clémentel, Dominique Chapelle, Philippe Moireau, Abdul I. Barakat, A. Bel-Brunon, Eric Vibert
- article
- Annals of Biomedical Engineering, 2022, 50 (5), pp.483-484. ⟨10.1007/s10439-022-02943-y⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Guided interactive image segmentation using machine learning and color-based image set clustering
- auteur
- Adrian Friebel, Tim Johann, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (19), pp.4622-4628. ⟨10.1093/bioinformatics/btac547⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- How environment affects active particle swarms: a case study
- auteur
- Pierre Degond, Angelika Manhart, Sara Merino-Aceituno, Diane Peurichard, Lorenzo Sala
- article
- Royal Society Open Science, 2022, 9, pp.220791
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Impact of Carotid Geometry on Sickle Cell Diseases-Related Cerebral Vasculopthy Development
- auteur
- Kim-Anh Nguyen-Peyre, Weiqiang Liu, Lazaros Papamanolis, Christian Kassasseya, Nour Belkeziz, Valentin Amar, Gabriel Nahas, Saskia Eckert, Pierre Vedel, Laurène Lenoir, Katy Drémont, Sabine Cleophax, France Pirenne, Frédéric Segonds, Suzanne Verlhac, Irene Vignon-Clementel, Pablo Bartolucci
- article
- 64th ASH American Society of Hematology Annual Meeting, Dec 2022, New Orleans, United States. pp.7820 – 7821, ⟨10.1182/blood-2022-156410⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Learning to Jointly Segment the Liver, Lesions and Vessels from Partially Annotated Datasets
- auteur
- Omar Ali, Alexandre Bone, Marc-Michel Rohe, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
- article
- ICIP 2022 – IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2022, Bordeaux, France. pp.3626-3630, ⟨10.1109/ICIP46576.2022.9897470⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- CoRe: An Automated Pipeline for the Prediction of Liver Resection Complexity from Preoperative CT Scans
- auteur
- Omar Ali, Alexandre Bône, Caterina Accardo, Omar Belkouchi, Marc-Michel Rohe, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
- article
- MICCAI 2022 – workshop on Medical Image Assisted BIomarkers’ Discovery, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.125-133, ⟨10.1007/978-3-031-19660-7_12⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Modeling the Pulmonary Circulation in CHD: Clinical Concepts, Engineering Applications, and an Integrated Medico-Engineering Approach
- auteur
- Weiguang Yang, Jeffrey Feinstein, Irene Vignon-Clementel
- article
- Modelling Congenital Heart Disease, Springer International Publishing, pp.157-167, 2022, Modelling Congenital Heart Disease, ⟨10.1007/978-3-030-88892-3_14⟩
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Numerical investigation of particle aggregate steering with magnetic resonance navigation for targeted embolization
- auteur
- Mahdi Rezaei Adariani, Jiří Pešek, Ning Li, Charlotte Debbaut, Gilles Soulez, Irene Vignon-Clementel
- article
- 75th Annual Meeting of the Division of Fluid Dynamics, Nov 2022, Indianapolis, United States
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Diffusion-weighted MRI -guided needle biopsies permit quantitative tumor heterogeneity assessment and cell load estimation
- auteur
- Yi Yin, Kai Breuhahn, Hans-Ulrich Kauczor, Oliver Sedlaczek, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modelling the orchestration of different types of cells and factors during liver regeneration in a virtual liver twin
- auteur
- Jieling Zhao, Hassan Reham, Ahmed Ghallab, Jan G. Hengstler, Dirk Drasdo
- article
- 2022
- Accès au bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- A whole lung in silico model to estimate age dependent particle dosimetry
- auteur
- Kamran Poorbahrami, Irene Vignon-Clementel, Shawn C Shadden, Jessica M Oakes
- article
- Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.11180. ⟨10.1038/s41598-021-90509-8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Assessing Early Cardiac Outflow Tract Adaptive Responses Through Combined Experimental-Computational Manipulations
- auteur
- Stephanie Lindsey, Irene Vignon-Clementel, Jonathan Butcher
- article
- Annals of Biomedical Engineering, 2021, 49 (12), pp.3227-3242. ⟨10.1007/s10439-021-02802-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- On the Mechanisms of Biliary Flux
- auteur
- Nachiket Vartak, Dirk Drasdo, Fabian Geisler, Tohru Itoh, Ronald P.J.Oude Elferink, Stan F.J. Graaf, John Chiang, Verena Keitel, Michael Trauner, Peter Jansen, Jan Hengstler
- article
- Hepatology, 2021, 74 (6), pp.3497-3512. ⟨10.1002/hep.32027⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Gut microbiota depletion exacerbates cholestatic liver injury via loss of FXR signalling
- auteur
- Kai Markus Schneider, Lena Susanna Candels, Johannes Hov, Maiju Myllys, Reham Hassan, Carolin Victoria Schneider, Annika Wahlström, Antje Mohs, Sebastian Zühlke, Lijun Liao, Carsten Elfers, Konrad Kilic, Marcus Henricsson, Antonio Molinaro, Maximilian Hatting, Ayham Zaza, Dirk Drasdo, Mick Frissen, A. Sloan Devlin, Eric Gálvez, Till Strowig, Tom Karlsen, Jan Hengstler, Hanns-Ulrich Marschall, Ahmed Ghallab, Christian Trautwein
- article
- Nature Metabolism, 2021, 3 (9), pp.1228-1241. ⟨10.1038/s42255-021-00452-1⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Distribution and propagation of mechanical stress in simulated structurally heterogeneous tissue spheroids
- auteur
- Maxim Cuvelier, Jiří Pešek, Ioannis Papantoniou, Herman Ramon, Bart Smeets
- article
- Soft Matter, 2021, 17 (27), pp.6603-6615. ⟨10.1039/d0sm02033h⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reply to: “A step forward to predict the risk of post-hepatectomy portal hypertension”
- auteur
- Nicolas Golse, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of Hepatology, 2021, 75 (1), pp.250-251. ⟨10.1016/j.jhep.2021.04.008⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Myocardial Perfusion Simulation for Coronary Artery Disease: A Coupled Patient-Specific Multiscale Model
- auteur
- Lazaros Papamanolis, Hyun Jin Kim, Clara Jaquet, Matthew Sinclair, Michiel Schaap, Ibrahim Danad, Pepijn van Diemen, Paul Knaapen, Laurent Najman, Hugues Talbot, Charles A Taylor, Irene Vignon-Clementel
- article
- Annals of Biomedical Engineering, 2021, 49, pp.1432-1447. ⟨10.1007/s10439-020-02681-z⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Intravital dynamic and correlative imaging reveals diffusion‐dominated canalicular and flow‐augmented ductular bile flux
- auteur
- Nachiket Vartak, Georgia Guenther, Florian Joly, Amruta Damle-Vartak, Gudrun Wibbelt, Jörns Fickel, Simone Jörs, Brigitte Begher-Tibbe, Adrian Friebel, Kasimir Wansing, Ahmed Ghallab, Marie Rosselin, Noemie Boissier, Irene Vignon-Clementel, Christian Hedberg, Fabian Geisler, Heribert Hofer, Peter Jansen, Stefan Hoehme, Dirk Drasdo, Jan Hengstler
- article
- Hepatology, 2021, 73 (4), pp.1531-1550. ⟨10.1002/hep.31422⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Predicting the risk of post-hepatectomy portal hypertension using a digital twin: A clinical proof of concept
- auteur
- Nicolas Golse, Florian Joly, Prisca Combari, Maïté Lewin, Quentin Nicolas, Chloe Audebert, Didier Samuel, Marc-Antoine Allard, Antonio Sa Cunha, Denis Castaing, Daniel Cherqui, René Adam, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of Hepatology, In press, 74 (3), pp.661-669. ⟨10.1016/j.jhep.2020.10.036⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combining physiology-based modeling and evolutionary algorithms for personalized, noninvasive cardiovascular assessment based on electrocardiography and ballistocardiography
- auteur
- Nicholas Mattia Marazzi, Giovanna Guidoboni, Mohamed Zaid, Lorenzo Sala, Laurel Despins, Mihail Popescu, Marjorie Skubic, James M. Keller
- article
- Frontiers in Physiology, 2021
- Accès au bibtex
-
- titre
- Uncertainty propagation and sensitivity analysis: results from the Ocular Mathematical Virtual Simulator
- auteur
- Christophe Prud’Homme, Lorenzo Sala, Marcela Szopos
- article
- Mathematical Biosciences and Engineering, 2021, Volume 18 (Issue 3), pp.2010-2032. ⟨10.3934/mbe.2021105⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Simulation of a detoxifying organ function: Focus on hemodynamics modeling and convection‐reaction numerical simulation in microcirculatory networks
- auteur
- Noemie Boissier, Dirk Drasdo, Irene Vignon-Clementel
- article
- International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2021, 37 (2), ⟨10.1002/cnm.3422⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Bayesian inference of a parametric random ellipsoid from its orthogonal projections
- auteur
- Mathieu de Langlard, Fabrice Lamadie, Sophie Charton, Johan Debayle
- article
- Methodology and Computing in Applied Probability, 2021, 23, pp.549 à 567. ⟨10.1007/s11009-020-09806-w⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Stochastic geometry for 3D characterization of dense particle populations: application to two-phase flows
- auteur
- Mathieu de Langlard
- article
- ECSIA’2021 : The 13th European Congress for Stereology and Image Analysis, Mines Saint-Etienne – Institut Mines Telecom (IMT), Jun 2021, Saint-Etienne, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Estimation of 3D geometrical properties of spheroid-like particle systems using projection images
- auteur
- Mathieu de Langlard, Fabrice Lamadie, Sophie Charton, Johan Debayle
- article
- ISIVC 2021 – The 10th International Symposium on Signal, Image, Video and Communications, Mines Saint-Etienne, Apr 2021, Saint-Etienne, France. pp.1-6, ⟨10.1109/ISIVC49222.2021.9487552⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Mathematical Assessment of the Role of Three Factors Entangled in the Development of Glaucoma by Means of the Ocular Mathematical Virtual Simulator
- auteur
- Lorenzo Sala, Christophe Prud’Homme, Giovanna Guidoboni, Marcela Szopos, Alon Harris
- article
- Numerical Mathematics and Advanced Applications ENUMATH 2019, 139 (3), pp.851-860, 2021, Lecture Notes in Computational Science and Engineering, ⟨10.1007/978-3-030-55874-1_84⟩
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- C-STEM: ENGINEERING NICHE-LIKE MICRO-COMPARTMENTS FOR OPTIMAL AND SCALE-INDEPENDENT EXPANSION OF HUMAN PLURIPOTENT STEM CELLS IN BIOREACTORS
- auteur
- Philippe J.R. Cohen, Elisa Luquet, Justine Pletenka, Andrea Leonard, Elise Warter, Basile Gurchenkov, Jessica Carrere, Clement Rieu, Jerome Hardouin, Fabien Moncaubeig, Michael Lanero, Eddy Quelennec, Helene Wurtz, Emilie Jamet, Maelle Demarco, Celine Banal, Paul van Liedekerke, Pierre Nassoy, Maxime Feyeux, Nathalie Lefort, Kevin Alessandri
- article
- 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Influence of cell mechanics in embryonic bile duct lumen formation: insight from quantitative modeling
- auteur
- Paul van Liedekerke, Lila Gannoun, Axelle Loriot, Frédéric P Lemaigre, Dirk Drasdo
- article
- 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A predictive computational model shows that biomechanical cell cycle progression control can explain liver regeneration after partial hepatectomy
- auteur
- Stefan Hoehme, Jan Boettger, Seddik Hammad, Brigitte Begher-Tibbe, Petru Bucur, Eric Vibert, Rolf Gebhardt, Jan G Hengstler, Dirk Drasdo
- article
- 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Neurodegenerative Disorders of the Eye and of the Brain: A Perspective on Their Fluid-Dynamical Connections and the Potential of Mechanism-Driven Modeling
- auteur
- Giovanna Guidoboni, Riccardo Sacco, Marcela Szopos, Lorenzo Sala, Alice Chandra Verticchio Vercellin, Brent Siesky, Alon Harris
- article
- Frontiers in Neuroscience, 2020, 14, ⟨10.3389/fnins.2020.566428⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Rapid modeling: a surgical proof-of-concept explained by hemodynamics modeling
- auteur
- Nicolas Golse, Florian Joly, Q. Nicolas, Eric Vibert, P. Lin, Irène Vignon-Clementel
- article
- Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering, 2020, 23 (sup1), pp.S130-S132. ⟨10.1080/10255842.2020.1816298⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Indocyanine green fluorescence imaging to predict graft survival after orthotopic liver transplantation: a pilot study
- auteur
- Damien Dousse, Eric Vibert, Quentin Nicolas, Muga Terasawa, Luis Cano, Marc-Antoine Allard, Chady Salloum, Oriana Ciacio, Gabriella Pittau, Antonio Sa Cunha, Daniel Cherqui, René Adam, Didier Samuel, Irene Vignon-Clementel, Nicolas Golse
- article
- Liver Transplantation, 2020, 26 (10), pp.1263-1274. ⟨10.1002/lt.25796⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models
- auteur
- Sarah Keating, Frank Bergmann, Tomáš Helikar, Rahuman Malik‐sheriff, Ion Moraru, Martin Meier‐schellersheim, Richard Adams, Nicholas Allen, Bastian Angermann, Marco Antoniotti, Gary D. Bader, Jan Červený, Mélanie Courtot, Chris Cox, Piero Dalle Pezze, Emek Demir, William Denney, Harish Dharuri, Julien Dorier, Dirk Drasdo, Ali Ebrahim, Johannes Eichner, Johan Elf, Lukas Endler, Chris Evelo, Christoph Flamm, Ronan Mt Fleming, Martina Fröhlich, Mihai Glont, Emanuel Gonçalves, Martin Golebiewski, Hovakim Grabski, Alex Gutteridge, Damon Hachmeister, Leonard Harris, Benjamin Heavner, Ron Henkel, William Hlavacek, Bin Hu, Daniel Hyduke, Hidde De Jong, Nick Juty, Peter Karp, Jonathan Karr, Douglas Kell, Roland Keller, Ilya Kiselev, Steffen Klamt, Edda Klipp, Christian Knüpfer, Fedor Kolpakov, Falko Krause, Martina Kutmon, Camille Laibe, Conor Lawless, Lu Li, Leslie Loew, Rainer Machne, Yukiko Matsuoka, Pedro S. F. Mendes, Huaiyu Mi, Florian Mittag, Pedro Monteiro, Kedar Nath Natarajan, Poul Mf Nielsen, Tramy Nguyen, Alida Palmisano, Jean‐baptiste Pettit, Thomas Pfau, Robert Phair, Tomas Radivoyevitch, Johann Rohwer, Oliver Ruebenacker, Julio Saez‐rodriguez, Martin Scharm, Henning Schmidt, Falk Schreiber, Michael Schubert, Roman Schulte, Stuart Sealfon, Kieran Smallbone, Sylvain Soliman, Melanie I. Stefan, Devin Sullivan, Koichi Takahashi, Bas Teusink, David Tolnay, Ibrahim Vazirabad, Axel Kamp, Ulrike Wittig, Clemens Wrzodek, Dagmar Waltemath, Finja Wrzodek, Ioannis Xenarios, Anna Zhukova, Jeremy Zucker, Matthias König, Fengkai Zhang, Andreas Dräger, Claudine Chaouiya, Frank T Bergmann, Andrew Finney, Colin S. Gillespie, Stefan Hoops, Rahuman S Malik-Sheriff, Stuart L Moodie, Chris Myers, Aurélien Naldi, Brett G Olivier, Sven Sahle, James C Schaff, Lucian P Smith, Maciej J Swat, Denis Thieffry, Leandro Watanabe, Darren Wilkinson, Michael L Blinov, Kimberly Begley, James R Faeder, Harold F Gómez, Thomas M Hamm, Yuichiro Inagaki, Wolfram Liebermeister, Allyson L Lister, Daniel Lucio, Eric Mjolsness, Carole Proctor, Karthik Raman, Nicolas Rodriguez, Clifford A Shaffer, Bruce Shapiro, Joerg Stelling, Neil Swainston, Naoki Tanimura, John Wagner, Martin Meier-Schellersheim, Herbert M Sauro, Bernhard O Palsson, Hamid Bolouri, Hiroaki Kitano, Akira Funahashi, Henning Hermjakob, John C Doyle, Michael Hucka
- article
- Molecular Systems Biology, 2020, 16 (8), pp.1-21. ⟨10.15252/msb.20199110⟩
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-
- titre
- Partial orthotopic liver transplantation in combination with two-stage hepatectomy: A proof-of-concept explained by mathematical modeling
- auteur
- Nicolas Golse, Florian Joly, Quentin Nicolas, Eric Vibert, Pal Dag Line, Irene Vignon-Clementel
- article
- Clinical Biomechanics, 2020, 77, pp.195-200. ⟨10.1016/j.clinbiomech.2020.01.020⟩
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-
- titre
- From whole-organ imaging to in-silico blood flow modeling: a new multi-scale network analysis for revisiting tissue functional anatomy
- auteur
- Pol Kennel, Jules Dichamp, Corinne Barreau, Christophe Guissard, Lise Teyssedre, Jacques Rouquette, Julien Colombelli, Anne Lorsignol, Louis Casteilla, Franck Plouraboué
- article
- PLoS Computational Biology, 2020, 16 (2), pp.e1007322. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007322⟩
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-
- titre
- Cell-substrate mechanics guide collective cell migration through intercellular adhesion: A dynamic finite element cellular model
- auteur
- Jieling Zhao, Farid Manuchehrfar, Jie Liang
- article
- Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, 2020, ⟨10.1007/s10237-020-01308-5⟩
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-
- titre
- The role of actin protrusion dynamics in cell migration through a degradable viscoelastic extracellular matrix: Insights from a computational model
- auteur
- Tommy Heck, Diego A Vargas, Smeets Bart, Herman Ramon, Paul van Liedekerke, Hans van Oosterwijck
- article
- PLoS Computational Biology, 2020, 16, pp.e1007250. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007250⟩
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-
Book sections
- titre
- Méthodes in silico et modélisation des mécanismes de toxicité (AOP)
- auteur
- Enrico Mombelli, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
- article
- Francelyne Marano; Philippe Hubert; Laure Geoffroy; Hervé Juin. Quelles alternatives en expérimentation animale ?, Éditions Quae, pp.186, 2020, Savoir Faire, 978-2-7592-3187-4
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-
2019
Journal articles
- titre
- 3D analysis of the whole subcutaneous adipose tissue reveals a complex spatial network of interconnected lobules with heterogeneous browning ability
- auteur
- Jules Dichamp, Corinne Barreau, Christophe Guissard, Audrey Carrière, Yves Martinez, Xavier Descombes, Luc Penicaud, Jacques Rouquette, Louis Casteilla, Franck Plouraboué, Anne Lorsignol
- article
- Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-43130-9⟩
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-
- titre
- Influence of Liver Fibrosis on Lobular Zonation
- auteur
- Ahmed Ghallab, Maiju Myllys, Christian H. Holland, Ayham Zaza, Walaa Murad, Reham Hassan, Yasser A. Ahmed, Tahany Abbas, Eman Abdelrahim, Kai Markus Schneider, Madlen Matz-Soja, Jörg Reinders, Rolf Gebhardt, Marie-Luise Berres, Maximilian Hatting, Dirk Drasdo, Julio Saez-Rodriguez, Christian Trautwein, Jan G. Hengstler
- article
- Cells, 2019, 8 (12), pp.1556. ⟨10.3390/cells8121556⟩
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-
- titre
- A quantitative high-resolution computational mechanics cell model for growing and regenerating tissues
- auteur
- Paul Van Liedekerke, Johannes Neitsch, Tim Johann, Enrico Warmt, Ismael Gonzàlez-Valverde, Stefan Hoehme, Steffen Grosser, Josef Kaes, Dirk Drasdo
- article
- Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, 2019, ⟨10.1007/s10237-019-01204-7⟩
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-
- titre
- Development of a Personalized 3D Carotid Model for Cerebral Vasculopathy Monitoring in Sickle Cell Disease
- auteur
- Nguyen-Peyre Kim-Anh, Laurène Lenoir, Valentin Amar, Frédéric Segonds, Nuriye Akçay, Seguin Marion, Philippe Connes, France Pirenne, Jean-Frédéric Gerbeau, Irène Vignon-Clémentel, Suzanne Verlhac, Pablo Bartolucci
- article
- Blood, 2019, 134 (Supplement_1), pp.3570-3570. ⟨10.1182/blood-2019-124327⟩
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-
- titre
- Verification of the Coupled-Momentum Method with Womersley’s Deformable Wall Analytical Solution
- auteur
- Vasilina Filonova, Christopher J Arthurs, Irene Vignon-Clementel, C. Alberto Figueroa
- article
- International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2019, ⟨10.1002/cnm.3266⟩
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-
- titre
- A cohort longitudinal study identifies morphology and hemodynamics predictors of abdominal aortic aneurysm growth
- auteur
- Florian Joly, Gilles Soulez, Simon Lessard, Claude Kauffmann, Irene Vignon-Clementel
- article
- Annals of Biomedical Engineering, In press, ⟨10.1007/s10439-019-02375-1⟩
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-
- titre
- Multiscale Modeling of Superior Cavopulmonary Circulation: Hemi-Fontan and Bidirectional Glenn Are Equivalent
- auteur
- Ethan Kung, Chiara Corsini, Alison L. Marsden, Irene Vignon-Clementel, Giancarlo Pennati, Richard S. Figliola, Tain-Yen Hsia, Andrew Taylor, Sachin Khambadkone, Silvia Schievano, Marc de Leval, Edward Bove, Adam Dorfman, G. Hamilton Baker, Anthony Hlavacek, Francesco Migliavacca, Gabriele Dubini, John D. Mcgregor
- article
- Seminars in Thoracic and Cardiovascular Surgery, 2019, ⟨10.1053/j.semtcvs.2019.09.007⟩
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-
- titre
- Kinetics of Hepatic Volume Evolution and Architectural Changes after Major Resection in a Porcine Model
- auteur
- Mohamed Bekheit, Petru O. Bucur, Chloe Audebert, Elodie Miquelestorena-Standley, Irene Vignon-Clementel, Eric Vibert
- article
- European Surgical Research, 2019, 60 (1-2), pp.31-44. ⟨10.1159/000491691⟩
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-
- titre
- Thermal significance and optimal transfer in vessels bundles is influenced by vascular density
- auteur
- Jules Dichamp, Frédéric de Gournay, Franck Plouraboué
- article
- International Journal of Heat and Mass Transfer, 2019, 138, pp.1-10. ⟨10.1016/j.ijheatmasstransfer.2018.12.185⟩
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-
- titre
- Generation of patient-specific cardiac vascular networks: a hybrid image-based and synthetic geometric model
- auteur
- Clara Jaquet, Laurent Najman, Hugues Talbot, Leo Grady, Michiel Schaap, Buzzy Spain, Hyun Jin Kim, Irene Vignon-Clementel, Charles A. Taylor
- article
- IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 2019, 66 (4), pp.946-955. ⟨10.1109/TBME.2018.2865667⟩
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-
- titre
- Quantitative cell-based model predicts mechanical stress response of growing tumor spheroids over various growth conditions and cell lines
- auteur
- Paul van Liedekerke, Johannes Neitsch, Tim Johann, Kévin Alessandri, Pierre Nassoy, Dirk Drasdo
- article
- PLoS Computational Biology, 2019, 15 (3), pp.e1006273. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006273⟩
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-
- titre
- Bile Microinfarcts in Cholestasis Are Initiated by Rupture of the Apical Hepatocyte Membrane and Cause Shunting of Bile to Sinusoidal Blood
- auteur
- Ahmed Ghallab, Ute Hofmann, Selahaddin Sezgin, Nachiket Vartak, Reham Hassan, Ayham Zaza, Patricio Godoy, Kai Markus Schneider, Georgia Guenther, Yasser A. Ahmed, Aya Abbas, Verena Keitel, Lars Kuepfer, Steven Dooley, Frank Lammert, Christian Trautwein, Michael Spiteller, Dirk Drasdo, Alan Hofmann, Peter L.M. Jansen, Jan Hengstler, Raymond Reif
- article
- Hepatology, 2019, 69 (2), pp.666-683. ⟨10.1002/hep.30213⟩
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-
- titre
- Cardiovascular function and ballistocardiogram: a relationship interpreted via mathematical modeling
- auteur
- Giovanna Guidoboni, Lorenzo Sala, Moein Enayati, Riccardo Sacco, Marcela Szopos, James Keller, Mihail Popescu, Laurel Despins, Virginia H Huxley, Marjorie Skubic
- article
- IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 2019, ⟨10.1109/TBME.2019.2897952⟩
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-
- titre
- A THEORETICAL STUDY OF AQUEOUS HUMOR SECRETION BASED ON A CONTINUUM MODEL COUPLING ELECTROCHEMICAL AND FLUID-DYNAMICAL TRANSMEMBRANE MECHANISMS
- auteur
- Lorenzo Sala, Aurelio Giancarlo Mauri, Riccardo Sacco, Dario Messenio, Giovanna Guidoboni, Alon Harris
- article
- Communications in Applied Mathematics and Computational Science, 2019, 14 (1), pp.65-103. ⟨10.2140/camcos.2019.14.65⟩
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-
Conference papers
- titre
- Image analysis and stochastic geometry for the morphological characterization of multiphase flow
- auteur
- Mathieu de Langlard, Fabrice Lamadie, Sophie Charton, Johan Debayle
- article
- GDR MORPHEA Morphologie et Phénomènes d’Agrégation, Jun 2019, Saint-Étienne, France
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-
- titre
- Automated Quantification of Amyloid Fibrils Morphological Features by Image Processing Techniques
- auteur
- Yi Yin, Stephanie Prigent, Joan Torrent, Human Rezaei, Dirk Drasdo, Marie Doumic
- article
- 2019 IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2019, Venice, France. pp.534-537, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759597⟩
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-
- titre
- A web-based interface for ocular hemodynamics and biomechanics analysis via the Ocular Mathematical Virtual Simulator
- auteur
- Lorenzo Sala, Giovanna Guidoboni, C. Prud’homme, Marcela Szopos, Alice Chandra Verticchio Vercellin, Brent Siesky, Alon Harris
- article
- ARVO, 2019, Annual Meeting, United States
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Quantitative modeling of cell and tissue mechanics with agent-based models
- auteur
- Paul van Liedekerke
- article
- Biological Physics [physics.bio-ph]. Inria Paris, Sobonne Université, 2019
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-
Poster communications
- titre
- Caractérisation morphométrique d’écoulements diphasiques par analyse d’image et géométrie aléatoire
- auteur
- Mathieu de Langlard, Fabrice Lamadie, Sophie Charton, Johan Debayle
- article
- XVIIème Congrès de la Société Française de Génie des Procédés (SFGP 2019), Oct 2019, Nantes, France.
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-
Theses
- titre
- Mathematical modelling and simulation of ocular blood flows and their interactions
- auteur
- Lorenzo Sala
- article
- Numerical Analysis [math.NA]. Université de Strasbourg, 2019. English. ⟨NNT : 2019STRAD021⟩
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-
- titre
- 3D geometrical characterization of populations of particles by stochastic geometry and image analysis : application to two-phase flows
- auteur
- Mathieu de Langlard
- article
- Autre. Université de Lyon, 2019. Français. ⟨NNT : 2019LYSEM001⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Quantitative agent-based modeling reveals mechanical stress response of growing tumor spheroids is predictable over various growth conditions and cell lines
- auteur
- Paul Van Liedekerke, Johannes Neitsch, Tim Johann, Kévin Alessandri, Pierre Nassoy, Dirk Drasdo
- article
- 2019
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-
2018
Journal articles
- titre
- Transit time ultrasound perivascular flow probe technology is superior to MR imaging on hepatic blood flow measurement in a porcine model
- auteur
- Mohamed Bekheit, Chloe Audebert, Petru Bucur, Hans Adriansen, Emilie Bled, Mylène Wartenberg, Irene Vignon-Clementel, Eric Vibert
- article
- Hepatobiliary and Pancreatic Diseases International, 2018, 17 (6), pp.538-545. ⟨10.1016/j.hbpd.2018.07.009⟩
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-
- titre
- A Lumped Parameter Model to Study Atrioventricular Valve Regurgitation in Stage 1 and Changes Across Stage 2 Surgery in Single Ventricle Patients
- auteur
- Sanjay Pant, Chiara Corsini, Catriona Baker, Tain-Yen Hsia, Giancarlo Pennati, Irene Vignon-Clementel
- article
- IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 2018, 65 (11), pp.2450-2458. ⟨10.1109/tbme.2018.2797999⟩
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-
- titre
- Cohort-based multiscale analysis of hemodynamic-driven growth and remodeling of the embryonic pharyngeal arch arteries
- auteur
- Stephanie E Lindsey, Jonathan T Butcher, Irene Vignon-Clementel
- article
- Development (Cambridge, England), 2018, 145 (20), pp.dev162578. ⟨10.1242/dev.162578⟩
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-
- titre
- Ocular mathematical virtual simulator: A hemodynamical and biomechanical study towards clinical applications
- auteur
- Lorenzo Sala, Christophe Prud’Homme, Giovanna Guidoboni, Marcela Szopos
- article
- Journal of Coupled Systems and Multiscale Dynamics, 2018, 6 (3), pp.241-247. ⟨10.1166/jcsmd.2018.1165⟩
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-
- titre
- Model Prediction and Validation of an Order Mechanism Controlling the Spatiotemporal Phenotype of Early Hepatocellular Carcinoma
- auteur
- Stefan Hoehme, François Bertaux, William Weens, Bettina Grasl-Kraupp, Jan Hengstler, Dirk Drasdo
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2018, 80 (5), pp.1134-1171
- Accès au bibtex
-
- titre
- Predicted airway obstruction distribution based on dynamical lung ventilation data: a coupled modeling-machine learning methodology
- auteur
- Nicolas Pozin, Spyridon Montesantos, Ira Katz, Marine Pichelin, Irene Vignon-Clementel, Céline Grandmont
- article
- International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2018, 34 (9), ⟨10.1002/cnm.3108⟩
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-
- titre
- An efficiency improved recognition algorithm for highly overlapping ellipses: Application to dense bubbly flows
- auteur
- Mathieu de Langlard, Hania Al-Saddik, Sophie Charton, Johan Debayle, Fabrice Lamadie
- article
- Pattern Recognition Letters, 2018, 101, pp.88 à 95. ⟨10.1016/j.patrec.2017.11.024⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Model and methods to assess hepatic function from indocyanine green fluorescence dynamical measurements of liver tissue
- auteur
- Chloe Audebert, Irene Vignon-Clementel
- article
- European Journal of Pharmaceutical Sciences, 2018, ⟨10.1016/j.ejps.2018.01.008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Quantitative analysis of hepatic macro- and microvascular alterations during cirrhogenesis in the rat
- auteur
- Geert Peeters, Charlotte Debbaut, Adrian Friebel, Pieter Cornillie, Winnok de Vos, Kasper Favere, Ingrid Vander Elst, Tim Vandecasteele, Tim Johann, Luc van Hoorebeke, Diethard Monbaliu, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Wim Laleman, Patrick Segers
- article
- Journal of Anatomy, In press, ⟨10.1111/joa.12760⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Closed-loop lumped parameter modelling of hemodynamics during cirrhogenesis in rats
- auteur
- Chloe Audebert, Geert Peeters, Patrick Segers, Wim Laleman, Diethard Monbaliu, Hannelie Korf, Jonel Trebicka, Irene Vignon-Clementel, Charlotte Debbaut
- article
- IEEE Transactions on Biomedical Engineering, In press, ⟨10.1109/TBME.2018.2793948⟩
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-
- titre
- Multiscale modeling of ocular physiology
- auteur
- Lorenzo Sala, Riccardo Sacco, Giovanna Guidoboni
- article
- Journal for Modeling in Ophthalmology, 2018, 2 (1), pp.12-18
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards a full model for ocular biomechanics, fluid dynamics, and hemodynamics
- auteur
- Lorenzo Sala, Christophe Prud’Homme, Marcela Szopos, Giovanna Guidoboni
- article
- Journal for Modeling in Ophthalmology, 2018, 2, pp.7-13
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A 3D stochastic model for geometrical characterization of particles in two-phase flow applications
- auteur
- Mathieu de Langlard, Fabrice Lamadie, Sophie Charton, Johan Debayle
- article
- Image Analysis & Stereology, 2018, 37 (3), pp.233 à 247. ⟨10.5566/ias.1942⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Discrete element method models of deformable cells in 2D and 3D environments to explore traction generation mechanisms
- auteur
- Diego Vargas, Tommy Heck, Bart Smeets, Paul van Liedekerke, Herman Ramon, Hans van Oosterwijck
- article
- 8th World Congress of Biomechanics, Jul 2018, Dublin, Ireland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- 3D modeling of a population of particles from 2D silhouette images of two-phase flows.
- auteur
- Mathieu de Langlard, Fabrice Lamadie, Sophie Charton, Johan Debayle
- article
- Stereology, Spatial Statistics and Stochastic Geometry – S4G, Faculty of Mathematics and Physics, Charles University; Conforg, s.r.o., Jun 2018, Prague, Czech Republic
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Mathematical Modeling of Blood Flow in the Cardiovascular System
- auteur
- Alfonso Caiazzo, Irene Vignon-Clementel
- article
- Quantification of Biophysical Parameters in Medical Imaging, Springer International Publishing, pp.45-70, 2018
- Accès au bibtex
-
- titre
- Agent-Based Lattice Models of Multicellular Systems
- auteur
- Dirk Drasdo, Andreas Buttenschön, Paul van Liedekerke
- article
- Numerical Methods and Advanced Simulation in Biomechanics and Biological Processes, Elsevier, pp.223-238, 2018, ⟨10.1016/B978-0-12-811718-7.00012-5⟩
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Unconditionally stable operator splitting method for a multiscale application in ophthalmology
- auteur
- Giovanna Guidoboni, Christophe Prud’Homme, Lorenzo Sala, Marcela Szopos
- article
- 44e Congrès National d’Analyse Numérique, May 2018, Cap d’Agde, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- From full tissue imaging to in silico modelisation of adipose tissue vascular network
- auteur
- Jules Dichamp
- article
- Dynamique des Fluides [physics.flu-dyn]. Institut National Polytechnique de Toulouse – INPT, 2018. Français. ⟨NNT : 2018INPT0066⟩
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-
2017
Journal articles
- titre
- Corrigendum
- auteur
- Geert Peeters, Charlotte Debbaut, Wim Laleman, Adrian Friebel, Diethard Monbaliu, Ingrid Vander Elst, Detrez Jan R., Tim Vandecasteele, Tim Johann, Thomas de Schryver, Luc van Hoorebeke, Kasper Favere, Verbeke Jonas, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Patrick Segers, Pieter Cornillie, Vos Winnok H. De
- article
- Journal of Anatomy, 2017, 231 (5), pp.786-786. ⟨10.1111/joa.12723⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Adverse outcome pathways: opportunities, limitations and open questions
- auteur
- Marcel Leist, Ahmed Ghallab, Rabea Graepel, Rosemarie Marchan, Reham Hassan, Susanne Hougaard Bennekou, Alice Limonciel, Mathieu Vinken, Stefan Schildknecht, Tanja Waldmann, Erik Danen, Ben van Ravenzwaay, Hennicke Kamp, Iain Gardner, Patricio Godoy, Frédéric Bois, Albert Braeuning, Raymond Reif, Franz Oesch, Dirk Drasdo, Stefan Höhme, Michael Schwarz, Thomas Hartung, Thomas Braunbeck, Joost Beltman, Harry Vrieling, Ferran Sanz, Anna Forsby, Domenico Gadaleta, Ciarán Fisher, Jens Kelm, David Fluri, Gerhard Ecker, Barbara Zdrazil, Andrea Terron, Paul Jennings, Bart van Der Burg, Steven Dooley, Annemarie Meijer, Egon Willighagen, Marvin Martens, Chris Evelo, Enrico Mombelli, Olivier Taboureau, Albert Mantovani, Barry Hardy, Bjorn Koch, Sylvia Escher, Chris van Thriel, Cristina Cadenas, Dinant Kroese, Bob van de Water, Jan Hengstler
- article
- Archives of Toxicology, 2017, 91 (11), pp.3477-3505. ⟨10.1007/s00204-017-2045-3⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Calculated Ventilation and Effort Distribution as a Measure Of Respiratory Disease and Heliox Effectiveness
- auteur
- Nicolas Pozin, Spyridon Montesantos, Ira Katz, Marine Pichelin, Céline Grandmont, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of Biomechanics, 2017, 60C, pp.100-109. ⟨10.1016/j.jbiomech.2017.06.009⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Kinetic scheme for arterial and venous blood flow, and application to partial hepatectomy modeling.
- auteur
- Chloe Audebert, Petru Bucur, Mohamed Bekheit, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel, Jean-Frédéric Gerbeau
- article
- Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2017, 314, pp.102-125. ⟨10.1016/j.cma.2016.07.009⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modulating Portal Hemodynamics With Vascular Ring Allows Efficient Regeneration After Partial Hepatectomy in a Porcine Model.
- auteur
- Petru O. Bucur, Mohamed Bekheit, Chloe Audebert, Amnah Othman, Seddik Hammad, Mylène Sebagh, Marc Antoine Allard, Benoît Decante, Adrian Friebel, Dirk Drasdo, Elodie Miquelestorena-Standley, Jan G. Hengstler, Irene Vignon-Clementel, Eric Vibert
- article
- Annals of Surgery, 2017, ⟨10.1097/SLA.0000000000002146⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling extracellular matrix viscoelasticity using smoothed particle hydrodynamics with improved boundary treatment
- auteur
- Tommy Heck, Bart Smeets, Simon Vanmaercke, Pinaki Bhattachara, Tim Odenthal, Herman Ramon, Hans van Oosterwijck, Paul van Liedekerke
- article
- Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2017, ⟨10.1016/j.cma.2017.04.031⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Inverse problems in reduced order models of cardiovascular haemodynamics: aspects of data-assimilation and heart-rate variability
- auteur
- Sanjay Pant, Chiara Corsini, Catriona Baker, Tain-Yen Hsia, Giancarlo Pennati, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of the Royal Society Interface, 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Tumor cell load and heterogeneity estimation from diffusion-weighted MRI calibrated with histological data: an example from lung cancer
- auteur
- Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Benedikt Müller, Arne Warth, Margarita González-Vallinas, Bernd Lahrmann, Niels Grabe, Hans-Ulrich Kauczor, Kai Breuhahn, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
- article
- IEEE Transactions on Medical Imaging, 2017, ⟨10.1109/TMI.2017.2698525⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Benchmark problems for numerical treatment of backflow at open boundaries
- auteur
- Cristóbal Bertoglio, Alfonso Caiazzo, Yuri Bazilevs, Malte Braack, Mahdi Esmaily, Volker Gravemeier, Alison Marsden, Olivier Pironneau, Irene Vignon-Clementel, Wolfgang A. Wall
- article
- International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2017, ⟨10.1002/cnm.2918⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Development of Optical Techniques for Multiphase Flows Characterization
- auteur
- Fabrice Lamadie, Sophie Charton, Mathieu de Langlard, Mariam Ouattara, Matthias P.L. Sentis, Johan Debayle, Fabrice R. A. Onofri
- article
- Fluids Engineering Division Summer Meeting (FEDSM2017), Fluids Engineering Division, Jul 2017, Hawaï, United States. pp.V01CT15A002, ⟨10.1115/FEDSM2017-69188⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Patient-specific virtual simulator of tissue perfusion in the lamina cribrosa.
- auteur
- Lorenzo Sala, Christophe Prud’Homme, Daniele Prada, Fabrizia Salerni, Christophe Trophime, Vincent Chabannes, Marcela Szopos, Rodolfo Repetto, Silvia Bertoluzza, Riccardo Sacco, Alon Harris, Giovanna Guidoboni
- article
- Annual Meeting of Association for Research in Vision and Ophthalmology (ARVO), May 2017, Baltimore, United States
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Off-Lattice Agent-Based Models for Cell and Tumor Growth: Numerical Methods, Implementation, and Applications
- auteur
- Paul van Liedekerke, Andreas Buttenschön, Dirk Drasdo
- article
- Miguel Cerrolaza; Sandra J. Shefelbine; Diego Garzón-Alvarado. Numerical Methods and Advanced Simulation in Biomechanics and Biological Processes, Academic Press, pp.245-267, 2017, 978-0-12-811718-7
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-
- titre
- Creation of Three-dimensional Liver Tissue Models from Experimental Images for Systems Medicine
- auteur
- Stefan Hoehme, Adrian Friebel, Seddik Hammad, Dirk Drasdo, Jan G. Hengstler
- article
- Peggy Stock, Bruno Christ. Hepatocyte Transplantation, 1506, Springer, pp.319-362, 2017, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-6504-5 (Print) 978-1-4939-6506-9. ⟨10.1007/978-1-4939-6506-9_22⟩
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-
- titre
- System modeling of receptor-induced apoptosis
- auteur
- François Bertaux, Dirk Drasdo, Gregory Batt
- article
- Olivier Micheau. TRAIL, Fas Ligand, TNF and TLR3 in Cancer, 12, 2017, Resistance to Targeted Anti-Cancer Therapeutics, 978-3-319-56804-1
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-
2016
Journal articles
- titre
- Partial hepatectomy hemodynamics changes: Experimental data explained by closed-loop lumped modeling
- auteur
- Chloe Audebert, Mohamed Bekheit, Petru Bucur, Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of Biomechanics, 2016, ⟨10.1016/j.jbiomech.2016.11.037⟩
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-
- titre
- Data assimilation and modelling of patient-specific single-ventricle physiology with and without valve regurgitation
- auteur
- Sanjay Pant, Chiara Corsini, Catriona Baker, Tain-Yen Hsia, Giancarlo Pennati, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of Biomechanics, 2016, 49 (11), pp.2162-2173. ⟨10.1016/j.jbiomech.2015.11.030⟩
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-
- titre
- Modified Navier-Stokes equations for the outflow boundary conditions in hemodynamics
- auteur
- Grégory Arbia, Irene Vignon-Clementel, Tainyen Y. Hsia, Jean-Frédéric Gerbeau
- article
- European Journal of Mechanics – B/Fluids, 2016, 60, pp.175-188. ⟨10.1016/j.euromechflu.2016.06.001⟩
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-
- titre
- Prévention de l’insuffisance hépatique post-opératoire par modulation pneumatique de la veine porte
- auteur
- Eric Vibert, Irene Vignon-Clementel, Didier Samuel
- article
- Hépato-Gastro & Oncologie Digestive, 2016, 23 (1), pp.90-4. ⟨10.1684/hpg.2015.1250⟩
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-
- titre
- Inferring Growth Control Mechanisms in Growing Multi-cellular Spheroids of NSCLC Cells from Spatial-Temporal Image Data
- auteur
- Nick Jagiella, Benedikt Müller, Margareta Müller, Irene E. Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
- article
- PLoS Computational Biology, 2016, 12 (2), pp.e1004412. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004412⟩
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-
- titre
- Aerosols in Healthy and Emphysematous In Silico Pulmonary Acinar Rat Models
- auteur
- Jessica M. Oakes, Philipp Hofemeier, Irene Vignon-Clementel, Josué Sznitman
- article
- Journal of Biomechanics, 2016, 49 (11), pp.2213-2220. ⟨10.1016/j.jbiomech.2015.11.026⟩
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-
- titre
- Aerosol Transport Throughout Inspiration and Expiration in the Pulmonary Airways
- auteur
- Jessica M. Oakes, Shawn C. Shadden, Céline Grandmont, Irene Vignon-Clementel
- article
- International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2016
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-
- titre
- Electro-fluid dynamics of aqueous humor production: simulations and new directions.
- auteur
- Aurelio Giancarlo Mauri, Lorenzo Sala, Paolo Airoldi, Giovanni Novielli, Riccardo Sacco, Simone Cassani, Giovanna Guidoboni, Brent Siesky, Alon Harris
- article
- Journal for Modeling in Ophthalmology, 2016, 1 (2), pp.48-58
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-
- titre
- Theoretical and numerical analysis of counter-flow parallel convective exchangers considering axial diffusion
- auteur
- Jules Dichamp, Frédéric de Gournay, Franck Plouraboué
- article
- International Journal of Heat and Mass Transfer, 2016, vol. 107, pp. 154-167. ⟨10.1016/j.ijheatmasstransfer.2016.09.019⟩
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-
Conference papers
- titre
- Quantitative Estimation of Tumor Cellularity Based on Histology Data
- auteur
- Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Arne Warth, Margarita González-Vallinas, Kai Breuhahn, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
- article
- IEEE Nuclear Science Symposuim & Medical Imaging Conference, Oct 2016, Oct 2016, Strasbourg, France
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-
- titre
- Tumor Microvasculature in Lung Cancer and Diffusion-Weighted MRI: Preliminary Results
- auteur
- Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Johannes Lotz, Janine Olesch, Kai Breuhahn, Dirk Drasdo, Irene Vignon-Clementel
- article
- IEEE Nuclear Science Symposuim & Medical Imaging Conference, Oct 2016, Strasbourg, France
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-
- titre
- The role of HCO3 and NA/K ATPase in the regulation of aqueous humor production: a mathematical model.
- auteur
- Riccardo Sacco, Aurelio Giancarlo Mauri, Lorenzo Sala, Simone Cassani, Brent Siesky, Giovanna Guidoboni, Alon Harris
- article
- Annual Meeting of the Association for Research in Vision and Ophthalmology (ARVO), May 2016, Seattle, United States
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Blood and air flow multi-scale simulations based on real data
- auteur
- Irene Vignon-Clementel
- article
- Biomechanics [physics.med-ph]. UPMC – Paris 6 Sorbonne Universités, 2016
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-
Reports
- titre
- Hi-POD solution of parametrized fluid dynamics problems: preliminary results
- auteur
- Davide Baroli, Cristina Maria Cova, Simona Perotto, Lorenzo Sala, Alessandro Veneziani
- article
- [Research Report] MOX, Dipartimento di Matematica, Politecnico di Milano. 2016
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Quantitative modeling identifies robust predictable stress response of growing CT26 tumor spheroids under variable conditions
- auteur
- P van Liedekerke, J Neitsch, T Johann, K Alessandri, P Nassoy, Dirk Drasdo
- article
- 2016
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-
- titre
- Model prediction and validation of an order mechanism controlling the spatio-temporal phenotype of early hepatocellular carcinoma
- auteur
- François Bertaux, Stefan Hoehme, William Weens, Bettina Grasl-Kraupp, Jan G. Hengstler, Dirk Drasdo
- article
- 2016
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-
2015
Journal articles
- titre
- Blood Flow Simulations for the Design of Stented Valve Reducer in Enlarged Ventricular Outflow Tracts
- auteur
- Alfonso Caiazzo, Romain Guibert, Younes Boudjemline, Irene Vignon-Clementel
- article
- Cardiovascular Engineering and Technology, 2015, 6 (4), pp.485-500. ⟨10.1007/s13239-015-0240-z⟩
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-
- titre
- Model-guided identification of a therapeutic strategy to reduce hyperammonemia in liver diseases
- auteur
- Ahmed Ghallab, Geraldine Celliere, Sebastian Henkel, Dominik Driesch, Stefan Hoehme, Ute Hofmann, Sebastian Zellmer, Patricio Godoy, Agapios Sachinidis, Meinolf Blaszkewicz, Raymond Reif, Rosemarie Marchan, Lars Kuepfer, Dieter Häussinger, Dirk Drasdo, G Gebhardt, Jan G. Hengstler
- article
- Journal of Hepatology, 2015, 64 (4), pp.860-871. ⟨10.1016/j.jhep.2015.11.018⟩
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-
- titre
- Simulating tissue mechanics with Agent Based Models: concepts and perspectives
- auteur
- Paul van Liedekerke, Margriet Palm, N Jagiella, Dirk Drasdo
- article
- Computational Particle Mechanics, 2015, 2 (4), pp.401-444. ⟨10.1007/s40571-015-0082-3⟩
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-
- titre
- Concomitant expression of far upstream element (FUSE) binding protein (FBP) interacting repressor (FIR) and its splice variants induce migration and invasion of non-small cell lung cancer (NSCLC) cells
- auteur
- Benedikt Müller, Michael Bovet, Yi Yin, Damian Stiche, Mona Malz, Margarita González-Vallinas, Alistair Middleton, Volker Ehemann, Jennifer Schmitt, Thomas Muley, Michael Meister, Esther Herpel, Stephan Singer, Arne Warth, Peter Schirmacher, Dirk Drasdo, Franziska Matthäus, Kai Breuhahn
- article
- Journal of Pathology, 2015, 237 (3), pp.390-401. ⟨10.1002/path.4588⟩
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-
- titre
- Uncertainty quantification in virtual surgery hemodynamics predictions for single ventricle palliation.
- auteur
- Daniele E. Schiavazzi, Grégory Arbia, Catriona Baker, Anthony Marcus Hlavacek, Tain-Yen Hsia, Alison L. Marsden, Irene Vignon-Clementel
- article
- International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2015, pp. e02737
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-
- titre
- TiQuant: software for tissue analysis, quantification and surface reconstruction
- auteur
- Adrian Friebel, Johannes Neitsch, Tim Johann, Seddik Hammad, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme
- article
- Bioinformatics, 2015, 31 (19), pp.3234-3236. ⟨10.1093/bioinformatics/btv346⟩
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-
- titre
- Distribution of Aerosolized Particles in Healthy and Emphysematous Rat Lungs: Comparison Between Experimental and Numerical Studies
- auteur
- Jessica M. Oakes, Alison Marsden, Céline Grandmont, Chantal Darquenne, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of Biomechanics, 2015, 48 (6), pp.1147-57. ⟨10.1016/j.jbiomech.2015.01.004i⟩
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-
- titre
- Unraveling liver complexity from molecular to organ level: Challenges and perspectives
- auteur
- Lorenza Alice d’Alessandro, Stefan Hoehme, Adriano Henney, Dirk Drasdo, Ursula Klingmüller
- article
- Progress in Biophysics and Molecular Biology, 2015, 117 (1), pp.78-86. ⟨10.1016/j.pbiomolbio.2014.11.005⟩
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-
- titre
- Pulmonary hemodynamics simulations before stage 2 single ventricle surgery: patient-specific parameter identification and clinical data assessment
- auteur
- Grégory Arbia, Chiara Corsini, Catriona Baker, Giancarlo Pennati, Tain-Yen Hsia, Irene Vignon-Clementel
- article
- Cardiovascular Engineering and Technology, 2015, pp.18. ⟨10.1007/s13239-015-0212-3⟩
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-
Conference papers
- titre
- Aerosols in the lung: multi-domain transport and coupling
- auteur
- Jessica M. Oakes, Shawn C. Shadden, Céline Grandmont, Irene Vignon-Clementel
- article
- 4th International Conference on Computational and Mathematical Biomedical Engineering – CMBE2015, Jun 2015, Cachan, France
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-
- titre
- Closed-loop cardiovascular system model and partial hepatectomy simulation
- auteur
- Chloé Audebert, Petru Bucur, Eric Vibert, Jean-Frédéric Gerbeau, Irene Vignon-Clementel
- article
- 4th International Conference on Computational and Mathematical Biomedical Engineering – CMBE2015, Jun 2015, Cachan, France
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-
2014
Journal articles
- titre
- Integrated metabolic spatial-temporal model for the prediction of ammonia detoxification during liver damage and regeneration
- auteur
- Freimut Schliess, Stefan Hoehme, Sebastian Henkel, Ahmed Ghallab, Dominik Driesch, Jan Böttger, Reinhard Guthke, Michael Pfaff, Jan Hengstler, Rolf Gebhardt, Dieter Häussinger, Dirk Drasdo, Sebastian Zellmer
- article
- Hepatology, 2014, 60 (6), pp.2040-2051. ⟨10.1002/hep.27136⟩
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-
- titre
- The virtual liver: state of the art and future perspectives
- auteur
- Dirk Drasdo, Johannes Bode, Uta Dahmen, Olaf Dirsch, Steven Dooley, Rolf Gebhardt, Ahmed Ghallab, Patricio Godoy, Dieter Häussinger, Seddik Hammad, Stefan Hoehme, Hermann-Georg Holzhütter, Ursula Klingmüller, Lars Kuepfer, Jens Timmer, Marino Zerial, Jan G. Hengstler
- article
- Archives of Toxicology, 2014, pp.2071-2075. ⟨10.1007/s00204-014-1384-6⟩
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-
- titre
- A methodological paradigm for patient-specific multi-scale CFD simulations: from clinical measurements to parameter estimates for individual analysis
- auteur
- Sanjay Pant, Benoit Fabrèges, Jean-Frédéric Gerbeau, Irene Vignon-Clementel
- article
- International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2014, 30 (12), pp.1614–1648. ⟨10.1002/cnm.2692⟩
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-
- titre
- Integration of Clinical Data Collected at Different Times for Virtual Surgery in Single Ventricle Patients: A Case Study
- auteur
- Chiara Corsini, Catriona Baker, Alessia Baretta, Giovanni Biglino, Anthony M. Hlavacek, Tain-Yen Hsia, Ethan Kung, Alison Marsden, Francesco Migliavacca, Irene Vignon-Clementel, Giancarlo Pennati
- article
- Annals of Biomedical Engineering, 2014, pp.11
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-
- titre
- How predictive quantitative modeling of tissue organization can inform liver disease pathogenesis.
- auteur
- Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Jan G. Hengstler
- article
- Journal of Hepatology, 2014, 61 (4), pp.951-956. ⟨10.1016/j.jhep.2014.06.013⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling contact interactions between triangulated rounded bodies for the discrete element method
- auteur
- Bart Smeets, Tim Odenthal, Janos Keresztes, Simon Vanmaercke, Paul van Liedekerke, Engelbert Tijskens, Wouter Saeys, Hans van Oosterwyck, Herman Ramon
- article
- Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2014, 277, pp.219-238. ⟨10.1016/j.cma.2014.04.017⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Enabling multiscale modeling in systems medicine: From reactions in cells to organ physiology
- auteur
- Olaf Wolkenhauer, Charles Auffray, Olivier Brass, Jean Clairambault, Andreas Deutsch, Dirk Drasdo, Francesco Gervasio, Luigi Preziosi, Philip Maini, Anna Marciniak-Czochra, Christina Kossow, Lars Kuepfer, Katja Rateitschak, Ignacio Ramis-Conde, Benjamin Ribba, Andreas Schuppert, Rod Smallwood, Georgios Stamatakos, Felix Winter, Helen Byrne
- article
- Genome Medicine, 2014, Genome Medicine, 6 (21), pp.3
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-
- titre
- Protocols for staining of bile canalicular and sinusoidal networks of human, mouse and pig livers, three-dimensional reconstruction and quantification of tissue microarchitecture by image processing and analysis.
- auteur
- Seddik Hammad, Stefan Hoehme, Adrian Friebel, Iris von Recklinghausen, Amnah Othman, Brigitte Begher-Tibbe, Raymond Reif, Patricio Godoy, Tim Johann, Amruta Vartak, Klaus Golka, Petru O. Bucur, Eric Vibert, Rosemarie Marchan, Bruno Christ, Steven Dooley, Christoph Meyer, Iryna Ilkavets, Uta Dahmen, Olaf Dirsch, Jan Böttger, Rolf Gebhardt, Dirk Drasdo, Jan G. Hengstler
- article
- Archives of Toxicology, 2014, 88 (5), pp.1161-1183. ⟨10.1007/s00204-014-1243-5⟩
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-
- titre
- Airflow and Particle Deposition Simulations in Health and Emphysema: From In Vivo to In Silico Animal Experiments
- auteur
- Jessica M. Oakes, Alison L. Marsden, Céline Grandmont, Shawn C. Shadden, Chantal Darquenne, Irene Vignon-Clementel
- article
- Annals of Biomedical Engineering, 2014, 42 (4), pp.899-914. ⟨10.1007/s10439-013-0954-8⟩
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-
- titre
- Estimating Dose Painting Effects in Radiotherapy: A Mathematical Model
- auteur
- Juan Carlos Lopez Alfonso, Nick Jagiella, Luis Núñez, Miguel Herrero, Dirk Drasdo
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (2), pp.22. ⟨10.1371/journal.pone.0089380⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Numerical blood flow simulation in surgical corrections: what do we need for an accurate analysis ?
- auteur
- Grégory Arbia, Chiara Corsini, Mahdi Esmaily Moghadam, Alison Marsden, Francesco Migliavacca, Giancarlo Pennati, T.-Y. Hsia, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of Surgical Research, 2014, 186 (1), pp.44-55. ⟨10.1016/j.jss.2013.07.037⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Group-wise Construction of Reduced Models for Understanding and Characterization of Pulmonary Blood Flows from Medical Images
- auteur
- Romain Guibert, Kristin Mcleod, Alfonso Caiazzo, Tommaso Mansi, Miguel Angel Fernández, Maxime Sermesant, Xavier Pennec, Irene Vignon-Clementel, Younes Boudjemline, Jean-Frédéric Gerbeau
- article
- Medical Image Analysis, 2014, 18 (1), pp.63-82. ⟨10.1016/j.media.2013.09.003⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling Dynamics of Cell-to-Cell Variability in TRAIL-Induced Apoptosis Explains Fractional Killing and Predicts Reversible Resistance
- auteur
- François Bertaux, Szymon Stoma, Dirk Drasdo, Gregory Batt
- article
- PLoS Computational Biology, 2014, 10 (10), pp.14. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003893.s016⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Development of a 3D to 1D Particle Transport Model to Predict Deposition in the Lungs
- auteur
- Jessica M. Oakes, Céline Grandmont, Shawn C. Shadden, Irene Vignon-Clementel
- article
- 67th Annual Meeting of the APS Division of Fluid Dynamics, Nov 2014, San Francisco, United States
- Accès au bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- Analysis of initial cell spreading using mechanistic contact formulations for a deformable cell model.
- auteur
- Tim Odenthal, Bart Smeets, Paul van Liedekerke, Engelbert Tijskens, Herman Ramon, Hans van Oosterwijck
- article
- PLoS Computational Biology, 2013, 9 (10), ⟨10.1371/journal.pcbi.1003267⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Recent advances in 2D and 3D in vitro systems using primary hepatocytes, alternative hepatocyte sources and non-parenchymal liver cells and their use in investigating mechanisms of hepatotoxicity, cell signaling and ADME.
- auteur
- Patricio Godoy, Nicola J Hewitt, Ute Albrecht, Melvin E Andersen, Nariman Ansari, Sudin Bhattacharya, Johannes Georg Bode, Jennifer Bolleyn, Christoph Borner, Jan Böttger, Albert Braeuning, Robert A Budinsky, Britta Burkhardt, Neil R Cameron, Giovanni Camussi, Chong-Su Cho, Yun-Jaie Choi, J. Craig Rowlands, Uta Dahmen, Georg Damm, Olaf Dirsch, María Teresa Donato, Jian Dong, Steven Dooley, Dirk Drasdo, Rowena Eakins, Karine Sá Ferreira, Valentina Fonsato, Joanna Fraczek, Rolf Gebhardt, Andrew Gibson, Matthias Glanemann, Chris E P Goldring, María José Gómez-Lechón, Geny M M Groothuis, Lena Gustavsson, Christelle Guyot, David Hallifax, Seddik Hammad, Adam Hayward, Dieter Häussinger, Claus Hellerbrand, Philip Hewitt, Stefan Hoehme, Hermann-Georg Holzhütter, J Brian Houston, Jens Hrach, Kiyomi Ito, Hartmut Jaeschke, Verena Keitel, Jens M Kelm, B. Kevin Park, Claus Kordes, Gerd A Kullak-Ublick, Edward L Lecluyse, Peng Lu, Jennifer Luebke-Wheeler, Anna Lutz, Daniel J Maltman, Madlen Matz-Soja, Patrick Mcmullen, Irmgard Merfort, Simon Messner, Christoph Meyer, Jessica Mwinyi, Dean J Naisbitt, Andreas K Nussler, Peter Olinga, Francesco Pampaloni, Jingbo Pi, Linda Pluta, Stefan A Przyborski, Anup Ramachandran, Vera Rogiers, Cliff Rowe, Celine Schelcher, Kathrin Schmich, Michael Schwarz, Bijay Singh, Ernst H K Stelzer, Bruno Stieger, Regina Stöber, Yuichi Sugiyama, Ciro Tetta, Wolfgang E Thasler, Tamara Vanhaecke, Mathieu Vinken, Thomas S Weiss, Agata Widera, Courtney G Woods, Jinghai James Xu, Kathy M Yarborough, Jan G Hengstler
- article
- Archives of Toxicology, 2013, 87 (8), pp.1315-530. ⟨10.1007/s00204-013-1078-5⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A modular numerical method for implicit 0D/3D coupling in cardiovascular finite element simulations
- auteur
- Mahdi Esmaily Moghadam, Irene Vignon-Clementel, Richard S. Figliola, Alison L. Marsden
- article
- Journal of Computational Physics, 2013, 244, pp.63-79. ⟨10.1016/j.jcp.2012.07.035⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Solving microscopic flow problems using Stokes equations in SPH
- auteur
- Paul van Liedekerke, Bart Smeets, Tim Odenthal, Engelbert Tijskens, Herman Ramon
- article
- Computer Physics Communications, 2013, ⟨10.1016/j.cpc.2013.02.013⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An integrated approach to patient-specific predictive modeling for single ventricle heart palliation
- auteur
- Chiara Corsini, Catriona Baker, Ethan Kung, Silvia Schievano, Grégory Arbia, Alessia Baretta, Giovanni Biglino, Francesco Migliavacca, Gabriele Dubini, Giancarlo Pennati, Alison L. Marsden, Irene Vignon-Clementel, Andrew Taylor, T.-Y. Hsia, Adam Dorfman
- article
- Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering, 2013, ⟨10.1080/10255842.2012.758254⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- The virtual liver: a multidisciplinary, multilevel challenge for systems biology.
- auteur
- Hermann-Georg Holzhütter, Dirk Drasdo, Tobias Preusser, Jörg Lippert, Adriano M Henney
- article
- Wiley Interdisciplinary Reviews: Systems Biology and Medicine, 2013, 4 (3), pp.221-35. ⟨10.1002/wsbm.1158⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Predictive modeling of the virtual Hemi-Fontan operation for second stage single ventricle palliation: Two patient-specific cases.
- auteur
- Ethan Kung, Alessia Baretta, Catriona Baker, Grégory Arbia, Giovanni Biglino, Chiara Corsini, Silvia Schievano, Irene Vignon-Clementel, Gabriele Dubini, Giancarlo Pennati, Andrew Taylor, Adam Dorfman, Anthony M Hlavacek, Alison L. Marsden, T.-Y. Hsia, Francesco Migliavacca
- article
- Journal of Biomechanics, 2013, 46 (2), pp.423-429. ⟨10.1016/j.jbiomech.2012.10.023⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Optimization of a Y-graft design for improved hepatic flow distribution in the Fontan circulation.
- auteur
- Weiguang Yang, Jeffrey Feinstein, Shawn C. Shadden, Irene Vignon-Clementel, Alison L. Marsden
- article
- Journal of Biomechanical Engineering, 2013, in press, 135 (1), pp.011002. ⟨10.1115/1.4023089⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Composite waves for a cell population system modelling tumor growth and invasion
- auteur
- Min Tang, Nicolas Vauchelet, Ibrahim Cheddadi, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo, Benoît Perthame
- article
- Chinese Annals of Mathematics – Series B, 2013, 34B (2), pp.295-318. ⟨10.1007/s11401-007-0001-x⟩
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-
Conference papers
- titre
- Parameter estimation for a 3D Navier-Stokes – 0D coupled system: application to patient-specific haemodynamics
- auteur
- Benoit Fabrèges, Sanjay Pant, Irene Vignon-Clementel, Jean-Frédéric Gerbeau
- article
- 3rd International Conference on Computational & Mathematical Biomedical Engineering, Dec 2013, Hong Kong, China
- Accès au bibtex
-
- titre
- A multiscale filtering-based parameter estimation method for patient-specific coarctation simulations in rest and exercise
- auteur
- Sanjay Pant, Benoit Fabrèges, Jean-Frédéric Gerbeau, Irene Vignon-Clementel
- article
- STACOM, MICCAI – 4th International Workshop on Statistical Atlases and Computational Models of the Heart held in conjunction with the 16th International conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan
- Accès au bibtex
-
- titre
- A new approach for the outflow boundary condition in three-dimensional hemodynamics
- auteur
- Grégory Arbia, Irene Vignon-Clementel, T.-Y. Hsia, Jean-Frédéric Gerbeau
- article
- MPF 2013 – V International Symposium on Modelling of Physiological Flows, CMCS – Ecole Polythecnique Fédérale de Lausanne and MOX – Politecnico di Milano, Jun 2013, Chia, Italy
- Accès au bibtex
-
- titre
- Spatial distribution of aerosols in healthy rat lungs: findings from numerical and experimental models
- auteur
- Jessica M. Oakes, Chantal Darquenne, Céline Grandmont, Miriam Scadeng, Ellen Breen, Irene Vignon-Clementel, Alison L. Marsden
- article
- ISAM2013, Apr 2013, Chapel Hill, United States. pp.A35
- Accès au bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- From genotypes to phenotypes: classification of the tumour profiles for different variants of the cadherin adhesion pathway.
- auteur
- Ignacio Ramis-Conde, Dirk Drasdo
- article
- Physical Biology, 2012, 9 (3), pp.036008. ⟨10.1088/1478-3975/9/3/036008⟩
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-
- titre
- Modeling the impact of granular embedding media, and pulling versus pushing cells on growing cell clones
- auteur
- Dirk Drasdo, Stefan Hoehme
- article
- New Journal of Physics, 2012, 14, 055025 (37pp). ⟨10.1088/1367-2630/14/5/055025⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Hepatic blood flow distribution and performance in conventional and novel Y-graft Fontan geometries: A case series computational fluid dynamics study.
- auteur
- Weiguang Yang, Irene Vignon-Clementel, Guillaume Troianowski, V Mohan Reddy, Jeffrey Feinstein, Alison Marsden
- article
- Journal of Thoracic and Cardiovascular Surgery, 2012, 143 (5), pp.1086-1097. ⟨10.1016/j.jtcvs.2011.06.042⟩
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- titre
- Optimization of shunt placement for the Norwood surgery using multi-domain modeling.
- auteur
- Mahdi Esmaily Moghadam, Francesco Migliavacca, Irene Vignon-Clementel, T.-Y. Hsia, Alison L. Marsden
- article
- Journal of Biomechanical Engineering, 2012, 134 (5), pp.051002. ⟨10.1115/1.4006814⟩
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- titre
- Respiratory effects on hemodynamics in patient-specific CFD models of the Fontan circulation under exercise conditions
- auteur
- Alessia Baretta, Chiara Corsini, Alison L. Marsden, Irene Vignon-Clementel, T.-Y. Hsia, Gabriele Dubini, Francesco Migliavacca, Giancarlo Pennati
- article
- European Journal of Mechanics – B/Fluids, 2012, 35, pp.61-69. ⟨10.1016/j.euromechflu.2012.01.012⟩
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Conference papers
- titre
- Towards the modelling of conceptus morphogenesis in ruminants
- auteur
- Chadha Chettaoui, Severine Degrelle, Ignacio Ramis-Conde, Michel Guillomot, Juhui Wang, Dirk Drasdo, Alain Trubuil, Isabelle Hue
- article
- EMBO Conference Series Chemical Biology 2012, European Molecular Biology Laboratory (EMBL). DEU., Sep 2012, Heidelberg, Germany. pp.1
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- titre
- Multiscale Model of Airflow in Healthy and Emphysema Rat Lungs
- auteur
- Jessica M. Oakes, Alison L. Marsden, Céline Grandmont, Chantal Darquenne, Irene Vignon-Clementel
- article
- ASME 2012 Summer Bioengineering Conference, D. Steinman, Jun 2012, Fajardo, Puerto Rico. pp.SBC2012-80418
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- titre
- From Patient-Specific Data to Multiscale Hemodynamics Simulations: the Challenge of Boundary Conditions
- auteur
- Irene Vignon-Clementel, Grégory Arbia, Alessia Baretta, Chiara Corsini, Mahdi Esmaily Moghadam, Guillaume Troianowski, Weiguang Yang, Jeffrey Feinstein, T.-Y. Hsia, Alison L. Marsden, Francesco Migliavacca, Giancarlo Pennati
- article
- 10th International Symposium on Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering, Apr 2012, Berlin, Germany. pp.603-608
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2011
Journal articles
- titre
- Virtual surgeries in patients with congenital heart disease: a multi-scale modelling test case.
- auteur
- Alessia Baretta, Chiara Corsini, Weiguang Yang, Irene Vignon-Clementel, Alison L. Marsden, Jeffrey A. Feinstein, T.-Y. Hsia, Gabriele Dubini, Francesco Migliavacca, Giancarlo Pennati
- article
- Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, 2011, 369 (1954), pp.4316-30. ⟨10.1098/rsta.2011.0130⟩
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- titre
- Three-dimensional simulations in Glenn patients: clinically based boundary conditions, hemodynamic results and sensitivity to input data
- auteur
- Guillaume Troianowski, Charles A. Taylor, Jeffrey A. Feinstein, Irene Vignon-Clementel
- article
- Journal of Biomechanical Engineering, 2011, 133 (11), pp.111006. ⟨10.1115/1.4005377⟩
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- titre
- Computational simulations demonstrate altered wall shear stress in aortic coarctation patients treated by resection with end-to-end anastomosis.
- auteur
- John F Ladisa, Ronak J Dholakia, C. Alberto Figueroa, Irene Vignon-Clementel, Frandics P Chan, Margaret M Samyn, Joseph R Cava, Charles A. Taylor, Jeffrey A. Feinstein
- article
- Congenital Heart Disease, 2011, 6 (5), pp.432-43. ⟨10.1111/j.1747-0803.2011.00553.x⟩
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-
- titre
- Computational simulations for aortic coarctation: representative results from a sampling of patients.
- auteur
- John F Ladisa, C. Alberto Figueroa, Irene Vignon-Clementel, H. J. Kim, Nan Xiao, Laura M Ellwein, Frandics P Chan, Jeffrey A. Feinstein, Charles A. Taylor
- article
- Journal of Biomechanical Engineering, 2011, 133 (9), pp.091008. ⟨10.1115/1.4004996⟩
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- titre
- A comparison of outlet boundary treatments for prevention of backflow divergence with relevance to blood flow simulations
- auteur
- Mahdi Esmaily Moghadam, Yuri Bazilevs, T.-Y. Hsia, Irene Vignon-Clementel, Alison L. Marsden
- article
- Computational Mechanics, 2011, Special issue on computational fluid mechanics and fluid-structure interaction, 48 (3), pp.277-291. ⟨10.1007/s00466-011-0599-0⟩
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- titre
- Comparative study of viscoelastic arterial wall models in nonlinear one-dimensional finite element simulations of blood flow.
- auteur
- Rashmi Raghu, Irene Vignon-Clementel, C. Alberto Figueroa, Charles A. Taylor
- article
- Journal of Biomechanical Engineering, 2011, 133 (8), pp.081003. ⟨10.1115/1.4004532⟩
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Conference papers
- titre
- A poroelastic model valid in large strains with applications to perfusion in cardiac modeling
- auteur
- Irene Vignon-Clementel, Dominique Chapelle, Jacques Sainte-Marie, Jean-Frédéric Gerbeau
- article
- 10e colloque national en calcul des structures, May 2011, Giens, France. 2 p
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-
- titre
- Myocardial delivery of cells to the heart: a comprehensive model to increase retention
- auteur
- Jean-Pierre Latere, Christian Homsy, Jean-Frédéric Gerbeau, Irene Vignon-Clementel
- article
- 60th Annual Scientific Session and Expo of the American-College-of-Cardiology, Apr 2011, New Orleans, United States. pp.E208-E208, ⟨10.1016/S0735-1097(11)60208-8⟩
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2010
Journal articles
- titre
- Patient-specific modeling of blood flow and pressure in human coronary arteries.
- auteur
- H. J. Kim, Irene Vignon-Clementel, J. S. Coogan, C. A. Figueroa, K. E. Jansen, C. A. Taylor
- article
- Annals of Biomedical Engineering, 2010, 38 (10), pp.3195-209. ⟨10.1007/s10439-010-0083-6⟩
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- titre
- Prediction and validation of cell alignment along microvessels as order principle to restore tissue architecture in liver regeneration
- auteur
- Stefan Hoehme, Marc Brulport, Alexander Bauer, Essam Bedawy, Wiebke Schormann, Matthias Hermes, Verena Puppe, Rolf Gebhardt, Sebastian Zellmer, Michael Schwarz, Ernesto Bockamp, Tobias Timmel, Jan Hengstler, Dirk Drasdo
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2010, 107 (23), pp.10371-10376. ⟨10.1073/pnas.0909374107⟩
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- titre
- Outflow boundary conditions for 3D simulations of non-periodic blood flow and pressure fields in deformable arteries.
- auteur
- Irene Vignon-Clementel, C. A. Figueroa, K. E. Jansen, C. A. Taylor
- article
- Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering, 2010, 13 (5), pp.625-640. ⟨10.1080/10255840903413565⟩
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- titre
- Developing computational methods for three-dimensional finite element simulations of coronary blood flow
- auteur
- H. J. Kim, Irene Vignon-Clementel, C. A. Figueroa, K. E. Jansen, C. A. Taylor
- article
- Finite Elements in Analysis and Design, 2010, 46 (6), pp.514-525. ⟨10.1016/j.finel.2010.01.007⟩
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-
- titre
- A Primer on Computational Simulation in Congenital Heart Disease for the Clinician
- auteur
- Irene Vignon-Clementel, Alison Marsden, Jeffrey Feinstein
- article
- Progress in Pediatric Cardiology, 2010, 30 (1-2), pp.3-13. ⟨10.1016/j.ppedcard.2010.09.002⟩
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- titre
- A poroelastic model valid in large strains with applications to perfusion in cardiac modeling
- auteur
- Dominique Chapelle, Jacques Sainte-Marie, Jean-Frédéric Gerbeau, Irene Vignon-Clementel
- article
- Computational Mechanics, 2010, 46 (1), pp.91-101. ⟨10.1007/s00466-009-0452-x⟩
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- titre
- Individual fates of mesenchymal stem cells in vitro
- auteur
- Axel Krinner, Martin Hoffmann, Markus Loeffler, Dirk Drasdo, Joerg Galle
- article
- BMC Systems Biology, 2010, 4 (1), pp.73. ⟨10.1186/1752-0509-4-73⟩
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-
Conference papers
- titre
- Atlas-Based Reduced Models of Blood Flows for Fast Patient-Specific Simulations
- auteur
- Kristin Mcleod, Alfonso Caiazzo, Miguel Angel Fernández, Tommaso Mansi, Irene Vignon-Clementel, Maxime Sermesant, Xavier Pennec, Younes Boudjemline, Jean-Frédéric Gerbeau
- article
- STACOM 2010 – Statistical Atlases and Computational Modeling of the Heart, Sep 2010, Beijing, China. pp.95-104, ⟨10.1007/978-3-642-15835-3_10⟩
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- titre
- Physically-based modeling of the trophoblast tissue morphogenesis
- auteur
- Chadha Chettaoui, Dirk Drasdo, Isabelle Hue, Juhui Wang
- article
- 9th International Symposium, Computer Methods in Biomechanics and Engineering, Feb 2010, Valence, Spain. 1 p
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Book sections
- titre
- Modeling Steps from a Begnin Tumor to an Invasive Cancer: Examples of Instrinsically Multiscale Problems
- auteur
- Dirk Drasdo, Nick Jagiella, Ignacio Ramis-Conde, Irene Vignon-Clementel, William Weens
- article
- A Chauvière, L Preziosi & C Verdier. Cell mechanics: from single scale based models to multiscale modeling, 14, Taylor & Francis, pp.379-416, 2010, Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology Series, 9781420094541
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Poster communications
- titre
- Physically-based modeling of the trophoblast tissue morphogenesis
- auteur
- Chadha Chettaoui, Isabelle Hue, Juhui Wang, Dirk Drasdo
- article
- ISCB Student Council Symposium 2010., Jul 2010, Boston, United States. pp.1 P., 2010
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2009
Journal articles
- titre
- On coupling a lumped parameter heart model and a three-dimensional finite element aorta model.
- auteur
- H. J. Kim, Irene Vignon-Clementel, C. A. Figueroa, J. L. Ladisa, K. E. Jansen, Jeffrey Feinstein, C. A. Taylor
- article
- Annals of Biomedical Engineering, 2009, 37 (11), pp.2153-69. ⟨10.1007/s10439-009-9760-8⟩
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-
Conference papers
- titre
- Injection of Cells into the Heart: a Comprehensive Model to Increase Retention
- auteur
- Jean-Pierre Latere, Irene Vignon-Clementel, Keijo Nissen, Jean-Frédéric Gerbeau, Christian Homsy
- article
- 21st Annual Transcatheter Cardiovascular Therapeutics Conference, Sep 2009, San Francisco, United States. pp.78D-78D, ⟨10.1016/j.amjcard.2009.08.224⟩
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- titre
- Flow through stents in Abdominal Aortic Aneurysms
- auteur
- Alfonso Caiazzo, Miguel Angel Fernández, Jean-Frédéric Gerbeau, Vincent Martin, Irene Vignon-Clementel
- article
- 1st International Conference on Computational and Mathematical Biomedical Engineering, Jun 2009, Swansea, United Kingdom
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-
- titre
- Realistic Blood Flow Through the Aortic Valve: Simulation and Analysis
- auteur
- Matteo Astorino, Jean-Frédéric Gerbeau, Shawn C. Shadden, Irene Vignon-Clementel
- article
- 1st International Conference on Computational and Mathematical Biomedical Engineering, Jun 2009, Swansea, United Kingdom
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2004
Other publications
- titre
- The transformations of “sweet France”. Questions of French History of 1930s and 1940s.
- auteur
- Michel Perottino, Jiří Pešek, Christian Lequesne
- article
- LES ÉTUDES DU CEFRES, 2004, pp.N°3
- Accès au texte intégral et bibtex
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2001
Journal articles
- titre
- Continuité culturelle et discontinuité politique. Quelques réflexions sur le caractère de la culture tchèque des années 1940
- auteur
- Jiří Pešek
- article
- Cahiers du CEFRES, 2001, Mémoires du communisme en Europe centrale, 26, pp.10
- Accès au texte intégral et bibtex
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