Publications

2025

Journal articles

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Florent Kempf, Rosanna Drumo, Anne-Marie Chaussé, Pierrette Menanteau, Tereza Kubasova, et al.. The immune response modulated by inoculation of commensal bacteria at birth impacts the gut microbiota and prevents Salmonella colonization. Gut microbes, 2025, 17 (1), pp.2474151. ⟨10.1080/19490976.2025.2474151⟩. ⟨hal-05004820⟩

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Françoise Irlinger, Christine Keribin, Anne-Sophie Sarthou, Béatrice Laroche, Sandra Helinck. Pink discoloration defects associated with microbial structure and metabolome changes in commercial bloomy cheeses. International Journal of Food Microbiology, 2025, 442, pp.111363. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2025.111363⟩. ⟨hal-05193253⟩

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Clara Lazzaretti, Elia Paradiso, Samantha Sperduti, Rachel Richardson, Carmela Perri, et al.. Trafficking of luteinizing hormone receptor directs the differential signal activation between luteinizing hormone and chorionic gonadotropin. International Journal of Biological Macromolecules, 2025, 318, pp.145247. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2025.145247⟩. ⟨hal-05190057⟩

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Livio Casarini, Nafis Rahman, Eric Reiter, Pascale Crépieux, Adolfo Rivero-Müller, et al.. Comment on “Atlas of Fshr Expression From Novel Reporter Mice”. Endocrinology, 2025, 166 (5), ⟨10.1210/endocr/bqaf066⟩. ⟨hal-05045591⟩

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Luiz Guilherme S. da Silva, Romain Yvinec, Guilherme Prata, Varshant Dhar, John Reinitz, et al.. Two-State Stochastic Model of In Vivo Observations of Transcriptional Bursts. Brazilian Journal of Physics, 2025, 55 (4), pp.150. ⟨10.1007/s13538-025-01785-y⟩. ⟨hal-05189949⟩

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Madeline C Rocks, Priyanka Bhatnagar, Alice Verticchio Vercellin, Lorenzo Sala, Brent Siesky, et al.. Mathematical Modeling and Artificial Intelligence to Explore Connections Between Glaucoma and the Gut Microbiome. Medicina, 2025, 61 (2), pp.343. ⟨10.3390/medicina61020343⟩. ⟨hal-04957107⟩

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Thibault Malou, Nicolas Parisey, Katarzyna Adamczyk-Chauvat, Elisabeta Vergu, Béatrice Laroche, et al.. Biology-Informed inverse problems for insect pests detection using pheromone sensors. Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e19. ⟨10.24072/pcjournal.520⟩. ⟨hal-04982331⟩

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Bertrand Baussart, Benoit Hudelist, Chiara Villa, Mirella Hage, Anne Jouinot, et al.. Specific focus on the basal dura for improving Cushing’s disease surgery: a cohort study. Neurosurgical Review, 2025, 48 (1), pp.483. ⟨10.1007/s10143-025-03656-1⟩. ⟨hal-05105165⟩

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Conference papers

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Stefan Haar, Juri Kolčák. Continuous Petri Nets Faithfully Fluidify Most Permissive Boolean Networks. CMSB 2025 – 23rd International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2025, Lyon, France. ⟨hal-05115273⟩

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Lorenzo Sala. Hybrid Inference for Microbial Community Models: Physics-Informed Neural Networks for Parameter Estimation in Generalized Lotka-Volterra System. 2025 Workshop on Modeling, Optimization, and Control in Biomedicine, Aug 2025, Frankfurt, Germany. ⟨hal-05269905⟩

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Stefan Haar. Searching for Attractors : To infinity and beyond. AUTOMATA 2025 – 31st International Workshop on Cellular Automata and Discrete Complex Systems, Jun 2025, Lille, France. ⟨hal-05115278⟩

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Lorenzo Sala. Physics-Informed Neural Networks for Generalized Lotka-Volterra models: towards parameter estimation in microbial communities. SMAI 2025 – 12ème Biennale Française des Mathématiques Appliquées et Industrielles, Jun 2025, Carcans-Maubuisson (Gironde), France. ⟨hal-05269906⟩

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Lorenzo Sala. Physics-informed neural networks for data-integrated modeling of microbial interactions. DSABNS 2025 – 16th Dynamical Systems applied on Biology and Natural Sciences, Jan 2025, Napoli, Italy. ⟨hal-05269904⟩

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Software

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Vincent Chabannes, Christophe Prud’Homme, Thomas Saigre, Sala Lorenzo, Marcela Szopos, et al.. A 3D geometrical model and meshing procedures for the human eyeball. 2025, ⟨swh:1:dir:a275c7afe02abd36a1124d0c6746fc45ee61c4f3⟩. ⟨hal-05106849⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Maya Briani, Roberto Natalini, Magali Ribot. A relaxation scheme for the equations of isentropic gas dynamics on a network with jump transmission conditions. 2025. ⟨hal-05134865⟩

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Louis Fostier, Aloïs Dauger, Romain Yvinec, Magali Ribot, Chloe Audebert, et al.. Rapid cell turnover to model adipocyte size distribution. 2025. ⟨hal-05105900⟩

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Luís Almeida, Alexandre Poulain, Albin Pourtier, Chiara Villa. Mathematical modelling of the contribution of senescent fibroblasts to basement membrane digestion during carcinoma invasion. 2025. ⟨hal-04574340v4⟩

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Sara Hamis, Alexander P Browning, Adrianne L Jenner, Chiara Villa, Philip K Maini, et al.. Growth rate-driven modelling reveals how phenotypic adaptation drives drug resistance in BRAFV600E-mutant melanoma. 2025. ⟨hal-04851795v2⟩

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Tommaso Lorenzi, Nadia Loy, Chiara Villa. Phenotype-structuring of non-local kinetic models of cell migration driven by environmental sensing. 2025. ⟨hal-04851469v2⟩

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Alexander P Browning, Rebecca M Crossley, Chiara Villa, Philip K Maini, Adrianne L Jenner, et al.. Identifiability of heterogeneous phenotype adaptation from low-cell-count experiments and a stochastic model. 2025. ⟨hal-04854906v2⟩

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Tommaso Lorenzi, Kevin J Painter, Chiara Villa. Phenotype structuring in collective cell migration: a tutorial of mathematical models and methods. 2025. ⟨hal-04851615v2⟩

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Chiara Villa, Philip K Maini, Alexander P Browning, Adrianne L Jenner, Sara Hamis, et al.. Reducing phenotype-structured PDE models of cancer evolution to systems of ODEs: a generalised moment dynamics approach. 2025. ⟨hal-04599519v2⟩

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Lorenzo Sala, Mohamed Zaid, Faith Hughes, Marcela Szopos, Virginia H. Huxley, et al.. Eye2Heart : a validated lumped-parameter model bridging cardiovascular and ocular dynamics. 2025. ⟨hal-05024047⟩

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Thibault Malou, Nicolas Parisey, Katarzyna Adamczyk-Chauvat, Elisabeta Vergu, Béatrice Laroche, et al.. Biology-Informed inverse problems for insect pests detection using pheromone sensors. 2025. ⟨hal-04572831v3⟩

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Paguiel Javan Hossie, Béatrice Laroche, Thibault Malou, Lucas Perrin, Thomas Saigre, et al.. Surrogate modeling of interactions in microbial communities through Physics-Informed Neural Networks.. 2025. ⟨hal-04440736v2⟩

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Xavier Leray, Julia Morales, Aurélie Tréfier, Kelly León, Thomas Bourquard, et al.. Hormone-regulated dynamics of mRNA distribution on ribosomes in Sertoli cells. 2025. ⟨hal-04869030⟩

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2025

Journal articles

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Florent Kempf, Rosanna Drumo, Anne-Marie Chaussé, Pierrette Menanteau, Tereza Kubasova, et al.. The immune response modulated by inoculation of commensal bacteria at birth impacts the gut microbiota and prevents Salmonella colonization. Gut microbes, 2025, 17 (1), pp.2474151. ⟨10.1080/19490976.2025.2474151⟩. ⟨hal-05004820⟩

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Françoise Irlinger, Christine Keribin, Anne-Sophie Sarthou, Béatrice Laroche, Sandra Helinck. Pink discoloration defects associated with microbial structure and metabolome changes in commercial bloomy cheeses. International Journal of Food Microbiology, 2025, 442, pp.111363. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2025.111363⟩. ⟨hal-05193253⟩

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Clara Lazzaretti, Elia Paradiso, Samantha Sperduti, Rachel Richardson, Carmela Perri, et al.. Trafficking of luteinizing hormone receptor directs the differential signal activation between luteinizing hormone and chorionic gonadotropin. International Journal of Biological Macromolecules, 2025, 318, pp.145247. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2025.145247⟩. ⟨hal-05190057⟩

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Livio Casarini, Nafis Rahman, Eric Reiter, Pascale Crépieux, Adolfo Rivero-Müller, et al.. Comment on “Atlas of Fshr Expression From Novel Reporter Mice”. Endocrinology, 2025, 166 (5), ⟨10.1210/endocr/bqaf066⟩. ⟨hal-05045591⟩

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Luiz Guilherme S. da Silva, Romain Yvinec, Guilherme Prata, Varshant Dhar, John Reinitz, et al.. Two-State Stochastic Model of In Vivo Observations of Transcriptional Bursts. Brazilian Journal of Physics, 2025, 55 (4), pp.150. ⟨10.1007/s13538-025-01785-y⟩. ⟨hal-05189949⟩

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Madeline C Rocks, Priyanka Bhatnagar, Alice Verticchio Vercellin, Lorenzo Sala, Brent Siesky, et al.. Mathematical Modeling and Artificial Intelligence to Explore Connections Between Glaucoma and the Gut Microbiome. Medicina, 2025, 61 (2), pp.343. ⟨10.3390/medicina61020343⟩. ⟨hal-04957107⟩

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Thibault Malou, Nicolas Parisey, Katarzyna Adamczyk-Chauvat, Elisabeta Vergu, Béatrice Laroche, et al.. Biology-Informed inverse problems for insect pests detection using pheromone sensors. Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e19. ⟨10.24072/pcjournal.520⟩. ⟨hal-04982331⟩

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Bertrand Baussart, Benoit Hudelist, Chiara Villa, Mirella Hage, Anne Jouinot, et al.. Specific focus on the basal dura for improving Cushing’s disease surgery: a cohort study. Neurosurgical Review, 2025, 48 (1), pp.483. ⟨10.1007/s10143-025-03656-1⟩. ⟨hal-05105165⟩

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Conference papers

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Stefan Haar, Juri Kolčák. Continuous Petri Nets Faithfully Fluidify Most Permissive Boolean Networks. CMSB 2025 – 23rd International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2025, Lyon, France. ⟨hal-05115273⟩

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Lorenzo Sala. Hybrid Inference for Microbial Community Models: Physics-Informed Neural Networks for Parameter Estimation in Generalized Lotka-Volterra System. 2025 Workshop on Modeling, Optimization, and Control in Biomedicine, Aug 2025, Frankfurt, Germany. ⟨hal-05269905⟩

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Stefan Haar. Searching for Attractors : To infinity and beyond. AUTOMATA 2025 – 31st International Workshop on Cellular Automata and Discrete Complex Systems, Jun 2025, Lille, France. ⟨hal-05115278⟩

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Lorenzo Sala. Physics-Informed Neural Networks for Generalized Lotka-Volterra models: towards parameter estimation in microbial communities. SMAI 2025 – 12ème Biennale Française des Mathématiques Appliquées et Industrielles, Jun 2025, Carcans-Maubuisson (Gironde), France. ⟨hal-05269906⟩

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Lorenzo Sala. Physics-informed neural networks for data-integrated modeling of microbial interactions. DSABNS 2025 – 16th Dynamical Systems applied on Biology and Natural Sciences, Jan 2025, Napoli, Italy. ⟨hal-05269904⟩

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Software

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Vincent Chabannes, Christophe Prud’Homme, Thomas Saigre, Sala Lorenzo, Marcela Szopos, et al.. A 3D geometrical model and meshing procedures for the human eyeball. 2025, ⟨swh:1:dir:a275c7afe02abd36a1124d0c6746fc45ee61c4f3⟩. ⟨hal-05106849⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Maya Briani, Roberto Natalini, Magali Ribot. A relaxation scheme for the equations of isentropic gas dynamics on a network with jump transmission conditions. 2025. ⟨hal-05134865⟩

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Louis Fostier, Aloïs Dauger, Romain Yvinec, Magali Ribot, Chloe Audebert, et al.. Rapid cell turnover to model adipocyte size distribution. 2025. ⟨hal-05105900⟩

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Luís Almeida, Alexandre Poulain, Albin Pourtier, Chiara Villa. Mathematical modelling of the contribution of senescent fibroblasts to basement membrane digestion during carcinoma invasion. 2025. ⟨hal-04574340v4⟩

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Sara Hamis, Alexander P Browning, Adrianne L Jenner, Chiara Villa, Philip K Maini, et al.. Growth rate-driven modelling reveals how phenotypic adaptation drives drug resistance in BRAFV600E-mutant melanoma. 2025. ⟨hal-04851795v2⟩

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Alexander P Browning, Rebecca M Crossley, Chiara Villa, Philip K Maini, Adrianne L Jenner, et al.. Identifiability of heterogeneous phenotype adaptation from low-cell-count experiments and a stochastic model. 2025. ⟨hal-04854906v2⟩

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Tommaso Lorenzi, Nadia Loy, Chiara Villa. Phenotype-structuring of non-local kinetic models of cell migration driven by environmental sensing. 2025. ⟨hal-04851469v2⟩

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Tommaso Lorenzi, Kevin J Painter, Chiara Villa. Phenotype structuring in collective cell migration: a tutorial of mathematical models and methods. 2025. ⟨hal-04851615v2⟩

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Chiara Villa, Philip K Maini, Alexander P Browning, Adrianne L Jenner, Sara Hamis, et al.. Reducing phenotype-structured PDE models of cancer evolution to systems of ODEs: a generalised moment dynamics approach. 2025. ⟨hal-04599519v2⟩

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Lorenzo Sala, Mohamed Zaid, Faith Hughes, Marcela Szopos, Virginia H. Huxley, et al.. Eye2Heart : a validated lumped-parameter model bridging cardiovascular and ocular dynamics. 2025. ⟨hal-05024047⟩

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Léo Darrigade, Simon Labarthe, Béatrice Laroche. Deterministic limit of a stochastic individual-based model of biological tissue interacting with diffusing chemicals. 2025. ⟨hal-04336174v3⟩

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Thibault Malou, Nicolas Parisey, Katarzyna Adamczyk-Chauvat, Elisabeta Vergu, Béatrice Laroche, et al.. Biology-Informed inverse problems for insect pests detection using pheromone sensors. 2025. ⟨hal-04572831v3⟩

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Paguiel Javan Hossie, Béatrice Laroche, Thibault Malou, Lucas Perrin, Thomas Saigre, et al.. Surrogate modeling of interactions in microbial communities through Physics-Informed Neural Networks.. 2025. ⟨hal-04440736v2⟩

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Xavier Leray, Julia Morales, Aurélie Tréfier, Kelly León, Thomas Bourquard, et al.. Hormone-regulated dynamics of mRNA distribution on ribosomes in Sertoli cells. 2025. ⟨hal-04869030⟩

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2024

Journal articles

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Maya Haj Hassan, Eric Reiter, Misbah Razzaq. Automatic ovarian follicle detection using object detection models. Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.31856. ⟨10.1038/s41598-024-82904-8⟩. ⟨hal-04884151⟩

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Claire Alamichel, Juan Calvo, Erwan Hingant, Saoussen Latrach, Nathan Quiblier, et al.. Modeling compartmentalization within intracellular signaling pathway. ESAIM: Proceedings and Surveys, 2024, 77, pp.100-122. ⟨10.1051/proc/202477100⟩. ⟨hal-04098543v2⟩

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Caroline Gora, Ana Dudas, Lucas Court, Anil Annamneedi, Gaëlle Lefort, et al.. Effect of the social environment on olfaction and social skills in wild-type and a mouse model of autism. Translational Psychiatry, 2024, 14 (1), pp.464. ⟨10.1038/s41398-024-03174-6⟩. ⟨hal-04785377⟩

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Lorenzo Sala, Kendall Lyons, Giovanna Guidoboni, Alon Harris, Marcela Szopos, et al.. Analysis of Waveform Parameters in the Retinal Vasculature via Mathematical Modeling and Data Analytics Methods. La Matematica, 2024, 3 (4), pp.1297-1319. ⟨10.1007/s44007-024-00137-7⟩. ⟨hal-04869910⟩

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Camille Gauthier, Pauline Raynaud, Frédéric Jean-Alphonse, Amandine Vallet, Océane Vaugrente, et al.. An intracellular VHH targeting the Luteinizing Hormone receptor modulates G protein-dependent signaling and steroidogenesis. Molecular and Cellular Endocrinology, 2024, 589, pp.112235. ⟨10.1016/j.mce.2024.112235⟩. ⟨hal-04564514⟩

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Lorenzo Sala, Stanislas Mondot, Joël Doré. A mechanistic modelling approach of the host–microbiota interactions to investigate beneficial symbiotic resilience in the human gut. Journal of the Royal Society Interface, 2024, 21 (215), ⟨10.1098/rsif.2023.0756⟩. ⟨hal-04623171⟩

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Guillaume Ballif, Frédérique Clément, Romain Yvinec. Nonlinear compartmental modeling to monitor ovarian follicle population dynamics on the whole lifespan. Journal of Mathematical Biology, 2024, 89 (9), pp.43. ⟨10.1007/s00285-024-02108-6⟩. ⟨hal-03739205v2⟩

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Frédérique Clément, Jules Olayé. A stochastic model for neural progenitor dynamics in the mouse cerebral cortex. Mathematical Biosciences, 2024, 372, pp.109185. ⟨10.1016/j.mbs.2024.109185⟩. ⟨hal-04351283v2⟩

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Amandine Paulay, Ghjuvan M Grimaud, Raphaël Caballero, Béatrice Laroche, Marion Leclerc, et al.. Design of a proteolytic module for improved metabolic modeling of Bacteroides caccae. mSystems, 2024, 9 (4), ⟨10.1128/msystems.00153-24⟩. ⟨hal-04540116⟩

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Astrid Musnier, Christophe Dumet, Saheli Mitra, Adrien Verdier, Raouf Keskes, et al.. Applying artificial intelligence to accelerate and de-risk antibody discovery. Frontiers in Drug Discovery, 2024, 4, pp.1339697. ⟨10.3389/fddsv.2024.1339697⟩. ⟨hal-04672537⟩

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Francesco de Pascali, Aylin Hanyaloglu, Frédéric Jean-Alphonse, Francesco Potì, Eric Reiter. Editorial: Pharmacology of endocrine related GPCRs. Frontiers in Endocrinology, 2024, 15, pp.1379108. ⟨10.3389/fendo.2024.1379108⟩. ⟨hal-04525032⟩

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Lorenzo Sala, Christophe Prud’Homme, Giovanna Guidoboni, Marcela Szopos, Alon Harris. The ocular mathematical virtual simulator: A validated multiscale model for hemodynamics and biomechanics in the human eye. International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2024, ⟨10.1002/cnm.3791⟩. ⟨hal-04300796⟩

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Delphine Diana Acar, Wojciech Witkowski, Magdalena Wejda, Ruifang Wei, Tim Desmet, et al.. Integrating artificial intelligence-based epitope prediction in a SARS-CoV-2 antibody discovery pipeline: caution is warranted. EBioMedicine, 2024, 100, pp.104960. ⟨10.1016/j.ebiom.2023.104960⟩. ⟨hal-04449723⟩

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Léo Meyer, Magali Ribot, Romain Yvinec. A Lifshitz–Slyozov type model for adipocyte size dynamics: limit from Becker–Döring system and numerical simulation. Journal of Mathematical Biology, 2024, 88 (2), pp.16. ⟨10.1007/s00285-023-02036-x⟩. ⟨hal-04525358⟩

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Anne-Sophie Giacobbi, Leo Meyer, Magali Ribot, Romain Yvinec, Hedi Soula, et al.. Mathematical modeling of adipocyte size distributions: identifiability and parameter estimation from rat data. Journal of Theoretical Biology, 2024, 581, pp.111747. ⟨10.1016/j.jtbi.2024.111747⟩. ⟨hal-04141173v3⟩

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Juan Calvo, Erwan Hingant, Romain Yvinec. Long-time asymptotic of the Lifshitz-Slyozov equation with nucleation. Kinetic and Related Models , 2024, 17 (5), pp.755-773. ⟨10.3934/krm.2023041⟩. ⟨hal-04098262v2⟩

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Pauline Raynaud, Vinesh Jugnarain, Océane Vaugrente, Amandine Vallet, Thomas Boulo, et al.. A single‐domain intrabody targeting the follicle‐stimulating hormone receptor impacts FSH ‐induced G protein‐dependent signalling. FEBS Letters, 2024, 598 (2), pp.220-232. ⟨10.1002/1873-3468.14765⟩. ⟨hal-04564581⟩

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Conference papers

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Lorenzo Sala. Understanding Gut Microbiota Dynamics: Enhancing Generalized Smoothing Algorithm Efficiency with Data-Driven Neural Networks. Journée thématique SPE NUM sur les approches hybrides IA – Systèmes dynamiques, Dec 2024, Montpellier, France. ⟨hal-05269903⟩

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Pascale Crépieux. Gonadotropin receptors and their modulation by intracellular nanobodies. 24th International Conference on Reproductive Sciences and Molecular Medicine, Nov 2024, Delhi, India. ⟨hal-04870692⟩

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Founas Souhila, Curt Corinne, Stefan Haar, Gaucherel Cédric, Taillandier Franck. Modéliser des scénarios Natech par le dépliage des réseaux de Petri. Lambda Mu 24 – Congrès de maîtrise des risques et de sûreté de fonctionnement, IMDR, Oct 2024, Bourges, France. ⟨hal-04759896⟩

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Lorenzo Sala. First steps towards a gut digital twin: mechanistic modelling of host–microbiota interactions to explore symbiotic resilience. CMSB 2024 – 22rd International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2024, Pisa, Italy. ⟨hal-05269902⟩

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Stefan Haar, Serge Haddad. On the Expressive Power of Transfinite Sequences for Continuous Petri Nets. PETRI NETS 2024 – 45th International Conference Application and Theory of Petri Nets and Concurrency, Jun 2024, Geneva, Switzerland. pp.109-131, ⟨10.1007/978-3-031-61433-0_6⟩. ⟨hal-04514473⟩

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A. Facque, W. Liu, Lorenzo Sala, I. Vignon-Clementel, N. Golse. A new geometric and hemodynamic approach to understand post-operative portal thrombosis development based on in-silico modeling. IHPBA 2024 – 16th World Congress of the International Hepato-Pancreato-Biliary Association, May 2024, Cape Town, South Africa. pp.S28, ⟨10.1016/j.hpb.2024.03.052⟩. ⟨hal-04869969⟩

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Mohamed Zaid, Alon Harris, Lorenzo Sala, Caleb Hendrick, Brent A Siesky, et al.. Sex-specific differences in ophthalmic and central retinal artery velocity: A cardiovascular and retinal analysis. ARVO 2024 – annual meeting, May 2024, Seattle, United States. pp.1255. ⟨hal-04870026⟩

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Lorenzo Sala. Modelling the Gut Microbiota: Towards a Digital Twin. Journées Nutrition et Ecosystèmes Microbiens 2024, Apr 2024, Paris, France. ⟨hal-05269896⟩

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Pascale Crépieux. Intra-cellular VHH targeting the FSHR and LHR. 5th International Conference on Gonadotropins and receptors, Mar 2024, Tours, France. ⟨hal-04870673⟩

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Lorenzo Sala. Global Sensitivity Analysis of a Hemodynamic Digital Twin in Post-Hepatectomy Liver Failure. UQ 2024 – SIAM Conference on Uncertainty Quantification, Feb 2024, Trieste, Italy. ⟨hal-05269899⟩

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Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Katarzyna Adamczyk, Nicolas Parisey. Pest detection from a biology-informed inverse problem and pheromone sensors. DSABNS 2024 – 15th Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Lisbonne, Portugal. ⟨hal-04481765⟩

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Poster communications

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Eleonora Pastremoli, Béatrice Laroche, Lorenzo Sala. A multiscale computational framework for gut microbiota-host interactions. CJC-MA2024 – Congrès des Jeunes Chercheur.e.s en Mathématiques Appliquées, Oct 2024, Lyon, France. ⟨hal-04876163⟩

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Marlène Davilma, Stéphanie Gay, Manon Thomas, Laurence Dubreil, Frédérique Clément, et al.. 3D imaging-based analysis of the germline in teleost. From cell to organism: When cell biology meets development, Oct 2024, Paris, France. ⟨hal-04745244⟩

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Marlène Davilma, Stéphanie Gay, Manon Thomas, Laurence Dubreil, Frédérique Clément, et al.. 3D imaging-based analysis of the germline in teleost. AI and imaging for cell and developmental biology: insights, limits and perspectives, Sep 2024, Paris, France. ⟨hal-04745237⟩

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Pauline Raynaud, Juliette Gourdon, Frédéric Jean-Alphonse, Lucille Berthet, Camille Gauthier, et al.. A single domain intrabody specifically targeting the follicle-stimulating hormone receptor (FSHR) affects receptor signaling and trafficking. 4th IRN i-GPCRnet meeting, Jul 2024, Nottingham, United Kingdom. ⟨hal-04731960⟩

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Pauline Raynaud, Juliette Gourdon, Thomas Boulo, Amandine Vallet, Vinesh Jugnarain, et al.. A single domain intrabody specifically targeting the follicle-stimulating hormone receptor (FSHR) affects receptor signalling and trafficking. 5th International Conference on Gonadotropins and Receptors, Mar 2024, Tours, France. ⟨hal-04870629⟩

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Camille Gauthier, Pauline Raynaud, Océane Vaugrente, Vinesh Jugnarain, Thomas Boulo, et al.. Intracellular VHHs targeting the Luteinizing Hormone receptor modulate G protein-dependent signaling and steroidogenesis. 5th International Conference on Gonadotropins and receptors, Mar 2024, Tours, France. ⟨hal-04870661⟩

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Proceedings

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Mauricio Sepulveda Cortés. Study of the numerical method for an inverse problem of a simplified intestinal crypt. International Conference on Control and Related Fields (CRF 2023)., Mar 2023, Sevilla (Spain), Spain. Springer Nature Switzerland, pp.175-195, 2024, Trends in Mathematics, 978-3-031-62265-6. ⟨10.1007/978-3-031-62265-6_9⟩. ⟨hal-04332907⟩

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Preprints, Working Papers, …

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John M Hanna, Pavlos Varsos, Jérôme Kowalski, Lorenzo Sala, Roel Meiburg, et al.. A comparative analysis of metamodels for lumped cardiovascular models, and pipeline for sensitivity analysis, parameter estimation, and uncertainty quantification. 2024. ⟨hal-04829481⟩

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Camilla Fiorini, Clément Flint, Louis Fostier, Emmanuel Franck, Reyhaneh Hashemi, et al.. Generalizing the SINDy approach with nested neural networks. 2024. ⟨hal-04557263v2⟩

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Caroline Gora, Nicolas Azzopardi, Lucile Drobecq, Emmanuel Pecnard, Patrick Schnider, et al.. Targeting selectively oxytocin receptor signalling efficiently improves social interaction in Fmr1 KO mice. 2024. ⟨hal-04740514⟩

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Frédérique Clément, Louis Fostier, Romain Yvinec. Well-posedness and bifurcation analysis of a size-structured population model: Application to female gametes dynamics. 2024. ⟨hal-04699357⟩

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Giann Karlo Aguirre Samboni, Stefan Haar, Loic Paulevé, Stefan Schwoon, Nick Würdemann. Attractor Basins in Concurrent Systems. 2024. ⟨hal-04687172⟩

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Maya Haj Hassan, Eric Reiter, Misbah Razzaq. Automatic ovarian follicle detection using object detection models. 2024. ⟨hal-04669483⟩

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2023

Journal articles

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Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sébastien Raguideau, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, et al.. Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome. Microbiome, 2023, 11 (1), pp.231. ⟨10.1186/s40168-023-01667-y⟩. ⟨hal-03918193v2⟩

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Anielka Zehnaker, Amandine Vallet, Juliette Gourdon, Caterina Sarti, Vinesh Jugnarain, et al.. Combined multiplexed phage display, high-throughput sequencing, and functional assays as a platform for identifying modulatory VHHs targeting the FSHR. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (21), pp.15961. ⟨10.3390/ijms242115961⟩. ⟨hal-04274818⟩

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Christophe Dumet, Martine Pugnière, Corinne Henriquet, Valérie Gouilleux-Gruart, Anne Poupon, et al.. Harnessing Fc/FcRn affinity data from patents with different machine learning methods. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (6), pp.5724. ⟨10.3390/ijms24065724⟩. ⟨hal-04308512⟩

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Anil Annamneedi, Caroline Gora, Ana Dudas, Xavier Leray, Véronique Bozon, et al.. Towards the convergent therapeutic potential of G protein‐coupled receptors in autism spectrum disorders. British Journal of Pharmacology, 2023, 2023, pp.1-24. ⟨10.1111/bph.16216⟩. ⟨hal-04220553⟩

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Danièle Klett, Lucie Pellissier, Didier Lomet, Flavie Derouin Tochon, Vincent Robert, et al.. Highly-Sensitive In Vitro Bioassays for FSH, TSH, PTH, Kp, and OT in Addition to LH in Mouse Leydig Tumor Cell. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (15), pp.12047. ⟨10.3390/ijms241512047⟩. ⟨hal-04206799⟩

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Conference papers

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Frédérique Clément, Romain Yvinec. Comparative dynamics of female germ cell populations : insight from imaging and multiscale modeling. Journées INRAE-INRIA 2023, Jul 2023, Nancy, France. ⟨hal-04194047⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. Séminar EDP/ProbaStat Laboratoire de Mathématiques et Applications (LMA) de Poitiers, Mar 2023, Poitiers, France. ⟨hal-04194051⟩

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Poster communications

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Pauline Raynaud, Juliette Gourdon, Frédéric Jean-Alphonse, Camille Gauthier, Vinesh Jugnarain, et al.. Single domain intrabodies specifically targeting the follicle-stimulating hormone receptor (FSHR) affect receptor signaling and bias receptor trafficking. 3. Congress on single-domain antibodies, Sep 2023, Paris, France. ⟨hal-04731995⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Caroline Gora, Ana Dudas, Lucas Court, Anil Annamneedi, Gaëlle Lefort, et al.. Effect of the social environment on olfaction and social skills in WT and mouse model of autism. 2023. ⟨hal-04312827⟩

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Lorenzo Sala, Stanislas Mondot, Joël Doré. Modelling the interplay between the gut microbiota and its host : application to the analysis of diet impact on symbiosis. 2023. ⟨hal-04287119⟩

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2022

Journal articles

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Pauline Raynaud, Camille Gauthier, Vinesh Jugnarain, Frédéric Jean-Alphonse, Eric Reiter, et al.. Intracellular VHHs to monitor and modulate GPCR signaling. Frontiers in Endocrinology, 2022, 13, pp.1048601. ⟨10.3389/fendo.2022.1048601⟩. ⟨hal-03892398⟩

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Misbah Razzaq, Frédérique Clément, Romain Yvinec. An overview of deep learning applications in precocious puberty and thyroid dysfunction. Frontiers in Endocrinology, 2022, 13, pp.959546. ⟨10.3389/fendo.2022.959546⟩. ⟨hal-03824764⟩

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Guillaume Chesneau, Béatrice Laroche, Anne Préveaux, Coralie Marais, Martial Briand, et al.. Single seed microbiota: assembly and transmission from parent plant to seedling. mBio, 2022, 13 (6), pp.0164822. ⟨10.1128/mbio.01648-22⟩. ⟨hal-03834661⟩

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Astrid Musnier, Thomas Bourquard, Amandine Vallet, Laetitia Mathias, Gilles Bruneau, et al.. A New in Silico antibody similarity measure both identifies large sets of epitope binders with distinct CDRs and accurately predicts off-target reactivity. International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (17), pp.1-17. ⟨10.3390/ijms23179765⟩. ⟨hal-03838203⟩

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Harshad Ugamraj, Kevin Dang, Laure-Hélène Ouisse, Benjamin Buelow, Eduardo Chini, et al.. TNB-738, a biparatopic antibody, boosts intracellular NAD+ by inhibiting CD38 ecto-enzyme activity. mAbs, 2022, 14 (1), ⟨10.1080/19420862.2022.2095949⟩. ⟨hal-03684683⟩

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Léo Darrigade, Marie Haghebaert, Claire Cherbuy, Simon Labarthe, Béatrice Laroche. A PDMP model of the epithelial cell turn-over in the intestinal crypt including microbiota-derived regulations. Journal of Mathematical Biology, 2022, 84 (7), pp.1-67. ⟨10.1007/s00285-022-01766-8⟩. ⟨hal-03379023v2⟩

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Chayma El Khamlichi, Flora Reverchon, Nadège Hervouet-Coste, Elodie Robin, Nicolas Chopin, et al.. Serodolin, a β-arrestin–biased ligand of 5-HT 7 receptor, attenuates pain-related behaviors. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (21), pp.1-12. ⟨10.1073/pnas.2118847119⟩. ⟨hal-03684955⟩

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Denis Maurel, Sandy Chéry, Nicole Bidoit, Philippe Chatalic, Aziza Filali, et al.. Transducer Cascades for Biological Literature-Based Discovery. Information, 2022, 13 (5), pp.262. ⟨10.3390/info13050262⟩. ⟨hal-03846458⟩

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Guillaume Ballif, Frédérique Clément, Romain Yvinec. Averaging of a stochastic slow-fast model for population dynamics: application to the development of ovarian follicles. SIAM Journal on Applied Mathematics, 2022, 82 (1), pp.359-380. ⟨10.1137/21M1409615⟩. ⟨hal-03405177⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: Large population and large time results for phase transition phenomena. Seminario de Ecuaciones Diferenciales, University of Granada, Dec 2022, Granada, Spain. ⟨hal-04194058⟩

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: Large population and large time results for phase transition phenomena. Seminar on the Mathematics of Reaction Networks, Nov 2022, online, Italy. ⟨hal-04194061⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. Seminar Mathematical Biology at Duke University, Oct 2022, online, United States. ⟨hal-04194053⟩

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche. Modelling interactions between host and gut microbiota.. ECMTB 2022 – European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. ⟨hal-04249173⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. 12. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology – ECMTB 2022, European Society for Mathematical and Theoretical Biology (ESMTB); Society for Mathematical Biology (SMB), Sep 2022, Heidelberg, Germany. pp.110-111. ⟨hal-04194057⟩

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Romain Yvinec. Kinetic biased signaling: towards a system biology definition of drugs selectivity. Gonadotropins in the Physiopathology: Current advances in the Mechanisms of Action, Le studium, Sep 2022, Online, France. ⟨hal-04194064⟩

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: large population and large time results for phase transition phenomena. Chemical Reaction Networks Workshop, Jul 2022, Turin, Italy. ⟨hal-03727240⟩

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Juan Calvo, Erwan Hingant, Romain Yvinec. Some remarks about the well-posedness of lifshitz-slyozov’s equations with nucleation kinetics. 18. International Conference on Hyperbolic Problems: Theory, Numerics, Applications, Jun 2022, Malaga, Spain. pp.181-191, ⟨10.1007/978-3-031-55260-1_12⟩. ⟨hal-04099684⟩

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Béatrice Laroche. Interactions hôte microbiote et dynamique écologique du microbiote intestinal humain et animal: quelques exemple de modélisation et d’analyse de données.. 21eme Journée Calcul Scientifique et Modélisation Mathématique d’Amiens,, LAMFA, Université de Picardie Jules Verne, Jun 2022, Amiens, France. ⟨hal-04278264⟩

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Poster communications

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Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Bastien Polizzi, Florian Patout, Magali Ribot. A multi-scale epidemic model of enteric infection with heterogeneous shedding resulting from host-microbiota-pathogen interactions. ECMTB 2022 – 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. . ⟨hal-03834709⟩

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Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Elisabeta Vergu, François Deslandes. Pest detection by inversion of a pheromone dispersion model. ECMTB 2022 – 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. ⟨hal-03777604⟩

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Theses

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Guillaume Ballif. Modélisation et analyse stochastique multi-échelle en dynamique des populations : application à la population folliculaire ovarienne. Analyse numérique [math.NA]. Institut Polytechnique de Paris, 2022. Français. ⟨NNT : 2022IPPAX064⟩. ⟨tel-04449460⟩

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2021

Journal articles

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Francesco de Pascali, Mohammed Akli Ayoub, Riccardo Benevelli, Silvia Sposini, Jordan Lehoux, et al.. Pharmacological characterization of low molecular weight biased agonists at the follicle stimulating hormone receptor. International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (18), pp.1-23. ⟨10.3390/ijms22189850⟩. ⟨hal-03351267⟩

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Thomas Hélie, Béatrice Laroche. Input/output reduced model of a damped nonlinear beam based on Volterra series and modal decomposition with convergence results. Nonlinear Dynamics, 2021, 105 (1), pp.515-540. ⟨10.1007/s11071-021-06529-6⟩. ⟨hal-03306198⟩

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Caroline Isabel Kothe, Béatrice Laroche, Patrícia da Silva Malheiros, Eduardo Cesar Tondo. Modelling the growth of Staphylococcus aureus on cooked broccoli under isothermal conditions. Brazilian Journal of Microbiology, 2021, 52 (3), pp.1565-1571. ⟨10.1007/s42770-021-00482-7⟩. ⟨hal-03258770⟩

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Elodie Blondel-Tepaz, Marie Leverve, Badr Sokrat, Justine Paradis, Milena Kosic, et al.. The RanBP2/RanGAP1-SUMO complex gates β-arrestin2 nuclear entry to regulate the Mdm2-p53 signaling axis. Oncogene, 2021, 40 (12), pp.2243-2257. ⟨10.1038/s41388-021-01704-w⟩. ⟨hal-03414899⟩

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Mathilde Munier, Mohammed Ayoub, Valentine Suteau, Louis Gourdin, Daniel Henrion, et al.. In vitro effects of the endocrine disruptor p,p’ DDT on human choriogonadotropin/luteinizing hormone receptor signalling. Archives of Toxicology, 2021, 95 (5), pp.1671-1681. ⟨10.1007/s00204-021-03007-1⟩. ⟨hal-03164658⟩

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Nidhi Chahal, Anjali Geethadevi, Surleen Kaur, Ruchi Lakra, Anjali Nagendra, et al.. Direct impact of gonadotropins on glucose uptake and storage in preovulatory granulosa cells: Implications in the pathogenesis of polycystic ovary syndrome. Metabolism, 2021, 115, pp.1-15. ⟨10.1016/j.metabol.2020.154458⟩. ⟨hal-03112818⟩

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Aylin Hanyaloglu, Eric Reiter. Editorial: G protein–coupled receptors: From molecules to medicine. Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, 2021, 16, pp.iv-vi. ⟨10.1016/j.coemr.2021.02.001⟩. ⟨hal-03481865⟩

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Steven Le Feunteun, Ahmed Al-Razaz, Matthijs Dekker, Erwin George, Béatrice Laroche, et al.. Physiologically Based Modeling of Food Digestion and Intestinal Microbiota: State of the Art and Future Challenges. An INFOGEST Review. Annual Review of Food Science and Technology, 2021, 12, pp.16/1-16/19. ⟨10.1146/annurev-food-070620-⟩. ⟨hal-03117715⟩

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Frédérique Clément, Frédérique Robin, Romain Yvinec. Stochastic nonlinear model for somatic cell population dynamics during ovarian follicle activation. Journal of Mathematical Biology, 2021, 82 (3), pp.1-52. ⟨10.1007/s00285-021-01561-x⟩. ⟨hal-02057983⟩

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Eric Reiter. Mécanismes d’action et rôles multiples des beta-arrestines dans la biologie des récepteurs couplés aux protéines G. Biologie Aujourd’hui, 2021, 215 (3-4), pp.107 – 118. ⟨10.1051/jbio/2021010⟩. ⟨hal-03483486⟩

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Shifa Tahir, Thomas Bourquard, Astrid Musnier, Yann Jullian, Yannick Corde, et al.. Accurate determination of epitope for antibodies with unknown 3D structures. mAbs, 2021, 13 (1), pp.1-10. ⟨10.1080/19420862.2021.1961349⟩. ⟨hal-03390655⟩

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Juan Calvo, Erwan Hingant, Romain Yvinec. The initial-boundary value problem for the Lifshitz-Slyozov equation with non-smooth rates at the boundary. Nonlinearity, 2021, 34 (04), pp.1975-2017. ⟨10.1088/1361-6544/abd3f3⟩. ⟨hal-03109431⟩

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Caroline Vayne, Thi-Huong Nguyen, Jérôme Rollin, Noémie Charuel, Anne Poupon, et al.. Characterization of new monoclonal PF4-specific antibodies as useful tools for studies on typical and autoimmune heparin-induced thrombocytopenia. Thrombosis and Haemostasis, 2021, 121 (3), pp.322-331. ⟨10.1055/s-0040-1717078⟩. ⟨hal-03039816⟩

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Teresa Zariñán, Julio Mayorga, Eduardo Jardón Valadez, Rubén Gutiérrez Sagal, José Luis Maravillas Montero, et al.. A novel mutation in the FSH receptor (I423T) affecting receptor activation and leading to primary ovarian failure. Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, 2021, 106 (2), pp.E534-E550. ⟨10.1210/clinem/dgaa782⟩. ⟨hal-03112820⟩

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Frédérique Clément, Danielle Monniaux. Mathematical modeling of ovarian follicle development : A population dynamics viewpoint. Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, 2021, 18, pp.54-61. ⟨10.1016/j.coemr.2021.02.003⟩. ⟨hal-03146955⟩

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E. Bosch, C. Alviggi, M. Lispi, A. Conforti, A. C. Hanyaloglu, et al.. Reduced FSH and LH action: implications for medically assisted reproduction. Human Reproduction, 2021, 36 (6), pp.1469-1480. ⟨10.1093/humrep/deab065⟩. ⟨hal-03390033⟩

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Erwan Hingant, Romain Yvinec. Quasi-stationary distribution and metastability for the stochastic Becker-Döring model. Electronic Communications in Probability, 2021, 26, ⟨10.1214/21-ECP411⟩. ⟨hal-03110670⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networks. Application to biased signaling. Mapping Group Online Symposium, Dec 2021, Online, France. ⟨hal-03727416⟩

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Béatrice Laroche. Host microbiota interactions and barrier effect: some examples of modeling and data analysis for the gut microbiota. Worshop Mathématiques et Microbiote, Nov 2021, Besancon, France. ⟨hal-04278287⟩

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Romain Yvinec. Modeling (some aspects of ) the female reproductive system. Séminaire d’analyse appliquée A³, Laboratoire Amiénois de Mathématique Fondamentale et Appliquée, Oct 2021, Amiens, France. ⟨hal-03727263⟩

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Book sections

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Francesco de Pascali, Pauline Raynaud, Frédéric Jean-Alphonse, Shifa Tahir, Véronique Bozon, et al.. β-arrestins and endocrine-related GPCRs. Cellular Endocrinology in Health and Disease, Elsevier, pp.445-458, 2021, 978-0-12-819801-8. ⟨10.1016/B978-0-12-819801-8.00021-1⟩. ⟨hal-03462802⟩

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Frédérique Clément, Romain Yvinec, Nathalie Gallay, Laurine Gagniac, Florian Guillou, et al.. The follicle-stimulating hormone signaling network in gonadal cells.. Alfredo Ulloa-Aguirre; Ya-Xiong Tao. Cellular endocrinology in health and disease, Second Edition, Academic Press, 486 p., 2021, 9780128198018. ⟨10.1016/B978-0-12-819801-8.00020-X⟩. ⟨hal-03128409⟩

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Yves Combarnous, Pascale Crépieux, Eric Reiter. Receptors | Thyroid-Stimulating Hormone/Luteinizing Hormone/Follicle-Stimulating Hormone Receptors. Encyclopedia of Biological Chemistry III, 6, Elsevier, pp.323-328, 2021, Signaling, 978-0-12-822040-5. ⟨10.1016/B978-0-12-819460-7.00117-1⟩. ⟨hal-03481908⟩

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Frédéric Jean-Alphonse, Silvia Sposini. Confocal and TIRF microscopy based approaches to visualize arrestin trafficking in living cells. Biomolecular Interactions Part A, 166, Elsevier, pp.179-203, 2021, Methods in Cell Biology, ⟨10.1016/bs.mcb.2021.06.009⟩. ⟨hal-03476372⟩

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Poster communications

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Guido Cordoni, Daniel Horton, Annaëlle Kerouanton, Martine Denis, Philippe Velge, et al.. 16S rRNA microbial community analysis and relationship with Salmonella Super shedder status in pigs. EJP-One Health Annual Scientific Meeting, Jun 2021, Copenhagen, Denmark. ⟨hal-03472743⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Guillaume Chesneau, Béatrice Laroche, Anne Préveaux, Coralie Marais, Martial Briand, et al.. Single seed microbiota: assembly and transmission from parent plant to seedling. 2021. ⟨hal-03299438⟩

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2020

Journal articles

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Livio Casarini, Clara Lazzaretti, Elia Paradiso, Silvia Limoncella, Laura Riccetti, et al.. Membrane Estrogen Receptor (GPER) and Follicle-Stimulating Hormone Receptor (FSHR) Heteromeric Complexes Promote Human Ovarian Follicle Survival. iScience, 2020, 23 (12), pp.1-58. ⟨10.1016/j.isci.2020.101812⟩. ⟨hal-03112804⟩

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Silvia Sposini, Francesco de Pascali, Rachel Richardson, Niamh S Sayers, David Perrais, et al.. Pharmacological Programming of Endosomal Signaling Activated by Small Molecule Ligands of the Follicle Stimulating Hormone Receptor. Frontiers in Pharmacology, 2020, 11, pp.1-14. ⟨10.3389/fphar.2020.593492⟩. ⟨hal-03039198⟩

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Jérôme Granel, Roxane Lemoine, Eric Morello, Yann Gallais, Julie Mariot, et al.. 4C3 Human Monoclonal Antibody: A Proof of Concept for Non-pathogenic Proteinase 3 Anti-neutrophil Cytoplasmic Antibodies in Granulomatosis With Polyangiitis. Frontiers in Immunology, 2020, 11, 17 p. ⟨10.3389/fimmu.2020.573040⟩. ⟨hal-03039822⟩

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Frédérique Clément, Pascale Crépieux, Romain Yvinec, Danielle Monniaux. Mathematical modeling approaches of cellular endocrinology within the hypothalamo-pituitary-gonadal axis. Molecular and Cellular Endocrinology, 2020, 518, ⟨10.1016/j.mce.2020.110877⟩. ⟨hal-03046096⟩

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Daniele Santi, Pascale Crépieux, Eric Reiter, Giorgia Spaggiari, Giulia Brigante, et al.. Follicle-Stimulating Hormone (FSH) Action on Spermatogenesis: A Focus on Physiological and Therapeutic Roles. Journal of Clinical Medicine, 2020, 9 (4), pp.1014. ⟨10.3390/jcm9041014⟩. ⟨hal-02930237⟩

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Livio Casarini, Pascale Crépieux, Eric Reiter, Clara Lazzaretti, Elia Paradiso, et al.. FSH for the Treatment of Male Infertility. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (7), pp.2270. ⟨10.3390/ijms21072270⟩. ⟨hal-03020922⟩

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Mélanie Bourgin, Simon Labarthe, Aicha Kriaa, Marie Lhomme, Philippe Gérard, et al.. Exploring the Bacterial Impact on Cholesterol Cycle: A Numerical Study. Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.1121. ⟨10.3389/fmicb.2020.01121⟩. ⟨hal-02863236⟩

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Celine Bonnet, Keltoum Chahour, Frédérique Clément, Marie Postel, Romain Yvinec. Multiscale population dynamics in reproductive biology: singular perturbation reduction in deterministic and stochastic models. ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.72-99. ⟨10.1051/proc/202067006⟩. ⟨hal-03047923⟩

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Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Thi Nhu Tao Nguyen, Bastien Polizzi, Florian Patout, et al.. A Multi-Scale Epidemic Model of Salmonella Infection With Heterogeneous Shedding. ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.261-284. ⟨10.1051/proc/202067015⟩. ⟨hal-02043742v2⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Modeling GPCR-induced biased signaling Towards a system biology definition of drugs selectivity. 9th GDR3545-GPCR international meeting, Nov 2020, Online, France. pp.1-42. ⟨hal-03115093⟩

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networks and biased signaling. Mathematics of system biology. 8th Workshop of the GDR35 – Bioinformatics and biomathematical approaches to integrate the GPCR signals, Nov 2020, online, France. ⟨hal-03727411⟩

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networksMathematics of system biology. 2020 Workshop – ‘bioinformatics and biomathematical approaches to integrate the GPCR signal, Nov 2020, Online, France. pp.1-70. ⟨hal-03115099⟩

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Béatrice Laroche. A model coupling microbial physiology, spatial heterogeneity and fluid mechanics to investigate factors impacting the microbiota spatial organization in the human colon.. Workshop on Transport in the digestive tract : experiments, modeling, applications to microbiology,, http://www.normalesup.org/~loverdo/workshop.html, Oct 2020, Paris, France. ⟨hal-04278348⟩

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Romain Yvinec. Ovarian follicle morphogenesis. CompuCell3D Multicell Virtual-Tissue Modeling Summer School, Aug 2020, Online, United States. ⟨hal-03115079⟩

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Romain Yvinec. Kinetic biased signaling: towards a system biology definition of drugs selectivity. Thematic Month on Mathematical Issues in Biology – Networks and molecular biology, Mar 2020, Luminy, France. pp.1-75. ⟨hal-03115087⟩

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Romain Yvinec. Modeling (some aspects of ) the female reproductive system. Thematic Month on Mathematical Issues in Biology – Mathematics of complex systems in biology and medicine, Feb 2020, Luminy, France. pp.1-65. ⟨hal-03115069⟩

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Habilitation à diriger des recherches

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Romain Yvinec. Some contributions to the study of population dynamics models and coagulation-fragmentation. Probability [math.PR]. Université de Tours, 2020. ⟨tel-03138658⟩

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Lectures

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Romain Yvinec. Comprendre la signalisation cellulaire à l’aide de modèles mathématiques. Master. France. 2020. ⟨hal-03727337⟩

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2019

Lectures

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Romain Yvinec. Vocabulaire et formalisme de modélisation de systèmes dynamiques en biologie. Doctorat. France. 2019. ⟨hal-03727380⟩

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2025

Preprints, Working Papers, …

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Léo Darrigade, Simon Labarthe, Béatrice Laroche. Deterministic limit of a stochastic individual-based model of biological tissue interacting with diffusing chemicals. 2025. ⟨hal-04336174v3⟩

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2024

Journal articles

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Frédérique Clément, Jules Olayé. A stochastic model for neural progenitor dynamics in the mouse cerebral cortex. Mathematical Biosciences, 2024, 372, pp.109185. ⟨10.1016/j.mbs.2024.109185⟩. ⟨hal-04351283v2⟩

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Proceedings

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Mauricio Sepulveda Cortés. Study of the numerical method for an inverse problem of a simplified intestinal crypt. International Conference on Control and Related Fields (CRF 2023)., Mar 2023, Sevilla (Spain), Spain. Springer Nature Switzerland, pp.175-195, 2024, Trends in Mathematics, 978-3-031-62265-6. ⟨10.1007/978-3-031-62265-6_9⟩. ⟨hal-04332907⟩

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2023

Journal articles

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Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sébastien Raguideau, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, et al.. Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome. Microbiome, 2023, 11 (1), pp.231. ⟨10.1186/s40168-023-01667-y⟩. ⟨hal-03918193v2⟩

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Anielka Zehnaker, Amandine Vallet, Juliette Gourdon, Caterina Sarti, Vinesh Jugnarain, et al.. Combined multiplexed phage display, high-throughput sequencing, and functional assays as a platform for identifying modulatory VHHs targeting the FSHR. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (21), pp.15961. ⟨10.3390/ijms242115961⟩. ⟨hal-04274818⟩

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Christophe Dumet, Martine Pugnière, Corinne Henriquet, Valérie Gouilleux-Gruart, Anne Poupon, et al.. Harnessing Fc/FcRn affinity data from patents with different machine learning methods. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (6), pp.5724. ⟨10.3390/ijms24065724⟩. ⟨hal-04308512⟩

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Anil Annamneedi, Caroline Gora, Ana Dudas, Xavier Leray, Véronique Bozon, et al.. Towards the convergent therapeutic potential of G protein‐coupled receptors in autism spectrum disorders. British Journal of Pharmacology, 2023, 2023, pp.1-24. ⟨10.1111/bph.16216⟩. ⟨hal-04220553⟩

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Danièle Klett, Lucie Pellissier, Didier Lomet, Flavie Derouin Tochon, Vincent Robert, et al.. Highly-Sensitive In Vitro Bioassays for FSH, TSH, PTH, Kp, and OT in Addition to LH in Mouse Leydig Tumor Cell. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (15), pp.12047. ⟨10.3390/ijms241512047⟩. ⟨hal-04206799⟩

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Conference papers

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Frédérique Clément, Romain Yvinec. Comparative dynamics of female germ cell populations : insight from imaging and multiscale modeling. Journées INRAE-INRIA 2023, Jul 2023, Nancy, France. ⟨hal-04194047⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. Séminar EDP/ProbaStat Laboratoire de Mathématiques et Applications (LMA) de Poitiers, Mar 2023, Poitiers, France. ⟨hal-04194051⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Caroline Gora, Ana Dudas, Lucas Court, Anil Annamneedi, Gaëlle Lefort, et al.. Effect of the social environment on olfaction and social skills in WT and mouse model of autism. 2023. ⟨hal-04312827⟩

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Lorenzo Sala, Stanislas Mondot, Joël Doré. Modelling the interplay between the gut microbiota and its host : application to the analysis of diet impact on symbiosis. 2023. ⟨hal-04287119⟩

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2022

Journal articles

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Pauline Raynaud, Camille Gauthier, Vinesh Jugnarain, Frédéric Jean-Alphonse, Eric Reiter, et al.. Intracellular VHHs to monitor and modulate GPCR signaling. Frontiers in Endocrinology, 2022, 13, pp.1048601. ⟨10.3389/fendo.2022.1048601⟩. ⟨hal-03892398⟩

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Misbah Razzaq, Frédérique Clément, Romain Yvinec. An overview of deep learning applications in precocious puberty and thyroid dysfunction. Frontiers in Endocrinology, 2022, 13, pp.959546. ⟨10.3389/fendo.2022.959546⟩. ⟨hal-03824764⟩

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Astrid Musnier, Thomas Bourquard, Amandine Vallet, Laetitia Mathias, Gilles Bruneau, et al.. A New in Silico antibody similarity measure both identifies large sets of epitope binders with distinct CDRs and accurately predicts off-target reactivity. International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (17), pp.1-17. ⟨10.3390/ijms23179765⟩. ⟨hal-03838203⟩

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Harshad Ugamraj, Kevin Dang, Laure-Hélène Ouisse, Benjamin Buelow, Eduardo Chini, et al.. TNB-738, a biparatopic antibody, boosts intracellular NAD+ by inhibiting CD38 ecto-enzyme activity. mAbs, 2022, 14 (1), ⟨10.1080/19420862.2022.2095949⟩. ⟨hal-03684683⟩

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Léo Darrigade, Marie Haghebaert, Claire Cherbuy, Simon Labarthe, Béatrice Laroche. A PDMP model of the epithelial cell turn-over in the intestinal crypt including microbiota-derived regulations. Journal of Mathematical Biology, 2022, 84 (7), pp.1-67. ⟨10.1007/s00285-022-01766-8⟩. ⟨hal-03379023v2⟩

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Chayma El Khamlichi, Flora Reverchon, Nadège Hervouet-Coste, Elodie Robin, Nicolas Chopin, et al.. Serodolin, a β-arrestin–biased ligand of 5-HT 7 receptor, attenuates pain-related behaviors. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (21), pp.1-12. ⟨10.1073/pnas.2118847119⟩. ⟨hal-03684955⟩

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Denis Maurel, Sandy Chéry, Nicole Bidoit, Philippe Chatalic, Aziza Filali, et al.. Transducer Cascades for Biological Literature-Based Discovery. Information, 2022, 13 (5), pp.262. ⟨10.3390/info13050262⟩. ⟨hal-03846458⟩

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Guillaume Ballif, Frédérique Clément, Romain Yvinec. Averaging of a stochastic slow-fast model for population dynamics: application to the development of ovarian follicles. SIAM Journal on Applied Mathematics, 2022, 82 (1), pp.359-380. ⟨10.1137/21M1409615⟩. ⟨hal-03405177⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: Large population and large time results for phase transition phenomena. Seminario de Ecuaciones Diferenciales, University of Granada, Dec 2022, Granada, Spain. ⟨hal-04194058⟩

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: Large population and large time results for phase transition phenomena. Seminar on the Mathematics of Reaction Networks, Nov 2022, online, Italy. ⟨hal-04194061⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. Seminar Mathematical Biology at Duke University, Oct 2022, online, United States. ⟨hal-04194053⟩

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche. Modelling interactions between host and gut microbiota.. ECMTB 2022 – European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. ⟨hal-04249173⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. 12. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology – ECMTB 2022, European Society for Mathematical and Theoretical Biology (ESMTB); Society for Mathematical Biology (SMB), Sep 2022, Heidelberg, Germany. pp.110-111. ⟨hal-04194057⟩

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Romain Yvinec. Kinetic biased signaling: towards a system biology definition of drugs selectivity. Gonadotropins in the Physiopathology: Current advances in the Mechanisms of Action, Le studium, Sep 2022, Online, France. ⟨hal-04194064⟩

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: large population and large time results for phase transition phenomena. Chemical Reaction Networks Workshop, Jul 2022, Turin, Italy. ⟨hal-03727240⟩

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Béatrice Laroche. Interactions hôte microbiote et dynamique écologique du microbiote intestinal humain et animal: quelques exemple de modélisation et d’analyse de données.. 21eme Journée Calcul Scientifique et Modélisation Mathématique d’Amiens,, LAMFA, Université de Picardie Jules Verne, Jun 2022, Amiens, France. ⟨hal-04278264⟩

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Poster communications

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Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Bastien Polizzi, Florian Patout, Magali Ribot. A multi-scale epidemic model of enteric infection with heterogeneous shedding resulting from host-microbiota-pathogen interactions. ECMTB 2022 – 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. . ⟨hal-03834709⟩

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Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Elisabeta Vergu, François Deslandes. Pest detection by inversion of a pheromone dispersion model. ECMTB 2022 – 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. ⟨hal-03777604⟩

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Theses

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Guillaume Ballif. Modélisation et analyse stochastique multi-échelle en dynamique des populations : application à la population folliculaire ovarienne. Analyse numérique [math.NA]. Institut Polytechnique de Paris, 2022. Français. ⟨NNT : 2022IPPAX064⟩. ⟨tel-04449460⟩

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2021

Journal articles

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Francesco de Pascali, Mohammed Akli Ayoub, Riccardo Benevelli, Silvia Sposini, Jordan Lehoux, et al.. Pharmacological characterization of low molecular weight biased agonists at the follicle stimulating hormone receptor. International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (18), pp.1-23. ⟨10.3390/ijms22189850⟩. ⟨hal-03351267⟩

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Thomas Hélie, Béatrice Laroche. Input/output reduced model of a damped nonlinear beam based on Volterra series and modal decomposition with convergence results. Nonlinear Dynamics, 2021, 105 (1), pp.515-540. ⟨10.1007/s11071-021-06529-6⟩. ⟨hal-03306198⟩

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Caroline Isabel Kothe, Béatrice Laroche, Patrícia da Silva Malheiros, Eduardo Cesar Tondo. Modelling the growth of Staphylococcus aureus on cooked broccoli under isothermal conditions. Brazilian Journal of Microbiology, 2021, 52 (3), pp.1565-1571. ⟨10.1007/s42770-021-00482-7⟩. ⟨hal-03258770⟩

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Elodie Blondel-Tepaz, Marie Leverve, Badr Sokrat, Justine Paradis, Milena Kosic, et al.. The RanBP2/RanGAP1-SUMO complex gates β-arrestin2 nuclear entry to regulate the Mdm2-p53 signaling axis. Oncogene, 2021, 40 (12), pp.2243-2257. ⟨10.1038/s41388-021-01704-w⟩. ⟨hal-03414899⟩

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Mathilde Munier, Mohammed Ayoub, Valentine Suteau, Louis Gourdin, Daniel Henrion, et al.. In vitro effects of the endocrine disruptor p,p’ DDT on human choriogonadotropin/luteinizing hormone receptor signalling. Archives of Toxicology, 2021, 95 (5), pp.1671-1681. ⟨10.1007/s00204-021-03007-1⟩. ⟨hal-03164658⟩

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Aylin Hanyaloglu, Eric Reiter. Editorial: G protein–coupled receptors: From molecules to medicine. Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, 2021, 16, pp.iv-vi. ⟨10.1016/j.coemr.2021.02.001⟩. ⟨hal-03481865⟩

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Nidhi Chahal, Anjali Geethadevi, Surleen Kaur, Ruchi Lakra, Anjali Nagendra, et al.. Direct impact of gonadotropins on glucose uptake and storage in preovulatory granulosa cells: Implications in the pathogenesis of polycystic ovary syndrome. Metabolism, 2021, 115, pp.1-15. ⟨10.1016/j.metabol.2020.154458⟩. ⟨hal-03112818⟩

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Steven Le Feunteun, Ahmed Al-Razaz, Matthijs Dekker, Erwin George, Béatrice Laroche, et al.. Physiologically Based Modeling of Food Digestion and Intestinal Microbiota: State of the Art and Future Challenges. An INFOGEST Review. Annual Review of Food Science and Technology, 2021, 12, pp.16/1-16/19. ⟨10.1146/annurev-food-070620-⟩. ⟨hal-03117715⟩

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E. Bosch, C. Alviggi, M. Lispi, A. Conforti, A. C. Hanyaloglu, et al.. Reduced FSH and LH action: implications for medically assisted reproduction. Human Reproduction, 2021, 36 (6), pp.1469-1480. ⟨10.1093/humrep/deab065⟩. ⟨hal-03390033⟩

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Frédérique Clément, Danielle Monniaux. Mathematical modeling of ovarian follicle development : A population dynamics viewpoint. Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, 2021, 18, pp.54-61. ⟨10.1016/j.coemr.2021.02.003⟩. ⟨hal-03146955⟩

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Erwan Hingant, Romain Yvinec. Quasi-stationary distribution and metastability for the stochastic Becker-Döring model. Electronic Communications in Probability, 2021, 26, ⟨10.1214/21-ECP411⟩. ⟨hal-03110670⟩

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Frédérique Clément, Frédérique Robin, Romain Yvinec. Stochastic nonlinear model for somatic cell population dynamics during ovarian follicle activation. Journal of Mathematical Biology, 2021, 82 (3), pp.1-52. ⟨10.1007/s00285-021-01561-x⟩. ⟨hal-02057983⟩

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Eric Reiter. Mécanismes d’action et rôles multiples des beta-arrestines dans la biologie des récepteurs couplés aux protéines G. Biologie Aujourd’hui, 2021, 215 (3-4), pp.107 – 118. ⟨10.1051/jbio/2021010⟩. ⟨hal-03483486⟩

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Shifa Tahir, Thomas Bourquard, Astrid Musnier, Yann Jullian, Yannick Corde, et al.. Accurate determination of epitope for antibodies with unknown 3D structures. mAbs, 2021, 13 (1), pp.1-10. ⟨10.1080/19420862.2021.1961349⟩. ⟨hal-03390655⟩

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Juan Calvo, Erwan Hingant, Romain Yvinec. The initial-boundary value problem for the Lifshitz-Slyozov equation with non-smooth rates at the boundary. Nonlinearity, 2021, 34 (04), pp.1975-2017. ⟨10.1088/1361-6544/abd3f3⟩. ⟨hal-03109431⟩

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Caroline Vayne, Thi-Huong Nguyen, Jérôme Rollin, Noémie Charuel, Anne Poupon, et al.. Characterization of new monoclonal PF4-specific antibodies as useful tools for studies on typical and autoimmune heparin-induced thrombocytopenia. Thrombosis and Haemostasis, 2021, 121 (3), pp.322-331. ⟨10.1055/s-0040-1717078⟩. ⟨hal-03039816⟩

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Teresa Zariñán, Julio Mayorga, Eduardo Jardón Valadez, Rubén Gutiérrez Sagal, José Luis Maravillas Montero, et al.. A novel mutation in the FSH receptor (I423T) affecting receptor activation and leading to primary ovarian failure. Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, 2021, 106 (2), pp.E534-E550. ⟨10.1210/clinem/dgaa782⟩. ⟨hal-03112820⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networks. Application to biased signaling. Mapping Group Online Symposium, Dec 2021, Online, France. ⟨hal-03727416⟩

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Béatrice Laroche. Host microbiota interactions and barrier effect: some examples of modeling and data analysis for the gut microbiota. Worshop Mathématiques et Microbiote, Nov 2021, Besancon, France. ⟨hal-04278287⟩

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Romain Yvinec. Modeling (some aspects of ) the female reproductive system. Séminaire d’analyse appliquée A³, Laboratoire Amiénois de Mathématique Fondamentale et Appliquée, Oct 2021, Amiens, France. ⟨hal-03727263⟩

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Book sections

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Francesco de Pascali, Pauline Raynaud, Frédéric Jean-Alphonse, Shifa Tahir, Véronique Bozon, et al.. β-arrestins and endocrine-related GPCRs. Cellular Endocrinology in Health and Disease, Elsevier, pp.445-458, 2021, 978-0-12-819801-8. ⟨10.1016/B978-0-12-819801-8.00021-1⟩. ⟨hal-03462802⟩

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Frédérique Clément, Romain Yvinec, Nathalie Gallay, Laurine Gagniac, Florian Guillou, et al.. The follicle-stimulating hormone signaling network in gonadal cells.. Alfredo Ulloa-Aguirre; Ya-Xiong Tao. Cellular endocrinology in health and disease, Second Edition, Academic Press, 486 p., 2021, 9780128198018. ⟨10.1016/B978-0-12-819801-8.00020-X⟩. ⟨hal-03128409⟩

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Frédéric Jean-Alphonse, Silvia Sposini. Confocal and TIRF microscopy based approaches to visualize arrestin trafficking in living cells. Biomolecular Interactions Part A, 166, Elsevier, pp.179-203, 2021, Methods in Cell Biology, ⟨10.1016/bs.mcb.2021.06.009⟩. ⟨hal-03476372⟩

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Yves Combarnous, Pascale Crépieux, Eric Reiter. Receptors | Thyroid-Stimulating Hormone/Luteinizing Hormone/Follicle-Stimulating Hormone Receptors. Encyclopedia of Biological Chemistry III, 6, Elsevier, pp.323-328, 2021, Signaling, 978-0-12-822040-5. ⟨10.1016/B978-0-12-819460-7.00117-1⟩. ⟨hal-03481908⟩

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Poster communications

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Guido Cordoni, Daniel Horton, Annaëlle Kerouanton, Martine Denis, Philippe Velge, et al.. 16S rRNA microbial community analysis and relationship with Salmonella Super shedder status in pigs. EJP-One Health Annual Scientific Meeting, Jun 2021, Copenhagen, Denmark. ⟨hal-03472743⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Guillaume Chesneau, Béatrice Laroche, Anne Préveaux, Coralie Marais, Martial Briand, et al.. Single seed microbiota: assembly and transmission from parent plant to seedling. 2021. ⟨hal-03299438⟩

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2020

Journal articles

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Livio Casarini, Clara Lazzaretti, Elia Paradiso, Silvia Limoncella, Laura Riccetti, et al.. Membrane Estrogen Receptor (GPER) and Follicle-Stimulating Hormone Receptor (FSHR) Heteromeric Complexes Promote Human Ovarian Follicle Survival. iScience, 2020, 23 (12), pp.1-58. ⟨10.1016/j.isci.2020.101812⟩. ⟨hal-03112804⟩

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Silvia Sposini, Francesco de Pascali, Rachel Richardson, Niamh S Sayers, David Perrais, et al.. Pharmacological Programming of Endosomal Signaling Activated by Small Molecule Ligands of the Follicle Stimulating Hormone Receptor. Frontiers in Pharmacology, 2020, 11, pp.1-14. ⟨10.3389/fphar.2020.593492⟩. ⟨hal-03039198⟩

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Jérôme Granel, Roxane Lemoine, Eric Morello, Yann Gallais, Julie Mariot, et al.. 4C3 Human Monoclonal Antibody: A Proof of Concept for Non-pathogenic Proteinase 3 Anti-neutrophil Cytoplasmic Antibodies in Granulomatosis With Polyangiitis. Frontiers in Immunology, 2020, 11, 17 p. ⟨10.3389/fimmu.2020.573040⟩. ⟨hal-03039822⟩

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Frédérique Clément, Pascale Crépieux, Romain Yvinec, Danielle Monniaux. Mathematical modeling approaches of cellular endocrinology within the hypothalamo-pituitary-gonadal axis. Molecular and Cellular Endocrinology, 2020, 518, ⟨10.1016/j.mce.2020.110877⟩. ⟨hal-03046096⟩

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Daniele Santi, Pascale Crépieux, Eric Reiter, Giorgia Spaggiari, Giulia Brigante, et al.. Follicle-Stimulating Hormone (FSH) Action on Spermatogenesis: A Focus on Physiological and Therapeutic Roles. Journal of Clinical Medicine, 2020, 9 (4), pp.1014. ⟨10.3390/jcm9041014⟩. ⟨hal-02930237⟩

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Livio Casarini, Pascale Crépieux, Eric Reiter, Clara Lazzaretti, Elia Paradiso, et al.. FSH for the Treatment of Male Infertility. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (7), pp.2270. ⟨10.3390/ijms21072270⟩. ⟨hal-03020922⟩

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Mélanie Bourgin, Simon Labarthe, Aicha Kriaa, Marie Lhomme, Philippe Gérard, et al.. Exploring the Bacterial Impact on Cholesterol Cycle: A Numerical Study. Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.1121. ⟨10.3389/fmicb.2020.01121⟩. ⟨hal-02863236⟩

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Celine Bonnet, Keltoum Chahour, Frédérique Clément, Marie Postel, Romain Yvinec. Multiscale population dynamics in reproductive biology: singular perturbation reduction in deterministic and stochastic models. ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.72-99. ⟨10.1051/proc/202067006⟩. ⟨hal-03047923⟩

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Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Thi Nhu Tao Nguyen, Bastien Polizzi, Florian Patout, et al.. A Multi-Scale Epidemic Model of Salmonella Infection With Heterogeneous Shedding. ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.261-284. ⟨10.1051/proc/202067015⟩. ⟨hal-02043742v2⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Modeling GPCR-induced biased signaling Towards a system biology definition of drugs selectivity. 9th GDR3545-GPCR international meeting, Nov 2020, Online, France. pp.1-42. ⟨hal-03115093⟩

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networks and biased signaling. Mathematics of system biology. 8th Workshop of the GDR35 – Bioinformatics and biomathematical approaches to integrate the GPCR signals, Nov 2020, online, France. ⟨hal-03727411⟩

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networksMathematics of system biology. 2020 Workshop – ‘bioinformatics and biomathematical approaches to integrate the GPCR signal, Nov 2020, Online, France. pp.1-70. ⟨hal-03115099⟩

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Béatrice Laroche. A model coupling microbial physiology, spatial heterogeneity and fluid mechanics to investigate factors impacting the microbiota spatial organization in the human colon.. Workshop on Transport in the digestive tract : experiments, modeling, applications to microbiology,, http://www.normalesup.org/~loverdo/workshop.html, Oct 2020, Paris, France. ⟨hal-04278348⟩

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Romain Yvinec. Ovarian follicle morphogenesis. CompuCell3D Multicell Virtual-Tissue Modeling Summer School, Aug 2020, Online, United States. ⟨hal-03115079⟩

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Romain Yvinec. Kinetic biased signaling: towards a system biology definition of drugs selectivity. Thematic Month on Mathematical Issues in Biology – Networks and molecular biology, Mar 2020, Luminy, France. pp.1-75. ⟨hal-03115087⟩

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Romain Yvinec. Modeling (some aspects of ) the female reproductive system. Thematic Month on Mathematical Issues in Biology – Mathematics of complex systems in biology and medicine, Feb 2020, Luminy, France. pp.1-65. ⟨hal-03115069⟩

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Habilitation à diriger des recherches

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Romain Yvinec. Some contributions to the study of population dynamics models and coagulation-fragmentation. Probability [math.PR]. Université de Tours, 2020. ⟨tel-03138658⟩

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Lectures

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Romain Yvinec. Comprendre la signalisation cellulaire à l’aide de modèles mathématiques. Master. France. 2020. ⟨hal-03727337⟩

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Theses

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Léo Darrigade. Modélisation du dialogue hôte-microbiote au voisinage de l’épithélium de l’intestin distal. Probabilités [math.PR]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASM008⟩. ⟨tel-03145857⟩

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2019

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Frédérique Clément, Frédérique Robin, Romain Yvinec. Analysis and calibration of a linear model for structured cell populations with unidirectional motion : Application to the morphogenesis of ovarian follicles. SIAM Journal on Applied Mathematics, 2019, 79 (1), pp.207-229. ⟨10.1137/17M1161336⟩. ⟨hal-01852560v2⟩

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Frédérique Clément, Béatrice Laroche, Frédérique Robin. Analysis and numerical simulation of an inverse problem for a structured cell population dynamics model. Mathematical Biosciences and Engineering, 2019, 16 (4), pp.3018-3046. ⟨10.3934/mbe.2019150⟩. ⟨hal-02154588⟩

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Simon Labarthe, Bastien Polizzi, Thuy Phan, Thierry Goudon, Magali Ribot, et al.. A mathematical model to investigate the key drivers of the biogeography of the colon microbiota.. Journal of Theoretical Biology, 2019, 462 (7), pp.552-581. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.12.009⟩. ⟨hal-01761191v3⟩

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Flavie Landomiel, Francesco de Pascali, Pauline Raynaud, Frédéric Jean-Alphonse, Romain Yvinec, et al.. Biased signaling and allosteric modulation at the FSHR. Frontiers in Endocrinology, 2019, 10, pp.148. ⟨10.3389/fendo.2019.00148⟩. ⟨hal-02362523⟩

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