Publications

2024

Journal articles

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Amandine Paulay, Ghjuvan M Grimaud, Raphaël Caballero, Béatrice Laroche, Marion Leclerc, et al.. Design of a proteolytic module for improved metabolic modeling of Bacteroides caccae. mSystems, 2024, 9 (4), ⟨10.1128/msystems.00153-24⟩. ⟨hal-04540116⟩

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Francesco de Pascali, Aylin Hanyaloglu, Frédéric Jean-Alphonse, Francesco Potì, Eric Reiter. Editorial: Pharmacology of endocrine related GPCRs. Frontiers in Endocrinology, 2024, 15, pp.1379108. ⟨10.3389/fendo.2024.1379108⟩. ⟨hal-04525032⟩

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Léo Meyer, Magali Ribot, Romain Yvinec. A Lifshitz–Slyozov type model for adipocyte size dynamics: limit from Becker–Döring system and numerical simulation. Journal of Mathematical Biology, 2024, 88 (2), pp.16. ⟨10.1007/s00285-023-02036-x⟩. ⟨hal-04525358⟩

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Conference papers

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Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Katarzyna Adamczyk, Nicolas Parisey. Pest detection from a biology-informed inverse problem and pheromone sensors. DSABNS 2024 – 15th Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Lisbonne, Portugal. ⟨hal-04481765⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Anne-Sophie Giacobbi, Leo Meyer, Magali Ribot, Romain Yvinec, Hedi Soula, et al.. Mathematical modeling of adipocyte size distributions: identifiability and parameter estimation from rat data. 2024. ⟨hal-04141173v3⟩

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Claire Alamichel, Juan Calvo, Erwan Hingant, Saoussen Latrach, Nathan Quiblier, et al.. Modeling compartmentalization within intracellular signaling pathway. 2024. ⟨hal-04098543v2⟩

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2023

Journal articles

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Juan Calvo, Erwan Hingant, Romain Yvinec. Long-time asymptotic of the Lifshitz-Slyozov equation with nucleation. Kinetic and Related Models , In press, ⟨10.3934/krm.2023041⟩. ⟨hal-04098262v2⟩

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Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sébastien Raguideau, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, et al.. Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome. Microbiome, 2023, 11 (1), pp.231. ⟨10.1186/s40168-023-01667-y⟩. ⟨hal-03918193v2⟩

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Anielka Zehnaker, Amandine Vallet, Juliette Gourdon, Caterina Sarti, Vinesh Jugnarain, et al.. Combined multiplexed phage display, high-throughput sequencing, and functional assays as a platform for identifying modulatory VHHs targeting the FSHR. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (21), pp.15961. ⟨10.3390/ijms242115961⟩. ⟨hal-04274818⟩

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Pauline Raynaud, Vinesh Jugnarain, Océane Vaugrente, Amandine Vallet, Thomas Boulo, et al.. A single domain intrabody targeting the follicle-stimulating hormone receptor (FSHR) impacts FSH-induced G protein-dependent signalling. FEBS Letters, 2023, 598 (2), pp.220-232. ⟨10.1002/1873-3468.14765⟩. ⟨hal-04269864⟩

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Christophe Dumet, Martine Pugnière, Corinne Henriquet, Valérie Gouilleux-Gruart, Anne Poupon, et al.. Harnessing Fc/FcRn affinity data from patents with different machine learning methods. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (6), pp.5724. ⟨10.3390/ijms24065724⟩. ⟨hal-04308512⟩

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Anil Annamneedi, Caroline Gora, Ana Dudas, Xavier Leray, Véronique Bozon, et al.. Towards the convergent therapeutic potential of G protein‐coupled receptors in autism spectrum disorders. British Journal of Pharmacology, In press, ⟨10.1111/bph.16216⟩. ⟨hal-04220553⟩

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Danièle Klett, Lucie Pellissier, Didier Lomet, Flavie Derouin-Tochon, Vincent Robert, et al.. Highly-Sensitive In Vitro Bioassays for FSH, TSH, PTH, Kp, and OT in Addition to LH in Mouse Leydig Tumor Cell. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (15), pp.12047. ⟨10.3390/ijms241512047⟩. ⟨hal-04206799⟩

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Conference papers

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Frédérique Clément, Romain Yvinec. Comparative dynamics of female germ cell populations : insight from imaging and multiscale modeling. Journées INRAE-INRIA 2023, Jul 2023, Nancy, France. ⟨hal-04194047⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. Séminar EDP/ProbaStat Laboratoire de Mathématiques et Applications (LMA) de Poitiers, Mar 2023, Poitiers, France. ⟨hal-04194051⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Frédérique Clément, Jules Olayé. A stochastic model for neural progenitor dynamics in the mouse cerebral cortex. 2023. ⟨hal-04351283⟩

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Léo Darrigade, Simon Labarthe, Béatrice Laroche. Deterministic limit of a PDMP model of epithelial tissue interacting with diffusing chemicals and application to the intestinal crypt. 2023. ⟨hal-04336174v2⟩

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Mauricio A. Sepulveda Cortes. Study of the numerical method for an inverse problem of a simplified intestinal crypt. 2023. ⟨hal-04332907⟩

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Caroline Gora, Ana Dudas, Lucas Court, Anil Annamneedi, Gaëlle Lefort, et al.. Effect of the social environment on olfaction and social skills in WT and mouse model of autism: Social isolation normalizes Shank3 knockout phenotype. 2023. ⟨hal-04312827⟩

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Juan Calvo, Erwan Hingant, Romain Yvinec. Some remarks about the well-posedness of lifshitz-slyozov’s equations with nucleation kinetics. 2023. ⟨hal-04099684⟩

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Léo Meyer, Magali Ribot, Romain Yvinec. A Lifschitz-Slyozov type model for adipocyte size dynamics : limit from Becker-Döring system and numerical simulation. 2023. ⟨hal-04016144⟩

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche, Lorenzo Sala, Stanislas Mondot, Joël Doré. Modelling the interplay between the gut microbiota and its host : application to the analysis of diet impact on symbiosis. 2023. ⟨hal-04287119⟩

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2022

Journal articles

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Pauline Raynaud, Camille Gauthier, Vinesh Jugnarain, Frédéric Jean-Alphonse, Eric Reiter, et al.. Intracellular VHHs to monitor and modulate GPCR signaling. Frontiers in Endocrinology, 2022, 13, pp.1048601. ⟨10.3389/fendo.2022.1048601⟩. ⟨hal-03892398⟩

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Misbah Razzaq, Frédérique Clément, Romain Yvinec. An overview of deep learning applications in precocious puberty and thyroid dysfunction. Frontiers in Endocrinology, 2022, 13, pp.959546. ⟨10.3389/fendo.2022.959546⟩. ⟨hal-03824764⟩

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Guillaume Chesneau, Béatrice Laroche, Anne Préveaux, Coralie Marais, Martial Briand, et al.. Single seed microbiota: assembly and transmission from parent plant to seedling. mBio, 2022, 13 (6), pp.0164822. ⟨10.1128/mbio.01648-22⟩. ⟨hal-03834661⟩

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Astrid Musnier, Thomas Bourquard, Amandine Vallet, Laetitia Mathias, Gilles Bruneau, et al.. A New in Silico antibody similarity measure both identifies large sets of epitope binders with distinct CDRs and accurately predicts off-target reactivity. International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (17), pp.1-17. ⟨10.3390/ijms23179765⟩. ⟨hal-03838203⟩

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Harshad Ugamraj, Kevin Dang, Laure-Hélène Ouisse, Benjamin Buelow, Eduardo Chini, et al.. TNB-738, a biparatopic antibody, boosts intracellular NAD+ by inhibiting CD38 ecto-enzyme activity. mAbs, 2022, 14 (1), ⟨10.1080/19420862.2022.2095949⟩. ⟨hal-03684683⟩

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Léo Darrigade, Marie Haghebaert, Claire Cherbuy, Simon Labarthe, Béatrice Laroche. A PDMP model of the epithelial cell turn-over in the intestinal crypt including microbiota-derived regulations. Journal of Mathematical Biology, 2022, 84 (7), pp.1-67. ⟨10.1007/s00285-022-01766-8⟩. ⟨hal-03379023v2⟩

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Chayma El Khamlichi, Flora Reverchon, Nadège Hervouet-Coste, Elodie Robin, Nicolas Chopin, et al.. Serodolin, a β-arrestin–biased ligand of 5-HT 7 receptor, attenuates pain-related behaviors. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (21), pp.1-12. ⟨10.1073/pnas.2118847119⟩. ⟨hal-03684955⟩

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Denis Maurel, Sandy Chéry, Nicole Bidoit, Philippe Chatalic, Aziza Filali, et al.. Transducer Cascades for Biological Literature-Based Discovery. Information, 2022, 13 (5), pp.262. ⟨10.3390/info13050262⟩. ⟨hal-03846458⟩

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Guillaume Ballif, Frédérique Clément, Romain Yvinec. Averaging of a stochastic slow-fast model for population dynamics: application to the development of ovarian follicles. SIAM Journal on Applied Mathematics, 2022, 82 (1), pp.359-380. ⟨10.1137/21M1409615⟩. ⟨hal-03405177⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: large population and large time results for phase transition phenomena. Seminar “Seminario de Ecuaciones Diferenciales”, University of Granada, Dec 2022, Granada, Spain. ⟨hal-04194058⟩

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: large population and large time results for phase transition phenomena. Seminar on the Mathematics of Reaction Networks, Nov 2022, online, Italy. ⟨hal-04194061⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. Seminar Mathematical Biology at Duke University, Oct 2022, online, United States. ⟨hal-04194053⟩

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Marie Haghebaert, Béatrice Laroche. Modelling interactions between host and gut microbiota.. ECMTB 2022 – European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. ⟨hal-04249173⟩

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Romain Yvinec. Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model. ECMTB 2022 – The 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. ⟨hal-04194057⟩

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Romain Yvinec. Kinetic biased signaling: towards a system biology
definition of drugs selectivity.: Illustration on the Follicle Stimulating Hormone
Receptor. Gonadotropins in the Physiopathology: Current advances in the Mechanisms of Action, Le studium, Sep 2022, Online, France. ⟨hal-04194064⟩

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Romain Yvinec. Stochastic Becker-Döring model: large population and large time results for phase transition phenomena. Chemical Reaction Networks Workshop, Jul 2022, Turin, Italy. ⟨hal-03727240⟩

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Béatrice Laroche. Interactions hôte microbiote et dynamique écologique du microbiote intestinal humain et animal: quelques exemple de modélisation et d’analyse de données.. 21eme Journée Calcul Scientifique et Modélisation Mathématique d’Amiens,, LAMFA, Université de Picardie Jules Verne, Jun 2022, Amiens, France. ⟨hal-04278264⟩

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Poster communications

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Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Elisabeta Vergu, François Deslandes. Pest detection by inversion of a pheromone dispersion model. ECMTB 2022 – 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. ⟨hal-03777604⟩

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Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Bastien Polizzi, Florian Patout, Magali Ribot. A multi-scale epidemic model of enteric infection with heterogeneous shedding resulting from host-microbiota-pathogen interactions. ECMTB 2022 – 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany. . ⟨hal-03834709⟩

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Theses

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Guillaume Ballif. Modélisation et analyse stochastique multi-échelle en dynamique des populations : application à la population folliculaire ovarienne. Analyse numérique [math.NA]. Institut Polytechnique de Paris, 2022. Français. ⟨NNT : 2022IPPAX064⟩. ⟨tel-04449460⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Guillaume Ballif, Frédérique Clément, Romain Yvinec. Nonlinear compartmental modeling to monitor ovarian follicle population dynamics on the whole lifespan. 2022. ⟨hal-03739205⟩

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2021

Journal articles

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Francesco de Pascali, Mohammed Akli Ayoub, Riccardo Benevelli, Silvia Sposini, Jordan Lehoux, et al.. Pharmacological characterization of low molecular weight biased agonists at the follicle stimulating hormone receptor. International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (18), pp.1-23. ⟨10.3390/ijms22189850⟩. ⟨hal-03351267⟩

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Thomas Hélie, Béatrice Laroche. Input/output reduced model of a damped nonlinear beam based on Volterra series and modal decomposition with convergence results. Nonlinear Dynamics, 2021, 105 (1), pp.515-540. ⟨10.1007/s11071-021-06529-6⟩. ⟨hal-03306198⟩

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Caroline Isabel Kothe, Béatrice Laroche, Patrícia da Silva Malheiros, Eduardo Cesar Tondo. Modelling the growth of Staphylococcus aureus on cooked broccoli under isothermal conditions. Brazilian Journal of Microbiology, 2021, 52 (3), pp.1565-1571. ⟨10.1007/s42770-021-00482-7⟩. ⟨hal-03258770⟩

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C. Trilleaud, V. Gauttier, K. Biteau, I. Girault, L. Belarif, et al.. Agonist anti-ChemR23 mAb reduces tissue neutrophil accumulation and triggers chronic inflammation resolution. Science Advances , 2021, 7 (14), pp.1-14. ⟨10.1126/sciadv.abd1453⟩. ⟨hal-03462811⟩

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Elodie Blondel-Tepaz, Marie Leverve, Badr Sokrat, Justine Paradis, Milena Kosic, et al.. The RanBP2/RanGAP1-SUMO complex gates β-arrestin2 nuclear entry to regulate the Mdm2-p53 signaling axis. Oncogene, 2021, 40 (12), pp.2243-2257. ⟨10.1038/s41388-021-01704-w⟩. ⟨hal-03414899⟩

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Mathilde Munier, Mohammed Ayoub, Valentine Suteau, Louis Gourdin, Daniel Henrion, et al.. In vitro effects of the endocrine disruptor p,p’ DDT on human choriogonadotropin/luteinizing hormone receptor signalling. Archives of Toxicology, 2021, 95 (5), pp.1671-1681. ⟨10.1007/s00204-021-03007-1⟩. ⟨hal-03164658⟩

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Aylin Hanyaloglu, Eric Reiter. Editorial: G protein–coupled receptors: From molecules to medicine. Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, 2021, 16, pp.iv-vi. ⟨10.1016/j.coemr.2021.02.001⟩. ⟨hal-03481865⟩

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Nidhi Chahal, Anjali Geethadevi, Surleen Kaur, Ruchi Lakra, Anjali Nagendra, et al.. Direct impact of gonadotropins on glucose uptake and storage in preovulatory granulosa cells: Implications in the pathogenesis of polycystic ovary syndrome. Metabolism, 2021, 115, pp.1-15. ⟨10.1016/j.metabol.2020.154458⟩. ⟨hal-03112818⟩

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Steven Le Feunteun, Ahmed Al-Razaz, Matthijs Dekker, Erwin George, Béatrice Laroche, et al.. Physiologically Based Modeling of Food Digestion and Intestinal Microbiota: State of the Art and Future Challenges. An INFOGEST Review. Annual Review of Food Science and Technology, 2021, 12, pp.16/1-16/19. ⟨10.1146/annurev-food-070620-⟩. ⟨hal-03117715⟩

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Erwan Hingant, Romain Yvinec. Quasi-stationary distribution and metastability for the stochastic Becker-Döring model. Electronic Communications in Probability, 2021, 26, ⟨10.1214/21-ECP411⟩. ⟨hal-03110670⟩

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Frédérique Clément, Danielle Monniaux. Mathematical modeling of ovarian follicle development : A population dynamics viewpoint. Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research, 2021, 18, pp.54-61. ⟨10.1016/j.coemr.2021.02.003⟩. ⟨hal-03146955⟩

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E. Bosch, C. Alviggi, M. Lispi, A. Conforti, A. C. Hanyaloglu, et al.. Reduced FSH and LH action: implications for medically assisted reproduction. Human Reproduction, 2021, 36 (6), pp.1469-1480. ⟨10.1093/humrep/deab065⟩. ⟨hal-03390033⟩

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Shifa Tahir, Thomas Bourquard, Astrid Musnier, Yann Jullian, Yannick Corde, et al.. Accurate determination of epitope for antibodies with unknown 3D structures. mAbs, 2021, 13 (1), pp.1-10. ⟨10.1080/19420862.2021.1961349⟩. ⟨hal-03390655⟩

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Juan Calvo, Erwan Hingant, Romain Yvinec. The initial-boundary value problem for the Lifshitz-Slyozov equation with non-smooth rates at the boundary. Nonlinearity, 2021, 34 (04), pp.1975-2017. ⟨10.1088/1361-6544/abd3f3⟩. ⟨hal-03109431⟩

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Frédérique Clément, Frédérique Robin, Romain Yvinec. Stochastic nonlinear model for somatic cell population dynamics during ovarian follicle activation. Journal of Mathematical Biology, 2021, 82 (3), pp.1-52. ⟨10.1007/s00285-021-01561-x⟩. ⟨hal-02057983⟩

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Eric Reiter. Mécanismes d’action et rôles multiples des beta-arrestines dans la biologie des récepteurs couplés aux protéines G. Biologie Aujourd’hui, 2021, 215 (3-4), pp.107 – 118. ⟨10.1051/jbio/2021010⟩. ⟨hal-03483486⟩

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Caroline Vayne, Thi-Huong Nguyen, Jérôme Rollin, Noémie Charuel, Anne Poupon, et al.. Characterization of new monoclonal PF4-specific antibodies as useful tools for studies on typical and autoimmune heparin-induced thrombocytopenia. Thrombosis and Haemostasis, 2021, 121 (3), pp.322-331. ⟨10.1055/s-0040-1717078⟩. ⟨hal-03039816⟩

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Teresa Zariñán, Julio Mayorga, Eduardo Jardón Valadez, Rubén Gutiérrez Sagal, José Luis Maravillas Montero, et al.. A novel mutation in the FSH receptor (I423T) affecting receptor activation and leading to primary ovarian failure. Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, 2021, 106 (2), pp.E534-E550. ⟨10.1210/clinem/dgaa782⟩. ⟨hal-03112820⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networks. Application to biased signaling. Mapping Group Online Symposium, Dec 2021, Online, France. ⟨hal-03727416⟩

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Béatrice Laroche. Host microbiota interactions and barrier effect: some examples of modeling and data analysis for the gut microbiota. Worshop Mathématiques et Microbiote, Nov 2021, Besancon, France. ⟨hal-04278287⟩

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Romain Yvinec. Modeling (some aspects of ) the female reproductive system. Séminaire d’analyse appliquée A³, Laboratoire Amiénois de Mathématique Fondamentale et Appliquée, Oct 2021, Amiens, France. ⟨hal-03727263⟩

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Book sections

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Francesco de Pascali, Pauline Raynaud, Frédéric Jean-Alphonse, Shifa Tahir, Véronique Bozon, et al.. β-arrestins and endocrine-related GPCRs. Cellular Endocrinology in Health and Disease, Elsevier, pp.445-458, 2021, 978-0-12-819801-8. ⟨10.1016/B978-0-12-819801-8.00021-1⟩. ⟨hal-03462802⟩

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Frédérique Clément, Romain Yvinec, Nathalie Gallay, Laurine Gagniac, Florian Guillou, et al.. The follicle-stimulating hormone signaling network in gonadal cells.. Alfredo Ulloa-Aguirre; Ya-Xiong Tao. Cellular endocrinology in health and disease, Second Edition, Academic Press, 486 p., 2021, 9780128198018. ⟨10.1016/B978-0-12-819801-8.00020-X⟩. ⟨hal-03128409⟩

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Frédéric Jean-Alphonse, Silvia Sposini. Confocal and TIRF microscopy based approaches to visualize arrestin trafficking in living cells. Biomolecular Interactions Part A, 166, Elsevier, pp.179-203, 2021, Methods in Cell Biology, ⟨10.1016/bs.mcb.2021.06.009⟩. ⟨hal-03476372⟩

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Yves Combarnous, Pascale Crépieux, Eric Reiter. Receptors | Thyroid-Stimulating Hormone/Luteinizing Hormone/Follicle-Stimulating Hormone Receptors. Encyclopedia of Biological Chemistry III, 6, Elsevier, pp.323-328, 2021, Signaling, 978-0-12-822040-5. ⟨10.1016/B978-0-12-819460-7.00117-1⟩. ⟨hal-03481908⟩

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Poster communications

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Guido Cordoni, Daniel Horton, Annaëlle Kerouanton, Martine Denis, Philippe Velge, et al.. 16S rRNA microbial community analysis and relationship with Salmonella Super shedder status in pigs. EJP-One Health Annual Scientific Meeting, Jun 2021, Copenhagen, Denmark. ⟨hal-03472743⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Guillaume Chesneau, Béatrice Laroche, Anne Préveaux, Coralie Marais, Martial Briand, et al.. Single seed microbiota: assembly and transmission from parent plant to seedling. 2021. ⟨hal-03299438⟩

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2020

Journal articles

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Livio Casarini, Clara Lazzaretti, Elia Paradiso, Silvia Limoncella, Laura Riccetti, et al.. Membrane Estrogen Receptor (GPER) and Follicle-Stimulating Hormone Receptor (FSHR) Heteromeric Complexes Promote Human Ovarian Follicle Survival. iScience, 2020, 23 (12), pp.1-58. ⟨10.1016/j.isci.2020.101812⟩. ⟨hal-03112804⟩

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Silvia Sposini, Francesco de Pascali, Rachel Richardson, Niamh S Sayers, David Perrais, et al.. Pharmacological Programming of Endosomal Signaling Activated by Small Molecule Ligands of the Follicle Stimulating Hormone Receptor. Frontiers in Pharmacology, 2020, 11, pp.1-14. ⟨10.3389/fphar.2020.593492⟩. ⟨hal-03039198⟩

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Jérôme Granel, Roxane Lemoine, Eric Morello, Yann Gallais, Julie Mariot, et al.. 4C3 Human Monoclonal Antibody: A Proof of Concept for Non-pathogenic Proteinase 3 Anti-neutrophil Cytoplasmic Antibodies in Granulomatosis With Polyangiitis. Frontiers in Immunology, 2020, 11, 17 p. ⟨10.3389/fimmu.2020.573040⟩. ⟨hal-03039822⟩

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Frédérique Clément, Pascale Crépieux, Romain Yvinec, Danielle Monniaux. Mathematical modeling approaches of cellular endocrinology within the hypothalamo-pituitary-gonadal axis. Molecular and Cellular Endocrinology, 2020, 518, ⟨10.1016/j.mce.2020.110877⟩. ⟨hal-03046096⟩

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Daniele Santi, Pascale Crépieux, Eric Reiter, Giorgia Spaggiari, Giulia Brigante, et al.. Follicle-Stimulating Hormone (FSH) Action on Spermatogenesis: A Focus on Physiological and Therapeutic Roles. Journal of Clinical Medicine, 2020, 9 (4), pp.1014. ⟨10.3390/jcm9041014⟩. ⟨hal-02930237⟩

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Livio Casarini, Pascale Crépieux, Eric Reiter, Clara Lazzaretti, Elia Paradiso, et al.. FSH for the Treatment of Male Infertility. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (7), pp.2270. ⟨10.3390/ijms21072270⟩. ⟨hal-03020922⟩

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Celine Bonnet, Keltoum Chahour, Frédérique Clément, Marie Postel, Romain Yvinec. Multiscale population dynamics in reproductive biology: singular perturbation reduction in deterministic and stochastic models. ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.72-99. ⟨10.1051/proc/202067006⟩. ⟨hal-03047923⟩

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Mélanie Bourgin, Simon Labarthe, Aicha Kriaa, Marie Lhomme, Philippe Gérard, et al.. Exploring the Bacterial Impact on Cholesterol Cycle: A Numerical Study. Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.1121. ⟨10.3389/fmicb.2020.01121⟩. ⟨hal-02863236⟩

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Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Thi Nhu Tao Nguyen, Bastien Polizzi, Florian Patout, et al.. A Multi-Scale Epidemic Model of Salmonella Infection With Heterogeneous Shedding. ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.261-284. ⟨10.1051/proc/202067015⟩. ⟨hal-02043742v2⟩

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Conference papers

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Romain Yvinec. Modeling GPCR-induced biased signaling
Towards a system biology definition of drugs selectivity. 9th GDR3545-GPCR international meeting, Nov 2020, Online, France. pp.1-42. ⟨hal-03115093⟩

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networks and biased signaling. Mathematics of system biology. 8th Workshop of the GDR35 – Bioinformatics and biomathematical approaches to integrate the GPCR signals, Nov 2020, online, France. ⟨hal-03727411⟩

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Romain Yvinec. Dynamical modeling of reaction networksMathematics of system biology. 2020 Workshop – ‘bioinformatics and biomathematical approaches to integrate the GPCR signal, Nov 2020, Online, France. pp.1-70. ⟨hal-03115099⟩

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Béatrice Laroche. A model coupling microbial physiology, spatial heterogeneity and fluid mechanics to investigate factors impacting the microbiota spatial organization in the human colon.. Workshop on Transport in the digestive tract : experiments, modeling, applications to microbiology,, http://www.normalesup.org/~loverdo/workshop.html, Oct 2020, Paris, France. ⟨hal-04278348⟩

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Romain Yvinec. Ovarian follicle morphogenesis. CompuCell3D Multicell Virtual-Tissue Modeling Summer School, Aug 2020, Online, United States. ⟨hal-03115079⟩

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Romain Yvinec. Kinetic biased signaling: towards a system biology definition of drugs selectivity. Thematic Month on Mathematical Issues in Biology – Networks and molecular biology, Mar 2020, Luminy, France. pp.1-75. ⟨hal-03115087⟩

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Romain Yvinec. Modeling (some aspects of ) the female reproductive system. Thematic Month on Mathematical Issues in Biology – Mathematics of complex systems in biology and medicine, Feb 2020, Luminy, France. pp.1-65. ⟨hal-03115069⟩

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Habilitation à diriger des recherches

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Romain Yvinec. Some contributions to the study of population dynamics models and coagulation-fragmentation. Probability [math.PR]. Université de Tours, 2020. ⟨tel-03138658⟩

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Lectures

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Romain Yvinec. Comprendre la signalisation cellulaire à l’aide de modèles mathématiques. Master. France. 2020. ⟨hal-03727337⟩

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Theses

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Léo Darrigade. Modélisation du dialogue hôte-microbiote au voisinage de l’épithélium de l’intestin distal. Probabilités [math.PR]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASM008⟩. ⟨tel-03145857⟩

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2019

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Frédérique Clément, Béatrice Laroche, Frédérique Robin. Analysis and numerical simulation of an inverse problem for a structured cell population dynamics model. Mathematical Biosciences and Engineering, 2019, 16 (4), pp.3018-3046. ⟨10.3934/mbe.2019150⟩. ⟨hal-02154588⟩

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Frédérique Clément, Frédérique Robin, Romain Yvinec. Analysis and calibration of a linear model for structured cell populations with unidirectional motion : Application to the morphogenesis of ovarian follicles. SIAM Journal on Applied Mathematics, 2019, 79 (1), pp.207-229. ⟨10.1137/17M1161336⟩. ⟨hal-01852560v2⟩

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Simon Labarthe, Bastien Polizzi, Thuy Phan, Thierry Goudon, Magali Ribot, et al.. A mathematical model to investigate the key drivers of the biogeography of the colon microbiota.. Journal of Theoretical Biology, 2019, 462 (7), pp.552-581. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.12.009⟩. ⟨hal-01761191v3⟩

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Flavie Landomiel, Francesco de Pascali, Pauline Raynaud, Frédéric Jean-Alphonse, Romain Yvinec, et al.. Biased signaling and allosteric modulation at the FSHR. Frontiers in Endocrinology, 2019, 10, pp.148. ⟨10.3389/fendo.2019.00148⟩. ⟨hal-02362523⟩

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