Publications

Publications HAL du labo/EPI mamba

2024

Article dans une revue

titre
Multispecies cross-diffusions: from a nonlocal mean-field to a porous medium system without self-diffusion
auteur
Marie Doumic, Sophie Hecht, Benoît Perthame, Diane Peurichard
article
Journal of Differential Equations, In press, 389, pp.228-256. ⟨10.1016/j.jde.2024.01.017⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04108050/file/LMG_MD4_v2.pdf BibTex
titre
A Palm Space Approach to Non-Linear Hawkes Processes
auteur
Philippe Robert, Gaëtan Vignoud
article
Electronic Journal of Probability, 2024, 29 (none), pp.1-37. ⟨10.1214/23-EJP1063⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2212.11660 BibTex
titre
Fiber crosslinking drives the emergence of order in a 3D dynamical network model
auteur
Pauline Chassonnery, Jenny Paupert, Anne Lorsignol, Childérick Séverac, Marielle Ousset, Pierre Degond, Louis Casteilla, Diane Peurichard
article
Royal Society Open Science, In press
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https://hal.science/hal-04168503/file/main_v8.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
How a reaction-diffusion signal can control spinal cord regeneration in axolotls: A modelling study
auteur
Valeria Caliaro, Diane Peurichard, Osvaldo Chara
article
2024
Accès au bibtex
BibTex
titre
Wasserstein contraction for the stochastic Morris-Lecar neuron model
auteur
Maxime Herda, Pierre Monmarché, Benoît Perthame
article
2024
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https://hal.science/hal-04170316/file/paper.pdf BibTex
titre
Vector-borne disease outbreak control via instant releases
auteur
Luis Almeida, Jesús Bellver Arnau, Yannick Privat, Carlota Rebelo
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03577751/file/ABPR_pdf.pdf BibTex
titre
Large-population limits of non-exchangeable particle systems
auteur
Nathalie Ayi, Nastassia Pouradier Duteil
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04394768/file/Review_NonExchangeableParticleSystems.pdf BibTex

2023

Article dans une revue

titre
A phenotype-structured model for the tumour-immune response
auteur
Zineb Kaid, Camille Pouchol, Jean Clairambault
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2023
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https://hal.science/hal-03936993/file/ArticleV3.pdf BibTex
titre
Degenerate Cahn-Hilliard equation: From nonlocal to local
auteur
Charles Elbar, Jakub Skrzeczkowski
article
Journal of Differential Equations, 2023, 364, pp.576-611. ⟨10.1016/j.jde.2023.03.057⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2208.08955 BibTex
titre
Final Size for Epidemic Models with Asymptomatic Transmission
auteur
Carles Barril, Pierre-Alexandre Bliman, Sílvia Cuadrado
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2023, 85 (6), pp.52. ⟨10.1007/s11538-023-01159-y⟩
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https://inria.hal.science/hal-04196814/file/FinalInfSizeBMB_rev2_HAL.pdf BibTex
titre
A sex-structured model of Wolbachia invasion to design sex-biased release strategies in Aedes spp mosquitoes populations
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Yves Dumont, Oscar Eduardo Escobar-Lasso, Hector Martinez-Romero, Olga Vasilieva
article
Applied Mathematical Modelling, 2023, 119, pp.391-412. ⟨10.1016/j.apm.2023.02.023⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03689311/file/WB_4states_Final.pdf BibTex
titre
Analysis of the « Rolling carpet » strategy to eradicate an invasive species
auteur
Luis Almeida, Alexis Léculier, Nicolas Vauchelet
article
SIAM Journal on Mathematical Analysis, 2023, 55 (1), pp.275-309. ⟨10.1137/21M1427243⟩
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https://hal.science/hal-03261142/file/main.pdf BibTex
titre
From Vlasov equation to degenerate nonlocal Cahn-Hilliard equation
auteur
Charles Elbar, Marco Mason, Benoît Perthame, Jakub Skrzeczkowski
article
Communications in Mathematical Physics, 2023, 401 (1), pp.1033-1057. ⟨10.1007/s00220-023-04663-3⟩
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https://hal.science/hal-03744471/file/kinetic.pdf BibTex
titre
Tiered social distancing policies and epidemic control
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Alessio Carrozzo-Magli, Alberto D’onofrio, Piero Manfredi
article
Proceedings of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, 2023, 478 (2268), ⟨10.1098/rspa.2022.0175⟩
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https://inria.hal.science/hal-03964210/file/HAL_3.pdf BibTex
titre
Discrete and continuum models for the coevolutionary dynamics between CD8+ cytotoxic T lymphocytes and tumour cells
auteur
Luís Almeida, Chloe Audebert, Emma Leschiera, Tommaso Lorenzi
article
Mathematical Medicine and Biology, 2023, ⟨10.1093/imammb/dqac017⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03348931/file/arXv.pdf BibTex
titre
In-vitro to in-vivo acetaminophen hepatotoxicity extrapolation using classical schemes, pharmaco-dynamic models and a multiscale spatial-temporal liver twin
auteur
Jules Dichamp, Geraldine Cellière, Ahmed Ghallab, Reham Hassan, Noemie Boissier, Ute Hofmann, Joerg Reinders, Selahaddin Sezgin, Sebastian Zühlke, Jan Hengstler, Dirk Drasdo
article
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, In press, 11, ⟨10.3389/fbioe.2023.1049564⟩
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https://hal.science/hal-03941544/file/2210.08796.pdf BibTex
titre
Pressure jump and radial stationary solutions of the degenerate Cahn-Hilliard equation (Extended version)
auteur
Charles Elbar, Benoît Perthame, Jakub Skrzeczkowski
article
Comptes Rendus. Mécanique, In press
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https://hal.science/hal-03696545/file/CH_radial_pde.pdf BibTex
titre
Stochastic Models of Regulation of Transcription in Biological Cells
auteur
Vincent Fromion, Philippe Robert, Jana Zaherddine
article
Journal of Mathematical Biology, In press, 87 (5), pp.65. ⟨10.1007/s00285-023-01998-2⟩
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https://arxiv.org/pdf/2208.09291 BibTex

Communication dans un congrès

titre
Nonlinear Adaptive Observers for an SIS System Counting Primo-infections
auteur
Marcel Fang, Pierre-Alexandre Bliman, Denis Efimov, Rosane Ushirobira
article
22nd World Congress of the International Federation of Automatic Control, Jul 2023, Yokohama, Japan
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https://inria.hal.science/hal-04063936/file/Nonlinear_Adaptive_Observers_for_an_SIS_System_Counting_Primo_infections.pdf BibTex
titre
Control theory perspectives on mathematical epidemiology
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Alain Rapaport
article
IFAC World Congress 2023 – 22nd World Congress of the International Federation of Automatic Control, Jul 2023, Yokohama, Japan. 3p
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https://hal.inrae.fr/hal-04064515/file/session.pdf BibTex
titre
On the problem of minimizing the epidemic final size for SIR model by social distancing
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Alain Rapaport
article
IFAC World Congress 2023 – 22nd World Congress of the International Federation of Automatic Control, IFAC – International Federation of Automatic Control, Jul 2023, Yokohama, Japan
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https://inria.hal.science/hal-04063930/file/OC_SIR_L1___VRAIE_VERSION_FINALE.pdf BibTex
titre
Mathematical modelling of cancer growth and drug treatments: taking into account cell population heterogeneity and plasticity
auteur
Jean Clairambault
article
ECC 23 – European Control Conference, Silviu-Iulian Niculescu, Jun 2023, Bucarest, Romania
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https://hal.science/hal-04087399/file/JC_ECC2023v2.pdf BibTex

Chapitre d’ouvrage

titre
Individual and population approaches for calibrating division rates in population dynamics: Application to the bacterial cell cycle
auteur
Marie Doumic, Marc Hoffmann
article
Modeling and Simulation for Collective Dynamics, 40, WORLD SCIENTIFIC, pp.1-81, 2023, Lecture Notes Series, Institute for Mathematical Sciences, National University of Singapore, ⟨10.1142/9789811266140_0001⟩
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https://hal.science/hal-03328781/file/ims9x6-ch1_CellDiv_MD16.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Individual cell fate and population dynamics revealed by a mathematical model linking telomere length and replicative senescence
auteur
Anaïs Rat, Marie Doumic, Maria Teresa Teixeira, Zhou Xu
article
2023
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https://hal.science/hal-04305005/file/2023.11.22.568287.full.pdf BibTex
titre
Incompressible limit of porous media equation with chemotaxis and growth
auteur
Qingyou He, Hai-Liang Li, Benoît Perthame
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04361186/file/Abel_Perthame.pdf BibTex
titre
Structured Model Conserving Biomass for the Size-spectrum Evolution in Aquatic Ecosystems
auteur
Laura Kanzler, Benoît Perthame, Benoît Sarels
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03895919/file/KPS.pdf BibTex
titre
A Stochastic Analysis of Particle Systems with Pairing
auteur
Vincent Fromion, Philippe Robert, Jana Zaherddine
article
2023
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2310.04833 BibTex
titre
A Scaling Approach to Stochastic Chemical Reaction Networks
auteur
Lucie Laurence, Philippe Robert
article
2023
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2310.01949 BibTex
titre
Steady-state solutions for a reaction-diffusion equation with Robin boundary conditions: Application to the control of dengue vectors
auteur
Luís Almeida, Pierre-Alexandre Bliman, Nga Nguyen, Nicolas Vauchelet
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03775887/file/preprint2.pdf BibTex
titre
An integrative phenotype-structured partial differential equation model for the population dynamics of epithelial-mesenchymal transition
auteur
Jules Guilberteau, Paras Jain, Mohit Kumar Jolly, Camille Pouchol, Nastassia Pouradier Duteil
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04208893/file/main.pdf BibTex
titre
Graph Limit for Interacting Particle Systems on Weighted Random Graphs
auteur
Nathalie Ayi, Nastassia Pouradier Duteil
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04164951/file/Weighted%20Random%20Graph.pdf BibTex
titre
Phenotype divergence and cooperation in isogenic multicellularity and in cancer
auteur
Frank Alvarez, Jean Clairambault
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04145070/file/AlvarezClairambaultVo.pdf BibTex
titre
On the limit problem arising in the kinetic derivation of the Cahn-Hilliard equation
auteur
Charles Elbar, Benoît Perthame, Jakub Skrzeczkowski
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04125162/file/double_mollifiers%20.pdf BibTex
titre
On the inviscid limit connecting Brinkman’s and Darcy’s models of tissue growth with nonlinear pressure
auteur
Charles Elbar, Jakub Skrzeczkowski
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04120873/file/2306.03752.pdf BibTex
titre
Nonlocal Cahn-Hilliard equation with degenerate mobility: Incompressible limit and convergence to stationary states
auteur
Charles Elbar, Benoît Perthame, Andrea Poiatti, Jakub Skrzeczkowski
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04094130/file/CH_incompressible_limit_nonlocal.pdf BibTex
titre
Analysis and numerical simulation of a generalized compressible Cahn-Hilliard-Navier-Stokes model with friction effects
auteur
Charles Elbar, Alexandre Poulain
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04090768/file/CHNS_analysis_simulation.pdf BibTex
titre
From nonlocal Euler-Korteweg to local Cahn-Hilliard via the high-friction limit
auteur
Charles Elbar, Piotr Gwiazda, Jakub Skrzeczkowski, Agnieszká Swierczewska-Gwiazda
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04088166/file/2305.01348.pdf BibTex
titre
A control strategy for Sterile Insect Techniques using exponentially decreasing releases to avoid the hair-trigger effect
auteur
Alexis Léculier, Nga Nguyen
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://sorbonne-paris-nord.hal.science/hal-03851525/file/preprint_revised.pdf BibTex
titre
Mathematical modelling of cancer growth and drug treatments: taking into account cell population heterogeneity and plasticity
auteur
Jean Clairambault
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03938411/file/JC_ECC2023_427v2.pdf BibTex
titre
An infinite-times renewal equation
auteur
Xu’An Dou, Benoît Perthame, Chenjiayue Qi, Delphine Salort, Zhennan Zhou
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04056973/file/Infinite_times.pdf BibTex
titre
An inverse problem: recovering the fragmentation kernel from the short-time behaviour of the fragmentation equation
auteur
Marie Doumic, Miguel Escobedo, Magali Tournus
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03494439/file/DET23Fev.pdf BibTex
titre
Asymptotic preserving schemes for nonlinear kinetic equations leading to volume-exclusion chemotaxis in the diffusive limit
auteur
Gissell Estrada-Rodriguez, Diane Peurichard, Xinran Ruan
article
2023
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2211.01415 BibTex
titre
Long-time behaviour of an advection-selection equation
auteur
Jules Guilberteau, Camille Pouchol, Nastassia Pouradier Duteil
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03927313/file/Manuscript.pdf BibTex

2022

Article dans une revue

titre
Evolution of a structured cell population endowed with plasticity of traits under constraints on and between the traits
auteur
Frank Ernesto Alvarez, José Antonio Carrillo, Jean Clairambault
article
Journal of Mathematical Biology, 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03344894/file/FA-JC-JC%28v.3%29.pdf BibTex
titre
A multiple time renewal equation for neural assemblies with elapsed time model
auteur
Nicolás Torres, Benoît Perthame, Delphine Salort
article
Nonlinearity, 2022, ⟨10.1088/1361-6544/ac8714⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03324280/file/Article.pdf BibTex
titre
From Vlasov Equation to Degenerate Nonlocal Cahn-Hilliard Equation
auteur
Charles Elbar, Marco Mason, Benoît Perthame, Jakub Skrzeczkowski
article
Communications in Mathematical Physics, 2022, ⟨10.1007/s00220-023-04663-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04043516/file/s00220-023-04663-3%20%281%29.pdf BibTex
titre
Wave blocking in a bistable system by local introduction of a population: application to sterile insect techniques on mosquito populations
auteur
Luís Almeida, Jorge Estrada, Nicolas Vauchelet
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2022, ⟨10.1051/mmnp/2022026⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03377080/file/Wave_Blocking_v5.pdf BibTex
titre
Robust control strategy by the Sterile Insect Technique for reducing epidemiological risk in presence of vector migration
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Yves Dumont
article
Mathematical Biosciences, 2022, pp.108856. ⟨10.1016/j.mbs.2022.108856⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03699418/file/SIT-migration-Bliman_Dumont_preprint_2022.pdf BibTex
titre
On the Spontaneous Dynamics of Synaptic Weights in Stochastic Models with Pair-Based STDP
auteur
Gaëtan Vignoud, Philippe Robert
article
Physical Review E , 2022, 105 (5), pp.054405. ⟨10.48550/arXiv.2111.07919⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2111.07919 BibTex
titre
Perspectives in cancer treatment. Reply to comments on « Improving cancer treatments via dynamical biophysical models
auteur
Maxim Kuznetsov, Jean Clairambault, Vitali Volpert
article
Physics of Life Reviews, In press, ⟨10.1016/j.plrev.2022.05.003⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03661846/file/Physics_of_Life_Reviews.pdf BibTex
titre
Invasion fronts and adaptive dynamics in a model for the growth of cell populations with heterogeneous mobility
auteur
Tommaso Lorenzi, Benoît Perthame, Xinran Ruan
article
European Journal of Applied Mathematics, 2022, pp.1-18. ⟨10.1017/S0956792521000218⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03611324/file/BTXno.pdf BibTex
titre
A mathematical model of p62-ubiquitin aggregates in autophagy
auteur
Julia Delacour, Marie Doumic, Sascha Martens, Christian Schmeiser, Gabriele Zaffagnini
article
Journal of Mathematical Biology, 2022, 84 (3), ⟨10.1007/s00285-021-01659-2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02548223/file/DDMS_M4.pdf BibTex
titre
Optimal control strategies for the sterile mosquitoes technique
auteur
Luís Almeida, Michel Duprez, Yannick Privat, Nicolas Vauchelet
article
Journal of Differential Equations, 2022, 311, pp.229-266. ⟨10.1016/j.jde.2021.12.002⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02995414/file/TIS_optim_HalV2.pdf BibTex
titre
Effect of a membrane on diffusion-driven Turing instability
auteur
Giorgia Ciavolella
article
Acta Applicandae Mathematicae, 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03231369/file/Turing_Chapter.pdf BibTex
titre
A mathematical model to study the impact of intra-tumour heterogeneity on anti-tumour CD8 + T cell immune response
auteur
Emma Leschiera, Tommaso Lorenzi, Shensi Shen, Luis Almeida, Chloe Audebert
article
Journal of Theoretical Biology, 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03283699/file/Manuscriptv2.pdf BibTex
titre
A hybrid discrete-continuum modelling approach to explore the impact of T-cell infiltration on anti-tumour immune response
auteur
Luís Almeida, Chloe Audebert, Emma Leschiera, Tommaso Lorenzi
article
Bulletin of Mathematical Biology, In press
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03722100/file/ArXv.pdf BibTex
titre
Guided interactive image segmentation using machine learning and color-based image set clustering
auteur
Adrian Friebel, Tim Johann, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme
article
Bioinformatics, 2022, 38 (19), pp.4622-4628. ⟨10.1093/bioinformatics/btac547⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03702928/file/supervoxels_manuscript_reviewed.pdf BibTex
titre
Mean-field limit of collective dynamics with time-varying weights
auteur
Nastassia Pouradier Duteil
article
Networks and Heterogeneous Media, 2022, 17 (2), pp.129-161
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03164226/file/MeanFieldLimitVaryingWeights_Hal.pdf BibTex
titre
A Hamilton-Jacobi Approach to Evolution of Dispersal
auteur
King-Yeung Lam, Yuan Lou, Benoît Perthame
article
Communications in Partial Differential Equations, In press
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03835868/file/Evolution_Trait_Dispersal_Final.pdf BibTex
titre
An Asymptotic Preserving Scheme for Capturing Concentrations in Age-structured Models Arising in Adaptive Dynamics
auteur
Luís Almeida, Benoît Perthame, Xinran Ruan
article
Journal of Computational Physics, 2022, 464, pp.111335. ⟨10.1016/j.jcp.2022.111335⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02438316/file/AP_age-structure_RUAN.pdf BibTex
titre
Collective motion driven by nutrient consumption
auteur
Pierre-Emmanuel Jabin, Benoît Perthame
article
Asymptotic Analysis, In press
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03766245/file/NutrientConsume_dim1_29_8.pdf BibTex
titre
Consensus Formation in First-Order Graphon Models with Time-Varying Topologies
auteur
Benoît Bonnet, Nastassia Pouradier Duteil, Mario Sigalotti
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, 2022, 32 (11), pp.2121-2188
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03418399/file/ConsensusGraphon.pdf BibTex
titre
Degenerate Cahn-Hilliard and incompressible limit of a Keller-Segel model
auteur
Charles Elbar, Benoît Perthame, Alexandre Poulain
article
Communications in Mathematical Sciences, 2022, 20 (7), pp.1901-1926. ⟨10.4310/CMS.2022.v20.n7.a5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03484277/file/article_RDCH_KS_porous.pdf BibTex
titre
How environment affects active particle swarms: a case study
auteur
Pierre Degond, Angelika Manhart, Sara Merino-Aceituno, Diane Peurichard, Lorenzo Sala
article
Royal Society Open Science, 2022, 9, pp.220791
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03684115/file/Swimmers-ARXIV.pdf BibTex
titre
Periodic asymptotic dynamics of the measure solutions to an equal mitosis equation
auteur
Pierre Gabriel, Hugo Martin
article
Annales Henri Lebesgue, 2022, 5, pp.275-301. ⟨10.5802/ahl.123⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02290410/file/measure_sol_PG_220216.pdf BibTex
titre
Motility switching and front-back synchronisation in polarized cells
auteur
Gissell Estrada-Rodriguez, Benoît Perthame
article
Journal of Nonlinear Science, 2022, 32, ⟨10.1007/s00332-022-09791-z⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03348350/file/TwoParticlesSpring.pdf BibTex
titre
Optimal control strategies for bistable ODE equations: Application to mosquito population replacement
auteur
Luis Almeida, Jesús Bellver Arnau, Yannick Privat
article
Applied Mathematics and Optimization, 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03212761/file/articleABP.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
A class of nonlinear state observers for an SIS system counting primo-infections
auteur
Marcel Fang, Pierre-Alexandre Bliman, Denis Efimov, Rosane Ushirobira
article
IEEE CDC 2022 – 61st IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2022, Cancún, Mexico
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03775928/file/SISObserver-0911.pdf BibTex
titre
How the shortest telomere in the cell signals senescence
auteur
Prisca Berardi, Stefano Mattarocci, Rachel Langston, Pascale Jolivet, Gilles Charvin, Marie Doumic, Zhou Xu, Maria Teresa Teixeira
article
EMBO Workshop on Telomere function and evolution in health and disease, EMBO, Sep 2022, Troia, Portugal
Accès au bibtex
BibTex
titre
Modelling, Analysis, Observability and Identifiability of Epidemic Dynamics with Reinfections
auteur
Marcel Fang, Pierre-Alexandre Bliman
article
ECC 2022 – European Control Conference, Jul 2022, London, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03541732/file/ECC_20220328.pdf BibTex
titre
Epidemiological assessment of Wolbachia-based biocontrol for reduction of dengue morbidity
auteur
Olga Vasilieva, Oscar Escobar, Hector Martinez, Pierre-Alexandre Bliman, Yves Dumont
article
Biology and Medicine Through Mathematics Conference, May 2022, Richmond, United States
Accès au bibtex
BibTex

Chapitre d’ouvrage

titre
Minimal cost-time strategies for mosquito population replacement
auteur
Luis Almeida, Jesús Bellver Arnau, Michel Duprez, Yannick Privat
article
Roland Herzog, Matthias Heinkenschloss, Dante Kalise, Georg Stadler and Emmanuel Trélat. Optimization and Control for Partial Differential Equations, 29, De Gruyter, 2022, Radon Series on Computational and Applied Mathematics, 9783110695984
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02532677/file/ABDP_HAL.pdf BibTex
titre
The sterile insect technique used as a barrier control against reinfestation
auteur
Luís Almeida, Jorge Estrada, Nicolas Vauchelet
article
Roland Herzog, Matthias Heinkenschloss, Dante Kalise, Georg Stadler and Emmanuel Trélat. Optimization and Control for Partial Differential Equations, 29, De Gruyter, pp.91-112, 2022, Radon Series on Computational and Applied Mathematics, 9783110695984. ⟨10.1515/9783110695984-005⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02615391/file/RadonBarrier_Hal%20%281%29.pdf BibTex

Thèse

titre
Optimal mosquito release strategies for vector-borne disease control
auteur
Jesús Bellver Arnau
article
Optimization and Control [math.OC]. Sorbonne Université, 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS406⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/tel-03953920/file/BELLVER_ARNAU_these_2022.pdf BibTex
titre
Mathematical models of tumour-immune interactions: discrete and continuum approaches
auteur
Emma Leschiera
article
Mathematics [math]. Sorbonne Universites, UPMC University of Paris 6, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/tel-03869890/file/emma_leschiera_thesis_final.pdf BibTex
titre
Reaction-diffusion equations with membrane conditions describing tumor invasion
auteur
Giorgia Ciavolella
article
Analysis of PDEs [math.AP]. Sorbonne Université; Università degli studi di Roma « Tor Vergata » (1972-..), 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS344⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03935724/file/CIAVOLELLA_Giorgia_these_2022.pdf BibTex
titre
Incompressible limit and well-posedness of PDE models of tissue growth
auteur
Noemi David
article
Analysis of PDEs [math.AP]. Sorbonne Universites, UPMC University of Paris 6, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/tel-03916210/file/These_DAVID_Noemi.pdf BibTex
titre
Synaptic plasticity in stochastic neuronal networks
auteur
Gaëtan Vignoud
article
Probability [math.PR]. Sorbonne Université, 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS068⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03640150/file/VIGNOUD_Gaetan_these_2022.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Optimal control of bistable travelling waves: looking for the spatial distribution of a killing action to block a pest invasion
auteur
Luis Almeida, Alexis Léculier, Grégoire Nadin, Yannick Privat
article
2022
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https://hal.science/hal-03811940/file/insecticide_ALNP.pdf BibTex
titre
Diffusion-weighted MRI -guided needle biopsies permit quantitative tumor heterogeneity assessment and cell load estimation
auteur
Yi Yin, Kai Breuhahn, Hans-Ulrich Kauczor, Oliver Sedlaczek, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03702898/file/2103.00714.pdf BibTex
titre
Growth-fragmentation model for a population presenting heterogeneity in growth rate: Malthus parameter and long-time behavior
auteur
Anaïs Rat, Magali Tournus
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03598346/file/paper.pdf BibTex
titre
Bounds and long term convergence for the voltage-conductance kinetic system arising in neuroscience
auteur
Xu’An Dou, Benoît Perthame, Delphine Salort, Zhennan Zhou
article
2022
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03586715/file/VConductance.pdf BibTex
titre
Modelling the orchestration of different types of cells and factors during liver regeneration in a virtual liver twin
auteur
Jieling Zhao, Hassan Reham, Ahmed Ghallab, Jan G. Hengstler, Dirk Drasdo
article
2022
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BibTex

2021

Article dans une revue

titre
BiPSim: a flexible and generic stochastic simulator for polymerization processes
auteur
Stephan Fischer, Marc Dinh, Vincent Henry, Philippe Robert, Anne Goelzer, Vincent Fromion
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-92833-5⟩
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https://inria.hal.science/hal-03288602/file/s41598-021-92833-5.pdf BibTex
titre
On the Mechanisms of Biliary Flux
auteur
Nachiket Vartak, Dirk Drasdo, Fabian Geisler, Tohru Itoh, Ronald P.J.Oude Elferink, Stan F.J. Graaf, John Chiang, Verena Keitel, Michael Trauner, Peter Jansen, Jan Hengstler
article
Hepatology, 2021, 74 (6), pp.3497-3512. ⟨10.1002/hep.32027⟩
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BibTex
titre
Monostability and bistability of biological switches
auteur
Jules Guilberteau, Camille Pouchol, Nastassia Pouradier Duteil
article
Journal of Mathematical Biology, 2021
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03190534/file/Monostability_and_bistability_of_biological_switches.pdf BibTex
titre
Convergence, error analysis and longtime behavior of the Scalar Auxiliary Variable method for the nonlinear Schrödinger equation
auteur
Alexandre Poulain, Katharina Schratz
article
IMA Journal of Numerical Analysis, 2021, ⟨10.1093/imanum/drab082⟩
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https://hal.science/hal-03088926/file/SAV-Schrodinger-.pdf BibTex
titre
Stochastic Models of Neural Plasticity: A Scaling Approach
auteur
Philippe Robert, Gaëtan Vignoud
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2021, 81 (6), pp.2362–2386. ⟨10.1137/20M1382891⟩
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https://arxiv.org/pdf/2106.04845 BibTex
titre
Mean-field and graph limits for collective dynamics models with time-varying weights
auteur
Nathalie Ayi, Nastassia Pouradier Duteil
article
Journal of Differential Equations, 2021, ⟨10.1016/j.jde.2021.07.010⟩
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https://inria.hal.science/hal-03065067/file/MeanField-GraphLimit_official.pdf BibTex
titre
Improving cancer treatments via dynamical biophysical models
auteur
Maxim Kuznetsov, Jean Clairambault, Vitaly Volpert
article
Physics of Life Reviews, 2021, pp.1-84. ⟨10.1016/j.plrev.2021.10.001⟩
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https://hal.science/hal-03390854/file/Final%20Ms_Sep%202021.pdf BibTex
titre
Modeling and Control of Epidemics through Testing Policies
auteur
Muhammad Umar B. Niazi, Alain Kibangou, Carlos Canudas de Wit, Denis Nikitin, Liudmila Tumash, Pierre-Alexandre Bliman
article
Annual Reviews in Control, 2021, 52, pp.554-572. ⟨10.1016/j.arcontrol.2021.09.004⟩
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https://hal.science/hal-02986566/file/%5BFinal%5D-SIDUR_18Sep21.pdf BibTex
titre
Telomere shortening causes distinct cell division regimes during replicative senescence in Saccharomyces cerevisiae
auteur
Hugo Martin, Marie Doumic, Maria Teresa Teixeira, Zhou Xu
article
Cell & Bioscience, 2021, 11 (1), ⟨10.1186/s13578-021-00693-3⟩
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https://hal.science/hal-03374435/file/Martin2021.pdf BibTex
titre
Stochastic Models of Neural Plasticity
auteur
Philippe Robert, Gaëtan Vignoud
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2021, 81 (5), pp.1821-1846. ⟨10.48550/arXiv.2010.08195⟩
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https://arxiv.org/pdf/2010.08195 BibTex
titre
Insights into the dynamic trajectories of protein filament division revealed by numerical investigation into the mathematical model of pure fragmentation
auteur
Magali Tournus, Miguel Escobedo, Wei-Feng Xue, Marie Doumic
article
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1008964. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008964⟩
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https://hal.science/hal-03131754/file/DETX21.pdf BibTex
titre
Gut microbiota depletion exacerbates cholestatic liver injury via loss of FXR signalling
auteur
Kai Markus Schneider, Lena Susanna Candels, Johannes Hov, Maiju Myllys, Reham Hassan, Carolin Victoria Schneider, Annika Wahlström, Antje Mohs, Sebastian Zühlke, Lijun Liao, Carsten Elfers, Konrad Kilic, Marcus Henricsson, Antonio Molinaro, Maximilian Hatting, Ayham Zaza, Dirk Drasdo, Mick Frissen, A. Sloan Devlin, Eric Gálvez, Till Strowig, Tom Karlsen, Jan Hengstler, Hanns-Ulrich Marschall, Ahmed Ghallab, Christian Trautwein
article
Nature Metabolism, 2021, 3 (9), pp.1228-1241. ⟨10.1038/s42255-021-00452-1⟩
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BibTex
titre
Control of collective dynamics with time-varying weights
auteur
Nastassia Pouradier Duteil, Benedetto Piccoli
article
Springer INdAM Series, 2021
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https://hal.science/hal-02995844/file/ControlMass_Indam.pdf BibTex
titre
Fokker–Plank System for Movement of Micro-organism Population in Confined Environment
auteur
Jingyi Fu, Benoit Perthame, Min Tang
article
Journal of Statistical Physics, 2021, 184 (1), ⟨10.1007/s10955-021-02760-y⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03278860/file/FPT_Mico_Confined.pdf BibTex
titre
Packing simulation of thin flexible particles using a novel discrete element model
auteur
Leman Mathias, Saeys Wouter, Leblicq Tom, Pešek Jiří, Smeets Bart
article
Computational Particle Mechanics, 2021, ⟨10.1007/s40571-021-00419-9⟩
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BibTex
titre
An elapsed time model for strongly coupled inhibitory and excitatory neural networks
auteur
Maria J. Caceres, Benoît Perthame, Delphine Salort, Nicolas Torres
article
Physica D: Nonlinear Phenomena, 2021, ⟨10.1016/j.physd.2021.132977⟩
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https://hal.science/hal-03172021/file/Article_Convergence.pdf BibTex
titre
Averaging Principles for Markovian Models of Plasticity
auteur
Philippe Robert, Gaëtan Vignoud
article
Journal of Statistical Physics, 2021, 183 (3), pp.47–90. ⟨10.1007/s10955-021-02785-3⟩
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https://arxiv.org/pdf/2010.08790 BibTex
titre
Consensus and Flocking under Communication Failures for a Class of Cucker-Smale Systems
auteur
Benoît Bonnet, Emilien Flayac
article
Systems and Control Letters, 2021, 152, pp.104930. ⟨10.1016/j.sysconle.2021.104930⟩
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https://hal.science/hal-02087941/file/CSComFail.pdf BibTex
titre
Intravital dynamic and correlative imaging reveals diffusion‐dominated canalicular and flow‐augmented ductular bile flux
auteur
Nachiket Vartak, Georgia Guenther, Florian Joly, Amruta Damle-Vartak, Gudrun Wibbelt, Jörns Fickel, Simone Jörs, Brigitte Begher-Tibbe, Adrian Friebel, Kasimir Wansing, Ahmed Ghallab, Marie Rosselin, Noemie Boissier, Irene Vignon-Clementel, Christian Hedberg, Fabian Geisler, Heribert Hofer, Peter Jansen, Stefan Hoehme, Dirk Drasdo, Jan Hengstler
article
Hepatology, 2021, 73 (4), pp.1531-1550. ⟨10.1002/hep.31422⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03135253/file/hep.31422.pdf BibTex
titre
How Best Can Finite-Time Social Distancing Reduce Epidemic Final Size?
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Michel Duprez
article
Journal of Theoretical Biology, 2021, 511, pp.110557. ⟨10.1016/j.jtbi.2020.110557⟩
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https://inria.hal.science/hal-02953047/file/BD-JTB-SUB2.pdf BibTex
titre
Kinetic approach to the collective dynamics of the rock-paper-scissors binary game
auteur
Nastassia Pouradier Duteil, Francesco Salvarani
article
Applied Mathematics and Computation, 2021, 388, ⟨10.1016/j.amc.2020.125496⟩
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https://hal.science/hal-02491580/file/KineticGames_20200205Hal.pdf BibTex
titre
Treatment-induced shrinking of tumour aggregates: A nonlinear volume-filling chemotactic approach
auteur
Luis Almeida, Gissell Estrada-Rodriguez, Lisa Oliver, Diane Peurichard, Alexandre Poulain, François M. Vallette
article
Journal of Mathematical Biology, 2021, 83 (3), pp.29. ⟨10.1007/s00285-021-01642-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02906240/file/Shrinking_tumour_aggregates.pdf BibTex
titre
Final size and convergence rate for an epidemic in heterogeneous population
auteur
Luís Almeida, Pierre-Alexandre Bliman, Grégoire Nadin, Benoît Perthame, Nicolas Vauchelet
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, 2021, 31 (05), pp.1021-1051
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02981952/file/m3as_Heterogeneous_revised_Hal.pdf BibTex
titre
Incompressible limit for a two-species model with coupling through Brinkman’s law in any dimension
auteur
Tomasz Dębiec, Benoît Perthame, Markus Schmidtchen, Nicolas Vauchelet
article
Journal de Mathématiques Pures et Appliquées, 2021, 145, pp.204-239. ⟨10.1016/j.matpur.2020.11.002⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02461406/file/DPSV_twospeciesBrinkman.pdf BibTex
titre
Optimal Immunity Control and Final Size Minimization by Social Distancing for the SIR Epidemic Model
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Michel Duprez, Yannick Privat, Nicolas Vauchelet
article
Journal of Optimization Theory and Applications, 2021, 189 (2), pp.408–436. ⟨10.1007/s10957-021-01830-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02862922/file/BDPV_Opt_Loc_HAL.pdf BibTex
titre
Dynamics of concentration in a population structured by age and a phenotypic trait with mutations. Convergence of the corrector
auteur
Samuel Nordmann, Benoît Perthame
article
Journal of Differential Equations, 2021, ⟨10.1016/j.jde.2021.04.029⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02437168/file/Concentration.pdf BibTex
titre
Free boundary limit of tumor growth model with nutrient
auteur
Noemi David, Benoît Perthame
article
Journal de Mathématiques Pures et Appliquées, 2021, 155, pp.62-82. ⟨10.1016/j.matpur.2021.01.007⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02515263/file/David_Perthame_Free_boundary_limit.pdf BibTex
titre
Social contacts and the spread of infectious diseases
auteur
Giacomo Dimarco, Benoît Perthame, Giuseppe Toscani, Mattia Zanella
article
Journal of Mathematical Biology, 2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02934939/file/Gamma-SIR_V3.pdf BibTex
titre
Simulation of a detoxifying organ function: Focus on hemodynamics modeling and convection‐reaction numerical simulation in microcirculatory networks
auteur
Noemie Boissier, Dirk Drasdo, Irene Vignon-Clementel
article
International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2021, 37 (2), ⟨10.1002/cnm.3422⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03135175/file/ijnmbeFinalHAL.pdf BibTex
titre
A non-expanding transport distance for some structured equations
auteur
Nicolas Fournier, Benoît Perthame
article
SIAM Journal on Mathematical Analysis, 2021, 53 (6), pp.6847-6872. ⟨10.1137/21M1397313⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03133608/file/6MMKS.pdf BibTex
titre
A new model for the emergence of blood capillary networks
auteur
Pedro Aceves-Sanchez, Benjamin Aymard, Diane Peurichard, Pol Kennel, Anne Lorsignol, Franck Plouraboue, Louis Casteilla, Pierre Degond
article
Networks and Heterogeneous Media, 2021, 16 (1), pp.91 – 138. ⟨10.3934/nhm.2021001⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03409948/file/Capillaries_rev_clean.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
The effect of the shortest telomere on cell proliferation
auteur
Stefano Mattarocci, Prisca Berardi, Rachel Langston, Stéphane Marcand, Marie Doumic, Zhou Xu, Maria Teresa Teixeira
article
Telomeres & Telomerase, Cold Spring Habor Laboratory, Dec 2021, Cold Spring Harbor, United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
Optimal Control of Urban Human Mobility for Epidemic Mitigation
auteur
Muhammad Umar B. Niazi, Carlos Canudas de Wit, Alain Kibangou, Pierre-Alexandre Bliman
article
CDC 2021 – 60th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2021, Austin, United States. ⟨10.1109/CDC45484.2021.9683343⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03185149/file/%5B02%5D-Mobility_08Mar21.pdf BibTex
titre
Effective Testing Policies for Controlling an Epidemic Outbreak
auteur
Muhammad Umar B. Niazi, Alain Kibangou, Carlos Canudas de Wit, Denis Nikitin, Liudmila Tumash, Pierre-Alexandre Bliman
article
CDC 2021 – 60th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2021, Austin, United States. ⟨10.1109/CDC45484.2021.9683300⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03185142/file/%5B01%5D-TestingPolicies_10Feb21.pdf BibTex
titre
The shortest telomere in the cell signals senescence through a probabilistic rather than deterministic mechanism
auteur
Stefano Mattarocci, Prisca Berardi, Rachel Langston, Pascale Jolivet, Alexandre Maes, Stéphane Marcand, Marie Doumic, Zhou Xu, Maria Teresa Teixeira
article
14th International Conference Levures, modèles et outils, Oct 2021, Strasboug, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Modelling and control of Mendelian and maternal inheritance for biological control of dengue vectors
auteur
Pastor E. Pérez Estigarribia, Pierre-Alexandre Bliman, Christian E. Schaerer
article
ECC 2021 – European Control Conference, Jun 2021, Rotterdam / Virtual, Netherlands
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03004882/file/ECC2021-final.pdf BibTex

Poster de conférence

titre
How the shortest telomere in the cell signals senescence
auteur
Stefano Mattarocci, Prisca Berardi, Rachel Langston, Stéphane Marcand, Marie Doumic, Zhou Xu, Maria Teresa Teixeira
article
Telomeres & Telomerase, Dec 2021, Cold Spring Harbor (New York), United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
Behavioral effect of selective deletion of beta2* nicotinic acetylcholine receptors in neuropeptide Y expressing interneurons
auteur
Alice Abbondanza, Alexandra Tyshkevich, Jigar Dhabalia Trisha, Jan Elias, Radislav Sedláček, Stéphanie Daumas, Véronique Bernard, Helena Janickova
article
NeuroFrance 2021, May 2021, Online, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03972951/file/NeuroFrance2021_abstract_NPY_AA_vb.pdf BibTex

Thèse

titre
Asymptotic behavior of solutions of the elapsed time model for neural assemblies
auteur
Nicolas Torres
article
Analysis of PDEs [math.AP]. Sorbonne Université, 2021. English. ⟨NNT : 2021SORUS445⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/tel-03510733/file/TORRES_Nicolas_2021.pdf BibTex
titre
Models of living tissues, numerical simulations and immunotherapy of cancers
auteur
Alexandre Poulain
article
Numerical Analysis [math.NA]. Sorbonne Université, 2021. English. ⟨NNT : 2021SORUS200⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03457045/file/POULAIN_Alexandre_2021.PDF BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Long-time behaviour of a model for p62-ubiquitin aggregation in cellular autophagy
auteur
Julia Delacour, Christian Schmeiser, Peter Szmolyan
article
2021
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2012.05201 BibTex
titre
A predictive computational model shows that biomechanical cell cycle progression control can explain liver regeneration after partial hepatectomy
auteur
Stefan Hoehme, Jan Boettger, Seddik Hammad, Brigitte Begher-Tibbe, Petru Bucur, Eric Vibert, Rolf Gebhardt, Jan G Hengstler, Dirk Drasdo
article
2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03136097/file/HoehmeEtAl-PHx-2020.pdf BibTex
titre
Influence of cell mechanics in embryonic bile duct lumen formation: insight from quantitative modeling
auteur
Paul van Liedekerke, Lila Gannoun, Axelle Loriot, Frédéric P Lemaigre, Dirk Drasdo
article
2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03135722/file/Bile_duct_Latex.pdf BibTex

2020

Article dans une revue

titre
A class of fast-slow models for adaptive resistance evolution
auteur
Pastor E. Pérez-Estigarribia, Pierre-Alexandre Bliman, Christian E Schaerer
article
Theoretical Population Biology, 2020, 135, pp.32-48. ⟨10.1016/j.tpb.2020.07.003⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02418511/file/PEPE-PAB-CES.pdf BibTex
titre
Stepping From Modeling Cancer Plasticity to the Philosophy of Cancer
auteur
Jean Clairambault
article
Frontiers in Genetics, 2020, Non-Genetic Heterogeneity in Development and Disease, 11 (579738), pp.11. ⟨10.3389/fgene.2020.579738⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Estimating the division rate from indirect measurements of single cells
auteur
Marie Doumic, Adélaïde Olivier, Lydia Robert
article
Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, 2020, 25 (10), pp.3931–3961. ⟨10.3934/dcdsb.2020078⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02175633/file/Adder_model.pdf BibTex
titre
Existence of a global weak solution for a reaction-diffusion problem with membrane conditions
auteur
Giorgia Ciavolella, Benoît Perthame
article
Journal of Evolution Equations, 2020, 21, pp.1513-1540. ⟨10.1007/s00028-020-00633-7⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02905180/file/Manuscript-new.pdf BibTex
titre
A purely mechanical model with asymmetric features for early morphogenesis of rod-shaped bacteria micro-colony
auteur
Marie Doumic, Sophie Hecht, Diane Peurichard
article
Mathematical Biosciences and Engineering, 2020, 17 (6), http://aimspress.com/article/doi/10.3934/mbe.2020356. ⟨10.3934/mbe.2020356⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02865566/file/main3.pdf BibTex
titre
Dynamics of neural networks with elapsed time model and learning processes
auteur
Delphine Salort, Nicolas Torres
article
Acta Applicandae Mathematicae, 2020, ⟨10.1007/s10440-020-00367-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02521979/file/Thesis.pdf BibTex
titre
Large-Scale Dynamics of Self-propelled Particles Moving Through Obstacles: Model Derivation and Pattern Formation
auteur
Pedro Aceves-Sanchez, Pierre Degond, Eric E Keaveny, Angelika Manhart, Sara Merino-Aceituno, Diane Peurichard
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2020, 82 (10), pp.129. ⟨10.1007/s11538-020-00805-z⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03138284/file/Aceves-Sanchez_..._Peurichard_BMB20.pdf BibTex
titre
A feedback control perspective on biological control of dengue vectors by Wolbachia infection
auteur
Pierre-Alexandre Bliman
article
European Journal of Control, 2020, ⟨10.1016/j.ejcon.2020.09.006⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03080967/file/ejc-v3.pdf BibTex
titre
The Division of Amyloid Fibrils: Systematic Comparison of Fibril Fragmentation Stability by Linking Theory with Experiments
auteur
David Béal, Magali Tournus, Ricardo Marchante, Tracey Purton, David Smith, Mick F Tuite, Marie Doumic, Wei-Feng Xue
article
iScience, 2020, 23 (9), ⟨10.1016/j.isci.2020.101512⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01966243/file/506386.full.pdf BibTex
titre
SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models
auteur
Sarah Keating, Frank Bergmann, Tomáš Helikar, Rahuman Malik‐sheriff, Ion Moraru, Martin Meier‐schellersheim, Richard Adams, Nicholas Allen, Bastian Angermann, Marco Antoniotti, Gary D. Bader, Jan Červený, Mélanie Courtot, Chris Cox, Piero Dalle Pezze, Emek Demir, William Denney, Harish Dharuri, Julien Dorier, Dirk Drasdo, Ali Ebrahim, Johannes Eichner, Johan Elf, Lukas Endler, Chris Evelo, Christoph Flamm, Ronan Mt Fleming, Martina Fröhlich, Mihai Glont, Emanuel Gonçalves, Martin Golebiewski, Hovakim Grabski, Alex Gutteridge, Damon Hachmeister, Leonard Harris, Benjamin Heavner, Ron Henkel, William Hlavacek, Bin Hu, Daniel Hyduke, Hidde De Jong, Nick Juty, Peter Karp, Jonathan Karr, Douglas Kell, Roland Keller, Ilya Kiselev, Steffen Klamt, Edda Klipp, Christian Knüpfer, Fedor Kolpakov, Falko Krause, Martina Kutmon, Camille Laibe, Conor Lawless, Lu Li, Leslie Loew, Rainer Machne, Yukiko Matsuoka, Pedro S. F. Mendes, Huaiyu Mi, Florian Mittag, Pedro Monteiro, Kedar Nath Natarajan, Poul Mf Nielsen, Tramy Nguyen, Alida Palmisano, Jean‐baptiste Pettit, Thomas Pfau, Robert Phair, Tomas Radivoyevitch, Johann Rohwer, Oliver Ruebenacker, Julio Saez‐rodriguez, Martin Scharm, Henning Schmidt, Falk Schreiber, Michael Schubert, Roman Schulte, Stuart Sealfon, Kieran Smallbone, Sylvain Soliman, Melanie I. Stefan, Devin Sullivan, Koichi Takahashi, Bas Teusink, David Tolnay, Ibrahim Vazirabad, Axel Kamp, Ulrike Wittig, Clemens Wrzodek, Dagmar Waltemath, Finja Wrzodek, Ioannis Xenarios, Anna Zhukova, Jeremy Zucker, Matthias König, Fengkai Zhang, Andreas Dräger, Claudine Chaouiya, Frank T Bergmann, Andrew Finney, Colin S. Gillespie, Stefan Hoops, Rahuman S Malik-Sheriff, Stuart L Moodie, Chris Myers, Aurélien Naldi, Brett G Olivier, Sven Sahle, James C Schaff, Lucian P Smith, Maciej J Swat, Denis Thieffry, Leandro Watanabe, Darren Wilkinson, Michael L Blinov, Kimberly Begley, James R Faeder, Harold F Gómez, Thomas M Hamm, Yuichiro Inagaki, Wolfram Liebermeister, Allyson L Lister, Daniel Lucio, Eric Mjolsness, Carole Proctor, Karthik Raman, Nicolas Rodriguez, Clifford A Shaffer, Bruce Shapiro, Joerg Stelling, Neil Swainston, Naoki Tanimura, John Wagner, Martin Meier-Schellersheim, Herbert M Sauro, Bernhard O Palsson, Hamid Bolouri, Hiroaki Kitano, Akira Funahashi, Henning Hermjakob, John C Doyle, Michael Hucka
article
Molecular Systems Biology, 2020, 16 (8), pp.1-21. ⟨10.15252/msb.20199110⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02924909/file/Keating_2020_SBML%20Level%203.pdf BibTex
titre
Cell plasticity in cancer cell populations
auteur
Shensi Shen, Jean Clairambault
article
F1000Research, 2020, 9:635, pp.16. ⟨10.12688/f1000research.24803.1⟩
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BibTex
titre
Relaxation of the Cahn-Hilliard equation with singular single-well potential and degenerate mobility
auteur
Benoît Perthame, Alexandre Poulain
article
European Journal of Applied Mathematics, 2020, ⟨10.1017/S0956792520000054⟩
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https://hal.science/hal-02274417/file/RDCH_V3.pdf BibTex
titre
Models of protein production along the cell cycle: An investigation of possible sources of noise
auteur
Renaud Dessalles, Vincent Fromion, Philippe Robert
article
PLoS ONE, 2020, 15 (1), pp.25. ⟨10.1371/journal.pone.0226016⟩
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https://arxiv.org/pdf/1711.06378 BibTex
titre
The role of actin protrusion dynamics in cell migration through a degradable viscoelastic extracellular matrix: Insights from a computational model
auteur
Tommy Heck, Diego A Vargas, Smeets Bart, Herman Ramon, Paul van Liedekerke, Hans van Oosterwijck
article
PLoS Computational Biology, 2020, 16, pp.e1007250. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007250⟩
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https://inria.hal.science/hal-03700064/file/file.pdf BibTex
titre
Identification of a transient state during the acquisition of temozolomide resistance in glioblastoma
auteur
Marion Rabé, Solenne Dumont, Arturo Álvarez-Arenas, Hicham Janati, Juan Belmonte-Beitia, Gabriel F Calvo, Christelle Thibault-Carpentier, Quentin Séry, Cynthia Chauvin, Noémie Joalland, Floriane Briand, Stéphanie Blandin, Emmanuel Scotet, Claire Pecqueur, Jean Clairambault, Lisa Oliver, Victor Pérez-García, Arulraj M Nadaradjane, Pierre-Francois Cartron, Catherine Gratas, François Vallette
article
Cell Death and Disease, 2020, 11 (1), ⟨10.1038/s41419-019-2200-2⟩
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https://hal.science/hal-02429194/file/s41419-019-2200-2.pdf BibTex
titre
Hele-Shaw limit for a system of two reaction-(cross-)diffusion equations for living tissues
auteur
Federica Bubba, Benoît Perthame, Camille Pouchol, Markus Schmidtchen
article
Archive for Rational Mechanics and Analysis, 2020, 236, pp.735–766. ⟨10.1007/s00205-019-01479-1⟩
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https://hal.science/hal-01970313/file/HeleShaw_ARMA.pdf BibTex
titre
The Equilibrium States of Large Networks of Erlang Queues
auteur
Davit Martirosyan, Philippe Robert
article
Advances in Applied Probability, In press, 52 (2), ⟨10.1017/apr.2020⟩
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https://arxiv.org/pdf/1811.04763 BibTex
titre
Multiple asymptotics of kinetic equations with internal states
auteur
Benoît Perthame, Weiran Sun, Min Tang, Shugo Yasuda
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, 2020, 30 (06), ⟨10.1142/S0218202520400060⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02194421/file/Limits-Internal.pdf BibTex
titre
Phase transitions in a two-species model for cell segregation and logistic growth
auteur
Luis Almeida, Kevin Atsou, Marta Marulli, Diane Peurichard, Rémi Tesson
article
ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, CEMRACS 2018 – Numerical and mathematical modeling for biological and medical applications: deterministic, probabilistic and statistical descriptions, 67, pp.1-15. ⟨10.1051/proc/202067001⟩
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https://hal.science/hal-03314915/file/proc206701.pdf BibTex
titre
Optimal Control Approach for Implementation of Sterile Insect Techniques
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Daiver Cardona-Salgado, Yves Dumont, Olga Vasilieva
article
Itogi nauki i tehniki. Seriâ, Sovremennye problemy matematiki, fundamentalʹnye napravleniâ, 2020, 183, pp.35-51
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https://inria.hal.science/hal-02418508/file/SIT_OC_BCDV_2019_v3.pdf BibTex
titre
Transport costs for PDEs: the coupling method
auteur
Nicolas Fournier, Benoît Perthame
article
EMS Surveys in Mathematical Sciences, 2020, 7 (1), pp.1-31. ⟨10.4171/EMSS/35⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02080155/file/a73.pdf BibTex
titre
Modelling adhesion-independent cell migration
auteur
Gaspard Jankowiak, Diane Peurichard, Anne Reversat, Christian Schmeiser, Michael Sixt
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, In press, ⟨10.1142/S021820252050013X⟩
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https://hal.science/hal-02076901/file/JPRSS.2019%20%281%29.pdf BibTex
titre
Multiplicative ergodic theorem for a non-irreducible random dynamical system
auteur
Davit Martirosyan, Vahagn Nersesyan
article
Journal of Differential Equations, 2020, 268 (7), pp.3564-3598. ⟨10.1016/j.jde.2019.10.002⟩
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https://hal.science/hal-03993050/file/1801.09440.pdf BibTex
titre
Modelling pattern formation through differential repulsion
auteur
Julien Barre, Pierre Degond, Diane Peurichard, Ewelina Zatorska
article
Networks and Heterogeneous Media, 2020, 15 (3), pp.307-352. ⟨10.3934/nhm.2020021⟩
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https://hal.science/hal-02499520/file/1906.00704.pdf BibTex
titre
Reaction-diffusion systems with initial data of low regularity
auteur
El-Haj Laamri, Benoît Perthame
article
Journal of Differential Equations, 2020, 269 (11), ⟨10.1016/j.jde.2020.06.042⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02271103/file/BEH_version_26-aout.pdf BibTex

Chapitre d’ouvrage

titre
Plasticity in Cancer Cell Populations: Biology, Mathematics and Philosophy of Cancer
auteur
Jean Clairambault
article
George Bebis; Max Alekseyev; Heyrim Cho; Jana Gevertz; Maria Rodriguez Martinez. « Mathematical and Computational Oncology », Proceedings of the Second International Symposium, ISMCO 2020, San Diego, CA, USA, October 8-10, 2020, G. Bebis, M. Alekseyev, H. Cho, J. Gevertz, M. Rodriguez Martinez (Eds.), Springer LNBI 12508, pp. 3-9, October 2020., 12508, Springer, pp.3-9, 2020, LNBI – Lecture Notes in Bioinformatics, ⟨10.1007/978-3-030-64511-3_1⟩
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https://hal.science/hal-03066491/file/JC4ISMCO.pdf BibTex
titre
Méthodes in silico et modélisation des mécanismes de toxicité (AOP)
auteur
Enrico Mombelli, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
article
Francelyne Marano; Philippe Hubert; Laure Geoffroy; Hervé Juin. Quelles alternatives en expérimentation animale ?, Éditions Quae, pp.186, 2020, Savoir Faire, 978-2-7592-3187-4
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BibTex

Mémoire d’étudiant

titre
Analysis and stability of ODE systems for cell differentiation
auteur
Jules Guilberteau
article
Dynamical Systems [math.DS]. 2020
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https://inria.hal.science/hal-02989704/file/Internship_report_final.pdf BibTex

Rapport

titre
Rapport de conjoncture 2019 : CID 51 Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant
auteur
Franck Picard, Myriam Ferro, Alice Cleynen, Marie Doumic, Xavier Duchemin, Guillaume Fertin, Jonathan Filee, Philippe Juin, Romain Koszul, Rafael Laboissiere, Dominique Lavenier, Thérèse Malliavin, Antonio Monari, Isabelle Nondier, Françoise Peyrin, Pierre Pouget, David Vallenet, Rufin Vanrullen, Stéphane Vezian, Aleksandra Walczak
article
Comité national de la recherche scientifique. 2020
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https://hal.science/hal-04360199/file/51_CID_Modelisation-et-analyse-des-donnees-et-des-systemes-biologiques-approches-informatiques-mathematiques-et-physiques.pdf BibTex

Thèse

titre
Mathematical Modelling of p62-Ubiquitin aggregates involved in cellular autophagy
auteur
Julia Delacour
article
Mathematics [math]. Sorbonne Université; Universität Wien, 2020. English. ⟨NNT : 2020SORUS295⟩
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https://theses.hal.science/tel-03141004/file/DELACOUR_Julia_2020.pdf BibTex
titre
Mathematical model and control of arbovirus vectors by Wolbachia infection
auteur
Pastor Enmanuel Pastor Pérez-Estigarribia
article
Dynamical Systems [math.DS]. Facultad Politécnica, Universidad Nacional de Asunción, Paraguay, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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https://inria.hal.science/tel-03686967/file/PE%20Perez%20Estigarribia%20phd%20tesis.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
The Aronson-Bénilan Estimate in Lebesgue Spaces
auteur
Giulia Bevilacqua, Benoît Perthame, Markus Schmidtchen
article
2020
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https://inria.hal.science/hal-02909140/file/final.pdf BibTex
titre
Scalar auxiliary variable finite element scheme for the parabolic-parabolic Keller-Segel model
auteur
Alexandre Poulain
article
2020
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https://hal.science/hal-02906142/file/SAV-Keller-Segel.pdf BibTex
titre
Multiplicative ergodic theorem for a non-irreducible random dynamical system
auteur
Davit Martirosyan, Vahagn Nersesyan
article
2020
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https://hal.science/hal-01695046/file/paper-revised.pdf BibTex

2019

Article dans une revue

titre
Early stage prion assembly involves two subpopulations with different quaternary structures and a secondary templating pathway
auteur
Angélique Igel-Egalon, Florent Laferrière, Mohammed Moudjou, Jan Bohl, Mathieu Mezache, Tina Knäpple, Laetitia Herzog, Fabienne Reine, Christelle Jas-Duval, Marie Doumic, Human Rezaei, Vincent Béringue
article
Communications Biology, 2019, 2 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s42003-019-0608-y⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02317910/file/Communications%20Biology_Igel-Egalon_2019_1.pdf BibTex
titre
Influence of Liver Fibrosis on Lobular Zonation
auteur
Ahmed Ghallab, Maiju Myllys, Christian H. Holland, Ayham Zaza, Walaa Murad, Reham Hassan, Yasser A. Ahmed, Tahany Abbas, Eman Abdelrahim, Kai Markus Schneider, Madlen Matz-Soja, Jörg Reinders, Rolf Gebhardt, Marie-Luise Berres, Maximilian Hatting, Dirk Drasdo, Julio Saez-Rodriguez, Christian Trautwein, Jan G. Hengstler
article
Cells, 2019, 8 (12), pp.1556. ⟨10.3390/cells8121556⟩
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BibTex
titre
A quantitative high-resolution computational mechanics cell model for growing and regenerating tissues
auteur
Paul Van Liedekerke, Johannes Neitsch, Tim Johann, Enrico Warmt, Ismael Gonzàlez-Valverde, Stefan Hoehme, Steffen Grosser, Josef Kaes, Dirk Drasdo
article
Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, 2019, ⟨10.1007/s10237-019-01204-7⟩
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https://inria.hal.science/hal-01956023/file/Liedekerke2019_Article_AQuantitativeHigh-resolutionCo%281%29.pdf BibTex
titre
A bi-monomeric, nonlinear Becker-Döring-type system to capture oscillatory aggregation kinetics in prion dynamics
auteur
Marie Doumic, Klemens Fellner, Mathieu Mezache, Human Rezaei
article
Journal of Theoretical Biology, 2019, 480, pp.241–261. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.08.007⟩
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https://hal.science/hal-01863748/file/PeriodicBeckerDoring_MD23.pdf BibTex
titre
Mathematical Models of Gene Expression
auteur
Philippe Robert
article
Probability Surveys, 2019, 16, pp.56
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https://arxiv.org/pdf/1905.02578 BibTex
titre
On the Asymptotic Distribution of Nucleation Times of Polymerization Processes
auteur
Philippe Robert, Wen Sun
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2019, 79 (5), pp.27. ⟨10.1137/19M1237508⟩
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https://arxiv.org/pdf/1712.08347 BibTex
titre
A cohort longitudinal study identifies morphology and hemodynamics predictors of abdominal aortic aneurysm growth
auteur
Florian Joly, Gilles Soulez, Simon Lessard, Claude Kauffmann, Irene Vignon-Clementel
article
Annals of Biomedical Engineering, In press, ⟨10.1007/s10439-019-02375-1⟩
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https://hal.science/hal-02302464/file/AAA_42_abme_final.pdf BibTex
titre
A Stochastic Analysis of a Network with Two Levels of Service
auteur
Vianney Boeuf, Philippe Robert
article
Queueing Systems, In press, 92 (3-4), pp.30. ⟨10.1007/s11134-019-09617-y⟩
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https://arxiv.org/pdf/1708.09590 BibTex
titre
Implementation of Control Strategies for Sterile Insect Techniques
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Daiver Cardona-Salgado, Yves Dumont, Olga Vasilieva
article
Mathematical Biosciences, 2019, 314, pp.43-60. ⟨10.1016/j.mbs.2019.06.002⟩
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https://inria.hal.science/hal-01943683/file/Cali-Model-v2EVISE.pdf BibTex
titre
Evolution of cancer cell populations under cytotoxic therapy and treatment optimisation: insight from a phenotype-structured model
auteur
Luís Almeida, Patrizia Bagnerini, Giulia Fabrini, Barry D Hughes, Tommaso Lorenzi
article
ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis, 2019, 53 (4), pp.1157-1190. ⟨10.1051/m2an/2019010⟩
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https://hal.science/hal-02433962/file/almeidaM2AN2019.pdf BibTex
titre
Cyclic asymptotic behaviour of a population reproducing by fission into two equal parts
auteur
Etienne Bernard, Marie Doumic, Pierre Gabriel
article
Kinetic and Related Models , 2019, 12 (3), pp.551-571. ⟨10.3934/krm.2019022⟩
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https://hal.science/hal-01363549/file/BernardDoumicGabriel_final_hal.pdf BibTex
titre
Adaptive dynamics of hematopoietic stem cells and their supporting stroma: A model and mathematical analysis
auteur
Thanh Nam Nguyen, Jean Clairambault, Thierry Jaffredo, Benoît Perthame, Delphine Salort
article
Mathematical Biosciences and Engineering, 2019, 16 (05), pp.4818-4845. ⟨10.3934/mbe.2019243⟩
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https://hal.science/hal-01963820/file/HTE_V2.pdf BibTex
titre
Extra-cellular matrix rigidity may dictate the fate of injury outcome
auteur
Diane Peurichard, Marielle Ousset, Jenny Paupert, Benjamin Aymard, Anne Lorsignol, Louis Casteilla, Pierre Degond
article
Journal of Theoretical Biology, 2019, 469, pp.127-136. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.02.017⟩
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BibTex
titre
A survey of adaptive cell population dynamics models of emergence of drug resistance in cancer, and open questions about evolution and cancer
auteur
Jean Clairambault, Camille Pouchol
article
BIOMATH, 2019, BIOMATH 2019, 8 (1), pp.23. ⟨10.11145/j.biomath.2019.05.147⟩
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https://inria.hal.science/hal-02132713/file/JCCPBiomath2019%20%281%29.pdf BibTex
titre
Bidirectional sliding of two parallel microtubules generated by multiple identical motors
auteur
Jun Allard, Marie Doumic, Alex Mogilner, Dietmar Oelz
article
Journal of Mathematical Biology, 2019, ⟨10.1007/s00285-019-01369-w⟩
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BibTex
titre
Analysis of Large Urn Models with Local Mean-Field Interactions
auteur
Wen Sun, Philippe Robert
article
Electronic Journal of Probability, In press, 24 (45), pp.33
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1802.05064 BibTex
titre
Quantitative cell-based model predicts mechanical stress response of growing tumor spheroids over various growth conditions and cell lines
auteur
Paul van Liedekerke, Johannes Neitsch, Tim Johann, Kévin Alessandri, Pierre Nassoy, Dirk Drasdo
article
PLoS Computational Biology, 2019, 15 (3), pp.e1006273. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006273⟩
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BibTex
titre
Energy and implicit discretization of the Fokker-Planck and Keller-Segel type equations
auteur
Luís Almeida, Federica Bubba, Benoît Perthame, Camille Pouchol
article
Networks and Heterogeneous Media, 2019, 14 (1), ⟨10.3934/nhm.2019002⟩
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https://hal.science/hal-01745769/file/SG_schemes_NHM_hal.pdf BibTex
titre
Steady distribution of the incremental model for bacteria proliferation
auteur
Pierre Gabriel, Hugo Martin
article
Networks and Heterogeneous Media, 2019, Special issue on mathematical methods in systems biology, 14 (1), pp.149-171. ⟨10.3934/nhm.2019008⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01742140/file/incrementalfrag_PG_HM_final.pdf BibTex
titre
Sparse control of Hegselmann-Krause models: Black hole and declustering
auteur
Benedetto Piccoli, Nastassia Pouradier Duteil, Emmanuel Trélat
article
SIAM Journal on Control and Optimization, 2019, 57 (4), pp.2628–2659. ⟨10.1137/18M1168911⟩
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https://hal.science/hal-01699261/file/BlackSwan_Arxiv.pdf BibTex
titre
A Scaling Analysis of a Star Network with Logarithmic Weights
auteur
Philippe Robert, Amandine Véber
article
Stochastic Processes and their Applications, 2019, ⟨10.1016/j.spa.2018.06.002⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01377703/file/robert_veber17.pdf BibTex
titre
Mosquito population control strategies for fighting against arboviruses
auteur
Luís Almeida, Michel Duprez, Yannick Privat, Nicolas Vauchelet
article
Mathematical Biosciences and Engineering, 2019, 16 (6), pp.6274-6297. ⟨10.3934/mbe.2019313⟩
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https://hal.science/hal-01984426/file/MBE_HAL.pdf BibTex
titre
Bile Microinfarcts in Cholestasis Are Initiated by Rupture of the Apical Hepatocyte Membrane and Cause Shunting of Bile to Sinusoidal Blood
auteur
Ahmed Ghallab, Ute Hofmann, Selahaddin Sezgin, Nachiket Vartak, Reham Hassan, Ayham Zaza, Patricio Godoy, Kai Markus Schneider, Georgia Guenther, Yasser A. Ahmed, Aya Abbas, Verena Keitel, Lars Kuepfer, Steven Dooley, Frank Lammert, Christian Trautwein, Michael Spiteller, Dirk Drasdo, Alan Hofmann, Peter L.M. Jansen, Jan Hengstler, Raymond Reif
article
Hepatology, 2019, 69 (2), pp.666-683. ⟨10.1002/hep.30213⟩
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BibTex
titre
Optimal releases for population replacement strategies, application to Wolbachia
auteur
Luís Almeida, Yannick Privat, Martin Strugarek, Nicolas Vauchelet
article
SIAM Journal on Mathematical Analysis, 2019, 51 (4), pp.3170–3194. ⟨10.1137/18M1189841⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01807624/file/wolbachia_HAL.pdf BibTex
titre
Oscillatory regimes in a mosquito population model with larval feedback on egg hatching
auteur
Martin Strugarek, Laetitia Dufour, Nicolas Vauchelet, Luís Almeida, Benoît Perthame, Daniel Antunes Maciel Villela
article
Journal of Biological Dynamics, 2019, 13 (1), pp.269-300. ⟨10.1080/17513758.2019.1593524⟩
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https://hal.science/hal-01674280/file/Oscillations_regimes_1217.pdf BibTex
titre
Phase portrait control for 1D monostable and bistable reaction-diffusion equations
auteur
Camille Pouchol, Emmanuel Trélat, Enrique Zuazua
article
Nonlinearity, 2019, 32 (3), pp.884–909. ⟨10.1088/1361-6544/aaf07e⟩
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https://hal.science/hal-01800382/file/ControlPhasePortrait_HAL.pdf BibTex
titre
The Flux Limited Keller-Segel System; Properties and Derivation from Kinetic Equations
auteur
Benoît Perthame, Nicolas Vauchelet, Zhian Wang
article
Revista Matemática Iberoamericana, In press, 36 (2), ⟨10.4171/rmi/1132⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01689571/file/PVW12.pdf BibTex
titre
Combination of direct methods and homotopy in numerical optimal control: application to the optimization of chemotherapy in cancer
auteur
Antoine Olivier, Camille Pouchol
article
Journal of Optimization Theory and Applications, 2019, 181 (2), pp.479-503
Accès au texte intégral et bibtex
https://auf.hal.science/hal-01568779/file/cancer_continuation_hal_v2.pdf BibTex
titre
Social Dynamics Models with Time-Varying Influence
auteur
Sean T Mcquade, Benedetto Piccoli, Nastassia Pouradier Duteil
article
2019, 29 (04)
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02090560/file/Social_Dynamics_with_Dynamic_Influence.pdf BibTex
titre
An evolutionary perspective on cancer, with applications to anticancer drug resistance modelling and perspectives in therapeutic control
auteur
Jean Clairambault
article
Journal of Mathematical Study, In press, pp.1 – 21
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02126730/file/JC_JMathStudyPreprint2019.pdf BibTex
titre
Derivation of a voltage density equation from a voltage-conductance kinetic model for networks of integrate-and-fire neurons.
auteur
Benoît Perthame, Delphine Salort
article
Communications in Mathematical Sciences, 2019, 17 (5), ⟨10.4310/CMS.2019.v17.n5.a2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01881950/file/AsymptoticDecember3_2018.pdf BibTex
titre
A chemotaxis-based explanation of spheroid formation in 3D cultures of breast cancer cells
auteur
Federica Bubba, Camille Pouchol, Nathalie Ferrand, Guillaume Vidal, Luís Almeida, Benoît Perthame, Michèle Sabbah
article
Journal of Theoretical Biology, 2019, 479, pp.73-80. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.07.002⟩
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https://hal.science/hal-01895999/file/Article_spheroides_hal.pdf BibTex
titre
Pressure Reveals Unique Conformational Features in Prion Protein Fibril Diversity
auteur
Joan Torrent, Davy Martin, Sylvie Noinville, Yi Yin, Marie Doumic, Mohammed Moudjou, Vincent Béringue, Human Rezaei
article
Scientific Reports, 2019, 9, pp.2802. ⟨10.1038/s41598-019-39261-8⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02057700/file/s41598-019-39261-8.pdf BibTex
titre
Implicit and Semi-implicit Numerical Schemes for the Gradient Flow of the Formation of Biological Transport Networks
auteur
Di Fang, Shi Jin, Peter Markowich, Benoît Perthame
article
SMAI Journal of Computational Mathematics, 2019, 5, pp.229-249. ⟨10.5802/smai-jcm.59⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01984371/file/caihu_v7_Small.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Estimating the infection rate of a SIR epidemic model via differential elimination
auteur
Rosane Ushirobira, Denis Efimov, Pierre-Alexandre Bliman
article
ECC 2019 – 18th European Control Conference, Jun 2019, Naples, Italy
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https://inria.hal.science/hal-02418553/file/UEB_ECC_2019_final.pdf BibTex
titre
Feedback Control Principles for Biological Control of Dengue Vectors
auteur
Pierre-Alexandre Bliman
article
European Control Conference ECC19, Jun 2019, Naples, Italy. pp.6
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https://inria.hal.science/hal-01944958/file/ECC2019_SHORT.pdf BibTex
titre
Automated Quantification of Amyloid Fibrils Morphological Features by Image Processing Techniques
auteur
Yi Yin, Stephanie Prigent, Joan Torrent, Human Rezaei, Dirk Drasdo, Marie Doumic
article
2019 IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2019, Venice, France. pp.534-537, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759597⟩
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BibTex

HDR

titre
Quantitative modeling of cell and tissue mechanics with agent-based models
auteur
Paul van Liedekerke
article
Biological Physics [physics.bio-ph]. Inria Paris, Sobonne Université, 2019
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https://inria.hal.science/tel-02064216/file/HDR_pvl.pdf BibTex

Thèse

titre
Oscillatory processes during the aggregation and the fragmentation of amyloid fibrils
auteur
Mathieu Mezache
article
Analysis of PDEs [math.AP]. Sorbonne Université, 2019. English. ⟨NNT : 2019SORUS533⟩
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https://theses.hal.science/tel-02435325/file/MEZACHE_Mathieu_2019.pdf BibTex
titre
Étude de données et analyse de modèles intégro-différentiels en biologie cellulaire
auteur
Hugo Martin
article
Equations aux dérivées partielles [math.AP]. Sorbonne Université – Laboratoire Jacques-Louis Lions, 2019. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://hal.science/tel-02386939/file/Manuscrit.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Testing for high frequency features in a noisy signal
auteur
Mathieu Mezache, Marc Hoffmann, Human Rezaei, Marie Doumic
article
2019
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https://hal.science/hal-02263522/file/DHMR_rev_mm8.pdf BibTex
titre
A survey of adaptive cell population dynamics models of emergence of drug resistance in cancer, and open questions about evolution and cancer
auteur
Jean Clairambault, Camille Pouchol
article
2019
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https://inria.hal.science/hal-02126727/file/JCCPBiomath2019v3%20%281%29.pdf BibTex
titre
Quantitative agent-based modeling reveals mechanical stress response of growing tumor spheroids is predictable over various growth conditions and cell lines
auteur
Paul Van Liedekerke, Johannes Neitsch, Tim Johann, Kévin Alessandri, Pierre Nassoy, Dirk Drasdo
article
2019
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https://inria.hal.science/hal-01956017/file/capsule_plos_latex_revision_1.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
Relative Entropy Method for Measure Solutions of the Growth-Fragmentation Equation
auteur
Tomasz Dębiec, Marie Doumic, Piotr Gwiazda, Emil Wiedemann
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2018, 50 (6), pp.5811-5824
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https://inria.hal.science/hal-01762974/file/GRE_2102_MD3.pdf BibTex
titre
Estimating the division rate and kernel in the fragmentation equation
auteur
Marie Doumic, Miguel Escobedo, Magali Tournus
article
Annales de l’Institut Henri Poincaré C, Analyse non linéaire, 2018, 35 (7), pp.1847-1884. ⟨10.1016/j.anihpc.2018.03.004⟩
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https://hal.science/hal-01501811/file/DET17_rev_hal.pdf BibTex
titre
Long-time asymptotics for polymerization models
auteur
Juan Calvo, Marie Doumic, Benoît Perthame
article
Communications in Mathematical Physics, 2018, 363 (1), pp.111-137. ⟨10.1007/s00220-018-3218-5⟩
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https://hal.science/hal-01570292/file/CDP_def_hal.pdf BibTex
titre
Stabilization of periodic orbits of discrete-time dynamical systems using the Prediction-Based Control: New control law and practical aspects
auteur
Thiago P Chagas, Pierre-Alexandre Bliman, Karl H. Kienitz
article
Journal of The Franklin Institute, 2018, 355 (12), pp.4771-4793. ⟨10.1016/j.jfranklin.2018.04.040⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01941693/file/ArtigoDT_JFI.pdf BibTex
titre
Control in dormancy or eradication of cancer stem cells: Mathematical modeling and stability issues
auteur
Walid Djema, Catherine Bonnet, Frédéric Mazenc, Jean Clairambault, Emilia Fridman, Pierre Hirsch, François Delhommeau
article
Journal of Theoretical Biology, 2018, 449, pp.103 – 123. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.03.038⟩
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https://inria.hal.science/hal-01852154/file/ELS_JTB_FINAL%20VERSION_FOR_THESIS.pdf BibTex
titre
Dynamics of concentration in a population model structured by age and a phenotypical trait
auteur
Samuel Nordmann, Benoît Perthame, Cécile Taing
article
Acta Applicandae Mathematicae, 2018, 155 (1), pp.197-225. ⟨10.1007/s10440-017-0151-0⟩
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https://hal.science/hal-01493068/file/age-trait-model-v2.pdf BibTex
titre
On the stability of the state 1 in the non-local Fisher-KPP equation in bounded domains
auteur
Camille Pouchol
article
Comptes Rendus. Mathématique, 2018, ⟨10.1016/j.crma.2018.04.016⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01686461/file/NonLocalFisherKPP_HAL_v1.pdf BibTex
titre
The fractional diffusion limit of a kinetic model with biochemical pathway
auteur
Benoît Perthame, Weiran Sun, Min Tang
article
Zeitschrift für Angewandte Mathematik und Physik, 2018, 69:67, ⟨10.1007/s00033-018-0964-3⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01584754/file/Fractional-noise_F.pdf BibTex
titre
Career plans and wage structures: a mean field game approach
auteur
Benoît Perthame, Edouard Ribes, Delphine Salort
article
Mathematics in Engineering, 2018, 1 (1), pp.47-63. ⟨10.3934/Mine.2018.1.47⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01674630/file/SWP%20mean%20field%20games%20V27.pdf BibTex
titre
Model Prediction and Validation of an Order Mechanism Controlling the Spatiotemporal Phenotype of Early Hepatocellular Carcinoma
auteur
Stefan Hoehme, François Bertaux, William Weens, Bettina Grasl-Kraupp, Jan Hengstler, Dirk Drasdo
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2018, 80 (5), pp.1134-1171
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BibTex
titre
A Large Scale Analysis of Unreliable Stochastic Networks
auteur
Reza Aghajani, Philippe Robert, Wen Sun
article
The Annals of Applied Probability, In press, 28 (2), pp.36. ⟨10.1214/17-AAP1318⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1608.08743 BibTex
titre
Approximate Prediction-Based Control Method for Nonlinear Oscillatory Systems with Applications to Chaotic Systems
auteur
Thiago P Chagas, Pierre-Alexandre Bliman, Karl H Kienitz
article
Journal of Control Science and Engineering, 2018, 2018, pp.1-29. ⟨10.1155/2018/3298286⟩
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https://inria.hal.science/hal-01722175/file/3298286.pdf BibTex
titre
From short-range repulsion to Hele-Shaw problem in a model of tumor growth
auteur
Diane Peurichard, Sebastien Motsch
article
Journal of Mathematical Biology, 2018, 76 (1-2), pp.205-234. ⟨10.1007/s00285-017-1143-4⟩
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BibTex
titre
Traveling Wave and Aggregation in a Flux-Limited Keller-Segel Model
auteur
Vincent Calvez, Benoît Perthame, Shugo Yasuda
article
Kinetic and Related Models , 2018, 11 (4), pp.891-909. ⟨10.3934/krm.2018035⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01591490/file/manuscript_krm.pdf BibTex
titre
Asymptotic analysis and optimal control of an integro-differential system modelling healthy and cancer cells exposed to chemotherapy
auteur
Camille Pouchol, Jean Clairambault, Alexander Lorz, Emmanuel Trélat
article
Journal de Mathématiques Pures et Appliquées, 2018, 116 (9), pp.268-308. ⟨10.1016/j.matpur.2017.10.007⟩
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https://hal.science/hal-01416594/file/ArticleControlCancer_v1_HAL.pdf BibTex
titre
Quantitative analysis of hepatic macro- and microvascular alterations during cirrhogenesis in the rat
auteur
Geert Peeters, Charlotte Debbaut, Adrian Friebel, Pieter Cornillie, Winnok de Vos, Kasper Favere, Ingrid Vander Elst, Tim Vandecasteele, Tim Johann, Luc van Hoorebeke, Diethard Monbaliu, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Wim Laleman, Patrick Segers
article
Journal of Anatomy, In press, ⟨10.1111/joa.12760⟩
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BibTex
titre
Analysis of a system describing proliferative-quiescent cell dynamics
auteur
Jean Clairambault, Benoît Perthame, Andrada Quillas Maran
article
Chinese Annals of Mathematics – Series B, 2018, pp.1-13
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01674142/file/Analysis_PQ_29_10.pdf BibTex
titre
Super-linear propagation for a general, local cane toads model
auteur
Christopher Henderson, Benoît Perthame, Panagiotis E Souganidis
article
Interfaces and Free Boundaries, 2018, 20 (4), pp.483-509. ⟨10.4171/IFB/409⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01520145/file/general_toads.pdf BibTex
titre
A Functional Central Limit Theorem for the Becker-Döring model
auteur
Wen Sun
article
Journal of Statistical Physics, 2018, 171 (1), pp.145-165. ⟨10.1007/s10955-018-1993-1⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1710.04059 BibTex
titre
Global stability with selection in integro-differential Lotka-Volterra systems modelling trait-structured populations
auteur
Camille Pouchol, Emmanuel Trélat
article
Journal of Biological Dynamics, 2018, 12 (1), pp.872–893
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01470722/file/ArticleLV_HAL_v4.pdf BibTex
titre
Stiff-response-induced instability for chemotactic bacteria and flux-limited Keller-Segel equation
auteur
Benoît Perthame, Shugo Yasuda
article
Nonlinearity, 2018, 31 (9), ⟨10.1088/1361-6544/aac760⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01494963/file/manuscript_nl.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Discrete element method models of deformable cells in 2D and 3D environments to explore traction generation mechanisms
auteur
Diego Vargas, Tommy Heck, Bart Smeets, Paul van Liedekerke, Herman Ramon, Hans van Oosterwijck
article
8th World Congress of Biomechanics, Jul 2018, Dublin, Ireland
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03700074/file/abstract_Diego_comp.pdf BibTex
titre
Stability Analysis of a Nonlinear System with Infinite Distributed Delays Describing Cell Dynamics
auteur
Walid Djema, Frédéric Mazenc, Catherine Bonnet, Jean Clairambault, Emilia Fridman
article
ACC 2018 – American Control Conference, Jun 2018, Milwaukee, United States. ⟨10.23919/acc.2018.8430869⟩
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https://inria.hal.science/hal-01849010/file/ACC2018Paper2_RevisedV2.pdf BibTex
titre
Introducing Cell-Plasticity Mechanisms into a Class of Cell Population Dynamical Systems
auteur
Walid Djema, Catherine Bonnet, Frédéric Mazenc, Jean Clairambault
article
IEEE American Control Conference (ACC 2018), Jun 2018, Milwaukee, United States. ⟨10.23919/acc.2018.8430758⟩
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https://inria.hal.science/hal-01848890/file/ACC2018Paper1_RevisedV1.pdf BibTex
titre
A class of nonlinear adaptive observers for SIR epidemic model
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Denis Efimov, Rosane Ushirobira
article
ECC 2018 – European Control Conference, Jun 2018, Limassol, Cyprus. pp.6
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01724989/file/DR-20180213.pdf BibTex
titre
Interval observer for uncertain time-varying SIR-SI epidemiological model of vector-borne disease
auteur
Maria Soledad Aronna, Pierre-Alexandre Bliman
article
ECC 2018 – European Control Conference, Jun 2018, Limassol, Cyprus. pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-01493078/file/ECC18_S_FINAL.pdf BibTex

Chapitre d’ouvrage

titre
Why Is Evolution Important in Cancer and What Mathematics Should Be Used to Treat Cancer? Focus on Drug Resistance
auteur
Luís Almeida, Rebecca H Chisholm, Jean Clairambault, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Camille Pouchol, Emmanuel Trélat
article
Trends in Biomathematics: Modeling, Optimization and Computational Problems: Selected works from the BIOMAT Consortium Lectures, Moscow 2017, Springer International Publishing, pp.107-120, 2018
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https://inria.hal.science/hal-01618357/file/JCCPMoscouBiomatProc2017_v3.pdf BibTex
titre
Agent-Based Lattice Models of Multicellular Systems
auteur
Dirk Drasdo, Andreas Buttenschön, Paul van Liedekerke
article
Numerical Methods and Advanced Simulation in Biomechanics and Biological Processes, Elsevier, pp.223-238, 2018, ⟨10.1016/B978-0-12-811718-7.00012-5⟩
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BibTex

HDR

titre
Étude mathématique de modèles cinétiques, fluides et paraboliques issus de la biologie
auteur
Ayman Moussa
article
Mathématiques [math]. Sorbonne Université – Laboratoire Jacques-Louis Lions, 2018
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https://theses.hal.science/tel-02119758/file/hdr_am.pdf BibTex

N°spécial de revue/special issue

titre
Explicit Solution and Fine Asymptotics for a Critical Growth-Fragmentation Equation
auteur
Marie Doumic, Bruce van Brunt
article
ESAIM: Proceedings and Surveys, 62, pp.30-42, 2018, ⟨10.1051/proc/201862030⟩
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https://hal.science/hal-01510960/file/BruceMarie_Proc_def_hal.pdf BibTex

Mémoire d’étudiant

titre
Modélisation du métabolisme énergétique tumoral glycolytique vs. respiratoire oxydatif
auteur
Loïs Naudin
article
Mathématiques [math]. 2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01980569/file/RapportStageCancer.pdf BibTex

Thèse

titre
New control of networks / IT : Performance analysis of virtualized network functions for a programmable infrastructure
auteur
Verónica Karina Quintuna Rodriguez
article
Networking and Internet Architecture [cs.NI]. Sorbonne Université, 2018. English. ⟨NNT : 2018SORUS099⟩
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https://theses.hal.science/tel-02612498/file/QUINTUNA_RODRIGUEZ_V_these_2018.pdf BibTex
titre
Mathematical modeling of population dynamics, applications to vector control of Aedes spp. (Diptera:Culicidae)
auteur
Martin Strugarek
article
Analysis of PDEs [math.AP]. Sorbonne Université UPMC, 2018. English. ⟨NNT : ⟩
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https://hal.science/tel-01879201/file/theseMS.pdf BibTex
titre
Analysis, control and optimization of PDEs, application to the biology and therapy of cancer
auteur
Camille Pouchol
article
General Mathematics [math.GM]. Sorbonne Université, 2018. English. ⟨NNT : 2018SORUS176⟩
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https://hal.science/tel-01889253/file/POUCHOL_Camille_these_2018.pdf BibTex
titre
A study of interacting stochastic networks : large scale, long time behavior and fluctuations, with applications in communication networks and protein polymerization
auteur
Wen Sun
article
Dynamical Systems [math.DS]. Sorbonne Université, 2018. English. ⟨NNT : 2018SORUS075⟩
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https://theses.hal.science/tel-02481792/file/2018SORUS075.pdf BibTex
titre
Dynamique de concentration dans des équations aux dérivées partielles non locales issues de la biologie
auteur
Cécile Taing
article
Analysis of PDEs [math.AP]. Sorbonne Université; Inria Paris, 2018. English. ⟨NNT : 2018SORUS077⟩
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https://theses.hal.science/tel-02485006/file/2018SORUS077.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
On the use of the sterile insect technique or the incompatible insect technique to reduce or eliminate mosquito populations
auteur
Martin Strugarek, Herve Bossin, Yves Dumont
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01799954/file/sterilizingmales-Part1.pdf BibTex
titre
Sharp seasonal threshold property for cooperative population dynamics with concave nonlinearities
auteur
Martin Strugarek, Hongjun Ji
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01772628/file/seaconsys.pdf BibTex

2017

Article dans une revue

titre
Hybrid coupling of a one-dimensional Energy-Transport Schrödinger system
auteur
Clément Jourdana, Paola Pietra, Nicolas Vauchelet
article
Monatshefte für Mathematik, 2017, 184 (4), pp.563-596. ⟨10.1007/s00605-016-1008-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01052415/file/hybrid_jourdana_pietra_vauchelet2.pdf BibTex
titre
Corrigendum
auteur
Geert Peeters, Charlotte Debbaut, Wim Laleman, Adrian Friebel, Diethard Monbaliu, Ingrid Vander Elst, Detrez Jan R., Tim Vandecasteele, Tim Johann, Thomas de Schryver, Luc van Hoorebeke, Kasper Favere, Verbeke Jonas, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Patrick Segers, Pieter Cornillie, Vos Winnok H. De
article
Journal of Anatomy, 2017, 231 (5), pp.786-786. ⟨10.1111/joa.12723⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Adverse outcome pathways: opportunities, limitations and open questions
auteur
Marcel Leist, Ahmed Ghallab, Rabea Graepel, Rosemarie Marchan, Reham Hassan, Susanne Hougaard Bennekou, Alice Limonciel, Mathieu Vinken, Stefan Schildknecht, Tanja Waldmann, Erik Danen, Ben van Ravenzwaay, Hennicke Kamp, Iain Gardner, Patricio Godoy, Frédéric Bois, Albert Braeuning, Raymond Reif, Franz Oesch, Dirk Drasdo, Stefan Höhme, Michael Schwarz, Thomas Hartung, Thomas Braunbeck, Joost Beltman, Harry Vrieling, Ferran Sanz, Anna Forsby, Domenico Gadaleta, Ciarán Fisher, Jens Kelm, David Fluri, Gerhard Ecker, Barbara Zdrazil, Andrea Terron, Paul Jennings, Bart van Der Burg, Steven Dooley, Annemarie Meijer, Egon Willighagen, Marvin Martens, Chris Evelo, Enrico Mombelli, Olivier Taboureau, Albert Mantovani, Barry Hardy, Bjorn Koch, Sylvia Escher, Chris van Thriel, Cristina Cadenas, Dinant Kroese, Bob van de Water, Jan Hengstler
article
Archives of Toxicology, 2017, 91 (11), pp.3477-3505. ⟨10.1007/s00204-017-2045-3⟩
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BibTex
titre
Ensuring successful introduction of Wolbachia in natural populations of Aedes aegypti by means of feedback control
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, M. Soledad Aronna, Flávio C. Coelho, Moacyr A. H. B. da Silva
article
Journal of Mathematical Biology, 2017, ⟨10.1007/s00285-017-1174-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01579477/file/JOMB_R3.pdf BibTex
titre
Synchronising and non-synchronising dynamics for a two-species aggregation model
auteur
Casimir Emako, Jie Liao, Nicolas Vauchelet
article
Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, 2017, 22 (6), pp.2121 – 2146. ⟨10.3934/dcdsb.2017088⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01157578/file/hyperbolic_limit.pdf BibTex
titre
Integrating Biological and Mathematical Models to Explain and Overcome Drug Resistance in Cancer, Part 1: Biological Facts and Studies in Drug Resistance
auteur
Aaron Goldman, Mohammad Kohandel, Jean Clairambault
article
Current Stem Cell Reports, 2017, ⟨10.1007/s40778-017-0097-1⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Integrating Biological and Mathematical Models to Explain and Overcome Drug Resistance in Cancer, Part 2: From Theoretical Biology to Mathematical Models
auteur
Aaron Goldman, Mohammad Kohandel, Jean Clairambault
article
Current Stem Cell Reports, 2017, ⟨10.1007/s40778-017-0098-0⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
The mechanism of monomer transfer between two structurally distinct PrP oligomers
auteur
Aurora Armiento, Philippe Moireau, Davy Martin, Nad’a Lepejova, Marie Doumic, Human Rezaei
article
PLoS ONE, 2017, 12 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0180538⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01574346/file/journal.pone.0180538.pdf BibTex
titre
Analysis of a Stochastic Model of Replication in Large Distributed Storage Systems
auteur
Wen Sun, Véronique Simon, Sébastien Monnet, Philippe Robert, Pierre Sens
article
Proceedings of the ACM on Measurement and Analysis of Computing Systems , 2017, 1 (1), pp.1 – 21. ⟨10.1145/3084462⟩
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BibTex
titre
How does variability in cells aging and growth rates influence the malthus parameter?
auteur
Adélaïde Olivier
article
Kinetic and Related Models , 2017, 10 (2), pp.481-512. ⟨10.3934/krm.2017019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01274529/file/OLIVIERrev2.pdf BibTex
titre
Analytical examples of diffusive waves generated by a traveling wave
auteur
Harold Moundoyi, Ayman Moussa, Benoît Perthame, Benoît Sarels
article
Applicable Analysis, 2017, 96 (9), pp.1596-1615. ⟨10.1080/00036811.2017.1314463⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01404972/file/Diff_Trav_Wave.pdf BibTex
titre
Toward an integrated workforce planning framework using structured equations
auteur
Marie Doumic, Benoît Perthame, Edouard Ribes, Delphine Salort, Nathan Toubiana
article
European Journal of Operational Research, 2017, 262, ⟨10.1016/j.ejor.2017.03.076⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01343368/file/DoumicPerthamesRibesSalortToubiana_nocolor.pdf BibTex
titre
Positive effect of Mdm2 on p53 expression explains excitability of p53 in response to DNA damage
auteur
Jan Elias
article
Journal of Theoretical Biology, 2017, 418, pp.94-104. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.01.038⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
On interfaces between cell populations with different mobilities
auteur
Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Benoît Perthame
article
Kinetic and Related Models , 2017, 10 (1), pp.299-311. ⟨10.3934/krm.2017012⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01257180/file/Two_cells_TW%20%281%29.pdf BibTex
titre
Dirac concentrations in a chemostat model of adaptive evolution
auteur
Alexander Lorz, Benoît Perthame, Cécile Taing
article
Chinese Annals of Mathematics – Series B, 2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01255449/file/chemostat-version1.pdf BibTex
titre
Balanced Growth Path Solutions of a Boltzmann Mean Field Game Model for Knowledge Growth
auteur
Martin Burger, Alexander Lorz, Marie-Therese Wolfram
article
Kinetic and Related Models , 2017, ⟨10.3934/krm.2017005⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01267078/file/mfg_boltzmann_bgp14.pdf BibTex
titre
Modulating Portal Hemodynamics With Vascular Ring Allows Efficient Regeneration After Partial Hepatectomy in a Porcine Model.
auteur
Petru O. Bucur, Mohamed Bekheit, Chloe Audebert, Amnah Othman, Seddik Hammad, Mylène Sebagh, Marc Antoine Allard, Benoît Decante, Adrian Friebel, Dirk Drasdo, Elodie Miquelestorena-Standley, Jan G. Hengstler, Irene Vignon-Clementel, Eric Vibert
article
Annals of Surgery, 2017, ⟨10.1097/SLA.0000000000002146⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01494844/file/AnnalsPrePrintNoAbs.pdf BibTex
titre
Effects of initial telomere length distribution on senescence onset and heterogeneity
auteur
Sarah Eugene, Thibault Bourgeron, Zhou Xu
article
Journal of Theoretical Biology, 2017, 413, pp.8
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1606.06842 BibTex
titre
Modeling extracellular matrix viscoelasticity using smoothed particle hydrodynamics with improved boundary treatment
auteur
Tommy Heck, Bart Smeets, Simon Vanmaercke, Pinaki Bhattachara, Tim Odenthal, Herman Ramon, Hans van Oosterwijck, Paul van Liedekerke
article
Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2017, ⟨10.1016/j.cma.2017.04.031⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03700068/file/1-s2.0-S0045782516318771-main.pdf BibTex
titre
A numerical scheme for the early steps of nucleation-aggregation Models
auteur
Harvey Thomas Banks, Marie Doumic, Carola Kruse
article
Journal of Mathematical Biology, 2017, 74 (1-2), pp.259-287. ⟨10.1007/s00285-016-1026-0⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00954437/file/Nucleation_NumericalScheme_M12.pdf BibTex
titre
Distributed synaptic weights in a LIF neural network and learning rules
auteur
Benoît Perthame, Delphine Salort, Gilles Wainrib
article
Physica D: Nonlinear Phenomena, 2017, 353-354, pp.20-30. ⟨10.1016/j.physd.2017.05.005⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01541093/file/distrib_connec_HAL.pdf BibTex
titre
Tumor cell load and heterogeneity estimation from diffusion-weighted MRI calibrated with histological data: an example from lung cancer
auteur
Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Benedikt Müller, Arne Warth, Margarita González-Vallinas, Bernd Lahrmann, Niels Grabe, Hans-Ulrich Kauczor, Kai Breuhahn, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2017, ⟨10.1109/TMI.2017.2698525⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01421398/file/Post-print_Yin_TMI.pdf BibTex
titre
A cooperative conjugate gradient method for linear systems permitting efficient multi-thread implementation
auteur
Amit A Bhaya, Pierre-Alexandre A Bliman, Guilherme Niedu, Fernando A Pazos
article
Computational & Applied Mathematics, 2017, pp.1-28. ⟨10.1007/s40314-016-0416-7⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01558765/file/bbnp16b.pdf BibTex
titre
A Hele-Shaw Problem for Tumor Growth
auteur
Antoine Mellet, Benoît Perthame, Fernando Quirós
article
Journal of Functional Analysis, 2017, 273, pp.3061-3093
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01241309/file/mpq-15-12-08.pdf BibTex
titre
From Kinetic Theory of Multicellular Systems to Hyperbolic Tissue Equations: Asymptotic Limits and Computing
auteur
Nisrine Outada, Nicolas Vauchelet, Thami Akrid, Mohamed Khaladi
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, 2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01378301/file/hyplimit_accepted.pdf BibTex
titre
Establishing Traveling Wave in Bistable Reaction-Diffusion System by Feedback
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Nicolas Vauchelet
article
IEEE Control Systems Letters, 2017, 1 (1), pp.62-67. ⟨10.1109/LCSYS.2017.2703303⟩
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https://hal.science/hal-01480833/file/control_v2.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Analysis of Blood Cell Production under Growth Factors Switching
auteur
Walid Djema, Hitay Ozbay, C. Bonnet, E Fridman, Frédéric Mazenc, J Clairambault
article
IFAC 2017 – 20th World Congress of the International Federation of Automatic Control, Jul 2017, Toulouse, France. pp.13312-13317, ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.1331⟩
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https://inria.hal.science/hal-01677914/file/2017_IFAC_World_Congress.pdf BibTex
titre
Analysis of a Model of Dormancy in Cancer as a State of Coexistence Between Tumor and Healthy Stem Cells
auteur
Walid Djema, Jean Clairambault, Frédéric Mazenc, Pierre Hirsch, Francois Delhommeau
article
ACC 2017 – American Control Conference, May 2017, Seattle, United States. pp.5135-5140, ⟨10.23919/ACC.2017.7963751⟩
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https://inria.hal.science/hal-01677927/file/2017_American_Control_Conference_%28ACC%29_2017.pdf BibTex
titre
Telomere Replication in the Absence of Telomerase: Failure, Repair and Adaptation
auteur
Xu Zhou, Henninger Erin, Jolivet Pascale, Coutelier Héloïse, Fallet Emilie, Doumic Marie, Charvin Gilles, Maria Teresa Teixeira
article
Genomic Instability and DNA Repair, Keystone Symposia, Apr 2017, Santa Fe (NM), United States
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BibTex

Chapitre d’ouvrage

titre
Off-Lattice Agent-Based Models for Cell and Tumor Growth: Numerical Methods, Implementation, and Applications
auteur
Paul van Liedekerke, Andreas Buttenschön, Dirk Drasdo
article
Miguel Cerrolaza; Sandra J. Shefelbine; Diego Garzón-Alvarado. Numerical Methods and Advanced Simulation in Biomechanics and Biological Processes, Academic Press, pp.245-267, 2017, 978-0-12-811718-7
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BibTex
titre
Creation of Three-dimensional Liver Tissue Models from Experimental Images for Systems Medicine
auteur
Stefan Hoehme, Adrian Friebel, Seddik Hammad, Dirk Drasdo, Jan G. Hengstler
article
Peggy Stock, Bruno Christ. Hepatocyte Transplantation, 1506, Springer, pp.319-362, 2017, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-6504-5 (Print) 978-1-4939-6506-9. ⟨10.1007/978-1-4939-6506-9_22⟩
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BibTex
titre
System modeling of receptor-induced apoptosis
auteur
François Bertaux, Dirk Drasdo, Gregory Batt
article
Olivier Micheau. TRAIL, Fas Ligand, TNF and TLR3 in Cancer, 12, 2017, Resistance to Targeted Anti-Cancer Therapeutics, 978-3-319-56804-1
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https://inria.hal.science/hal-01667015/file/bertaux_et_al_author_version.pdf BibTex
titre
Interval Observers for SIR Epidemic Models Subject to Uncertain Seasonality
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Bettina D ‘Avila Barros
article
Lecture Notes in Control and Information Sciences, 471, pp.9, 2017, ⟨10.1007/978-3-319-54211-9_3⟩
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https://inria.hal.science/hal-01567474/file/main.pdf BibTex

Mémoire d’étudiant

titre
Conception et identification à partir de données biologiques d’un modèle dédié aux interactions entre cellules souches hématopoïétiques et stromales
auteur
Julie Favre
article
Cancer. 2017
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https://inria.hal.science/hal-01500920/file/JulieFavre_Rapportdestage.pdf BibTex

Thèse

titre
Inverse problems and data assimilation methods applied to protein polymerisation
auteur
Aurora Armiento
article
Optimization and Control [math.OC]. Université Paris 7 – Diderot, 2017. English. ⟨NNT : ⟩
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https://inria.hal.science/tel-01447286/file/main_thesis.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
A model for cost efficient Workforce Organizational Dynamics and its optimization
auteur
Benoît Perthame, Edouard Ribes, Karim Touahri, Delphine Salort
article
2017
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01562387/file/Org%20Speed%20V12.pdf BibTex
titre
Strategic Workforce Planning and sales force : a demographic approach to productivity
auteur
Marie Doumic, Mathieu Mezache, Benoît Perthame, Edouard Ribes, Delphine Salort
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01449812/file/SWP_StudyCase_Productivity_MD4_ER4.pdf BibTex
titre
Trend to equilibrium for a reaction-diffusion system modelling reversible enzyme reaction
auteur
Jan Elias
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01443266/file/RevEnzReact_JElias_HAL.pdf BibTex
titre
Hindrances to bistable front propagation: application to Wolbachia invasion
auteur
Grégoire Nadin, Martin Strugarek, Nicolas Vauchelet
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01442291/file/wave-blocking-NSV.pdf BibTex

Vidéo

titre
Simulation of the critical fragmentation equation with binary fission
auteur
Marie Doumic
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/medihal-01510970/file/fragbinary.mp4 https://hal.science/medihal-01510970/file/fragbinary.avi BibTex

2016

Article dans une revue

titre
Tracking the evolution of cancer cell populations through the mathematical lens of phenotype-structured equations
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Jean Clairambault
article
Biology Direct, 2016, 11 (1), pp.43. ⟨10.1186/s13062-016-0143-4⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01355314/file/13062_2016_Article_143.pdf BibTex
titre
Asymptotics of Stochastic Protein Assembly Models
auteur
Marie Doumic, Sarah Eugene, Philippe Robert
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2016, 76 (6), pp.20. ⟨10.1137/16M1066920⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1603.06335 BibTex
titre
Behavioral modulation of the coexistence between Apis melifera and Varroa destructor : A defense against colony colapse disorder?
auteur
Joyce de Figueiró Santos, Flávio Codeço Coelho, Pierre-Alexandre Bliman
article
PLoS ONE, 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01395823/file/HAL.pdf BibTex
titre
Time Asymptotics for a Critical Case in Fragmentation and Growth-Fragmentation Equations
auteur
Marie Doumic, Miguel Escobedo
article
Kinetic and Related Models , 2016, 9 (2), pp.47. ⟨10.3934/krm.2016.9.251⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01080361/file/MiMa_KRM_TemplateMa3.pdf BibTex
titre
Notes on a PDE System for Biological Network Formation
auteur
Jan Haskovec, Peter Markowich, Benoît Perthame, Matthias Schlottbom
article
Nonlinear Analysis: Real World Applications, 2016, Nonlinear Partial Differential Equations, in honor of Juan Luis Vázquez for his 70th birthday, 138, pp.127-155. ⟨10.1016/j.na.2015.12.018⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01232080/file/NetworkFormationIV.pdf BibTex
titre
Insights into the variability of nucleated amyloid polymerization by a minimalistic model of stochastic protein assembly
auteur
Sarah Eugene, Wei-Feng Xue, Philippe Robert, Marie Doumic
article
Journal of Chemical Physics, 2016, 144 (17), pp.12. ⟨10.1063/1.4947472⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01205549/file/Hal.pdf BibTex
titre
Traveling Pulses for a Two-Species Chemotaxis Model
auteur
Casimir Emako, Charlène Gayrard, Axel Buguin, Luís Neves de Almeida, Nicolas Vauchelet
article
PLoS Computational Biology, 2016, 12 (4), pp.e1004843. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004843⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01302632/file/plos_finalAvecFigures.pdf BibTex
titre
Estimation from Moments Measurements for Amyloid Depolymerisation
auteur
Aurora Armiento, Marie Doumic, Philippe Moireau, Human Rezaei
article
Journal of Theoretical Biology, 2016, 397, pp.68 – 88. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.02.037⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01248255/file/ADMR_paper.pdf BibTex
titre
Macroscopic Model for Cross-Linked Fibers with Alignment Interactions: Existence Theory and Numerical Simulations
auteur
Diane Peurichard
article
Multiscale Modeling and Simulation: A SIAM Interdisciplinary Journal, 2016, 14 (4), pp.1175-1210. ⟨10.1137/15M1026729⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Equivalence between duality and gradient flow solutions for one-dimensional aggregation equations
auteur
Francois James, Nicolas Vauchelet
article
Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series A, 2016, 36 (3), pp.1355-1382. ⟨10.3934/dcds.2016.36.1355⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00803709/file/GF_dual_corr1.pdf BibTex
titre
Physiologically structured cell population dynamic models with applications to combined drug delivery optimisation in oncology
auteur
Jean Clairambault, Olivier Fercoq
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2016, pp.22. ⟨10.1051/mmnp/201611604⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01413791/file/JO4MMNPnov2016.pdf BibTex
titre
Cooperative concurrent asynchronous computation of the solution of symmetric linear systems
auteur
Amit Bhaya, Pierre-Alexandre Bliman, Fernando Pazos
article
Numerical Algorithms, 2016, ⟨10.1007/s11075-016-0213-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01395756/file/Cooperative2.pdf BibTex
titre
Inferring Growth Control Mechanisms in Growing Multi-cellular Spheroids of NSCLC Cells from Spatial-Temporal Image Data
auteur
Nick Jagiella, Benedikt Müller, Margareta Müller, Irene E. Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
article
PLoS Computational Biology, 2016, 12 (2), pp.e1004412. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004412⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01244593/file/journal.pcbi.1004412.PDF BibTex
titre
The Filippov characteristic flow for the aggregation equation with mildly singular potentials
auteur
José Antonio Carrillo, Francois James, Frédéric Lagoutière, Nicolas Vauchelet
article
Journal of Differential Equations, 2016, 260 (1), pp.304-338. ⟨10.1016/j.jde.2015.08.048⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01061991/file/aggregation_v6.pdf BibTex
titre
Free boundary problems for tumor growth: a viscosity solutions approach
auteur
Inwon C. Kim, Benoît Perthame, Panagiotis E. Souganidis
article
Nonlinear Analysis: Theory, Methods and Applications, 2016, 138, pp.207-228. ⟨10.1016/j.na.2016.01.019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01155696/file/pme_HAL.pdf https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01155696/file/fig1.pdf https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01155696/file/fig2.pdf BibTex
titre
Hydrodynamic singular regimes in 1+1 kinetic models and spectral numerical methods
auteur
Laurent Gosse, Nicolas Vauchelet
article
Journal of Mathematical Analysis and Applications, 2016, ⟨10.1016/j.jmaa.2016.07.059⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01354980/file/hybrid_v4.pdf BibTex
titre
Rare mutations limit of a steady state dispersal evolution model
auteur
Benoît Perthame, Panagiotis E. Souganidis
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2016, 11 (4), ⟨10.1051/mmnp/201611411⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01149029/file/Dispersion_Evolution_Final.pdf BibTex
titre
Reduction to a single closed equation for 2 by 2 reaction-diffusion systems of Lotka-Volterra type
auteur
Martin Strugarek, Nicolas Vauchelet
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2016, 76 (5), pp.2060-2080
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01264980/file/Reduction_v10.pdf BibTex
titre
Uncertainty propagation; intrusive kinetic formulations of scalar conservation laws
auteur
Bruno Després, Benoît Perthame
article
SIAM/ASA Journal on Uncertainty Quantification, 2016, 4 (1), pp.980-1013
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01146188/file/Incertitude_52.pdf BibTex
titre
On a Boltzmann mean field model for knowledge growth
auteur
Martin Burger, Alexander Lorz, Marie-Therese Wolfram
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2016, ⟨10.1137/15M1018599⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01163491/file/1503.08419v3.pdf BibTex
titre
Semi-discretization for Stochastic Scalar Conservation Laws with Multiple Rough Fluxes
auteur
Benjamin Gess, Benoît Perthame, Panagiotis E. Souganidis
article
SIAM Journal on Numerical Analysis, 2016, 54 (4), pp.2187-2209. ⟨10.1137/15M1053670⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01481284/file/Semi-discretization_for_SSCL.pdf BibTex
titre
Epidemiological data accessibility in Brazil: Current challenges for an adequate response to emergencies
auteur
Flávio Codeço Coelho, Cláudia Torres Codeço, Oswaldo Gonçalves Cruz, Sabrina Camargo, Pierre-Alexandre Bliman
article
The Lancet Infectious Diseases, 2016, 16, pp.524 – 525. ⟨10.1016/S1473-3099(16)30007-X⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01395754/file/Lancet_sub.pdf BibTex
titre
Derivation of the bacterial run-and-tumble kinetic equation from a model with biochemical pathway
auteur
Benoît Perthame, Min Tang, Nicolas Vauchelet
article
Journal of Mathematical Biology, 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01131101/file/kineticlimit_12_3.pdf BibTex
titre
Mathematics of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Diversity of Topics, Models and Methods
auteur
Gennady Bocharov, Anas Bouchnita, Jean Clairambault, Vitaly Volpert
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01413795/file/PrefaceMMNPDec2016.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Stability of a Delay System Coupled to a Differential-Difference System Describing the Coexistence of Ordinary and Mutated Hematopoietic Stem Cells
auteur
Walid Djema, Frédéric Mazenc, Catherine Bonnet, Jean Clairambault, P Hirsch, François Delhommeau
article
55th IEEE Conference on Decision and Control (CDC 2016), Dec 2016, Las Vegas, United States. ⟨10.1109/cdc.2016.7798328⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01389870/file/HALCDC.pdf BibTex
titre
Quantitative Estimation of Tumor Cellularity Based on Histology Data
auteur
Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Arne Warth, Margarita González-Vallinas, Kai Breuhahn, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
article
IEEE Nuclear Science Symposuim & Medical Imaging Conference, Oct 2016, Oct 2016, Strasbourg, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Tumor Microvasculature in Lung Cancer and Diffusion-Weighted MRI: Preliminary Results
auteur
Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Johannes Lotz, Janine Olesch, Kai Breuhahn, Dirk Drasdo, Irene Vignon-Clementel
article
IEEE Nuclear Science Symposuim & Medical Imaging Conference, Oct 2016, Strasbourg, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Interval observer for SIR epidemic model subject to uncertain seasonality
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Bettina D ‘Avila Barros
article
Positive Systems – POSTA 2016, Sep 2016, Roma, Italy
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01309743/file/posta2016_def.pdf BibTex

Mémoire d’étudiant

titre
Investigating cancer resistance in a Glioblastoma cell line with gene expression data
auteur
Hicham Janati
article
Statistics [stat]. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01412944/file/RapportHicham.pdf BibTex

Poster de conférence

titre
Tumour growth and drug resistance: an evolutionary view with perspectives in therapeutics
auteur
Jean Clairambault, Luís Almeida, Rebecca Chisholm, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Benoît Perthame, Camille Pouchol, Emmanuel Trélat
article
ECMTB 2016 – European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2016, Nottingham, United Kingdom. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01378290/file/JCPosterECMTB2016.pdf BibTex

Thèse

titre
Mathematical Modeling in Cellular Dynamics: Applications to Cancer Research
auteur
Youssef Bourfia
article
Mathematics [math]. Université Paris 6 – Pierre et Marie Curie; Université Cadi Ayyad, 2016. English. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/tel-01426296/file/these_archivage_youssef_bourfia.pdf BibTex
titre
Cell-based multi-scale modeling for systems and synthetic biology : from stochastic gene expression in single cells to spatially organized cell populations
auteur
François Bertaux
article
Modeling and Simulation. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI, 2016. English. ⟨NNT : 2016PA066101⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-01405430/file/2016PA066101.pdf BibTex
titre
Study of two-species chemotaxis models
auteur
Casimir Emako Kazianou
article
General Mathematics [math.GM]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI, 2016. English. ⟨NNT : 2016PA066045⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-01365414/file/2016PA066045.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Quantitative modeling identifies robust predictable stress response of growing CT26 tumor spheroids under variable conditions
auteur
P van Liedekerke, J Neitsch, T Johann, K Alessandri, P Nassoy, Dirk Drasdo
article
2016
Accès au bibtex
BibTex
titre
Model prediction and validation of an order mechanism controlling the spatio-temporal phenotype of early hepatocellular carcinoma
auteur
François Bertaux, Stefan Hoehme, William Weens, Bettina Grasl-Kraupp, Jan G. Hengstler, Dirk Drasdo
article
2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01426629/file/PaperLiverCancer-submission.pdf BibTex
titre
Analysis and simulation of nonlinear and nonlocal transport equations
auteur
Frédéric Lagoutière, Nicolas Vauchelet
article
2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01352548/file/aggregation_proc.pdf BibTex
titre
Quantifying the Survival Uncertainty of Wolbachia-infected Mosquitoes in a Spatial Model *
auteur
Martin Strugarek, Nicolas Vauchelet, Jorge Zubelli
article
2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01355118/file/UQ_20170724.pdf BibTex
titre
Physiologically structured cell population dynamic models with applications to combined drug delivery optimisation in oncology
auteur
Jean Clairambault, Olivier Fercoq
article
2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01321536/file/JO4MMNP2016.pdf BibTex
titre
Well-balanced and asymptotic preserving schemes for kinetic models
auteur
Casimir Emako, Min Tang
article
2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01265029/file/WB_scheme_02_12_15.pdf BibTex

Vidéo

titre
Simulation of the growth-fragmentation equation in a periodic case – Non-dissipative numerical scheme
auteur
Marie Doumic
article
2016
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https://inria.hal.science/medihal-01407826/file/smooth.mp4 BibTex

2015

Article dans une revue

titre
Microscopic approach of a time elapsed neural model
auteur
Julien Chevallier, Maria J. Caceres, Marie Doumic, Patricia Reynaud-Bouret
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, 2015, http://www.worldscientific.com/doi/10.1142/S021820251550058X. ⟨10.1142/S021820251550058X⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01159215/file/PDE_Hawkes_Marie11.pdf BibTex
titre
Nonparametric estimation of the division rate of an age dependent branching process
auteur
Marc Hoffmann, Adélaïde Olivier
article
Stochastic Processes and their Applications, 2015, ⟨10.1016/j.spa.2015.11.009⟩
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https://hal.science/hal-01254203/file/HO_hal.pdf BibTex
titre
Mathematical model reveals how regulating the three phases of T-cell response could counteract immune evasion
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Matteo Melensi, Alexander Lorz, Marcello Delitala
article
Immunology, 2015, 146 (2), pp.271-280. ⟨10.1111/imm.12500⟩
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BibTex
titre
Model-guided identification of a therapeutic strategy to reduce hyperammonemia in liver diseases
auteur
Ahmed Ghallab, Geraldine Celliere, Sebastian Henkel, Dominik Driesch, Stefan Hoehme, Ute Hofmann, Sebastian Zellmer, Patricio Godoy, Agapios Sachinidis, Meinolf Blaszkewicz, Raymond Reif, Rosemarie Marchan, Lars Kuepfer, Dieter Häussinger, Dirk Drasdo, G Gebhardt, Jan G. Hengstler
article
Journal of Hepatology, 2015, 64 (4), pp.860-871. ⟨10.1016/j.jhep.2015.11.018⟩
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https://hal.science/hal-01257127/file/JHEPAT_5901.pdf BibTex
titre
Simulating tissue mechanics with Agent Based Models: concepts and perspectives
auteur
Paul van Liedekerke, Margriet Palm, N Jagiella, Dirk Drasdo
article
Computational Particle Mechanics, 2015, 2 (4), pp.401-444. ⟨10.1007/s40571-015-0082-3⟩
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https://inria.hal.science/hal-01220539/file/LiedekerkeEtAl-review-17-09-2015-review-PVL-DD.pdf BibTex
titre
The asymmetry of telomere replication contributes to replicative senescence heterogeneity
auteur
Thibault Bourgeron, Zhou Xu, Marie Doumic, Maria Teresa Teixeira
article
Scientific Reports, 2015, 5, pp.15326. ⟨10.1038/srep15326⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01272075/file/srep15326.pdf BibTex
titre
Dynamics of time elapsed inhomogeneous neuron network model
auteur
Moon-Jin Kang, Benoît Perthame, Delphine Salort
article
Comptes Rendus. Mathématique, 2015, 353, pp.1111-1115. ⟨10.1016/j.crma.2015.09.029⟩
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BibTex
titre
Modelling and numerics for respiratory aerosols
auteur
Laurent Boudin, Céline Grandmont, Alexander Lorz, Ayman Moussa
article
Communications in Computational Physics, 2015, 18 (3), pp.723-756. ⟨10.4208/cicp.180714.200415a⟩
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https://hal.science/hal-01044590/file/aynumHAL.pdf BibTex
titre
Dissecting the dynamics of epigenetic changes in phenotype-structured populations exposed to fluctuating environments
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Laurent Desvillettes, Barry D. Hughes
article
Journal of Theoretical Biology, 2015, 386, pp.166-176. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.08.031⟩
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https://inria.hal.science/hal-01237890/file/Manuscript.pdf BibTex
titre
Concomitant expression of far upstream element (FUSE) binding protein (FBP) interacting repressor (FIR) and its splice variants induce migration and invasion of non-small cell lung cancer (NSCLC) cells
auteur
Benedikt Müller, Michael Bovet, Yi Yin, Damian Stiche, Mona Malz, Margarita González-Vallinas, Alistair Middleton, Volker Ehemann, Jennifer Schmitt, Thomas Muley, Michael Meister, Esther Herpel, Stephan Singer, Arne Warth, Peter Schirmacher, Dirk Drasdo, Franziska Matthäus, Kai Breuhahn
article
Journal of Pathology, 2015, 237 (3), pp.390-401. ⟨10.1002/path.4588⟩
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BibTex
titre
Qualitative Properties of Solutions for the Noisy Integrate & Fire model in Computational Neuroscience
auteur
José Carrillo, Benoît Perthame, Delphine Salort, Didier Smets
article
Nonlinearity, 2015, 28 (9), pp.3365 ⟨10.1088/0951-7715/28/9/3365⟩
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https://hal.science/hal-01079381/file/IF30102014.pdf BibTex
titre
Gap geometry dictates epithelial closure efficiency
auteur
Andrea Ravasio, Ibrahim Cheddadi, Tianchi Chen, Telmo Pereira, Hui Ting Ong, Cristina Bertocchi, Agusti Brugues, Antonio Jacinto, Alexandre J. Kabla, Yusuke Toyama, Xavier Trepat, Nir Gov, Luís Almeida, Benoit Ladoux
article
Nature Communications, 2015, 6, pp.NATURE COMMUNICATIONS | 6:7683 | DOI: 10.1038/ncomms8683 ⟨10.1038/ncomms8683⟩
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BibTex
titre
Information Content in Data Sets for a Nucleated-Polymerization Model
auteur
H. T. Banks, Marie Doumic, Carola Kruse, Stephanie Prigent, H Rezaei
article
Journal of Biological Dynamics, 2015, 9 (1), pp.26. ⟨10.1080/17513758.2015.1050465⟩
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https://inria.hal.science/hal-01123847/file/BDK2_11_30_14.pdf BibTex
titre
Existence and diffusive limit of a two-species kinetic model of chemotaxis
auteur
Luís Almeida, Casimir Emako, Nicolas Vauchelet
article
Kinetic and Related Models , 2015, ⟨10.3934/krm.2015.8.359⟩
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https://hal.science/hal-00980594/file/kinmulti_v2.pdf BibTex
titre
TiQuant: software for tissue analysis, quantification and surface reconstruction
auteur
Adrian Friebel, Johannes Neitsch, Tim Johann, Seddik Hammad, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme
article
Bioinformatics, 2015, 31 (19), pp.3234-3236. ⟨10.1093/bioinformatics/btv346⟩
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BibTex
titre
Mathematical Analysis of a System for Biological Network Formation
auteur
Jan Haskovec, Peter Markowich, Benoît Perthame
article
Communications in Partial Differential Equations, 2015, 40 (5), pp.918-956. ⟨10.1080/03605302.2014.968792⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00998344/file/NetworkFormation_7May2014.pdf BibTex
titre
Emergence of Drug Tolerance in Cancer Cell Populations: An Evolutionary Outcome of Selection, Nongenetic Instability, and Stress-Induced Adaptation
auteur
Rebecca H. Chisholm, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Annette K. Larsen, Luís Almeida, Alexandre Escargueil, Jean Clairambault
article
Cancer Research, 2015, 75 (6), pp.930-939. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-14-2103⟩
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BibTex
titre
Data Assimilation for hyperbolic conservation laws. A Luenberger observer approach based on a kinetic description
auteur
Anne-Céline Boulanger, Philippe Moireau, Benoît Perthame, Jacques Sainte-Marie
article
Communications in Mathematical Sciences, 2015, 13 (3), pp.587 – 622. ⟨10.4310/CMS.2015.v13.n3.a1⟩
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https://arxiv.org/pdf/1309.5613 BibTex
titre
Social information use and the evolution of unresponsiveness in collective systems
auteur
Colin J Torney, Tommaso Lorenzi, Iain D Couzin, Simon A Levin
article
Journal of the Royal Society Interface, 2015, ⟨10.1098/rsif.2014.0893⟩
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BibTex
titre
Modeling the effects of space structure and combination therapies on phenotypic heterogeneity and drug resistance in solid tumors
auteur
Alexander Lorz, Tommaso Lorenzi, Jean Clairambault, Alexandre Escargueil, Benoît Perthame
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2015, 77 (1), pp.1-22. ⟨10.1007/s11538-014-0046-4⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00921266/file/AABJTresub1009.pdf BibTex
titre
Unraveling liver complexity from molecular to organ level: Challenges and perspectives
auteur
Lorenza Alice d’Alessandro, Stefan Hoehme, Adriano Henney, Dirk Drasdo, Ursula Klingmüller
article
Progress in Biophysics and Molecular Biology, 2015, 117 (1), pp.78-86. ⟨10.1016/j.pbiomolbio.2014.11.005⟩
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BibTex
titre
My Personal Journey In Mathematical Biology & Medicine
auteur
Jean Clairambault
article
Society for Mathematical Biology Newsletter, 2015, SMB Newsletter, 28 (1), pp.2
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https://inria.hal.science/hal-01109000/file/JC4SMBNewsletter2015Vol28No1.pdf BibTex
titre
Transversal instability for the thermodiffusive reaction-diffusion system
auteur
Michal Kolwalczyk, Benoît Perthame, Nicolas Vauchelet
article
Chinese Annals of Mathematics – Series B, 2015, 36 (5), pp.871-882. ⟨10.1007/s11401-015-0981-x⟩
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https://hal.science/hal-00939013/file/instab_v3.pdf BibTex
titre
Numerical methods for one-dimensional aggregation equations
auteur
Francois James, Nicolas Vauchelet
article
SIAM Journal on Numerical Analysis, 2015, 53 (2), pp.895-916. ⟨10.1137/140959997⟩
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https://hal.science/hal-00955971/file/num1D_corr_HAL.pdf https://hal.science/hal-00955971/file/num1D_v5.pdf BibTex
titre
Competition and boundary formation in heterogeneous media: Application to neuronal differentiation
auteur
Benoît Perthame, Cristóbal Quiñinao, Jonathan Touboul
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, 2015, 25 (13), pp.2477-2502. ⟨10.1142/S0218202515400151⟩
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https://hal.science/hal-01054813/file/notes_v12.pdf BibTex
titre
Mechanics of epithelial closure over non-adherent environments
auteur
Sri Ram Krishna Vedula, Grégoire Peyret, Ibrahim Cheddadi, Tianchi Chen, Agustí Brugués, Hiroaki Hirata, Horacio Lopez-Menendez, Yusuke Toyama, Luís Neves de Almeida, Xavier Trepat, Chwee Teck Lim, Benoit Ladoux
article
Nature Communications, 2015, 6, pp.Article number: 6111. ⟨10.1038/ncomms7111⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01298859/file/ncomms7111.pdf BibTex
titre
Statistical estimation of a growth-fragmentation model observed on a genealogical tree
auteur
Marie Doumic, Marc Hoffmann, Nathalie Krell, Lydia Robert
article
Bernoulli, 2015, 21 (3), pp.1760-1799. ⟨10.3150/14-BEJ623⟩
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https://hal.science/hal-01102799/file/DHKR_modified.pdf BibTex
titre
Asymptotic analysis of a selection model with space
auteur
Sepideh Mirrahimi, Benoît Perthame
article
Journal de Mathématiques Pures et Appliquées, 2015, 104, pp.1108-1118
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https://hal.science/hal-01030762/file/resistance-submit.pdf BibTex
titre
Incompressible limit of mechanical model of tumor growth with viscosity
auteur
Benoît Perthame, Nicolas Vauchelet
article
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series A, Mathematical and Physical Sciences (1934–1990), 2015, 373, pp.20140283. ⟨10.1098/rsta.2014.0283⟩
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https://hal.science/hal-01066494/file/HS_viscoelastic_v6a.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Global stabilizing feedback law for a problem of biological control of mosquito-borne diseases
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Maria Soledad Aronna, Flávio C. Coelho, Moacyr da Silva
article
54th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2015, Osaka, Japan
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https://inria.hal.science/hal-01261162/file/CDC15_0537_FI.pdf BibTex
titre
Phenotype heterogeneity in cancer cell populations
auteur
Luis Almeida, Rebecca H. Chisholm, Jean Clairambault, Alexandre Escargueil, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Emmanuel Trélat
article
ICNAAM 2015 Session 70: « Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology », Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece
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https://inria.hal.science/hal-01249242/file/JC_ICNAAM2015Rhodes.pdf BibTex
titre
Emergence of cytotoxic resistance in cancer cell populations: single-cell mechanisms and population-level consequences
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Alexander Lorz, Annette K Larsen, Luís Almeida, Alexandre Escargueil, Jean Clairambault
article
ICNAAM 2015 Session 70: « Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology », Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece
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https://inria.hal.science/hal-01249239/file/TL_ICNAAM2015Rhodes.pdf BibTex
titre
Diverse spatio-temporal dynamical patterns of p53 and cell fate decisions
auteur
Jean Clairambault, Jan Elias
article
ICNAAM 2015 Session 70: « Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology », Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece. pp.4
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https://hal.science/hal-01246826/file/HALEliasJanClairambaultJeanICNAAM2015.pdf BibTex
titre
Preface to Session 70  » Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology
auteur
Loic Barbarroux, Jean Clairambault, Nick Cogan, Jan Elias, Shalla Hanson, Marek Kimmel, Tommaso Lorenzi
article
ICNAAM 2015 Session 70: « Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology », Organiser Session 70: Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece
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https://inria.hal.science/hal-01249244/file/JC_Session70Preface_ICNAAM2015Rhodes.pdf BibTex
titre
Emergence of cytotoxic resistance in cancer cell populations
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Alexander Lorz, Annette K Larsen, Luís Almeida, Alexandre Escargueil, Jean Clairambault
article
Workshop on Multiscale and Hybrid Modelling in Cell and Cell Population Biology, V. Volpert and J. Clairambault, Mar 2015, Paris, France. ⟨10.1051/itmconf/20150500009⟩
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https://inria.hal.science/hal-01249235/file/itmconf_mod2015_00009.pdf BibTex

Mémoire d’étudiant

titre
Modelling interactions between tumour cells and supporting adipocytes in breast cancer
auteur
Camille Pouchol
article
Mathematics [math]. 2015
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https://inria.hal.science/hal-01252122/file/ReportInternship.pdf BibTex

Ouvrages

titre
Parabolic equations in biology
auteur
Benoît Perthame
article
Springer. Springer, 2015, Lecture Notes on Mathematical Modelling in the Life Sciences, 978-3-319-19499-8; 978-3-319-19500-1
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BibTex

Poster de conférence

titre
Approximating the dynamics of the Hybrid Stochastic-Deterministic Apoptosis pathway
auteur
Sucheendra K. Palaniappan, François Bertaux, Matthieu Pichene, Eric Fabre, Gregory Batt, Blaise Genest
article
CMSB 2015, 2015, Nantes, France. CMSB 2015, 2015, CMSB 2015
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Thèse

titre
Mathematical model of the role and temporal dynamics of protein p53 after drug-induced DNA damage
auteur
Jan Elias
article
Number Theory [math.NT]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI, 2015. English. ⟨NNT : 2015PA066253⟩
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https://theses.hal.science/tel-01237604/file/these_archivage_3269952o.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Effects of an advection term in nonlocal Lotka-Volterra equations
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Alexander Lorz
article
2015
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BibTex
titre
Ensuring successful introduction of Wolbachia in natural populations of Aedes aegypti by means of feedback control
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Maria Soledad Aronna, Flávio U. Coelho, Moacyr da Silva
article
2015
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https://arxiv.org/pdf/1503.05216 BibTex
titre
Determining the distribution of calcium channels in the olfactory system
auteur
Thibault Bourgeron, Carlos Conca, Rodrigo Lecaros
article
2015
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https://inria.hal.science/hal-01132095/file/BCL.pdf BibTex
titre
Behavioral modulation of the coexistence between Apis melifera and Varroa destructor : A defense against colony colapse disorder?
auteur
Joyce de Figueiró Santos, Flávio C. Coelho, Pierre-Alexandre Bliman
article
2015
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https://arxiv.org/pdf/1502.07077 BibTex
titre
Emergence of drug tolerance in cancer cell populations: an evolutionary outcome of selection, non-genetic instability and stress-induced adaptation
auteur
Rebecca H. Chisholm, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Annette K. Larsen, Luís Almeida, Alexandre Escargueil, Jean Clairambault
article
2015
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https://hal.science/hal-01111271/file/cancer_research_submition_1_2014.pdf BibTex

2014

Article dans une revue

titre
Integrated metabolic spatial-temporal model for the prediction of ammonia detoxification during liver damage and regeneration
auteur
Freimut Schliess, Stefan Hoehme, Sebastian Henkel, Ahmed Ghallab, Dominik Driesch, Jan Böttger, Reinhard Guthke, Michael Pfaff, Jan Hengstler, Rolf Gebhardt, Dieter Häussinger, Dirk Drasdo, Sebastian Zellmer
article
Hepatology, 2014, 60 (6), pp.2040-2051. ⟨10.1002/hep.27136⟩
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https://inria.hal.science/hal-01110646/file/hep27136.pdf BibTex
titre
The virtual liver: state of the art and future perspectives
auteur
Dirk Drasdo, Johannes Bode, Uta Dahmen, Olaf Dirsch, Steven Dooley, Rolf Gebhardt, Ahmed Ghallab, Patricio Godoy, Dieter Häussinger, Seddik Hammad, Stefan Hoehme, Hermann-Georg Holzhütter, Ursula Klingmüller, Lars Kuepfer, Jens Timmer, Marino Zerial, Jan G. Hengstler
article
Archives of Toxicology, 2014, pp.2071-2075. ⟨10.1007/s00204-014-1384-6⟩
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BibTex
titre
Scalar conservation laws with rough (stochastic) fluxes; the spatially dependent case
auteur
Pierre Louis Lions, Benoît Perthame, Panagiotis E. Souganidis
article
Stochastics and Partial Differential Equations: Analysis and Computations, 2014, 2 (4), pp.517-538. ⟨10.1007/s40072-014-0038-2⟩
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https://hal.science/hal-00960332/file/scl-xdependent_April_3.pdf BibTex
titre
Derivation of a Hele-Shaw type system from a cell model with active motion
auteur
Benoît Perthame, Fernando Quirós, Min Tang, Nicolas Vauchelet
article
Interfaces and Free Boundaries, 2014, 14 (4), pp.489-508. ⟨10.4171/IFB/327⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00906168/file/activemotion-13-07-04.pdf BibTex
titre
How predictive quantitative modeling of tissue organization can inform liver disease pathogenesis.
auteur
Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Jan G. Hengstler
article
Journal of Hepatology, 2014, 61 (4), pp.951-956. ⟨10.1016/j.jhep.2014.06.013⟩
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BibTex
titre
Dynamics of p53 in single cells: physiologically based ODE and reaction-diffusion PDE models
auteur
Jan Elias, Luna Dimitrio, Jean Clairambault, Roberto Natalini
article
Physical Biology, 2014, pp.22. ⟨10.1088/1478-3975/11/4/045001⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00859412/file/IOPJPhysBiol_v2_unmarked.pdf BibTex
titre
Reaction-diffusion systems for spatio-temporal intracellular protein networks: a beginner’s guide with two examples
auteur
Jan Elias, Jean Clairambault
article
Computational and Structural Biotechnology Journal, 2014, pp.11. ⟨10.1016/j.csbj.2014.05.007⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00957344/file/CSBJ2014_JEJC.pdf BibTex
titre
Size distribution of amyloid brils. Mathematical models and experimental data.
auteur
Stephanie Prigent, Hadjer Wafaa Haffaf, H. T. Banks, M. Hoffmann, Human Rezaei, Marie Doumic
article
International Journal of Pure and Applied Mathematics, 2014, 93 (6), pp.845-878. ⟨10.12732/ijpam.v93i6.10⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00958785/file/SizeDistribabstract.pdf BibTex
titre
Modeling contact interactions between triangulated rounded bodies for the discrete element method
auteur
Bart Smeets, Tim Odenthal, Janos Keresztes, Simon Vanmaercke, Paul van Liedekerke, Engelbert Tijskens, Wouter Saeys, Hans van Oosterwyck, Herman Ramon
article
Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2014, 277, pp.219-238. ⟨10.1016/j.cma.2014.04.017⟩
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BibTex
titre
Perspective on « New and Less New Opportunities For Mathematical Biology as Applied To Biological and Clinical Medicine
auteur
Jean Clairambault
article
Society for Mathematical Biology Newsletter, 2014, SMB Newsletter, 27 (2), pp.2
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https://inria.hal.science/hal-01108995/file/JC4SMBNewsletter2014vol27no2.pdf BibTex
titre
Enabling multiscale modeling in systems medicine: From reactions in cells to organ physiology
auteur
Olaf Wolkenhauer, Charles Auffray, Olivier Brass, Jean Clairambault, Andreas Deutsch, Dirk Drasdo, Francesco Gervasio, Luigi Preziosi, Philip Maini, Anna Marciniak-Czochra, Christina Kossow, Lars Kuepfer, Katja Rateitschak, Ignacio Ramis-Conde, Benjamin Ribba, Andreas Schuppert, Rod Smallwood, Georgios Stamatakos, Felix Winter, Helen Byrne
article
Genome Medicine, 2014, Genome Medicine, 6 (21), pp.3
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01109002/file/WolkenhauerGenomeMedicine2014.pdf BibTex
titre
Protocols for staining of bile canalicular and sinusoidal networks of human, mouse and pig livers, three-dimensional reconstruction and quantification of tissue microarchitecture by image processing and analysis.
auteur
Seddik Hammad, Stefan Hoehme, Adrian Friebel, Iris von Recklinghausen, Amnah Othman, Brigitte Begher-Tibbe, Raymond Reif, Patricio Godoy, Tim Johann, Amruta Vartak, Klaus Golka, Petru O. Bucur, Eric Vibert, Rosemarie Marchan, Bruno Christ, Steven Dooley, Christoph Meyer, Iryna Ilkavets, Uta Dahmen, Olaf Dirsch, Jan Böttger, Rolf Gebhardt, Dirk Drasdo, Jan G. Hengstler
article
Archives of Toxicology, 2014, 88 (5), pp.1161-1183. ⟨10.1007/s00204-014-1243-5⟩
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BibTex
titre
Long-term analysis of phenotypically structured models
auteur
Alexander Lorz, Benoît Perthame
article
Proceedings of the Royal Society of London. Series A, Mathematical and physical sciences, 2014, 470 (2167), pp.1-10. ⟨10.1098/rspa.2014.0089⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00941097/file/AB12.pdf BibTex
titre
Estimating Dose Painting Effects in Radiotherapy: A Mathematical Model
auteur
Juan Carlos Lopez Alfonso, Nick Jagiella, Luis Núñez, Miguel Herrero, Dirk Drasdo
article
PLoS ONE, 2014, 9 (2), pp.22. ⟨10.1371/journal.pone.0089380⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01109675/file/journal.pone.0089380.pdf BibTex
titre
Synchronisation and control of proliferation in cycling cell population models with age structure
auteur
Frédérique Billy, Jean Clairambault, Olivier Fercoq, Stéphane Gaubert, Thomas Lepoutre, Thomas Ouillon, Shoko Saito
article
Mathematics and Computers in Simulation, 2014, 96, pp.66-94. ⟨10.1016/j.matcom.2012.03.005⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00662885/file/BiCFerGLOuS.pdf BibTex
titre
Estimating the Division Rate of the Self-Similar Growth-Fragmentation Equation
auteur
Thibault Bourgeron, Marie Doumic, Miguel Escobedo
article
Inverse Problems, 2014, 30 (2), pp.025007, 28
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00858488/file/BDE.pdf BibTex
titre
Beyond blow-up in excitatory integrate and fire neuronal networks: refractory period and spontaneous activity
auteur
Maria J. Caceres, Benoît Perthame
article
Journal of Theoretical Biology, 2014, 350, pp.81-89. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.02.005⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00874746/file/CP.pdf BibTex
titre
Traveling wave solution of the Hele-Shaw model of tumor growth with nutrient
auteur
Benoît Perthame, Min Tang, Nicolas Vauchelet
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, 2014, 24 (13), pp.2601-2626
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00931399/file/TW_Heleshaw_Jan_14.pdf BibTex
titre
A simple derivation of BV bounds for inhomogeneous relaxation systems
auteur
Benoît Perthame, Nicolas Seguin, Magali Tournus
article
Communications in Mathematical Sciences, 2014, 13 (2), pp.577-586
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00974269/file/RelaxationPST_Arxiv.pdf BibTex
titre
The Hele-Shaw asymptotics for mechanical models of tumor growth
auteur
Benoît Perthame, Fernando Quirós, Juan-Luis Vázquez
article
Archive for Rational Mechanics and Analysis, 2014, 212, pp.93-127. ⟨10.1007/s00205-013-0704-y⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00831932/file/Hele_Shaw.pdf BibTex
titre
Bernoulli variational problem and beyond
auteur
Alexander Lorz, Peter Markowich, Benoît Perthame
article
Archive for Rational Mechanics and Analysis, 2014, 212, pp.415-443. ⟨10.1007/s00205-013-0707-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00881760/file/ABP28.pdf BibTex
titre
Division in Escherichia coli is triggered by a size-sensing rather than a timing mechanism
auteur
Lydia Robert, Marc Hoffmann, Nathalie Krell, Stéphane Aymerich, Jérôme Robert, Marie Doumic
article
BMC Biology, 2014, 12 (1), pp.17. ⟨10.1186/1741-7007-12-17⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00981312/file/1741-7007-12-17.pdf BibTex
titre
Modeling Dynamics of Cell-to-Cell Variability in TRAIL-Induced Apoptosis Explains Fractional Killing and Predicts Reversible Resistance
auteur
François Bertaux, Szymon Stoma, Dirk Drasdo, Gregory Batt
article
PLoS Computational Biology, 2014, 10 (10), pp.14. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003893.s016⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00942885/file/bertaux_et_al_PCB_2014.pdf BibTex
titre
Adaptation and Fatigue Model for Neuron Networks and Large Time Asymptotics in a Nonlinear Fragmentation Equation
auteur
Khashayar Pakdaman, Benoît Perthame, Delphine Salort
article
Journal of Mathematical Neuroscience, 2014, 4 (1), pp.14. ⟨10.1186/2190-8567-4-14⟩
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https://inria.hal.science/hal-01054561/file/2190-8567-4-14.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Stability analysis of PDE’s modelling cell dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
Jose Luis Avila Alonso, Catherine Bonnet, Emilia Fridman, Frédéric Mazenc, Jean Clairambault
article
53rd IEEE Annual Conference on Decision and Control (CDC 2014), Dec 2014, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/cdc.2014.7039860⟩
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BibTex
titre
A coupled model for healthy and cancer cells dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
José Luis Avila Alonso, Catherine Bonnet, Hitay Ozbay, Jean Clairambault, Silviu-Iulian Niculescu
article
19th IFAC World Congress on International Federation of Automatic Control (IFAC 2014), Aug 2014, Groningen, South Africa. ⟨10.3182/20140824-6-za-1003.02574⟩
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BibTex
titre
Some mathematical aspects of tumor growth and therapy
auteur
Benoît Perthame
article
ICM 2014 – International Congress of Mathematicians, Aug 2014, Seoul, South Korea
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01059766/file/Perthame_ICM.pdf BibTex
titre
A Discrete-Maturity Interconnected Model of Healthy and Cancer Cell Dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
Catherine Bonnet, Jose Luis Avila Alonso, Hitay Ozbay, Jean Clairambault, Silviu-Iulian Niculescu, Pierre Hirsch
article
The 10th AIMS Conference on Dynamical Systems,Differential Equations and Applications, Jul 2014, Madrid, Spain
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BibTex
titre
A discrete-maturity Interconnected Model of Healthy and Cancer Cell Dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
José Luis Avila Alonso, Catherine Bonnet, Hitay Ozbay, Jean Clairambault, Silviu-Iulian Niculescu
article
Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Groningen, Netherlands
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BibTex

Chapitre d’ouvrage

titre
Analysis of a New Model of Cell Population Dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
José Luis Avila Alonso, Catherine Bonnet, Jean Clairambault, Hitay Ozbay, Silviu-Iulian Niculescu, Faten Merhi, Annabelle Ballesta, Ruoping Tang, Jean-Pierre Marie
article
Tomáš Vyhlídal and Jean-François Lafay and Rifat Sipahi. Delay Systems : From Theory to Numerics and Applications, 1, Springer, pp.315-328, 2014, Advances in Delays and Dynamics, 978-3-319-01695-5. ⟨10.1007/978-3-319-01695-5_23⟩
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BibTex

HDR

titre
Contributions mathématiques à l’étude de modèles décrivant le mouvement de particules confinées et de micro-organismes
auteur
Nicolas Vauchelet
article
Equations aux dérivées partielles [math.AP]. Université Pierre et Marie Curie, 2014
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https://hal.science/tel-01111810/file/hdr.pdf BibTex

Autre publication scientifique

titre
Modelling and analysis of protein aggregation – completing pathways in prion (PrP) polymerisation
auteur
Stephanie Prigent, Hadjer Wafaa Haffaf
article
2014
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BibTex

2013

Article dans une revue

titre
Wave-like solutions for nonlocal reaction-diffusion equations: a toy model
auteur
Grégoire Nadin, Luca Rossi, Leonid Ryzhik, Benoît Perthame
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2013, 8 (3), pp.33-41. ⟨10.1051/mmnp/20127102⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00923692/file/wavetrainFinal.pdf BibTex
titre
The p53 protein and its molecular network: modelling a missing link between DNA damage and cell fate
auteur
Jan Elias, Luna Dimitrio, Jean Clairambault, Roberto Natalini
article
Biochimica et Biophysica Acta Proteins and Proteomics, 2013, ⟨10.1016/j.bbapap.2013.09.019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00822308/file/BBAPPrev3p53MDM2ATMWIP1.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Modelling and analysis of protein aggregation – Competing pathways in prion (PrP) polymerisation
auteur
Hadjer Wafaa Haffaf, Stephanie Prigent
article
Congrès SMAI 2013, May 2013, Seignosse le Penon, France. ⟨10.1051/proc/201445019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01082843/file/proc144519.pdf BibTex

2012

Article dans une revue

titre
Regularization in Keller-Segel type systems and the De Giorgi method
auteur
Benoît Perthame, Alexis F. Vasseur
article
Communications in Mathematical Sciences, 2012, 10 (2), pp.463 – 476. ⟨10.4310/CMS.2012.v10.n2.a2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://auf.hal.science/hal-01374730/file/Perthame_Vasseur_revised.pdf BibTex

2009

Article dans une revue

titre
Scaling limit of a discrete prion dynamics model
auteur
Marie Doumic, Thierry Goudon, Thomas Lepoutre
article
Communications in Mathematical Sciences, 2009, 7 (4), ⟨10.4310/CMS.2009.v7.n4.a3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00403914/file/Scaling_limit_2009_07_05.pdf BibTex