Publications

The publication list of Macbes will appear hereafter. To find the publications of the members of Macbes before 2023, you should look for the publications of the Biocore Project-Team.

Publications HAL du labo/EPI MACBES

2025

Journal articles

titre
Optimal Separation of Two Microbial Species Competing for Two Substitutable Resources. Species Selection in Minimum-Time
auteur
Walid Djema, Térence Bayen, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Optimization Theory and Applications, In press
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https://inria.hal.science/hal-04984791/file/JOTA___Selection_of_Species__mars_2025___Final_Version-hal.pdf BibTex
titre
How residual fertility impacts the efficiency of crop pest control by the sterile insect technique
auteur
Marine A Courtois, Ludovic Mailleret, Suzanne Touzeau, Louise van Oudenhove, Frédéric Grognard
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2025, 87 (2), pp.25. ⟨10.1007/s11538-024-01401-1⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04403761/file/Manuscrit_Springer_Version.pdf BibTex
titre
Benchmark for quantitative characterization of circadian clock cycles
auteur
Odile Burckard, Michèle Teboul, Franck Delaunay, Madalena Chaves
article
BioSystems, 2025, 247, pp.105363. ⟨10.1016/j.biosystems.2024.105363⟩
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https://inria.hal.science/hal-04834066/file/article_biosystems-submitted-hal.pdf BibTex
titre
Analytic solutions for the circadian oscillator characterize cycle dynamics and its robustness
auteur
Odile Burckard, Madalena Chaves
article
Journal of Mathematical Biology, 2025, 90 (1), pp.5. ⟨10.1007/s00285-024-02164-y⟩
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https://hal.science/hal-04391710/file/Analytic-solutions-submitted-hal.pdf BibTex
titre
Opportunities and Challenges in Combining Optical Sensing and Epidemiological Modelling
auteur
Alexey Mikaberidze, C. D. Cruz, Ayalsew Zerihun, Abel Barreto, Pieter Beck, R Calderon, Carlos Camino, Rebecca E. Campbell, Stephanie K. L. Delalieux, Frédéric Fabre, Elin Falla, Stuart Fraser, Kaitlin M. Gold, Carlos Gongora-Canul, Frédéric M. Hamelin, Dalphy O. C. Harteveld, Cheng-Fang Hong, Melen Leclerc, D Lee, Murillo Lobo Jr., Anne-Katrin Mahlein, Emily Mclay, Paul Melloy, Stephen Parnell, Uwe Rascher, J Rich, Irene Salotti, Samuel Soubeyrand, Susan Sprague, Antony Surano, Sandhya D. Takooree, Thomas H. Taylor Jr., Suzanne Touzeau, Pablo J. Zarco-Tejada, Nik J. Cunniffe
article
Phytopathology, 2025, ⟨10.1094/phyto-11-24-0359-fi⟩
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https://hal.science/hal-05100639/file/Opportunities_and_Challenges_2025_Mikaberidze_et_al.pdf BibTex
titre
Taking fear back into the marginal value theorem: the rMVT and optimal boldness
auteur
Vincent Calcagno, Frédéric Grognard, Frédéric M. Hamelin, Ludovic Mailleret
article
Evolution – International Journal of Organic Evolution, 2025, qpaf100. ⟨10.1093/evolut/qpaf100⟩
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BibTex
titre
Circadian Clock Model with Sequestration Repression Motif: Existence of Periodic Orbits and Entrainment Properties
auteur
Benjamin Böbel, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
Interface Focus, In press
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https://hal.science/hal-05060049/file/manuscript.pdf BibTex
titre
Assessing inter-individual genetic variability in peach sugar metabolism through reliable parameter estimation of a kinetic model
auteur
Hussein Kanso, Valentina Baldazzi, Bénédicte Quilot, Charlotte Baey, Mohamed-Mahmoud Memah
article
European Journal of Agronomy, 2025, 168, pp.127641. ⟨10.1016/j.eja.2025.127641⟩
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https://hal.science/hal-05036459/file/Hussein%20et%20al%202025.pdf BibTex

Conference papers

titre
Single and Multi-Objective Performance Optimization of an Algal-Bacterial Synthetic Process
auteur
Rand Asswad, Jean-Luc Gouzé, Eugenio Cinquemani
article
CDC 2025 – 64th IEEE Conference on Decision and Control, IEEE, Dec 2025, Rio de Janeiro, Brazil. pp.1-7
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https://inria.hal.science/hal-05229706/file/main.pdf BibTex
titre
From single cells to population: using deep learning and mathematical modeling to investigate the key differences between drug-tolerant and drug-sensitive cancer cells in live-cell microscopy experiments
auteur
Marielle Péré, Marina Moureau Barbato, Benjamin Bian, Carlos Martinez, Jérémie Roux
article
MEI Center/Université Côte d’Azur International Symposium & Summer School 2025 – A New Era in Medical and Healthcare Science : from reality to virtuality, Jun 2025, Osaka (Japan), Japan
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https://inria.hal.science/hal-05156713/file/abtract_MP_Osaka.pdf BibTex
titre
Sterility in Trouble: When Pest Love Life Challenges Sterile Insect Technique Success
auteur
Marine A. Courtois, Ludovic Mailleret, Louise van Oudenhove, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard
article
12ème biennale de la Société des Mathématiques Appliquées et Industrielles, Société des Mathématiques Appliquées et Industrielles (SMAI), Jun 2025, Carcans-Maubuisson (Gironde), France
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BibTex
titre
cMFA Inference method for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Simon Labarthe, Valentina Baldazzi
article
SMAI 2025 – 12ème Biennale Française des Mathématiques Appliquées et Industrielles, SMAI, Jun 2025, Carcans-Maubuisson (Gironde), France
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BibTex
titre
Sterility on the rocks: when pest love life challenges sterile insect technique success
auteur
Marine Courtois, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau, Ludovic Mailleret, Louise van Oudenhove
article
JEDNs 2025 – Journées de l’Ecole Doctorale de Nice, JEDNs team, May 2025, Nice, France
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BibTex
titre
Optimal pest control for banana production based on a multi-seasonal model
auteur
Frank Kemayou, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Samuel Bowong
article
MPDEE 2025 – Conference on Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution, May 2025, Bilbao, France
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BibTex
titre
cMFA for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Simon Labarthe, Valentina Baldazzi
article
Population Dynamics : From Data to Models 2025, Mar 2025, Sophia antipolis, France
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https://inria.hal.science/hal-04996155/file/sthyve_Flash_talk.pdf BibTex
titre
Optimal control of a microbial growth model by means of substrate concentration and resource allocation
auteur
J. Innerarity Imizcoz, W. Djema, Francis Francis, J.-L. Gouzé
article
DYCOPS 2025 – 14th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, including Biosystems, 2025, Bratislava, Slovakia. pp.528-533, ⟨10.1016/j.ifacol.2025.07.200⟩
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https://inria.hal.science/hal-05249901/file/1-s2.0-S2405896325005609-main-1.pdf BibTex

Poster communications

titre
cMFA for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Simon Labarthe, Valentina Baldazzi
article
CMSB 2025 – 23rd International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2025, Lyon, France
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https://hal.science/hal-05261543/file/poster_CMSB_2025.pdf BibTex
titre
Statistical method inference cMFA for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Simon Labarthe, Valentina Baldazzi
article
JOBIM 2025 – Journées Ouvertes en Biologie Informatique et mathématiques, Jul 2025, Bordeaux, France
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https://inria.hal.science/hal-05163368/file/poster_JOBIM.pdf BibTex
titre
Modelling of biological control strategies in a self-financing plantation
auteur
Aurelien Kambeu Youmbi, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Berge Tsanou
article
MPDEE 2025 – Conference on Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution, May 2025, Bilbao, Spain.
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https://inria.hal.science/hal-05166981/file/poster.pdf BibTex
titre
Mathematical modeling, analysis and control of African cassava mosaic disease
auteur
Armando Borel Kenne Meli, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Jean Jules Tewa
article
MPDEE 2025 – Conference on Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution, May 2025, Bilbao, Spain. , 2025
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https://inria.hal.science/hal-05167011/file/Poster_Mosaique.pdf BibTex
titre
cMFA for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Simon Labarthe, Valentina Baldazzi
article
Population Dynamics : From Data to Models 2025, Mar 2025, Sophia Antipolis, France
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https://inria.hal.science/hal-04996135/file/Poster_Dynam_pop.pdf BibTex
titre
cMFA for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Simon Labarthe, Valentina Baldazzi
article
Journées scientifiques 2025 Agroécologie et Numérique, Jan 2025, Dijon, France
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https://inria.hal.science/hal-04939529/file/Poster_Dijon_PEPR.pdf BibTex
titre
cMFA for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Simon Labarthe, Valentina Baldazzi
article
DSABNS 2025 – 16th Dynamical Systems applied on Biology and Natural Sciences, Jan 2025, Naples, Italy
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https://inria.hal.science/hal-04939527/file/poster_template_Naples.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Optimal pest control for banana production under varying infestation density
auteur
Frank Kemayou, Walid Djema, Samuel Bowong, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau
article
2025
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https://inria.hal.science/hal-05247381/file/preprint.pdf BibTex
titre
Polyandry: A Threat or An opportunity for the Sterile Insect Technique?
auteur
Marine A Courtois, Louise van Oudenhove, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
2025
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https://hal.science/hal-05208104/file/Preprint_MM.pdf BibTex
titre
Inference Method cMFA for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Valentina Baldazzi, Simon Labarthe
article
2025
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https://hal.science/hal-05105798/file/Rapport_cMFA_with_constraint.pdf BibTex

2024

Journal articles

titre
There is no known nonlinear Markov perfect equilibrium strategies for the infinite horizon linear quadratic differential game
auteur
Pierre Bernhard
article
Journal of Economic Theory, 2024, 222, pp.4. ⟨10.1016/j.jet.2024.105927⟩
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https://inria.hal.science/hal-04912486/file/bernhard_final.pdf BibTex
titre
Optimal bacterial resource allocation strategies in batch processing
auteur
Agustín G. Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2024, pp.S567-S591. ⟨10.1137/22M1506328⟩
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https://inria.hal.science/hal-03710681/file/Optimal_bacterial_resource_allocation_in_batch_processing%20%281%29.pdf BibTex
titre
Impact of ontogenic changes on the dynamics of a fungal crop disease model motivated by coffee leaf rust
auteur
Clotilde Djuikem, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau
article
Journal of Mathematical Biology, 2024, 88 (3), pp.30. ⟨10.1007/s00285-024-02053-4⟩
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https://inria.hal.science/hal-04484395/file/Djuikem_et_al_accepted.pdf BibTex
titre
Optimal impulsive control of coffee berry borers in a berry age-structured epidemiological model
auteur
Yves Fotso Fotso, Suzanne Touzeau, Berge Tsanou, Frédéric Grognard, Samuel Bowong
article
Revue Africaine de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, 2024, 38 (Numéro spécial CARI 2022 – 2023), pp.12. ⟨10.46298/arima.11338⟩
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https://hal.science/hal-04100767/file/ARIMA_Yves_Fotso_Published_Version.pdf BibTex
titre
Building coupled innovations on a regional scale to support the pesticide use reduction in market garden production.
auteur
Mireille Navarrete, Marion Casagrande, Valérie Angeon, Caroline Bouvier-d’Yvoire, Marie Chave, Roxane Delconte, Caroline Djian-Caporalino, Arnaud Dufils, Cathy Eckert, Céline El Boukili, Anne-Sophie Ferre, Emilien Genetiez, Eric Hostalnou, Amélie Lefèvre, Gaël Lichou, Ludovic Mailleret, Claire Lesur-Dumoulin, Stéphanie Mothes, Laurent Parrot, Gilles Planas, Romain Roche, Rodolphe Sabatier, Serge Simon, Suzanne Touzeau
article
Innovations Agronomiques, 2024, 96, pp.40-57. ⟨10.17180/ciag-2024-vol96-art04⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04727645/file/2024_Navarette_Innovations%20Agronomiques.pdf BibTex
titre
Optimal control of waste recovery process
auteur
Othman Cherkaoui-Dekkaki, Walid Djema, Nadia Raissi, Jean-Luc Gouzé, Noha El Khattabi
article
International Journal of Dynamics and Control, 2024, ⟨10.1007/s40435-024-01484-7⟩
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https://inria.hal.science/hal-04711930/file/Othman__Optimal_control_of_waste_recovery_process%20%283%29.pdf BibTex
titre
Self-Financing Model for Cabbage Crops with Pest Management
auteur
Aurelien Kambeu Youmbi, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Berge Tsanou
article
Mathematical Biosciences, 2024, 378, pp.109332. ⟨10.2139/ssrn.4793810⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04589904/file/MB_AKY_final.pdf BibTex
titre
Optimal resource allocation in micro-organisms under periodic nutrient fluctuations
auteur
Javier Innerarity Imizcoz, Walid Djema, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Theoretical Biology, In press, ⟨10.1016/j.jtbi.2024.111953⟩
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https://inria.hal.science/hal-04726319/file/_Javier____Journal_of_Theoretical_Biology_JTB_and_CDC_short_version___Optimal_allocation_under_dynamic_conditions-2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Optimal control for a combination of cancer therapies in a model of cell competition
auteur
Pauline Mazel, Walid Djema, Frédéric Grognard
article
CDC 2024 – 63rd IEEE Conference on Decision and Control, IEEE Control Systems Society, Dec 2024, Milan, Italy. pp.1351-1357, ⟨10.1109/CDC56724.2024.10886792⟩
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https://hal.science/hal-04721156/file/CDC24_1234_FI.pdf BibTex
titre
Optimization of microalgae biosynthesis via controlled algal-bacterial symbiosis
auteur
Rand Asswad, Walid Djema, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Eugenio Cinquemani
article
CDC 2024 – 63rd IEEE Conference on Decision and Control, IEEE CSS, Dec 2024, Milan, Italy. pp.1-6, ⟨10.1109/CDC56724.2024.10886300⟩
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https://inria.hal.science/hal-04727571/file/main.pdf BibTex
titre
Coupling plant physiology and pest demography to understand plant-nematode interactions
auteur
Joseph Junior Penlap Tamagoua, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Valentina Baldazzi
article
Journées interdisciplinaires (Rhizos)PHARE, réseau RhizosPHARE, Nov 2024, Rennes, France. pp.36
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https://hal.inrae.fr/hal-04886133/file/BALDAZZI_PHARE_2024.pdf BibTex
titre
Analysis of the impact of re- mating and sperm utilization biases in Drosophila suzukii: development of an individual-centered model
auteur
Marine Courtois, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau, Ludovic Mailleret, Louise van Oudenhove
article
JFSMA 2024 – 32ème Journées Francophones sur les Systèmes Multi-Agents, IES de Cargèse, Nov 2024, Cargèse (Corse du Sud), France
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https://hal.inrae.fr/hal-04808600/file/abstract_Corse.pdf BibTex
titre
Sterile Insect Technique: accounting for residual fertility
auteur
Marine Courtois, Kévan Rastello, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Suzanne Touzeau, Louise van Oudenhove
article
CJC-MA 2024 – Congrès Jeunes Chercheu(ses)(rs) en Mathématiques Appliquées, ENS Lyon, Oct 2024, Lyon, France
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https://hal.inrae.fr/hal-04808537/file/CJC_MA_2024.pdf BibTex
titre
Sterility on the rocks
auteur
Marine Courtois, Taha Belkhayate, Crésus Kounoudji, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau, Ludovic Mailleret, Louise van Oudenhove
article
International Congress in Ecology and Evolution : biennial meeting of the French Society of Ecology and Evolution, Société Française d’Écologie et d’Évolution, Oct 2024, Lyon (Centre des Congrès), France
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https://hal.inrae.fr/hal-04788971/file/Abstract_SFE2_2024.pdf BibTex
titre
Optimal cell growth under periodic environment
auteur
Javier Innerarity Imizcoz, Walid Djema, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
MTNS 2024 – 26th International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Aug 2024, Cambridge (Angleterre), United Kingdom
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https://inria.hal.science/hal-04724783/file/gouzemtnsfinal.pdf BibTex
titre
Coupling plant physiology and pest demography to understand plant-nematode interactions
auteur
Joseph Junior Penlap Tamagoua, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Valentina Baldazzi
article
ECMTB 2024 – 13th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2024, Toledo, Spain
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BibTex
titre
Bioeconomic modelling for sustainable biological control against a cabbage pest
auteur
Frédéric Grognard, Aurelien Kambeu Youmbi, Suzanne Touzeau, Berge Tsanou
article
ECMTB’24 – 13th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2024, Toledo, Spain
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BibTex
titre
Controlling burrowing nematodes in banana roots based on an epidemiological model with variable infestation density
auteur
Suzanne Touzeau, Frank Kemayou, Frédéric Grognard, Samuel Bowong
article
ECMTB’24 – 13th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2024, Toledo, Spain
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BibTex
titre
Tolerant vs. Sensitive: deciphering heterogeneous cellular response via mathematical modeling of single-cell dynamics
auteur
Giada Fiandaca, Marielle Péré, Jérémie Roux, Madalena Chaves
article
ECMTB 2024 – 13th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2024, Toledo, Spain
Accès au bibtex
BibTex
titre
Multiple mating : a threat ?
auteur
Marine Courtois, Taha Belkhayate, Crésus Kounoudji, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau, Ludovic Mailleret, Louise van Oudenhove
article
MMEE 2024 – Mathematical Models in Ecology and Evolution, Jul 2024, Vienne (Austria), Austria
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BibTex
titre
Kalman-based approaches for online estimation of bioreactor dynamics from fluorescent reporter measurements
auteur
Rand Asswad, Eugenio Cinquemani, Jean-Luc Gouzé
article
ECC 2024 – European Control Conference, Jun 2024, Stockholm, Sweden. pp.1-6, ⟨10.23919/ECC64448.2024.10591076⟩
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https://hal.science/hal-04556535/file/ECC24_final_2024-03-25.pdf BibTex
titre
Re-mating consequences on the efficiency of the sterile insect technique
auteur
Marine A. Courtois, Taha Belkhayate, Crésus Kounoudji, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau, Ludovic Mailleret, Louise van Oudenhove
article
DSABNS – 15th Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Caparica, Portugal
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04452111/file/CT_dsabns2024.pdf BibTex
titre
Mathematical modelling for sustainable crop protection
auteur
Suzanne Touzeau
article
DSABNS 2024 – 15th International Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Caparica, Portugal
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04452000/file/MS_dsabns2024_ST.pdf BibTex
titre
Biological control of diamondback moth: a mathematical approach
auteur
Aurelien Kambeu Youmbi, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Berge Tsanou
article
DSABNS 2024 – 15th International Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Caparica, Portugal
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04452042/file/CT_dsabns2024.pdf BibTex

Book sections

titre
Outils et modèles pour aider à la mise en œuvre des plantes de services
auteur
Sandrine Auzoux, Jean-Marc Blazy, A. Gardarin, Ludovic Mailleret, Safia Médiène, Aude Ripoche, Romain Roche, François Warlop
article
C. Dijan-Caporalino; A-V. Lavoir. Les plantes de services : Vers de nouveaux agroécosystèmes, Quae, 2024, 9782759239788
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BibTex

Books

titre
The Green Book of the Academy Space, Environment, Risk and Resilience n°2
auteur
Christophe den Auwer, Marie-Yasmine Dechraoui Bottein, Dennis Fox, A. Galvé, Frédéric Grognard, Jean-Christophe Martin, Manon Le Gourrierec, Lucie Porcherie
article
Université Côte d’Azur. , 2, 2024, 978-2957115433
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04879839/file/Green%20Book%202024%20%E2%80%93%20Acade%CC%81mie%203.pdf BibTex

Poster communications

titre
cMFA for multi-omics data integration in microbial community models
auteur
Sthyve Junior Tatho Djeanou, Simon Labarthe, Valentina Baldazzi
article
CJC MA2024 – Congrès des Jeunes Chercheur.e.s en Mathématiques Appliquées, Oct 2024, Lyon, France.
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04874275/file/poster_TATHO_STHYVE.pdf BibTex
titre
Mathematical modeling and control of nematode impact on banana production
auteur
Frank Kemayou, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Samuel Bowong
article
DSABNS 2024 – 15th International Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Caparica, Portugal.
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04452078/file/CT_dsabns2024.pdf BibTex

Theses

titre
Mathematical analysis of cycle dynamics and synchronization of mammalian peripheral circadian clocks
auteur
Odile Burckard
article
Optimisation et contrôle [math.OC]. Université Côte d’Azur, 2024. Français. ⟨NNT : 2024COAZ4046⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-04942599/file/2024COAZ4046.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Taking fear back into the Marginal Value Theorem: the risk-MVT and optimal boldness
auteur
Vincent Calcagno, Frédéric Grognard, Frédéric M Hamelin, Ludovic Mailleret
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04892074/file/2023.10.31.564970v4.full.pdf BibTex
titre
Cournot oligopoly: a discrete time sticky-prices paradox
auteur
Marc Deschamps, Pierre Bernhard
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-fcomte.hal.science/hal-04390731/file/WP-2024-01.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
A double-spiral maze and hi-resolution tracking pipeline to study dispersal by groups of minute insects
auteur
Melina Cointe, V. Burte, G. Perez, Ludovic Mailleret, Vincent Calcagno
article
Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.5200. ⟨10.1038/s41598-023-31630-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04144010/file/s41598-023-31630-8.pdf BibTex
titre
When complex movement yields simple dispersal: behavioural heterogeneity, spatial spread and parasitism in groups of micro-wasps
auteur
Victor Burte, Melina Cointe, Guy Perez, Ludovic Mailleret, Vincent Calcagno
article
Movement Ecology, 2023, 11 (1), pp.13. ⟨10.1186/s40462-023-00371-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04047110/file/s40462-023-00371-8.pdf BibTex
titre
Landscape connectivity alters the evolution of density-dependent dispersal during pushed range expansions
auteur
Maxime Dahirel, Aline Bertin, Vincent Calcagno, Camille Duraj, Simon Fellous, Géraldine Groussier, Eric Lombaert, Ludovic Mailleret, Anaël Marchand, Elodie Vercken
article
Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e114. ⟨10.24072/pcjournal.347⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03528633/file/10_24072_pcjournal_347.pdf BibTex
titre
Stability analysis of a bacterial growth model through computer algebra
auteur
Agustín G. Yabo, Mohab Safey El Din, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
MathematicS In Action, 2023, 12 (1), pp.175-189. ⟨10.5802/msia.37⟩
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https://hal.science/hal-03671432/file/MSIA_2023__12_1_175_0.pdf BibTex
titre
Colonisation debt: when invasion history impacts current range expansion
auteur
Thibaut Morel-Journel, Marjorie Haond, Lana Dunan, Ludovic Mailleret, Elodie Vercken
article
Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e59. ⟨10.24072/pcjournal.293⟩
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https://hal.science/hal-04236191/file/10_24072_pcjournal_293.pdf BibTex
titre
Weak synchronization and convergence in coupled genetic regulatory networks: Applications to damped oscillators and multistable circuits
auteur
Nicolas Augier, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2023, 33 (9), pp.4867-4892. ⟨10.1002/rnc.6061⟩
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https://inria.hal.science/hal-03270268/file/lyapunov.pdf BibTex
titre
Resource allocation accounts for the large variability of rate-yield phenotypes across bacterial strains
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
article
eLife, 2023, 12, pp.1-29. ⟨10.7554/eLife.79815⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04145943/file/article_published.pdf BibTex
titre
The proportion of resistant hosts in mixtures should be biased towards the resistance with the lowest breaking cost
auteur
Pauline Clin, Frédéric Grognard, Didier Andrivon, Ludovic Mailleret, Frédéric M. Hamelin
article
PLoS Computational Biology, 2023, 19 (5), pp.e1011146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011146⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04143995/file/journal.pcbi.1011146.pdf BibTex
titre
Improving sustainable crop protection using population genetics concepts
auteur
Méline Saubin, Clémentine Louet, Lydia Bousset, Frédéric Fabre, Pascal Frey, Isabelle Fudal, Frédéric Grognard, Frédéric M. Hamelin, Ludovic Mailleret, Solenn Stoeckel, Suzanne Touzeau, Benjamin Petre, Fabien Halkett
article
Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2461-2471. ⟨10.1111/mec.16634⟩
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https://hal.science/hal-03394837/file/Note_opinion.pdf BibTex
titre
Migration pulsedness alters patterns of allele fixation and local adaptation in a mainland-island model
auteur
Flora Aubree, Baptiste Lac, Ludovic Mailleret, Vincent Calcagno
article
Evolution – International Journal of Organic Evolution, 2023, 77 (3), pp.718-730. ⟨10.1093/evolut/qpac067⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04047090/file/2021.06.24.449762v3.full.pdf BibTex
titre
Large satellite constellations and space debris: exploratory analysis of strategic management of the space commons
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps, Georges Zaccour
article
European Journal of Operational Research, 2023, 304 (3), pp.1140-1157. ⟨10.1016/j.ejor.2022.04.030⟩
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https://inria.hal.science/hal-03909662/file/berdeszacelsV3.pdf BibTex
titre
Impulsive modelling of rust dynamics and predator releases for biocontrol
auteur
Clotilde Djuikem, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau
article
Mathematical Biosciences, 2023, 356, pp.108968. ⟨10.1016/j.mbs.2023.108968⟩
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https://inria.hal.science/hal-03952381/file/Djuikem-etal_2022-11_preprint.pdf BibTex
titre
Optimal protein production by a synthetic microbial consortium: Coexistence, distribution of labor, and syntrophy
auteur
Carlos Martinez, Eugenio Cinquemani, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Mathematical Biology, 2023, 87 (1), pp.1-37. ⟨10.1007/s00285-023-01935-3⟩
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https://inria.hal.science/hal-03525249/file/Optimal_protein_production_by_a_synthetic_microbia-2.pdf BibTex
titre
Correction to: Migration pulsedness alters patterns of allele fixation and local adaptation in a mainland-island model
auteur
Flora Aubree, Baptiste Lac, Ludovic Mailleret, Vincent Calcagno
article
Evolution – International Journal of Organic Evolution, 2023, 77, pp.1173. ⟨10.1093/evolut/qpad026⟩
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BibTex
titre
Optimal Control of Coffee Berry Borers: Synergy Between Bio-insecticide and Traps
auteur
Yves Fotso Fotso, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Berge Tsanou, Samuel Bowong
article
Journal of Optimization Theory and Applications, 2023, 196 (3), pp.882-899. ⟨10.1007/s10957-022-02151-7⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03954863/file/CBB-Berries_preprint_2022.pdf BibTex

Conference papers

titre
Couplage et synchronisation d’horloges circadiennes périphériques
auteur
Odile Burckard, Madalena Chaves, Franck Delaunay, Michèle Teboul
article
48ème congrès de la Société Francophone de Chronobiologie, Oct 2023, Paris, France. pp.249, ⟨10.1016/j.msom.2023.10.021⟩
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https://hal.science/hal-04391603/file/SFC-Paris-abstract2023-hal.pdf BibTex
titre
Resource allocation strategies behind rate-yield phenotypes in E.coli
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
article
2023 – Workshop on Advanced School on Quantitative Principles in Microbial Physiology: from Single Cells to Cell Communities, ICTP, Oct 2023, Trieste, Italy. pp.1
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https://hal.inrae.fr/hal-04216644/file/abstract_talk.pdf BibTex
titre
Modelling plant-nematodes interactions to understand plant tolerance
auteur
Joseph Junior Penlap Tamagoua, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Valentina Baldazzi
article
IMACS 2023 – 21st World Congress of the International Association for Mathematics and Computers in Simulation, Sep 2023, Rome, Italy
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https://hal.inrae.fr/hal-04216608/file/abstract_IMACS23_final.pdf BibTex
titre
Ringed micro-habitats as supplementations for predatory mites
auteur
Cécile Bresch, Louise van Oudenhove, Julie Nardini, Lucas Browet, Lydia Ottenwaelder, Ludovic Mailleret
article
IOBC-WPRS WGs 2023 – Integrated control in protected crops, temperate and mediterranean climate, Aug 2023, Brest, France
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https://hal.inrae.fr/hal-04166972/file/bresch-IOBC-brest-et-al-2023_rev1.pdf BibTex
titre
Cycle dynamics and synchronization analysis for biological oscillators
auteur
Madalena Chaves
article
International School and Conference on Network Science, Jul 2023, Vienna, Austria
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titre
Impulsive modelling of rust dynamics and predator releases
auteur
Clotilde Djuikem, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau
article
CMPD6 – Computational and Mathematical Population Dynamics, May 2023, Winnipeg, Canada
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titre
Modelling plant – nematode interactions to understand plant tolerance
auteur
Joseph Junior Penlap Tamagoua, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Valentina Baldazzi
article
MPDEE 2023 – Conference on Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution, Apr 2023, Marseille, France
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titre
A sex- and stage-structured population dynamics model for pest control using the sterile insect technique
auteur
Crésus Kounoudji, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Louise van Oudenhove, Ludovic Mailleret
article
MPDEE 2023 – Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution, Apr 2023, Marseille, France
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https://hal.inrae.fr/hal-04144139/file/topo.pdf BibTex
titre
Self-financing model for cabbage crops
auteur
Aurelien Kambeu Youmbi, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Berge Tsanou
article
MPDEE 2023 – Conference on Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution, Apr 2023, Marseille, France
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titre
Pulsed perturbations in population dynamics
auteur
Ludovic Mailleret
article
MOMI2023 – Le MOnde des Mathématiques Industrielles, Apr 2023, Sophia Antipolis (06), France
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https://hal.inrae.fr/hal-04144067/file/mailleret_momi_2023.pdf BibTex
titre
How does residual fertility impact the effectiveness of the sterile insect technique in controlling Ceratitis capitata?
auteur
Marine Courtois, Kévan Rastello, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Suzanne Touzeau, Louise van Oudenhove
article
MPDEE 2023 – Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution, Apr 2023, Marseille, France
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https://hal.inrae.fr/hal-04144121/file/Marine_COURTOIS_Talk_CIRM_avril23.pdf BibTex
titre
Bridging behavior and spatial propagation: a new double spiral maze and image analysis pipeline to study dispersal in groups of minute insects
auteur
Mélina Cointe, Victor Burte, Guy Perez, Ludovic Mailleret, Vincent Calcagno
article
UCA Complex Days 2023, Académie Systèmes Complexes, Feb 2023, Nice, France
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titre
Life is not a long quiet river: consequences of migration pulsedness for adaptation and divergence
auteur
Flora Aubree, Baptiste Lac, Ludovic Mailleret, Vincent Calcagno
article
Complex Days 2023, Académie Systèmes Complexes 2023, Feb 2023, Nice, France
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titre
Hands on Pluto : dynamical systems with reactive Julia notebooks
auteur
Ludovic Mailleret
article
Julia day, Jan 2023, Sophia Antipolis, France
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https://hal.inrae.fr/hal-04144081/file/pres_pluto.pdf BibTex
titre
Observer Design via Non-Monotone Lyapunov Functions for Monitoring Heterotrophic Microalgae
auteur
Juan Carlos Arceo, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
22nd IFAC World Congress, 2023, Yokohama, Japan
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https://inria.hal.science/hal-04229860/file/_IFAC_2023__Observer_Design_via_Non_Monotone_Lyapunov_Functions_for_Monitoring_Heterotrophic_Microalgae-1.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Modelling and control of managed ecosystems, from bioreactors to agroecosystems
auteur
Frédéric Grognard
article
Automatic Control Engineering. Université Côte D’Azur, 2023
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https://inria.hal.science/tel-04176866/file/manuscritHDR-Grognard.pdf BibTex

Poster communications

titre
Benchmark for quantitative characterization of circadian clock models
auteur
Odile Burckard, Madalena Chaves
article
21st International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2023, Luxembourg City, Luxembourg. , Lecture notes in computer science. Lecture Notes in Bioinformatics, LNCS.LNBI-14137, Computational Methods in Systems Biology 21st International Conference, CMSB 2023, Luxembourg City, Luxembourg, September 13–15, 2023, Proceedings
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titre
Sterile Insect Technique for crop protection: accounting for residual fertility
auteur
Marine Courtois, Kévan Rastello, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Suzanne Touzeau, Louise van Oudenhove
article
Le MOnde des Mathématiques Industrielles, MOMI2023, Apr 2023, Sophia Antipolis, France.
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https://hal.inrae.fr/hal-04144059/file/Poster_DSABNS_Bilbao_Courtois_2023.pdf BibTex
titre
Sterile insect technique for crop protection: accounting for residual fertility
auteur
Marine Courtois, Kévan Rastello, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Suzanne Touzeau, Louise van Oudenhove
article
DSABNS 2023 – 14th Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2023, Bilbao, Spain, Spain.
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https://hal.inrae.fr/hal-04049975/file/Abstract_DSABNS_Bilbao_Courtois_2023.pdf BibTex
titre
Ecophysiological modelling of plant-nematode interactions to understand plant tolerance
auteur
Joseph Junior Penlap Tamagoua, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Valentina Baldazzi
article
DSABNS 2023 Conference – 14th International Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2023, Bilbao, Spain. 2023
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https://hal.inrae.fr/hal-04146030/file/P_Joseph_Penlap_dsabns2023.pdf BibTex

Theses

titre
Modeling cancer drug response dynamics in single-cells to predict the emergence of drug-tolerant cells
auteur
Marielle Péré
article
Modeling and Simulation. Université Côte d’Azur, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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https://inria.hal.science/tel-04350085/file/Thesis_MariellePere.pdf BibTex
titre
Mathematical modelling and control of perennial plant phytopathogens
auteur
Clotilde Djuikem
article
Automatic Control Engineering. Université Côte d’Azur, 2023. English. ⟨NNT : 2023COAZ4002⟩
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https://theses.hal.science/tel-04026720/file/2023COAZ4002.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Numerical approach to the identification of fractional differential equations and applications in epidemics
auteur
Jacky Cresson, Marielle Péré, Anna Szafranska
article
2023
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https://hal.science/hal-04065555/file/PredictionNishiuraWithoutWeights_h01093.pdf BibTex

2022

Lectures

titre
Qu’est ce qu’un point de bascule ?
auteur
Valentina Baldazzi, Ludovic Mailleret, Louise van Oudenhove
article
École thématique. Fête de la Science., Sophia Antipolis (06), France. 2022
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https://hal.inrae.fr/hal-05019836/file/poster-scientifique-800x1200mm_M2P2.pdf BibTex

2021

Software

titre
Rnem
auteur
Florence Ghestem, Suzanne Touzeau, Vincent Calcagno, Ludovic Mailleret
article
2021, ⟨swh:1:dir:0186d5c25d7f6bcb46e10f15e94e3b5b3d4e197a;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-04637082;visit=swh:1:snp:33601f91d13065d3ffe6f7a07d5901840e7fd815;anchor=swh:1:rel:472efefd9bd369a07405295d75929cdefd197169;path=/⟩
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