2018
Journal articles
- titre
- Counting, generating, analyzing and sampling tree alignments
- auteur
- Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty
- article
- International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2018
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-
- titre
- Small-world networks and RNA secondary structures
- auteur
- Defne Surujon, Yann Ponty, Peter Clote
- article
- Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology, Mary Ann Liebert 2018
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-
2017
Journal articles
- titre
- Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm in Watson-Crick and Nussinov-Jacobson Energy Models
- auteur
- Jozef Haleš, Alice Héliou, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
- article
- Algorithmica, Springer Verlag, 2017, 79 (3), pp.835–856. 〈10.1007/s00453-016-0196-x〉
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-
- titre
- Fast, clash-free RNA conformational morphing using molecular junctions
- auteur
- Amélie Héliou, Dominik Budday, Rasmus Fonseca, Henry Van den Bedem
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 33 (14), pp.2114 – 2122. 〈10.1093/bioinformatics/btx127〉
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-
- titre
- Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame
- auteur
- Jules Deforges, Sylvain De Breyne, Melissa Ameur, Nathalie Ulryck, Nathalie Chamond, Afaf Saaidi, Yann Ponty, Théophile Ohlmann, Bruno Sargueil
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45 (12), pp.7382–7400. 〈https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkx303〉. 〈10.1093/nar/gkx303〉
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-
- titre
- High-Throughput Sequencing Reveals Circular Substrates for an Archaeal RNA ligase.
- auteur
- Hubert F Becker, Alice Héliou, Kamel Djaout, Roxane Lestini, Mireille Regnier, Hannu Myllykallio
- article
- RNA Biology, Taylor & Francis, 2017
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-
- titre
- The BRaliBase dent – a tale of benchmark design and interpretation.
- auteur
- Benedikt Löwes, Cedric Chauve, Yann Ponty, Robert Giegerich
- article
- Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 18 (2), pp.306–311. 〈10.1093/bib/bbw022〉
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-
- titre
- Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.
- auteur
- Alexander Churkin, Matan Drory Retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
- article
- Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 〈10.1093/bib/bbw120〉
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-
- titre
- GARN2: coarse-grained prediction of 3D structure of large RNA molecules by regret minimization.
- auteur
- Mélanie Boudard, Dominique Barth, Julie Bernauer, Alain Denise, Johanne Cohen
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 16, pp.2479-2486. 〈10.1093/bioinformatics/btx175〉
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-
- titre
- emMAW: Computing Minimal Absent Words in External Memory
- auteur
- Alice Héliou, Solon Pissis, Simon Puglisi
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 〈10.1093/bioinformatics/btx209〉
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-
- titre
- DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
- auteur
- Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. 〈10.1093/gbe/evx069〉
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-
Conference papers
- titre
- Learning with bandit feedback in potential games
- auteur
- Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos
- article
- NIPS ’17: Proceedings of the 31st International Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2017, Long Beach, CA, United States. 2017
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-
- titre
- An EM algorithm for mapping short reads in multiple RNA structure probing experiments
- auteur
- Afaf Saaidi, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Mireille Regnier, Bruno Sargueil
- article
- Matbio2017, Sep 2017, London, United Kingdom. 2017
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-
- titre
- Hedging under uncertainty: regret minimization meets exponentially fast convergence
- auteur
- Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos
- article
- Symposium on Algorithmic Game Theory (SAGT) 2017, Sep 2017, L’Aquila, Italy. 2017, Proceedings of the 10th International Symposium on Algorithmic Game Theory. 〈10.1007/978-3-319-66700-3_20〉
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-
- titre
- Objectively and automatically building multi-conformer ligand models in electron densities
- auteur
- Gydo Van Zundert, Daniel Keedy, Pooja Suresh, Amélie Héliou, Kenneth Borrelli, Tyler Day, James Fraser, Henry Van den Bedem
- article
- Conformational ensembles from experimental data and computer simulations, Aug 2017, Berlin, Germany. 2017
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-
- titre
- Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
- auteur
- Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty
- article
- ISMB/ECCB – 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology – 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. Bioinformatics, 33 (14), pp.i283 – i292, 2017, 〈https://www.iscb.org/ismbeccb2017〉. 〈10.1093/bioinformatics/btx269〉
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-
- titre
- An integrative approach for predicting the RNA secondary structure for the HIV–1 Gag UTR using probing data
- auteur
- Afaf Saaidi, Yann Ponty, Bruno Sargueil
- article
- Cédric Lhoussaine, Hélène Touzet. JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2017, Jul 2017, Lille, France. pp.102, 2017, 〈https://project.inria.fr/jobim2017/fr/〉
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-
2016
Journal articles
- titre
- Efficient dynamic range minimum query
- auteur
- Alice Héliou, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikael Salson
- article
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 656, pp.108-117. 〈10.1016/j.tcs.2016.07.002〉
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-
- titre
- ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony.
- auteur
- Edwin Jacox, Cedric Chauve, Gergely J Szöllősi, Yann Ponty, Celine Scornavacca
- article
- Bioinformatics (Oxford, England), 2016, pp.2056-8
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-
- titre
- Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences: a case study in Archaea genomes
- auteur
- Mireille Regnier, Philippe Chassignet
- article
- Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2016
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-
- titre
- Necessary and sufficient conditions for protocell growth
- auteur
- Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
- article
- Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2016, 〈10.1007/s00285-016-0998-0〉
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-
- titre
- SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read map-pability.
- auteur
- Daria Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva
- article
- Bioinformatics (Oxford, England), 2016
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-
- titre
- incaRNAfbinv : a web server for the fragment-based design of RNA sequences
- auteur
- Matan Drory retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, 44 (W1), pp.W308 – W314. 〈10.1093/nar/gkw440〉
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-
- titre
- Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, 44 (11), pp.e104 – e104. 〈10.1093/nar/gkw217〉
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-
Conference papers
- titre
- Towards structural models for the Ebola UTR regions using experimental SHAPE probing data
- auteur
- Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Bruno Sargueil, Yann Ponty
- article
- JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016, 〈https://jobim2016.sciencesconf.org/〉
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-
- titre
- Counting, generating and sampling tree alignments
- auteur
- Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty
- article
- Maria Boton-Fernandez; Carlos Martin-Vide; Sergio Santander-Jimenez; Miguel A. Vega-Rodriguez ALCOB – 3rd International Conference on Algorithms for Computational Biology – 2016, Jun 2016, Trujillo, Spain. Springer, LNCS, 9702, pp.53–64, 2016, 〈http://grammars.grlmc.com/AlCoB2016/〉. 〈10.1007/978-3-319-38827-4_5〉
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-
- titre
- Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
- auteur
- Vincent Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
- article
- IC2016: Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
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-
- titre
- Taming reluctant random walks in the positive quadrant
- auteur
- Jeremie Lumbroso, Marni Mishna, Yann Ponty
- article
- GASCOM – 10th conference on random generation of combinatorial structures – 2016, Jun 2016, Bastia, France. Electronic Notes in Discrete Mathematics, 59 (Supp. C), pp.99 — 114, 2017, Electronic Notes in Discrete Mathematics. 〈10.1016/j.endm.2017.05.008〉
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-
- titre
- Homology modeling of complex structural RNAs
- auteur
- Wei Wang, Matthieu Barba, Philippe Rinaudo, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016
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-
Book sections
- titre
- Elucidating Mechanisms of Molecular Recognition Between Human Argonaute and miRNA Using Computational Approaches
- auteur
- Hanlun Jiang, Lizhe Zhu, Amélie Héliou, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang
- article
- Drug Target miRNA: Methods and Protocols, pp.251–275, 2016, 978-1-4939-6563-2. 〈10.1007/978-1-4939-6563-2_18〉
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-
Poster communications
- titre
- Computational methods for comparing and integrating multiple probing assays to predict RNA secondary structure
- auteur
- Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Yann Ponty, Bruno Sargueil, Mireille Regnier
- article
- Doctorial journey Interface, Ecole polytechnique, Palaiseau, Nov 2016, Palaiseau, France. 10
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-
2015
Journal articles
- titre
- Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
- auteur
- Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
- article
- BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 19), pp.S6. 〈http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/S19/S6〉. 〈10.1186/1471-2105-16-S19-S6〉
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-
- titre
- GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.
- auteur
- Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (8), pp.e0136444
- Accès au bibtex
-
- titre
- Markov State Models Reveal a Two-Step Mechanism of miRNA Loading into the Human Argonaute Protein: Selective Binding followed by Structural Re-arrangement.
- auteur
- Hanlun Jiang, Fu Kit Sheong, Lizhe Zhu, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang
- article
- PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (7), pp.e1004404. 〈10.1371/journal.pcbi.1004404〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex
- auteur
- Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon
- article
- Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, pp.5:10760. 〈http://www.nature.com/srep/2015/150601/srep10760/full/srep10760.html〉. 〈10.1038/srep10760〉
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-
- titre
- Cell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators
- auteur
- Jorgelindo da Veiga Moreira, Sabine Pérès, Jean-Marc Steyaert, Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogeira, Laurent Schwartz
- article
- Theoretical Biology and Medical Modelling, BioMed Central, 2015, 12 (1), pp.10. 〈10.1186/s12976-015-0005-2〉
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Detecting time periods of differential gene expression using Gaussian processes: An application to endothelial cells exposed to radiotherapy dose fraction
- auteur
- Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Valérie Buard, Béatrice Micheau, Georges Tarlet, Marc Benderitter, Farida Zehraoui, Florence D’Alché-Buc
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (5), pp.728–735. 〈10.1093/bioinformatics/btu699〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
- article
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 568, pp.39. 〈10.1016/j.tcs.2014.12.002〉
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-
Conference papers
- titre
- Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence
- auteur
- Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics, pp.26-31, 2015
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards firm foundations for the rational design of RNA molecules
- auteur
- Yann Ponty
- article
- Colloque de Bioinformatique Moléculaire (GdR BIM), Oct 2015, Paris, France. 〈http://www.gdr-bim.cnrs.fr/coll-2015/tentative-programme-programme-previsionnel/〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- Parallelising the Computation of Minimal Absent Words
- auteur
- Carl Barton, Alice Héliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis
- article
- PPAM 2015, Sep 2015, Cracovie, Poland. LNCS 9574, 2016, 〈10.1007/978-3-319-32152-3_23〉
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-
- titre
- Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
- auteur
- Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States. 8 (11)
- Accès au bibtex
-
- titre
- Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm
- auteur
- Jozef Haleš, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
- article
- Ferdinando Cicalese; Ely Porat. CPM – 26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2015, Ischia Island, Italy. LNCS, 2015, 〈http://www.cpm2015.di.unisa.it〉
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-
- titre
- Assessing the robustness of parsimonious predictions for gene neighborhoods from reconciled phylogenies
- auteur
- Ashok Rajaraman, Cedric Chauve, Yann Ponty
- article
- Robert Harrison; Yaohang Li; Ion Mandoiu, ISBRA – 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications – 2015, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States. LNCS, 9096, pp.260–271, 2015, 〈10.1007/978-3-319-19048-8_22〉
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-
- titre
- RNA Bioinformatics and ensemble dynamic programming
- auteur
- Yann Ponty
- article
- 5th biennial Canadian Discrete and Algorithmic Mathematics Conference – CanaDAM 2015, Jun 2015, Saskatoon, Canada. 〈https://canadam.math.ca/2015/〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- KGSrna: Efficient 3D Kinematics-Based Sampling for Nucleic Acids
- auteur
- Julie Bernauer, Rasmus Fonseca, Henry Van den Bedem
- article
- RECOMB 2015, Apr 2015, Warsaw, Poland. 9029 2015, Research in Computational Molecular Biology. 〈www.recomb2015.pl〉. 〈10.1007/978-3-319-16706-0_11〉
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-
Book sections
- titre
- Preface.
- auteur
- Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Computational methods for Structural RNAs (CMSR’14), 22 (3), Mary Ann Liebert, pp.189, 2015, Journal of Computational Biology, 〈https://cmsr2014.wordpress.com/〉
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-
- titre
- Drawing and Editing the Secondary Structure(s) of RNA.
- auteur
- Yann Ponty, Fabrice Leclerc
- article
- Ernesto Picardi. RNA Bioinformatics, 1269, Springer New York, pp.63-100, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-2290-1. 〈10.1007/978-1-4939-2291-8_5〉
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-
Directions of work or proceedings
- titre
- Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics
- auteur
- Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier
- article
- Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. Nov 2015, Orsay, France. 2015
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules
- auteur
- Julie Bernauer
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud XI, 2015
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-
Theses
- titre
- Detection of structural variants in cancer genomes using a Bayesian approach. You will find below the abstract of my PhD thesis
- auteur
- D Iakovishina
- article
- Computer Science [cs]. Ecole Polytechnique, 2015. English
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences : a case study in Archae genomes
- auteur
- Mireille Regnier, Philippe Chassignet
- article
- 2015
- Accès au bibtex
-
- titre
- SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read mappability
- auteur
- D Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva
- article
- 2015
- Accès au bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models
- auteur
- Mireille Régnier, Evgenia Furletova, Victor Yakovlev, Mikhail Roytberg
- article
- Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9 (1), 〈10.1186/s13015-014-0025-1〉
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-
- titre
- Minimal conditions for protocell stationary growth.
- auteur
- Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
- article
- Artificial Life, Massachusetts Institute of Technology Press (MIT Press), 2014, 21 (2), pp.166-92
- Accès au bibtex
-
- titre
- Similarity Search for Scientific Workflows
- auteur
- Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), VLDB Endowment, 2014, 7 (12), pp.1143-1154. 〈10.14778/2732977.2732988〉
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In vivo tmRNA protection by SmpB and pre-ribosome binding conformation in solution.
- auteur
- Ehsan Ranaei-Siadat, Cécile Mérigoux, Bili Seijo, Luc Ponchon, Jean-Michel Saliou, Julie Bernauer, Sarah Sanglier-Cianférani, Fréderic Dardel, Patrice Vachette, Sylvie Nonin-Lecomte
- article
- RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014, 20 (10), pp.1607-20. 〈10.1261/rna.045674.114〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- Characterizing RNA ensembles from NMR data with kinematic models
- auteur
- Rasmus Fonseca, Dimitar V Pachov, Julie Bernauer, Henry Van den Bedem
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2014, 42 (15), pp.9562-72. 〈10.1093/nar/gku707〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- TmiRUSite and TmiROSite scripts: searching for mRNA fragments with miRNA binding sites with encoded amino acid residues
- auteur
- Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
- article
- Bioinformation, Biomedical Informatics Publishing Group, 2014, 10 (7), pp.472-473. 〈http://www.bioinformation.net/010/97320630010472.pdf〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- Metabolic Treatment of Cancer: Intermediate Results of a Prospective Case Series
- auteur
- Schwartz Laurent, Buhler Ludivine, Icard Philippe, Lincet Hubert, Jean-Marc Steyaert
- article
- Anticancer Research, International Institute of Anticancer Research, 2014
- Accès au bibtex
-
- titre
- Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey
- auteur
- Alain Denise, Philippe Rinaudo
- article
- Transactions on Computational Collective Intelligence, 2014, 13, pp.70-82. 〈10.1007/978-3-642-54455-2_3〉
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-
- titre
- Protein-RNA Complexes and Efficient Automatic Docking: Expanding RosettaDock Possibilities.
- auteur
- Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Christine Froidevaux, Jérôme Azé, Julie Bernauer
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (9), pp.e108928. 〈http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0108928〉. 〈10.1371/journal.pone.0108928〉
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-
- titre
- Linear-time computation of minimal absent words using suffix array
- auteur
- Carl Barton, Alice Héliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis
- article
- BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2014, 15, pp.11. 〈10.1186/s12859-014-0388-9〉
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Jiuqiang Chen, Paolo Missier, Carole Goble, Alan Williams, Christine Froidevaux
- article
- BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
- auteur
- Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
- article
- BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 〈10.1186/1471-2164-15-S6-S16〉
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mechanisms for U2AF to define 3′ splice sites and regulate alternative splicing in the human genome
- auteur
- Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu
- article
- Nature Structural and Molecular Biology, Nature Publishing Group, 2014, 21, pp.997-1005. 〈10.1038/nsmb.2906〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- On permuted super-secondary structures of transmembrane β-barrel proteins
- auteur
- Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
- article
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2014, 〈10.1016/j.tcs.2013.10.001〉
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Characterization of Reachable Attractors Using Petri Net Unfoldings
- auteur
- Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïg Jezequel, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon
- article
- Pedro Mendes; Joseph Dada; Kieran Smallbone. CMSB 2014, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. Springer International Publishing, 8859, pp.14, 2014, LNCS/LNBI. 〈10.1007/978-3-319-12982-2_10〉
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
- auteur
- Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
- article
- Sergio Campos. BSB – Brazilian Symposium on Bioinformatics – 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. Springer, LNCS, 8826, pp.49–56, 2014, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 〈10.1007/978-3-319-12418-6〉
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-
- titre
- Parallel biological in silico simulation
- auteur
- Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial
- article
- 29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. Information Sciences and Systems, pp.387-394, 2014, 〈https://projekty.iitis.pl/iscis〉. 〈10.1007/978-3-319-09465-6_40〉
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-
- titre
- Layer Decomposition: An Effective Structure-based Approach for Scientific Workflow Similarity
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
- article
- IEEE e-Science conference, Oct 2014, Guarujá, Brazil. 2014
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-
- titre
- Completing SBGN-AF Networks by Logic-Based Hypothesis Finding
- auteur
- Yoshitaka Yamamoto, Adrien Rougny, Hidetomo Nabeshima, Katsumi Inoue, Hisao Moriya, Christine Froidevaux, Koji Iwanuma
- article
- Formal Methods In Macro-Biology, Sep 2014, Nouméa, New Caledonia. Springer, Lecture Notes in Computer Science, 8738, pp.165-179, Formal Methods in Macro-Biology. 〈10.1007/978-3-319-10398-3_14〉
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-
- titre
- Breast cancer and quality of life: medical information extraction from health forums
- auteur
- Thomas Opitz, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Cyrille Joutard, Christian Lavergne, Caroline Mollevi
- article
- MIE: Medical Informatics Europe, Aug 2014, Istanbul, Turkey. 25th Medical Informatics Europe Conference, pp.1070-1074, 2014
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-
- titre
- ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
- auteur
- Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- 10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 – 142, 2014, 〈10.1007/978-3-319-08590-6_13〉
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-
- titre
- DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows
- auteur
- Jiuqiang Chen, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Carole Goble, Paolo Missier, Alan Williams
- article
- SSDBM ’14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. 〈http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2618287〉. 〈10.1145/2618243.2618287〉
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-
- titre
- Systèmes oscillants chaotiques en biologie
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France. 2014, 〈http://sfbt-2014.imag.fr/〉
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-
- titre
- Apprentissage de fonctions de tri pour la prédiction d’interactions protéine-ARN
- auteur
- Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Jérôme Azé, Julie Bernauer, Christine Froidevaux
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2014, Rennes, France. 2014, 〈http://editions-rnti.fr/?inprocid=1001960〉
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-
- titre
- Clump Combinatorics, Automata, and Word Asymptotics
- auteur
- Mireille Regnier, Billy Fang, Daria Iakovishina
- article
- Michael Drmota; Mark Ward. ANALCO’14, Jan 2014, Portland, United States. SIAM, 2014, 〈10.1137/1.9781611973204.6〉
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-
Book sections
- titre
- Bio-algorithmique des ARN : petite promenade aux interfaces
- auteur
- Yann Ponty
- article
- Eric Sopena. 1024 – Bulletin de la société informatique de France, 4, SIF, pp.23–53, 2014, 〈http://www.societe-informatique-de-france.fr/bulletin/1024-numero-4/〉
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-
- titre
- Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting
- auteur
- Loïc Paulevé, Courtney Chancellor, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux
- article
- Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, pp.125 – 166, 2014, 978-1-84821-680-8
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-
- titre
- Analyzing SBGN-AF Networks Using Normal Logic Programs
- auteur
- Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue
- article
- Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, 2014, 978-1-84821-680-8. 〈10.1002/9781119005223.ch9〉
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-
Directions of work or proceedings
- titre
- Proceedings of the 1st workshop on Computational Methods for Structural RNAs
- auteur
- Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Jossinet, Fabrice; Ponty, Yann; Waldispühl, Jérôme. France. McGill University, pp.76, 2014, 978-2-9550187-0-5. 〈10.15455/CMSR.2014.0000〉. 〈http://cmsr14.cs.mcgill.ca/〉
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-
Master thesis
- titre
- Extraction de motifs dans les graphes de workflows scientifiques
- auteur
- Stéphanie Kamgnia Wonkap
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014
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-
Poster communications
- titre
- Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
- auteur
- Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
- article
- RECOMB-CG’14, Oct 2014, Cold Spring HArbour, United States. 〈http://cs.nyu.edu/~parida/RECOMB-CG2014/〉
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-
- titre
- A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
- auteur
- Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
- article
- Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014
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-
2013
Journal articles
- titre
- Protein-protein interactions in a crowded environment: an analysis via cross-docking simulations and evolutionary information
- auteur
- Anne Lopes, Sophie Sacquin-Mora, Viktoriya Dimitrova, Elodie Laine, Yann Ponty, Alessandra Carbone
- article
- PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2013, 9 (12), pp.e1003369. 〈10.1371/journal.pcbi.1003369〉
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-
- titre
- Using Structural and Evolutionary Information to Detect and Correct Pyrosequencing Errors in Noncoding RNAs.
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2013, 20 (11), pp.905-19. 〈10.1089/cmb.2013.0085〉
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-
- titre
- Large deviation properties for patterns
- auteur
- Mireille Regnier, Jérémie Bourdon
- article
- Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2013, 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570866713000841〉. 〈10.1016/j.jda.2013.09.004〉
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-
- titre
- Non-redundant random generation algorithms for weighted context-free languages
- auteur
- Andy Lorenz, Yann Ponty
- article
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, Generation of Combinatorial Structures, 502, pp.177-194. 〈10.1016/j.tcs.2013.01.006〉
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-
- titre
- A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
- article
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, 502, pp.165-176
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-
- titre
- Binding of intronic miRNAs to the mRNAs of host genes encoding intronic miRNAs and proteins that participate in tumourigenesis
- auteur
- Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
- article
- Computers in Biology and Medicine, Elsevier, 2013, 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010482513001856〉. 〈10.1016/j.compbiomed.2013.07.011〉
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-
- titre
- A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution.
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (13), pp.i308-15. 〈10.1093/bioinformatics/btt217〉
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-
- titre
- SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences.
- auteur
- Yang Zhang, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Eric Lecuyer, Jérôme Waldispühl
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2013, Web Server Issue, 41 (Web Server issue), pp.W480-5. 〈10.1093/nar/gkt461〉
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-
- titre
- OKVAR-Boost: a novel boosting algorithm to infer nonlinear dynamics and interactions in gene regulatory networks.
- auteur
- Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (11), pp.1416–1423. 〈10.1093/bioinformatics/btt167〉
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-
- titre
- Characteristics of binding sites of intergenic, intronic and exonic miRNAs with mRNAs of oncogenes coding intronic miRNAs
- auteur
- Olga Berillo, Assel Issabekova, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
- article
- African Journal of Biotechnology, Academic Journals, 2013, 12 (10), pp.1016-1024. 〈http://www.academicjournals.org/ajb/PDF/pdf2013/6Mar/Berillo%20et%20al.pdf〉. 〈10.5897/AJB12.2054〉
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-
- titre
- Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton
- auteur
- Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi
- article
- BMC Biochemistry, BioMed Central, 2013, 14 (3), pp.1-10. 〈10.1186/1471-2091-14-3〉
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-
- titre
- Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.
- auteur
- Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar
- article
- AMB Express, SpringerOpen, 2013, 3 (1), pp.13. 〈10.1186/2191-0855-3-13〉
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-
- titre
- Learning a Markov Logic network for supervised gene regulatory network inference
- auteur
- Céline Brouard, Christel Vrain, Julie Dubois, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence D’Alché-Buc
- article
- BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.273. 〈10.1186/1471-2105-14-273〉
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-
- titre
- Supersecondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins.
- auteur
- Van Du T Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
- article
- Methods in Molecular Biology, Humana Press/Springer Imprint, 2013, Protein Supersecondary Structures, 932, pp.277-294. 〈10.1007/978-1-62703-065-6_17〉
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-
- titre
- An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.
- auteur
- Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, 10 (1), pp.193-199. 〈10.1109/TCBB.2012.148〉
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-
Conference papers
- titre
- Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages
- auteur
- Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise
- article
- ACM-BCB – ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics – 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States. 2013
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-
- titre
- Translating the SBGN-AF language into logic to analyze signalling networks
- auteur
- Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue
- article
- Katsumi Inoue and Chiaki Sakama. LNMR – 1st International Workshop on Learning and Non Monotonic Reasoning, Sep 2013, La Coruña, Spain. CORR, arXiv:1311.4639, pp.44-55, 2013
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-
- titre
- A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotides distribution
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- ISMB/ECCB – 21st Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/12th European Conference on Computational Biology – 2013, Jul 2013, Berlin, Germany. 2013
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-
- titre
- Time-dependent gaussian process regression and significance analysis for sparse time-series
- auteur
- Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Béatrice Micheau, Valérie Buard, Florence D’Alché-Buc
- article
- Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
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-
- titre
- Gene Regulatory Network Inference using ensembles of Local Multiple Kernel Models
- auteur
- Arnaud Fouchet, Jean-Marc Delosme, Florence D’Alché-Buc
- article
- Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
- Accès au bibtex
-
- titre
- Nonparametric modeling for gene regulatory network inference using boosting and operator-valued kernels
- auteur
- Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
- article
- Seventh International workshop on Machine Learning in Systems Biology, Satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
- Accès au bibtex
-
- titre
- Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group
- auteur
- Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet
- article
- JOBIM 2013 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. à paraître, 2013
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-
- titre
- Boosting an operator-valued kernel-based model for gene regulatory network inference
- auteur
- Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
- article
- Workshop on Dynamics of biological networks: from nodes’ dynamics to network evolution, Jun 2013, Edinburgh, United Kingdom
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-
- titre
- Using the Fast Fourier Transform to accelerate the computational search for RNA conformational switches (extended abstract)
- auteur
- Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote
- article
- RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China. 2013
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-
- titre
- A linear inside-outside algorithm for correcting sequencing errors in structured RNA sequences
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China. 2013
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-
- titre
- Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli
- auteur
- Thomas Bourquard, Damien De Vienne, Jérôme Azé
- article
- Djamel A. Zighed and Gilles Venturini. EGC 2013 – 13eme conférence Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2013, Toulouse, France. Hermann, E.24, pp.419-430, 2013, RNTI
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-
Book sections
- titre
- Introduction to RNA secondary structure comparison.
- auteur
- Stefanie Schirmer, Yann Ponty, Robert Giegerich
- article
- Gorodkin, Jan and Ruzzo, Walter L. RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, 1097, Springer, pp.247-73, 2013, Methods in molecular biology, ISBN 978-1-62703-708-2. 〈10.1007/978-1-62703-709-9_12〉
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-
Directions of work or proceedings
- titre
- avances in Systems and Synthetic Biology
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
- article
- Patrick Amar and François Képès andVic Norris. avances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Contributions à l’étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013
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-
Theses
- titre
- Designing scientific workflows following a structure and provenance-aware strategy
- auteur
- Jiuqiang Chen
- article
- Databases [cs.DB]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013. English
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Semileptonic $B \to D^{**}$ decays in Lattice QCD : a feasibility study and first results
- auteur
- Mariam Atoui, B. Blossier, Vincent Morenas, O. Pène, K. Petrov
- article
- LPT-ORSAY 13-101. 28 pages with 20 figures. 2013
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-
- titre
- Properties of Random Complex Chemical Reaction Networks and Their Relevance to Biological Toy Models
- auteur
- Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
- article
- 2013
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-
2012
Journal articles
- titre
- Using the Fast Fourier Transform to Accelerate the Computational Search for RNA Conformational Switches
- auteur
- Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (12), pp.e50506. 〈10.1371/journal.pone.0050506〉
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-
- titre
- The Mimic Chain Reaction
- auteur
- Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina
- article
- Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, Karger, 2012, 22 (5), pp.335-343. 〈10.1159/000345328〉
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-
- titre
- Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution
- auteur
- Damien De Vienne, Jérôme Azé
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (11), pp.1-13. 〈10.1371/journal.pone.0048728〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures.
- auteur
- Alex Levin, Mieszko Lis, Yann Ponty, Charles W O’Donnell, Srinivas Devadas, Bonnie Berger, Jérôme Waldispühl
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40 (20), pp.10041-10052. 〈10.1093/nar/gks768〉
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-
- titre
- Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales
- auteur
- Vic Norris, Patrick Amar
- article
- Life (Chicago, Ill. : 1978), Time Inc., 2012, 2 (4), pp.286-312. 〈10.3390/life2040286〉
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-
- titre
- Expected distance between terminal nucleotides of RNA secondary structures.
- auteur
- Peter Clote, Yann Ponty, Jean-Marc Steyaert
- article
- Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2012, 65 (3), pp.581-99. 〈10.1007/s00285-011-0467-8〉
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-
- titre
- Tumor regression with a combination of drugs interfering with the tumor metabolism: efficacy of hydroxycitrate, lipoic acid and capsaicin.
- auteur
- Laurent Schwartz, Adeline Guais, Maurice Israël, Bernard Junod, Jean-Marc Steyaert, Elisabetta Crespi, Gianfranco Baronzio, Mohammad Abolhassani
- article
- Investigational New Drugs, Springer Verlag, 2012, 31 (2), pp.256-264. 〈10.1007/s10637-012-9849-z〉
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-
- titre
- Multiscale modeling of macromolecular biosystems.
- auteur
- Samuel C Flores, Julie Bernauer, Seokmin Shin, Ruhong Zhou, Xuhui Huang
- article
- Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 13 (4), pp.395-405. 〈10.1093/bib/bbr077〉
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-
- titre
- Mieux comprendre certaines molécules biologiques grâce à l’informatique
- auteur
- Yann Ponty, Joanna Jongwane
- article
- Interstices, INRIA, 2012, 〈https://interstices.info/jcms/int_67800/mieux-comprendre-certaines-molecules-biologiques-grace-a-l-informatique〉
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-
- titre
- Interactions of intergenic microRNAs with mRNAs of genes involved in carcinogenesis
- auteur
- Assel Issabekova, Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
- article
- Bioinformation, Biomedical Informatics Publishing Group, 2012, 8 (11), pp.513-518. 〈10.6026/97320630008513〉
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-
- titre
- Normal human melanocytes exposed to chronic insulin and glucose supplementation undergo oncogenic changes and methyl group metabolism cellular redistribution.
- auteur
- Daniel Morvan, Jean Marc Steyaert, Laurent Schwartz, Maurice Israel, Aicha Demidem
- article
- AJP – Endocrinology and Metabolism, American Physiological Society, 2012, 302 (11), pp.E1407-E1418. 〈10.1152/ajpendo.00594.2011〉
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-
- titre
- Static analysis of Biological Regulatory Networks dynamics using abstract interpretation
- auteur
- Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- article
- Mathematical Structures in Computer Science, Cambridge University Press (CUP), 2012, 22 (04), pp 651-685. 〈10.1017/S0960129511000739〉
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-
- titre
- Stochastic simulation of multiple process calculi for biology
- auteur
- Matthew Lakin, Loïc Paulevé, Andrew Phillips
- article
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2012, 431, pp.181-206. 〈10.1016/j.tcs.2011.12.057〉
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-
- titre
- Evaluating mixture models for building RNA knowledge-based potentials.
- auteur
- Adelene y L Sim, Olivier Schwander, Michael Levitt, Julie Bernauer
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2012, 10 (2), pp.1241010. 〈10.1142/S0219720012410107〉
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-
- titre
- Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
- auteur
- Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof
- article
- Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2012, 37, pp.1-5. 〈10.1016〉
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-
- titre
- Maximum expected accuracy structural neighbors of an RNA secondary structure.
- auteur
- Peter Clote, Feng Lou, William A Lorenz
- article
- BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 Suppl 5, pp.S6. 〈10.1186/1471-2105-13-S5-S6〉
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-
- titre
- A graph-theoretic approach for classification and structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins
- auteur
- Saad Sheikh, Phillippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert, Thuong van Du Tran
- article
- BMC Genomics, BioMed Central, 2012
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-
- titre
- BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
- auteur
- Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves D’Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine De Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
- article
- Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2012, 2012, pp.1-5. 〈10.1155/2012/893048〉
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-
- titre
- Coverage-biased random exploration of large models and application to testing
- auteur
- Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet
- article
- Software Tools for Technology Transfer (STTT), Springer, 2012, 14 (1), pp.73-93
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-
Conference papers
- titre
- Distilling Structure in Scientific Workflows
- auteur
- Jiuqiang Chen, Christine Froidevaux, Carole Goble, Alan Williams, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. EMBnet.journal, 18, pp.10-102, 2012, Supp B. 〈http://journal.embnet.org/index.php/embnetjournal/article/view/565〉
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-
- titre
- Réécriture de workflows scientifiques et provenance
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
- article
- Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France. 2012
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-
- titre
- Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
- article
- Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States. IEEE, 2012
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-
- titre
- Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
- article
- Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. Springer Berlin Heidelberg, p. 166-186, 2012, 〈10.1007/978-3-642-33636-2_11〉
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-
- titre
- Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks
- auteur
- Zahira Aslaoui-Errafi, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Pauline Gloaguen, Anne Poupon, Adrien Rougny, Meriem Yahiaoui
- article
- Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110, 2012
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-
- titre
- HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
- auteur
- Patrick Amar, Loïc Paulevé
- article
- The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 313, pp.3 — 21, 2012, 〈10.1016/j.entcs.2015.04.016〉
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-
- titre
- Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
- auteur
- Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- Ben Raphael and Jijun Tang. WABI – 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. 2012, tba
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-
- titre
- Markov Logic Network for supervised gene regulation inference: application to the ID2 regulatory network in human keratinocytes
- auteur
- Céline Brouard, Julie Dubois, Christel Vrain, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence D’Alché-Buc
- article
- International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Sep 2012, Bâle, Switzerland
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-
- titre
- Impact Of The Energy Model On The Complexity Of RNA Folding With Pseudoknots
- auteur
- Saad Sheikh, Rolf Backofen, Yann Ponty
- article
- Juha Kärkkäinen and Jens Stoye. CPM – 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching – 2012, Jul 2012, Helsinki, Finland. Springer, 7354, pp.321–333, 2012, Combinatorial Pattern Matching. 〈10.1007/978-3-642-31265-6_26〉
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-
- titre
- Protein-protein interaction network inference with semi-supervised Output Kernel Regression
- auteur
- Céline Brouard, Marie Szafranski, Florence D’Alché-Buc
- article
- JOBIM, Jul 2012, Rennes, France. pp.133-136, 2012
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-
- titre
- Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling
- auteur
- Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise
- article
- Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques – JOBIM’12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476, 2012
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-
- titre
- (Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- Anastasia Ailamaki. Scientific and Statistical Database Management – 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. Springer, 7338, pp.361-378, 2012, LNCS
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-
- titre
- The weighted words collector
- auteur
- Jérémie Du Boisberranger, Danièle Gardy, Yann Ponty
- article
- Nicolas, Broutin (INRIA, France) and Luc, Devroye (McGill, Cana. AOFA – 23rd International Meeting on Probabilistic, Combinatorial and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms – 2012, Jun 2012, Montreal, Canada. DMTCS, DMTCS Proceedings vol. AQ, 23rd Intern. Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms (AofA’12), pp.243–264, 2012, 〈http://www.dmtcs.org/dmtcs-ojs/index.php/proceedings/article/view/dmAQ0120〉
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-
- titre
- Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France. 2012
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-
- titre
- Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?
- auteur
- Stefan Janssen, Loïc Paulevé, Yann Ponty, Balaji Raman, Matthias Zytnicki
- article
- IWBDA – 4th International Workshop on Bio-Design Automation – 2012, Jun 2012, San Francisco, United States. 2012, 〈http://www.iwbdaconf.org/2012〉
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-
- titre
- A-Brain: Using the Cloud to Understand the Impact of Genetic Variability on the Brain
- auteur
- Radu Tudoran, Alexandru Costan, Benoit Da Mota, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion
- article
- CloudFutures, May 2012, Berkeley, United States. Microsoft, 2012
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-
- titre
- Knowledge-based consensus methods for secondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins
- auteur
- Saad Sheikh, Van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
- article
- 4th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2012 (BICoB 2012), Mar 2012, Las Vegas, NV, United States. pp.79–84, 2012
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-
- titre
- Visualizing 2D & 3D Structures of RNA
- auteur
- Yann Ponty
- article
- VIZBI – 3rd international meeting on Visualizing Biological Data – 2012, Mar 2012, Heidelberg, Germany. 2012
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-
- titre
- Large deviation properties for patterns
- auteur
- Jérémie Bourdon, Mireille Regnier
- article
- Thierry Lecroq. LSD&LAW 2012, Feb 2012, Londres, United Kingdom. 2012
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-
- titre
- On the diversity of pattern distributions in rational language
- auteur
- Cyril Banderier, Olivier Bodini, Yann Ponty, Hanane Tafat
- article
- ANALCO – 12th Meeting on Analytic Algorithmics and Combinatorics – 2012, Jan 2012, Kyoto, Japan. Omnipress, pp.107–116, 2012
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-
- titre
- The Least Temporal Contradiction Measure: Application to Hydrological Data
- auteur
- Hugo Alatrista Salas, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Flavie Cernesson, Frédéric Flouvat, Nazha Selmaoui-Folcher, Maguelonne Teisseire
- article
- AGILE: International Conference on Geographic Information Science, 2012, Avignon, France. AGILE’12: 15th International Conference on Geographic Information Science, pp.197-202, 2012
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Prédiction d’Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs
- auteur
- Jérôme Azé
- article
- Apprentissage [cs.LG]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012
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-
Reports
- titre
- A Dynamical Model for the Transmembrane Potential Regulation by pH
- auteur
- Araks Martirosyan, Loïc Paulevé, Clair Poignard, Mireille Régnier, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz
- article
- [Research Report] LIX, Ecole polytechnique. 2012
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-
- titre
- Rule-weighted and terminal-weighted context-free grammars have identical expressivity
- auteur
- Yann Ponty
- article
- [Research Report] 2012
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-
Theses
- titre
- Algorithmique de l’alignement structure-séquence d’ARN : une approche générale et paramétrée
- auteur
- Philippe Rinaudo
- article
- Autre [cs.OH]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français. 〈NNT : 2012PA112355〉
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-
- titre
- Algorithmes pour l’ étude de la structure secondaire des ARN et l’alignement de séquences
- auteur
- Lou Feng
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français
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-
2011
Journal articles
- titre
- Toxicity of carbon dioxide: A review.
- auteur
- Adeline Guais, Gérard Brand, Laurence Jacquot, Mélanie Karrer, Sam Dukan, Georges Grévillot, Thierry Jo Molina, Jacques Bonte, Mireille Regnier, Laurent Schwartz
- article
- Chemical Research in Toxicology, American Chemical Society, 2011, 24 (12), pp.2061-70. 〈10.1021/tx200220r〉
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-
- titre
- An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure.
- auteur
- Jérôme Waldispühl, Yann Ponty
- article
- Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (11), pp.1465-79. 〈10.1089/cmb.2011.0181〉
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-
- titre
- Counting RNA pseudoknotted structures
- auteur
- Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
- article
- Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. 〈10.1089/cmb.2010.0086〉
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-
- titre
- Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology.
- auteur
- Sarel J Fleishman, Timothy A Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C Mitchell, Omar N A Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H Moal, Xiaofan Li, Paul A Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-Su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Sefik Kerem Ovalı, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan Fernández-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M Driggers, Robert G Hall, Jessica L Morgan, Victor L Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M J J Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J Camacho, Krishna P Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, P Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J Wodak, Joel Janin, David Baker
- article
- Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2011, in press. 〈10.1016/j.jmb.2011.09.031〉
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-
- titre
- Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
- auteur
- Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
- article
- Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, Springer Verlag, 2011, 130 (3), pp.211-228. 〈10.1007/s12064-010-0118-4〉
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-
- titre
- Fully differentiable coarse-grained and all-atom knowledge-based potentials for RNA structure evaluation.
- auteur
- Julie Bernauer, Xuhui Huang, Adelene y L Sim, Michael Levitt
- article
- RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2011, 17 (6), pp.1066-75. 〈10.1261/rna.2543711〉
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-
- titre
- Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.
- auteur
- Bryan Brancotte, Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, François Radvanyi, Fabien Reyal, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27 (8), pp.1187-9. 〈10.1093/bioinformatics/btr073〉
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-
- titre
- The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.
- auteur
- Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle
- article
- Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2011, 90 (2), pp.615-23. 〈10.1007/s00253-010-3018-0〉
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-
- titre
- A collaborative filtering approach for protein-protein docking scoring functions.
- auteur
- Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Jérôme Azé, Anne Poupon
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (4), pp.e18541. 〈10.1371/journal.pone.0018541〉
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-
- titre
- MULTI-SCALE MODELLING OF BIOSYSTEMS: FROM MOLECULAR TO MESOCALE – Session Introduction.
- auteur
- Julie Bernauer, Samuel Flores, Xuhui Huang, Seokmin Shin, Ruhong Zhou
- article
- Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2011, pp.177-80. 〈http://eproceedings.worldscinet.com/9789814335058/preserved-docs/9789814335058_0019.pdf〉. 〈10.1142/9789814335058_0019〉
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-
- titre
- Characteristics of Intronic and Intergenic Human miRNAs and Features of their Interaction with mRNA
- auteur
- Assel Issabekova, Olga Berillo, Vladimir Khailenko, Shara Atambayeva, Mireille Regnier, Anatoliy Ivashchenko
- article
- World Academy of Science, Engineering and Technology, WASET, 2011, 59, 〈https://www.waset.org/journals/waset/v59/v59-14.pdf〉
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-
- titre
- Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- SIGMOD record, ACM, 2011, 〈10.1145/2034863.2034865〉
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-
- titre
- ACoM: A classification method for elementary flux modes based on motif finding
- auteur
- Sabine Pérès, F. Vallée, Marie Beurton-Aimar, Jean-Pierre Mazat
- article
- BioSystems, Elsevier, 2011, 103 (3), pp.410-419
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-
Conference papers
- titre
- Using Kendall-Tau Meta-Bagging to Improve Protein-Protein Docking Predictions
- auteur
- Jérôme Azé, Thomas Bourquard, Sylvie Hamel, Anne Poupon, David Ritchie
- article
- M. Loog. PRIB 2011, Nov 2011, DELFT, Netherlands. pp.284-295, 2011
- Accès au bibtex
-
- titre
- Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint
- auteur
- Thomas Bourquard, Jérôme Azé, Anne Poupon, David Ritchie
- article
- Emmanuel BARILLOT, Christine F ROIDEVAUX, Eduardo PC ROCHA. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. Institut Pasteur, pp.9-16, 2011, JOBIM 2011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Régression semi-supervisée à sortie noyau pour la prédiction de liens
- auteur
- Céline Brouard, Florence D’Alché-Buc, Marie Szafranski
- article
- CAP, May 2011, Chambéry, France. Publibook, pp.119-134, 2011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Next Generation Data Integration for the Life Sciences
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany. 2011
- Accès au bibtex
-
- titre
- An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure
- auteur
- Jérôme Waldispühl, Yann Ponty
- article
- Bafna, Vineet and Sahinalp, S. RECOMB – 15th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2011, Mar 2011, Vancouver, Canada. Springer Berlin / Heidelberg, 6577, pp.501-515, 2011, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-20036-6_45〉
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Investigating the RFAM paradox: The pseudoknot explanation
- auteur
- Stefan Janssen, Yann Ponty, Balaji Raman, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert, Peter Clote
- article
- Fifth Indo-French Bioinformatics Meeting, Mar 2011, Hyderabad, India
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Energy-based Classification and Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins
- auteur
- Thuong van Du Tran, Phillippe Chassignet, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert
- article
- 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), Feb 2011, Orlando, FL, United States. 2011
- Accès au bibtex
-
- titre
- Constant time estimation of ranking statistics by analytic combinatorics
- auteur
- Cyril Banderier, Pierre Nicodeme
- article
- Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2011, Paris, France. no page numbering, 2011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment
- auteur
- Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise
- article
- CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom. 2011
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Combinatorial Framework for Designing (Pseudoknotted) RNA Algorithms
- auteur
- Yann Ponty, Cédric Saule
- article
- WABI – 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2011, 2011, Saarbrucken, Germany. 2011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Maximum expected accurate structural neighbors of an RNA secondary structure
- auteur
- Feng Lou, Peter Clote
- article
- Proceedings of 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), 2011, Orlando, United States. 2011
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using medians to generate consensus rankings for biological data
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States. 2011
- Accès au bibtex
-
- titre
- On Armstrong-compliant Logical Query Languages
- auteur
- Marie Agier, Christine Froidevaux, Jean-Marc Petit, Yoan Renaud, Jef Wijsen
- article
- George H. L. Fletcher and Slawek Staworko. 4th International Workshop on Logic in Databases, (EDBT/ICDT ’10 joint conference), 2011, Uppsala, Sweden. ACM, pp.33-40, 2011, LID
- Accès au bibtex
-
- titre
- Uniform Monte-Carlo Model Checking
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet
- article
- FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany. 2011
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-
Theses
- titre
- Modèles combinatoires des structures d’ARN avec ou sans pseudonoeuds, application à la comparaison de structures.
- auteur
- Cédric Saule
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2011. Français
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-
- titre
- Modeling and predicting super-secondary structures of transmembrane beta-barrel proteins
- auteur
- Thuong van Du Tran
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English. 〈NNT : 2011EPXX0104〉
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-
- titre
- A Mathematical Model of Phospholipid Biosynthesis
- auteur
- Mahsa Behzadi
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English
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-
2010
Journal articles
- titre
- Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures
- auteur
- Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang
- article
- FEBS Letters, Wiley, 2010, 584 (21), pp.4401-7. 〈10.1016/j.febslet.2010.09.039〉
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-
- titre
- Paternity analysis in a litter of whale shark embryos
- auteur
- Jennifer Schmidt, Chen Chien-Chi, Saad Sheikh, Mark Meekan, Bradley Norman, Shoou-Jeng Joung
- article
- Endangered Species Research, Inter-Research, 2010, 12 (2), pp.117-124. 〈http://www.int-res.com/articles/esr2010/12/n012p117.pdf〉
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-
- titre
- ESBTL: efficient PDB parser and data structure for the structural and geometric analysis of biological macromolecules.
- auteur
- Sébastien Loriot, Frédéric Cazals, Julie Bernauer
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (8), pp.1127-8. 〈http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/26/8/1127.pdf〉. 〈10.1093/bioinformatics/btq083〉
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-
- titre
- MULTI-RESOLUTION MODELING OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES – Session Introduction.
- auteur
- Samuel Flores, Julie Bernauer, Xuhui Huang, Ruhong Zhou, Seokmin Shin
- article
- Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2010, 15, pp.201-204. 〈http://eproceedings.worldscinet.com/9789814295291/preserved-docs/9789814295291_0022.pdf〉. 〈10.1142/9789814295291_0022〉
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-
- titre
- A Model of Phospholipid Biosynthesis in Tumor in Response to an Anticancer Agent in Vivo
- auteur
- Mahsa Behzadi, Aicha Demidem, Daniel Morvan, Schwartz Laurent, Georges Stepien, Jean-Marc Steyaert
- article
- Journal of Integrative Bioinformatics, Informationsmanagement in der Biotechnologie e.V. (IMBio e.V.), 2010, 7 (3), 〈10.2390/biecoll-jib-2010-129〉
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-
- titre
- Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling
- auteur
- Lou Feng, Peter Clote
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26, pp.278-286. 〈10.1093/bioinformatics/btq218〉
- Accès au bibtex
-
- titre
- Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
- auteur
- Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq
- article
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411, pp.2423-2432
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-
- titre
- Controlled non uniform random generation of decomposable structures
- auteur
- Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier
- article
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. 〈10.1016/j.tcs.2010.05.010〉
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-
- titre
- Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems
- auteur
- Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2010, 10, pp.16–23
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-
- titre
- Alignments of RNA structures.
- auteur
- Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (2), pp.309-322. 〈10.1109/TCBB.2008.28〉
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-
Conference papers
- titre
- Weighted random generation of context-free languages: Analysis of collisions in random urn occupancy models
- auteur
- Danièle Gardy, Yann Ponty
- article
- GASCOM – 8th conference on random generation of combinatorial structures – 2010, Sep 2010, Montréal, Canada. 14pp, 2010
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots
- auteur
- Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise
- article
- GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada. 2010
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multi-dimensional Boltzmann Sampling of Languages
- auteur
- Olivier Bodini, Yann Ponty
- article
- Drmota, Michael; Gittenberger, Bernhard. 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), Jun 2010, Vienna, Austria. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AM, 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), pp.49-64, 2010, DMTCS Proceedings
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-
- titre
- Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance
- auteur
- Susan Davidson, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy, Sarah Cohen-Boulakia, Zhuowei Bao, Anat Eyal
- article
- 1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States. 2010
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- titre
- A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
- article
- GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada. 2010
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- titre
- Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)
- auteur
- Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
- article
- Billey, Sara and Reiner, Victor. 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AN, 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), pp.1037-1048, 2010, DMTCS Proceedings
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2009
Journal articles
- titre
- Prediction of super-secondary structure in α-helical and β-barrel transmembrane proteins
- auteur
- Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
- article
- BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 2009 (10 (Suppl. 13)), 〈10.1186/1471-2105-10-S13-O3〉
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-
- titre
- VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.
- auteur
- Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (15), pp.1974-5. 〈10.1093/bioinformatics/btp250〉
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- titre
- Profile of Tries
- auteur
- Gayun Park, Hsien-Kuei Hwang, Pierre Nicodème, Wojciech Szpankowski
- article
- SIAM Journal on Computing, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2009, 38 (5), pp.1821-1880. 〈10.1137/070685531〉
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- titre
- PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
- auteur
- Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard, Anat Eyal, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy
- article
- PVLDB, Proc. of the 35th Int. Conf. on Very Large Data Bases, ACM, 2009, 2 (2), pp.1638-1641
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- titre
- Using profiles based on hydropathy properties to define essential regions for splicing
- auteur
- Anatoly Ivashchenko, Galina Boldina, Aizhan Turmagambetova, Mireille Régnier
- article
- International Journal of Biological Sciences, Ivyspring International Publisher, 2009, 5, pp.13-19. 〈http://www.biolsci.org/v05p0013.htm〉
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Conference papers
- titre
- On User Views in Scientific Workflow Systems (Invited Paper)
- auteur
- Susan Davidson, Yi Chen, Peng Sun, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Proc. of the the First Int. Workshop on the role of Semantic Web in Provenance Management (ISWC 2009 Workshop), Oct 2009, Washington DC, United States. 2009
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- titre
- PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
- auteur
- Bao Zhuowei, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard
- article
- VLDB- Very Large DataBase systems-2009, Aug 2009, Lyon, France. VLDB Journal, 2, pp.1638-1641, 2009
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- titre
- An Adaptive Combination of Matchers: Application to the Mapping of Biological Ontologies for Genome Annotation
- auteur
- Rance Bastien, Jean-François Gibrat, Christine Froidevaux
- article
- Norman W. Paton and Paolo Missier and Cornelia Hedeler. DILS 2009-6th International Workshop on Data Integration in the Life Sciences, Jul 2009, Manchester, United Kingdom. Springer, 5647, pp.113-126, 2009, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-02879-3_10〉
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-
- titre
- A geometric knowledge-based coarse-grained scoring potential for structure prediction evaluation
- auteur
- Sebastien Loriot, Frédéric Cazals, Michael Levitt, Julie Bernauer
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2009, Nantes, France. 2009
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- titre
- BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Kevin Masini
- article
- 21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orlean, United States. pp.283-291, 2009
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Book sections
- titre
- A Word Counting Graph
- auteur
- Mireille Regnier, Zara Kirakossian, Eugenia Furletova, Mikhail Roytberg
- article
- Joseph Chan, Jacqueline W. Daykin and M. Sohel Rahman. London Algorithmics 2008: Theory and Practice (Texts in Algorithmics), London College Publications, 31 p., 2009, 978-1904987970
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- titre
- Provenance in Scientific Databases
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Wang Chiew Tan
- article
- Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009
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-
- titre
- Biological Resource Discovery
- auteur
- Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Rami Rifaieh, Mark Wilkinson, Juliana Freire, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.220-223, 2009
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-
- titre
- Biological Metadata Management
- auteur
- Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Mark Wilkinson, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9
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-
Theses
- titre
- Exploitation des algorithmes génétiques pour la prédiction de structure de complexe protéine-protéine
- auteur
- Thomas Bourquard
- article
- Intelligence artificielle [cs.AI]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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-
- titre
- Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs récurrents dans les structures tertiaires d’ARN
- auteur
- Mahassine Djelloul
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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-
- titre
- Recherche d’associations séquentielles et alignement d’ontologies biologiques
- auteur
- Bastien Rance
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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2008
Journal articles
- titre
- Hyperosmotic stress contributes to mouse colonic inflammation through the methylation of protein phosphatase 2A.
- auteur
- Laurent Schwartz, Mohammad Abolhassani, Mohammad Pooya, Jean-Marc Steyaert, Xavier Wertz, Maurice Israël, Adeline Guais, Philippe Chaumet-Riffaud
- article
- AJP – Gastrointestinal and Liver Physiology, American Physiological Society, 2008, 295 (5), pp.G934-41. 〈10.1152/ajpgi.90296.2008〉
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- titre
- Efficient sampling of RNA secondary structures from the Boltzmann ensemble of low-energy: The boustrophedon method
- auteur
- Yann Ponty
- article
- Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2008, 56 (1-2), pp.107–127. 〈10.1007/s00285-007-0137-z〉
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- titre
- LocalMove: computing on-lattice fits for biopolymers
- auteur
- Yann Ponty, R. Istrate, E. Porcelli, Peter Clote
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (2), pp.W216-W222. 〈10.1093/nar/gkn367〉
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- titre
- Asymptotics of RNA shapes
- auteur
- William Andrew Lorenz, Peter Clote, Yann Ponty
- article
- Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (1), pp.31–63. 〈10.1089/cmb.2006.0153〉
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Conference papers
- titre
- Non-redundant random generation from weighted context-free languages
- auteur
- Yann Ponty
- article
- GASCOM – 7th conference on random generation of combinatorial structures – 2008, 2008, Bibbiena, Italy. 12pp, 2008
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2007
Journal articles
- titre
- DIAL: A web server for the pairwise alignment of two RNA 3-dimensional structures using nucleotide, dihedral angle and base pairing similarities
- auteur
- Ferrè Fabrizzio, Yann Ponty, William Lorenz, Peter Clote
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2007, 35 (Web server issue), pp.W659–668. 〈10.1093/nar/gkm334〉
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2006
Journal articles
- titre
- GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures
- auteur
- Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (12), pp.1534–1535. 〈10.1093/bioinformatics/btl113〉
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2000
Conference papers
- titre
- Periods and quasiperiods characterization
- auteur
- Mireille Regnier, L. Mouchard
- article
- 11th Conference on Combinatorial Pattern Matching, 2000, France. pp.388-396, 2000
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