Publications

Publications HAL du labo/EPI amib

2018

Journal articles

titre: Counting, generating, analyzing and sampling tree alignments
auteur: Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty
article: International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2018
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titre: Small-world networks and RNA secondary structures
auteur: Defne Surujon, Yann Ponty, Peter Clote
article: Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology, Mary Ann Liebert 2018
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2017

Journal articles

titre: Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm in Watson-Crick and Nussinov-Jacobson Energy Models
auteur: Jozef Haleš, Alice Héliou, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
article: Algorithmica, Springer Verlag, 2017, 79 (3), pp.835–856. 〈10.1007/s00453-016-0196-x〉
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titre: Fast, clash-free RNA conformational morphing using molecular junctions
auteur: Amélie Héliou, Dominik Budday, Rasmus Fonseca, Henry Van den Bedem
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 33 (14), pp.2114 – 2122. 〈10.1093/bioinformatics/btx127〉
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titre: Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame
auteur: Jules Deforges, Sylvain De Breyne, Melissa Ameur, Nathalie Ulryck, Nathalie Chamond, Afaf Saaidi, Yann Ponty, Théophile Ohlmann, Bruno Sargueil
article: Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45 (12), pp.7382–7400. 〈https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkx303〉. 〈10.1093/nar/gkx303〉
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titre: High-Throughput Sequencing Reveals Circular Substrates for an Archaeal RNA ligase.
auteur: Hubert F Becker, Alice Héliou, Kamel Djaout, Roxane Lestini, Mireille Regnier, Hannu Myllykallio
article: RNA Biology, Taylor & Francis, 2017
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titre: The BRaliBase dent – a tale of benchmark design and interpretation.
auteur: Benedikt Löwes, Cedric Chauve, Yann Ponty, Robert Giegerich
article: Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 18 (2), pp.306–311. 〈10.1093/bib/bbw022〉
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titre: Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.
auteur: Alexander Churkin, Matan Drory Retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
article: Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 〈10.1093/bib/bbw120〉
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titre: GARN2: coarse-grained prediction of 3D structure of large RNA molecules by regret minimization.
auteur: Mélanie Boudard, Dominique Barth, Julie Bernauer, Alain Denise, Johanne Cohen
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 16, pp.2479-2486. 〈10.1093/bioinformatics/btx175〉
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titre: emMAW: Computing Minimal Absent Words in External Memory
auteur: Alice Héliou, Solon Pissis, Simon Puglisi
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 〈10.1093/bioinformatics/btx209〉
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titre: DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
auteur: Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier
article: Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. 〈10.1093/gbe/evx069〉
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Conference papers

titre: Learning with bandit feedback in potential games
auteur: Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos
article: NIPS ’17: Proceedings of the 31st International Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2017, Long Beach, CA, United States. 2017
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titre: An EM algorithm for mapping short reads in multiple RNA structure probing experiments
auteur: Afaf Saaidi, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Mireille Regnier, Bruno Sargueil
article: Matbio2017, Sep 2017, London, United Kingdom. 2017
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titre: Hedging under uncertainty: regret minimization meets exponentially fast convergence
auteur: Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos
article: Symposium on Algorithmic Game Theory (SAGT) 2017, Sep 2017, L’Aquila, Italy. 2017, Proceedings of the 10th International Symposium on Algorithmic Game Theory. 〈10.1007/978-3-319-66700-3_20〉
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titre: Objectively and automatically building multi-conformer ligand models in electron densities
auteur: Gydo Van Zundert, Daniel Keedy, Pooja Suresh, Amélie Héliou, Kenneth Borrelli, Tyler Day, James Fraser, Henry Van den Bedem
article: Conformational ensembles from experimental data and computer simulations, Aug 2017, Berlin, Germany. 2017
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titre: Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
auteur: Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty
article: ISMB/ECCB – 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology – 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. Bioinformatics, 33 (14), pp.i283 – i292, 2017, 〈https://www.iscb.org/ismbeccb2017〉. 〈10.1093/bioinformatics/btx269〉
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titre: An integrative approach for predicting the RNA secondary structure for the HIV–1 Gag UTR using probing data
auteur: Afaf Saaidi, Yann Ponty, Bruno Sargueil
article: Cédric Lhoussaine, Hélène Touzet. JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2017, Jul 2017, Lille, France. pp.102, 2017, 〈https://project.inria.fr/jobim2017/fr/〉
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2016

Journal articles

titre: Efficient dynamic range minimum query
auteur: Alice Héliou, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikael Salson
article: Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 656, pp.108-117. 〈10.1016/j.tcs.2016.07.002〉
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titre: ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony.
auteur: Edwin Jacox, Cedric Chauve, Gergely J Szöllősi, Yann Ponty, Celine Scornavacca
article: Bioinformatics (Oxford, England), 2016, pp.2056-8
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titre: Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences: a case study in Archaea genomes
auteur: Mireille Regnier, Philippe Chassignet
article: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2016
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titre: Necessary and sufficient conditions for protocell growth
auteur: Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
article: Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2016, 〈10.1007/s00285-016-0998-0〉
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titre: SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read map-pability.
auteur: Daria Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva
article: Bioinformatics (Oxford, England), 2016
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titre: incaRNAfbinv : a web server for the fragment-based design of RNA sequences
auteur: Matan Drory retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
article: Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, 44 (W1), pp.W308 – W314. 〈10.1093/nar/gkw440〉
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titre: Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces
auteur: Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article: Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, 44 (11), pp.e104 – e104. 〈10.1093/nar/gkw217〉
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Conference papers

titre: Towards structural models for the Ebola UTR regions using experimental SHAPE probing data
auteur: Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Bruno Sargueil, Yann Ponty
article: JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016, 〈https://jobim2016.sciencesconf.org/〉
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titre: Counting, generating and sampling tree alignments
auteur: Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty
article: Maria Boton-Fernandez; Carlos Martin-Vide; Sergio Santander-Jimenez; Miguel A. Vega-Rodriguez ALCOB – 3rd International Conference on Algorithms for Computational Biology – 2016, Jun 2016, Trujillo, Spain. Springer, LNCS, 9702, pp.53–64, 2016, 〈http://grammars.grlmc.com/AlCoB2016/〉. 〈10.1007/978-3-319-38827-4_5〉
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titre: Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
auteur: Vincent Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
article: IC2016: Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
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titre: Taming reluctant random walks in the positive quadrant
auteur: Jeremie Lumbroso, Marni Mishna, Yann Ponty
article: GASCOM – 10th conference on random generation of combinatorial structures – 2016, Jun 2016, Bastia, France. Electronic Notes in Discrete Mathematics, 59 (Supp. C), pp.99 — 114, 2017, Electronic Notes in Discrete Mathematics. 〈10.1016/j.endm.2017.05.008〉
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titre: Homology modeling of complex structural RNAs
auteur: Wei Wang, Matthieu Barba, Philippe Rinaudo, Alain Denise, Yann Ponty
article: JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016
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Book sections

titre: Elucidating Mechanisms of Molecular Recognition Between Human Argonaute and miRNA Using Computational Approaches
auteur: Hanlun Jiang, Lizhe Zhu, Amélie Héliou, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang
article: Drug Target miRNA: Methods and Protocols, pp.251–275, 2016, 978-1-4939-6563-2. 〈10.1007/978-1-4939-6563-2_18〉
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Poster communications

titre: Computational methods for comparing and integrating multiple probing assays to predict RNA secondary structure
auteur: Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Yann Ponty, Bruno Sargueil, Mireille Regnier
article: Doctorial journey Interface, Ecole polytechnique, Palaiseau, Nov 2016, Palaiseau, France. 10
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2015

Journal articles

titre: Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
auteur: Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
article: BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 19), pp.S6. 〈http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/S19/S6〉. 〈10.1186/1471-2105-16-S19-S6〉
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titre: GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.
auteur: Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (8), pp.e0136444
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titre: Markov State Models Reveal a Two-Step Mechanism of miRNA Loading into the Human Argonaute Protein: Selective Binding followed by Structural Re-arrangement.
auteur: Hanlun Jiang, Fu Kit Sheong, Lizhe Zhu, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang
article: PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (7), pp.e1004404. 〈10.1371/journal.pcbi.1004404〉
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titre: Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex
auteur: Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon
article: Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, pp.5:10760. 〈http://www.nature.com/srep/2015/150601/srep10760/full/srep10760.html〉. 〈10.1038/srep10760〉
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titre: Cell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators
auteur: Jorgelindo da Veiga Moreira, Sabine Pérès, Jean-Marc Steyaert, Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogeira, Laurent Schwartz
article: Theoretical Biology and Medical Modelling, BioMed Central, 2015, 12 (1), pp.10. 〈10.1186/s12976-015-0005-2〉
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titre: Detecting time periods of differential gene expression using Gaussian processes: An application to endothelial cells exposed to radiotherapy dose fraction
auteur: Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Valérie Buard, Béatrice Micheau, Georges Tarlet, Marc Benderitter, Farida Zehraoui, Florence D’Alché-Buc
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (5), pp.728–735. 〈10.1093/bioinformatics/btu699〉
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titre: Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models
auteur: Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
article: Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 568, pp.39. 〈10.1016/j.tcs.2014.12.002〉
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Conference papers

titre: Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence
auteur: Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty
article: SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics, pp.26-31, 2015
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titre: Towards firm foundations for the rational design of RNA molecules
auteur: Yann Ponty
article: Colloque de Bioinformatique Moléculaire (GdR BIM), Oct 2015, Paris, France. 〈http://www.gdr-bim.cnrs.fr/coll-2015/tentative-programme-programme-previsionnel/〉
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titre: Parallelising the Computation of Minimal Absent Words
auteur: Carl Barton, Alice Héliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis
article: PPAM 2015, Sep 2015, Cracovie, Poland. LNCS 9574, 2016, 〈10.1007/978-3-319-32152-3_23〉
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titre: Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
auteur: Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
article: The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States. 8 (11)
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titre: Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm
auteur: Jozef Haleš, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
article: Ferdinando Cicalese; Ely Porat. CPM – 26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2015, Ischia Island, Italy. LNCS, 2015, 〈http://www.cpm2015.di.unisa.it〉
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titre: Assessing the robustness of parsimonious predictions for gene neighborhoods from reconciled phylogenies
auteur: Ashok Rajaraman, Cedric Chauve, Yann Ponty
article: Robert Harrison; Yaohang Li; Ion Mandoiu, ISBRA – 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications – 2015, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States. LNCS, 9096, pp.260–271, 2015, 〈10.1007/978-3-319-19048-8_22〉
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titre: RNA Bioinformatics and ensemble dynamic programming
auteur: Yann Ponty
article: 5th biennial Canadian Discrete and Algorithmic Mathematics Conference – CanaDAM 2015, Jun 2015, Saskatoon, Canada. 〈https://canadam.math.ca/2015/〉
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titre: KGSrna: Efficient 3D Kinematics-Based Sampling for Nucleic Acids
auteur: Julie Bernauer, Rasmus Fonseca, Henry Van den Bedem
article: RECOMB 2015, Apr 2015, Warsaw, Poland. 9029 2015, Research in Computational Molecular Biology. 〈www.recomb2015.pl〉. 〈10.1007/978-3-319-16706-0_11〉
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Book sections

titre: Preface.
auteur: Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article: Computational methods for Structural RNAs (CMSR’14), 22 (3), Mary Ann Liebert, pp.189, 2015, Journal of Computational Biology, 〈https://cmsr2014.wordpress.com/〉
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titre: Drawing and Editing the Secondary Structure(s) of RNA.
auteur: Yann Ponty, Fabrice Leclerc
article: Ernesto Picardi. RNA Bioinformatics, 1269, Springer New York, pp.63-100, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-2290-1. 〈10.1007/978-1-4939-2291-8_5〉
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Directions of work or proceedings

titre: Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics
auteur: Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier
article: Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. Nov 2015, Orsay, France. 2015
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Habilitation à diriger des recherches

titre: Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules
auteur: Julie Bernauer
article: Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud XI, 2015
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Theses

titre: Detection of structural variants in cancer genomes using a Bayesian approach. You will find below the abstract of my PhD thesis
auteur: D Iakovishina
article: Computer Science [cs]. Ecole Polytechnique, 2015. English
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Preprints, Working Papers, …

titre: Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences : a case study in Archae genomes
auteur: Mireille Regnier, Philippe Chassignet
article: 2015
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titre: SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read mappability
auteur: D Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva
article: 2015
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2014

Journal articles

titre: Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models
auteur: Mireille Régnier, Evgenia Furletova, Victor Yakovlev, Mikhail Roytberg
article: Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9 (1), 〈10.1186/s13015-014-0025-1〉
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titre: Minimal conditions for protocell stationary growth.
auteur: Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
article: Artificial Life, Massachusetts Institute of Technology Press (MIT Press), 2014, 21 (2), pp.166-92
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titre: Similarity Search for Scientific Workflows
auteur: Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article: Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), VLDB Endowment, 2014, 7 (12), pp.1143-1154. 〈10.14778/2732977.2732988〉
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titre: In vivo tmRNA protection by SmpB and pre-ribosome binding conformation in solution.
auteur: Ehsan Ranaei-Siadat, Cécile Mérigoux, Bili Seijo, Luc Ponchon, Jean-Michel Saliou, Julie Bernauer, Sarah Sanglier-Cianférani, Fréderic Dardel, Patrice Vachette, Sylvie Nonin-Lecomte
article: RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014, 20 (10), pp.1607-20. 〈10.1261/rna.045674.114〉
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titre: Characterizing RNA ensembles from NMR data with kinematic models
auteur: Rasmus Fonseca, Dimitar V Pachov, Julie Bernauer, Henry Van den Bedem
article: Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2014, 42 (15), pp.9562-72. 〈10.1093/nar/gku707〉
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titre: TmiRUSite and TmiROSite scripts: searching for mRNA fragments with miRNA binding sites with encoded amino acid residues
auteur: Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
article: Bioinformation, Biomedical Informatics Publishing Group, 2014, 10 (7), pp.472-473. 〈http://www.bioinformation.net/010/97320630010472.pdf〉
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titre: Metabolic Treatment of Cancer: Intermediate Results of a Prospective Case Series
auteur: Schwartz Laurent, Buhler Ludivine, Icard Philippe, Lincet Hubert, Jean-Marc Steyaert
article: Anticancer Research, International Institute of Anticancer Research, 2014
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titre: Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey
auteur: Alain Denise, Philippe Rinaudo
article: Transactions on Computational Collective Intelligence, 2014, 13, pp.70-82. 〈10.1007/978-3-642-54455-2_3〉
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titre: Protein-RNA Complexes and Efficient Automatic Docking: Expanding RosettaDock Possibilities.
auteur: Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Christine Froidevaux, Jérôme Azé, Julie Bernauer
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (9), pp.e108928. 〈http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0108928〉. 〈10.1371/journal.pone.0108928〉
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titre: Linear-time computation of minimal absent words using suffix array
auteur: Carl Barton, Alice Héliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis
article: BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2014, 15, pp.11. 〈10.1186/s12859-014-0388-9〉
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titre: Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach
auteur: Sarah Cohen-Boulakia, Jiuqiang Chen, Paolo Missier, Carole Goble, Alan Williams, Christine Froidevaux
article: BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12
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titre: A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
auteur: Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
article: BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 〈10.1186/1471-2164-15-S6-S16〉
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titre: Mechanisms for U2AF to define 3′ splice sites and regulate alternative splicing in the human genome
auteur: Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu
article: Nature Structural and Molecular Biology, Nature Publishing Group, 2014, 21, pp.997-1005. 〈10.1038/nsmb.2906〉
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titre: On permuted super-secondary structures of transmembrane β-barrel proteins
auteur: Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
article: Theoretical Computer Science, Elsevier, 2014, 〈10.1016/j.tcs.2013.10.001〉
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Conference papers

titre: Characterization of Reachable Attractors Using Petri Net Unfoldings
auteur: Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïg Jezequel, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon
article: Pedro Mendes; Joseph Dada; Kieran Smallbone. CMSB 2014, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. Springer International Publishing, 8859, pp.14, 2014, LNCS/LNBI. 〈10.1007/978-3-319-12982-2_10〉
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titre: Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
auteur: Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
article: Sergio Campos. BSB – Brazilian Symposium on Bioinformatics – 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. Springer, LNCS, 8826, pp.49–56, 2014, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 〈10.1007/978-3-319-12418-6〉
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titre: Parallel biological in silico simulation
auteur: Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial
article: 29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. Information Sciences and Systems, pp.387-394, 2014, 〈https://projekty.iitis.pl/iscis〉. 〈10.1007/978-3-319-09465-6_40〉
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titre: Layer Decomposition: An Effective Structure-based Approach for Scientific Workflow Similarity
auteur: Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
article: IEEE e-Science conference, Oct 2014, Guarujá, Brazil. 2014
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titre: Completing SBGN-AF Networks by Logic-Based Hypothesis Finding
auteur: Yoshitaka Yamamoto, Adrien Rougny, Hidetomo Nabeshima, Katsumi Inoue, Hisao Moriya, Christine Froidevaux, Koji Iwanuma
article: Formal Methods In Macro-Biology, Sep 2014, Nouméa, New Caledonia. Springer, Lecture Notes in Computer Science, 8738, pp.165-179, Formal Methods in Macro-Biology. 〈10.1007/978-3-319-10398-3_14〉
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titre: Breast cancer and quality of life: medical information extraction from health forums
auteur: Thomas Opitz, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Cyrille Joutard, Christian Lavergne, Caroline Mollevi
article: MIE: Medical Informatics Europe, Aug 2014, Istanbul, Turkey. 25th Medical Informatics Europe Conference, pp.1070-1074, 2014
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titre: ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
auteur: Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
article: 10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 – 142, 2014, 〈10.1007/978-3-319-08590-6_13〉
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titre: DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows
auteur: Jiuqiang Chen, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Carole Goble, Paolo Missier, Alan Williams
article: SSDBM ’14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. 〈http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2618287〉. 〈10.1145/2618243.2618287〉
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titre: Systèmes oscillants chaotiques en biologie
auteur: Patrick Amar
article: Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France. 2014, 〈http://sfbt-2014.imag.fr/〉
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titre: Apprentissage de fonctions de tri pour la prédiction d’interactions protéine-ARN
auteur: Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Jérôme Azé, Julie Bernauer, Christine Froidevaux
article: Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2014, Rennes, France. 2014, 〈http://editions-rnti.fr/?inprocid=1001960〉
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titre: Clump Combinatorics, Automata, and Word Asymptotics
auteur: Mireille Regnier, Billy Fang, Daria Iakovishina
article: Michael Drmota; Mark Ward. ANALCO’14, Jan 2014, Portland, United States. SIAM, 2014, 〈10.1137/1.9781611973204.6〉
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Book sections

titre: Bio-algorithmique des ARN : petite promenade aux interfaces
auteur: Yann Ponty
article: Eric Sopena. 1024 – Bulletin de la société informatique de France, 4, SIF, pp.23–53, 2014, 〈http://www.societe-informatique-de-france.fr/bulletin/1024-numero-4/〉
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titre: Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting
auteur: Loïc Paulevé, Courtney Chancellor, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux
article: Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, pp.125 – 166, 2014, 978-1-84821-680-8
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titre: Analyzing SBGN-AF Networks Using Normal Logic Programs
auteur: Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue
article: Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, 2014, 978-1-84821-680-8. 〈10.1002/9781119005223.ch9〉
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Directions of work or proceedings

titre: Proceedings of the 1st workshop on Computational Methods for Structural RNAs
auteur: Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article: Jossinet, Fabrice; Ponty, Yann; Waldispühl, Jérôme. France. McGill University, pp.76, 2014, 978-2-9550187-0-5. 〈10.15455/CMSR.2014.0000〉. 〈http://cmsr14.cs.mcgill.ca/〉
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Master thesis

titre: Extraction de motifs dans les graphes de workflows scientifiques
auteur: Stéphanie Kamgnia Wonkap
article: Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014
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Poster communications

titre: Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
auteur: Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
article: RECOMB-CG’14, Oct 2014, Cold Spring HArbour, United States. 〈http://cs.nyu.edu/~parida/RECOMB-CG2014/〉
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titre: A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
auteur: Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
article: Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014
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2013

Journal articles

titre: Protein-protein interactions in a crowded environment: an analysis via cross-docking simulations and evolutionary information
auteur: Anne Lopes, Sophie Sacquin-Mora, Viktoriya Dimitrova, Elodie Laine, Yann Ponty, Alessandra Carbone
article: PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2013, 9 (12), pp.e1003369. 〈10.1371/journal.pcbi.1003369〉
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titre: Using Structural and Evolutionary Information to Detect and Correct Pyrosequencing Errors in Noncoding RNAs.
auteur: Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article: Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2013, 20 (11), pp.905-19. 〈10.1089/cmb.2013.0085〉
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titre: Large deviation properties for patterns
auteur: Mireille Regnier, Jérémie Bourdon
article: Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2013, 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570866713000841〉. 〈10.1016/j.jda.2013.09.004〉
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titre: Non-redundant random generation algorithms for weighted context-free languages
auteur: Andy Lorenz, Yann Ponty
article: Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, Generation of Combinatorial Structures, 502, pp.177-194. 〈10.1016/j.tcs.2013.01.006〉
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titre: A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)
auteur: Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
article: Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, 502, pp.165-176
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titre: Binding of intronic miRNAs to the mRNAs of host genes encoding intronic miRNAs and proteins that participate in tumourigenesis
auteur: Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
article: Computers in Biology and Medicine, Elsevier, 2013, 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010482513001856〉. 〈10.1016/j.compbiomed.2013.07.011〉
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titre: A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution.
auteur: Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (13), pp.i308-15. 〈10.1093/bioinformatics/btt217〉
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titre: SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences.
auteur: Yang Zhang, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Eric Lecuyer, Jérôme Waldispühl
article: Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2013, Web Server Issue, 41 (Web Server issue), pp.W480-5. 〈10.1093/nar/gkt461〉
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titre: OKVAR-Boost: a novel boosting algorithm to infer nonlinear dynamics and interactions in gene regulatory networks.
auteur: Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (11), pp.1416–1423. 〈10.1093/bioinformatics/btt167〉
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titre: Characteristics of binding sites of intergenic, intronic and exonic miRNAs with mRNAs of oncogenes coding intronic miRNAs
auteur: Olga Berillo, Assel Issabekova, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
article: African Journal of Biotechnology, Academic Journals, 2013, 12 (10), pp.1016-1024. 〈http://www.academicjournals.org/ajb/PDF/pdf2013/6Mar/Berillo%20et%20al.pdf〉. 〈10.5897/AJB12.2054〉
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titre: Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton
auteur: Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi
article: BMC Biochemistry, BioMed Central, 2013, 14 (3), pp.1-10. 〈10.1186/1471-2091-14-3〉
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titre: Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.
auteur: Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar
article: AMB Express, SpringerOpen, 2013, 3 (1), pp.13. 〈10.1186/2191-0855-3-13〉
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titre: Learning a Markov Logic network for supervised gene regulatory network inference
auteur: Céline Brouard, Christel Vrain, Julie Dubois, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence D’Alché-Buc
article: BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.273. 〈10.1186/1471-2105-14-273〉
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titre: Supersecondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins.
auteur: Van Du T Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
article: Methods in Molecular Biology, Humana Press/Springer Imprint, 2013, Protein Supersecondary Structures, 932, pp.277-294. 〈10.1007/978-1-62703-065-6_17〉
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titre: An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.
auteur: Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise
article: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, 10 (1), pp.193-199. 〈10.1109/TCBB.2012.148〉
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Conference papers

titre: Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages
auteur: Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise
article: ACM-BCB – ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics – 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States. 2013
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titre: Translating the SBGN-AF language into logic to analyze signalling networks
auteur: Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue
article: Katsumi Inoue and Chiaki Sakama. LNMR – 1st International Workshop on Learning and Non Monotonic Reasoning, Sep 2013, La Coruña, Spain. CORR, arXiv:1311.4639, pp.44-55, 2013
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titre: A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotides distribution
auteur: Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article: ISMB/ECCB – 21st Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/12th European Conference on Computational Biology – 2013, Jul 2013, Berlin, Germany. 2013
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titre: Time-dependent gaussian process regression and significance analysis for sparse time-series
auteur: Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Béatrice Micheau, Valérie Buard, Florence D’Alché-Buc
article: Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
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titre: Gene Regulatory Network Inference using ensembles of Local Multiple Kernel Models
auteur: Arnaud Fouchet, Jean-Marc Delosme, Florence D’Alché-Buc
article: Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
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titre: Nonparametric modeling for gene regulatory network inference using boosting and operator-valued kernels
auteur: Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
article: Seventh International workshop on Machine Learning in Systems Biology, Satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
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titre: Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group
auteur: Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet
article: JOBIM 2013 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. à paraître, 2013
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titre: Boosting an operator-valued kernel-based model for gene regulatory network inference
auteur: Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
article: Workshop on Dynamics of biological networks: from nodes’ dynamics to network evolution, Jun 2013, Edinburgh, United Kingdom
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titre: Using the Fast Fourier Transform to accelerate the computational search for RNA conformational switches (extended abstract)
auteur: Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote
article: RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China. 2013
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titre: A linear inside-outside algorithm for correcting sequencing errors in structured RNA sequences
auteur: Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article: RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China. 2013
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titre: Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli
auteur: Thomas Bourquard, Damien De Vienne, Jérôme Azé
article: Djamel A. Zighed and Gilles Venturini. EGC 2013 – 13eme conférence Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2013, Toulouse, France. Hermann, E.24, pp.419-430, 2013, RNTI
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Book sections

titre: Introduction to RNA secondary structure comparison.
auteur: Stefanie Schirmer, Yann Ponty, Robert Giegerich
article: Gorodkin, Jan and Ruzzo, Walter L. RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, 1097, Springer, pp.247-73, 2013, Methods in molecular biology, ISBN 978-1-62703-708-2. 〈10.1007/978-1-62703-709-9_12〉
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Directions of work or proceedings

titre: avances in Systems and Synthetic Biology
auteur: Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
article: Patrick Amar and François Képès andVic Norris. avances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5
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Habilitation à diriger des recherches

titre: Contributions à l’étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique
auteur: Patrick Amar
article: Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013
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Theses

titre: Designing scientific workflows following a structure and provenance-aware strategy
auteur: Jiuqiang Chen
article: Databases [cs.DB]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013. English
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Preprints, Working Papers, …

titre: Semileptonic $B \to D^{**}$ decays in Lattice QCD : a feasibility study and first results
auteur: Mariam Atoui, B. Blossier, Vincent Morenas, O. Pène, K. Petrov
article: LPT-ORSAY 13-101. 28 pages with 20 figures. 2013
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titre: Properties of Random Complex Chemical Reaction Networks and Their Relevance to Biological Toy Models
auteur: Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
article: 2013
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2012

Journal articles

titre: Using the Fast Fourier Transform to Accelerate the Computational Search for RNA Conformational Switches
auteur: Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (12), pp.e50506. 〈10.1371/journal.pone.0050506〉
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titre: The Mimic Chain Reaction
auteur: Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina
article: Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, Karger, 2012, 22 (5), pp.335-343. 〈10.1159/000345328〉
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titre: Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution
auteur: Damien De Vienne, Jérôme Azé
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (11), pp.1-13. 〈10.1371/journal.pone.0048728〉
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titre: A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures.
auteur: Alex Levin, Mieszko Lis, Yann Ponty, Charles W O’Donnell, Srinivas Devadas, Bonnie Berger, Jérôme Waldispühl
article: Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40 (20), pp.10041-10052. 〈10.1093/nar/gks768〉
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titre: Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales
auteur: Vic Norris, Patrick Amar
article: Life (Chicago, Ill. : 1978), Time Inc., 2012, 2 (4), pp.286-312. 〈10.3390/life2040286〉
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titre: Expected distance between terminal nucleotides of RNA secondary structures.
auteur: Peter Clote, Yann Ponty, Jean-Marc Steyaert
article: Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2012, 65 (3), pp.581-99. 〈10.1007/s00285-011-0467-8〉
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titre: Tumor regression with a combination of drugs interfering with the tumor metabolism: efficacy of hydroxycitrate, lipoic acid and capsaicin.
auteur: Laurent Schwartz, Adeline Guais, Maurice Israël, Bernard Junod, Jean-Marc Steyaert, Elisabetta Crespi, Gianfranco Baronzio, Mohammad Abolhassani
article: Investigational New Drugs, Springer Verlag, 2012, 31 (2), pp.256-264. 〈10.1007/s10637-012-9849-z〉
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titre: Multiscale modeling of macromolecular biosystems.
auteur: Samuel C Flores, Julie Bernauer, Seokmin Shin, Ruhong Zhou, Xuhui Huang
article: Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 13 (4), pp.395-405. 〈10.1093/bib/bbr077〉
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titre: Mieux comprendre certaines molécules biologiques grâce à l’informatique
auteur: Yann Ponty, Joanna Jongwane
article: Interstices, INRIA, 2012, 〈https://interstices.info/jcms/int_67800/mieux-comprendre-certaines-molecules-biologiques-grace-a-l-informatique〉
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titre: Interactions of intergenic microRNAs with mRNAs of genes involved in carcinogenesis
auteur: Assel Issabekova, Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
article: Bioinformation, Biomedical Informatics Publishing Group, 2012, 8 (11), pp.513-518. 〈10.6026/97320630008513〉
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titre: Normal human melanocytes exposed to chronic insulin and glucose supplementation undergo oncogenic changes and methyl group metabolism cellular redistribution.
auteur: Daniel Morvan, Jean Marc Steyaert, Laurent Schwartz, Maurice Israel, Aicha Demidem
article: AJP – Endocrinology and Metabolism, American Physiological Society, 2012, 302 (11), pp.E1407-E1418. 〈10.1152/ajpendo.00594.2011〉
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titre: Static analysis of Biological Regulatory Networks dynamics using abstract interpretation
auteur: Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
article: Mathematical Structures in Computer Science, Cambridge University Press (CUP), 2012, 22 (04), pp 651-685. 〈10.1017/S0960129511000739〉
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titre: Stochastic simulation of multiple process calculi for biology
auteur: Matthew Lakin, Loïc Paulevé, Andrew Phillips
article: Theoretical Computer Science, Elsevier, 2012, 431, pp.181-206. 〈10.1016/j.tcs.2011.12.057〉
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titre: Evaluating mixture models for building RNA knowledge-based potentials.
auteur: Adelene y L Sim, Olivier Schwander, Michael Levitt, Julie Bernauer
article: Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2012, 10 (2), pp.1241010. 〈10.1142/S0219720012410107〉
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titre: Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
auteur: Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof
article: Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2012, 37, pp.1-5. 〈10.1016〉
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titre: Maximum expected accuracy structural neighbors of an RNA secondary structure.
auteur: Peter Clote, Feng Lou, William A Lorenz
article: BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 Suppl 5, pp.S6. 〈10.1186/1471-2105-13-S5-S6〉
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titre: A graph-theoretic approach for classification and structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins
auteur: Saad Sheikh, Phillippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert, Thuong van Du Tran
article: BMC Genomics, BioMed Central, 2012
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titre: BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
auteur: Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves D’Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine De Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
article: Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2012, 2012, pp.1-5. 〈10.1155/2012/893048〉
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titre: Coverage-biased random exploration of large models and application to testing
auteur: Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet
article: Software Tools for Technology Transfer (STTT), Springer, 2012, 14 (1), pp.73-93
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Conference papers

titre: Distilling Structure in Scientific Workflows
auteur: Jiuqiang Chen, Christine Froidevaux, Carole Goble, Alan Williams, Sarah Cohen-Boulakia
article: Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. EMBnet.journal, 18, pp.10-102, 2012, Supp B. 〈http://journal.embnet.org/index.php/embnetjournal/article/view/565〉
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titre: Réécriture de workflows scientifiques et provenance
auteur: Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
article: Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France. 2012
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titre: Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance
auteur: Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
article: Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States. IEEE, 2012
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titre: Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks
auteur: Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
article: Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. Springer Berlin Heidelberg, p. 166-186, 2012, 〈10.1007/978-3-642-33636-2_11〉
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titre: Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks
auteur: Zahira Aslaoui-Errafi, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Pauline Gloaguen, Anne Poupon, Adrien Rougny, Meriem Yahiaoui
article: Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110, 2012
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titre: HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
auteur: Patrick Amar, Loïc Paulevé
article: The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 313, pp.3 — 21, 2012, 〈10.1016/j.entcs.2015.04.016〉
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titre: Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
auteur: Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise
article: Ben Raphael and Jijun Tang. WABI – 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. 2012, tba
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titre: Markov Logic Network for supervised gene regulation inference: application to the ID2 regulatory network in human keratinocytes
auteur: Céline Brouard, Julie Dubois, Christel Vrain, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence D’Alché-Buc
article: International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Sep 2012, Bâle, Switzerland
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titre: Impact Of The Energy Model On The Complexity Of RNA Folding With Pseudoknots
auteur: Saad Sheikh, Rolf Backofen, Yann Ponty
article: Juha Kärkkäinen and Jens Stoye. CPM – 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching – 2012, Jul 2012, Helsinki, Finland. Springer, 7354, pp.321–333, 2012, Combinatorial Pattern Matching. 〈10.1007/978-3-642-31265-6_26〉
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titre: Protein-protein interaction network inference with semi-supervised Output Kernel Regression
auteur: Céline Brouard, Marie Szafranski, Florence D’Alché-Buc
article: JOBIM, Jul 2012, Rennes, France. pp.133-136, 2012
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titre: Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling
auteur: Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise
article: Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques – JOBIM’12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476, 2012
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titre: (Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories
auteur: Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article: Anastasia Ailamaki. Scientific and Statistical Database Management – 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. Springer, 7338, pp.361-378, 2012, LNCS
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titre: The weighted words collector
auteur: Jérémie Du Boisberranger, Danièle Gardy, Yann Ponty
article: Nicolas, Broutin (INRIA, France) and Luc, Devroye (McGill, Cana. AOFA – 23rd International Meeting on Probabilistic, Combinatorial and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms – 2012, Jun 2012, Montreal, Canada. DMTCS, DMTCS Proceedings vol. AQ, 23rd Intern. Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms (AofA’12), pp.243–264, 2012, 〈http://www.dmtcs.org/dmtcs-ojs/index.php/proceedings/article/view/dmAQ0120〉
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titre: Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions
auteur: Patrick Amar
article: Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France. 2012
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titre: Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?
auteur: Stefan Janssen, Loïc Paulevé, Yann Ponty, Balaji Raman, Matthias Zytnicki
article: IWBDA – 4th International Workshop on Bio-Design Automation – 2012, Jun 2012, San Francisco, United States. 2012, 〈http://www.iwbdaconf.org/2012〉
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titre: A-Brain: Using the Cloud to Understand the Impact of Genetic Variability on the Brain
auteur: Radu Tudoran, Alexandru Costan, Benoit Da Mota, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion
article: CloudFutures, May 2012, Berkeley, United States. Microsoft, 2012
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titre: Knowledge-based consensus methods for secondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins
auteur: Saad Sheikh, Van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
article: 4th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2012 (BICoB 2012), Mar 2012, Las Vegas, NV, United States. pp.79–84, 2012
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titre: Visualizing 2D & 3D Structures of RNA
auteur: Yann Ponty
article: VIZBI – 3rd international meeting on Visualizing Biological Data – 2012, Mar 2012, Heidelberg, Germany. 2012
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titre: Large deviation properties for patterns
auteur: Jérémie Bourdon, Mireille Regnier
article: Thierry Lecroq. LSD&LAW 2012, Feb 2012, Londres, United Kingdom. 2012
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titre: On the diversity of pattern distributions in rational language
auteur: Cyril Banderier, Olivier Bodini, Yann Ponty, Hanane Tafat
article: ANALCO – 12th Meeting on Analytic Algorithmics and Combinatorics – 2012, Jan 2012, Kyoto, Japan. Omnipress, pp.107–116, 2012
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titre: The Least Temporal Contradiction Measure: Application to Hydrological Data
auteur: Hugo Alatrista Salas, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Flavie Cernesson, Frédéric Flouvat, Nazha Selmaoui-Folcher, Maguelonne Teisseire
article: AGILE: International Conference on Geographic Information Science, 2012, Avignon, France. AGILE’12: 15th International Conference on Geographic Information Science, pp.197-202, 2012
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Habilitation à diriger des recherches

titre: Prédiction d’Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs
auteur: Jérôme Azé
article: Apprentissage [cs.LG]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012
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Reports

titre: A Dynamical Model for the Transmembrane Potential Regulation by pH
auteur: Araks Martirosyan, Loïc Paulevé, Clair Poignard, Mireille Régnier, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz
article: [Research Report] LIX, Ecole polytechnique. 2012
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titre: Rule-weighted and terminal-weighted context-free grammars have identical expressivity
auteur: Yann Ponty
article: [Research Report] 2012
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Theses

titre: Algorithmique de l’alignement structure-séquence d’ARN : une approche générale et paramétrée
auteur: Philippe Rinaudo
article: Autre [cs.OH]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français. 〈NNT : 2012PA112355〉
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titre: Algorithmes pour l’ étude de la structure secondaire des ARN et l’alignement de séquences
auteur: Lou Feng
article: Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français
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2011

Journal articles

titre: Toxicity of carbon dioxide: A review.
auteur: Adeline Guais, Gérard Brand, Laurence Jacquot, Mélanie Karrer, Sam Dukan, Georges Grévillot, Thierry Jo Molina, Jacques Bonte, Mireille Regnier, Laurent Schwartz
article: Chemical Research in Toxicology, American Chemical Society, 2011, 24 (12), pp.2061-70. 〈10.1021/tx200220r〉
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titre: An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure.
auteur: Jérôme Waldispühl, Yann Ponty
article: Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (11), pp.1465-79. 〈10.1089/cmb.2011.0181〉
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titre: Counting RNA pseudoknotted structures
auteur: Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
article: Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. 〈10.1089/cmb.2010.0086〉
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titre: Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology.
auteur: Sarel J Fleishman, Timothy A Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C Mitchell, Omar N A Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H Moal, Xiaofan Li, Paul A Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-Su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Sefik Kerem Ovalı, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan Fernández-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M Driggers, Robert G Hall, Jessica L Morgan, Victor L Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M J J Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J Camacho, Krishna P Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, P Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J Wodak, Joel Janin, David Baker
article: Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2011, in press. 〈10.1016/j.jmb.2011.09.031〉
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titre: Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
auteur: Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
article: Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, Springer Verlag, 2011, 130 (3), pp.211-228. 〈10.1007/s12064-010-0118-4〉
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titre: Fully differentiable coarse-grained and all-atom knowledge-based potentials for RNA structure evaluation.
auteur: Julie Bernauer, Xuhui Huang, Adelene y L Sim, Michael Levitt
article: RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2011, 17 (6), pp.1066-75. 〈10.1261/rna.2543711〉
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titre: Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.
auteur: Bryan Brancotte, Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, François Radvanyi, Fabien Reyal, Sarah Cohen-Boulakia
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27 (8), pp.1187-9. 〈10.1093/bioinformatics/btr073〉
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titre: The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.
auteur: Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle
article: Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2011, 90 (2), pp.615-23. 〈10.1007/s00253-010-3018-0〉
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titre: A collaborative filtering approach for protein-protein docking scoring functions.
auteur: Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Jérôme Azé, Anne Poupon
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (4), pp.e18541. 〈10.1371/journal.pone.0018541〉
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titre: MULTI-SCALE MODELLING OF BIOSYSTEMS: FROM MOLECULAR TO MESOCALE – Session Introduction.
auteur: Julie Bernauer, Samuel Flores, Xuhui Huang, Seokmin Shin, Ruhong Zhou
article: Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2011, pp.177-80. 〈http://eproceedings.worldscinet.com/9789814335058/preserved-docs/9789814335058_0019.pdf〉. 〈10.1142/9789814335058_0019〉
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titre: Characteristics of Intronic and Intergenic Human miRNAs and Features of their Interaction with mRNA
auteur: Assel Issabekova, Olga Berillo, Vladimir Khailenko, Shara Atambayeva, Mireille Regnier, Anatoliy Ivashchenko
article: World Academy of Science, Engineering and Technology, WASET, 2011, 59, 〈https://www.waset.org/journals/waset/v59/v59-14.pdf〉
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titre: Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows
auteur: Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article: SIGMOD record, ACM, 2011, 〈10.1145/2034863.2034865〉
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titre: ACoM: A classification method for elementary flux modes based on motif finding
auteur: Sabine Pérès, F. Vallée, Marie Beurton-Aimar, Jean-Pierre Mazat
article: BioSystems, Elsevier, 2011, 103 (3), pp.410-419
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Conference papers

titre: Using Kendall-Tau Meta-Bagging to Improve Protein-Protein Docking Predictions
auteur: Jérôme Azé, Thomas Bourquard, Sylvie Hamel, Anne Poupon, David Ritchie
article: M. Loog. PRIB 2011, Nov 2011, DELFT, Netherlands. pp.284-295, 2011
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titre: Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint
auteur: Thomas Bourquard, Jérôme Azé, Anne Poupon, David Ritchie
article: Emmanuel BARILLOT, Christine F ROIDEVAUX, Eduardo PC ROCHA. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. Institut Pasteur, pp.9-16, 2011, JOBIM 2011
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titre: Régression semi-supervisée à sortie noyau pour la prédiction de liens
auteur: Céline Brouard, Florence D’Alché-Buc, Marie Szafranski
article: CAP, May 2011, Chambéry, France. Publibook, pp.119-134, 2011
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titre: Next Generation Data Integration for the Life Sciences
auteur: Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article: IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany. 2011
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titre: An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure
auteur: Jérôme Waldispühl, Yann Ponty
article: Bafna, Vineet and Sahinalp, S. RECOMB – 15th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2011, Mar 2011, Vancouver, Canada. Springer Berlin / Heidelberg, 6577, pp.501-515, 2011, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-20036-6_45〉
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titre: Investigating the RFAM paradox: The pseudoknot explanation
auteur: Stefan Janssen, Yann Ponty, Balaji Raman, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert, Peter Clote
article: Fifth Indo-French Bioinformatics Meeting, Mar 2011, Hyderabad, India
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titre: Energy-based Classification and Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins
auteur: Thuong van Du Tran, Phillippe Chassignet, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert
article: 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), Feb 2011, Orlando, FL, United States. 2011
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titre: Constant time estimation of ranking statistics by analytic combinatorics
auteur: Cyril Banderier, Pierre Nicodeme
article: Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2011, Paris, France. no page numbering, 2011
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titre: A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment
auteur: Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise
article: CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom. 2011
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titre: A Combinatorial Framework for Designing (Pseudoknotted) RNA Algorithms
auteur: Yann Ponty, Cédric Saule
article: WABI – 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2011, 2011, Saarbrucken, Germany. 2011
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titre: Maximum expected accurate structural neighbors of an RNA secondary structure
auteur: Feng Lou, Peter Clote
article: Proceedings of 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), 2011, Orlando, United States. 2011
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titre: Using medians to generate consensus rankings for biological data
auteur: Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
article: SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States. 2011
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titre: On Armstrong-compliant Logical Query Languages
auteur: Marie Agier, Christine Froidevaux, Jean-Marc Petit, Yoan Renaud, Jef Wijsen
article: George H. L. Fletcher and Slawek Staworko. 4th International Workshop on Logic in Databases, (EDBT/ICDT ’10 joint conference), 2011, Uppsala, Sweden. ACM, pp.33-40, 2011, LID
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titre: Uniform Monte-Carlo Model Checking
auteur: Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet
article: FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany. 2011
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Theses

titre: Modèles combinatoires des structures d’ARN avec ou sans pseudonoeuds, application à la comparaison de structures.
auteur: Cédric Saule
article: Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2011. Français
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titre: Modeling and predicting super-secondary structures of transmembrane beta-barrel proteins
auteur: Thuong van Du Tran
article: Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English. 〈NNT : 2011EPXX0104〉
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titre: A Mathematical Model of Phospholipid Biosynthesis
auteur: Mahsa Behzadi
article: Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English
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2010

Journal articles

titre: Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures
auteur: Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang
article: FEBS Letters, Wiley, 2010, 584 (21), pp.4401-7. 〈10.1016/j.febslet.2010.09.039〉
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titre: Paternity analysis in a litter of whale shark embryos
auteur: Jennifer Schmidt, Chen Chien-Chi, Saad Sheikh, Mark Meekan, Bradley Norman, Shoou-Jeng Joung
article: Endangered Species Research, Inter-Research, 2010, 12 (2), pp.117-124. 〈http://www.int-res.com/articles/esr2010/12/n012p117.pdf〉
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titre: ESBTL: efficient PDB parser and data structure for the structural and geometric analysis of biological macromolecules.
auteur: Sébastien Loriot, Frédéric Cazals, Julie Bernauer
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (8), pp.1127-8. 〈http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/26/8/1127.pdf〉. 〈10.1093/bioinformatics/btq083〉
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titre: MULTI-RESOLUTION MODELING OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES – Session Introduction.
auteur: Samuel Flores, Julie Bernauer, Xuhui Huang, Ruhong Zhou, Seokmin Shin
article: Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2010, 15, pp.201-204. 〈http://eproceedings.worldscinet.com/9789814295291/preserved-docs/9789814295291_0022.pdf〉. 〈10.1142/9789814295291_0022〉
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titre: A Model of Phospholipid Biosynthesis in Tumor in Response to an Anticancer Agent in Vivo
auteur: Mahsa Behzadi, Aicha Demidem, Daniel Morvan, Schwartz Laurent, Georges Stepien, Jean-Marc Steyaert
article: Journal of Integrative Bioinformatics, Informationsmanagement in der Biotechnologie e.V. (IMBio e.V.), 2010, 7 (3), 〈10.2390/biecoll-jib-2010-129〉
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titre: Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling
auteur: Lou Feng, Peter Clote
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26, pp.278-286. 〈10.1093/bioinformatics/btq218〉
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titre: Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
auteur: Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq
article: Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411, pp.2423-2432
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titre: Controlled non uniform random generation of decomposable structures
auteur: Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier
article: Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. 〈10.1016/j.tcs.2010.05.010〉
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titre: Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems
auteur: Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler
article: Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2010, 10, pp.16–23
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titre: Alignments of RNA structures.
auteur: Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet
article: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (2), pp.309-322. 〈10.1109/TCBB.2008.28〉
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Conference papers

titre: Weighted random generation of context-free languages: Analysis of collisions in random urn occupancy models
auteur: Danièle Gardy, Yann Ponty
article: GASCOM – 8th conference on random generation of combinatorial structures – 2010, Sep 2010, Montréal, Canada. 14pp, 2010
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titre: Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots
auteur: Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise
article: GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada. 2010
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titre: Multi-dimensional Boltzmann Sampling of Languages
auteur: Olivier Bodini, Yann Ponty
article: Drmota, Michael; Gittenberger, Bernhard. 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), Jun 2010, Vienna, Austria. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AM, 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), pp.49-64, 2010, DMTCS Proceedings
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titre: Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance
auteur: Susan Davidson, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy, Sarah Cohen-Boulakia, Zhuowei Bao, Anat Eyal
article: 1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States. 2010
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titre: A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages
auteur: Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
article: GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada. 2010
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titre: Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)
auteur: Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
article: Billey, Sara and Reiner, Victor. 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AN, 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), pp.1037-1048, 2010, DMTCS Proceedings
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2009

Journal articles

titre: Prediction of super-secondary structure in α-helical and β-barrel transmembrane proteins
auteur: Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
article: BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 2009 (10 (Suppl. 13)), 〈10.1186/1471-2105-10-S13-O3〉
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titre: VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.
auteur: Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (15), pp.1974-5. 〈10.1093/bioinformatics/btp250〉
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titre: Profile of Tries
auteur: Gayun Park, Hsien-Kuei Hwang, Pierre Nicodème, Wojciech Szpankowski
article: SIAM Journal on Computing, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2009, 38 (5), pp.1821-1880. 〈10.1137/070685531〉
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titre: PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
auteur: Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard, Anat Eyal, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy
article: PVLDB, Proc. of the 35th Int. Conf. on Very Large Data Bases, ACM, 2009, 2 (2), pp.1638-1641
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titre: Using profiles based on hydropathy properties to define essential regions for splicing
auteur: Anatoly Ivashchenko, Galina Boldina, Aizhan Turmagambetova, Mireille Régnier
article: International Journal of Biological Sciences, Ivyspring International Publisher, 2009, 5, pp.13-19. 〈http://www.biolsci.org/v05p0013.htm〉
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Conference papers

titre: On User Views in Scientific Workflow Systems (Invited Paper)
auteur: Susan Davidson, Yi Chen, Peng Sun, Sarah Cohen-Boulakia
article: Proc. of the the First Int. Workshop on the role of Semantic Web in Provenance Management (ISWC 2009 Workshop), Oct 2009, Washington DC, United States. 2009
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titre: PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
auteur: Bao Zhuowei, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard
article: VLDB- Very Large DataBase systems-2009, Aug 2009, Lyon, France. VLDB Journal, 2, pp.1638-1641, 2009
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titre: An Adaptive Combination of Matchers: Application to the Mapping of Biological Ontologies for Genome Annotation
auteur: Rance Bastien, Jean-François Gibrat, Christine Froidevaux
article: Norman W. Paton and Paolo Missier and Cornelia Hedeler. DILS 2009-6th International Workshop on Data Integration in the Life Sciences, Jul 2009, Manchester, United Kingdom. Springer, 5647, pp.113-126, 2009, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-02879-3_10〉
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titre: A geometric knowledge-based coarse-grained scoring potential for structure prediction evaluation
auteur: Sebastien Loriot, Frédéric Cazals, Michael Levitt, Julie Bernauer
article: Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2009, Nantes, France. 2009
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titre: BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez
auteur: Sarah Cohen-Boulakia, Kevin Masini
article: 21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orlean, United States. pp.283-291, 2009
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Book sections

titre: A Word Counting Graph
auteur: Mireille Regnier, Zara Kirakossian, Eugenia Furletova, Mikhail Roytberg
article: Joseph Chan, Jacqueline W. Daykin and M. Sohel Rahman. London Algorithmics 2008: Theory and Practice (Texts in Algorithmics), London College Publications, 31 p., 2009, 978-1904987970
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titre: Provenance in Scientific Databases
auteur: Sarah Cohen-Boulakia, Wang Chiew Tan
article: Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009
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titre: Biological Resource Discovery
auteur: Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Rami Rifaieh, Mark Wilkinson, Juliana Freire, Sarah Cohen-Boulakia
article: Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.220-223, 2009
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titre: Biological Metadata Management
auteur: Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Mark Wilkinson, Sarah Cohen-Boulakia
article: Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9
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Theses

titre: Exploitation des algorithmes génétiques pour la prédiction de structure de complexe protéine-protéine
auteur: Thomas Bourquard
article: Intelligence artificielle [cs.AI]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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titre: Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs récurrents dans les structures tertiaires d’ARN
auteur: Mahassine Djelloul
article: Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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titre: Recherche d’associations séquentielles et alignement d’ontologies biologiques
auteur: Bastien Rance
article: Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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2008

Journal articles

titre: Hyperosmotic stress contributes to mouse colonic inflammation through the methylation of protein phosphatase 2A.
auteur: Laurent Schwartz, Mohammad Abolhassani, Mohammad Pooya, Jean-Marc Steyaert, Xavier Wertz, Maurice Israël, Adeline Guais, Philippe Chaumet-Riffaud
article: AJP – Gastrointestinal and Liver Physiology, American Physiological Society, 2008, 295 (5), pp.G934-41. 〈10.1152/ajpgi.90296.2008〉
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titre: Efficient sampling of RNA secondary structures from the Boltzmann ensemble of low-energy: The boustrophedon method
auteur: Yann Ponty
article: Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2008, 56 (1-2), pp.107–127. 〈10.1007/s00285-007-0137-z〉
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titre: LocalMove: computing on-lattice fits for biopolymers
auteur: Yann Ponty, R. Istrate, E. Porcelli, Peter Clote
article: Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (2), pp.W216-W222. 〈10.1093/nar/gkn367〉
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titre: Asymptotics of RNA shapes
auteur: William Andrew Lorenz, Peter Clote, Yann Ponty
article: Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (1), pp.31–63. 〈10.1089/cmb.2006.0153〉
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Conference papers

titre: Non-redundant random generation from weighted context-free languages
auteur: Yann Ponty
article: GASCOM – 7th conference on random generation of combinatorial structures – 2008, 2008, Bibbiena, Italy. 12pp, 2008
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2007

Journal articles

titre: DIAL: A web server for the pairwise alignment of two RNA 3-dimensional structures using nucleotide, dihedral angle and base pairing similarities
auteur: Ferrè Fabrizzio, Yann Ponty, William Lorenz, Peter Clote
article: Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2007, 35 (Web server issue), pp.W659–668. 〈10.1093/nar/gkm334〉
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2006

Journal articles

titre: GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures
auteur: Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (12), pp.1534–1535. 〈10.1093/bioinformatics/btl113〉
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2000

Conference papers

titre: Periods and quasiperiods characterization
auteur: Mireille Regnier, L. Mouchard
article: 11th Conference on Combinatorial Pattern Matching, 2000, France. pp.388-396, 2000
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