Publications

2017

Journal articles

titre

Fast, clash-free RNA conformational morphing using molecular junctions

auteur

Amélie Héliou, Dominik Budday, Rasmus Fonseca, Henry Van den Bedem

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 33 (14), pp.2114 – 2122. 〈10.1093/bioinformatics/btx127〉

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titre

High-Throughput Sequencing Reveals Circular Substrates for an Archaeal RNA ligase.

auteur

Hubert F Becker, Alice Heliou, Kamel Djaout, Roxane Lestini, Mireille Regnier, Hannu Myllykallio

article

RNA Biology, Taylor & Francis, 2017

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titre

The BRaliBase dent – a tale of benchmark design and interpretation.

auteur

Benedikt Löwes, Cedric Chauve, Yann Ponty, Robert Giegerich

article

Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 18 (2), pp.306–311. 〈10.1093/bib/bbw022〉

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titre

Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.

auteur

Alexander Churkin, Matan Drory Retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash

article

Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 〈10.1093/bib/bbw120〉

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titre

GARN2: coarse-grained prediction of 3D structure of large RNA molecules by regret minimization.

auteur

Mélanie Boudard, Dominique Barth, Julie Bernauer, Alain Denise, Johanne Cohen

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 16, pp.2479-2486. 〈10.1093/bioinformatics/btx175〉

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titre

Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame

auteur

Jules Deforges, Sylvain De Breyne, Melissa Ameur, Nathalie Ulryck, Nathalie Chamond, Afaf Saaidi, Yann Ponty, Théophile Ohlmann, Bruno Sargueil

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2017, 〈https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkx303〉

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titre

emMAW: Computing Minimal Absent Words in External Memory

auteur

Alice Heliou, Solon Pissis, Simon Puglisi

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 〈10.1093/bioinformatics/btx209〉

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titre

DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies

auteur

Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319

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Conference papers

titre

An EM algorithm for mapping short reads in multiple RNA structure probing experiments

auteur

Afaf Saaidi, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Mireille Regnier, Bruno Sargueil

article

Matbio2017, Sep 2017, London, United Kingdom. 2017

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titre

Hedging under uncertainty: regret minimization meets exponentially fast convergence

auteur

Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos

article

Symposium on Algorithmic Game Theory (SAGT) 2017, Sep 2017, L’Aquila, Italy. 2017

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titre

Minimal absent words in a sliding window & applications to on-line pattern matching

auteur

Maxime Crochemore, Alice Heliou, Gregory Kucherov, Laurent Mouchard, Solon Pissis, Yann Ramusat

article

FCT 2017, Sep 2017, Bordeaux, France. Springer, Proceedings of the 21st International Symposium on Fundamentals of Computation Theory, to appear, 2017, Lecture Notes in Computer Science

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titre

Objectively and automatically building multi-conformer ligand models in electron densities

auteur

Gydo Van Zundert, Daniel Keedy, Pooja Suresh, Amélie Héliou, Kenneth Borrelli, Tyler Day, James Fraser, Henry Van den Bedem

article

Conformational ensembles from experimental data and computer simulations, Aug 2017, Berlin, Germany. 2017

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titre

Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling

auteur

Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty

article

ISMB/ECCB – 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology – 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. Bioinformatics, 33 (14), pp.i283 – i292, 2017, 〈https://www.iscb.org/ismbeccb2017〉. 〈10.1093/bioinformatics/btx269〉

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titre

An integrative approach for predicting the RNA secondary structure for the HIV–1 Gag UTR using probing data

auteur

Afaf Saaidi, Yann Ponty, Bruno Sargueil

article

JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2017., Jul 2017, Lille, France. 〈https://project.inria.fr/jobim2017/fr/〉

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Preprints, Working Papers, …

titre

Small-world networks and RNA secondary structures

auteur

Defne Surujon, Yann Ponty, Peter Clote

article

2017

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titre

Counting, generating, analyzing and sampling tree alignments

auteur

Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty

article

Submitted to IJFCS. 2017

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2016

Journal articles

titre

Efficient dynamic range minimum query

auteur

Alice Heliou, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikael Salson

article

Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 656, pp.108-117. 〈10.1016/j.tcs.2016.07.002〉

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titre

ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony.

auteur

Edwin Jacox, Cedric Chauve, Gergely J Szöllősi, Yann Ponty, Celine Scornavacca

article

Bioinformatics (Oxford, England), 2016, pp.2056-8

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titre

Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences: a case study in Archaea genomes

auteur

Mireille Regnier, Philippe Chassignet

article

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2016

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titre

Necessary and sufficient conditions for protocell growth

auteur

Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady

article

Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2016, 〈10.1007/s00285-016-0998-0〉

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titre

SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read map-pability.

auteur

Daria Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva

article

Bioinformatics (Oxford, England), 2016

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titre

Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2016, 44 (11), pp.e104 – e104. 〈10.1093/nar/gkw217〉

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titre

incaRNAfbinv : a web server for the fragment-based design of RNA sequences

auteur

Matan Drory retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2016, 44 (W1), pp.W308 – W314. 〈10.1093/nar/gkw440〉

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titre

Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm in Watson-Crick and Nussinov-Jacobson Energy Models

auteur

Jozef Haleš, Alice Héliou, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho

article

Algorithmica, Springer Verlag, 2016

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Conference papers

titre

Towards structural models for the Ebola UTR regions using experimental SHAPE probing data

auteur

Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Bruno Sargueil, Yann Ponty

article

JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016, 〈https://jobim2016.sciencesconf.org/〉

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titre

Counting, generating and sampling tree alignments

auteur

Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty

article

ALCOB – 3rd International Conference on Algorithms for Computational Biology – 2016, Jun 2016, Trujillo, Spain. 2016, 〈http://grammars.grlmc.com/AlCoB2016/〉

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titre

Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie

auteur

Vincent Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès

article

IC2016: Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France

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titre

Taming reluctant random walks in the positive quadrant

auteur

Jeremie Lumbroso, Marni Mishna, Yann Ponty

article

GASCOM – 10th conference on random generation of combinatorial structures – 2016, Jun 2016, Bastia, France. 2016, Electronic Notes in Discrete Mathematics

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titre

Homology ­modeling of complex structural RNAs

auteur

Wei Wang​, Matthieu Barba​, Philippe Rinaudo​, Alain Denise, Yann Ponty

article

JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016

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Book sections

titre

Elucidating Mechanisms of Molecular Recognition Between Human Argonaute and miRNA Using Computational Approaches

auteur

Hanlun Jiang, Lizhe Zhu, Amélie Héliou, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang

article

Drug Target miRNA: Methods and Protocols, pp.251–275, 2016, 978-1-4939-6563-2. 〈10.1007/978-1-4939-6563-2_18〉

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Poster communications

titre

Computational methods for comparing and integrating multiple probing assays to predict RNA secondary structure

auteur

Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Yann Ponty, Bruno Sargueil, Mireille Regnier

article

Doctorial journey Interface, Ecole polytechnique, Palaiseau, Nov 2016, Palaiseau, France. 10

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2015

Journal articles

titre

Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

auteur

Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti

article

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 19), pp.S6. 〈http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/S19/S6〉. 〈10.1186/1471-2105-16-S19-S6〉

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titre

GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.

auteur

Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (8), pp.e0136444

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titre

Markov State Models Reveal a Two-Step Mechanism of miRNA Loading into the Human Argonaute Protein: Selective Binding followed by Structural Re-arrangement.

auteur

Hanlun Jiang, Fu Kit Sheong, Lizhe Zhu, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang

article

PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (7), pp.e1004404. 〈10.1371/journal.pcbi.1004404〉

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titre

Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex

auteur

Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon

article

Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, pp.5:10760. 〈http://www.nature.com/srep/2015/150601/srep10760/full/srep10760.html〉. 〈10.1038/srep10760〉

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titre

Cell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators

auteur

Jorgelindo da Veiga Moreira, Sabine Pérès, Jean-Marc Steyaert, Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogeira, Laurent Schwartz

article

Theoretical Biology and Medical Modelling, BioMed Central, 2015, 12 (1), pp.10. 〈10.1186/s12976-015-0005-2〉

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titre

Detecting time periods of differential gene expression using Gaussian processes: An application to endothelial cells exposed to radiotherapy dose fraction

auteur

Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Valérie Buard, Béatrice Micheau, Georges Tarlet, Marc Benderitter, Farida Zehraoui, Florence D’Alché-Buc

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (5), pp.728–735. 〈10.1093/bioinformatics/btu699〉

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titre

Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models

auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux

article

Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 568, pp.39. 〈10.1016/j.tcs.2014.12.002〉

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Conference papers

titre

Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence

auteur

Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty

article

SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics, pp.26-31, 2015

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titre

Towards firm foundations for the rational design of RNA molecules

auteur

Yann Ponty

article

Colloque de Bioinformatique Moléculaire (GdR BIM), Oct 2015, Paris, France. 〈http://www.gdr-bim.cnrs.fr/coll-2015/tentative-programme-programme-previsionnel/〉

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titre

Parallelising the Computation of Minimal Absent Words

auteur

Carl Barton, Alice Heliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis

article

PPAM 2015, Sep 2015, Cracovie, Poland. LNCS 9574, 2016, 〈10.1007/978-3-319-32152-3_23〉

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titre

Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis

auteur

Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel

article

The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States. 8 (11)

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titre

Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm

auteur

Jozef Haleš, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho

article

Ferdinando Cicalese; Ely Porat. CPM – 26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2015, Ischia Island, Italy. LNCS, 2015, 〈http://www.cpm2015.di.unisa.it〉

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titre

Assessing the robustness of parsimonious predictions for gene neighborhoods from reconciled phylogenies

auteur

Ashok Rajaraman, Cedric Chauve, Yann Ponty

article

ISBRA – 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications – 2015, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States

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titre

RNA Bioinformatics and ensemble dynamic programming

auteur

Yann Ponty

article

5th biennial Canadian Discrete and Algorithmic Mathematics Conference – CanaDAM 2015, Jun 2015, Saskatoon, Canada. 〈https://canadam.math.ca/2015/〉

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titre

KGSrna: Efficient 3D Kinematics-Based Sampling for Nucleic Acids

auteur

Julie Bernauer, Rasmus Fonseca, Henry Van den Bedem

article

RECOMB 2015, Apr 2015, Warsaw, Poland. 9029 2015, Research in Computational Molecular Biology. 〈www.recomb2015.pl〉. 〈10.1007/978-3-319-16706-0_11〉

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Book sections

titre

Preface.

auteur

Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Computational methods for Structural RNAs (CMSR’14), 22 (3), Mary Ann Liebert, pp.189, 2015, Journal of Computational Biology, 〈https://cmsr2014.wordpress.com/〉

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titre

Drawing and Editing the Secondary Structure(s) of RNA.

auteur

Yann Ponty, Fabrice Leclerc

article

Ernesto Picardi. RNA Bioinformatics, 1269, Springer New York, pp.63-100, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-2290-1. 〈10.1007/978-1-4939-2291-8_5〉

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Directions of work or proceedings

titre

Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics

auteur

Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier

article

Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. Nov 2015, Orsay, France. 2015

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Habilitation à diriger des recherches

titre

Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules

auteur

Julie Bernauer

article

Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud XI, 2015

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Preprints, Working Papers, …

titre

Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences : a case study in Archae genomes

auteur

Mireille Regnier, Philippe Chassignet

article

2015

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2014

Journal articles

titre

Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models

auteur

Mireille Régnier, Evgenia Furletova, Victor Yakovlev, Mikhail Roytberg

article

Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9 (1), 〈10.1186/s13015-014-0025-1〉

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titre

Minimal conditions for protocell stationary growth.

auteur

Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady

article

Artificial Life, Massachusetts Institute of Technology Press (MIT Press), 2014, 21 (2), pp.166-92

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titre

Similarity Search for Scientific Workflows

auteur

Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser

article

Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), VLDB Endowment, 2014, 7 (12), pp.1143-1154. 〈10.14778/2732977.2732988〉

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titre

In vivo tmRNA protection by SmpB and pre-ribosome binding conformation in solution.

auteur

Ehsan Ranaei-Siadat, Cécile Mérigoux, Bili Seijo, Luc Ponchon, Jean-Michel Saliou, Julie Bernauer, Sarah Sanglier-Cianférani, Fréderic Dardel, Patrice Vachette, Sylvie Nonin-Lecomte

article

RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014, 20 (10), pp.1607-20. 〈10.1261/rna.045674.114〉

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titre

Characterizing RNA ensembles from NMR data with kinematic models

auteur

Rasmus Fonseca, Dimitar V Pachov, Julie Bernauer, Henry Van den Bedem

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2014, 42 (15), pp.9562-72. 〈10.1093/nar/gku707〉

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titre

TmiRUSite and TmiROSite scripts: searching for mRNA fragments with miRNA binding sites with encoded amino acid residues

auteur

Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko

article

Bioinformation, Biomedical Informatics Publishing Group, 2014, 10 (7), pp.472-473. 〈http://www.bioinformation.net/010/97320630010472.pdf〉

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titre

Metabolic Treatment of Cancer: Intermediate Results of a Prospective Case Series

auteur

Schwartz Laurent, Buhler Ludivine, Icard Philippe, Lincet Hubert, Jean-Marc Steyaert

article

Anticancer Research, International Institute of Anticancer Research, 2014

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titre

Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey

auteur

Alain Denise, Philippe Rinaudo

article

Transactions on Computational Collective Intelligence, 2014, 13, pp.70-82. 〈10.1007/978-3-642-54455-2_3〉

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titre

A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups

auteur

Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet

article

BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 〈10.1186/1471-2164-15-S6-S16〉

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titre

Mechanisms for U2AF to define 3′ splice sites and regulate alternative splicing in the human genome

auteur

Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu

article

Nature Structural and Molecular Biology, Nature Publishing Group, 2014, 21, pp.997-1005. 〈10.1038/nsmb.2906〉

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titre

Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Jiuqiang Chen, Paolo Missier, Carole Goble, Alan Williams, Christine Froidevaux

article

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12

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titre

Linear-time computation of minimal absent words using suffix array

auteur

Carl Barton, Alice Heliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis

article

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2014, 15, pp.11. 〈10.1186/s12859-014-0388-9〉

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titre

On permuted super-secondary structures of transmembrane β-barrel proteins

auteur

Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert

article

Theoretical Computer Science, Elsevier, 2014, 〈10.1016/j.tcs.2013.10.001〉

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titre

Protein-RNA Complexes and Efficient Automatic Docking: Expanding RosettaDock Possibilities.

auteur

Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Christine Froidevaux, Jérôme Azé, Julie Bernauer

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (9), pp.e108928. 〈http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0108928〉. 〈10.1371/journal.pone.0108928〉

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Conference papers

titre

Characterization of Reachable Attractors Using Petri Net Unfoldings

auteur

Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïg Jezequel, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon

article

Pedro Mendes; Joseph Dada; Kieran Smallbone. CMSB 2014, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. Springer International Publishing, 8859, pp.14, 2014, LNCS/LNBI. 〈10.1007/978-3-319-12982-2_10〉

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titre

Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

auteur

Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti

article

Sergio Campos. BSB – Brazilian Symposium on Bioinformatics – 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. Springer, LNCS, 8826, pp.49–56, 2014, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 〈10.1007/978-3-319-12418-6〉

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titre

Parallel biological in silico simulation

auteur

Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial

article

29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. Information Sciences and Systems, pp.387-394, 2014, 〈https://projekty.iitis.pl/iscis〉. 〈10.1007/978-3-319-09465-6_40〉

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titre

Layer Decomposition: An Effective Structure-based Approach for Scientific Workflow Similarity

auteur

Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser

article

IEEE e-Science conference, Oct 2014, Guarujá, Brazil. 2014

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titre

Completing SBGN-AF Networks by Logic-Based Hypothesis Finding

auteur

Yoshitaka Yamamoto, Adrien Rougny, Hidetomo Nabeshima, Katsumi Inoue, Hisao Moriya, Christine Froidevaux, Koji Iwanuma

article

Formal Methods In Macro-Biology, Sep 2014, Nouméa, New Caledonia. Springer, Lecture Notes in Computer Science, 8738, pp.165-179, Formal Methods in Macro-Biology. 〈10.1007/978-3-319-10398-3_14〉

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titre

Breast cancer and quality of life: medical information extraction from health forums

auteur

Thomas Opitz, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Cyrille Joutard, Christian Lavergne, Caroline Mollevi

article

Medical Informatics Europe, Aug 2014, Istanbul, Turkey. pp.1070-1074, 2014

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titre

ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data

auteur

Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia

article

10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 – 142, 2014, 〈10.1007/978-3-319-08590-6_13〉

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titre

DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows

auteur

Jiuqiang Chen, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Carole Goble, Paolo Missier, Alan Williams

article

SSDBM ’14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. 〈http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2618287〉. 〈10.1145/2618243.2618287〉

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titre

Systèmes oscillants chaotiques en biologie

auteur

Patrick Amar

article

Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France. 2014, 〈http://sfbt-2014.imag.fr/〉

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titre

Apprentissage de fonctions de tri pour la prédiction d’interactions protéine-ARN

auteur

Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Jérôme Azé, Julie Bernauer, Christine Froidevaux

article

Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2014, Rennes, France. 2014, 〈http://editions-rnti.fr/?inprocid=1001960〉

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titre

Clump Combinatorics, Automata, and Word Asymptotics

auteur

Mireille Regnier, Billy Fang, Daria Iakovishina

article

Michael Drmota; Mark Ward. ANALCO’14, Jan 2014, Portland, United States. SIAM, 2014, 〈10.1137/1.9781611973204.6〉

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Book sections

titre

Bio-algorithmique des ARN : petite promenade aux interfaces

auteur

Yann Ponty

article

Eric Sopena. 1024 – Bulletin de la société informatique de France, 4, SIF, pp.23–53, 2014, 〈http://www.societe-informatique-de-france.fr/bulletin/1024-numero-4/〉

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titre

Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting

auteur

Loïc Paulevé, Courtney Chancellor, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux

article

Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, pp.125 – 166, 2014, 978-1-84821-680-8

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titre

Analyzing SBGN-AF Networks Using Normal Logic Programs

auteur

Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue

article

Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, 2014, 978-1-84821-680-8. 〈10.1002/9781119005223.ch9〉

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Directions of work or proceedings

titre

Proceedings of the 1st workshop on Computational Methods for Structural RNAs

auteur

Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Jossinet, Fabrice; Ponty, Yann; Waldispühl, Jérôme. France. McGill University, pp.76, 2014, 978-2-9550187-0-5. 〈10.15455/CMSR.2014.0000〉. 〈http://cmsr14.cs.mcgill.ca/〉

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Master thesis

titre

Extraction de motifs dans les graphes de workflows scientifiques

auteur

Stéphanie Kamgnia Wonkap

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014

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Poster communications

titre

Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

auteur

Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti

article

RECOMB-CG’14, Oct 2014, Cold Spring HArbour, United States. 〈http://cs.nyu.edu/~parida/RECOMB-CG2014/〉

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titre

A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups

auteur

Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet

article

Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014

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2013

Journal articles

titre

Protein-protein interactions in a crowded environment: an analysis via cross-docking simulations and evolutionary information

auteur

Anne Lopes, Sophie Sacquin-Mora, Viktoriya Dimitrova, Elodie Laine, Yann Ponty, Alessandra Carbone

article

PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2013, 9 (12), pp.e1003369. 〈10.1371/journal.pcbi.1003369〉

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titre

Using Structural and Evolutionary Information to Detect and Correct Pyrosequencing Errors in Noncoding RNAs.

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2013, 20 (11), pp.905-19. 〈10.1089/cmb.2013.0085〉

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titre

Large deviation properties for patterns

auteur

Mireille Regnier, Jérémie Bourdon

article

Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2013, 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570866713000841〉. 〈10.1016/j.jda.2013.09.004〉

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titre

A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)

auteur

Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel

article

Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, 502, pp.165-176

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titre

Non-redundant random generation algorithms for weighted context-free languages

auteur

Andy Lorenz, Yann Ponty

article

Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, Generation of Combinatorial Structures, 502, pp.177-194. 〈10.1016/j.tcs.2013.01.006〉

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titre

Binding of intronic miRNAs to the mRNAs of host genes encoding intronic miRNAs and proteins that participate in tumourigenesis

auteur

Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko

article

Computers in Biology and Medicine, Elsevier, 2013, 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010482513001856〉. 〈10.1016/j.compbiomed.2013.07.011〉

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titre

SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences.

auteur

Yang Zhang, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Eric Lecuyer, Jérôme Waldispühl

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2013, Web Server Issue, 41 (Web Server issue), pp.W480-5. 〈10.1093/nar/gkt461〉

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titre

A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution.

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (13), pp.i308-15. 〈10.1093/bioinformatics/btt217〉

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titre

OKVAR-Boost: a novel boosting algorithm to infer nonlinear dynamics and interactions in gene regulatory networks.

auteur

Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (11), pp.1416–1423. 〈10.1093/bioinformatics/btt167〉

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titre

Characteristics of binding sites of intergenic, intronic and exonic miRNAs with mRNAs of oncogenes coding intronic miRNAs

auteur

Olga Berillo, Assel Issabekova, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko

article

African Journal of Biotechnology, Academic Journals, 2013, 12 (10), pp.1016-1024. 〈http://www.academicjournals.org/ajb/PDF/pdf2013/6Mar/Berillo%20et%20al.pdf〉. 〈10.5897/AJB12.2054〉

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titre

Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton

auteur

Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi

article

BMC Biochemistry, BioMed Central, 2013, 14 (3), 〈10.1186/1471-2091-14-3〉

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titre

Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.

auteur

Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar

article

AMB Express, SpringerOpen, 2013, 3 (1), pp.13. 〈10.1186/2191-0855-3-13〉

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titre

An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.

auteur

Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, 10 (1), pp.193-199. 〈10.1109/TCBB.2012.148〉

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titre

Supersecondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins.

auteur

Van Du T Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert

article

Methods in Molecular Biology -Clifton then Totowa-, Humana Press (Springer Imprint), 2013, 932, pp.277-94. 〈10.1007/978-1-62703-065-6_17〉

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titre

Learning a Markov Logic network for supervised gene regulatory network inference

auteur

Céline Brouard, Christel Vrain, Julie Dubois, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence D’Alché-Buc

article

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.273. 〈10.1186/1471-2105-14-273〉

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titre

Elementary flux modes analysis of functional domain networks allows a better metabolic pathway interpretation

auteur

Sabine Pérès, Liza Felicori, Franck Molina

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2013

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Conference papers

titre

Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages

auteur

Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise

article

ACM-BCB – ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics – 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States. 2013

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titre

Translating the SBGN-AF language into logic to analyze signalling networks

auteur

Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue

article

Katsumi Inoue and Chiaki Sakama. LNMR – 1st International Workshop on Learning and Non Monotonic Reasoning, Sep 2013, La Coruña, Spain. CORR, arXiv:1311.4639, pp.44-55, 2013

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titre

A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotides distribution

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

ISMB/ECCB – 21st Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/12th European Conference on Computational Biology – 2013, Jul 2013, Berlin, Germany. 2013

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titre

Time-dependent gaussian process regression and significance analysis for sparse time-series

auteur

Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Valérie Buard, Béatrice Micheau, Florence D’Alché-Buc

article

Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany

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titre

Gene Regulatory Network Inference using ensembles of Local Multiple Kernel Models

auteur

Arnaud Fouchet, Jean-Marc Delosme, Florence D’Alché-Buc

article

Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany

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titre

Nonparametric modeling for gene regulatory network inference using boosting and operator-valued kernels

auteur

Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc

article

Seventh International workshop on Machine Learning in Systems Biology, Satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany

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titre

Boosting an operator-valued kernel-based model for gene regulatory network inference

auteur

Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc

article

Workshop on Dynamics of biological networks: from nodes’ dynamics to network evolution, Jun 2013, Edinburgh, United Kingdom

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titre

A linear inside-outside algorithm for correcting sequencing errors in structured RNA sequences

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China. 2013

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titre

Using the Fast Fourier Transform to accelerate the computational search for RNA conformational switches (extended abstract)

auteur

Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote

article

RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China. 2013

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titre

Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli

auteur

Thomas Bourquard, Damien De Vienne, Jérôme Azé

article

Djamel A. Zighed and Gilles Venturini. EGC 2013 – 13eme conférence Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2013, Toulouse, France. Hermann, E.24, pp.419-430, 2013, RNTI

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titre

Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group

auteur

Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet

article

JOBIM 2013, 2013, Toulouse, France. à paraître, 2013

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Book sections

titre

Introduction to RNA secondary structure comparison.

auteur

Stefanie Schirmer, Yann Ponty, Robert Giegerich

article

Gorodkin, Jan and Ruzzo, Walter L. RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, 1097, Springer, pp.247-73, 2013, Methods in molecular biology, ISBN 978-1-62703-708-2. 〈10.1007/978-1-62703-709-9_12〉

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Directions of work or proceedings

titre

avances in Systems and Synthetic Biology

auteur

Patrick Amar, François Képès, Vic Norris

article

Patrick Amar and François Képès andVic Norris. France. EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5

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Habilitation à diriger des recherches

titre

Contributions à l’étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique

auteur

Patrick Amar

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013

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Theses

titre

Designing scientific workflows following a structure and provenance-aware strategy

auteur

Jiuqiang Chen

article

Databases [cs.DB]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013. English

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Preprints, Working Papers, …

titre

Semileptonic $B \to D^{**}$ decays in Lattice QCD : a feasibility study and first results

auteur

Mariam Atoui, B. Blossier, Vincent Morenas, O. Pène, K. Petrov

article

LPT-ORSAY 13-101. 28 pages with 20 figures. 2013

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titre

Properties of Random Complex Chemical Reaction Networks and Their Relevance to Biological Toy Models

auteur

Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady

article

2013

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2012

Journal articles

titre

Using the Fast Fourier Transform to Accelerate the Computational Search for RNA Conformational Switches

auteur

Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (12), pp.e50506. 〈10.1371/journal.pone.0050506〉

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titre

The Mimic Chain Reaction

auteur

Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina

article

Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, Karger, 2012, 22 (5), pp.335-343. 〈10.1159/000345328〉

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titre

Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution

auteur

Damien De Vienne, Jérôme Azé

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2012

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titre

A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures.

auteur

Alex Levin, Mieszko Lis, Yann Ponty, Charles W O’Donnell, Srinivas Devadas, Bonnie Berger, Jérôme Waldispühl

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2012, 40 (20), pp.10041-52. 〈10.1093/nar/gks768〉

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titre

Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales

auteur

Vic Norris, Patrick Amar

article

Life (Chicago, Ill. : 1978), Time Inc., 2012, 2 (4), pp.286-312. 〈10.3390/life2040286〉

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titre

Expected distance between terminal nucleotides of RNA secondary structures.

auteur

Peter Clote, Yann Ponty, Jean-Marc Steyaert

article

Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2012, 65 (3), pp.581-99. 〈10.1007/s00285-011-0467-8〉

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titre

Tumor regression with a combination of drugs interfering with the tumor metabolism: efficacy of hydroxycitrate, lipoic acid and capsaicin.

auteur

Laurent Schwartz, Adeline Guais, Maurice Israël, Bernard Junod, Jean-Marc Steyaert, Elisabetta Crespi, Gianfranco Baronzio, Mohammad Abolhassani

article

Investigational New Drugs, Springer Verlag, 2012, epub ahead of print. 〈10.1007/s10637-012-9849-z〉

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titre

Multiscale modeling of macromolecular biosystems.

auteur

Samuel C Flores, Julie Bernauer, Seokmin Shin, Ruhong Zhou, Xuhui Huang

article

Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 13 (4), pp.395-405. 〈10.1093/bib/bbr077〉

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titre

Mieux comprendre certaines molécules biologiques grâce à l’informatique

auteur

Yann Ponty, Joanna Jongwane

article

Interstices, INRIA, 2012, 〈https://interstices.info/jcms/int_67800/mieux-comprendre-certaines-molecules-biologiques-grace-a-l-informatique〉

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titre

Interactions of intergenic microRNAs with mRNAs of genes involved in carcinogenesis

auteur

Assel Issabekova, Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko

article

Bioinformation, Biomedical Informatics Publishing Group, 2012, 8 (11), pp.513-518. 〈10.6026/97320630008513〉

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titre

Normal human melanocytes exposed to chronic insulin and glucose supplementation undergo oncogenic changes and methyl group metabolism cellular redistribution.

auteur

Daniel Morvan, Jean Marc Steyaert, Laurent Schwartz, Maurice Israel, Aicha Demidem

article

AJP – Endocrinology and Metabolism, American Physiological Society, 2012, 302 (11), pp.E1407-18. 〈10.1152/ajpendo.00594.2011〉

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titre

Static analysis of Biological Regulatory Networks dynamics using abstract interpretation

auteur

Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

article

Mathematical Structures in Computer Science, Cambridge University Press (CUP), 2012, 22 (04), pp 651-685. 〈10.1017/S0960129511000739〉

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titre

Stochastic simulation of multiple process calculi for biology

auteur

Matthew Lakin, Loïc Paulevé, Andrew Phillips

article

Theoretical Computer Science, Elsevier, 2012, 431, pp.181-206. 〈10.1016/j.tcs.2011.12.057〉

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titre

Evaluating mixture models for building RNA knowledge-based potentials.

auteur

Adelene y L Sim, Olivier Schwander, Michael Levitt, Julie Bernauer

article

Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2012, 10 (2), pp.1241010. 〈10.1142/S0219720012410107〉

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titre

Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures

auteur

Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof

article

Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2012, 37, pp.1-5. 〈10.1016〉

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titre

Coverage-biased random exploration of large models and application to testing

auteur

Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet

article

Software Tools for Technology Transfer (STTT), Springer, 2012, 14 (1), pp.73-93

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titre

BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms

auteur

Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves D’Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine De Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet

article

Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2012, 2012 (893048), 5 p. 〈10.1155/2012〉

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titre

A graph-theoretic approach for classification and structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins

auteur

Saad Sheikh, Phillippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert, Thuong van Du Tran

article

BMC Genomics, BioMed Central, 2012

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titre

Maximum expected accuracy structural neighbors of an RNA secondary structure.

auteur

Peter Clote, Feng Lou, William A Lorenz

article

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 Suppl 5, pp.S6. 〈10.1186/1471-2105-13-S5-S6〉

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Conference papers

titre

Distilling Structure in Scientific Workflows

auteur

Jiuqiang Chen, Christine Froidevaux, Carole Goble, Alan Williams, Sarah Cohen-Boulakia

article

Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. EMBnet.journal, 18, pp.10-102, 2012, Supp B. 〈http://journal.embnet.org/index.php/embnetjournal/article/view/565〉

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titre

Réécriture de workflows scientifiques et provenance

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen

article

Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France. 2012

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titre

Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen

article

Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States. IEEE, 2012

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titre

Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks

auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux

article

Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. Springer Berlin Heidelberg, p. 166-186, 2012, 〈10.1007/978-3-642-33636-2_11〉

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titre

Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks

auteur

Zahira Aslaoui-Errafi, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Pauline Gloaguen, Anne Poupon, Adrien Rougny, Meriem Yahiaoui

article

Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110, 2012

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titre

Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots

auteur

Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise

article

Ben Raphael and Jijun Tang. WABI – 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. 2012, tba

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titre

HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology

auteur

Patrick Amar, Loïc Paulevé

article

The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 313, pp.3 — 21, 2012, 〈10.1016/j.entcs.2015.04.016〉

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titre

Markov Logic Network for supervised gene regulation inference: application to the ID2 regulatory network in human keratinocytes

auteur

Céline Brouard, Julie Dubois, Christel Vrain, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence D’Alché-Buc

article

International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Sep 2012, Bâle, Switzerland

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titre

Protein-protein interaction network inference with semi-supervised Output Kernel Regression

auteur

Céline Brouard, Marie Szafranski, Florence D’Alché-Buc

article

JOBIM, Jul 2012, Rennes, France. pp.133-136, 2012

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titre

Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling

auteur

Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise

article

Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques – JOBIM’12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476, 2012

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titre

Impact Of The Energy Model On The Complexity Of RNA Folding With Pseudoknots

auteur

Saad Sheikh, Rolf Backofen, Yann Ponty

article

Juha Kärkkäinen and Jens Stoye. CPM – 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching – 2012, Jul 2012, Helsinki, Finland. Springer, 7354, pp.321–333, 2012, Combinatorial Pattern Matching. 〈10.1007/978-3-642-31265-6_26〉

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titre

(Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories

auteur

Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser

article

Anastasia Ailamaki. Scientific and Statistical Database Management – 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. Springer, 7338, pp.361-378, 2012, LNCS

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titre

The weighted words collector

auteur

Jérémie Du Boisberranger, Danièle Gardy, Yann Ponty

article

Nicolas, Broutin (INRIA, France) and Luc, Devroye (McGill, Cana. AOFA – 23rd International Meeting on Probabilistic, Combinatorial and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms – 2012, Jun 2012, Montreal, Canada. DMTCS, DMTCS Proceedings vol. AQ, 23rd Intern. Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms (AofA’12), pp.243–264, 2012, 〈http://www.dmtcs.org/dmtcs-ojs/index.php/proceedings/article/view/dmAQ0120〉

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titre

Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions

auteur

Patrick Amar

article

Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France. 2012

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titre

Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?

auteur

Stefan Janssen, Loïc Paulevé, Yann Ponty, Balaji Raman, Matthias Zytnicki

article

IWBDA – 4th International Workshop on Bio-Design Automation – 2012, Jun 2012, San Francisco, United States. 2012, 〈http://www.iwbdaconf.org/2012〉

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titre

A-Brain: Using the Cloud to Understand the Impact of Genetic Variability on the Brain

auteur

Radu Tudoran, Alexandru Costan, Benoit Da Mota, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion

article

CloudFutures, May 2012, Berkeley, United States. Microsoft, 2012

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titre

Knowledge-based consensus methods for secondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins

auteur

Saad Sheikh, Van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert

article

4th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2012 (BICoB 2012), Mar 2012, Las Vegas, NV, United States. pp.79–84, 2012

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titre

Visualizing 2D & 3D Structures of RNA

auteur

Yann Ponty

article

VIZBI – 3rd international meeting on Visualizing Biological Data – 2012, Mar 2012, Heidelberg, Germany. 2012

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titre

Large deviation properties for patterns

auteur

Jérémie Bourdon, Mireille Regnier

article

Thierry Lecroq. LSD&LAW 2012, Feb 2012, Londres, United Kingdom. 2012

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titre

On the diversity of pattern distributions in rational language

auteur

Cyril Banderier, Olivier Bodini, Yann Ponty, Hanane Tafat

article

ANALCO – 12th Meeting on Analytic Algorithmics and Combinatorics – 2012, Jan 2012, Kyoto, Japan. Omnipress, pp.107–116, 2012

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titre

The Least Temporal Contradiction Measure: Application to Hydrological Data

auteur

Hugo Alatrista Salas, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Flavie Cernesson, Frédéric Flouvat, Nazha Selmaoui-Folcher, Maguelonne Teisseire

article

AGILE: International Conference on Geographic Information Science, 2012, Avignon, France. AGILE’12: 15th International Conference on Geographic Information Science, pp.197-202, 2012

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Habilitation à diriger des recherches

titre

Prédiction d’Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs

auteur

Jérôme Azé

article

Apprentissage [cs.LG]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012

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Reports

titre

A Dynamical Model for the Transmembrane Potential Regulation by pH

auteur

Araks Martirosyan, Loïc Paulevé, Clair Poignard, Mireille Régnier, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz

article

[Research Report] LIX, Ecole polytechnique. 2012

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titre

Rule-weighted and terminal-weighted context-free grammars have identical expressivity

auteur

Yann Ponty

article

[Research Report] 2012

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Theses

titre

Algorithmique de l’alignement structure-séquence d’ARN : une approche générale et paramétrée

auteur

Philippe Rinaudo

article

Autre [cs.OH]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français. 〈NNT : 2012PA112355〉

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titre

Algorithmes pour l’ étude de la structure secondaire des ARN et l’alignement de séquences

auteur

Lou Feng

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français

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2011

Journal articles

titre

Toxicity of carbon dioxide: A review.

auteur

Adeline Guais, Gérard Brand, Laurence Jacquot, Mélanie Karrer, Sam Dukan, Georges Grévillot, Thierry Jo Molina, Jacques Bonte, Mireille Regnier, Laurent Schwartz

article

Chemical Research in Toxicology, American Chemical Society, 2011, 24 (12), pp.2061-70. 〈10.1021/tx200220r〉

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titre

An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure.

auteur

Jérôme Waldispühl, Yann Ponty

article

Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (11), pp.1465-79. 〈10.1089/cmb.2011.0181〉

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titre

Counting RNA pseudoknotted structures

auteur

Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise

article

Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. 〈10.1089/cmb.2010.0086〉

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titre

Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology.

auteur

Sarel J Fleishman, Timothy A Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C Mitchell, Omar N A Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H Moal, Xiaofan Li, Paul A Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-Su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Sefik Kerem Ovalı, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan Fernández-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M Driggers, Robert G Hall, Jessica L Morgan, Victor L Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M J J Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J Camacho, Krishna P Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, P Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J Wodak, Joel Janin, David Baker

article

Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2011, in press. 〈10.1016/j.jmb.2011.09.031〉

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titre

Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing

auteur

Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry

article

Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, Springer Verlag, 2011, 130 (3), pp.211-228. 〈10.1007/s12064-010-0118-4〉

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titre

Fully differentiable coarse-grained and all-atom knowledge-based potentials for RNA structure evaluation.

auteur

Julie Bernauer, Xuhui Huang, Adelene y L Sim, Michael Levitt

article

RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2011, 17 (6), pp.1066-75. 〈10.1261/rna.2543711〉

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titre

Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.

auteur

Bryan Brancotte, Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, François Radvanyi, Fabien Reyal, Sarah Cohen-Boulakia

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27 (8), pp.1187-9. 〈10.1093/bioinformatics/btr073〉

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titre

The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.

auteur

Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle

article

Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2011, 90 (2), pp.615-23. 〈10.1007/s00253-010-3018-0〉

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titre

Characteristics of Intronic and Intergenic Human miRNAs and Features of their Interaction with mRNA

auteur

Assel Issabekova, Olga Berillo, Vladimir Khailenko, Shara Atambayeva, Mireille Regnier, Anatoliy Ivashchenko

article

World Academy of Science, Engineering and Technology, WASET, 2011, 59, 〈https://www.waset.org/journals/waset/v59/v59-14.pdf〉

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titre

MULTI-SCALE MODELLING OF BIOSYSTEMS: FROM MOLECULAR TO MESOCALE – Session Introduction.

auteur

Julie Bernauer, Samuel Flores, Xuhui Huang, Seokmin Shin, Ruhong Zhou

article

Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2011, pp.177-80. 〈http://eproceedings.worldscinet.com/9789814335058/preserved-docs/9789814335058_0019.pdf〉. 〈10.1142/9789814335058_0019〉

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titre

ACoM: A classification method for elementary flux modes based on motif finding

auteur

Sabine Pérès, F. Vallée, Marie Beurton-Aimar, Jean-Pierre Mazat

article

BioSystems, Elsevier, 2011, 103 (3), pp.410-419

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titre

Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser

article

SIGMOD record, ACM, 2011, 〈10.1145/2034863.2034865〉

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titre

A collaborative filtering approach for protein-protein docking scoring functions.

auteur

Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Jérôme Azé, Anne Poupon

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (4), pp.e18541. 〈10.1371/journal.pone.0018541〉

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Conference papers

titre

Using Kendall-Tau Meta-Bagging to Improve Protein-Protein Docking Predictions

auteur

Jérôme Azé, Thomas Bourquard, Sylvie Hamel, Anne Poupon, David Ritchie

article

M. Loog. PRIB 2011, Nov 2011, DELFT, Netherlands. pp.284-295, 2011

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titre

Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint

auteur

Thomas Bourquard, Jérôme Azé, Anne Poupon, David Ritchie

article

Emmanuel BARILLOT, Christine F ROIDEVAUX, Eduardo PC ROCHA. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. Institut Pasteur, pp.9-16, 2011, JOBIM 2011

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titre

Régression semi-supervisée à sortie noyau pour la prédiction de liens

auteur

Céline Brouard, Florence D’Alché-Buc, Marie Szafranski

article

CAP, May 2011, Chambéry, France. Publibook, pp.119-134, 2011

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titre

Next Generation Data Integration for the Life Sciences

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser

article

IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany. 2011

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titre

An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure

auteur

Jérôme Waldispühl, Yann Ponty

article

Bafna, Vineet and Sahinalp, S. RECOMB – 15th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2011, Mar 2011, Vancouver, Canada. Springer Berlin / Heidelberg, 6577, pp.501-515, 2011, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-20036-6_45〉

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titre

Investigating the RFAM paradox: The pseudoknot explanation

auteur

Stefan Janssen, Yann Ponty, Balaji Raman, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert, Peter Clote

article

Fifth Indo-French Bioinformatics Meeting, Mar 2011, Hyderabad, India

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titre

Energy-based Classification and Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins

auteur

Thuong van Du Tran, Phillippe Chassignet, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert

article

1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), Feb 2011, Orlando, FL, United States. 2011

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titre

Constant time estimation of ranking statistics by analytic combinatorics

auteur

Cyril Banderier, Pierre Nicodeme

article

Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2011, Paris, France. no page numbering, 2011

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titre

Uniform Monte-Carlo Model Checking

auteur

Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet

article

FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany. 2011

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titre

Using medians to generate consensus rankings for biological data

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel

article

SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States. 2011

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titre

Maximum expected accurate structural neighbors of an RNA secondary structure

auteur

Feng Lou, Peter Clote

article

Proceedings of 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), 2011, Orlando, United States. 2011

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titre

A Combinatorial Framework for Designing (Pseudoknotted) RNA Algorithms

auteur

Yann Ponty, Cédric Saule

article

WABI – 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2011, 2011, Saarbrucken, Germany. 2011

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titre

On Armstrong-compliant Logical Query Languages

auteur

Marie Agier, Christine Froidevaux, Jean-Marc Petit, Yoan Renaud, Jef Wijsen

article

George H. L. Fletcher and Slawek Staworko. 4th International Workshop on Logic in Databases, (EDBT/ICDT ’10 joint conference), 2011, Uppsala, Sweden. ACM, pp.33-40, 2011, LID

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titre

A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment

auteur

Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise

article

CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom. 2011

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Theses

titre

Modèles combinatoires des structures d’ARN avec ou sans pseudonoeuds, application à la comparaison de structures.

auteur

Cédric Saule

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2011. Français

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titre

Modeling and predicting super-secondary structures of transmembrane beta-barrel proteins

auteur

Thuong van Du Tran

article

Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English

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titre

A Mathematical Model of Phospholipid Biosynthesis

auteur

Mahsa Behzadi

article

Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English

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2010

Journal articles

titre

Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures

auteur

Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang

article

FEBS Letters, Wiley, 2010, 584 (21), pp.4401-7. 〈10.1016/j.febslet.2010.09.039〉

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titre

Paternity analysis in a litter of whale shark embryos

auteur

Jennifer Schmidt, Chen Chien-Chi, Saad Sheikh, Mark Meekan, Bradley Norman, Shoou-Jeng Joung

article

Endangered Species Research, Inter-Research, 2010, 12 (2), pp.117-124. 〈http://www.int-res.com/articles/esr2010/12/n012p117.pdf〉

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titre

ESBTL: efficient PDB parser and data structure for the structural and geometric analysis of biological macromolecules.

auteur

Sébastien Loriot, Frédéric Cazals, Julie Bernauer

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (8), pp.1127-8. 〈http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/26/8/1127.pdf〉. 〈10.1093/bioinformatics/btq083〉

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titre

Alignments of RNA structures.

auteur

Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (2), pp.309-322. 〈10.1109/TCBB.2008.28〉

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titre

A Model of Phospholipid Biosynthesis in Tumor in Response to an Anticancer Agent in Vivo

auteur

Mahsa Behzadi, Aicha Demidem, Daniel Morvan, Schwartz Laurent, Georges Stepien, Jean-Marc Steyaert

article

Journal of Integrative Bioinformatics, Informationsmanagement in der Biotechnologie e.V. (IMBio e.V.), 2010, 7 (3), 〈10.2390/biecoll-jib-2010-129〉

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titre

MULTI-RESOLUTION MODELING OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES – Session Introduction.

auteur

Samuel Flores, Julie Bernauer, Xuhui Huang, Ruhong Zhou, Seokmin Shin

article

Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2010, 15, pp.201-204. 〈http://eproceedings.worldscinet.com/9789814295291/preserved-docs/9789814295291_0022.pdf〉. 〈10.1142/9789814295291_0022〉

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titre

Controlled non uniform random generation of decomposable structures

auteur

Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier

article

Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. 〈10.1016/j.tcs.2010.05.010〉

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titre

Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm

auteur

Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq

article

Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411, pp.2423-2432

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titre

Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling

auteur

Lou Feng, Peter Clote

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26, pp.278-286. 〈10.1093/bioinformatics/btq218〉

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titre

Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems

auteur

Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler

article

Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2010, 10, pp.16–23

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Conference papers

titre

Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots

auteur

Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise

article

GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada. 2010

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titre

Weighted random generation of context-free languages: Analysis of collisions in random urn occupancy models

auteur

Danièle Gardy, Yann Ponty

article

GASCOM – 8th conference on random generation of combinatorial structures – 2010, Sep 2010, Montréal, Canada. 14pp, 2010

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titre

Multi-dimensional Boltzmann Sampling of Languages

auteur

Olivier Bodini, Yann Ponty

article

Drmota, Michael and Gittenberger, Bernhard. 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), Jun 2010, Vienna, Austria. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AM, 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), pp.49-64, 2010, DMTCS Proceedings

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titre

Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance

auteur

Susan Davidson, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy, Sarah Cohen-Boulakia, Zhuowei Bao, Anat Eyal

article

1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States. 2010

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titre

A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages

auteur

Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel

article

GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada. 2010

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titre

Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)

auteur

Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise

article

Billey, Sara and Reiner, Victor. 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AN, 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), pp.1037-1048, 2010, DMTCS Proceedings

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2009

Journal articles

titre

Prediction of super-secondary structure in α-helical and β-barrel transmembrane proteins

auteur

Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert

article

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 2009 (10 (Suppl. 13)), 〈10.1186/1471-2105-10-S13-O3〉

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titre

VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.

auteur

Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (15), pp.1974-5. 〈10.1093/bioinformatics/btp250〉

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titre

PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results

auteur

Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard, Anat Eyal, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy

article

PVLDB, Proc. of the 35th Int. Conf. on Very Large Data Bases, ACM, 2009, 2 (2), pp.1638-1641

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titre

Using profiles based on hydropathy properties to define essential regions for splicing

auteur

Anatoly Ivashchenko, Galina Boldina, Aizhan Turmagambetova, Mireille Régnier

article

International Journal of Biological Sciences, Ivyspring International Publisher, 2009, 5, pp.13-19. 〈http://www.biolsci.org/v05p0013.htm〉

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titre

Profile of Tries

auteur

Gayun Park, Hsien-Kuei Hwang, Pierre Nicodème, Wojciech Szpankowski

article

SIAM Journal on Computing, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2009, 38 (5), pp.1821-1880. 〈10.1137/070685531〉

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Conference papers

titre

On User Views in Scientific Workflow Systems (Invited Paper)

auteur

Susan Davidson, Yi Chen, Peng Sun, Sarah Cohen-Boulakia

article

Proc. of the the First Int. Workshop on the role of Semantic Web in Provenance Management (ISWC 2009 Workshop), Oct 2009, Washington DC, United States. 2009

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titre

PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results

auteur

Bao Zhuowei, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard

article

VLDB- Very Large DataBase systems-2009, Aug 2009, Lyon, France. VLDB Journal, 2, pp.1638-1641, 2009

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titre

An Adaptive Combination of Matchers: Application to the Mapping of Biological Ontologies for Genome Annotation

auteur

Rance Bastien, Jean-François Gibrat, Christine Froidevaux

article

Norman W. Paton and Paolo Missier and Cornelia Hedeler. DILS 2009-6th International Workshop on Data Integration in the Life Sciences, Jul 2009, Manchester, United Kingdom. Springer, 5647, pp.113-126, 2009, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-02879-3_10〉

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titre

A geometric knowledge-based coarse-grained scoring potential for structure prediction evaluation

auteur

Sebastien Loriot, Frédéric Cazals, Michael Levitt, Julie Bernauer

article

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2009, Nantes, France. 2009

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titre

BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Kevin Masini

article

21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orlean, United States. pp.283-291, 2009

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Book sections

titre

A Word Counting Graph

auteur

Mireille Regnier, Zara Kirakossian, Eugenia Furletova, Mikhail Roytberg

article

Joseph Chan, Jacqueline W. Daykin and M. Sohel Rahman. London Algorithmics 2008: Theory and Practice (Texts in Algorithmics), London College Publications, 31 p., 2009, 978-1904987970

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titre

Biological Metadata Management

auteur

Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Mark Wilkinson, Sarah Cohen-Boulakia

article

Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9

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titre

Provenance in Scientific Databases

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Wang Chiew Tan

article

Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009

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titre

Biological Resource Discovery

auteur

Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Rami Rifaieh, Mark Wilkinson, Juliana Freire, Sarah Cohen-Boulakia

article

Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.220-223, 2009

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Theses

titre

Exploitation des algorithmes génétiques pour la prédiction de structure de complexe protéine-protéine

auteur

Thomas Bourquard

article

Intelligence artificielle [cs.AI]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français

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titre

Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs récurrents dans les structures tertiaires d’ARN

auteur

Mahassine Djelloul

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français

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titre

Recherche d’associations séquentielles et alignement d’ontologies biologiques

auteur

Bastien Rance

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français

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2008

Journal articles

titre

Hyperosmotic stress contributes to mouse colonic inflammation through the methylation of protein phosphatase 2A.

auteur

Laurent Schwartz, Mohammad Abolhassani, Mohammad Pooya, Jean-Marc Steyaert, Xavier Wertz, Maurice Israël, Adeline Guais, Philippe Chaumet-Riffaud

article

AJP – Gastrointestinal and Liver Physiology, American Physiological Society, 2008, 295 (5), pp.G934-41. 〈10.1152/ajpgi.90296.2008〉

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titre

Asymptotics of RNA shapes

auteur

William Andrew Lorenz, Peter Clote, Yann Ponty

article

Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (1), pp.31–63. 〈10.1089/cmb.2006.0153〉

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titre

LocalMove: computing on-lattice fits for biopolymers

auteur

Yann Ponty, R. Istrate, E. Porcelli, Peter Clote

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2008, 36 (2), pp.W216-W222. 〈10.1093/nar/gkn367〉

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titre

Efficient sampling of RNA secondary structures from the Boltzmann ensemble of low-energy: The boustrophedon method

auteur

Yann Ponty

article

Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2008, 56 (1-2), pp.107–127. 〈10.1007/s00285-007-0137-z〉

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Conference papers

titre

Non-redundant random generation from weighted context-free languages

auteur

Yann Ponty

article

GASCOM – 7th conference on random generation of combinatorial structures – 2008, 2008, Bibbiena, Italy. 12pp, 2008

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2007

Journal articles

titre

DIAL: A web server for the pairwise alignment of two RNA 3-dimensional structures using nucleotide, dihedral angle and base pairing similarities

auteur

Ferrè Fabrizzio, Yann Ponty, William Lorenz, Peter Clote

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2007, 35 (Web server issue), pp.W659–668. 〈10.1093/nar/gkm334〉

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2006

Journal articles

titre

GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures

auteur

Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise

article

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (12), pp.1534–1535. 〈10.1093/bioinformatics/btl113〉

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2000

Conference papers

titre

Periods and quasiperiods characterization

auteur

Mireille Regnier, L. Mouchard

article

11th Conference on Combinatorial Pattern Matching, 2000, France. pp.388-396, 2000

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