Publications

Publications HAL du labo/EPI amib

2017

Journal articles

titre
Fast, clash-free RNA conformational morphing using molecular junctions
auteur
Amélie Héliou, Dominik Budday, Rasmus Fonseca, Henry Van den Bedem
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 33 (14), pp.2114 – 2122. <10.1093/bioinformatics/btx127>
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titre
High-Throughput Sequencing Reveals Circular Substrates for an Archaeal RNA ligase.
auteur
Hubert F Becker, Alice Heliou, Kamel Djaout, Roxane Lestini, Mireille Regnier, Hannu Myllykallio
article
RNA Biology, Taylor & Francis, 2017
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titre
The BRaliBase dent – a tale of benchmark design and interpretation.
auteur
Benedikt Löwes, Cedric Chauve, Yann Ponty, Robert Giegerich
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 18 (2), pp.306–311. <10.1093/bib/bbw022>
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titre
Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.
auteur
Alexander Churkin, Matan Drory Retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, <10.1093/bib/bbw120>
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https://hal.inria.fr/hal-01392958/file/Design_Software_Review_2016.pdf BibTex
titre
DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
auteur
Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319
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https://hal.inria.fr/hal-01503766/file/evx069.pdf BibTex
titre
Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame
auteur
Jules Deforges, Sylvain De Breyne, Melissa Ameur, Nathalie Ulryck, Nathalie Chamond, Afaf Saaidi, Yann Ponty, Théophile Ohlmann, Bruno Sargueil
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2017, <https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkx303>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01505282/file/gkx303.pdf BibTex
titre
emMAW: Computing Minimal Absent Words in External Memory
auteur
Alice Heliou, Solon Pissis, Simon Puglisi
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, <10.1093/bioinformatics/btx209>
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BibTex

Conference papers

titre
Hedging under uncertainty: regret minimization meets exponentially fast convergence
auteur
Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos
article
Symposium on Algorithmic Game Theory (SAGT) 2017, Sep 2017, L’Aquila, Italy. 2017
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https://arxiv.org/pdf/1607.08863 BibTex
titre
Minimal absent words in a sliding window & applications to on-line pattern matching
auteur
Maxime Crochemore, Alice Heliou, Gregory Kucherov, Laurent Mouchard, Solon Pissis, Yann Ramusat
article
FCT 2017, Sep 2017, Bordeaux, France. Springer, Proceedings of the 21st International Symposium on Fundamentals of Computation Theory, to appear, 2017, Lecture Notes in Computer Science
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BibTex
titre
Objectively and automatically building multi-conformer ligand models in electron densities
auteur
Gydo Van Zundert, Daniel Keedy, Pooja Suresh, Amélie Héliou, Kenneth Borrelli, Tyler Day, James Fraser, Henry Van den Bedem
article
Conformational ensembles from experimental data and computer simulations, Aug 2017, Berlin, Germany. 2017
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BibTex
titre
Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
auteur
Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty
article
ISMB/ECCB – 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology – 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. Bioinformatics, 33 (14), pp.i283 – i292, 2017, <https://www.iscb.org/ismbeccb2017>. <10.1093/bioinformatics/btx269>
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https://hal.inria.fr/hal-01500115/file/michalik-ISMB-2017.pdf BibTex
titre
An integrative approach for predicting the RNA secondary structure for the HIV–1 Gag UTR using probing data
auteur
Afaf Saaidi, Yann Ponty, Bruno Sargueil
article
JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2017., Jul 2017, Lille, France. <https://project.inria.fr/jobim2017/fr/>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01534587/file/Abstract_presentation.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Small-world networks and RNA secondary structures
auteur
Defne Surujon, Yann Ponty, Peter Clote
article
2017
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https://hal.inria.fr/hal-01424452/file/conf.pdf BibTex
titre
Counting, generating, analyzing and sampling tree alignments
auteur
Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty
article
Submitted to IJFCS. 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01500116/file/main.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Efficient dynamic range minimum query
auteur
Alice Heliou, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikael Salson
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 656, pp.108-117. <10.1016/j.tcs.2016.07.002>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01255499/file/heliou2016.pdf BibTex
titre
ecceTERA: comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony.
auteur
Edwin Jacox, Cedric Chauve, Gergely J Szöllősi, Yann Ponty, Celine Scornavacca
article
Bioinformatics (Oxford, England), 2016, pp.2056-8
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BibTex
titre
Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences: a case study in Archaea genomes
auteur
Mireille Regnier, Philippe Chassignet
article
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01304366/file/revision4.pdf BibTex
titre
Necessary and sufficient conditions for protocell growth
auteur
Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2016, <10.1007/s00285-016-0998-0>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01338156/file/preprint.pdf BibTex
titre
SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read map-pability.
auteur
Daria Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva
article
Bioinformatics (Oxford, England), 2016
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BibTex
titre
incaRNAfbinv : a web server for the fragment-based design of RNA sequences
auteur
Matan Drory retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2016, 44 (W1), pp.W308 – W314. <10.1093/nar/gkw440>
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https://hal.inria.fr/hal-01319682/file/main.pdf BibTex
titre
Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces
auteur
Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2016, 44 (11), pp.e104 – e104. <10.1093/nar/gkw217>
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https://hal.inria.fr/hal-01291754/file/main_NAR.pdf BibTex
titre
Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm in Watson-Crick and Nussinov-Jacobson Energy Models
auteur
Jozef Haleš, Alice Héliou, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01285499/file/CombinatorialRNADesign-Hales-Manuch-Ponty-Stacho-Algorithmica-2015.pdf BibTex

Conference papers

titre
Towards structural models for the Ebola UTR regions using experimental SHAPE probing data
auteur
Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Bruno Sargueil, Yann Ponty
article
JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016, <https://jobim2016.sciencesconf.org/>
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https://hal.inria.fr/hal-01332469/file/1_abstract-JOBIM-2016.pdf BibTex
titre
Counting, generating and sampling tree alignments
auteur
Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty
article
ALCOB – 3rd International Conference on Algorithms for Computational Biology – 2016, Jun 2016, Trujillo, Spain. 2016, <http://grammars.grlmc.com/AlCoB2016/>
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https://hal.inria.fr/hal-01154030/file/CombinatoricsTreeAlignment-alcob16.pdf BibTex
titre
Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
auteur
Vincent Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
article
IC2016: Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01442727/file/IC2016_paper_36RepresentationSystemique.pdf BibTex
titre
Taming reluctant random walks in the positive quadrant
auteur
Jeremie Lumbroso, Marni Mishna, Yann Ponty
article
GASCOM – 10th conference on random generation of combinatorial structures – 2016, Jun 2016, Bastia, France. 2016, Electronic Notes in Discrete Mathematics
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https://hal.inria.fr/hal-01291164/file/LuMiPo16.pdf BibTex
titre
Homology ­modeling of complex structural RNAs
auteur
Wei Wang​, Matthieu Barba​, Philippe Rinaudo​, Alain Denise, Yann Ponty
article
JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01332642/file/Homology-modelingofcomplexstructuralRNAs.pdf BibTex

Book sections

titre
Elucidating Mechanisms of Molecular Recognition Between Human Argonaute and miRNA Using Computational Approaches
auteur
Hanlun Jiang, Lizhe Zhu, Amélie Héliou, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang
article
Drug Target miRNA: Methods and Protocols, pp.251–275, 2016, 978-1-4939-6563-2. <10.1007/978-1-4939-6563-2_18>
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BibTex

Poster communications

titre
Computational methods for comparing and integrating multiple probing assays to predict RNA secondary structure
auteur
Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Yann Ponty, Bruno Sargueil, Mireille Regnier
article
Doctorial journey Interface, Ecole polytechnique, Palaiseau, Nov 2016, Palaiseau, France. 10
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01558227/file/poster_SAAIDI_FINAL.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
auteur
Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 19), pp.S6. <http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/S19/S6>. <10.1186/1471-2105-16-S19-S6>
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BibTex
titre
GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.
auteur
Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (8), pp.e0136444
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BibTex
titre
Markov State Models Reveal a Two-Step Mechanism of miRNA Loading into the Human Argonaute Protein: Selective Binding followed by Structural Re-arrangement.
auteur
Hanlun Jiang, Fu Kit Sheong, Lizhe Zhu, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (7), pp.e1004404. <10.1371/journal.pcbi.1004404>
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BibTex
titre
Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex
auteur
Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, pp.5:10760. <http://www.nature.com/srep/2015/150601/srep10760/full/srep10760.html>. <10.1038/srep10760>
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01162594/file/srep10760.pdf BibTex
titre
Cell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators
auteur
Jorgelindo da Veiga Moreira, Sabine Pérès, Jean-Marc Steyaert, Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogeira, Laurent Schwartz
article
Theoretical Biology and Medical Modelling, BioMed Central, 2015, 12 (1), pp.10. <10.1186/s12976-015-0005-2>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01158514/file/s12976-015-0005-2.pdf BibTex
titre
Detecting time periods of differential gene expression using Gaussian processes: An application to endothelial cells exposed to radiotherapy dose fraction
auteur
Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Valérie Buard, Béatrice Micheau, Georges Tarlet, Marc Benderitter, Farida Zehraoui, Florence D’Alché-Buc
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (5), pp.728–735. <10.1093/bioinformatics/btu699>
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BibTex
titre
Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models
auteur
Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 568, pp.39. <10.1016/j.tcs.2014.12.002>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01094249/file/main.pdf BibTex

Conference papers

titre
Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence
auteur
Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty
article
SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics, pp.26-31, 2015
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BibTex
titre
Towards firm foundations for the rational design of RNA molecules
auteur
Yann Ponty
article
Colloque de Bioinformatique Moléculaire (GdR BIM), Oct 2015, Paris, France. <http://www.gdr-bim.cnrs.fr/coll-2015/tentative-programme-programme-previsionnel/>
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BibTex
titre
Parallelising the Computation of Minimal Absent Words
auteur
Carl Barton, Alice Heliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis
article
PPAM 2015, Sep 2015, Cracovie, Poland. LNCS 9574, 2016, <10.1007/978-3-319-32152-3_23>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01255489/file/CP55.pdf BibTex
titre
Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
auteur
Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
article
The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States. 8 (11)
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BibTex
titre
Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm
auteur
Jozef Haleš, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
article
Ferdinando Cicalese; Ely Porat. CPM – 26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2015, Ischia Island, Italy. LNCS, 2015, <http://www.cpm2015.di.unisa.it>
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https://hal.inria.fr/hal-01115349/file/RNADesign-CPM2015-Final.pdf BibTex
titre
Assessing the robustness of parsimonious predictions for gene neighborhoods from reconciled phylogenies
auteur
Ashok Rajaraman, Cedric Chauve, Yann Ponty
article
ISBRA – 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications – 2015, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01104587/file/DeClope_isbra.pdf BibTex
titre
RNA Bioinformatics and ensemble dynamic programming
auteur
Yann Ponty
article
5th biennial Canadian Discrete and Algorithmic Mathematics Conference – CanaDAM 2015, Jun 2015, Saskatoon, Canada. <https://canadam.math.ca/2015/>
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BibTex
titre
KGSrna: Efficient 3D Kinematics-Based Sampling for Nucleic Acids
auteur
Julie Bernauer, Rasmus Fonseca, Henry Van den Bedem
article
RECOMB 2015, Apr 2015, Warsaw, Poland. 9029 2015, Research in Computational Molecular Biology. <www.recomb2015.pl>. <10.1007/978-3-319-16706-0_11>
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BibTex

Book sections

titre
Preface.
auteur
Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article
Computational methods for Structural RNAs (CMSR’14), 22 (3), Mary Ann Liebert, pp.189, 2015, Journal of Computational Biology, <https://cmsr2014.wordpress.com/>
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BibTex
titre
Drawing and Editing the Secondary Structure(s) of RNA.
auteur
Yann Ponty, Fabrice Leclerc
article
Ernesto Picardi. RNA Bioinformatics, 1269, Springer New York, pp.63-100, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-2290-1. <10.1007/978-1-4939-2291-8_5>
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https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/RNASecondaryStructureVisualisationChapter.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-01-formats.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-02-FileFormatExamplesSTOCKHOLM.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-03-FileFormatExamplesDBN.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-04-FileFormatExamplesPseudoBase.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-05-FileFormatExamplesBPSEQ.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-06-FileFormatExamplesCT.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-07-FileFormatExamplesPDB.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-09-workflow-vis.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-11-circular-example.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-10-linear-purine-riboswitch.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-13-1tn2-full-figure.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-12-RF00059-global.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-15-pseudoknots.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-14-RF00065_motif_chemprobe.pdf https://hal.inria.fr/hal-01079893/file/figs%2Ffigure-16-RF00065_interactions.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics
auteur
Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier
article
Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. Nov 2015, Orsay, France. 2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01264187/file/SeqBio15-Proceedings.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules
auteur
Julie Bernauer
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud XI, 2015
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01136261/file/HDR_JBernauer.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences : a case study in Archae genomes
auteur
Mireille Regnier, Philippe Chassignet
article
2015
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BibTex

2014

Journal articles

titre
Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models
auteur
Mireille Régnier, Evgenia Furletova, Victor Yakovlev, Mikhail Roytberg
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9 (1), <10.1186/s13015-014-0025-1>
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https://hal.inria.fr/hal-00858701/file/jwtemplate.pdf BibTex
titre
Minimal conditions for protocell stationary growth.
auteur
Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
article
Artificial Life, Massachusetts Institute of Technology Press (MIT Press), 2014, 21 (2), pp.166-92
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BibTex
titre
Similarity Search for Scientific Workflows
auteur
Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article
Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), VLDB Endowment, 2014, 7 (12), pp.1143-1154. <10.14778/2732977.2732988>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01066046/file/p1143-starlinger.pdf BibTex
titre
In vivo tmRNA protection by SmpB and pre-ribosome binding conformation in solution.
auteur
Ehsan Ranaei-Siadat, Cécile Mérigoux, Bili Seijo, Luc Ponchon, Jean-Michel Saliou, Julie Bernauer, Sarah Sanglier-Cianférani, Fréderic Dardel, Patrice Vachette, Sylvie Nonin-Lecomte
article
RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014, 20 (10), pp.1607-20. <10.1261/rna.045674.114>
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BibTex
titre
Characterizing RNA ensembles from NMR data with kinematic models
auteur
Rasmus Fonseca, Dimitar V Pachov, Julie Bernauer, Henry Van den Bedem
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2014, 42 (15), pp.9562-72. <10.1093/nar/gku707>
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BibTex
titre
TmiRUSite and TmiROSite scripts: searching for mRNA fragments with miRNA binding sites with encoded amino acid residues
auteur
Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
article
Bioinformation, Biomedical Informatics Publishing Group, 2014, 10 (7), pp.472-473. <http://www.bioinformation.net/010/97320630010472.pdf>
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BibTex
titre
Metabolic Treatment of Cancer: Intermediate Results of a Prospective Case Series
auteur
Schwartz Laurent, Buhler Ludivine, Icard Philippe, Lincet Hubert, Jean-Marc Steyaert
article
Anticancer Research, International Institute of Anticancer Research, 2014
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BibTex
titre
Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey
auteur
Alain Denise, Philippe Rinaudo
article
Transactions on Computational Collective Intelligence, 2014, 13, pp.70-82. <10.1007/978-3-642-54455-2_3>
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BibTex
titre
On permuted super-secondary structures of transmembrane β-barrel proteins
auteur
Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2014, <10.1016/j.tcs.2013.10.001>
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BibTex
titre
Protein-RNA Complexes and Efficient Automatic Docking: Expanding RosettaDock Possibilities.
auteur
Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Christine Froidevaux, Jérôme Azé, Julie Bernauer
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (9), pp.e108928. <http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0108928>. <10.1371/journal.pone.0108928>
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BibTex
titre
Mechanisms for U2AF to define 3′ splice sites and regulate alternative splicing in the human genome
auteur
Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu
article
Nature Structural and Molecular Biology, Nature Publishing Group, 2014, 21, pp.997-1005. <10.1038/nsmb.2906>
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BibTex
titre
A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
auteur
Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2014, <10.1186/1471-2164-15-S6-S16>
Accès au texte intégral et bibtex
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01229454/file/1471-2164-15-S6-S16.pdf BibTex
titre
Linear-time computation of minimal absent words using suffix array
auteur
Carl Barton, Alice Heliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2014, 15, pp.11. <10.1186/s12859-014-0388-9>
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https://hal.inria.fr/hal-01110274/file/s12859-014-0388-9.pdf BibTex
titre
Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Jiuqiang Chen, Paolo Missier, Carole Goble, Alan Williams, Christine Froidevaux
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12
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https://hal.inria.fr/hal-00926827/file/1471-2105-15-S1-S12.pdf BibTex

Conference papers

titre
Characterization of Reachable Attractors Using Petri Net Unfoldings
auteur
Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïg Jezequel, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon
article
Pedro Mendes; Joseph Dada; Kieran Smallbone. CMSB 2014, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. Springer International Publishing, 8859, pp.14, 2014, LNCS/LNBI. <10.1007/978-3-319-12982-2_10>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01060450/file/unfolding_for_attractors.pdf BibTex
titre
Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
auteur
Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
article
Sergio Campos. BSB – Brazilian Symposium on Bioinformatics – 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. Springer, LNCS, 8826, pp.49–56, 2014, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. <10.1007/978-3-319-12418-6>
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https://hal.inria.fr/hal-01056140/file/bsb2014_final.pdf BibTex
titre
Parallel biological in silico simulation
auteur
Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial
article
29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. Information Sciences and Systems, pp.387-394, 2014, <https://projekty.iitis.pl/iscis>. <10.1007/978-3-319-09465-6_40>
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BibTex
titre
Layer Decomposition: An Effective Structure-based Approach for Scientific Workflow Similarity
auteur
Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
article
IEEE e-Science conference, Oct 2014, Guarujá, Brazil. 2014
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https://hal.inria.fr/hal-01066076/file/starlingerEscience.pdf BibTex
titre
Completing SBGN-AF Networks by Logic-Based Hypothesis Finding
auteur
Yoshitaka Yamamoto, Adrien Rougny, Hidetomo Nabeshima, Katsumi Inoue, Hisao Moriya, Christine Froidevaux, Koji Iwanuma
article
Formal Methods In Macro-Biology, Sep 2014, Nouméa, New Caledonia. Springer, Lecture Notes in Computer Science, 8738, pp.165-179, Formal Methods in Macro-Biology. <10.1007/978-3-319-10398-3_14>
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BibTex
titre
Breast cancer and quality of life: medical information extraction from health forums
auteur
Thomas Opitz, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Cyrille Joutard, Christian Lavergne, Caroline Mollevi
article
Medical Informatics Europe, Aug 2014, Istanbul, Turkey. pp.1070-1074, 2014
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01061891/file/MIERevision.pdf BibTex
titre
ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
auteur
Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
article
10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 – 142, 2014, <10.1007/978-3-319-08590-6_13>
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https://hal.inria.fr/hal-01091053/file/DILS-BrancotteEtAl.pdf BibTex
titre
DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows
auteur
Jiuqiang Chen, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Carole Goble, Paolo Missier, Alan Williams
article
SSDBM ’14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. <http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2618287>. <10.1145/2618243.2618287>
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https://hal.inria.fr/hal-01091033/file/distillflowdemo.pdf BibTex
titre
Systèmes oscillants chaotiques en biologie
auteur
Patrick Amar
article
Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France. 2014, <http://sfbt-2014.imag.fr/>
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BibTex
titre
Apprentissage de fonctions de tri pour la prédiction d’interactions protéine-ARN
auteur
Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Jérôme Azé, Julie Bernauer, Christine Froidevaux
article
Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2014, Rennes, France. 2014, <http://editions-rnti.fr/?inprocid=1001960>
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BibTex
titre
Clump Combinatorics, Automata, and Word Asymptotics
auteur
Mireille Regnier, Billy Fang, Daria Iakovishina
article
Michael Drmota; Mark Ward. ANALCO’14, Jan 2014, Portland, United States. SIAM, 2014, <10.1137/1.9781611973204.6>
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Book sections

titre
Bio-algorithmique des ARN : petite promenade aux interfaces
auteur
Yann Ponty
article
Eric Sopena. 1024 – Bulletin de la société informatique de France, 4, SIF, pp.23–53, 2014, <http://www.societe-informatique-de-france.fr/bulletin/1024-numero-4/>
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https://hal.inria.fr/hal-01077506/file/SFI-1024-Ponty-Preprint.pdf BibTex
titre
Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting
auteur
Loïc Paulevé, Courtney Chancellor, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux
article
Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, pp.125 – 166, 2014, 978-1-84821-680-8
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01060490/file/PCFMR14-chapterLMBS.pdf BibTex
titre
Analyzing SBGN-AF Networks Using Normal Logic Programs
auteur
Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue
article
Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, 2014, 978-1-84821-680-8. <10.1002/9781119005223.ch9>
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Directions of work or proceedings

titre
Proceedings of the 1st workshop on Computational Methods for Structural RNAs
auteur
Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article
Jossinet, Fabrice; Ponty, Yann; Waldispühl, Jérôme. France. McGill University, pp.76, 2014, 978-2-9550187-0-5. <10.15455/CMSR.2014.0000>. <http://cmsr14.cs.mcgill.ca/>
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Master thesis

titre
Extraction de motifs dans les graphes de workflows scientifiques
auteur
Stéphanie Kamgnia Wonkap
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-01088813/file/mri20132014_submission_82.pdf BibTex

Poster communications

titre
Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
auteur
Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
article
RECOMB-CG’14, Oct 2014, Cold Spring HArbour, United States. <http://cs.nyu.edu/~parida/RECOMB-CG2014/>
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https://hal.inria.fr/hal-01216782/file/RCG_2014.pdf BibTex
titre
A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
auteur
Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
article
Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014
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2013

Journal articles

titre
Protein-protein interactions in a crowded environment: an analysis via cross-docking simulations and evolutionary information
auteur
Anne Lopes, Sophie Sacquin-Mora, Viktoriya Dimitrova, Elodie Laine, Yann Ponty, Alessandra Carbone
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2013, 9 (12), pp.e1003369. <10.1371/journal.pcbi.1003369>
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BibTex
titre
Using Structural and Evolutionary Information to Detect and Correct Pyrosequencing Errors in Noncoding RNAs.
auteur
Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2013, 20 (11), pp.905-19. <10.1089/cmb.2013.0085>
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https://hal.inria.fr/hal-00828062/file/main_RNAPyro_JCB.pdf BibTex
titre
Large deviation properties for patterns
auteur
Mireille Regnier, Jérémie Bourdon
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2013, <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570866713000841>. <10.1016/j.jda.2013.09.004>
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BibTex
titre
Non-redundant random generation algorithms for weighted context-free languages
auteur
Andy Lorenz, Yann Ponty
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, Generation of Combinatorial Structures, 502, pp.177-194. <10.1016/j.tcs.2013.01.006>
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https://hal.inria.fr/inria-00607745/file/NonRedundantGeneration-TCS-2010.pdf BibTex
titre
A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)
auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, 502, pp.165-176
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00716558/file/main.pdf BibTex
titre
Binding of intronic miRNAs to the mRNAs of host genes encoding intronic miRNAs and proteins that participate in tumourigenesis
auteur
Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
article
Computers in Biology and Medicine, Elsevier, 2013, <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010482513001856>. <10.1016/j.compbiomed.2013.07.011>
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BibTex
titre
A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution.
auteur
Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (13), pp.i308-15. <10.1093/bioinformatics/btt217>
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BibTex
titre
SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences.
auteur
Yang Zhang, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Eric Lecuyer, Jérôme Waldispühl
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2013, Web Server Issue, 41 (Web Server issue), pp.W480-5. <10.1093/nar/gkt461>
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https://hal.inria.fr/hal-00819017/file/main.pdf BibTex
titre
OKVAR-Boost: a novel boosting algorithm to infer nonlinear dynamics and interactions in gene regulatory networks.
auteur
Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (11), pp.1416–1423. <10.1093/bioinformatics/btt167>
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BibTex
titre
Characteristics of binding sites of intergenic, intronic and exonic miRNAs with mRNAs of oncogenes coding intronic miRNAs
auteur
Olga Berillo, Assel Issabekova, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
article
African Journal of Biotechnology, Academic Journals, 2013, 12 (10), pp.1016-1024. <http://www.academicjournals.org/ajb/PDF/pdf2013/6Mar/Berillo%20et%20al.pdf>. <10.5897/AJB12.2054>
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https://hal.inria.fr/hal-00825020/file/afb13.pdf BibTex
titre
Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton
auteur
Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi
article
BMC Biochemistry, BioMed Central, 2013, 14 (3), <10.1186/1471-2091-14-3>
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BibTex
titre
Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.
auteur
Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar
article
AMB Express, SpringerOpen, 2013, 3 (1), pp.13. <10.1186/2191-0855-3-13>
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BibTex
titre
Elementary flux modes analysis of functional domain networks allows a better metabolic pathway interpretation
auteur
Sabine Pérès, Liza Felicori, Franck Molina
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013
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BibTex
titre
An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.
auteur
Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, 10 (1), pp.193-199. <10.1109/TCBB.2012.148>
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BibTex
titre
Supersecondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins.
auteur
Van Du T Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
article
Methods in Molecular Biology -Clifton then Totowa-, Humana Press (Springer Imprint), 2013, 932, pp.277-94. <10.1007/978-1-62703-065-6_17>
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BibTex
titre
Learning a Markov Logic network for supervised gene regulatory network inference
auteur
Céline Brouard, Christel Vrain, Julie Dubois, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence D’Alché-Buc
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.273. <10.1186/1471-2105-14-273>
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https://hal.inria.fr/hal-00868767/file/1471-2105-14-273.pdf BibTex

Conference papers

titre
Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages
auteur
Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise
article
ACM-BCB – ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics – 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00823279/file/design.pdf BibTex
titre
Translating the SBGN-AF language into logic to analyze signalling networks
auteur
Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue
article
Katsumi Inoue and Chiaki Sakama. LNMR – 1st International Workshop on Learning and Non Monotonic Reasoning, Sep 2013, La Coruña, Spain. CORR, arXiv:1311.4639, pp.44-55, 2013
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BibTex
titre
A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotides distribution
auteur
Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article
ISMB/ECCB – 21st Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/12th European Conference on Computational Biology – 2013, Jul 2013, Berlin, Germany. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00811607/file/main_ISMB.pdf BibTex
titre
Nonparametric modeling for gene regulatory network inference using boosting and operator-valued kernels
auteur
Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
article
Seventh International workshop on Machine Learning in Systems Biology, Satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
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BibTex
titre
Gene Regulatory Network Inference using ensembles of Local Multiple Kernel Models
auteur
Arnaud Fouchet, Jean-Marc Delosme, Florence D’Alché-Buc
article
Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
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BibTex
titre
Time-dependent gaussian process regression and significance analysis for sparse time-series
auteur
Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Valérie Buard, Béatrice Micheau, Florence D’Alché-Buc
article
Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
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BibTex
titre
Boosting an operator-valued kernel-based model for gene regulatory network inference
auteur
Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence D’Alché-Buc
article
Workshop on Dynamics of biological networks: from nodes’ dynamics to network evolution, Jun 2013, Edinburgh, United Kingdom
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BibTex
titre
Using the Fast Fourier Transform to accelerate the computational search for RNA conformational switches (extended abstract)
auteur
Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote
article
RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00766780/file/recomb2013twoPageAbstract.pdf BibTex
titre
A linear inside-outside algorithm for correcting sequencing errors in structured RNA sequences
auteur
Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
article
RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China. 2013
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00766781/file/main_RECOMB.pdf BibTex
titre
Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli
auteur
Thomas Bourquard, Damien De Vienne, Jérôme Azé
article
Djamel A. Zighed and Gilles Venturini. EGC 2013 – 13eme conférence Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2013, Toulouse, France. Hermann, E.24, pp.419-430, 2013, RNTI; Extraction et Gestion des Connaissances – EGC’2013
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BibTex
titre
Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group
auteur
Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet
article
JOBIM 2013, 2013, Toulouse, France. à paraître, 2013
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BibTex

Book sections

titre
Introduction to RNA secondary structure comparison.
auteur
Stefanie Schirmer, Yann Ponty, Robert Giegerich
article
Gorodkin, Jan and Ruzzo, Walter L. RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, 1097, Springer, pp.247-73, 2013, Methods in molecular biology, ISBN 978-1-62703-708-2. <10.1007/978-1-62703-709-9_12>
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BibTex

Directions of work or proceedings

titre
avances in Systems and Synthetic Biology
auteur
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
article
Patrick Amar and François Képès andVic Norris. France. EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5
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BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Contributions à l’étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique
auteur
Patrick Amar
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00929785/file/hdr.pdf BibTex

Theses

titre
Designing scientific workflows following a structure and provenance-aware strategy
auteur
Jiuqiang Chen
article
Databases [cs.DB]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00931122/file/PhD_document_final_chen.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Semileptonic $B \to D^{**}$ decays in Lattice QCD : a feasibility study and first results
auteur
Mariam Atoui, B. Blossier, Vincent Morenas, O. Pène, K. Petrov
article
LPT-ORSAY 13-101. 28 pages with 20 figures. 2013
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1312.2914 BibTex
titre
Properties of Random Complex Chemical Reaction Networks and Their Relevance to Biological Toy Models
auteur
Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
article
2013
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1303.7439 BibTex

2012

Journal articles

titre
Using the Fast Fourier Transform to Accelerate the Computational Search for RNA Conformational Switches
auteur
Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (12), pp.e50506. <10.1371/journal.pone.0050506>
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BibTex
titre
The Mimic Chain Reaction
auteur
Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina
article
Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, Karger, 2012, 22 (5), pp.335-343. <10.1159/000345328>
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BibTex
titre
Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution
auteur
Damien De Vienne, Jérôme Azé
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012
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BibTex
titre
A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures.
auteur
Alex Levin, Mieszko Lis, Yann Ponty, Charles W O’Donnell, Srinivas Devadas, Bonnie Berger, Jérôme Waldispühl
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2012, 40 (20), pp.10041-52. <10.1093/nar/gks768>
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BibTex
titre
Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales
auteur
Vic Norris, Patrick Amar
article
Life (Chicago, Ill. : 1978), Time Inc., 2012, 2 (4), pp.286-312. <10.3390/life2040286>
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BibTex
titre
Expected distance between terminal nucleotides of RNA secondary structures.
auteur
Peter Clote, Yann Ponty, Jean-Marc Steyaert
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2012, 65 (3), pp.581-99. <10.1007/s00285-011-0467-8>
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https://hal.inria.fr/inria-00619921/file/paper.pdf BibTex
titre
Tumor regression with a combination of drugs interfering with the tumor metabolism: efficacy of hydroxycitrate, lipoic acid and capsaicin.
auteur
Laurent Schwartz, Adeline Guais, Maurice Israël, Bernard Junod, Jean-Marc Steyaert, Elisabetta Crespi, Gianfranco Baronzio, Mohammad Abolhassani
article
Investigational New Drugs, Springer Verlag, 2012, epub ahead of print. <10.1007/s10637-012-9849-z>
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BibTex
titre
Multiscale modeling of macromolecular biosystems.
auteur
Samuel C Flores, Julie Bernauer, Seokmin Shin, Ruhong Zhou, Xuhui Huang
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 13 (4), pp.395-405. <10.1093/bib/bbr077>
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BibTex
titre
Mieux comprendre certaines molécules biologiques grâce à l’informatique
auteur
Yann Ponty, Joanna Jongwane
article
Interstices, INRIA, 2012, <https://interstices.info/jcms/int_67800/mieux-comprendre-certaines-molecules-biologiques-grace-a-l-informatique>
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BibTex
titre
Interactions of intergenic microRNAs with mRNAs of genes involved in carcinogenesis
auteur
Assel Issabekova, Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
article
Bioinformation, Biomedical Informatics Publishing Group, 2012, 8 (11), pp.513-518. <10.6026/97320630008513>
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BibTex
titre
Normal human melanocytes exposed to chronic insulin and glucose supplementation undergo oncogenic changes and methyl group metabolism cellular redistribution.
auteur
Daniel Morvan, Jean Marc Steyaert, Laurent Schwartz, Maurice Israel, Aicha Demidem
article
AJP – Endocrinology and Metabolism, American Physiological Society, 2012, 302 (11), pp.E1407-18. <10.1152/ajpendo.00594.2011>
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BibTex
titre
Static analysis of Biological Regulatory Networks dynamics using abstract interpretation
auteur
Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
article
Mathematical Structures in Computer Science, Cambridge University Press (CUP), 2012, 22 (04), pp 651-685. <10.1017/S0960129511000739>
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titre
Stochastic simulation of multiple process calculi for biology
auteur
Matthew Lakin, Loïc Paulevé, Andrew Phillips
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2012, 431, pp.181-206. <10.1016/j.tcs.2011.12.057>
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titre
Evaluating mixture models for building RNA knowledge-based potentials.
auteur
Adelene y L Sim, Olivier Schwander, Michael Levitt, Julie Bernauer
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2012, 10 (2), pp.1241010. <10.1142/S0219720012410107>
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titre
Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
auteur
Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof
article
Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2012, 37, pp.1-5. <10.1016>
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titre
Coverage-biased random exploration of large models and application to testing
auteur
Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet
article
Software Tools for Technology Transfer (STTT), Springer, 2012, 14 (1), pp.73-93
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titre
BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
auteur
Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves D’Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine De Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
article
Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2012, 2012 (893048), 5 p. <10.1155/2012>
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titre
A graph-theoretic approach for classification and structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins
auteur
Saad Sheikh, Phillippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert, Thuong van Du Tran
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2012
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titre
Maximum expected accuracy structural neighbors of an RNA secondary structure.
auteur
Peter Clote, Feng Lou, William A Lorenz
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 Suppl 5, pp.S6. <10.1186/1471-2105-13-S5-S6>
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Conference papers

titre
Distilling Structure in Scientific Workflows
auteur
Jiuqiang Chen, Christine Froidevaux, Carole Goble, Alan Williams, Sarah Cohen-Boulakia
article
Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. EMBnet.journal, 18, pp.10-102, 2012, Supp B. <http://journal.embnet.org/index.php/embnetjournal/article/view/565>
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https://hal.inria.fr/hal-00748035/file/distillingWF-CR.pdf BibTex
titre
Réécriture de workflows scientifiques et provenance
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
article
Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00748031/file/Spization-francais.pdf BibTex
titre
Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
article
Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States. IEEE, 2012
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titre
Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks
auteur
Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
article
Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. Springer Berlin Heidelberg, p. 166-186, 2012, <10.1007/978-3-642-33636-2_11>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00704569/file/Folschette-Pauleve-Inoue-Magnin-Roux-CMSB12.pdf BibTex
titre
Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks
auteur
Zahira Aslaoui-Errafi, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Pauline Gloaguen, Anne Poupon, Adrien Rougny, Meriem Yahiaoui
article
Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110, 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00748041/file/SignPathways_final.pdf BibTex
titre
Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
auteur
Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise
article
Ben Raphael and Jijun Tang. WABI – 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. 2012, tba
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https://hal.inria.fr/hal-00708580/file/article.pdf BibTex
titre
HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
auteur
Patrick Amar, Loïc Paulevé
article
The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 313, pp.3 — 21, 2012, <10.1016/j.entcs.2015.04.016>
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titre
Markov Logic Network for supervised gene regulation inference: application to the ID2 regulatory network in human keratinocytes
auteur
Céline Brouard, Julie Dubois, Christel Vrain, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence D’Alché-Buc
article
International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Sep 2012, Bâle, Switzerland
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BibTex
titre
Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling
auteur
Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise
article
Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques – JOBIM’12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476, 2012
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titre
Impact Of The Energy Model On The Complexity Of RNA Folding With Pseudoknots
auteur
Saad Sheikh, Rolf Backofen, Yann Ponty
article
Juha Kärkkäinen and Jens Stoye. CPM – 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching – 2012, Jul 2012, Helsinki, Finland. Springer, 7354, pp.321–333, 2012, Combinatorial Pattern Matching. <10.1007/978-3-642-31265-6_26>
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https://hal.inria.fr/hal-00670232/file/NPCompleteness-Stacking.pdf BibTex
titre
Protein-protein interaction network inference with semi-supervised Output Kernel Regression
auteur
Céline Brouard, Marie Szafranski, Florence D’Alché-Buc
article
JOBIM, Jul 2012, Rennes, France. pp.133-136, 2012
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00830428/file/jobim_2012.pdf BibTex
titre
(Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories
auteur
Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article
Anastasia Ailamaki. Scientific and Statistical Database Management – 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. Springer, 7338, pp.361-378, 2012, LNCS
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titre
The weighted words collector
auteur
Jérémie Du Boisberranger, Danièle Gardy, Yann Ponty
article
Nicolas, Broutin (INRIA, France) and Luc, Devroye (McGill, Cana. AOFA – 23rd International Meeting on Probabilistic, Combinatorial and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms – 2012, Jun 2012, Montreal, Canada. DMTCS, DMTCS Proceedings vol. AQ, 23rd Intern. Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms (AofA’12), pp.243–264, 2012, <http://www.dmtcs.org/dmtcs-ojs/index.php/proceedings/article/view/dmAQ0120>
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https://hal.inria.fr/hal-00666399/file/WordCollector-Daniele-Jeremie-Yann-2012.pdf BibTex
titre
Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions
auteur
Patrick Amar
article
Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France. 2012
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titre
Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?
auteur
Stefan Janssen, Loïc Paulevé, Yann Ponty, Balaji Raman, Matthias Zytnicki
article
IWBDA – 4th International Workshop on Bio-Design Automation – 2012, Jun 2012, San Francisco, United States. 2012, <http://www.iwbdaconf.org/2012>
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titre
A-Brain: Using the Cloud to Understand the Impact of Genetic Variability on the Brain
auteur
Radu Tudoran, Alexandru Costan, Benoit Da Mota, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion
article
CloudFutures, May 2012, Berkeley, United States. Microsoft, 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00781571/file/abstract.pdf BibTex
titre
Knowledge-based consensus methods for secondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins
auteur
Saad Sheikh, Van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
article
4th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2012 (BICoB 2012), Mar 2012, Las Vegas, NV, United States. pp.79–84, 2012
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titre
Visualizing 2D & 3D Structures of RNA
auteur
Yann Ponty
article
VIZBI – 3rd international meeting on Visualizing Biological Data – 2012, Mar 2012, Heidelberg, Germany. 2012
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titre
Large deviation properties for patterns
auteur
Jérémie Bourdon, Mireille Regnier
article
Thierry Lecroq. LSD&LAW 2012, Feb 2012, Londres, United Kingdom. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00758251/file/template1611.pdf BibTex
titre
On the diversity of pattern distributions in rational language
auteur
Cyril Banderier, Olivier Bodini, Yann Ponty, Hanane Tafat
article
ANALCO – 12th Meeting on Analytic Algorithmics and Combinatorics – 2012, Jan 2012, Kyoto, Japan. Omnipress, pp.107–116, 2012
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00643598/file/analco_soda.pdf BibTex
titre
The Least Temporal Contradiction Measure: Application to Hydrological Data
auteur
Hugo Alatrista Salas, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Flavie Cernesson, Frédéric Flouvat, Nazha Selmaoui-Folcher, Maguelonne Teisseire
article
AGILE: International Conference on Geographic Information Science, 2012, Avignon, France. AGILE’12: 15th International Conference on Geographic Information Science, pp.197-202, 2012
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Prédiction d’Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs
auteur
Jérôme Azé
article
Apprentissage [cs.LG]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00763947/file/hdr.pdf BibTex

Reports

titre
A Dynamical Model for the Transmembrane Potential Regulation by pH
auteur
Araks Martirosyan, Loïc Paulevé, Clair Poignard, Mireille Régnier, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz
article
[Research Report] LIX, Ecole polytechnique. 2012
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00769446/file/main.pdf BibTex
titre
Rule-weighted and terminal-weighted context-free grammars have identical expressivity
auteur
Yann Ponty
article
[Research Report] 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00693600/file/NoteWeightedGrammars.pdf BibTex

Theses

titre
Algorithmique de l’alignement structure-séquence d’ARN : une approche générale et paramétrée
auteur
Philippe Rinaudo
article
Autre [cs.OH]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français. <NNT : 2012PA112355>
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00847745/file/VD_RINAUDO_PHILIPPE_05122012.pdf BibTex
titre
Algorithmes pour l’ étude de la structure secondaire des ARN et l’alignement de séquences
auteur
Lou Feng
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00781416/file/theI_se_FengLou_LRI_2012.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Toxicity of carbon dioxide: A review.
auteur
Adeline Guais, Gérard Brand, Laurence Jacquot, Mélanie Karrer, Sam Dukan, Georges Grévillot, Thierry Jo Molina, Jacques Bonte, Mireille Regnier, Laurent Schwartz
article
Chemical Research in Toxicology, American Chemical Society, 2011, 24 (12), pp.2061-70. <10.1021/tx200220r>
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titre
An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure.
auteur
Jérôme Waldispühl, Yann Ponty
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (11), pp.1465-79. <10.1089/cmb.2011.0181>
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titre
Counting RNA pseudoknotted structures
auteur
Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. <10.1089/cmb.2010.0086>
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https://hal.inria.fr/inria-00537117/file/JCB10.pdf BibTex
titre
Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology.
auteur
Sarel J Fleishman, Timothy A Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C Mitchell, Omar N A Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H Moal, Xiaofan Li, Paul A Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-Su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Sefik Kerem Ovalı, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan Fernández-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M Driggers, Robert G Hall, Jessica L Morgan, Victor L Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M J J Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J Camacho, Krishna P Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, P Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J Wodak, Joel Janin, David Baker
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2011, in press. <10.1016/j.jmb.2011.09.031>
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titre
Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
auteur
Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
article
Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, Springer Verlag, 2011, 130 (3), pp.211-228. <10.1007/s12064-010-0118-4>
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titre
Fully differentiable coarse-grained and all-atom knowledge-based potentials for RNA structure evaluation.
auteur
Julie Bernauer, Xuhui Huang, Adelene y L Sim, Michael Levitt
article
RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2011, 17 (6), pp.1066-75. <10.1261/rna.2543711>
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titre
Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.
auteur
Bryan Brancotte, Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, François Radvanyi, Fabien Reyal, Sarah Cohen-Boulakia
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27 (8), pp.1187-9. <10.1093/bioinformatics/btr073>
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titre
The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.
auteur
Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle
article
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2011, 90 (2), pp.615-23. <10.1007/s00253-010-3018-0>
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titre
MULTI-SCALE MODELLING OF BIOSYSTEMS: FROM MOLECULAR TO MESOCALE – Session Introduction.
auteur
Julie Bernauer, Samuel Flores, Xuhui Huang, Seokmin Shin, Ruhong Zhou
article
Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2011, pp.177-80. <http://eproceedings.worldscinet.com/9789814335058/preserved-docs/9789814335058_0019.pdf>. <10.1142/9789814335058_0019>
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titre
Characteristics of Intronic and Intergenic Human miRNAs and Features of their Interaction with mRNA
auteur
Assel Issabekova, Olga Berillo, Vladimir Khailenko, Shara Atambayeva, Mireille Regnier, Anatoliy Ivashchenko
article
World Academy of Science, Engineering and Technology, WASET, 2011, 59, <https://www.waset.org/journals/waset/v59/v59-14.pdf>
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https://hal.inria.fr/hal-00779236/file/OMICS_Berillo_51_2_5.pdf BibTex
titre
A collaborative filtering approach for protein-protein docking scoring functions.
auteur
Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Jérôme Azé, Anne Poupon
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (4), pp.e18541. <10.1371/journal.pone.0018541>
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BibTex
titre
ACoM: A classification method for elementary flux modes based on motif finding
auteur
Sabine Pérès, F. Vallée, Marie Beurton-Aimar, Jean-Pierre Mazat
article
BioSystems, Elsevier, 2011, 103 (3), pp.410-419
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BibTex
titre
Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article
SIGMOD record, ACM, 2011, <10.1145/2034863.2034865>
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https://hal.inria.fr/inria-00638043/file/03.articles.cohen.pdf BibTex

Conference papers

titre
Using Kendall-Tau Meta-Bagging to Improve Protein-Protein Docking Predictions
auteur
Jérôme Azé, Thomas Bourquard, Sylvie Hamel, Anne Poupon, David Ritchie
article
M. Loog. PRIB 2011, Nov 2011, DELFT, Netherlands. pp.284-295, 2011
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BibTex
titre
Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint
auteur
Thomas Bourquard, Jérôme Azé, Anne Poupon, David Ritchie
article
Emmanuel BARILLOT, Christine F ROIDEVAUX, Eduardo PC ROCHA. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. Institut Pasteur, pp.9-16, 2011, JOBIM 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00613186/file/bourquard_etal_jobim_2011.pdf BibTex
titre
Régression semi-supervisée à sortie noyau pour la prédiction de liens
auteur
Céline Brouard, Florence D’Alché-Buc, Marie Szafranski
article
CAP, May 2011, Chambéry, France. Publibook, pp.119-134, 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00830434/file/pokr_cap_vfinale.pdf BibTex
titre
Next Generation Data Integration for the Life Sciences
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article
IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany. 2011
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BibTex
titre
An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure
auteur
Jérôme Waldispühl, Yann Ponty
article
Bafna, Vineet and Sahinalp, S. RECOMB – 15th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2011, Mar 2011, Vancouver, Canada. Springer Berlin / Heidelberg, 6577, pp.501-515, 2011, Lecture Notes in Computer Science. <10.1007/978-3-642-20036-6_45>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546847/file/paper.pdf BibTex
titre
Investigating the RFAM paradox: The pseudoknot explanation
auteur
Stefan Janssen, Yann Ponty, Balaji Raman, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert, Peter Clote
article
Fifth Indo-French Bioinformatics Meeting, Mar 2011, Hyderabad, India
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00585647/file/final_draft.pdf BibTex
titre
Energy-based Classification and Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins
auteur
Thuong van Du Tran, Phillippe Chassignet, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert
article
1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), Feb 2011, Orlando, FL, United States. 2011
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BibTex
titre
Constant time estimation of ranking statistics by analytic combinatorics
auteur
Cyril Banderier, Pierre Nicodeme
article
Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2011, Paris, France. no page numbering, 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00567091/file/smpgd11.pdf BibTex
titre
Maximum expected accurate structural neighbors of an RNA secondary structure
auteur
Feng Lou, Peter Clote
article
Proceedings of 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), 2011, Orlando, United States. 2011
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BibTex
titre
A Combinatorial Framework for Designing (Pseudoknotted) RNA Algorithms
auteur
Yann Ponty, Cédric Saule
article
WABI – 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2011, 2011, Saarbrucken, Germany. 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00601060/file/BoltzmannEnsembleWithPK.pdf BibTex
titre
On Armstrong-compliant Logical Query Languages
auteur
Marie Agier, Christine Froidevaux, Jean-Marc Petit, Yoan Renaud, Jef Wijsen
article
George H. L. Fletcher and Slawek Staworko. 4th International Workshop on Logic in Databases, (EDBT/ICDT ’10 joint conference), 2011, Uppsala, Sweden. ACM, pp.33-40, 2011, LID
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BibTex
titre
A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment
auteur
Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise
article
CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom. 2011
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BibTex
titre
Using medians to generate consensus rankings for biological data
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
article
SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States. 2011
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BibTex
titre
Uniform Monte-Carlo Model Checking
auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet
article
FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany. 2011
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Theses

titre
Modèles combinatoires des structures d’ARN avec ou sans pseudonoeuds, application à la comparaison de structures.
auteur
Cédric Saule
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2011. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00788467/file/Memoire-these.pdf BibTex
titre
Modeling and predicting super-secondary structures of transmembrane beta-barrel proteins
auteur
Thuong van Du Tran
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English
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https://pastel.archives-ouvertes.fr/tel-00647947/file/thesis-1.4.pdf BibTex
titre
A Mathematical Model of Phospholipid Biosynthesis
auteur
Mahsa Behzadi
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00650399/file/BehzadiPhD.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures
auteur
Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang
article
FEBS Letters, Wiley, 2010, 584 (21), pp.4401-7. <10.1016/j.febslet.2010.09.039>
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BibTex
titre
Paternity analysis in a litter of whale shark embryos
auteur
Jennifer Schmidt, Chen Chien-Chi, Saad Sheikh, Mark Meekan, Bradley Norman, Shoou-Jeng Joung
article
Endangered Species Research, Inter-Research, 2010, 12 (2), pp.117-124. <http://www.int-res.com/articles/esr2010/12/n012p117.pdf>
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https://hal.inria.fr/inria-00542505/file/ESR.pdf BibTex
titre
ESBTL: efficient PDB parser and data structure for the structural and geometric analysis of biological macromolecules.
auteur
Sébastien Loriot, Frédéric Cazals, Julie Bernauer
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (8), pp.1127-8. <http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/26/8/1127.pdf>. <10.1093/bioinformatics/btq083>
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BibTex
titre
A Model of Phospholipid Biosynthesis in Tumor in Response to an Anticancer Agent in Vivo
auteur
Mahsa Behzadi, Aicha Demidem, Daniel Morvan, Schwartz Laurent, Georges Stepien, Jean-Marc Steyaert
article
Journal of Integrative Bioinformatics, Informationsmanagement in der Biotechnologie e.V. (IMBio e.V.), 2010, 7 (3), <10.2390/biecoll-jib-2010-129>
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BibTex
titre
Controlled non uniform random generation of decomposable structures
auteur
Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. <10.1016/j.tcs.2010.05.010>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00483581/file/NonUniform2009.pdf BibTex
titre
Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
auteur
Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411, pp.2423-2432
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https://hal.inria.fr/inria-00541269/file/HeDeDuTCS.pdf BibTex
titre
MULTI-RESOLUTION MODELING OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES – Session Introduction.
auteur
Samuel Flores, Julie Bernauer, Xuhui Huang, Ruhong Zhou, Seokmin Shin
article
Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2010, 15, pp.201-204. <http://eproceedings.worldscinet.com/9789814295291/preserved-docs/9789814295291_0022.pdf>. <10.1142/9789814295291_0022>
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BibTex
titre
Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling
auteur
Lou Feng, Peter Clote
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26, pp.278-286. <10.1093/bioinformatics/btq218>
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BibTex
titre
Alignments of RNA structures.
auteur
Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (2), pp.309-322. <10.1109/TCBB.2008.28>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00506348/file/hal.pdf BibTex
titre
Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems
auteur
Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2010, 10, pp.16–23
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https://hal.inria.fr/hal-00644627/file/MoncionAmarHutzler.pdf BibTex

Conference papers

titre
Weighted random generation of context-free languages: Analysis of collisions in random urn occupancy models
auteur
Danièle Gardy, Yann Ponty
article
GASCOM – 8th conference on random generation of combinatorial structures – 2010, Sep 2010, Montréal, Canada. 14pp, 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00543150/file/GASCOM-2010-Allocations.pdf BibTex
titre
Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots
auteur
Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise
article
GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada. 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00543315/file/SaWaDe2010.pdf BibTex
titre
Multi-dimensional Boltzmann Sampling of Languages
auteur
Olivier Bodini, Yann Ponty
article
Drmota, Michael and Gittenberger, Bernhard. 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), Jun 2010, Vienna, Austria. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AM, 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), pp.49-64, 2010, DMTCS Proceedings
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https://hal.inria.fr/hal-00450763/file/dmAM0104.pdf BibTex
titre
Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance
auteur
Susan Davidson, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy, Sarah Cohen-Boulakia, Zhuowei Bao, Anat Eyal
article
1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States. 2010
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BibTex
titre
A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages
auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
article
GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada. 2010
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BibTex
titre
Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)
auteur
Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
article
Billey, Sara and Reiner, Victor. 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AN, 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), pp.1037-1048, 2010, DMTCS Proceedings
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https://hal.inria.fr/hal-01186262/file/dmAN0180.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
Prediction of super-secondary structure in α-helical and β-barrel transmembrane proteins
auteur
Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 2009 (10 (Suppl. 13)), <10.1186/1471-2105-10-S13-O3>
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BibTex
titre
VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.
auteur
Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (15), pp.1974-5. <10.1093/bioinformatics/btp250>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00432548/file/VARNA-Bioinfo-R2-NoHighlight.pdf BibTex
titre
PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
auteur
Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard, Anat Eyal, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy
article
PVLDB, Proc. of the 35th Int. Conf. on Very Large Data Bases, ACM, 2009, 2 (2), pp.1638-1641
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titre
Using profiles based on hydropathy properties to define essential regions for splicing
auteur
Anatoly Ivashchenko, Galina Boldina, Aizhan Turmagambetova, Mireille Régnier
article
International Journal of Biological Sciences, Ivyspring International Publisher, 2009, 5, pp.13-19. <http://www.biolsci.org/v05p0013.htm>
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https://hal.inria.fr/inria-00429780/file/BoIvRe2411.pdf BibTex
titre
Profile of Tries
auteur
Gayun Park, Hsien-Kuei Hwang, Pierre Nicodème, Wojciech Szpankowski
article
SIAM Journal on Computing, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2009, 38 (5), pp.1821-1880. <10.1137/070685531>
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Conference papers

titre
On User Views in Scientific Workflow Systems (Invited Paper)
auteur
Susan Davidson, Yi Chen, Peng Sun, Sarah Cohen-Boulakia
article
Proc. of the the First Int. Workshop on the role of Semantic Web in Provenance Management (ISWC 2009 Workshop), Oct 2009, Washington DC, United States. 2009
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titre
PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
auteur
Bao Zhuowei, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard
article
VLDB- Very Large DataBase systems-2009, Aug 2009, Lyon, France. VLDB Journal, 2, pp.1638-1641, 2009
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titre
An Adaptive Combination of Matchers: Application to the Mapping of Biological Ontologies for Genome Annotation
auteur
Rance Bastien, Jean-François Gibrat, Christine Froidevaux
article
Norman W. Paton and Paolo Missier and Cornelia Hedeler. DILS 2009-6th International Workshop on Data Integration in the Life Sciences, Jul 2009, Manchester, United Kingdom. Springer, 5647, pp.113-126, 2009, Lecture Notes in Computer Science; Data Integration in the Life Sciences. <10.1007/978-3-642-02879-3_10>
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titre
A geometric knowledge-based coarse-grained scoring potential for structure prediction evaluation
auteur
Sebastien Loriot, Frédéric Cazals, Michael Levitt, Julie Bernauer
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2009, Nantes, France. 2009
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https://hal.inria.fr/inria-00429607/file/2009_JOBIM.pdf BibTex
titre
BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Kevin Masini
article
21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orlean, United States. pp.283-291, 2009
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Book sections

titre
A Word Counting Graph
auteur
Mireille Regnier, Zara Kirakossian, Eugenia Furletova, Mikhail Roytberg
article
Joseph Chan, Jacqueline W. Daykin and M. Sohel Rahman. London Algorithmics 2008: Theory and Practice (Texts in Algorithmics), London College Publications, 31 p., 2009, 978-1904987970
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https://hal.inria.fr/inria-00437147/file/Final_refukiro.pdf BibTex
titre
Biological Resource Discovery
auteur
Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Rami Rifaieh, Mark Wilkinson, Juliana Freire, Sarah Cohen-Boulakia
article
Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.220-223, 2009
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BibTex
titre
Provenance in Scientific Databases
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Wang Chiew Tan
article
Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009
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BibTex
titre
Biological Metadata Management
auteur
Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Mark Wilkinson, Sarah Cohen-Boulakia
article
Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9
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Theses

titre
Exploitation des algorithmes génétiques pour la prédiction de structure de complexe protéine-protéine
auteur
Thomas Bourquard
article
Intelligence artificielle [cs.AI]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00782396/file/mainFile_2.pdf BibTex
titre
Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs récurrents dans les structures tertiaires d’ARN
auteur
Mahassine Djelloul
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00785953/file/Manuscrit_these_Djelloul.pdf BibTex
titre
Recherche d’associations séquentielles et alignement d’ontologies biologiques
auteur
Bastien Rance
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00782556/file/theseBastienRance.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Hyperosmotic stress contributes to mouse colonic inflammation through the methylation of protein phosphatase 2A.
auteur
Laurent Schwartz, Mohammad Abolhassani, Mohammad Pooya, Jean-Marc Steyaert, Xavier Wertz, Maurice Israël, Adeline Guais, Philippe Chaumet-Riffaud
article
AJP – Gastrointestinal and Liver Physiology, American Physiological Society, 2008, 295 (5), pp.G934-41. <10.1152/ajpgi.90296.2008>
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BibTex
titre
Efficient sampling of RNA secondary structures from the Boltzmann ensemble of low-energy: The boustrophedon method
auteur
Yann Ponty
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2008, 56 (1-2), pp.107–127. <10.1007/s00285-007-0137-z>
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BibTex
titre
Asymptotics of RNA shapes
auteur
William Andrew Lorenz, Peter Clote, Yann Ponty
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (1), pp.31–63. <10.1089/cmb.2006.0153>
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BibTex
titre
LocalMove: computing on-lattice fits for biopolymers
auteur
Yann Ponty, R. Istrate, E. Porcelli, Peter Clote
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2008, 36 (2), pp.W216-W222. <10.1093/nar/gkn367>
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Conference papers

titre
Non-redundant random generation from weighted context-free languages
auteur
Yann Ponty
article
GASCOM – 7th conference on random generation of combinatorial structures – 2008, 2008, Bibbiena, Italy. 12pp, 2008
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00548877/file/NonRedundantGeneration-GASCOM08-Ponty.pdf BibTex

2007

Journal articles

titre
DIAL: A web server for the pairwise alignment of two RNA 3-dimensional structures using nucleotide, dihedral angle and base pairing similarities
auteur
Ferrè Fabrizzio, Yann Ponty, William Lorenz, Peter Clote
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C – Option B, 2007, 35 (Web server issue), pp.W659–668. <10.1093/nar/gkm334>
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2006

Journal articles

titre
GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures
auteur
Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (12), pp.1534–1535. <10.1093/bioinformatics/btl113>
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https://hal.inria.fr/inria-00548871/file/GenRGenS.pdf BibTex

2000

Conference papers

titre
Periods and quasiperiods characterization
auteur
Mireille Regnier, L. Mouchard
article
11th Conference on Combinatorial Pattern Matching, 2000, France. pp.388-396, 2000
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