Publications

2018

Article dans une revue

titre

Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.

auteur

Alexander Churkin, Matan Drory Retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash

article

Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (2), pp.350–358. ⟨10.1093/bib/bbw120⟩

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titre

Counting, generating, analyzing and sampling tree alignments

auteur

Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty

article

International Journal of Foundations of Computer Science, 2018, 29 (5), pp.741–767

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2017

Article dans une revue

titre

Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm in Watson-Crick and Nussinov-Jacobson Energy Models

auteur

Jozef Haleš, Alice Héliou, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho

article

Algorithmica, 2017, 79 (3), pp.835–856. ⟨10.1007/s00453-016-0196-x⟩

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titre

Fast, clash-free RNA conformational morphing using molecular junctions

auteur

Amélie Héliou, Dominik Budday, Rasmus Fonseca, Henry van den Bedem

article

Bioinformatics, 2017, 33 (14), pp.2114 – 2122. ⟨10.1093/bioinformatics/btx127⟩

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titre

Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame

auteur

Jules Deforges, Sylvain de Breyne, Melissa Ameur, Nathalie Ulryck, Nathalie Chamond, Afaf Saaidi, Yann Ponty, Théophile Ohlmann, Bruno Sargueil

article

Nucleic Acids Research, 2017, 45 (12), pp.7382–7400. ⟨10.1093/nar/gkx303⟩

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titre

High-Throughput Sequencing Reveals Circular Substrates for an Archaeal RNA ligase.

auteur

Hubert F Becker, Alice Héliou, Kamel Djaout, Roxane Lestini, Mireille Regnier, Hannu Myllykallio

article

RNA Biology, 2017, 14, pp.1075-1085. ⟨10.1080/15476286.2017.1302640⟩

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titre

GARN2: coarse-grained prediction of 3D structure of large RNA molecules by regret minimization.

auteur

Mélanie Boudard, Dominique Barth, Julie Bernauer, Alain Denise, Johanne Cohen

article

Bioinformatics, 2017, 16, pp.2479-2486. ⟨10.1093/bioinformatics/btx175⟩

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titre

emMAW: Computing Minimal Absent Words in External Memory

auteur

Alice Héliou, Solon P Pissis, Simon J. Puglisi

article

Bioinformatics, 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btx209⟩

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titre

DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies

auteur

Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. ⟨10.1093/gbe/evx069⟩

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Communication dans un congrès

titre

Learning with bandit feedback in potential games

auteur

Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos

article

NIPS ’17: Proceedings of the 31st International Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2017, Long Beach, CA, United States

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titre

An EM algorithm for mapping short reads in multiple RNA structure probing experiments

auteur

Afaf Saaidi, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Mireille Regnier, Bruno Sargueil

article

Matbio2017, King’s College London Sep 2017, London, United Kingdom

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titre

Hedging under uncertainty: regret minimization meets exponentially fast convergence

auteur

Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos

article

Symposium on Algorithmic Game Theory (SAGT) 2017, Sep 2017, L’Aquila, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-66700-3_20⟩

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titre

Objectively and automatically building multi-conformer ligand models in electron densities

auteur

Gydo Van Zundert, Daniel Keedy, Pooja Suresh, Amélie Héliou, Kenneth Borrelli, Tyler Day, James Fraser, Henry van den Bedem

article

Conformational ensembles from experimental data and computer simulations, Aug 2017, Berlin, Germany

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titre

Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling

auteur

Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty

article

ISMB/ECCB – 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology – 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 – i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩

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titre

An integrative approach for predicting the RNA secondary structure for the HIV–1 Gag UTR using probing data

auteur

Afaf Saaidi, Yann Ponty, Bruno Sargueil

article

JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2017, Jul 2017, Lille, France. pp.102

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2016

Article dans une revue

titre

Efficient dynamic range minimum query

auteur

Alice Héliou, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikael Salson

article

Theoretical Computer Science, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩

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titre

ecceTERA: Comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony

auteur

Edwin Jacox, Cedric Chauve, Gergely J Szöllősi, Yann Ponty, Celine Scornavacca

article

Bioinformatics, 2016, 32 (13), pp.2056-2058. ⟨10.1093/bioinformatics/btw105⟩

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titre

Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences: a case study in Archaea genomes

auteur

Mireille Regnier, Philippe Chassignet

article

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2016, 4, ⟨10.3389/fbioe.2016.00035⟩

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titre

Necessary and sufficient conditions for protocell growth

auteur

Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Jean-Marc Steyaert, Stéphane S. Douady

article

Journal of Mathematical Biology, 2016, ⟨10.1007/s00285-016-0998-0⟩

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titre

SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read map-pability.

auteur

Daria Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva

article

Bioinformatics, 2016, 32, pp.984-992. ⟨10.1093/bioinformatics/btv751⟩

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titre

Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Nucleic Acids Research, 2016, 44 (11), pp.e104 – e104. ⟨10.1093/nar/gkw217⟩

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titre

incaRNAfbinv : a web server for the fragment-based design of RNA sequences

auteur

Matan Drory retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash

article

Nucleic Acids Research, 2016, 44 (W1), pp.W308 – W314. ⟨10.1093/nar/gkw440⟩

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Communication dans un congrès

titre

Towards structural models for the Ebola UTR regions using experimental SHAPE probing data

auteur

Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Bruno Sargueil, Yann Ponty

article

JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France

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titre

Counting, generating and sampling tree alignments

auteur

Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty

article

ALCOB – 3rd International Conference on Algorithms for Computational Biology – 2016, Jun 2016, Trujillo, Spain. pp.53–64, ⟨10.1007/978-3-319-38827-4_5⟩

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titre

Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie

auteur

Vincent J. Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent V. Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra S. Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois J.-F. Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès

article

IC2016 – Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France

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titre

Taming reluctant random walks in the positive quadrant

auteur

Jeremie Lumbroso, Marni Mishna, Yann Ponty

article

GASCOM – 10th conference on random generation of combinatorial structures – 2016, Jun 2016, Bastia, France. pp.99 — 114, ⟨10.1016/j.endm.2017.05.008⟩

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titre

Homology ­modeling of complex structural RNAs

auteur

Wei Wang​, Matthieu Barba​, Philippe Rinaudo​, Alain Denise, Yann Ponty

article

JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France

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Chapitre d’ouvrage

titre

Elucidating Mechanisms of Molecular Recognition Between Human Argonaute and miRNA Using Computational Approaches

auteur

Hanlun Jiang, Lizhe Zhu, Amélie Héliou, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang

article

Drug Target miRNA: Methods and Protocols, pp.251–275, 2016, 978-1-4939-6563-2. ⟨10.1007/978-1-4939-6563-2_18⟩

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Poster de conférence

titre

Computational methods for comparing and integrating multiple probing assays to predict RNA secondary structure

auteur

Afaf Saaidi, Delphine M Allouche, Yann Ponty, Bruno M Sargueil, Mireille M Regnier

article

Doctorial journey Interface, Ecole polytechnique, Palaiseau, Nov 2016, Palaiseau, France. 10

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2015

Article dans une revue

titre

Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

auteur

Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti

article

BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 19), pp.S6. ⟨10.1186/1471-2105-16-S19-S6⟩

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titre

GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.

auteur

Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise

article

PLoS ONE, 2015, 10 (8), pp.e0136444. ⟨10.1371/journal.pone.0136444⟩

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titre

Markov State Models Reveal a Two-Step Mechanism of miRNA Loading into the Human Argonaute Protein: Selective Binding followed by Structural Re-arrangement.

auteur

Hanlun Jiang, Fu Kit Sheong, Lizhe Zhu, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang

article

PLoS Computational Biology, 2015, 11 (7), pp.e1004404. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004404⟩

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titre

Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex

auteur

Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon

article

Scientific Reports, 2015, 5, pp.5:10760. ⟨10.1038/srep10760⟩

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titre

Cell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators

auteur

Jorgelindo da Veiga Moreira, Sabine Pérès, Jean-Marc Steyaert, Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogeira, Laurent Schwartz

article

Theoretical Biology and Medical Modelling, 2015, 12 (1), pp.10. ⟨10.1186/s12976-015-0005-2⟩

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titre

Detecting time periods of differential gene expression using Gaussian processes: An application to endothelial cells exposed to radiotherapy dose fraction

auteur

Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Valérie Buard, Béatrice Micheau, Georges Tarlet, Marc Benderitter, Farida Zehraoui, Florence d’Alché-Buc

article

Bioinformatics, 2015, 31 (5), pp.728–735. ⟨10.1093/bioinformatics/btu699⟩

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titre

Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models

auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux

article

Theoretical Computer Science, 2015, 568, pp.39. ⟨10.1016/j.tcs.2014.12.002⟩

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titre

Semileptonic $B \to D^{**}$ decays in Lattice QCD : a feasibility study and first results

auteur

Mariam Atoui, B. Blossier, Vincent Morenas, O. Pène, K. Petrov

article

European Physical Journal C: Particles and Fields, 2015, 75, pp.376. ⟨10.1140/epjc/s10052-015-3585-4⟩

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Communication dans un congrès

titre

Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence

auteur

Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty

article

SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. pp.26-31

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titre

Towards firm foundations for the rational design of RNA molecules

auteur

Yann Ponty

article

Colloque de Bioinformatique Moléculaire (GdR BIM), Oct 2015, Paris, France

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titre

Parallelising the Computation of Minimal Absent Words

auteur

Carl Barton, Alice Héliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis

article

PPAM 2015, Sep 2015, Cracovie, Poland. ⟨10.1007/978-3-319-32152-3_23⟩

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titre

Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis

auteur

Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel

article

The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States

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titre

Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm

auteur

Jozef Haleš, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho

article

CPM – 26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2015, Ischia Island, Italy

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titre

Assessing the robustness of parsimonious predictions for gene neighborhoods from reconciled phylogenies

auteur

Ashok Rajaraman, Cedric Chauve, Yann Ponty

article

ISBRA – 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications – 2015, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States. pp.260–271, ⟨10.1007/978-3-319-19048-8_22⟩

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titre

RNA Bioinformatics and ensemble dynamic programming

auteur

Yann Ponty

article

5th biennial Canadian Discrete and Algorithmic Mathematics Conference – CanaDAM 2015, Jun 2015, Saskatoon, Canada

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titre

KGSrna: Efficient 3D Kinematics-Based Sampling for Nucleic Acids

auteur

Julie Bernauer, Rasmus Fonseca, Henry van den Bedem

article

RECOMB 2015, Apr 2015, Warsaw, Poland. ⟨10.1007/978-3-319-16706-0_11⟩

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Chapitre d’ouvrage

titre

Preface.

auteur

Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Computational methods for Structural RNAs (CMSR’14), 22 (3), Mary Ann Liebert, pp.189, 2015, Journal of Computational Biology

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titre

Drawing and Editing the Secondary Structure(s) of RNA.

auteur

Yann Ponty, Fabrice Leclerc

article

Ernesto Picardi. RNA Bioinformatics, 1269, Springer New York, pp.63-100, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-2290-1. ⟨10.1007/978-1-4939-2291-8_5⟩

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HDR

titre

Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules

auteur

Julie Bernauer

article

Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud XI, 2015

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Ouvrages

titre

Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics

auteur

Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier

article

Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. 2015

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Thèse

titre

Detection of structural variants in cancer genomes using a Bayesian approach. You will find below the abstract of my PhD thesis

auteur

Daria Iakovishina

article

Computer Science [cs]. Ecole Polytechnique, 2015. English. ⟨NNT : ⟩

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Pré-publication, Document de travail

titre

Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences : a case study in Archae genomes

auteur

Mireille Regnier, Philippe Chassignet

article

2015

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titre

SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read mappability

auteur

D Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva

article

2015

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2014

Article dans une revue

titre

Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models

auteur

Mireille Régnier, Evgenia Furletova, Victor Yakovlev, Mikhail Roytberg

article

Algorithms for Molecular Biology, 2014, 9 (1), ⟨10.1186/s13015-014-0025-1⟩

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titre

Minimal conditions for protocell stationary growth.

auteur

Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady

article

Artificial Life, 2014, 21 (2), pp.166-92

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titre

Similarity Search for Scientific Workflows

auteur

Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser

article

Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2014, 7 (12), pp.1143-1154. ⟨10.14778/2732977.2732988⟩

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titre

Characterizing RNA ensembles from NMR data with kinematic models

auteur

Rasmus Fonseca, Dimitar V Pachov, Julie Bernauer, Henry van den Bedem

article

Nucleic Acids Research, 2014, 42 (15), pp.9562-72. ⟨10.1093/nar/gku707⟩

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titre

TmiRUSite and TmiROSite scripts: searching for mRNA fragments with miRNA binding sites with encoded amino acid residues

auteur

Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko

article

Bioinformation, 2014, 10 (7), pp.472-473

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titre

Metabolic Treatment of Cancer: Intermediate Results of a Prospective Case Series

auteur

Schwartz Laurent, Buhler Ludivine, Icard Philippe, Lincet Hubert, Jean-Marc Steyaert

article

Anticancer Research, 2014

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titre

Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey

auteur

Alain Denise, Philippe Rinaudo

article

Transactions on Computational Collective Intelligence, 2014, 13, pp.70-82. ⟨10.1007/978-3-642-54455-2_3⟩

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titre

Protein-RNA Complexes and Efficient Automatic Docking: Expanding RosettaDock Possibilities.

auteur

Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Christine Froidevaux, Jérôme Azé, Julie Bernauer

article

PLoS ONE, 2014, 9 (9), pp.e108928. ⟨10.1371/journal.pone.0108928⟩

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titre

On permuted super-secondary structures of transmembrane β-barrel proteins

auteur

Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert

article

Theoretical Computer Science, 2014, ⟨10.1016/j.tcs.2013.10.001⟩

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titre

A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups

auteur

Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet

article

BMC Genomics, 2014, ⟨10.1186/1471-2164-15-S6-S16⟩

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titre

Linear-time computation of minimal absent words using suffix array

auteur

Carl Barton, Alice Héliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis

article

BMC Bioinformatics, 2014, 15, pp.11. ⟨10.1186/s12859-014-0388-9⟩

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titre

Mechanisms for U2AF to define 3′ splice sites and regulate alternative splicing in the human genome

auteur

Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu

article

Nature Structural and Molecular Biology, 2014, 21, pp.997-1005. ⟨10.1038/nsmb.2906⟩

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titre

In vivo tmRNA protection by SmpB and pre-ribosome binding conformation in solution

auteur

Ehsan Ranaei-Siadat, Cécile Mérigoux, Bili Seijo, Luc Ponchon, Jean-Michel Saliou, Julie Bernauer, Sarah Sanglier-Cianferani, Frédéric Dardel, Patrice Vachette, Sylvie Nonin-Lecomte

article

RNA, 2014, 20 (10), pp.1607-1620. ⟨10.1261/rna.045674.114⟩

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titre

Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Jiuqiang Chen, Paolo Missier, Carole Goble, Alan Williams, Christine Froidevaux

article

BMC Bioinformatics, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12

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Communication dans un congrès

titre

Characterization of Reachable Attractors Using Petri Net Unfoldings

auteur

Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïg Jezequel, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon

article

CMSB 2014, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. pp.14, ⟨10.1007/978-3-319-12982-2_10⟩

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titre

Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

auteur

Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti

article

BSB – Brazilian Symposium on Bioinformatics – 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. pp.49–56, ⟨10.1007/978-3-319-12418-6⟩

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titre

Parallel biological in silico simulation

auteur

Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial

article

29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. pp.387-394, ⟨10.1007/978-3-319-09465-6_40⟩

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titre

Layer Decomposition: An Effective Structure-based Approach for Scientific Workflow Similarity

auteur

Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser

article

International Conference on e-Science, Oct 2014, Guarujá, Brazil. pp.169-176, ⟨10.1109/eScience.2014.19⟩

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titre

Completing SBGN-AF Networks by Logic-Based Hypothesis Finding

auteur

Yoshitaka Yamamoto, Adrien Rougny, Hidetomo Nabeshima, Katsumi Inoue, Hisao Moriya, Christine Froidevaux, Koji Iwanuma

article

Formal Methods In Macro-Biology, Sep 2014, Nouméa, New Caledonia. pp.165-179, ⟨10.1007/978-3-319-10398-3_14⟩

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titre

Breast cancer and quality of life: medical information extraction from health forums

auteur

Thomas Opitz, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Cyrille Joutard, Christian Lavergne, Caroline Mollevi

article

25th European Medical Informatics Conference (MIE), Aug 2014, Istanbul, Turkey. pp.1070-1074, ⟨10.3233/978-1-61499-432-9-1070⟩

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titre

ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data

auteur

Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia

article

10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 – 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩

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titre

DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows

auteur

Jiuqiang Chen, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Carole Goble, Paolo Missier, Alan Williams

article

SSDBM ’14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. ⟨10.1145/2618243.2618287⟩

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titre

Systèmes oscillants chaotiques en biologie

auteur

Patrick Amar

article

Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France

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titre

Clump Combinatorics, Automata, and Word Asymptotics

auteur

Mireille Regnier, Billy Fang, Daria Iakovishina

article

ANALCO’14, Jan 2014, Portland, United States. ⟨10.1137/1.9781611973204.6⟩

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Chapitre d’ouvrage

titre

Bio-algorithmique des ARN : petite promenade aux interfaces

auteur

Yann Ponty

article

Eric Sopena. 1024 – Bulletin de la société informatique de France, 4, SIF, pp.23–53, 2014

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titre

Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting

auteur

Loïc Paulevé, Courtney Chancellor, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux

article

Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, pp.125 – 166, 2014, 978-1-84821-680-8

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titre

Analyzing SBGN-AF Networks Using Normal Logic Programs

auteur

Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue

article

Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, 2014, 978-1-84821-680-8. ⟨10.1002/9781119005223.ch9⟩

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Mémoire d’étudiant

titre

Extraction de motifs dans les graphes de workflows scientifiques

auteur

Stéphanie Kamgnia Wonkap

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014

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Ouvrages

titre

Proceedings of the 1st workshop on Computational Methods for Structural RNAs

auteur

Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Jossinet, Fabrice; Ponty, Yann; Waldispühl, Jérôme. McGill University, pp.76, 2014, 978-2-9550187-0-5. ⟨10.15455/CMSR.2014.0000⟩

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Poster de conférence

titre

Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

auteur

Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti

article

RECOMB-CG’14, Oct 2014, Cold Spring HArbour, United States. , 16

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titre

A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups

auteur

Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet

article

Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014

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2013

Article dans une revue

titre

Protein-protein interactions in a crowded environment: an analysis via cross-docking simulations and evolutionary information

auteur

Anne Lopes, Sophie Sacquin-Mora, Viktoriya Dimitrova, Elodie Laine, Yann Ponty, Alessandra Carbone

article

PLoS Computational Biology, 2013, 9 (12), pp.e1003369. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003369⟩

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titre

Using Structural and Evolutionary Information to Detect and Correct Pyrosequencing Errors in Noncoding RNAs.

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Journal of Computational Biology, 2013, 20 (11), pp.905-19. ⟨10.1089/cmb.2013.0085⟩

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titre

Large deviation properties for patterns

auteur

Mireille Regnier, Jérémie Bourdon

article

Journal of Discrete Algorithms, 2013, ⟨10.1016/j.jda.2013.09.004⟩

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titre

Learning a Markov Logic network for supervised gene regulatory network inference

auteur

Celine Brouard, Christel Vrain, Julie Dubois, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence d’Alché-Buc

article

BMC Bioinformatics, 2013, 14 (1), pp.273. ⟨10.1186/1471-2105-14-273⟩

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titre

A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)

auteur

Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel

article

Theoretical Computer Science, 2013, 502, pp.165-176

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titre

Non-redundant random generation algorithms for weighted context-free languages

auteur

Andy Lorenz, Yann Ponty

article

Theoretical Computer Science, 2013, Generation of Combinatorial Structures, 502, pp.177-194. ⟨10.1016/j.tcs.2013.01.006⟩

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titre

Binding of intronic miRNAs to the mRNAs of host genes encoding intronic miRNAs and proteins that participate in tumourigenesis

auteur

Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko

article

Computers in Biology and Medicine, 2013, ⟨10.1016/j.compbiomed.2013.07.011⟩

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titre

SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences.

auteur

Yang Zhang, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Eric Lecuyer, Jérôme Waldispühl

article

Nucleic Acids Research, 2013, Web Server Issue, 41 (Web Server issue), pp.W480-5. ⟨10.1093/nar/gkt461⟩

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titre

A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution.

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

Bioinformatics, 2013, 29 (13), pp.i308-15. ⟨10.1093/bioinformatics/btt217⟩

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titre

OKVAR-Boost: a novel boosting algorithm to infer nonlinear dynamics and interactions in gene regulatory networks.

auteur

Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence d’Alché-Buc

article

Bioinformatics, 2013, 29 (11), pp.1416–1423. ⟨10.1093/bioinformatics/btt167⟩

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titre

Characteristics of binding sites of intergenic, intronic and exonic miRNAs with mRNAs of oncogenes coding intronic miRNAs

auteur

Olga Berillo, Assel Issabekova, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko

article

African Journal of Biotechnology, 2013, 12 (10), pp.1016-1024. ⟨10.5897/AJB12.2054⟩

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titre

Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton

auteur

Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi

article

BMC Biochemistry, 2013, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1186/1471-2091-14-3⟩

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titre

Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.

auteur

Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar

article

AMB Express, 2013, 3 (1), pp.13. ⟨10.1186/2191-0855-3-13⟩

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titre

An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.

auteur

Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2013, 10 (1), pp.193-199. ⟨10.1109/TCBB.2012.148⟩

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titre

Supersecondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins.

auteur

van Du T Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert

article

Methods in Molecular Biology, 2013, Protein Supersecondary Structures, 932, pp.277-294. ⟨10.1007/978-1-62703-065-6_17⟩

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Communication dans un congrès

titre

Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages

auteur

Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise

article

ACM-BCB – ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics – 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States

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titre

Translating the SBGN-AF language into logic to analyze signalling networks

auteur

Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue

article

LNMR – 1st International Workshop on Learning and Non Monotonic Reasoning, Sep 2013, La Coruña, Spain. pp.44-55

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titre

A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotides distribution

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

ISMB/ECCB – 21st Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/12th European Conference on Computational Biology – 2013, Jul 2013, Berlin, Germany

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titre

Time-dependent gaussian process regression and significance analysis for sparse time-series

auteur

Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Béatrice Micheau, Valérie Buard, Florence d’Alché-Buc

article

Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany

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titre

Nonparametric modeling for gene regulatory network inference using boosting and operator-valued kernels

auteur

Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence d’Alché-Buc

article

Seventh International workshop on Machine Learning in Systems Biology, Satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany

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titre

Gene Regulatory Network Inference using ensembles of Local Multiple Kernel Models

auteur

Arnaud Fouchet, Jean-Marc Delosme, Florence d’Alché-Buc

article

Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany

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titre

Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group

auteur

Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet

article

JOBIM 2013 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. à paraître

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titre

Boosting an operator-valued kernel-based model for gene regulatory network inference

auteur

Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence d’Alché-Buc

article

Workshop on Dynamics of biological networks: from nodes’ dynamics to network evolution, Jun 2013, Edinburgh, United Kingdom

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titre

A linear inside-outside algorithm for correcting sequencing errors in structured RNA sequences

auteur

Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl

article

RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China

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titre

Using the Fast Fourier Transform to accelerate the computational search for RNA conformational switches (extended abstract)

auteur

Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote

article

RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China

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titre

Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli

auteur

Thomas Bourquard, Damien Mathieu de Vienne, Jérôme Azé

article

EGC 2013 – 13eme conférence Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Florence Sèdes (IRIT Toulouse – Université Paul Sabatier) et André Péninou (IRIT Toulouse – Université Toulouse 2), Jan 2013, Toulouse, France. pp.419-430

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Chapitre d’ouvrage

titre

Introduction to RNA secondary structure comparison.

auteur

Stefanie Schirmer, Yann Ponty, Robert Giegerich

article

Gorodkin, Jan and Ruzzo, Walter L. RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, 1097, Springer, pp.247-73, 2013, Methods in molecular biology, ISBN 978-1-62703-708-2. ⟨10.1007/978-1-62703-709-9_12⟩

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HDR

titre

Contributions à l’étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique

auteur

Patrick Amar

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013

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Proceedings/Recueil des communications

titre

Proceedings of The Evry Spring School on advances in Systems and Synthetic Biology

auteur

Patrick Amar, François Képès, Vic Norris

article

EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5

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Thèse

titre

Designing scientific workflows following a structure and provenance-aware strategy

auteur

Jiuqiang Chen

article

Databases [cs.DB]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013. English. ⟨NNT : ⟩

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Pré-publication, Document de travail

titre

Properties of Random Complex Chemical Reaction Networks and Their Relevance to Biological Toy Models

auteur

Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady

article

2013

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2012

Article dans une revue

titre

Using the Fast Fourier Transform to Accelerate the Computational Search for RNA Conformational Switches

auteur

Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote

article

PLoS ONE, 2012, 7 (12), pp.e50506. ⟨10.1371/journal.pone.0050506⟩

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titre

The Mimic Chain Reaction

auteur

Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina

article

Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 2012, 22 (5), pp.335-343. ⟨10.1159/000345328⟩

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titre

Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution

auteur

Damien M. de Vienne, Jérôme Azé

article

PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.1-13. ⟨10.1371/journal.pone.0048728⟩

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titre

A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures.

auteur

Alex Levin, Mieszko Lis, Yann Ponty, Charles W O’Donnell, Srinivas Devadas, Bonnie Berger, Jérôme Waldispühl

article

Nucleic Acids Research, 2012, 40 (20), pp.10041-10052. ⟨10.1093/nar/gks768⟩

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titre

Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales

auteur

Vic Norris, Patrick Amar

article

Life (Chicago, Ill. : 1978), 2012, 2 (4), pp.286-312. ⟨10.3390/life2040286⟩

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titre

Expected distance between terminal nucleotides of RNA secondary structures.

auteur

Peter Clote, Yann Ponty, Jean-Marc Steyaert

article

Journal of Mathematical Biology, 2012, 65 (3), pp.581-99. ⟨10.1007/s00285-011-0467-8⟩

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titre

Tumor regression with a combination of drugs interfering with the tumor metabolism: efficacy of hydroxycitrate, lipoic acid and capsaicin.

auteur

Laurent Schwartz, Adeline Guais, Maurice Israël, Bernard Junod, Jean-Marc Steyaert, Elisabetta Crespi, Gianfranco Baronzio, Mohammad Abolhassani

article

Investigational New Drugs, 2012, 31 (2), pp.256-264. ⟨10.1007/s10637-012-9849-z⟩

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titre

Multiscale modeling of macromolecular biosystems.

auteur

Samuel C Flores, Julie Bernauer, Seokmin Shin, Ruhong Zhou, Xuhui Huang

article

Briefings in Bioinformatics, 2012, 13 (4), pp.395-405. ⟨10.1093/bib/bbr077⟩

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titre

Mieux comprendre certaines molécules biologiques grâce à l’informatique

auteur

Yann Ponty, Joanna Jongwane

article

Interstices, 2012

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titre

Interactions of intergenic microRNAs with mRNAs of genes involved in carcinogenesis

auteur

Assel Issabekova, Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko

article

Bioinformation, 2012, 8 (11), pp.513-518. ⟨10.6026/97320630008513⟩

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titre

Normal human melanocytes exposed to chronic insulin and glucose supplementation undergo oncogenic changes and methyl group metabolism cellular redistribution.

auteur

Daniel Morvan, Jean Marc Steyaert, Laurent Schwartz, Maurice Israel, Aicha Demidem

article

AJP – Endocrinology and Metabolism, 2012, 302 (11), pp.E1407-E1418. ⟨10.1152/ajpendo.00594.2011⟩

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titre

Static analysis of Biological Regulatory Networks dynamics using abstract interpretation

auteur

Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

article

Mathematical Structures in Computer Science, 2012, 22 (04), pp 651-685. ⟨10.1017/S0960129511000739⟩

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titre

Stochastic simulation of multiple process calculi for biology

auteur

Matthew R. Lakin, Loïc Paulevé, Andrew Phillips

article

Theoretical Computer Science, 2012, 431, pp.181-206. ⟨10.1016/j.tcs.2011.12.057⟩

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titre

Evaluating mixture models for building RNA knowledge-based potentials.

auteur

Adelene y L Sim, Olivier Schwander, Michael Levitt, Julie Bernauer

article

Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2012, 10 (2), pp.1241010. ⟨10.1142/S0219720012410107⟩

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titre

Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures

auteur

Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof

article

Computational Biology and Chemistry, 2012, 37, pp.1-5

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titre

Maximum expected accuracy structural neighbors of an RNA secondary structure.

auteur

Peter Clote, Feng Lou, William A Lorenz

article

BMC Bioinformatics, 2012, 13 Suppl 5, pp.S6. ⟨10.1186/1471-2105-13-S5-S6⟩

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titre

BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms

auteur

Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves d’Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine de Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet

article

Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, pp.1-5. ⟨10.1155/2012/893048⟩

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titre

A graph-theoretic approach for classification and structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins

auteur

Saad Sheikh, Phillippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert, Thuong van Du Tran

article

BMC Genomics, 2012, 13 (2), ⟨10.1186/1471-2164-13-S2-S5⟩

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titre

Coverage-biased random exploration of large models and application to testing

auteur

Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet

article

International Journal on Software Tools for Technology Transfer, 2012, 14 (1), pp.73-93

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Communication dans un congrès

titre

Distilling Structure in Scientific Workflows

auteur

Jiuqiang Chen, Christine Froidevaux, Carole Goble, Alan Williams, Sarah Cohen-Boulakia

article

Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. pp.10-102

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titre

Réécriture de workflows scientifiques et provenance

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen

article

Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France

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titre

Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen

article

Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States

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titre

Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks

auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux

article

Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. p. 166-186, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_11⟩

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titre

Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks

auteur

Zahira Aslaoui-Errafi, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Pauline Gloaguen, Anne Poupon, Adrien Rougny, Meriem Yahiaoui

article

Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110

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titre

Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots

auteur

Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise

article

WABI – 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2012, University of Ljubljana, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia

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titre

HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology

auteur

Patrick Amar, Loïc Paulevé

article

The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. pp.3 — 21, ⟨10.1016/j.entcs.2015.04.016⟩

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titre

Markov Logic Network for supervised gene regulation inference: application to the ID2 regulatory network in human keratinocytes

auteur

Celine Brouard, Julie Dubois, Christel Vrain, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence d’Alché-Buc

article

International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Sep 2012, Bâle, Switzerland

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titre

Impact Of The Energy Model On The Complexity Of RNA Folding With Pseudoknots

auteur

Saad Sheikh, Rolf Backofen, Yann Ponty

article

CPM – 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching – 2012, Juha Kärkkäinen, Jul 2012, Helsinki, Finland. pp.321–333, ⟨10.1007/978-3-642-31265-6_26⟩

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titre

Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling

auteur

Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise

article

Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques – JOBIM’12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476

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titre

Protein-protein interaction network inference with semi-supervised Output Kernel Regression

auteur

Celine Brouard, Marie Szafranski, Florence d’Alché-Buc

article

JOBIM, Jul 2012, Rennes, France. pp.133-136

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titre

(Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories

auteur

Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser

article

Scientific and Statistical Database Management – 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. pp.361-378

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titre

The weighted words collector

auteur

Jérémie Du Boisberranger, Danièle Gardy, Yann Ponty

article

AOFA – 23rd International Meeting on Probabilistic, Combinatorial and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms – 2012, Nicolas, Broutin (INRIA, France) and Luc, Devroye (McGill, Canada), Jun 2012, Montreal, Canada. pp.243–264, ⟨10.46298/dmtcs.2998⟩

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titre

Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions

auteur

Patrick Amar

article

Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France

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titre

Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?

auteur

Stefan Janssen, Loïc Paulevé, Yann Ponty, Balaji Raman, Matthias Zytnicki

article

IWBDA – 4th International Workshop on Bio-Design Automation – 2012, Jun 2012, San Francisco, United States

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titre

A-Brain: Using the Cloud to Understand the Impact of Genetic Variability on the Brain

auteur

Radu Tudoran, Alexandru Costan, Benoit da Mota, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion

article

CloudFutures 2012, May 2012, Berkeley, United States

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titre

Knowledge-based consensus methods for secondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins

auteur

Saad Sheikh, van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert

article

4th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2012 (BICoB 2012), Mar 2012, Las Vegas, United States. pp.79-84

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titre

Visualizing 2D & 3D Structures of RNA

auteur

Yann Ponty

article

VIZBI – 3rd international meeting on Visualizing Biological Data – 2012, Jim, Procter (U-Dundee, Scotland) and Sean O’Donoghue (CMIS, Australia), Mar 2012, Heidelberg, Germany

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titre

Large deviation properties for patterns

auteur

Jérémie Bourdon, Mireille Regnier

article

LSD&LAW 2012, Simon J. Puglisi and Golnaz Badkobeh, Feb 2012, Londres, United Kingdom

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titre

On the diversity of pattern distributions in rational language

auteur

Cyril Banderier, Olivier Bodini, Yann Ponty, Hanane Tafat

article

ANALCO – 12th Meeting on Analytic Algorithmics and Combinatorics – 2012, Jan 2012, Kyoto, Japan. pp.107–116

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HDR

titre

Prédiction d’Interactions et Amarrage Protéine-Protéine par combinaison de classifieurs

auteur

Jérôme Azé

article

Apprentissage [cs.LG]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012

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Rapport

titre

A Dynamical Model for the Transmembrane Potential Regulation by pH

auteur

Araks Martirosyan, Loïc Paulevé, Clair Poignard, Mireille Régnier, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz

article

[Research Report] LIX, Ecole polytechnique. 2012

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titre

Rule-weighted and terminal-weighted context-free grammars have identical expressivity

auteur

Yann Ponty

article

[Research Report] 2012

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Thèse

titre

Algorithmique de l’alignement structure-séquence d’ARN : une approche générale et paramétrée

auteur

Philippe Rinaudo

article

Autre [cs.OH]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français. ⟨NNT : 2012PA112355⟩

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titre

Algorithmes pour l’ étude de la structure secondaire des ARN et l’alignement de séquences

auteur

Lou Feng

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩

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2011

Article dans une revue

titre

An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure.

auteur

Jérôme Waldispühl, Yann Ponty

article

Journal of Computational Biology, 2011, 18 (11), pp.1465-79. ⟨10.1089/cmb.2011.0181⟩

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titre

Counting RNA pseudoknotted structures

auteur

Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise

article

Journal of Computational Biology, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. ⟨10.1089/cmb.2010.0086⟩

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titre

Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology.

auteur

Sarel J Fleishman, Timothy A Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C Mitchell, Omar N A Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H Moal, Xiaofan Li, Paul A Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-Su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Sefik Kerem Ovali, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan Fernández-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M Driggers, Robert G Hall, Jessica L Morgan, Victor L Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M J J Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J Camacho, Krishna P Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, P Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J Wodak, Joel Janin, David Baker

article

Journal of Molecular Biology, 2011, 414 (2), in press. ⟨10.1016/j.jmb.2011.09.031⟩

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titre

Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing

auteur

Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry

article

Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, 2011, 130 (3), pp.211-228. ⟨10.1007/s12064-010-0118-4⟩

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titre

Fully differentiable coarse-grained and all-atom knowledge-based potentials for RNA structure evaluation.

auteur

Julie Bernauer, Xuhui Huang, Adelene y L Sim, Michael Levitt

article

RNA, 2011, 17 (6), pp.1066-75. ⟨10.1261/rna.2543711⟩

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titre

Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.

auteur

Bryan Brancotte, Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, François Radvanyi, Fabien Reyal, Sarah Cohen-Boulakia

article

Bioinformatics, 2011, 27 (8), pp.1187-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btr073⟩

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titre

The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.

auteur

Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle

article

Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 90 (2), pp.615-23. ⟨10.1007/s00253-010-3018-0⟩

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titre

Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser

article

SIGMOD record, 2011, ⟨10.1145/2034863.2034865⟩

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titre

Characteristics of Intronic and Intergenic Human miRNAs and Features of their Interaction with mRNA

auteur

Assel Issabekova, Olga Berillo, Vladimir Khailenko, Shara Atambayeva, Mireille Regnier, Anatoliy T. Ivashchenko

article

International Journal of Biotechnology and Bioengineering, 2011, 5 (11), pp.777-780

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titre

MULTI-SCALE MODELLING OF BIOSYSTEMS: FROM MOLECULAR TO MESOCALE – Session Introduction.

auteur

Julie Bernauer, Samuel Flores, Xuhui Huang, Seokmin Shin, Ruhong Zhou

article

Pacific Symposium on Biocomputing, 2011, pp.177-80. ⟨10.1142/9789814335058_0019⟩

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titre

A collaborative filtering approach for protein-protein docking scoring functions.

auteur

Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Jérôme Azé, Anne Poupon

article

PLoS ONE, 2011, 6 (4), pp.e18541. ⟨10.1371/journal.pone.0018541⟩

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Communication dans un congrès

titre

Using Kendall-Tau Meta-Bagging to Improve Protein-Protein Docking Predictions

auteur

Jérôme Azé, Thomas Bourquard, Sylvie Hamel, Anne Poupon, David Ritchie

article

PRIB 2011, Marcel Reinders and Dick de Ridder, Nov 2011, DELFT, Netherlands. pp.284-295

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titre

Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint

auteur

Thomas Bourquard, Jérôme Azé, Anne Poupon, David Ritchie

article

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. pp.9-16

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titre

Régression semi-supervisée à sortie noyau pour la prédiction de liens

auteur

Celine Brouard, Florence d’Alché-Buc, Marie Szafranski

article

CAP, May 2011, Chambéry, France. pp.119-134

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titre

Next Generation Data Integration for the Life Sciences

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser

article

IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany

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titre

An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure

auteur

Jérôme Waldispühl, Yann Ponty

article

RECOMB – 15th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2011, Mar 2011, Vancouver, Canada. pp.501-515, ⟨10.1007/978-3-642-20036-6_45⟩

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titre

Investigating the RFAM paradox: The pseudoknot explanation

auteur

Stefan Janssen, Yann Ponty, Balaji Raman, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert, Peter Clote

article

Fifth Indo-French Bioinformatics Meeting, Mar 2011, Hyderabad, India

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titre

Energy-based Classification and Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins

auteur

Thuong van Du Tran, Phillippe Chassignet, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert

article

1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), Feb 2011, Orlando, FL, United States

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titre

Constant time estimation of ranking statistics by analytic combinatorics

auteur

Cyril Banderier, Pierre Nicodème

article

Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2011, Paris, France. no page numbering

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titre

A Combinatorial Framework for Designing (Pseudoknotted) RNA Algorithms

auteur

Yann Ponty, Cédric Saule

article

WABI – 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2011, 2011, Saarbrucken, Germany

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titre

Maximum expected accurate structural neighbors of an RNA secondary structure

auteur

Feng Lou, Peter Clote

article

Proceedings of 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), 2011, Orlando, United States

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titre

On Armstrong-compliant Logical Query Languages

auteur

Marie Agier, Christine Froidevaux, Jean-Marc Petit, Yoan Renaud, Jef Wijsen

article

4th International Workshop on Logic in Databases, (EDBT/ICDT ’10 joint conference), George H. L. Fletcher and Slawek Staworko, 2011, Uppsala, Sweden. pp.33-40

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titre

Using medians to generate consensus rankings for biological data

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel

article

SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States

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titre

Uniform Monte-Carlo Model Checking

auteur

Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet

article

FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany

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titre

A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment

auteur

Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise

article

CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom

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Thèse

titre

Modèles combinatoires des structures d’ARN avec ou sans pseudonoeuds, application à la comparaison de structures.

auteur

Cédric Saule

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩

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titre

Modeling and predicting super-secondary structures of transmembrane beta-barrel proteins

auteur

Thuong van Du Tran

article

Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English. ⟨NNT : 2011EPXX0104⟩

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titre

A Mathematical Model of Phospholipid Biosynthesis

auteur

Mahsa Behzadi

article

Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English. ⟨NNT : ⟩

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2010

Article dans une revue

titre

Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures

auteur

Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang

article

FEBS Letters, 2010, 584 (21), pp.4401-7. ⟨10.1016/j.febslet.2010.09.039⟩

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titre

Paternity analysis in a litter of whale shark embryos

auteur

Jennifer Schmidt, Chen Chien-Chi, Saad Sheikh, Mark Meekan, Bradley Norman, Shoou-Jeng Joung

article

Endangered Species Research, 2010, 12 (2), pp.117-124

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titre

ESBTL: efficient PDB parser and data structure for the structural and geometric analysis of biological macromolecules.

auteur

Sébastien Loriot, Frédéric Cazals, Julie Bernauer

article

Bioinformatics, 2010, 26 (8), pp.1127-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq083⟩

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titre

Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling

auteur

Lou Feng, Peter Clote

article

Bioinformatics, 2010, 26, pp.278-286. ⟨10.1093/bioinformatics/btq218⟩

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titre

Controlled non uniform random generation of decomposable structures

auteur

Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier

article

Theoretical Computer Science, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. ⟨10.1016/j.tcs.2010.05.010⟩

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titre

Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems

auteur

Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler

article

Journal of Biological Physics and Chemistry, 2010, 10, pp.16–23

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titre

Alignments of RNA structures.

auteur

Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (2), pp.309-322. ⟨10.1109/TCBB.2008.28⟩

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titre

MULTI-RESOLUTION MODELING OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES – Session Introduction.

auteur

Samuel Flores, Julie Bernauer, Xuhui Huang, Ruhong Zhou, Seokmin Shin

article

Pacific Symposium on Biocomputing, 2010, 15, pp.201-204. ⟨10.1142/9789814295291_0022⟩

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titre

Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm

auteur

Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq

article

Theoretical Computer Science, 2010, 411, pp.2423-2432

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titre

A Model of Phospholipid Biosynthesis in Tumor in Response to an Anticancer Agent in Vivo

auteur

Mahsa Behzadi, Aicha Demidem, Daniel Morvan, Schwartz Laurent, Georges Stepien, Jean-Marc Steyaert

article

Journal of Integrative Bioinformatics, 2010, 7 (3), ⟨10.2390/biecoll-jib-2010-129⟩

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Communication dans un congrès

titre

Weighted random generation of context-free languages: Analysis of collisions in random urn occupancy models

auteur

Danièle Gardy, Yann Ponty

article

GASCOM – 8th conference on random generation of combinatorial structures – 2010, LACIM, UQAM, Sep 2010, Montréal, Canada. 14pp

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titre

Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots

auteur

Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise

article

GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada

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titre

Multi-dimensional Boltzmann Sampling of Languages

auteur

Olivier Bodini, Yann Ponty

article

21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), Jun 2010, Vienna, Austria. pp.49-64, ⟨10.46298/dmtcs.2793⟩

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titre

Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance

auteur

Susan Davidson, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy, Sarah Cohen-Boulakia, Zhuowei Bao, Anat Eyal

article

1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States

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titre

A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages

auteur

Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel

article

GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada

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titre

Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)

auteur

Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise

article

22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. pp.1037-1048, ⟨10.46298/dmtcs.2834⟩

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2009

Article dans une revue

titre

Prediction of super-secondary structure in α-helical and β-barrel transmembrane proteins

auteur

Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert

article

BMC Bioinformatics, 2009, 2009 (10 (Suppl. 13)), ⟨10.1186/1471-2105-10-S13-O3⟩

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titre

VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.

auteur

Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty

article

Bioinformatics, 2009, 25 (15), pp.1974-5. ⟨10.1093/bioinformatics/btp250⟩

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titre

Profile of Tries

auteur

Gayun Park, Hsien-Kuei Hwang, Pierre Nicodème, Wojciech Szpankowski

article

SIAM Journal on Computing, 2009, 38 (5), pp.1821-1880. ⟨10.1137/070685531⟩

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titre

Using profiles based on hydropathy properties to define essential regions for splicing

auteur

Anatoly Ivashchenko, Galina Boldina, Aizhan Turmagambetova, Mireille Régnier

article

International Journal of Biological Sciences, 2009, 5, pp.13-19

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titre

PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results

auteur

Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard, Anat Eyal, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy

article

Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2009, 2 (2), pp.1638-1641

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Communication dans un congrès

titre

On User Views in Scientific Workflow Systems (Invited Paper)

auteur

Susan Davidson, Yi Chen, Peng Sun, Sarah Cohen-Boulakia

article

Proc. of the the First Int. Workshop on the role of Semantic Web in Provenance Management (ISWC 2009 Workshop), Oct 2009, Washington DC, United States

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titre

PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results

auteur

Bao Zhuowei, Sarah Cohen-Boulakia, Susan B. Davidson, Pierrick Girard

article

VLDB- Very Large DataBase systems-2009, Serge Abiteboul and Tova Milo and Jignesh Patel and Philippe Rigaux, Aug 2009, Lyon, France. pp.1638-1641

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titre

An Adaptive Combination of Matchers: Application to the Mapping of Biological Ontologies for Genome Annotation

auteur

Rance Bastien, Jean-François Gibrat, Christine Froidevaux

article

DILS 2009-6th International Workshop on Data Integration in the Life Sciences, Jul 2009, Manchester, United Kingdom. pp.113-126, ⟨10.1007/978-3-642-02879-3_10⟩

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titre

A geometric knowledge-based coarse-grained scoring potential for structure prediction evaluation

auteur

Sebastien Loriot, Frédéric Cazals, Michael Levitt, Julie Bernauer

article

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique, Jul 2009, Nantes, France

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titre

BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Kevin Masini

article

21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orlean, United States. pp.283-291

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Chapitre d’ouvrage

titre

A Word Counting Graph

auteur

Mireille Regnier, Zara Kirakossian, Eugenia Furletova, Mikhail A. Roytberg

article

Joseph Chan, Jacqueline W. Daykin and M. Sohel Rahman. London Algorithmics 2008: Theory and Practice (Texts in Algorithmics), London College Publications, 31 p., 2009, 978-1904987970

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titre

Biological Resource Discovery

auteur

Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Rami Rifaieh, Mark Wilkinson, Juliana Freire, Sarah Cohen-Boulakia

article

Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.220-223, 2009

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titre

Provenance in Scientific Databases

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Wang Chiew Tan

article

Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009

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titre

Biological Metadata Management

auteur

Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Mark Wilkinson, Sarah Cohen-Boulakia

article

Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9

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Thèse

titre

Exploitation des algorithmes génétiques pour la prédiction de structure de complexe protéine-protéine

auteur

Thomas Bourquard

article

Intelligence artificielle [cs.AI]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩

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titre

Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs récurrents dans les structures tertiaires d’ARN

auteur

Mahassine Djelloul

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩

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titre

Recherche d’associations séquentielles et alignement d’ontologies biologiques

auteur

Bastien Rance

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩

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2008

Article dans une revue

titre

Hyperosmotic stress contributes to mouse colonic inflammation through the methylation of protein phosphatase 2A.

auteur

Laurent Schwartz, Mohammad Abolhassani, Mohammad Pooya, Jean-Marc Steyaert, Xavier Wertz, Maurice Israël, Adeline Guais, Philippe Chaumet-Riffaud

article

AJP – Gastrointestinal and Liver Physiology, 2008, 295 (5), pp.G934-41. ⟨10.1152/ajpgi.90296.2008⟩

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titre

Asymptotics of RNA shapes

auteur

William Andrew Lorenz, Peter Clote, Yann Ponty

article

Journal of Computational Biology, 2008, 15 (1), pp.31–63. ⟨10.1089/cmb.2006.0153⟩

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titre

LocalMove: computing on-lattice fits for biopolymers

auteur

Yann Ponty, R. Istrate, E. Porcelli, Peter Clote

article

Nucleic Acids Research, 2008, 36 (2), pp.W216-W222. ⟨10.1093/nar/gkn367⟩

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titre

Efficient sampling of RNA secondary structures from the Boltzmann ensemble of low-energy: The boustrophedon method

auteur

Yann Ponty

article

Journal of Mathematical Biology, 2008, 56 (1-2), pp.107–127. ⟨10.1007/s00285-007-0137-z⟩

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Communication dans un congrès

titre

Non-redundant random generation from weighted context-free languages

auteur

Yann Ponty

article

GASCOM – 7th conference on random generation of combinatorial structures – 2008, 2008, Bibbiena, Italy. 12pp

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2007

Article dans une revue

titre

DIAL: A web server for the pairwise alignment of two RNA 3-dimensional structures using nucleotide, dihedral angle and base pairing similarities

auteur

Ferrè Fabrizzio, Yann Ponty, William Andrew Lorenz, Peter Clote

article

Nucleic Acids Research, 2007, 35 (Web server issue), pp.W659–668. ⟨10.1093/nar/gkm334⟩

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2006

Article dans une revue

titre

GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures

auteur

Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise

article

Bioinformatics, 2006, 22 (12), pp.1534–1535. ⟨10.1093/bioinformatics/btl113⟩

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2000

Communication dans un congrès

titre

Periods and quasiperiods characterization

auteur

Mireille Regnier, L. Mouchard

article

11th Conference on Combinatorial Pattern Matching, 2000, France. pp.388-396

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