2018
Journal articles
- titre
- Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.
- auteur
- Alexander Churkin, Matan Drory Retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (2), pp.350–358. ⟨10.1093/bib/bbw120⟩
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- titre
- Counting, generating, analyzing and sampling tree alignments
- auteur
- Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty
- article
- International Journal of Foundations of Computer Science, 2018, 29 (5), pp.741–767
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2017
Journal articles
- titre
- Combinatorial RNA Design
- auteur
- Jozef Haleš, Alice Héliou, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
- article
- Algorithmica, 2017, 79 (3), pp.835–856. ⟨10.1007/s00453-016-0196-x⟩
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- titre
- Fast, clash-free RNA conformational morphing using molecular junctions
- auteur
- Amélie Héliou, Dominik Budday, Rasmus Fonseca, Henry van den Bedem
- article
- Bioinformatics, 2017, 33 (14), pp.2114 – 2122. ⟨10.1093/bioinformatics/btx127⟩
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- titre
- Two ribosome recruitment sites direct multiple translation events within HIV1 Gag open reading frame
- auteur
- Jules Deforges, Sylvain de Breyne, Melissa Ameur, Nathalie Ulryck, Nathalie Chamond, Afaf Saaidi, Yann Ponty, Théophile Ohlmann, Bruno Sargueil
- article
- Nucleic Acids Research, 2017, 45 (12), pp.7382–7400. ⟨10.1093/nar/gkx303⟩
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- titre
- High-Throughput Sequencing Reveals Circular Substrates for an Archaeal RNA ligase.
- auteur
- Hubert F Becker, Alice Héliou, Kamel Djaout, Roxane Lestini, Mireille Regnier, Hannu Myllykallio
- article
- RNA Biology, 2017, 14, pp.1075-1085. ⟨10.1080/15476286.2017.1302640⟩
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- titre
- GARN2: coarse-grained prediction of 3D structure of large RNA molecules by regret minimization.
- auteur
- Mélanie Boudard, Dominique Barth, Julie Bernauer, Alain Denise, Johanne Cohen
- article
- Bioinformatics, 2017, 16, pp.2479-2486. ⟨10.1093/bioinformatics/btx175⟩
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- titre
- DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
- auteur
- Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. ⟨10.1093/gbe/evx069⟩
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- titre
- emMAW: Computing Minimal Absent Words in External Memory
- auteur
- Alice Héliou, Solon P Pissis, Simon J. Puglisi
- article
- Bioinformatics, 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btx209⟩
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Conference papers
- titre
- Learning with bandit feedback in potential games
- auteur
- Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos
- article
- NIPS ’17: Proceedings of the 31st International Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2017, Long Beach, CA, United States
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- titre
- An EM algorithm for mapping short reads in multiple RNA structure probing experiments
- auteur
- Afaf Saaidi, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Mireille Regnier, Bruno Sargueil
- article
- Matbio2017, King’s College London Sep 2017, London, United Kingdom
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- titre
- Hedging under uncertainty: regret minimization meets exponentially fast convergence
- auteur
- Johanne Cohen, Amélie Héliou, Panayotis Mertikopoulos
- article
- Symposium on Algorithmic Game Theory (SAGT) 2017, Sep 2017, L’Aquila, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-66700-3_20⟩
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- titre
- Objectively and automatically building multi-conformer ligand models in electron densities
- auteur
- Gydo Van Zundert, Daniel Keedy, Pooja Suresh, Amélie Héliou, Kenneth Borrelli, Tyler Day, James Fraser, Henry van den Bedem
- article
- Conformational ensembles from experimental data and computer simulations, Aug 2017, Berlin, Germany
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- titre
- Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling
- auteur
- Juraj Michálik, Hélène Touzet, Yann Ponty
- article
- ISMB/ECCB – 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology – 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 – i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
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- titre
- An integrative approach for predicting the RNA secondary structure for the HIV–1 Gag UTR using probing data
- auteur
- Afaf Saaidi, Yann Ponty, Bruno Sargueil
- article
- JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2017, Jul 2017, Lille, France. pp.102
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2016
Journal articles
- titre
- Efficient dynamic range minimum query
- auteur
- Alice Héliou, Martine Léonard, Laurent Mouchard, Mikael Salson
- article
- Theoretical Computer Science, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩
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- titre
- ecceTERA: Comprehensive gene tree-species tree reconciliation using parsimony
- auteur
- Edwin Jacox, Cedric Chauve, Gergely J Szöllősi, Yann Ponty, Celine Scornavacca
- article
- Bioinformatics, 2016, 32 (13), pp.2056-2058. ⟨10.1093/bioinformatics/btw105⟩
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- titre
- Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences: a case study in Archaea genomes
- auteur
- Mireille Regnier, Philippe Chassignet
- article
- Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2016, 4, ⟨10.3389/fbioe.2016.00035⟩
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- titre
- Necessary and sufficient conditions for protocell growth
- auteur
- Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Jean-Marc Steyaert, Stéphane S. Douady
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2016, ⟨10.1007/s00285-016-0998-0⟩
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- titre
- SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read map-pability.
- auteur
- Daria Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva
- article
- Bioinformatics, 2016, 32, pp.984-992. ⟨10.1093/bioinformatics/btv751⟩
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- titre
- incaRNAfbinv : a web server for the fragment-based design of RNA sequences
- auteur
- Matan Drory retwitzer, Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl, Danny Barash
- article
- Nucleic Acids Research, 2016, 44 (W1), pp.W308 – W314. ⟨10.1093/nar/gkw440⟩
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- titre
- Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Nucleic Acids Research, 2016, 44 (11), pp.e104 – e104. ⟨10.1093/nar/gkw217⟩
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Conference papers
- titre
- Towards structural models for the Ebola UTR regions using experimental SHAPE probing data
- auteur
- Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Bruno Sargueil, Yann Ponty
- article
- JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France
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- titre
- Counting, generating and sampling tree alignments
- auteur
- Cedric Chauve, Julien Courtiel, Yann Ponty
- article
- ALCOB – 3rd International Conference on Algorithms for Computational Biology – 2016, Jun 2016, Trujillo, Spain. pp.53–64, ⟨10.1007/978-3-319-38827-4_5⟩
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- titre
- Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
- auteur
- Vincent J. Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent V. Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra S. Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois J.-F. Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
- article
- IC2016 – Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
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- titre
- Taming reluctant random walks in the positive quadrant
- auteur
- Jeremie Lumbroso, Marni Mishna, Yann Ponty
- article
- GASCOM – 10th conference on random generation of combinatorial structures – 2016, Jun 2016, Bastia, France. pp.99 — 114, ⟨10.1016/j.endm.2017.05.008⟩
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- titre
- Homology modeling of complex structural RNAs
- auteur
- Wei Wang, Matthieu Barba, Philippe Rinaudo, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- JOBIM – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques – 2016, Jun 2016, Lyon, France
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Book sections
- titre
- Elucidating Mechanisms of Molecular Recognition Between Human Argonaute and miRNA Using Computational Approaches
- auteur
- Hanlun Jiang, Lizhe Zhu, Amélie Héliou, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang
- article
- Drug Target miRNA: Methods and Protocols, pp.251–275, 2016, 978-1-4939-6563-2. ⟨10.1007/978-1-4939-6563-2_18⟩
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Poster communications
- titre
- Computational methods for comparing and integrating multiple probing assays to predict RNA secondary structure
- auteur
- Afaf Saaidi, Delphine M Allouche, Yann Ponty, Bruno M Sargueil, Mireille M Regnier
- article
- Doctorial journey Interface, Ecole polytechnique, Palaiseau, Nov 2016, Palaiseau, France. 10
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2015
Journal articles
- titre
- Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
- auteur
- Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 19), pp.S6. ⟨10.1186/1471-2105-16-S19-S6⟩
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- titre
- GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.
- auteur
- Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise
- article
- PLoS ONE, 2015, 10 (8), pp.e0136444. ⟨10.1371/journal.pone.0136444⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Markov State Models Reveal a Two-Step Mechanism of miRNA Loading into the Human Argonaute Protein: Selective Binding followed by Structural Re-arrangement.
- auteur
- Hanlun Jiang, Fu Kit Sheong, Lizhe Zhu, Xin Gao, Julie Bernauer, Xuhui Huang
- article
- PLoS Computational Biology, 2015, 11 (7), pp.e1004404. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004404⟩
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- titre
- Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex
- auteur
- Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon
- article
- Scientific Reports, 2015, 5, pp.5:10760. ⟨10.1038/srep10760⟩
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- titre
- Cell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators
- auteur
- Jorgelindo da Veiga Moreira, Sabine Pérès, Jean-Marc Steyaert, Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogeira, Laurent Schwartz
- article
- Theoretical Biology and Medical Modelling, 2015, 12 (1), pp.10. ⟨10.1186/s12976-015-0005-2⟩
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- titre
- Detecting time periods of differential gene expression using Gaussian processes: An application to endothelial cells exposed to radiotherapy dose fraction
- auteur
- Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Valérie Buard, Béatrice Micheau, Georges Tarlet, Marc Benderitter, Farida Zehraoui, Florence d’Alché-Buc
- article
- Bioinformatics, 2015, 31 (5), pp.728–735. ⟨10.1093/bioinformatics/btu699⟩
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- titre
- Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, 568, pp.39. ⟨10.1016/j.tcs.2014.12.002⟩
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- titre
- Semileptonic $B \to D^{**}$ decays in Lattice QCD : a feasibility study and first results
- auteur
- Mariam Atoui, B. Blossier, Vincent Morenas, O. Pène, K. Petrov
- article
- European Physical Journal C: Particles and Fields, 2015, 75, pp.376. ⟨10.1140/epjc/s10052-015-3585-4⟩
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Conference papers
- titre
- Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence
- auteur
- Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. pp.26-31
- Accès au bibtex
- titre
- Towards firm foundations for the rational design of RNA molecules
- auteur
- Yann Ponty
- article
- Colloque de Bioinformatique Moléculaire (GdR BIM), Oct 2015, Paris, France
- Accès au bibtex
- titre
- Parallelising the Computation of Minimal Absent Words
- auteur
- Carl Barton, Alice Héliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis
- article
- PPAM 2015, Sep 2015, Cracovie, Poland. ⟨10.1007/978-3-319-32152-3_23⟩
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- titre
- Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
- auteur
- Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States
- Accès au bibtex
- titre
- Combinatorial RNA Design: Designability and Structure-Approximating Algorithm
- auteur
- Jozef Haleš, Ján Maňuch, Yann Ponty, Ladislav Stacho
- article
- CPM – 26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2015, Ischia Island, Italy
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Assessing the robustness of parsimonious predictions for gene neighborhoods from reconciled phylogenies
- auteur
- Ashok Rajaraman, Cedric Chauve, Yann Ponty
- article
- ISBRA – 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications – 2015, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States. pp.260–271, ⟨10.1007/978-3-319-19048-8_22⟩
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- titre
- RNA Bioinformatics and ensemble dynamic programming
- auteur
- Yann Ponty
- article
- 5th biennial Canadian Discrete and Algorithmic Mathematics Conference – CanaDAM 2015, Jun 2015, Saskatoon, Canada
- Accès au bibtex
- titre
- KGSrna: Efficient 3D Kinematics-Based Sampling for Nucleic Acids
- auteur
- Julie Bernauer, Rasmus Fonseca, Henry van den Bedem
- article
- RECOMB 2015, Apr 2015, Warsaw, Poland. ⟨10.1007/978-3-319-16706-0_11⟩
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Book sections
- titre
- Preface.
- auteur
- Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Computational methods for Structural RNAs (CMSR’14), 22 (3), Mary Ann Liebert, pp.189, 2015, Journal of Computational Biology
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- titre
- Drawing and Editing the Secondary Structure(s) of RNA.
- auteur
- Yann Ponty, Fabrice Leclerc
- article
- Ernesto Picardi. RNA Bioinformatics, 1269, Springer New York, pp.63-100, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-2290-1. ⟨10.1007/978-1-4939-2291-8_5⟩
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Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Geometric and statistical methods for the analysis and prediction of structural interactions between biomolecules
- auteur
- Julie Bernauer
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud XI, 2015
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Books
- titre
- Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics
- auteur
- Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier
- article
- Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
Theses
- titre
- Detection of structural variants in cancer genomes using a Bayesian approach. You will find below the abstract of my PhD thesis
- auteur
- Daria Iakovishina
- article
- Computer Science [cs]. Ecole Polytechnique, 2015. English. ⟨NNT : ⟩
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Preprints, Working Papers, …
- titre
- Accurate prediction of the statistics of repetitions in random sequences : a case study in Archae genomes
- auteur
- Mireille Regnier, Philippe Chassignet
- article
- 2015
- Accès au bibtex
- titre
- SV-Bay: structural variant detection in cancer genomes using a Bayesian approach with correction for GC-content and read mappability
- auteur
- D Iakovishina, Isabelle Janoueix-Lerosey, Emmanuel Barillot, Mireille Regnier, Valentina Boeva
- article
- 2015
- Accès au bibtex
2014
Journal articles
- titre
- Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models
- auteur
- Mireille Régnier, Evgenia Furletova, Victor Yakovlev, Mikhail Roytberg
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2014, 9 (1), ⟨10.1186/s13015-014-0025-1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Minimal conditions for protocell stationary growth.
- auteur
- Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
- article
- Artificial Life, 2014, 21 (2), pp.166-92
- Accès au bibtex
- titre
- Similarity Search for Scientific Workflows
- auteur
- Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2014, 7 (12), pp.1143-1154. ⟨10.14778/2732977.2732988⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Characterizing RNA ensembles from NMR data with kinematic models
- auteur
- Rasmus Fonseca, Dimitar V Pachov, Julie Bernauer, Henry van den Bedem
- article
- Nucleic Acids Research, 2014, 42 (15), pp.9562-72. ⟨10.1093/nar/gku707⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- TmiRUSite and TmiROSite scripts: searching for mRNA fragments with miRNA binding sites with encoded amino acid residues
- auteur
- Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
- article
- Bioinformation, 2014, 10 (7), pp.472-473
- Accès au bibtex
- titre
- Metabolic Treatment of Cancer: Intermediate Results of a Prospective Case Series
- auteur
- Schwartz Laurent, Buhler Ludivine, Icard Philippe, Lincet Hubert, Jean-Marc Steyaert
- article
- Anticancer Research, 2014
- Accès au bibtex
- titre
- Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey
- auteur
- Alain Denise, Philippe Rinaudo
- article
- Transactions on Computational Collective Intelligence, 2014, 13, pp.70-82. ⟨10.1007/978-3-642-54455-2_3⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Jiuqiang Chen, Paolo Missier, Carole Goble, Alan Williams, Christine Froidevaux
- article
- BMC Bioinformatics, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Protein-RNA Complexes and Efficient Automatic Docking: Expanding RosettaDock Possibilities.
- auteur
- Adrien Guilhot-Gaudeffroy, Christine Froidevaux, Jérôme Azé, Julie Bernauer
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (9), pp.e108928. ⟨10.1371/journal.pone.0108928⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- On permuted super-secondary structures of transmembrane β-barrel proteins
- auteur
- Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
- article
- Theoretical Computer Science, 2014, ⟨10.1016/j.tcs.2013.10.001⟩
- Accès au bibtex
- titre
- A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
- auteur
- Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
- article
- BMC Genomics, 2014, ⟨10.1186/1471-2164-15-S6-S16⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Linear-time computation of minimal absent words using suffix array
- auteur
- Carl Barton, Alice Héliou, Laurent Mouchard, Solon P. Pissis
- article
- BMC Bioinformatics, 2014, 15, pp.11. ⟨10.1186/s12859-014-0388-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Mechanisms for U2AF to define 3′ splice sites and regulate alternative splicing in the human genome
- auteur
- Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu
- article
- Nature Structural and Molecular Biology, 2014, 21, pp.997-1005. ⟨10.1038/nsmb.2906⟩
- Accès au bibtex
- titre
- In vivo tmRNA protection by SmpB and pre-ribosome binding conformation in solution
- auteur
- Ehsan Ranaei-Siadat, Cécile Mérigoux, Bili Seijo, Luc Ponchon, Jean-Michel Saliou, Julie Bernauer, Sarah Sanglier-Cianferani, Frédéric Dardel, Patrice Vachette, Sylvie Nonin-Lecomte
- article
- RNA, 2014, 20 (10), pp.1607-1620. ⟨10.1261/rna.045674.114⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
Conference papers
- titre
- Characterization of Reachable Attractors Using Petri Net Unfoldings
- auteur
- Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïg Jezequel, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon
- article
- CMSB 2014, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. pp.14, ⟨10.1007/978-3-319-12982-2_10⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
- auteur
- Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
- article
- BSB – Brazilian Symposium on Bioinformatics – 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. pp.49–56, ⟨10.1007/978-3-319-12418-6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Parallel biological in silico simulation
- auteur
- Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial
- article
- 29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. pp.387-394, ⟨10.1007/978-3-319-09465-6_40⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Layer Decomposition: An Effective Structure-based Approach for Scientific Workflow Similarity
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
- article
- International Conference on e-Science, Oct 2014, Guarujá, Brazil. pp.169-176, ⟨10.1109/eScience.2014.19⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Completing SBGN-AF Networks by Logic-Based Hypothesis Finding
- auteur
- Yoshitaka Yamamoto, Adrien Rougny, Hidetomo Nabeshima, Katsumi Inoue, Hisao Moriya, Christine Froidevaux, Koji Iwanuma
- article
- Formal Methods In Macro-Biology, Sep 2014, Nouméa, New Caledonia. pp.165-179, ⟨10.1007/978-3-319-10398-3_14⟩
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- titre
- Breast cancer and quality of life: medical information extraction from health forums
- auteur
- Thomas Opitz, Jérôme Azé, Sandra Bringay, Cyrille Joutard, Christian Lavergne, Caroline Mollevi
- article
- 25th European Medical Informatics Conference (MIE), Aug 2014, Istanbul, Turkey. pp.1070-1074, ⟨10.3233/978-1-61499-432-9-1070⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
- auteur
- Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- 10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 – 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows
- auteur
- Jiuqiang Chen, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Carole Goble, Paolo Missier, Alan Williams
- article
- SSDBM ’14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. ⟨10.1145/2618243.2618287⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Systèmes oscillants chaotiques en biologie
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France
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- titre
- Clump Combinatorics, Automata, and Word Asymptotics
- auteur
- Mireille Regnier, Billy Fang, Daria Iakovishina
- article
- ANALCO’14, Jan 2014, Portland, United States. ⟨10.1137/1.9781611973204.6⟩
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Book sections
- titre
- Bio-algorithmique des ARN : petite promenade aux interfaces
- auteur
- Yann Ponty
- article
- Eric Sopena. 1024 – Bulletin de la société informatique de France, 4, SIF, pp.23–53, 2014
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- titre
- Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting
- auteur
- Loïc Paulevé, Courtney Chancellor, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux
- article
- Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, pp.125 – 166, 2014, 978-1-84821-680-8
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- titre
- Analyzing SBGN-AF Networks Using Normal Logic Programs
- auteur
- Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue
- article
- Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, 2014, 978-1-84821-680-8. ⟨10.1002/9781119005223.ch9⟩
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Master thesis
- titre
- Extraction de motifs dans les graphes de workflows scientifiques
- auteur
- Stéphanie Kamgnia Wonkap
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014
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Poster communications
- titre
- Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach
- auteur
- Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti
- article
- RECOMB-CG’14, Oct 2014, Cold Spring HArbour, United States. , 16
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- titre
- A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
- auteur
- Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
- article
- Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB’14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014
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Proceedings
- titre
- CMSR’14 proceedings
- auteur
- Fabrice Jossinet, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Proceedings of the 1st workshop on Computational Methods for Structural RNAs, McGill University, pp.76, 2014, 978-2-9550187-0-5. ⟨10.15455/CMSR.2014.0000⟩
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2013
Journal articles
- titre
- Protein-protein interactions in a crowded environment: an analysis via cross-docking simulations and evolutionary information
- auteur
- Anne Lopes, Sophie Sacquin-Mora, Viktoriya Dimitrova, Elodie Laine, Yann Ponty, Alessandra Carbone
- article
- PLoS Computational Biology, 2013, 9 (12), pp.e1003369. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003369⟩
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- titre
- Using Structural and Evolutionary Information to Detect and Correct Pyrosequencing Errors in Noncoding RNAs.
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Journal of Computational Biology, 2013, 20 (11), pp.905-19. ⟨10.1089/cmb.2013.0085⟩
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- titre
- Large deviation properties for patterns
- auteur
- Mireille Regnier, Jérémie Bourdon
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2013, ⟨10.1016/j.jda.2013.09.004⟩
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- titre
- Learning a Markov Logic network for supervised gene regulatory network inference
- auteur
- Celine Brouard, Christel Vrain, Julie Dubois, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence d’Alché-Buc
- article
- BMC Bioinformatics, 2013, 14 (1), pp.273. ⟨10.1186/1471-2105-14-273⟩
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- titre
- A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
- article
- Theoretical Computer Science, 2013, 502, pp.165-176
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- titre
- Non-redundant random generation algorithms for weighted context-free languages
- auteur
- Andy Lorenz, Yann Ponty
- article
- Theoretical Computer Science, 2013, Generation of Combinatorial Structures, 502, pp.177-194. ⟨10.1016/j.tcs.2013.01.006⟩
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- titre
- Binding of intronic miRNAs to the mRNAs of host genes encoding intronic miRNAs and proteins that participate in tumourigenesis
- auteur
- Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
- article
- Computers in Biology and Medicine, 2013, ⟨10.1016/j.compbiomed.2013.07.011⟩
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- titre
- A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution.
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- Bioinformatics, 2013, 29 (13), pp.i308-15. ⟨10.1093/bioinformatics/btt217⟩
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- titre
- SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences.
- auteur
- Yang Zhang, Yann Ponty, Mathieu Blanchette, Eric Lecuyer, Jérôme Waldispühl
- article
- Nucleic Acids Research, 2013, Web Server Issue, 41 (Web Server issue), pp.W480-5. ⟨10.1093/nar/gkt461⟩
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- titre
- OKVAR-Boost: a novel boosting algorithm to infer nonlinear dynamics and interactions in gene regulatory networks.
- auteur
- Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence d’Alché-Buc
- article
- Bioinformatics, 2013, 29 (11), pp.1416–1423. ⟨10.1093/bioinformatics/btt167⟩
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- titre
- Characteristics of binding sites of intergenic, intronic and exonic miRNAs with mRNAs of oncogenes coding intronic miRNAs
- auteur
- Olga Berillo, Assel Issabekova, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
- article
- African Journal of Biotechnology, 2013, 12 (10), pp.1016-1024. ⟨10.5897/AJB12.2054⟩
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- titre
- Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton
- auteur
- Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi
- article
- BMC Biochemistry, 2013, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1186/1471-2091-14-3⟩
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- titre
- Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.
- auteur
- Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar
- article
- AMB Express, 2013, 3 (1), pp.13. ⟨10.1186/2191-0855-3-13⟩
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- titre
- An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.
- auteur
- Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2013, 10 (1), pp.193-199. ⟨10.1109/TCBB.2012.148⟩
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- titre
- Supersecondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins.
- auteur
- van Du T Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
- article
- Methods in Molecular Biology, 2013, Protein Supersecondary Structures, 932, pp.277-294. ⟨10.1007/978-1-62703-065-6_17⟩
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Conference papers
- titre
- Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages
- auteur
- Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise
- article
- ACM-BCB – ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics – 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States
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- titre
- Translating the SBGN-AF language into logic to analyze signalling networks
- auteur
- Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Yoshitaka Yamamoto, Katsumi Inoue
- article
- LNMR – 1st International Workshop on Learning and Non Monotonic Reasoning, Sep 2013, La Coruña, Spain. pp.44-55
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- titre
- A weighted sampling algorithm for the design of RNA sequences with targeted secondary structure and nucleotides distribution
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- ISMB/ECCB – 21st Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/12th European Conference on Computational Biology – 2013, Jul 2013, Berlin, Germany
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- titre
- Time-dependent gaussian process regression and significance analysis for sparse time-series
- auteur
- Markus Heinonen, Olivier Guipaud, Fabien Milliat, Béatrice Micheau, Valérie Buard, Florence d’Alché-Buc
- article
- Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
- Accès au bibtex
- titre
- Nonparametric modeling for gene regulatory network inference using boosting and operator-valued kernels
- auteur
- Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence d’Alché-Buc
- article
- Seventh International workshop on Machine Learning in Systems Biology, Satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
- Accès au bibtex
- titre
- Gene Regulatory Network Inference using ensembles of Local Multiple Kernel Models
- auteur
- Arnaud Fouchet, Jean-Marc Delosme, Florence d’Alché-Buc
- article
- Seventh international workshop on Machine Learning in Systems Biology, satellite meeting of ISMB’2013, Jul 2013, Berlin, Germany
- Accès au bibtex
- titre
- Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group
- auteur
- Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet
- article
- JOBIM 2013 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. à paraître
- Accès au bibtex
- titre
- Boosting an operator-valued kernel-based model for gene regulatory network inference
- auteur
- Néhémy Lim, Yasin Senbabaoglu, George Michailidis, Florence d’Alché-Buc
- article
- Workshop on Dynamics of biological networks: from nodes’ dynamics to network evolution, Jun 2013, Edinburgh, United Kingdom
- Accès au bibtex
- titre
- A linear inside-outside algorithm for correcting sequencing errors in structured RNA sequences
- auteur
- Vladimir Reinharz, Yann Ponty, Jérôme Waldispühl
- article
- RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China
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- titre
- Using the Fast Fourier Transform to accelerate the computational search for RNA conformational switches (extended abstract)
- auteur
- Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote
- article
- RECOMB – 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2013, Apr 2013, Beijing, China
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli
- auteur
- Thomas Bourquard, Damien Mathieu de Vienne, Jérôme Azé
- article
- EGC 2013 – 13eme conférence Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Florence Sèdes (IRIT Toulouse – Université Paul Sabatier) et André Péninou (IRIT Toulouse – Université Toulouse 2), Jan 2013, Toulouse, France. pp.419-430
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Book sections
- titre
- Introduction to RNA secondary structure comparison.
- auteur
- Stefanie Schirmer, Yann Ponty, Robert Giegerich
- article
- Gorodkin, Jan and Ruzzo, Walter L. RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, 1097, Springer, pp.247-73, 2013, Methods in molecular biology, ISBN 978-1-62703-708-2. ⟨10.1007/978-1-62703-709-9_12⟩
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Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Contributions to the study of the dynamics of biological systems and to computing systems in synthetic biology
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013
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Proceedings
- titre
- Proceedings of The Evry Spring School on advances in Systems and Synthetic Biology
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
- article
- EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5
- Accès au bibtex
Theses
- titre
- Designing scientific workflows following a structure and provenance-aware strategy
- auteur
- Jiuqiang Chen
- article
- Databases [cs.DB]. Université Paris Sud – Paris XI, 2013. English. ⟨NNT : ⟩
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Preprints, Working Papers, …
- titre
- Properties of Random Complex Chemical Reaction Networks and Their Relevance to Biological Toy Models
- auteur
- Erwan Bigan, Jean-Marc Steyaert, Stéphane Douady
- article
- 2013
- Accès au bibtex
2012
Journal articles
- titre
- Using the Fast Fourier Transform to Accelerate the Computational Search for RNA Conformational Switches
- auteur
- Evan Senter, Saad Sheikh, Ivan Dotu, Yann Ponty, Peter Clote
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (12), pp.e50506. ⟨10.1371/journal.pone.0050506⟩
- Accès au bibtex
- titre
- The Mimic Chain Reaction
- auteur
- Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina
- article
- Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 2012, 22 (5), pp.335-343. ⟨10.1159/000345328⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution
- auteur
- Damien M. de Vienne, Jérôme Azé
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.1-13. ⟨10.1371/journal.pone.0048728⟩
- Accès au bibtex
- titre
- A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures.
- auteur
- Alex Levin, Mieszko Lis, Yann Ponty, Charles W O’Donnell, Srinivas Devadas, Bonnie Berger, Jérôme Waldispühl
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 40 (20), pp.10041-10052. ⟨10.1093/nar/gks768⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales
- auteur
- Vic Norris, Patrick Amar
- article
- Life (Chicago, Ill. : 1978), 2012, 2 (4), pp.286-312. ⟨10.3390/life2040286⟩
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- titre
- Expected distance between terminal nucleotides of RNA secondary structures.
- auteur
- Peter Clote, Yann Ponty, Jean-Marc Steyaert
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2012, 65 (3), pp.581-99. ⟨10.1007/s00285-011-0467-8⟩
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- titre
- Tumor regression with a combination of drugs interfering with the tumor metabolism: efficacy of hydroxycitrate, lipoic acid and capsaicin.
- auteur
- Laurent Schwartz, Adeline Guais, Maurice Israël, Bernard Junod, Jean-Marc Steyaert, Elisabetta Crespi, Gianfranco Baronzio, Mohammad Abolhassani
- article
- Investigational New Drugs, 2012, 31 (2), pp.256-264. ⟨10.1007/s10637-012-9849-z⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Multiscale modeling of macromolecular biosystems.
- auteur
- Samuel C Flores, Julie Bernauer, Seokmin Shin, Ruhong Zhou, Xuhui Huang
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2012, 13 (4), pp.395-405. ⟨10.1093/bib/bbr077⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Mieux comprendre certaines molécules biologiques grâce à l’informatique
- auteur
- Yann Ponty, Joanna Jongwane
- article
- Interstices, 2012
- Accès au bibtex
- titre
- Interactions of intergenic microRNAs with mRNAs of genes involved in carcinogenesis
- auteur
- Assel Issabekova, Olga Berillo, Mireille Regnier, Anatoly Ivashchenko
- article
- Bioinformation, 2012, 8 (11), pp.513-518. ⟨10.6026/97320630008513⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Normal human melanocytes exposed to chronic insulin and glucose supplementation undergo oncogenic changes and methyl group metabolism cellular redistribution.
- auteur
- Daniel Morvan, Jean Marc Steyaert, Laurent Schwartz, Maurice Israel, Aicha Demidem
- article
- AJP – Endocrinology and Metabolism, 2012, 302 (11), pp.E1407-E1418. ⟨10.1152/ajpendo.00594.2011⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Static analysis of Biological Regulatory Networks dynamics using abstract interpretation
- auteur
- Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- article
- Mathematical Structures in Computer Science, 2012, 22 (04), pp 651-685. ⟨10.1017/S0960129511000739⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Stochastic simulation of multiple process calculi for biology
- auteur
- Matthew R. Lakin, Loïc Paulevé, Andrew Phillips
- article
- Theoretical Computer Science, 2012, 431, pp.181-206. ⟨10.1016/j.tcs.2011.12.057⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Evaluating mixture models for building RNA knowledge-based potentials.
- auteur
- Adelene y L Sim, Olivier Schwander, Michael Levitt, Julie Bernauer
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2012, 10 (2), pp.1241010. ⟨10.1142/S0219720012410107⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
- auteur
- Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof
- article
- Computational Biology and Chemistry, 2012, 37, pp.1-5
- Accès au bibtex
- titre
- Maximum expected accuracy structural neighbors of an RNA secondary structure.
- auteur
- Peter Clote, Feng Lou, William A Lorenz
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 Suppl 5, pp.S6. ⟨10.1186/1471-2105-13-S5-S6⟩
- Accès au bibtex
- titre
- BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
- auteur
- Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves d’Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine de Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
- article
- Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, pp.1-5. ⟨10.1155/2012/893048⟩
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- titre
- A graph-theoretic approach for classification and structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins
- auteur
- Saad Sheikh, Phillippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert, Thuong van Du Tran
- article
- BMC Genomics, 2012, 13 (2), ⟨10.1186/1471-2164-13-S2-S5⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Coverage-biased random exploration of large models and application to testing
- auteur
- Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet
- article
- International Journal on Software Tools for Technology Transfer, 2012, 14 (1), pp.73-93
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Conference papers
- titre
- Distilling Structure in Scientific Workflows
- auteur
- Jiuqiang Chen, Christine Froidevaux, Carole Goble, Alan Williams, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. pp.10-102
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- titre
- Réécriture de workflows scientifiques et provenance
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
- article
- Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
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- titre
- Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
- article
- Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States
- Accès au bibtex
- titre
- Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
- article
- Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. p. 166-186, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_11⟩
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- titre
- Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks
- auteur
- Zahira Aslaoui-Errafi, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Pauline Gloaguen, Anne Poupon, Adrien Rougny, Meriem Yahiaoui
- article
- Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
- auteur
- Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise
- article
- WABI – 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2012, University of Ljubljana, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
- auteur
- Patrick Amar, Loïc Paulevé
- article
- The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. pp.3 — 21, ⟨10.1016/j.entcs.2015.04.016⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Markov Logic Network for supervised gene regulation inference: application to the ID2 regulatory network in human keratinocytes
- auteur
- Celine Brouard, Julie Dubois, Christel Vrain, David Castel, Marie-Anne Debily, Florence d’Alché-Buc
- article
- International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Sep 2012, Bâle, Switzerland
- Accès au bibtex
- titre
- Impact Of The Energy Model On The Complexity Of RNA Folding With Pseudoknots
- auteur
- Saad Sheikh, Rolf Backofen, Yann Ponty
- article
- CPM – 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching – 2012, Juha Kärkkäinen, Jul 2012, Helsinki, Finland. pp.321–333, ⟨10.1007/978-3-642-31265-6_26⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling
- auteur
- Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise
- article
- Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques – JOBIM’12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476
- Accès au bibtex
- titre
- Protein-protein interaction network inference with semi-supervised Output Kernel Regression
- auteur
- Celine Brouard, Marie Szafranski, Florence d’Alché-Buc
- article
- JOBIM, Jul 2012, Rennes, France. pp.133-136
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- (Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- Scientific and Statistical Database Management – 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. pp.361-378
- Accès au bibtex
- titre
- The weighted words collector
- auteur
- Jérémie Du Boisberranger, Danièle Gardy, Yann Ponty
- article
- AOFA – 23rd International Meeting on Probabilistic, Combinatorial and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms – 2012, Nicolas, Broutin (INRIA, France) and Luc, Devroye (McGill, Canada), Jun 2012, Montreal, Canada. pp.243–264, ⟨10.46298/dmtcs.2998⟩
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- titre
- Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France
- Accès au bibtex
- titre
- Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?
- auteur
- Stefan Janssen, Loïc Paulevé, Yann Ponty, Balaji Raman, Matthias Zytnicki
- article
- IWBDA – 4th International Workshop on Bio-Design Automation – 2012, Jun 2012, San Francisco, United States
- Accès au bibtex
- titre
- A-Brain: Using the Cloud to Understand the Impact of Genetic Variability on the Brain
- auteur
- Radu Tudoran, Alexandru Costan, Benoit da Mota, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion
- article
- CloudFutures 2012, May 2012, Berkeley, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Knowledge-based consensus methods for secondary structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins
- auteur
- Saad Sheikh, van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
- article
- 4th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2012 (BICoB 2012), Mar 2012, Las Vegas, United States. pp.79-84
- Accès au bibtex
- titre
- Visualizing 2D & 3D Structures of RNA
- auteur
- Yann Ponty
- article
- VIZBI – 3rd international meeting on Visualizing Biological Data – 2012, Jim, Procter (U-Dundee, Scotland) and Sean O’Donoghue (CMIS, Australia), Mar 2012, Heidelberg, Germany
- Accès au bibtex
- titre
- Large deviation properties for patterns
- auteur
- Jérémie Bourdon, Mireille Regnier
- article
- LSD&LAW 2012, Simon J. Puglisi and Golnaz Badkobeh, Feb 2012, Londres, United Kingdom
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- titre
- On the diversity of pattern distributions in rational language
- auteur
- Cyril Banderier, Olivier Bodini, Yann Ponty, Hanane Tafat
- article
- ANALCO – 12th Meeting on Analytic Algorithmics and Combinatorics – 2012, Jan 2012, Kyoto, Japan. pp.107–116
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Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Protein-Protein prediction and protein-protein docking by ensemble learning
- auteur
- Jérôme Azé
- article
- Apprentissage [cs.LG]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012
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Reports
- titre
- A Dynamical Model for the Transmembrane Potential Regulation by pH
- auteur
- Araks Martirosyan, Loïc Paulevé, Clair Poignard, Mireille Régnier, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz
- article
- [Research Report] LIX, Ecole polytechnique. 2012
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- titre
- Rule-weighted and terminal-weighted context-free grammars have identical expressivity
- auteur
- Yann Ponty
- article
- [Research Report] 2012
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Theses
- titre
- RNA structure-sequence alignment algorithmic : a general and parameterized approach
- auteur
- Philippe Rinaudo
- article
- Autre [cs.OH]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français. ⟨NNT : 2012PA112355⟩
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- titre
- Algorithms for RNA secondary structures study and sequence alignment
- auteur
- Lou Feng
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩
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2011
Journal articles
- titre
- An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure.
- auteur
- Jérôme Waldispühl, Yann Ponty
- article
- Journal of Computational Biology, 2011, 18 (11), pp.1465-79. ⟨10.1089/cmb.2011.0181⟩
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- titre
- Counting RNA pseudoknotted structures
- auteur
- Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
- article
- Journal of Computational Biology, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. ⟨10.1089/cmb.2010.0086⟩
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- titre
- Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology.
- auteur
- Sarel J Fleishman, Timothy A Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C Mitchell, Omar N A Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H Moal, Xiaofan Li, Paul A Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-Su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Sefik Kerem Ovali, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan Fernández-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M Driggers, Robert G Hall, Jessica L Morgan, Victor L Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M J J Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J Camacho, Krishna P Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, P Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J Wodak, Joel Janin, David Baker
- article
- Journal of Molecular Biology, 2011, 414 (2), in press. ⟨10.1016/j.jmb.2011.09.031⟩
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- titre
- Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
- auteur
- Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
- article
- Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, 2011, 130 (3), pp.211-228. ⟨10.1007/s12064-010-0118-4⟩
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- titre
- Fully differentiable coarse-grained and all-atom knowledge-based potentials for RNA structure evaluation.
- auteur
- Julie Bernauer, Xuhui Huang, Adelene y L Sim, Michael Levitt
- article
- RNA, 2011, 17 (6), pp.1066-75. ⟨10.1261/rna.2543711⟩
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- titre
- Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.
- auteur
- Bryan Brancotte, Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, François Radvanyi, Fabien Reyal, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Bioinformatics, 2011, 27 (8), pp.1187-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btr073⟩
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- titre
- The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.
- auteur
- Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle
- article
- Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 90 (2), pp.615-23. ⟨10.1007/s00253-010-3018-0⟩
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- titre
- Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- SIGMOD record, 2011, ⟨10.1145/2034863.2034865⟩
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- titre
- Characteristics of Intronic and Intergenic Human miRNAs and Features of their Interaction with mRNA
- auteur
- Assel Issabekova, Olga Berillo, Vladimir Khailenko, Shara Atambayeva, Mireille Regnier, Anatoliy T. Ivashchenko
- article
- International Journal of Biotechnology and Bioengineering, 2011, 5 (11), pp.777-780
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- titre
- A collaborative filtering approach for protein-protein docking scoring functions.
- auteur
- Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Jérôme Azé, Anne Poupon
- article
- PLoS ONE, 2011, 6 (4), pp.e18541. ⟨10.1371/journal.pone.0018541⟩
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- titre
- MULTI-SCALE MODELLING OF BIOSYSTEMS: FROM MOLECULAR TO MESOCALE – Session Introduction.
- auteur
- Julie Bernauer, Samuel Flores, Xuhui Huang, Seokmin Shin, Ruhong Zhou
- article
- Pacific Symposium on Biocomputing, 2011, pp.177-80. ⟨10.1142/9789814335058_0019⟩
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Conference papers
- titre
- Using Kendall-Tau Meta-Bagging to Improve Protein-Protein Docking Predictions
- auteur
- Jérôme Azé, Thomas Bourquard, Sylvie Hamel, Anne Poupon, David Ritchie
- article
- PRIB 2011, Marcel Reinders and Dick de Ridder, Nov 2011, DELFT, Netherlands. pp.284-295
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- titre
- Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint
- auteur
- Thomas Bourquard, Jérôme Azé, Anne Poupon, David Ritchie
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. pp.9-16
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- titre
- Régression semi-supervisée à sortie noyau pour la prédiction de liens
- auteur
- Celine Brouard, Florence d’Alché-Buc, Marie Szafranski
- article
- CAP, May 2011, Chambéry, France. pp.119-134
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- titre
- Next Generation Data Integration for the Life Sciences
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany
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- titre
- An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure
- auteur
- Jérôme Waldispühl, Yann Ponty
- article
- RECOMB – 15th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology – 2011, Mar 2011, Vancouver, Canada. pp.501-515, ⟨10.1007/978-3-642-20036-6_45⟩
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- titre
- Investigating the RFAM paradox: The pseudoknot explanation
- auteur
- Stefan Janssen, Yann Ponty, Balaji Raman, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert, Peter Clote
- article
- Fifth Indo-French Bioinformatics Meeting, Mar 2011, Hyderabad, India
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- titre
- Energy-based Classification and Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins
- auteur
- Thuong van Du Tran, Phillippe Chassignet, Saad Sheikh, Jean-Marc Steyaert
- article
- 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), Feb 2011, Orlando, FL, United States
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- titre
- Constant time estimation of ranking statistics by analytic combinatorics
- auteur
- Cyril Banderier, Pierre Nicodème
- article
- Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2011, Paris, France. no page numbering
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- titre
- Maximum expected accurate structural neighbors of an RNA secondary structure
- auteur
- Feng Lou, Peter Clote
- article
- Proceedings of 1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), 2011, Orlando, United States
- Accès au bibtex
- titre
- A Combinatorial Framework for Designing (Pseudoknotted) RNA Algorithms
- auteur
- Yann Ponty, Cédric Saule
- article
- WABI – 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics – 2011, 2011, Saarbrucken, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- On Armstrong-compliant Logical Query Languages
- auteur
- Marie Agier, Christine Froidevaux, Jean-Marc Petit, Yoan Renaud, Jef Wijsen
- article
- 4th International Workshop on Logic in Databases, (EDBT/ICDT ’10 joint conference), George H. L. Fletcher and Slawek Staworko, 2011, Uppsala, Sweden. pp.33-40
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Using medians to generate consensus rankings for biological data
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States
- Accès au bibtex
- titre
- Uniform Monte-Carlo Model Checking
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet
- article
- FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany
- Accès au bibtex
- titre
- A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment
- auteur
- Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise
- article
- CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom
- Accès au bibtex
Theses
- titre
- Combinatorial models for RNA structures, with or without pseudoknots and application to structures comparison
- auteur
- Cédric Saule
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩
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- titre
- Modeling and predicting super-secondary structures of transmembrane beta-barrel proteins
- auteur
- Thuong van Du Tran
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English. ⟨NNT : 2011EPXX0104⟩
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- titre
- A Mathematical Model of Phospholipid Biosynthesis
- auteur
- Mahsa Behzadi
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Polytechnique X, 2011. English. ⟨NNT : ⟩
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2010
Journal articles
- titre
- Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures
- auteur
- Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang
- article
- FEBS Letters, 2010, 584 (21), pp.4401-7. ⟨10.1016/j.febslet.2010.09.039⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Paternity analysis in a litter of whale shark embryos
- auteur
- Jennifer Schmidt, Chen Chien-Chi, Saad Sheikh, Mark Meekan, Bradley Norman, Shoou-Jeng Joung
- article
- Endangered Species Research, 2010, 12 (2), pp.117-124
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- ESBTL: efficient PDB parser and data structure for the structural and geometric analysis of biological macromolecules.
- auteur
- Sébastien Loriot, Frédéric Cazals, Julie Bernauer
- article
- Bioinformatics, 2010, 26 (8), pp.1127-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq083⟩
- Accès au bibtex
- titre
- A Model of Phospholipid Biosynthesis in Tumor in Response to an Anticancer Agent in Vivo
- auteur
- Mahsa Behzadi, Aicha Demidem, Daniel Morvan, Schwartz Laurent, Georges Stepien, Jean-Marc Steyaert
- article
- Journal of Integrative Bioinformatics, 2010, 7 (3), ⟨10.2390/biecoll-jib-2010-129⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling
- auteur
- Lou Feng, Peter Clote
- article
- Bioinformatics, 2010, 26, pp.278-286. ⟨10.1093/bioinformatics/btq218⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Controlled non uniform random generation of decomposable structures
- auteur
- Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier
- article
- Theoretical Computer Science, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. ⟨10.1016/j.tcs.2010.05.010⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems
- auteur
- Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2010, 10, pp.16–23
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
- auteur
- Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq
- article
- Theoretical Computer Science, 2010, 411, pp.2423-2432
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Alignments of RNA structures.
- auteur
- Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (2), pp.309-322. ⟨10.1109/TCBB.2008.28⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- MULTI-RESOLUTION MODELING OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES – Session Introduction.
- auteur
- Samuel Flores, Julie Bernauer, Xuhui Huang, Ruhong Zhou, Seokmin Shin
- article
- Pacific Symposium on Biocomputing, 2010, 15, pp.201-204. ⟨10.1142/9789814295291_0022⟩
- Accès au bibtex
Conference papers
- titre
- Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots
- auteur
- Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise
- article
- GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Weighted random generation of context-free languages: Analysis of collisions in random urn occupancy models
- auteur
- Danièle Gardy, Yann Ponty
- article
- GASCOM – 8th conference on random generation of combinatorial structures – 2010, LACIM, UQAM, Sep 2010, Montréal, Canada. 14pp
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Multi-dimensional Boltzmann Sampling of Languages
- auteur
- Olivier Bodini, Yann Ponty
- article
- 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA’10), Jun 2010, Vienna, Austria. pp.49-64, ⟨10.46298/dmtcs.2793⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance
- auteur
- Susan Davidson, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy, Sarah Cohen-Boulakia, Zhuowei Bao, Anat Eyal
- article
- 1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States
- Accès au bibtex
- titre
- A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages
- auteur
- Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
- article
- GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada
- Accès au bibtex
- titre
- Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)
- auteur
- Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
- article
- 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. pp.1037-1048, ⟨10.46298/dmtcs.2834⟩
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2009
Journal articles
- titre
- Prediction of super-secondary structure in α-helical and β-barrel transmembrane proteins
- auteur
- Thuong van Du Tran, Philippe Chassignet, Jean-Marc Steyaert
- article
- BMC Bioinformatics, 2009, 2009 (10 (Suppl. 13)), ⟨10.1186/1471-2105-10-S13-O3⟩
- Accès au bibtex
- titre
- VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.
- auteur
- Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty
- article
- Bioinformatics, 2009, 25 (15), pp.1974-5. ⟨10.1093/bioinformatics/btp250⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Profile of Tries
- auteur
- Gayun Park, Hsien-Kuei Hwang, Pierre Nicodème, Wojciech Szpankowski
- article
- SIAM Journal on Computing, 2009, 38 (5), pp.1821-1880. ⟨10.1137/070685531⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Using profiles based on hydropathy properties to define essential regions for splicing
- auteur
- Anatoly Ivashchenko, Galina Boldina, Aizhan Turmagambetova, Mireille Régnier
- article
- International Journal of Biological Sciences, 2009, 5, pp.13-19
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
- auteur
- Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard, Anat Eyal, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2009, 2 (2), pp.1638-1641
- Accès au bibtex
Conference papers
- titre
- On User Views in Scientific Workflow Systems (Invited Paper)
- auteur
- Susan Davidson, Yi Chen, Peng Sun, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Proc. of the the First Int. Workshop on the role of Semantic Web in Provenance Management (ISWC 2009 Workshop), Oct 2009, Washington DC, United States
- Accès au bibtex
- titre
- PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
- auteur
- Bao Zhuowei, Sarah Cohen-Boulakia, Susan B. Davidson, Pierrick Girard
- article
- VLDB- Very Large DataBase systems-2009, Serge Abiteboul and Tova Milo and Jignesh Patel and Philippe Rigaux, Aug 2009, Lyon, France. pp.1638-1641
- Accès au bibtex
- titre
- An Adaptive Combination of Matchers: Application to the Mapping of Biological Ontologies for Genome Annotation
- auteur
- Rance Bastien, Jean-François Gibrat, Christine Froidevaux
- article
- DILS 2009-6th International Workshop on Data Integration in the Life Sciences, Jul 2009, Manchester, United Kingdom. pp.113-126, ⟨10.1007/978-3-642-02879-3_10⟩
- Accès au bibtex
- titre
- A geometric knowledge-based coarse-grained scoring potential for structure prediction evaluation
- auteur
- Sebastien Loriot, Frédéric Cazals, Michael Levitt, Julie Bernauer
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique, Jul 2009, Nantes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Kevin Masini
- article
- 21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orlean, United States. pp.283-291
- Accès au bibtex
Book sections
- titre
- A Word Counting Graph
- auteur
- Mireille Regnier, Zara Kirakossian, Eugenia Furletova, Mikhail A. Roytberg
- article
- Joseph Chan, Jacqueline W. Daykin and M. Sohel Rahman. London Algorithmics 2008: Theory and Practice (Texts in Algorithmics), London College Publications, 31 p., 2009, 978-1904987970
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Biological Resource Discovery
- auteur
- Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Rami Rifaieh, Mark Wilkinson, Juliana Freire, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.220-223, 2009
- Accès au bibtex
- titre
- Provenance in Scientific Databases
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Wang Chiew Tan
- article
- Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009
- Accès au bibtex
- titre
- Biological Metadata Management
- auteur
- Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Mark Wilkinson, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9
- Accès au bibtex
Theses
- titre
- Using genetic algorithms to predict structural protein-protein interactions
- auteur
- Thomas Bourquard
- article
- Intelligence artificielle [cs.AI]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Graph algorithms for repetitive motifs search in RNA tertiary structures
- auteur
- Mahassine Djelloul
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Search of sequential associations and biological ontologies alignment
- auteur
- Bastien Rance
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud – Paris XI, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
2008
Journal articles
- titre
- Hyperosmotic stress contributes to mouse colonic inflammation through the methylation of protein phosphatase 2A.
- auteur
- Laurent Schwartz, Mohammad Abolhassani, Mohammad Pooya, Jean-Marc Steyaert, Xavier Wertz, Maurice Israël, Adeline Guais, Philippe Chaumet-Riffaud
- article
- AJP – Gastrointestinal and Liver Physiology, 2008, 295 (5), pp.G934-41. ⟨10.1152/ajpgi.90296.2008⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Asymptotics of RNA shapes
- auteur
- William Andrew Lorenz, Peter Clote, Yann Ponty
- article
- Journal of Computational Biology, 2008, 15 (1), pp.31–63. ⟨10.1089/cmb.2006.0153⟩
- Accès au bibtex
- titre
- LocalMove: computing on-lattice fits for biopolymers
- auteur
- Yann Ponty, R. Istrate, E. Porcelli, Peter Clote
- article
- Nucleic Acids Research, 2008, 36 (2), pp.W216-W222. ⟨10.1093/nar/gkn367⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Efficient sampling of RNA secondary structures from the Boltzmann ensemble of low-energy: The boustrophedon method
- auteur
- Yann Ponty
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2008, 56 (1-2), pp.107–127. ⟨10.1007/s00285-007-0137-z⟩
- Accès au bibtex
Conference papers
- titre
- Non-redundant random generation from weighted context-free languages
- auteur
- Yann Ponty
- article
- GASCOM – 7th conference on random generation of combinatorial structures – 2008, 2008, Bibbiena, Italy. 12pp
- Accès au texte intégral et bibtex
2007
Journal articles
- titre
- DIAL: A web server for the pairwise alignment of two RNA 3-dimensional structures using nucleotide, dihedral angle and base pairing similarities
- auteur
- Ferrè Fabrizzio, Yann Ponty, William Andrew Lorenz, Peter Clote
- article
- Nucleic Acids Research, 2007, 35 (Web server issue), pp.W659–668. ⟨10.1093/nar/gkm334⟩
- Accès au bibtex
2006
Journal articles
- titre
- GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures
- auteur
- Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise
- article
- Bioinformatics, 2006, 22 (12), pp.1534–1535. ⟨10.1093/bioinformatics/btl113⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
2000
Conference papers
- titre
- Periods and quasiperiods characterization
- auteur
- Mireille Regnier, L. Mouchard
- article
- 11th Conference on Combinatorial Pattern Matching, 2000, France. pp.388-396
- Accès au bibtex