Olivier Ali

I am a research scientist at Inria (National Institute for Research in Digital Science and Technology ), and member of the Inria Mosaic, joint with ENS de Lyon and INRAe

Email: olivier.ali@inria.fr
Address:
Mosaic Team, RDP Lab,
ENS de Lyon
46, allée d’Italie
69364 Lyon Cedex 07
FRANCE

Areas of interest

Physicist by training , my scientific interests lie in the formalization of complex biological systems; with a special emphasis on developmental processes. My recent work focus on the interplay between tissue mechanics, Riemannian geometry & system biology. I’d like to understand to what extend mechanical stresses within tissues can be used by cells as geometrical cues during morphogenesis.

Besides biophysics & computer sciences, my main interests lie in skateboarding & graphic design.

Detailed CV

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Selected publications

Publications HAL

2024

Journal articles

titre: Spatiotemporally distinct responses to mechanical forces shape the developing seed of Arabidopsis
auteur: Amélie Bauer, Olivier Ali, Camille Bied, Sophy Boeuf, Simone Bovio, Adrien Delattre, Gwyneth Ingram, John F Golz, Benoit Landrein
article: EMBO Journal, 2024, 43 (13), pp.2733-2758. ⟨10.1038/s44318-024-00138-w⟩
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2023

Journal articles

titre: Evidence that endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
auteur: Audrey Creff, Olivier Ali, Camille Bied, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
article: Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.67. ⟨10.1038/s41467-022-35542-5⟩
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titre: Revisiting the relationship between turgor pressure and plant cell growth
auteur: Olivier Ali, Ibrahim Cheddadi, Benoit Landrein, Yuchen Long
article: New Phytologist, 2023, 238 (1), pp.62-69. ⟨10.1111/nph.18683⟩
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2021

Journal articles

titre: BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
auteur: Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
article: Journal of Open Source Software, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
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Preprints, Working Papers, …

titre: Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
auteur: Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
article: 2021
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2020

Journal articles

titre: Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
auteur: Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
article: Current Biology – CB, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
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2019

Journal articles

titre: Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
auteur: Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
article: Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
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titre: Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
auteur: Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
article: Bulletin of Mathematical Biology, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
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2018

Journal articles

titre: Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
auteur: Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
article: Development (Cambridge, England), 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
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Poster communications

titre: Stress-based regulation of multicellular plant growth: a finite element modeling approach applied to planar leaf morphogenesis
auteur: Hadrien Oliveri, Feng Zhao, Olivier Ali, Jan Traas, Christophe Godin
article: ICSB 2018 – 19th International Conference on Systems Biology, Oct 2018, Lyon, France
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2017

Journal articles

titre: DRACO-STEM: An Automatic Tool to Generate High-Quality 3D Meshes of Shoot Apical Meristem Tissue at Cell Resolution
auteur: Guillaume Cerutti, Olivier Ali, Christophe Godin
article: Frontiers in Plant Science, 2017, 8, pp.353. ⟨10.3389/fpls.2017.00353⟩
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2016

Journal articles

titre: Force-Driven Polymerization and Turgor-Induced Wall Expansion
auteur: Olivier Ali, Jan Traas
article: Trends in Plant Science, 2016, 21 (5), pp.398 – 409. ⟨10.1016/j.tplants.2016.01.019⟩
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titre: Force-Driven Polymerization and Turgor-Induced Wall Expansion
auteur: Olivier Ali, Jan Traas
article: Trends in Plant Science, 2016, 21 (5), pp.398 – 409. ⟨10.1016/j.tplants.2016.01.019⟩
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2015

Journal articles

titre: A Computational Framework for 3D Mechanical Modeling of Plant Morphogenesis with Cellular Resolution
auteur: Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, Olivier Ali, Benjamin Gilles, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Jan Traas, Christophe Godin
article: PLoS Computational Biology, 2015, 11 (1), pp.1-16. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003950⟩
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2014

Journal articles

titre: Physical Models of Plant Development
auteur: Olivier Ali, Vincent Mirabet, Christophe Godin, Jan Traas
article: Annual Review of Cell and Developmental Biology, 2014, 30 (1), pp.59 – 78. ⟨10.1146/annurev-cellbio-101512-122410⟩
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titre: An Auxin-Mediated Shift toward Growth Isotropy Promotes Organ Formation at the Shoot Meristem in Arabidopsis
auteur: Massimiliano Sassi, Olivier Ali, Frédéric Boudon, Gladys Cloarec, Ursula Abad, Coralie Cellier, Xu Chen, Benjamin Gilles, Pascale Milani, Jìrí Friml, Teva Vernoux, Christophe Godin, Olivier Hamant, Jan Traas
article: Current Biology – CB, 2014, 24 (19), pp.2335-2342. ⟨10.1016/j.cub.2014.08.036⟩
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2011

Journal articles

titre: Cooperativity between Integrin Activation and Mechanical Stress Leads to Integrin Clustering.
auteur: Olivier Ali, Hervé Guillou, Olivier Destaing, Corinne Albiges-Rizo, Marc R. Block, Bertrand Fourcade
article: Biophysical Journal, 2011, 100 (11), pp.2595-604. ⟨10.1016/j.bpj.2011.03.028⟩
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titre: Cooperativity between integrin activation and mechanical stress leads to integrin clustering
auteur: Olivier Ali, Hervé Guillou, Olivier Destaing, Corinne Albiges-Rizo, Marc R Block, Bertrand Fourcade
article: Biophysical Journal, 2011, 100 (11), pp.2595-2604. ⟨10.1016/j.bpj.2011.03.028⟩
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2010

Theses

titre: Theoretical study of the mecano-chemical transduction in cellular adhesion
auteur: Olivier Ali
article: Biophysique [physics.bio-ph]. Université Joseph-Fourier – Grenoble I, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
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2009

Journal articles

titre: Excitable waves at the margin of the contact area between a cell and a substrate.
auteur: Olivier Ali, Corinne Albiges-Rizo, Marc R. Block, Bertrand Fourcade
article: Physical Biology, 2009, 6 (2), pp.25010. ⟨10.1088/1478-3975/6/2/025010⟩
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2008

Journal articles

titre: Physical model for membrane protrusions during spreading.
auteur: François Chamaraux, Olivier Ali, Sébastien Keller, Franz Bruckert, Bertrand Fourcade
article: Physical Biology, 2008, 5 (3), pp.36009. ⟨10.1088/1478-3975/5/3/036009⟩
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