Stéphanie Allassonière

2024

Patents

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Stéphanie Allassonnière, Rémi Besson, Erwan Le Pennec. Real-time diagnosis aid method and decision-support for medical diagnosis to a user of a medical system. United States, Patent n° : US11881309B2. 2024. ⟨hal-04455941⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Solange Pruilh, Stéphanie Allassonnière. Dynamic Expectation-Maximization algorithms for Mixed-type Data. 2024. ⟨hal-04510689v2⟩

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2023

Journal articles

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Julien J. Stirnemann, Rémy Besson, Emmanuel Spaggiari, Sandra Rojo, Frédéric Logé, et al.. Development and clinical validation of real‐time artificial intelligence diagnostic companion for fetal ultrasound examination. Ultrasound in Obstetrics and Gynecology = Ultrasound in Obstetrics & Gynecology, 2023, 62 (3), pp.353-360. ⟨10.1002/uog.26242⟩. ⟨hal-04431562⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Agathe Senellart, Clément Chadebec, Stéphanie Allassonnière. MultiVae: A Python library for Multimodal Generative Autoencoders. 2023. ⟨hal-04207151⟩

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Clément Chadebec, Stéphanie Allassonnière. Variational Inference for Longitudinal Data Using Normalizing Flows. 2023. ⟨hal-04206103⟩

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Agathe Senellart, Clément Chadebec, Stéphanie Allassonnière, Stéphanie Allassonnière. Improving Multimodal Joint Variational Autoencoders through Normalizing Flows and Correlation Analysis. 2023. ⟨hal-04207134⟩

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2022

Journal articles

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Clément Chadebec, Elina Thibeau-Sutre, Ninon Burgos, Stéphanie Allassonnière. Data Augmentation in High Dimensional Low Sample Size Setting Using a Geometry-Based Variational Autoencoder. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2022, ⟨10.1109/TPAMI.2022.3185773⟩. ⟨hal-03214093⟩

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Thomas Lartigue, Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière. Deterministic Approximate EM Algorithm; Application to the Riemann Approximation EM and the Tempered EM. Algorithms, 2022, Stochastic Algorithms and Their Applications, 15 (3), pp.78. ⟨10.3390/a15030078⟩. ⟨hal-02513593v4⟩

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Solange Pruilh, Anne-Sophie Jannot, Stéphanie Allassonnière. Spatio-temporal mixture process estimation to detect population dynamical changes. Artificial Intelligence in Medicine, 2022, 126, pp.102258. ⟨10.1016/j.artmed.2022.102258⟩. ⟨hal-02933217v3⟩

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Clément Mantoux, Stanley Durrleman​, Stéphanie Allassonnière. Asymptotic Analysis of a Matrix Latent Decomposition Model. ESAIM: Probability and Statistics, 2022, 26, pp.208-242. ⟨10.1051/ps/2022004⟩. ⟨hal-03674722⟩

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Conference papers

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Clément Chadebec, Louis J Vincent, Stéphanie Allassonnière. Pythae: Unifying Generative Autoencoders in Python – A Benchmarking Use Case. Proceedings of the Neural Information Processing Systems Track on Datasets and Benchmark, Nov 2022, New Orleans, United States. ⟨hal-03697439⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Fleur Gaudfernau, Eléonore Blondiaux, Stéphanie Allassonnière, Erwan Le Pennec. Wavelet-Based Multiscale Initial Flow For Improved Atlas Estimation in the Large Diffeomorphic Deformation Model Framework. 2022. ⟨hal-03620367⟩

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Fleur Gaudfernau, Eleonore Blondiaux, Stéphanie Allassonnière. Analysis of the Anatomical Variability of Fetal Brains with Corpus Callosum Agenesis. 2022. ⟨hal-03546165⟩

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2021

Journal articles

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Roberta Armignacco, Anne Jouinot, Lucas Bouys, Amandine Septier, Thomas Lartigue, et al.. Identification of glucocorticoid-related molecular signature by whole blood methylome analysis. European Journal of Endocrinology, 2021, pp.EJE-21-0907.R1. ⟨10.1530/EJE-21-0907⟩. ⟨hal-03497285⟩

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Thomas Lartigue, Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière. Mixture of Conditional Gaussian Graphical Models for unlabelled heterogeneous populations in the presence of co-factors. SN Computer Science, 2021, 2 (466), ⟨10.1007/s42979-021-00865-5⟩. ⟨hal-02874192v5⟩

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Roberta Armignacco, Anne Jouinot, Lucas Bouys, Amandine Septier, Thomas Lartigue, et al.. Le profil de méthylome du sang total comme biomarqueur de l’excès des glucocorticoïdes. Annales d’Endocrinologie = Annals of Endocrinology, 2021, 82 (5), pp.238. ⟨10.1016/j.ando.2021.07.058⟩. ⟨hal-03507501⟩

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Thomas Lartigue, Simona Bottani, Stephanie Baron, Olivier Colliot, Stanley Durrleman, et al.. Gaussian Graphical Model exploration and selection in high dimension low sample size setting. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2021, 43 (9), pp.3196-3213. ⟨10.1109/TPAMI.2020.2980542⟩. ⟨hal-02504034⟩

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Stéphanie Allassonnière, Juliette Chevallier. A New Class of Stochastic EM Algorithms. Escaping Local Maxima and Handling Intractable Sampling. Computational Statistics and Data Analysis, 2021, 159, pp.107159. ⟨10.1016/j.csda.2020.107159⟩. ⟨hal-02044722v4⟩

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Adrien Coulet, Stéphanie Allassonniere, François Angoulvant, Anita Burgun, Xiaoyi Chen, et al.. L’équipe-projet HeKA. Bulletin de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 2021, 112, pp.29-32. ⟨hal-03485904⟩

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Igor Koval, Alexandre Bône, Maxime Louis, Thomas Lartigue, Simona Bottani, et al.. AD Course Map charts Alzheimer’s disease progression. Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-87434-1⟩. ⟨hal-01964821v3⟩

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Clément Mantoux, Baptiste Couvy-Duchesne, Federica Cacciamani, Stéphane Epelbaum, Stanley Durrleman​, et al.. Understanding the Variability in Graph Data Sets through Statistical Modeling on the Stiefel Manifold. Entropy, 2021, 23 (4), pp.490. ⟨10.3390/e23040490⟩. ⟨hal-03215733⟩

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Juliette Chevallier, Vianney Debavelaere, Stéphanie Allassonnière. A coherent framework for learning spatiotemporal piecewise-geodesic trajectories from longitudinal manifold-valued data. SIAM Journal on Imaging Sciences, 2021, 14 (1), pp.349-388. ⟨10.1137/20M1328026⟩. ⟨hal-01646298v4⟩

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Conference papers

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Julien J. Stirnemann, Rémi Besson, Emmanuel Spaggiari, Nicolas Bourgon, Sandra Rojo, et al.. VP17.02: Description and clinical validation of a real‐time AI diagnostic companion for fetal ultrasound examination. ISUOG 2021 – 31st World Congress on Ultrasound in Obstetrics and Gynecology, Oct 2021, Online, France. pp.169-170, ⟨10.1002/uog.24291⟩. ⟨hal-04431539⟩

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Fleur Gaudfernau, Eleonore Blondiaux, Stéphanie Allassonniere. Analysis of the Anatomical Variability of Fetal Brains with Corpus Callosum Agenesis. MICCAI 2021 – Perinatal, Preterm and Paediatric Image Analysis Workshop, Oct 2021, Strasbourg, France. ⟨10.1007/978-3-030-87735-4_26⟩. ⟨hal-03362573⟩

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Clément Chadebec, Stéphanie Allassonnière. Data Augmentation with Variational Autoencoders and Manifold Sampling. DALI 2021 : 1st MICCAI Workshop on Data Augmentation, Labeling, and Imperfections, Oct 2021, Strasbourg, France. ⟨hal-03180775v2⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Vianney Debavelaere, Stéphanie Allassonnière. On the curved exponential family in the Stochatic Approximation Expectation Maximization Algorithm. 2021. ⟨hal-03128554⟩

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2020

Journal articles

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Roberta Armignacco, Thomas Lartigue, Anne Jouinot, Amandine Septier, Mario Neou, et al.. Identification d’une signature moléculaire d’hypercortisolisme par analyse du methylome du sang total. Annales d’Endocrinologie = Annals of Endocrinology, 2020, 81 (4), pp.180. ⟨10.1016/j.ando.2020.07.117⟩. ⟨hal-03035962⟩

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Vianney Debavelaere, Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière. Learning the clustering of longitudinal shape data sets into a mixture of independent or branching trajectories. International Journal of Computer Vision, 2020, ⟨10.1007/s11263-020-01337-8⟩. ⟨hal-02283747v2⟩

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Conference papers

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Frédéric Logé, Rémi Besson, Stéphanie Allassonnière. Optimisation des parcours patients pour lutter contre l’errance de diagnostic des patients atteints de maladies rares. Journées de Statistiques de la SFDS, May 2020, Nice, France. ⟨hal-02973092⟩

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Rémi Besson, Erwan Le Pennec, Emmanuel Spaggiari, Antoine Neuraz, Julien Stirnemann, et al.. Optimization of a Sequential Decision Making Problem for a Rare Disease Diagnostic Application. ICAART 2020 – 12th International Conference on Agents and Artificial Intelligence, Feb 2020, Valletta, Malta. pp.475-482, ⟨10.5220/0008938804750482⟩. ⟨hal-04432698⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Vianney Debavelaere, Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière. On the convergence of stochastic approximations under a subgeometric ergodic Markov dynamic. 2020. ⟨hal-02549618v2⟩

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Clément Chadebec, Clément Mantoux, Stéphanie Allassonnière. Geometry-Aware Hamiltonian Variational Auto-Encoder. 2020. ⟨hal-02974244⟩

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2019

Journal articles

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Rémi Besson, Erwan Le Pennec, Stéphanie Allassonnière. Learning from Both Experts and Data. Entropy, 2019, 21 (12), pp.1208. ⟨10.3390/e21121208⟩. ⟨hal-04432717⟩

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Conference papers

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Vianney Debavelaere, Alexandre Bône, Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière. Clustering of longitudinal shape data sets using mixture of separate or branching trajectories. Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention — MICCAI, Oct 2019, Shenzhen, China. pp.66-74. ⟨hal-02103355⟩

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Igor Koval, Arnaud Marcoux, Ninon Burgos, Stéphanie Allassonnière, Olivier Colliot, et al.. Deciphering the progression of PET alterations using surface-based spatiotemporal modeling. OHBM 2019 – Annual meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jun 2019, Rome, Italy. ⟨hal-02134909⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Igor Koval, Stéphanie Allassonnière, Stanley Durrleman. Simulation of virtual cohorts increases predictive accuracy of cognitive decline in MCI subjects. 2019. ⟨hal-02089881⟩

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2018

Journal articles

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Igor Koval, Jean-Baptiste Schiratti, Alexandre M Routier, Michael Bacci, Olivier Colliot, et al.. Spatiotemporal Propagation of the Cortical Atrophy: Population and Individual Patterns. Frontiers in Neurology, 2018, 9, pp.235. ⟨10.3389/fneur.2018.00235⟩. ⟨hal-01910400⟩

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2017

Journal articles

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Jean-Baptiste Schiratti, Stéphanie Allassonniere, Olivier Colliot, Stanley Durrleman. A Bayesian mixed-effects model to learn trajectories of changes from repeated manifold-valued observations. Journal of Machine Learning Research, 2017, 18, pp.1-33. ⟨hal-01540367v3⟩

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Loïc Devilliers, Stéphanie Allassonnière, Alain Trouvé, Xavier Pennec. Template estimation in computational anatomy: Fréchet means in top and quotient spaces are not consistent. SIAM Journal on Imaging Sciences, 2017, 10 (3), pp.1139-1169. ⟨10.1137/16M1083931⟩. ⟨hal-01352707v4⟩

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Loïc Devilliers, Stéphanie Allassonnière, Alain Trouvé, Xavier Pennec. Inconsistency of template estimation by minimizing of the variance/pre-variance in the quotient space. Entropy, 2017, 19 (6), pp.article 288. ⟨10.3390/e19060288⟩. ⟨hal-01543616⟩

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Conference papers

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Juliette Chevallier, Stéphane Oudard, Stéphanie Allassonnière. Learning spatiotemporal piecewise-geodesic trajectories from longitudinal manifold-valued data. 31st Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2017), Dec 2017, Long Beach, United States. ⟨hal-01646230⟩

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Igor Koval, Jean-Baptiste Schiratti, Alexandre Routier, Michael Bacci, Olivier Colliot, et al.. Statistical learning of spatiotemporal patterns from longitudinal manifold-valued networks. Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2017, Quebec City, Canada. ⟨hal-01540828⟩

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Loïc Devilliers, Xavier Pennec, Stéphanie Allassonnière. Inconsistency of Template Estimation with the Fréchet mean in Quotient Space. Information Processing in Medical Imaging. IPMI 2017., Martin Styner; Marc Niethammer; Dinggang Shen; Stephen Aylward; Ipek Oguz; Hongtu Zhu, Jun 2017, Boone, United States. pp.16-27, ⟨10.1007/978-3-319-59050-9_2⟩. ⟨hal-01481074v2⟩

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Poster communications

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Juliette Chevallier, Stéphane Oudard, Stéphanie Allassonnière. Learning spatiotemporal piecewise-geodesic trajectories from longitudinal manifold-valued data. Neural Information Processing Systems 2017, Dec 2017, Long Beach, CA, United States. . ⟨hal-01646617v2⟩

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2015

Journal articles

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Stéphanie Allassonnière, S Durrleman, E Kuhn. Bayesian Mixed Effect Atlas Estimation with a Diffeomorphic Deformation Model. SIAM Journal on Imaging Sciences, 2015, 8 (3), pp.29. ⟨10.1137/140971762⟩. ⟨hal-01246570⟩

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Stéphanie Allassonnière, Estelle Kuhn. Convergent stochastic Expectation Maximization algorithm with efficient sampling in high dimension. Application to deformable template model estimation. Computational Statistics and Data Analysis, 2015, 91, pp.4-19. ⟨10.1016/j.csda.2015.04.011⟩. ⟨hal-01535284⟩

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Conference papers

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Jean-Baptiste Schiratti, Stéphanie Allassonniere, Olivier Colliot, Stanley Durrleman. Learning spatiotemporal trajectories from manifold-valued longitudinal data. Neural Information Processing Systems, Dec 2015, Montréal, Canada. ⟨hal-01163373v3⟩

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Jean-Baptiste Schiratti, Stéphanie Allassonnière, Olivier Colliot, Stanley Durrleman. Mixed-effects model for the spatiotemporal analysis of longitudinal manifold-valued data. 5th MICCAI Workshop on Mathematical Foundations of Computational Anatomy, Oct 2015, Munich, Germany. ⟨hal-01245905⟩

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Stéphanie Allassonnière, Loïc Devilliers, Xavier Pennec. Estimating the Template in the Total Space with the Fréchet Mean on Quotient Spaces may have a Bias: a Case Study on Vector Spaces Quotiented by the Group of Translations. Mathematical Foundations of Computational Anatomy (MFCA’15), Oct 2015, Munich, Germany. pp.131-142. ⟨hal-01203816⟩

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François Deloche, Fabrizio de Vico Fallani, Stéphanie Allassonniere. Innovation-based sparse estimation of functional connectivity from multivariate autoregressive models. SPIE, Wavelets and Sparsity XVI, Aug 2015, San Diego, United States. ⟨10.1117/12.2189640⟩. ⟨hal-01260223⟩

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Jean-Baptiste Schiratti, Stéphanie Allassonniere, Alexandre Routier, Olivier Colliot, Stanley Durrleman. A mixed-effects model with time reparametrization for longitudinal univariate manifold-valued data. IPMI – Information Processing in Medical Imaging , Sebastien Ourselin, Daniel C. Alexander, Carl-Fredrik Westin, M. Jorge Cardoso, Jun 2015, Sleat, Isle of Skye, United Kingdom. pp.564-575. ⟨hal-01163213⟩

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Poster communications

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Estelle Kuhn, Stéphanie Allassonnière, Stanley Durrleman. Convergent stochastic Expectation Maximization algorithm with efficient sampling in high dimension. Application to deformable template model estimation. 8th International Conference of the ERCIM WG on Computational and Methodological Statistics (CMStatistics 2015), Dec 2015, London, United Kingdom. , 2015. ⟨hal-01606162⟩

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Jean-Baptiste Schiratti, Stéphanie Allassonniere, Olivier Colliot, Stanley Durrleman. Learning spatio-temporal trajectories from manifold-valued longitudinal data. Neural Information Processing Systems, Dec 2015, Montréal, Canada. , Advances in Neural Information Processing Systems. ⟨hal-01245909⟩

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Estelle Kuhn, Stéphanie Allassonniere, Stanley Durrleman. Convergent stochastic Expectation Maximization algorithm with efficient sampling in high dimension. Application to deformable template model estimation. 30th European Meeting of Statisticians -EMS, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands. 2015. ⟨hal-01606163⟩

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2014

Journal articles

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Hao Xu, Bertrand Thirion, Stéphanie Allassonnière. Probabilistic Atlas and Geometric Variability Estimation to Drive Tissue Segmentation. Statistics in Medicine, 2014, 33 (20), pp.24. ⟨10.1002/sim.6156⟩. ⟨hal-01094739⟩

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Reports

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Stéphanie Allassonnière, Stanley Durrleman, Estelle Kuhn. Bayesian mixed effect atlas estimation with a diffeomorphic deformation model. [Technical Report] R2014-2, Inra. 2014. ⟨hal-02801668⟩

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2013

Journal articles

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Stéphanie Allassonnière, Jérémie Bigot, Joan Alexis Glaunès, Florian Maire, Frederic J.P. Richard. Statistical models for deformable templates in image and shape analysis (Modèles statistiques d’atlas déformables pour l’analyse d’images et de formes). Annales Mathématiques Blaise Pascal, 2013, 20 (1), pp.1-35. ⟨10.5802/ambp.320⟩. ⟨hal-00857423⟩

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Islem Rekik, Stéphanie Allassonnière, Olivier Clatz, Ezequiel Geremia, Erin Stretton, et al.. Tumor Growth Parameters Estimation and Source Localization From a Unique Time Point: Application to Low-grade Gliomas. Computer Vision and Image Understanding, 2013, 117 (3), pp.238–249. ⟨10.1016/j.cviu.2012.11.001⟩. ⟨hal-00813881⟩

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Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière, S. Joshi. Sparse Adaptive Parameterization of Variability in Image Ensembles. International Journal of Computer Vision, 2013, 101 (1), pp.161-183. ⟨10.1007/s11263-012-0556-1⟩. ⟨hal-00817565⟩

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Islem Rekik, Stéphanie Allassonnière, Stanley Durrleman, Trevor Carpenter, Joanna M Wardlaw. Spatiotemporal Dynamic Simulation of Acute Perfusion/Diffusion Ischemic Stroke Lesions Evolution: A Pilot Study Derived from Longitudinal MR Patient Data. Computational and Mathematical Methods in Medicine, 2013, ⟨10.1155/2013/283593⟩. ⟨hal-00935051⟩

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Conference papers

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Hao Xu, Bertrand Thirion, Stéphanie Allassonnière. Bayesian Estimation of Probabilistic Atlas for Anatomically-Informed Functional MRI Group Analyses. MICCAI – 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan. ⟨hal-00853097⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Stéphanie Allassonniere, Estelle Kuhn. Convergent Stochastic Expectation Maximization algorithm with efficient sampling in high dimension. Application to deformable template model estimation. 2013. ⟨hal-00720617v4⟩

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2012

Conference papers

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Islem Rekik, Stéphanie Allassonniere, Carpenter Trevor, Joanna Wardlaw, Stanley Durrleman. Dynamic Patient-specific Modeling of Ischemic Stroke Lesion Evolution: From Presentation to Final Damage using Diffusion, Perfusion and T2 MR imaging. XXI European Stroke Conference, May 2012, Lisbon, Portugal. ⟨hal-00818432⟩

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Islem Rekik, Stéphanie Allassonniere, Stanley Durrleman, Carpenter Trevor, Joanna Wardlaw. 4D spatio-temporal perfusion-diffusion evolution scenarios estimation in acute-subacute ischemic stroke. ISMRM – International Society for Magnetic Resonance in Medicine, May 2012, Melbourne, Australia. ⟨hal-00818430⟩

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2011

Conference papers

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Stéphanie Allassonnière, Pierre Jolivet, Christophe Giraud. Detecting Long Distance Conditional Correlations Between Anatomical Regions Using Gaussian Graphical Models. Proceedings of the Third International Workshop on Mathematical Foundations of Computational Anatomy – Geometrical and Statistical Methods for Modelling Biological Shape Variability, Sep 2011, Toronto, Canada. pp.111-122. ⟨inria-00623930⟩

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2010

Journal articles

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Stéphanie Allassonnière, Estelle Kuhn. Stochastic algorithm for Bayesian mixture effect template estimation. ESAIM: Probability and Statistics, 2010, 14, pp.382-408. ⟨10.1051/ps/2009001⟩. ⟨hal-00654474⟩

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Stéphanie Allassonnière, Estelle Kuhn, Alain Trouvé. Bayesian consistent estimation in deformable models using stochastic algorithms: Applications to medical images. Journal de la Société Française de Statistique, 2010, 151 (1), pp.1-16. ⟨hal-02653610⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Stéphanie Allassonniere, Laurent Younes. A Stochastic Algorithm for Probabilistic Independent Component Analysis. 2010. ⟨hal-00511165⟩

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2009

Preprints, Working Papers, …

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Stéphanie Allassonnière, Estelle Kuhn. Stochastic Algorithm For Parameter Estimation For Dense Deformable Template Mixture Model. 2009. ⟨hal-00250375v2⟩

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2008

Conference papers

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Stéphanie Allassonnière, Estelle Kuhn, Alain Trouvé. MAP Estimation of Statistical Deformable Templates Via Nonlinear Mixed Effects Models : Deterministic and Stochastic Approaches. 2nd MICCAI Workshop on Mathematical Foundations of Computational Anatomy, Oct 2008, New-York, United States. pp.80-91. ⟨inria-00632876⟩

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Preprints, Working Papers, …

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Stéphanie Allassonnière, Estelle Kuhn, Alain Trouvé. CONSTRUCTION OF BAYESIAN DEFORMABLE MODELS VIA STOCHASTIC APPROXIMATION ALGORITHM: A CONVERGENCE STUDY. 2008. ⟨hal-00151999v2⟩

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