Publications

2024

Journal articles

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Increased levels of GM-CSF and CXCL10 and low CD8+ memory stem T Cell count are markers of immunosenescence and severe COVID-19 in older people

auteur

Johanne Poisson, Carine El-Sissy, Arnaud Serret-Larmande, Nikaïa Smith, Morgane Lebraud, Jean-Loup Augy, Catherine Conti, Cécile Gonnin, Benjamin Planquette, Jean-Benoît Arlet, Bertrand Hermann, Bruno Charbit, Jean Pastre, Floriane Devaux, Cyrielle Ladavière, Lydie Lim, Pauline Ober, Johanna Cannovas, Lucie Biard, Marie-Christelle Gulczynski, Noémie Blumenthal, Hélène Péré, Camille Knosp, Alain Gey, Nadine Benhamouda, Juliette Murris, David Veyer, Eric Tartour, Jean-Luc Diehl, Darragh Duffy, Elena Paillaud, Clémence Granier

article

Immunity and Ageing, 2024, 21 (1), pp.28. ⟨10.1186/s12979-024-00430-7⟩

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MIRO study: Do the results of a randomized controlled trial apply in a real population?

auteur

Alexandre Challine, Mehdi Kirouani, Sheraz Markar, Stylianos Tzedakis, Romain Jaquet, Guillaume Piessen, Tienhan Sandrine Dabakoyo-Yonli, Jérémie Lefèvre, Andrea Lazzati, Thibault Voron

article

Surgery, 2024, 175 (4), pp.1055-1062. ⟨10.1016/j.surg.2023.11.026⟩

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Study of Risk Factors for Readmission After Pancreatectomy for Cancer

auteur

Ugo Marchese, Jean-François Desbiens, Xavier Lenne, Gaanan Naveendran, Stylianos Tzedakis, Martin Gaillard, Amelie Bruandet, Didier Theis, Laurent Boyer, Stéphanie Truant, David Fuks, Mehdi El Amrani

article

Annals of Surgery, 2024, 279 (3), pp.486-492. ⟨10.1097/SLA.0000000000005929⟩

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Performance and clinical utility of a new supervised machine-learning pipeline in detecting rare ciliopathy patients based on deep phenotyping from electronic health records and semantic similarity

auteur

Carole Faviez, Marc Vincent, Nicolas Garcelon, Olivia Boyer, Bertrand Knebelmann, Laurence Heidet, Sophie Saunier, Xiaoyi Chen, Anita Burgun

article

Orphanet Journal of Rare Diseases, 2024, 19 (1), pp.55. ⟨10.1186/s13023-024-03063-7⟩

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Rapid access to innovative medicinal products while ensuring relevant health technology assessment. Position of the French National Authority for Health

auteur

Antoine Vanier, Judith Fernandez, Sophie Kelley, Lise Alter, Patrick Semenzato, Corinne Alberti, Sylvie Chevret, Dominique Costagliola, Michel Cucherat, Bruno Falissard, François Gueyffier, Jérôme Lambert, Etienne Lengliné, Clara Locher, Florian Naudet, Raphaël Porcher, Rodolphe Thiébaut, Muriel Vray, Sarah Zohar, Pierre Cochat, Dominique Le Guludec

article

BMJ Evidence-Based Medicine, 2024, 29 (1), pp.1-5. ⟨10.1136/bmjebm-2022-112091⟩

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Protocol for fever control using external cooling in mechanically ventilated patients with septic shock: SEPSISCOOL II randomised controlled trial

auteur

Armelle Guénégou-Arnoux, Juliette Murris, Stéphane Bechet, Camille Jung, Johann Auchabie, Julien Dupeyrat, Nadia Anguel, Pierre Asfar, Julio Badie, Dorothée Carpentier, Benjamin Chousterman, Jeremy Bourenne, Agathe Delbove, Jérôme Devaquet, Nicolas Deye, Guillaume Dumas, Anne-Florence Dureau, Jean-Baptiste Lascarrou, Stephane Legriel, Christophe Guitton, Caroline Jannière-Nartey, Jean-Pierre Quenot, Jean-Claude Lacherade, Julien Maizel, Armand Mekontso Dessap, Bruno Mourvillier, Philippe Petua, Gaetan Plantefeve, Jean-Christophe Richard, Alexandre Robert, Clément Saccheri, Ly van Phach Vong, Sandrine Katsahian, Frédérique Schortgen

article

BMJ Open, 2024, 14 (1), pp.e069430. ⟨10.1136/bmjopen-2022-069430⟩

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A systematic review and meta-analysis of the incidence of post-thrombotic syndrome, recurrent thromboembolism, and bleeding after upper extremity vein thrombosis

auteur

Olivier Espitia, Alizée Raimbeau, Benjamin Planquette, Sandrine Katsahian, Olivier Sanchez, Benjamin Espinasse, Antoine Bénichou, Juliette Murris

article

Journal of Vascular Surgery: Venous and Lymphatic Disorders, 2024, 12 (1), pp.101688. ⟨10.1016/j.jvsv.2023.09.002⟩

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Next generation phenotyping for diagnosis and phenotype–genotype correlations in Kabuki syndrome

auteur

Quentin Hennocq, Marjolaine Willems, Jeanne Amiel, Stéphanie Arpin, Tania Attie-Bitach, Thomas Bongibault, Thomas Bouygues, Valérie Cormier-Daire, Pierre Corre, Klaus Dieterich, Maxime Douillet, Jean Feydy, Eva Galliani, Fabienne Giuliano, Stanislas Lyonnet, Arnaud Picard, Thantrira Porntaveetus, Marlène Rio, Flavien Rouxel, Vorasuk Shotelersuk, Annick Toutain, Kevin Yauy, David Geneviève, Roman H Khonsari, Nicolas Garcelon

article

Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.2330. ⟨10.1038/s41598-024-52691-3⟩

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Conference papers

titre

Comparing NER approaches on French clinical text, with easy-to-reuse pipelines

auteur

Thibault Hubert, Ghislain Vaillant, Olivier Birot, Camila Arias, Antoine Neuraz, Adrien Coulet

article

MIE 2024 – 34th Medical Informatics Europe Conference, Aug 2024, Athens, Greece

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A novel methodological framework for the analysis of health trajectories and survival outcomes in heart failure patients

auteur

Juliette Murris, Tristan Amadei, Tristan Kirscher, Antoine Klein, Anne-Isabelle Tropeano, Sandrine Katsahian

article

ICLR 2024 Workshop on Learning from Time Series For Health, May 2024, Vienna, Austria. ⟨10.48550/arXiv.2403.03138⟩

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Representation and comparison of chemotherapy protocols with ChemoKG and graph embeddings

auteur

Jong Ho Jhee, Alice Rogier, Dune Giraud, Emma Pinet, Brigitte Sabatier, Bastien Rance, Adrien Coulet

article

SWAT4HCLS 2024 – 15th International Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences Conferenc, Feb 2024, Leiden (NL), Netherlands

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Patents

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Real-time diagnosis aid method and decision-support for medical diagnosis to a user of a medical system

auteur

Stéphanie Allassonnière, Rémi Besson, Erwan Le Pennec

article

United States, Patent n° : US11881309B2. 2024

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Preprints, Working Papers, …

titre

Random survival forests for the analysis of recurrent events for right-censored data, with or without a terminal event

auteur

Juliette Murris, Olivier Bouaziz, Michal Jakubczak, Sandrine Katsahian, Audrey Lavenu

article

2024

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titre

Dynamic Expectation-Maximization algorithms for Mixed-type Data

auteur

Solange Pruilh, Stéphanie Allassonnière

article

2024

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2023

Journal articles

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Circulating Von Willebrand factor: a consistent biomarker predicting in-hospital mortality across different waves of the COVID-19 pandemic

auteur

David Smadja, Anne-Sophie Jannot, Aurélien Philippe, Estelle Lu, Jeanne Rancic, Olivier Sanchez, Richard Chocron, Nicolas Gendron, Jean-Luc Diehl

article

Angiogenesis, 2023, ⟨10.1007/s10456-023-09901-9⟩

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titre

Télésurveillance dans l’asthme pédiatrique : vers des systèmes cyber-physiques

auteur

David Drummond, Apolline Gonsard

article

Perfectionnement en Pédiatrie, 2023, 6 (4), pp.244-249. ⟨10.1016/j.perped.2023.10.009⟩

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Genicular artery embolization for knee osteoarthritis: Results of the LipioJoint-1 trial

auteur

Marc Sapoval, Charles Querub, Helena Pereira, Olivier Pellerin, Tom Boeken, Alessandro Di Gaeta, Marc Al Ahmar, Marie-Martine Lefevre-Colau, Christelle Nguyen, Camille Daste, Maxime Lacroix, Jean-Denis Laredo, Brigitte Sabatier, Nicolas Martelli, Gilles Chatellier, Carole Déan, François Rannou

article

Diagnostic and Interventional Imaging, 2023, ⟨10.1016/j.diii.2023.12.003⟩

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Comparison of idiopathic and drug-induced epidermal necrolysis in children

auteur

Anne Welfringer-Morin, Pauline Bataille, David Drummond, Nathalia Bellon, Saskia Ingen-Housz-Oro, Julie Bonigen, Sophie Schmartz, Laura Giraud-Kerleroux, Florence Moulin, Laure de Saint Blanquat, Dominique Bremond-Gignac, Smail Hadj-Rabia, Christine Bodemer

article

British Journal of Dermatology, 2023, 189 (5), pp.631-633. ⟨10.1093/bjd/ljad226⟩

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Towards filling the gaps around recurrent events in high dimensional framework: a systematic literature review and application

auteur

Juliette Murris, Anais Charles-Nelson, Abir Tadmouri Sellier, Audrey Lavenu, Sandrine Katsahian

article

Biostatistics & Epidemiology, 2023, 7 (1), ⟨10.1080/24709360.2023.2283650⟩

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Novel Benchmark Values for Open Major Anatomic Liver Resection in Non-cirrhotic Patients

auteur

Richard Sousa da Silva, Eva Breuer, Sadhana Shankar, Shoji Kawakatsu, Wacław Hołówko, João Santos Coelho, Heithem Jeddou, Teiichi Sugiura, Mohammed Ghallab, Doris da Silva, Genki Watanabe, Florin Botea, Nozomu Sakai, Pietro Addeo, Stylianos Tzedakis, Fabian Bartsch, Kaja Balcer, Chetana Lim, Fabien Werey, Victor Lopez-Lopez, Luciana Peralta Montero, Rodrigo Sanchez Claria, Jennifer Leiting, Neeta Vachharajani, Eve Hopping, Orlando Torres, Satoshi Hirano, Daan Andel, Jeroen Hagendoorn, Alicja Psica, Matteo Ravaioli, Keun Soon Ahn, Tim Reese, Leonardo Montes, Ganesh Gunasekaran, Cándido Alcázar, Jin Hong Lim, Muhammad Haroon, Qian Lu, Antonio Castaldi, Tatsuya Orimo, Beat Moeckli, Teresa Abadía, Luis Ruffolo, Josefina Dib Hasan, Francesca Ratti, Emmanuele Kauffmann, Roeland de Wilde, Wojciech Polak, Ugo Boggi, Luca Aldrighetti, Lucas Mccormack, Roberto Hernandez-Alejandro, Alejandro Serrablo, Christian Toso, Akinobu Taketomi, Jean Gugenheim, Jiahong Dong, Faisal Hanif, Joon Seong Park, José Ramia, Myron Schwartz, Diego Ramisch, Michelle de Oliveira, Karl Oldhafer, Koo Jeong Kang, Matteo Cescon, Peter Lodge, Inne Rinkes, Takehiro Noji, John-Edwin Thomson, Su Kah Goh, William Chapman, Sean Cleary, Juan Pekolj, Jean-Marc Regimbeau, Olivier Scatton, Stéphanie Truant, Hauke Lang, David Fuks, Philippe Bachellier, Masayuki Ohtsuka, Irinel Popescu, Kiyoshi Hasegawa, Mickaël Lesurtel, René Adam, Daniel Cherqui, Katsuhiko Uesaka, Karim Boudjema, Hugo Pinto-Marques, Michał Grąt, Henrik Petrowsky, Tomoki Ebata, Andreas Prachalias, Ricardo Robles-Campos, Pierre-Alain Clavien

article

Annals of Surgery, 2023, 278 (5), pp.748-755. ⟨10.1097/SLA.0000000000006012⟩

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Risk factors for thromboembolic events in patients hospitalized for COVID-19 pneumonia in a general ward and requiring treatment with oxygen

auteur

Raphaël Degrave, Juliette Murris, Anaïs Charles-Nelson, Olivier Hermine, Raphaël Porcher, Philippe Ravaud, Xavier Mariette, Pierre-Louis Tharaux, Matthieu Resche-Rigon, Olivier Sanchez, Sandrine Katsahian, Jean-Benoît Arlet

article

Postgraduate Medical Journal, 2023, ⟨10.1093/postmj/qgad104⟩

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COVID-19 and excess mortality of patients with liver cancer in France, January 2020–September 2022

auteur

Stylianos Tzedakis, Ortal Yzhaky Shapira, Michaël Schwarzinger, Sandrine Katsahian, Andrea Lazzati, Anthony Dohan, Romain Coriat, Philippe Sogni, Stanislas Pol, David Fuks, Vincent Mallet, Ugo Marchese, Samir Bouam, Marco Alifano

article

British Journal of Surgery, 2023, ⟨10.1093/bjs/znad359⟩

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Fluid Intake in Critically Ill Patients: The “Save Useless Fluids For Intensive Resuscitation” Multicenter Prospective Cohort Study

auteur

Frédérique Schortgen, Cécilia Tabra Osorio, Dorothée Carpentier, Matthieu Henry, Pascal Beuret, Guillaume Lacave, Georges Simon, Pierre-Yves Blanchard, Tiphanie Gobe, Antoine Guillon, Laurent Bitker, Guillaume Duhommet, Jean-Pierre Quenot, Matthieu Le Meur, Sébastien Jochmans, Fabrice Dubouloz, Nolwenn Mainguy, Josselin Saletes, Thibault Creutin, Pierre Nicolas, Julien Senay, Anne-Lise Berthelot, Delphine Rizk, David Tran Van, Audrey Riviere, Sarah Beatrice Heili-Frades, Justine Nunes, Nadine Robquin, Sylvie Lhotellier, Stanislas Ledochowski, Armelle Guénégou-Arnoux, Adrien Constan

article

Critical Care Medicine, 2023, ⟨10.1097/CCM.0000000000006091⟩

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ERS “CONNECT” Clinical Research Collaboration – moving multiple digital innovations towards connected respiratory care: addressing the over-arching challenges of whole systems implementation

auteur

Job F.M. van Boven, David Drummond, Amy H.Y. Chan, Mark Hew, Chi Yan Hui, Ireti Adejumo, Isaac Cano, Kjeld Hansen, Vitalii Poberezhets, Richard W Costello, Hilary Pinnock

article

European Respiratory Journal, 2023, 62 (5), pp.2301680. ⟨10.1183/13993003.01680-2023⟩

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Proteometabolomics of initial and recurrent glioblastoma highlights an increased immune cell signature with altered lipid metabolism

auteur

Miguel Cosenza-Contreras, Agnes Schäfer, Justin Sing, Lena Cook, Maren Stillger, Chia-Yi Chen, Jose Villacorta Hidalgo, Niko Pinter, Larissa Meyer, Tilman Werner, Darleen Bug, Zeno Haberl, Oliver Kübeck, Kai Zhao, Susanne Stei, Anca Violeta Gafencu, Radu Ionita, Felix Brehar, Jaime Ferrer-Lozano, Gloria Ribas, Leo Cerdá-Alberich, Luis Martí-Bonmatí, Christopher Nimsky, Alexis van Straaten, Martin Biniossek, Melanie Föll, Nina Cabezas-Wallscheid, Jörg Büscher, Hannes Röst, Armelle Arnoux, Jörg Bartsch, Oliver Schilling

article

Neuro-Oncology, 2023, ⟨10.1093/neuonc/noad208⟩

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titre

Enhancing quality and impact of early phase dose-finding clinical trial protocols: SPIRIT Dose-finding Extension (SPIRIT-DEFINE) guidance

auteur

Christina Yap, Jan Rekowski, Moreno Ursino, Olga Solovyeva, Dhrusti Patel, Munyaradzi Dimairo, Christopher Weir, An-Wen Chan, Thomas Jaki, Adrian Mander, Thomas Evans, Richard Peck, Kathryn Hayward, Melanie Calvert, Khadija Rerhou Rantell, Shing Lee, Andrew Kightley, Sally Hopewell, Deborah Ashby, Elizabeth Garrett-Mayer, John Isaacs, Robert Golub, Olga Kholmanskikh, Dawn Richards, Oliver Boix, James Matcham, Lesley Seymour, S Percy Ivy, Lynley Marshall, Antoine Hommais, Rong Liu, Yoshiya Tanaka, Jordan Berlin, Aude Espinasse, Johann de Bono

article

BMJ – British Medical Journal, In press, pp.e076386. ⟨10.1136/bmj-2023-076386⟩

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Enhancing reporting quality and impact of early phase dose-finding clinical trials: CONSORT Dose-finding Extension (CONSORT-DEFINE) guidance

auteur

Christina Yap, Olga Solovyeva, Johann de Bono, Jan Rekowski, Dhrusti Patel, Thomas Jaki, Adrian Mander, Thomas Evans, Richard Peck, Kathryn Hayward, Sally Hopewell, Moreno Ursino, Khadija Rerhou Rantell, Melanie Calvert, Shing Lee, Andrew Kightley, Deborah Ashby, An-Wen Chan, Elizabeth Garrett-Mayer, John Isaacs, Robert Golub, Olga Kholmanskikh, Dawn Richards, Oliver Boix, James Matcham, Lesley Seymour, S Percy Ivy, Lynley Marshall, Antoine Hommais, Rong Liu, Yoshiya Tanaka, Jordan Berlin, Aude Espinasse, Munyaradzi Dimairo, Christopher Weir

article

BMJ – British Medical Journal, In press, pp.e076387. ⟨10.1136/bmj-2023-076387⟩

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Psychometric Properties of a Machine Learning–Based Patient-Reported Outcome Measure on Medication Adherence: Single-Center, Cross-Sectional, Observational Study

auteur

Virginie Korb-Savoldelli, Yohann Tran, Germain Perrin, Justine Touchard, Jean Pastre, Adrien Borowik, Corine Schwartz, Aymeric Chastel, Eric Thervet, Michel Azizi, Laurence Amar, Benjamin Kably, Armelle Arnoux, Brigitte Sabatier

article

Journal of Medical Internet Research, 2023, 25, pp.e42384. ⟨10.2196/42384⟩

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titre

Pharmacovigilance studies without a priori hypothesis: systematic review highlights inappropriate multiple testing correction procedures

auteur

Louis Gaucher, Pierre Sabatier, Sandrine Katsahian, Anne-Sophie Jannot

article

Journal of Clinical Epidemiology, 2023, 162, pp.127-134. ⟨10.1016/j.jclinepi.2023.08.010⟩

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Respiratory complications in pediatric epidermal necrolysis: A retrospective study of 22 cases

auteur

Sophie Schmartz, Anne Welfringer-Morin, Muriel Le Bourgeois, Christophe Delacourt, Laureline Berteloot, Smail Hadj Rabia, Nathalia Bellon, Florence Moulin, Marie Pouletty, Nicolas Garcelon, Christine Bodemer, David Drummond

article

Journal of The American Academy of Dermatology, 2023, 89 (4), pp.857-859. ⟨10.1016/j.jaad.2023.05.092⟩

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Postoperative analgesia after surgical repair of distal radius fracture: a randomized comparison between distal peripheral nerve blockade and surgical site infiltration

auteur

Didier Sciard, Kailai Xu, Anne Soulier, Guillaume Dufour, Moreno Ursino, Corinne Alberti, Marc Beaussier

article

Minerva Anestesiologica, 2023, 89 (10), ⟨10.23736/s0375-9393.23.16956-2⟩

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Best imaging signs identified by radiomics could outperform the model: application to differentiating lung carcinoid tumors from atypical hamartomas

auteur

Paul Habert, Antoine Decoux, Lilia Chermati, Laure Gibault, Pascal Thomas, Arthur Varoquaux, Françoise Le Pimpec-Barthes, Armelle Arnoux, Loïc Juquel, Kathia Chaumoitre, Stéphane Garcia, Jean-Yves Gaubert, Loïc Duron, Laure Fournier

article

Insights into Imaging, 2023, 14 (1), pp.148. ⟨10.1186/s13244-023-01484-9⟩

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Development and clinical validation of real‐time artificial intelligence diagnostic companion for fetal ultrasound examination

auteur

Julien J. Stirnemann, Rémy Besson, Emmanuel Spaggiari, Sandra Rojo, Frédéric Logé, Hélène Peyro Saint Paul, Stéphanie Allassonnière, Erwan Le Pennec, C. Hutchinson, Neil J Sebire, Yves Ville

article

Ultrasound in Obstetrics and Gynecology = Ultrasound in Obstetrics & Gynecology, 2023, 62 (3), pp.353-360. ⟨10.1002/uog.26242⟩

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Comparative performances of machine learning algorithms in radiomics and impacting factors

auteur

Antoine Decoux, Loic Duron, Paul Habert, Victoire Roblot, Emina Arsovic, Guillaume Chassagnon, Armelle Arnoux, Laure Fournier

article

Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.14069. ⟨10.1038/s41598-023-39738-7⟩

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Pediatric heart failure with preserved ejection fraction, a review

auteur

Sophie Quennelle, Damien Bonnet

article

Frontiers in Pediatrics, 2023, 11, ⟨10.3389/fped.2023.1137853⟩

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Is Maternal Metabolic Bariatric Surgery the Best Solution to Tackle the Childhood Obesity Pandemic?—Reply

auteur

Claire Rives-Lange, Sébastien Czernichow, Anne-Sophie Jannot

article

JAMA Surgery, 2023, 158 (8), pp.892. ⟨10.1001/jamasurg.2023.0931⟩

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Incidence of and risk factors for local complications of peripheral venous catheters in patients older than 70 years: Empirical research quantitative

auteur

Emmanuelle Gras, Alexia Jean, Vincent Rocher, Yohann Tran, Sandrine Katsahian, Diane Jouclas, Catherine Dano, Johane Cedile, Dalinda Manar, Najiby Kassis Chikhani, Julien Le Guen, Clémence Patas D’illiers, David Lebeaux

article

Journal of Clinical Nursing, 2023, 32 (15-16), pp.5000-5009. ⟨10.1111/jocn.16732⟩

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Cancer-Associated Thrombosis on Bevacizumab: Risk of Recurrence and Bleeding When Bevacizumab Is Stopped or Continued

auteur

Marie Mayenga, Nicolas Falvo, Isabelle Mahé, Anne-Sophie Jannot, Benoit Gazeau, Guy Meyer, Nicolas Gendron, Olivier Sanchez, Sadji Djennaoui, Benjamin Planquette

article

Cancers, 2023, 15 (15), pp.3893. ⟨10.3390/cancers15153893⟩

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Home monitoring in asthma: towards digital twins

auteur

David Drummond, Jolt Roukema, Mariëlle Pijnenburg

article

Current Opinion in Pulmonary Medicine, 2023, 29 (4), pp.270-276. ⟨10.1097/MCP.0000000000000963⟩

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New insights into epidemiological data and impact of the COVID-19 pandemic on IgA vasculitis in children and adults: a French nationwide cohort

auteur

Valentin Maisons, Yanis Ramdani, Antoine Hankard, Claude Messiaen, Anne-Sophie Jannot, Bénédicte Sautenet, Jean-Michel Halimi, François Maillot, Évangeline Pillebout, Alexandra Audemard-Verger

article

Rheumatology International, 2023, 43 (10), pp.1791-1798. ⟨10.1007/s00296-023-05387-2⟩

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Development of consensus-driven SPIRIT and CONSORT extensions for early phase dose-finding trials: the DEFINE study

auteur

Olga Solovyeva, Munyaradzi Dimairo, Christopher Weir, Siew Wan Hee, Aude Espinasse, Moreno Ursino, Dhrusti Patel, Andrew Kightley, Sarah Hughes, Thomas Jaki, Adrian Mander, Thomas Evans, Shing Lee, Sally Hopewell, Khadija Rerhou Rantell, An-Wen Chan, Alun Bedding, Richard Stephens, Dawn Richards, Lesley Roberts, John Kirkpatrick, Johann de Bono, Christina Yap

article

BMC Medicine, 2023, 21 (1), pp.246. ⟨10.1186/s12916-023-02937-0⟩

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titre

Overview of patients’ cohorts in the French National rare disease registry

auteur

Thibaut Pichon, Claude Messiaen, Louis Soussand, Céline Angin, Arnaud Sandrin, Nabila Elarouci, Anne-Sophie Jannot

article

Orphanet Journal of Rare Diseases, 2023, 18 (1), pp.176. ⟨10.1186/s13023-023-02725-2⟩

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Association between nebuliser therapies adherence and visit-to-visit variability of FEV1 in patients with cystic fibrosis

auteur

David Drummond, Pauline Whelan, Matthew Sperrin

article

Journal of Cystic Fibrosis, 2023, 22 (4), pp.702-705. ⟨10.1016/j.jcf.2023.03.006⟩

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Comparison of the validity, perceived usefulness, and usability of I-MeDeSA and TEMAS, two tools to evaluate alert system usability

auteur

Romaric Marcilly, Wu-Yi Zheng, Paul Quindroit, Sylvia Pelayo, Sarah Berdot, Bruno Charpiat, Jennifer Corny, Sylvain Drouot, Pauline Frery, Géraldine Leguelinel-Blache, Lisa Mondet, Arnaud Potier, Laurine Robert, Laurie Ferret, Melissa Baysari

article

International Journal of Medical Informatics, In press, 175, pp.105091. ⟨10.1016/j.ijmedinf.2023.105091⟩

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Coping with Information Loss and the Use of Auxiliary Sources of Data: A Report from the NISS Ingram Olkin Forum Series on Unplanned Clinical Trial Disruptions

auteur

Silvia Calderazzo, Sergey Tarima, Carissa Reid, Nancy Flournoy, Tim Friede, Nancy Geller, James Rosenberger, Nigel Stallard, Moreno Ursino, Marc Vandemeulebroecke, Kelly van Lancker, Sarah Zohar

article

Statistics in Biopharmaceutical Research, 2023, pp.1-17. ⟨10.1080/19466315.2023.2211023⟩

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titre

Bariatric Surgery Should Be Proposed in Certain Septuagenarian Patients with Obesity

auteur

Boris Hansel, Pierre Sabatier, Diana Kadouch, Tigran Poghosyan, Konstantinos Arapis, Claire Rives-Lange, Sebastien Czernichow, Anne-Sophie Jannot, Claire Carette

article

Obesity Surgery, 2023, 33 (8), pp.2608-2610. ⟨10.1007/s11695-023-06655-7⟩

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titre

Assessment of Performance, Interpretability, and Explainability in Artificial Intelligence–Based Health Technologies: What Healthcare Stakeholders Need to Know

auteur

Line Farah, Juliette Murris, Isabelle Borget, Agathe Guilloux, Nicolas Martelli, Sandrine I.M. Katsahian

article

Mayo Clinic Proceedings: Digital Health, 2023, 1 (2), pp.120-138. ⟨10.1016/j.mcpdig.2023.02.004⟩

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Development and Validation of a Multi-institutional Nomogram of Outcomes for PSMA-PET–Based Salvage Radiotherapy for Recurrent Prostate Cancer

auteur

Constantinos Zamboglou, Jan Peeken, Ali Janbain, Sandrine Katsahian, Iosif Strouthos, Konstantinos Ferentinos, Andrea Farolfi, Stefan Koerber, Juergen Debus, Marco Vogel, Stephanie Combs, Alexis Vrachimis, Alessio Giuseppe Morganti, Simon Spohn, Mohamed Shelan, Daniel Aebersold, Anca-Ligia Grosu, Francesco Ceci, Christoph Henkenberens, Stephanie Kroeze, Matthias Guckenberger, Stefano Fanti, Claus Belka, Peter Bartenstein, George Hruby, Sophia Scharl, Thomas Wiegel, Louise Emmett, Armelle Arnoux, Nina-Sophie Schmidt-Hegemann

article

JAMA Network Open, 2023, 6 (5), pp.e2314748. ⟨10.1001/jamanetworkopen.2023.14748⟩

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Model and Strategy for Predicting and Discovering Drug-Drug Interactions

auteur

Abdelmalek Mouazer, Nada Boudegzdame, Karima Sedki, Rosy Tsopra, Jean-Baptiste Lamy

article

Studies in Health Technology and Informatics, 2023, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI230248⟩

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Impact of induction therapy in locally advanced intrahepatic cholangiocarcinoma

auteur

Alix Dhote, Stylianos Tzedakis, Christian Hobeika, Ugo Marchese, Romain Coriat, Alexandra Nassar, Aurélie Beaufrère, Tatiana Codjia, Claire Goumard, Olivier Scatton, Anthony Dohan, Maxime Ronot, Benoit Terris, Mickael Lesurtel, Safi Dokmak, François Cauchy, David Fuks

article

EJSO – European Journal of Surgical Oncology, 2023, ⟨10.1016/j.ejso.2023.05.014⟩

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titre

Using dichotomized survival data to construct a prior distribution for a Bayesian seamless Phase II/III clinical trial

auteur

Benjamin Duputel, Nigel Stallard, François Montestruc, Sarah Zohar, Moreno Ursino

article

Statistical Methods in Medical Research, 2023, 32 (5), pp.963-977. ⟨10.1177/09622802231160554⟩

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titre

How to Improve Cancer Patients ENrollment in Clinical Trials From rEal-Life Databases Using the Observational Medical Outcomes Partnership Oncology Extension: Results of the PENELOPE Initiative in Urologic Cancers

auteur

Emmanuelle Kempf, Morgan Vaterkowski, Damien Leprovost, Nicolas Griffon, David Ouagne, Stéphane Breant, Patricia Serre, Alexandre Mouchet, Bastien Rance, Gilles Chatellier, Ali Bellamine, Marie Frank, Julien Guerin, Xavier Tannier, Alain Livartowski, Martin Hilka, Christel Daniel

article

JCO Clinical Cancer Informatics, 2023, 7, ⟨10.1200/CCI.22.00179⟩

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Communauté interactive et participative en ligne, menée avec les pairs, comme outil de promotion de la santé sexuelle et reproductive des adolescents et jeunes adultes: la recherche-action Sexpairs

auteur

Philippe Martin, Corinne Alberti, Auréline Bourmaud, Anita Burgun, Elise de La Rochebrochard

article

Epidemiology and Public Health = Revue d’Epidémiologie et de Santé Publique, 2023, 71 (Supplement 2), pp.6-7. ⟨10.1016/j.respe.2023.101609⟩

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Deep Learning on Bone Scintigraphy to Detect Abnormal Cardiac Uptake at Risk of Cardiac Amyloidosis

auteur

Marc-Antoine Delbarre, François Girardon, Lucien Roquette, Paul Blanc-Durand, Marc-Antoine Hubaut, Éric Hachulla, Franck Semah, Damien Huglo, Nicolas Garcelon, Etienne Marchal, Isabelle El Esper, Christophe Tribouilloy, Nicolas Lamblin, Pierre Duhaut, Jean Schmidt, Emmanuel Itti, Thibaud Damy

article

JACC: Cardiovascular Imaging, 2023, ⟨10.1016/j.jcmg.2023.01.014⟩

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Acute chest syndrome in adult patients with sickle cell disease: The relationship with the time to onset after hospital admission

auteur

Geoffrey Cheminet, Antoine Brunetti, Djamal Khimoud, Brigitte Ranque, Adrien Michon, Edouard Flamarion, Jacques Pouchot, Anne‐sophie Jannot, Jean‐Benoît Arlet

article

British Journal of Haematology, 2023, 201 (6), pp.1229-1238. ⟨10.1111/bjh.18777⟩

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Tracking clusters of patients over time enables extracting information from medico-administrative databases

auteur

Judith Lambert, Anne-Louise Leutenegger, Anne-Sophie Jannot, Anaïs Baudot

article

Journal of Biomedical Informatics, 2023, 139, pp.104309. ⟨10.1016/j.jbi.2023.104309⟩

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Occurrence of Major Local Lower Limb Events in Type 2 Diabetic Patients with Lower Extremity Arterial Disease: Impact of Metformin

auteur

Shanon Tan, Guillaume Goudot, Armelle Arnoux, Yohann Tran, Hassan Maissoro, Géraldine Poenou, Grégoire Detriche, Lina Khider, Nassim Mohamedi, Tristan Mirault, Alexandre Galloula, Emmanuel Messas

article

Annals of Vascular Surgery, 2023, 90, pp.153-161. ⟨10.1016/j.avsg.2022.09.064⟩

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Putting undergraduate medical students in AI-CDSS designers’ shoes: An innovative teaching method to develop digital health critical thinking

auteur

Rosy Tsopra, Nathan Peiffer-Smadja, Caroline Charlier, Florence Campeotto, Cédric Lemogne, Philippe Ruszniewski, Benoît Vivien, Anita Burgun

article

International Journal of Medical Informatics, 2023, 171, 10 p. ⟨10.1016/j.ijmedinf.2022.104980⟩

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Children’s views on artificial intelligence and digital twins for the daily management of their asthma: a mixed-method study

auteur

Apolline Gonsard, Rola Aboutaam, Blandine Prévost, Charlotte Roy, Alice Hadchouel, Nadia Nathan, Jessica Taytard, Alexandra Pirojoc, Christophe Delacourt, Stéphanie Wanin, David Drummond

article

European Journal of Pediatrics, 2023, 182 (2), pp.877-888. ⟨10.1007/s00431-022-04754-8⟩

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French data on the epidemiology and expert healthcare network for epidermolysis bullosa

auteur

Christine Bodemer, Louis Soussand, Arnaud Sandrin, Ahlem Khatim, Angélique Sauvestre, Nabila Elarouci, Anne‐sophie Jannot

article

Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology, 2023, 37 (5), ⟨10.1111/jdv.18826⟩

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titre

Artificial intelligence in diagnostic and interventional radiology: Where are we now?

auteur

Tom Boeken, Jean Feydy, Augustin Lecler, Philippe Soyer, Antoine Feydy, Maxime Barat, Loïc Duron

article

Diagnostic and Interventional Imaging, 2023, 104 (1), pp.1-5. ⟨10.1016/j.diii.2022.11.004⟩

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Assessment of the Early Detection of Anosmia and Ageusia Symptoms in COVID-19 on Twitter: Retrospective Study

auteur

Carole Faviez, Manissa Talmatkadi, Pierre Foulquié, Adel Mebarki, Stéphane Schück, Anita Burgun, Xiaoyi Chen

article

JMIR Infodemiology, 2023, 3, pp.e41863. ⟨10.2196/41863⟩

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CT-based diagnostic algorithm to identify bowel and/or mesenteric injury in patients with blunt abdominal trauma

auteur

Alexandre Lansier, Camille Bourillon, Charles-André Cuénod, Emilia Ragot, Arnaud Follin, Sophie Hamada, Olivier Clément, Philippe Soyer, Anne-Sophie Jannot

article

European Radiology, 2023, 33, pp.1918-1927. ⟨10.1007/s00330-022-09200-9⟩

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Conference papers

titre

DiffMaSIF: Surface-based Protein-Protein Docking with Diffusion Models

auteur

Freyr Sverrisson, Mehmet Akdel, Dylan Abramson, Jean Feydy, Alexander Goncearenco, Yusuf Adeshina, Daniel Kovtun, Céline Marquet, Xuejin Zhang, David Baugher, Zachary Carpenter, Luca Naef, Michael M Bronstein, Bruno Correia

article

Machine Learning in Structural Biology workshop at NeurIPS 2023, Dec 2023, New Orleans, United States

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titre

Results of the Ontology Alignment Evaluation Initiative 2023

auteur

Mina Abd Nikooie Pour, Alsayed Algergawy, Patrice Buche, Leyla Jael Castro, Jiaoyan Chen, Adrien Coulet, Julien Cufi, Hang Dong, Omaima Fallatah, Daniel Faria, Irini Fundulaki, Sven Hertling, Yuan He, Ian Horrocks, Martin Huschka, Liliana Ibanescu, Dr Sarika Jain, Ernesto Jiménez-Ruiz, Naouel Karam, Patrick Lambrix, Huanyu Li, Ying Li, Pierre Monnin, Engy Nasr, Heiko Paulheim, Catia Pesquita, Tzanina Saveta, Pavel Shvaiko, Guilherme Sousa, Cassia Trojahn, Jana Vataščinová, Mingfang Wu, Beyza Yaman, Ondrej Zamazal, Lu Zhou

article

18th International Workshop on Ontology Matching (OM 2023), Nov 2023, Athens, Greece. pp.97–139

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titre

Un algorithme multiéchelle pour déformer les objets de façon réalisteapplication à la modélisation de la croissance du cerveau foetal

auteur

Fleur Gaudfernau, Stéphanie Allassonière, Erwan Le Pennec

article

GRETSI 23 – XXIXème Colloque Francophone de Traitement du Signal et des Images, Aug 2023, Grenoble, France

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titre

Learning the Dynamics of Sparsely Observed Interacting Systems

auteur

Linus Bleistein, Adeline Fermanian, Anne-Sophie Jannot, Agathe Guilloux

article

ICML 2023 – 40th International Conference on Machine Learning, Jul 2023, Honolulu, Hawaii, United States

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titre

TAXN: Translate Align Extract Normalize, a multilingual extraction tool for clinical texts

auteur

Antoine Neuraz, Ivan Lerner, Olivier Birot, Camila Arias, Larry Han, Clara Lea Bonzel, Tianxi Cai, Kim Tam Huynh, Adrien Coulet

article

MedInfo 2023 – the 19th world congress on Medical and Health Informatics, International Medical Informatics Association (IMIA), Jul 2023, Syndney, Australia

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Positionnement temporel indépendant des évènements : application à des textes cliniques en français

auteur

Nesrine Bannour, Xavier Tannier, Bastien Rance, Aurélie Névéol

article

18e Conférence en Recherche d’Information et Applications — 16e Rencontres Jeunes Chercheurs en RI — 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles — 25e Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, Jun 2023, Paris, France. pp.1-14

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titre

Evaluating the Portability of Rheumatoid Arthritis Phenotyping Algorithms: case study on French EHRs

auteur

Thibaut Fabacher, Erik-André Sauleau, Noémie Leclerc, Hugo Bergier, Jacques-Eric Gottenberg, Adrien Coulet, Aurélie Névéol

article

Medical Informatics Europe, May 2023, Gothenburg, Sweden. pp.768-772

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titre

Meta-analysis of phase I dose-finding studies: Application for protein kinase inhibitors developed in oncology

auteur

Laura Caquelin, P. Badra, Moreno Ursino, Bruno Laviolle, Clara Locher

article

EPICLIN 2023 17e Conférence francophone d’Épidémiologie Clinique – 30e Journées des statisticiens des Centres de Lutte contre le Cancer, May 2023, Villers-lès-Nancy, France. ⟨10.1016/j.respe.2023.101816⟩

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titre

Learning Preferences in Lexicographic Choice Logic

auteur

Karima Sedki, Nada Boudegzdame, Jean Lamy, Rosy Tsopra

article

ICAART 2023 – 15th International Conference on Agents and Artificial Intelligence, Feb 2023, Lisbonne, Portugal. pp.1012-1019, ⟨10.5220/0011891300003393⟩

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titre

A multiscale algorithm for computing realistic image transformations in the LDDMM framework -Application to the modelling of fetal brain growth

auteur

Fleur Gaudfernau, Stéphanie Allassonière, Erwan Le Pennec

article

SPIE Medical Imaging, Feb 2023, San Diego, United States

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Book sections

titre

The Smart Data Extractor, a Clinician Friendly Solution to Accelerate and Improve the Data Collection During Clinical Trials

auteur

Sophie Quennelle, Maxime Douillet, Lisa Friedlander, Olivia Boyer, Antoine Neuraz, Anita Burgun, Nicolas Garcelon

article

Caring is Sharing – Exploiting the Value in Data for Health and Innovation, 302, 2023, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI230112⟩

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Books

titre

Digital Respiratory Healthcare

auteur

Hilary Pinnock, Vitalii Poberezhets, David Drummond

article

European Respiratory Society, 2023, ⟨10.1183/2312508X.erm10223⟩

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Proceedings

titre

Proceedings of workshop on Patient Similarity, SimPa 2023

auteur

Adrien Coulet, Christel Gérardin, Aurélie Névéol, Xavier Tannier

article

2023

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Theses

titre

Quantitative analysis of healthy and abnormal fetal brain development using deformation models

auteur

Fleur Gaudfernau

article

Mathématiques [math]. Université Paris Cité, 2023. Français. ⟨NNT : ⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

Improving patient clustering by incorporating structured label relationships in similarity measures

auteur

Judith Lambert, Anne-Louise Leutenegger, Anaïs Baudot, Anne-Sophie Jannot

article

2023

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titre

MultiVae: A Python library for Multimodal Generative Autoencoders

auteur

Agathe Senellart, Clément Chadebec, Stéphanie Allassonnière

article

2023

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titre

Variational Inference for Longitudinal Data Using Normalizing Flows

auteur

Clément Chadebec, Stéphanie Allassonnière

article

2023

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titre

Improving Multimodal Joint Variational Autoencoders through Normalizing Flows and Correlation Analysis

auteur

Agathe Senellart, Clément Chadebec, Stéphanie Allassonnière, Stéphanie Allassonnière

article

2023

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2022

Journal articles

titre

Outcomes of surgical resection in microsatellite instable colorectal cancer after immune checkpoint inhibitor treatment

auteur

Alexandre Challine, Medhi Karoui, Christelle De La Fouchardière, Thierry André, Magali Svrcek, Pierre Meeus, Aurélien Dupré, François Paye, Stephane Benoit, Christine Denet, Clarisse Eveno, Jérémie H Lefèvre, Yann Parc

article

British Journal of Surgery, 2022, ⟨10.1093/bjs/znac425⟩

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titre

How to report and compare quantitative variables in a radiology article

auteur

Maxime Barat, Anne-Sophie Jannot, Anthony Dohan, Philippe Soyer

article

Diagnostic and Interventional Imaging, 2022, 103 (12), pp.571-573. ⟨10.1016/j.diii.2022.09.007⟩

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titre

eOSCE stations live versus remote evaluation and scores variability

auteur

Donia Bouzid, Jimmy Mullaert, Aiham Ghazali, Valentine Marie Ferré, France Mentré, Cédric Lemogne, Philippe Ruszniewski, Albert Faye, Alexy Tran Dinh, Tristan Mirault, Nathan Peiffer Smadja, Léonore Muller, Laure Falque Pierrotin, Michael Thy, Maksud Assadi, Sonia Yung, Christian de Tymowski, Quentin Le Hingrat, Xavier Eyer, Paul Henri Wicky, Mehdi Oualha, Véronique Houdouin, Patricia Jabre, Dominique Vodovar, Marco Dioguardi Burgio, Noémie Zucman, Rosy Tsopra, Asmaa Tazi, Quentin Ressaire, Yann Nguyen, Muriel Girard, Adèle Frachon, François Depret, Anna Pellat, Adèle de Masson, Henri Azais, Nathalie de Castro, Caroline Jeantrelle, Nicolas Javaud, Alexandre Malmartel, Constance Jacquin de Margerie, Benjamin Chousterman, Ludovic Fournel, Mathilde Holleville, Stéphane Blanche

article

BMC Medical Education, 2022, 22 (1), pp.861. ⟨10.1186/s12909-022-03919-1⟩

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titre

Immune debt: Recrudescence of disease and confirmation of a contested concept

auteur

Robert Cohen, Corinne Levy, Alexis Rybak, François Angoulvant, Naim Ouldali, Emmanuel Grimprel

article

Infectious Diseases Now, 2022, ⟨10.1016/j.idnow.2022.12.003⟩

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titre

Regulatory T cells infiltrate the tumor-induced tertiary lymphoïd structures and are associated with poor clinical outcome in NSCLC

auteur

Priyanka Devi-Marulkar, Solène Fastenackels, Pierre Karapentiantz, Jérémy Goc, Claire Germain, Hélène Kaplon, Samantha Knockaert, Daniel Olive, Marylou Panouillot, Pierre Validire, Diane Damotte, Marco Alifano, Juliette Murris, Sandrine Katsahian, Myriam Lawand, Marie-Caroline Dieu-Nosjean

article

Communications Biology, 2022, 5 (1), pp.1416. ⟨10.1038/s42003-022-04356-y⟩

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titre

Consideration of oral health in rare disease expertise centres: a retrospective study on 39 rare diseases using text mining extraction method

auteur

Lisa Friedlander, Marc Vincent, Ariane Berdal, Valérie Cormier-Daire, Stanislas Lyonnet, Nicolas Garcelon

article

Orphanet Journal of Rare Diseases, 2022, 17 (1), pp.317. ⟨10.1186/s13023-022-02467-7⟩

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Oropharyngeal and intestinal concentrations of opportunistic pathogens are independently associated with death of SARS-CoV-2 critically ill adults

auteur

Juliette Patrier, Khanh Villageois-Tran, Piotr Szychowiak, Stéphane Ruckly, Rémi Gschwind, Paul-Henri Wicky, Signara Gueye, Laurence Armand-Lefevre, Mehdi Marzouk, Romain Sonneville, Lila Bouadma, Marie Petitjean, Fariza Lamara, Etienne de Montmollin, Jean-Francois Timsit, Etienne Ruppé, Laurent Abel, Amal Abrous, Claire Andrejak, François Angoulvant, Delphine Bachelet, Marie Bartoli, Sylvie Behilill, Marine Beluze, Krishna Bhavsar, Lila Bouadma, Minerva Cervantes-Gonzalez, Anissa Chair, Charlotte Charpentier, Léo Chenard, Catherine Chirouze, Sandrine Couffin-Cadiergues, Camille Couffignal, Marie-Pierre Debray, Dominique Deplanque, Diane Descamps, Alpha Diallo, Fernanda Dias da Silva, Céline Dorival, Xavier Duval, Philippine Eloy, Vincent Enouf, Hélène Esperou, Marina Esposito-Farese, Manuel Etienne, Aline-Marie Florence, Alexandre Gaymard, Jade Ghosn, Tristan Gigante, Morgane Gilg, François Goehringer, Jérémie Guedj, Ikram Houas, Isabelle Hoffmann, Jean-Sébastien Hulot, Salma Jaafoura, Ouifiya Kafif, Antoine Khalil, Nadhem Lafhej, Cédric Laouénan, Samira Laribi, Minh Le, Quentin Le Hingrat, Soizic Le Mestre, Sophie Letrou, Yves Levy, Bruno Lina, Guillaume Lingas, Denis Malvy, France Mentré, Hugo Mouquet, Nadège Neant, Christelle Paul, Aurélie Papadopoulos, Christelle Paul, Ventzislava Petrov-Sanchez, Gilles Peytavin, Valentine Piquard, Olivier Picone, Manuel Rosa-Calatrava, Bénédicte Rossignol, Patrick Rossignol, Carine Roy, Marion Schneider, Richa Su, Coralie Tardivon, Jean-François Timsit, Sarah Tubiana, Sylvie van der Werf, Benoit Visseaux, Aurélie Wiedemann

article

Critical Care, 2022, 26 (1), pp.300. ⟨10.1186/s13054-022-04164-0⟩

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Impact of the COVID-19 pandemic on the care of rare and undiagnosed diseases patients in France: a longitudinal population-based study

auteur

Louis Soussand, Mathieu Kuchenbuch, Claude Messiaen, Arnaud Sandrin, Anne-Sophie Jannot, Rima Nabbout

article

Orphanet Journal of Rare Diseases, 2022, 17 (1), pp.430. ⟨10.1186/s13023-022-02580-7⟩

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titre

International comparisons of laboratory values from the 4CE collaborative to predict COVID-19 mortality

auteur

Griffin Weber, Chuan Hong, Zongqi Xia, Nathan Palmer, Paul Avillach, Sehi L’yi, Mark Keller, Shawn Murphy, Alba Gutiérrez-Sacristán, Clara-Lea Bonzel, Arnaud Serret-Larmande, Antoine Neuraz, Gilbert Omenn, Shyam Visweswaran, Jeffrey Klann, Andrew South, Ne Hooi Will Loh, Mario Cannataro, Brett Beaulieu-Jones, Riccardo Bellazzi, Giuseppe Agapito, Mario Alessiani, Bruce Aronow, Douglas Bell, Vincent Benoit, Florence Bourgeois, Luca Chiovato, Kelly Cho, Arianna Dagliati, Scott Duvall, Noelia García Barrio, David Hanauer, Yuk-Lam Ho, John Holmes, Richard Issitt, Molei Liu, Yuan Luo, Kristine Lynch, Sarah Maidlow, Alberto Malovini, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Michael Matheny, Jason Moore, Jeffrey Morris, Michele Morris, Danielle Mowery, Kee Yuan Ngiam, Lav Patel, Miguel Pedrera Jiménez, Rachel Ramoni, Emily Schriver, Petra Schubert, Pablo Serrano Balazote, Anastasia Spiridou, Amelia Tan, Byorn Tan, Valentina Tibollo, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Xuan Wang, James Aaron, Adem Albayrak, Giuseppe Albi, James Balshi, Anna Alloni, Danilo Amendola, François Angoulvant, Brett Beaulieu-Jones, Li Anthony, Fatima Ashraf, Andrew Atz, Paul Avillach, Paula Azevedo, Antonio Bellasi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal-Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Surbhi Bhatnagar, Alvar Blanco-Martínez, Martin Boeker, John Booth, Silvano Bosari, Robert Bradford, Gabriel Brat, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, Raffaele Bruno, William Bryant, Mauro Bucalo, Emily Bucholz, Anita Burgun, Tianxi Cai, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Krista Chen, Jin Chen, Lorenzo Chiudinelli, Kelly Cho, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz-Bermúdez, Jaime Cruz-Rojo, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Priyam Das, Batsal Devkota, Lana Garmire, Audrey Dionne, Rui Duan, Julien Dubiel, Loic Esteve, Hossein Estiri, Shirley Fan, Robert Follett, Thomas Ganslandt, Noelia García-Barrio, Nils Gehlenborg, Emily Getzen, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Alba Gutiérrez-Sacristán, Larry Han, David Hanauer, Christian Haverkamp, Daniel Key, Derek Hazard, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, Kenneth Huling, Meghan Hutch, Richard Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Chris Kennedy, Kate Kernan, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Isaac Kohane, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Trang Le, Judith Leblanc, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Qi Long, Sara Lozano-Zahonero, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Adeline Makoudjou, Anupama Maram, Patricia Martel, Marcelo Martins, Jayson Marwaha, Aaron Masino, Maria Mazzitelli, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Bertrand Moal, Taha Mohseni Ahooyi, Jason Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Karyn Moshal, Sajad Mousavi, Douglas Murad, Shawn Murphy, Thomas Naughton, Carlos Tadeu Breda Neto, Jane Newburger, Kee Yuan Ngiam, Wanjiku Njoroge, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Gilbert Omenn, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Lav Patel, Miguel Pedrera-Jiménez, Ashley Pfaff, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Sara Pizzimenti, Hans Prokosch, Robson Prudente, Andrea Prunotto, Víctor Quirós-González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig-Domínguez, Pablo Rojo, Paula Rubio-Mayo, Paolo Sacchi, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu, L. Nelson Sanchez-Pinto, Arnaud Sandrin, Nandhini Santhanam, Janaina Santos, Fernando Sanz Vidorreta, Maria Savino, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil Sebire, Pablo Serrano-Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Mohsin Shah, Zahra Shakeri Hossein Abad, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Andrew South, Francesca Sperotto, Zachary Strasser, Amelia Tan, Bryce Tan, Suzana Tanni, Deanne Taylor, Ana Terriza-Torres, Patric Tippmann, Emma Toh, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret Vella, Guillaume Verdy, Jill-Jênn Vie, Shyam Visweswaran, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Demian Wassermann, Griffin Weber, Martin Wolkewitz, Scott Wong, Zongqi Xia, Xin Xiong, Ye Ye, Nadir Yehya, William Yuan, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Daniela Zöller, Valentina Zuccaro, Chiara Zucco, Isaac Kohane, Tianxi Cai, Gabriel Brat

article

npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.74. ⟨10.1038/s41746-022-00601-0⟩

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titre

Natural history of Myhre syndrome

auteur

David Dawei Yang, Marlene Rio, Caroline Michot, Nathalie Boddaert, Wael Yacoub, Nicolas Garcelon, Briac Thierry, Damien Bonnet, Sophie Rondeau, Dominique Herve, Stephanie Guey, Francois Angoulvant, Valerie Cormier-Daire

article

Orphanet Journal of Rare Diseases, 2022, 17 (1), pp.304. ⟨10.1186/s13023-022-02447-x⟩

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Effective initial management of anastomotic leak in the maintenance of functional colorectal or coloanal anastomosis

auteur

Alexandra Nassar, Alexandre Challine, Lauren O’connell, Thibault Voron, Najim Chafaï, Clotilde Debove, Yann Parc, Jeremie Lefèvre

article

Surgery Today, 2022, ⟨10.1007/s00595-022-02603-7⟩

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Risk-Benefit Balance Associated With Obstetric, Neonatal, and Child Outcomes After Metabolic and Bariatric Surgery

auteur

Claire Rives-Lange, Tigran Poghosyan, Aurelie Phan, Alexis van Straaten, Yannick Girardeau, Jacky Nizard, Delphine Mitanchez, Cécile Ciangura, Muriel Coupaye, Claire Carette, Sébastien Czernichow, Anne-Sophie Jannot

article

JAMA Surgery, 2022, ⟨10.1001/jamasurg.2022.5450⟩

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titre

Prevalence of Contraindications to Nirmatrelvir-Ritonavir Among Hospitalized Patients With COVID-19 at Risk for Progression to Severe Disease

auteur

Nicolas Hoertel, David Boulware, Marina Sánchez-Rico, Anita Burgun, Frédéric Limosin

article

JAMA Network Open, 2022, 5 (11), pp.e2242140. ⟨10.1001/jamanetworkopen.2022.42140⟩

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From the original SARS-CoV-2 strain to the Omicron variant: Predictors of COVID-19 in ambulatory symptomatic children

auteur

Robert Cohen, Alexis Rybak, Naïm Ouldali, François Angoulvant, Florence Elmerich, Stephane Béchet, Vincent Gajdos, C. Jung, A. Sellam, Isabelle Hau, Anne Auvrignon, Marion Favier, Emmanuel Grimprel, Imane El Aouane El Ghomari, Christophe Batard, Corinne Levy

article

Infectious Diseases Now, 2022, 52 (8), pp.432-440. ⟨10.1016/j.idnow.2022.09.012⟩

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Population Pharmacokinetics of Orally Administered Clindamycin to Treat Prosthetic Joint Infections: A Prospective Study

auteur

Léo Mimram, Sophie Magréault, Younes Kerroumi, Dominique Salmon, Benjamin Kably, Simon Marmor, Anne-Sophie Jannot, Vincent Jullien, Valérie Zeller

article

Antibiotics, 2022, 11 (11), pp.1462. ⟨10.3390/antibiotics11111462⟩

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Elevated Lipoprotein(a) levels increase Major Adverse Limb Event

auteur

Alexis Guédon, Jean-Baptiste De Freminville, Tristan Mirault, Nassim Mohamedi, Bastien Rance, Natalie Fournier, Jean-Louis Paul, Emmanuel Messas, Guillaume Goudot

article

European Heart Journal, 2022, 43 (Supplement_2), pp.e20773. ⟨10.1093/eurheartj/ehac544.1980⟩

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The French Covid-19 vaccination policy did not solve vaccination inequities: a nationwide study on 64.5 million people

auteur

Florence Débarre, Emmanuel Lecoeur, Lucie Guimier, Marie Jauffret-Roustide, Anne-Sophie Jannot

article

European Journal of Public Health, 2022, 32 (5), pp.825-830. ⟨10.1093/eurpub/ckac125⟩

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Strategies for recognizing pneumonia look-alikes

auteur

David Drummond, Alice Hadchouel, Arnaud Petit, Naziha Khen-Dunlop, Cécile Lozach, Christophe Delacourt, Laureline Berteloot

article

European Journal of Pediatrics, 2022, 181 (10), pp.3565-3575. ⟨10.1007/s00431-022-04575-9⟩

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Ethical Aspects of Artificial Intelligence in Radiation Oncology

auteur

Lucien Lahmi, Marie-France Mamzer, Anita Burgun, Catherine Durdux, Jean-Emmanuel Bibault

article

Seminars in Radiation Oncology, 2022, 32 (4), pp.442-448. ⟨10.1016/j.semradonc.2022.06.013⟩

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Strangulated hedrocele after a fall

auteur

L. Payet, Alexandre Challine, Jérémie H. Lefevre

article

Journal of Visceral Surgery, 2022, 159 (5), pp.439-440. ⟨10.1016/j.jviscsurg.2022.01.005⟩

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Allograft function and muscle mass evolution after kidney transplantation

auteur

François Gaillard, Mélissa Ould Rabah, Nicolas Garcelon, Malik Touam, Antoine Neuraz, Christophe Legendre, Dany Anglicheau, Dominique Prié, Frank Bienaimé

article

Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle, 2022, ⟨10.1002/jcsm.13066⟩

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Adenoma detection rate is enough to assess endoscopist performance: a population-based observational study of FIT-positive colonoscopies

auteur

Bernard Denis, Isabelle Gendre, Nicolas Tuzin, Juliette Murris, Anne Guignard, Philippe Perrin, Gabriel Rahmi

article

Endoscopy International Open, 2022, 10 (09), pp.E1208-E1217. ⟨10.1055/a-1859-8277⟩

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A straightforward meta‐analysis approach for oncology phase I dose‐finding studies

auteur

Christian Röver, Moreno Ursino, Tim Friede, Sarah Zohar

article

Statistics in Medicine, 2022, 41 (20), pp.3915-3940. ⟨10.1002/sim.9484⟩

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Life expectancy and likelihood of surgery in multiple endocrine neoplasia type 1: AFCE and GTE cohort study

auteur

Sébastien Gaujoux, Guillaume Martin, Eric Mirallié, Nicolas Regenet, Maëlle Le Bras, François Pattou, Bruno Carnaille, Catherine Cardot-Bauters, Lionel Groussin, Matthieu Faron, Philippe Chanson, Haythem Najah, Antoine Tabarin, Alain Sauvanet, Philippe Ruszniewski, Jean Christophe Lifante, Thomas Walter, Nicolas Carrère, Philippe Caron, Sophie Deguelte, Brigitte Delemer, Christine Binquet, Anne Sophie Jannot, Pierre Goudet

article

British Journal of Surgery, 2022, 109 (9), pp.872-879. ⟨10.1093/bjs/znac006⟩

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150-cm Versus 200-cm Biliopancreatic Limb One-Anastomosis Gastric Bypass: Propensity Score–Matched Analysis

auteur

Thibaud Bertrand, Claire Rives-Lange, Anne-Sophie Jannot, Clement Baratte, Flore de Castelbajac, Estelle Lu, Sylvia Krivan, Maud Le Gall, Claire Carette, Sebastien Czernichow, Jean-Marc Chevallier, Tigran Poghosyan

article

Obesity Surgery, 2022, 32 (9), pp.2839-2845. ⟨10.1007/s11695-022-06203-9⟩

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Response to the letter by Onishi and al. regarding “Clinical diagnosis, outcomes and treatment of thiamine deficiency in a tertiary hospital”

auteur

François Mifsud, Diane Messager, Anne-Sophie Jannot, Benoît Védie, Nadia Aissaoui Balanant, Tigran Poghosyan, Edouard Flamarion, Claire Carette, Léa Lucas-Martini, Sébastien Czernichow, Claire Rives-Lange

article

Clinical Nutrition, 2022, 41 (9), pp.2045-2046. ⟨10.1016/j.clnu.2022.07.018⟩

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Reclassifying inconclusive diagnosis for cystic fibrosis with new generation sweat test

auteur

Thao Nguyen-Khoa, Aurélie Hatton, David Drummond, Laura Aoust, Joël Schlatter, Clémence Martin, Sophie Ramel, Sébastien Kiefer, Elsa Gachelin, Nathalie Stremler, Laure Cosson, Asma Gabsi, Natascha Remus, Myriam Benhamida, Alice Hadchouel, Isabelle Fajac, Anne Munck, Emmanuelle Girodon, Isabelle Sermet-Gaudelus

article

European Respiratory Journal, 2022, 60 (2), pp.2200209. ⟨10.1183/13993003.00209-2022⟩

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Neuroinflammatory Disease following Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Infection in Children

auteur

Melodie Aubart, Charles-Joris Roux, Chloé Durrleman, Clarisse Gins, Marie Hully, Manoelle Kossorotoff, Cyril Gitiaux, Raphaël Levy, Florence Moulin, Agathe Debray, Zahra Belhadjer, Emilie Georget, Temi Kom, Philippe Blanc, Samer Wehbi, Mustapha Mazeghrane, Jeremie Tencer, Vincent Gajdos, Sebastien Rouget, Loic de Pontual, Romain Basmaci, Karima Yacouben, Francois Angoulvant, Marianne Leruez-Ville, Delphine Sterlin, Flore Rozenberg, Matthieu Robert, Shen-Ying Zhang, Nathalie Boddaert, Isabelle Desguerre

article

The Journal of Pediatrics, 2022, 247, pp.22-28.e2. ⟨10.1016/j.jpeds.2022.05.018⟩

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Prophylactic levosimendan in patients with low ejection fraction undergoing coronary artery bypass grafting: A pooled analysis of two multicentre randomised controlled trials

auteur

Thibaut Caruba, Anaïs Charles-Nelson, John Alexander, Rajendra Mehta, Matthias Heringlake, Wolfgang Toller, Amelie Yavchitz, Brigitte Sabatier, Gilles Chatellier, Bernard Cholley

article

Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, 41 (4), pp.101107. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101107⟩

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Genetic Diagnosis Guides Treatment of Autoimmune Enteropathy

auteur

Fabienne Charbit-Henrion, Manon Haas, Stanislas Chaussade, Christophe Cellier, Nadine Cerf-Bensussan, Georgia Malamut, Sherine Khater, Anis Khiat, Sascha Cording, Marianna Parlato, Marie-Agnès Dragon-Durey, Frédéric Beuvon, Nicole Brousse, Benoît Terris, Capucine Picard, Mathieu Fusaro, Frédéric Rieux-Laucat, Marie-Claude Stolzenberg, Anne-Sophie Jannot, Alexis Mathian, Matthieu Allez, Marion Malphettes, Claire Fieschi, Alexandre Aubourg, Camille Zallot, Xavier Roblin, Vered Abitbol, Arthur Belle, Pauline Wils, Morgane Cheminant, Tamara Matysiak-Budnik, Lucine Vuitton, Philippe Pouderoux, Laurent Abramowitz, Martin Castelle, Felipe Suarez, Olivier Hermine, Frank Ruemmele, Luc Mouthon

article

Clinical Gastroenterology and Hepatology, 2022, ⟨10.1016/j.cgh.2022.07.030⟩

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Association of atypical skin manifestations at the onset of systemic juvenile idiopathic arthritis with difficult-to-treat disease: A retrospective multicenter study

auteur

Laurye-Anne Eveillard, Pierre Quartier, Naim Ouldali, Brigitte Bader-Meunier, Florence Aeschlimann, Claire Abasq, Claire Ballot, Pauline Bouric, Alexandra Desdoits, Cécile Dumaine, Caroline Galeotti, Véronique Hentgen, Alain Lefevre-Utile, Aurélie Chausset, Thomas Hubiche, Ingrid Kupfer-Bessaguet, Stéphanie Leclerq-Mercier, Stéphanie Mallet, Isabelle Melki, Etienne Merlin, Juliette Miquel, Maryam Piram, Deborah Talmud, Nicolas Garcelon, Caroline Vinit, Anne Welfringer, Emmanuelle Bourrat, Ulrich Meinzer

article

Journal of The American Academy of Dermatology, 2022, ⟨10.1016/j.jaad.2022.07.055⟩

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Neonatal outcomes for women at risk of preterm delivery given half dose versus full dose of antenatal betamethasone: a randomised, multicentre, double-blind, placebo-controlled, non-inferiority trial

auteur

Thomas Schmitz, Muriel Doret-Dion, Loic Sentilhes, Olivier Parant, Olivier Claris, Laurent Renesme, Julie Abbal, Aude Girault, Héloïse Torchin, Marie Houllier, Nolwenn Le Saché, Alexandre Vivanti, Daniele de Luca, Norbert Winer, Cyril Flamant, Claire Thuillier, Pascal Boileau, Julie Blanc, Véronique Brevaut, Pierre-Emmanuel Bouet, Géraldine Gascoin, Gaël Beucher, Valérie Datin-Dorriere, Stéphane Bounan, Pascal Bolot, Christophe Poncelet, Corinne Alberti, Moreno Ursino, Camille Aupiais, Olivier Baud, Philippe Boize, Charles Garabédian, Florence Flamein, Maela Le Lous, Alain Beuchée, Jean Gondry, Pierre Tourneux, Perrine Coste-Mazeau, Antoine Bedu, Denis Gallot, Karen Coste, Céline Chauleur, Hugues Patural, Gilles Kayem, Delphine Mitanchez, Hélène Heckenroth, Farid Boubred, Jeanne Sibiude, Luc Desfrère, Caroline Bohec, Thierry Mansir, Antoine Koch, Pierre Kuhn, Nadia Tillouche, Fabrice Lapeyre, Franck Perrotin, Géraldine Favrais, Edouard Lecarpentier, Xaxier Durrmeyer, Véronique Equy, Thierry Debillon, Luc Rigonnot, Stéphanie Lefoulgoc, Claudia Brie, Anne-Sophie Pagès, Romy Rayssiguier, Gilles Cambonie, Corinne Cudeville, Doriane Madeleneau, Olivier Morel, Jean-Michel Hascoet, Vincent Letouzey, Massimo Di Maio, Laurent Salomon, Alexandre Lapillonne

article

The Lancet, 2022, 400 (10352), pp.592-604. ⟨10.1016/S0140-6736(22)01535-5⟩

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Emergency vs Delayed Coronary Angiogram in Survivors of Out-of-Hospital Cardiac Arrest

auteur

Caroline Hauw-Berlemont, Lionel Lamhaut, Jean-Luc Diehl, Christophe Andreotti, Olivier Varenne, Pierre Leroux, Jean-Baptiste Lascarrou, Patrice Guerin, Thomas Loeb, Eric Roupie, Cédric Daubin, Farzin Beygui, Florence Boissier, Nicolas Marjanovic, Luc Christiaens, Aurélie Vilfaillot, Sophie Glippa, Juliette Djadi Prat, Gilles Chatellier, Alain Cariou, Christian Spaulding, Christian Spaulding, Jean-Luc Diehl, Lionel Lamhaut, Christophe Andreotti, Alain Cariou, Olivier Varenne, Nicolas Deye, Georgios Sideris, Thomas Loeb, Marie Hauguel, Olivier Richard, Stéphane Legriel, Jean-Louis Georges, Lionel Nace, Bruno Levy, Batric Popovic, Guillaume Debaty, Carole Schwebel, Gérald Vanzetto, Michel Durand, Benoit Jardel, Fabienne Tamion, Eric Durand, Pierre Leroux, Jean-Baptiste Lascarrou, Patrice Guerin, David Hamdan, Pierre Asfar, Fabrice Prunier, Cyril Prieur, Hervé Delplancq, Ferhat Meziani, Patrick Ohlmann, Maud Carcaille, Clément Delmas, Meyer Elbaz, Benoit Simon, Sophie Marque, Pascal Goube, Nicolas Marjanovic, Florence Boissier, Luc Christiaens, Hubert Courcoux, Arnaud Gacouin, Guillaume Leurent, Said Laribi, Pierre-François Dequin, Denis Angoulvant, Eric Roupie, Damien Du Cheyron, Farzin Beygui, Denis Gonzalez, Pascal Motreff, Alix Aubry, Rami El Mahmoud, Jean-Michel Constantin, Caroline Hauw-Berlemont, Gilles Chatellier, Aurélie Villefaillot, Sophie Glippa, Youcef Sekour, Sabrina Boudif, Clémence de Oliveira-Bruyère, Axel Bouffier, Estelle Soueidi, Muriel Gernet, Ophélie Rogier, Mandy Nizard, Abel Grine, Malha Berrah, Anaïs Charles-Nelson, Karine Vu, Hajar Chouiki, Djennat Bousry, Iratxe Ciriza, Myriam Calvet, Juliette Djadi-Prat, Sandrine Katsahian, Aurélie Vilfaillot

article

JAMA Cardiology, 2022, 7 (7), pp.700. ⟨10.1001/jamacardio.2022.1416⟩

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Impact of medical and pharmaceutical interventions on anti-infective prescriptions: an observational study

auteur

Emma Pinet, Pierre Sabatier, Marie-Paule Fernandez-Gerlinger, Anne-Sophie Jannot, Jean-Luc Mainardi, Brigitte Sabatier, Thibaut Caruba

article

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2022, 41 (7), pp.1077-1086. ⟨10.1007/s10096-022-04465-w⟩

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Data Augmentation in High Dimensional Low Sample Size Setting Using a Geometry-Based Variational Autoencoder

auteur

Clément Chadebec, Elina Thibeau-Sutre, Ninon Burgos, Stéphanie Allassonnière

article

IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2022, ⟨10.1109/TPAMI.2022.3185773⟩

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Changes in laboratory value improvement and mortality rates over the course of the pandemic: an international retrospective cohort study of hospitalised patients infected with SARS-CoV-2

auteur

Chuan Hong, Harrison Zhang, Sehi L’Yi, Griffin Weber, Paul Avillach, Bryce Tan, Alba Gutiérrez-Sacristán, Clara-Lea Bonzel, Nathan Palmer, Alberto Malovini, Valentina Tibollo, Yuan Luo, Meghan Hutch, Molei Liu, Florence Bourgeois, Riccardo Bellazzi, Luca Chiovato, Fernando Sanz Vidorreta, Trang Le, Xuan Wang, William Yuan, Antoine Neuraz, Vincent Benoit, Bertrand Moal, Michele Morris, David Hanauer, Sarah Maidlow, Kavishwar Wagholikar, Shawn Murphy, Hossein Estiri, Adeline Makoudjou, Patric Tippmann, Jeffery Klann, Robert Follett, Nils Gehlenborg, Gilbert Omenn, Zongqi Xia, Arianna Dagliati, Shyam Visweswaran, Lav Patel, Danielle Mowery, Emily Schriver, Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu, Ramakanth Kavuluru, Sara Lozano-Zahonero, Daniela Zöller, Amelia Tan, Byorn Tan, Kee Yuan Ngiam, John Holmes, Petra Schubert, Kelly Cho, Yuk-Lam Ho, Brett Beaulieu-Jones, Miguel Pedrera Jiménez, Noelia García-Barrio, Pablo Serrano-Balazote, Tianxi Cai, Isaac Kohane, Andrew South, Gabriel Brat

article

BMJ Open, 2022, 12 (6), pp.e057725. ⟨10.1136/bmjopen-2021-057725⟩

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A data-driven pipeline to extract potential adverse drug reactions through prescription, procedures and medical diagnoses analysis: application to a cohort study of 2,010 patients taking hydroxychloroquine with an 11-year follow-up

auteur

Pierre Sabatier, Maxime Wack, Jacques Pouchot, Nicolas Danchin, Anne-Sophie Jannot

article

BMC Medical Research Methodology, 2022, 22 (1), pp.166. ⟨10.1186/s12874-022-01628-3⟩

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A Multi-Omics Common Data Model for Primary Immunodeficiencies.

auteur

Mélanie Buy, William Digan, Xiaoyi Chen, Julien Husson, Mickael Ménager, Frédéric Rieux-Laucat, Nicolas Garcelon

article

Studies in Health Technology and Informatics, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, 290, pp.56-60. ⟨10.3233/SHTI220031⟩

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Association of Nonpharmaceutical Interventions During the COVID-19 Pandemic With Invasive Pneumococcal Disease, Pneumococcal Carriage, and Respiratory Viral Infections Among Children in France

auteur

Alexis Rybak, Corinne Levy, François Angoulvant, Anne Auvrignon, Piotr Gembara, Kostas Danis, Sophie Vaux, Daniel Levy-Bruhl, Sylvie van der Werf, Stéphane Béchet, Stéphane Bonacorsi, Zein Assad, Andréa Lazzati, Morgane Michel, Florentia Kaguelidou, Albert Faye, Robert Cohen, Emmanuelle Varon, Naïm Ouldali

article

JAMA Network Open, 2022, 5 (6), pp.e2218959. ⟨10.1001/jamanetworkopen.2022.18959⟩

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Privacy-preserving mimic models for clinical named entity recognition in French

auteur

Nesrine Bannour, Perceval Wajsbürt, Bastien Rance, Xavier Tannier, Aurélie Névéol

article

Journal of Biomedical Informatics, 2022, 130, pp.104073. ⟨10.1016/j.jbi.2022.104073⟩

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Bleeding risk of intramuscular injection of COVID‐19 vaccines in adult patients with therapeutic anticoagulation

auteur

Nicolas Gendron, Lina Khider, Christine Le Beller, Benjamin Espinasse, Claire Auditeau, Wafa Amara, Germain Perrin, David Lebeaux, Anais Gaiffe, Sandrine Combret, Blandine Bertin, Agnès Lillo-Le Louet, Tristan Mirault, David Smadja, Olivier Sanchez, Cécile Tromeur, Benjamin Planquette, Francis Couturaud

article

Journal of Thrombosis and Haemostasis, 2022, 20 (6), pp.1507-1510. ⟨10.1111/jth.15709⟩

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General practitioners’ perceptions of using virtual primary care during the COVID-19 pandemic: An international cross-sectional survey study

auteur

Edmond Li, Rosy Tsopra, Geronimo Jimenez, Alice Serafini, Gustavo Gusso, Heidrun Lingner, Maria Jose Fernandez, Greg Irving, Davorina Petek, Robert Hoffman, Vanja Lazic, Ensieh Memarian, Tuomas Koskela, Claire Collins, Sandra Milena Espitia, Ana Clavería, Katarzyna Nessler, Braden Gregory O’neill, Kyle Hoedebecke, Mehmet Ungan, Liliana Laranjo, Saira Ghafur, Gianluca Fontana, Azeem Majeed, Josip Car, Ara Darzi, Ana Luisa Neves

article

PLOS Digital Health, 2022, 1 (5), pp.e0000029. ⟨10.1371/journal.pdig.0000029⟩

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IDNetwork: A deep illness‐death network based on multi‐state event history process for disease prognostication

auteur

Aziliz Cottin, Nicolas Pecuchet, Marine Zulian, Agathe Guilloux, Sandrine Katsahian

article

Statistics in Medicine, 2022, 41 (9), pp.1573-1598. ⟨10.1002/sim.9310⟩

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Effect of bariatric surgery on cancer risk: results from an emulated target trial using population-based data

auteur

Andrea Lazzati, Salomé Epaud, Matthieu Ortala, Sandrine Katsahian, Emilie Lanoy

article

British Journal of Surgery, 2022, 109 (5), pp.433-438. ⟨10.1093/bjs/znac003⟩

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The first year of Junior Doctors in visceral and digestive surgery in France: For what position and with which function?

auteur

Alexandre Challine, Olivier Soubrane, Jérémie H. Lefevre

article

Journal of Visceral Surgery, 2022, 159 (2), pp.179-180. ⟨10.1016/j.jviscsurg.2022.01.012⟩

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What are the clues for an inherited metabolic disorder in Reye syndrome? A single Centre study of 58 children

auteur

Violette Goetz, David Dawei Yang, Florence Lacaille, Michele Pelosi, François Angoulvant, Anais Brassier, Jean-Baptiste Arnoux, Manuel Schiff, Claire Heilbronner, Elodie Salvador, Dominique Debray, Mehdi Oualha, Sylvain Renolleau, Muriel Girard, Pascale de Lonlay

article

Molecular Genetics and Metabolism, 2022, 135 (4), pp.320-326. ⟨10.1016/j.ymgme.2022.02.001⟩

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titre

Étudier les mécanismes des effets indésirables des médicaments avec l’IA explicable : expériences avec la fouille de graphes de connaissances

auteur

Pierre Monnin, Adrien Coulet

article

Bulletin de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 2022

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titre

Projet ANR (2016-2021) « PractiKPharma » : extraction, comparaison et découverte de connaissances en pharmacogénomique

auteur

Pierre Monnin, Adrien Coulet

article

1024 : Bulletin de la Société Informatique de France, 2022, 19, pp.109 – 120. ⟨10.48556/sif.1024.19.109⟩

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Decision-support systems for managing polypharmacy in the elderly: A scoping review

auteur

Abdelmalek Mouazer, Rosy Tsopra, Karima Sedki, Catherine Letord, Jean-Baptiste Lamy

article

Journal of Biomedical Informatics, 2022, pp.104074. ⟨10.1016/j.jbi.2022.104074⟩

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Bioprosthetic Total Artificial Heart in Autoregulated Mode Is Biologically Hemocompatible: Insights for Multimers of von Willebrand Factor

auteur

Bastien Poitier, Richard Chocron, Christophe Peronino, Aurélien Philippe, Yuri Pya, Nadia Rivet, Ulysse Richez, Mahabbat Bekbossynova, Nicolas Gendron, Marc Grimmé, Marie Cécile Bories, Julie Brichet, Antoine Capel, Jeanne Rancic, Benoit Vedie, Jean Christian Roussel, Anne-Sophie Jannot, Piet Jansen, Alain Carpentier, Peter Ivak, Christian Latremouille, Ivan Netuka, David Smadja

article

Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, 2022, 42 (4), pp.470-480. ⟨10.1161/ATVBAHA.121.316833⟩

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What level of D-dimers can safely exclude pulmonary embolism in COVID-19 patients presenting to the emergency department?

auteur

Marie-Pierre Revel, Nathanael Beeker, Raphaël Porcher, Léa Jilet, Laure Fournier, Bastien Rance, Guillaume Chassagnon, Michaela Fontenay, Olivier Sanchez

article

European Radiology, 2022, 32 (4), pp.2704-2712. ⟨10.1007/s00330-021-08377-9⟩

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Patient-Patient Similarity-Based Screening of a Clinical Data Warehouse to Support Ciliopathy Diagnosis

auteur

Xiaoyi Chen, Carole Faviez, Marc Vincent, Luis Briseño-Roa, Hassan Faour, Jean-Philippe Annereau, Stanislas Lyonnet, Mohamad Zaidan, Sophie Saunier, Nicolas Garcelon, Anita Burgun

article

Frontiers in Pharmacology, 2022, 13, ⟨10.3389/fphar.2022.786710⟩

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The ongoing French BaMaRa-BNDMR cohort: implementation and deployment of a nationwide information system on rare disease

auteur

Anne-Sophie Jannot, Claude Messiaen, Ahlem Khatim, Thibaut Pichon, Arnaud Sandrin

article

Journal of the American Medical Informatics Association, 2022, 29 (3), pp.553-558. ⟨10.1093/jamia/ocab237⟩

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Lumacaftor-ivacaftor effects on cystic fibrosis-related liver involvement in adolescents with homozygous F508 del-CFTR

auteur

David Drummond, Jérémy Dana, Laureline Berteloot, Elena Schneider-Futschik, Frédérique Chedevergne, Céline Bailly-Botuha, Thao Nguyen-Khoa, Mathieu Cornet, Muriel Le Bourgeois, Dominique Debray, Muriel Girard, Isabelle Sermet-Gaudelus

article

Journal of Cystic Fibrosis, 2022, 21 (2), pp.212-219. ⟨10.1016/j.jcf.2021.07.018⟩

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titre

Methionine supplementation for multi-organ dysfunction in MetRS-related pulmonary alveolar proteinosis

auteur

David Drummond

article

Revue des Maladies Respiratoires, 2022, 39 (3), pp.241-257. ⟨10.1016/j.rmr.2022.01.018⟩

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Clinical Decision Support Systems for Antibiotic Prescribing: An Inventory of Current French Language Tools

auteur

Claire Durand, Serge Alfandari, Guillaume Béraud, Rosy Tsopra, François-Xavier Lescure, Nathan Peiffer-Smadja

article

Antibiotics, 2022, 11 (3), pp.384. ⟨10.3390/antibiotics11030384⟩

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Deterministic Approximate EM Algorithm; Application to the Riemann Approximation EM and the Tempered EM

auteur

Thomas Lartigue, Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière

article

Algorithms, 2022, Stochastic Algorithms and Their Applications, 15 (3), pp.78. ⟨10.3390/a15030078⟩

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Bayesian dose‐regimen assessment in early phase oncology incorporating pharmacokinetics and pharmacodynamics

auteur

Emma Gerard, Sarah Zohar, Hoai‐thu Thai, Christelle Lorenzato, Marie‐karelle Riviere, Moreno Ursino

article

Biometrics, 2022, ⟨10.1111/biom.13433⟩

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Outcomes Associated With Caustic Ingestion Among Adults in a National Prospective Database in France

auteur

Alexandre Challine, Léon Maggiori, Sandrine Katsahian, Hélène Corté, Diane Goere, Andrea Lazzati, Pierre Cattan, Mircea Chirica

article

JAMA Surgery, 2022, 157 (2), pp.112. ⟨10.1001/jamasurg.2021.6368⟩

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Aetiological classification and prognosis in patients with heart failure with preserved ejection fraction

auteur

Antoine Fayol, Maxime Wack, Marine Livrozet, Jean‐Baptiste Carves, Orianne Domengé, Eva Vermersch, Mariana Mirabel, Alexandre Karras, Julien Le Guen, Anne Blanchard, Michel Azizi, Laurence Amar, Marie-Cécile Bories, Elie Mousseaux, Claire Carette, Etienne Puymirat, Albert Hagège, Anne-Sophie Jannot, Jean-Sébastien Hulot

article

ESC Heart Failure, 2022, 9 (1), pp.519-530. ⟨10.1002/ehf2.13717⟩

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titre

Encouraging Behavior Changes and Preventing Cardiovascular Diseases Using the Prevent Connect Mobile Health App: Conception and Evaluation of App Quality

auteur

Dahbia Agher, Karima Sedki, Sylvie Despres, Jean-Pierre Albinet, Marie-Christine Jaulent, Rosy Tsopra

article

Journal of Medical Internet Research, 2022, 24 (1), pp.e25384. ⟨10.2196/25384⟩

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Multisystem Inflammatory Syndrome in Children by COVID-19 Vaccination Status of Adolescents in France

auteur

Michael Levy, Morgan Recher, Hervé Hubert, Etienne Javouhey, Olivier Fléchelles, Stéphane Leteurtre, François Angoulvant

article

JAMA Cardiology, 2022, 327 (3), pp.281. ⟨10.1001/jama.2021.23262⟩

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Daily Monitoring of D-Dimer Allows Outcomes Prediction in COVID-19

auteur

David M. Smadja, Olivier Bory, Jean-Luc Diehl, Alexis Mareau, Nicolas Gendron, Anne-Sophie Jannot, Richard Chocron

article

TH Open : Companion Journal To Thrombosis and Haemostasis, 2022, 06 (01), pp.e21-e25. ⟨10.1055/a-1709-5441⟩

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One-Anastomosis Gastric Bypass Revision for Gastroesophageal Reflux Disease: Long Versus Short Biliopancreatic Limb Roux-en-Y Gastric Bypass

auteur

Ahmad Tarhini, Claire Rives-Lange, Anne-Sophie Jannot, Clement Baratte, Nathan Beaupel, Vincent Guillet, Sylvia Krivan, Maude Le Gall, Claire Carette, Sebastien Czernichow, Jean-Marc Chevallier, Tigran Poghosyan

article

Obesity Surgery, 2022, ⟨10.1007/s11695-022-05892-6⟩

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Discovering alignment relations with Graph Convolutional Networks: A biomedical case study

auteur

Pierre Monnin, Chedy Raïssi, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, 2022, pp.1-20. ⟨10.3233/SW-210452⟩

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Identifying homogeneous healthcare use profiles and treatment sequences by combining sequence pattern mining with care trajectory clustering in kidney cancer patients on oral anticancer drugs: A case study

auteur

Cyril Baudrier, Yohann Tran, Nicolas Delanoy, Sandrine Katsahian, Brigitte Sabatier, Germain Perrin

article

Health Informatics Journal, 2022, 28 (2), pp.146045822211015. ⟨10.1177/14604582221101526⟩

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titre

Clinical diagnosis, outcomes and treatment of thiamine deficiency in a tertiary hospital

auteur

François Mifsud, Diane Messager, Anne-Sophie Jannot, Benoît Védie, Nadia Aissaoui Balanant, Tigran Poghosyan, Edouard Flamarion, Claire Carette, Léa Lucas-Martini, Sébastien Czernichow, Claire Rives-Lange

article

Clinical Nutrition, 2022, 41 (1), pp.33-39. ⟨10.1016/j.clnu.2021.10.021⟩

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Deep Neural Networks for Simultaneously Capturing Public Topics and Sentiments During a Pandemic: Application on a COVID-19 Tweet Data Set

auteur

Adrien Boukobza, Anita Burgun, Bertrand Roudier, Rosy Tsopra

article

JMIR Medical Informatics, 2022, 10 (5), pp.e34306. ⟨10.2196/34306⟩

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Does An Ileo-anal Anastomosis Decrease the Rate of Successful Pregnancy Compared to an Ileorectal Anastomosis? A National Study of 1,491 Patients

auteur

Alexandre Challine, Thibault Voron, Lauren O’connell, Najim Chafai, Clotilde Debove, Maxime Collard, Yann Parc, Jérémie Lefèvre

article

Annals of Surgery, 2022, Publish Ahead of Print, ⟨10.1097/SLA.0000000000005569⟩

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Technical, Ethical, Legal, and Societal Challenges With Digital Twin Systems for the Management of Chronic Diseases in Children and Young People

auteur

David Drummond, Adrien Coulet

article

Journal of Medical Internet Research, 2022, 24 (10), pp.e39698. ⟨10.2196/39698⟩

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titre

Safety of coronavirus disease 2019 vaccines in 213 adult patients with sickle cell disease

auteur

Laure Joseph, Anne Corbasson, Sandra Manceau, Djamal Khimoud, Benoit Meunier, Geoffrey Cheminet, François Lefrere, Anne‐sophie Jannot, Estelle Lu, Jean‐Benoît Arlet

article

British Journal of Haematology, In press, ⟨10.1111/bjh.18547⟩

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titre

Machine-learning-derived sepsis bundle of care

auteur

Alexandre Kalimouttou, Ivan Lerner, Chérifa Cheurfa, Anne-Sophie Jannot, Romain Pirracchio

article

Intensive Care Medicine, In press, ⟨10.1007/s00134-022-06928-2⟩

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titre

Enriching single-arm clinical trials with external controls: possibilities and pitfalls

auteur

Jérôme Lambert, Etienne Lengliné, Raphaël Porcher, Rodolphe Thiébaut, Sarah Zohar, Sylvie Chevret

article

Blood Advances, In press, ⟨10.1182/bloodadvances.2022009167⟩

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titre

Mining Electronic Health Records for Drugs Associated With 28-day Mortality in COVID-19: Pharmacopoeia-wide Association Study (PharmWAS)

auteur

Ivan Lerner, Arnaud Serret-Larmande, Bastien Rance, Nicolas Garcelon, Anita Burgun, Laurent Chouchana, Antoine Neuraz

article

JMIR Medical Informatics, 2022, 10 (3), pp.e35190. ⟨10.2196/35190⟩

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titre

Asymptotic Analysis of a Matrix Latent Decomposition Model

auteur

Clément Mantoux, Stanley Durrleman​, Stéphanie Allassonnière

article

ESAIM: Probability and Statistics, 2022, 26, pp.208-242. ⟨10.1051/ps/2022004⟩

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titre

Adalimumab therapy in pediatric Crohn’s Disease: a two-year follow-up comparing ‘top-down’ and ‘step-up’ strategies.

auteur

Elise Payen, Antoine Neuraz, Letizia Zenzeri, Cécile Talbotec, Elie Abi Nader, Lucienne Chatenoud, Stephanie Chhun, Olivier Goulet, Frank Ruemmele, Bénédicte Pigneur

article

Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition, 2022, Publish Ahead of Print, ⟨10.1097/MPG.0000000000003643⟩

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titre

Association Between Exposure to Effervescent Paracetamol and Hospitalization for Acute Heart Failure: A Case-Crossover Study

auteur

Germain Perrin, Armelle Arnoux, Sarah Berdot, Sandrine Katsahian, Nicolas Danchin, Brigitte Sabatier

article

Journal of Clinical Pharmacology, 2022, 62 (7), pp.883-890. ⟨10.1002/jcph.2027⟩

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titre

Spatio-temporal mixture process estimation to detect population dynamical changes

auteur

Solange Pruilh, Anne-Sophie Jannot, Stéphanie Allassonnière

article

Artificial Intelligence in Medicine, 2022, 126, pp.102258. ⟨10.1016/j.artmed.2022.102258⟩

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titre

DICE: A Bayesian model for early dose finding in phase I trials with multiple treatment courses

auteur

Moreno Ursino, Lucie Biard, Sylvie Chevret

article

Biometrical Journal, In press, ⟨10.1002/bimj.202000369⟩

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titre

An Integrated Care Platform System (C3-Cloud) for Care Planning, Decision Support, and Empowerment of Patients With Multimorbidity: Protocol for a Technology Trial

auteur

Malte von Tottleben, Katie Grinyer, Ali Arfa, Lamine Traore, Dolores Verdoy, Sarah Lim Choi Keung, Igor Larranaga, Marie-Christine Jaulent, Esteban de Manuel Keenoy, Mikael Lilja, Marie Beach, Christopher Marguerie, Mustafa Yuksel, Gokce Banu Laleci Erturkmen, Gunnar Klein, Pontus Lindman, Javier Mar, Dipak Kalra, Theodoros Arvanitis, C-Cloud Research-Team Collaborators

article

JMIR Research Protocols, 2022, 11 (7), pp.e21994. ⟨10.2196/21994⟩

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Conference papers

titre

Pythae: Unifying Generative Autoencoders in Python – A Benchmarking Use Case

auteur

Clément Chadebec, Louis J Vincent, Stéphanie Allassonnière

article

Proceedings of the Neural Information Processing Systems Track on Datasets and Benchmark, Nov 2022, New Orleans, United States

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titre

Modèles préservant la confidentialité des données par mimétisme pour la reconnaissance d’entités nommées en français

auteur

Nesrine Bannour, Perceval Wajsbürt, Bastien Rance, Xavier Tannier, Aurélie Névéol

article

Journée d’étude sur la robustesse des systemes de TAL, ATALA, Nov 2022, Paris, France

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titre

Matching Pharmacogenomic Knowledge: Particularities, Results, and Perspectives

auteur

Pierre Monnin, Adrien Coulet

article

17th International Workshop on Ontology Matching : OM-2022, Oct 2022, Virtual, China

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titre

An analogy based framework for patient-stay identification in healthcare

auteur

Safa Alsaidi, Miguel Couceiro, Esteban Marquer, Sophie Quennelle, Anita Burgun, Nicolas Garcelon, Adrien Coulet

article

ATA@ICCBR 2022 – Workshop Analogies: from Theory to Applications, Sep 2022, Nancy, France

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titre

A Deep Learning Approach to Solving Morphological Analogies

auteur

Esteban Marquer, Safa Alsaidi, Amandine Decker, Pierre-Alexandre Murena, Miguel Couceiro

article

30th International Conference on Case-Based Reasoning (ICCBR2022), Sep 2022, Nancy, France. pp.159–174, ⟨10.1007/978-3-031-14923-8_11⟩

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titre

Exploring Analogical Inference in Healthcare

auteur

Safa Alsaidi, Miguel Couceiro, Sophie Quennelle, Anita Burgun, Nicolas Garcelon, Adrien Coulet

article

IARML@IJCAI-ECAI’2022: Workshop on the Interactions between Analogical Reasoning and Machine Learning, at IJCAI-ECAI’2022, Jul 2022, Vienna, Austria

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titre

Combiner plongements de graphes et clustering pour l’alignement de connaissances pharmacogénomiques

auteur

Pierre Monnin, Chedy Raïssi, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

Santé & IA 2022 – Journée Santé et Intelligence Artificielle (Evènement affilié à PFIA 2022), Jun 2022, Saint-Etienne, France

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titre

Physics-informed deep neural network for rigid-body protein docking

auteur

Freyr Sverrisson, Jean Feydy, Joshua Southern, Michael M Bronstein, Bruno E Correia

article

MLDD 2022 – Machine Learning for Drug Discovery Workshop of ICLR 2022, Apr 2022, Virtual conference, France

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Book sections

titre

Determining the Set of Items to Include in Breast Operative Reports, Using Clustering Algorithms on Retrospective Data Extracted from Clinical DataWarehouse

auteur

Adrien Boukobza, Maxime Wack, Antoine Neuraz, Daniela Geromin, Cécile Badoual, Anne-Sophie Bats, Anita Burgun, Meriem Koual, Rosy Tsopra

article

Advances in Informatics, Management and Technology in Healthcare, 295, IOS Press, pp.45-48, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220656⟩

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titre

Translating the Observational Medical Outcomes Partnership – Common Data Model (OMOP-CDM) Electronic Health Records to an OWL Ontology

auteur

Jean-Baptiste Lamy, Abdelmalek Mouazer, Karima Sedki, Rosy Tsopra

article

MEDINFO 2021: One World, One Health – Global Partnership for Digital Innovation, 290, IOS Press, pp.76-80, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220035⟩

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titre

Design of an ontology-based triage system for painful patients

auteur

Alexandre Saadi, Alice Rogier, Anita Burgun, Rosy Tsopra

article

MEDINFO 2021: One World, One Health – Global Partnership for Digital Innovation, 290, IOS Press; IOS Press, pp.81-85, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220036⟩

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titre

A Qualitative Method for Learning Medical Expert Reasoning

auteur

Karima Sedki, Jean-Baptiste Lamy, Rosy Tsopra

article

MEDINFO 2021: One World, One Health – Global Partnership for Digital Innovation, 290, IOS Press, pp.645-649, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220157⟩

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titre

An Interactive Interface for Displaying Recommendations on Emergency Phone Triage in Pediatrics

auteur

Claire Durchon, Stephi Vanderlan, Alice Jegard, Hasini Saram, Marina Falchi, Florence Campeotto, Laurent Dupic, Anita Burgun, Benoît Vivien, Rosy Tsopra

article

Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health, 294, IOS Press, pp.430-434, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220495⟩

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titre

Enriching UMLS-Based Phenotyping of Rare Diseases Using Deep-Learning: Evaluation on Jeune Syndrome

auteur

Carole Faviez, Marc Vincent, Nicolas Garcelon, Caroline Michot, Genevieve Baujat, Valerie Cormier-Daire, Sophie Saunier, Xiaoyi Chen, Anita Burgun

article

Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health, 294, IOS Press; IOS Press, pp.844-848, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220604⟩

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titre

Tracking Temporal Clusters from Patient Networks

auteur

Judith Lambert, Anne-Louise Leutenegger, Anne-Sophie Jannot, Anaïs Baudot

article

Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health, IOS Press, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220427⟩

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titre

Towards a Clinical Decision Support System for Helping Medical Students in Emergency Call Centers

auteur

Edouard Michot, Jules Woo, Louis Mouline, Catherine Sinnappan, Adrien Boukobza, Florence Campeotto, Laurent Dupic, Anita Burgun, Benoît Vivien, Rosy Tsopra

article

Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health, 294, IOS Press, pp.425-429, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220494⟩

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titre

Speak-PIM, Towards a Framework for the Automatic Detection of Potentially Inappropriate Prescriptions

auteur

Abdelmalek Mouazer, Karima Sedki, Rosy Tsopra, Jean-Baptiste Lamy

article

Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health, 294, IOS Press, pp.460-464, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220501⟩

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titre

Extraction of Tumor Response Criteria in Semi-Structured Imaging Report

auteur

Valentin Pohyer, David Baudoin, Laure Fournier, Bastien Rance

article

Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health, IOS Press, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220424⟩

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titre

Accelerating High-Dimensional Temporal Modelling Using Graphics Processing Units for Pharmacovigilance Signal Detection on Real-Life Data

auteur

Pierre Sabatier, Jean Feydy, Anne-Sophie Jannot

article

Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health, IOS Press, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, ⟨10.3233/SHTI220401⟩

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Habilitation à diriger des recherches

titre

Innovative approaches in the analysis of big data in health

auteur

Andrea Lazzati

article

Sciences du Vivant [q-bio]. UPEC, 2022

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Other publications

titre

Supporting Diagnosis With Next-Generation Artificial Intelligence

auteur

Cedric Bousquet, Adrien Coulet

article

2022, ⟨10.1001/jama.2022.2303⟩

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Poster communications

titre

PGxCorpus and PGxLOD: two shared resources for knowledge management in pharmacogenomics

auteur

Pierre Monnin, Joël Legrand, Adrien Coulet

article

JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , JOBIM 2022 Proceedings – Posters, Démos

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Documents associated with scientific events

titre

Investigating ADR mechanisms with Explainable AI: a feasibility study with knowledge graph mining

auteur

Emmanuel Bresso, Pierre Monnin, Cédric Bousquet, François-Élie Calvier, Ndeye Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , JOBIM 2022 Proceedings – Keynotes, Contributed talks, Mini-Symposia

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Proceedings

titre

Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health

auteur

B. Séroussi, Patrick Weber, Ferdinand Dhombres, Cyril Grouin, Jan-David Liebe, Sylvia Pelayo, Andrea Pinna, Bastien Rance, Lucia Sacchi, Adrien Ugon, Arriel Benis, Parisis Gallos

article

European Federation for Medical Informatics, Studies in Health Technology and Informatics, 294, 2022, 978-1-64368-285-3

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Theses

titre

Use of the PMSI in the evaluation of morbi-mortality in oeso-gastric surgery

auteur

Alexandre Challine

article

Chirurgie. Université Paris Cité, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

Cortico-Cerebellar Neurodynamics during Social Interaction in Autism Spectrum Disorder

auteur

Fleur Gaudfernau, Aline Lefebvre, Denis-Alexander Engemann, Amandine Pedoux, Anna Bánki, Florence Baillin, Benjamin Landman, Anna Maruani, Frederique Amsellem, Thomas Bourgeron, Richard Delorme, Guillaume Dumas

article

2022

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titre

Tracking patient clusters over time enables to extract all the information available in the medico-administrative databases

auteur

Judith Lambert, Anne-Louise Leutenegger, Anne-Sophie Jannot, Anaïs Baudot

article

2022

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titre

Wavelet-Based Multiscale Initial Flow For Improved Atlas Estimation in the Large Diffeomorphic Deformation Model Framework

auteur

Fleur Gaudfernau, Eléonore Blondiaux, Stéphanie Allassonnière, Erwan Le Pennec

article

2022

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titre

Analysis of the Anatomical Variability of Fetal Brains with Corpus Callosum Agenesis

auteur

Fleur Gaudfernau, Eleonore Blondiaux, Stéphanie Allassonnière

article

2022

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2021

Journal articles

titre

Identification of glucocorticoid-related molecular signature by whole blood methylome analysis

auteur

Roberta Armignacco, Anne Jouinot, Lucas Bouys, Amandine Septier, Thomas Lartigue, Mario Neou, Cassandra Gaspar, Karine Perlemoine, Leah Braun, Anna Riester, Fidéline Bonnet-Serrano, Anne Blanchard, Laurence Amar, Carla Scaroni, Filippo Ceccato, Gian Paolo Rossi, Tracy Ann Williams, Casper K. Larsen, Stéphanie Allassonnière, Maria-Christina Zennaro, Felix Beuschlein, Martin Reincke, Jerome Bertherat, Guillaume Assié

article

European Journal of Endocrinology, 2021, pp.EJE-21-0907.R1. ⟨10.1530/EJE-21-0907⟩

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titre

Clinical course and cost assessment of infants with a first episode of acute bronchiolitis presenting to the emergency department: Data from the GUERANDE clinical trial

auteur

Thibault Butel, François Angoulvant, Antoine Filipovic-Pierucci, Karen Milcent, Jean‐paul Teglas, Xavier Bellêttre, Isabelle Claudet, Christèle Gras-Le Guen, Loïc de Pontual, Philippe Minodier, François Dubos, Jacques Brouard, Valérie Soussan-Banini, Vanessa Degas-Bussiere, Amélie Gatin, Cyril Schweitzer, Ralph Epaud, Amélie Ryckewaert, Pierrick Cros, Yves Marot, Philippe Flahaut, Pascal Saunier, Philippe Babe, Géraldine Patteau, Mathilde Delebarre, Luigi Titomanlio, Bénédicte Vrignaud, Thanh‐van Trieu, Abdelilah Tahir, Delphine Regnard, Pascale Micheau, Oussama Charara, Simon Henry, Dominique Ploin, Henri Panjo, Astrid Vabret, Jean Bouyer, Isabelle Durand-Zaleski, Vincent Gajdos

article

Pediatric Pulmonology, 2021, 56 (12), pp.3802-3812. ⟨10.1002/ppul.25621⟩

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titre

Impact of coronavirus disease 2019 (COVID-19) lockdown on in-hospital mortality and surgical activity in elective digestive resections: A nationwide cohort analysis

auteur

Alexandre Challine, Bertrand Dousset, Nicola De’Angelis, Jérémie Lefèvre, Yann Parc, Sandrine Katsahian, Andrea Lazzati

article

Surgery, 2021, 170 (6), pp.1644-1649. ⟨10.1016/j.surg.2020.12.036⟩

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titre

Necrotizing soft-tissue infections in pediatric intensive care: a prospective multicenter case-series study

auteur

Stéphane Dauger, Renaud Blondé, Olivier Brissaud, Marie-Odile Marcoux, François Angoulvant, Michael Levy

article

Critical Care, 2021, 25 (1), pp.139. ⟨10.1186/s13054-021-03562-0⟩

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titre

Surgical management of insulinoma over three decades

auteur

Anne de Carbonnières, Alexandre Challine, Anne Ségolène Cottereau, Romain Coriat, Philippe Soyer, Einas Abou Ali, Frédéric Prat, Benoit Terris, Jérôme Bertherat, Bertrand Dousset, Sébastien Gaujoux

article

HPB, 2021, 23 (12), pp.1799-1806. ⟨10.1016/j.hpb.2021.04.013⟩

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titre

Evolving phenotypes of non-hospitalized patients that indicate long COVID

auteur

Hossein Estiri, Zachary Strasser, Gabriel Brat, Yevgeniy Semenov, Chirag Patel, Shawn Murphy, James Aaron, Giuseppe Agapito, Adem Albayrak, Mario Alessiani, Danilo Amendola, Li Anthony, Bruce Aronow, Fatima Ashraf, Andrew Atz, Paul Avillach, James Balshi, Brett Beaulieu-Jones, Douglas Bell, Antonio Bellasi, Riccardo Bellazzi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Alvar Blanco Martínez, Martin Boeker, Clara-Lea Bonzel, John Booth, Silvano Bosari, Florence Bourgeois, Robert Bradford, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, William Bryant, Mauro Bucalo, Anita Burgun, Tianxi Cai, Mario Cannataro, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Jin Chen, Krista Chen, Luca Chiovato, Lorenzo Chiudinelli, Kelly Cho, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz Bermúdez, Jaime Cruz Rojo, Arianna Dagliati, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Anahita Davoudi, Batsal Devkota, Julien Dubiel, Loic Esteve, Shirley Fan, Robert Follett, Paula Gaiolla, Thomas Ganslandt, Noelia García Barrio, Lana Garmire, Nils Gehlenborg, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Alba Gutiérrez-Sacristán, David Hanauer, Christian Haverkamp, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, John Holmes, Chuan Hong, Petar Horki, Kenneth Huling, Meghan Hutch, Richard Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Mark Keller, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Isaac Kohane, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Sehi L’yi, Trang Le, Judith Leblanc, Andressa Leite, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Ne Hooi Will Loh, Sara Lozano-Zahonero, Yuan Luo, Kristine Lynch, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Alberto Malovini, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Anupama Maram, Patricia Martel, Aaron Masino, Maria Mazzitelli, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Bertrand Moal, Jason Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Michele Morris, Karyn Moshal, Sajad Mousavi, Danielle Mowery, Douglas Murad, Thomas Naughton, Antoine Neuraz, Kee Yuan Ngiam, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Gilbert Omenn, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Lav Patel, Miguel Pedrera Jimenez, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Hans Prokosch, Robson Prudente, Víctor Quirós González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig Domínguez, Pablo Rojo, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Samayamuthu, Arnaud Sandrin, Janaina Santos, Maria Savino, Emily Schriver, Petra Schubert, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil Sebire, Pablo Serrano Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Zahra Shakeri, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Andrew South, Anastasia Spiridou, Amelia Tan, Bryce Tan, Byorn Tan, Suzana Tanni, Deanne Taylor, Ana Terriza Torres, Valentina Tibollo, Patric Tippmann, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret Vella, Guillaume Verdy, Jill-Jênn Vie, Shyam Visweswaran, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Xuan Wang, Demian Wassermann, Griffin Weber, Zongqi Xia, Nadir Yehya, William Yuan, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Daniel Zoeller, Chiara Zucco

article

BMC Medicine, 2021, 19 (1), pp.249. ⟨10.1186/s12916-021-02115-0⟩

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titre

General practitioners’ deprescribing decisions in older adults with polypharmacy: a case vignette study in 31 countries

auteur

Katharina Tabea Jungo, Sophie Mantelli, Zsofia Rozsnyai, Aristea Missiou, Biljana Gerasimovska Kitanovska, Birgitta Weltermann, Christian Mallen, Claire Collins, Daiana Bonfim, Donata Kurpas, Ferdinando Petrazzuoli, Gindrovel Dumitra, Hans Thulesius, Heidrun Lingner, Kasper Lorenz Johansen, Katharine Wallis, Kathryn Hoffmann, Lieve Peremans, Liina Pilv, Marija Petek Šter, Markus Bleckwenn, Martin Sattler, Milly van der Ploeg, Péter Torzsa, Petra Bomberová Kánská, Shlomo Vinker, Radost Assenova, Raquel Gomez Bravo, Rita Viegas, Rosy Tsopra, Sanda Kreitmayer Pestic, Sandra Gintere, Tuomas Koskela, Vanja Lazic, Victoria Tkachenko, Emily Reeve, Clare Luymes, Rosalinde Poortvliet, Nicolas Rodondi, Jacobijn Gussekloo, Sven Streit

article

BMC Geriatrics, 2021, 21 (1), pp.19. ⟨10.1186/s12877-020-01953-6⟩

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titre

Multinational characterization of neurological phenotypes in patients hospitalized with COVID-19

auteur

Trang Le, Alba Gutiérrez-Sacristán, Jiyeon Son, Chuan Hong, Andrew South, Brett Beaulieu-Jones, Ne Hooi Will Loh, Yuan Luo, Michele Morris, Kee Yuan Ngiam, Lav Patel, Malarkodi Samayamuthu, Emily Schriver, Amelia Tan, Jason Moore, Tianxi Cai, Gilbert Omenn, Paul Avillach, Isaac Kohane, Shyam Visweswaran, Danielle Mowery, Zongqi Xia, James Aaron, Giuseppe Agapito, Adem Albayrak, Mario Alessiani, Danilo Amendola, François Angoulvant, Li Anthony, Bruce Aronow, Andrew Atz, James Balshi, Douglas Bell, Antonio Bellasi, Riccardo Bellazzi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Alvar Blanco Martínez, Martin Boeker, Clara-Lea Bonzel, John Booth, Silvano Bosari, Florence Bourgeois, Robert Bradford, Gabriel Brat, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, William Bryant, Mauro Bucalo, Anita Burgun, Mario Cannataro, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Krista Chen, Jin Chen, Luca Chiovato, Lorenzo Chiudinelli, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz Bermúdez, Jaime Cruz Rojo, Arianna Dagliati, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Anahita Davoudi, Batsal Devkota, Julien Dubiel, Loic Esteve, Shirley Fan, Robert Follett, Paula Gaiolla, Thomas Ganslandt, Noelia García Barrio, Lana Garmire, Nils Gehlenborg, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, David Hanauer, Christian Haverkamp, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, John Holmes, Petar Horki, Kenneth Huling, Meghan Hutch, Richard Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Mark Keller, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Sehi L’yi, Judith Leblanc, Andressa Leite, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Sarah Lozano-Zahonero, Kristine Lynch, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Adeline Makoudjou Tchendjou, Alberto Malovini, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Anupama Maram, Patricia Martel, Aaron Masino, Michael Matheny, Thomas Maulhardt, Maria Mazzitelli, Michael Mcduffie, Arthur Mensch, Fatima Ashraf, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Bertrand Moal, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Karyn Moshal, Sajad Mousavi, Douglas Murad, Shawn Murphy, Thomas Naughton, Antoine Neuraz, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Miguel Pedrera Jimenez, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Hans Prokosch, Robson Prudente, Víctor Quirós González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig Domínguez, Pablo Rojo, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Janaina Santos, Maria Savino, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil Sebire, Pablo Serrano Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Zahra Shakeri, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Charles Sonday, Anastasia Spiridou, Bryce Tan, Byorn Tan, Suzana Tanni, Deanne Taylor, Ana Terriza-Torres, Valentina Tibollo, Patric Tippmann, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret Vella, Jill-Jênn Vie, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Demian Wassermann, Griffin Weber, Yuan William, Nadir Yehya, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Daniela Zoeller, Chiara Zucco

article

Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.20238. ⟨10.1038/s41598-021-99481-9⟩

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titre

Improving early diagnosis of rare diseases using Natural Language Processing in unstructured medical records: an illustration from Dravet syndrome

auteur

Tommaso Lo Barco, Mathieu Kuchenbuch, Nicolas Garcelon, Antoine Neuraz, Rima Nabbout

article

Orphanet Journal of Rare Diseases, 2021, 16 (1), pp.309. ⟨10.1186/s13023-021-01936-9⟩

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External validation of prognostic scores for COVID-19: a multicenter cohort study of patients hospitalized in Greater Paris University Hospitals

auteur

Yannis Lombardi, Loris Azoyan, Piotr Szychowiak, Ali Bellamine, Guillaume Lemaitre, Mélodie Bernaux, Christel Daniel, Judith Leblanc, Quentin Riller, Olivier Steichen, Pierre-Yves Ancel, Alain Bauchet, Nathanael Beeker, Vincent Benoit, Romain Bey, Aurélie Bourmaud, Stéphane Bréant, Anita Burgun, Fabrice Carrat, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Sylvie Cormont, Julien Dubiel, Catherine Duclos, Loic Esteve, Marie Frank, Nicolas Garcelon, Alexandre Gramfort, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Martin Guilbaud, Claire Hassen-Khodja, François Hemery, Martin Hilka, Anne Sophie Jannot, Jerome Lambert, Richard Layese, Léo Lebouter, Damien Leprovost, Ivan Lerner, Kankoe Levi Sallah, Aurélien Maire, Marie-France Mamzer, Patricia Martel, Arthur Mensch, Thomas Moreau, Antoine Neuraz, Nina Orlova, Nicolas Paris, Bastien Rance, Hélène Ravera, Antoine Rozes, Pierre Rufat, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Patricia Serre, Xavier Tannier, Jean-Marc Treluyer, Damien van Gysel, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Maxime Wack, Perceval Wajsburt, Demian Wassermann, Eric Zapletal

article

Intensive Care Medicine, 2021, 47 (12), pp.1426-1439. ⟨10.1007/s00134-021-06524-w⟩

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titre

Reorganisation of GP surgeries during the COVID-19 outbreak: analysis of guidelines from 15 countries

auteur

Rosy Tsopra, Paul Frappe, Sven Streit, Ana Luisa Neves, Persijn Honkoop, Ana Belen Espinosa-Gonzalez, Berk Geroğlu, Tobias Jahr, Heidrun Lingner, Katarzyna Nessler, Gabriella Pesolillo, Øyvind Stople Sivertsen, Hans Thulesius, Raluca Zoitanu, Anita Burgun, Shérazade Kinouani

article

BMC Family Practice, 2021, 22 (1), pp.96. ⟨10.1186/s12875-021-01413-z⟩

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titre

Influence of the clindamycin administration route on the magnitude of clindamycin–rifampicin interaction: a prospective pharmacokinetic study

auteur

Valérie Zeller, Sophie Magreault, Beate Heym, Dominique Salmon, Marie-Dominique Kitzis, Eliane Billaud, Simon Marmor, Anne-Sophie Jannot, Laurence Salomon, Vincent Jullien

article

Clinical Microbiology and Infection, 2021, 27 (12), pp.1857.e1-1857.e7. ⟨10.1016/j.cmi.2021.04.017⟩

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titre

Severe COVID‐19 evolving towards organizing pneumonia in a pediatric lung transplant recipient

auteur

David Drummond, Caroline Thumerelle, Antoine Roux, Clémence Mordacq, Pierre Frange, Marianne Leruez-Ville, Laure Gibault, Laureline Berteloot, Charlotte Roy, Margaux Pontailler, Vanessa Lopez, Mehdi Oualha, Marion Grimaud, Laure de Saint Blanquat, François Parquin, Isabelle Sermet-Gaudelus

article

Pediatric Pulmonology, 2021, 57 (2), pp.583-585. ⟨10.1002/ppul.25744⟩

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titre

Mixture of Conditional Gaussian Graphical Models for unlabelled heterogeneous populations in the presence of co-factors

auteur

Thomas Lartigue, Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière

article

SN Computer Science, 2021, 2 (466), ⟨10.1007/s42979-021-00865-5⟩

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Fall of Community-Acquired Pneumonia in Children following COVID-19 Non-Pharmaceutical Interventions: A Time Series Analysis

auteur

Alexis Rybak, David Dawei Yang, Cécile Schrimpf, Romain Guedj, Corinne Levy, Robert Cohen, Vincent Gajdos, Julie Tort, David Skurnik, Naïm Ouldali, François Angoulvant

article

Pathogens, 2021, 10 (11), pp.1375. ⟨10.3390/pathogens10111375⟩

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A framework for validating AI in precision medicine: considerations from the European ITFoC consortium

auteur

Rosy Tsopra, Xose Fernandez, Claudio Luchinat, Lilia Alberghina, Hans Lehrach, Marco Vanoni, Felix Dreher, O Ugur Sezerman, Marc Cuggia, Marie de Tayrac, Edvins Miklasevics, Lucian Mihai Itu, Marius Geanta, Lesley Ogilvie, Florence Godey, Cristian Nicolae Boldisor, Boris Campillo-Gimenez, Cosmina Cioroboiu, Costin Florian Ciusdel, Simona Coman, Oliver Hijano Cubelos, Alina Itu, Bodo Lange, Matthieu Le Gallo, Alexandra Lespagnol, Giancarlo Mauri, H Okan Soykam, Bastien Rance, Paola Turano, Leonardo Tenori, Alessia Vignoli, Christoph Wierling, Nora Benhabiles, Anita Burgun

article

BMC Medical Informatics and Decision Making, 2021, 21 (1), pp.274. ⟨10.1186/s12911-021-01634-3⟩

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Le profil de méthylome du sang total comme biomarqueur de l’excès des glucocorticoïdes

auteur

Roberta Armignacco, Anne Jouinot, Lucas Bouys, Amandine Septier, Thomas Lartigue, Mario Neou, Cassandra Gaspar, Karine Perlemoine, Leah Braun, Anne Riester, Fidéline Bonnet-Serrano, Anne Blanchard, Laurence Amar, Carla Scaroni, Filippo Ceccato, Gian Paolo Rossi, Tracy Ann Williams, Casper K. Larsen, Stéphanie Allassonnière, Maria Christina Zennaro, Felix Beuschlein, Martin Reincke, Jérôme Bertherat, Guillaume Assié

article

Annales d’Endocrinologie = Annals of Endocrinology, 2021, 82 (5), pp.238. ⟨10.1016/j.ando.2021.07.058⟩

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Postnatal Diagnostic Workup in Children With Arthrogryposis: A Series of 82 Patients

auteur

Judith Chareyre, Antoine Neuraz, Alina Badina, Christine Barnerias, Marie Hully, Elsa Kermorvant-Duchemin, Elise Leroy-Terquem, Robert Carlier, Judith Melki, Isabelle Desguerre, Cyril Gitiaux

article

Journal of Child Neurology, 2021, 36 (12), pp.1071-1077. ⟨10.1177/08830738211022972⟩

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Efficacy of fascia iliaca nerve block in daily routine for children with femoral fractures in a pediatric emergency department

auteur

William Curtis, Stéphanie Pannier, Olivier Gall, Marie-Sophie Zentar, François Angoulvant, Gérard Cheron

article

Archives de Pédiatrie, 2021, 28 (7), pp.544-547. ⟨10.1016/j.arcped.2021.08.004⟩

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Cardiometabolic Disorders and the Risk of Critical COVID-19 as Compared to Influenza Pneumonia

auteur

Antoine Fayol, Marine Livrozet, Héléna Pereira, Jean-Luc Diehl, David Lebeaux, Jean-Benoit Arlet, Bernard Cholley, Claire Carette, Jean-Baptiste Carves, Sébastien Czernichow, Caroline Hauw, Sophie-Rym Hamada, Anne-Sophie Jannot, Geoffroy Volle, Nihar Masurkar, Tristan Mirault, Benjamin Planquette, Olivier Sanchez, Gilles Châtellier, Michel Azizi, Jean-Sébastien Hulot

article

Journal of Clinical Medicine, 2021, 10 (19), pp.4618. ⟨10.3390/jcm10194618⟩

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The spectrum of kidney function alterations in adolescents with a solitary functioning kidney

auteur

Mathilde Grapin, François Gaillard, Nathalie Biebuyck, Melissa Ould-Rabah, Carole Hennequin, Romain Berthaud, Guillaume Dorval, Thomas Blanc, Maryvonne Hourmant, Nassim Kamar, Lionel Rostaing, Lionel Couzi, Nicolas Garcelon, Dominique Prié, Olivia Boyer, Frank Bienaimé

article

Pediatric Nephrology, 2021, 36 (10), pp.3159-3168. ⟨10.1007/s00467-021-05074-z⟩

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The economic burden of allergic comorbidities in pediatric severe asthma

auteur

Gizem Pamuk, Muriel Le Bourgeois, Rola Abou Taam, Antoine Neuraz, Jacques de Blic, Christophe Delacourt, Guillaume Lezmi

article

Pediatric Allergy and Immunology, 2021, 32 (7), pp.1559-1565. ⟨10.1111/pai.13532⟩

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Change in Birth Rate Before and After Bariatric Surgery in France

auteur

Claire Rives-Lange, Yannick Girardeau, Tigran Poghosyan, Cecile Ciangura, Muriel Coupaye, Jacky Nizard, Amel Ait-Boudaoud, Claire Carette, Anne-Sophie Jannot, Sébastien Czernichow

article

Obesity Surgery, 2021, 31 (10), pp.4657-4661. ⟨10.1007/s11695-021-05561-0⟩

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Relay oral therapy in febrile urinary tract infections caused by extended spectrum beta-lactamase–producing Enterobacteriaceae in children: A French multicenter study

auteur

Gabriel Lignieres, André Birgy, Camille Jung, Stéphane Bonacorsi, Corinne Levy, François Angoulvant, Emmanuel Grimprel, Marie Aliette Dommergues, Yves Gillet, Irina Craiu, Alexis Rybak, Loic de Pontual, François Dubos, Emmanuel Cixous, Vincent Gajdos, Didier Pinquier, Isabelle Andriantahina, Valérie Soussan-Banini, Emilie Georget, Elise Launay, Olivier Vignaud, Robert Cohen, Fouad Madhi

article

PLoS ONE, 2021, 16 (9), pp.e0257217. ⟨10.1371/journal.pone.0257217⟩

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Bayesian modeling of a bivariate toxicity outcome for early phase oncology trials evaluating dose regimens

auteur

Emma Gerard, Sarah Zohar, Christelle Lorenzato, Moreno Ursino, Marie‐karelle Riviere

article

Statistics in Medicine, 2021, ⟨10.1002/sim.9113⟩

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Robust Adaptive Incorporation of Historical Control Data in a Randomized Trial of External Cooling to Treat Septic Shock

auteur

Thomas Murray, Peter Thall, Frederique Schortgen, Pierre Asfar, Sarah Zohar, Sandrine Katsahian

article

Bayesian Analysis, 2021, 16 (3), ⟨10.1214/20-BA1229⟩

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Association of shear-wave elastography with clinical outcomes post-liver transplantation

auteur

Tom Boeken, Olivier Lucidarme, Elsa Mbarki, Olivier Scatton, Eric Savier, Mathilde Wagner

article

Clinics and Research in Hepatology and Gastroenterology, 2021, 45 (5), pp.101554. ⟨10.1016/j.clinre.2020.09.015⟩

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Gaussian Graphical Model exploration and selection in high dimension low sample size setting

auteur

Thomas Lartigue, Simona Bottani, Stephanie Baron, Olivier Colliot, Stanley Durrleman, Stéphanie Allassonnière

article

IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2021, 43 (9), pp.3196-3213. ⟨10.1109/TPAMI.2020.2980542⟩

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Effectiveness of a ‘do not interrupt’ vest intervention to reduce medication errors during medication administration: a multicenter cluster randomized controlled trial

auteur

Sarah Berdot, Aurélie Vilfaillot, Yvonnick Bezie, Germain Perrin, Marion Berge, Jennifer Corny, Thuy Tan Phan Thi, Mathieu Depoisson, Claudine Guihaire, Nathalie Valin, Claudine Decelle, Alexandre Karras, Pierre Durieux, Laetitia Minh Maï Lê, Brigitte Sabatier

article

BMC Nursing, 2021, 20 (1), pp.153. ⟨10.1186/s12912-021-00671-7⟩

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titre

Binacox: automatic cut‐point detection in high‐dimensional Cox model with applications in genetics

auteur

Simon Bussy, Mokhtar Alaya, Anne‐sophie Jannot, Agathe Guilloux

article

Biometrics, 2021, ⟨10.1111/biom.13547⟩

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titre

Syntax-based transfer learning for the task of biomedical relation extraction

auteur

Joël Legrand, Yannick Toussaint, Chedy Raïssi, Adrien Coulet

article

Journal of Biomedical Semantics, 2021, 12 (1), ⟨10.1186/s13326-021-00248-y⟩

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Therapy for Multisystem Inflammatory Syndrome in Children

auteur

François Angoulvant

article

New England Journal of Medicine, 2021, ⟨10.1056/NEJMc2111096⟩

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Time of Bariatric Surgery and Hospitalization for SARS-CoV-2: a Nationwide Study

auteur

Tigran Poghosyan, Claire Rives-Lange, Claire Carette, Yannick Girardeau, Anne-Sophie Jannot, Sebastien Czernichow

article

Obesity Surgery, 2021, 31 (8), pp.3893-3895. ⟨10.1007/s11695-021-05449-z⟩

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A New Class of Stochastic EM Algorithms. Escaping Local Maxima and Handling Intractable Sampling

auteur

Stéphanie Allassonnière, Juliette Chevallier

article

Computational Statistics and Data Analysis, 2021, 159, pp.107159. ⟨10.1016/j.csda.2020.107159⟩

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Colorectal screening: We have not caught up. A surge of colorectal cancer after the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic?

auteur

Alexandre Challine, Andrea Lazzati, Sandrine Katsahian, Yann Parc, Jeremie Lefevre

article

Surgery, 2021, 170 (1), pp.349-350. ⟨10.1016/j.surg.2021.03.021⟩

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International Analysis of Electronic Health Records of Children and Youth Hospitalized With COVID-19 Infection in 6 Countries

auteur

Florence Bourgeois, Alba Gutiérrez-Sacristán, Mark Keller, Molei Liu, Chuan Hong, Clara-Lea Bonzel, Amelia Tan, Bruce Aronow, Martin Boeker, John Booth, Jaime Cruz Rojo, Batsal Devkota, Noelia García Barrio, Nils Gehlenborg, Alon Geva, David Hanauer, Meghan Hutch, Richard Issitt, Jeffrey Klann, Yuan Luo, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Bertrand Moal, Karyn Moshal, Shawn Murphy, Antoine Neuraz, Kee Yuan Ngiam, Gilbert Omenn, Lav Patel, Miguel Pedrera Jiménez, Neil Sebire, Pablo Serrano Balazote, Arnaud Serret-Larmande, Andrew South, Anastasia Spiridou, Deanne Taylor, Patric Tippmann, Shyam Visweswaran, Griffin Weber, Isaac Kohane, Tianxi Cai, Paul Avillach, Jaime Cruz-Rojo, Noelia García-Barrio, Miguel Pedrera-Jiménez, Pablo Serrano-Balazote, James Aaron, Giuseppe Agapito, Adem Albayrak, Mario Alessiani, Danilo Amendola, François Angoulvant, Li Llj Anthony, Andrew Atz, James Balshi, Brett Beaulieu-Jones, Douglas Bell, Antonio Bellasi, Riccardo Bellazzi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Alvar Blanco Martínez, Silvano Bosari, Robert Bradford, Gabriel Brat, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, William Bryant, Mauro Bucalo, Anita Burgun, Mario Cannataro, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Krista Chen, Jin Chen, Luca Chiovato, Lorenzo Chiudinelli, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz Bermúdez, Arianna Dagliati, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Anahita Davoudi, Julien Dubiel, Scott Duvall, Loic Esteve, Shirley Fan, Robert Follett, Paula Sa Gaiolla, Thomas Ganslandt, Lana Garmire, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Christian Haverkamp, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, John Holmes, Petar Horki, Kenneth Huling, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Katie Kirchoff, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Sehi L’Yi, Trang Le, Judith Leblanc, Andressa Rr Leite, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Ne Hooi Will Loh, Kristine Lynch, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Alberto Malovini, Anupama Maram, Patricia Martel, Aaron Masino, Michael Matheny, Thomas Maulhardt, Maria Mazzitelli, Michael Mcduffie, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Jason Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Michele Morris, Sajad Mousavi, Danielle Mowery, Douglas Murad, Thomas Naughton, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Hans Prokosch, Robson Prudente, Víctor Quirós González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig Domínguez, Pablo Rojo, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Samayamuthu, Arnaud Sandrin, Janaina Cc Santos, Maria Savino, Emily Schriver, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Patricia Serre, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Bryce Wq Tan, Byorn Wl Tan, Suzana Tanni, Ana Terriza Torres, Valentina Tibollo, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Demian Wassermann, Yuan William, Zongqi Xia, Nadir Yehya, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Chiara Zucco

article

JAMA Network Open, 2021, 4 (6), pp.e2112596. ⟨10.1001/jamanetworkopen.2021.12596⟩

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Conditional Non-parametric Bootstrap for Non-linear Mixed Effect Models

auteur

Emmanuelle Comets, Christelle Rodrigues, Vincent Jullien, Moreno Ursino

article

Pharmaceutical Research, 2021, 38 (6), pp.1057-1066. ⟨10.1007/s11095-021-03052-6⟩

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French translation and validation of the Sinus and Nasal Quality of Life Survey (SN-5) in children

auteur

Stéphane Gargula, Romain Luscan, David Drummond, Françoise Denoyelle, Vincent Couloigner, Nicolas Leboulanger, François Simon

article

International Journal of Pediatric Otorhinolaryngology, 2021, 145, pp.110706. ⟨10.1016/j.ijporl.2021.110706⟩

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Identification of Similar Patients Through Medical Concept Embedding from Electronic Health Records: A Feasibility Study for Rare Disease Diagnosis

auteur

Xiaoyi Chen, Carole Faviez, Marc Vincent, Nicolas Garcelon, Sophie Saunier, Anita Burgun

article

Studies in Health Technology and Informatics, 2021, ⟨10.3233/shti210241⟩

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Fuzzy Matching for Symptom Detection in Tweets: Application to Covid-19 During the First Wave of the Pandemic in France

auteur

Carole Faviez, Pierre Foulquié, Xiaoyi Chen, Adel Mebarki, Sophie Quennelle, Nathalie Texier, Sandrine Katsahian, Stéphane Schuck, Anita Burgun

article

Studies in Health Technology and Informatics, 2021, ⟨10.3233/shti210308⟩

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titre

Visual Comparison of Guidelines: Method and Application to Potentially Inappropriate Medication Lists

auteur

Abdelmalek Mouazer, Karima Sedki, Rosy Tsopra, Jean-Baptiste Lamy

article

Studies in Health Technology and Informatics, 2021, 281, pp.248-252. ⟨10.3233/shti210158⟩

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titre

Investigating ADR mechanisms with Explainable AI: a feasibility study with knowledge graph mining

auteur

Emmanuel Bresso, Pierre Monnin, Cédric Bousquet, François-Elie Calvier, Ndeye-Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

BMC Medical Informatics and Decision Making, 2021, 21 (1), pp.171. ⟨10.1186/s12911-021-01518-6⟩

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Between competence and warmth: the remaining place of the physician in the era of artificial intelligence

auteur

David Drummond

article

npj Digital Medicine, 2021, 4 (1), pp.85. ⟨10.1038/s41746-021-00457-w⟩

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Long-term kidney and liver outcome in 50 children with autosomal recessive polycystic kidney disease

auteur

Guillaume Dorval, Olivia Boyer, Anne Couderc, Jean-Daniel Delbet, Laurence Heidet, Dominique Debray, Pauline Krug, Muriel Girard, Brigitte Llanas, Marina Charbit, Saoussen Krid, Nathalie Biebuyck, Marc Fila, Cécile Courivaud, Frances Tilley, Nicolas Garcelon, Thomas Blanc, Christophe Chardot, Rémi Salomon, Florence Lacaille

article

Pediatric Nephrology, 2021, 36 (5), pp.1165-1173. ⟨10.1007/s00467-020-04808-9⟩

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titre

Deep phenotyping unstructured data mining in an extensive pediatric database to unravel a common KCNA2 variant in neurodevelopmental syndromes

auteur

Marie Hully, Tommaso Lo Barco, Anna Kaminska, Giulia Barcia, Claude Cances, Cyril Mignot, Isabelle Desguerre, Nicolas Garcelon, Edor Kabashi, Rima Nabbout

article

Genetics in Medicine, 2021, 23 (5), pp.968-971. ⟨10.1038/s41436-020-01039-z⟩

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titre

Pharmaceutical consultation to detect drug interactions in patients treated with oral chemotherapies: A descriptive cross‐sectional study

auteur

Célia Lachuer, Germain Perrin, Aymeric Chastel, Hail Aboudagga, Constance Thibault, Nicolas Delanoy, Eric Caudron, Brigitte Sabatier

article

European Journal of Cancer Care, 2021, 30 (3), ⟨10.1111/ecc.13396⟩

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Trends in emergent diverticular disease management: a nationwide cohort study from 2009 to 2018

auteur

Sophie Martellotto, Alexandre Challine, Valeria Peveri, Luca Paolino, Andrea Lazzati

article

Techniques in Coloproctology, 2021, 25 (5), pp.549-558. ⟨10.1007/s10151-021-02423-w⟩

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titre

Evolution of the nutritional status of COVID-19 critically-ill patients: A prospective observational study from ICU admission to three months after ICU discharge

auteur

Claire Rives-Lange, Aymie Zimmer, Amel Merazka, Claire Carette, Anissa Martins-Bexinga, Caroline Hauw-Berlemont, Emmanuel Guerot, Anne-Sophie Jannot, Jean-Luc Diehl, Sébastien Czernichow, Bertrand Hermann

article

Clinical Nutrition, 2021, ⟨10.1016/j.clnu.2021.05.007⟩

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The Use of Translational Modelling and Simulation to Develop Immunomodulatory Therapy as an Adjunct to Antibiotic Treatment in the Context of Pneumonia

auteur

Robin Michelet, Moreno Ursino, Sandrine Boulet, Sebastian Franck, Fiordiligie Casilag, Mara Baldry, Jens Rolff, Madelé van Dyk, Sebastian Wicha, Jean-Claude Sirard, Emmanuelle Comets, Sarah Zohar, Charlotte Kloft

article

Pharmaceutics, 2021, 13 (5), pp.601. ⟨10.3390/pharmaceutics13050601⟩

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titre

L’équipe-projet HeKA

auteur

Adrien Coulet, Stéphanie Allassonniere, François Angoulvant, Anita Burgun, Xiaoyi Chen, David Drummond, Nicolas Garcelon, Anne-Sophie Jannot, Sandrine Katsahian, Antoine Neuraz, Bastien Rance, Brigitte Sabatier, Rosy Tsopra, Moreno Ursino, Sarah Zohar

article

Bulletin de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 2021, 112, pp.29-32

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AD Course Map charts Alzheimer’s disease progression

auteur

Igor Koval, Alexandre Bône, Maxime Louis, Thomas Lartigue, Simona Bottani, Arnaud Marcoux, Jorge Samper-González, Ninon Burgos, Benjamin Charlier, Anne Bertrand, Stéphane Epelbaum, Olivier Colliot, Stéphanie Allassonnière, Stanley Durrleman​

article

Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-87434-1⟩

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titre

Proteinuria and Clinical Outcomes in Hospitalized COVID-19 Patients: A Retrospective Single-Center Study

auteur

Alexandre Karras, Marine Livrozet, Hélène Lazareth, Nicolas Benichou, Jean-Sébastien Hulot, Antoine Fayol, Sophie Chauvet, Anne-Sophie Jannot, Marie-Aude Penet, Jean-Luc Diehl, Anne Godier, Olivier Sanchez, Tristan Mirault, Eric Thervet, Nicolas Pallet

article

Clinical Journal of the American Society of Nephrology, 2021, 16 (4), pp.514-521. ⟨10.2215/CJN.09130620⟩

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Concerns Discussed on Chinese and French Social Media During the COVID-19 Lockdown: Comparative Infodemiology Study Based on Topic Modeling

auteur

Stéphane Schück, Pierre Foulquié, Adel Mebarki, Carole Faviez, Mickaïl Khadhar, Nathalie Texier, Sandrine Katsahian, Anita Burgun, Xiaoyi Chen

article

JMIR Formative Research, 2021, 5 (4), pp.e23593. ⟨10.2196/23593⟩

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Competing Risks Model with Short-Term and Long-Term Covariate Effects for Cancer Studies

auteur

Guoqing Diao, Anand Vidyashankar, Sarah Zohar, Sandrine Katsahian

article

Statistics in Biosciences, 2021, 13 (1), pp.142-159. ⟨10.1007/s12561-020-09288-x⟩

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Understanding the Variability in Graph Data Sets through Statistical Modeling on the Stiefel Manifold

auteur

Clément Mantoux, Baptiste Couvy-Duchesne, Federica Cacciamani, Stéphane Epelbaum, Stanley Durrleman​, Stéphanie Allassonnière

article

Entropy, 2021, 23 (4), pp.490. ⟨10.3390/e23040490⟩

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Random-effects meta-analysis of Phase I dose-finding studies using stochastic process priors

auteur

Moreno Ursino, Christian Röver, Sarah Zohar, Tim Friede

article

Annals of Applied Statistics, 2021, 15 (1), ⟨10.1214/20-AOAS1390⟩

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Association of Antihypertensive Agents with the Risk of In-Hospital Death in Patients with Covid-19

auteur

Laurent Chouchana, Nathanaël Beeker, Nicolas Garcelon, Bastien Rance, Nicolas Paris, Elisa Salamanca, Elisabeth Polard, Anita Burgun, Jean-Marc Treluyer, Antoine Neuraz

article

Cardiovascular Drugs and Therapy, 2021, ⟨10.1007/s10557-021-07155-5⟩

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Effects of a multifaceted intervention to promote the use of intravenous iron sucrose complex instead of ferric carboxymaltose in patients admitted for more than 24 h

auteur

Justine Touchard, Germain Perrin, Sarah Berdot, Jacques Pouchot, Marie-Caroline Loustalot, Brigitte Sabatier

article

European Journal of Clinical Pharmacology, 2021, 77 (2), pp.189-195. ⟨10.1007/s00228-020-02993-y⟩

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Intravenous pulses of methylprednisolone for infants with severe bronchopulmonary dysplasia and respiratory support after 3 months of age

auteur

Elodie Billion, Alice Hadchouel, Nicolas Garcelon, Christophe Delacourt, David Drummond

article

Pediatric Pulmonology, 2021, 56 (1), pp.74-82. ⟨10.1002/ppul.25109⟩

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Etiology of intracerebral hemorrhage in children: cohort study, systematic review, and meta-analysis

auteur

Grégoire Boulouis, Sarah Stricker, Sandro Benichi, Jean-François Hak, Florent Gariel, Quentin Alias, Timothée de Saint Denis, Manoelle Kossorotoff, Fanny Bajolle, Lorenzo Garzelli, Kevin Beccaria, Giovanna Paternoster, Marie Bourgeois, Nicolas Garcelon, Annie Harroche, Rossella Letizia Mancusi, Nathalie Boddaert, Stephanie Puget, Francis Brunelle, Thomas Blauwblomme, Olivier Naggara

article

Journal of Neurosurgery. Pediatrics, 2021, pp.1-7. ⟨10.3171/2020.7.PEDS20447⟩

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titre

Endothelial Dysfunction as a Component of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2–Related Multisystem Inflammatory Syndrome in Children With Shock

auteur

Delphine Borgel, Richard Chocron, Marion Grimaud, Aurélien Philippe, Judith Chareyre, Charlyne Brakta, Dominique Lasne, Damien Bonnet, Julie Toubiana, François Angoulvant, Maximilien Desvages, Sylvain Renolleau, David Smadja, Mehdi Oualha

article

Critical Care Medicine, 2021, 49 (11), pp.e1151-e1156. ⟨10.1097/CCM.0000000000005093⟩

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Impact of Oral Immunonutrition on Postoperative Morbidity in Digestive Oncologic Surgery

auteur

Alexandre Challine, Claire Rives-Lange, Divya Danoussou, Sandrine Katsahian, Amel Ait Boudaoud, Sébastien Gaujoux, Bertrand Dousset, Claire Carette, Andrea Lazzati, Sébastien Czernichow

article

Annals of Surgery, 2021, 273 (4), pp.725-731. ⟨10.1097/SLA.0000000000003282⟩

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titre

Response to the Comment on “Impact of Oral Immunonutrition on Postoperative Morbidity in Digestive Oncologic Surgery: A Nation-wide Cohort Study”

auteur

Alexandre Challine, Claire Rives-Lange, Andrea Lazzati, Sébastien Czernichow

article

Annals of Surgery, 2021, 274 (6), pp.e736-e737. ⟨10.1097/SLA.0000000000004222⟩

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A coherent framework for learning spatiotemporal piecewise-geodesic trajectories from longitudinal manifold-valued data

auteur

Juliette Chevallier, Vianney Debavelaere, Stéphanie Allassonnière

article

SIAM Journal on Imaging Sciences, 2021, 14 (1), pp.349-388. ⟨10.1137/20M1328026⟩

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Educational Setting and SARS-CoV-2 Transmission Among Children With Multisystem Inflammatory Syndrome: A French National Surveillance System

auteur

Celia Guenver, Mehdi Oualha, Corinne Levy, Denise Antona, Fouad Madhi, Julie Toubiana, Noémie Lachaume, Etienne Javouhey, Mathie Lorrot, David Dawei Yang, Michael Levy, Marion Caseris, Caroline Galeotti, Caroline Ovaert, Arnaud Wiedemann, Marie-Laure Girardin, Alexis Rybak, Robert Cohen, Alexandre Belot, François Angoulvant, Naïm Ouldali

article

Frontiers in Pediatrics, 2021, 9, pp.745364. ⟨10.3389/fped.2021.745364⟩

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Hybrid Deep Learning for Medication-Related Information Extraction From Clinical Texts in French: MedExt Algorithm Development Study

auteur

Jordan Jouffroy, Sarah Feldman, Ivan Lerner, Bastien Rance, Anita Burgun, Antoine Neuraz

article

JMIR Medical Informatics, 2021, 9 (3), pp.e17934. ⟨10.2196/17934⟩

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What Every Reader Should Know About Studies Using Electronic Health Record Data but May Be Afraid to Ask

auteur

Isaac Kohane, Bruce Aronow, Paul Avillach, Brett Beaulieu-Jones, Riccardo Bellazzi, Robert Bradford, Gabriel Brat, Mario Cannataro, James Cimino, Noelia García-Barrio, Nils Gehlenborg, Marzyeh Ghassemi, Alba Gutiérrez-Sacristán, David Hanauer, John Holmes, Chuan Hong, Jeffrey Klann, Ne Hooi Will Loh, Yuan Luo, Kenneth Mandl, Mohamad Daniar, Jason Moore, Shawn Murphy, Antoine Neuraz, Kee Yuan Ngiam, Gilbert Omenn, Nathan Palmer, Lav Patel, Miguel Pedrera-Jiménez, Piotr Sliz, Andrew South, Amelia Li Min Tan, Deanne Taylor, Bradley Taylor, Carlo Torti, Andrew Vallejos, Kavishwar Wagholikar, Griffin Weber, Tianxi Cai

article

Journal of Medical Internet Research, 2021, 23 (3), pp.e22219. ⟨10.2196/22219⟩

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titre

The Epidemiology of Patients’ Email Addresses in a French University Hospital: Case-Control Study

auteur

Vincent Looten, Antoine Neuraz, Nicolas Garcelon, Anita Burgun, Gilles Chatellier, Bastien Rance

article

Journal of Medical Internet Research, 2021, 23 (2), pp.e13992. ⟨10.2196/13992⟩

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titre

A Web Interface for Antibiotic Prescription Recommendations in Primary Care: User-Centered Design Approach

auteur

Ronni Madar, Adrien Ugon, Damir Ivanković, Rosy Tsopra

article

Journal of Medical Internet Research, 2021, 23 (6), pp.e25741. ⟨10.2196/25741⟩

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Evaluating the Impact of COVID-19 on the Adoption of Virtual Care in General Practice in 20 Countries (inSIGHT): Protocol and Rationale Study

auteur

Ana Luísa Neves, Edmond Li, Alice Serafini, Geronimo Jimenez, Heidrun Lingner, Tuomas Koskela, Robert Hoffman, Claire Collins, Davorina Petek, Ana Claveria, Rosy Tsopra, Greg Irving, Gustavo Gusso, Braden Gregory O’Neill, Kyle Hoedebecke, Sandra Milena Espitia, Mehmet Ungan, Katarzyna Nessler, Vanja Lazic, Liliana Laranjo, Ensieh Memarian, Maria Jose Fernandez, Saira Ghafur, Gianluca Fontana, Azeem Majeed, Josip Car, Ara Darzi

article

JMIR Research Protocols, 2021, 10 (8), pp.e30099. ⟨10.2196/30099⟩

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titre

High Frequency of Viral Co-Detections in Acute Bronchiolitis

auteur

Hortense Petat, Vincent Gajdos, François Angoulvant, Pierre-Olivier Vidalain, Sandrine Corbet, Christophe Marguet, Jacques Brouard, Astrid Vabret, Meriadeg Ar Gouilh

article

Viruses, 2021, 13 (6), pp.990. ⟨10.3390/v13060990⟩

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International Changes in COVID-19 Clinical Trajectories Across 315 Hospitals and 6 Countries: Retrospective Cohort Study

auteur

Griffin Weber, Harrison Zhang, Sehi L’Yi, Clara-Lea Bonzel, Chuan Hong, Paul Avillach, Alba Gutiérrez-Sacristán, Nathan Palmer, Amelia Li Min Tan, Xuan Wang, William Yuan, Nils Gehlenborg, Anna Alloni, Danilo Amendola, Antonio Bellasi, Riccardo Bellazzi, Michele Beraghi, Mauro Bucalo, Luca Chiovato, Kelly Cho, Arianna Dagliati, Hossein Estiri, Robert Follett, Noelia García Barrio, David Hanauer, Darren Henderson, Yuk-Lam Ho, John Holmes, Meghan Hutch, Ramakanth Kavuluru, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Ashok Krishnamurthy, Trang Le, Molei Liu, Ne Hooi Will Loh, Sara Lozano-Zahonero, Yuan Luo, Sarah Maidlow, Adeline Makoudjou, Alberto Malovini, Marcelo Roberto Martins, Bertrand Moal, Michele Morris, Danielle Mowery, Shawn Murphy, Antoine Neuraz, Kee Yuan Ngiam, Marina Okoshi, Gilbert Omenn, Lav Patel, Miguel Pedrera Jiménez, Robson Prudente, Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu, Fernando Sanz Vidorreta, Emily Schriver, Petra Schubert, Pablo Serrano Balazote, Byorn Wl Tan, Suzana Tanni, Valentina Tibollo, Shyam Visweswaran, Kavishwar Wagholikar, Zongqi Xia, Daniela Zöller, Isaac Kohane, Tianxi Cai, Andrew South, Gabriel Brat

article

Journal of Medical Internet Research, 2021, 23 (10), pp.e31400. ⟨10.2196/31400⟩

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Conference papers

titre

VP17.02: Description and clinical validation of a real‐time AI diagnostic companion for fetal ultrasound examination

auteur

Julien J. Stirnemann, Rémi Besson, Emmanuel Spaggiari, Nicolas Bourgon, Sandra Rojo, Frédéric Logé, Hélène Peyro Saint Paul, Stéphanie Allassonnière, Erwan Le Pennec, Yves Ville

article

ISUOG 2021 – 31st World Congress on Ultrasound in Obstetrics and Gynecology, Oct 2021, Online, France. pp.169-170, ⟨10.1002/uog.24291⟩

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titre

Translating the Observational Medical Outcomes Partnership – Common Data Model (OMOP-CDM) electronic health records to an OWL ontology

auteur

Jean-Baptiste Lamy, Abdelmalek Mouazer, Karima Sedki, Rosy Tsopra

article

MEDINFO 2021 – 18th World Congress of Medical and Health Informatics, Oct 2021, online, France

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titre

Using an ontological representation of chemotherapy toxicities for guiding information extraction and integration from EHRs

auteur

Alice Rogier, Adrien Coulet, Bastien Rance

article

Medinfo 2021 – 18th World Congress on Medical and Health Informatics, Oct 2021, Virtual conference, Australia

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titre

Data Augmentation with Variational Autoencoders and Manifold Sampling

auteur

Clément Chadebec, Stéphanie Allassonnière

article

DALI 2021 : 1st MICCAI Workshop on Data Augmentation, Labeling, and Imperfections, Oct 2021, Strasbourg, France

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titre

Analysis of the Anatomical Variability of Fetal Brains with Corpus Callosum Agenesis

auteur

Fleur Gaudfernau, Eleonore Blondiaux, Stéphanie Allassonniere

article

MICCAI 2021 – Perinatal, Preterm and Paediatric Image Analysis Workshop, Oct 2021, Strasbourg, France. ⟨10.1007/978-3-030-87735-4_26⟩

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titre

Traitement Automatique de la Langue et Intégration de Données pour les Réunions de Concertations Pluridisciplinaires en Oncologie

auteur

Nesrine Bannour, Aurélie Névéol, Xavier Tannier, Bastien Rance

article

TAL & IA 2021, AfIA; ATALA, Feb 2021, Virtuel – Online, France

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titre

Experiments on transfer learning architectures for biomedical relation extraction

auteur

Walid Hafiane, Joël Legrand, Yannick Toussaint, Adrien Coulet

article

EGC 2021 – 21ème édition de la conférence “Extraction et Gestion des Connaissances”, Jan 2021, Montpellier / Virtuel, France

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Book sections

titre

A COVID-19 Decision Support System for Phone Call Triage, Designed by and for Medical Students

auteur

Jean-Patrick Vrel, Samy Oulmane, Adrien Boukobza, Anita Burgun, Rosy Tsopra

article

Public Health and Informatics, 281, IOS Press, pp.525-529, 2021, Studies in Health Technology and Informatics, 978-1-64368-185-6. ⟨10.3233/SHTI210226⟩

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Theses

titre

Bayesian toxicity modeling for dose regimen assessment in early phase oncology trials incorporating pharmacokinetics and pharmacodynamics

auteur

Emma Gerard

article

Statistics [math.ST]. Université Paris Cité, 2021. English. ⟨NNT : 2021UNIP5247⟩

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2020

Conference papers

titre

Optimization of a Sequential Decision Making Problem for a Rare Disease Diagnostic Application

auteur

Rémi Besson, Erwan Le Pennec, Emmanuel Spaggiari, Antoine Neuraz, Julien Stirnemann, Stéphanie Allassonnière

article

ICAART 2020 – 12th International Conference on Agents and Artificial Intelligence, Feb 2020, Valletta, Malta. pp.475-482, ⟨10.5220/0008938804750482⟩

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