Publications

Publications HAL de Thomas,Guyet;Hugues,Berry;Audrey,Denizot de la structure aistrosight

2024

Journal articles

titre
SWoTTeD: an extension of tensor decomposition to temporal phenotyping
auteur
Hana Sebia, Thomas Guyet, Etienne Audureau
article
Machine Learning, 2024, ⟨10.1007/s10994-024-06545-8⟩
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https://inria.hal.science/hal-04568075/file/An_Extension_of_Tensor_Decomposition_to_Temporal_Phenotyping___Journal_of_Machine_Learning.pdf BibTex
titre
A Coupled Neural Field Model for the Standard Consolidation Theory
auteur
Lisa Blum Moyse, Hugues Berry
article
Journal of Theoretical Biology, 2024, 588, pp.111818
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https://inria.hal.science/hal-04527872/file/CleanManuscript.pdf BibTex

Conference papers

titre
Plateformisation de l’apprentissage machine en épidémiologie: enjeux philosophiques
auteur
Éric Pardoux, Thomas Guyet
article
Conférence Nationale en Intelligence Artificielle, Jul 2024, La Rochelle, France
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BibTex
titre
Plateformisation de l’apprentissage machine en épidémiologie : enjeux philosophiques
auteur
Éric Pardoux, Thomas Guyet
article
Conférence National en Intelligence Artificielle, AFIA, Jul 2024, La Rochelle, France
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https://inria.hal.science/hal-04726941/file/CNIA_2024___plateformisation_%C3%A9pid%C3%A9miologie-1.pdf BibTex
titre
SNDS: contexte, contenu et usages de la base de l’assurance maladie
auteur
Thomas Guyet
article
Symposium MADICS, GdR MADICS, May 2024, Blois, France
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https://inria.hal.science/hal-04593382/file/05_prez_Madics.pdf BibTex
titre
Catégorisation de séquences temporelles – Application à l’analyse de parcours de soins
auteur
Enoal Gesny, Pierre Pinson, Thomas Guyet
article
Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2024, Dijon, France. pp.119-130
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https://inria.hal.science/hal-04726956/file/EGC24_Enoal_CR.pdf BibTex

Book sections

titre
Computational Models of Astrocyte Function at Glutamatergic Synapses
auteur
Kerstin Lenk, Audrey Denizot, Barbara Genocchi, Ippa Seppälä, Marsa Taheri, Suhita Nadkarni
article
Maria Kukley. New Technologies for Glutamate Interaction: Neurons and Glia, 2780, Springer US, pp.229-263, 2024, Neuromethods, ⟨10.1007/978-1-0716-3742-5_11⟩
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https://hal.science/hal-04541189/file/Lenk_Denizot_etal_2024_springer.pdf BibTex

Books

titre
Conférence Nationale d’Intelligence Artificielle Année 2024
auteur
Emmanuel Adam, Thomas Guyet, Benoit Le Blanc, Dominique Longin, Nadia Abchiche-Mimouni, Ghislain Atemezing, Nathalie Aussenac-Gilles, Jean-Guy Mailly, Catherine Roussey, François Schwarzentruber, Anaelle Wilczynski, Haïfa Zargayouna
article
Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 2024
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https://ut3-toulouseinp.hal.science/hal-04748891/file/Ouvrage_Promotion_AFIA_2024_WEB.pdf BibTex

Poster communications

titre
Single-cell multi-omics data integration powered by PCA-like autoencoders
auteur
Thibaut Peyric, Anton Crombach, Thomas Guyet
article
JOBIM 2024, Jun 2024, Toulouse, France
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https://hal.science/hal-04750060/file/Poster_JOBIM2024.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Vascular Segmentation of Functional Ultrasound Images using Deep Learning
auteur
Hana Sebia, Thomas Guyet, Mickaël Pereira, Marco Valdebenito, Hugues Berry, Benjamin Vidal
article
2024
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https://inria.hal.science/hal-04744271/file/main.pdf BibTex
titre
Enhancing Fluorescence Correlation Spectroscopy with Machine Learning for Advanced Analysis of Anomalous Diffusion
auteur
Nathan Quiblier, Jan-Michael Rye, Pierre Leclerc, Henri Truong, Abdelkrim Hannou, Laurent Héliot, Hugues Berry
article
2024
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https://inria.hal.science/hal-04650578/file/Quiblier_et_al_ML_FCS.pdf BibTex
titre
Automatic analysis of negation cues and scopes for medical texts in French using language models
auteur
Salim Sadoune, Antoine Richard, François Talbot, Thomas Guyet, Loïc Boussel, Hugues Berry
article
2024
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https://hal.science/hal-04564718/file/Sadoune_et_al_2024.pdf BibTex
titre
Modeling compartmentalization within intracellular signaling pathway
auteur
Claire Alamichel, Juan Calvo, Erwan Hingant, Saoussen Latrach, Nathan Quiblier, Romain Yvinec
article
2024
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https://hal.science/hal-04098543/file/Modeling_Compartmentalization_within_Intracellular_Signaling_Pathway_revised_vf_black.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Sky-signatures: detecting and characterizing recurrent behavior in sequential data
auteur
Clément Gautrais, Peggy Cellier, Thomas Guyet, René Quiniou, Alexandre Termier
article
Data Mining and Knowledge Discovery, 2023, ⟨10.1007/s10618-023-00949-1⟩
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BibTex
titre
Admissible generalisation of temporal sequences as chronicles
auteur
Thomas Guyet
article
Journal of Applied Non-Classical Logics, 2023, 33 (3-4), pp.641-653. ⟨10.1080/11663081.2023.2244717⟩
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https://hal.science/hal-04383648/file/article_Guyet.pdf BibTex
titre
Quantifying membrane binding and diffusion with fluorescence correlation spectroscopy diffusion laws
auteur
Anita Mouttou, Erwan Bremaud, Julien Noero, Rayane Dibsy, Coline Arone, Johnson Mak, Delphine Muriaux, Hugues Berry, Cyril Favard
article
Biophysical Journal, 2023, 122 (11), pp.2216-2229. ⟨10.1016/j.bpj.2023.01.006⟩
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https://inria.hal.science/hal-04165544/file/Mouttouetal2023.pdf BibTex

Conference papers

titre
Declarative Sequential Pattern Mining in ASP
auteur
Thomas Guyet
article
Conference on Inductive Logic Programming (ILP), Nov 2023, Bari, Italy
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https://inria.hal.science/hal-04295035/file/Wed15_Invited_ILP_Guyet.pdf BibTex
titre
Interactive Visualization of Counterfactual Explanations for Tabular Data
auteur
Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
article
ECML/PKDD 2023 – European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2023, Turin, Italy. pp.330-334, ⟨10.1007/978-3-031-43430-3_25⟩
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https://hal.science/hal-04255496/file/Demo_XAItool.pdf BibTex
titre
Generating robust counterfactual explanations
auteur
Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
article
ECML/PKDD – European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2023, Turin (Italie), Italy. pp.1-16
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https://hal.science/hal-04255500/file/generating_robust_counterfactuals.pdf BibTex
titre
Analyse d’une enquête sur la sémantique des motifs séquentiels avec négation
auteur
Thomas Guyet
article
CNIA 2023 – Conférence Nationale en Intelligence Artificielle, PFIA, Jul 2023, Strasbourg, France. pp.62-71
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https://hal.science/hal-04164278/file/Guyet%282%29.pdf BibTex
titre
Interface d’interrogation graphique de parcours de soins à base de chroniques
auteur
Pegdwendé N Sawadogo, Thomas Guyet, Etienne Audureau
article
Conférence Extraction et gestion de connaissances, Jan 2023, Lyon, France
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https://hal.science/hal-04181253/file/main.pdf BibTex
titre
Visualiser des explications contrefactuelles pour des données tabulaires
auteur
Victor Guyomard, François Wallyn, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
article
EGC 2023 – Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France. pp.557-564
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https://hal.science/hal-04181257/file/Demo_egc.pdf BibTex
titre
Une extension de la décomposition tensorielle au phénotypage temporel
auteur
Hana Sebia, Thomas Guyet, Etienne Audureau
article
EGC 2023 – 23ème Conférence Francophone sur l’Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France
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https://inria.hal.science/hal-03902300/file/papier-433.pdf BibTex
titre
IA et données de santé : regards croisés sur les droits, devoirs et responsabilités des personnes publiques
auteur
Thomas Guyet, Pierre Saurel, Hélène Muscat, Christine Paillard, Tristan Allard, Nolwenn Le Meur, Danièle Bourcier, Emmanuel Oger, André Happe
article
Enjeux scientifiques et sociaux de l’IA, MITI/CNRS, Jan 2023, Paris, France
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https://inria.hal.science/hal-03935333/file/Webinaire_DRIAS.pdf BibTex

Book sections

titre
Les utilisations de l’IA pour l’hôpital et la santé publique : données nécessaires, applications et obstacles potentiels
auteur
Hugues Berry
article
Christian Paul; Daniel Le Métayer. Maîtriser l’IA au service de l’action publique, Berger-Levrault, 2023, 978-2-7013-2183-7
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BibTex

Books

titre
Conférence Nationale d’Intelligence Artificielle Année 2023
auteur
Emmanuel Adam, Thomas Guyet, Benoit Le Blanc, Dominique Longin, Zied Bouraoui, Sandra Bringay, Romaric Gaudel, Charlotte Laclau, Christelle Launois, Maxime Morge, Catherine Roussey, François Schwarzentruber, Cassia Trojahn, Élise Vareilles, Anaelle Wilczynski
article
Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 2023
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https://ut3-toulouseinp.hal.science/hal-04310171/file/Ouvrage_promotion_AFIA_2023_Version_WEB.pdf BibTex
titre
Chronicles: Formalization of a Temporal Model
auteur
Thomas Guyet, Philippe Besnard
article
Springer International Publishing, pp.121, 2023, SpringerBriefs in Computer Science (BRIEFSCOMPUTER), 978-3-031-33692-8. ⟨10.1007/978-3-031-33693-5⟩
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Documents associated with scientific events

titre
Ethical and legal issues in the design and use of AI systems in health
auteur
Thomas Guyet
article
eHealth and Ethics 2023, Apr 2023, Nanterre, France.
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https://inria.hal.science/hal-04068428/file/Presentation_ESILV_EN_v3.pdf BibTex

Proceedings

titre
Advanced Analytics and Learning on Temporal Data
auteur
Georgiana Ifrim, Romain Tavenard, Anthony Bagnall, Patrick Schaefer, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Vincent Lemaire
article
AALTD 2023 – 8th Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, 14343, Springer Nature Switzerland, 2023, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-031-49896-1⟩
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BibTex

Software

titre
ChemFeat
auteur
Jan Michael Rye
article
2023, ⟨swh:1:dir:97647e8cc377bcb350f3169bdf1218da6f0152bf;origin=https://gitlab.inria.fr/jrye/chemfeat.git;visit=swh:1:snp:02443124ed4ee0d8d724fefd38bf9b271361cc09;anchor=swh:1:rev:25bfa1d9d55358292cbdf185f96f20c4d9f17893⟩
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BibTex
titre
MolPred
auteur
Jan-Michael Rye
article
2023, ⟨swh:1:dir:30804037d1dfde5004422d725625b765d5e68101;origin=https://gitlab.inria.fr/jrye/molpred.git;visit=swh:1:snp:401a0b556180686321959104732de8127df4f235;anchor=swh:1:rev:5dd0d37ab787a10a0b3baa55e685c7c83a8071f0⟩
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BibTex
titre
Hydronaut
auteur
Jan-Michael Rye
article
2023, ⟨swh:1:dir:9e229160ec54cad819527ce8726ddff662933a5c;origin=https://gitlab.inria.fr/jrye/hydronaut.git;visit=swh:1:snp:bf5f6a804696373ea8ad4b34e7d25a93ea922185;anchor=swh:1:rev:39fe2327cfc98544d039d53c0189fc4469dfac3f⟩
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Preprints, Working Papers, …

titre
Analyse automatique de négations pour la radiologie et autres textes cliniques en français par modèles de langage
auteur
S Sadoune, Antoine Fraboulet, A Richard, F Talbot, L. Boussel, Hugues Berry
article
2023
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https://inria.hal.science/hal-04165319/file/IAS2023_paper_Sadoune.pdf BibTex

Videos

titre
SWoTTeD : An Extension of Tensor Decomposition to Temporal Phenotyping
auteur
Hana Sebia
article
2023
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https://hal.science/hal-04310487/file/SwoTTeD_presentation.mp4 BibTex

2022

Journal articles

titre
Lactate supply overtakes glucose when neural computational and cognitive loads scale up
auteur
Yulia Dembitskaya, Charlotte Piette, Sylvie Perez, Hugues Berry, Pierre J Magistretti, Laurent Venance
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (47), ⟨10.1073/pnas.2212004119⟩
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https://inria.hal.science/hal-03922367/file/Dembistkayaetal2022%20copy.pdf BibTex
titre
Control of Ca2+ signals by astrocyte nanoscale morphology at tripartite synapses
auteur
Audrey Denizot, Misa Arizono, Valentin Nägerl, Hugues Berry, Erik de Schutter
article
Glia, 2022, ⟨10.1002/glia.24258⟩
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https://inria.hal.science/hal-03582629/file/denizotetal_2022_glia.pdf BibTex
titre
Modelling the modulation of cortical Up-Down state switching by astrocytes
auteur
Lisa Blum Moyse, Hugues Berry
article
PLoS Computational Biology, 2022, 18 (7), pp.e1010296. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010296⟩
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https://inria.hal.science/hal-03737962/file/UpDown2022.pdf BibTex
titre
Monitoring of grassland productivity using Sentinel-2 remote sensing data
auteur
Pauline Dusseux, Thomas Guyet, Pierre Pattier, Valentin Barbier, Hervé Nicolas
article
International Journal of Applied Earth Observation and Geoinformation, 2022, 111, pp.102843. ⟨10.1016/j.jag.2022.102843⟩
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https://hal.science/hal-03833748/file/S1569843222000450.pdf BibTex
titre
Reinforcing interdisciplinary collaborations to unravel the astrocyte “Calcium Code
auteur
Ana Covelo, Anaïs Badoual, Audrey Denizot
article
Journal of Molecular Neuroscience, 2022, ⟨10.1007/s12031-022-02006-w⟩
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https://inria.hal.science/hal-03520863/file/preprints_v4_2022%20%281%29.pdf BibTex
titre
HERDECT -Utilisation des données satellites Sentinel-2 pour quantifier la production d’herbe
auteur
Pauline Dusseux, Elise Michel, Thomas Guyet, Fabienne Launay, Alain Airiaud, Hervé Nicolas, P. Pattier, Jacques Fradin, Marc Fougère
article
Innovations Agronomiques, 2022, 85, pp.171-183. ⟨10.17180/ciag-2022-vol85-art13⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03760390/file/2022_Dusseux_Innovations%20Agronomiques%2085.pdf BibTex
titre
SECURE-GEGELATI Always-On Intrusion Detection through GEGELATI Lightweight Tangled Program Graphs
auteur
Nicolas Sourbier, Karol Desnos, Thomas Guyet, Frédéric Majorczyk, Olivier Gesny, Maxime Pelcat
article
Journal of Signal Processing Systems, 2022, Design and Architectures for Signal and Image Processing 2021, 94 (7), pp.753-770. ⟨10.1007/s11265-021-01728-1⟩
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https://hal.science/hal-03554393/file/JSPS_secure_gegelati.pdf BibTex

Conference papers

titre
Logical forms of chronicles
auteur
Thomas Guyet, Nicolas Markey
article
TIME 2022 – 29th International Symposium on Temporal Representation and Reasoning, Nov 2022, Virtual, Heard & McDonald Islands. pp.1-15
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03777471/file/chronicleMTL_TIME22.pdf BibTex
titre
VCNet: A self-explaining model for realistic counterfactual generation
auteur
Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
article
ECML PKDD 2022 – European Conference on Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases., Sep 2022, Grenoble, France. pp.1-16
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03899151/file/main.pdf BibTex
titre
Experimental study of time series forecasting methods for groundwater level prediction
auteur
Michael Franklin Mbouopda, Thomas Guyet, Nicolas Labroche, Abel Henriot
article
ECML/PKDD 2022 – ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2022, Grenoble, France. pp.1-16
Accès au texte intégral et bibtex
https://uca.hal.science/hal-03790275/file/main.pdf BibTex
titre
Imbalanced Classification with TPG Genetic Programming: Impact of Problem Imbalance and Selection Mechanisms
auteur
Nicolas Sourbier, Justine Bonnot, Karol Desnos, Frédéric Majorczyk, Olivier Gesny, Thomas Guyet, Maxime Pelcat
article
GECCO 2022 – Genetic and Evolutionary Computation Conference, Jul 2022, Boston, United States. pp.1-4, ⟨10.1145/3520304.3529008⟩
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https://hal.science/hal-03699228/file/Gecco_poster.pdf BibTex
titre
Conceptions de phénotypes computationnels pour la recherche en santé publique
auteur
Pegdwendé Sawadogo, Thomas Guyet, Etienne Audureau
article
Santé et IA 2022, Jun 2022, Saint-Etienne, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03675618/file/Article___Phenotypes_computationnels.pdf BibTex
titre
Incremental Mining of Frequent Serial Episodes Considering Multiple Occurrences
auteur
Thomas Guyet, Wenbin Zhang, Albert Bifet
article
ICCS 2022 – 22nd International Conference on Computational Science, Jun 2022, London, United Kingdom. pp.460-472, ⟨10.1007/978-3-031-08751-6_33⟩
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https://inria.hal.science/hal-03898790/file/main.pdf BibTex
titre
Temporal Disaggregation of the Cumulative Grass Growth
auteur
Thomas Guyet, Laurent Spillemaecker, Simon Malinowski, Anne-Isabelle Graux
article
ICPRAI 2022 – 3rd International Conference on Pattern Recognition and Artificial Intelligence, Jun 2022, Paris, France. pp.383-394, ⟨10.1007/978-3-031-09282-4_32⟩
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https://inria.hal.science/hal-03899264/file/ICPRAI22_timeseriesregression_HAL.pdf BibTex
titre
Générer des explications contrefactuelles à l’aide d’un autoencodeur supervisé
auteur
Victor Guyomard, Françoise Fessant, Tassadit Bouadi, Thomas Guyet
article
Extraction et Gestion des Connaissances, EGC’2022, Apr 2022, Blois, France
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https://hal.science/hal-03551329/file/EGC_article.pdf BibTex
titre
XPM: An explainable-by-design pattern-based estrus detection approach to improve resource use in dairy farms
auteur
Issei Harada, Kevin Fauvel, Thomas Guyet, Véronique Masson, Alexandre Termier, Philippe Faverdin
article
AAAI 2022 – 36th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Vancouver, Canada. pp.1-10
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03483109/file/Harada22_XPM.pdf BibTex
titre
Prédiction du niveau de nappes phréatiques : comparaison d’approches locale, globale et hybride
auteur
Lola Beuchée, Thomas Guyet, Simon Malinowski
article
EGC 2022 – Conférence francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2022, Blois, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03548071/file/article_EGC_piezo_final.pdf BibTex
titre
Désagrégation temporelle du cumul annuel de croissance de l’herbe
auteur
Laurent Spillemaecker, Thomas Guyet, Simon Malinowski, Anne-Isabelle Graux
article
EGC 2022 – Conférence francophone sur l’Extraction et gestion des connaissances, Jan 2022, Blois, France. pp.27-38
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03548073/file/article_EGC_croissancecumulee_vfinal.pdf BibTex

Book sections

titre
Pandémie de Covid-19. L’aide de l’IA et du numérique
auteur
Hugues Berry, Laurence Watier
article
Bernard NORDLINGER; Cedric VILLANI; Olivier de FRESNOYE. Médecine et intelligence artificielle, CNRS, 2022, 9782271141514
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BibTex

Books

titre
Conférence Nationale d’Intelligence Artificielle Année 2022
auteur
Zied Bouraoui, Valérie Camps, Éric Gaussier, Maxime Guériau, Christelle Launois, Nicolas Prcovic, Céline Rouveirol, Fatiha Saïs, François Schwarzentruber, Anaelle Wilczynski, Yves Demazeau, Thomas Guyet, Dominique Longin, Davy Monticolo, Ahmed Samet
article
Association Française d’Intelligence Artificielle, pp.1-239, 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03777860/file/OUN017%20-%20CNIA%202022%20V2.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
The endoplasmic reticulum in perisynaptic astrocytic processes: shape, distribution and effect on calcium activity
auteur
Audrey Denizot, María Fernanda Veloz Castillo, Pavel Puchenkov, Corrado Calì, Erik de Schutter
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03591633/file/DenizotEtAl2022.pdf BibTex


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