Diffusion Tensor MR Imaging and Fiber Tractography

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Related Publications of the Team

Publications HAL du labo/EPI visages

2017

Journal articles

titre
The challenge of mapping the human connectome based on diffusion tractography
auteur
Klaus Maier-Hein, Peter F. Neher, Christophe Houde, Marc-Alexandre Côté, Eleftherios Garyfallidis, Jidan Zhong, Maxime Chamberland, Fang-Chen Yeh, Ying-Chia Lin, Qing Ji, Wilburn E. Reddick, John O. Glass, David Qixiang Chen, Yuanjing Feng, Chengfeng Gao, Ye Wu, Jieyan Ma, H. Renjie, Qiang Li, Carl-Fredrik Westin, Samuel Deslauriers-Gauthier, J. Omar Ocegueda González, Michael Paquette, Samuel St-Jean, Gabriel Girard, François Rheault, Jasmeen Sidhu, Chantal M. W. Tax, Fenghua Guo, Hamed Y. Mesri, Szabolcs Dávid, Martijn Froeling, Anneriet M. Heemskerk, Alexander Leemans, Arnaud Boré, Basile Pinsard, Christophe Bedetti, Matthieu Desrosiers, Bram Brambati, Julien Doyon, Alessia Sarica, Roberta Vasta, Antonio Cerasa, Aldo Quattrone, Jason Yeatman, Ali R. Khan, Wes Hodges, Simon Alexander, David Romascano, Muhamed Barakovic, Anna Auría, Oscar Esteban, Alia Lemkaddem, Jean-Philippe Thiran, H. Ertan Cetingul, Benjamin L. Odry, Boris Mailhé, Mariappan S. Nadar, Fabrizio Pizzagalli, Gautam Prasad, Julio E. Villalon-Reina, Justin Galvis, Paul M. Thompson, Francisco de Santiago Requejo, Pedro Luque Laguna, Luis Miguel Lacerda, Rachel Barrett, Flavio Dell’acqua, Marco Catani, Laurent Petit, Emmanuel Caruyer, Alessandro Daducci, Tim Dyrby, Tim Holland-Letz, Claus C. Hilgetag, Bram Stieltjes, Maxime Descoteaux
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2017, 8 (1), 〈10.1038/s41467-017-01285-x〉
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https://hal.inria.fr/hal-01631578/file/Maier-Hein_et_al-2017-Nature_Communications.pdf BibTex

Conference papers

titre
Comparison of inhomogeneity distortion correction methods in diffusion MRI of the spinal cord
auteur
Haykel Snoussi, Emmanuel Caruyer, Olivier Commowick, Elise Bannier, Barillot Christian
article
ESMRMB – 34th Annual Scientific Meeting European Society for Magnetic Resonance in Medecine and Biology, Oct 2017, Barcelone, Spain. 2017
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01579134/file/Snoussi_et_al_%20Comparison%20of%20inhomogeneity%20distortion%20correction%20methods%20in%20diffusion%20MRI%20of%20the%20spinal%20cord.pdf BibTex
titre
L2 Similarity Metrics for Diffusion Multi-Compartment Model Images Registration
auteur
Olivier Commowick, Renaud Hedouin, Emmanuel Caruyer, Christian Barillot
article
20th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI, Sep 2017, Québec, Canada. 10433, pp.257-265, 2017, LNCS. 〈10.1007/978-3-319-66182-7_30〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01556476/file/MICCAI17-317.pdf BibTex

Theses

titre
Diffusion MRI processing for multi-comportment characterization of brain pathology
auteur
Renaud Hédouin
article
Signal and Image processing. Université Rennes 1, 2017. English. 〈NNT : 2017REN1S035〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01653144/file/HEDOUIN_Renaud.pdf BibTex
titre
Caractérisation de pathologies cérébrales par l’analyse de modèles multi-compartiment en IRM de diffusion
auteur
Renaud Hedouin
article
Mathématiques [math]. Université rennes1, 2017. Français
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/tel-01548337/file/Thesis_RHedouin%20%281%29.pdf BibTex

2016

Conference papers

titre
Comprehensive Maximum Likelihood Estimation of Diffusion Compartment Models Towards Reliable Mapping of Brain Microstructure
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Simon Warfield, Simone Vantini
article
19th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2016, Athens, Greece. 9902, pp.622 – 630, 2016, LNCS. 〈10.1007/978-3-319-46726-9_72〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01349556/file/MICCAI2016.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
The DTI Challenge: Toward Standardized Evaluation of Diffusion Tensor Imaging Tractography for Neurosurgery
auteur
Sonia Pujol, William Wells, Carlo Pierpaoli, Caroline Brun, James Gee, Guang Cheng, Baba Vemuri, Olivier Commowick, Sylvain Prima, Aymeric Stamm, Maged Goubran, Ali Khan, Terry Peters, Peter Neher, Klaus Maier-Hein, Yundi Shi, Antonio Tristan-Vega, Gopalkrishna Veni, Ross Whitaker, Martin Styner, Carl-Fredrik Westin, Sylvain Gouttard, Isaiah Norton, Laurent Chauvin, Hatsuho Mamata, Guido Gerig, Arya Nabavi, Alexandra Golby, Ron Kikinis
article
Journal of neuroimaging : official journal of the American Society of Neuroimaging, 2015, pp.8. 〈10.1111/jon.12283〉
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BibTex
titre
Diffusion MRI abnormalities detection with orientation distribution functions: A multiple sclerosis longitudinal study
auteur
Olivier Commowick, Adil Maarouf, Jean-Christophe Ferré, Jean-Philippe Ranjeva, Gilles Edan, Christian Barillot
article
Medical Image Analysis, Elsevier, 2015, 22 (1), pp.114-123. 〈10.1016/j.media.2015.02.005〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01134107/file/Article_MS_ODF.pdf BibTex

Patents

titre
Method of characterizing molecular diffusion within a body from a set of diffusionweighted magnetic resonance signals and apparatus for carrying out such a method
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Perez, Christian Barillot
article
France, Patent n° : 069127 WO. 2015
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2014

Conference papers

titre
Fast and robust detection of the optimal number of fascicles in diffusion images using model averaging theory
auteur
Aymeric Stamm, Benoit Scherrer, Olivier Commowick, Christian Barillot, Simon K. Warfield
article
ISMRM, May 2014, Milan, Italy. pp.2629, 2014
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00993965/file/2629.pdf BibTex
titre
Fast Identification of Optimal Fascicle Configurations from Standard Clinical Diffusion MRI Using Akaike Information Criterion
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Perez, Christian Barillot
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, China. pp.238-241, 2014
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00987802/file/astamm_isbi2014.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Corticospinal tract asymmetry and handedness in right- and left-handers by diffusion tensor tractography
auteur
Romuald Seizeur, Elsa Magro, Sylvain Prima, Nicolas Wiest-Daesslé, Camille Maumet, Xavier Morandi
article
Surgical and Radiologic Anatomy, Springer Verlag (Germany), 2013, pp.111-124. 〈10.1007/s00276-013-1156-7〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00853861/file/Seizeur_SRA_2013.pdf BibTex
titre
Improving detection of ischemic lesions at 3Tesla with optimized diffusion-weighted magnetic resonance imaging
auteur
Isabelle Ract, Jean-Christophe Ferré, Thomas Ronzière, Emmanuelle Leray, Béatrice Carsin-Nicol, Jean-Yves Gauvrit
article
Journal de Neuroradiologie / Journal of Neuroradiology, Elsevier Masson, 2013, epub ahead of print. 〈10.1016/j.neurad.2013.04.003〉
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Conference papers

titre
Tracking the Cortico-Spinal Tract from Low Spatial and Angular Resolution Diffusion MRI
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Perez, Christian Barillot
article
MICCAI 2013 DTI Tractography Challenge on Peritumoral White Matter Anatomy for Neurosurgical Decision-Making, Sep 2013, Japan. pp.43-53, 2013
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00849274/file/DTIChallenge_Article_2013.pdf BibTex
titre
Adaptive Multi-modal Particle Filtering for Probabilistic White Matter Tractography
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Christian Barillot, Patrick Perez
article
Information Processing in Medical Imaging, Jul 2013, Monterey, United States. 7917, pp.594-606, 2013, LNCS. 〈10.1007/978-3-642-38868-2_50〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00849053/file/astamm_ipmi2013.pdf BibTex

Theses

titre
Diffusion directions imaging : reconstruction haute résolution des faisceaux de matière blanche par IRM de diffusion basse résolution angulaire
auteur
Aymeric Stamm
article
Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2013. English. 〈NNT : 2013REN1S168〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00999556/file/STAMM_Aymeric.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Corticospinal tractography with morphological, functional and diffusion tensor MRI: a comparative study of four deterministic algorithms used in clinical routine.
auteur
Romuald Seizeur, Nicolas Wiest-Daessle, Sylvain Prima, Camille Maumet, Jean-Christophe Ferré, Xavier Morandi
article
Surgical and Radiologic Anatomy, Springer Verlag (Germany), 2012, 34 (8), pp.709-19. 〈10.1007/s00276-012-0951-x〉
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Conference papers

titre
Multifiber Deterministic Streamline Tractography of the Corticospinal Tract Based on a New Diffusion Model: Part II
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Perez, Christian Barillot
article
MICCAI 2012 DTI Tractography Challenge, Oct 2012, Nice, France. pp.12-20, 2012
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00725366/file/Workshop_DDITracto.pdf BibTex
titre
A new multi-directional fiber model for low angular resolution diffusion imaging
auteur
Aymeric Stamm, Patrick Perez, Christian Barillot
article
International Society for Magnetic Resonance in Medicine, May 2012, Australia. pp.908, 2012
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00858206/file/Stamm_A._PA_rez_P._Barillot_C._-_ISMRM_2012_-_A_new_multi-directional_fiber_model_for_LARDI.pdf BibTex
titre
A new multi-fiber model for low angular resolution diffusion MRI
auteur
Aymeric Stamm, Patrick Perez, Christian Barillot
article
International Symposium on Biomedical Imaging, May 2012, Spain. pp.936-9, 2012
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00858205/file/ISBI_Stamm_vf.pdf BibTex

Patents

titre
Diffusion MRI for detecting a direction of at least one fibre in a body
auteur
Aymeric Stamm, Patrick Perez, Christian Barillot
article
Patent n° : 2458397. 2012
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BibTex

2011

Journal articles

titre
Innovations in functional MR imaging of the brain: arterial spin labeling and diffusion
auteur
Hélène Raoult, Jan Petr, Jean-Yves Gauvrit, Aymeric Stamm, Elise Bannier, Christian Barillot, Jean-Christophe Ferré
article
Journal de Radiologie, Elsevier Masson, 2011, 92 (10), pp.878-88. 〈10.1016/j.jradio.2011.04.016〉
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BibTex

Conference papers

titre
Comparison of 3 Diffusion Models to Track the Hand Motor Fibers within the Corticospinal Tract Using Functional, Anatomical and Diffusion MRI
auteur
Nicolas Wiest-Daesslé, Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Patrick Perez, Christian Barillot, Romuald Seizeur, Sylvain Prima
article
MICCAI 2011 Workshop on Computational Diffusion MRI (CDMRI’11), Sep 2011, Toronto, Canada. pp.150-157, 2011
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00628264/file/Tractography_CDMRI_2011.pdf BibTex
titre
Multifiber Deterministic Streamline Tractography of the Corticospinal Tract Based on a New Diffusion Model
auteur
Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Romuald Seizeur, Patrick Perez, Christian Barillot, Sylvain Prima, Nicolas Wiest-Daesslé
article
MICCAI 2011 DTI Tractography Challenge Workshop, Sep 2011, Toronto, Canada. pp.18-24, 2011
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00627893/file/Workshop_DDITracto.pdf BibTex
titre
Anatomie du tractus cortico-spinal en tractographie : évaluation d’une méthode déterministe
auteur
Romuald Seizeur, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima, Camille Maumet, Elsa Magro, Jean-Christophe Ferré, Xavier Morandi
article
93ème congrès de l’Association des Morphologistes, Mar 2011, Marne-la-Vallée, France
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00601407/file/AM2011.pdf BibTex

Reports

titre
Diffusion Directions Imaging (DDI)
auteur
Aymeric Stamm, Patrick Perez, Christian Barillot
article
[Research Report] RR-7683, INRIA. 2011, pp.28
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https://hal.inria.fr/inria-00608706/file/RR-7683.pdf BibTex

2010

Conference papers

titre
Étude du tractus cortico-spinal en tractographie : analyse comparative de 4 algorithmes
auteur
Romuald Seizeur, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima, Camille Maumet, Elsa Magro, Jean-Christophe Ferré, Xavier Morandi
article
Réunion Annuelle de Paris (RAP) de la Société de NeuroChirurgie de Langue Française (SNCLF), Dec 2010, Marne-la-Vallée, France
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00601401/file/SNLF2010.pdf BibTex

2009

Conference papers

titre
NEX or no NEX? A high angular resolution diffusion imaging study
auteur
Maxime Descoteaux, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima, Christian Barillot, Rachid Deriche, Cyril Poupon
article
ISMRM 2009 : Annual Meeting of the International Society for Magnetic Resonance in Medicine, Apr 2009, Honolulu, United States. pp.1398, 2009
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BibTex

2007

Conference papers

titre
Non-local means variants for denoising of diffusion-weighted and diffusion tensor MRI.
auteur
Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima, Pierrick Coupé, Sean Patrick Morrissey, Christian Barillot
article
10th International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Oct 2007, Brisbane, Australia. Springer, 4792 (Pt 2), pp.344-51, 2007, 〈10.1007/978-3-540-75759-7_42〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00193788/file/Miccai07.pdf BibTex
titre
Biometric fuzzy extractors made practical: a proposal based on FingerCodes
auteur
Valérie Viet Triem Tong, Hervé Sibert, Jérémy Lecoeur, Marc Girault
article
International conference on Biometrics, Aug 2007, Seoul, South Korea. 4642, pp.604-613, 2007, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-540-74549-5〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00175353/file/fuzzy_icb07_final.pdf BibTex
titre
Computation of the mid-sagittal plane in diffusion tensor MR brain images
auteur
Sylvain Prima, Nicolas Wiest-Daesslé
article
Medical Imaging 2007: Image Processing, Feb 2007, San Diego, United States. pp.65121I, 2007, 〈10.1117/12.709467〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00140454/file/SPIE2007.pdf BibTex

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