Publications

Publications HAL de la structure Virtual Plants

2017

Journal articles

titre
Estimating wheat green area index from ground-based LiDAR measurement using a 3D canopy structure model
auteur
Shouyang Liu, Frédéric Baret, Mariem Abichou, Frédéric Boudon, Samuel Thomas, Kaiguang Zhao, Christian Fournier, Bruno Andrieu, Kamran Irfan, Matthieu Hemmerlé, Benoit De Solan
article
Agricultural and Forest Meteorology, Elsevier Masson, 2017, 247, pp.12 – 20. 〈10.1016/j.agrformet.2017.07.007〉
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titre
A robot-assisted imaging pipeline for tracking the growths of maize ear and silks in a high-throughput phenotyping platform
auteur
Nicolas Brichet, Christian Fournier, Olivier Turc, Olivier Strauss, Simon Artzet, Christophe Pradal, Claude Welcker, Francois Tardieu, Llorenç Cabrera-Bosquet
article
Plant Methods, BioMed Central, 2017, 13 (1), pp.12. 〈10.1186/s13007-017-0246-7〉
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https://hal.inria.fr/hal-01631186/file/Brichet_et_al-2017-Plant_Methods.pdf BibTex
titre
Identifying Developmental Zones in Maize Lateral Root Cell Length Profiles using Multiple Change-Point Models
auteur
Bertrand Muller, Yann Guédon, Beatriz Moreno-Ortega, Guillaume Fort
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.1-19. 〈10.3389/fpls.2017.01750〉
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https://hal.inria.fr/hal-01651169/file/MorenoOrtegaFortMullerGuedon2017.pdf BibTex
titre
Virtual Plants Need Water Too: Functional-Structural Root System Models in the Context of Drought Tolerance Breeding
auteur
Adama Ndour, Vincent Vadez, Christophe Pradal, Mikael Lucas
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.1-18. 〈10.3389/fpls.2017.01577〉
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https://hal.inria.fr/hal-01596093/file/fpls-08-01577.pdf BibTex
titre
Morphological Plant Modeling: Unleashing Geometric and Topological Potential within the Plant Sciences
auteur
Alexander Bucksch, Acheampong Atta-Boateng, Akomian Azihou, Dorjsuren Battogtokh, Aly Baumgartner, Brad Binder, Siobhan Braybrook, Cynthia Chang, Viktoirya Coneva, Thomas Dewitt, Alexander Fletcher, Malia Gehan, Diego Hernan Diaz-Martinez, Lilan Hong, Anjali Iyer-Pascuzzi, Laura Klein, Samuel Leiboff, Mao Li, Jonathan Lynch, Alexis Maizel, Julin Maloof, R.J. Cody Markelz, Ciera Martinez, Laura Miller, Washington Mio, Wojtek Palubicki, Hendrik Poorter, Christophe Pradal, Charles Price, Eetu Puttonen, John Reese, Rubén Rellán-Álvarez, Edgar Spalding, Erin Sparks, Christopher Topp, Joseph Williams, Daniel Chitwood
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8 (900), pp.16. 〈10.3389/fpls.2017.00900〉
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https://hal.inria.fr/hal-01537909/file/fpls-08-00900.pdf BibTex
titre
Predicting Flowering Behavior and Exploring Its Genetic Determinism in an Apple Multi-family Population Based on Statistical Indices and Simplified Phenotyping
auteur
Jean-Baptiste Durand, Alix Allard, Baptiste Guitton, Eric Van de Weg, Marco Bink, Evelyne Costes
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.858–872. 〈10.3389/fpls.2017.00858〉
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https://hal.inria.fr/hal-01564977/file/Alternation_Durand_etal_revised.pdf BibTex
titre
Reshaping Plant Biology: Qualitative and Quantitative Descriptors for Plant Morphology
auteur
Mathilde Balduzzi, Brad M. Binder, Alexander Bucksch, Cynthia Chang, Lilan Hong, Anjali S. Iyer-Pascuzzi, Christophe Pradal, Erin E. Sparks
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.117. 〈10.3389/fpls.2017.00117〉
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https://hal.inria.fr/hal-01455754/file/fpls-08-00117.pdf BibTex
titre
Characterization of convolution splitting graphical models
auteur
Jean Peyhardi, Pierre Fernique
article
Statistics and Probability Letters, Elsevier, 2017, 126, 〈10.1016/j.spl.2017.02.018〉
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titre
InfraPhenoGrid: A scientific workflow infrastructure for Plant Phenomics on the Grid
auteur
Christophe Pradal, Simon Artzet, Jerome Chopard, Dimitri Dupuis, Christian Fournier, Michael Mielewczik, Vincent Negre, Pascal Neveu, Didier Parigot, Patrick Valduriez, Sarah Cohen-Boulakia
article
Future Generation Computer Systems, Elsevier, 2017, 67, pp.341-353. 〈10.1016/j.future.2016.06.002〉
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titre
A dynamic genetic-hormonal regulatory network model explains multiple cellular behaviors of the root apical meristem of Arabidopsis thaliana
auteur
M. L. Garcia-Gomez, Eugenio Azpeitia, Elena R. Alvarez-Buylla
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2017, 13 (4), pp.36. 〈10.1371/journal.pcbi.1005488〉
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titre
DRACO-STEM: An Automatic Tool to Generate High-Quality 3D Meshes of Shoot Apical Meristem Tissue at Cell Resolution
auteur
Guillaume Cerutti, Olivier Ali, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.353. 〈10.3389/fpls.2017.00353〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01573521/file/A7240E82-59A1-4A0A-8B53-B6C53DB424AA.pdf BibTex
titre
Distinct controls of leaf widening and elongation by light and evaporative demand in maize
auteur
Sébastien Lacube, Christian Fournier, Carine Palaffre, Emilie J. Millet, Francois Tardieu, Boris Parent
article
Plant, Cell and Environment, Wiley, 2017, 40 (9), pp.2017-2028. 〈10.1111/pce.13005〉
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titre
Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet
article
Future Generation Computer Systems, Elsevier, 2017, 〈10.1016/j.future.2017.01.012〉
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titre
Erratum: The combination of the functionalities of feedback circuits is determinant for the attractors’ number and size in pathway-like Boolean networks (vol 7, 42023, 2017)
auteur
Eugenio Azpeitia, Stalin Munoz, Daniel Gonzalez-Tokman, Mariana Esther Martinez-Sanchez, Nathan Weinstein, Aurélien Naldi, Elena R. Alvarez-Buylla, David A. Rosenblueth, Luis Mendoza
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, pp.1. 〈10.1038/srep44964〉
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titre
The combination of the functionalities of feedback circuits is determinant for the attractors’ number and size in pathway-like Boolean networks
auteur
Eugenio Azpeitia, Stalin Munoz, Daniel Gonzalez-Tokman, Mariana Esther Martinez-Sanchez, Nathan Weinstein, Aurélien Naldi, Elena R. Alvarez-Buylla, David A. Rosenblueth, Luis Mendoza
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, pp.1-14. 〈10.1038/srep42023〉
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2016

Journal articles

titre
The impact of long-term water stress on tree architecture and production is related to changes in transitions between vegetative and reproductive growth in the ‘Granny Smith’ apple cultivar
auteur
Weiwei Yang, Benoit Pallas, Jean-Baptiste Durand, Sébastien Martinez, Mingyu Han, Evelyne Costes
article
Tree Physiology, Oxford University Press (OUP): Policy B – Oxford Open Option B, 2016, 36 (11), pp.1369-1381. 〈10.1093/treephys/tpw068〉
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https://hal.inria.fr/hal-01377095/file/preprint.pdf BibTex
titre
Integrating Physiology and Architecture in Models of Fruit Expansion
auteur
Mikolaj Cieslak, Ibrahim Cheddadi, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Michel Génard, Christophe Godin, Nadia Bertin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, pp.19. 〈10.3389/fpls.2016.01739〉
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https://hal.inria.fr/hal-01400062/file/Cieslak-fpls-2016-07-01739.pdf BibTex
titre
A stochastic multicellular model identifies biological watermarks from disorders in self-organized patterns of phyllotaxis
auteur
Yassin Refahi, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Alain Jean-Marie, Minna Pulkkinen, Teva Vernoux, Christophe Godin
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2016, 71, pp.50. 〈10.7554/eLife.14093.048〉
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titre
Data Science : une formation internationale de niveau Master en science des données
auteur
Massih-Reza Amini, Jean-Baptiste Durand, Olivier Gaudoin, Eric Gaussier, Anatoli Iouditski
article
Statistique et Enseignement (ISSN 2108-6745), Société Française de Statistique, 2016, 7 (1), pp.95-102
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https://hal.inria.fr/hal-01342469/file/DataScience_revision2.pdf BibTex
titre
Localizing the latent structure canonical uncertainty: entropy profiles for hidden Markov models
auteur
Jean-Baptiste Durand, Yann Guédon
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2016, 26 (1), pp.549-567. 〈10.1007/s11222-014-9494-9〉
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https://hal.inria.fr/hal-01090836/file/manuscript.pdf BibTex
titre
Identification of successive flowering phases highlights a new genetic control of the flowering pattern in strawberry
auteur
Justine Perrotte, Yann Guédon, Amèlia Gaston, Béatrice Denoyes
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2016, 67 (19), pp.5643 – 5655. 〈10.1093/jxb/erw326〉
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titre
Force-Driven Polymerization and Turgor-Induced Wall Expansion
auteur
Olivier Ali, Jan Traas
article
Trends in Plant Science, Elsevier, 2016, 21, pp.398 – 409. 〈10.1016/j.tplants.2016.01.019〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01398409/file/TRPLSC_1404_HAL.pdf BibTex
titre
Partitioned conditional generalized linear models for categorical responses
auteur
Jean Peyhardi, Catherine Trottier, Yann Guédon
article
Statistical Modelling, SAGE Publications, 2016, 16 (4), pp.297-321. 〈10.1177/1471082X16644874〉
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titre
Phyllotaxis: from patterns of organogenesis at the meristem to shoot architecture
auteur
Carlos Galvan-­‐ampudia, Anaïs Chaumeret, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology, Wiley, 2016, 5, pp.460 – 473. 〈10.1002/wdev.231〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01413095/file/WIRE_Galvan-Ampudia_%26_Chaumeret.pdf BibTex
titre
A multi-scale pipeline for reproducible analyses of tomato leaf expansion and its plasticity
auteur
Garance Koch, Anaëlle Dambreville, Gaelle Rolland, Myriam Dauzat, Christian Chevalier, Nathalie Frangne, Yann Guedon, Nadia Bertin, Valentina Baldazzi, Christine Granier
article
Acta Horticulturae, International Society for Horticultural Science, 2016, in press
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titre
Modelling the influence of dimerisation sequence dissimilarities on the auxin signalling network
auteur
Jonathan Legrand, Jean-Benoist Leger, Stephane Robin, Teva Vernoux, Yann Guédon
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2016, 10 (22), pp.17. 〈10.1186/s12918-016-0254-7〉
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https://hal.inria.fr/hal-01361020/file/LegrandLegerRobinVernouxGuedon2016.pdf BibTex
titre
Algorithmic Height Compression of Unordered Trees
auteur
Farah Ben-Naoum, Christophe Godin
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 389, pp.237 – 252. 〈10.1016/j.jtbi.2015.10.030〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01412215/file/height-tree-compression.pdf BibTex
titre
A multi-scale model of the interplay between cell signalling and hormone transport in specifying the root meristem of Arabidopsis thaliana
auteur
Daniele Muraro, Antoine Larrieu, M. Lucas, J Chopard, H Byrne, Christophe Godin, J King
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 404, pp.182 – 205. 〈10.1016/j.jtbi.2016.04.036〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01412252/file/Muraro.pdf BibTex
titre
High-throughput estimation of incident light, light interception and radiation-use efficiency of thousands of plants in a phenotyping platform
auteur
Llorenç Cabrera-Bosquet, Christian Fournier, Nicolas Brichet, Claude Welcker, Benoît Suard, François Tardieu
article
New Phytologist, Wiley, 2016, 212 (1), pp.269-281. 〈10.1111/nph.14027〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01576907/file/Cabrera-Bosquet-NP-2016-manuscript.pdf BibTex
titre
Identifying developmental phases in the Arabidopsis thaliana rosette using integrative segmentation models
auteur
Maryline Lievre, Christine Granier, Yann Guédon
article
New Phytologist, Wiley, 2016, 210, pp.1466-1478. 〈10.1111/nph.13861〉
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BibTex
titre
Characterization of pearl millet root architecture and anatomy reveals three types of lateral roots
auteur
Sixtine Passot, Fatoumata Gnacko, Daniel Moukouanga, Mikael Lucas, Soazig Guyomarc’H, Beatriz Moreno-Ortega, Jonathan A Atkinson, Marème N. Belko, Malcolm J Bennett, Pascal Gantet, Darren M Wells, Yann Guédon, Yves Vigouroux, Jean-Luc Verdeil, Bertrand Muller, Laurent Laplaze
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7 (829), pp.11. 〈10.3389/fpls.2016.00829〉
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https://hal.inria.fr/hal-01398441/file/PassotElal2016.pdf BibTex
titre
Effective and Efficient Similarity Search in Scientific Workflow Repositories
auteur
Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
article
Future Generation Computer Systems, Elsevier, 2016, 56, pp.584-594. 〈10.1016/j.future.2015.06.012〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01170597/file/StarlingerCohen-BoulakiaEtAl.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Differentiated Responses of Apple Tree Floral Phenology to Global Warming in Contrasting Climatic Regions
auteur
Jean-Michel Legave, Yann Guédon, Gustavo Malagi, Adnane El Yaacoubi, Marc Bonhomme
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2015, 6 (1054), pp.13. 〈10.3389/fpls.2015.01054〉
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https://hal.inria.fr/hal-01244070/file/Legave-FPS_2015_%7BF92960F8-2375-4026-AF8B-B7695F9409FD%7D.pdf BibTex
titre
Gap geometry dictates epithelial closure efficiency
auteur
Andrea Ravasio, Ibrahim Cheddadi, Tianchi Chen, Telmo Pereira, Hui Ting Ong, Cristina Bertocchi, Agusti Brugues, Antonio Jacinto, Alexandre J. Kabla, Yusuke Toyama, Xavier Trepat, Nir Gov, Luís Neves de Almeida, Benoit Ladoux
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2015, 6, pp.NATURE COMMUNICATIONS | 6:7683 | DOI: 10.1038/ncomms8683 〈 www.nature.com/naturecommunications〉. 〈10.1038/ncomms8683〉
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titre
L’importance capitale du travail de fourmi des chercheurs
auteur
Christophe Godin
article
1024 – Bulletin de la société informatique de France, société informatique de France, 2015, pp.10
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BibTex
titre
Paralic confinement computations in coastal environment with interlocked areas
auteur
Jean-Philippe Bernard, Emmanuel Frenod, Antoine Rousseau
article
Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series S, American Institute of Mathematical Sciences, 2015, 8 (1), pp.45-54. 〈10.3934/dcdss.2015.8.45〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00833340/file/CondLimAbsV3Hal.pdf BibTex
titre
A Computational Framework for 3D Mechanical Modeling of Plant Morphogenesis with Cellular Resolution
auteur
Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, Olivier Ali, Benjamin Gilles, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (1), pp.1-16. 〈10.1371/journal.pcbi.1003950〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01142486/file/boudon-plos-compbiol15.pdf BibTex
titre
Root System Markup Language: toward a unified root architecture description language
auteur
Guillaume Lobet, Michael P. Pound, Julien Diener, Christophe Pradal, Xavier Draye, Christophe Godin, Mathieu Javaux, Daniel Leitner, Félicien Meunier, Philippe Nacry, Tony P. Pridmore, Andrea Schnepf
article
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2015, 167 (3), pp.617-627. 〈http://www.plantphysiol.org/content/167/3/617.full〉. 〈10.1104/pp.114.253625〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01113767/file/pp.114.253625.1.full.pdf BibTex
titre
Characterizing the respective importance of ontogeny and environmental constraints in forest tree development using growth phase duration distributions
auteur
Olivier Taugourdeau, Yves Caraglio, Sylvie Sabatier, Yann Guédon
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2015, 300, pp.61 – 72. 〈10.1016/j.ecolmodel.2014.12.022〉
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BibTex
titre
Genome-wide screen identifies a novel p97/CDC-48-dependent pathway regulating ER-stress-induced gene transcription
auteur
Esther Marza, Saïd Taouji, Kim Barroso, Anne-Aurélie Raymond, Léo Guignard, Marc Bonneu, Néstor Pallares-Lupon, Jean-William Dupuy, Martin E. Fernandez-Zapico, Jean Rosenbaum, Francesca Palladino, Denis Dupuy, Eric Chevet
article
EMBO Reports, EMBO Press, 2015, 16 (3), pp.332–340. 〈10.15252/embr.201439123〉
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BibTex
titre
Mechanics of epithelial closure over non-adherent environments
auteur
Sri Ram Krishna Vedula, Grégoire Peyret, Ibrahim Cheddadi, Tianchi Chen, Agustí Brugués, Hiroaki Hirata, Horacio Lopez-Menendez, Yusuke Toyama, Luís Neves de Almeida, Xavier Trepat, Chwee Teck Lim, Benoit Ladoux
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2015, 6, pp.Article number: 6111. 〈10.1038/ncomms7111〉
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http://hal.upmc.fr/hal-01298859/file/ncomms7111.pdf BibTex
titre
Analysing growth and development of plants jointly using developmental growth stages
auteur
Anaëlle Dambreville, Pierre-Éric Lauri, Frédéric Normand, Yann Guédon
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2015, 115 (1), pp.13. 〈10.1093/aob/mcu227〉
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BibTex
titre
A new specification of generalized linear models for categorical responses
auteur
Jean Peyhardi, Catherine Trottier, Yann Guédon
article
Biometrika, Oxford University Press (OUP), 2015, 102 (4), pp.889-906. 〈10.1093/biomet/asv042〉
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BibTex
titre
Segmentation uncertainty in multiple change-point models
auteur
Yann Guédon
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2015, 25 (2), pp.303 – 320. 〈10.1007/s11222-013-9433-1〉
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BibTex
titre
Fanconi anemia cells with unrepaired DNA damage activate components of the checkpoint recovery process
auteur
Alfredo Rodriguez, Leda Torres, Ulises Juarez, David Sosa, Eugenio Azpeitia, Benilde Garcia-De Teresa, Edith Cortes, Rocio Ortiz, Ana M. Salazar, Patricia Ostrosky-Wegman, Luis Mendoza, Sara Frias
article
Theoretical Biology and Medical Modelling, BioMed Central, 2015, 12 (1), pp.19. 〈10.1186/s12976-015-0011-4〉
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https://hal.inria.fr/hal-01217314/file/s12976-015-0011-4-1.pdf BibTex
titre
How different pruning severities alter shoot structure: a modelling approach in young ‘Nonpareil’ almond trees
auteur
Claudia Negrón, Loreto Contador, Bruce D Lampinen, Samuel G Metcalf, Yann Guédon, Evelyne Costes, Theodore M. Dejong
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2015, 42 (3), pp.325-335. 〈10.1071/FP14025〉
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BibTex
titre
Tree leaves extraction in natural images: Comparative study of pre-processing tools and segmentation methods
auteur
Manuel Grand-Brochier, Antoine Vacavant, Guillaume Cerutti, Camille Kurtz, Jonathan Weber, Laure Tougne
article
IEEE Transactions on Image Processing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2015, 24 (5), pp.1549-1560. 〈10.1109/TIP.2015.2400214〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176699/file/TIP2015.pdf BibTex

Book sections

titre
An introduction to modelling flower primordium initiation
auteur
Christophe Godin, Eugenio Azpeitia, Etienne Farcot
article
From Molecules to Living Organisms: An Interplay Between Biology and Physics, 102, 2015, Lecture Notes of the Les Houches School of Physics
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https://hal.inria.fr/hal-01254880/file/ChapMaster.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
An Auxin-Mediated Shift toward Growth Isotropy Promotes Organ Formation at the Shoot Meristem in Arabidopsis
auteur
Massimiliano Sassi, Olivier Ali, Frédéric Boudon, Gladys Cloarec, Ursula Abad, Coralie Cellier, Xu Chen, Benjamin Gilles, Pascale Milani, Jìrí Friml, Teva Vernoux, Christophe Godin, Olivier Hamant, Jan Traas
article
Current Biology – CB, Elsevier, 2014, 24 (19), pp.1 – 8. 〈10.1016/j.cub.2014.08.036〉
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https://hal.inria.fr/hal-01074821/file/Sassi2014-2.pdf BibTex
titre
Physical Models of Plant Development
auteur
Olivier Ali, Vincent Mirabet, Christophe Godin, Jan Traas
article
Annual Review of Cell and Developmental Biology, Annual Reviews, 2014, 30 (1), pp.8. 〈10.1146/annurev-cellbio-101512-122410〉
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BibTex
titre
In vivo quantitative NMR imaging of fruit tissues during growth using Spoiled Gradient Echo sequence
auteur
Samir Kenouche, Marine Perrier, Nadia Bertin, Joulia Larionova, Abderrahmanne Ayadi, Michel Zanca, Jérôme Long, Nacer Bezzi, Paul C. Stein, Yannick Guari, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Christophe Goze-Bac
article
Magnetic Resonance Imaging, Elsevier, 2014, pp.1418-1427. 〈10.1016/j.mri.2014.08.005〉
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BibTex
titre
Similarity Search for Scientific Workflows
auteur
Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
article
Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), VLDB Endowment, 2014, 7 (12), pp.1143-1154. 〈10.14778/2732977.2732988〉
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https://hal.inria.fr/hal-01066046/file/p1143-starlinger.pdf BibTex
titre
Assessing the effects of architectural variations on light partitioning within virtual wheat – pea mixtures
auteur
Romain Barillot, Abraham J. Escobar-Gutierrez, Christian Fournier, Pierre Huynh, Didier Combes
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, Special Issue: Functional-Structural Plant Modelling, 114 (4), pp.13. 〈10.1093/aob/mcu099〉
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https://hal.inria.fr/hal-01095288/file/LPea-AdelW_R2.pdf BibTex
titre
Quantitative assessment of automatic reconstructions of branching systems obtained from laser scanning.
auteur
Frédéric Boudon, Chakkrit Preuksakarn, Pascal Ferraro, Julien Diener, Philippe Nacry, Eero Nikinmaa, Christophe Godin
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, epub ahead of print. 〈10.1093/aob/mcu062〉
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BibTex
titre
Towards modelling the flexible timing of shoot development: simulation of maize organogenesis based on coordination within and between phytomers
auteur
J. Zhu, B. Andrieu, J. Vos, W. Van Der Werf, C. Fournier, J. B. Evers
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, Special Issue: Functional-Structural Plant Modelling, 114 (4), pp.10. 〈10.1093/aob/mcu051〉
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https://hal.inria.fr/hal-01096700/file/Ann%20Bot-2014-Zhu-753-62.pdf BibTex
titre
Functional – structural plant models: a growing paradigm for plant studies
auteur
Risto Sievänen, Christophe Godin, Ted De Jong, Eero Nikinmaa
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, pp.599-603. 〈10.1093/aob/mcu175〉
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titre
Differences in proleptic and epicormic shoot structures in relation to water deficit and growth rate in almond trees (Prunus dulcis)
auteur
Claudia Negrón, Loreto Contador, Bruce D. Lampinen, Samuel G. Metcalf, Yann Guédon, Evelyne Costes, Theodore M. Dejong
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, 113 (3), pp.545-554. 〈www.aob.oxfordjournals.org〉. 〈10.1093/aob/mct282〉
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https://hal.inria.fr/hal-01084462/file/NegronContadorLampinenMetcalfGuedonCostesDeJong2014a.pdf BibTex
titre
A modelling framework to simulate foliar fungal epidemics using functional–structural plant models
auteur
Guillaume Garin, Christian Fournier, Bruno Andrieu, Vianney Houlès, Corinne Robert, Christophe Pradal
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, pp.mcu101. 〈http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/full/mcu101?ijkey=7uTwzZ0aIhTE3fw&keytype=ref〉. 〈10.1093/aob/mcu101〉
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titre
Exploring bud dormancy completion with a combined architectural and phenological analysis: the case of the apple tree in contrasting winter temperature conditions
auteur
Juliano Dutra Schmitz, Yann Guédon, Flavio Gilberto Herter, Gabriel Berenhauser Leite, Pierre-Eric Lauri
article
American Journal of Botany, Botanical Society of America, 2014, 101, pp.398 – 407. 〈10.3732/ajb.1300335〉
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titre
NMR investigation of functionalized magnetic nanoparticles Fe3O4 asT1–T2contrast agents
auteur
Samir Kenouche, Joulia Larionova, Nacer Bezzi, Yannick Guari, Nadia Bertin, Michel Zanca, Lénaic Lartigue, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Gil Morrot, Christophe Goze-Bac
article
Powder Technology, Elsevier, 2014, 255, pp.60-65. 〈10.1016/j.powtec.2013.07.038〉
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titre
Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis
auteur
Fabrice Besnard, Yassin Refahi, Valérie Morin, Benjamin Marteaux, Géraldine Brunoud, Pierre Chambrier, Frédérique Rozier, Vincent Mirabet, Jonathan Legrand, Stéphanie Lainé, Emmanuel Thévenon, Etienne Farcot, Coralie Cellier, Pradeep Das, Anthony Bishopp, Renaud Dumas, François Parcy, Ykä Helariutta, Arezki Boudaoud, Christophe Godin, Jan Traas, Yann Guédon, Teva Vernoux
article
Nature, Nature Publishing Group, 2014, 505 (7483), pp.417-421. 〈http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature12791.html〉. 〈10.1038/nature12791〉
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BibTex
titre
Integration of hormonal signaling networks and mobile microRNAs is required for vascular patterning in Arabidopsis roots
auteur
Daniele Muraro, Nathan Mellor, Michael P. Pound, Hanna Help, Mikaël Lucas, Jérôme Chopard, Helen M. Byrne, Christophe Godin, T. Charlie Hodgman, John R. King, Tony P. Pridmore, Ykä Helariutta, Malcolm J. Bennett, Anthony Bishopp
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2014, 111 (2), pp.857-862. 〈10.1073/pnas.1221766111〉
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https://hal.inria.fr/hal-00941028/file/Muraro14.pdf BibTex
titre
Applications of hidden hybrid Markov/semi-Markov models: from stopover duration to breeding success dynamics
auteur
Rémi Choquet, Arnaud Béchet, Yann Guédon
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2014, 4 (6), pp.817 – 826. 〈10.1002/ece3.962〉
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https://hal.inria.fr/hal-01084498/file/ChoquetBechetGuedon2014.pdf BibTex

Book sections

titre
Realistic Plant Modeling from Images Based on Analysis-by-Synthesis
auteur
Jérôme Guénard, Géraldine Morin, Frédéric Boudon, Vincent Charvillat
article
Floater, Michael and Lyche, Tom and Mazure, Marie-Laurence and Mørken, Knut and Schumaker, LarryL. Mathematical Methods for Curves and Surfaces, 8177, Springer-Verlag, pp.213-229, 2014, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-642-54381-4. 〈10.1007/978-3-642-54382-1_12〉
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https://hal.inria.fr/hal-01089744/file/Guenard-curves_surfaces13.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
NMR investigation of functionnalized magnetic nanoparticles Fe3O4 as T1-T2 contrast agents
auteur
Samir Kenouche, Joulia Larionova, Nacer Bezzi, Yannick Guari, Nadia Bertin, Michel Zanca, Lenaïc Lartigue, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Gil Morrot, Christophe Goze-Bac
article
Powder Technology, Elsevier, 2013, pp.60-65. 〈10.1016/j.powtec.2013.07.038〉
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titre
New insights for estimating the genetic value of F1 apple progenies for irregular bearing during the first years of tree production
auteur
Jean-Baptiste Durand, Baptiste Guitton, Jean Peyhardi, Yan Holtz, Yann Guédon, Catherine Trottier, Evelyne Costes
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2013, 64 (16), pp.5099-5113. 〈10.1093/jxb/ert297〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00845353/file/Alternation05_02_2013.pdf BibTex
titre
Lateral root morphogenesis is dependent on the mechanical properties of the overlaying tissues
auteur
Mikaël Lucas, Kim Kenobi, Daniel Von Wangenheim, Ute Voß, Kamal Swarup, Ive De Smet, Daniël Van Damme, Tara Lawrence, Benjamin Péret, Eric Moscardi, Daniel Barbeau, Christophe Godin, David Salt, Soazig Guyomarc’H, Ernst H K Stelzer, Alexis Maizel, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (13), pp.5229-34. 〈10.1073/pnas.1210807110〉
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titre
Du jardin au modèle informatique : la phyllotaxie
auteur
Christophe Godin, Joanna Jongwane
article
Interstices, INRIA, 2013, 〈https://interstices.info/jcms/int_65132/du-jardin-au-modele-informatique-la-phyllotaxie〉
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titre
Deciphering structural and temporal interplays during the architectural development of mango trees
auteur
Anaëlle Dambreville, Pierre-Eric Lauri, Catherine Trottier, Yann Guédon, Frédéric Normand
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2013, 64 (8), pp.2467-2480. 〈10.1093/jxb/ert105〉
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titre
Publishing scientific software matters
auteur
Christophe Pradal, Gaël Varoquaux, Hans Peter Langtangen
article
Journal of Computational Science, Elsevier, 2013, 4 (5), pp.311 – 312. 〈10.1016/j.jocs.2013.08.001〉
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titre
Estimating stop over duration in the presence of trap-effects
auteur
Rémi Choquet, Yann Guédon, Aurélien Besnard, Matthieu Guillemain, Roger Pradel
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2013, 250, pp.111-118. 〈10.1016/j.ecolmodel.2012.11.002〉
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BibTex
titre
Plant hormone signaling during development: insights from computational models
auteur
Marina Oliva, Etienne Farcot, Teva Vernoux
article
Current Opinion in Plant Biology, Elsevier, 2013, 16 (1), pp.19-24. 〈10.1016/j.pbi.2012.11.006〉
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titre
Exploring the latent segmentation space for the assessment of multiple change-point models
auteur
Yann Guédon
article
Computational Statistics, Springer Verlag, 2013, pp.1-38. 〈10.1007/s00180-013-0422-9〉
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BibTex
titre
Homogeneous Auxin Steady States and Spontaneous Oscillations in Flux-Based Auxin Transport Models
auteur
Etienne Farcot, Yuan Yuan
article
SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2013, 12 (3), pp.1330-1353. 〈10.1137/120891538〉
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titre
Probabilistic approach for predicting periodic orbits in piecewise affine differential models
auteur
Madalena Chaves, Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2013, 75 (6), pp.967-987. 〈10.1007/s11538-012-9773-6〉
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https://hal.inria.fr/hal-00828847/file/chaves-farcot-gouze-bmb2013.pdf BibTex
titre
The Flux-Based PIN Allocation Mechanism Can Generate Either Canalyzed or Diffuse Distribution Patterns Depending on Geometry and Boundary Conditions
auteur
Michael L. Walker, Etienne Farcot, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.1-16. 〈http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0054802〉. 〈10.1371/journal.pone.0054802〉
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https://hal.inria.fr/hal-00850845/file/jwalker13.pdf BibTex
titre
Systematic Analysis of Branching Patterns of Three Almond Cultivars with Different Tree Architectures
auteur
Claudia Maria Negron, Loreto Contador, Bruce D Lampinen, Samuel G Metcalf, Theodore M. Dejong, Yann Guédon, Evelyne Costes
article
Journal of the American Society for Horticultural Science, American Society for Horticultural Science, 2013, 138 (6), pp.407–415
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BibTex
titre
Pattern identification and characterization reveal permutations of organs as a key genetically controlled property of post-meristematic phyllotaxis
auteur
Yann Guédon, Yassin Refahi, Fabrice Besnard, Etienne Farcot, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2013, 338, pp.94-110. 〈10.1016/j.jtbi.2013.07.026〉
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BibTex

Book sections

titre
Reconstructing Plants in 3D from a Single Image Using Analysis-by-Synthesis
auteur
Jérôme Guénard, Géraldine Morin, Frédéric Boudon, Vincent Charvillat
article
Bebis, George and Boyle, Richard and Parvin, Bahram and Koracin, Darko and Li, Baoxin and Porikli, Fatih and Zordan, Victor and Klosowski, James and Coquillart, Sabine and Luo, Xun and Chen, Min and Gotz, David. Advances in Visual Computing, 8033, Springer Berlin Heidelberg, pp.322–332, 2013, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-642-41913-3. 〈10.1007/978-3-642-41914-0_32〉
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https://hal.inria.fr/hal-00931231/file/Guenard-ISVC2013.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Characteristics of Acacia mangium shoot apical meristems in natural and in vitro conditions in relation to heteroblasty
auteur
Clémence Hatt, François Mankessi, Jean-Baptiste Durand, Frédéric Boudon, Fabienne Montes, Marc Lartaud, Jean-Luc Verdeil, Olivier Monteeuis
article
Trees – Structure and Function, Springer Verlag, 2012, 26 (3), pp.1031-1044. 〈http://www.springerlink.com/content/v36n1g4136403843/〉. 〈10.1007/s00468-012-0680-0〉
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https://hal.inria.fr/hal-00699815/file/Hattetal2011.pdf BibTex
titre
L-Py: an L-system simulation framework for modeling plant architecture development based on a dynamic language
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Pradal, Thomas Cokelaer, Przemyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2012, 3 (76), doi: 10.3389/fpls.2012.00076. 〈10.3389/fpls.2012.00076〉
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http://hal.cirad.fr/cirad-00703085/file/Boudon12.pdf BibTex
titre
Understanding patchy landscape dynamics: Towards a landscape language
auteur
Cédric Gaucherel, Frédéric Boudon, Thomas Houet, Mathieu Castets, Christophe Godin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (9), pp.16. 〈10.1371/journal.pone.0046064〉
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00750971/file/Gaucherel_al-PONE.pdf BibTex
titre
Simple envelope-based reconstruction methods can infer light partitioning among individual plants in sparse and dense herbaceous canopies
auteur
Gaëtan Louarn, David Da Silva, Christophe Godin, Didier Combes
article
Agricultural and Forest Meteorology, Elsevier Masson, 2012, 166-167, pp.98-112. 〈10.1016/j.agrformet.2012.06.014〉
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https://hal.inria.fr/hal-00828848/file/AGRFORMET-S-12-00175_1_.pdf BibTex
titre
Systems analysis of shoot apical meristem growth and development: integrating hormonal and mechanical signaling
auteur
James Murray, Angharad Jones, Christophe Godin, Jan Traas
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2012, 〈10.1105/tpc.112.102194〉
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BibTex
titre
Explicit construction of chaotic attractors in Glass networks
auteur
Roderick Edwards, Etienne Farcot, Eric Foxall
article
Chaos, Solitons and Fractals, Elsevier, 2012, 45 (5), pp.666-680. 〈10.1016/j.chaos.2012.02.018〉
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https://hal.inria.fr/hal-00828842/file/Horseshoe_final.pdf BibTex
titre
Modeling of light transmission under heterogeneous forest canopy: an appraisal of the effect of the precision level of crown description
auteur
David Da Silva, Philippe Balandier, Frédéric Boudon, André Marquier, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2012, 69 (2), pp.181-193. 〈10.1007/s13595-011-0139-2〉
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https://hal.inria.fr/hal-00828845/file/DaSilva_et_al_AFS.pdf BibTex
titre
Deciphering the ontogeny of a sympodial tree
auteur
Costes Evelyne, Yann Guédon
article
Trees – Structure and Function, Springer Verlag, 2012, 26 (3), pp.865–879. 〈10.1007/s00468-011-0661-8〉
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BibTex
titre
Modeling regulatory networks to understand plant development: small is beautiful
auteur
Alistair Middleton, Etienne Farcot, Markus Owen, Teva Vernoux
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2012, 24 (10), pp.3876-3891. 〈10.1105/tpc.112.101840〉
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BibTex
titre
Multiscale systems analysis of root growth and development: modeling beyond the network and cellular scales
auteur
Leach R. Band, John A. Fozard, Christophe Godin, Olivier E. Jensen, Tony Pridmore, Malcolm Bennett, John King
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2012, 14 (10), pp.3892-3906. 〈10.1105/tpc.112.101550〉
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BibTex
titre
How does pea architecture influence light sharing in virtual wheat-pea mixtures? A simulation study based on pea genotypes with contrasting architectures
auteur
Romain Barillot, Didier Combes, Valérie Chevalier, Christian Fournier, Abraham J. Escobar-Gutiérrez
article
AoB Plants, Oxford University Press 2012, 2012, pls038+. 〈10.1093/aobpla/pls038〉
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BibTex

2011

Journal articles

titre
Deciphering the developmental plasticity of walnut saplings in relation to climatic factors and light environment
auteur
Olivier Taugourdeau, Florence Chaubert-Pereira, Sylvie Sabatier, Yann Guédon
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2011, 62 (15), pp.5283-5296. 〈10.1093/jxb/err115〉
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https://hal.inria.fr/hal-00828855/file/walnut_modeling_revision_2.pdf BibTex
titre
A data-driven integrative model of sepal primordium polarity in Arabidopsis
auteur
Camillo La Rota, Jérôme Chopard, Pradeep Das, Sandrine Paindavoine, Frédérique Rozier, Etienne Farcot, Christophe Godin, Jan Traas, Françoise Monéger
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2011, 23 (12), pp.4318-433. 〈10.1105/tpc.111.092619〉
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BibTex
titre
A novel profile based model for virtual representation of quasi-symmetric plant organs
auteur
H. K. Mebatsion, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, M. Genard, Christophe Goze-Bac, N. Bertin
article
Computers and Electronics in Agriculture, Elsevier, 2011, 75, pp.113-124. 〈10.1016/j.compag.2010.10.006〉
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BibTex
titre
Modelling the effect of wheat canopy architecture as affected by sowing density on Septoria tritici epidemics using a coupled epidemic-virtual plant model
auteur
Rim Baccar, Christian Fournier, Tino Dornbusch, Bruno Andrieu, David Gouache, Corinne Robert
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2011, 108 (6), pp.1179-1194. 〈10.1093/aob/mcr126〉
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BibTex
titre
A comparative analysis of leaf shape of wheat, barley and maize using an empirical shape model
auteur
Tino Dornbusch, Jillian Watt, Rim Baccar, Christian Fournier, Bruno Andrieu
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2011, 107 (5), pp.865-873. 〈10.1093/aob/mcq181〉
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BibTex
titre
How young trees cope with the removal of whole or part of shoots: an analysis of local and distant responses to pruning in 1-year-old apple (Malus × domestica; Rosaceae) trees
auteur
Damien Fumey, Pierre-Eric Lauri, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
article
American Journal of Botany, Botanical Society of America, 2011, 98 (11), pp.1737–1751. 〈10.3732/ajb.1000231〉
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BibTex
titre
Plasticity of winter wheat modulated by sowing date, plant population density and nitrogen fertilisation: Dimensions and size of leaf blades, sheaths and internodes in relation to their position on a stem
auteur
Tino Dornbusch, Rim Baccar, Jillian Watt, Jonathan Hillier, Jessica Bertheloot, Christian Fournier, Bruno Andrieu
article
Field Crops Research, Elsevier, 2011, 121 (1), pp.116 – 124. 〈10.1016/j.fcr.2010.12.004〉
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BibTex
titre
The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex
auteur
Teva Vernoux, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Valérie Morin, Hilde Daele, Jonathan Legrand, Marina Oliva, Pradeep Das, Antoine Larrieu, Darren Wells, Yann Guédon, Lynne Armitage, Franck Picard, Soazig Guyomarch, Coralie Cellier, Geraint Parry, Rachil Koumproglou, John H. Doonan, Mark Estelle, Christophe Godin, Stefan Kepinski, Malcolm Bennett, Lieven Veylder, Jan Traas
article
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2011, 7 (508), 〈10.1038/msb.2011.39〉
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https://hal.inria.fr/hal-00828880/file/msb201139.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Auxin carriers localization drives auxin accumulation in plant cells infected by Frankia in Casuarina glauca actinorhizal nodules.
auteur
Francine Perrine-Walker, Patrick Doumas, Mikael Lucas, Virginie Vaissayre, Nicholas J Beauchemin, Leah R Band, Jérome Chopard, Amandine Crabos, Geneviève Conejero, Benjamin Péret, John R King, Jean-Luc Verdeil, Valérie Hocher, Claudine Franche, Malcolm J Bennett, Louis S Tisa, Laurent Laplaze
article
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2010, 154 (3), pp.1372-80. 〈10.1104/pp.110.163394〉
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BibTex
titre
Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
auteur
Christophe Godin, Pascal Ferraro
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (4), pp.688–703
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00365885/file/IEEE_TCBB.pdf BibTex
titre
TCR beta allelic exclusion in dynamical models of V(D)J recombination based on allele independence.
auteur
Etienne Farcot, Marie Bonnet, Sébastien Jaeger, Salvatore Spicuglia, Bastien Fernandez, Pierre Ferrier
article
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2010, 185 (3), pp.1622-32. 〈10.4049/jimmunol.0904182〉
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BibTex
titre
Du gène à la fleur
auteur
Christophe Godin, Jan Traas
article
Les Cahiers de l’INRIA – La Recherche, INRIA, 2010, Les 10 découvertes de l’année
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https://hal.inria.fr/inria-00511497/file/inria-n437-janv10.pdf BibTex
titre
Phase change-related variations of dome shape in Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis shoot apical meristems
auteur
François Mankessi, Aubin-R. Saya, Frédéric Boudon, Yann Guédon, Fabienne Montes, Marc Lartaud, Jean-Luc Verdeil, Olivier Monteuuis
article
Trees – Structure and Function, Springer Verlag, 2010, 24 (4), pp.743-752. 〈10.1007/s00468-010-0444-7〉
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https://hal.inria.fr/hal-00831788/file/MankessiiProfilsPicturefreeRev5.pdf BibTex
titre
Markov and semi-Markov switching linear mixed models used to identify forest tree growth components.
auteur
Florence Chaubert – Pereira, Yann Guédon, Christian Lavergne, Catherine Trottier
article
Biometrics, Wiley, 2010, 66 (3), pp.753-762. 〈10.1111/j.1541-0420.2009.01338.x〉
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https://hal.inria.fr/inria-00488100/file/chaubert10_SMS_LMM_Biometrics_revision3.pdf BibTex
titre
Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.
auteur
R. Fernandez, Pradeep Das, V. Mirabet, E. Moscardi, Jan Traas, J.-L. Verdeil, Grégoire Malandain, Christophe Godin
article
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2010, pp.547-553
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BibTex
titre
Limit cycles in piecewise-affine gene network models with multiple interaction loops
auteur
Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
article
International Journal of Systems Science, Taylor & Francis, 2010, 41 (1), pp.119-130. 〈10.1080/00207720903144552〉
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https://hal.inria.fr/hal-00831782/file/RR-6875.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
Structure from silhouettes: a new paradigm for fast sketch-based design of trees
auteur
Jamie Wither, Frédéric Boudon, Marie-Paule Cani, Christophe Godin
article
Computer Graphics Forum, Wiley, 2009, 28 (2), pp.541-550. 〈10.1111/j.1467-8659.2009.01394.x〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00366289/file/tree_sketching.pdf BibTex
titre
Compact and Progressive Plant Models for Streaming in Networked Virtual Environments
auteur
Sébastien Mondet, Wei Cheng, Géraldine Morin, Romulus Grigoras, Frédéric Boudon, Wei Tsang Ooi
article
ACM Transactions on Multimedia Computing, Communications and Applications, Association for Computing Machinery, 2009, 5 (3), pp.1-22. 〈10.1145/1556134.1556138〉
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https://hal.inria.fr/hal-00831797/file/streaming_plants.pdf BibTex
titre
Periodic Solutions of Piecewise Affine Gene Network Models with Non Uniform Decay Rates: The Case of a Negative Feedback Loop
auteur
Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2009, 57 (4), pp.429-455. 〈10.1007/s10441-009-9086-9〉
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titre
Does canopy architecture play a role in the effect of plant density and sowing date on epidemics of Septoria tritici in wheat crops?
auteur
Corinne Robert, Christian Fournier, William Lee, Bruno Andrieu, David Gouache, Philippe Gate
article
Comparative Biochemistry and Physiology – Part A: Molecular and Integrative Physiology, Elsevier, 2009, 153 (2), pp.S224-S225. 〈10.1016/j.cbpa.2009.04.558〉
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titre
Identifying ontogenetic, environmental and individual components of forest tree growth
auteur
Florence Chaubert-Pereira, Yves Caraglio, Christian Lavergne, Yann Guédon
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2009, 104, pp.883-896
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titre
PlantGL: A Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales
auteur
Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Jérôme Chopard, Christophe Godin
article
Graphical Models, Elsevier, 2009, 71 (1), 1–21, posted-at = 2008-11-04 14:10:07. 〈10.1016/j.gmod.2008.10.001〉
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https://hal.inria.fr/hal-00850782/file/plantgl.pdf BibTex

Book sections

titre
Estimation of lifetime reproductive success when reproductive status cannot always be assessed
auteur
Laurine Rouan, Jean-Michel Gaillard, Yann Guédon, Roger Pradel
article
Thomson, D. L. and Cooch, E. G. and Conroy, M. J. Modeling Demographic Processes in Marked Populations, 3, Springer, pp.867-879, 2009, Environmental and Ecological Statistics
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2008

Journal articles

titre
Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation
auteur
Mikaël Lucas, Christophe Godin, Christian Jay-Allemand, Laurent Laplaze
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 59 (1), pp.55-66
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https://hal.inria.fr/hal-00831806/file/Auxin_fluxes.pdf BibTex
titre
Analyzing the time-course variation of apple and pear tree dates of flowering stages in the global warming context
auteur
Yann Guédon, Jean-Michel Legave
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2008, 219 (1-2), pp.189-199
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https://hal.inria.fr/hal-00831805/file/GuedonEcologicalModelling2008.pdf BibTex
titre
Multiscale Framework for Modeling and Analyzing Light Interception by Trees
auteur
David Da Silva, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
Multiscale Modeling and Simulation, SIAM, 2008, 7 (2), pp.910-933. 〈10.1137/08071394X〉
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titre
An auxin transport-based model of root branching in Arabidopsis thaliana
auteur
Mikaël Lucas, Yann Guédon, Christian Jay-Allemand, Christophe Godin, Laurent Laplaze
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2008, 3 (11), 〈10.1371/journal.pone.0003673〉
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https://hal.inria.fr/hal-00831804/file/PLoSONElucasGuedonJayAllemandGodinLaplaze2008.pdf BibTex
titre
Flux based transport enhancement as a plausible unifying mechanism for Auxin transport in meristem development
auteur
Szymon Stoma, M. Lucas, Jérôme Chopard, Marianne Schaedel, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2008, 4 (10), pp.1000207. 〈10.1371/journal.pcbi.1000207〉
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titre
OpenAlea: A visual programming and component-based software platform for plant modeling
auteur
Christophe Pradal, Samuel Dufour-Kowalski, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35 (10), pp.751-760. 〈10.1071/FP08084〉
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https://hal.inria.fr/hal-00831811/file/openalea_paper.pdf BibTex
titre
MAppleT: simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models
auteur
Evelyne Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Premyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35 (10), pp.936-950
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2007

Journal articles

titre
Déformation asymétrique de houppiers pour la génération de représentations paysagères réalistes
auteur
Frédéric Boudon, Gilles Le Moguedec
article
Revue Electronique Francophone d’Informatique Graphique, Association Française d’Informatique Graphique, 2007, 1 (1)
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titre
Exploring the state sequence space for hidden Markov and semi-Markov chains
auteur
Yann Guédon
article
Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2007, 51 (2), pp.2379-2409. 〈10.1016/j.csda.2006.03.015〉
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titre
Identifying and characterizing the ontogenetic component in tree development
auteur
Yann Guédon, Yves Caraglio, Patrick Heuret, Émilie Lebarbier, Céline Meredieu
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2007, 104 (5), pp.883-896. 〈10.1093/aob/mcp189〉
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Directions of work or proceedings

titre
The architecture of OpenAlea: a visual programming and component based software for plant modeling
auteur
Christophe Pradal, Samuel Dufour-Kowalski, Frédéric Boudon, Nicolas Dones
article
5. International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2009, Napier, New Zealand. pp.25, 2007
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titre
OpenAlea: an open-source platform for the integration of heterogeneous FSPM components
auteur
Samuel Dufour-Kowalski, Christophoe Pradal, Nicolas Dones, Pierre Barbier de Reuille, Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, David Dasilva, Jean-Baptiste Durand, Pascal Ferraro, Christian Fournier, Yann Guédon, Aïda Ouangraoua, Colin Smith, Szymon Stoma, Frédéric Théveny, Hervé Sinoquet, Christophe Godin
article
5. International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.36, 2007
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2006

Journal articles

titre
Intraspecific diversity of Oenococcus oeni strains determined by sequence analysis of target genes.
auteur
Arnaud Delaherche, Elisabeth Bon, Aurelien Dupé, Megumi Lucas, Benoit Arveiler, Antoine De Daruvar, Aline Lonvaud-Funel
article
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2006, 73 (2), pp.394-403. 〈10.1007/s00253-006-0487-2〉
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titre
Similarities and gradients in growth unit branching patterns during ontogeny in “Fuji” apple trees: a stochastic approach
auteur
M. Renton, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, 57 (2), pp.3131-3143
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titre
Modèles à Facteurs Dynamiques et à Structure Markovienne Cachée pour les Séries Financières Conditionnellement Hétéroscédastiques
auteur
Christian Lavergne, Mohamed Saidane
article
Les Cahiers de la Recherche de ISC Paris, Section Formalisation et Modélisation, 2006, pp.273-300
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titre
The effect of genotype, location and their interaction on early growth and branching in apricot trees
auteur
Jean-Michel Legave, Vincent Segura, Dominique Fournier, Evelyne Costes
article
Journal of Horticultural Science & Biotechnology, Headley Brothers, 2006, 81 (2), pp.189-198
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titre
Des plantes virtuelles pour comprendre les plantes réelles
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
article
Pour la science, Paris : E. Belin, 2006
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titre
Genetic study on the physical properties of Coffea arabica L. wood
auteur
C. Cilas, Christophe Godin, B. Bertrand, H. Baillères
article
Trees – Structure and Function, Springer Verlag, 2006, 20 (5), pp.587-592. 〈10.1007/s00468-006-0073-3〉
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titre
Phenotyping progenies for complex architectural traits: a strategy for 1-year-old apple trees (Malus x domestica Borkh.)
auteur
Vincent Segura, Christian Cilas, François Laurens, Evelyne Costes
article
Tree Genetics & Genomes, Springer, 2006, 2 (3), pp.140-151. 〈10.1007/s11295-006-0037-1〉
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https://hal.inria.fr/hal-00830066/file/Segura_etal_TGG06_preprint.pdf BibTex
titre
Analysing grouping of nucleotides in DNA sequences using lumped processes constructed from Markov chains
auteur
Yann Guédon, Y. D’Auberton-Carafa, C. Thermes
article
Journal of mathematical biology., 2006, 52 (3), pp.343-372
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00090713/file/JMBguedonDaubentonThermes2006.pdf BibTex
titre
La modélisation comme outils d’analyse pour la biologie du développement
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Traas
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2006, 22 (10), pp.814-816. 〈10.1051/medsci/20062210814〉
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titre
Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
auteur
Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2006, 6, pp.103-107
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https://hal.inria.fr/hal-00830064/file/thierry06.pdf BibTex
titre
Modelling of biological complex systems in the context of genomics. An account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
auteur
Alain R. Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Victor Norris, Vincent Schächter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2006, 6, pp.103–107
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titre
Co-ordinated growth between aerial and root systems in young apple plants issued from in vitro culture
auteur
E. Costes, E. Garcia-Villanueva, E. Jourdan, E. Regnard, Yann Guédon
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, 97 (1), pp.85-96. 〈10.1093/aob/mcj003〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00018866/file/costesetal_AOB06_preprint.pdf BibTex
titre
Definition of Architectural Ideotypes for Good Yield Capacity in Coffea canephora
auteur
C. Cilas, Avner Bar-Hen, C. Montagnon, Christophe Godin
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, 97 (3), pp.405-411. 〈10.1093/aob/mcj053〉
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titre
Relative extents of preformation and neoformation in tree shoots: Analysis by a deconvolution method
auteur
Yann Guédon, Javier G. Puntieri, Sylvie Sabatier, Daniel Barthélémy
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, 98 (4), pp.835-844. 〈10.1093/aob/mcl164〉
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titre
Computer simulations reveal novel properties of the cell-cell signaling network at the shoot apex in /Arabidopsis
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Karen Ljung, Halima Morin, Nicola Carraro, Christophe Godin, Jan Traas
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2006, 103 (5), p. 1627-1632. 〈10.1073/pnas.0510130103〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00023247/file/barbier06_preprint.pdf BibTex
titre
Sensitivity Analysis in presence of Model Uncertainty and Correlated Inputs.”,
auteur
Nicolas Devictoc, Julien Jacques, Christian Lavergne
article
Reliability Engineering and System Safety, Elsevier, 2006, pp.1126-1134
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titre
Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet
article
Fractals, World Scientific Publishing, 2006, 14 (3), pp.149-163. 〈10.1142/S0218348X06003179〉
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2005

Journal articles

titre
Modéliser le vivant : créer des plantes virtuelles pour comprendre, simuler, tester
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
article
Interstices, INRIA, 2005
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titre
Hidden hybrid Markov/semi-Markov chains.
auteur
Yann Guédon
article
Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2005, 49 (3), pp.663-688. 〈10.1016/j.csda.2004.05.033〉
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https://hal.inria.fr/hal-00830074/file/CSDAguedon2005.pdf BibTex
titre
Functional-Structural Plant modelling
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
New Phytologist, Wiley, 2005, 166 (3), pp.705-708. 〈10.1111/j.1469-8137.2005.01445.x〉
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titre
Foliage randomness and light interception in 3D digitized trees:an analysis of 3D discretization of the canopy
auteur
Hervé Sinoquet, Gabriela Sonohat, Jessada Phattaralerphong, Christophe Godin
article
Plant, Cell and Environment, Wiley, 2005, 29, pp.1158-1170. 〈10.1111/j.1365-3040.2005.01353.x〉
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titre
Analysis of the plant architecture via tree-structured statistical models: The hidden Markov tree models
auteur
J.-B. Durand, Y. Guédon, Y. Caraglio, E. Costes
article
New Phytologist, Wiley, 2005, 166 (3), pp.813-825. 〈10.1111/j.1469-8137.2005.01405.x〉
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titre
A protocol to analyse cellular dynamics during plant development
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Trass
article
Plant Journal, Wiley, 2005, 44 (6), pp.1045-1053. 〈10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x〉
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BibTex
titre
Toward a quantification of self-similarity in plants
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemylaw Prusinkiewicz
article
Fractals, World Scientific Publishing, 2005, 13, pp.91-109. 〈10.1142/S0218348X05002805〉
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Book sections

titre
Plant architecture modelling – virtual plants, dynamic and complex systems
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
article
Turnbull, C. Plant architecture and its manipulation, Blackwell Publishing, pp.238-287, 2005, Annual Plant Reviews
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2004

Journal articles

titre
Computational methods for hidden Markov tree models – An application to wavelet trees.
auteur
Jean-Baptiste Durand, Paulo Goncalvès, Yann Guédon
article
IEEE Transactions on Signal Processing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2004, 52 (9), pp.2551-2560. 〈10.1109/TSP.2004.832006〉
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Directions of work or proceedings

titre
Proceedings of the 4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Montpellier France
auteur
Christophe Godin, Jim Hanan, Winfried Kurth, André Lacointe, A. Takenaka, Premyslaw Prusinkiewicz, Theodore M. Dejong, Christine Beveridge, Bruno Andrieu
article
Godin, Christophe and Hanan, Jim and Kurth, Winfried and Lacointe, André and Takenaka, A. and Prusinkiewicz, Premyslaw and DeJong, Theodore M. and Beveridge, Christine and Andrieu, Bruno. France. UMR AMAP, pp.1-423, 2004
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2003

Journal articles

titre
An edit distance between quotiented trees
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2003, 36, pp.1-39
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2000

Journal articles

titre
A Distance Measure Between Plant Architecture
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2000, 57, pp.445-461. 〈10.1051/forest:2000134〉
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