Christophe Godin

General Informations

chris

Research director at Inria in Plant Modeling and Computer Science

Head of Inria/Cirad/Inra project-team Virtual Plants
Contact :
  • Tel: 33 (0)4 67 14 97 91
  • Email: christophe.godin@inria.fr

Research

Areas of interest

Christophe Godin is a senior researcher at Inria (French institute for computational sciences and mathematics), and is the head of the Inria Virtual Plants team joint with Cirad and Inra. His main research interests are related to computational modeling of plants morphogenesis at scales ranging from cells to whole plants. In the recent years, he has been particularly interested in how to represent, quantify and compress complex plant architectures, in developing models of plants that couple descriptions of plant structure anf function (FSPMs), in models of phyllotaxy and in the various aspects of meristem development at cellular scale including the quantification of meristem and cell geometry from laser imaging, the building of spatio-temporal atlases of meristems, models of hormone transport and regulatory networks, as well as physical models of shape development. His group is developing OpenAleaLab, a software platform dedicated to modeling morphogenesis, making it possible to use and combine various computational paradigms (L-systems, cellular automata, DEVs, tissue rewriting systems, etc.).

Analysis and modeling of plant architecture
  • Measurement and diditizing of plant architecture
  • Analysis and modeling of branching structures
  • Quantification of the notion of physiological state of meristems
  • Multiscale plant geometry and topology
  • Functional-Structural Plant Models (FSPMs)
Virtual Plants: development of mathematical models of plant morphogenesis at different scales
  • 3D meristem reconstruction
  • Models of organ morphogenesis (applied to meristem and carpel development)
  • Models of root and shoot development
  • Integration of stochastic and mechanistic components in models of plant development
Software for plant modeling
  • OpenAlea: a scalable, modular and open software platform for plant modeling and simulation
  • OpenAleaLab: A pluggin multi-paradigms modeling environment for modeling morphogenesis based on OpenAlea

Research themes

  • Morphogenesis
  • Fractal geometry applied to plants
  • Multiscale structures and algorithms
  • Algorithms for tree structures (tree characterization and analysis, comparison, self-similarity, compression)
  • Dynamical systems with dynamical structures: (DS)2
  • Partial differential equations on (DS)2
  • Automata and Languages for (DS)2
  • Models of growing structures and multiscale growing structures
  • Mechanical models of tissue development

Main collaborations

  • Montpellier : UMR LEPSE, UMR AGAP, UMR AMAP, UMR CRBM, UMR BPMP, UMR DIADE, UMR LIRMM, Zenith Inria team.
  • France : UMR RDP – Lyon, UMR PCV Grenoble – UMR PSH Inra Avignon, IJPB Versailles, Inria teams Morpheme, Imagine.
  • Abroad: University of Calgary – Canada, Sainsbury Lab – Cambridge UK, CPIB – Nottingham UK, ETH Zurich -Switzerland, CSIRO Canberra – Australia

Services to the scientific community

Recently:

  • Member of the Board of the Inria Projects Committee of Sophia-Antipolis Méditerranée.
  • Member of scientific committee of Environnement-Agronomy department of INRA
  • Expert for several National and European funding agencies (ANR, BBSRC, Swiss National Science Foundation, etc.).
  • Organizer of national and international scientific events (workshops, training sessions, summer schools, conferences). Member of the international Functional-Structural Plant Models (FSPM) board (organizer and chair of the FSPM04 conference in 2004 – Montpellier , co-chair of FSPM13 in 2013 – Finland).

Teaching

  • Yearly class on Plant computational modeling, Master of Integrated Biology, University of Montpellier.
  • Yearly class on Discrete geometric modeling, Master of Computer Science, University of Montpellier.
  • Yearly co-organization of the Interdisciplinary Spring School for Master/PhD on plant and animal morphogenesis (with P. Lemaire)

Outreaching

  • Class of “Enseignement d’option” in High-school (seconde) on computational programming in biology, Lycée Pompidou, Castelnau-Le-lez. Collab. Marc Beziz.

Selected publications

Publications HAL de christophe, godin

2017

Journal articles

titre
DRACO-STEM: An Automatic Tool to Generate High-Quality 3D Meshes of Shoot Apical Meristem Tissue at Cell Resolution
auteur
Guillaume Cerutti, Olivier Ali, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.353. <10.3389/fpls.2017.00353>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01573521/file/A7240E82-59A1-4A0A-8B53-B6C53DB424AA.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Integrating Physiology and Architecture in Models of Fruit Expansion
auteur
Mikolaj Cieslak, Ibrahim Cheddadi, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Michel Génard, Christophe Godin, Nadia Bertin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, pp.19. <10.3389/fpls.2016.01739>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01400062/file/Cieslak-fpls-2016-07-01739.pdf BibTex
titre
A stochastic multicellular model identifies biological watermarks from disorders in self-organized patterns of phyllotaxis
auteur
Yassin Refahi, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Alain Jean-Marie, Minna Pulkkinen, Teva Vernoux, Christophe Godin
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2016, 71, pp.50. <10.7554/eLife.14093.048>
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https://hal.inria.fr/hal-01390155/file/Refahi2016%20eLife.pdf BibTex
titre
Phyllotaxis: from patterns of organogenesis at the meristem to shoot architecture
auteur
Carlos Galvan-­‐ampudia, Anaïs Chaumeret, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology, Wiley, 2016, 5, pp.460 – 473. <10.1002/wdev.231>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01413095/file/WIRE_Galvan-Ampudia_%26_Chaumeret.pdf BibTex
titre
A multi-scale model of the interplay between cell signalling and hormone transport in specifying the root meristem of Arabidopsis thaliana
auteur
Daniele Muraro, Antoine Larrieu, M. Lucas, J Chopard, H Byrne, Christophe Godin, J King
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 404, pp.182 – 205. <10.1016/j.jtbi.2016.04.036>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01412252/file/Muraro.pdf BibTex
titre
Algorithmic Height Compression of Unordered Trees
auteur
Farah Ben-Naoum, Christophe Godin
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 389, pp.237 – 252. <10.1016/j.jtbi.2015.10.030>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01412215/file/height-tree-compression.pdf BibTex

Conference papers

titre
Reducing algorithm complexity in trees
auteur
Christophe Godin, Frédéric Boudon, Christophe Pradal
article
2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Nov 2016, Qingdao, China. <http://www.fspma2016.net>
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BibTex
titre
How does water flow through the roots
auteur
Yann Boursiac, Ana Maria Velez-Cardona, Maria Monica Calvo-Polanco, Didier Felbacq, Christophe Pradal, Mikaël Lucas, Christophe Godin, Christophe Maurel
article
Gordon Research Conferences “Salt & Water Stress in Plants, From Molecules to Crops”, May 2016, Les Diablerets, Switzerland. 2016
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BibTex
titre
Spatio-temporal registration of 3D microscopy image sequences of Arabidopsis floral meristems
auteur
Gaël Michelin, Yassin Refahi, Raymond Wightman, Henrik Jönsson, Jan Traas, Christophe Godin, Grégoire Malandain
article
ISBI – International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2016, Prague, Czech Republic. Biomedical Imaging (ISBI), 2016 IEEE 13th International Symposium on 2016, <10.1109/ISBI.2015.7163872>
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https://hal.inria.fr/hal-01251151/file/michelin_2016_final.pdf BibTex

Poster communications

titre
Lossy compression of unordered rooted trees
auteur
Romain Azaïs, Jean-Baptiste Durand, Christophe Godin
article
DCC 2016 – Data Compression Conference , Mar 2016, Snowbird, Utah, United States. <10.1109/DCC.2016.73>
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https://hal.inria.fr/hal-01394707/file/dcc2016poster.pdf https://hal.inria.fr/hal-01394707/file/dcc2016abstract.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Approximation of trees by self-nested trees
auteur
Romain Azaïs, Jean-Baptiste Durand, Christophe Godin
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01294013/file/main.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
L’importance capitale du travail de fourmi des chercheurs
auteur
Christophe Godin
article
1024 – Bulletin de la société informatique de France, société informatique de France, 2015, pp.10
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BibTex
titre
A Computational Framework for 3D Mechanical Modeling of Plant Morphogenesis with Cellular Resolution
auteur
Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, Olivier Ali, Benjamin Gilles, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (1), pp.1-16. <10.1371/journal.pcbi.1003950>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01142486/file/boudon-plos-compbiol15.pdf BibTex
titre
Root System Markup Language: toward a unified root architecture description language
auteur
Guillaume Lobet, Michael P. Pound, Julien Diener, Christophe Pradal, Xavier Draye, Christophe Godin, Mathieu Javaux, Daniel Leitner, Félicien Meunier, Philippe Nacry, Tony P. Pridmore, Andrea Schnepf
article
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2015, 167 (3), pp.617-627. <http://www.plantphysiol.org/content/167/3/617.full>. <10.1104/pp.114.253625>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01113767/file/pp.114.253625.1.full.pdf BibTex

Conference papers

titre
3D Tessellation of Plant Tissue A dual optimization approach to cell-level meristem reconstruction from microscopy images
auteur
Guillaume Cerutti, Sophie Ribes, Christophe Godin, Carlos Galvan Ampudia, Teva Vernoux
article
International Conference on 3D Vision, Oct 2015, Lyon, France. <10.1109/3DV.2015.57>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01246580/file/07335513.pdf BibTex
titre
Toward a mechanical model of 3D fruit development
auteur
Ibrahim Cheddadi, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Michel Génard, Nadia Bertin
article
International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management, Jun 2015, Montpellier, France. <http://www.ishs.org/symposium/462>
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BibTex
titre
Cell Pairings for Ascidian Embryo Registration
auteur
Gaël Michelin, Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Patrick Lemaire, Christophe Godin, Grégoire Malandain
article
ISBI – International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2015, New York, United States. Biomedical Imaging (ISBI), 2015 IEEE 12th International Symposium on 2015, <10.1109/ISBI.2015.7163872>
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https://hal.inria.fr/hal-01113166/file/michelin_2015_final_version.pdf BibTex
titre
Meshing Meristems – An Iterative Mesh Optimization Method for Modeling Plant Tissue at Cell Resolution
auteur
Guillaume Cerutti, Christophe Godin
article
BIOIMAGING, Jan 2015, Lisbonne, Portugal. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01100808/file/BIOIMAGING2015.pdf BibTex

Book section

titre
An introduction to modelling flower primordium initiation
auteur
Christophe Godin, Eugenio Azpeitia, Etienne Farcot
article
From Molecules to Living Organisms: An Interplay Between Biology and Physics, 102, 2015, Lecture Notes of the Les Houches School of Physics
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https://hal.inria.fr/hal-01254880/file/ChapMaster.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Lossy compression of unordered rooted trees
auteur
Romain Azaïs, Jean-Baptiste Durand, Christophe Godin
article
2015
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BibTex

2014

Journal articles

temp3.jpg
titre
An Auxin-Mediated Shift toward Growth Isotropy Promotes Organ Formation at the Shoot Meristem in Arabidopsis
auteur
Massimiliano Sassi, Olivier Ali, Frédéric Boudon, Gladys Cloarec, Ursula Abad, Coralie Cellier, Xu Chen, Benjamin Gilles, Pascale Milani, Jìrí Friml, Teva Vernoux, Christophe Godin, Olivier Hamant, Jan Traas
article
Current Biology – CB, Elsevier, 2014, 24 (19), pp.1 – 8. <10.1016/j.cub.2014.08.036>
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https://hal.inria.fr/hal-01074821/file/Sassi2014-2.pdf BibTex
titre
Physical Models of Plant Development
auteur
Olivier Ali, Vincent Mirabet, Christophe Godin, Jan Traas
article
Annual Review of Cell and Developmental Biology, Annual Reviews, 2014, 30 (1), pp.8. <10.1146/annurev-cellbio-101512-122410>
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BibTex
titre
In vivo quantitative NMR imaging of fruit tissues during growth using Spoiled Gradient Echo sequence
auteur
Samir Kenouche, Marine Perrier, Nadia Bertin, Joulia Larionova, Abderrahmanne Ayadi, Michel Zanca, Jérôme Long, Nacer Bezzi, Paul C. Stein, Yannick Guari, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Christophe Goze-Bac
article
Magnetic Resonance Imaging, Elsevier, 2014, pp.1418-1427. <10.1016/j.mri.2014.08.005>
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BibTex
titre
Quantitative assessment of automatic reconstructions of branching systems obtained from laser scanning.
auteur
Frédéric Boudon, Chakkrit Preuksakarn, Pascal Ferraro, Julien Diener, Philippe Nacry, Eero Nikinmaa, Christophe Godin
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, epub ahead of print. <10.1093/aob/mcu062>
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BibTex
titre
Functional – structural plant models: a growing paradigm for plant studies
auteur
Risto Sievänen, Christophe Godin, Ted De Jong, Eero Nikinmaa
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, pp.599-603. <10.1093/aob/mcu175>
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https://hal.inria.fr/hal-01075790/file/2059DC78-27E0-4D86-8415-13B6C33FB095.pdf BibTex
titre
Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis
auteur
Fabrice Besnard, Yassin Refahi, Valérie Morin, Benjamin Marteaux, Géraldine Brunoud, Pierre Chambrier, Frédérique Rozier, Vincent Mirabet, Jonathan Legrand, Stéphanie Lainé, Emmanuel Thévenon, Etienne Farcot, Coralie Cellier, Pradeep Das, Anthony Bishopp, Renaud Dumas, François Parcy, Ykä Helariutta, Arezki Boudaoud, Christophe Godin, Jan Traas, Yann Guédon, Teva Vernoux
article
Nature, Nature Publishing Group, 2014, 505 (7483), pp.417-421. <http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature12791.html>. <10.1038/nature12791>
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BibTex
titre
Systems analysis of auxin transport in the Arabidopsis root apex
auteur
Leah R. Band, Darren M. Wells, John A. Fozard, Teodor Ghetiu, Andrew P. French, Michael P. Pound, Michael H. Wilson, Lei Yu, Wenda Li, Hussein I. Hijazi, Jaesung Oh, Simon P. Pearce, Miguel A. Perez-Amador, Jeonga Yun, Eric Kramer, Jose M. Alonso, Christophe Godin, Teva Vernoux, T. Charlie Hodgman, Tony P. Pridmore, Ranjan Swarup, John R. King, Malcolm J. Bennett
article
Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2014, 26 (3), pp.862-875. <10.1105/tpc.113.119495>
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BibTex
titre
NMR investigation of functionalized magnetic nanoparticles Fe3O4 asT1–T2contrast agents
auteur
Samir Kenouche, Joulia Larionova, Nacer Bezzi, Yannick Guari, Nadia Bertin, Michel Zanca, Lénaic Lartigue, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Gil Morrot, Christophe Goze-Bac
article
Powder Technology, Elsevier, 2014, 255, pp.60-65. <10.1016/j.powtec.2013.07.038>
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BibTex
titre
Integration of hormonal signaling networks and mobile microRNAs is required for vascular patterning in Arabidopsis roots
auteur
Daniele Muraro, Nathan Mellor, Michael P. Pound, Hanna Help, Mikaël Lucas, Jérôme Chopard, Helen M. Byrne, Christophe Godin, T. Charlie Hodgman, John R. King, Tony P. Pridmore, Ykä Helariutta, Malcolm J. Bennett, Anthony Bishopp
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2014, 111 (2), pp.857-862. <10.1073/pnas.1221766111>
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https://hal.inria.fr/hal-00941028/file/Muraro14.pdf BibTex

Conference papers

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titre
Combining Finite Element Method and L-Systems Using Natural Information Flow Propagation to Simulate Growing Dynamical Systems
auteur
Jean-Philippe Bernard, Benjamin Gilles, Christophe Godin
article
Adrian-Horia Dediu, Manuel Lozano, Carlos Martin-Vide. Theory and Practice of Natural Computing, Dec 2014, Granada, Spain. Springer, 8890, pp.218 – 230, 2014, Proceedings of Theory and Practice of Natural Computing 2014. <grammars.grlmc.com/tpnc2014/>. <10.1007/978-3-319-13749-0_19>
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https://hal.inria.fr/hal-01096602/file/article_FEM_Lsystems.pdf BibTex
titre
Spatio-temporal registration of embryo images
auteur
Léo Guignard, Christophe Godin, Ulla-Maj Fiuza, Lars Hufnagel, Patrick Lemaire, Grégoire Malandain
article
ISBI – International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, Pekin, China. IEEE, 2014
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https://hal.inria.fr/hal-00919142/file/Article_Leo.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
NMR investigation of functionnalized magnetic nanoparticles Fe3O4 as T1-T2 contrast agents
auteur
Samir Kenouche, Joulia Larionova, Nacer Bezzi, Yannick Guari, Nadia Bertin, Michel Zanca, Lenaïc Lartigue, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Gil Morrot, Christophe Goze-Bac
article
Powder Technology, Elsevier, 2013, pp.60-65. <10.1016/j.powtec.2013.07.038>
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BibTex
titre
Lateral root morphogenesis is dependent on the mechanical properties of the overlaying tissues
auteur
Mikaël Lucas, Kim Kenobi, Daniel Von Wangenheim, Ute Voß, Kamal Swarup, Ive De Smet, Daniël Van Damme, Tara Lawrence, Benjamin Péret, Eric Moscardi, Daniel Barbeau, Christophe Godin, David Salt, Soazig Guyomarc’H, Ernst H K Stelzer, Alexis Maizel, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (13), pp.5229-34. <10.1073/pnas.1210807110>
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BibTex
titre
Du jardin au modèle informatique : la phyllotaxie
auteur
Christophe Godin, Joanna Jongwane
article
Interstices, INRIA, 2013, <https://interstices.info/jcms/int_65132/du-jardin-au-modele-informatique-la-phyllotaxie>
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BibTex
walker13.png
titre
The Flux-Based PIN Allocation Mechanism Can Generate Either Canalyzed or Diffuse Distribution Patterns Depending on Geometry and Boundary Conditions
auteur
Michael L. Walker, Etienne Farcot, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.1-16. <http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0054802>. <10.1371/journal.pone.0054802>
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https://hal.inria.fr/hal-00850845/file/jwalker13.pdf BibTex
titre
Pattern identification and characterization reveal permutations of organs as a key genetically controlled property of post-meristematic phyllotaxis
auteur
Yann Guédon, Yassin Refahi, Fabrice Besnard, Etienne Farcot, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2013, 338, pp.94-110. <10.1016/j.jtbi.2013.07.026>
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BibTex

Conference papers

pradal13.jpg
titre
OpenAlea 2.0: Architecture of an integrated modeling environment on the web
auteur
Christophe Pradal, Julien Coste, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
article
Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.213, 2013, Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models. <http://www.metal.fi/fspm2013/proceedings>
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https://hal.inria.fr/hal-00850931/file/PradalCosteBoudonFournierGodin2013.pdf BibTex
cieslak13.jpg
titre
Integrating architecture and physiological perspectives in fruit development
auteur
Mikolaj Cieslak, M. Génard, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Christophe Godin, Nadia Bertin
article
Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.127-130, 2013, Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models. <http://www.metal.fi/fspm2013/proceedings>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00850801/file/CieslakGenardBoudonBaldazziGodinBertin2013.pdf BibTex
balduzzi13.jpg
titre
Optimal 3D reconstruction of plants canopy from terrestrial laser scanner data by fusion of the 3D point information and the intensity value
auteur
Mathilde Balduzzi, Frédéric Boudon, Christophe Godin
article
Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.58-60, 2013, Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models. <http://www.metal.fi/fspm2013/proceedings>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00850793/file/BalduzziBoudonGodin2013.pdf BibTex
boudon13.jpg
titre
Quantitative assessment of automatic reconstructions of branching systems
auteur
Frédéric Boudon, Chakkrit Preuksakarn, Pascal Ferraro, Julien Diener, Ekko Nikinmaa, Christophe Godin
article
Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.64-66, 2013, Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models. <http://www.metal.fi/fspm2013/proceedings>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00850796/file/BoudonPreuksakarnFerraroDienierNikinmaaGodin2013.pdf BibTex
diener13.jpg
titre
An automated image-processing pipeline for high-throughput analysis of root architecture in OpenAlea
auteur
Julien Diener, Phillipe Nacry, Christophe Périn, Anne Diévart, Xavier Draye, Frédéric Boudon, Alain Gojon, Bertrand Muller, Christophe Pradal, Christophe Godin
article
Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.85-87, 2013, <http://www.metal.fi/fspm2013/proceedings>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00850814/file/DienierNacryPerinDievartDrayeBoundonGaujonGodin2013.pdf BibTex

Poster communications

titre
OpenAlea 2.0: Architecture of an integrated modeling environment on the web
auteur
Christophe Pradal, Julien Coste, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
article
7. International Conference on Functional Structure Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. Finnish Society of Forest Science, 2013
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BibTex

Reports

titre
Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
auteur
Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger, Christophe Godin, Clarisse Holik, Claude Kirchner, Diane Rives, Elodie Darquie, Erwan Kerrien, Fabrice Neyret, Florent Masseglia, Florian Dufour, Gérard Berry, Gilles Dowek, Hélène Robak, Hélène Xypas, Irina Illina, Isabelle Gnaedig, Joanna Jongwane, Jocelyne Ehrel, Laurent Viennot, Laure Guion, Lisette Calderan, Lola Kovacic, Marie Collin, Marie-Agnès Enard, Marie-Hélène Comte, Martin Quinson, Martine Olivi, Mathieu Giraud, Mathilde Dorémus, Mia Ogouchi, Muriel Droin, Nathalie Lacaux, Nicolas Rougier, Nicolas Roussel, Pascal Guitton, Pierre Peterlongo, Rose-Marie Cornus, Simon Vandermeersch, Sophie Maheo, Sylvain Lefebvre, Sylvie Boldo, Thierry Viéville, Véronique Poirel, Aline Chabreuil, Arnaud Fischer, Claude Farge, Claude Vadel, Isabelle Astic, Jean-Pierre Dumont, Loic Féjoz, Patrick Rambert, Pierre Paradinas, Sophie De Quatrebarbes, Stéphane Laurent
article
[Interne] none. 2013, pp.34
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BibTex

2012

Journal articles

boudon12.jpg
titre
L-Py: an L-system simulation framework for modeling plant architecture development based on a dynamic language
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Pradal, Thomas Cokelaer, Przemyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2012, 3 (76), doi: 10.3389/fpls.2012.00076. <10.3389/fpls.2012.00076>
Accès au texte intégral et bibtex
http://hal.cirad.fr/cirad-00703085/file/Boudon12.pdf BibTex
Gaucherel12.png
titre
Understanding patchy landscape dynamics: Towards a landscape language
auteur
Cédric Gaucherel, Frédéric Boudon, Thomas Houet, Mathieu Castets, Christophe Godin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (9), pp.16. <10.1371/journal.pone.0046064>
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00750971/file/Gaucherel_al-PONE.pdf BibTex
titre
Systems analysis of shoot apical meristem growth and development: integrating hormonal and mechanical signaling
auteur
James Murray, Angharad Jones, Christophe Godin, Jan Traas
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2012, <10.1105/tpc.112.102194>
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titre
Multiscale systems analysis of root growth and development: modeling beyond the network and cellular scales
auteur
Leach R. Band, John A. Fozard, Christophe Godin, Olivier E. Jensen, Tony Pridmore, Malcolm Bennett, John King
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2012, 14 (10), pp.3892-3906. <10.1105/tpc.112.101550>
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Louarm12.png
titre
Simple envelope-based reconstruction methods can infer light partitioning among individual plants in sparse and dense herbaceous canopies
auteur
Gaëtan Louarn, David Da Silva, Christophe Godin, Didier Combes
article
Agricultural and Forest Meteorology, Elsevier Masson, 2012, 166-167, pp.98-112. <10.1016/j.agrformet.2012.06.014>
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https://hal.inria.fr/hal-00828848/file/AGRFORMET-S-12-00175_1_.pdf BibTex
dasilvaafsall.png
titre
Modeling of light transmission under heterogeneous forest canopy: an appraisal of the effect of the precision level of crown description
auteur
David Da Silva, Philippe Balandier, Frédéric Boudon, André Marquier, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2012, 69 (2), pp.181-193. <10.1007/s13595-011-0139-2>
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https://hal.inria.fr/hal-00828845/file/DaSilva_et_al_AFS.pdf BibTex

Conference papers

titre
NMR investigations of functionalized magnetic nanoparticles Fe3O4 as T1 – T2 contrast agents
auteur
Samir Kenouche, Joulia Larionova, Nacer Bezzi, Yannick Guari, Nadia Bertin, Michel Zanca, Lénaic Lartigue, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Gil Morrot, Christophe Goze-Bac
article
7ème colloque Science et Technologie des poudres, Jul 2012, France. pp.33, 2012
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BibTex
CieslakSCA.png
titre
Generating 3D volumetric meshes of internal and external fruit structure
auteur
Mikolaj Cieslak, Frédéric Boudon, Samir Kenouche, Michel Zanca, Christophe Goze-Bac, Michel Génard, Christophe Godin, Nadia Bertin
article
HortiModel2012 — Models for Plant Growth, Environmental Control and Farm Management in Protected Cultivation. Acta Horticulturae., 2012, Nanjing, China. International Society for Horticultural Science, 978-90-66055-15-5, 957, 2012, Acta Horticulturae
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https://hal.inria.fr/hal-00828843/file/7-Cieslak-Mikolaj-poster-Generating3DStructure.pdf BibTex

Other publications

titre
Final Report of the ModSysC2020 Working Group – Data, Models and Theories for Complex Systems: new challenges and opportunities
auteur
Patrick Valduriez, Nicolas Arnaud, François Briand, Olivier Gascuel, Olivier Gimenez, Christophe Godin, Hervé Jourde, Pascal Kosuth, Pascal Neveu, Esther Pacitti, Andrea Parmeggiani
article
2012, pp.35
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00749078/file/ModSiCS2020_Rapport_Final_-_30_janvier_2012.pdf BibTex

Poster communications

header.png
titre
RSA extraction from 2D images for processing high-throughput data
auteur
Julien Diener, Philippe Nacry, Bertrand Muller, Anne Diévart, Yann Guédon, Christophe Godin
article
CSHL: Automated Imaging & High-Throughput Phenotyping, Apr 2012, Cold Spring Harbor, United States. 2012
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Reports

titre
Final Report of the ModSysC2020 Working Group – Data, Models and Theories for Complex Systems: new challenges and opportunities
auteur
Patrick Valduriez, Nicolas Arnaud, François Briand, Olivier Gascuel, Olivier Gimenez, Christophe Godin, Hervé Jourde, Pascal Kosuth, Pascal Neveu, Esther Pacitti, Andrea Parmeggiani
article
[Intern report] LIRMM. 2012, 35 p
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2011

Journal articles

titre
A novel profile based model for virtual representation of quasi-symmetric plant organs
auteur
H. K. Mebatsion, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, M. Genard, Christophe Goze-Bac, N. Bertin
article
Computers and Electronics in Agriculture, Elsevier, 2011, 75, pp.113-124. <10.1016/j.compag.2010.10.006>
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titre
A data-driven integrative model of sepal primordium polarity in Arabidopsis
auteur
Camillo La Rota, Jérôme Chopard, Pradeep Das, Sandrine Paindavoine, Frédérique Rozier, Etienne Farcot, Christophe Godin, Jan Traas, Françoise Monéger
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2011, 23 (12), pp.4318-433. <10.1105/tpc.111.092619>
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titre
How young trees cope with the removal of whole or part of shoots: an analysis of local and distant responses to pruning in 1-year-old apple (Malus × domestica; Rosaceae) trees
auteur
Damien Fumey, Pierre-Eric Lauri, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
article
American Journal of Botany, Botanical Society of America, 2011, 98 (11), pp.1737–1751. <10.3732/ajb.1000231>
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imagette2.png
titre
The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex
auteur
Teva Vernoux, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Valérie Morin, Hilde Daele, Jonathan Legrand, Marina Oliva, Pradeep Das, Antoine Larrieu, Darren Wells, Yann Guédon, Lynne Armitage, Franck Picard, Soazig Guyomarch, Coralie Cellier, Geraint Parry, Rachil Koumproglou, John H. Doonan, Mark Estelle, Christophe Godin, Stefan Kepinski, Malcolm Bennett, Lieven Veylder, Jan Traas
article
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2011, 7 (508), <10.1038/msb.2011.39>
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https://hal.inria.fr/hal-00828880/file/msb201139.pdf BibTex

Conference papers

fibonacci_delay.png
titre
Scientific workflow for reusing plant/FSPM models
auteur
Jérôme Chopard, Christophe Pradal, Daniel Barbeau, Thomas Cokelaer, Christophe Godin
article
Chan, F. and Marinova, D. and Anderssen, R.S. MODSIM2011. 19th International Congress on Modelling and Simulation, Dec 2011, Perth, Australia. pp.968-974, 2011, MODSIM2011. 19th International Congress on Modelling and Simulation
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https://hal.inria.fr/hal-00790635/file/MODSIM11_openalea.pdf BibTex
titre
Effects of pruning on the apple tree: from tree architecture to modeling
auteur
Damien Fumey, Pierre-Eric Lauri, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
article
9. International Symposium ISHS Acta Horticulturae, Aug 2011, Geneva, United States. ISHS – International Society for Horticultural Science, 903, pp.597-602, 2011, Acta Horticulturae
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titre
A combinatorial model of phyllotaxis perturbations in [i]Arabidopsis thaliana[/i]
auteur
Yassin Refahi, Etienne Farcot, Yann Guédon, Fabrice Besnard, Teva Vernoux, Christophe Godin
article
22. Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2011), Jun 2011, Palerme, Italy. Springer-Verlag, 6661, 480 p., 2011, Lecture Notes in Computer Science
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BibTex
titre
Towards a 3D virtual fruit model integrating fruit architecture and physiology
auteur
Mikolaj Cieslak, Michel Génard, Samir Kenouche, Christophe Goze-Bac, Christophe Godin, Nadia Bertin
article
9. International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management, Jun 2011, Saint-Jean-sur-Richelieu, Canada. International Society for Horticultural Science (ISHS), 1068, 2015, Acta Horticulturae. <10.17660/ActaHortic.2015.1068.6>
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imagette_cpm11.png
titre
A Combinatorial Model of Phyllotaxis Perturbations in Arabidopsis thaliana
auteur
Yassin Refahi, Etienne Farcot, Yann Guédon, Fabrice Besnard, Teva Vernoux, Christophe Godin
article
22nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Palermo, Italy, 2011, Palermo, Italy. 6661, pp.323–335, 2011, Lecture Notes in Computer Science – LNCS
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https://hal.inria.fr/hal-00828852/file/cpm2011_refahi.pdf BibTex
titre
Towards a 3D virtual fruit model integrating fruit architecture and physiology
auteur
Mikolaj Cieslak, Michel Génard, Samir Kenouche, Christophe Goze-Bac, Christophe Godin, Nadia Bertin
article
9th International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management, 2011, Saint-Jean-sur-Richelieu, Canada. 2011
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2010

Journal articles

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titre
Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
auteur
Christophe Godin, Pascal Ferraro
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (4), pp.688–703
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00365885/file/IEEE_TCBB.pdf BibTex
titre
Du gène à la fleur
auteur
Christophe Godin, Jan Traas
article
Les Cahiers de l’INRIA – La Recherche, INRIA, 2010, Les 10 découvertes de l’année
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https://hal.inria.fr/inria-00511497/file/inria-n437-janv10.pdf BibTex
titre
Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.
auteur
R. Fernandez, Pradeep Das, V. Mirabet, E. Moscardi, Jan Traas, J.-L. Verdeil, Grégoire Malandain, Christophe Godin
article
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2010, pp.547-553
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BibTex
titre
Quantifying the degree of self-nestedness of trees: application to the structural analysis of plants
auteur
Christophe Godin, Pascal Ferraro
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (4), pp.688-703. <10.1109/tcbb.2009.29>
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BibTex

Conference papers

titre
Genetic Study on Several Mechanical Properties of the Wood of Coffea arabica and Coffea canephora Coffee Trees
auteur
Christian Cilas, Christophe Godin, Benoit Bertrand, Christophe Montagnon, Henri Baillères
article
International Conference on Coffee Science, Oct 2010, Bali, Indonesia. ASIC, pp.638-642, 2010, 23rd International Conference on Coffee Science. <http://www.asic-cafe.org/fr/proceedings/3592/toc>
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BibTex
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titre
Reconstructing Plant Architecture from 3D Laser scanner data
auteur
Chakkrit Preuksakarn, Frédéric Boudon, Pascal Ferraro, Jean-Baptiste Durand, Ekko Nikinmaa, Christophe Godin
article
6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. pp.12–17, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00490064/file/Laser-FSPM10-final.pdf BibTex
titre
Lossy compression of plant architectures
auteur
Anne-Laure Gaillard, Pascal Ferraro, Frédéric Boudon, Christophe Godin
article
6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. pp.10–13, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00490061/file/fspm2010.3.pdf BibTex
walnut.png
titre
Lossy compression of tree architectures
auteur
Anne-Laure Gaillard, Pascal Ferraro, Frédéric Boudon, Christophe Godin
article
DeJong, Theodore and Da Silva, David. 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.12-15, 2010
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https://hal.inria.fr/hal-00831783/file/gaillard-fspm.pdf BibTex
titre
Towards a quantitative assessment of architectures for FSPM
auteur
Wojciech Palubicki, Christophe Godin, Premyslaw Prusinkiewicz
article
DeJong, Theodore and Da Silva, David. 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.7-9, 2010
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BibTex
aPhyl.jpg
titre
Analyzing perturbations in phyllotaxis of Arabidopsis thaliana
auteur
Yassin Refahi, Yann Guédon, Fabrice Besnard, Etienne Farcot, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
DeJong, Theodore and Da Silva, David. 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.185-187, 2010
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https://hal.inria.fr/hal-00831773/file/Refahi_FSPM2010.pdf BibTex
titre
The role of mechanics in morphogenesis
auteur
Jérôme Chopard, Christophe Godin
article
DeJong, Theodore and Da Silva, David. 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.135-137, 2010
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BibTex
titre
Modeling Strategies Using Visual Programming in OpenAlea
auteur
Christophe Pradal, Thomas Cokelaer, Daniel Barbeau, Eric Moscardi, Jérôme Chopard, Christophe Godin
article
DeJong, Theodore and Da Silva, David. 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.101-103, 2010
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BibTex
titre
Reconstruction methods to estimate light partitioning among individual plants in crowded canopies
auteur
Gaëtan Louarn, Didier Combes, David Da Silva, Christophe Godin
article
DeJong, Theodore and Da Silva, David. 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.67-69, 2010
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BibTex
ide.png
titre
L-Py, an open L-systems framework in Python
auteur
Frédéric Boudon, Thomas Cokelaer, Christophe Pradal, Christophe Godin
article
DeJong, Theodore and Da Silva, David. 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.116-119, 2010
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https://hal.inria.fr/hal-00831780/file/boudon-fspm.pdf BibTex
titre
Competition-based Model of Pruning: Applications to Apple Trees
auteur
Thomas Cokelaer, Damien Fumey, Yann Guédon, Evelyne Costes, Christophe Godin
article
DeJong, Theodore and Da Silva, David. 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.87-89, 2010
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https://hal.inria.fr/hal-00831776/file/Cokelaer_FSPM2010.pdf BibTex

Documents associated with scientific events

mapplet4.png
titre
Introduction to OpenAlea, a platform for plant modeling
auteur
Thomas Cokelaer, Christophe Pradal, Christophe Godin
article
28th International Horticultural Congress, 2010, Lisbon, Portugal. 2010
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https://hal.inria.fr/hal-00831779/file/talk.pdf BibTex

2009

Journal articles

x-palmtree.png
titre
Structure from silhouettes: a new paradigm for fast sketch-based design of trees
auteur
Jamie Wither, Frédéric Boudon, Marie-Paule Cani, Christophe Godin
article
Computer Graphics Forum, Wiley, 2009, 28 (2), pp.541-550. <10.1111/j.1467-8659.2009.01394.x>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00366289/file/tree_sketching.pdf BibTex
fig18c-shadow-uniform-all.png
titre
PlantGL: A Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales
auteur
Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Jérôme Chopard, Christophe Godin
article
Graphical Models, Elsevier, 2009, 71 (1), 1–21, posted-at = 2008-11-04 14:10:07. <10.1016/j.gmod.2008.10.001>
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https://hal.inria.fr/hal-00850782/file/plantgl.pdf BibTex

Conference papers

melgueil_3.png
titre
Efficient and robust reconstruction of botanical branching structure from laser scanned points
auteur
Dong-Ming Yan, Julien Wintz, Bernard Mourrain, Wenping Wang, Frédéric Boudon, Christophe Godin
article
D. Thaimann. CAD/Graphics 2009, Aug 2009, Yellow Mountain City, China. IEEE Press, pp.572-575, 2009
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https://hal.inria.fr/inria-00436480/file/main.pdf BibTex
titre
Sharing efforts for modelling plant systems: from publications to reusable software components
auteur
Christian Fournier, Christophe Pradal, Michael Chelle, Frédéric Boudon, Gaëtan Louarn, Corinne Robert, Didier Combes, Thomas Cokelaer, Jessica Bertheloot, Kai Ma, Sébastien Saint-Jean, Alban Verdenal, Abraham Escobar-Gutierrez, Bruno Andrieu, Christophe Godin
article
Comparative Biochemistry and Physiology – Part A: Molecular& Integrative Physiology, 2009, Glasgow, United Kingdom. Elsevier, 153, pp.S222, 2009, Abstracts of the Annual Main Meeting of the Society of Experimental Biology. <10.1016/j.cbpa.2009.04.549>
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BibTex

Reports

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titre
Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
auteur
Christophe Godin, Pascal Ferraro
article
[Research Report] RR-6800, INRIA. 2009, pp.42
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https://hal.inria.fr/inria-00353645/file/RR-6800.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Modéliser les plantes et leurs utilisations
auteur
Fabien Campillo, Christophe Godin, Alain Rapaport
article
LISA (Sophia-Antipolis), Inria, 2008, n.p
Accès au bibtex
BibTex
mappleT.png
titre
MAppleT: simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models
auteur
Evelyne Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Premyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35 (10), pp.936-950
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https://hal.inria.fr/hal-00831809/file/preprint_MAppleT_FPB08.pdf BibTex
caribu.png
titre
OpenAlea: A visual programming and component-based software platform for plant modeling
auteur
Christophe Pradal, Samuel Dufour-Kowalski, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35 (10), pp.751-760. <10.1071/FP08084>
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https://hal.inria.fr/hal-00831811/file/openalea_paper.pdf BibTex
01_scenarii.jpg
titre
Multiscale Framework for Modeling and Analyzing Light Interception by Trees
auteur
David Da Silva, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
Multiscale Modeling and Simulation, SIAM, 2008, 7 (2), pp.910-933. <10.1137/08071394X>
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https://hal.inria.fr/hal-00831810/file/ms_framework.pdf BibTex
titre
Flux based transport enhancement as a plausible unifying mechanism for Auxin transport in meristem development
auteur
Szymon Stoma, M. Lucas, Jérôme Chopard, Marianne Schaedel, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2008, 4 (10), pp.1000207. <10.1371/journal.pcbi.1000207>
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BibTex
min_maxauxin_coude.jpg
titre
Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation
auteur
Mikaël Lucas, Christophe Godin, Christian Jay-Allemand, Laurent Laplaze
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 59 (1), pp.55-66
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00831806/file/Auxin_fluxes.pdf BibTex
PLoSOne.png
titre
An auxin transport-based model of root branching in Arabidopsis thaliana
auteur
Mikaël Lucas, Yann Guédon, Christian Jay-Allemand, Christophe Godin, Laurent Laplaze
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2008, 3 (11), <10.1371/journal.pone.0003673>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00831804/file/PLoSONElucasGuedonJayAllemandGodinLaplaze2008.pdf BibTex

Conference papers

Illu01.png
titre
Effects of pruning on the apple tree: from tree architecture to modeling
auteur
Damien Fumey, Pierre-Eric Lauri, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
article
9th International Symposium on Integrating Canopy, Rootstock and Environmental Physiology in Orchard Systems, 2008, Geneva, New York, United States. 2008
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https://hal.inria.fr/hal-00838833/file/Fumey_et_al_ISHS_2008.pdf BibTex

Other publications

titre
Modéliser les plantes et leurs utilisations
auteur
Fabien Campillo, Christophe Godin
article
LISA (Lettre de l’INRIA Sophia Antipolis). 2008, n.p
Accès au bibtex
BibTex

2007

Conference papers

openalealogo.png
titre
OpenAlea: An open-source platform for the integration of heterogeneous FSPM components
auteur
Samuel Dufour-Kowalski, Christophe Pradal, Nicolas Dones, Pierre Barbier de Reuille, Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, David Da Silva, Jean-Baptiste Durand, Pascal Ferraro, Christian Fournier, Yann Guédon, Aïda Ouangraoua, Colin Smith, Szymon Stoma, Frédéric Théveny, Hervé Sinoquet, Christophe Godin
article
FSPM07 – 5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp.P36:1-2, 2007
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https://hal.inria.fr/hal-00831824/file/openalea-abstractfspm.pdf BibTex
godinfspm.png
titre
Self-similar Analysis of Plant Architecture Reveals Hierarchical Classes of Meristem States
auteur
Christophe Godin, Pascal Ferraro
article
5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp.481–484, 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00306626/file/selfsimilarity.pdf BibTex
smithfspm.png
titre
Simulation of apple tree development using mixed statistical and biomechanical models
auteur
Colin Smith, Christophe Godin, Yann Guédon, Premyslaw Prusinkiewicz, Evelyne Costes
article
5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.31, 1–4, 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00831828/file/smithfspm.pdf BibTex
lucasfspm.png
titre
Modeling auxin fluxes and Arabidopsis root ramification at different scales
auteur
Mikaël Lucas, Laurent Laplaze, Christian Jay-Allemand, Christophe Godin
article
5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.11, 1–3, 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00831821/file/lucasfspm.pdf BibTex
titre
Towards a formal expression of morphogenesis: a mechanics based integration of cell growth at tissue scale
auteur
Jérôme Chopard, Christophe Godin, Jan Traas
article
Crook, Nigel and olde Scheper, Tjeerd. Proceedings of the 7th International Workshop on Information Processing in Cells and Tissues, 2007, Oxford, United Kingdom. librix.eu, pp.387-399, 2007
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BibTex
stoma.png
titre
Using mechanics in the modelling of meristem morphogenesis
auteur
Szymon Stoma, Jérôme Chopard, Christophe Godin, Jan Traas
article
5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.52, 1–4, 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00831832/file/stomafspm.pdf BibTex
fonfreyde3_directNdiffu.png
titre
Modeling of light transmission under heterogeneous forest canopy: model description and validation
auteur
David Da Silva, Philippe Balandier, Frédéric Boudon, André Marquier, Christophe Pradal, Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.58, 1–4, 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00831822/file/DBBMPGS07.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
Modeling of light transmission under heterogeneous forest canopy: model description and validation
auteur
David Da Silva, Philippe Balandier, Frédéric Boudon, André Marquier, Christophe Pradal, Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
5. International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.58, 2007
Accès au bibtex
BibTex
titre
OpenAlea: an open-source platform for the integration of heterogeneous FSPM components
auteur
Samuel Dufour-Kowalski, Christophoe Pradal, Nicolas Dones, Pierre Barbier de Reuille, Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, David Dasilva, Jean-Baptiste Durand, Pascal Ferraro, Christian Fournier, Yann Guédon, Aïda Ouangraoua, Colin Smith, Szymon Stoma, Frédéric Théveny, Hervé Sinoquet, Christophe Godin
article
5. International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.36, 2007
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BibTex

Reports

fig18c-shadow-uniform-all.png
titre
PlantGL : a Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales
auteur
Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Jérôme Chopard, Christophe Godin
article
[Research Report] RR-6367, INRIA. 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00191126/file/RR-6367.pdf BibTex

2006

Journal articles

titre
Des plantes virtuelles pour comprendre les plantes réelles
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
article
Dossier pour la Science, 2006, 52, pp.76-81
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titre
Computer simulations reveal novel properties of the cell-cell signaling network at the shoot apex in /Arabidopsis
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Karen Ljung, Halima Morin, Nicola Carraro, Christophe Godin, Jan Traas
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2006, 103 (5), p. 1627-1632. <10.1073/pnas.0510130103>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00023247/file/barbier06_preprint.pdf BibTex
titre
Definition of Architectural Ideotypes for Good Yield Capacity in Coffea canephora
auteur
C. Cilas, Avner Bar-Hen, C. Montagnon, Christophe Godin
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, 97 (3), pp.405-411. <10.1093/aob/mcj053>
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titre
Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet
article
Fractals, World Scientific Publishing, 2006, 14 (3), pp.149-163. <10.1142/S0218348X06003179>
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titre
Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet
article
Fractals, World Scientific Publishing, 2006, 14 (3), pp.149-163
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titre
Des plantes virtuelles pour comprendre les plantes réelles
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
article
Pour la science, Paris : E. Belin, 2006
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titre
Similarities and gradients in growth unit branching patterns during ontogeny in “Fuji” apple trees: a stochastic approach
auteur
M. Renton, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, 57 (2), pp.3131-3143
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titre
La modélisation comme outils d’analyse pour la biologie du développement
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Traas
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2006, 22 (10), pp.814-816. <10.1051/medsci/20062210814>
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titre
Genetic study on the physical properties of Coffea arabica L. wood
auteur
C. Cilas, Christophe Godin, B. Bertrand, H. Baillères
article
Trees – Structure and Function, Springer Verlag, 2006, 20 (5), pp.587-592. <10.1007/s00468-006-0073-3>
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thierry06.jpg
titre
Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
auteur
Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2006, 6, pp.103-107
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https://hal.inria.fr/hal-00830064/file/thierry06.pdf BibTex
titre
Modelling of biological complex systems in the context of genomics. An account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
auteur
Alain R. Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Victor Norris, Vincent Schächter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2006, 6, pp.103–107
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Conference papers

titre
OpenAlea : a platform for plant modelling, analysis and simulation
auteur
Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Nicolas Dones, Jean-Baptiste Durand, Pierre Barbier de Reuille, Christian Fournier, Hervé Sinoquet, Christophe Godin
article
Python Conference Europython, 2006, Genève, Switzerland. 16 p., 2006
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BibTex
peach_Lightbox20.png
titre
A Critical Appraisal of the Box Counting Method to Assess the Fractal Dimension of Tree Crowns
auteur
David Da Silva, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Olivier Puech, Colin Smith, Hervé Sinoquet
article
G. Bebis et al. Second International Symposium, ISVC 2006, 2006, France. Springer, pp.751-760, 2006, Lecture Notes in Computer Sciences, vol. 4291
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00120795/file/Proceedings_of_ISVC_2006.pdf BibTex
image_Acta06.jpg
titre
Integrating markov chain models and L-systems to simulate the architectural development of apple trees
auteur
M. Renton, Evelyne Costes, Christophe Godin, Yann Guédon
article
Braun, P. 7th International Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard,, 2006, France. ISHS, pp.63-70, 2006, Acta Horticulturae, vol. 707
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Reports

survey.jpg
titre
Survey on Computer Representations of Trees for Realistic and Efficient Rendering
auteur
Frédéric Boudon, Alexandre Meyer, Christophe Godin
article
[Research Report] 2301, LIRIS UMR CNRS 5205. 2006
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https://hal.inria.fr/hal-00830069/file/LIRIS-RR-2006-003.pdf BibTex

2005

Journal articles

titre
Modéliser le vivant : créer des plantes virtuelles pour comprendre, simuler, tester
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
article
Interstices, INRIA, 2005
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BibTex
ferraro05.jpg
titre
Toward a quantification of self-similarity in plants
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemylaw Prusinkiewicz
article
Fractals, World Scientific Publishing, 2005, 13, pp.91-109. <10.1142/S0218348X05002805>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307402/file/view.pdf BibTex
titre
Functional-Structural Plant modelling
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
New Phytologist, Wiley, 2005, 166 (3), pp.705-708. <10.1111/j.1469-8137.2005.01445.x>
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BibTex
titre
Foliage randomness and light interception in 3D digitized trees:an analysis of 3D discretization of the canopy
auteur
Hervé Sinoquet, Gabriela Sonohat, Jessada Phattaralerphong, Christophe Godin
article
Plant, Cell and Environment, Wiley, 2005, 29, pp.1158-1170. <10.1111/j.1365-3040.2005.01353.x>
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BibTex
titre
A protocol to analyse cellular dynamics during plant development
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Trass
article
Plant Journal, Wiley, 2005, 44 (6), pp.1045-1053. <10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x>
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Book section

titre
Plant architecture modelling. Virtual plants and complex systems
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
article
Plant architecture and its manipulation, 17, CRC Press, 2005, Annual Plant Reviews, 978-1-4051-2128-6
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BibTex
titre
Plant architecture modelling – virtual plants, dynamic and complex systems
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
article
Turnbull, C. Plant architecture and its manipulation, Blackwell Publishing, pp.238-287, 2005, Annual Plant Reviews
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2004

Conference papers

titre
ALEA: A software for integrating analysis and simulation tools for 3D architecture and ecophysiology
auteur
Christophe Pradal, Nicolas Dones, Christophe Godin, Pierre Barbier de Reuille, Frédéric Boudon, Boris Adam, Hervé Sinoquet
article
4. International Workshop on Functional-Structural plant model, Jun 2004, Montpellier, France. 2004
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BibTex
titre
A structural method for assessing self-similarity in plants
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemylaw Prusinkiewicz
article
Fourth International Workshop on Functional-Structural Trees Models, Jun 2004, Montpellier, France. pp.56–61, 2004
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fspm4godin.png
titre
Space occupation by tree crowns obeys fractals laws: evidence from 3D digitized plants
auteur
Christophe Godin, Olivier Puech, Frédéric Boudon, Hervé Sinoquet
article
4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2004, Montpellier, France. pp.79-83, 2004
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Directions of work or proceedings

titre
Proceedings of the 4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Montpellier France
auteur
Christophe Godin, Jim Hanan, Winfried Kurth, André Lacointe, A. Takenaka, Premyslaw Prusinkiewicz, Theodore M. Dejong, Christine Beveridge, Bruno Andrieu
article
Godin, Christophe and Hanan, Jim and Kurth, Winfried and Lacointe, André and Takenaka, A. and Prusinkiewicz, Premyslaw and DeJong, Theodore M. and Beveridge, Christine and Andrieu, Bruno. France. UMR AMAP, pp.1-423, 2004
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Documents associated with scientific events

titre
ALEA: A software for integrating analysis and simulation tools for 3D architecture and ecophysiology
auteur
Christophe Pradal, Nicolas Donès, Christophe Godin, Pierre Reuille, Frédéric Boudon, A. Adam, Hervé Sinoquet
article
4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2004, Montpellier, France. pp.406, 2004
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2003

Journal articles

boudon03.jpg
titre
Interactive design of bonsai tree models
auteur
Frédéric Boudon, Premyslaw Prusinkiewicz, Pavol Federl, Christophe Godin, Radoslaw Karwowski
article
Computer Graphics Forum. Proceedings of Eurographics, Blackwell, 2003, 22 (3), pp.591-599. <10.1111/1467-8659.t01-2-00707>
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https://hal.inria.fr/hal-00827461/file/bonsai.pdf BibTex
titre
Exploring within-tree architectural development of two apple tree cultivars over 6 years.
auteur
Evelyne Costes, Hervé Sinoquet, J.J. Kelner, Christophe Godin
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2003, 91, pp.91-104. <10.1093/aob/mcg010>
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titre
Optimal mappings with minimun number of connected components in tree-to-tree comparison problems
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Journal of Algorithms in Cognition, Informatics and Logic, Elsevier, 2003, 48, pp.385-406
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00306620/file/view.pdf BibTex
ferraro03a.jpg
titre
An edit distance between quotiented trees
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2003, 36, pp.1-39
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307409/file/s00453-002-1002-5-1.pdf BibTex
titre
Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
auteur
Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Janine Guespin, Hélène Pollard, Philippe Tracqui, François Képès
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2003, 3, pp.106-110
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Accreditation to supervise research

titre
Introduction aux structures multi-échelles. Applications à la représentation des plantes.
auteur
Christophe Godin
article
Modélisation et simulation. Université de Montpellier 2, 2003
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01424776/file/159F5CCE-A9EF-484A-B975-1DFE9A16A583.pdf BibTex

2002

Journal articles

titre
Variability in the rigidity of Coffea canephora Pierre stems determined by acoustic analysis
auteur
Christian Cilas, Christophe Godin, David Grenier, Christophe Montagnon, Henri Baillères
article
Trees – Structure and Function, Springer Verlag, 2002, 16 (1), pp.23-37. <10.1007/s00468-001-0140-8>
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titre
Hyperstructures, genome analysis and I-Cells
auteur
Patrick Amar, Pascal Ballet, Georgia Barlovatz-Meimon, Arndt Benecke, Gilles Bernot, Yves Bouligand, Paul Bourguine, Franck Delaplace, Jean-Marc Delosme, Maurice Demarty, Itzhak Fishov, Jean Fourmentin-Guilbert, Joe Fralick, Jean-Louis Giavitto, Bernard Gleyse, Christophe Godin, Roberto. Incitti, François Képès, Catherine Lange, Lois Le Sceller, Corinne Loutellier, Olivier Michel, Franck Molina, Chantal Monnier, René Natowicz, Vic Norris, Nicole Orange, Hélène Pollard, Derek Raine, Camille Ripoll, Josette Rouviere-Yaniv, Milton Saier, Paul Soler, Pierre Tambourin, Michel Thellier, Philippe Tracqui, Dave Ussery, Jean-Claude Vincent, Jean-Pierre Vannier, Philippa Wiggins, Abdallah Zemirline
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2002, 50 (4), pp.357-373. <10.1023/A:1022629004589>
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Conference papers

titre
L-systems and {MTG}s: Integrating Simulation and Formal Analysis of Architectural Plant Models
auteur
Pascal Ferraro, Przemyslaw Prusinkiewicz, Lars Munderman, Christophe Godin
article
16th European Simulation Multiconference, Modelling and Simulation, Jun 2002, Germany. pp.418–423, 2002
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titre
Computational models for integrative and developmental biology
auteur
Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Olivier Michel, Premyslaw Prusinkiewicz
article
Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, 2002, Autrans, France. pp.43, 2002
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titre
Une méthode structurelle pour évaluer les propriétés d autosimilarité des plantes
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemyslaw Prusinkiewicz, Lars Mundermann
article
Self Similarity And Applications Workshop, 2002, Clermont-Ferrand, France. 2002
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00306622/file/autosimilarite_plantes.pdf BibTex
titre
Cellular automata, reaction-diffusion and multiagents systems for artificial cell modelling
auteur
Abdallah Zemirline, Pascal Ballet, Lionel Marcé, Patrick Amar, Gilles Bernot, Franck Delaplace, Jean-Louis Giavitto, Olivier Michel, Jean-Marc Delosme, Roberto Incitti, Paul Bourgine, Christophe Godin, François Képès, Philippe Tracqui, Victor Norris, Janine Guespin, Maurice Demarty, Camille Ripoll
article
Amar, Patrick and Képès, François and Norris, Victor and Tracqui, Philippe. Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, 2002, Autrans, France. pp.257-280, 2002
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2001

Conference papers

titre
L-systems and MTGs: Integration of a simulation system to analyse plant models
auteur
Pascal Ferraro, Przemylaw Prusinkiewicz, Lars Munderman, Christophe Godin
article
Third International Workshop on Functional-Structural Trees Models, 2001, France. pp.11-12, 2001
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Reports

titre
GEOM Module manual: II Developer guide
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Christophe Godin
article
[Technical Report] 2001
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BibTex
titre
GEOM Module manual: I User guide
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Christophe Godin
article
[Technical Report] 2001
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https://hal.inria.fr/hal-00827471/file/geom.pdf BibTex

2000

Journal articles

titre
A distance measure between plant architectures
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2000, 57 (5), pp.445-461. <10.1051/forest:2000134>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883353/file/hal-00883353.pdf BibTex
titre
Representing and encoding plant architecture: A review
auteur
Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2000, 57 (5), pp.413-438. <10.1051/forest:2000132>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883351/file/hal-00883351.pdf BibTex
titre
A Distance Measure Between Plant Architecture
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2000, 57, pp.445-461. <10.1051/forest:2000134>
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BibTex
titre
Representing and encoding plant architecture: a review
auteur
Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2000, 57 (5-6), pp.413-438. <10.1051/forest:2000132>
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BibTex
titre
A distance measure between plant architectures
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2000, 57 (5/6), pp.445-461
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BibTex
ferraro00a.jpg
titre
A distance measure between plant architecture
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2000, 57, pp.445-461
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00306621/file/view.pdf BibTex
titre
Wood elasticity of several Coffea canephora Pierre clones. A new trait to be included in selection schemes
auteur
Christian Cilas, Christophe Montagnon, Benoit Bertrand, Christophe Godin
article
Agronomie, EDP Sciences, 2000, 20 (4), pp.439-444. <10.1051/agro:2000140>
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BibTex
titre
Wood elasticity of several Coffea canephora Pierre clones. A new trait to be included in selection schemes
auteur
Christian Cilas, Christophe Montagnon, Benoit Bertrand, Christophe Godin
article
Agronomie, EDP Sciences, 2000, 20 (4), pp.439-444. <10.1051/agro:2000140>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886051/file/hal-00886051.pdf BibTex

1999

Journal articles

titre
A method for describing plant architecture which integrates topology and geometry
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 1999, 84 (3), pp.343-357. <10.1006/anbo.1999.0923>
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BibTex
titre
Characterisation of structural tree root architecture using 3D digitising and AMAPmod software.
auteur
Frédéric Danjon, Hervé Sinoquet, Christophe Godin, F. Colin, Michael Drexhage
article
Plant and Soil, Springer Verlag, 1999, 211 (2), pp.241-258. <10.1023/A:1004680824612>
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BibTex
titre
Exploration of plant architecture databases with the AMAPmod software illustrated on an apple-tree hybrid family
auteur
Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes
article
Agronomie, EDP Sciences, 1999, 19 (3-4), pp.163-184. <10.1051/agro:19990301>
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BibTex
titre
Exploration of a plant architecture database with the AMAPmod software illustrated on an apple tree hybrid family
auteur
Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes
article
Agronomie, EDP Sciences, 1999, 19 (3-4), pp.163-184
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00885923/file/hal-00885923.pdf BibTex

Conference papers

titre
An algorithm for comparing unordered tree graphs based on a minimum cost mapping with minimal connectivity
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Third Conference on orders, Algorithms and Applications, 1999, France. pp.115-116, 1999
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1998

Journal articles

titre
Interactions between light and plant architecture in an agroforestry walnut tree
auteur
Hervé Sinoquet, A. Adam, Pierre Rivet, Christophe Godin
article
Agroforestry Forum, U.K Agroforestry Research Forum, 1998, 8 (2), pp.37-40
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BibTex
titre
A multiscale model of plant topological structures
auteur
Christophe Godin, Yves Caraglio
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 1998, 191 (1), pp.1-46. <10.1006/jtbi.1997.0561>
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Conference papers

titre
Un algorithme de comparaison d’arborescences non ordonnées appliqué à la comparaison de la structure topologique des plantes
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
SFC98 : Société Francophone de classification, 1998, Montpellier, France. pp.77–81, 1998
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titre
A distance measure between plant architectures based on the comparison of their topological structures
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Second International Workshop on Functional-Structural Trees Models, 1998, Clermont-Ferrand, France. pp.11-12, 1998
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1997

Journal articles

titre
Assessment of the three-dimensional architecture of walnut trees using digitising
auteur
Hervé Sinoquet, Pierre Rivet, Christophe Godin
article
Silva Fennica, Suomen Metsätieteellinen Seura ry, 1997, 31 (3), pp.265-273
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BibTex
titre
Exploring plant topology structure with the AMAPmod software : an outline
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Yves Caraglio
article
Silva Fennica, Suomen Metsätieteellinen Seura ry, 1997, 31 (3), pp.355-366
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Book section

titre
Measuring and analyzing plants with the AMAPmod software
auteur
Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes, Yves Caraglio
article
Michalewicz, M.T. Plants to ecosystems – Advances in Computational Life Sciences, 2nd International Symposium on Computer Challenges in Life Science, CSIRO Australia, pp.53-84, 1997
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Reports

titre
AMAPmod v1.8. Introduction and reference manual
auteur
Christophe Godin, Yann Guédon
article
[Research Report] 1997
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1996

Conference papers

titre
How to get representations of real plants in computers for exploring their botanical organisation
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes
article
4th Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard Management, 1996, Avignon, France. ISHS, 416, pp.45-52, 1996, Acta Horticulturae
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