Publications

Publications HAL du labo/EPI sistm

2017

Preprints, Working Papers, …

titre
Random Forests for Big Data
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi, Christine Tuleau-Malot, Nathalie Villa-Vialaneix
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01233923/file/genuer_etal_p2016-r1.pdf BibTex
titre
Arbres CART et Forêts aléatoires, Importance et sélection de variables
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01387654/file/genuer_poggi.chap_JES2016.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
No Positive Association between Vitamin D Level and Immune Responses to Hepatitis B and Streptococcus pneumoniae Vaccination in HIV-Infected Adults
auteur
Jean-Paul Viard, Alex Assuied, Yves Lévy, Jean-Claude Souberbielle, Rodolphe Thiébaut, Fabrice Carrat, Geneviève Chêne, Odile Launay, Laura Richert
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (12), pp.e0168640. <10.1371/journal.pone.0168640>
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http://hal.upmc.fr/hal-01449359/file/journal.pone.0168640.pdf BibTex
titre
Use of dynamical models for treatment optimization in HIV infected patients : a sequential Bayesian analysis approach.
auteur
Mélanie Prague
article
Journal de la Société Française de Statistique, Société Française de Statistique et Société Mathématique de France, 2016, 157 (2), pp.20
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https://hal.inria.fr/hal-01416102/file/jsfds_PRAGUE_FINAL.pdf BibTex
titre
Intrinsic Defect in Keratinocyte Function Leads to Inflammation in Hidradenitis Suppurativa
auteur
Claire Hotz, Michele Boniotto, Aurélie Guguin, Mathieu Surenaud, Francette Jean-Louis, Pascaline Tisserand, Nicolas Ortonne, Barbara Hersant, Romain Bosc, Florence Poli, Henri Bonnabau, Rodolphe Thiébaut, Véronique Godot, Pierre Wolkenstein, Hakim Hocini, Yves Lévy, Sophie Hüe
article
Journal of Investigative Dermatology, Nature Publishing Group: Open Access Hybrid Model Option A, 2016, 136 (9), pp.1768 – 1780
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titre
Changes in HIV-1 Capsid Stability Induced by Common Cytotoxic-T-Lymphocyte-Driven Viral Sequence Mutations
auteur
P. Schommers, G. Martrus, U. Matschl, M. Sirignano, M. Lütgehetmann, L. Richert, T. J. Hope, G. Fätkenheuer, M. Altfeld, F. Kirchhoff
article
Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2016, 90 (16), pp.7579 – 7586. <10.1128/JVI.00867-16>
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titre
Dynamic models for estimating the effect of HAART on CD4 in observational studies: Application to the Aquitaine Cohort and the Swiss HIV Cohort Study
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Jon Michael Gran, Bruno Ledergerber, Jim Young, Hansjakob Furrer, Rodolphe Thiébaut
article
Biometrics, Wiley, 2016
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titre
Repeated Cycles of Recombinant Human Interleukin 7 in HIV-Infected Patients With Low CD4 T-Cell Reconstitution on Antiretroviral Therapy: Results of 2 Phase II Multicenter Studies
auteur
Rodolphe Thiébaut, Ana Jarne, Jean-Pierre Routy, Irini Sereti, Margaret Fischl, Prudence Ive, Roberto F. Speck, Gianpiero D’Offizi, Salvatore Casari, Daniel Commenges, Sharne Foulkes, Ven Natarajan, Thérèse Croughs, Jean-François Delfraissy, Guiseppe Tambussi, Yves Levy, Michael M. Lederman
article
Clinical Infectious Diseases, Oxford University Press (OUP), 2016, 62 (9), pp.1178 – 1185
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titre
Early CD4+ T Cell Responses Are Associated with Subsequent CD8+ T Cell Responses to an rAd5-Based Prophylactic Prime-Boost HIV Vaccine Strategy
auteur
Edouard Lhomme, Laura Richert, Zoe Moodie, Chloé Pasin, Spyros A. Kalams, Cecilia Morgan, Steve Self, Stephen C. De Rosa, Rodolphe Thiébaut
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (4)
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https://hal.inria.fr/hal-01406611/file/journal.pone.0152952.pdf BibTex
titre
Targeting HIV-1 Env gp140 to LOX-1 Elicits Immune Responses in Rhesus Macaques
auteur
Gerard Zurawski, Sandra Zurawski, Anne-Laure Flamar, Laura Richert, Ralf Wagner, Georgia D. Tomaras, David C. Montefiori, Mario Roederer, Guido Ferrari, Christine Lacabaratz, Henri Bonnabau, Peter Klucar, Zhiqing Wang, Kathryn E. Foulds, Shing-Fen Kao, Nicole L. Yates, Celia Labranche, Bertram L. Jacobs, Karen Kibler, Benedikt Asbach, Alexander Kliche, Andres Salazar, Steve Reed, Steve Self, Raphael Gottardo, Lindsey Galmin, Deborah Weiss, Anthony Cristillo, Rodolphe Thiebaut, Giuseppe Pantaleo, Yves Levy
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (4), <10.1371/journal.pone.0153484>
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https://hal.inria.fr/hal-01389087/file/journal.pone.0153484.PDF BibTex
titre
Immunologic response in treatment-naïve HIV-2-infected patients: the IeDEA West Africa cohort
auteur
Eric Balestre, Didier Koumavi Ekouevi, Boris Tchounga, Serge Paul Eholie, Eugène Messou, Adrien Sawadogo, Rodolphe Thiébaut, Margaret T May, Jonathan Ac Sterne, François Dabis
article
Journal of the International AIDS Society, BioMed Central, 2016, 19 (1), <10.7448/IAS.19.1.20044>
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titre
Surveillance of T Cells Predicts Cytomegalovirus Infection Resolution in Kidney Transplants
auteur
Hannah Kaminski, Isabelle Garrigue, Lionel Couzi, Benjamin Taton, Thomas Bachelet, Jean-François Moreau, Julie Dechanet-Merville, Rodolphe Thiebaut, Pierre Merville
article
Journal of the American Society of Nephrology, American Society of Nephrology, 2016, 27 (2), pp.637-645. <10.1681/ASN.2014100985>
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titre
Comments on: “A Random Forest Guided Tour” by G. Biau and E. Scornet
auteur
Sylvain Arlot, Robin Genuer
article
Test, Spanish Society of Statistics and Operations Research/Springer, 2016, 25 (2), pp.228–238. <http://dx.doi.org/10.1007/s11749-016-0484-4>. <10.1007/s11749-016-0484-4>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297557/file/commentaire.pdf BibTex
titre
A method to estimate the size and characteristics of HIV-positive populations using an individual-based stochastic simulation model
auteur
Fumiyo Nakagawa, Ard Van Sighem, Rodolphe Thiebaut, Colette Smith, Oliver Ratmann, Valentina Cambiano, Jan Albert, Andrew Amato-Gauci, Daniela Bezemer, Colin Campbell, Daniel Commenges, Martin Donoghoe, Deborah Ford, Roger Kouyos, Rebecca Lodwick, Jens Lundgren, Nikos Pantazis, Anastasia Pharris, Chantal Quinten, Claire Thorne, Giota Touloumi, Valerie Delpech, Andrew Phillips
article
Epidemiology, Lippincott, Williams & Wilkins, 2016, 27 (2), pp.247-256. <10.1097/EDE.0000000000000423>
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titre
Group and sparse group partial least square approaches applied in genomics context
auteur
Benoît Liquet, Pierre Lafaye de Micheaux, Boris P. Hejblum, Rodolphe Thiébaut
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (1), pp.35-42. <10.1093/bioinformatics/btv535>
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titre
Cohort Profile: Collaboration of Observational HIV Epidemiological Research Europe (COHERE) in EuroCoord
auteur
Chêne Geneviève, Phillips Andrew, Costagliola Dominique, Sterne Jonathan, Furrer Hansjakob, Del Amo Julia, Mocroft Amanda, Monforte Antonella d’Arminio, Dabis François, Miro José M., Barger Diana, Termote Monique, Schwimmer Christine, Salbøl Brandt Rikke, Friis-Moller Nina, Raben Dorthe, Haerry David, Egger Matthias, Weller Ian, De Wit Stéphane
article
International Journal of Epidemiology, Oxford University Press (OUP), 2016, 0, <10.1093/ije/dyw211>
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01417305/file/Resubmission_IJE_23APR2016_v2.0.pdf BibTex

Conference papers

titre
Evolution of Teaching Strategies in a French ODL University Course
auteur
Marta Avalos, Mélanie Le Goff, Pierre Joly, Marthe-Aline Jutand, Ahmadou Alioum
article
H. MacGillivray; M. Martin; B. Phillips. 9th Australian Conference on Teaching Statistics (OZCOTS), Dec 2016, Canberra, Australia. pp.183, 2016, Proceedings of the Ninth Australian Conference on Teaching Statistics, December 2016, Canberra, Australia. <http://asc2016.com.au/ozcots/>
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https://hal.inria.fr/hal-01396772/file/OZCOTS2016_AvalosM_Final-6.pdf BibTex
titre
Exploring variable selection in additive mixed effects models using group lasso
auteur
Marta Avalos, Perrine Soret, Cristian Meza, Karine Bertin, Hao Ren, Philippe Hellard
article
23rd Australian Statistical Conference, Dec 2016, Canberra, Australia. <http://asc2016.com.au/>
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BibTex
titre
Clustering of temporal sport training curves: a comparison of FDA and LDA approaches
auteur
Gaëlle Lefort, Marta Avalos, Perrine Soret, Pyne David, Jean François Toussaint, Philippe Hellard
article
23rd Australian Statistical Conference , Dec 2016, Canberra, Australia. <http://asc2016.com.au/>
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BibTex
titre
Adjustment for Unobserved Confounders in Health Administrative Databases
auteur
Bernard Silenou Chawo, Marta Avalos, Antoine Pariente, Hélène Jacqmin-Gadda
article
32nd International Conference on Pharmacoepidemiology & Therapeutic Risk Management, Aug 2016, Dublin, Ireland. 2016, <https://www.pharmacoepi.org/meetings/32ICPE/>
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titre
A comparison of unsupervised curve classification methods for sport training data
auteur
Gaëlle Lefort, Marta Avalos, Perrine Soret, Pyne David, Jean François Toussaint, Philippe Hellard
article
3rd conference of the International Society for Non-Parametric Statistics (ISNPS), Jun 2016, Avignon, France. 2016, <http://www.isnpstat.org/>
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titre
Lasso-type estimators for non-parametric mixed-effects models: application to high-dimensional data from a vaccine clinical trial for HIV
auteur
Perrine Soret, Cristian Meza, Marta Avalos, Karine Bertin, Rodolphe Thiébaut
article
3rd conference of the International Society for Non-Parametric Statistics (ISNPS), Jun 2016, Avignon, France. <http://www.isnpstat.org/>
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BibTex
titre
Estimateur de type Lasso pour modèle mixte non-paramétrique
auteur
Perrine Soret, Cristian Meza, Marta Avalos, Karine Bertin
article
48èmes Journées de Statistique, May 2016, Montpellier, France
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https://hal.inria.fr/hal-01396802/file/submission_189.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Combining clustering of variables and feature selection using random forests: the CoV/VSURF procedure
auteur
Marie Chavent, Robin Genuer, Jerome Saracco
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01345840/file/version_arxiv.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
VSURF: An R Package for Variable Selection Using Random Forests
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi, Christine Tuleau-Malot
article
The R Journal, R Foundation for Statistical Computing, 2015, 7 (2), pp.19-33
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BibTex
titre
Optimization and evaluation of Luminex performance with supernatants of antigen-stimulated peripheral blood mononuclear cells
auteur
Mathieu Surenaud, Céline Manier, Laura Richert, Rodolphe Thiébaut, Yves Levy, Sophie Hue, Christine Lacabaratz
article
BMC Immunology, BioMed Central, 2015, 17 (1), pp.44. <10.1186/s12865-016-0182-8>
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_Article_182.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM3_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM8_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM2_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM6_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM1_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM7_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM5_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM4_ESM.pdf BibTex
titre
Dose finding with longitudinal data: simpler models, richer outcomes
auteur
Xavier Paoletti, Adélaïde Doussau, Monia Ezzalfani, Elisa Rizzo, Rodolphe Thiébaut
article
Statistics in Medicine, Wiley-Blackwell, 2015, 34 (22), <10.1002/sim.6552>
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BibTex
titre
Guidelines for reporting methodological challenges and evaluating potential bias in dementia research
auteur
Jennifer Weuve, Cécile Proust-Lima, Melinda C. Power, Alden L. Gross, Scott M. Hofer, Rodolphe Thiébaut, Geneviève Chêne, M. Maria Glymour, Carole Dufouil
article
Alzheimer’s and Dementia, Elsevier, 2015, 11 (9), pp.1098-1109. <10.1016/j.jalz.2015.06.1885>
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BibTex
titre
Decreased HIV-Specific T-Regulatory Responses Are Associated with Effective DC-Vaccine Induced Immunity
auteur
Vedran Brezar, Nicolas Ruffin, Laura Richert, Mathieu Surenaud, Christine Lacabaratz, Karolina Palucka, Rodolphe Thiébaut, Jacques Banchereau, Yves Levy, Nabila Seddiki, Daniel C. Douek
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2015, 11 (3), pp.e1004752. <10.1371/journal.ppat.1004752>
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BibTex
titre
CD41 T cell recovery during suppression of HIV replication: an international comparison of the immunological efficacy of antiretroviral therapy in North America, Asia and Africa.
auteur
Elvin H Geng, Torsten B Neilands, Rodolphe Thièbaut, Mwebesa Bosco Bwana, Denis Nash, Richard D Moore, Robin Wood, Djimon Marcel Zannou, Keri N Althoff, Poh Lian Lim, Jean B Nachega, Philippa J Easterbrook, Andrew Kambugu, Francesca Little, Gertrude Nakigozi, Damalie Nakanjako, Valerian Kiggundu, Patrick Chung Ki Li, David R Bangsberg, Matthew P Fox, Hansw Prozesky, Peter W Hunt, Mary-Ann Davies, Steven J Reynolds, Matthias Egger, Constantin T Yiannoutsos, Eric V Vittinghoff, Steven G Deeks, Jeffrey N Martin
article
International Journal of Epidemiology, Oxford University Press (OUP), 2015, 44 (1), pp.251-63
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titre
Parameters identification for a model of T cell homeostasis
auteur
Houssein Ayoub, Bedreddine Ainseba, Michel Langlais, Rodolphe Thiébaut
article
Mathematical Biosciences and Engineering, 2015, 12 (5), pp.917–936. <10.3934/mbe.2015.12.917>
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BibTex
titre
Recent developments in clinical trial designs for HIV vaccine research.
auteur
Laura Richert, Edouard Lhomme, Catherine Fagard, Yves Levy, Geneviève Chêne, Rodolphe Thiébaut
article
Human vaccines & immunotherapeutics, 2015, 11 (4), pp.1022–9. <10.1080/21645515.2015.1011974>
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BibTex
titre
The stochastic system approach for estimating dynamic treatments effect
auteur
Daniel Commenges, Anne Gégout-Petit
article
Lifetime Data Analysis, Springer Verlag, 2015, pp.18. <10.1007/s10985-015-9322-3>
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BibTex
titre
Surveillance of γδ T Cells Predicts Cytomegalovirus Infection Resolution in Kidney Transplants.
auteur
Hannah Kaminski, Isabelle Garrigue, Lionel Couzi, Benjamin Taton, Thomas Bachelet, Jean-François Moreau, Julie Dechanet-Merville, Rodolphe Thiébaut, Pierre Merville
article
Journal of the American Society of Nephrology, American Society of Nephrology, 2015, pp.00. <10.1681/ASN.2014100985>
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BibTex
titre
Association of immune-activation and senescence markers with non-AIDS-defining comorbidities in HIV-suppressed patients
auteur
Pierre Duffau, Linda Wittkop, Estibaliz Lazaro, Fabien Le Marec, Céline Cognet, Patrick Blanco, Jean-François Moreau, Frédéric-Antoine Dauchy, Charles Cazanave, Marie-Anne Vandenhende, Fabrice Bonnet, Rodolphe Thiebaut, Isabelle Pellegrin
article
AIDS, Lippincott, Williams & Wilkins, 2015, 29 (16), <10.1097/QAD.0000000000000807>
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BibTex
titre
A new approach to integrate toxicity grade and repeated treatment cycles in the analysis and reporting of phase I dose-finding trials
auteur
Adélaide Doussau, Rodolphe Thiebaut, B. Geoerger, Patrick Schoffski, Anne Floquet, M. C. Le Deley, S. Mathoulin-Pelissier, E. Rizzo, Pierre Fumoleau, Christophe Le Tourneau, Xavier Paoletti
article
Annals of Oncology, Oxford University Press (OUP), 2015, 26 (2), pp. 422-428. <10.1093/annonc/mdu523>
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BibTex
titre
Diabetes and cognitive decline in a French cohort of patients infected with HIV-1
auteur
Carole Dufouil, Laura Richert, Rodolphe Thiebaut, Mathias Bruyand, Hélène Amieva, Frédéric-Antoine Dauchy, Jean-François Dartigues, Didier Neau, Philippe Morlat, Patrick Dehail, François Dabis, Fabrice Bonnet, Geneviève Chene
article
Neurology, American Academy of Neurology, 2015, 85 (12), pp.1065-1073. <10.1212/WNL.0000000000001815>
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BibTex
titre
Training-Related Risk of Common Illnesses in Elite Swimmers over a Four-Year Period
auteur
Philippe Hellard, Marta Avalos, Fanny Guimaraes, Jean François Toussaint, Pyne David
article
Medicine and Science in Sports and Exercise, American College of Sports Medicine (ACSM), 2015, 47 (4), pp.698-707. <http://journals.lww.com/acsm-msse/pages/articleviewer.aspx?year=2015&issue=04000&article=00004&type=abstract>. <10.1249/MSS.0000000000000461>
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BibTex
titre
Time-Course Gene Set Analysis for Longitudinal Gene Expression Data
auteur
Boris P. Hejblum, Jason Skinner, Rodolphe Thiébaut
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (6), pp.e1004310. <10.1371/journal.pcbi.1004310>
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https://hal.inria.fr/hal-01203446/file/Hejblum%2C%20Skinner%2C%20Thie%CC%81baut%20-%202015%20-%20PLOS%20Computational%20Biology.pdf BibTex
titre
Sparse conditional logistic regression for analyzing large-scale matched data from epidemiological studies: a simple algorithm
auteur
Marta Avalos, Hélène Pouyes, Yves Grandvalet, Ludivine Orriols, Emmanuel Lagarde
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 6), pp.S1. <http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/S6/S1>. <10.1186/1471-2105-16-S6-S1>
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https://hal.inria.fr/hal-01217312/file/1471-2105-16-S6-S1-1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Compétitions d’apprentissage automatique avec le package R rchallenge
auteur
Adrien Todeschini, Robin Genuer
article
47èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2015, Lille, France. 2015, <http://papersjds15.sfds.asso.fr/submission_211.pdf>
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https://hal.inria.fr/hal-01157147/file/submission_211.pdf BibTex
titre
Random forests and big data
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi, Christine Tuleau-Malot, Nathalie Villa-Vialaneix
article
47ème Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2015, Lille, France. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01160643/file/genuer_etal_jds2015.pdf BibTex
titre
Evolution des stratégies pédagogiques d’un DU
auteur
Mélanie Le Goff, Marta Avalos, Pierre Joly, Marthe-Aline Jutand
article
Colloque Francophone International sur l’Enseignement de la Statistique – CFIES’2015, Jan 2015, Bordeaux, France. <http://cfies2015.sfds.asso.fr/>
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BibTex
titre
Function selection in mixed models using L1-penalization
auteur
Perrine Soret, Cristian Meza, Karine Bertin, Marta Avalos, Philippe Hellard
article
XVth Spanish Biometric Conference and the Vth Ibéro-American Biometric Meeting 2015, 2015, Bilbao, Spain. 2015, <http://www.ehu.eus/en/web/ceb-eib2015/aurkezpena>
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BibTex
titre
Impact of unmeasured covariates on bias and statistical power in health administrative databases: a simulation study
auteur
Mélanie Née, Marta Avalos, Ludivine Orriols, Emmanuel Lagarde
article
XVth Spanish Biometric Conference and the Vth Ibéro-American Biometric Meeting 2015, 2015, Bilbao, Spain. 2015, <http://www.ehu.eus/en/web/ceb-eib2015/home>
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Poster communications

titre
High-dimensional longitudinal genomic data: a survey and evaluation of publicly available implementations of machine learning methods
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos, Rodolphe Thiébaut
article
Statistical Analysis of Massive Genomic Data, Nov 2015, Evry, France. 2015, <http://www.genopole.fr/spip.php?page=rubrique_event&id_rubrique=969&event=969#.Vo_cJHktCpp>
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BibTex

Theses

titre
Integrative analysis of high-dimensional data applied to vaccine research
auteur
Boris P. Hejblum
article
Santé publique et épidémiologie. Université de Bordeaux, 2015. English. <NNT : 2015BORD0049>
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https://hal.inria.fr/tel-01203547/file/hejblum_2015bord0049_oneside_light.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
[Mathematical dynamical models for personalized medicine].
auteur
Rodolphe Thiébaut, Mélanie Prague, Daniel Commenges
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2014, 30 Spec No 2, pp.23-6
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BibTex
titre
Dendritic cell-based therapeutic vaccine elicits polyfunctional HIV-specific T-cell immunity associated with control of viral load.
auteur
Yves Lévy, Rodolphe Thiébaut, Monica Montes, Christine Lacabaratz, Louis Sloan, Bryan King, Sophie Pérusat, Carson Harrod, Amanda Cobb, Lee K Roberts, Mathieu Surenaud, Céline Boucherie, Sandra Zurawski, Constance Delaugerre, Laura Richert, Geneviève Chêne, Jacques Banchereau, Karolina Palucka
article
European Journal of Immunology, Wiley-VCH Verlag, 2014, 44 (9), pp.2802-10
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BibTex
titre
Quantifying and Predicting the Effect of Exogenous Interleukin-7 on CD4+T Cells in HIV-1 Infection
auteur
Rodolphe Thiébaut, Julia Drylewicz, Mélanie Prague, Christine Lacabaratz, Stéphanie Beq, Ana Jarne, Thérèse Croughs, Rafick-Pierre Sekaly, Michael M. Lederman, Irini Sereti, Daniel Commenges, Yves Lévy
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 10 (5), pp.e1003630. <10.1371/journal.pcbi.1003630>
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BibTex
titre
Accelerating clinical development of HIV vaccine strategies: methodological challenges and considerations in constructing an optimised multi-arm phase I/II trial design.
auteur
Laura Richert, Adélaïde Doussau, Jean-Daniel Lelièvre, Vincent Arnold, Véronique Rieux, Amel Bouakane, Yves Lévy, Geneviève Chêne, Rodolphe Thiébaut
article
Trials, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.68. <10.1186/1745-6215-15-68>
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00955157/file/1745-6215-15-68.pdf BibTex
titre
Body composition in 98 patients awaiting kidney transplantation.
auteur
Karine Moreau, Aurélie Desseix, Christine Germain, Nicole Barthe, Thomas Bachelet, Delphine Morel, Pierre Merville, Lionel Couzi, Rodolphe Thiebaut, Philippe Chauveau
article
Nutrition, Elsevier, 2014, 30 (2), pp.186-91
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BibTex
titre
Systems analysis of sex differences reveals an immunosuppressive role for testosterone in the response to influenza vaccination.
auteur
David Furman, Boris P. Hejblum, Noah Simon, Vladimir Jojic, Cornelia L. Dekker, Rodolphe Thiébaut, Robert J. Tibshirani, Mark M. Davis
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2014, 111 (2), pp.869-74. <10.1073/pnas.1321060111>
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BibTex
titre
L’analyse des « Big Data » en recherche clinique
auteur
Rodolphe Thiébaut, Boris P. Hejblum, Laura Richert
article
Epidemiology and Public Health / Revue d’Epidémiologie et de Santé Publique, Elsevier Masson, 2014, 62 (1), pp.1-4. <10.1016/j.respe.2013.12.021>
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BibTex
titre
An Evaluation of HIV Elite Controller Definitions within a Large Seroconverter Cohort Collaboration
auteur
Ashley D. Olson, Laurence Meyer, Maria Prins, Rodolphe Thiebaut, Deepti Gurdasani, Marguerite Guiguet, Marie-Laure Chaix, Pauli Amornkul, Abdel Babiker, Manjinder S. Sandhu, Kholoud Porter, Jason F. Okulicz
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (1), pp.e86719. <10.1371/journal.pone.0086719>
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The Impact of the 2013 WHO Antiretroviral Therapy Guidelines on the Feasibility of HIV Population Prevention Trials
auteur
Eric Ross, Frank Tanser, Pamela Pei, Marie-Louise Newell, Elena Losina, Rodolphe Thiebaut, Milton Weinstein, Kenneth Freedberg, Xavier Anglaret, Callie Scott, Francois Dabis, Rochelle Walensky
article
HIV Clinical Trials, Thomas Land Publishers, 2014, 15 (5), pp.185-98. <10.1310/hct1505-185>
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Variable selection on large case-crossover data: application to a registry-based study of prescription drugs and road traffic crashes.
auteur
Marta Avalos, Ludivine Orriols, Hélène Pouyes, Yves Grandvalet, Frantz Thiessard, E Lagarde
article
Pharmacoepidemiology and Drug Safety, Wiley, 2014, pp.140-51. <http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pds.3539/abstract;jsessionid=A487F741570EFFE4734C25EEEBE4ACDC.f03t04>. <10.1002/pds.3539>
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titre
Long-term chronic diseases and crash responsibility: a record linkage study
auteur
Ludivine Orriols, Marta Avalos, Nicholas Moore, Pierre Philip, Bernard Delorme, Bernard Laumon, Blandine Gadegbeku, Louis Rachid Salmi, Emmanuel Lagarde
article
Accident Analysis and Prevention, Elsevier, 2014, 71, pp.137-43. <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S000145751400133X>. <10.1016/j.aap.2014.05.001>
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T-cell activation discriminates subclasses of symptomatic primary humoral immunodeficiency diseases in adults.
auteur
Marie-Quitterie Picat, Rodolphe Thiébaut, François Lifermann, Xavier Delbrel, Daniel Adoue, Linda Wittkop, Anne-Laure Fauchais, Patrick Rispal, Jean-François Moreau, Jean-François Viallard
article
BMC Immunology, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.13. <10.1186/1471-2172-15-13>
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Conference papers

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Etude de l’association entre consommation médicamenteuse et risque d’accident de la route : exploration par simulation de schémas d’études épidémiologiques applicables à partir des données médico-administratives
auteur
Née Mélanie, Marta Avalos, Ludivine Orriols, Emmanuel Lagarde
article
Journée Nationale Biopharmacie et Santé 2014, Nov 2014, Paris, France
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titre
Méthodes d’apprentissage statistique pour des données longitudinales : une revue systématique
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos
article
GdR Statistique et Santé, Oct 2014, Toulouse, France
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titre
Données longitudinales en grande dimension : état des lieux des packages R
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos
article
Troisièmes rencontres R, Jun 2014, Montpellier, France. <http://r2014-mtp.sciencesconf.org/>
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titre
Prise en compte de la censure à gauche dans la modélisation de données de grande dimension
auteur
Nastasia Fouret, Marta Avalos, Linda Wittkop, Rodolphe Thiebaut, Daniel Commenges
article
46e Journées de Statistique, Jun 2014, Rennes, France. <http://jds2014.sfds.asso.fr/>
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Ventilatory, metabolic and kinematic responses in sprint versus distance swimmers
auteur
Philippe Hellard, Pierre-Marie Lepretre, Marta Avalos, Ludovic Seifert, Jean François Toussaint, Christophe Hausswirth, Philo Saunders, Pyne David
article
XIIth International Symposium on Biomechanics and Medicine in Swimming, Apr 2014, Canberra, France. <http://www.bms2014.com.au>
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titre
Comparing methods for summarizing a training load in prediction models of swimming performance
auteur
Charlotte Scordia, Marta Avalos, Philippe Hellard
article
Bruce Mason. XIIth International Symposium on Biomechanics and Medicine in Swimming, Apr 2014, Canberra, Australia. Australian Institute of Sport, <http://www.bms2014.com.au>
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titre
VSURF : un package R pour la sélection de variables à l’aide de forêts aléatoires
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi, Christine Tuleau-Malot
article
46èmes Journées de Statistique, 2014, Rennes, France
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titre
VSURF : un package R pour la sélection de variables à l’aide de forêts aléatoires
auteur
R Genuer, J.-M Poggi, C Tuleau-Malot
article
3èmes Rencontres R, 2014, Montpellier, France
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Book sections

titre
High–Dimensional Sparse Matched Case–Control and Case–Crossover Data: A Review of Recent Works, Description of an R Tool and an Illustration of the Use in Epidemiological Studies
auteur
Marta Avalos, Yves Grandvalet, Hélène Pouyes, Ludivine Orriols, Emmanuel Lagarde
article
Enrico Formenti, Roberto Tagliaferri, Ernst Wit. Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, 8452, Springer, pp.109-124, 2014, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-09041-2. <http://link.springer.com/book/10.1007%2F978-3-319-09042-9>
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Poster communications

titre
État de l’art des méthodes de pénalisation pour données répétées dans le temps
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos
article
Journées MAS de la SMAI, Aug 2014, Toulouse, France. <http://www.math.univ-toulouse.fr/MAS2014/?q=node/7>
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Reports

titre
Analysis of purely random forests bias
auteur
Sylvain Arlot, Robin Genuer
article
2014
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2013

Journal articles

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Dose-finding design using mixed-effect proportional odds model for longitudinal graded toxicity data in phase I oncology clinical trials.
auteur
Adélaïde Doussau, Rodolphe Thiébaut, Xavier Paoletti
article
Statistics in Medicine, Wiley-Blackwell, 2013, 32 (30), pp.5430-47. <10.1002/sim.5960>
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titre
NIMROD: a program for inference via a normal approximation of the posterior in models with random effects based on ordinary differential equations.
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Jérémie Guedj, Drylewicz Julia, Rodolphe Thiébaut
article
Comput Methods Programs Biomed., 2013, 111 (2), pp.447-458. <10.1016/j.cmpb.2013.04.014>
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titre
Cytokine and gene transcription profiles of immune responses elicited by HIV lipopeptide vaccine in HIV-negative volunteers.
auteur
Laura Richert, Sophie Hue, Hakim Hocini, Mathieu Raimbault, Christine Lacabaratz, Mathieu Surenaud, Aurélie Wiedemann, Pascaline Tisserand, Christine Durier, Dominique Salmon, Jean-Daniel Lelièvre, Geneviève Chêne, Rodolphe Thiébaut, Yves Lévy
article
AIDS, Lippincott, Williams & Wilkins, 2013, 27 (9), pp.1421-31. <10.1097/QAD.0b013e32835f5b60>
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titre
Dynamical models of biomarkers and clinical progression for personalized medicine: the HIV context.
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Rodolphe Thiébaut
article
Advanced Drug Delivery Reviews, Elsevier, 2013, 65 (7), pp.954-965. <10.1016/j.addr.2013.04.004>
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titre
Is the current use of ‘positivity’ thresholds meaningful for evaluating HIV-vaccine immunogenicity endpoints?
auteur
Laura Richert, Rodolphe Thiébaut
article
AIDS, Lippincott, Williams & Wilkins, 2013, 27 (8), pp.1362-5. <10.1097/QAD.0b013e328360d52e>
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titre
Effect of cytomegalovirus-induced immune response, self antigen-induced immune response, and microbial translocation on chronic immune activation in successfully treated HIV type 1-infected patients: the ANRS CO3 Aquitaine Cohort.
auteur
Linda Wittkop, Juliette Bitard, Estibaliz Lazaro, Didier Neau, Fabrice Bonnet, Patrick Mercie, Michel Dupon, Mojgan Hessamfar, Michel Ventura, Denis Malvy, François Dabis, Jean-Luc Pellegrin, Jean-François Moreau, Rodolphe Thiébaut, Isabelle Pellegrin
article
The Internet Journal of Infectious Diseases, Internet Scientific Publications, LLC, 2013, 207, pp.622-7
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2012

Journal articles

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Dynamic and rapid changes in viral quasispecies by UDPS in chronic hepatitis C patients receiving telaprevir-based therapy.
auteur
Pascale Trimoulet, Patricia Pinson, Jennifer Papuchon, Juliette Foucher, Julien Vergniol, Faiza Chermak, Linda Wittkop, Nadège Castaing, Wassil Merrouche, Sandrine Reigadas, Mathieu Molimard, Michael Kann, Hervé Fleury, Victor De Lédinghen
article
Antiviral Therapy, International Medical Press, 2012, 18, pp.723-7
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titre
Treatment Monitoring of HIV-Infected Patients based on Mechanistic Models
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Julia Drylewicz, Rodolphe Thiébaut
article
Biometrics, Wiley, 2012, 68 (3), pp.902-911. <10.1111/j.1541-0420.2012.01749.x>
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titre
Acute versus chronic partial sleep deprivation in middle-aged people: differential effect on performance and sleepiness.
auteur
Pierre Philip, Patricia Sagaspe, Mélanie Prague, Patricia Tassi, Aurore Capelli, Bernard Bioulac, Daniel Commenges, Jacques Taillard
article
SLEEP, American Academy of Sleep Medicine, 2012, 35 (7), pp.997-1002
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2002

Journal articles

titre
Training Analysis and the Modelling of Relations between Training Volumes and Performance: Interpretation of Results in Light of the New Paradigms of Complexity
auteur
Philippe Hellard, Léo Gerville-Réache, C Fauquet, Marta Avalos, A Menaud
article
Journal of Human Movement Studies, Lepus Books, 2002, 42 (1), pp.53-90
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