Publications 2024

Publications HAL du labo/EPI bigs; simba

2024

Journal articles

titre
Deciphering rind color heterogeneity of smear-ripened Munster cheese and its Association with microbiota
auteur
Amandine J. Martin, Anne-Marie Revol-Junelles, Jérémy Petit, Claire Gaiani, Marcia Leyva Salas, Nathan Nourdin, Mohammed Khatbane, Paulo Mafra de Almeida Costa, Sandie Ferrigno, Bruno Ebel, Myriam Schivi, Annelore Elfassy, Cécile Mangavel, Frédéric Borges
article
Foods, 2024, 13 (14), pp.2233. ⟨10.3390/foods13142233⟩
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titre
Large population asymptotics for a multitype stochastic SIS epidemic model in randomly switched environment
auteur
Adrien Prodhomme, Édouard Strickler
article
The Annals of Applied Probability, 2024, 34 (3), pp.3125-3180. ⟨10.1214/23-AAP2035⟩
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https://hal.science/hal-03283809/file/Asymptotics_stochasticSIS_randomenv.pdf BibTex
titre
MultiRNAflow: integrated analysis of temporal RNA-seq data with multiple biological conditions
auteur
Rodolphe Loubaton, Nicolas Champagnat, Pierre Vallois, Laurent Vallat
article
Bioinformatics, 2024, 40 (5), pp.4. ⟨10.1093/bioinformatics/btae315⟩
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https://inria.hal.science/hal-04407596/file/btae315.pdf BibTex
titre
Stochastic modeling of a gene regulatory network driving B cell development in germinal centers
auteur
Alexey Koshkin, Ulysse Herbach, María Rodríguez Martínez, Olivier Gandrillon, Fabien Crauste
article
PLoS ONE, 2024, 19 (3), pp.e0301022. ⟨10.1371/journal.pone.0301022⟩
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https://hal.science/hal-04490302/file/journal.pone.0301022.pdf BibTex
titre
Binary branching processes with Moran type interactions
auteur
Alexander M.G Cox, E Horton, Denis Villemonais
article
Annales de l’Institut Henri Poincaré (B) Probabilités et Statistiques, In press
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https://inria.hal.science/hal-03715678/file/main.pdf BibTex
titre
The Multi-type Bisexual Galton-Watson Branching Process
auteur
Coralie Fritsch, Denis Villemonais, Nicolás Zalduendo
article
Annales de l’Institut Henri Poincaré (B) Probabilités et Statistiques, 2024, 60 (4), pp.2975-3008. ⟨10.1214/23-AIHP1417⟩
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https://hal.science/hal-03696115/file/main.pdf BibTex
titre
Stochastic approximation of eigenvectors and eigenvalues of the Q-symmetric expectation of a random matrix
auteur
Jean-Marie Monnez
article
Communications in Statistics – Theory and Methods, 2024, 53 (5), pp.1669-1683. ⟨10.1080/03610926.2022.2107225⟩
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https://hal.science/hal-03956687/file/Online%20estim%20EV%20Q-sym%20matrix%2020220823.pdf BibTex

Poster communications

titre
Nonparametric estimation of reference curves
auteur
Sandie Ferrigno
article
CMStatistics 2024, Dec 2024, Londres, United Kingdom.
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https://hal.science/hal-04832287/file/poster.pdf BibTex

Software

titre
Harissa: tools for mechanistic gene network inference from single-cell data
auteur
Ulysse Herbach
article
2024, ⟨swh:1:dir:8751b2c933af3332d28e2f02d8338ca4e6fdcf32;origin=https://github.com/ulysseherbach/harissa;visit=swh:1:snp:0e96961dfcdcaac02e5769a28065318db3407ae7;anchor=swh:1:rev:9b2e208bcc3183237423b8c8ebe347fa32e4ac7d⟩
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Preprints, Working Papers, …

titre
Corrigendum to : “A piecewise deterministic model for a prey-predator community” An extinction-persistence issue
auteur
Manon Costa, Edouard Strickler
article
2024
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https://hal.science/hal-04839491/file/Persistence_proie_pred-1.pdf BibTex
titre
Drawdowns of diffusions
auteur
Paavo Salminen, Pierre Vallois
article
2024
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https://hal.science/hal-04825490/file/FSV_drawdown_20.pdf BibTex
titre
Asymptotic expansion of the invariant measure for Markov-modulated ODEs at high frequency
auteur
Pierre Monmarché, Edouard Strickler
article
2024
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https://hal.inrae.fr/hal-04779988/file/2309.16464v1.pdf BibTex
titre
Population growth on a time varying network
auteur
Michel Benaïm, Claude Lobry, Tewfik Sari, Edouard Strickler
article
2024
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https://hal.science/hal-04779418/file/2411.07821v1.pdf BibTex
titre
Impacts of Tempo and Mode of Environmental Fluctuations on Population Growth: Slow- and Fast-Limit Approximations of Lyapunov Exponents for Periodic and Random Environments
auteur
Pierre Monmarché, Sebastian J. Schreiber, Édouard Strickler
article
2024
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https://hal.science/hal-04769603/file/2408.11179v1.pdf BibTex
titre
Quasi-stationary distribution for kinetic SDEs with low regularity coefficients
auteur
Nicolas Champagnat, Tony Lelièvre, Mouad Ramil, Julien Reygner, Denis Villemonais
article
2024
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https://arxiv.org/pdf/2410.01042 BibTex
titre
Mechanistic-statistical model for the expansion of ash dieback
auteur
Coralie Fritsch, Marie Grosdidier, Anne Gégout-Petit, Benoit Marçais
article
2024
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https://hal.science/hal-04690647/file/chalarose.pdf BibTex
titre
Quasi-stationary distributions in reducible state spaces
auteur
Nicolas Champagnat, Denis Villemonais
article
2024
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https://hal.science/hal-03541248/file/note-reducible_2024_07_09.pdf BibTex
titre
Semi-Lasso: a weighted Lasso designed for the integration of known regressors in linear model
auteur
Nicolas Champagnat, Anne Gégout-Petit, Anouk Rago
article
2024
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https://inria.hal.science/hal-04517255/file/semi-LASSO.pdf BibTex
titre
Quasi-limiting behaviour of the sub-critical Multitype Bisexual Galton-Watson Branching Process
auteur
Coralie Fritsch, Denis Villemonais, Nicolás Zalduendo
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04628438/file/article_QSD_bGWbp.pdf BibTex