2026
Journal articles
- titre
- Harnessing ecological niche modeling of Listeria monocytogenes for biopreservation system engineering
- auteur
- Cécile Mangavel, Chloé Gapp, Magda Corgneau, Alexis Dijamentiuk, Xincheng Liu, Annelore Elfassy, Laurent Guillier, Ghaya Ben Hmidene, Sandie Ferrigno, Mickaël Desvaux, Anne-Marie Revol-Junelles, Frédéric Borges
- article
- Food Microbiology, 2026, 133, pp.104865. ⟨10.1016/j.fm.2025.104865⟩
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-
2025
Journal articles
- titre
- A note on the top Lyapunov exponent of linear cooperative systems
- auteur
- Michel Benaïm, Claude Lobry, Tewfik Sari, Édouard Strickler
- article
- Annales de la Faculté des Sciences de Toulouse. Mathématiques., 2025, 34 (1), pp.225-241. ⟨10.5802/afst.1811⟩
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-
- titre
- Uncovering candidate Nanog-Helper genes in early mouse embryo differentiation using differential entropy and network inference
- auteur
- Francisco Prista von Bonhorst, Olivier Gandrillon, Ulysse Herbach, Corentin Robert, Claire Chazaud, Yannick de Decker, Didier Gonze, Geneviève Dupont
- article
- Scientific Reports, 2025, 15 (1), pp.19975. ⟨10.1038/s41598-025-03956-y⟩
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-
- titre
- Stochastic branching models for the telomeres dynamics in a model including telomerase activity
- auteur
- Athanase Benetos, Coralie Fritsch, Emma Horton, Lionel Lenotre, Simon Toupance, Denis Villemonais
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2025, 91 (8), ⟨10.1007/s00285-025-02230-z⟩
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-
- titre
- Degenerate processes killed at the boundary of a domain
- auteur
- Michel Benaïm, Nicolas Champagnat, William Oçafrain, Denis Villemonais
- article
- Annals of Probability, 2025, 53 (2), pp.720-752. ⟨10.1214/24-AOP1720⟩
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-
- titre
- Convergence of population processes with small and frequent mutations to the canonical equation of adaptive dynamics
- auteur
- Nicolas Champagnat, Vincent Hass
- article
- The Annals of Applied Probability, 2025, 35 (1), pp.1-63. ⟨10.1214/24-AAP2103⟩
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-
- titre
- Drawdowns of Diffusions
- auteur
- Paavo Salminen, Pierre Vallois
- article
- ESAIM: Probability and Statistics, 2025, 29, pp.357-380. ⟨10.1051/ps/2025010⟩
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-
- titre
- An extended Oja process for streaming canonical analysis
- auteur
- Jean-Marie Monnez
- article
- Communications in Statistics – Theory and Methods, In press
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-
- titre
- Dispersal-induced growth or decay in a time-periodic environment. The case of reducible migration matrices
- auteur
- Michel Benaim, Claude Lobry, Tewfik Sari, Edouard Strickler
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2025, 91 (3), pp.26. ⟨10.1007/s00285-025-02258-1⟩
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-
Lectures
- titre
- Streaming data analysis Canonical analysis of two random vectors
- auteur
- Jean-Marie Monnez
- article
- Doctoral. Analyse des flux de données, Université de Lorraine, France. 2025, pp.18
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-
Proceedings
- titre
- Efficient Stochastic Simulation of Gene Regulatory Networks Using Hybrid Models of Transcriptional Bursting
- auteur
- Mathilde Gaillard, Ulysse Herbach
- article
- Computational Methods in Systems Biology, Sep 2025, Lyon, France. Lecture Notes in Computer Science, 15959, Springer Nature Switzerland, pp.109-125, 2025, ⟨10.1007/978-3-032-01436-8_7⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- On ecological models with sublinear growth
- auteur
- Nicolas Champagnat, Pablo Marquet, Cristóbal Quiñinao, Rolando Rebolledo, Mauricio Tejo, Leonardo Videla, Nicolás Zalduendo Vidal
- article
- 2025
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-
- titre
- Modelling the effects of biological intervention in a dynamical gene network
- auteur
- Nicolas Champagnat, Rodolphe Loubaton, Laurent Vallat, Pierre Vallois
- article
- 2025
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-
- titre
- An individual-based stochastic model reveals strong constraints on allometric relationships with minimal metabolic and ecological assumptions
- auteur
- Sylvain Billiard, Virgile Brodu, Nicolas Champagnat, Coralie Fritsch
- article
- 2025
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-
2024
Journal articles
- titre
- Deciphering rind color heterogeneity of smear-ripened Munster cheese and its Association with microbiota
- auteur
- Amandine J. Martin, Anne-Marie Revol-Junelles, Jérémy Petit, Claire Gaiani, Marcia Leyva Salas, Nathan Nourdin, Mohammed Khatbane, Paulo Mafra de Almeida Costa, Sandie Ferrigno, Bruno Ebel, Myriam Schivi, Annelore Elfassy, Cécile Mangavel, Frédéric Borges
- article
- Foods, 2024, 13 (14), pp.2233. ⟨10.3390/foods13142233⟩
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-
- titre
- Large population asymptotics for a multitype stochastic SIS epidemic model in randomly switched environment
- auteur
- Adrien Prodhomme, Édouard Strickler
- article
- The Annals of Applied Probability, 2024, 34 (3), pp.3125-3180. ⟨10.1214/23-AAP2035⟩
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-
- titre
- MultiRNAflow: integrated analysis of temporal RNA-seq data with multiple biological conditions
- auteur
- Rodolphe Loubaton, Nicolas Champagnat, Pierre Vallois, Laurent Vallat
- article
- Bioinformatics, 2024, 40 (5), pp.4. ⟨10.1093/bioinformatics/btae315⟩
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-
- titre
- Stochastic modeling of a gene regulatory network driving B cell development in germinal centers
- auteur
- Alexey Koshkin, Ulysse Herbach, María Rodríguez Martínez, Olivier Gandrillon, Fabien Crauste
- article
- PLoS ONE, 2024, 19 (3), pp.e0301022. ⟨10.1371/journal.pone.0301022⟩
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-
- titre
- Stochastic approximation of eigenvectors and eigenvalues of the Q-symmetric expectation of a random matrix
- auteur
- Jean-Marie Monnez
- article
- Communications in Statistics – Theory and Methods, 2024, 53 (5), pp.1669-1683. ⟨10.1080/03610926.2022.2107225⟩
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-
- titre
- The Multi-type Bisexual Galton-Watson Branching Process
- auteur
- Coralie Fritsch, Denis Villemonais, Nicolás Zalduendo
- article
- Annales de l’Institut Henri Poincaré (B) Probabilités et Statistiques, 2024, 60 (4), pp.2975-3008. ⟨10.1214/23-AIHP1417⟩
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-
Poster communications
- titre
- Nonparametric estimation of reference curves
- auteur
- Sandie Ferrigno
- article
- CMStatistics 2024, Dec 2024, Londres, United Kingdom.
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-
Software
- titre
- Harissa: tools for mechanistic gene network inference from single-cell data
- auteur
- Ulysse Herbach
- article
- 2024, ⟨swh:1:dir:8751b2c933af3332d28e2f02d8338ca4e6fdcf32;origin=https://github.com/ulysseherbach/harissa;visit=swh:1:snp:0e96961dfcdcaac02e5769a28065318db3407ae7;anchor=swh:1:rev:9b2e208bcc3183237423b8c8ebe347fa32e4ac7d⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Corrigendum to : “A piecewise deterministic model for a prey-predator community” An extinction-persistence issue
- auteur
- Manon Costa, Edouard Strickler
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Drawdowns of diffusions
- auteur
- Paavo Salminen, Pierre Vallois
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Population growth on a time varying network
- auteur
- Michel Benaïm, Claude Lobry, Tewfik Sari, Edouard Strickler
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Asymptotic expansion of the invariant measure for Markov-modulated ODEs at high frequency
- auteur
- Pierre Monmarché, Edouard Strickler
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Impacts of Tempo and Mode of Environmental Fluctuations on Population Growth: Slow- and Fast-Limit Approximations of Lyapunov Exponents for Periodic and Random Environments
- auteur
- Pierre Monmarché, Sebastian J. Schreiber, Édouard Strickler
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Quasi-stationary distribution for kinetic SDEs with low regularity coefficients
- auteur
- Nicolas Champagnat, Tony Lelièvre, Mouad Ramil, Julien Reygner, Denis Villemonais
- article
- 2024
- Accès au bibtex
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- titre
- Mechanistic-statistical model for the expansion of ash dieback
- auteur
- Coralie Fritsch, Marie Grosdidier, Anne Gégout-Petit, Benoit Marçais
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Semi-Lasso: a weighted Lasso designed for the integration of known regressors in linear model
- auteur
- Nicolas Champagnat, Anne Gégout-Petit, Anouk Rago
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Quasi-limiting behaviour of the sub-critical Multitype Bisexual Galton-Watson Branching Process
- auteur
- Coralie Fritsch, Denis Villemonais, Nicolás Zalduendo
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
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