Productions

2025

Journal articles

titre

HGTs are not SPRs: In the presence of ghost lineages, series of Horizontal Gene Transfers do not result in series of Subtree Pruning and Regrafting

auteur

Eric Tannier, Théo Tricou, Syrine Benali, Damien de Vienne

article

Molecular Biology and Evolution, 2025, 42, pp.1-6. ⟨10.1093/molbev/msaf128⟩

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titre

Simple model for the transition from local to centralized production

auteur

Guillermo Benito-Calvino, Pablo Jensen

article

Physical Review E , 2025, 111 (3), pp.034307. ⟨10.1103/PhysRevE.111.034307⟩

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titre

The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome

auteur

Carol Moraga, Catarina Branco, Quentin Rougemont, Paris Veltsos, Pavel Jedlička, Aline Muyle, Mélissa Hanique, Eric Tannier, Xiaodong Liu, Eddy Mendoza-Galindo, Claire Lemaitre, Peter D. Fields, Corinne Cruaud, Karine Labadie, Caroline Belser, Jérôme Briolay, Sylvain Santoni, Radim Cegan, Raquel Linheiro, Ricardo C. Rodríguez de la Vega, Gabriele Adam, Adil El Filali, Vinciane Mossion, Adnane Boualem, Raquel Tavares, Amine Chebbi, Richard Cordaux, Cécile Fruchard, Djivan Prentout, Amandine Velt, Bruno Spataro, Stephane Delmotte, Laura Weingartner, Helena Toegelová, Zuzana Tulpová, Petr Cápal, Hana Šimková, Helena Štorchová, Manuela Krüger, Oushadee A. J. Abeyawardana, Douglas R. Taylor, Matthew S. Olson, Daniel B. Sloan, Sophie Karrenberg, Lynda F. Delph, Deborah Charlesworth, Tatiana Giraud, Abdelhafid Bendahmane, Alex Di Genova, Mohammed‐Amin Madoui, Roman Hobza, Gabriel Marais

article

Science, 2025, 387 (6734), pp.630-636. ⟨10.1126/science.adj7430⟩

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titre

Detecting global financial crises with scarce data by multivariate nonlinear filtering

auteur

Cécile Bastidon, Antoine Parent, Patrice Abry, Pierre Borgnat, Pablo Jensen, Barbara Pascal

article

Journal of Physics: Complexity, 2025, 6 (3), pp.035003. ⟨10.1088/2632-072X/ade948⟩

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Book sections

titre

断末期の地球でAIとの共生は可能か

auteur

Stéphane Grumbach

article

フューチャー風土 ひと、いきもの、思考する機械が共存在する未来, Kyoto University Press, 2025, 9784814005833

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Books

titre

Reinventing Governance in a Volatile World

auteur

Sylvie Albert, Jean-Eric Aubert, Stéphane Grumbach, Jeremy Millard, Paul Wormeli

article

Routledge, 1, 2025, ⟨10.4324/9781003510666⟩

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2024

Journal articles

titre

La boucle infernale. Croissance numérique, besoins énergétiques, impacts environnementaux et préoccupations sécuritaires

auteur

Gary Dirks, Stéphane Grumbach, Sander van der Leeuw

article

Hérodote – Revue de géographie et de géopolitique, 2024, n° 195 (4), pp.25-44. ⟨10.3917/her.195.0025⟩

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titre

A Painful Divorce: Law vs Digital Technologies

auteur

Stéphane Grumbach, Vincenzo Zeno-Zencovich

article

European Journal of Comparative Law and Governance, 2024, 11 (1), pp.164-185. ⟨10.1163/22134514-bja10069⟩

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titre

Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”

auteur

Théo Tricou, Eric Tannier, Damien de Vienne

article

PLoS Biology, 2024, 22 (3), pp.e3002557. ⟨10.1371/journal.pbio.3002557⟩

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titre

Quand un sociologue révèle à un physicien ce que sont les atomes

auteur

Pablo Jensen

article

Revue d’Anthropologie des Connaissances, 2024, 18 (3), ⟨10.4000/127pp⟩

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Conference papers

titre

Learning smooth graphs with sparse temporal variations to explore long-term financial trends

auteur

Cécile Bastidon, Myriam Bontonou, Pierre Borgnat, Pablo Jensen, Patrice Abry, Antoine Parent

article

32st European Signal Processing Conference (EUSIPCO), EURASIP, Aug 2024, Lyon, France

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titre

Aevol 4b: Bridging the gap between artificial life and bioinformatics

auteur

Hugo Daudey, David P. Parsons, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau, Vincent Liard, Romain Gallé, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Guillaume Beslon

article

ALIFE 2024 – International Conference for Artificial Life, Jul 2024, Copenhague, Denmark. pp.41-49, ⟨10.1162/isal_a_00716⟩

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2023

Journal articles

titre

PhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets

auteur

Aurore Comte, Théo Tricou, Eric Tannier, Julien Joseph, Aurélie Siberchicot, Simon Penel, Rémi Allio, Frédéric Delsuc, Stéphane Dray, Damien de Vienne

article

Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (11), pp.msad234. ⟨10.1093/molbev/msad234⟩

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titre

Host-symbiont-gene phylogenetic reconciliation

auteur

Hugo Menet, Alexia Nguyen Trung, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

Peer Community Journal, 2023, pp.1-22. ⟨10.24072/pcjournal.273⟩

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titre

Se réapproprier la production de connaissance

auteur

Alexandre Monnin, Eric Tannier, Maël Thomas

article

Analyse Opinion Critique, 2023, https://aoc.media/opinion/2023/05/17/se-reapproprier-la-production-de-connaissance/

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Conference papers

titre

Quelle physique sous contrainte environnementale ?

auteur

André Estevez-Torres, Guillaume Roux, Freddy Bouchet, Pablo Jensen

article

Société Française de Physique, Jul 2023, Paris, France

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titre

Back to the trees: Identifying plants with Human Intelligence

auteur

Simon Castellan, Jos Käfer, Eric Tannier

article

LIMITS 2023 – Ninth Workshop on Computing within Limits, Jul 2023, Virtuel – Online, France. pp.1-11, ⟨10.21428/bf6fb269.265c52ce⟩

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titre

Geopolitica del cyberspazio

auteur

Stéphane Grumbach

article

Biennale Democrazia, Fondazione per la Cultura Torino, Mar 2023, Torino, Italy

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Book sections

titre

网络空间与韧性：社会复杂性激增的挑战

auteur

Stéphane Grumbach

article

数字世界的共同愿景——全球智库论携手构建网络空间命运共同体, 商务印书馆, pp.126, 2023, 978-7-100-22431-4

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Reports

titre

Approche globale des éthiques dans les relations sociétés/nature

auteur

Rémi Beau, Catherine Aubertin, Annabelle Aish, Anne Atlan, Sébastien Barot, Olivier Barrière, Nadia Belaïdi, François Criscuolo, Claire Damesin, Vincent Daubin, Julien Dellaux, Frédéric Ducarme, Juan Fernández-Manjarrés, Renata Freitas Machado, Jessica Garcia de Silveira, Thibault Genissel, Sylvie Guillerme, Jane Lecomte, Hélène Melin, Marie Pelé, Florence F. Pinton, Sylvie Pouteau, Bernard Reber, François Sarrazin, Cédric Sueur, Eric Tannier

article

CNRS – INEE. 2023, pp.211-219

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2022

Journal articles

titre

Ghost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow

auteur

Théo Tricou, Eric Tannier, Damien M. de Vienne

article

PLoS Biology, 2022, 20 (9), pp.e3001776. ⟨10.1371/journal.pbio.3001776⟩

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titre

The crisis of the scientific mind : an investigation, a tragedy and a collective redistribution of roles

auteur

Eric Tannier, Vincent Daubin, Sophie Quinton

article

Les Cahiers de Framespa : e-Storia, 2022, 40, ⟨10.4000/framespa.13150⟩

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titre

The Contours of a Cliophysics. How Can Econophysics Enrich Cliometrics? Case Studies in Debt Issues and Global Capital Markets

auteur

Patrice Abry, Cécile Bastidon, Pierre Borgnat, Pablo Jensen, Antoine Parent

article

Frontiers in Physics, 2022, 10, ⟨10.3389/fphy.2022.894400⟩

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titre

Thirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation

auteur

Simon Penel, Hugo Menet, Théo Tricou, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

Bioinformatics, 2022, 38 (8), pp.2350-2352. ⟨10.1093/bioinformatics/btac062⟩

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titre

Long-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness

auteur

Alexandre Laverré, Eric Tannier, Anamaria Necsulea

article

Genome Research, 2022, 32 (2), pp.280-296. ⟨10.1101/gr.275901.121⟩

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titre

Phylogenetic reconciliation

auteur

Hugo Menet, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

PLoS Computational Biology, 2022, 18 (11), pp.e1010621. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010621⟩

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titre

A hapless mathematical contribution to biology

auteur

Eric Tannier

article

History and Philosophy of the Life Sciences, 2022, 44 (34), ⟨10.1007/s40656-022-00514-x⟩

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titre

Introducing simple models of social systems

auteur

Pablo Jensen

article

American Journal of Physics, 2022, 90, pp.462. ⟨10.1119/5.0086028⟩

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titre

Contested Spatialities of Digital Sovereignty

auteur

Georg Glasze, Amaël Cattaruzza, Frédérick Douzet, Finn Dammann, Marie-Gabrielle Bertran, Clotilde Bômont, Matthias Braun, Didier Danet, Alix Desforges, Aude Géry, Stéphane Grumbach, Patrik Hummel, Kevin Limonier, Max Münßinger, Florian Nicolai, Louis Pétiniaud, Jan Winkler, Caroline Zanin

article

Geopolitics, 2022, pp.1-40. ⟨10.1080/14650045.2022.2050070⟩

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titre

A new clustering method to explore the dynamics of research communities

auteur

Jordan Cambe, Sébastian Grauwin, Patrick Flandrin, Pablo Jensen

article

Scientometrics, 2022, 127 (8), pp.4459-4482. ⟨10.1007/s11192-022-04463-x⟩

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titre

Ghost lineages highly influence the interpretation of introgression tests

auteur

Théo Tricou, Eric Tannier, Damien M. de Vienne

article

Systematic Biology, 2022, 71 (5), pp.1147-1158. ⟨10.1093/sysbio/syac011⟩

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Books

titre

L’Empire des Algorithmes

auteur

Stéphane Grumbach

article

2022, 978-2-200-63377-6

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Preprints, Working Papers, …

titre

GOntact: using chromatin contacts to infer Gene Ontology enrichments for cis -regulatory elements

auteur

Alexandre Laverré, Eric Tannier, Philippe Veber, Anamaria Necsulea

article

2022

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titre

The politics of physicists’ social models

auteur

Pablo Jensen

article

2022

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2021

Journal articles

titre

Chagas Disease across Contexts: Scientific Knowledge in a Globalized World

auteur

Pablo Jensen, Luciano Levin, Pablo Kreimer

article

Medical Anthropology, 2021, 40 (6), pp.572-589. ⟨10.1080/01459740.2021.1946805⟩

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titre

应对网络空间系统性风险需要全球性策略

auteur

Frédérick Douzet, Stéphane Grumbach

article

网络传播 = New Media, 2021

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titre

What do we see when we look at networks

auteur

Tommaso Venturini, Mathieu Jacomy, Pablo Jensen

article

Big Data & Society, 2021, 8 (1), ⟨10.1177/20539517211018488⟩

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titre

The New Frontiers of Systemic Risks, Pandemics, Climate Change and Cyberspace

auteur

Frédérick Douzet, Stéphane Grumbach

article

网络传播 = New Media, 2021

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titre

The evolution of knowledge processing and the sustainability conundrum

auteur

Stéphane Grumbach, Sander van Der Leeuw

article

Global Sustainability, 2021, 4, pp.1-11. ⟨10.1017/sus.2021.29⟩

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Scientific blog post

titre

Deep Learning, libéralisme et contrôle social (Mondes Sociaux)

auteur

Pablo Jensen

article

2021, ⟨10.58079/u9jb⟩

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Book sections

titre

デジタル・コントロールと地球エコシステム：東アジアにおいてアンソロポシーンのガバナンスはデザインされうるか

auteur

Stéphane Grumbach

article

寺田 匡宏、ダニエル・ナイルズ. M. Terada and D. Niles (eds.), Questioning the Anthropocene: From the view point of bottom up and region (tentative title), Kyoto: Kyoto University Press, forthcomig (to be published in 2020).(寺田匡宏、ダニエル・ナイルズ（編）『アンソロポシーンを問う：実践と地域の視点から（仮）』京都大学学術出版会、（刊行予定、2020年）), Kyoto University Press, 2021, 人新世を問う 環境、人文、アジアの視点

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titre

Seaview Version 5: A Multiplatform Software for Multiple Sequence Alignment, Molecular Phylogenetic Analyses, and Tree Reconciliation

auteur

Manolo Gouy, Eric Tannier, Nicolas Comte, David Parsons

article

Multiple Sequence Alignment, 2231, Humana, pp.241-260, 2021, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1036-7_15⟩

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Books

titre

Your Life in Numbers

auteur

Pablo Jensen

article

, 2021, 978-3-030-65103-9

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titre

Deep Earnings : le néolibéralisme au coeur des réseaux de neurones

auteur

Pablo Jensen

article

, 2021

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2020

Journal articles

titre

Research in Education Draws Widely From the Social Sciences and Humanities

auteur

Kristine Lund, Heisawn Jeong, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen

article

Frontiers in Education , 2020, 5, ⟨10.3389/feduc.2020.544194⟩

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titre

Evolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies

auteur

Robert Waterhouse, Sergey Aganezov, Yoann Anselmetti, Jiyoung Lee, Livio Ruzzante, Maarten Reijnders, Romain Feron, Sèverine Bérard, Phillip George, Matthew Hahn, Paul Howell, Maryam Kamali, Sergey Koren, Daniel Lawson, Gareth Maslen, Ashley Peery, Adam Phillippy, Maria Sharakhova, Eric Tannier, Maria Unger, Simo Zhang, Max Alekseyev, Nora J Besansky, Cedric Chauve, Scott Emrich, Igor Sharakhov

article

BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-20. ⟨10.1186/s12915-019-0728-3⟩

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titre

L’informatique les pieds sur Terre

auteur

Eric Tannier

article

Interstices, 2020

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titre

Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.

auteur

Nicolas Comte, Benoît Morel, Damir Hasic, Laurent Guéguen, Bastien Boussau, Vincent Daubin, Simon Penel, Celine Scornavacca, Manolo Gouy, Alexandros Stamatakis, Eric Tannier, David P. Parsons

article

Bioinformatics, 2020, 36 (18), pp.4822-4824. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa615⟩

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titre

Spatial and temporal regularization to estimate COVID-19 reproduction number R(t): Promoting piecewise smoothness via convex optimization

auteur

Patrice Abry, Nelly Pustelnik, Stéphane G. Roux, Pablo Jensen, Patrick Flandrin, Rémi Gribonval, Charles-Gérard Lucas, Éric Guichard, Pierre Borgnat, Nicolas B. Garnier

article

PLoS ONE, 2020, 15 (8), pp.e0237901. ⟨10.1371/journal.pone.0237901⟩

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titre

How humans may co-exist with Earth? The case for suboptimal systems

auteur

Stéphane Grumbach, Olivier Hamant

article

Anthropocene, 2020, 30, pp.1-10. ⟨10.1016/j.ancene.2020.100245⟩

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titre

Graph-based era segmentation of international financial integration

auteur

Cécile Bastidon, Antoine Parent, Pablo Jensen, Patrice Abry, Pierre Borgnat

article

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 2020, 539, pp.122877. ⟨10.1016/j.physa.2019.122877⟩

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titre

Graph-based era segmentation of international financial integration

auteur

Cécile Bastidon, Antoine Parent, Pablo Jensen, Patrice Abry, Pierre Borgnat

article

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 2020, 539, pp.122877. ⟨10.1016/j.physa.2019.122877⟩

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titre

Gouvernance numérique et changement climatique

auteur

Stéphane Grumbach

article

Hérodote – Revue de géographie et de géopolitique, 2020, 177-178 (2), pp.1-17. ⟨10.3917/her.177.0017⟩

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titre

Who benefits most from Lyon’s bike sharing system?

auteur

Jordan Cambe, Patrice Abry, Julien Barnier, Pierre Borgnat, Marie Vogel, Pablo Jensen

article

PLoS ONE, 2020, 15 (4), ⟨10.1371/journal.pone.0231550⟩

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Scientific blog post

titre

La fin d’un tout petit monde

auteur

Eric Tannier

article

2020

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Conference papers

titre

COVID-19 Reproduction Number Estimation: Spatial and Temporal in Convex Optimization to Promote Piecewise Smoothness

auteur

Patrice Abry, Nelly Pustelnik, Stéphane Roux, Pablo Jensen, Patrick Flandrin, Rémi Gribonval, Charles-Gérard Lucas, Éric Guichard, Pierre Borgnat, Nicolas Garnier

article

CCS 2020 – Conference on Complex Systems, Dec 2020, online, Greece. pp.1

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Book sections

titre

Ancestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics

auteur

Eric Tannier, Adelme Bazin, Adrián Davín, Laurent Guéguen, Sèverine Bérard, Cedric Chauve

article

Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas. Phylogenetics in the Genomic Era, No commercial publisher | Authors open access book, pp.2.5:1–2.5:19, 2020

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2019

Journal articles

titre

Discrete Mumford-Shah on graph for mixing matrix estimation

auteur

Yacouba Kaloga, Marion Foare, Nelly Pustelnik, Pablo Jensen

article

IEEE Signal Processing Letters, 2019, 26 (9), pp.1275-1279. ⟨10.1109/lsp.2019.2917518⟩

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titre

In social complex systems, the whole can be more or less than (the sum of) the parts

auteur

Pablo Jensen, Eric Bertin

article

Comptes Rendus. Physique, 2019, 20 (4), pp.329-335. ⟨10.1016/j.crhy.2019.05.012⟩

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titre

The politics of physicists’ social models

auteur

Pablo Jensen

article

Comptes Rendus. Physique, 2019, 20 (4), pp.380-386. ⟨10.1016/j.crhy.2019.05.016⟩

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titre

A cartography of web tracking using DNS records

auteur

Jingxiu Su, Zhenyu Li, Stéphane Grumbach, Muhammad Ikram, Kavé Salamatian, Gaogang Xie

article

Computer Communications, 2019, 134, pp.83-95. ⟨10.1016/j.comcom.2018.11.008⟩

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titre

Zombi: A phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages

auteur

Adrian A Davin, Theo Tricou, Eric Tannier, Damien M. de Vienne, Gergely J Szöllosi

article

Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz710⟩

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titre

Quand les branches de l’arbre du vivant s’entremêlent

auteur

Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin

article

Pour la science, 2019, ⟨10.3917/pls.506.0056⟩

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titre

Gene tree species tree reconciliation with gene conversion

auteur

Damir Hasic, Eric Tannier

article

Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (6), pp.1981-2014. ⟨10.1007/s00285-019-01331-w⟩

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titre

Gene tree reconciliation including transfers with replacement is NP-hard and FPT

auteur

Damir Hasic, Eric Tannier

article

Journal of Combinatorial Optimization, 2019, 38 (2), pp.502-544. ⟨10.1007/s10878-019-00396-z⟩

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Conference papers

titre

Segmentation de corrélations par débruitage pour explorer l’intégration financière internationale

auteur

Pierre Borgnat, Cécile Bastidon, Pablo Jensen, Patrice Abry, Antoine Parent

article

GRETSI 2019 – XXVIIème Colloque francophone de traitement du signal et des images, Aug 2019, Lille, France

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titre

Pourquoi la société ne se laisse pas mettre en équations ?

auteur

Valérie Beaudouin, Pierre-Antoine Chardel, Valérie Charolles, Pablo Jensen

article

Festival Institut Français de la Mode (IFM). “Des chiffres ou des lettres ?”, Jun 2019, Paris, France

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Book sections

titre

New Intermediaries: Extra‐territorial Platforms

auteur

Stéphane Grumbach

article

Jean-Pierre Chamoux. The Digital Era 2: Political Economy Revisited, 2019, 978-1-786-30191-8

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titre

L’Entropie du Numérocène Quelques reflexions sur la Révolution Numérique et l’Anthropocène

auteur

Stéphane Grumbach

article

Stéphane Grumbach, Olivier Hamant, Julie Le Gall, Ioan Negrutiu. Anthropocène, à l’école de l’indiscipline, , pp.1-13, 2019

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Reports

titre

Sciences, Environnements et Sociétés

auteur

Françoise Berthoud, Pascal Guitton, Laurent Lefèvre, Sophie Quinton, Antoine Rousseau, Jacques Sainte-Marie, Céline Serrano, Jean-Bernard Stefani, Peter Sturm, Eric Tannier

article

[0] Inria. 2019

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Preprints, Working Papers, …

titre

Evolutions of Individuals Use of Lyon’s Bike Sharing System

auteur

Jordan Cambe, Patrice Abry, Julien Barnier, Pierre Borgnat, Marie Vogel, Pablo Jensen

article

2019

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titre

What do we see when we look at networks

auteur

Tommaso Venturini, Mathieu Jacomy, Pablo Jensen

article

2019

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titre

In social complex systems, the whole can be more or less than (the sum of) the parts

auteur

Eric Bertin, Pablo Jensen

article

2019

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2018

Journal articles

titre

Dans les griffes des algorithmes

auteur

Stéphane Grumbach

article

Infra-mince, 2018

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titre

Géopolitique des technologies

auteur

Stéphane Grumbach, Clément Renaud

article

Questions internationales, 2018

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titre

RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees

auteur

Wandrille Duchemin, Guillaume Gence, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Lars Arvestad, Mukul Bansal, Vincent Berry, Bastien Boussau, François Chevenet, Nicolas Comte, Adrián Davín, Christophe Dessimoz, David Dylus, Damir Hasic, Diego Mallo, Rémi Planel, David Posada, Celine Scornavacca, Gergely Szöllősi, Louxin Zhang, Eric Tannier, Vincent Daubin

article

Bioinformatics, 2018, 34 (21), pp.3646-3652. ⟨10.1093/bioinformatics/bty389⟩

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titre

Gene transfers can date the tree of life

auteur

Adrián Davín, Eric Tannier, Tom A Williams, Bastien Boussau, Vincent Daubin, Gergely Szöllősi

article

Nature Ecology & Evolution, 2018, 2 (5), pp.904-909. ⟨10.1038/s41559-018-0525-3⟩

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titre

Giant Catalytic Effect of Altruists in Schelling’s Segregation Model

auteur

Pablo Jensen, Thomas Matreux, Jordan Cambe, Hernán Larralde, Eric Bertin

article

Physical Review Letters, 2018, 120 (20), ⟨10.1103/PhysRevLett.120.208301⟩

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titre

Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes

auteur

Yoann Anselmetti, Wandrille Duchemin, Eric Tannier, Cedric Chauve, Sèverine Bérard

article

BMC Genomics, 2018, 19 (S2), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-4466-7⟩

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titre

Coexistence of several currencies in presence of increasing returns to adoption

auteur

Alex Lamarche-Perrin, André Orléan, Pablo Jensen

article

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 2018, 496, pp.612-619. ⟨10.1016/j.physa.2017.12.117⟩

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titre

Coexistence of several currencies in presence of increasing returns to adoption

auteur

Alex Lamarche-Perrin, André Orléan, Pablo Jensen

article

Physical Review A, 2018, ⟨10.13140/RG.2.2.29940.76162⟩

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titre

Datasphere, Data Flows beyond Control : Challenges for Law and Governance

auteur

Jean-Sylvestre Bergé, Stéphane Grumbach, Vincenzo Zeno-Zencovich

article

European Journal of Comparative Law and Governance, 2018, 5 (2), p. 144-178

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Scientific blog post

titre

Peut-on mettre le monde social en équations ? (Mondes Sociaux)

auteur

Pablo Jensen

article

2018, ⟨10.58079/u9a0⟩

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Conference papers

titre

Digital Control and the Earth Ecosystem Will the governance of the anthropocene be designed in East Asia?

auteur

Stéphane Grumbach

article

RIHN – 2018 13th International Symposium Humanities on the Ground: Confronting the Anthropocene in Asia, Dec 2018, Kyoto, Japan. pp.1-13

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titre

Toward Accurate Inference of Web Activities from Passive DNS Data

auteur

Jingxiu Su, Zhenyu Li, Stéphane Grumbach, Kave Salamatian, Gaogang Xie

article

IWQoS’18 – IEEE/ACM International Symposium on Quality of Service, Jun 2018, Banff, Canada

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Book sections

titre

De nouveaux intermédiaires : les plates-formes extraterritoriales

auteur

Stéphane Grumbach

article

J-P. Chamoux. L’ère du numérique, Vol. 2: L’économie politique à l’épreuve, ISTE éditions, 2018, 9781784052898

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Books

titre

Théorie des codes – 3e édition

auteur

Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette

article

Dunod, pp.416, 2018, 9782100781096

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2017

Journal articles

titre

Digital Revolution or Anthropocenic Feedback?

auteur

Stéphane Grumbach, Olivier Hamant

article

Anthropocene Review, 2017, 5 (1), pp.1-12. ⟨10.1177/2053019617748337⟩

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titre

The Datasphere as a New Paradigm for Relationship between Territories in Law

auteur

Jean-Sylvestre Bergé, Stéphane Grumbach

article

Revista Brasileira de Políticas Públicas, 2017, vol. 7 (3)

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titre

Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes

auteur

Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier

article

Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, 16 (11 p.). ⟨10.1186/s13015-017-0107-y⟩

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titre

The Datasphere and the Law: New Space, New Territories

auteur

Jean-Sylvestre Bergé, Stéphane Grumbach

article

Revista Brasileira de Políticas Públicas, 2017, 7 (3), pp.II-XVII

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titre

Tracking the Evolution of Temporal Patterns of Usage in Bicycle-Sharing Systems Using Nonnegative Matrix Factorization on Multiple Sliding Windows

auteur

Rémy Cazabet, Pablo Jensen, Pierre Borgnat

article

International Journal of Urban Sciences, 2017, ⟨10.1080/12265934.2017.1336468⟩

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titre

Resolution and reconciliation of non-binary gene trees with transfers, duplications and losses

auteur

Edwin Jacox, Mathias Weller, Eric Tannier, Celine Scornavacca

article

Bioinformatics, 2017, 33 (7), pp.980-987. ⟨10.1093/bioinformatics/btw778⟩

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titre

Digital Platforms: A New Grammar for Territories?

auteur

Stéphane Grumbach

article

Ethics in Progress, In press, 1 (1)

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titre

Pourquoi “maintenant” ? Le cas de la révolution de l’intermédiation algorithmique

auteur

Stéphane Grumbach, Olivier O. Hamant

article

Multitudes, A paraître

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titre

Une carte scientométrique de la recherche en éducation vue par la base de données internationales Scopus

auteur

Kristine Lund, H. Jeong, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen

article

Les Sciences de l’éducation pour l’ère nouvelle : revue internationale, 2017, 50 (1), pp.67-84. ⟨10.3917/lsdle.501.0067⟩

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titre

DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies

auteur

Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. ⟨10.1093/gbe/evx069⟩

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Conference papers

titre

Distributed Random Process for a Large-Scale Peer-to-Peer Lottery

auteur

Stéphane Grumbach, Robert Riemann

article

17th IFIP International Conference on Distributed Applications and Interoperable Systems (DAIS), Jun 2017, Neuchâtel, Switzerland. pp.34-48, ⟨10.1007/978-3-319-59665-5_3⟩

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titre

Secure and Trustable Distributed Aggregation based on Kademlia

auteur

Stéphane Grumbach, Robert Riemann

article

32th IFIP International Conference on ICT Systems Security and Privacy Protection (SEC), May 2017, Rome, Italy. pp.171-185, ⟨10.1007/978-3-319-58469-0_12⟩

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titre

Using Degree Constrained Gravity Null-Models to understand the structure of journeys’ networks in Bicycle Sharing Systems

auteur

Rémy Cazabet, Pierre Borgnat, Pablo Jensen

article

ESANN 2017 – European Symposium on Artificial Neural Networks, Computational Intelligence and Machine Learning, Apr 2017, Bruges, Belgium

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titre

Using Scientometric Visualizations to Bridge Disciplinary Boundaries in Research on Education

auteur

Kristine Lund, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen, R. Rozencwajg, Emmanuelle Picard, Heisawn Jeong, Stephen Fiore

article

Symposium presented at the International Convention of Psychological Science, Association for Psychological Science, Mar 2017, Vienna, Austria

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titre

Enhancing Space-Aware Community Detection Using Degree Constrained Spatial Null Model

auteur

Rémy Cazabet, Pierre Borgnat, Pablo Jensen

article

CompleNet 2017 – 8th Conference on Complex Networks, Mar 2017, Dubrovnik, Croatia. pp.26118 – 55, ⟨10.1007/978-3-319-54241-6_4⟩

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titre

Distributed Protocols at the Rescue for Trustworthy Online Voting

auteur

Robert Riemann, Stéphane Grumbach

article

3rd International Conference on Information Systems Security and Privacy (ICISSP 2017), Feb 2017, Porto, Portugal. pp.499 – 505, ⟨10.5220/0006228504990505⟩

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Book sections

titre

Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization

auteur

Yoann Anselmetti, Nina Luhmann, Sèverine Bérard, Eric Tannier, Cedric Chauve

article

Comparative Genomics: Methods and Protocols, pp.343 – 362, 2017, ⟨10.1007/978-1-4939-7463-4_13⟩

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Other publications

titre

MaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers

auteur

Cédric Chauve, Akbar A Rafiey, Adrian A Davin, Celine Scornavacca, Philippe Veber, Bastien Boussau, Gergely J Szollosi, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

2017, ⟨10.1101/127548⟩

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Preprints, Working Papers, …

titre

Revealing evolutions in dynamical networks

auteur

Matteo Morini, Patrick Flandrin, Eric Fleury, Tommaso Venturini, Pablo Jensen

article

2017

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titre

Network analysis of Japanese global business using quasi-exhaustive micro-data for Japanese overseas subsidiaries

auteur

Jean-Pascal Bassino, Pablo Jensen, Matteo Morini

article

2017

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titre

A simplistic model of the emergence of money

auteur

Alex Lamarche-Perrin, André Orléan, Pablo Jensen

article

2017

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2016

Journal articles

titre

Exploring the polycentric city with multi-worker households: an agent-based microeconomic model

auteur

Rémi Lemoy, Charles Raux, Pablo Jensen

article

Computers, Environment and Urban Systems, 2016, ⟨10.1016/j.compenvurbsys.2016.10.008⟩

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titre

La sphère des données : objet du droit international et Européen

auteur

Jean-Sylvestre Bergé, Stéphane Grumbach

article

Journal du droit international (Clunet), 2016, 4

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titre

Chasing data in the Intermediation Era: Economy and Security at stakes

auteur

Aurélien Faravelon, Stéphane Frénot, Stéphane Grumbach

article

IEEE Security and Privacy Magazine, 2016, Economics of Cybersecurity, Part 2, 14 (3), pp.22-31. ⟨10.1109/MSP.2016.50⟩

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titre

Les données en question

auteur

Stéphane Grumbach, Patrick Valduriez

article

Interstices, 2016

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titre

Francisella IglG protein and the DUF4280 proteins: PAAR-like proteins in non-canonical Type VI secretion systems?

auteur

Claire Lays, Eric Tannier, Thomas Henry

article

Microbial Cell , 2016, 3 (11), pp.576-578. ⟨10.15698/mic2016.11.543⟩

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titre

Efficient gene tree correction guided by genome evolution

auteur

Emmanuel Noutahi, Magali Semeria, Manuel Lafond, Jonathan Seguin, Bastien Boussau, Laurent Guéguen, Nadia El-Mabrouk, Eric Tannier

article

PLoS ONE, 2016, 11 (8), e0159559 (22 p.). ⟨10.1371/journal.pone.0159559⟩

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titre

Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space

auteur

Laurent Bulteau, Guillaume Fertin, Eric Tannier

article

BMC Bioinformatics, 2016, 17 (Suppl 14), 426 (7 p.). ⟨10.1186/s12859-016-1264-6⟩

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titre

Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation

auteur

Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe, Eric Tannier

article

Genome Biology and Evolution, 2016, 8 (5), pp.1427-1439. ⟨10.1093/gbe/evw083⟩

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Scientific blog post

titre

We need new laws to regulate the world’s newest frontier: the datasphere

auteur

Jean-Sylvestre Bergé, Stéphane Grumbach

article

http://theconversation.com/we-need-new-laws-to-regulate-the-worldsnewest-frontier-the-datasphere-66458, 2016

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Conference papers

titre

Platforms as Governments

auteur

Aurélien Faravelon, Stéphane Grumbach

article

The Internet, Policy & Politics Conferences, Sep 2016, Oxford, France

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titre

In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics

auteur

Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon, Carole Knibbe

article

Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. pp.79-82

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titre

Comparative Genomics on Artificial Life

auteur

Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon, Eric Tannier

article

Computability in Europe, Jun 2016, Paris, France. pp.35-44

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titre

The Complexity of Public and Private Policies for Big Data

auteur

Aurélien Faravelon, Stéphane Grumbach

article

22nd ICE/IEEE ITMC International Technology Management Conference, IEEE, Jun 2016, Trondheim, Norway

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titre

Genome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions

auteur

Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier

article

WABI 2016, 2016, Aarhus, Denmark. pp.162-173

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titre

Dating with transfers

auteur

Adrián Davín, Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin

article

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France

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titre

Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l’assemblage de génomes actuels

auteur

Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, Sèverine Bérard

article

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France

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titre

Nucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all

auteur

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France

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Book sections

titre

Ancestral Reconstruction: Theory and Practice

auteur

Mathieu Groussin, Vincent Daubin, Eric Tannier, Manolo Gouy

article

Richard M. Kliman. Encyclopedia of Evolutionary Biology, Elsevier, pp.70-77, 2016, ⟨10.1016/B978-0-12-800049-6.00166-9⟩

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titre

Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence)

auteur

Eric Tannier

article

Kao, Ming-Yang. Encyclopedia of Algorithms, Springer, pp.2028-2032, 2016, 978-1-4939-2863-7

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Other publications

titre

Detecting Global Bridges in Networks

auteur

Matteo Morini, Alessandro Vespignani, Eric Fleury, Jean-Philippe Cointet, Mathieu Jacomy, Márton Karsai, Pablo Jensen, Pierre Mercklé, Tommaso Venturini

article

2016

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titre

Structuration does distance really matter for distance based measures of geographic concentration?

auteur

Florence Puech, Nicolas Ovtracht, Pablo Jensen, Eric Marcon

article

2016

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2015

Journal articles

titre

Qu’est-ce que l’intermédiation algorithmique ?

auteur

Stéphane Grumbach

article

1024 : Bulletin de la Société Informatique de France, 2015, 7, pp.93-11

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titre

Detecting global bridges in networks

auteur

Pablo Jensen, Matteo Morini, Márton Karsai, Tommaso Venturini, Alessandro Vespignani, Mathieu Jacomy, Jean-Philippe Cointet, Pierre Mercklé, Eric Fleury

article

Journal of Complex Networks, 2015, 4 (3), pp.319-329. ⟨10.1093/comnet/cnv022⟩

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titre

Fill in the Gap: A New Alliance for Social and Natural Sciences

auteur

Tommaso Venturini, Pablo Jensen, Bruno Latour

article

Journal of Artificial Societies and Social Simulation, 2015, 18 (2), pp.18 – 29. ⟨10.18564/jasss.2729⟩

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titre

Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join

auteur

Priscila Biller, Laurent Guéguen, Eric Tannier

article

BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S7. ⟨10.1186/1471-2105-16-S14-S7⟩

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titre

Reinstituting Nature: A Latourian Workshop

auteur

Didier Debaise, Pablo Jensen, Pierre Montebello, Nicolas Prignot, Isabelle Stengers, Aline Wiame

article

Environmental Humanities, 2015, 6 (1), pp.167 – 174. ⟨10.1215/22011919-3615943⟩

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titre

Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi

auteur

G.J. Szollosi, Adrián Arellano Davin, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

article

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), 2015, 370, 20140335 (11 p.). ⟨10.1098/rstb.2014.0335⟩

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titre

Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding

auteur

Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, Sèverine Bérard

article

BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2164-16-S10-S11⟩

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titre

Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies

auteur

Magali Semeria, Eric Tannier, Laurent Guéguen

article

BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-16-S14-S5⟩

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titre

O Todo é Sempre Menor que as Partes: um teste digital acerca das mônadas de Gabriel Tarde

auteur

Bruno Latour, Pablo Jensen, Dominique Boullier, Sébastian Grauwin, Tommaso Venturini

article

Parágrafo, 2015, 3 (2), pp.7-25

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titre

Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence

auteur

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S9. ⟨10.1007/978-3-319-19048-8_16⟩

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titre

The inference of gene trees with species trees

auteur

Gergely Szöllősi, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

article

Systematic Biology, 2015, Special Issue: Mathematical and Computational Evolutionary Biology (2013), 64 (1), pp.e42-e62. ⟨10.1093/sysbio/syu048⟩

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titre

Karyotype and Gene Order Evolution from ReconstructedExtinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity ofModern Rosid Crops

auteur

Florent Murat, Rongzhi R. Zhang, Sébastien Guizard, Haris Gavranovic, Raphael Flores, Delphine Steinbach, Hadi Quesneville, Eric Tannier, Jérôme Salse

article

Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.735-749. ⟨10.1093/gbe/evv014⟩

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Conference papers

titre

Cross-Border Data Exchanges : The Rise of Platform Economy in Asia

auteur

Jean-Pascal Bassino, Aurélien Faravelon, Stéphane Grumbach

article

International workshop: “Cross-border Exchanges and the Shadow Economy”, International Institute for Asian Studies, Dec 2015, Leiden, Netherlands

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titre

Temporal evolution of communities based on scientometrics data

auteur

Matteo Morini, Pablo Jensen, Patrick Flandrin

article

Sciences des données et humanités numeriques, Projet ARESOS (Reconstruction, Analyse et Accès aux Données dans les Grands Réseaux Socio‐Sémantiques), ISC-PIF, Nov 2015, Paris, France

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titre

The evolution of Japanese business networks in ASEAN countries since the 1960s

auteur

Jean­-Pascal Bassino, Pablo Jensen, Matteo Morini

article

2015 Historical Network Research Conference, Sep 2015, Lisbon, Portugal

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titre

The Geopolitics of Intermediation platforms: a cartographic approach

auteur

Stéphane Grumbach, Frédérick Douzet, Robine Jéremy, Aurélien Faravelon

article

XIX European Colloquium on Theoretical and Quantitative Geography, Sep 2015, Bari, Italy

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titre

A Simple Model of Coevolution for Macroscopic and Microscopic Levels

auteur

Matteo Morini, Pablo Jensen

article

SwarmFest 2015, Swarm Developement Group (SDG), Jul 2015, Columbia, SC, United States

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Books

titre

Foundations of Coding: Compression, Encryption, Error-Correction

auteur

Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette

article

Wiley, pp.376, 2015, 978-1-118-88144-6

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Preprints, Working Papers, …

titre

A Scientometric Map of Global Educational Research

auteur

Kristine Lund, Heisawn Jeong, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen

article

2015

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2014

Journal articles

titre

From the chromatin interaction network to the organization of the human genome into replication N/U-domains

auteur

Rasha E Boulos, Hanna Julienne, Antoine Baker, Chun-Long Chen, Nataliya Petryk, Malik Kahli, Yves Dʼaubenton-Carafa, Arach Goldar, Pablo Jensen, Olivier Hyrien, Claude Thermes, Alain Arneodo, Benjamin Audit

article

New Journal of Physics, 2014, 16 (11), pp.115014. ⟨10.1088/1367-2630/16/11/115014⟩

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titre

Counting and sampling SCJ small parsimony solutions

auteur

István Miklós, Sándor Z. Kiss, Eric Tannier

article

Theoretical Computer Science, 2014, 552, pp.83-98. ⟨10.1016/j.tcs.2014.07.027⟩

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titre

Les données, objets de toutes les convoitises

auteur

Stéphane Frénot, Stéphane Grumbach

article

Hérodote – Revue de géographie et de géopolitique, 2014, 1 (152-153), pp.43-66. ⟨10.3917/her.152.0043⟩

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titre

Metapopulation epidemic models with heterogeneous mixing and travel behaviour.

auteur

Andrea Apolloni, Chiara Poletto, José Ramasco, Pablo Jensen, Vittoria Colizza

article

Theoretical Biology and Medical Modelling, 2014, 11 (1), pp.3. ⟨10.1186/1742-4682-11-3⟩

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titre

Dette publique et croissance : des erreurs bien choisies

auteur

Pablo Jensen, Antoine Parent

article

La Recherche, 2014, 487, pp.64-67

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Conference papers

titre

C3PO: a Spontaneous and Ephemeral Social Networking Framework for a collaborative Creation and Publishing of Multimedia Contents

auteur

Frédérique Laforest, Nicolas Le Sommer, Stéphane Frénot, François de Corbière, Yves Mahéo, Pascale Launay, Christophe Gravier, Julien Subercaze, Damien Reimert, Etienne Brodu, Idris Daikh, Nicolas Phelippeau, Xavier Adam, Frédéric Guidec, Stéphane Grumbach

article

International conference on selected topics in Mobile and Wireless Networking (MoWNet 2014), Sep 2014, Rome, Italy. pp.129-134, ⟨10.1016/j.procs.2014.10.040⟩

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titre

E-Voting, the Case for Decentralised Systems

auteur

Stéphane Frénot, Stéphane Grumbach, Damien Reimert

article

COOP 2014, May 2014, Nice, France. pp.3

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Book sections

titre

Des données à l’intermédiation,une révolution économique et politique

auteur

Stephane Frenot, Stéphane Grumbach

article

Big data : nouvelles partitions de l’information, De Boeck, 2014, 2804189155

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titre

La Chine au cœur de la société de l’information

auteur

Stéphane Grumbach

article

Marianne Bastid-Bruguière. Une autre émergence~? Puissance technique et ressorts culturels en Inde et en Chine, Hermann, 2014, Débat Public, 978 2 7056 8882 0

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Poster communications

titre

Bridgeness: a novel centrality measure to detect global bridges

auteur

Pablo Jensen, Matteo Morini, Tommaso Venturini, Mathieu Jacomy, Jean-Philippe Cointet, Pierre Mercklé, Márton Karsai, Eric Fleury

article

ECCS 2014 – European Conference on Complex Systems, Sep 2014, Lucca, Italy. , 2014

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2013

Journal articles

titre

L’ADN, mémoire numérique du vivant

auteur

Vincent Daubin, Simon Penel, Eric Tannier

article

Pour la science, 2013, pp.102-108

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titre

FPSAC: Fast Phylogenetic Scaffolding of Ancient Contigs

auteur

Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve

article

Bioinformatics, 2013, 29 (23), pp.2987-2994. ⟨10.1093/bioinformatics/btt527⟩

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titre

Efficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees.

auteur

Gergely J Szöllosi, Wojciech Rosikiewicz, Bastien Boussau, Eric Tannier, Vincent Daubin

article

Systematic Biology, 2013, 62 (6), pp.901-912. ⟨10.1093/sysbio/syt054⟩

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titre

Le “vrai Grand Bond en avant” La politique de recherche et d’innovation en Chine

auteur

Guilhem Fabre, Stéphane Grumbach

article

Le Debat , 2013, 173, pp. 88-104

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titre

Genome-scale coestimation of species and gene trees.

auteur

Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, L. Duret, Manolo Gouy, Eric Tannier, Vincent Daubin

article

Genome Research, 2013, 23 (2), pp.323-330. ⟨10.1101/gr.141978.112⟩

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titre

Lateral Gene Transfer from the Dead.

auteur

Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Nicolas Lartillot, Vincent Daubin

article

Systematic Biology, 2013, 62 (3), pp.386-397. ⟨10.1093/sysbio/syt003⟩

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titre

Gene tree correction guided by orthology

auteur

Manuel Lafond, Magali Semeria, Krister M. Swenson, Eric Tannier, Nadia El-Mabrouk

article

BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S5

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titre

Le tout est toujours plus petit que ses parties

auteur

Bruno Latour, Pablo Jensen, Tommaso Venturini, Sebastian Grauwin, Dominique Boullier

article

Réseaux : communication, technologie, société, 2013, 177 (1), pp.197. ⟨10.3917/res.177.0197⟩

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titre

Lateral gene transfer, rearrangement, reconciliation

auteur

Murray Patterson, Gergely Szöllősi, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S4

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Conference papers

titre

Data Harvesting 2.0: from the Visible to the Invisible Web

auteur

Claude Castelluccia, Stéphane Grumbach, Lukasz Olejnik

article

The Twelfth Workshop on the Economics of Information Security, Allan Friedman, Jun 2013, Washington, DC, United States

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titre

The stakes of Big Data in the IT industry: China as the next global challenger?

auteur

Stéphane Grumbach

article

The 18th International Euro-Asia Research Conference, The Globalisation of Asian Markets: im- plications for Multinational Investors, Venezia, January 31 and February 1st, 2013, Jan 2013, Venise, Italy

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Book sections

titre

Duplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later

auteur

Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Laurent Gueguen, Magali Semeria, Eric Tannier

article

Models and Algorithms for Genome Evolution, 19, Springer, pp.47-62, 2013, Series Computational Molecular Biology, 978-1-4471-5297-2

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Books

titre

Théorie des Codes : compression, cryptage, correction, 2e edition

auteur

Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette

article

Dunod, pp.384, 2013, Sciences Sup, 9782100599110

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titre

Models and Algorithms for Genome Evolution

auteur

Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Eric Tannier

article

Springer, pp.318, 2013, 978-1-4471-5297-2

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Preprints, Working Papers, …

titre

Essai d’analyse de l’interdisciplinarité dans la recherche scientifique

auteur

Djamel Abdelkader Zighed, Adrian Tanasescu, Pablo Jensen

article

2013

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titre

The genome of the medieval Black Death agent (extended abstract)

auteur

Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve

article

2013

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titre

Where in cities do “rich” and “poor” people live? The urban economics model revisited

auteur

Rémi Lemoy, Charles Raux, Pablo Jensen

article

2013

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titre

The many dimensions of interdisciplinarity

auteur

Pablo Jensen, Katsyarina Paradzinets

article

2013

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2012

Journal articles

titre

The Whole is Always Smaller Than Its Parts’. A Digital Test of Gabriel Tarde’s monads

auteur

Bruno Latour, Pablo Jensen, Tommaso Venturini, Sebastian Grauwin, Dominique Boullier

article

British Journal of Sociology, 2012, 63 (4), pp.590-615. ⟨10.1111/j.1468-4446.2012.01428.x⟩

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titre

Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.

auteur

Gergely J Szöllosi, Bastien Boussau, Sophie S Abby, Eric Tannier, Vincent Daubin

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (43), pp.17513-17518. ⟨10.1073/pnas.1202997109⟩

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titre

Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies

auteur

Sèverine Bérard, Coralie Gallien, Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, Vincent Daubin, Eric Tannier

article

Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.i382-i388. ⟨10.1093/bioinformatics/bts374⟩

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titre

ANGES: reconstructing ANcestral GEnomeS maps.

auteur

Bradley R Jones, Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve

article

Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.2388-2390. ⟨10.1093/bioinformatics/bts457⟩

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titre

Approximating the number of Double Cut-and-Join scenarios

auteur

Istvan Miklos, Eric Tannier

article

Theoretical Computer Science, 2012, 439, pp.30-40. ⟨10.1016/j.tcs.2012.03.006⟩

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titre

Distribution d’applications client-serveur sur des réseaux déclaratifs

auteur

Ahmad Ahmad Kassem, Stéphane Grumbach

article

Revue des Sciences et Technologies de l’Information – Série ISI : Ingénierie des Systèmes d’Information, 2012, 17 (5), pp.113-138. ⟨10.3166/ISI.17.5.113-138⟩

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titre

Lateral gene transfer as a support for the tree of life.

auteur

Sophie S Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (13), pp.4962-4967. ⟨10.1073/pnas.1116871109⟩

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titre

Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity

auteur

Sebastian Grauwin, Guillaume Beslon, Eric Fleury, Sara Franceschelli, Céline Robardet, Jean-Baptiste Rouquier, Pablo Jensen

article

Journal of the American Society for Information Science and Technology, 2012, 63 (7), pp.10.1002/asi.22644. ⟨10.1002/asi.22644⟩

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titre

Dynamic models of residential segregation: An analytical solution

auteur

Sebastian Grauwin, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

Journal of Public Economics, 2012, 96 (1-2), pp.124-141. ⟨10.1016/j.jpubeco.2011.08.011⟩

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titre

Linearization of ancestral multichromosomal genomes

auteur

Ján Maňuch, Murray Patterson, Roland Wittler, Cedric Chauve, Eric Tannier

article

BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 19), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2105-13-S19-S11⟩

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Conference papers

titre

Messages with Implicit Destinations as Mobile Agents

auteur

Ahmad Ahmad Kassem, Stéphane Grumbach, Stéphane Ubéda

article

AGERE 2012, Oct 2012, Tucson, Arizona, United States

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titre

An in-Browser Microblog Ranking Engine

auteur

Stéphane Frénot, Stéphane Grumbach

article

1st International Workshop on Non Conventional Data Access, Giorgio Orsi (University of Oxford) Letizia Tanca (Politecnico di Milano) Riccardo Torlone (Università Roma Tre), Oct 2012, Florence, Italy. pp.78-88, ⟨10.1007/978-3-642-33999-8_10⟩

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titre

Preserving Inversion Phylogeny Reconstruction

auteur

Matthias Bernt, Kun-Mao Chao, Jyun-Wei Kao, Martin Middendorf, Eric Tannier

article

WABI 2012 – 12th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.1-13, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_1⟩

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titre

UBIQUEST, For Rapid Prototyping of Networking Applications

auteur

Ahmad Ahmad Kassem, Christophe Bobineau, Christine Collet, Etienne Dublé, Stéphane Grumbach, Fuda Ma, Lourdes Martinez, Stéphane Ubéda

article

IDEAS 2012 – International Database Engineering & Applications Sysmposium, Aug 2012, Prague, Czech Republic. pp.187-192, ⟨10.1145/2351476.2351498⟩

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titre

A Data-Centric Approach for Networking Applications

auteur

Ahmad Ahmad-Kassem, Christophe Bobineau, Christine Collet, Etienne Dublé, Stéphane Grumbach, Fuda Ma, Lourdes Martínez, Stéphane Ubéda

article

DATA 2012 – International Conference on Data Technologies and Applications, Jul 2012, Rome, Italy. pp.147-152

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titre

UBIQUEST, A Data-Centric Approach for Networking Applications

auteur

Lourdes Martinez-Medina, Ahmad Ahmad-Kassem, Christophe Bobineau, Christine Collet, Etienne Duble, Stéphane Grumbach, Fuda Ma, Stéphane Ubéda

article

Proceedings 28èmes journées Bases de Données Avancées (BDA’12), 2012, Clermont-Ferrand, France, France. pp.147-152

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Preprints, Working Papers, …

titre

Opinion groups formation and dynamics : structures that last from non lasting entities

auteur

Sébastian Grauwin, Pablo Jensen

article

2012

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titre

The World upside down, China’s R&D and innovation strategy

auteur

Guilhem Fabre, Stéphane Grumbach

article

2012

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2011

Journal articles

titre

Mapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem.

auteur

Haris Gavranović, Cedric Chauve, Jérôme Salse, Eric Tannier

article

Bioinformatics, 2011, 27 (13), pp.i257-65. ⟨10.1093/bioinformatics/btr224⟩

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titre

Les complexités : point de vue d’un institut des systèmes complexes

auteur

Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen, Nicolas Schabanel

article

Hermès, La Revue – Cognition, communication, politique, 2011, 2 (60), pp.145-150. ⟨10.4267/2042/45459⟩

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titre

L’époque romantique contre la peine de mort

auteur

Eric Tannier

article

incollection, 2011, –, pp.54-56

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titre

Mapping scientific institutions

auteur

Sebastian Grauwin, Pablo Jensen

article

Scientometrics, 2011, 89 (3), pp.943-954. ⟨10.1007/s11192-011-0482-y⟩

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titre

Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.

auteur

Aïda Ouangraoua, Eric Tannier, Cedric Chauve

article

Bioinformatics, 2011, 27, 27 (19), pp.2664-2671. ⟨10.1093/bioinformatics/btr461⟩

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titre

Socio-economic utility and chemical potential

auteur

Rémi Lemoy, Eric Bertin, Pablo Jensen

article

EPL – Europhysics Letters, 2011, 93, pp.38002. ⟨10.1209/0295-5075/93/38002⟩

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titre

HDR – Evolution combinatoire Algorithmique des chromosomes

auteur

Eric Tannier

article

incollection, 2011, –, pp.54-56

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titre

Preface : Satellite Workshop on Comparative Genomics Research in Computational Molecular Biology (RECOMB-CG 2010)

auteur

Eric Tannier

article

Journal of Computational Biology, 2011, 18(9), pp.1-3

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Conference papers

titre

Seamless Distribution of Data Centric Applications through Declarative Overlays

auteur

Ahmad Ahmad Kassem, Stéphane Grumbach, Eric Bellemon

article

BDA 2011 : 27èmes journées Bases de Données Avancées, Oct 2011, Rabat, Morocco

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titre

Information and Search in the Rental Housing Market: An agent-based Model

auteur

Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen, John Mc Breen

article

51st European Congress of the Regional Science Association International, Barcelone, Espagne, 30 août – 3 septembre 2011, Aug 2011, Barcelone, Spain

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titre

QuestMonitor: A Visualization Platform for Declarative Network Protocols

auteur

Eric Bellemon, Vincent Dubosclard, Stéphane Grumbach, Kun Suo

article

WORLDCOMP 2011 : World Congress in Computer Science, Computer Engineering, and Applied Computing, Jul 2011, Las Vegas, United States

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titre

Information and Search in the Rental Housing Market: An agent-based Model

auteur

Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen, John Mc Breen

article

Housing and Real Estate Dynamics, Queen’s University, Kingston, Ontario, 23-24 June 2011, Jun 2011, Kingston, United States

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titre

A Framework for Verifying Data-Centric Protocols

auteur

Yuxin Deng, Stéphane Grumbach, Jean-François Monin

article

13th Conference on Formal Methods for Open Object-Based Distributed Systems (FMOODS) / 31th International Conference on FORmal TEchniques for Networked and Distributed Systems (FORTE), Jun 2011, Reykjavik, Iceland. pp.106-120, ⟨10.1007/978-3-642-21461-5_7⟩

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titre

Peut-on attraper les utilisateurs de Vélo’v au Lasso ?

auteur

Luc Merchez, G. Michau, Céline Robardet, Pablo Jensen, Patrice Abry, Patrick Flandrin, Pierre Borgnat

article

XXIIe Colooque GRETSI. Traitement du Signal et des Images, GRETSI, 2011, Bordeaux, France

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Book sections

titre

ILOT : un modèle multi-agents de structuration de l’étalement urbain et du réseau de transport

auteur

Rémi Lemoy, Charles Raux, Pablo Jensen

article

Jean-Philippe Antoni. Modéliser la ville : Formes urbaines et politiques de transport, Economica, pp.333-364, 2011, Coll. Méthodes et approches, 978-2-7178-5971-3

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Habilitation à diriger des recherches

titre

Evolution Combinatoire, Algorithmique des Chromosomes

auteur

Eric Tannier

article

Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2011

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Books

titre

Modéliser la ville. Formes urbaines et politiques de transport

auteur

Jean-Philippe Antoni, Catherine Morency, Aurore Cambien, Gilles Vuidel, Dany Nguyen-Luong, Jean-Pierre Nicolas, Vincent Piron, Jean Delons, Alain Bonnafous, Yves Crozet, Aurélie Mercier, Nicolas Ovtracht, Pierre-Yves Péguy, Florence Puech, Arnaud Banos, Anabelle Boffet-Mas, Sonia Chardonnel, Christophe Lang, Marilleau Nicolas, Thomas Thévenin, Jean-Louis Routhier, Florence Toilier, Joanne Hirtzel, Pauline Joannès, Pierre Frankhauser, Cécile Tannier, Hélène Houot, Rémi Lemoy, Charles Raux, Pablo Jensen, Geoffrey Caruso, Jean Cavailhès, Dominique Peeters, Isabelle Thomas, Valérie Gacogne, Gérard Brun

article

Jean-Philippe Antoni. Economica, 438 p., 2011, Méthodes et Approches, Gérard Brun, 978-2-7178-5971-3

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titre

L’époque romantique contre la peine de mort

auteur

Eric Tannier

article

Editions Universitaires Européennes, pp.176, 2011, 978-613-1-56487-1

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Reports

titre

Verifying Declarative Netlog Protocols with Coq: a First Experiment

auteur

Yuxin Deng, Stéphane Grumbach, Jean-François Monin

article

[Research Report] RR-7511, INRIA. 2011

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Preprints, Working Papers, …

titre

Effective Free Energy for Individual Dynamics

auteur

Sebastian Grauwin, Dominic Hunt, Eric Bertin, Pablo Jensen

article

2011

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2010

Journal articles

titre

Bayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join.

auteur

István Miklós, Eric Tannier

article

Bioinformatics, 2010, 26 (24), pp.3012-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btq574⟩

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titre

Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.

auteur

Florent Murat, Jian-Hong Xu, Eric Tannier, Michael Abrouk, Nicolas Guilhot, Caroline Pont, Joachim Messing, Jérôme Salse

article

Genome Research, 2010, 20 (11), pp.1545-57. ⟨10.1101/gr.109744.110⟩

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titre

Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.

auteur

Cedric Chauve, Haris Gavranovic, Aida Ouangraoua, Eric Tannier

article

Journal of Computational Biology, 2010, 17 (9), pp.1097-112. ⟨10.1089/cmb.2010.0092⟩

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titre

Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.

auteur

Michael Abrouk, Florent Murat, Caroline Pont, Joachim Messing, Scott Jackson, Thomas Faraut, Eric Tannier, Christophe Plomion, Richard Cooke, Catherine Feuillet, Jérôme Salse

article

Trends in Plant Science, 2010, 15 (9), pp.479-87. ⟨10.1016/j.tplants.2010.06.001⟩

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titre

Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.

auteur

Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, Marie-France Sagot

article

Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp.1897-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq301⟩

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titre

Characterizing the speed and paths of shared bicycles in Lyon

auteur

Pablo Jensen, Jean-Baptiste Rouquier, Nicolas Ovtracht, Céline Robardet

article

Transportation Research Part D: Transport and Environment, 2010, 15 (8), pp.522-524. ⟨10.1016/j.trd.2010.07.002⟩

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titre

Detecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests

auteur

Sophie S. Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin

article

BMC Bioinformatics, 2010, 11 (324), pp.13. ⟨10.1186/1471-2105-11-324⟩

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titre

Le génome aux ordres des mathématiciens

auteur

Eric Tannier

article

La Recherche, 2010, 439, pp.54-56

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titre

Comparative Genomics

auteur

Eric Tannier

article

incollection, 2010, 6938, pp.1-12

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Conference papers

titre

Information and Search on the Housing Market: An agent-based Model

auteur

John Mc Breen, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

Regional Science Association International, Denver, 10-13 novembre 2010, Nov 2010, Denver, United States

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titre

Information and Search on the Housing Market: An agent-based Model

auteur

John Mc Breen, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

Artificial Economics, Treviso, 9-10 septembre 2010, Sep 2010, Trévise, Italy

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titre

Introducing local coordination in dynamic models of residential segregation

auteur

Florence Goffette-Nagot, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen

article

Journées Louis-André Gérard-Varet, Marseille, 21-22 juin 2010, Jun 2010, Marseille, France

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titre

Introducing local coordination in dynamic models of residential segregation

auteur

Florence Goffette-Nagot, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen

article

Séminaire Economie Publique, Institutions et Organisations, Université Paris 1, Paris, 15 juin 2010, Jun 2010, Paris, France

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titre

Guided genome halving: provably optimal solutions provide good insights into the preduplication ancestral genome of Saccharomyces cerevisiae.

auteur

Haris Gavranović, Eric Tannier

article

Pacific Symposium on Biocomputing, Jan 2010, Big Island, Hawaï, United States. pp.21-30, ⟨10.1142/9789814295291_0004⟩

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Book sections

titre

Information and Search on the Housing Market: An Agent-Based Model

auteur

John Mc Breen, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

Li Calzi M., Milone L., Pellizzari P. Progress in Artificial Economics, Computational and Agent-Based Models, Springer, pp. 153-164, 2010, Lecture Notes in Economics and Mathematical Systems

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Other publications

titre

Dynamic models of residential ségrégation: an analytical solution

auteur

Sebastian Grauwin, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

2010

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Proceedings

titre

RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics

auteur

Eric Tannier

article

8. Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics, 2010, Ottawa, Canada. Springer, pp.303, 2010, 978-3-642-16181-0

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titre

Comparative genomics : international workshop, RECOMB-CG 2010, Ottawa, Canada, October 9-11, 2010 : proceedings

auteur

Eric Tannier

article

Eric Tannier. International Workshop on Comparative Genomics, Oct 2010, Ottawa, Canada. Springer, 2010, Lecture notes in computer science, 978-3-642-16180-3

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Reports

titre

Towards Verifying Declarative Netlog Protocols with Coq

auteur

Yuxin Deng, Stéphane Grumbach, Jean-François Monin

article

[Intern report] 2010, pp.20

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2009

Journal articles

titre

Multichromosomal median and halving problems under different genomic distances

auteur

Eric Tannier, Chunfang Zheng, David Sankoff

article

BMC Bioinformatics, 2009, 10 (1), pp.120. ⟨10.1186/1471-2105-10-120⟩

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titre

Footprints of Inversions at Present and Past Pseudoautosomal Boundaries in Human Sex Chromosomes

auteur

Claire Lemaitre, Marília D.V. Braga, Christian Gautier, M.-F. Sagot, Eric Tannier, Gabriel Marais

article

Genome Biology and Evolution, 2009, 1(1), pp.56-66

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titre

Computation of Perfect DCJ Rearrangement Scenarios with Linear and Circular Chromosomes

auteur

Sèverine Bérard, Annie Chateau, Cedric Chauve, Christophe Paul, Eric Tannier

article

Journal of Computational Biology, 2009, 16 (10), pp.1287-1309. ⟨10.1089/cmb.2009.0088⟩

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titre

Competition between collective and individual dynamics

auteur

Sebastian Grauwin, Eric Bertin, Rémi Lemoy, Pablo Jensen

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2009, 106 ((49)), pp.20622-20626. ⟨10.1073/pnas.0906263106⟩

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titre

Analysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation

auteur

Claire Lemaitre, Lamia Zaghloul, Marie-France Sagot, Christian Gautier, Alain Arneodo, Eric Tannier, Benjamin Audit

article

BMC Genomics, 2009, 10 (1), pp.335. ⟨10.1186/1471-2164-10-335⟩

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Conference papers

titre

An Agent-Based Simulation of Rental Housing Markets

auteur

John Mc Breen, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

Rencontres du Logement, Marseille, 22-23 octobre 2009, Oct 2009, Marseille, France

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titre

Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods

auteur

Eric Tannier

article

RECOMB International Workshop on Comparative Genomics, Sep 2009, Budapest, Hungary. pp.1-12, ⟨10.1007/978-3-642-04744-2_1⟩

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titre

An Agent-Based Simulation of Rental Housing Markets

auteur

John Mc Breen, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

IREBS Conference on Real Estate Economics et Finance, Regensburg, Germany, 18-19 June, 2009, Jun 2009, Regensburg, Germany

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titre

An Agent-Based Simulation of Rental Housing Markets

auteur

John Mc Breen, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

16th Annual European Real Estate Society Conference (ERES), Stockholm, Sweden, 24-27 June, 2009, Jun 2009, Stockholm, Sweden

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titre

Prediction of Contiguous Regions in the Amniote Ancestral Genome

auteur

Aïda Ouangraoua, Frédéric Boyer, Andrew Mcpherson, Eric Tannier, Cedric Chauve

article

ISBRA 2009, 5th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications,, May 2009, Fort Lauderdale, Florida, United States. ⟨10.1007/978-3-642-01551-9_18⟩

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titre

Netquest: An Abstract Model for Pervasive Applications

auteur

Michel Bauderon, Christophe Bobineau, Stéphane Grumbach, Antoine Henry, Xin Qi, Wenwu Qu, Kun Suo, Fang Wang, Zhilin Wu

article

Seventh IEEE International Conference on Pervasive Computing (Pervasive 2009), 2009, Nara, Japan. pp.467-481

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Other publications

titre

French Roadmap for complex Systems 2008-2009

auteur

David Chavalarias, Paul Bourgine, Edith Perrier, Frédéric Amblard, François Arlabosse, Pierre Auger, Jean-Bernard Baillon, Olivier Barreteau, Pierre Baudot, Elisabeth Bouchaud, Soufian Ben Amor, Hugues Berry, Cyrille Bertelle, Marc Berthod, Guillaume Beslon, Giulio Biroli, Daniel Bonamy, Daniele Bourcier, Nicolas Brodu, Marc Bui, Yves Burnod, Bertrand Chapron, Catherine Christophe, Bruno Clément, Jean-Louis Coatrieux, Jean-Philippe Cointet, Valérie Dagrain, Katia Dauchot, Olivier Dauchot, François Daviaud, Silvia de Monte, Guillaume Deffuant, Pierre Degond, Jean-Paul Delahaye, René Doursat, Francesco d’Ovidio, Marc A. Dubois, Berengère Dubruelle, Marie Dutreix, Robert Faivre, Emmanuel Farge, Patrick Flandrin, Sara Franceschelli, Cédric Gaucherel, Jean-Pierre Gaudin, Michael Ghil, Jean-Louis Giavitto, Francesco Ginelli, Vincent Ginot, François Houllier, Bernard Hubert, Pablo Jensen, Ludovic Jullien, Zoï Kapoula, Daniel Krob, François Ladieu, Gabriel Lang, Chrsitophe Lavelle, André Le Bivic, Jean-Pierre Leca, Christophe Lecerf, Pierre Legrain, Denis L’Hôte, Maud Loireau, Jean-François Mangin, Olivier Monga, Michel Morvan, Jean-Pierre Muller, Ioan Negrutiu, Nadine Peyreiras, Denise Pumain, Ovidiu Radulescu, Jean Sallantin, Eric Sanchis, D Schertzer, Marc Schoenauer, Michèle Sebag, Eric Simonet, Adrien Six, Fabien Tarissan, Patrick Vincent

article

2009

Accès au texte intégral et bibtex

titre

An Agent-Based Simulation of Rental Housing Markets

auteur

John Mc Breen, Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen

article

2009

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Dynamic models of residential segregation: Brief review, analytical resolution and study of the introduction of coordination

auteur

Florence Goffette-Nagot, Pablo Jensen, Sebastian Grauwin

article

2009

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Books

titre

Combinatorics of Genome Rearrangements

auteur

Guillaume Fertin, Anthony Labarre, Irena Rusu, Eric Tannier, Stéphane Vialette

article

MIT Press, pp.312, 2009, Computational Molecular Biology, 978-0-262-06282-4

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2008

Journal articles

titre

Scientists who engage with society perform better academically

auteur

Pablo Jensen, Jean-Baptiste Rouquier, Pablo Kreimer, Yves Croissant

article

Science and public policy, 2008, 35 (7), pp.527-541. ⟨10.3152/030234208X329130⟩

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titre

A Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and Its Application to Mammalian Genomes

auteur

C. Chauve, Eric Tannier

article

PLoS Computational Biology, 2008, 4, pp.391-410

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titre

Exploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution

auteur

Marília D.V. Braga, Marie-France Sagot, Celine Scornavacca, Eric Tannier

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2008, 5 (3), pp.348-356. ⟨10.1109/TCBB.2008.16⟩

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titre

Testing bibliometric indicators by their prediction of scientists promotions

auteur

Pablo Jensen, Jean-Baptiste Rouquier, Yves Croissant

article

Scientometrics, 2008, 78 (3), pp.0. ⟨10.1007/s11192-007-2014-3⟩

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titre

Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes

auteur

Claire Lemaitre, Eric Tannier, Christian Gautier, Marie-France Sagot

article

BMC Bioinformatics, 2008, 9 (1), pp.286. ⟨10.1186/1471-2105-9-286⟩

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titre

Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence) 2004; Tannier Sagot

auteur

Eric Tannier

article

incollection, 2008, –, pp.860-863

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Conference papers

titre

Prédiction de synténies dans le génome ancestral des amniotes

auteur

F. Boyer, C. Chauve, Eric Tannier

article

Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2008, Dec 2008, Vancouver, Canada. pp.141-148

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titre

Perfect DCJ rearrangement

auteur

Annie Chateau, Cedric Chauve, Sèverine Bérard, Eric Tannier, Christophe Paul

article

RECOMB-CG: Comparative Genomics, Oct 2008, Paris, France. pp.158-169, ⟨10.1007/978-3-540-87989-3_12⟩

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titre

Advances on Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem

auteur

Renaud Lenne, Christine Solnon, Thomas Stützle, Eric Tannier

article

International Conference on Metaheuristics and Nature Inspired Computing (META), Oct 2008, Hammamet, Tunisie, Tunisia. pp.266-276

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titre

Multichromosomal Genome Median and Halving Problems

auteur

Eric Tannier, C. Zheng, D. Sankoff

article

International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2008, Karlsruhe, Germany. pp.1-13, ⟨10.1007/978-3-540-87361-7_1⟩

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titre

Reactive Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem

auteur

R. Lenne, Christine Solnon, T. Stützle, Eric Tannier, M. Birattari

article

European Conference on Evolutionary Computation in Combinatorial Optimization (EvoCOP), Mar 2008, Naples, Italy. pp.266-276, ⟨10.1007/978-3-540-78604-7_23⟩

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Reports

titre

Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes

auteur

Claire Lemaitre, Eric Tannier, Christian Gautier, Marie-France Sagot

article

[Research Report] RR-6533, INRIA. 2008, pp.26

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titre

A Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and its Application to Mammalian Genomes

auteur

Eric Tannier, Cedric Chauve

article

[Research Report] RR-6494, INRIA. 2008, pp.26

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2007

Journal articles

titre

Evolution under Reversals: Parsimony and Conservation of Common Intervals

auteur

Y. Diekmann, M.-F. Sagot, Eric Tannier

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2007, 4, pp.301-309

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titre

CNRS researchers’ popularization activities: a progress report

auteur

Pablo Jensen, Yves Croissant

article

Journal of Scientific Communication, 2007, 6 (3), 14 p

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titre

Advances on sorting by reversals

auteur

Eric Tannier, A. Bergeron, M.-F. Sagot

article

Discrete Applied Mathematics, 2007, 155, pp.881-888

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Conference papers

titre

Effective Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem

auteur

Renaud Lenne, Christine Solnon, Thomas Stützle, Eric Tannier, Mauro Birattari

article

Doctoral Symposium on Engineering Stochastic Local Search Algorithms (SLS-DS), Sep 2007, Bruxelles, Belgium. pp.1-5

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titre

The solution space of sorting by reversals

auteur

Marília D.V. Braga, Marie-France Sagot, Celine Scornavacca, Eric Tannier

article

3rd International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2007), May 2007, Atlanta, GA, United States. pp.293-304, ⟨10.1007/978-3-540-72031-7_27⟩

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Books

titre

Théorie des Codes : compression, cryptage, correction

auteur

Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette

article

Dunod, pp.352, 2007, Sciences Sup, 9782100506927

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2006

Journal articles

titre

Le cofinancement usager – contribuable et le partenariat public – privé changent les termes de l’évaluation des programmes d’investissement public

auteur

William Roy, Alain Bonnafous, Pablo Jensen

article

Economie et Prévision, 2006, 175-176 (2006/4-5), 23 p. ⟨10.3917/ecop.175.0015⟩

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titre

A network-based prediction of retail stores commercial categories and optimal locations

auteur

Pablo Jensen

article

Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, 2006, 74, pp.035101

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Conference papers

titre

Modeling and Predicting Future Trajectories of Moving Objects in a Constrained Network

auteur

Jidong Cheny, Xiaofeng Meng, Yanyan Guo, Stéphane Grumbach, Hui Suny

article

Proceedings of the 7th International Conference on Mobile Data Management (MDM’06), IEEE Computer Society, May 2006, Nara / Japan, Japan. pp.156, ⟨10.1109/MDM.2006.107⟩

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Reports

titre

Interactions Localisations Transport. Projet ILOT – Phase I. Rapport final pour la DRAST

auteur

Charles Raux, Pablo Jensen, Margaret Edwards, Fabrice Marchal, John Mc Breen

article

[Rapport de recherche] Lettre de commande 05MT5027 – ISRN EQ-DRAST-PREDIT–06-15—FR, LET. 2006, pp.114

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Preprints, Working Papers, …

titre

Two dimensional Hotelling model : analytical results and numerical simulations

auteur

Hernán Larralde, Pablo Jensen, Margaret Edwards

article

2006

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2005

Journal articles

titre

Aggregation of retail stores

auteur

Pablo Jensen, Jean Boisson, Hernán Larralde

article

Physica A: Statistical and Theoretical Physics, 2005, 351 (2-4), pp. 551-570. ⟨10.1016/j.physa.2005.01.002⟩

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titre

Ranking Transport Projects by their Socioeconomic Value or Financial Interest Rate of Return?

auteur

Alain Bonnafous, Pablo Jensen

article

Transport Policy, 2005, 12 (2), pp. 131-136. ⟨10.1016/j.tranpol.2004.12.003⟩

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Conference papers

titre

Perfect sorting by reversals

auteur

M.-F. Sagot, Eric Tannier

article

International Computing and Combinatorics Conference, Aug 2005, Kunming, China. pp.42-51, ⟨10.1007/11533719_7⟩

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titre

Ranking Transport Projects by their Socioeconomic Value or Financial Interest rate of return?

auteur

Alain Bonnafous, Pablo Jensen

article

WCTRS, ITU. 10th World Conference on Transport Research – WCTR’04, 4-8 juillet 2004, Istanbul, Turkey – (Selected Proceedings), 2005, Lyon, France. 12 p

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Reports

titre

Perfect Sorting by Reversals

auteur

Marie-France Sagot, Eric Tannier

article

RR-5540, INRIA. 2005, pp.13

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2004

Journal articles

titre

On Metric Generators of Graphs

auteur

András Sebő, Eric Tannier

article

Mathematics of Operations Research, 2004, 29, pp.383-393

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Conference papers

titre

Sorting by reversals in subquadratic time

auteur

Eric Tannier, M.-F. Sagot

article

Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), Jul 2004, Istanbul, Turkey. pp.1-13, ⟨10.1007/978-3-540-27801-6_1⟩

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Reports

titre

Sorting by reversals in subquadratic time

auteur

Eric Tannier, Marie-France Sagot

article

[Research Report] RR-5097, INRIA. 2004

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2003

Journal articles

titre

On the content of materialized aggregate views

auteur

Stéphane Grumbach, Leonardo Tininini

article

Journal of Computer and System Sciences, 2003, 66 (1), pp.133-168

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titre

On a modular domination game

auteur

S. Gravier, M. Mhalla, Eric Tannier

article

Theoretical Computer Science, 2003, 306, pp.291-303

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titre

Building a Constraint-Based Spatial Database System: Model, Languages, and Implementation

auteur

Philippe Rigaux, Michel Scholl, Luc Segoufin, Stéphane Grumbach

article

Information Systems, 2003, 28, pp.563-595

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Book sections

titre

Spatio-temporal Models and Languages: An Approach Based on Constraints.

auteur

Stéphane Grumbach, M. Koubarakis, Philippe Rigaux, Michel Scholl, Spiros Skiadopoulos

article

Spatio-temporal Models and Languages: An Approach Based on Constraints., pp.177-201, 2003

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Books

titre

Spatio-temporal databases: The Chrochronos appraoch

auteur

M. Koubarakis, T. Sellis, A.U. Frank, Stéphane Grumbach, R.H. G?ting, C. Jensen, N. Lorentzos, Y. Manolopoulos, E. Nardelli, B. Pernici, H.J. Schek, Michel Scholl, B. Theodou

article

Springer. 2003

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2001

Conference papers

titre

Connected Joins in Graphs

auteur

András Sebő, Eric Tannier

article

International Conference on Integer Programming and Combinatorial Optimization (IPCO), Jun 2001, Utrecht, Netherlands. pp.383-395

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2000

Conference papers

titre

Manipulating Interpolated Data is Easier than You Thought

auteur

Stéphane Grumbach, Philippe Rigaux, Luc Segoufin

article

Intl. Conf. on Very Large Databases (VLDB), Jan 2000, X, France

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Book sections

titre

Query Evaluation and Optimization

auteur

Stéphane Grumbach, Z. Lacroix, Philippe Rigaux, Luc Segoufin

article

Query Evaluation and Optimization, 2000

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titre

The DEDALE Prototype

auteur

Stéphane Grumbach, Philippe Rigaux, Michel Scholl, Luc Segoufin

article

The DEDALE Prototype, 2000

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1999

Conference papers

titre

On the Orthographic Dimension of Constraint Databases

auteur

Stéphane Grumbach, Philippe Rigaux, Luc Segoufin

article

Intl. Conf. on Database Theory (ICDT), Jan 1999, X, France

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1998

Conference papers

titre

The DEDALE System for Complex Spatial Queries

auteur

Stéphane Grumbach, Philippe Rigaux, Luc Segoufin

article

ACM-SIGMOD Intl. Conf. on the Management of Data (SIGMOD’98), Jun 1998, Seattle, WA, United States

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titre

Spatio-Temporal Data Handling with Constraints

auteur

Stéphane Grumbach, Philippe Rigaux, Luc Segoufin

article

Intl. Symposium on Geographic Information Systems (ACM-GIS’98), Jan 1998, X, France

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1997

Journal articles

titre

Finitely Representable Databases.

auteur

Stéphane Grumbach, Jianwen Su

article

Journal of Computer and System Sciences, 1997, 55 (2), pp.273-298

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Conference papers

titre

DEDALE, A Spatial Constraint Database

auteur

Stéphane Grumbach, Philippe Rigaux, Michel Scholl, Luc Segoufin

article

Intl. Workshop on Database Programming Languages (DBPL), Jan 1997, X, France

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1995

Journal articles

titre

Tractable query languages for complex object databases

auteur

Stéphane Grumbach, Victor Vianu

article

Journal of Computer and System Sciences, 1995, 51 (2), pp.149-167. ⟨10.1006/jcss.1995.1058⟩

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1994

Journal articles

titre

A New Challenge for Compression Algorithms: Genetic Sequences

auteur

Stéphane Grumbach, Fariza Tahi

article

Information Processing and Management, 1994, Information processing & management, 30

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1993

Conference papers

titre

Asymptotic probabilities of languages with generalized quantifiers

auteur

Guy Fayolle, Stéphane Grumbach, Christophe Tollu

article

Eighth Annual IEEE Symposium on Logic in Computer Science, Jun 1993, Montréal / Canada, pp.199-207, ⟨10.1109/LICS.1993.287587⟩

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1992

Journal articles

titre

Experimental observation of a doubly percolating system

auteur

Pablo Jensen, Patrice Melinon, Alain Hoareau, Jian Xiong Hu, Michel Treilleux, Bernard Cabaud

article

Journal de Physique I, 1992, 2 (4), pp.365-369. ⟨10.1051/jp1:1992148⟩

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Reports

titre

On the Expressive Power of Counting

auteur

Stéphane Grumbach, Christophe Tollu

article

[Research Report] RR-2330, INRIA. 1992, pp.38

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1987

Book sections

titre

COL : a logic-based language for complex objects

auteur

Serge Abiteboul, Stéphane Grumbach

article

François Bancilhon ; Peter Buneman. Advances in database programming languages, ACM Press, pp.347-374, 1987, 0-201-50257-7. ⟨10.1145/101620.101641⟩

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