2024
Journal articles
- titre
- Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling
- auteur
- Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- Metabolic Engineering, 2024, 83, pp.24 – 38. ⟨10.1016/j.ymben.2024.02.014⟩
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-
- titre
- Design of a proteolytic module for improved metabolic modeling of Bacteroides caccae
- auteur
- Amandine Paulay, Ghjuvan M Grimaud, Raphaël Caballero, Béatrice Laroche, Marion Leclerc, Simon Labarthe, Emmanuelle Maguin
- article
- mSystems, 2024, 9 (4), ⟨10.1128/msystems.00153-24⟩
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-
- titre
- Community-scale models of microbiomes: articulating metabolic modelling and metagenome sequencing
- auteur
- Klara Cerk, Pablo Ugalde-Salas, Chabname Ghassemi Nedjad, Maxime Lecomte, Coralie Muller, David James Sherman, Falk Hildebrand, Simon Labarthe, Clémence Frioux
- article
- Microbial Biotechnology, 2024, ⟨10.1111/1751-7915.14396⟩
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-
Conference papers
- titre
- Pest detection from a biology-informed inverse problem and pheromone sensors
- auteur
- Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Katarzyna Adamczyk, Nicolas Parisey
- article
- DSABNS 2024 – 15th Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Lisbonne, Portugal
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-
Poster communications
- titre
- Unlocking the Soil Microbiome: Unraveling Soil Microbial Complexity Using Long-Read Metagenomics
- auteur
- Carole Belliardo, Nicolas Maurice, Clémence Frioux, Claire Lemaitre, Riccardo Vicedomini, Samuel Mondy, Arthur Péré, Marc Bailly-Bechet, Etienne Danchin
- article
- EAGS 2024 – The International Environmental and Agronomical Genomics symposium, Feb 2024, Toulouse, France. , pp.1-1, 2024
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-
- titre
- Exploring and quantifying the soil genetic diversity captured by long and short-read shotgun metagenomic sequencing
- auteur
- Carole Belliardo, Samuel Mondy, Arthur Pere, Claire Lemaitre, Riccardo Vicedomini, Clémence Frioux, David James Sherman, Pierre Abad, Marc Bailly-Bechet, Etienne Danchin
- article
- Journées 2024 du programme Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. , pp.1-1, 2024
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-
- titre
- Metagenomic assembly of complex ecosystems with highly accurate long-reads
- auteur
- Nicolas Maurice, Claire Lemaitre, Clémence Frioux, Riccardo Vicedomini
- article
- Journées 2024 du PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. pp.1-1, 2024
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Computing WSBM marginals with Tensor-Train decomposition
- auteur
- Mohamed Anwar Abouabdallah, Olivier Coulaud, Nathalie Peyrard, Alain Franc
- article
- 2024
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-
2023
Journal articles
- titre
- Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome
- auteur
- Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sébastien Raguideau, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, Marion Leclerc, Béatrice Laroche
- article
- Microbiome, 2023, 11 (1), pp.231. ⟨10.1186/s40168-023-01667-y⟩
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-
- titre
- Enterosignatures define common bacterial guilds in the human gut microbiome
- auteur
- Clémence Frioux, Rebecca Ansorge, Ezgi Özkurt, Chabname Ghassemi Nedjad, Joachim Fritscher, Christopher Quince, Sebastian M Waszak, Falk Hildebrand
- article
- Cell Host & Microbe, 2023, 31 (7), pp.1111. ⟨10.1016/j.chom.2023.05.024⟩
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-
- titre
- Inferring and comparing metabolism across heterogeneous sets of annotated genomes using AuCoMe
- auteur
- Arnaud Belcour, Jeanne Got, Méziane Aite, Ludovic Delage, Jonas Collén, Clémence Frioux, Catherine Leblanc, Simon M Dittami, Samuel Blanquart, Gabriel V. Markov, Anne Siegel
- article
- Genome Research, 2023, 33, pp.972 – 987. ⟨10.1101/gr.277056.122⟩
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-
Scientific blog post
- titre
- Modéliser les communautés bactériennes pour mieux comprendre leur fonctionnement.
- auteur
- Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- 2023
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-
Conference papers
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
- auteur
- Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
- article
- SBMI 2023 – 7th International Symposium on Systems Biology of Microbial Infection, Sep 2023, Jena, Germany
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-
- titre
- On the Arithmetic Intensity of Distributed-Memory Dense Matrix Multiplication Involving a Symmetric Input Matrix (SYMM)
- auteur
- Emmanuel Agullo, Alfredo Buttari, Olivier Coulaud, Lionel Eyraud-Dubois, Mathieu Faverge, Alain Franc, Abdou Guermouche, Antoine Jego, Romain Peressoni, Florent Pruvost
- article
- IPDPS 2023 – 37th International Parallel and Distributed Processing Symposium, IEEE, May 2023, St. Petersburg, FL, United States. pp.357-367
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-
Master thesis
- titre
- Assemblage métagénomique d’écosystèmes complexes avec différentes technologies de séquençage de 3ème génération
- auteur
- Nicolas Maurice
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
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-
Poster communications
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
- auteur
- Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
- article
- SBMI 2023 – 7th International Symposium on Systems Biology of Microbial Infection, Sep 2023, Jena, Germany.
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-
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
- auteur
- Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
- article
- ISMB/ECCB 2023 – 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France.
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-
- titre
- Logic and linear programming for seed identification in metabolic networks
- auteur
- Chabname Ghassemi Nedjad, Clémence Frioux, Loïc Paulevé
- article
- Biorégul 2023 – Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, Jun 2023, Porquerolles (Hyères), France. pp.1-1, 2023
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-
Proceedings
- titre
- Accelerating metabolic models evaluation with statistical metamodels: application to Salmonella infection models
- auteur
- Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde-Salas
- article
- ESAIM: Proceedings and Surveys, 73, pp.187-217, 2023, CEMRACS 2021 – Data Assimilation and Reduced Modeling for High Dimensional Problems, ⟨10.1051/proc/202373187⟩
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-
Reports
- titre
- Linear Dimensionality Reduction
- auteur
- Alain Franc
- article
- [Research Report] 9488, Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2023, pp.99
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Deterministic limit of a PDMP model of epithelial tissue interacting with diffusing chemicals and application to the intestinal crypt
- auteur
- Léo Darrigade, Simon Labarthe, Béatrice Laroche
- article
- 2023
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-
- titre
- Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling
- auteur
- Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie J. Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- The Image Data Explorer: Interactive exploration of image-derived data
- auteur
- Coralie Muller, Beatriz Serrano-Solano, Yi Sun, Christian Tischer, Jean-Karim Hériché
- article
- PLoS ONE, 2022, 17 (9), pp.e0273698. ⟨10.1371/journal.pone.0273698⟩
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-
- titre
- Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy
- auteur
- Guillaume Ravel, Michel Bergmann, Alain Trubuil, Julien Deschamps, Romain Briandet, Simon Labarthe
- article
- eLife, 2022, 11, ⟨10.7554/eLife.76513⟩
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-
- titre
- A PDMP model of the epithelial cell turn-over in the intestinal crypt including microbiota-derived regulations
- auteur
- Léo Darrigade, Marie Haghebaert, Claire Cherbuy, Simon Labarthe, Béatrice Laroche
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2022, 84 (7), pp.1-67. ⟨10.1007/s00285-022-01766-8⟩
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-
- titre
- The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime
- auteur
- Paola Fournier, Lucile Pellan, Didac Barroso-Bergadà, David Bohan, Thierry Candresse, François Delmotte, Marie-Cécile Dufour, Virginie Lauvergeat, Claire Le Marrec, Armelle Marais, Guilherme Martins, Isabelle Masneuf-Pomarède, Patrice Rey, David James Sherman, Patrice This, Clémence Frioux, Simon Labarthe, Corinne Vacher
- article
- Advances in Ecological Research, 2022, Advances in Ecological Research, 67, pp.27-99. ⟨10.1016/bs.aecr.2022.09.001⟩
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-
- titre
- Does clustering of DNA barcodes agree with botanical classification directly at high taxonomic levels? Trees in French Guiana as a case study
- auteur
- Mohamed Anwar Abouabdallah, Nathalie Peyrard, Alain Franc
- article
- Molecular Ecology Resources, 2022, ⟨10.1111/1755-0998.13579⟩
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-
- titre
- Insights into the potential for mutualistic and harmful host‐microbe interactions affecting brown alga freshwater acclimation
- auteur
- Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Gianmaria Califano, Méziane Aite, Enora Fremy, Elham Karimi, Erwan Corre, Thomas Wichard, Anne Siegel, Catherine Boyen, Simon M. Dittami
- article
- Molecular Ecology, In press, 32 (3), pp.703-723. ⟨10.1111/mec.16766⟩
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-
Conference papers
- titre
- A logic programming exploration of metabolic networks to explain microbial community models
- auteur
- Chabname Ghassemi Nedjad, Loïc Paulevé, Clémence Frioux
- article
- GT Bioss 2022 – Journée annuelle du Groupe de Travail sur la Biologie Systémique Symbolique, Nov 2022, Nantes, France
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-
- titre
- Reasoning approaches for the characterization of cooperation and competition in large-scale microbial communities
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux
- article
- Journée GT Bioss 2022, Nov 2022, Nantes, France
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-
- titre
- Extension of Correspondence Analysis to multiway data-sets through HOSVD: a geometric framework
- auteur
- Martina Iannacito, Olivier Coulaud, Alain Franc
- article
- MDS 2022 – SIAM Conference on Mathematics of Data Science, Sep 2022, San Diego / Hybrid, United States
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-
- titre
- Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy
- auteur
- Guillaume Ravel, Michel Bergmann, Alain Trubuil, Julien Deschamps, Romain Briandet, Simon Labarthe
- article
- IbSB 2022 – 6th International Symposium “Image-based Systems Biology”, Sep 2022, Jena, Germany. ⟨10.7554/eLife.76513⟩
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-
- titre
- Metatranscriptomics and metabolic modeling to identify bacterial metabolic interactions during the manufacture of a model pressed cheese.
- auteur
- Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Anne Thierry, Hélène Falentin
- article
- FOODMICRO 2022, Aug 2022, Athènes, Greece
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-
- titre
- Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.
- auteur
- Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Anne Thierry, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Hélène Falentin
- article
- 23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, UMR INRAE – Institut Agro STLO (Science et Technologie du Lait et de l’Œuf), Jun 2022, Rennes, France
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-
- titre
- Characterizing microbial interactions in controlled and natural microbial communities
- auteur
- Maxime Lecomte, Simon Labarthe, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux
- article
- Workshop SymBioDiversity, May 2022, Santiago, Chile
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-
Book sections
- titre
- Problèmes d’optimisation combinatoire pour l’étude du métabolisme
- auteur
- Clémence Frioux, Anne Siegel
- article
- Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, ISTE éditions, 2022, Encyclopédie Sciences, 9781789480290. ⟨10.51926/ISTE.9029.ch2⟩
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-
Poster communications
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and the host level
- auteur
- Coralie Muller, Arie Wortsman, Pablo Ugalde-Salas, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- Microbial communities: current approaches and open challenges, Oct 2022, Cambridge, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamic Flux Balance Analysis with Metamodels
- auteur
- Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David James Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde-Salas
- article
- Microbial communities: current approaches and open challenges, Oct 2022, Cambridge, United Kingdom.
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Pest detection by inversion of a pheromone dispersion model
- auteur
- Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Elisabeta Vergu, François Deslandes
- article
- ECMTB 2022 – 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A multi-scale epidemic model of enteric infection with heterogeneous shedding resulting from host-microbiota-pathogen interactions
- auteur
- Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Bastien Polizzi, Florian Patout, Magali Ribot
- article
- ECMTB 2022 – 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany.
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
- auteur
- Coralie Muller, Arie Wortsman, Pablo Ugalde-Salas, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Characterising competition and cooperation potentials in microbial communities using discrete models of metabolism. An exploratory analysis
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux
- article
- JOBIM 2022 – JOURNÉES OUVERTES EN BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHÉMATIQUES, Jul 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analyzing and modelling functions carried by key species in minimal microbial communities
- auteur
- Chabname Ghassemi Nedjad, Clémence Frioux
- article
- JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamic Flux Balance Analysis with Metamodels
- auteur
- Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David James Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde Salas
- article
- JOBIM 2022 – Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France.
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Task-based randomized singular value decomposition and multidimensional scaling
- auteur
- Emmanuel Agullo, Olivier Coulaud, Alexandre Denis, Mathieu Faverge, Alain Franc, Jean-Marc Frigerio, Nathalie Furmento, Adrien Guilbaud, Emmanuel Jeannot, Romain Peressoni, Florent Pruvost, Samuel Thibault
- article
- [Research Report] RR-9482, Inria Bordeaux – Sud Ouest; Inrae – BioGeCo. 2022, pp.37
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- EsMeCaTa: Estimating metabolic capabilities from taxonomic affiliations
- auteur
- Arnaud Belcour, Baptiste Ruiz, Clémence Frioux, Samuel Blanquart, Anne Siegel
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats
- auteur
- Benoît de Thoisy, Olivier Duron, Loïc Epelboin, Lise Musset, Philippe Quénel, Benjamin Roche, Florian Binetruy, Sébastien Briolant, Luisiane Carvalho, Agathe Chavy, Pierre Couppié, Magalie Pierre Demar, Maylis Douine, I. Dusfour, Sébastien Gourbière, Yanouk Epelboin, Claude Flamand, Alain Franc, Marine Ginouvès, Emeline Houël, Arthur Kocher, Anne Lavergne, Paul Le Turnier, Luana Mathieu, Jérôme Murienne, Mathieu Nacher, Roxane Schaub, Stéphane Pelleau, Ghislaine Prévot, Dominique Rousset, Emmanuel Roux, Stanislas Talaga, Pauline Thill, Sourakhata Tirera, Jean-François Guégan
- article
- Infection, Genetics and Evolution, 2021, 93, pp.104916. ⟨10.1016/j.meegid.2021.104916⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The influence of habitat on viral diversity in neotropical rodent hosts
- auteur
- Sourakhata Tirera, Benoit de Thoisy, Damien Donato, Christiane Bouchier, Vincent Lacoste, Alain Franc, Anne Lavergne
- article
- Viruses, 2021, 13 (9), pp.1-29. ⟨10.3390/v13091690⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Conformity to group norms: How group-affirmation shapes collective action
- auteur
- Constantina Badea, Kevin Binning, David Sherman, Mihaela Boza, Anna Kende
- article
- Journal of Experimental Social Psychology, 2021, 95, pp.104153. ⟨10.1016/j.jesp.2021.104153⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dispersal strategies shape persistence and evolution of human gut bacteria
- auteur
- Falk Hildebrand, Toni I Gossmann, Clémence Frioux, Ezgi Özkurt, Pernille Neve Myers, Pamela Ferretti, Michael Kuhn, Mohammad Bahram, Henrik Bjørn Nielsen, Peer Bork
- article
- Cell Host & Microbe, 2021, 29 (7), pp.1167-1176.e9. ⟨10.1016/j.chom.2021.05.008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Quantitative comparison of geological data and model simulations constrains early Cambrian geography and climate
- auteur
- Thomas W Wong Hearing, Alexandre Pohl, Mark Williams, Yannick Donnadieu, Thomas H P Harvey, Christopher R Scotese, Pierre Sepulchre, Alain Franc, Thijs R A Vandenbroucke
- article
- Nature Communications, 2021, 12, ⟨10.1038/s41467-021-24141-5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Robustness analysis of metabolic predictions in algal microbial communities based on different annotation pipelines
- auteur
- Elham Karimi, Enora Geslain, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anne Siegel, Erwan Corre, Simon M Dittami
- article
- PeerJ, 2021, 9, pp.1-24. ⟨10.7717/peerj.11344⟩
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-
- titre
- High-quality SNPs from genic regions highlight introgression patterns among European white oaks (Quercus petraea and Q. robur)
- auteur
- Tiange Lang, Pierre P. Abadie, Valérie Léger, Thibaut Decourcelle, Jean-Marc Frigerio, Christian Burban, Catherine Bodenes, Erwan Guichoux, Grégoire Le Provost, Cécile Robin, Naoki Tani, Patrick P. Léger, Camille Lepoittevin, Veronica A El Mujtar, François Hubert, Josquin Tibbits, Jorge Paiva, Alain Franc, Frédéric Raspail, Stéphanie Mariette, Marie-Pierre M.P. Reviron, Christophe Plomion, Antoine Kremer, Marie-Laure Desprez-Loustau, Pauline Garnier‐géré
- article
- Peer Community In Forest & Wood Sciences, 2021, pp.1-33. ⟨10.1101/388447⟩
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-
Conference papers
- titre
- Logic modelling of metabolism: from individual networks to communities
- auteur
- Clémence Frioux
- article
- Workshop Modélisation du Métabolisme, Nov 2021, Bordeaux, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- CMSB 2021 – 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.1-27
- Accès au bibtex
-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- MPA 2021 – 8th Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, TN, United States. pp.1-27
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling and inference of bacterial swimmers in biofilms
- auteur
- Simon Labarthe
- article
- CEMRACS 2021, Jul 2021, Marseille, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Meziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Metabolic modelling deciphers interactions in a cheese bacterial community
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- Metaboday 2021, Mar 2021, Bordeaux, France
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-
Book sections
- titre
- Between models and narratives: transitions in settlement systems
- auteur
- Cécile Tannier, Alain Franc, Ouriachi Marie-Jeanne, Elisabeth Zadora-Rio
- article
- Léna Sanders. Settling the world : From Prehistory to the Metropolis Era, Presses universitaires François-Rabelais, Chapter 14, 2021, 9782869068551
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-
- titre
- A generic conceptual framework for describing transitions in settlement systems
- auteur
- Laure Nuninger, Lena Sanders, Arnaud Banos, Frédérique Bertoncello, Anne Bretagnolle, Christophe Coupé, Stefani Crabtree, Robin Cura, César Ducruet, François Favory, Jacques Ferber, Jean-Luc Fiches, Alain Franc, Pierre Garmy, Julie Gravier, Jean-Marie Hombert, Lahouari Kaddouri, Timothy Kohler, Samuel Leturcq, Thérèse Libourel Rouge, Pierre Livet, Elisabeth Lorans, Florent Le Néchet, Hélène Mathian, Lucie Nahassia, Marie-Jeanne Ouriachi, Denis Phan, Denise Pumain, Sébastien Rey-Coyrehourcq, Xavier Rodier, Clara Schmitt, Cécile Tannier, Franck Varenne, Céline Vacchiani-Marcuzzo, Elisabeth Zadora-Rio
- article
- Sanders L. Settling the World : From Prehistory to the Metropolis Era, Presses universitaires François-Rabelais, Chap 2, 2021, Perspectives Villes et Territoires, 9782869068551. ⟨10.4000/books.pufr.10527⟩
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-
- titre
- Towards integrated systems of cities (France, 18th-19th centuries)
- auteur
- Anne Bretagnolle, Alain Franc
- article
- Sanders Lena. Settling the world. From Prehistoric to the Metropolis Era, Presses Universitaires François Rabelais, Open Edition Books, https://books.openedition.org/pufr/19945, 24 p., 2021, 978-2-8690-6855-1
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-
- titre
- Simulating transition: an introduction to spatio-temporel models
- auteur
- Arnaud Banos, Florent Le Néchet, Ouriachi Marie-Jeanne, Alain Franc
- article
- Léna Sanders. Settling the World. From Prehistory to the Metropolis Era, Presses universitaires François-Rabelais, 2021, Perspectives Villes et Territoires, 978-2-8690-6855-1
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-
- titre
- Transition 6: ‘romanisation’ (2nd century BCE – 1st century CE): power games between Romans and southern Gauls after the Conquest
- auteur
- Marie-Jeanne Ouriachi, Frédérique Bertoncello, Alain Franc
- article
- Settling the World : From Prehistory to the Metropolis Era., Presses universitaires François-Rabelais, Chap 9, 2021, 9782869068551
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-
Poster communications
- titre
- Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- CMSB, The 19th conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- MPA, Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- JOBIM,Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Assessment of metabolic complementarity in large-scale microbiotas for the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- IHMC 2021 – 8th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2021, Barcelone, Spain. pp.1
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Documents associated with scientific events
- titre
- Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
- auteur
- Maxime Lecomte, David Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- CMSB, 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Jul 2021, Bordeaux, France
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-
Reports
- titre
- Tensor Ranks for the Pedestrian for Dimension Reduction and Disentangling Interactions
- auteur
- Alain Franc
- article
- [Research Report] RR-9445, Inrae – BioGeCo; Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2021
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-
- titre
- Extension of Correspondence Analysis to multiway data-sets through High Order SVD: a geometric framework
- auteur
- Olivier Coulaud, Alain Franc, Martina Iannacito
- article
- [Research Report] RR-9429, Inria Bordeaux – Sud-Ouest; Inrae. 2021
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-
2020
Journal articles
- titre
- Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species
- auteur
- Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.61968⟩
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-
- titre
- Metagenomic assessment of the global distribution of bacteria and fungi
- auteur
- Mohammad Bahram, Tarquin Netherway, Clémence Frioux, Pamela Ferretti, Luis Pedro Coelho, Stefan Geisen, Peer Bork, Falk Hildebrand
- article
- Environmental Microbiology, 2020, ⟨10.1111/1462-2920.15314⟩
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-
- titre
- Diatom DNA metabarcoding for ecological assessment: Comparison among bioinformatics pipelines used in six European countries reveals the need for standardization
- auteur
- Bonnie Bailet, Laure Apothéloz-Perret-Gentil, Ana Baričević, Teofana Chonova, Alain Franc, Jean-Marc Frigerio, Martyn Kelly, Demetrio Mora, Martin Pfannkuchen, Sebastian Proft, Mathieu Ramon, Valentin Vasselon, Jonas Zimmermann, Maria Kahlert
- article
- Science of the Total Environment, 2020, 745, pp.140948. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.140948⟩
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-
- titre
- From bag-of-genes to bag-of-genomes: metabolic modelling of communities in the era of metagenome-assembled genomes
- auteur
- Clémence Frioux, Dipali Singh, Tamas Korcsmaros, Falk Hildebrand
- article
- Computational and Structural Biotechnology Journal, 2020, ⟨10.1016/j.csbj.2020.06.028⟩
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- titre
- Using automated reasoning to explore the metabolism of unconventional organisms: a first step to explore host–microbial interactions
- auteur
- Clémence Frioux, Simon Dittami, Anne Siegel
- article
- Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (3), pp.901-913. ⟨10.1042/BST20190667⟩
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- titre
- Metabolic Complementarity Between a Brown Alga and Associated Cultivable Bacteria Provide Indications of Beneficial Interactions
- auteur
- Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, Erwan Corre, Alicia Le Salver, Cédric Leroux, Catherine Leblanc, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon Dittami
- article
- Frontiers in Marine Science, 2020, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmars.2020.00085⟩
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-
- titre
- The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
- auteur
- Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Herve, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E. Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Péricard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F. Peters, Anne Siegel, Amandine Siméon, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
- article
- Marine Genomics, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩
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-
- titre
- Nonlinear mapping and distance geometry
- auteur
- Alain Franc, Pierre Blanchard, Olivier Coulaud
- article
- Optimization Letters, 2020, 14 (2), pp.453-467. ⟨10.1007/s11590-019-01431-y⟩
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Conference papers
- titre
- Identification de la fraction active des bactéries du microbiote améliorant la résistance à la colonisation intestinale contre les entérocoques résistants à la vancomycine
- auteur
- Lionel Rigottier-Gois, Perrine Bayle, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Pascale Serror
- article
- Webinaire MICA-INRAE : Comprendre et valoriser les communautés microbiennes, Sep 2020, Distanciel, France
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-
- titre
- Statistical methods for ecoviromics of rodent reservoirs of zoonoses in French Guiana
- auteur
- Alain Franc, Nathalie Peyrard, Sourakhata Tirera, Benoit de Thoisy, Damien Donato, Anne Lavergne
- article
- ISEC 2020 – International Statistical Ecology Conference, Jun 2020, Sydney, Australia
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-
- titre
- Statistical learning for OTUs identification
- auteur
- Mohamed Anwar Abouabdallah, Olivier Coulaud, Alain Franc, Nathalie Peyrard
- article
- ISEC 2020 – International Statistical Ecology Conference, Jun 2020, Sydney / Virtual, Australia
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-
Book sections
- titre
- Modéliser les interactions du vivant, en lien avec les milieux et les contextes socio-économiques
- auteur
- Chantal Gascuel, Francoise Lescourret, Herve Monod, Lionel Roques, David Bohan, Evelyne Costes, Pierre Courtois, Frederic Fabre, Philippe Faverdin, Alain Franc, Thierry Hoch, Florence Phocas, Jean-Philippe Steyer, Marc Tchamitchian
- article
- Caquet, Thierry Gascuel, Chantal Tixier-Boichard, Michèle Coordination éditoriale. L’agroécologie : des recherches pour la transition des filières et des territoires. Collection Matière à débattre et décider, Collection Matière à débattre et décider (5), Éditions Quæ, pp.71-80, 2020, 978-2-7592-3129-4
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-
- titre
- La Poste aux chevaux
- auteur
- Anne Bretagnolle, Alain Franc, Nicolas Verdier
- article
- Gomis S. Atlas historique, Auvergne, Bourbonnais, Velay, CHEC/MSH Clermond-Ferrrand, https://atlas-historique-auvergne.msh.uca.fr/la-poste-aux-chevaux, 2020
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- titre
- Les routes de la poste à cheval et les petites villes en France (1632-1833)
- auteur
- Anne Bretagnolle, Alain Franc
- article
- Céline Pérol et Jean-Luc Fray. Routes et petites villes de l’Antiquité à l’Époque moderne, Presses Universitaires Blaise Pascal, collection Histoires Croisées, pp.19-41, 2020, 978-2-84516-948-7
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-
Poster communications
- titre
- Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species
- auteur
- Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2020 – Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩
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-
2019
Journal articles
- titre
- Natural allelic variations of Saccharomyces cerevisiae impact stuck fermentation due to the combined effect of ethanol and temperature; a QTL-mapping study
- auteur
- Philippe Marullo, Pascal Durrens, Emilien Peltier, Margaux Bernard, Chantal Mansour, Denis Dubourdieu
- article
- BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s12864-019-5959-8⟩
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-
- titre
- Phase variation in Mycobacterium tuberculosis glpK produces transiently heritable drug tolerance
- auteur
- Hassan Safi, Pooja Gopal, Subramanya Lingaraju, Shuyi Ma, Carly Levine, Veronique Dartois, Michelle Yee, Liping Li, Landry Blanc, Hsin-Pin Ho Liang, Seema Husain, Mainul Hoque, Patricia Soteropoulos, Tige Rustad, David Sherman, Thomas Dick, David Alland
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019, 116 (39), pp.19665-19674. ⟨10.1073/pnas.1907631116⟩
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-
- titre
- Molecular versus morphological data for benthic diatoms biomonitoring in Northern Europe freshwater and consequences for ecological status
- auteur
- Bonnie Bailet, Agnes Bouchez, Alain Franc, Jean-Marc Frigerio, François Keck, Satu-Maaria Karjalainen, Frédéric Rimet, Susanne Schneider, Maria Kahlert
- article
- Metabarcoding and Metagenomics, 2019, 3, ⟨10.3897/mbmg.3.34002⟩
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- titre
- Exact or approximate inference in graphical models: why the choice is dictated by the treewidth, and how variable elimination can be exploited
- auteur
- Nathalie Dubois Peyrard Peyrard, Marie-Josée Cros, Simon de Givry, Alain Franc, Stephane S. Robin, Régis Sabbadin, Thomas Schiex, Matthieu Vignes
- article
- Australian and New Zealand Journal of Statistics, 2019, 61 (2), pp.89-133. ⟨10.1111/anzs.12257⟩
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-
- titre
- Chloroplast DNA variation in a hyperdiverse tropical tree community
- auteur
- Henri Caron, Jean‐françois Molino, Daniel Sabatier, Patrick Léger, Philippe Chaumeil, Caroline Scotti-Saintagne, Jean-Marc Frigerio, Ivan Scotti, Alain Franc, Rémy J. Petit
- article
- Ecology and Evolution, 2019, 9 (8), pp.4897-4905. ⟨10.1002/ece3.5096⟩
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-
Conference papers
- titre
- Clustering de données OTU par modèle SBM
- auteur
- Mohamed Anwar Abouabdallah, Nathalie Peyrard, Alain Franc, Olivier Coulaud
- article
- Réunion annuelle du GDR Ecologie Statistique, May 2019, Avignon, France
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-
Reports
- titre
- In silico comparative function prediction of enzymes, applied to fatty acid metabolism in microalgae
- auteur
- Swarna Kanchan
- article
- [0] Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2019
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2018
Journal articles
- titre
- Self-Affirmation and Prejudice Reduction: When and Why?
- auteur
- Constantina Badea, David Sherman
- article
- Current Directions in Psychological Science, 2018, 28 (1), pp.40-46. ⟨10.1177/0963721418807705⟩
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- titre
- Disentangling the processes driving the biogeography of freshwater diatoms: A multiscale approach
- auteur
- François Keck, Alain Franc, Maria Kahlert
- article
- Journal of Biogeography, 2018, 45 (7), pp.1582-1592. ⟨10.1111/jbi.13239⟩
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-
- titre
- In the aftermath of terrorism: Effects of self versus group affirmation on support for discriminatory policies
- auteur
- Constantina Badea, Kevin Binning, Jean-François Verlhiac, David Sherman
- article
- Journal of Experimental Social Psychology, 2018, 76, pp.421-428. ⟨10.1016/j.jesp.2017.11.004⟩
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-
- titre
- Many interspecific chromosomal introgressions are highly prevalent in Holarctic Saccharomyces uvarum strains found in human-related fermentations
- auteur
- Warren Albertin, Maria Chernova, Pascal Durrens, Erwan Guichoux, David James Sherman, Isabelle Masneuf-Pomarede, Philippe Marullo
- article
- Yeast, 2018, 35 (1), pp.141-156. ⟨10.1002/yea.3248⟩
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-
Conference papers
- titre
- A metaworld: metastability in metacommunities
- auteur
- Alain Franc, Nathalie Peyrard
- article
- MARAMI 2018 Modèles & Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques & Informatiques, Oct 2018, Montpellier, France. 25 p
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-
- titre
- Evolutionary history of tropical tree species complexes: species delimitation and adaptive genetic variation in the Brazil nut clade (Lecythidaceae)
- auteur
- Myriam Heuertz, Quentin Jehanne, Katharina Birgit Budde, Henri Caron, Niklas Tysklind, Caroline Scotti-Saintagne, Erwan Guichoux, Jean-François Molino, Daniel Sabatier, Veronica El Mutjar, Alain Franc, Pauline Garnier‐géré, Stéphanie Mariette
- article
- European Conference of Tropical Ecology (GTOE2018), Mar 2018, Paris, France. pp.393
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-
Book sections
- titre
- Why We Need Sustainable Networks Bridging Countries, Disciplines, Cultures and Generations for Aquatic Biomonitoring 2.0: A Perspective Derived From the DNAqua-Net COST Action
- auteur
- Florian Leese, Agnes Bouchez, Kessy Abarenkov, Florian Altermatt, Angel Borja, Kat Bruce, Torbjorn Ekrem, Fedor Čiampor, Zuzana Čiampor, Filipe Costa, Sofia Duarte, Vasco Elbrecht, Diego Fontaneto, Alain Franc, Matthias Geiger, Daniel Hering, Maria Kahlert, Belma Kalamujić Stroil, Martyn Kelly, Emre Keskin, Igor Liska, Patricia Mergen, Kristian Meissner, Jan Pawlowski, Lyubomir Penev, Yorick Reyjol, Ana Rotter, Dirk Steinke, Bas van Der Wal, Simon S. Vitecek, Jonas Zimmermann, Alexander Weigand
- article
- Next Generation Biomonitoring: Part 1, 58, Elsevier, pp.63-99, 2018, Advances In Ecological Research, 978-0-12-813949-3
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-
Poster communications
- titre
- Evolutionary history of tropical tree species complexes: species delimitation and adaptive genetic variation in the Brazil nut clade (Lecythidaceae)
- auteur
- Myriam Heuertz, Quentin Jehanne, Katharina Birgit Budde, Henri Caron, Niklas Tysklind, Caroline Scotti-Santagne, Erwan Guichoux, Jean-François Molino, Daniel Sabatier, Veronica El Mujtar, Alain Franc, Pauline Garnier‐géré, Stéphanie Mariette
- article
- 2. Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), Aug 2018, Montpellier, France. , 2018
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-
Reports
- titre
- Deriving Gene Associations for Metabolic Models
- auteur
- Razanne Issa, David James Sherman
- article
- [Research Report] RR-9246, Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2018
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-
- titre
- Nonlinear Mapping and Distance Geometry
- auteur
- Alain Franc, Pierre Blanchard, Olivier Coulaud
- article
- [Research Report] RR-9210, Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2018, pp.14
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-
- titre
- A geometric view of Biodiversity: scaling to metagenomics
- auteur
- Pierre Blanchard, Philippe Chaumeil, Jean-Marc Frigerio, Frédéric Rimet, Franck Salin, Sylvie Thérond, Olivier Coulaud, Alain Franc
- article
- [Research Report] RR-9144, INRIA; INRA. 2018, pp.1-16
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-
2017
Journal articles
- titre
- Virome analysis of two sympatric bat species (Desmodus rotundus and Molossus molossus) in French Guiana
- auteur
- Vincent Lacoste, Arielle Salmier, Sourakhata Tirera, Alain Franc, Edith Darcissac, Damien Donato, Christiane Bouchier, Anne Lavergne, Benoit de Thoisy, Naomi Forrester
- article
- PLoS ONE, 2017, 12 (11), pp.1-25. ⟨10.1371/journal.pone.0186943⟩
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-
- titre
- Two different Oenococcus oeni lineages are associated to either red or white wines in Burgundy: genomics and metabolomics insights
- auteur
- Hugo Campbell-Sills, Mariette El Khoury, Marine Gammacurta, Cecile Miot-Sertier, Lucie Dutilh, Jochen Vestner, Vittorio Capozzi, David James Sherman, Christophe Hubert, Olivier Claisse, Giuseppe Spano, Gilles de Revel, Patrick Lucas
- article
- OENO One, 2017, 51 (3), pp.309 – 322. ⟨10.20870/oeno-one.2017.51.4.1861⟩
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-
- titre
- Genome Sequence of the Yeast Clavispora lusitaniae Type Strain CBS 6936
- auteur
- Pascal Durrens, Christophe C. Klopp, Nicolas Biteau, Valérie Fitton-Ouhabi, Karine Dementhon, Isabelle Accoceberry, David J. Sherman, Thierry Noël
- article
- Genome Announcements, 2017, 5 (31), pp.e00724-17. ⟨10.1128/genomeA.00724-17⟩
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-
- titre
- Emergence of an integrated city-system in France (XVIIth–XIXth centuries): Evidence from toolset in graph theory
- auteur
- Anne Bretagnolle, Alain Franc
- article
- Historical Methods: A Journal of Quantitative and Interdisciplinary History, 2017, 50 (1), pp.49-65. ⟨10.1080/01615440.2016.1237915⟩
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-
- titre
- The impact of parasitism on resource allocation in a fungal host: the case of Cryphonectria parasitica and its mycovirus, Cryphonectria Hypovirus 1
- auteur
- Jérémie Brusini, Marta L. Wayne, Alain Franc, Cécile Robin
- article
- Ecology and Evolution, 2017, 7 (15), pp.5967-5976. ⟨10.1002/ece3.3143⟩
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-
Book sections
- titre
- Simuler des transitions : une introduction aux modèles spatio-temporels
- auteur
- Arnaud Banos, Florent Le Néchet, Ouriachi Marie-Jeanne, Alain Franc
- article
- Sanders L. Peupler la terre. De la préhistoire à l’ère des métropoles, Presses universitaires François-Rabelais, pp.89-110, 2017
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-
2016
Journal articles
- titre
- Linking phylogenetic similarity and pollution sensitivity to develop ecological assessment methods: a test with river diatoms
- auteur
- François Keck, Agnes Bouchez, Alain Franc, Frédéric Rimet
- article
- Journal of Applied Ecology, 2016, 53 (3), pp.856-864. ⟨10.1111/1365-2664.12624⟩
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-
- titre
- Phylogenetic signal in diatom ecology: perspectives for aquatic ecosystems biomonitoring
- auteur
- François Keck, Frédéric Rimet, Alain Franc, Agnes Bouchez
- article
- Ecological Applications, 2016, 26 (3), pp.861 – 872. ⟨10.1890/14-1966⟩
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-
- titre
- Plastome data reveal multiple geographic origins of Quercus Group Ilex
- auteur
- Marco Cosimo Simeone, Guido W. Grimm, Alessio Papini, Federico Vessella, Simone Cardoni, Enrico Tordoni, Roberta Piredda, Alain Franc, Thomas Denk
- article
- PeerJ, 2016, 4, pp.e1897. ⟨10.7717/peerj.1897⟩
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-
- titre
- phylosignal: an R package to measure, test, and explore the phylogenetic signal
- auteur
- François Keck, Frédéric Rimet, Agnes Bouchez, Alain Franc
- article
- Ecology and Evolution, 2016, 6 (9), pp.2774 – 2780. ⟨10.1002/ece3.2051⟩
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-
- titre
- R-Syst::diatom: an open-access and curated barcode database for diatoms and freshwater monitoring
- auteur
- Frédéric Rimet, Philippe Chaumeil, François Keck, Lenaïg Kermarrec, Valentin Vasselon, Maria Kahlert, Alain Franc, Agnes Bouchez
- article
- Database – The journal of Biological Databases and Curation, 2016, 2016, pp.baw016. ⟨10.1093/database/baw016⟩
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-
- titre
- Genome-wide association links candidate genes to resistance to Plum Pox Virus in apricot (Prunus armeniaca)
- auteur
- Stéphanie Mariette, Fabienne Wong Jun Tai, Guillaume Roch, Aurélien Barré, Aurélie Chague, Stéphane Decroocq, Alexis Groppi, Yec’han Laizet, Patrick Lambert, David Tricon, Macha Nikolski, Jean-Marc Audergon, Albert G. Abbott, Véronique Decroocq
- article
- New Phytologist, 2016, 209 (2), DOI: 10.1111/nph.13627. ⟨10.1111/nph.13627⟩
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-
- titre
- Overlapping Podospora anserina transcriptional responses to bacterial and fungal non self indicate a multilayered innate immune response
- auteur
- Marina Lamacchia, Witold Dyrka, Annick Breton, Sven J Saupe, Mathieu Paoletti
- article
- Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.471. ⟨10.3389/fmicb.2016.00471⟩
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-
Book sections
- titre
- Modeling and predicting behaviors and dynamics of ecosystems
- auteur
- Damien Eveillard, Xavier Raynaud, Jérémie Bourdon, Alain Franc, Frédéric Plewniak
- article
- Insight on environmental genomics, the high-throughput sequencing revolution, 2016
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-
Poster communications
- titre
- FMR: Fast randomized algorithms for covariance matrix computations
- auteur
- Pierre Blanchard, Olivier Coulaud, Eric Darve, Alain Franc
- article
- Platform for Advanced Scientific Computing (PASC), Jun 2016, Lausanne, Switzerland. 2016
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- diagno-syst: a tool for accurate inventories in metabarcoding
- auteur
- Jean-Marc Frigerio, Frédéric Rimet, Agnes Bouchez, Emilie Chancerel, Philippe Chaumeil, Franck Salin, Sylvie Thérond, Maria Kahlert, Alain Franc
- article
- 2016
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-
2015
Journal articles
- titre
- Theme and variations: evolutionary diversification of the HET-s functional amyloid motif
- auteur
- Asen Daskalov, Witold Dyrka, Sven J Saupe
- article
- Scientific Reports, 2015, 5, pp.12494. ⟨10.1038/srep12494⟩
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-
- titre
- Allelic variation at the rpv1 locus controls partial resistance to Plum pox virus infection in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Sylvain Poque, Gaëlle Pagny, Laurence Ouibrahim, Aurélie Chague, Jean-Philippe Eyquard, Mélodie Caballero, Thierry T. Candresse, Carole Caranta, Stéphanie Mariette, Véronique Decroocq
- article
- BMC Plant Biology, 2015, 15 (159), pp.159. ⟨10.1186/s12870-015-0559-5⟩
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-
- titre
- Phylogenomic Analysis of Oenococcus oeni Reveals Specific Domestication of Strains to Cider and Wines.
- auteur
- Hugo Campbell-Sills, Mariette El Khoury, Marion Favier, Andrea Romano, Franco Biasioli, Giuseppe Spano, David James Sherman, Olivier Bouchez, Emmanuel Coton, Monika Coton, Sanae Okada, Naoto Tanaka, Marguerite Dols-Lafargue, Patrick M Lucas
- article
- Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (6), pp.1506-18. ⟨10.1093/gbe/evv084⟩
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-
- titre
- Mimoza: web-based semantic zooming and navigation in metabolic networks
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- article
- BMC Systems Biology, 2015, 9, pp.10. ⟨10.1186/s12918-015-0151-5⟩
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-
- titre
- Pantograph: A template-based method for genome-scale metabolic model reconstruction
- auteur
- Nicolás Loira, Anna Zhukova, David James Sherman
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 10, pp.1550006. ⟨10.1142/S0219720015500067⟩
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-
Conference papers
- titre
- E-Biothon: an experimental platform for BioInformatics
- auteur
- Michel Daydé, Benjamin Depardon, Alain Franc, Jean-François Gibrat, Romaric Guillier, Yasaman Karami, Christian Pérez, Frédéric Suter, Marie Chabbert, Bruck Taddese, Sylvie Thérond
- article
- International Conference on Computer Science and Information Technologies, Sep 2015, Yerevan, Armenia. ⟨10.1109/CSITechnol.2015.7358239⟩
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-
- titre
- Deciphering the language of fungal pathogen recognition receptors
- auteur
- Witold Dyrka, Pascal Durrens, Mathieu Paoletti, Sven J Saupe, David James Sherman
- article
- 8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society, Polish Bioinformatics Society, Sep 2015, Lublin, Poland
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-
- titre
- Diversity and Domestication in Oenological Yeasts
- auteur
- David James Sherman
- article
- Moscow Conference on Computational and Molecular Biology (MCCMB’15), Jul 2015, Moscow, Russia
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-
Poster communications
- titre
- Deciphering the language of fungal pathogen recognition receptors
- auteur
- Witold Dyrka, Pascal Durrens, Sven J Saupe, Mathieu Paoletti, David James Sherman
- article
- EMBO Young Scientists Forum 2015, Jul 2015, Warsaw, Poland. , 2015
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Exact and approximate inference in graphical models: variable elimination and beyond
- auteur
- Nathalie Dubois Peyrard, Simon de Givry, Alain Franc, Stephane Robin, Régis Sabbadin, Thomas Schiex, Matthieu Vignes
- article
- 2015
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-
2014
Journal articles
- titre
- Diversity and variability of NOD-like receptors in fungi
- auteur
- Witold Dyrka, Marina Lamacchia, Pascal Durrens, Bostjan Kobe, Asen Daskalov, Matthieu Paoletti, David J Sherman, Sven J Saupe
- article
- Genome Biology and Evolution, 2014, in press. ⟨10.1093/gbe/evu251⟩
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-
- titre
- Modeling acclimatization by hybrid systems: Condition changes alter biological system behavior models.
- auteur
- Rodrigo Assar, Martín A Montecino, Alejandro Maass, David J Sherman
- article
- BioSystems, 2014, 121, pp.43-53. ⟨10.1016/j.biosystems.2014.05.007⟩
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- titre
- Draft genome sequence of Rhodosporidium toruloides CECT1137, an oleaginous yeast of biotechnological interest
- auteur
- Nicolas Morin, Xavier Calcas, Hugo Devillers, Pascal Durrens, David James Sherman, Jean-Marc J.-M. Nicaud, Cécile Neuvéglise
- article
- Genome Announcements, 2014, 2 (4), ⟨10.1128/genomeA.00641-14⟩
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- titre
- The complete genome of Blastobotrys (Arxula) adeninivorans LS3 – a yeast of biotechnological interest.
- auteur
- Gotthard Kunze, Claude Gaillardin, Małgorzata Czernicka, Pascal Durrens, Tiphaine Martin, Erik Böer, Toni Gabaldón, Jose Cruz, Emmanuel Talla, Christian Marck, André Goffeau, Valérie Barbe, Philippe Baret, Keith Baronian, Sebastian Beier, Claudine Bleykasten, Rüdiger Bode, Serge Casaregola, Laurence Despons, Cécile Fairhead, Martin Giersberg, Przemysław Piotr Gierski, Urs Hähnel, Anja Hartmann, Dagmara Jankowska, Claire Jubin, Paul Jung, Ingrid Lafontaine, Véronique Leh-Louis, Marc Lemaire, Marina Marcet-Houben, Martin Mascher, Guillaume Morel, Guy-Franck Richard, Jan Riechen, Christine Sacerdot, Anasua Sarkar, Guilhem Savel, Joseph Schacherer, David Sherman, Nils Stein, Marie-Laure Straub, Agnès Thierry, Anke Trautwein-Schult, Benoit Vacherie, Eric Westhof, Sebastian Worch, Bernard Dujon, Jean-Luc Souciet, Patrick Wincker, Uwe Scholz, Cécile Neuvéglise
- article
- Biotechnology for Biofuels, 2014, 7 (1), pp.66. ⟨10.1186/1754-6834-7-66⟩
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- titre
- QTL dissection of Lag phase in wine fermentation reveals a new translocation responsible for Saccharomyces cerevisiae adaptation to sulfite.
- auteur
- Adrien Zimmer, Cécile Durand, Nicolás Loira, Pascal Durrens, David James Sherman, Philippe Marullo
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e86298. ⟨10.1371/journal.pone.0086298⟩
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- titre
- A Gondwanan imprint on global diversity and domestication of wine and cider yeast Saccharomyces uvarum.
- auteur
- Pedro Almeida, Carla Gonçalves, Sara Teixeira, Diego Libkind, Martin Bontrager, Isabelle Masneuf-Pomarède, Warren Albertin, Pascal Durrens, David James Sherman, Philippe Marullo, Chris Todd Hittinger, Paula Gonçalves, José Paulo Sampaio
- article
- Nature Communications, 2014, 5, pp.4044. ⟨10.1038/ncomms5044⟩
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- titre
- Knowledge-based generalization of metabolic networks: a practical study
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2014, 12(2) (1441001), ⟨10.1142/S0219720014410017⟩
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-
- titre
- Knowledge-based generalization of metabolic models
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- article
- Journal of Computational Biology, 2014, 21 (7), pp.534-47. ⟨10.1089/cmb.2013.0143⟩
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Poster communications
- titre
- Three-level representation of metabolic networks
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- article
- Journées EDMI, Nov 2014, Bordeaux, France
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Theses
- titre
- Knowledge-based scaling for biological models
- auteur
- Anna Zhukova
- article
- Computer science. Université de Bordeaux, 2014. English. ⟨NNT : 2014BORD0427⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Deciphering the language of fungal pathogen recognition receptors
- auteur
- Witold Dyrka, Pascal Durrens, Mathieu Paoletti, Sven J Saupe, David J Sherman
- article
- 2014
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