Christophe Godin
I am a senior researcher at Inria (National Institute for Research in Digital Science and Technology ), and head of the Inria Mosaic, joint with ENS de Lyon and INRAe
- Tel: +33 4 72 72 88 26
- Email: christophe.godin@inria.fr
Areas of interest
I have been developing mathematical and computational models to help understand the development of plants over the last 30 years. During this period, I have developed geometric models to represent plant architectures (MTGs, L-system models, fractals), algorithms for 3D plant architecture reconstruction from Lidar and 3D tissue reconstruction from microscope laser images, combinatorial algorithms to compare or compress tree structures representing plant branching systems, mathematical and computational models of plant architecture development at various scales, models of phyllotaxis (regular arrangement of plant organs along the stems), models of gene regulatory networks and biophysical models of tissue development (meristems and some animal embryos) at cellular resolution. With my groups and colleagues, I have set-up computational platforms or computer languages to study and model plant development and morphogenesis (with, in particular, AMAPmod, AML language, OpenALEA, L-systems-based LPy language, and more recently GNOMON). Since the end the the 90’s, I have contributed to the development of the Functional-Structural Plant Model (FSPM) international community.
Keywords: Morphogenesis of living systems, Plant development, Meristem modeling, Fractal geometry applied to plants, Multiscale structures and algorithms, Algorithms on tree structures (tree distances and comparison, tree self-similarity, tree-compression), modeling of growing shapes (Dynamical systems with dynamical structures -DS2-) , Partial differential equations on DS2, Automata and Languages for DS2, Models of growing structures and multiscale growing structures, Differential and Riemannian geometry applied to development, Mechanical models of tissue development.
I frequently participate to outreach and mediation events in High schools, Science festivals, Weeks of mathematics, Online interviews, etc., as I think Science’s results, method and beauty should be largely shared with the society.
Selected publications
2024
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Riemannian L-systems: Modeling growing forms in curved spaces
- auteur
- Christophe Godin, Frédéric Boudon
- article
- 2024
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-
- titre
- Geometry and cell wall mechanics guide early pollen tube growth in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Lucie Riglet, Catherine Quilliet, Christophe Godin, Karin John, Isabelle Fobis-Loisy
- article
- 2024
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-
2023
Journal articles
-
- titre
- Characterization of random walks on space of unordered trees using efficient metric simulation
- auteur
- Farah Ben-Naoum, Christophe Godin, Romain Azaïs
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2023, 341, pp.290-307. ⟨10.1016/j.dam.2023.07.028⟩
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-
- titre
- The role of Imp and Syp RBPs in precise neuronal elimination by apoptosis through the regulation of TFs
- auteur
- Wenyue Guan, Ziyan Nie, Anne Laurençon, Mathilde Bouchet, Christophe Godin, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Jonathan Enriquez
- article
- eLife, 2023, ⟨10.7554/eLife.91634.1⟩
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-
-
- titre
- Cauliflowers or how the perseverance of a plant to make flowers produces an amazing fractal structure
- auteur
- Eugenio Azpeitia, François Parcy, Christophe Godin
- article
- Comptes Rendus. Biologies, 2023, 346 (G1), pp.75-83. ⟨10.5802/crbiol.120⟩
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-
Conference papers
-
- titre
- Hierarchical Developmental Timeline Warping: a generic method to design realistic plant architecture models
- auteur
- Christophe Godin, Fabrice Besnard
- article
- 10th conference on Structural-Functional Plant Models, Mar 2023, Berlin (DE), France
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-
-
- titre
- Exploring symmetries in plant architectures
- auteur
- Romain Azaïs, Salaheddine Habibeche, Farah Ben-Naoum, Christophe Godin
- article
- 10th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Mar 2023, Berlin, Germany
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-
- titre
- Hydroroot: a functional/structural model for assessing water and solute transport parameters
- auteur
- Fabrice Bauget, Virginia Protto, Christophe Pradal, Yann Boursiac, M Lucas, Stathis Delivorias, Christophe Godin
- article
- Workshop OpenAlea, 2023, Montpellier, France
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-
Preprints, Working Papers, …
-
- titre
- The role of Imp and Syp RBPs in precise neuronal elimination by apoptosis through the regulation of TFs
- auteur
- Wenyue Guan, Ziyan Nie, Anne Laurencon, Mathilde Bouchet, Christophe Godin, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Jonathan Enriquez
- article
- 2023
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-
-
- titre
- Water fluxes contribute to growth patterning in shoot meristems
- auteur
- Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
-
- titre
- A Graph-Based Approach for Simultaneous Semantic and Instance Segmentation of Plant 3D Point Clouds
- auteur
- Katia Mirande, Christophe Godin, Marie Tisserand, Julie Charlaix, Fabrice Besnard, Franck Hétroy-Wheeler
- article
- Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fpls.2022.1012669⟩
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-
-
- titre
- Phenotyping and modeling of root hydraulic architecture reveal critical determinants of axial water transport
- auteur
- Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Mikaël Lucas, Stathis Delivorias, Christophe Godin, Christophe Maurel
- article
- Plant Physiology, 2022, 190 (2), pp.1289-1306. ⟨10.1093/plphys/kiac281⟩
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-
-
- titre
- Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets
- auteur
- Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩
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-
-
- titre
- Post-transcriptional regulation of transcription factor codes in immature neurons drives neuronal diversity
- auteur
- Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez
- article
- Cell Reports, 2022, 39 (13), pp.110992. ⟨10.1016/j.celrep.2022.110992⟩
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-
Conference papers
- titre
- Projet de modèle cellulaire 3D de cambium pour étudier l’influence du stress mécanique
- auteur
- Félix Hartmann, Christophe Godin, Guillaume Cerutti, Bruno Moulia, Eric Badel
- article
- Xylogénèse sous contraintes environnementales multiples, GDR Sciences du bois; INRAE, Jul 2022, Nancy, France
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-
- titre
- Robust Plant Cell Tracking in Fluorescence Microscopy 3D+T Series
- auteur
- Manuel Petit, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Grégoire Malandain
- article
- ISBI 2022 – IEEE 19th International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2022, Kolkata, India. pp.1-4, ⟨10.1109/ISBI52829.2022.9761521⟩
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-
Book sections
- titre
- Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues
- auteur
- Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia
- article
- Plant Systems Biology, 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩
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-
Poster communications
-
- titre
- Revisiting PIN1 polarity interpretation at the SAM based on automated multi-level reconstruction of PIN1 polarities from confocal images
- auteur
- Landry Duguet, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Etienne Farcot, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- From genes to plant architecture: the shoot apical meristem in all its states, Nov 2022, Poitiers, France
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-
Proceedings
-
- titre
- From genes to plAnt Architecture the shoot ApicAl meristem in All its stAtes
- auteur
- Jessica Bertheloot, Jean-Louis Durand, Christophe Godin
- article
- 2022
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-
2021
Journal articles
-
- titre
- What shoots can teach about theories of plant form
- auteur
- Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin
- article
- Nature Plants, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩
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-
- titre
- BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
- auteur
- Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
- article
- Journal of Open Source Software, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
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-
-
- titre
- A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
- auteur
- Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
- article
- Developmental Cell, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
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-
-
- titre
- Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
- auteur
- Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
- article
- Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
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-
-
- titre
- Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
- auteur
- Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
- article
- eLife, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩
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-
Conference papers
-
- titre
- Transferring PointNet++ Segmentation from Virtual to Real Plants
- auteur
- Ayan Chaudhury, Peter Hanappe, Romain Azaïs, Christophe Godin, David Colliaux
- article
- ICCV 2021 – International Conference on Computer Vision, Oct 2021, Montreal, Canada. pp.1-3
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- The post-transcriptional regulation of TFs in immature motoneurons shapes the axon-muscle connectome
- auteur
- Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Kabir Chérif, Aurélien Darmas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez
- article
- 2021
- Accès au bibtex
-
- titre
- The post-transcriptional regulation of TFs in immature motoneurons shapes the axon-muscle connectome
- auteur
- Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Kabir Chérif, Aurélien Darmas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez
- article
- 2021
- Accès au bibtex
-
2020
Journal articles
-
- titre
- Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
- auteur
- Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
- article
- Development (Cambridge, England), 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
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-
- titre
- Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
- auteur
- Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
- article
- Science, 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
- auteur
- Ayan Chaudhury, Christophe Godin
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
- auteur
- Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
- auteur
- Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
- article
- Current Biology – CB, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
- auteur
- Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
- article
- New Phytologist, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
- auteur
- Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
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-
- titre
- Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
- auteur
- Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
- article
- Current Biology – CB, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
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-
Conference papers
- titre
- MTG as a standard representation of plants in FSPMs
- auteur
- Christophe Pradal, Christophe Godin
- article
- FSPM 2020 – 9th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Oct 2020, Hanovre / Virtua, Germany. pp.86-87
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- 3D Plant Phenotyping: All You Need is Labelled Point Cloud Data
- auteur
- Ayan Chaudhury, Frédéric Boudon, Christophe Godin
- article
- CVPPP-ECCV 2020 – Workshop on Computer Vision Problems in Plant Phenotyping, Aug 2020, Glasgow, United Kingdom. pp.1-17
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phenotyping and modeling of water transport in roots
- auteur
- Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Stathis Delivorias, Mikael Lucas, Christophe Godin, Christophe Maurel
- article
- iCROPM 2020 – Satellite workshop : Phenotyping and modeling of plant anchorage and physiology, Feb 2020, Montpellier, France
- Accès au bibtex
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- titre
- High-precision 3D segmentation of plants combining spectral clustering and quotient graph techniques: a multi-level approach
- auteur
- Katia Mirande, Franck Hétroy-Wheeler, Christophe Godin
- article
- 9th International Conference on Functional-Structural Plant Models, 2020, En ligne, France
- Accès au bibtex
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2019
Journal articles
- titre
- Introduction
- auteur
- Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
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-
-
- titre
- Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
- article
- PLoS Computational Biology, 2019, 15 (6), pp.e1007121. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩
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-
-
- titre
- Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
- auteur
- Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
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-
-
- titre
- Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
- auteur
- Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
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-
-
- titre
- Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
- auteur
- Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
- article
- Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
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-
-
- titre
- MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
- auteur
- Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
- article
- Nature Communications, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
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-
Conference papers
-
- titre
- Quantifying cell polarities in confocal images using 3D wall meshes
- auteur
- Guillaume Cerutti, Carlos Galvan Ampudia, Jonathan Legrand, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- IAMPS 2019 – 7th International Workshop on Image Analysis Methods in the Plant Sciences, Jul 2019, Bron, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling branching under different light intensity regimes: integrating the role of hormones and sugars.
- auteur
- Anne Schneider, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Lydie Ledroit, Maria Dolores Perez-Garcia, Nathalie Brouard, Christophe Godin, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
- article
- International symposium on advanced technologies and management for innovative greenhouses (GreenSys), Jun 2019, Angers, France
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- Approximation of trees by self-nested trees
- auteur
- Romain Azaïs, Jean-Baptiste Durand, Christophe Godin
- article
- ALENEX 2019 – Algorithm Engineering and Experiments, Jan 2019, San Diego, United States. pp.39-53, ⟨10.1137/1.9781611975499.4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Software
- titre
- OpenAlea
- auteur
- Christophe Pradal, Christian Fournier, Frédéric Boudon, Patrick Valduriez, Esther Pacitti, Yann Y. Guédon, Christophe Godin
- article
- 2019
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
-
- titre
- Geometry Reconstruction of Plants
- auteur
- Ayan Chaudhury, Christophe Godin
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Phyllotaxis: a remarkable example of developmental canalization in plants
- auteur
- Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Multiscale mechanical model for cell division orientation in developing biological systems
- auteur
- Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Patrick Lemaire, Christophe Godin
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2018
Poster communications
-
- titre
- Stress-based regulation of multicellular plant growth: a finite element modeling approach applied to planar leaf morphogenesis
- auteur
- Hadrien Oliveri, Feng Zhao, Olivier Ali, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- ICSB 2018 – 19th International Conference on Systems Biology, Oct 2018, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Towards an automated assessment of pig behaviors on farm
- auteur
- Etienne Labyt, G. Lagarrigues, O. Sakri, Christophe Godin, Céline Tallet, Armelle Prunier
- article
- 69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 24, 2018, Annual Meeting of the European Association for Animal Production
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PigWatch: early automated detection of tail biting and aggression
- auteur
- H. Spoolder, Manuela Zebunke, Etienne Labyt, Christophe Godin, Céline Tallet, Armelle Prunier, Sabine Dippel, Barbara Früh, M. Dall Aaslyng, Helle Daugaard Larsen, Herman Vermeer
- article
- 69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 24, 2018, Annual Meeting of the European Association for Animal Production
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- A parametric active 4D model for the automatic construction of developmental atlases from confocal images of shoot apical meristems
- auteur
- Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Jonathan Legrand, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- IAMPS – International Workshop on Image Analysis Methods for the Plant Sciences 2018, Jan 2018, Nottingham, United Kingdom. 2018
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
-
- titre
- From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
- auteur
- Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- 2018
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2017
Journal articles
-
- titre
- DRACO-STEM: An Automatic Tool to Generate High-Quality 3D Meshes of Shoot Apical Meristem Tissue at Cell Resolution
- auteur
- Guillaume Cerutti, Olivier Ali, Christophe Godin
- article
- Frontiers in Plant Science, 2017, 8, pp.353. ⟨10.3389/fpls.2017.00353⟩
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-
Other publications
-
- titre
- Contact-dependent cell communications drive morphological invariance during ascidian embryogenesis
- auteur
- Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Emmanuel Faure, Julien Laussu, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
- article
- 2017, ⟨10.1101/238741⟩
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-
2016
Journal articles
-
- titre
- Integrating Physiology and Architecture in Models of Fruit Expansion
- auteur
- Mikolaj Cieslak, Ibrahim Cheddadi, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Michel Génard, Christophe Godin, Nadia Bertin
- article
- Frontiers in Plant Science, 2016, 7, pp.19. ⟨10.3389/fpls.2016.01739⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- A stochastic multicellular model identifies biological watermarks from disorders in self-organized patterns of phyllotaxis
- auteur
- Yassin Refahi, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Alain Jean-Marie, Minna Pulkkinen, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- eLife, 2016, 71, pp.50. ⟨10.7554/eLife.14093.001⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- A multi-scale model of the interplay between cell signalling and hormone transport in specifying the root meristem of Arabidopsis thaliana
- auteur
- Daniele Muraro, Antoine Larrieu, M. Lucas, J Chopard, H Byrne, Christophe Godin, J King
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2016, 404, pp.182 – 205. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.04.036⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Phyllotaxis: from patterns of organogenesis at the meristem to shoot architecture
- auteur
- Carlos S Galvan-‐ampudia, Anaïs M Chaumeret, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology, 2016, 5 (4), pp.460 – 473. ⟨10.1002/wdev.231⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Algorithmic Height Compression of Unordered Trees
- auteur
- Farah Ben-Naoum, Christophe Godin
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2016, 389, pp.237 – 252. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.10.030⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Reducing algorithm complexity in trees
- auteur
- Christophe Godin, Frédéric Boudon, Christophe Pradal
- article
- FSPMA 2016 – IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Nov 2016, Qingdao, China
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-
- titre
- Multicellular modelling of plant tissues as hydraulic systems
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, C. Boudon, Valentina Baldazzi, Nadia Bertin, Michel Génard, Christophe Godin
- article
- HortiModel2016: V International Symposium on Models for Plant Growth, Environment Control and Farming Management in Protected Cultivation., Sep 2016, Avignon, France
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-
- titre
- Sucrose interacts with auxin in the burst of axillary buds
- auteur
- Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Frédéric Boudon, Maria-Dolores Perez-Garcia, Thomas Péron, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
- article
- 11e colloque National de la Société Française de Biologie Végétale, Jul 2016, Angers, France
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-
- titre
- How does water flow through the roots
- auteur
- Yann Boursiac, Ana Maria Velez-Cardona, Maria Monica Calvo-Polanco, Didier Felbacq, Christophe Pradal, Mikaël Lucas, Christophe Godin, Christophe Maurel
- article
- Gordon Research Conferences “Salt & Water Stress in Plants, From Molecules to Crops”, May 2016, Les Diablerets, Switzerland
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-
-
- titre
- Spatio-temporal registration of 3D microscopy image sequences of Arabidopsis floral meristems
- auteur
- Gaël Michelin, Yassin Refahi, Raymond Wightman, Henrik Jönsson, Jan J. Traas, Christophe Godin, Grégoire Malandain
- article
- ISBI – International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2016, Prague, Czech Republic. pp.4, ⟨10.1109/ISBI.2015.7163872⟩
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-
Poster communications
-
- titre
- Modelling physiological regulation of bud burst by sucrose and auxin
- auteur
- Jessica Bertheloot, François Barbier, Frédéric Boudon, Maria-Dolores Perez-Garcia, Thomas Péron, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
- article
- IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Nov 2016, QingDao, China.
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-
-
- titre
- Coupling mechanical and hydraulic processes in multicellular models of plant development.
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
- article
- W8 – Computing a tissue: Modeling multicellular systems « ECCB2016″, Sep 2016, The Hague, Netherlands. 2 p., 2016
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-
-
- titre
- Lossy compression of unordered rooted trees
- auteur
- Romain Azaïs, Jean-Baptiste Durand, Christophe Godin
- article
- DCC 2016 – Data Compression Conference, Mar 2016, Snowbird, Utah, United States. ⟨10.1109/DCC.2016.73⟩
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-
2015
Journal articles
- titre
- L’importance capitale du travail de fourmi des chercheurs
- auteur
- Christophe Godin
- article
- 1024 : Bulletin de la Société Informatique de France, 2015, 5, pp.10
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-
-
- titre
- A Computational Framework for 3D Mechanical Modeling of Plant Morphogenesis with Cellular Resolution
- auteur
- Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, Olivier Ali, Benjamin Gilles, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- PLoS Computational Biology, 2015, 11 (1), pp.1-16. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003950⟩
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-
- titre
- Root System Markup Language: toward a unified root architecture description language
- auteur
- Guillaume Lobet, Michael P. Pound, Julien Diener, Christophe Pradal, Xavier Draye, Christophe Godin, Mathieu Javaux, Daniel Leitner, Félicien Meunier, Philippe Nacry, Tony P. Pridmore, Andrea Schnepf
- article
- Plant Physiology, 2015, 167 (3), pp.617-627. ⟨10.1104/pp.114.253625⟩
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-
Conference papers
-
- titre
- 3D Tessellation of Plant Tissue A dual optimization approach to cell-level meristem reconstruction from microscopy images
- auteur
- Guillaume Cerutti, Sophie Ribes, Christophe Godin, Carlos Galvan Ampudia, Teva Vernoux
- article
- International Conference on 3D Vision, Oct 2015, Lyon, France. pp.9, ⟨10.1109/3DV.2015.57⟩
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-
- titre
- Tactile sensing system for robotics dexterous manipulation based on a matrix of 3-axes force sensors
- auteur
- A. Ospina, S. Aloui, Christophe Godin, M. Grossard, A. Micaelli
- article
- 2015 IEEE/RSJ International Conference on Intelligent Robots and Systems (IROS), Sep 2015, Hamburg, Germany. pp.2105-2110, ⟨10.1109/IROS.2015.7353657⟩
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-
- titre
- Toward a mechanical model of 3D fruit development
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Michel M. Génard, Nadia Bertin
- article
- International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management, Jun 2015, Montpellier, France. 1 p
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-
- titre
- Building a root hydraulic architecture with keyboard and pipettes
- auteur
- Yann Boursiac, Christophe Pradal, Mikaël Lucas, Christophe Maurel, Christophe Godin, Didier Felbacq
- article
- Modeling plant development from the organ to the whole plant scale, Apr 2015, montpellier, France
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-
-
- titre
- Cell Pairings for Ascidian Embryo Registration
- auteur
- Gaël Michelin, Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Patrick Lemaire, Christophe Godin, Grégoire Malandain
- article
- ISBI – International Symposium on Biomedical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). USA., Apr 2015, New York, United States. ⟨10.1109/ISBI.2015.7163872⟩
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-
-
- titre
- Meshing Meristems – An Iterative Mesh Optimization Method for Modeling Plant Tissue at Cell Resolution
- auteur
- Guillaume Cerutti, Christophe Godin
- article
- BIOIMAGING, Jan 2015, Lisbonne, Portugal
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-
Book sections
-
- titre
- An introduction to modelling flower primordium initiation
- auteur
- Christophe Godin, Eugenio Azpeitia, Etienne Farcot
- article
- From Molecules to Living Organisms: An Interplay Between Biology and Physics, 102, 2015, Lecture Notes of the Les Houches School of Physics
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-
Poster communications
- titre
- Coupling physiology and mechanics in multicellular models of plant growth
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, Valentina Baldazzi, Nadia Bertin, Michel Génard, Christophe Godin
- article
- 2015 – 8th Plant Biomechanics International Conference, Nov 2015, Nagoya, Japan. 2015
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-
2014
Journal articles
-
- titre
- Physical Models of Plant Development
- auteur
- Olivier Ali, Vincent Mirabet, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- Annual Review of Cell and Developmental Biology, 2014, 30 (1), pp.59 – 78. ⟨10.1146/annurev-cellbio-101512-122410⟩
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-
-
- titre
- An Auxin-Mediated Shift toward Growth Isotropy Promotes Organ Formation at the Shoot Meristem in Arabidopsis
- auteur
- Massimiliano Sassi, Olivier Ali, Frédéric Boudon, Gladys Cloarec, Ursula Abad, Coralie Cellier, Xu Chen, Benjamin Gilles, Pascale Milani, Jìrí Friml, Teva Vernoux, Christophe Godin, Olivier Hamant, Jan Traas
- article
- Current Biology – CB, 2014, 24 (19), pp.2335-2342. ⟨10.1016/j.cub.2014.08.036⟩
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-
- titre
- In vivo quantitative NMR imaging of fruit tissues during growth using Spoiled Gradient Echo sequence
- auteur
- Samir Kenouche, Marine Perrier, Nadia Bertin, Joulia Larionova, Abderrahmanne Ayadi, Michel Zanca, Jérôme Long, Nacer Bezzi, Paul C. Stein, Yannick Guari, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Christophe Goze-Bac
- article
- Magnetic Resonance Imaging, 2014, 32 (32), pp.1418-1427. ⟨10.1016/j.mri.2014.08.005⟩
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-
- titre
- Quantitative assessment of automatic reconstructions of branching systems obtained from laser scanning.
- auteur
- Frédéric Boudon, Chakkrit Preuksakarn, Pascal Ferraro, Julien Diener, Philippe Nacry, Eero Nikinmaa, Christophe Godin
- article
- Annals of Botany, 2014, 114 (4), epub ahead of print. ⟨10.1093/aob/mcu062⟩
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-
- titre
- Systems analysis of auxin transport in the Arabidopsis root apex
- auteur
- Leah R. Band, Darren M. Wells, John A. Fozard, Teodor Ghetiu, Andrew P. French, Michael P. Pound, Michael H. Wilson, Lei Yu, Wenda Li, Hussein I. Hijazi, Jaesung Oh, Simon P. Pearce, Miguel A. Perez-Amador, Jeonga Yun, Eric Kramer, Jose M. Alonso, Christophe Godin, Teva Vernoux, T. Charlie Hodgman, Tony P. Pridmore, Ranjan Swarup, John R. King, Malcolm J. Bennett
- article
- The Plant cell, 2014, 26 (3), pp.862-875. ⟨10.1105/tpc.113.119495⟩
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-
-
- titre
- Functional – structural plant models: a growing paradigm for plant studies
- auteur
- Risto Sievänen, Christophe Godin, Ted de Jong, Eero Nikinmaa
- article
- Annals of Botany, 2014, 114 (4), pp.599-603. ⟨10.1093/aob/mcu175⟩
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-
- titre
- Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis
- auteur
- Fabrice Besnard, Yassin Refahi, Valérie Morin, Benjamin Marteaux, Géraldine Brunoud, Pierre Chambrier, Frédérique Rozier, Vincent Mirabet, Jonathan Legrand, Stéphanie Lainé, Emmanuel Thévenon, Etienne Farcot, Coralie Cellier, Pradeep Das, Anthony Bishopp, Renaud Dumas, François Parcy, Ykä Helariutta, Arezki Boudaoud, Christophe Godin, Jan Traas, Yann Guédon, Teva Vernoux
- article
- Nature, 2014, 505 (7483), pp.417-421. ⟨10.1038/nature12791⟩
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-
-
- titre
- Integration of hormonal signaling networks and mobile microRNAs is required for vascular patterning in Arabidopsis roots
- auteur
- Daniele Muraro, Nathan Mellor, Michael P. Pound, Hanna Help, Mikaël Lucas, Jérôme Chopard, Helen M. Byrne, Christophe Godin, T. Charlie Hodgman, John R. King, Tony P. Pridmore, Ykä Helariutta, Malcolm J. Bennett, Anthony Bishopp
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2014, 111 (2), pp.857-862. ⟨10.1073/pnas.1221766111⟩
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-
Conference papers
-
- titre
- Combining Finite Element Method and L-Systems Using Natural Information Flow Propagation to Simulate Growing Dynamical Systems
- auteur
- Jean-Philippe Bernard, Benjamin Gilles, Christophe Godin
- article
- TPNC: Theory and Practice of Natural Computing, Dec 2014, Granada, Spain. pp.218-230, ⟨10.1007/978-3-319-13749-0_19⟩
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-
-
- titre
- Spatio-temporal registration of embryo images
- auteur
- Léo Guignard, Christophe Godin, Ulla-Maj Fiuza, Lars Hufnagel, Patrick Lemaire, Grégoire Malandain
- article
- ISBI – International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, Pekin, China
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-
Poster communications
- titre
- An introduction to modeling the initiation of the floral primordium
- auteur
- Christophe Godin, Eugenio Azpeitia, Etienne Farcot
- article
- Les Houches Summer School, Jul 2014, Les Houches, France. Oxford University Press, Lecture Notes of the Les Houches Summer School, 102, pp.37, 2016, Lecture Notes of the Les Houches Summer School
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-
2013
Journal articles
-
- titre
- Lateral root morphogenesis is dependent on the mechanical properties of the overlaying tissues
- auteur
- Mikaël Lucas, Kim Kenobi, Daniel von Wangenheim, Ute Voss, Kamal Swarup, Ive de Smet, Daniël van Damme, Tara Lawrence, Benjamin Péret, Eric Moscardi, Daniel Barbeau, Christophe Godin, David Salt, Soazig Guyomarc’H, Ernst H K Stelzer, Alexis Maizel, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (13), pp.5229-5234. ⟨10.1073/pnas.1210807110⟩
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-
- titre
- Du jardin au modèle informatique : la phyllotaxie
- auteur
- Christophe Godin, Joanna Jongwane
- article
- Interstices, 2013
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-
- titre
- Pattern identification and characterization reveal permutations of organs as a key genetically controlled property of post-meristematic phyllotaxis
- auteur
- Yann Guédon, Yassin Refahi, Fabrice Besnard, Etienne Farcot, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2013, 338, pp.94-110. ⟨10.1016/j.jtbi.2013.07.026⟩
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-
-
- titre
- The Flux-Based PIN Allocation Mechanism Can Generate Either Canalyzed or Diffuse Distribution Patterns Depending on Geometry and Boundary Conditions
- auteur
- Michael L. Walker, Etienne Farcot, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (1), pp.1-16. ⟨10.1371/journal.pone.0054802⟩
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-
Conference papers
-
- titre
- OpenAlea 2.0: Architecture of an integrated modeling environment on the web
- auteur
- Christophe Pradal, Julien Coste, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.213
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Integrating architecture and physiological perspectives in fruit development
- auteur
- Mikolaj Cieslak, M. Génard, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Christophe Godin, Nadia Bertin
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.127-130
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- An automated image-processing pipeline for high-throughput analysis of root architecture in OpenAlea
- auteur
- Julien Diener, Phillipe Nacry, Christophe Périn, Anne Diévart, Xavier Draye, Frédéric Boudon, Alain Gojon, Bertrand Muller, Christophe Pradal, Christophe Godin
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.85-87
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-
-
- titre
- Optimal 3D reconstruction of plants canopy from terrestrial laser scanner data by fusion of the 3D point information and the intensity value
- auteur
- Mathilde Balduzzi, Frédéric Boudon, Christophe Godin
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.58-60
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- CyberPlantS: a European initiative towards collaborative plant modeling
- auteur
- Michaël Chelle, Christophe Godin, ¨risto Sievänen, Jan Vos, Mathieu Javaux, Gerhard G. Buck-Sorlin, Hartmut Stützel, Ana Maria Tarquis
- article
- 7th International conference on functional-structural plant models (FSPM 2013),, FSPM., Jun 2013, Saariselkä, Finland. 389 p
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-
-
- titre
- Quantitative assessment of automatic reconstructions of branching systems
- auteur
- Frédéric Boudon, Chakkrit Preuksakarn, Pascal Ferraro, Julien Diener, Ekko Nikinmaa, Christophe Godin
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.64-66
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Flexible Tactile Sensors for Multidigital Dexterous In-hand Manipulation
- auteur
- M. Boukallel, H. Yousef, Christophe Godin, C. Coutier
- article
- Flexible Robotics: Applications to Multiscale Manipulations, wiley, pp.181-242, 2013, 9781118572016; 9781848215207. ⟨10.1002/9781118572016.ch6⟩
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- OpenAlea 2.0: Architecture of an integrated modeling environment on the web
- auteur
- Christophe Pradal, Julien Coste, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
- article
- 7. International Conference on Functional Structure Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. Finnish Society of Forest Science, 2013
- Accès au bibtex
-
Reports
-
- titre
- Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
- auteur
- Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger, Christophe Godin, Clarisse Holik, Claude Kirchner, Diane Rives, Elodie Darquie, Erwan Kerrien, Fabrice Neyret, Florent Masseglia, Florian Dufour, Gérard Berry, Gilles Dowek, Hélène Robak, Hélène Xypas, Irina Illina, Isabelle Gnaedig, Joanna Jongwane, Jocelyne Ehrel, Laurent Viennot, Laure Guion, Lisette Calderan, Lola Kovacic, Marie Collin, Marie-Agnès Enard, Marie-Hélène Comte, Martin Quinson, Martine Olivi, Mathieu Giraud, Mathilde Dorémus, Mia Ogouchi, Muriel Droin, Nathalie Lacaux, Nicolas P. Rougier, Nicolas Roussel, Pascal Guitton, Pierre Peterlongo, Rose-Marie Cornus, Simon Vandermeersch, Sophie Maheo, Sylvain Lefebvre, Sylvie Boldo, Thierry Viéville, Véronique Poirel, Aline Chabreuil, Arnaud Fischer, Claude Farge, Claude Vadel, Isabelle Astic, Jean-Pierre Dumont, Loic Féjoz, Patrick Rambert, Pierre Paradinas, Sophie de Quatrebarbes, Stéphane Laurent
- article
- [Interne] Inria. 2013, pp.34
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2012
Journal articles
-
- titre
- L-Py: an L-system simulation framework for modeling plant architecture development based on a dynamic language
- auteur
- Frédéric Boudon, Christophe Pradal, Thomas Cokelaer, Przemyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin
- article
- Frontiers in Plant Science, 2012, 3 (76), doi: 10.3389/fpls.2012.00076. ⟨10.3389/fpls.2012.00076⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Understanding patchy landscape dynamics: Towards a landscape language
- auteur
- Cédric Gaucherel, Frédéric Boudon, Thomas Houet, Mathieu Castets, Christophe Godin
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.16. ⟨10.1371/journal.pone.0046064⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Simple envelope-based reconstruction methods can infer light partitioning among individual plants in sparse and dense herbaceous canopies
- auteur
- Gaëtan Louarn, David da Silva, Christophe Godin, Didier Combes
- article
- Agricultural and Forest Meteorology, 2012, 166-167, pp.98-112. ⟨10.1016/j.agrformet.2012.06.014⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Modeling of light transmission under heterogeneous forest canopy: an appraisal of the effect of the precision level of crown description
- auteur
- David da Silva, Philippe Balandier, Frédéric Boudon, André Marquier, Christophe Godin
- article
- Annals of Forest Science, 2012, 69 (2), pp.181-193. ⟨10.1007/s13595-011-0139-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multiscale systems analysis of root growth and development: modeling beyond the network and cellular scales
- auteur
- Leach R. Band, John A. Fozard, Christophe Godin, Olivier E. Jensen, Tony Pridmore, Malcolm Bennett, John King
- article
- The Plant cell, 2012, 14 (10), pp.3892-3906. ⟨10.1105/tpc.112.101550⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Systems analysis of shoot apical meristem growth and development: integrating hormonal and mechanical signaling
- auteur
- James A.H. Murray, Angharad Jones, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- The Plant cell, 2012, 24 (10), pp.3907 – 3919. ⟨10.1105/tpc.112.102194⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- NMR investigation of functionalized magnetic nanoparticles Fe3O4 asT1–T2contrast agents
- auteur
- Samir Kenouche, Joulia Larionova, Nacer Bezzi, Yannick Guari, Nadia Bertin, Michel Zanca, Lénaic Lartigue, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Gil Morrot, Christophe Goze-Bac
- article
- French Symposium on Particulate Processes, Jul 2012, Toulouse, France. pp.60-65, ⟨10.1016/j.powtec.2013.07.038⟩
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- Generating 3D volumetric meshes of internal and external fruit structure
- auteur
- Mikolaj Cieslak, Frédéric Boudon, Samir Kenouche, Michel Zanca, Christophe Goze-Bac, Michel Génard, Christophe Godin, Nadia Bertin
- article
- HortiModel2012 — Models for Plant Growth, Environmental Control and Farm Management in Protected Cultivation. Acta Horticulturae., 2012, Nanjing, China
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-
Other publications
-
- titre
- Final Report of the ModSysC2020 Working Group – Data, Models and Theories for Complex Systems: new challenges and opportunities
- auteur
- Patrick Valduriez, Nicolas Arnaud, François Briand, Olivier Gascuel, Olivier Gimenez, Christophe Godin, Hervé Jourde, Pascal Kosuth, Pascal Neveu, Esther Pacitti, Andrea Parmeggiani
- article
- 2012, pp.35
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
-
- titre
- RSA extraction from 2D images for processing high-throughput data
- auteur
- Julien Diener, Philippe Nacry, Bertrand Muller, Anne Diévart, Yann Guédon, Christophe Godin
- article
- CSHL: Automated Imaging & High-Throughput Phenotyping, Apr 2012, Cold Spring Harbor, United States. 2012
- Accès au bibtex
-
Reports
-
- titre
- Data, Models and Theories for Complex Systems: new challenges and opportunities
- auteur
- Patrick Valduriez, Nicolas Arnaud, François Briand, Olivier Gascuel, Olivier Gimenez, Christophe Godin, Hervé Jourde, Pascal Kosuth, Pascal Neveu, Esther Pacitti, Andrea Parmeggiani
- article
- [0] LIRMM. 2012, pp.1-35
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2011
Journal articles
- titre
- A novel profile based model for virtual representation of quasi-symmetric plant organs
- auteur
- H. K. Mebatsion, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, M. Genard, Christophe Goze-Bac, N. Bertin
- article
- Computers and Electronics in Agriculture, 2011, 75 (1), pp.113-124. ⟨10.1016/j.compag.2010.10.006⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- How young trees cope with the removal of whole or part of shoots: an analysis of local and distant responses to pruning in 1-year-old apple (Malus × domestica; Rosaceae) trees
- auteur
- Damien Fumey, Pierre-Eric Lauri, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
- article
- American Journal of Botany, 2011, 98 (11), pp.1737–1751. ⟨10.3732/ajb.1000231⟩
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex
- auteur
- Teva Vernoux, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Valérie Morin, Hilde van Den Daele, Jonathan Legrand, Marina Oliva, Pradeep Das, Antoine Larrieu, Darren Wells, Yann Guédon, Lynne Armitage, Franck Picard, Soazig Guyomarch, Coralie Cellier, Geraint Parry, Rachil Koumproglou, John H. Doonan, Mark Estelle, Christophe Godin, Stefan Kepinski, Malcolm Bennett, Lieven De Veylder, Jan Traas
- article
- Molecular Systems Biology, 2011, 7 (508), ⟨10.1038/msb.2011.39⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- A data-driven integrative model of sepal primordium polarity in Arabidopsis
- auteur
- Camillo La Rota, Jérôme Chopard, Pradeep Das, Sandrine Paindavoine, Frédérique Rozier, Etienne Farcot, Christophe Godin, Jan Traas, Françoise Monéger
- article
- The Plant cell, 2011, 23 (12), pp.4318-433. ⟨10.1105/tpc.111.092619⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
-
- titre
- Scientific workflow for reusing plant/FSPM models
- auteur
- Jérôme Chopard, Christophe Pradal, Daniel Barbeau, Thomas Cokelaer, Christophe Godin
- article
- MODSIM2011. 19th International Congress on Modelling and Simulation, Modelling and Simulation Society of Australia and New Zealand, Dec 2011, Perth, Australia. pp.968-974
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Effects of pruning on the apple tree: from tree architecture to modeling
- auteur
- Damien D. Fumey, Pierre-Eric P.-E. Lauri, Yann Y. Guédon, Christophe Godin, Evelyne E. Costes
- article
- 9. International Symposium ISHS Acta Horticulturae, Aug 2011, Geneva, United States. pp.597-602, ⟨10.17660/ActaHortic.2011.903.82⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A combinatorial model of phyllotaxis perturbations in [i]Arabidopsis thaliana[/i]
- auteur
- Yassin Refahi, Etienne Farcot, Yann Guédon, Fabrice Besnard, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- 22. Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2011), Jun 2011, Palerme, Italy. 480 p
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards a 3D virtual fruit model integrating fruit architecture and physiology
- auteur
- Mikolaj Cieslak, Michel Génard, Samir Kenouche, Christophe Goze-Bac, Christophe Godin, Nadia Bertin
- article
- 9. International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management, Jun 2011, Saint-Jean-sur-Richelieu, Canada. ⟨10.17660/ActaHortic.2015.1068.6⟩
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- A Combinatorial Model of Phyllotaxis Perturbations in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Yassin Refahi, Etienne Farcot, Yann Guédon, Fabrice Besnard, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- 22nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Palermo, Italy, 2011, Palermo, Italy. pp.323–335
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-
- titre
- Towards a 3D virtual fruit model integrating fruit architecture and physiology
- auteur
- Mikolaj Cieslak, Michel Génard, Samir Kenouche, Christophe Goze-Bac, Christophe Godin, Nadia Bertin
- article
- 9th International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management, 2011, Saint-Jean-sur-Richelieu, Canada
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-
2010
Journal articles
-
- titre
- Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
- auteur
- Christophe Godin, Pascal Ferraro
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (4), pp.688–703
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-
-
- titre
- Du gène à la fleur
- auteur
- Christophe Godin, Jan Traas
- article
- Les Cahiers de l’INRIA – La Recherche, 2010, Les 10 découvertes de l’année, 437 janvier 2010
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-
- titre
- Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.
- auteur
- R. Fernandez, Pradeep Das, V. Mirabet, E. Moscardi, Jan Traas, J.-L. Verdeil, Grégoire Malandain, Christophe Godin
- article
- Nature Methods, 2010, 7, pp.547-553. ⟨10.1038/NMETH.1472⟩
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-
- titre
- Quantifying the degree of self-nestedness of trees: application to the structural analysis of plants
- auteur
- Christophe Godin, Pascal P. Ferraro
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (4), pp.688-703. ⟨10.1109/tcbb.2009.29⟩
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-
Conference papers
- titre
- Genetic Study on Several Mechanical Properties of the Wood of Coffea arabica and Coffea canephora Coffee Trees
- auteur
- Christian Cilas, Christophe Godin, Benoît Bertrand, Christophe Montagnon, Henri Baillères
- article
- International Conference on Coffee Science, Oct 2010, Bali, Indonesia. pp.638-642
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-
-
- titre
- Competition-based model of pruning: Applications to apple trees
- auteur
- Thomas Cokelaer, Damien D. Fumey, Yann Guédon, Evelyne E. Costes, Christophe Godin
- article
- 6. International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States
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-
-
- titre
- Reconstructing Plant Architecture from 3D Laser scanner data
- auteur
- Chakkrit Preuksakarn, Frédéric Boudon, Pascal Ferraro, Jean-Baptiste Durand, Ekko Nikinmaa, Christophe Godin
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. pp.12–17
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-
-
- titre
- Lossy compression of plant architectures
- auteur
- Anne-Laure Gaillard, Pascal Ferraro, Frédéric Boudon, Christophe Godin
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. pp.10–13
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-
- titre
- Reconstruction methods to estimate light partitioning among individual plants in crowded canopies
- auteur
- Gaëtan Louarn, Didier Combes, David da Silva, Christophe Godin
- article
- 6. International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. 307 p
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-
- titre
- Reconstruction methods to estimate light partitioning among individual plants in crowded canopies
- auteur
- Gaëtan Louarn, Didier Combes, David da Silva, Christophe Godin
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.67-69
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-
-
- titre
- Lossy compression of tree architectures
- auteur
- Anne-Laure Gaillard, Pascal Ferraro, Frédéric Boudon, Christophe Godin
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.12-15
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-
-
- titre
- Competition-based Model of Pruning: Applications to Apple Trees
- auteur
- Thomas Cokelaer, Damien Fumey, Yann Guédon, Evelyne Costes, Christophe Godin
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.87-89
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-
-
- titre
- The role of mechanics in morphogenesis
- auteur
- Jérôme Chopard, Christophe Godin
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.135-137
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-
-
- titre
- L-Py, an open L-systems framework in Python
- auteur
- Frédéric Boudon, Thomas Cokelaer, Christophe Pradal, Christophe Godin
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.116-119
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-
- titre
- Modeling Strategies Using Visual Programming in OpenAlea
- auteur
- Christophe Pradal, Thomas Cokelaer, Daniel Barbeau, Eric Moscardi, Jérôme Chopard, Christophe Godin
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.101-103
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-
-
- titre
- Analyzing perturbations in phyllotaxis of Arabidopsis thaliana
- auteur
- Yassin Refahi, Yann Guédon, Fabrice Besnard, Etienne Farcot, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.185-187
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-
- titre
- Towards a quantitative assessment of architectures for FSPM
- auteur
- Wojciech Palubicki, Christophe Godin, Premyslaw Prusinkiewicz
- article
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2010, Davis, CA, United States. pp.7-9
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-
Documents associated with scientific events
-
- titre
- Introduction to OpenAlea, a platform for plant modeling
- auteur
- Thomas Cokelaer, Christophe Pradal, Christophe Godin
- article
- 28th International Horticultural Congress, 2010, Lisbon, Portugal. 2010
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-
2009
Journal articles
-
- titre
- Structure from silhouettes: a new paradigm for fast sketch-based design of trees
- auteur
- Jamie Wither, Frédéric Boudon, Marie-Paule Cani, Christophe Godin
- article
- Computer Graphics Forum, 2009, 28 (2), pp.541-550. ⟨10.1111/j.1467-8659.2009.01394.x⟩
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-
-
- titre
- PlantGL: A Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales
- auteur
- Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Jérôme Chopard, Christophe Godin
- article
- Graphical Models, 2009, 71 (1), 1–21, posted-at = 2008-11-04 14:10:07. ⟨10.1016/j.gmod.2008.10.001⟩
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-
Conference papers
-
- titre
- Efficient and robust reconstruction of botanical branching structure from laser scanned points
- auteur
- Dong-Ming Yan, Julien Wintz, Bernard Mourrain, Wenping Wang, Frédéric Boudon, Christophe Godin
- article
- CAD/Graphics 2009, Aug 2009, Yellow Mountain City, China. pp.572-575
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-
- titre
- Sharing efforts for modelling plant systems: from publications to reusable software components
- auteur
- Christian Fournier, Christophe Pradal, Michaël Chelle, Frédéric Boudon, Gaëtan Louarn, Corinne Robert, Didier Combes, Thomas Cokelaer, Jessica Bertheloot, Kai Ma, Sébastien Saint-Jean, Alban Verdenal, Abraham Escobar-Gutierrez, Bruno Andrieu, Christophe Godin
- article
- Comparative Biochemistry and Physiology – Part A: Molecular& Integrative Physiology, 2009, Glasgow, United Kingdom. pp.S222, ⟨10.1016/j.cbpa.2009.04.549⟩
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-
Reports
-
- titre
- Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
- auteur
- Christophe Godin, Pascal Ferraro
- article
- [Research Report] RR-6800, INRIA. 2009, pp.42
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-
2008
Journal articles
-
- titre
- OpenAlea: A visual programming and component-based software platform for plant modeling
- auteur
- Christophe Pradal, Samuel Dufour-Kowalski, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
- article
- Functional Plant Biology, 2008, 35 (10), pp.751-760. ⟨10.1071/FP08084⟩
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-
-
- titre
- MAppleT: simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models
- auteur
- Evelyne Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Premyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin
- article
- Functional Plant Biology, 2008, 35 (10), pp.936-950
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-
-
- titre
- Flux based transport enhancement as a plausible unifying mechanism for Auxin transport in meristem development
- auteur
- Szymon Stoma, M. Lucas, Jérôme Chopard, Marianne Schaedel, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- PLoS Computational Biology, 2008, 4 (10), pp.1000207. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000207⟩
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-
- titre
- MAppleT : simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models
- auteur
- Evelyne E. Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Prusinkiewicz Przemyslaw, Christophe Godin
- article
- Functional Plant Biology, 2008, 35 (10), pp.936-950. ⟨10.1071/FP08081⟩
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-
-
- titre
- Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation
- auteur
- Mikaël Lucas, Christophe Godin, Christian Jay-Allemand, Laurent Laplaze
- article
- Journal of Experimental Botany, 2008, 59 (1), pp.55-66
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- An auxin transport-based model of root branching in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Mikaël Lucas, Yann Guédon, Christian Jay-Allemand, Christophe Godin, Laurent Laplaze
- article
- PLoS ONE, 2008, 3 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0003673⟩
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-
-
- titre
- Multiscale Framework for Modeling and Analyzing Light Interception by Trees
- auteur
- David da Silva, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Hervé Sinoquet
- article
- Multiscale Modeling and Simulation: A SIAM Interdisciplinary Journal, 2008, 7 (2), pp.910-933. ⟨10.1137/08071394X⟩
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-
- titre
- Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation
- auteur
- Michaël Lucas, Christophe Godin, C. Jay-Allemand, Laurent Laplaze
- article
- Journal of Experimental Botany, 2008, 59 (1), pp.55-66. ⟨10.1093/jxb/erm171⟩
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-
Conference papers
- titre
- Integrating biomechanical and markov chain models into an L-system simulation of architectural development of apple trees
- auteur
- Colin Smith, Christophe Godin, Yann Guédon, P. Prusinkiewicz
- article
- 8. International Symposium on Modelling in Fruit Research. Ed.: J. Samietz, Nov 2008, Einsiedeln – Waedenswil, Switzerland
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- Effects of pruning on the apple tree: from tree architecture to modeling
- auteur
- Damien Fumey, Pierre-Eric Lauri, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
- article
- 9th International Symposium on Integrating Canopy, Rootstock and Environmental Physiology in Orchard Systems, 2008, Geneva, New York, United States
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-
Book sections
- titre
- Modéliser les plantes et leurs utilisations
- auteur
- Fabien Campillo, Christophe Godin, Alain Rapaport
- article
- LISA (Lettre de l’INRIA Sophia Antipolis), 12, n.p., 2008
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-
Other publications
- titre
- Modéliser les plantes et leurs utilisations
- auteur
- Fabien Campillo, Christophe Godin
- article
- 2008, n.p
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-
2007
Conference papers
- titre
- OpenAlea: a visual programming and component-based software platform for plant modelling
- auteur
- Christophe Pradal, Samuel Dufour-Kowalski, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
- article
- 5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp.751-760, ⟨10.1071/fp08084⟩
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-
- titre
- Simulation of apple tree development using mixed statistical and biomechanical models
- auteur
- Colin Smith, Christophe Godin, Yann Guédon, Przemyslaw Prusinkiewicz, Evelyne E. Costes
- article
- 5. international workshop on functional-structural plant models, Nov 2007, Napier, New Zealand
- Accès au bibtex
-
- titre
- MAppleT : simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models
- auteur
- Evelyne E. Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Prusinkiewicz Przemyslaw, Christophe Godin
- article
- 5. International Workshop on Functional Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. ⟨10.1071/FP08081⟩
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- OpenAlea: An open-source platform for the integration of heterogeneous FSPM components
- auteur
- Samuel Dufour-Kowalski, Christophe Pradal, Nicolas Dones, Pierre Barbier de Reuille, Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, David da Silva, Jean-Baptiste Durand, Pascal Ferraro, Christian Fournier, Yann Guédon, Aïda Ouangraoua, Colin Smith, Szymon Stoma, Frédéric Théveny, Hervé Sinoquet, Christophe Godin
- article
- FSPM07 – 5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp.P36:1-2
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-
-
- titre
- Self-similar Analysis of Plant Architecture Reveals Hierarchical Classes of Meristem States
- auteur
- Christophe Godin, Pascal Ferraro
- article
- 5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp.481-484
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Modeling auxin fluxes and Arabidopsis root ramification at different scales
- auteur
- Mikaël Lucas, Laurent Laplaze, Christian Jay-Allemand, Christophe Godin
- article
- 5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.11, 1–3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Simulation of apple tree development using mixed statistical and biomechanical models
- auteur
- Colin Smith, Christophe Godin, Yann Guédon, Premyslaw Prusinkiewicz, Evelyne Costes
- article
- 5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.31, 1–4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- Modeling of light transmission under heterogeneous forest canopy: model description and validation
- auteur
- David da Silva, Philippe Balandier, Frédéric Boudon, André Marquier, Christophe Pradal, Christophe Godin, Hervé Sinoquet
- article
- 5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.58, 1–4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards a formal expression of morphogenesis: a mechanics based integration of cell growth at tissue scale
- auteur
- Jérôme Chopard, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- Proceedings of the 7th International Workshop on Information Processing in Cells and Tissues, 2007, Oxford, United Kingdom. pp.387-399
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- Using mechanics in the modelling of meristem morphogenesis
- auteur
- Szymon Stoma, Jérôme Chopard, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- 5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand. pp.52, 1–4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
-
- titre
- PlantGL : a Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales
- auteur
- Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Jérôme Chopard, Christophe Godin
- article
- [Research Report] RR-6367, INRIA. 2007
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2006
Journal articles
-
- titre
- Computer simulations reveal novel properties of the cell-cell signaling network at the shoot apex in /Arabidopsis
- auteur
- Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Karen Ljung, Halima Morin, Nicola Carraro, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103 (5) (5), p. 1627-1632. ⟨10.1073/pnas.0510130103⟩
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-
- titre
- Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
- auteur
- Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet
- article
- Fractals, 2006, 14 (3), pp.149-163. ⟨10.1142/S0218348X06003179⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Genetic study on the physical properties of Coffea arabica L. wood
- auteur
- C. Cilas, Christophe Godin, B. Bertrand, H. Baillères
- article
- Trees – Structure and Function, 2006, 20 (5), pp.587-592. ⟨10.1007/s00468-006-0073-3⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Definition of Architectural Ideotypes for Good Yield Capacity in Coffea canephora
- auteur
- C. Cilas, Avner Bar-Hen, C. Montagnon, Christophe Godin
- article
- Annals of Botany, 2006, 97 (3) (3), pp.405-411. ⟨10.1093/aob/mcj053⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- La modélisation comme outils d’analyse pour la biologie du développement
- auteur
- Christophe Godin, Jan Traas, Isabelle Courseau-Bohn, Pierre Barbier de Reuille
- article
- Médecine/Sciences, 2006, 22 (10), pp.29-31
- Accès au bibtex
-
- titre
- Similarities and gradients in growth unit branching patterns during ontogeny in “Fuji” apple trees: a stochastic approach
- auteur
- M. Renton, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
- article
- Journal of Experimental Botany, 2006, 57 (2), pp.3131-3143. ⟨10.1093/jxb/erl075⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Des plantes virtuelles pour comprendre les plantes réelles
- auteur
- Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
- article
- Pour la science, 2006, 52, pp.76-81
- Accès au bibtex
-
- titre
- Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
- auteur
- Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet
- article
- Fractals, 2006, 14 (3), pp.149-163
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- La modélisation comme outils d’analyse pour la biologie du développement
- auteur
- Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- Médecine/Sciences, 2006, 22 (10), pp.814-816. ⟨10.1051/medsci/20062210814⟩
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-
-
- titre
- Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
- auteur
- Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2006, 6, pp.103-107
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
-
- titre
- Modelling directional anisotropy of thermal infrared measurements over a Pine forest canopy
- auteur
- Britta Kurz, Jean-Pierre Lagouarde, Patrick Moreau, Dominique Guyon, Isabelle Champion, Jérôme Ogée, Frédéric Boudon, Yves Caraglio, Christophe Godin, Christophe Pradal
- article
- 2. International Symposium on Recent Advances in Quantitative Remote Sensing (RAQRS’II), Sep 2006, Torrent, Spain
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- OpenAlea : a platform for plant modelling, analysis and simulation
- auteur
- Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Nicolas Dones, Jean-Baptiste Durand, Pierre Barbier de Reuille, Christian Fournier, Hervé Sinoquet, Christophe Godin
- article
- Python Conference Europython, 2006, Genève, Switzerland. 16 p
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- Integrating markov chain models and L-systems to simulate the architectural development of apple trees
- auteur
- M. Renton, Evelyne Costes, Christophe Godin, Yann Guédon
- article
- 7th International Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard,, 2006, France. pp.63-70
- Accès au texte intégral et bibtex
-
-
- titre
- A Critical Appraisal of the Box Counting Method to Assess the Fractal Dimension of Tree Crowns
- auteur
- David da Silva, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Olivier Puech, Colin Smith, Hervé Sinoquet
- article
- Second International Symposium, ISVC 2006, 2006, France. pp.751-760
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
-
- titre
- Survey on Computer Representations of Trees for Realistic and Efficient Rendering
- auteur
- Frédéric Boudon, Alexandre Meyer, Christophe Godin
- article
- [Research Report] 2301, LIRIS UMR CNRS 5205. 2006
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2005
Journal articles
- titre
- Modéliser le vivant : créer des plantes virtuelles pour comprendre, simuler, tester
- auteur
- Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
- article
- Interstices, 2005
- Accès au bibtex
-
-
- titre
- Toward a quantification of self-similarity in plants
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemylaw Prusinkiewicz
- article
- Fractals, 2005, 13, pp.91-109. ⟨10.1142/S0218348X05002805⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A protocol to analyse cellular dynamics during plant development
- auteur
- Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Trass
- article
- Plant Journal, 2005, 44 (6) (6), pp.1045-1053. ⟨10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Functional-structural plant modelling
- auteur
- Christophe Godin, Hervé Sinoquet
- article
- New Phytologist, 2005, 166, pp.705-708
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards a model for organ initiation patterns at the shoot apical meristem
- auteur
- Jan Traas, Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Courseau, Hervé Morin, Nicola Carraro, Christophe Godin
- article
- Journal of Experimental Botany, 2005, 56, pp.i23-i25. ⟨10.1093/jxb/eri125⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Foliage randomness and light interception in 3D digitized trees:an analysis of 3D discretization of the canopy
- auteur
- Hervé Sinoquet, Gabriela Sonohat, Jessada Phattaralerphong, Christophe Godin
- article
- Plant, Cell and Environment, 2005, 29 (9), pp.1158-1170. ⟨10.1111/j.1365-3040.2005.01353.x⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Functional-Structural Plant modelling
- auteur
- Christophe Godin, Hervé Sinoquet
- article
- New Phytologist, 2005, 166 (3), pp.705-708. ⟨10.1111/j.1469-8137.2005.01445.x⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Towards a model for organ initiation patterns at the shoot apical meristem
- auteur
- Jan Traas, Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Courseau, Hervé Morin, Nicola Carraro, Christophe Godin
- article
- Plant systems biology: linking theory and experiment. SEB Plant Frontier Meeting, Mar 2005, Sheffield, United Kingdom. ⟨10.1093/jxb/eri125⟩
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Plant architecture modelling – virtual plants, dynamic and complex systems
- auteur
- Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
- article
- Turnbull, C. Plant architecture and its manipulation, Blackwell Publishing, pp.238-287, 2005, Annual Plant Reviews
- Accès au bibtex
-
- titre
- Plant architecture modelling. Virtual plants and complex systems
- auteur
- Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
- article
- Plant architecture and its manipulation, 17, CRC Press, 2005, Annual Plant Reviews, 978-1-4051-2128-6
- Accès au bibtex
-
2004
Conference papers
- titre
- Integrating Markov chain models and L-systems to simulate the architectural development of apple trees
- auteur
- Michael Renton, Evelyne E. Costes, Yann Guédon, Christophe Godin
- article
- 7. International Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard, Jul 2004, Copenhague, Denmark
- Accès au bibtex
-
- titre
- Integrating Markov models and L-systems to simulate the architectural development of apple trees
- auteur
- Michael Renton, Evelyne E. Costes, Yann Guédon, Christophe Godin
- article
- 7. International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management, Jun 2004, Copenhague, Denmark
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards a dynamic model of the Arabidopsis meristem
- auteur
- Pierre Barbier de Reuille, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- 4. International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2004, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- ALEA: A software for integrating analysis and simulation tools for 3D architecture and ecophysiology
- auteur
- Christophe Pradal, Nicolas Dones, Christophe Godin, Pierre Barbier de Reuille, Frédéric Boudon, Boris B. Adam, Hervé Sinoquet
- article
- 4. International Workshop on Functional-Structural plant model, Jun 2004, Montpellier, France
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- titre
- Space occupation by tree crowns obeys fractals: evidence from 3D digitized plants
- auteur
- Christophe Godin, O. Puech, F. Boudon, Hervé Sinoquet
- article
- 4. International Workshop on functional-structural plant models, Jun 2004, Montpellier, France
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- titre
- A structural method for assessing self-similarity in plants
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemylaw Prusinkiewicz
- article
- Fourth International Workshop on Functional-Structural Trees Models, Jun 2004, Montpellier, France. pp.56–61
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- titre
- Space occupation by tree crowns obeys fractals laws: evidence from 3D digitized plants
- auteur
- Christophe Godin, Olivier Puech, Frédéric Boudon, Hervé Sinoquet
- article
- 4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2004, Montpellier, France. pp.79-83
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Documents associated with scientific events
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- titre
- ALEA: A software for integrating analysis and simulation tools for 3D architecture and ecophysiology
- auteur
- Christophe Pradal, Nicolas Donès, Christophe Godin, Pierre Barbier De Reuille, Frédéric Boudon, A. Adam, Hervé Sinoquet
- article
- 4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2004, Montpellier, France. pp.406, 2004
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Proceedings
- titre
- Proceedings of the 4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Montpellier France
- auteur
- Christophe Godin, Jim Hanan, Winfried Kurth, André Lacointe, A. Takenaka, Premyslaw Prusinkiewicz, Theodore M. Dejong, Christine Beveridge, Bruno Andrieu
- article
- Godin, Christophe and Hanan, Jim and Kurth, Winfried and Lacointe, André and Takenaka, A. and Prusinkiewicz, Premyslaw and DeJong, Theodore M. and Beveridge, Christine and Andrieu, Bruno. 4. International workshop on functional-structural plant models (FSPM), Jun 2004, Montpellier, France. UMR AMAP, pp.1-423, 2004
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2003
Journal articles
- titre
- Exploring within-tree architectural development of two apple tree cultivars over 6 years.
- auteur
- Evelyne Costes, Hervé Sinoquet, J.J. Kelner, Christophe Godin
- article
- Annals of Botany, 2003, 91, pp.91-104. ⟨10.1093/aob/mcg010⟩
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- titre
- Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- auteur
- Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Janine Guespin, Hélène Pollard, Philippe Tracqui, François Képès
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2003, 3, pp.106-110
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- titre
- Interactive design of bonsai tree models
- auteur
- Frédéric Boudon, Premyslaw Prusinkiewicz, Pavol Federl, Christophe Godin, Radoslaw Karwowski
- article
- Computer Graphics Forum, 2003, 22 (3), pp.591-599. ⟨10.1111/1467-8659.t01-2-00707⟩
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- titre
- Optimal mappings with minimun number of connected components in tree-to-tree comparison problems
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin
- article
- Journal of Algorithms in Cognition, Informatics and Logic, 2003, 48, pp.385-406
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-
- titre
- An edit distance between quotiented trees
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin
- article
- Algorithmica, 2003, 36, pp.1-39
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Habilitation à diriger des recherches
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- titre
- Introduction aux structures multi-échelles. Applications à la représentation des plantes.
- auteur
- Christophe Godin
- article
- Modélisation et simulation. Université de Montpellier 2, 2003
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2002
Journal articles
- titre
- Hyperstructures, genome analysis and i-cell
- auteur
- V. Norris, P. Amar, P. Ballet, G. Bernot, Y. Bouligand, P. Bourguine, J.-M. Delosme, M. Demarty, I. Fishov, J. Fralick, J.-L. Giavitto, B. Gleyse, Christophe Godin, R. Incitti, C. Lange, L. Le Sceller, C. Loutellier, O. Michel, F. Molina, C. Monnier, C. Moreno, N. Orange, H. Pollard, D. Raine, A. Rambourg, J. Ramsden, C. Ripoll, J. Rouviere-Yaniv, M. Saier Jnr., P. Soler, M. Thellier, Ph. Tracqui, D. Ussery, J.-M. Valleton, J.-P. Vannier, P. Wiggins, A. Zemirline, F. Képès
- article
- Acta Biotheoretica, 2002, 50, pp.357-373
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- titre
- Hyperstructures, genome analysis and I-Cells
- auteur
- Patrick Amar, Pascal Ballet, Georgia Barlovatz-Meimon, Arndt Benecke, Gilles Bernot, Yves Bouligand, Paul Bourguine, Franck Delaplace, Jean-Marc Delosme, Maurice Demarty, Itzhak Fishov, Jean Fourmentin-Guilbert, Joe Fralick, Jean-Louis Giavitto, Bernard Gleyse, Christophe Godin, Roberto. Incitti, François Képès, Catherine Lange, Lois Le Sceller, Corinne Loutellier, Franck Molina, Chantal Monnier, René Natowicz, Vic Norris, Nicole Orange, Hélène Pollard, Derek Raine, Camille Ripoll, Josette Rouviere-Yaniv, Milton Saier, Paul Soler, Pierre Tambourin, Michel Thellier, Philippe Tracqui, Dave Ussery, Jean-Claude Vincent, Jean-Pierre Vannier, Philippa Wiggins, Abdallah Zemirline, Olivier Michel
- article
- Acta Biotheoretica, 2002, 50 (4), pp.357-373. ⟨10.1023/A:1022629004589⟩
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-
- titre
- Variability in the rigidity of Coffea canephora Pierre stems determined by acoustic analysis
- auteur
- Christian Cilas, Christophe Godin, David Grenier, Christophe Montagnon, Henri Baillères
- article
- Trees – Structure and Function, 2002, 16 (1), pp.23-37. ⟨10.1007/s00468-001-0140-8⟩
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-
Conference papers
- titre
- L-systems and {MTG}s: Integrating Simulation and Formal Analysis of Architectural Plant Models
- auteur
- Pascal Ferraro, Przemyslaw Prusinkiewicz, Lars Munderman, Christophe Godin
- article
- 16th European Simulation Multiconference, Modelling and Simulation, Jun 2002, Germany. pp.418–423
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-
- titre
- Une méthode structurelle pour évaluer les propriétés d autosimilarité des plantes
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemyslaw Prusinkiewicz, Lars Mundermann
- article
- Self Similarity And Applications Workshop, 2002, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- Cellular automata, reaction-diffusion and multiagents systems for artificial cell modelling
- auteur
- Abdallah Zemirline, Pascal Ballet, Lionel Marcé, Patrick Amar, Gilles Bernot, Franck Delaplace, Jean-Louis Giavitto, Olivier Michel, Jean-Marc Delosme, Roberto Incitti, Paul Bourgine, Christophe Godin, François Képès, Philippe Tracqui, Victor Norris, Janine Guespin, Maurice Demarty, Camille Ripoll
- article
- Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, 2002, Autrans, France. pp.257-280
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- titre
- Computational models for integrative and developmental biology
- auteur
- Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Olivier Michel, Premyslaw Prusinkiewicz
- article
- Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, 2002, Autrans, France. pp.43
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2001
Conference papers
- titre
- L-systems and MTGs: Integration of a simulation system to analyse plant models
- auteur
- Pascal Ferraro, Przemylaw Prusinkiewicz, Lars Munderman, Christophe Godin
- article
- Third International Workshop on Functional-Structural Trees Models, 2001, France. pp.11-12
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Reports
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- titre
- GEOM Module manual: I User guide
- auteur
- Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Christophe Godin
- article
- [Technical Report] 2001
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- titre
- GEOM Module manual: II Developer guide
- auteur
- Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Christophe Godin
- article
- [Technical Report] 2001
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2000
Journal articles
-
- titre
- A distance measure between plant architectures
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin
- article
- Annals of Forest Science, 2000, 57 (5), pp.445-461. ⟨10.1051/forest:2000134⟩
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-
- titre
- A distance measure between plant architectures
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin
- article
- Annals of Forest Science, 2000, 57 (5/6), pp.445-461. ⟨10.1051/forest:2000134⟩
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-
-
- titre
- Wood elasticity of several Coffea canephora Pierre clones. A new trait to be included in selection schemes
- auteur
- Christian Cilas, Christophe Montagnon, Benoit Bertrand, Christophe Godin
- article
- Agronomie, 2000, 20 (4), pp.439-444. ⟨10.1051/agro:2000140⟩
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-
-
- titre
- Representing and encoding plant architecture: a review
- auteur
- Christophe Godin
- article
- Annals of Forest Science, 2000, 57 (5-6), pp.413-438. ⟨10.1051/forest:2000132⟩
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- titre
- Representing and encoding plant architecture: A review
- auteur
- Christophe Godin
- article
- Annals of Forest Science, 2000, 57 (5), pp.413-438. ⟨10.1051/forest:2000132⟩
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-
- titre
- Wood elasticity of several Coffea canephora Pierre clones. A new trait to be included in selection schemes
- auteur
- Christian Cilas, Christophe Montagnon, Benoit Bertrand, Christophe Godin
- article
- Agronomie, 2000, 20 (4), pp.439-444. ⟨10.1051/agro:2000140⟩
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1999
Journal articles
- titre
- Exploration of plant architecture databases with the AMAPmod software illustrated on an apple-tree hybrid family
- auteur
- Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes
- article
- Agronomie, 1999, 19 (3-4), pp.163-184. ⟨10.1051/agro:19990301⟩
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- titre
- Exploration of a plant architecture database with the AMAPmod software illustrated on an apple tree hybrid family
- auteur
- Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes
- article
- Agronomie, 1999, 19 (3-4), pp.163-184
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Characterisation of structural tree root architecture using 3D digitising and AMAPmod software.
- auteur
- Frédéric Danjon, Hervé Sinoquet, Christophe Godin, F. Colin, Michael Drexhage
- article
- Plant and Soil, 1999, 211 (2), pp.241-258. ⟨10.1023/A:1004680824612⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A method for describing plant architecture which integrates topology and geometry
- auteur
- Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
- article
- Annals of Botany, 1999, 84 (3), pp.343-357. ⟨10.1006/anbo.1999.0923⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Study of two ANN digital implementations of a radar detector candidate to an on-board satellite experiment
- auteur
- Raoul Velazco, Christophe Godin, P. Cheynet, S. Torres-Alegre, D. Andina, Mirta Gordon
- article
- 1999, pp.615-624
- Accès au bibtex
-
- titre
- An algorithm for comparing unordered tree graphs based on a minimum cost mapping with minimal connectivity
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin
- article
- Third Conference on orders, Algorithms and Applications, 1999, France. pp.115-116
- Accès au bibtex
-
1998
Journal articles
- titre
- A multiscale model of plant topological structures
- auteur
- Christophe Godin, Yves Caraglio
- article
- Journal of Theoretical Biology, 1998, 191 (1), pp.1-46. ⟨10.1006/jtbi.1997.0561⟩
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-
- titre
- Interactions between light and plant architecture in an agroforestry walnut tree
- auteur
- Hervé Sinoquet, A. Adam, Pierre Rivet, Christophe Godin
- article
- Agroforestry Forum, 1998, 8 (2), pp.37-40
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Structural root architecture of 5-year-old Pinus pinaster measured by 3D digitising and analysed with AMAPmod
- auteur
- Frederic F. Danjon, Didier Bert, Christophe Godin, Pierre Trichet
- article
- Colloque sur les Racines principales, structures et fonctionnement, Jul 1998, Bordeaux, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Un algorithme de comparaison d’arborescences non ordonnées appliqué à la comparaison de la structure topologique des plantes
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin
- article
- SFC98 : Société Francophone de classification, 1998, Montpellier, France. pp.77–81
- Accès au bibtex
-
- titre
- A distance measure between plant architectures based on the comparison of their topological structures
- auteur
- Pascal Ferraro, Christophe Godin
- article
- Second International Workshop on Functional-Structural Trees Models, 1998, Clermont-Ferrand, France. pp.11-12
- Accès au bibtex
-
1997
Journal articles
- titre
- Assessment of the three-dimensional architecture of walnut trees using digitising
- auteur
- Hervé Sinoquet, Pierre Rivet, Christophe Godin
- article
- Silva Fennica, 1997, 31 (3), pp.265-273
- Accès au bibtex
-
- titre
- Exploring plant topology structure with the AMAPmod software : an outline
- auteur
- Christophe Godin, Evelyne Costes, Yves Caraglio
- article
- Silva Fennica, 1997, 31 (3), pp.355-366
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Measuring and analyzing plants with the AMAPmod software
- auteur
- Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes, Yves Caraglio
- article
- Michalewicz, M.T. Plants to ecosystems – Advances in Computational Life Sciences, 2nd International Symposium on Computer Challenges in Life Science, CSIRO Australia, pp.53-84, 1997
- Accès au bibtex
-
Reports
-
- titre
- AMAPmod v1.8. Introduction and reference manual
- auteur
- Christophe Godin, Yann Guédon
- article
- [Research Report] cirad. 1997
- Accès au texte intégral et bibtex
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1996
Journal articles
- titre
- Ivermectin-based control of onchocerciasis in northern Cameroon: individual factors influencing participation in community treatment.
- auteur
- J. Gardon, J. M. Macé, Emmanuelle Cadot, C. Ogil, Christophe Godin, Michel Boussinesq
- article
- Transactions of The Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, 1996, 90 (3), pp.218-22
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- How to get representations of real plants in computers for exploring their botanical organisation
- auteur
- Christophe Godin, Evelyne Costes
- article
- 4th Symposium on Computer Modelling in Fruit Research and Orchard Management, 1996, Avignon, France. pp.45-52
- Accès au bibtex
-
