2024
Journal articles
- titre
- Detection of common subtrees with identical label distribution
- auteur
- Romain Azaïs, Florian Ingels
- article
- Theoretical Computer Science, 2024, 988, ⟨10.1016/j.tcs.2023.114366⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Riemannian L-systems: Modeling growing forms in curved spaces
- auteur
- Christophe Godin, Frédéric Boudon
- article
- 2024
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-
- titre
- Geometry and cell wall mechanics guide early pollen tube growth in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Lucie Riglet, Catherine Quilliet, Christophe Godin, Karin John, Isabelle Fobis-Loisy
- article
- 2024
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-
- titre
- Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees
- auteur
- Romain Azaïs, Benoît Henry
- article
- 2024
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-
2023
Journal articles
- titre
- Characterization of random walks on space of unordered trees using efficient metric simulation
- auteur
- Farah Ben-Naoum, Christophe Godin, Romain Azaïs
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2023, 341, pp.290-307. ⟨10.1016/j.dam.2023.07.028⟩
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-
- titre
- Multiscale Modeling and Analysis of Growth of Plant Tissues
- auteur
- Arezki Boudaoud, Annamaria Kiss, Mariya Ptashnyk
- article
- SIAM Journal on Applied Mathematics, 2023, 83 (6), pp.2354-2389. ⟨10.1137/23M1553315⟩
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-
- titre
- Emergence of tip singularities in dissolution patterns
- auteur
- Martin Chaigne, Sabrina Carpy, Marion Massé, Julien Derr, Sylvain Courrech Du Pont, Michael Berhanu
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2023, 120 (48), pp.e2309379120. ⟨10.1073/pnas.2309379120⟩
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-
- titre
- Travelling Perversion as Constant Torque Actuator
- auteur
- Émilien Dilly, Sébastien Neukirch, Julien Derr, Dražen Zanchi
- article
- Physical Review Letters, 2023, 131 (17), pp.177201. ⟨10.1103/PhysRevLett.131.177201⟩
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-
- titre
- Expression of cell-wall related genes is highly variable and correlates with sepal morphology
- auteur
- Diego A Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger
- article
- Peer Community Journal, 2023, 3 (93), ⟨10.24072/pcjournal.327⟩
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-
- titre
- A new framework for shallow approximations of incompressible flows
- auteur
- Nathan Shourick, Ibrahim Cheddadi, Pierre Saramito
- article
- Comptes Rendus. Mathématique, 2023, 361, pp.1767-1783. ⟨10.5802/crmath.526⟩
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-
- titre
- Evidence that endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
- auteur
- Audrey Creff, Olivier Ali, Camille Bied, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
- article
- Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.67. ⟨10.1038/s41467-022-35542-5⟩
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-
- titre
- Cauliflowers or how the perseverance of a plant to make flowers produces an amazing fractal structure
- auteur
- Eugenio Azpeitia, François Parcy, Christophe Godin
- article
- Comptes Rendus. Biologies, 2023, 346 (G1), pp.75-83. ⟨10.5802/crbiol.120⟩
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-
- titre
- Revisiting the relationship between turgor pressure and plant cell growth
- auteur
- Olivier Ali, Ibrahim Cheddadi, Benoit Landrein, Yuchen Long
- article
- New Phytologist, 2023, 238 (1), pp.62-69. ⟨10.1111/nph.18683⟩
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-
Conference papers
- titre
- Hierarchical Developmental Timeline Warping: a generic method to design realistic plant architecture models
- auteur
- Christophe Godin, Fabrice Besnard
- article
- 10th conference on Structural-Functional Plant Models, Mar 2023, Berlin (DE), France
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-
- titre
- Exploring symmetries in plant architectures
- auteur
- Romain Azaïs, Salaheddine Habibeche, Farah Ben-Naoum, Christophe Godin
- article
- 10th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Mar 2023, Berlin, Germany
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Growth directions and stiffness across cell layers determine whether tissues stay smooth or buckle
- auteur
- Avilash Yadav, Lilan Hong, Patrick Klees, Annamaria Kiss, Xi He, Iselle Barrios, Michelle Heeney, Anabella Maria D. Galang, Richard Smith, Arezki Boudaoud, Adrienne H.K. Roeder
- article
- 2023
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-
- titre
- A mechanohydraulic model supports a role for plasmodesmata in cotton fiber elongation
- auteur
- Valeria Hernández-Hernández, Olivier Marchand, Annamaria Kiss, Arezki Boudaoud
- article
- 2023
- Accès au bibtex
-
- titre
- The role of Imp and Syp RBPs in precise neuronal elimination by apoptosis through the regulation of TFs
- auteur
- Wenyue Guan, Ziyan Nie, Anne Laurencon, Mathilde Bouchet, Christophe Godin, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Jonathan Enriquez
- article
- 2023
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-
- titre
- Water fluxes contribute to growth patterning in shoot meristems
- auteur
- Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- A Graph-Based Approach for Simultaneous Semantic and Instance Segmentation of Plant 3D Point Clouds
- auteur
- Katia Mirande, Christophe Godin, Marie Tisserand, Julie Charlaix, Fabrice Besnard, Franck Hétroy-Wheeler
- article
- Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fpls.2022.1012669⟩
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-
- titre
- bHLH heterodimer complex variations regulate cell proliferation activity in the meristems of Arabidopsis thaliana
- auteur
- Eliana Mor, Markéta Pernisová, Max Minne, Guillaume Cerutti, Dagmar Ripper, Jonah Nolf, Jennifer Andres, Laura Ragni, Matias D Zurbriggen, Bert de Rybel, Teva Vernoux
- article
- iScience, 2022, 25 (11), pp.105364. ⟨10.1016/j.isci.2022.105364⟩
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-
- titre
- Phenotyping and modeling of root hydraulic architecture reveal critical determinants of axial water transport
- auteur
- Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Mikaël Lucas, Stathis Delivorias, Christophe Godin, Christophe Maurel
- article
- Plant Physiology, 2022, 190 (2), pp.1289-1306. ⟨10.1093/plphys/kiac281⟩
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-
- titre
- Enumeration of Irredundant Forests
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- Theoretical Computer Science, 2022, 922, pp.312-334. ⟨10.1016/j.tcs.2022.04.033⟩
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-
- titre
- Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets
- auteur
- Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩
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-
- titre
- cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models
- auteur
- Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez
- article
- Journal of Statistical Computation and Simulation, 2022, 92 (6), pp.1246-1266. ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩
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-
- titre
- Post-transcriptional regulation of transcription factor codes in immature neurons drives neuronal diversity
- auteur
- Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez
- article
- Cell Reports, 2022, 39 (13), pp.110992. ⟨10.1016/j.celrep.2022.110992⟩
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-
Conference papers
- titre
- A fast Dejittering approach for line scanning microscopy
- auteur
- Landry Duguet, Julien Calve, Cyril Cauchois, Pierre Weiss
- article
- ICIP 2022 – IEEE International Conference on Image Proces, Oct 2022, Bordeaux, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Robust Plant Cell Tracking in Fluorescence Microscopy 3D+T Series
- auteur
- Manuel Petit, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Grégoire Malandain
- article
- ISBI 2022 – IEEE 19th International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2022, Kolkata, India. pp.1-4, ⟨10.1109/ISBI52829.2022.9761521⟩
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-
Book sections
- titre
- Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues
- auteur
- Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia
- article
- Plant Systems Biology, 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Approches algorithmiques pour la statistique : processus déterministes par morceaux et arbres aléatoires
- auteur
- Romain Azaïs
- article
- Mathématiques [math]. ENS de Lyon, 2022
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-
Poster communications
- titre
- Can U-Net replace CLV3? Machine learning for the identification of biological landmarks in Shoot Apical Meristem images
- auteur
- Anthony Scriven, Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti
- article
- From genes to plant architecture: the shoot apical meristem in all its states, Nov 2022, Poitiers, France
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-
- titre
- Revisiting PIN1 polarity interpretation at the SAM based on automated multi-level reconstruction of PIN1 polarities from confocal images
- auteur
- Landry Duguet, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Etienne Farcot, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- From genes to plant architecture: the shoot apical meristem in all its states, Nov 2022, Poitiers, France
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-
Proceedings
- titre
- From genes to plAnt Architecture the shoot ApicAl meristem in All its stAtes
- auteur
- Jessica Bertheloot, Jean-Louis Durand, Christophe Godin
- article
- 2022
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-
2021
Journal articles
- titre
- What shoots can teach about theories of plant form
- auteur
- Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin
- article
- Nature Plants, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩
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-
- titre
- BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
- auteur
- Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
- article
- Journal of Open Source Software, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
- auteur
- Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
- article
- Developmental Cell, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
- auteur
- Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
- article
- Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
- auteur
- Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
- article
- eLife, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Transferring PointNet++ Segmentation from Virtual to Real Plants
- auteur
- Ayan Chaudhury, Peter Hanappe, Romain Azaïs, Christophe Godin, David Colliaux
- article
- ICCV 2021 – International Conference on Computer Vision, Oct 2021, Montreal, Canada. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Isomorphic unordered labeled trees up to substitution ciphering
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jul 2021, Ottawa, Canada. pp.385-399, ⟨10.1007/978-3-030-79987-8_27⟩
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
- auteur
- Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
- article
- 2021
- Accès au bibtex
-
- titre
- A quantitative gibberellin signalling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem
- auteur
- Teva Vernoux, Bihai Shi, Amelia Felipo-Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérome Mutterer, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstein, Alexander Jones, Salomé Prat, Patrick Achard
- article
- 2021
- Accès au bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
- auteur
- Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
- article
- Development (Cambridge, England), 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
- auteur
- Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
- article
- Science, 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
- auteur
- Ayan Chaudhury, Christophe Godin
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
- auteur
- Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
- auteur
- Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
- article
- Current Biology – CB, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Weight Function in the Subtree Kernel is Decisive
- auteur
- Romain Azaïs, Florian Ingels
- article
- Journal of Machine Learning Research, 2020, 21, pp.1-36
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
- auteur
- Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
- article
- New Phytologist, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Bounds on mixed state entanglement
- auteur
- Bruno Leggio, Anna Napoli, Hiromichi Nakazato, Antonino Messina
- article
- Entropy, 2020, 22 (1), pp.62. ⟨10.3390/e22010062⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
- auteur
- Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
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-
- titre
- Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
- auteur
- Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
- article
- Current Biology – CB, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
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-
Conference papers
- titre
- A Reverse Search Method for the Enumeration of Unordered Forests using DAG Compression
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- WEPA 2020 – Fourth International Workshop on Enumeration Problems and Applications, Dec 2020, Online, France. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- 3D Plant Phenotyping: All You Need is Labelled Point Cloud Data
- auteur
- Ayan Chaudhury, Frédéric Boudon, Christophe Godin
- article
- CVPPP-ECCV 2020 – Workshop on Computer Vision Problems in Plant Phenotyping, Aug 2020, Glasgow, United Kingdom. pp.1-17
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phenotyping and modeling of water transport in roots
- auteur
- Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Stathis Delivorias, Mikael Lucas, Christophe Godin, Christophe Maurel
- article
- iCROPM 2020 – Satellite workshop : Phenotyping and modeling of plant anchorage and physiology, Feb 2020, Montpellier, France
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-
Book sections
- titre
- Estimation of Piecewise-Deterministic Trajectories in a Quantum Optics Scenario
- auteur
- Bruno Leggio, Romain Azaïs
- article
- Statistical Topics and Stochastic Models for Dependent Data with Applications, 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Etude du rôle des sucres, en interaction avec les hormones, dans la régulation du débourrement des bourgeons axillaires par l’intensité lumineuse. Une démarche aliiant expériences et modélisation.
- auteur
- Anne Schneider
- article
- Biologie végétale. Agrocampus – Centre d’Angers, 2020. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
2019
Journal articles
- titre
- Introduction
- auteur
- Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
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-
- titre
- Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
- article
- PLoS Computational Biology, 2019, 15 (6), pp.e1007121. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩
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-
- titre
- Treex : a Python package for manipulating rooted trees
- auteur
- Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels
- article
- Journal of Open Source Software, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot
- article
- Journal of Statistical Planning and Inference, 2019, 198, pp.119-138. ⟨10.1016/j.jspi.2018.04.002⟩
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-
- titre
- Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
- auteur
- Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry
- article
- ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Nearest embedded and embedding self-nested trees
- auteur
- Romain Azaïs
- article
- Algorithms, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
- auteur
- Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
- auteur
- Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
- article
- Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
- auteur
- Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
- article
- Nature Communications, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
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-
Conference papers
- titre
- SPONGE: Software-Defined Traffic Engineering to Absorb Influx of Network Traffic
- auteur
- Benoît Henry, Shihabur Rahman Chowdhury, Abdelkader Lahmadi, Romain Azaïs, Jérôme François, Raouf Boutaba
- article
- LCN 2019 – 44th IEEE Conference on Local Computer Networks, Oct 2019, Osnabrück, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Quantifying cell polarities in confocal images using 3D wall meshes
- auteur
- Guillaume Cerutti, Carlos Galvan Ampudia, Jonathan Legrand, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- IAMPS 2019 – 7th International Workshop on Image Analysis Methods in the Plant Sciences, Jul 2019, Bron, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- De l’importance de la fonction de poids dans le noyau des sous-arbres
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- JdS 2019 – 51èmes Journées de Statistique, Jun 2019, Nancy, France. pp.1-6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Régression polynomiale par morceaux sous contrainte de régularité pour la propagation de fissures
- auteur
- Florine Greciet, Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit
- article
- JdS 2019 – 51èmes Journées de Statistique, Jun 2019, Nancy, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Approximation of trees by self-nested trees
- auteur
- Romain Azaïs, Jean-Baptiste Durand, Christophe Godin
- article
- ALENEX 2019 – Algorithm Engineering and Experiments, Jan 2019, San Diego, United States. pp.39-53, ⟨10.1137/1.9781611975499.4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Software
- titre
- OpenAlea
- auteur
- Christophe Pradal, Christian Fournier, Frédéric Boudon, Patrick Valduriez, Esther Pacitti, Yann Y. Guédon, Christophe Godin
- article
- 2019
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-
Theses
- titre
- On the role of mechanical feedback in plant morphogenesis
- auteur
- Hadrien Oliveri
- article
- Modeling and Simulation. Université Montpellier, 2019. English. ⟨NNT : 2019MONTS021⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Geometry Reconstruction of Plants
- auteur
- Ayan Chaudhury, Christophe Godin
- article
- 2019
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-
- titre
- Phyllotaxis: a remarkable example of developmental canalization in plants
- auteur
- Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
- article
- 2019
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-
- titre
- Multiscale mechanical model for cell division orientation in developing biological systems
- auteur
- Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Patrick Lemaire, Christophe Godin
- article
- 2019
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2018
Journal articles
- titre
- The “computable egg”: Myth or useful concept?
- auteur
- Kilian Biasuz, Bruno Leggio, Emmanuel Faure, Patrick Lemaire
- article
- Current Opinion in Systems Biology, 2018, 11, pp.91-97. ⟨10.1016/j.coisb.2018.09.003⟩
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-
- titre
- Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
- auteur
- Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
- article
- Development (Cambridge, England), 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
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-
- titre
- Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition
- auteur
- Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne
- article
- Ecological Informatics, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩
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-
- titre
- An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues
- auteur
- Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
- article
- Bio-protocol , 2018, 8 (19)
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Conference papers
- titre
- Detection and modeling of the propagation regimes in fatigue crack propagation
- auteur
- Florine Greciet, Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit
- article
- ENBIS 2018 – 18th Annual Conference of the European Network for Business and Industrial Statistics, Sep 2018, Nancy, France
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-
Book sections
- titre
- Rupture detection in fatigue crack propagation
- auteur
- Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet
- article
- Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩
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-
- titre
- Level Crossings and Absorption of an Insurance Model
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot
- article
- Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩
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-
Books
- titre
- Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes
- auteur
- Romain Azaïs, Florian Bouguet
- article
- Wiley, pp.i-xxxiv 1-260, 2018, 9781119544036. ⟨10.1002/9781119507338⟩
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-
Poster communications
- titre
- Stress-based regulation of multicellular plant growth: a finite element modeling approach applied to planar leaf morphogenesis
- auteur
- Hadrien Oliveri, Feng Zhao, Olivier Ali, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- ICSB 2018 – 19th International Conference on Systems Biology, Oct 2018, Lyon, France
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-
- titre
- Visualization of Leaf Botanical Features Extracted from AlexNet Convolutional Layers
- auteur
- Sarah Bertrand, Guillaume Cerutti, Laure Tougne
- article
- IAMPS – International Workshop on Image Analysis Methods for the Plant Sciences 2018, Jan 2018, Nottingham, United Kingdom
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-
- titre
- A parametric active 4D model for the automatic construction of developmental atlases from confocal images of shoot apical meristems
- auteur
- Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Jonathan Legrand, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- IAMPS – International Workshop on Image Analysis Methods for the Plant Sciences 2018, Jan 2018, Nottingham, United Kingdom. 2018
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Preprints, Working Papers, …
- titre
- From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
- auteur
- Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- 2018
- Accès au texte intégral et bibtex
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2017
Journal articles
- titre
- Estimating wheat green area index from ground-based LiDAR measurement using a 3D canopy structure model
- auteur
- Shouyang Liu, Frédéric Baret, Mariem Abichou, Frédéric Boudon, Samuel Thomas, Kaiguang Zhao, Christian Fournier, Bruno Andrieu, Kamran Irfan, Matthieu Hemmerlé, Benoit de Solan
- article
- Agricultural and Forest Meteorology, 2017, 247, pp.12 – 20. ⟨10.1016/j.agrformet.2017.07.007⟩
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Conference papers
- titre
- Segmentation Algorithm on Smartphone Dual Camera: Application to Plant Organs in the Wild
- auteur
- Sarah Bertrand, Guillaume Cerutti, Laure Tougne
- article
- 10th International Conference on Machine Vision, Nov 2017, Vienna, Austria. ⟨10.1117/12.2314731⟩
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