2025
Journal articles
- titre
- A 3D morpho-space of sepal geometry reveals the importance of organ curvature
- auteur
- Virginie Battu, Annamaria Kiss, Abigail Delgado-Vaquera, Fabien Sénéchal, Corentin Mollier, Diego Hartasánchez, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger
- article
- Quantitative Plant Biology, 2025, 6, pp.e9. ⟨10.1017/qpb.2025.5⟩
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-
- titre
- A travelling-wave strategy for plant–fungal trade
- auteur
- Loreto Oyarte Galvez, Corentin Bisot, Philippe Bourrianne, Rachael Cargill, Malin Klein, Marije van Son, Jaap van Krugten, Victor Caldas, Thomas Clerc, Kai-Kai Lin, Félix Kahane, Simon van Staalduine, Justin Stewart, Victoria Terry, Bianca Turcu, Sander van Otterdijk, Antoine Babu, Marko Kamp, Marco Seynen, Bas Steenbeek, Jan Zomerdijk, Evelina Tutucci, Merlin Sheldrake, Christophe Godin, Vasilis Kokkoris, Howard Stone, E. Toby Kiers, Thomas Shimizu
- article
- Nature, 2025, 639 (8053), pp.172-180. ⟨10.1038/s41586-025-08614-x⟩
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-
- titre
- Hydromechanical field theory of plant morphogenesis
- auteur
- Hadrien Oliveri, Ibrahim Cheddadi
- article
- Journal of the Mechanics and Physics of Solids, 2025, 196, pp.106035. ⟨10.48550/arXiv.2409.02775⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Multi-physics modeling for ion homeostasis in multi-compartment plant cells using an energy function
- auteur
- Guillaume Mestdagh, Alexis de Angeli, Christophe Godin
- article
- 2025
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-
- titre
- Asymptotic Analysis and Practical Evaluation of Jump Rate Estimators in Piecewise-Deterministic Markov Processes
- auteur
- Romain Azaïs, Solune Denis
- article
- 2025
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-
2024
Journal articles
- titre
- The role of Imp and Syp RBPs in precise neuronal elimination by apoptosis through the regulation of TFs
- auteur
- Wenyue Guan, Ziyan Nie, Anne Laurençon, Mathilde Bouchet, Christophe Godin, Kabir Chérif, Aurélien Darnas, Jonathan Enriquez
- article
- eLife, 2024, 12 (RP91634), ⟨10.7554/eLife.91634.2⟩
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-
- titre
- A mechanohydraulic model supports a role for plasmodesmata in cotton fiber elongation
- auteur
- Valeria Hernández-Hernández, Olivier C Marchand, Annamaria Kiss, Arezki Boudaoud
- article
- PNAS Nexus, 2024, 3 (7), pgae256. ⟨10.1093/pnasnexus/pgae256⟩
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-
- titre
- Spatiotemporally distinct responses to mechanical forces shape the developing seed of Arabidopsis
- auteur
- Amélie Bauer, Olivier Ali, Camille Bied, Sophy Boeuf, Simone Bovio, Adrien Delattre, Gwyneth Ingram, John F Golz, Benoit Landrein
- article
- EMBO Journal, 2024, 43 (13), pp.2733-2758. ⟨10.1038/s44318-024-00138-w⟩
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-
- titre
- A quantitative gibberellin signaling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem
- auteur
- Bihai Shi, Amelia Felipo Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérôme Mutterer, Elody Vallet, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstain, Alexander M. Jones, Salomé Prat, Patrick Achard, Teva Vernoux
- article
- Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.3895. ⟨10.1038/s41467-024-48116-4⟩
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-
- titre
- Detection of common subtrees with identical label distribution
- auteur
- Romain Azaïs, Florian Ingels
- article
- Theoretical Computer Science, 2024, 988, ⟨10.1016/j.tcs.2023.114366⟩
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-
- titre
- Water fluxes pattern growth and identity in shoot meristems
- auteur
- Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Marianne Lang, Sana Dieudonné, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant
- article
- Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.6944. ⟨10.1038/s41467-024-51099-x⟩
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-
Conference papers
- titre
- Agrivoltaic systems, an opportunity to mitigate the risk of climatic hazards in apricot orchards while producing renewable energy
- auteur
- Clémentine Jardon, M. Saudreau, Isabelle Grechi, Frédéric Boudon, Pierre Guerrier, Frédéric Normand
- article
- ISHS Plum Apricot 2024 – First International Symposium on Apricot and Plum, Apr 2024, Avignon, France
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-
Lectures
- titre
- Construction d’estimateurs pour les processus markoviens déterministes par morceaux
- auteur
- Romain Azaïs
- article
- Doctorat. Édition 2024 de l’École de Jeunes Chercheur·se·s en Informatique Mathématique, Nantes, France. 2024
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-
Theses
- titre
- The Role of Polar Auxin Transport in Phyllotaxis : Analysis and Modeling Based on Quantitative Imaging of the Shoot Apical Meristem
- auteur
- Landry Duguet
- article
- Modeling and Simulation. Ecole normale supérieure de lyon – ENS LYON, 2024. English. ⟨NNT : 2024ENSL0113⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Critical phenomena in helical rods with perversion
- auteur
- Émilien Dilly, Sébastien Neukirch, J. Derr, Dražen Zanchi
- article
- 2024
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-
- titre
- Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees
- auteur
- Romain Azaïs, Benoît Henry
- article
- 2024
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-
- titre
- Riemannian L-systems: Modeling growing forms in curved spaces
- auteur
- Christophe Godin, Frédéric Boudon
- article
- 2024
- Accès au bibtex
-
- titre
- Geometry and cell wall mechanics guide early pollen tube growth in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Lucie Riglet, Catherine Quilliet, Christophe Godin, Karin John, Isabelle Fobis-Loisy
- article
- 2024
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-
2023
Journal articles
- titre
- Characterization of random walks on space of unordered trees using efficient metric simulation
- auteur
- Farah Ben-Naoum, Christophe Godin, Romain Azaïs
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2023, 341, pp.290-307. ⟨10.1016/j.dam.2023.07.028⟩
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-
- titre
- A new framework for shallow approximations of incompressible flows
- auteur
- Nathan Shourick, Ibrahim Cheddadi, Pierre Saramito
- article
- Comptes Rendus. Mathématique, 2023, 361, pp.1767-1783. ⟨10.5802/crmath.526⟩
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-
- titre
- Multiscale Modeling and Analysis of Growth of Plant Tissues
- auteur
- Arezki Boudaoud, Annamaria Kiss, Mariya Ptashnyk
- article
- SIAM Journal on Applied Mathematics, 2023, 83 (6), pp.2354-2389. ⟨10.1137/23M1553315⟩
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-
- titre
- Emergence of tip singularities in dissolution patterns
- auteur
- Martin Chaigne, Sabrina Carpy, Marion Massé, Julien Derr, Sylvain Courrech Du Pont, Michael Berhanu
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2023, 120 (48), pp.e2309379120. ⟨10.1073/pnas.2309379120⟩
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-
- titre
- Travelling Perversion as Constant Torque Actuator
- auteur
- Émilien Dilly, Sébastien Neukirch, Julien Derr, Dražen Zanchi
- article
- Physical Review Letters, 2023, 131 (17), pp.177201. ⟨10.1103/PhysRevLett.131.177201⟩
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-
- titre
- Expression of cell-wall related genes is highly variable and correlates with sepal morphology
- auteur
- Diego A Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger
- article
- Peer Community Journal, 2023, 3 (93), ⟨10.24072/pcjournal.327⟩
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-
- titre
- Evidence that endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
- auteur
- Audrey Creff, Olivier Ali, Camille Bied, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
- article
- Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.67. ⟨10.1038/s41467-022-35542-5⟩
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-
- titre
- Cauliflowers or how the perseverance of a plant to make flowers produces an amazing fractal structure
- auteur
- Eugenio Azpeitia, François Parcy, Christophe Godin
- article
- Comptes Rendus. Biologies, 2023, 346 (G1), pp.75-83. ⟨10.5802/crbiol.120⟩
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-
- titre
- Revisiting the relationship between turgor pressure and plant cell growth
- auteur
- Olivier Ali, Ibrahim Cheddadi, Benoit Landrein, Yuchen Long
- article
- New Phytologist, 2023, 238 (1), pp.62-69. ⟨10.1111/nph.18683⟩
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-
Conference papers
- titre
- Hierarchical Developmental Timeline Warping: a generic method to design realistic plant architecture models
- auteur
- Christophe Godin, Fabrice Besnard
- article
- 10th conference on Structural-Functional Plant Models, Mar 2023, Berlin (DE), France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Exploring symmetries in plant architectures
- auteur
- Romain Azaïs, Salaheddine Habibeche, Farah Ben-Naoum, Christophe Godin
- article
- 10th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Mar 2023, Berlin, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Growth directions and stiffness across cell layers determine whether tissues stay smooth or buckle
- auteur
- Avilash Yadav, Lilan Hong, Patrick Klees, Annamaria Kiss, Manuel Petit, Xi He, Iselle Barrios, Michelle Heeney, Anabella Maria D. Galang, Richard Smith, Arezki Boudaoud, Adrienne H.K. Roeder
- article
- 2023
- Accès au bibtex
-
- titre
- A mechanohydraulic model supports a role for plasmodesmata in cotton fiber elongation
- auteur
- Valeria Hernández-Hernández, Olivier Marchand, Annamaria Kiss, Arezki Boudaoud
- article
- 2023
- Accès au bibtex
-
- titre
- Water fluxes contribute to growth patterning in shoot meristems
- auteur
- Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant
- article
- 2023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2022
Journal articles
- titre
- A Graph-Based Approach for Simultaneous Semantic and Instance Segmentation of Plant 3D Point Clouds
- auteur
- Katia Mirande, Christophe Godin, Marie Tisserand, Julie Charlaix, Fabrice Besnard, Franck Hétroy-Wheeler
- article
- Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fpls.2022.1012669⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- bHLH heterodimer complex variations regulate cell proliferation activity in the meristems of Arabidopsis thaliana
- auteur
- Eliana Mor, Markéta Pernisová, Max Minne, Guillaume Cerutti, Dagmar Ripper, Jonah Nolf, Jennifer Andres, Laura Ragni, Matias D Zurbriggen, Bert de Rybel, Teva Vernoux
- article
- iScience, 2022, 25 (11), pp.105364. ⟨10.1016/j.isci.2022.105364⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phenotyping and modeling of root hydraulic architecture reveal critical determinants of axial water transport
- auteur
- Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Mikaël Lucas, Stathis Delivorias, Christophe Godin, Christophe Maurel
- article
- Plant Physiology, 2022, 190 (2), pp.1289-1306. ⟨10.1093/plphys/kiac281⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Enumeration of Irredundant Forests
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- Theoretical Computer Science, 2022, 922, pp.312-334. ⟨10.1016/j.tcs.2022.04.033⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets
- auteur
- Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models
- auteur
- Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez
- article
- Journal of Statistical Computation and Simulation, 2022, 92 (6), pp.1246-1266. ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Post-transcriptional regulation of transcription factor codes in immature neurons drives neuronal diversity
- auteur
- Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez
- article
- Cell Reports, 2022, 39 (13), pp.110992. ⟨10.1016/j.celrep.2022.110992⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- A fast Dejittering approach for line scanning microscopy
- auteur
- Landry Duguet, Julien Calve, Cyril Cauchois, Pierre Weiss
- article
- ICIP 2022 – IEEE International Conference on Image Proces, Oct 2022, Bordeaux, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Robust Plant Cell Tracking in Fluorescence Microscopy 3D+T Series
- auteur
- Manuel Petit, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Grégoire Malandain
- article
- ISBI 2022 – IEEE 19th International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2022, Kolkata, India. pp.1-4, ⟨10.1109/ISBI52829.2022.9761521⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues
- auteur
- Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia
- article
- Plant Systems Biology, 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩
- Accès au bibtex
-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Algorithmic approach to statistics: piecewise-deterministic processes and random trees
- auteur
- Romain Azaïs
- article
- Mathématiques [math]. ENS de Lyon, 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Can U-Net replace CLV3? Machine learning for the identification of biological landmarks in Shoot Apical Meristem images
- auteur
- Anthony Scriven, Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti
- article
- From genes to plant architecture: the shoot apical meristem in all its states, Nov 2022, Poitiers, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Revisiting PIN1 polarity interpretation at the SAM based on automated multi-level reconstruction of PIN1 polarities from confocal images
- auteur
- Landry Duguet, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Etienne Farcot, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- From genes to plant architecture: the shoot apical meristem in all its states, Nov 2022, Poitiers, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Proceedings
- titre
- From genes to plant architecture: the shoot apical meristem in all its states
- auteur
- Jessica Bertheloot, Jean-Louis Durand, Christophe Godin
- article
- From genes to plant architecture: the shoot apical meristem in all its states, 53 p., 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- D5.5. Report on the computer vision algorithms and their applications
- auteur
- Fabrice Besnard, Jonathan Legrand, Katia Mirande, Christophe Godin, Franck Hétroy-Wheeler, David Colliaux, Timothée Wintz, Peter Hanappe
- article
- European commission. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- D6.5 Development and assessment of a validation method for assessment of plant trait extraction from the ROMI pipeline
- auteur
- Fabrice Besnard, Christophe Godin
- article
- Commission européenne. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- What shoots can teach about theories of plant form
- auteur
- Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin
- article
- Nature Plants, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
- auteur
- Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
- article
- Journal of Open Source Software, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
- auteur
- Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
- article
- Developmental Cell, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
- auteur
- Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
- article
- Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
- auteur
- Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
- article
- eLife, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Transferring PointNet++ Segmentation from Virtual to Real Plants
- auteur
- Ayan Chaudhury, Peter Hanappe, Romain Azaïs, Christophe Godin, David Colliaux
- article
- ICCV 2021 – International Conference on Computer Vision, Oct 2021, Montreal, Canada. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Isomorphic unordered labeled trees up to substitution ciphering
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jul 2021, Ottawa, Canada. pp.385-399, ⟨10.1007/978-3-030-79987-8_27⟩
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
- auteur
- Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
- article
- 2021
- Accès au bibtex
-
- titre
- A quantitative gibberellin signalling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem
- auteur
- Teva Vernoux, Bihai Shi, Amelia Felipo-Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérome Mutterer, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstein, Alexander Jones, Salomé Prat, Patrick Achard
- article
- 2021
- Accès au bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
- auteur
- Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
- article
- Development (Cambridge, England), 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
- auteur
- Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Lemaire Patrick
- article
- Science, 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
- auteur
- Ayan Chaudhury, Christophe Godin
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
- auteur
- Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
- auteur
- Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
- article
- Current Biology, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Weight Function in the Subtree Kernel is Decisive
- auteur
- Romain Azaïs, Florian Ingels
- article
- Journal of Machine Learning Research, 2020, 21, pp.1-36
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
- auteur
- Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
- article
- New Phytologist, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Bounds on mixed state entanglement
- auteur
- Bruno Leggio, Anna Napoli, Hiromichi Nakazato, Antonino Messina
- article
- Entropy, 2020, 22 (1), pp.62. ⟨10.3390/e22010062⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
- auteur
- Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
- auteur
- Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
- article
- Current Biology, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- A Reverse Search Method for the Enumeration of Unordered Forests using DAG Compression
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- WEPA 2020 – Fourth International Workshop on Enumeration Problems and Applications, Dec 2020, Online, France. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- 3D Plant Phenotyping: All You Need is Labelled Point Cloud Data
- auteur
- Ayan Chaudhury, Frédéric Boudon, Christophe Godin
- article
- CVPPP-ECCV 2020 – Workshop on Computer Vision Problems in Plant Phenotyping, Aug 2020, Glasgow, United Kingdom. pp.1-17
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phenotyping and modeling of water transport in roots
- auteur
- Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Stathis Delivorias, Mikael Lucas, Christophe Godin, Christophe Maurel
- article
- iCROPM 2020 – Satellite workshop : Phenotyping and modeling of plant anchorage and physiology, Feb 2020, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Estimation of Piecewise-Deterministic Trajectories in a Quantum Optics Scenario
- auteur
- Bruno Leggio, Romain Azaïs
- article
- Statistical Topics and Stochastic Models for Dependent Data with Applications, 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Study of the role of sugars, in interaction with hormones, in light intensity modulation of bud outgrowth. An approach combining experiments and modellling.
- auteur
- Anne Schneider
- article
- Biologie végétale. Agrocampus – Centre d’Angers, 2020. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
Videos
- titre
- D5.3 Robots for Microfarms (ROMI) – Plant Scanner Video
- auteur
- Fabrice Besnard, Christophe Godin, Peter Hanappe, Timothée Wintz, Jonathan Minchin, Guillem Camprodon, Lina Cordoba, Marcel Rodriguez, Paula Sanchez, Kate Amstrong
- article
- 2020
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-
2019
Journal articles
- titre
- Introduction
- auteur
- Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
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-
- titre
- Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
- article
- PLoS Computational Biology, 2019, 15 (6), pp.e1007121. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩
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-
- titre
- Treex : a Python package for manipulating rooted trees
- auteur
- Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels
- article
- Journal of Open Source Software, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩
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-
- titre
- Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot
- article
- Journal of Statistical Planning and Inference, 2019, 198, pp.119-138. ⟨10.1016/j.jspi.2018.04.002⟩
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-
- titre
- Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
- auteur
- Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
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-
- titre
- Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry
- article
- ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩
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-
- titre
- Nearest embedded and embedding self-nested trees
- auteur
- Romain Azaïs
- article
- Algorithms, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩
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-
- titre
- Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
- auteur
- Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
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-
- titre
- Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
- auteur
- Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
- article
- Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
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-
- titre
- MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
- auteur
- Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
- article
- Nature Communications, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
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-
Conference papers
- titre
- SPONGE: Software-Defined Traffic Engineering to Absorb Influx of Network Traffic
- auteur
- Benoît Henry, Shihabur Rahman Chowdhury, Abdelkader Lahmadi, Romain Azaïs, Jérôme François, Raouf Boutaba
- article
- LCN 2019 – 44th IEEE Conference on Local Computer Networks, Oct 2019, Osnabrück, Germany
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-
- titre
- Quantifying cell polarities in confocal images using 3D wall meshes
- auteur
- Guillaume Cerutti, Carlos Galvan Ampudia, Jonathan Legrand, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- IAMPS 2019 – 7th International Workshop on Image Analysis Methods in the Plant Sciences, Jul 2019, Bron, France. pp.1-2
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-
- titre
- De l’importance de la fonction de poids dans le noyau des sous-arbres
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- JdS 2019 – 51èmes Journées de Statistique, Jun 2019, Nancy, France. pp.1-6
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-
- titre
- Régression polynomiale par morceaux sous contrainte de régularité pour la propagation de fissures
- auteur
- Florine Greciet, Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit
- article
- JdS 2019 – 51èmes Journées de Statistique, Jun 2019, Nancy, France
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-
- titre
- Approximation of trees by self-nested trees
- auteur
- Romain Azaïs, Jean-Baptiste Durand, Christophe Godin
- article
- ALENEX 2019 – Algorithm Engineering and Experiments, Jan 2019, San Diego, United States. pp.39-53, ⟨10.1137/1.9781611975499.4⟩
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-
Software
- titre
- OpenAlea
- auteur
- Christophe Pradal, Christian Fournier, Frédéric Boudon, Patrick Valduriez, Esther Pacitti, Yann Y. Guédon, Christophe Godin
- article
- 2019
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-
Theses
- titre
- On the role of mechanical feedback in plant morphogenesis
- auteur
- Hadrien Oliveri
- article
- Modeling and Simulation. Université Montpellier, 2019. English. ⟨NNT : 2019MONTS021⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Geometry Reconstruction of Plants
- auteur
- Ayan Chaudhury, Christophe Godin
- article
- 2019
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-
- titre
- Phyllotaxis: a remarkable example of developmental canalization in plants
- auteur
- Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
- article
- 2019
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-
- titre
- Multiscale mechanical model for cell division orientation in developing biological systems
- auteur
- Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Patrick Lemaire, Christophe Godin
- article
- 2019
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-
2018
Journal articles
- titre
- The “computable egg”: Myth or useful concept?
- auteur
- Kilian Biasuz, Bruno Leggio, Emmanuel Faure, Patrick Lemaire
- article
- Current Opinion in Systems Biology, 2018, 11, pp.91-97. ⟨10.1016/j.coisb.2018.09.003⟩
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-
- titre
- Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
- auteur
- Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
- article
- Development (Cambridge, England), 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
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-
- titre
- Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition
- auteur
- Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne
- article
- Ecological Informatics, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩
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-
- titre
- An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues
- auteur
- Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
- article
- Bio-protocol , 2018, 8 (19)
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-
Conference papers
- titre
- Detection and modeling of the propagation regimes in fatigue crack propagation
- auteur
- Florine Greciet, Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit
- article
- ENBIS 2018 – 18th Annual Conference of the European Network for Business and Industrial Statistics, Sep 2018, Nancy, France
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-
Book sections
- titre
- Rupture detection in fatigue crack propagation
- auteur
- Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet
- article
- Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩
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-
- titre
- Level Crossings and Absorption of an Insurance Model
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot
- article
- Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩
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-
Books
- titre
- Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes
- auteur
- Romain Azaïs, Florian Bouguet
- article
- Wiley, pp.i-xxxiv 1-260, 2018, 9781119544036. ⟨10.1002/9781119507338⟩
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-
Poster communications
- titre
- Stress-based regulation of multicellular plant growth: a finite element modeling approach applied to planar leaf morphogenesis
- auteur
- Hadrien Oliveri, Feng Zhao, Olivier Ali, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- ICSB 2018 – 19th International Conference on Systems Biology, Oct 2018, Lyon, France
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-
- titre
- Visualization of Leaf Botanical Features Extracted from AlexNet Convolutional Layers
- auteur
- Sarah Bertrand, Guillaume Cerutti, Laure Tougne
- article
- IAMPS – International Workshop on Image Analysis Methods for the Plant Sciences 2018, Jan 2018, Nottingham, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A parametric active 4D model for the automatic construction of developmental atlases from confocal images of shoot apical meristems
- auteur
- Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Jonathan Legrand, Teva Vernoux, Christophe Godin
- article
- IAMPS – International Workshop on Image Analysis Methods for the Plant Sciences 2018, Jan 2018, Nottingham, United Kingdom. 2018
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-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
- auteur
- Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- 2018
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-
2017
Journal articles
- titre
- Estimating wheat green area index from ground-based LiDAR measurement using a 3D canopy structure model
- auteur
- Shouyang Liu, Frédéric Baret, Mariem Abichou, Frédéric Boudon, Samuel Thomas, Kaiguang Zhao, Christian Fournier, Bruno Andrieu, Kamran Irfan, Matthieu Hemmerlé, Benoit de Solan
- article
- Agricultural and Forest Meteorology, 2017, 247, pp.12 – 20. ⟨10.1016/j.agrformet.2017.07.007⟩
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Conference papers
- titre
- Segmentation Algorithm on Smartphone Dual Camera: Application to Plant Organs in the Wild
- auteur
- Sarah Bertrand, Guillaume Cerutti, Laure Tougne
- article
- 10th International Conference on Machine Vision, Nov 2017, Vienna, Austria. ⟨10.1117/12.2314731⟩
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