2016
Journal articles
- auteur
- Marina Lamacchia, Witold Dyrka, Annick Breton, Sven J Saupe, Mathieu Paoletti
- titre
- Overlapping Podospora anserina transcriptional responses to bacterial and fungal non self indicate a multilayered innate immune response
- article
- Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.471. ⟨10.3389/fmicb.2016.00471⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2016.00471
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-
2015
Journal articles
- auteur
- Asen Daskalov, Witold Dyrka, Sven J Saupe
- titre
- Theme and variations: evolutionary diversification of the HET-s functional amyloid motif
- article
- Scientific Reports, 2015, 5, pp.12494. ⟨10.1038/srep12494⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/srep12494
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-
Conference papers
- auteur
- Witold Dyrka, Pascal Durrens, Mathieu Paoletti, Sven J Saupe, David James Sherman
- titre
- Deciphering the language of fungal pathogen recognition receptors
- article
- 8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society, Polish Bioinformatics Society, Sep 2015, Lublin, Poland
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-
2014
Journal articles
- auteur
- Witold Dyrka, Marina Lamacchia, Pascal Durrens, Bostjan Kobe, Asen Daskalov, Matthieu Paoletti, David J Sherman, Sven J Saupe
- titre
- Diversity and variability of NOD-like receptors in fungi
- article
- Genome Biology and Evolution, 2014, in press. ⟨10.1093/gbe/evu251⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/gbe/evu251
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-
- auteur
- Rodrigo Assar, Martín A Montecino, Alejandro Maass, David J Sherman
- titre
- Modeling acclimatization by hybrid systems: Condition changes alter biological system behavior models.
- article
- BioSystems, 2014, 121, pp.43-53. ⟨10.1016/j.biosystems.2014.05.007⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.biosystems.2014.05.007
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-
- auteur
- Nicolas Morin, Xavier Calcas, Hugo Devillers, Pascal Durrens, David James Sherman, Jean-Marc J.-M. Nicaud, Cécile Neuvéglise
- titre
- Draft genome sequence of Rhodosporidium toruloides CECT1137, an oleaginous yeast of biotechnological interest
- article
- Genome Announcements, 2014, 2 (4), ⟨10.1128/genomeA.00641-14⟩
- DOI
- DOI : 10.1128/genomeA.00641-14
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-
- auteur
- Gotthard Kunze, Claude Gaillardin, Małgorzata Czernicka, Pascal Durrens, Tiphaine Martin, Erik Böer, Toni Gabaldón, Jose Cruz, Emmanuel Talla, Christian Marck, André Goffeau, Valérie Barbe, Philippe Baret, Keith Baronian, Sebastian Beier, Claudine Bleykasten, Rüdiger Bode, Serge Casaregola, Laurence Despons, Cécile Fairhead, Martin Giersberg, Przemysław Piotr Gierski, Urs Hähnel, Anja Hartmann, Dagmara Jankowska, Claire Jubin, Paul Jung, Ingrid Lafontaine, Véronique Leh-Louis, Marc Lemaire, Marina Marcet-Houben, Martin Mascher, Guillaume Morel, Guy-Franck Richard, Jan Riechen, Christine Sacerdot, Anasua Sarkar, Guilhem Savel, Joseph Schacherer, David Sherman, Nils Stein, Marie-Laure Straub, Agnès Thierry, Anke Trautwein-Schult, Benoit Vacherie, Eric Westhof, Sebastian Worch, Bernard Dujon, Jean-Luc Souciet, Patrick Wincker, Uwe Scholz, Cécile Neuvéglise
- titre
- The complete genome of Blastobotrys (Arxula) adeninivorans LS3 – a yeast of biotechnological interest.
- article
- Biotechnology for Biofuels, 2014, 7 (1), pp.66. ⟨10.1186/1754-6834-7-66⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1754-6834-7-66
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-
- auteur
- Adrien Zimmer, Cécile Durand, Nicolás Loira, Pascal Durrens, David James Sherman, Philippe Marullo
- titre
- QTL dissection of Lag phase in wine fermentation reveals a new translocation responsible for Saccharomyces cerevisiae adaptation to sulfite.
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e86298. ⟨10.1371/journal.pone.0086298⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0086298
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-
- auteur
- Pedro Almeida, Carla Gonçalves, Sara Teixeira, Diego Libkind, Martin Bontrager, Isabelle Masneuf-Pomarède, Warren Albertin, Pascal Durrens, David James Sherman, Philippe Marullo, Chris Todd Hittinger, Paula Gonçalves, José Paulo Sampaio
- titre
- A Gondwanan imprint on global diversity and domestication of wine and cider yeast Saccharomyces uvarum.
- article
- Nature Communications, 2014, 5, pp.4044. ⟨10.1038/ncomms5044⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/ncomms5044
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-
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- titre
- Knowledge-based generalization of metabolic networks: a practical study
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2014, 12(2) (1441001), ⟨10.1142/S0219720014410017⟩
- DOI
- DOI : 10.1142/S0219720014410017
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-
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- titre
- Knowledge-based generalization of metabolic models
- article
- Journal of Computational Biology, 2014, 21 (7), pp.534-47. ⟨10.1089/cmb.2013.0143⟩
- DOI
- DOI : 10.1089/cmb.2013.0143
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-
Poster communications
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- titre
- Three-level representation of metabolic networks
- article
- Journées EDMI, Nov 2014, Bordeaux, France
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-
Theses
- auteur
- Anna Zhukova
- titre
- Knowledge-based scaling for biological models
- article
- Computer science. Université de Bordeaux, 2014. English. ⟨NNT : 2014BORD0427⟩
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-
Preprints, Working Papers, …
- auteur
- Witold Dyrka, Pascal Durrens, Mathieu Paoletti, Sven J Saupe, David J Sherman
- titre
- Deciphering the language of fungal pathogen recognition receptors
- article
- 2014
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-
2013
Journal articles
- auteur
- Toni Gabaldón, Tiphaine Martin, Marina Marcet-Houben, Pascal Durrens, Monique Bolotin-Fukuhara, Olivier Lespinet, Sylvie Arnaise, Stéphanie Boisnard, Gabriela Aguileta, Ralitsa Atanasova, Christiane Bouchier, Arnaud Couloux, Sophie Creno, Jose Almeida Cruz, Hugo Devillers, Adela Enache-Angoulvant, Juliette Guitard, Laure Jaouen, Laurence Ma, Christian Marck, Cécile Neuvéglise, Eric Pelletier, Amélie Pinard, Julie Poulain, Julien Recoquillay, Eric Westhof, Patrick Wincker, Bernard Dujon, Christophe Hennequin, Cécile Fairhead
- titre
- Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade.
- article
- BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.623. ⟨10.1186/1471-2164-14-623⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2164-14-623
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-
- auteur
- Rodrigo Assar, David James Sherman
- titre
- Implementing biological hybrid systems: Allowing composition and avoiding stiffness
- article
- Applied Mathematics and Computation, 2013
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-
- auteur
- Andrea Romano, Hein Trip, Hugo Campbell-Sills, Olivier Bouchez, David Sherman, Juke S Lolkema, Patrick M Lucas
- titre
- Genome Sequence of Lactobacillus saerimneri 30a (Formerly Lactobacillus sp. Strain 30a), a Reference Lactic Acid Bacterium Strain Producing Biogenic Amines.
- article
- Genome Announcements, 2013, 1 (1), pp.e00097-12. ⟨10.1128/genomeA.00097-12⟩
- DOI
- DOI : 10.1128/genomeA.00097-12
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-
- auteur
- Witold Dyrka, Jean‐christophe Nebel, Malgorzata Kotulska
- titre
- Probabilistic grammatical model for helix‐helix contact site classification
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2013, 8 (1), pp.31. ⟨10.1186/1748-7188-8-31⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/1748-7188-8-31
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-
- auteur
- Anasua Sarkar, Macha Nikolski, Pascal Durrens
- titre
- The family based variability in protein family expansion.
- article
- International Journal of Bioinformatics Research and Applications, 2013, 9 (2), pp.121-33. ⟨10.1504/IJBRA.2013.052473⟩
- DOI
- DOI : 10.1504/IJBRA.2013.052473
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-
Conference papers
- auteur
- David James Sherman
- titre
- Taming the complexity of ‘n-ary’ relations in comparative genomics
- article
- 9th International Conference on Genome Biology and Bioinformatics, Georgia Tech and Emory University, Nov 2013, Atlanta, Georgia, United States
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- titre
- What is the optimal representation of a generalized metabolic model using SBML and SBGN?
- article
- COMBINE 2013, Sep 2013, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- titre
- Knowledge-based generalization of metabolic networks: An applicational study
- article
- Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2013, Moscow, Russia
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Anna Zhukova, David James Sherman
- titre
- Knowledge-based zooming for metabolic models
- article
- JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
- Accès au bibtex
-
Book sections
- auteur
- Pascal Durrens
- titre
- Phylogénie moléculaire des champignons
- article
- Christian Ripert. Mycologie médicale, Lavoisier, pp.49-54, 2013, Tech & Doc, 978-2-7430-1488-9
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-
Poster communications
- auteur
- Witold Dyrka, Florence Thirion, Jean-Christophe Nebel, Malgorzata Kotulska
- titre
- Probabilistic context-free grammars for classification of helix-helix contact sites and recognition of amyloidogenic peptides
- article
- 11th Workshop on Bioinformatics and 6th Symposium of the Polish Bioinformatics Society, Sep 2013, Wroclaw, Poland
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-
- auteur
- Anna Zhukova
- titre
- Metabolic Model Generalization
- article
- International Course in Yeast Systems Biology, Jun 2013, Gothenburg, Sweden
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- auteur
- Natalia Golenetskaya
- titre
- Adresser les défis de passage à l’échelle en génomique comparée
- article
- Agricultural sciences. Université Sciences et Technologies – Bordeaux I, 2013. English. ⟨NNT : 2013BOR14840⟩
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-
2012
Journal articles
- auteur
- Rodrigo Assar, Andrea V Leisewitz, Alice Garcia, Nibaldo C Inestrosa, Martín A Montecino, David James Sherman
- titre
- Reusing and composing models of cell fate regulation of human bone precursor cells.
- article
- BioSystems, 2012, 108 (1-3), pp.63-72. ⟨10.1016/j.biosystems.2012.01.008⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.biosystems.2012.01.008
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Anna A Nikulova, Alexander V Favorov, Roman A Sutormin, Vsevolod J Makeev, Andrey A Mironov
- titre
- CORECLUST: identification of the conserved CRM grammar together with prediction of gene regulation.
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 40 (12), pp.1-10. ⟨10.1093/nar/gks235⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gks235
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Véronique Leh Louis, Laurence Despons, Anne Friedrich, Tiphaine Martin, Pascal Durrens, Serge Casaregola, Cécile Neuvéglise, Cécile Fairhead, Christian Marck, José A. Cruz, Marie-Laure Straub, Valérie Kugler, Christine Sacerdot, Zlatyo Uzunov, Agnès Thierry, Stéphanie Weiss, Claudine Bleykasten, Jacky de Montigny, Noémie Jacques, Paul Jung, Marc Lemaire, Sandrine Mallet, Guillaume Morel, Guy-Franck Richard, Anasua Sarkar, Guilhem Savel, Joseph Schacherer, Marie-Line Seret, Emmanuel Talla, Gaëlle Samson, Claire Jubin, Julie Poulain, Benoit Vacherie, Valérie Barbe, Eric Pelletier, David J. Sherman, Eric Westhof, Jean Weissenbach, Philippe V. Baret, Patrick Wincker, Claude Gaillardin, Bernard Dujon, Jean-Luc Souciet
- titre
- Pichia sorbitophila, an Interspecies Yeast Hybrid, Reveals Early Steps of Genome Resolution After Polyploidization
- article
- G3, 2012, 2 (2), pp.299 – 311. ⟨10.1534/g3.111.000745⟩
- DOI
- DOI : 10.1534/g3.111.000745
- Accès au texte intégral et bibtex
-
