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Offre de stage: Maintenance et Exploitation d’une Ontologie Anatomique

Stage de niveau M1, M2 ou IT2 d’informatique (UJF: M2 GI, M2 SCCI, M1 info). Durée et difficulté adaptables selon le niveau.

Contexte

Imagine est une équipe de recherche sur la création de contenu numérique pour l’informatique graphique et les mondes virtuels, hébergée à l’INRIA de Montbonnot. En collaboration avec le laboratoire d’anatomie de la faculté de médecine de Grenoble, elle propose de nouvelles approches pour la modélisation et la simulation de l’anatomie humaine, essaimées dans une startup, Anatoscope (http://www.anatoscope.com/).

irm 3dperso simulation

Modélisation anatomique et simulation biomécanique à partir d’imagerie.

En collaboration avec la faculté de médecine nous développons My Corporis Fabrica (http://mycorporisfabrica.org), une ontologie qui décrit l’anatomie du corpshumain, et qui vise à devenir la référence internationale d’anatomie numérique. L’objectif est de créer une représentation la plus complète possible des entités qui composent le corps humain et également des relations structurelles et fonctionnelles entres ces entités. Elle contient actuellement autour de 90 000 entités et 300 000 relations stockées sous le format RDF. L’image ci-dessous présente l’interface web d’utilisation de MyCF.

14 08 MyCFtools

L’interface de MyCF. Gauche: navigation dans l’ontologie. Centre: interface 3D. Droite: propriétés des objets sélectionnés.

Cette base est en constante évolution ainsi que les outils qui l’accompagnent. Elle est exploitable par des requêtes web (SPARQL), ainsi qu’à travers un site web basé sur Django et comportant un affichage 3D facilitant l’utilisation par des non-spécialistes. Il est par exemple possible de l’utiliser pour créer des simulation biomécaniques comme sur l’image montrée plus haut.

Travail à réaliser

Le travail consistera à enrichir la panoplie d’outils offerts par le serveur  web, essentiellement implémenté en Python-Django:

  • Des outils afin d’améliorer le travail collaboratif sur l’ontologie, édition de l’ontologie, calcul des différences entre 2 versions de l’ontologie, fusion de versions ayant divergé. Ces outils pourront être développés à partir de librairies disponibles de gestion de bases de données en RDF comme

  • L’extension des fonctionnalités de la base et du site web, pour mettre en relation des données individuelles (maquettes numériques 3D, imagerie, etc) avec la base de données et son interface graphique: stockage et indexage des fichiers, recherche par contenu, type, etc. Par exemple, à la fin du stage on devrait pouvoir formuler sur le site des requêtes du type “quels sont les os du poignet” et voir apparaitre leur liste, ainsi que leurs modèles 3D.

Connaissances nécessaires

Niveau M1, M2 ou IUT2 d’informatique (difficulté aménageable)

Programmation: Python

Bases de l’informatique graphique utiles mais non indispensables

Rémunération

Indemnités de stage, environ 530€/mois à plein temps.

Contact

Francois.Faure@inria.fr