Diffusion MRI, relaxometry and brain connectivity

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Related Publications of the Team

Publications HAL du labo/EPI visages;empenn

2023

Journal articles

titre
Microstructural dynamics of motor learning and sleep-dependent consolidation: A diffusion imaging study
auteur
Whitney Stee, Antoine Legouhy, Michele Guerreri, Thomas Villemonteix, Hui Zhang, Philippe Peigneux
article
iScience, 2023, 26 (12), pp.108426. ⟨10.1016/j.isci.2023.108426⟩
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BibTex
titre
Effectiveness of regional diffusion MRI measures in distinguishing multiple sclerosis abnormalities within the cervical spinal cord
auteur
Haykel Snoussi, Julien Cohen-Adad, Benoît Combès, Élise Bannier, Slimane Tounekti, Anne Kerbrat, Christian Barillot, Emmanuel Caruyer
article
Brain and Behavior, 2023, 13 (11), pp.e3159. ⟨10.1002/brb3.3159⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-04313206/file/Brain%20and%20Behavior%20-%202023%20-%20Snoussi%20-%20Effectiveness%20of%20regional%20diffusion%20MRI%20measures%20in%20distinguishing%20multiple%20sclerosis.pdf BibTex
titre
Tractography passes the test: Results from the diffusion-simulated connectivity (disco) challenge
auteur
Gabriel Girard, Jonathan Rafael-Patiño, Raphaël Truffet, Dogu Baran Aydogan, Nagesh Adluru, Veena A Nair, Vivek Prabhakaran, Barbara B Bendlin, Andrew L Alexander, Sara Bosticardo, Ilaria Gabusi, Mario Ocampo-Pineda, Matteo Battocchio, Zuzana Piskorova, Pietro Bontempi, Simona Schiavi, Alessandro Daducci, Aleksandra Stafiej, Dominika Ciupek, Fabian Bogusz, Tomasz Pieciak, Matteo Frigo, Sara Sedlar, Samuel Deslauriers-Gauthier, Ivana Kojčić, Mauro Zucchelli, Hiba Laghrissi, Yang Ji, Rachid Deriche, Kurt G Schilling, Bennett A Landman, Alberto Cacciola, Gianpaolo Antonio Basile, Salvatore Bertino, Nancy Newlin, Praitayini Kanakaraj, Francois Rheault, Patryk Filipiak, Timothy M Shepherd, Ying-Chia Lin, Dimitris G Placantonakis, Fernando E Boada, Steven H Baete, Erick Hernández-Gutiérrez, Alonso Ramírez-Manzanares, Ricardo Coronado-Leija, Pablo Stack-Sánchez, Luis Concha, Maxime Descoteaux, Caio Seguin, Andrew Zalesky, Kenji Marshall, Erick J Canales-Rodríguez, Ye Wu, Sahar Ahmad, Pew-Thian Yap, Antoine Théberge, Florence Gagnon, Frédéric Massi, Elda Fischi-Gomez, Rémy Gardier, Juan Luis Villarreal Haro, Marco Pizzolato, Emmanuel Caruyer, Jean-Philippe Thiran
article
NeuroImage, 2023, 277, pp.1-11. ⟨10.1016/j.neuroimage.2023.120231⟩
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https://inria.hal.science/hal-04390592/file/1-s2.0-S1053811923003828-main.pdf BibTex

Poster communications

titre
Étude de l’effet du bruit sur l’estimation de l’anisotropie microscopique en IRM de diffusion
auteur
Constance Bocquillon, Marc Lapert, Elise Bannier, Isabelle Corouge, Emmanuel Caruyer
article
SFRMBM 2023 – Sixième congrès de la Société Française de Résonance Magnétique en Biologie et Médecine, Mar 2023, Paris, France
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https://inria.hal.science/hal-04072656/file/sfrmbm-2023.pdf https://inria.hal.science/hal-04072656/file/Bocquillon-Constance-Empenn.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
A Riemannian framework for incorporating white matter bundle priors in ODF-based tractography algorithms.
auteur
Thomas Durantel, Gabriel Girard, Emmanuel Caruyer, Olivier Commowick, Julie Coloigner
article
2023
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https://hal.science/hal-04246380/file/TMI_2022-14.pdf BibTex

2022

Conference papers

titre
Imaging biomarker discovery in major depressive disorder with diffusion MRI multi-compartment models
auteur
Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Julie Coloigner
article
OHBM 2022 – 28th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom
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https://inserm.hal.science/inserm-03934869/file/OHBM.pdf BibTex
titre
A convolutional Wasserstein distance for tractography evaluation : complementary study to state-of-the-art measures
auteur
Thomas Durantel, Julie Coloigner, Olivier Commowick
article
ISBI 2022 – IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2022, Calcutta, India. ⟨10.1109/ISBI52829.2022.9761650⟩
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https://inria.hal.science/hal-03630777/file/OT_paper.pdf BibTex
titre
Reproducibility and evolution of diffusion MRI measurements within the cervical spinal cord in multiple sclerosis
auteur
Haykel Snoussi, Benoit Combès, Olivier Commowick, Elise Bannier, Anne Kerbrat, Julien Cohen-Adad, Christian Barillot, Emmanuel Caruyer
article
ISBI 2022 – IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2022, Kolkata, India. pp.1-5
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https://inserm.hal.science/inserm-03639907/file/Article_ISBI_2022_Feb7_2022.pdf BibTex

Book sections

titre
Imagerie par résonance magnétique de diffusion
auteur
Emmanuel Caruyer
article
Le corps en images, pp.1-8, 2022
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https://inserm.hal.science/inserm-03798395/file/imagerie-par-resonance-magnetique-de-diffusion.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Numerical methods for white matter microstructure and brain structural connectivity in diffusion MRI
auteur
Emmanuel Caruyer
article
Computer science. Université de Rennes 1, 2022
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https://inserm.hal.science/tel-03894045/file/hdr-emmanuel-caruyer.pdf BibTex

Poster communications

titre
Imaging biomarker discovery in major depressive disorder with diffusion MRI multi-compartment models
auteur
Renaud Hedouin, Olivier Commowick, Gabriel Robert, Julie Coloigner
article
OHBM 2022 – 28th Annual Meeting of the Organization of Human Brain Mapping, Jun 2022, Glasgow, United Kingdom. pp.1-1
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https://inserm.hal.science/inserm-03934921/file/Pr%C3%A9sentation_OHBM_2022.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
The diffusion-simulated connectivity (DiSCo) dataset
auteur
Jonathan Rafael-Patino, Gabriel Girard, Raphaël Truffet, Marco Pizzolato, Emmanuel Caruyer, Jean-Philippe Thiran
article
Data in Brief, 2021, 38, pp.1-7. ⟨10.1016/j.dib.2021.107429⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-03366969/file/1-s2.0-S2352340921007113-main.pdf BibTex
titre
The impact of Neurofeedback on effective connectivity networks in chronic stroke patients: an exploratory study
auteur
Giulia Lioi, Adolfo Veliz, Julie Coloigner, Quentin Duché, Simon Butet, Mathis Fleury, Emilie Leveque-Le Bars, Elise Bannier, Anatole Lécuyer, Christian Barillot, Isabelle Bonan
article
Journal of Neural Engineering, 2021, 18 (5), pp.056052. ⟨10.1088/1741-2552/ac291e⟩
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https://imt-atlantique.hal.science/hal-03354296/file/paper_DCM_stroke_review.pdf BibTex
titre
Effect of distortion corrections on the tractography quality in spinal cord diffusion‐weighted imaging
auteur
Corentin Dauleac, Elise Bannier, François Cotton, Carole Frindel
article
Magnetic Resonance in Medicine, 2021, 85 (6), pp.3241-3255. ⟨10.1002/mrm.28665⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-03294317/file/mrm.28665.pdf BibTex
titre
Multimodal brain imaging connectivity analyses of emotional and motivational deficits in depression among women
auteur
Gabriel Robert, Elise Bannier, Magali Comte, Lea Domain, Isabelle Corouge, Thibaut Dondaine, Jean-Marie Batail, Jean-Christophe Ferré, Eric Fakra, Dominique Drapier
article
Journal of Psychiatry and Neuroscience, 2021, 46 (2), pp.E303-E312. ⟨10.1503/jpn.200074⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-03220939/file/46-2-E303.pdf BibTex
titre
Interpolation and averaging of diffusion MRI multi-compartment models
auteur
Renaud Hédouin, Christian Barillot, Olivier Commowick
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2021, 40 (3), pp.916-927. ⟨10.1109/tmi.2020.3042765⟩
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https://hal.science/hal-03110559/file/09284575%281%29.pdf BibTex

Conference papers

titre
The Microstructural Features of the Diffusion-Simulated Connectivity (DiSCo) Dataset
auteur
Jonathan Rafael-Patino, Gabriel Girard, Raphaël Truffet, Marco Pizzolato, Jean-Philippe Thiran, Emmanuel Caruyer
article
CDMRI 2021 – International Workshop on Computational Diffusion MRI, Oct 2021, Strasbourg, France. pp.159-170, ⟨10.1007/978-3-030-87615-9_14⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-03366318/file/DiSCo_CDMRI_2021.pdf BibTex
titre
Patient specific tracts-based analysis of diffusion compartment models: application to multiple sclerosis patients with acute optic neuritis
auteur
Olivier Commowick, Renaud Hédouin, Charlotte Laurent, Jean-Christophe Ferré
article
ISMRM 2021 – International Society for Magnetic Resonance in Medicine, May 2021, Toronto, Canada. pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-03202059/file/ISMRM_2021.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
A 4D Basis and Sampling Scheme for the Tensor Encoded Multi-Dimensional Diffusion MRI Signal
auteur
Alice Bates, Alessandro Daducci, Parastoo Sadeghi, Emmanuel Caruyer
article
IEEE Signal Processing Letters, 2020, 27, pp.790-794. ⟨10.1109/LSP.2020.2991832⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02881980/file/article.pdf BibTex
titre
Freewater estimatoR using iNtErpolated iniTialization (FERNET): Characterizing peritumoral edema using clinically feasible diffusion MRI data
auteur
Drew Parker, Abdol Aziz Ould Ismail, Ronald Wolf, Steven Brem, Simon Alexander, Wes Hodges, Ofer Pasternak, Emmanuel Caruyer, Ragini Verma
article
PLoS ONE, 2020, 15 (5), pp.e0233645. ⟨10.1371/journal.pone.0233645⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02884608/file/journal.pone.0233645.pdf BibTex

Conference papers

titre
An evolutionary framework for microstructure-sensitive generalized diffusion gradient waveforms
auteur
Raphaël Truffet, Jonathan Rafael-Patino, Gabriel Girard, Marco Pizzolato, Christian Barillot, Jean-Philippe Thiran, Emmanuel Caruyer
article
MICCAI 2020 – 23rd International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2020, Lima, Peru. pp.1-11
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https://inserm.hal.science/inserm-02910086/file/paper396.pdf BibTex

Poster communications

titre
The effect of neurofeedback training on effective connectivity assessed with dynamic causal modeling in stroke patients – a pilot study
auteur
Giulia Lioi, Adolfo Veliz, Julie Coloigner, Quentin Duché, Simon Butet, Mathis Fleury, Emilie Leveque-Le Bars, Elise Bannier, Anatole Lecuyer, Christian Barillot, Isabelle Bonan
article
WFNR 2020 – World Federation For NeuroRehabilitation, Oct 2020, Lyon, France
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BibTex

2019

Journal articles

titre
White matter abnormalities in depression: a categorical and phenotypic diffusion MRI study.
auteur
Julie Coloigner, Jean-Marie Batail, Olivier Commowick, Isabelle Corouge, Gabriel Robert, Christian Barillot, Dominique Drapier
article
Neuroimage-Clinical, 2019, 22, pp.101710. ⟨10.1016/j.nicl.2019.101710⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-01938407/file/1-s2.0-S2213158219300609-main.pdf https://inserm.hal.science/inserm-01938407/file/Coloigner_hal.pdf BibTex

Conference papers

titre
Structural connectivity analysis in treatment-resistant depression
auteur
Julie Coloigner, Jean-Marie Batail, Dominique Drapier, Christian Barillot
article
OHBM 2019 – 25th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jun 2019, Rome, Italy. pp.1-2
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BibTex
titre
Optimal selection of diffusion-weighting gradient waveforms using compressed sensing and dictionary learning
auteur
Raphaël Truffet, Christian Barillot, Emmanuel Caruyer
article
ISMRM 2019 – 27th Annual Meeting & Exhibition, May 2019, Montréal, Canada. pp.1-3
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https://inserm.hal.science/inserm-02015394/file/3487.pdf BibTex
titre
Multi-Dimensional Diffusion MRI Sampling Scheme: B-tensor Design and Accurate Signal Reconstruction
auteur
Alice Bates, Alessandro Daducci, Emmanuel Caruyer
article
ISMRM 2019 – 27th Annual Meeting & Exhibition, May 2019, Montréal, Canada. pp.1-4
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https://inserm.hal.science/inserm-02065830/file/bates-daducci-etal-ismrm2019.pdf BibTex
titre
Tissue microstructure information from T2 relaxometry and diffusion MRI can identify multiple sclerosis (MS) lesions undergoing blood-brain barrier breakdown (BBB)
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Simon K. Warfield, Christian Barillot
article
ISMRM 2019 – 27th Annual Meeting & Exhibition, May 2019, Montreal, Canada. pp.1-4
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-02153311/file/ISMRM_Chatterjee_2019.pdf BibTex
titre
Effect of prenatal organic solvent exposure on structural connectivity at childhood
auteur
Julie Coloigner, Anne-Claire Binter, Elise Bannier, Jean-Christophe Ferré, Cécile Chevrier, Christian Barillot, Fabienne Pelé
article
ISBI 2019 – 16th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2019, Venise, Italy. pp.151-154, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759473⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02176376/file/ISBI_2018_Coloigner.pdf BibTex
titre
Geometric evaluation of distortion correction methods in diffusion MRI of the spinal cord
auteur
Haykel Snoussi, Emmanuel Caruyer, Julien Cohen-Adad, Olivier Commowick, Benoit Combes, Elise Bannier, Anne Kerbrat, Christian Barillot
article
ISBI 2019 – 16th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2019, Venice, Italy. pp.1696-1699, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759196⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-01986723/file/snoussi-caruyer-etal-isbi2019.pdf BibTex

Theses

titre
Imagerie de population et IRM de diffusion pour caractériser la sclérose en plaques pour la moélle épinière humaine
auteur
Haykel Snoussi
article
Medical Imaging. Université de Rennes, 2019. English. ⟨NNT : 2019REN1S022⟩
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https://theses.hal.science/tel-02285896/file/SNOUSSI_Haykel.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Freewater EstimatoR using iNtErpolated iniTialization (FERNET): Toward Accurate Estimation of Free Water in Peritumoral Region Using Single-Shell Diffusion MRI Data
auteur
Abdol Aziz Ould Ismail, Drew Parker, Moises Hernandez-Fernandez, Ronald Wolf, Steven Brem, Simon Alexander, Wes Hodges, Ofer Pasternak, Emmanuel Caruyer, Ragini Verma
article
2019
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https://inserm.hal.science/inserm-02309753/file/796615.full.pdf BibTex

2018

Conference papers

titre
A Bayes Hilbert Space for Compartment Model Computing in Diffusion MRI
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Alessandra Menafoglio, Simon K Warfield
article
MICCAI 2018 – International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2018, Grenade, Spain. pp.72-80, ⟨10.1007/978-3-030-00931-1_9⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-01937992/file/MICCAI2018.pdf BibTex
titre
Identification of Gadolinium contrast enhanced regions in MS lesions using brain tissue microstructure information obtained from diffusion and T2 relaxometry MRI
auteur
Sudhanya Chatterjee, Olivier Commowick, Onur Afacan, Simon K Warfield, Christian Barillot
article
21st International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI 2018), Sep 2018, Grenade, Spain. pp.63-71, ⟨10.1007/978-3-030-00931-1_8⟩
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https://hal.science/hal-01830532/file/MICAAI_2018_Camera_Ready.pdf BibTex
titre
Diffusion MRI as an imaging marker of depression from a large and homogenous population study
auteur
Julie Coloigner, Jean-Marie Batail, Isabelle Corouge, Jean-Christophe Ferré, Dominique Drapier, Christian Barillot
article
ISMRM 2018 – International Society for Magnetic Resonance in Medicine, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01812093/file/Abstract_MDD_CTL.pdf BibTex
titre
Diffusion MRI as a descriptive imaging marker of the pathogenesis of treatment-resistant depression
auteur
Julie Coloigner, Jean-Marie Batail, Isabelle Corouge, Jean-Christophe Ferré, Dominique Drapier, Christian Barillot
article
ISMRM 2018 – International Society for Magnetic Resonance in Medicine, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01812087/file/Abstract_MDD_CGI_2.pdf BibTex

Poster communications

titre
White matter connectivity analysis in patients suffering from depression.
auteur
Julie Coloigner, Jean-Marie Batail, Isabelle Corouge, Dominique Drapier, Christian Barillot
article
2018 – 7ème Forum de l’Institut de Psychiatrie, Sep 2018, Amiens, France. pp.1
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https://hal.science/hal-01890087/file/Poster_journee_Psychiatrie_vf.pdf BibTex
titre
Optimal selection of diffusion-weighting gradient waveforms using compressed sensing and dictionary learning
auteur
Raphaël Truffet, Emmanuel Caruyer
article
AI days 2018, Apr 2018, Rennes, France. pp.1
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https://inserm.hal.science/inserm-01939066/file/truffet18.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
The challenge of mapping the human connectome based on diffusion tractography
auteur
Klaus H Maier-Hein, Peter F. Neher, Christophe Houde, Marc-Alexandre Côté, Eleftherios Garyfallidis, Jidan Zhong, Maxime Chamberland, Fang-Chen Yeh, Ying-Chia Lin, Qing Ji, Wilburn E. Reddick, John O. Glass, David Qixiang Chen, Yuanjing Feng, Chengfeng Gao, Ye Wu, Jieyan Ma, H. Renjie, Qiang Li, Carl-Fredrik Westin, Samuel Deslauriers-Gauthier, J. Omar Ocegueda González, Michael Paquette, Samuel St-Jean, Gabriel Girard, François Rheault, Jasmeen Sidhu, Chantal M. W. Tax, Fenghua Guo, Hamed Y. Mesri, Szabolcs Dávid, Martijn Froeling, Anneriet M. Heemskerk, Alexander Leemans, Arnaud Boré, Basile Pinsard, Christophe Bedetti, Matthieu Desrosiers, Bram Brambati, Julien Doyon, Alessia Sarica, Roberta Vasta, Antonio Cerasa, Aldo Quattrone, Jason Yeatman, Ali R. Khan, Wes Hodges, Simon Alexander, David Romascano, Muhamed Barakovic, Anna Auría, Oscar Esteban, Alia Lemkaddem, Jean-Philippe Thiran, H. Ertan Cetingul, Benjamin L. Odry, Boris Mailhé, Mariappan S. Nadar, Fabrizio M Pizzagalli, Gautam Prasad, Julio E. Villalon-Reina, Justin Galvis, Paul M. Thompson, Francisco de Santiago Requejo, Pedro Luque Laguna, Luis Miguel Lacerda, Rachel Barrett, Flavio Dell’acqua, Marco Catani, Laurent Petit, Emmanuel Caruyer, Alessandro Daducci, Tim Dyrby, Tim Holland-Letz, Claus C. Hilgetag, Bram Stieltjes, Maxime Descoteaux
article
Nature Communications, 2017, 8 (1), ⟨10.1038/s41467-017-01285-x⟩
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https://inria.hal.science/hal-01631578/file/Maier-Hein_et_al-2017-Nature_Communications.pdf BibTex

Conference papers

titre
Comparison of inhomogeneity distortion correction methods in diffusion MRI of the spinal cord
auteur
Haykel Snoussi, Emmanuel Caruyer, Olivier Commowick, Elise Bannier, Anne Kerbrat, Christian Barillot
article
ESMRMB – 34th Annual Scientific Meeting European Society for Magnetic Resonance in Medecine and Biology, Oct 2017, Barcelone, Spain
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https://inserm.hal.science/inserm-01579134/file/snoussi_et_al_esmrmb2017.pdf BibTex
titre
L2 Similarity Metrics for Diffusion Multi-Compartment Model Images Registration
auteur
Olivier Commowick, Renaud Hédouin, Emmanuel Caruyer, Christian Barillot
article
20th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI, Sep 2017, Québec, Canada. pp.257-265, ⟨10.1007/978-3-319-66182-7_30⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-01556476/file/MICCAI17-317.pdf BibTex

Theses

titre
Diffusion MRI processing for multi-comportment characterization of brain pathology
auteur
Renaud Hédouin
article
Signal and Image processing. Université de Rennes, 2017. English. ⟨NNT : 2017REN1S035⟩
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https://theses.hal.science/tel-01548337/file/HEDOUIN_Renaud.pdf BibTex

2016

Conference papers

titre
Comprehensive Maximum Likelihood Estimation of Diffusion Compartment Models Towards Reliable Mapping of Brain Microstructure
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Simon K Warfield, Simone Vantini
article
19th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI), Oct 2016, Athens, Greece. pp.622 – 630, ⟨10.1007/978-3-319-46726-9_72⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-01349556/file/MICCAI2016.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
The DTI Challenge: Toward Standardized Evaluation of Diffusion Tensor Imaging Tractography for Neurosurgery
auteur
Sonia Pujol, William Wells, Carlo Pierpaoli, Caroline Brun, James Gee, Guang Cheng, Baba Vemuri, Olivier Commowick, Sylvain Prima, Aymeric Stamm, Maged Goubran, Ali Khan, Terry Peters, Peter Neher, Klaus H Maier-Hein, Yundi Shi, Antonio Tristan-Vega, Gopalkrishna Veni, Ross Whitaker, Martin Styner, Carl-Fredrik Westin, Sylvain Gouttard, Isaiah Norton, Laurent Chauvin, Hatsuho Mamata, Guido Gerig, Arya Nabavi, Alexandra Golby, Ron Kikinis
article
Journal of Neuroimaging, 2015, pp.8. ⟨10.1111/jon.12283⟩
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BibTex
titre
Diffusion MRI abnormalities detection with orientation distribution functions: A multiple sclerosis longitudinal study
auteur
Olivier Commowick, Adil Maarouf, Jean-Christophe Ferré, Jean-Philippe Ranjeva, Gilles Edan, Christian Barillot
article
Medical Image Analysis, 2015, 22 (1), pp.114-123. ⟨10.1016/j.media.2015.02.005⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-01134107/file/Article_MS_ODF.pdf BibTex

Patents

titre
Method of characterizing molecular diffusion within a body from a set of diffusionweighted magnetic resonance signals and apparatus for carrying out such a method
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
France, Patent n° : 069127 WO. 2015
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BibTex

2014

Journal articles

titre
Improving detection of ischemic lesions at 3Tesla with optimized diffusion-weighted magnetic resonance imaging
auteur
Isabelle Ract, Jean-Christophe Ferré, Thomas Ronzière, Emmanuelle Leray, Béatrice Carsin-Nicol, Jean-Yves Gauvrit
article
Journal de Neuroradiologie / Journal of Neuroradiology, 2014, 41 (1), pp.45-51. ⟨10.1016/j.neurad.2013.04.003⟩
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BibTex

Conference papers

titre
Fast and robust detection of the optimal number of fascicles in diffusion images using model averaging theory
auteur
Aymeric Stamm, Benoit Scherrer, Olivier Commowick, Christian Barillot, Simon K. Warfield
article
ISMRM, May 2014, Milan, Italy. pp.2629
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-00993965/file/2629.pdf BibTex
titre
Fast Identification of Optimal Fascicle Configurations from Standard Clinical Diffusion MRI Using Akaike Information Criterion
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, China. pp.238-241
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-00987802/file/astamm_isbi2014.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Corticospinal tract asymmetry and handedness in right- and left-handers by diffusion tensor tractography
auteur
Romuald Seizeur, Elsa Magro, Sylvain Prima, Nicolas Wiest-Daesslé, Camille Maumet, Xavier Morandi
article
Surgical and Radiologic Anatomy, 2013, 36 (2), pp.111-124. ⟨10.1007/s00276-013-1156-7⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00853861/file/Seizeur_SRA_2013.pdf BibTex

Conference papers

titre
Tracking the Cortico-Spinal Tract from Low Spatial and Angular Resolution Diffusion MRI
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
MICCAI 2013 DTI Tractography Challenge on Peritumoral White Matter Anatomy for Neurosurgical Decision-Making, Sep 2013, Japan. pp.43-53
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-00849274/file/DTIChallenge_Article_2013.pdf BibTex
titre
Adaptive Multi-modal Particle Filtering for Probabilistic White Matter Tractography
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Christian Barillot, Patrick Pérez
article
Information Processing in Medical Imaging, Jul 2013, Monterey, United States. pp.594-606, ⟨10.1007/978-3-642-38868-2_50⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00849053/file/astamm_ipmi2013.pdf BibTex

Theses

titre
Diffusion directions imaging : reconstruction haute résolution des faisceaux de matière blanche par IRM de diffusion basse résolution angulaire
auteur
Aymeric Stamm
article
Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2013. English. ⟨NNT : 2013REN1S168⟩
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https://theses.hal.science/tel-00999556/file/STAMM_Aymeric.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Corticospinal tractography with morphological, functional and diffusion tensor MRI: a comparative study of four deterministic algorithms used in clinical routine.
auteur
Romuald Seizeur, Nicolas Wiest-Daessle, Sylvain Prima, Camille Maumet, Jean-Christophe Ferré, Xavier Morandi
article
Surgical and Radiologic Anatomy, 2012, 34 (8), pp.709-19. ⟨10.1007/s00276-012-0951-x⟩
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Conference papers

titre
Multifiber Deterministic Streamline Tractography of the Corticospinal Tract Based on a New Diffusion Model: Part II
auteur
Aymeric Stamm, Olivier Commowick, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
MICCAI 2012 DTI Tractography Challenge, Oct 2012, Nice, France. pp.12-20
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https://inserm.hal.science/inserm-00725366/file/Workshop_DDITracto.pdf BibTex
titre
A new multi-directional fiber model for low angular resolution diffusion imaging
auteur
Aymeric Stamm, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
International Society for Magnetic Resonance in Medicine, May 2012, Australia. pp.908
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https://inserm.hal.science/inserm-00858206/file/Stamm_A._PA_rez_P._Barillot_C._-_ISMRM_2012_-_A_new_multi-directional_fiber_model_for_LARDI.pdf BibTex
titre
A new multi-fiber model for low angular resolution diffusion MRI
auteur
Aymeric Stamm, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
International Symposium on Biomedical Imaging, May 2012, Spain. pp.936-9
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https://inserm.hal.science/inserm-00858205/file/ISBI_Stamm_vf.pdf BibTex

Patents

titre
Diffusion MRI for detecting a direction of at least one fibre in a body
auteur
Aymeric Stamm, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
Patent n° : 2458397. 2012
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2011

Journal articles

titre
Innovations in functional MR imaging of the brain: arterial spin labeling and diffusion
auteur
Hélène Raoult, Jan Petr, Jean-Yves Gauvrit, Aymeric Stamm, Elise Bannier, Christian Barillot, Jean-Christophe Ferré
article
Journal de Radiologie, 2011, 92 (10), pp.878-88. ⟨10.1016/j.jradio.2011.04.016⟩
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Conference papers

titre
Comparison of 3 Diffusion Models to Track the Hand Motor Fibers within the Corticospinal Tract Using Functional, Anatomical and Diffusion MRI
auteur
Nicolas Wiest-Daesslé, Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Patrick Pérez, Christian Barillot, Romuald Seizeur, Sylvain Prima
article
MICCAI 2011 Workshop on Computational Diffusion MRI (CDMRI’11), Sep 2011, Toronto, Canada. pp.150-157
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https://inserm.hal.science/inserm-00628264/file/Tractography_CDMRI_2011.pdf BibTex
titre
Multifiber Deterministic Streamline Tractography of the Corticospinal Tract Based on a New Diffusion Model
auteur
Olivier Commowick, Aymeric Stamm, Romuald Seizeur, Patrick Pérez, Christian Barillot, Sylvain Prima, Nicolas Wiest-Daesslé
article
MICCAI 2011 DTI Tractography Challenge Workshop, Sep 2011, Toronto, Canada. pp.18-24
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https://inserm.hal.science/inserm-00627893/file/Workshop_DDITracto.pdf BibTex
titre
Anatomie du tractus cortico-spinal en tractographie : évaluation d’une méthode déterministe
auteur
Romuald Seizeur, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima, Camille Maumet, Elsa Magro, Jean-Christophe Ferré, Xavier Morandi
article
93ème congrès de l’Association des Morphologistes, Mar 2011, Marne-la-Vallée, France
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https://inserm.hal.science/inserm-00601407/file/AM2011.pdf BibTex

Reports

titre
Diffusion Directions Imaging (DDI)
auteur
Aymeric Stamm, Patrick Pérez, Christian Barillot
article
[Research Report] RR-7683, INRIA. 2011, pp.28
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https://inria.hal.science/inria-00608706/file/RR-7683.pdf BibTex

2010

Conference papers

titre
Étude du tractus cortico-spinal en tractographie : analyse comparative de 4 algorithmes
auteur
Romuald Seizeur, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima, Camille Maumet, Elsa Magro, Jean-Christophe Ferré, Xavier Morandi
article
Réunion Annuelle de Paris (RAP) de la Société de NeuroChirurgie de Langue Française (SNCLF), Dec 2010, Marne-la-Vallée, France
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https://inserm.hal.science/inserm-00601401/file/SNLF2010.pdf BibTex

2009

Conference papers

titre
NEX or no NEX? A high angular resolution diffusion imaging study
auteur
Maxime Descoteaux, Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima, Christian Barillot, Rachid Deriche, Cyril Poupon
article
ISMRM 2009 : Annual Meeting of the International Society for Magnetic Resonance in Medicine, Apr 2009, Honolulu, United States. pp.1398
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2007

Conference papers

titre
Non-local means variants for denoising of diffusion-weighted and diffusion tensor MRI.
auteur
Nicolas Wiest-Daesslé, Sylvain Prima, Pierrick Coupé, Sean Patrick Morrissey, Christian Barillot
article
10th International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Oct 2007, Brisbane, Australia. pp.344-51, ⟨10.1007/978-3-540-75759-7_42⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00193788/file/Miccai07.pdf BibTex
titre
Biometric fuzzy extractors made practical: a proposal based on FingerCodes
auteur
Valérie Viet Triem Tong, Hervé Sibert, Jérémy Lecoeur, Marc Girault
article
International conference on Biometrics, Aug 2007, Seoul, South Korea. pp.604-613, ⟨10.1007/978-3-540-74549-5⟩
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https://hal.science/hal-00175353/file/fuzzy_icb07_final.pdf BibTex
titre
Computation of the mid-sagittal plane in diffusion tensor MR brain images
auteur
Sylvain Prima, Nicolas Wiest-Daesslé
article
Medical Imaging 2007: Image Processing, Feb 2007, San Diego, United States. pp.65121I, ⟨10.1117/12.709467⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00140454/file/SPIE2007.pdf BibTex

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