Publications

Publications HAL du labo/EPI 108959

2020

Article dans une revue

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Charles Rocabert, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Samuel Bernard. Phenotypic noise and the cost of complexity. Evolution, Wiley, 2020, ⟨10.1111/evo.14083⟩. ⟨hal-02920356⟩
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Tim Squire, A. Ryan, Samuel Bernard. Radioprotective effects of induced astronaut torpor and advanced propulsion systems during deep space travel. Life Sciences in Space Research, Elsevier 2020, 26, pp.105-113. ⟨10.1016/j.lssr.2020.05.005⟩. ⟨hal-02868066⟩
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Paul Lemarre, Laurent Pujo-Menjouet, Suzanne Sindi. A unifying model for the propagation of prion proteins in yeast brings insight into the [PSI+] prion. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2020, 16 (5), pp.e1007647. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007647⟩. ⟨hal-02732998⟩
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Manaf Ahmed, Véronique Maume-Deschamps, Pierre Ribereau, Céline Vial. Spatial Risk Measure for Max-Stable and Max-Mixture Processes. Stochastics: An International Journal of Probability and Stochastic Processes, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, In press, 92 (7), pp.1005-1020. ⟨10.1080/17442508.2019.1687703⟩. ⟨hal-01546570v2⟩
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Mostafa Adimy, Abdennasser Chekroun, Claudia Pio Ferreira. Global dynamics of a differential-difference system: a case of Kermack-McKendrick SIR model with age-structured protection phase. Mathematical Biosciences and Engineering, AIMS Press, 2020, 17 (2), pp.1329-1354. ⟨10.3934/mbe.2020067⟩. ⟨hal-02431660⟩
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Rapport

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Stéphane Derrode, Romain Gauchon, Nicolas Ponthus, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, et al.. Piecewise estimation of R0 by a simple SEIR model. Application to COVID-19 in French regions and departments until June 30, 2020. [Research Report] LIRIS UMR CNRS 5205; Ecole centrale de lyon; INSA LYON; Université Lyon 1 – Claude Bernard. 2020. ⟨hal-02910202v2⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Lemarre Paul, Sindi Suzanne, Pujo-Menjouet Laurent. A unifying model for the propagation of prion proteins in yeast brings insight into the [PSI+] prion. 2020. ⟨hal-02501966⟩
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2019

Article dans une revue

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Anissa Guillemin, Ronan Duchesne, Fabien Crauste, Sandrine Gonin-Giraud, Olivier Gandrillon. Drugs modulating stochastic gene expression affect the erythroid differentiation process. PLoS ONE, Public Library of Science, 2019, 14 (11), pp.1-19. ⟨10.1371/journal.pone.0225166⟩. ⟨hal-02375801⟩
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Mostafa Adimy, Abdennasser Chekroun, Toshikazu Kuniya. Coupled reaction-diffusion and difference system of cell-cycle dynamics for hematopoiesis process with Dirichlet boundary conditions. Australian Journal of Mathematical Analysis and Applications, Austral Internet Publishing, 2019, 479 (1), pp.1030-1068. ⟨10.1016/j.jmaa.2019.06.066⟩. ⟨hal-02448738⟩
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Laurent Pujo-Menjouet. Est-ce par hasard s’il a le cœur qui s’égare. Pour la science, Société Pour la Science 2019. ⟨hal-02414752⟩
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Jeff Mold, Pedro Réu, Axel Olin, Samuel Bernard, Jakob Michaelsson, et al.. Cell generation dynamics underlying naïve T cell homeostasis in adult humans. PLoS Biology, Public Library of Science, 2019, 17 (10), pp.e3000383. ⟨10.1101/635995⟩. ⟨hal-02160888v2⟩
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Ionel Ciuperca, Matthieu Dumont, Abdelkader Lakmeche, Pauline Mazzocco, Laurent Pujo-Menjouet, et al.. Alzheimer’s disease and prion: An in vitro mathematical model. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2019, 24 (10), pp.5225-5260. ⟨10.3934/dcdsb.2019057⟩. ⟨hal-02414635⟩
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Angélique Richard, Elodie Vallin, Caroline Romestaing, Damien Roussel, Olivier Gandrillon, et al.. Erythroid differentiation displays a peak of energy consumption concomitant with glycolytic metabolism rearrangements. PLoS ONE, Public Library of Science, 2019, 14 (9), pp.e0221472. ⟨10.1371/journal.pone.0221472⟩. ⟨hal-02318812⟩
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P. Arner, Samuel Bernard, Lena Appelsved, Keng-Yeh Fu, Daniel Andersson, et al.. Adipose lipid turnover and long-term changes in body weight. Nature Medicine, Nature Publishing Group, 2019, 25 (9), pp.1385-1389. ⟨10.1038/s41591-019-0565-5⟩. ⟨hal-02317491⟩
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Loïs Boullu, Laurent Pujo-Menjouet, Jianhong Wu. A model for megakaryopoiesis with state-dependent delay. SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2019, 79 (4), pp.1218-1243. ⟨10.1137/18M1201020⟩. ⟨hal-02123621⟩
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Sergei Trofimchuk, Vitaly Volpert. Global continuation of monotone waves for bistable delayed equations with unimodal nonlinearities. Nonlinearity, IOP Publishing, 2019, 32 (7), pp.2593-2632. ⟨10.1088/1361-6544/ab0e23⟩. ⟨hal-02363393⟩
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Nikolai Bessonov, Anne Beuter, Sergei Trofimchuk, Vitaly Volpert. Cortical waves and post‐stroke brain stimulation. Mathematical Methods in the Applied Sciences, Wiley, 2019, 42 (11), pp.3912-3928. ⟨10.1002/mma.5620⟩. ⟨hal-02363412⟩
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Ulysse Herbach. Stochastic Gene Expression with a Multistate Promoter: Breaking Down Exact Distributions. SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2019, 79 (3), pp.1007-1029. ⟨10.1137/18M1181006⟩. ⟨hal-02159699⟩
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Dmitry Grebennikov, Anass Bouchnita, Vitaly Volpert, Nikolay Bessonov, Andreas Meyerhans, et al.. Spatial Lymphocyte Dynamics in Lymph Nodes Predicts the Cytotoxic T Cell Frequency Needed for HIV Infection Control. Frontiers in Immunology, Frontiers, 2019, 10, pp.1-15. ⟨10.3389/fimmu.2019.01213⟩. ⟨hal-02363399⟩
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Ronan Duchesne, Anissa Guillemin, Fabien Crauste, Olivier Gandrillon. Calibration, Selection and Identifiability Analysis of a Mathematical Model of the in vitro Erythropoiesis in Normal and Perturbed Contexts. In Silico Biology, IOS Press, 2019, 13 (1-2), pp.55-69. ⟨10.3233/ISB-190471⟩. ⟨hal-02309925⟩
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Mohamed Amine Benchaib, Anass Bouchnita, Vitaly Volpert, Abdelkader Makhoute. Mathematical Modeling Reveals That the Administration of EGF Can Promote the Elimination of Lymph Node Metastases by PD-1/PD-L1 Blockade. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2019, 7, pp.1-18. ⟨10.3389/fbioe.2019.00104⟩. ⟨hal-02363404⟩
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Arnaud Bonnaffoux, Ulysse Herbach, Angélique Richard, Anissa Guillemin, Sandrine Gonin-Giraud, et al.. WASABI: a dynamic iterative framework for gene regulatory network inference. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.1-19. ⟨10.1186/s12859-019-2798-1⟩. ⟨hal-02159694⟩
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Anass Bouchnita, Vitaly Volpert. A multiscale model of platelet-fibrin thrombus growth in the flow. Computers and Fluids, Elsevier, 2019, 184, pp.10-20. ⟨10.1016/j.compfluid.2019.03.021⟩. ⟨hal-02363406⟩
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Moitri Sen, Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Existence of waves for a reaction–diffusion–dispersion system. Nonlinear Analysis: Theory, Methods and Applications, Elsevier, 2019, 180, pp.52-66. ⟨10.1016/j.na.2018.09.011⟩. ⟨hal-01941461⟩
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Nikolay Bessonov, Anne Beuter, Sergei Trofimchuk, Vitaly Volpert. Estimate of the travelling wave speed for an integro-differential equation. Applied Mathematics Letters, Elsevier, 2019, 88, pp.103-110. ⟨10.1016/j.aml.2018.07.037⟩. ⟨hal-01941455⟩
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Maggie Yeung, Mehdi Djelloul, Embla Steiner, Samuel Bernard, Mehran Salehpour, et al.. Dynamics of oligodendrocyte generation in multiple sclerosis. Nature, Nature Publishing Group, 2019, pp.538-542. ⟨10.1038/s41586-018-0842-3⟩. ⟨hal-02002274⟩
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Thomas Lepoutre, Isabel Victoria Fernandez, Fanny Chevalier, Marie Lenormand, Nicolas Guérin. Les frontières psychanalytiques du moi : Freud, Klein, Winnicott, Lacan. L’Évolution Psychiatrique, Elsevier, 2019, 84 (1), pp.69-101. ⟨10.1016/j.evopsy.2018.10.008⟩. ⟨hal-02468443⟩
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Loïs Boullu, Laurent Pujo-Menjouet, Jacques Bélair. Stability analysis of an equation with two delays and application to the production of platelets. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series S, American Institute of Mathematical Sciences, In press, pp.1-24. ⟨10.3934/dcdss.2020131⟩. ⟨hal-02109546⟩
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Vincent Calvez, Thomas Lepoutre, Nicolas Meunier, Nicolas Muller. Non-linear analysis of a model for yeast cell communication. ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis, EDP Sciences, In press, pp.1-32. ⟨10.1051/m2an/2019065⟩. ⟨hal-02372511⟩
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Nicolas Ratto, Martine Marion, Vitaly Volpert. Existence of pulses for a reaction-diffusion system of blood coagulation. Topological Methods in Nonlinear Analysis, Juliusz Schauder University Centre for Nonlinear Studies, In press. ⟨hal-02089011⟩
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Thomas Lepoutre. Improved duality estimates: time discrete case and applications to a class of cross-diffusion systems. Communications in Mathematical Sciences, International Press, 2019, 17 (2), pp.1-17. ⟨hal-01943576⟩
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Loïs Boullu, Mostafa Adimy, Fabien Crauste, Laurent Pujo-Menjouet. Oscillations and asymptotic convergence for a delay differential equation modeling platelet production. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2019, 24 (6), pp.2417-2442. ⟨10.3934/dcdsb.2018259⟩. ⟨hal-01835435v2⟩
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Simon Girel, Christophe Arpin, Jacqueline Marvel, Olivier Gandrillon, Fabien Crauste. Model-based assessment of the Role of Uneven Partitioning of Molecular Content on Heterogeneity and Regulation of Differentiation in CD8 T-cell Immune Responses. Frontiers in Immunology, Frontiers, In press, pp.1-41. ⟨10.3389/fimmu.2019.00230⟩. ⟨hal-02008705⟩
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Nicolas Ratto, Martine Marion, Vitaly Volpert. Existence of Waves for a Bistable Reaction–Diffusion System with Delay. Journal of Dynamics and Differential Equations, Springer Verlag, 2019, 16 (5), pp.4196-4212. ⟨10.1007/s10884-019-09751-4⟩. ⟨hal-02363403⟩
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Martine Marion, Vitaly Volpert. Existence of Pulses for the System of Competition of Species. Journal of Dynamics and Differential Equations, Springer Verlag, 2019, 31, pp.1653-1670. ⟨10.1007/s10884-017-9582-6⟩. ⟨hal-01573773⟩
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Nicolas Ratto, Martine Marion, Vitaly Volpert. Existence of pulses for a reaction-diffusion system of blood coagulation in flow. Mathematical Biosciences and Engineering, AIMS Press, In press, 16 (5), pp.4196-4212. ⟨10.3934/mbe.2019209⟩. ⟨hal-02084120⟩
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Chapitre d’ouvrage

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Laurent Pujo-Menjouet. Passer notre amour à la machine. Futures of Love, 2019, 2956302833. ⟨hal-02414758⟩
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Katherine Grzesik, Kevin Eng, Fabien Crauste, Sebastiano Battaglia. In Silico Methods for Studying T Cell Biology. Int. Rev. Cell. Mol. Biol. 342, Elsevier, pp.265-304, 2019, ⟨10.1016/bs.ircmb.2018.07.005⟩. ⟨hal-02237891⟩
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Mathieu Caléro, Ionel Sorin Ciuperca, Laurent Pujo-Menjouet, Léon Matar Tine. Alzheimer Disease: Convergence Result from a Discrete Model Towards a Continuous One. Trends in Biomathematics: Mathematical Modeling for Health, Harvesting, and Population Dynamics, Springer, pp.397-431, 2019, 978-3-030-23432-4. ⟨10.1007/978-3-030-23433-1_25⟩. ⟨hal-02414726⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

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Laurent Pujo-Menjouet. Le jeu de l’amour sans le hasard Mathématiques du couple. Des Equateurs, pp.1-248, 2019, 9782849905685. ⟨hal-02414777⟩
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Poster

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Charles Rocabert, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Samuel Bernard. Phenotypic Noise and the Cost of Complexity. EvoLyon 2019, Nov 2019, Lyon, France. ⟨hal-02402443⟩
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2018

Article dans une revue

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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. Solvability of Some Integro-Differential Equations with Anomalous Diffusion in Two Dimensions. Journal of Mathematical Sciences, Springer Verlag (Germany), 2018, 235 (3), pp.243-255. ⟨10.1007/978-3-319-47512-7_9⟩. ⟨hal-01941457⟩
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Nikolai Bessonov, Natalia Reinberg, Malay Banerjee, Vitaly Volpert. The Origin of Species by Means of Mathematical Modelling. Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2018, 66 (4), pp.333-344. ⟨10.1007/s10441-018-9328-9⟩. ⟨hal-01941452⟩
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Loic Barbarroux, Philippe Michel, Mostafa Adimy, Fabien Crauste. A multiscale model of the CD8 T cell immune response structured by intracellular content. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2018, 23 (9), pp.3969-4002. ⟨10.3934/dcdsb.2018120⟩. ⟨hal-01969237⟩
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Vladimir A. Belyaev, Joanne L. Dunster, Jon M. Gibbins, M.A. Panteleev, Vitaly Volpert. Modeling thrombosis in silico: Frontiers, challenges, unresolved problems and milestones. Physics of Life Reviews, Elsevier, 2018, 26-27, pp.57-95. ⟨10.1016/j.plrev.2018.02.005⟩. ⟨hal-01941469⟩
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Anne Beuter, Anne Balossier, Sergei Trofimchuk, Vitaly Volpert. Modeling of post-stroke stimulation of cortical tissue. Mathematical Biosciences, Elsevier, 2018, 305, pp.146-159. ⟨10.1016/j.mbs.2018.08.014⟩. ⟨hal-01941460⟩
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Gennady Bocharov, Andreas Meyerhans, Nikolay Bessonov, Sergei Trofimchuk, Vitaly Volpert. Interplay between reaction and diffusion processes in governing the dynamics of virus infections. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2018, 457, pp.221-236. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.08.036⟩. ⟨hal-01941458⟩
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Léon Matar Tine, Babacar Lèye. Analysis and numerical simulation of a polymerization model with aggregation and Ostwald ripening for the growth phenomenon. Acta Applicandae Mathematicae, Springer Verlag, 2018, pp.1-28. ⟨10.1007/s10440-018-0222-x⟩. ⟨hal-01933553⟩
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. On the Existence in the Sense of Sequences of Stationary Solutions for Some Systems of Non-Fredholm Integro-differential Equations. Mediterranean Journal of Mathematics, Springer Verlag, 2018, 15 (5). ⟨hal-01941463⟩
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Mohammed Helal, Angélique Igel-Egalon, Abdelkader Lakmeche, Pauline Mazzocco, Angélique Perrillat-Mercerot, et al.. Stability analysis of a steady state of a model describing Alzheimer’s disease and interactions with prion proteins. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2018, 78 (1-2), pp.1-25. ⟨10.1007/s00285-018-1267-1⟩. ⟨hal-01946610⟩
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Tatiana Galochkina, Martine Marion, Vitaly Volpert. Initiation of reaction–diffusion waves of blood coagulation. Physica D: Nonlinear Phenomena, Elsevier, 2018, 376-377, pp.160-170. ⟨10.1016/j.physd.2017.11.006⟩. ⟨hal-01941465⟩
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Guillaume Vogin, Thierry Bastogne, Larry Bodgi, Julien Gillet-Daubin, Aurélien Canet, et al.. The pATM Immunofluorescence assay: a high-performance radiosensitivity assay to predict post radiotherapy overreactions.. International Journal of Radiation Oncology – Biology – Physics, Elsevier, 2018, 101 (3), pp.690-693. ⟨10.1016/j.ijrobp.2018.03.047⟩. ⟨hal-01757771⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01757771/file/Rouge_2018.pdf BibTex
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Simon Girel, Fabien Crauste. Existence and stability of periodic solutions of an impulsive differential equation and application to CD8 T-cell differentiation. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2018, 76 (7), pp.1765-1795. ⟨10.1007/s00285-018-1220-3⟩. ⟨hal-01721728⟩
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O. Angulo, Fabien Crauste, J.C. López-Marcos. Numerical integration of an erythropoiesis model with explicit growth factor dynamics. Journal of Computational and Applied Mathematics, Elsevier, 2018, 330, pp.770 – 782. ⟨10.1016/j.cam.2017.01.033⟩. ⟨hal-01646786⟩
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Sergei Trofimchuk, Vitaly Volpert. Traveling Waves for a Bistable Reaction-Diffusion Equation with Delay. SIAM Journal on Mathematical Analysis, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2018, 50 (1), pp.1175-1199. ⟨10.1137/17M1115587⟩. ⟨hal-01941474⟩
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O. Angulo, Olivier Gandrillon, Fabien Crauste. Investigating the role of the experimental protocol in phenylhydrazine-induced anemia on mice recovery. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2018, 437, pp.286 – 298. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.10.031⟩. ⟨hal-01646792⟩
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Paul Lemarre, Laurent Pujo-Menjouet, Suzanne Sindi. Generalizing a mathematical model of prion aggregation allows strain coexistence and co-stability by including a novel misfolded species. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), In press, ⟨10.1007/s00285-018-1280-4⟩. ⟨hal-01858724⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01858724/file/JMB_article_preprint.pdf BibTex
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Ionel Sorin Ciuperca, Matthieu Dumont, Abdelkader Lakmeche, Pauline Mazzocco, Laurent Pujo-Menjouet, et al.. Alzheimer’s disease and prion: analysis of an in vitro mathematical model. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, In press. ⟨hal-01368862⟩
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Abdennasser Chekroun, Laurent Pujo-Menjouet, Jean-Philippe Berteau. A Novel Multiscale Mathematical Model for Building Bone Substitute Materials for Children. Materials, MDPI, 2018, 11 (6), pp.1-16. ⟨10.3390/ma11061045⟩. ⟨hal-02159058⟩
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Hagen Huttner, Olaf Bergmann, Mehran Salehpour, Raouf Cheikh, Makoto Nakamura, et al.. Meningioma growth dynamics assessed by radiocarbon retrospective birth dating. EBioMedicine, Elsevier, In press, 27, pp.176-181. ⟨10.1016/j.ebiom.2017.12.020⟩. ⟨hal-01671339⟩
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Communication dans un congrès

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Martín Andrade-Restrepo, Paul Lemarre, Laurent Pujo-Menjouet, Leon Tine, Sorin Ciuperca. Modeling the spatial propagation of Aβ oligomers in alzheimer’s disease. CEMRACS 2018 – Numerical and mathematical modeling for biological and medical applications: deterministic, probabilistic and statistical descriptions, Jul 2018, Marseille, France. pp.1 – 10. ⟨hal-02414660⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

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Gennady Bocharov, Vitaly Volpert, Burkhard Ludewig, Andreas Meyerhans. Mathematical Immunology of Virus Infections. Springer International Publishing, pp.XV, 245, 2018, 978-3-319-72316-7. ⟨10.1007/978-3-319-72317-4⟩. ⟨hal-01941475⟩
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Thèse

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Simon Girel. Modélisation de la Réponse Immunitaire T-CD8 : Analyse Mathématique et Modèles Multiéchelles. Systèmes dynamiques [math.DS]. Université de Lyon, 2018. Français. ⟨tel-01941850⟩
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Arnaud Bonnaffoux. Inférence de réseaux de régulation de gènes à partir de données dynamiques multi-échelles. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2018. Français. ⟨tel-01920262⟩
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Ulysse Herbach. Modélisation stochastique de l’expression des gènes et inférence de réseaux de régulation. Mathématiques [math]. Université de Lyon, 2018. Français. ⟨NNT : 2018LYSE1155⟩. ⟨tel-01930398⟩
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2017

Article dans une revue

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Ulysse Herbach, Arnaud Bonnaffoux, Thibault Espinasse, Olivier Gandrillon. Inferring gene regulatory networks from single-cell data: a mechanistic approach. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2017, 11 (1), pp.105. ⟨10.1186/s12918-017-0487-0⟩. ⟨hal-01646910⟩
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Sandrine Pereira, Larry Bodgi, Mirlande Duclos, Aurélien Canet, Mélanie L. Ferlazzo, et al.. Fast and binary assay for predicting radiosensitivity based on the nucleoshuttling of ATM protein: development, validation and performances. International Journal of Radiation Oncology – Biology – Physics, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.ijrobp.2017.10.029⟩. ⟨hal-01647135⟩
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G Bocharov, A Meyerhans, N Bessonov, S Trofimchuk, V Volpert. Modelling the dynamics of virus infection and immune response in space and time. International Journal of Parallel, Emergent and Distributed Systems, Taylor & Francis, 2017, ⟨10.1080/17445760.2017.1363203⟩. ⟨hal-01578907⟩
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Thomas Lepoutre, Ayman Moussa. Entropic structure and duality for multiple species cross-diffusion systems. Nonlinear Analysis: Theory, Methods and Applications, Elsevier, 2017, 159, ⟨10.1016/j.na.2017.02.008⟩. ⟨hal-01373172⟩
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Pedro Réu, Azadeh Khosravi, Samuel Bernard, Jeff E. Mold, Mehran Salehpour, et al.. The Lifespan and Turnover of Microglia in the Human Brain. Cell Reports, Elsevier Inc, 2017, 20 (4), pp.779 – 784. ⟨10.1016/j.celrep.2017.07.004⟩. ⟨hal-01572438⟩
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Pauline Mazzocco, Samuel Bernard, Laurent Pujo-Menjouet. Estimates and impact of lymphocyte division parameters from CFSE data using mathematical modelling.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (6), pp.e0179768. ⟨hal-01561667⟩
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Edouard Ollier, Pauline Mazzocco, Damien Ricard, Gentian Kaloshi, Ahmed Idbaih, et al.. Analysis of temozolomide resistance in low-grade gliomas using a mechanistic mathematical model. Fundamental and Clinical Pharmacology, Wiley, 2017, 31 (3), pp.347-358. ⟨10.1111/fcp.12259⟩. ⟨hal-01623733⟩
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Kirsty Spalding, Samuel Bernard, Erik Näslund, Mehran Salehpour, Göran Possnert, et al.. Impact of fat mass and distribution on lipid turnover in human adipose tissue. Nature Communications, Nature Publishing Group, 2017, 8, pp.15253. ⟨10.1038/ncomms15253⟩. ⟨hal-01561605⟩
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Fabien Crauste, Julien Mafille, Lilia Boucinha, Sophia Djebali, Olivier Gandrillon, et al.. Identification of Nascent Memory CD8 T Cells and Modeling of Their Ontogeny. Cell Systems, Elsevier, 2017, 4 (3), pp.306-317. ⟨10.1016/j.cels.2017.01.014⟩. ⟨hal-01409637⟩
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Chang Yang, Léon Matar Tine. A Hybrid Finite Volume Method for Advection Equations and Its Applications in Population Dynamics. Numerical Methods for Partial Differential Equations, Wiley, 2017, 33 (4), pp.1114 – 1142. ⟨10.1002/num.22134⟩. ⟨hal-01646859⟩
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Vitaly Volpert, S Petrovskii, A Zincenko. Interaction of human migration and wealth distribution. Nonlinear Analysis: Hybrid Systems, Elsevier, 2017, 159, pp.408 – 423. ⟨10.1016/j.na.2017.02.024⟩. ⟨hal-01565519⟩
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Apollos Besse, Thomas Lepoutre, Samuel Bernard. Long-term treatment effects in chronic myeloid leukemia. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2017, pp.1-26. ⟨10.1007/s00285-017-1098-5⟩. ⟨hal-01447781⟩
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. Existence of stationary solutions for some systems of integro-differential equations with superdiffusion. Rocky Mountain Journal of Mathematics, Rocky Mountain Mathematics Consortium, 2017, 47 (3), pp.955-970. ⟨10.1216/RMJ-2017-47-3-955⟩. ⟨hal-01564763⟩
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Tatiana Galochkina, Anass Bouchnita, Polina Kurbatova, Vitaly Volpert. Reaction-diffusion waves of blood coagulation. Mathematical Biosciences, Elsevier, 2017, 288, pp.130 – 139. ⟨10.1016/j.mbs.2017.03.008⟩. ⟨hal-01567320⟩
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Raouf El Cheikh, Samuel Bernard, Nader El Khatib. A multiscale modelling approach for the regulation of the cell cycle by the circadian clock. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2017, 426, pp.117-125. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.05.021⟩. ⟨hal-01561617⟩
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. Solvability in the sense of sequences for some non Fredholm operators related to the superdiffusion. Journal of Pseudo-Differential Operators and Applications, 1662-999X, 2017, 160, pp.1-22. ⟨10.1007/s11868-017-0204-1⟩. ⟨hal-01573772⟩
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Mostafa Adimy, Abdennasser Chekroun, Bogdan Kazmierczak. Traveling waves in a coupled reaction-diffusion and difference model of hematopoiesis. Journal of Differential Equations, Elsevier, 2017, 262, pp.4085 – 4128. ⟨10.1016/j.jde.2016.12.009⟩. ⟨hal-01573613⟩
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A Bouchnita, T Galochkina, P Kurbatova, Patrice Nony, V Volpert. Conditions of microvessel occlusion for blood coagulation in flow. International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, John Wiley and Sons, 2017, CMBE15: SELECTED PAPERS FROM THE 4TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON COMPUTATIONAL & MATHEMATICAL BIOMEDICAL ENGINEERING 2015, ⟨10.1002/cnm.2850⟩. ⟨hal-01573775⟩
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Mostafa Adimy, Abdennasser Chekroun, Toshikazu Kuniya. Delayed nonlocal reaction–diffusion model for hematopoietic stem cell dynamics with Dirichlet boundary conditions. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2017, 12 (6), pp.1 – 22. ⟨10.1051/mmnp/2017078⟩. ⟨hal-01683636⟩
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Anass Bouchnita, Fatima Belmaati, Rajae Aboulaich, M Koury, Vitaly Volpert. A Hybrid Computation Model to Describe the Progression of Multiple Myeloma and Its Intra-Clonal Heterogeneity. Computation, MDPI, 2017, 5 (1), pp.16. ⟨10.3390/computation5010016⟩. ⟨hal-01565940⟩
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Anass Bouchnita, Gennady Bocharov, Andreas Meyerhans, Vitaly Volpert. Towards a Multiscale Model of Acute HIV Infection. Computation, MDPI, 2017, 5 (1), pp.6. ⟨10.3390/computation5010006⟩. ⟨hal-01570577⟩
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Apollos Besse, Geoffrey D. Clapp, Samuel Bernard, Franck E. Nicolini, Doron Levy, et al.. Stability Analysis of a Model of Interaction Between the Immune System and Cancer Cells in Chronic Myelogenous Leukemia. Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2017, pp.1-27. ⟨10.1007/s11538-017-0272-7⟩. ⟨hal-01539364⟩
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Nathalie Eymard, Vitaly Volpert, Polina Kurbatova, Nikolai Bessonov, Kayode Ogungbenro, et al.. Mathematical model of T-cell lymphoblastic lymphoma: disease, treatment, cure or relapse of a virtual cohort of patients. Mathematical Medicine and Biology, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/imammb/dqw019⟩. ⟨hal-01568372⟩
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HDR

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Samuel Bernard. Structured differential equations and multiscale approaches for human cell population dynamics. Dynamical Systems [math.DS]. Université Claude Bernard Lyon 1, 2017. ⟨tel-01572434v2⟩
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Thomas Lepoutre. Contributions en dynamique de populations. Equations aux dérivées partielles [math.AP]. Université Claude Bernard (Lyon 1), 2017. ⟨tel-01524261⟩
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Thèse

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Tatiana Galochkina. Spatial structure of lipopolysaccharides and its role in blood coagulation. Mathematics [math]. Université Claude Bernard Lyon 1 – Institut Camille Jordan; Lomonosov Moscow State University, 2017. Russian. ⟨tel-01674579⟩
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Apollos Besse. Modélisation mathématique de la leucémie myéloide chronique. Modélisation et simulation. Université de Lyon, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LYSE1105⟩. ⟨tel-01561249v2⟩
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Loïc Barbarroux. Contributions à la modélisation multi-échelles de la réponse immunitaire T-CD8 : construction, analyse, simulation et calibration de modèles. Autre. Université de Lyon, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LYSEC026⟩. ⟨tel-01569442v2⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Vincent Calvez, Thomas Lepoutre, Nicolas Meunier, Nicolas Muller. Two models for yeast cell communication. 2017. ⟨hal-01498673⟩
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Thibault Bourgeron, Vincent Calvez, Jimmy Garnier, Thomas Lepoutre. Existence of recombination-selection equilibria for sexual populations. 2017. ⟨hal-01489695v2⟩
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2016

Article dans une revue

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Angélique Richard, Loïs Boullu, Ulysse Herbach, Arnaud Arnaud, Valérie Morin, et al.. Single-Cell-Based Analysis Highlights a Surge in Cell-to-Cell Molecular Variability Preceding Irreversible Commitment in a Differentiation Process. PLoS Biology, Public Library of Science, 2016, 14 (12), ⟨10.1371/journal.pbio.1002585⟩. ⟨hal-01934489⟩
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Anass Bouchnita, Alexandre Rocca, Eric Fanchon, Mark J. Koury, Jean-Marc Moulis, et al.. Multi-scale Modelling of Erythropoiesis and Hemoglobin Production. Journal of Inorganic and Organometallic Polymers and Materials, Springer Verlag (Germany), 2016, 26 (6), pp.1362 – 1379. ⟨10.1007/s10904-016-0437-0⟩. ⟨hal-01929703⟩
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Samuel Bernard. Moving the Boundaries of Granulopoiesis Modelling. Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2016, 78 (12), pp.2358 – 2363. ⟨10.1007/s11538-016-0215-8⟩. ⟨hal-01391393⟩
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Mostafa Adimy, Youssef Bourfia, My Lhassan Hbid, Catherine Marquet. Age-structured model of hematopoiesis dynamics with growth factor-dependent coefficients. Electronic Journal of Differential Equations, Texas State University, Department of Mathematics, 2016, pp.140. ⟨hal-01344118⟩
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Mostafa Adimy, Abdennasser Chekroun, Tarik-Mohamed Touaoula. Global asymptotic stability for an age-structured model of hematopoietic stem cell dynamics. Applicable Analysis, Taylor & Francis, 2016, pp.1 – 12. ⟨10.1080/00036811.2016.1139698⟩. ⟨hal-01396691⟩
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Larry Bodgi, Aurélien Canet, Laurent Pujo-Menjouet, Annick Lesne, Jean-Marc Victor, et al.. Mathematical models of radiation action on living cells: From the target theory to the modern approaches. A historical and critical review. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 394, pp.93 – 101. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.01.018⟩. ⟨hal-01382777⟩
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Grigory Panasenko, Vitaly Volpert. Homogenization of a one-dimensional diffusion – discrete absorption equation with feedback. Applicable Analysis, Taylor & Francis, 2016, 95, pp.1507 – 1516. ⟨10.1080/00036811.2016.1179288⟩. ⟨hal-01397565⟩
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. Existence of stationary solutions for some non-Fredholm integro-differential equations with superdiffusion. Journal of Pseudo-Differential Operators and Applications, 1662-999X, 2016, ⟨10.1007/s11868-016-0173-9⟩. ⟨hal-01397555⟩
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Xuefeng Gao, Christophe Arpin, Jacqueline Marvel, Sotiris Prokopiou, Olivier Gandrillon, et al.. IL-2 sensitivity and exogenous IL-2 concentration gradient tune the productive contact duration of CD8+ T cell-APC: a multiscale modeling study. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2016, 10 (1), pp.77. ⟨10.1186/s12918-016-0323-y⟩. ⟨inserm-01354185⟩
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Martine Marion, Vitaly Volpert. Existence of pulses for a monotone reaction-diffusion system. Pure and Applied Functional Analysis, Yokohama Publishers, 2016. ⟨hal-01396839⟩
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Gennady Bocharov, Anas Bouchnita, Jean Clairambault, Vitaly Volpert. Mathematics of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Diversity of Topics, Models and Methods. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2016. ⟨hal-01413795⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01413795/file/PrefaceMMNPDec2016.pdf BibTex
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Anass Bouchnita, Nathalie Eymard, Tamara Moyo, Mark Koury, Vitaly Volpert. Bone marrow infiltration by multiple myeloma causes anemia by reversible disruption of erythropoiesis. American Journal of Hematology, Wiley, 2016, 91 (4), pp.371 – 378. ⟨10.1002/ajh.24291⟩. ⟨hal-01395624⟩
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Romain Yvinec, Samuel Bernard, Erwan Hingant, Laurent Pujo-Menjouet. First passage times in homogeneous nucleation: Dependence on the total number of particles. Journal of Chemical Physics, American Institute of Physics, 2016, 144 (3), pp.1-17. ⟨10.1063/1.4940033⟩. ⟨hal-01353266⟩
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Hugues Berry, Thomas Lepoutre, Álvaro Mateos González. Quantitative convergence towards a self similar profile in an age-structured renewal equation for subdiffusion. Acta Applicandae Mathematicae, Springer Verlag, 2016, pp.15-45. ⟨hal-01136667⟩
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Nikolay Bessonov, Adélia Sequeira, Sergey Simakov, Yuri Vassilevski, Vitaly Volpert. Methods of Blood Flow Modelling. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2016, 11, pp.1 – 25. ⟨10.1051/mmnp/201611101⟩. ⟨hal-01397437⟩
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Laurent Pujo-Menjouet. Blood Cell Dynamics: Half of a Century of Modelling. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2016, 11, pp.92 – 115. ⟨10.1051/mmnp/201611106⟩. ⟨hal-01382783⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01382783/file/mmnp2016111p92.pdf BibTex
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A Stéphanou, Vitaly Volpert. Hybrid Modelling in Biology: a Classification Review. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2016, 11, pp.37 – 48. ⟨10.1051/mmnp/201611103⟩. ⟨hal-01397430⟩
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F. Garaguel, Nikolai Bessonov, Jacques Demongeot, Danielle Dhouailly, Vitaly Volpert. Wound Healing and Scale Modelling in Zebrafish. Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2016. ⟨hal-01395845⟩
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Communication dans un congrès

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Romain Yvinec, Samuel Bernard, Tom Chou, Julien Deschamps, Maria R. d’Orsogna, et al.. Nucleation time in stochastic Becker-Doring model. 11. AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications, American Institute of Mathematical Science (AIMS). USA., Jul 2016, Orlando, United States. 45 diapositives. ⟨hal-02797058⟩
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Romain Yvinec, Samuel Bernard, Tom Chou, Julien Deschamps, Maria R. d’Orsogna, et al.. Stochastic coagulation-fragmentation models for the study of protein aggregation phenomena. Stochastic Dynamical Systems in Biology: Numerical Methods and Applications, Isaac Newton Institute. GBR., Jan 2016, Cambridge, United Kingdom. 31 diapositives. ⟨hal-02795563⟩
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Direction d’ouvrage, Proceedings, Dossier

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LÉon Matar Tine. Inverse problem for cell division rate in population dynamics. EDP Sciences. Workshop on Mathematics for Life Sciences (WMLS 2014), France. Volume 4 (01003), pp.10, 2016, ITM Web of Conferences, ⟨10.1051/itmconf/20150401003⟩. ⟨hal-01253536⟩
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HDR

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Laurent Pujo-Menjouet. Étude de modèles mathématiques issus de la biologie du cycle cellulaire et de la dynamique des protéines. Systèmes dynamiques [math.DS]. Université Claude Bernard Lyon 1 – Institut Camille Jordan, 2016. ⟨tel-01411371⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01411371/file/Hdr-pujo-manuscript.pdf BibTex

Thèse

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Abdennasser Chekroun. Contribution à l’analyse mathématique d’équations aux dérivées partielles structurées en âge et en espace modélisant une dynamique de population cellulaire. Equations aux dérivées partielles [math.AP]. Université de Lyon, 2016. Français. ⟨NNT : 2016LYSE1040⟩. ⟨tel-01313670v2⟩
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Marine Jacquier. Mathematical modeling of the hormonal regulation of food intake and body weight : applications to caloric restriction and leptin resistance. Statistics [math.ST]. Université de Lyon, 2016. English. ⟨NNT : 2016LYSE1027⟩. ⟨tel-01273347v2⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Manaf Ahmed, Véronique Maume-Deschamps, Pierre Ribereau, Céline Vial. Spatial risk measure for Gaussian processes. 2016. ⟨hal-01421078v2⟩
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2015

Article dans une revue

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Stéphane Gaubert, Thomas Lepoutre. Discrete limit and monotonicity properties of the Floquet eigenvalue in an age structured cell division cycle model. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2015, 71 (6), ⟨10.1007/s00285-015-0874-3⟩. ⟨hal-00773211⟩
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https://arxiv.org/pdf/1301.2151 BibTex
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Ophélie Arnaud, Sam Meyer, Elodie Vallin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon. Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells. BMC Molecular Biology, BioMed Central, 2015, 16 (20), ⟨10.1186/s12867-015-0048-2⟩. ⟨hal-01248384⟩
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Mostafa Adimy, Abdennasser Chekroun, Tarik-Mohamed Touaoula. Age-structured and delay differential-difference model of hematopoietic stem cell dynamics. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2015, 20 (9), pp.27. ⟨10.3934/dcdsb.2015.20.2765⟩. ⟨hal-01249892⟩
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Geoffrey D Clapp, Thomas Lepoutre, Raouf El Cheikh, Samuel Bernard, Jérémy Ruby, et al.. Implication of the Autologous Immune System in BCR-ABL Transcript Variations in Chronic Myelogenous Leukemia Patients Treated with Imatinib.. Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2015, 75 (19), pp.4053-62. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-0611⟩. ⟨hal-01251396⟩
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Samuel Bernard, Fabien Crauste. Optimal linear stability condition for scalar differential equations with distributed delay. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2015, 20 (7), ⟨10.3934/dcdsb.2015.20.1855⟩. ⟨hal-00997528⟩
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Marine Jacquier, Hédi A. Soula, Fabien Crauste. A mathematical model of leptin resistance. Mathematical Biosciences, Elsevier, 2015, 267, ⟨10.1016/j.mbs.2015.06.008⟩. ⟨hal-01233483⟩
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Mikael Rydén, Mehmet Uzunel, Joanna l. Hård, Erik Borgström, Jeff e. Mold, et al.. Transplanted Bone Marrow-Derived Cells Contribute to Human Adipogenesis. Cell Metabolism, Elsevier, 2015, 22 (3), pp.408-417. ⟨10.1016/j.cmet.2015.06.011⟩. ⟨hal-01225085⟩
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B. Zilg, Samuel Bernard, K. Alkass, S. Berg, H. Druid. A new model for the estimation of time of death from vitreous potassium levels corrected for age and temperature. Forensic Science International, Elsevier, 2015, 254, pp.158-166. ⟨10.1016/j.forsciint.2015.07.020⟩. ⟨hal-01225089⟩
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Fabien Crauste, Emmanuelle Terry, I Le Mercier, Julien Mafille, Sophie Djebali, et al.. Predicting pathogen-specific CD8 T cell immune responses from a modeling approach.. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2015, 374, pp.66-82. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.03.033⟩. ⟨hal-00717406v2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00717406/file/Crauste-et-al-JTB-2015-final-version.pdf BibTex
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Olaf Bergmann, Sofia Zdunek, Anastasia Felker, Mehran Salehpour, Kanar Alkass, et al.. Dynamics of Cell Generation and Turnover in the Human Heart. Cell, Elsevier, 2015, 161 (7), pp.1566-1575. ⟨10.1016/j.cell.2015.05.026⟩. ⟨hal-01225091⟩
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Mostafa Adimy, Abdennasser Chekroun, Tarik-Mohamed Touaoula. A delay differential-difference system of hematopoietic stem cell dynamics. Comptes Rendus Mathématique, Elsevier Masson, 2015, 353 (4), ⟨10.1016/j.crma.2015.01.018⟩. ⟨hal-01249894⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249894/file/Adimy_CRAS.pdf BibTex
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Peggy Cellier, Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux, et al.. Sequential pattern mining for discovering gene interactions and their contextual information from biomedical texts. Journal of Biomedical Semantics, BioMed Central, 2015, 6, pp.1-27. ⟨10.1186/s13326-015-0023-3⟩. ⟨hal-01192959⟩
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Nikolai Bessonov, Michael Levin, Nadya Morozova, Natalia Reinberg, Alen Tosenberger, et al.. Target morphology and cell memory: a model of regenerative pattern formation Cell Memory Can Regulate Morphogenesis and Regeneration. Neural Regeneration Research, Publishing House of Neural Regeneration Research, 2015. ⟨hal-01238420⟩
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Vitaly Volpert. Pulses and waves for a bistable nonlocal reaction–diffusion equation. Applied Mathematics Letters, Elsevier, 2015, ⟨10.1016/j.aml.2014.12.011⟩. ⟨hal-01237160⟩
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Karam Allali, Fouad Bikany, Ahmed Taik, Vitaly Volpert. Numerical simulations of heat explosion with convection in porous media. Combustion Science and Technology, Taylor & Francis, 2015, ⟨10.1080/00102202.2014.948619⟩. ⟨hal-01238489⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. On the existence of stationary solutions for some nonlinear heat equations. Annales Academiae Scientiarum Fennicae Mathematica, Bookstore Tiedekirja, 2015, ⟨10.5186/aasfm.2015.4013⟩. ⟨hal-01238488⟩
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Nikolai Bessonov, Michael Levin, Nadya Morozova, Natalia Reinberg, Alen Tosenberger, et al.. On a Model of Pattern Regeneration Based on Cell Memory. PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, ⟨10.1371/journal.pone.0118091⟩. ⟨hal-01237935⟩
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Karam Allali, Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. A Model of Miscible Liquids in Porous Media. Electronic Journal of Differential Equations, Texas State University, Department of Mathematics, 2015. ⟨hal-01237171⟩
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Nikolai Bessonov, Natalia Reinberg, Vitaly Volpert. How morphology of artificial organisms influences their evolution. Ecological Complexity, Elsevier, 2015, ⟨10.1016/j.ecocom.2015.09.005⟩. ⟨hal-01237505⟩
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Nathalie Eymard, Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Existence of Pulses for Local and Nonlocal Reaction-Diffusion Equations. Journal of Dynamics and Differential Equations, Springer Verlag, 2015, ⟨10.1007/s10884-015-9487-1⟩. ⟨hal-01237744⟩
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Vitaly Volpert, Natalia Reinberg, Mohammed Benmir, Soumaya Boujena. On pulse solutions of a reaction–diffusion system in population dynamics. Nonlinear Analysis: Theory, Methods and Applications, Elsevier, 2015, ⟨10.1016/j.na.2015.02.017⟩. ⟨hal-01237675⟩
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Alen Tosenberger, Fazly Ataullakhanov, Nikolai Bessonov, Mikhail Panteleev, Alexei Tokarev, et al.. Modelling of platelet–fibrin clot formation in flow with a DPD–PDE method. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2015, ⟨10.1007/s00285-015-0891-2⟩. ⟨hal-01237498⟩
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Mohammed Benmir, Nikolai Bessonov, Soumaya Boujena, Vitaly Volpert. Travelling Waves of Cell Dierentiation. Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2015. ⟨hal-01238175⟩
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Alen Tosenberger, Nikolai Bessonov, M Levin, Natalia Reinberg, Vitaly Volpert, et al.. Acta Biotheoretica Mathematical and philosophical foundations of biological and biomedical science A Conceptual Model of Morphogenesis and Regeneration. Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2015, ⟨10.1007/s10441-015-9249-9⟩. ⟨hal-01237264⟩
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Alen Tosenberger, Nikolai Bessonov, Vitaly Volpert. Influence of Fibrinogen Deficiency on Clot Formation in Flow by Hybrid Model. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2015, ⟨10.1051/mmnp/201510102⟩. ⟨hal-01237500⟩
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L Desvillettes, Th Lepoutre, Ayman Moussa, A Trescases. On the entropic structure of reaction-cross diffusion systems. Communications in Partial Differential Equations, Taylor & Francis, 2015. ⟨hal-01078175⟩
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. Existence of stationary solutions for some nonlocal reaction-diffusion equations. Dynamics of Partial Differential Equations, International Press, 2015, ⟨10.4310/DPDE.2015.v12.n1.a3⟩. ⟨hal-01237921⟩
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P Mazzocco, Célia Barthélémy, G Kaloshi, Marc Lavielle, D Ricard, et al.. Prediction of Response to Temozolomide in Low-Grade Glioma Patients Based on Tumor Size Dynamics and Genetic Characteristics. CPT: Pharmacometrics and Systems Pharmacology, American Society for Clinical Pharmacology and Therapeutics ; International Society of Pharmacometrics, 2015, 4 (12), pp.728-737. ⟨10.1002/psp4.54⟩. ⟨hal-01252076⟩
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Jacques Demongeot, Vitaly Volpert. Dynamical system model of decision making and propagation. Journal of Biological Systems, World Scientific Publishing, 2015, ⟨10.1142/S0218339015500187⟩. ⟨hal-01237695⟩
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Angélique Stéphanou, Vitaly Volpert. Hybrid Modelling in Cell Biology. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2015, 10 (1), pp.1-1. ⟨hal-01975989⟩
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Communication dans un congrès

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Loic Barbarroux, Jean Clairambault, Nick Cogan, Jan Elias, Shalla Hanson, et al.. Preface to Session 70  » Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology « : Presentation of Session 70 in ICNAAM 2015, Rhodes. ICNAAM 2015 Session 70: « Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology », Organiser Session 70: Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece. ⟨hal-01249244⟩
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Loic Barbarroux, Philippe Michel, Mostafa Adimy, Fabien Crauste. Multi-scale modeling of the CD8 immune response. INTERNATIONAL CONFERENCE OF NUMERICAL ANALYSIS AND APPLIED MATHEMATICS 2015 (ICNAAM 2015), Sep 2015, Rhodes, Greece. pp.320002, ⟨10.1063/1.4952106⟩. ⟨hal-02237894⟩
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Thèse

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Raouf El Cheikh. Multiscale modeling for the regulation of cell cycle by the circadian clock : applications to chronotherapy. Dynamical Systems [math.DS]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2015. English. ⟨NNT : 2015LYO10082⟩. ⟨tel-01254464v2⟩
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2014

Article dans une revue

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Maggie S Y Yeung, Sofia Zdunek, Olaf Bergmann, Samuel Bernard, Mehran Salehpour, et al.. Dynamics of oligodendrocyte generation and myelination in the human brain.. Cell, Elsevier, 2014, 159, pp.766-774. ⟨hal-01092151⟩
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Sotiris Prokopiou, Loic Barbarroux, Samuel Bernard, Julien Mafille, Yann Leverrier, et al.. Multiscale Modeling of the Early CD8 T-Cell Immune Response in Lymph Nodes: An Integrative Study. Computation, MDPI, 2014, 2 (4), pp.159-181. ⟨10.3390/computation2040159⟩. ⟨hal-01074736⟩
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Raouf El Cheikh, Samuel Bernard, Nader El Khatib. Modeling circadian clock-cell cycle interaction effects on cell population growth rates. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2014, 363, pp.318-331. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.08.008⟩. ⟨hal-01055081⟩
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Erwan Hingant, Pascaline Fontes, Maria-Teresa Alvarez-Martinez, Jacques-Damien Arnaud, Jean-Pierre Liautard, et al.. A Micellar On-Pathway Intermediate Step Explains the Kinetics of Prion Amyloid Formation. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 10 (8), pp.e1003735. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003735⟩. ⟨hal-01104265⟩
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Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Marc Plantevit, Olivier Gandrillon. Finding maximal homogeneous clique sets. Knowledge and Information Systems (KAIS), Springer, 2014, 39 (3), pp.579-608. ⟨10.1007/s10115-013-0625-y⟩. ⟨hal-00827164⟩
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Hagen B Huttner, Olaf Bergmann, Mehran Salehpour, Attila Rácz, Jemal Tatarishvili, et al.. The age and genomic integrity of neurons after cortical stroke in humans.. Nature Neuroscience, Nature Publishing Group, 2014, pp.801-3. ⟨hal-01092159⟩
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Aurélie Ernst, Kanar Alkass, Samuel Bernard, Mehran Salehpour, Shira Perl, et al.. Neurogenesis in the Striatum of the Adult Human Brain.. Cell, Elsevier, 2014, 156 (5), pp.1072-1083. ⟨10.1016/j.cell.2014.01.044⟩. ⟨hal-00952021⟩
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Thomas Lepoutre, Nicolas Meunier, Nicolas Muller. Cell polarisation model : the 1D case. Journal de Mathématiques Pures et Appliquées, Elsevier, 2014, 101 (2), pp.152–171. ⟨10.1016/j.matpur.2013.05.006⟩. ⟨hal-00776613⟩
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Frédérique Billy, Jean Clairambault, Olivier Fercoq, Stéphane Gaubert, Thomas Lepoutre, et al.. Synchronisation and control of proliferation in cycling cell population models with age structure. Mathematics and Computers in Simulation, Elsevier, 2014, 96, pp.66-94. ⟨10.1016/j.matcom.2012.03.005⟩. ⟨hal-00662885⟩
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. Solvability Relations For Some Diffusion Equations With Convection Terms. Discontinuity, Nonlinearity, and Complexity, L & H Scientific Publishing, 2014, 3 (4), pp.457-465. ⟨hal-01097219⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Solvability conditions for some non Fredholm operators in a layer in four dimensions. Discontinuity, Nonlinearity, and Complexity, L & H Scientific Publishing, 2014, 3 (1), pp.59-71. ⟨hal-01096774⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Existence of stationary pulses for nonlocal reaction-diffusion equations. Documenta Mathematica, Universität Bielefeld, 2014, 19, pp.1141-1153. ⟨hal-01097153⟩
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Nathalie Eymard, Nikolai Bessonov, Olivier Gandrillon, Koury Mark, Vitaly Volpert. The role of spatial organization of cells in erythropoiesis. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2014, pp.1-29. ⟨10.1007/s00285-014-0758-y⟩. ⟨hal-01096794⟩
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Stephan Fischer, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, Carole Knibbe. A Model for Genome Size Evolution. Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2014, 76 (9), pp.2249 – 2291. ⟨10.1007/s11538-014-9997-8⟩. ⟨hal-01090984⟩
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Mostafa Adimy, Khalil Ezzinbi, Catherine Marquet. Ergodic and weighted pseudo-almost periodic solutions for partial functional differential equations in fading memory spaces. Journal of Applied Mathematics and Computing, Springer, 2014, 44 (1-2), pp.19. ⟨10.1007/s12190-013-0686-9⟩. ⟨hal-00846883⟩
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Narcisa Apreutesei, Vitaly Volpert. Properness and topological degree for nonlocal integro-differential systems. Topological Methods in Nonlinear Analysis, Juliusz Schauder University Centre for Nonlinear Studies, 2014, 43 (1), pp.215-229. ⟨hal-01096780⟩
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Mostafa Adimy, Oscar Angulo, Catherine Marquet, Leila Sebaa. A mathematical model of multistage hematopoietic cell lineages. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2014, 19 (1), pp.26. ⟨10.3934/dcdsb.2014.19.1⟩. ⟨hal-00993751⟩
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Patrice Nony, Polina Kurbatova, Agathe Bajard, Salma Malik, Charlotte Castellan, et al.. A methodological framework for drug development in rare diseases. Orphanet Journal of Rare Diseases, BioMed Central, 2014, 9 (164), pp.1-10. ⟨10.1186/s13023-014-0164-y⟩. ⟨hal-01097224⟩
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Vitaly Volpert. Branching and aggregation in self-reproducing systems. ESAIM: Proceedings, EDP Sciences, 2014, 47, pp.116-129. ⟨10.1051/proc/201447007⟩. ⟨hal-01098162⟩
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Marine Jacquier, Fabien Crauste, Christophe Soulage, Hédi A Soula. A predictive model of the dynamics of body weight and food intake in rats submitted to caloric restrictions.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (6), pp.e100073. ⟨10.1371/journal.pone.0100073⟩. ⟨hal-01017357⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01017357/file/journal.pone.0100073.pdf BibTex
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Mostafa Adimy, Mohamed Alia, Khalil Ezzinbi. Functional differential equations with unbounded delay in extrapolation spaces. Electronic Journal of Differential Equations, Texas State University, Department of Mathematics, 2014, 2014, pp.1 – 16. ⟨hal-01096950⟩
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Mohamed Helal, Erwan Hingant, Laurent Pujo-Menjouet, Glenn F. Webb. Alzheimer’s disease: analysis of a mathematical model incorporating the role of prions. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2014, 69 (5), pp.1207-1235. ⟨10.1007/s00285-013-0732-0⟩. ⟨hal-00846137⟩
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https://arxiv.org/pdf/1302.7013 BibTex
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Nikolai Bessonov, Reinberg Natalia, Vitaly Volpert. Mathematics of Darwin’s Diagram. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2014, 9 (3), pp.5-25. ⟨10.1051/mmnp/20149302⟩. ⟨hal-01097152⟩
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. On the solvability in the sense of sequences for some non-Fredholm operators. Dynamics of Partial Differential Equations, International Press, 2014, 11 (2), pp.109-124. ⟨hal-01096776⟩
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Laurent Desvillettes, Thomas Lepoutre, Ayman Moussa. Entropy, Duality and Cross Diffusion. SIAM Journal on Mathematical Analysis, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2014, Entropy, Duality, and Cross Diffusion, 46 (1). ⟨hal-00785379⟩
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https://arxiv.org/pdf/1302.1028 BibTex
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Mostafa Adimy, Oscar Angulo, Juan Carlos López-Marcos, Miguel Angel López-Marcos. Asymptotic behaviour of a mathematical model of hematopoietic stem cell dynamics. International Journal of Computer Mathematics, Taylor & Francis, 2014, 91 (2), pp.11. ⟨10.1080/00207160.2013.778400⟩. ⟨hal-00767161⟩
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Communication dans un congrès

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Anass Bouchnita, Nathalie Eymard, Mark Koury, Vitaly Volpert. Initiation of erythropoiesis by BFU-E cells. Mathematical biology in life sciences, Sep 2014, Sidi bel Abbes, Algeria. ⟨10.1051/itmconf/20150401002⟩. ⟨hal-01238490⟩
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Chapitre d’ouvrage

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Laurent Pujo-Menjouet. Théorie sur l’apparition de structures de Turing pour les biologistes ou éclaircissements sur deux intuitions ingénieuses. Modéliser & simuler – Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation – Tome 2, 2, Éditions Matériologiques, pp.525, 2014, Modélisations, simulations, systèmes complexes, 978-2-919694-72-3. ⟨hal-01102076⟩
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Direction d’ouvrage, Proceedings, Dossier

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Mansour Dia Ben, Ababacar Diagne, Leon Matar Tine. A generalized finite difference method for the 2-D nonlinear shallow water equations. CARI’14 Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées., Oct 2014, Saint-Louis, Senegal. 2014, CARI 2014 Proceedings. ⟨hal-01104586⟩
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HDR

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Fabien Crauste. Equations à Retard et Modèles de Dynamiques de Populations Cellulaires. Mathématiques générales [math.GM]. Université Claude Bernard Lyon 1, 2014. ⟨tel-01092352⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

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Vitaly Volpert. Elliptic Partial Differential Equations Volume 2: Reaction-Diffusion Equations. Birkhauser, 2014, ISBN: 978-3-0348-0812-5. ⟨hal-01097226⟩
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Thèse

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Alen Tosenberger. Blood flow modelling and applications to blood coagulation and atherosclerosis. Mathematics [math]. Université Claude Bernard – Lyon 1 Institut Camille Jordan – CNRS UMR 5208, 2014. English. ⟨tel-01101607⟩
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2013

Article dans une revue

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Mikael Rydén, Daniel P Andersson, Samuel Bernard, Kirsty Spalding, Peter Arner. Adipocyte triglyceride turnover and lipolysis in lean and overweight subjects.. Journal of Lipid Research, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2013, 54 (10), pp.2909-2913. ⟨10.1194/jlr.M040345⟩. ⟨hal-00867570⟩
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Samuel Bernard. From Single-Scale to Multiscale Modelling in Biology. Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2013, 61 (3), pp.291-303. ⟨10.1007/s10441-013-9199-z⟩. ⟨hal-00867564⟩
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Thomas Lepoutre, Salome Martinez. Steady state analysis for a relaxed cross diffusion model. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series A, American Institute of Mathematical Sciences, 2013, 34 (2), pp.613-633. ⟨10.3934/dcds.2014.34.613⟩. ⟨hal-00857467⟩
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Vitaly Volpert, Narcisa Apreutesei. Properness and topological degree for nonlocal integro-differential systems. Topological Methods in Nonlinear Analysis, Juliusz Schauder University Centre for Nonlinear Studies, 2013, in press. ⟨hal-00846863⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Solvability in the sense of sequence for some non-Fredholm elliptic problems. Discontinuity, Nonlinearity, and Complexity, L & H Scientific Publishing, 2013, in press. ⟨hal-00846862⟩
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Vitaly Volpert, Narcisa Apreutesei, Alen Tosenberger. Existence of Reaction-Diffusion Waves with Nonlinear Boundary Conditions. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2013, 8 (4), pp.2-17. ⟨10.1051/mmnp/20138302⟩. ⟨hal-00846820⟩
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Vitaly Volpert, Nikolai Bessonov, Victoria Mironova. Deformable cell model and its application to growth of plant meristem. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2013, 8 (3), pp.62-79. ⟨10.1051/mmnp/20138405⟩. ⟨hal-00846821⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Solvability in the sense of sequences to some non-Fredholm operators. Electronic Journal of Differential Equations, Texas State University, Department of Mathematics, 2013, 2013 (160), pp.1-16. ⟨hal-00846784⟩
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Vitaly Volpert, A.G. Ramm. Convergence of time dependent Turing structure to a stationary solution. Acta Applicandae Mathematicae, Springer Verlag, 2013, 123 (1), pp.31-42. ⟨10.1007/s10440-012-9711-5⟩. ⟨hal-00846571⟩
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Narcisa Apreutesei, Vitaly Volpert. Reaction-diffusion waves with nonlinear boundary conditions. Networks and Heterogeneous Media, AIMS-American Institute of Mathematical Sciences, 2013, 8 (1), pp.23-35. ⟨10.3934/nhm.2013.8.23⟩. ⟨hal-00846563⟩
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Kirsty L Spalding, Olaf Bergmann, Kanar Alkass, Samuel Bernard, Mehran Salehpour, et al.. Dynamics of hippocampal neurogenesis in adult humans.. Cell, Elsevier, 2013, 153 (6), pp.1219-1227. ⟨10.1016/j.cell.2013.05.002⟩. ⟨hal-00839513⟩
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Frédéric Thomas, Daniel Fisher, Philippe Fort, Jean-Pierre Marie, Simon Daoust, et al.. Applying ecological and evolutionary theory to cancer: a long and winding road. Evolutionary Applications, Blackwell, 2013, 6 (1), pp.1-10. ⟨10.1111/eva.12021⟩. ⟨halsde-00790602⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/halsde-00790602/file/Thomas-2013-EvolAppl-Applying.pdf BibTex
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Kanar Alkass, Hisako Saitoh, Bruce A Buchholz, Samuel Bernard, Gunilla Holmlund, et al.. Analysis of radiocarbon, stable isotopes and DNA in teeth to facilitate identification of unknown decedents.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0069597⟩. ⟨hal-00867568⟩
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Chapitre d’ouvrage

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Vitaly Volpert, Nikolai Bessonov, Alen Tosenberger, Nathalie Eymard. Modele multi-echelle de la dynamique cellulaire. Le vivant discret et continu, Editions Materiologiques, in press, 2013. ⟨hal-00846865⟩
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Vitaly Volpert, N. Bessonov, Polina Kurbatova. Pattern Formation in Hybrid Models of Cell Population. Pattern Formation in Morphogenesis, Springer-Verlag, pp.107-119, 2013, Springer Proceedings in Mathematics, 978-3-642-20164-6. ⟨10.1007/978-3-642-20164-6_10⟩. ⟨hal-00846783⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Emergence and Propagation of Patterns in Nonlocal Reaction-Diffusion Equations Arising in the Theory of Speciation.. Dispersal, Individual Movement and Spatial Ecology, Springer-Verlag, pp.331-353, 2013, Lecture Notes in Mathematics, 978-3-642-35497-7. ⟨10.1007/978-3-642-35497-7_12⟩. ⟨hal-00846559⟩
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Grigory Bordyugov, Pål O Westermark, Ana Korencic, Samuel Bernard, Hanspeter Herzel. Mathematical modeling in chronobiology. Achim Kramer and Martha Merrow. Circadian clocks, Springer, pp.335–357, 2013, ⟨10.1007/978-3-642-25950-0_14⟩. ⟨hal-00839517⟩
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Samuel Bernard. Modélisation multi-échelles en biologie. Nicolas Glade and Angélique Stéphanou. Le vivant discret et continu, Éditions Matériologiques, pp.65-89, 2013, Science & Philosophie, 978-2-919694-23-5. ⟨hal-00920523⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Karam Allali, Fouad Bikany, Ahmed Taik, Vitaly Volpert. Numerical Simulations of Heat ExplosionWith Convection In Porous Media. 2013. ⟨hal-00859414⟩
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2012

Article dans une revue

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Keith Frayn, Samuel Bernard, Kirsty Spalding, Peter Arner. Adipocyte triglyceride turnover is independently associated with atherogenic dyslipidemia.. Journal of the American Heart Association, Wiley-Blackwell, 2012, 1 (6), pp.e003467. ⟨10.1161/JAHA.112.003467⟩. ⟨hal-00839514⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Solvability conditions for some linear and nonlinear non-Fredholm elliptic problems.. Analysis and Mathematical Physics, Birkhäuser, 2012, 2, pp.473-496. ⟨10.1007/s13324-012-0046-1⟩. ⟨hal-00753099⟩
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Nikolai Bessonov, Nathalie Eymard, Polina Kurbatova, Vitaly Volpert. Mathematical modelling of erythropoiesis in vivo with multiple erythroblastic islands.. Applied Mathematics Letters, Elsevier, 2012, 25 (9), pp.1217-1221. ⟨10.1016/j.aml.2012.02.053⟩. ⟨hal-00753093⟩
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R. Upadhyay, Vitaly Volpert, N. K. Thakur. Propagation of Turing patterns in a plankton model.. Journal of Biological Dynamics, Taylor & Francis Open, 2012, 6 (2), pp.524-538. ⟨10.1080/17513758.2012.655327⟩. ⟨hal-00753094⟩
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N. El Khatib, Stéphane Génieys, Bogdan Kazmierczak, Vitaly Volpert. Reaction-Diffusion Model of Atherosclerosis Development.. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2012, 65 (2), pp.349-374. ⟨10.1007/s00285-011-0461-1⟩. ⟨hal-00753096⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. On the existence of stationary solutions for some systems of non-Fredholm integro-differential equations.. Discontinuity, Nonlinearity, and Complexity, L & H Scientific Publishing, 2012, 1 (2), pp.197-209. ⟨hal-00753090⟩
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Vitaly Volpert, Narcisa Apreutesei. Existence of travelling waves for a class of integro-differential equations from population dynamics. International Electronic Journal of Pure and Applied Mathematics, Sofia, 2012, 5 (2), pp.53-67. ⟨hal-00753095⟩
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Alen Tosenberger, Fazly Ataullakhanov, N. Bessonov, Mikhail A. Panteleev, Alexey Tokarev, et al.. Modelling of thrombus growth and growth stop in flow by the method of dissipative particle dynamics.. Russian Journal of Numerical Analysis and Mathematical Modelling, De Gruyter, 2012, 27 (5), pp.507-522. ⟨10.1515/rnam-2012-0029⟩. ⟨hal-00753089⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. Solvability Conditions for a Linearized Cahn-Hilliard Equation of Sixth Order.. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2012, 7 (2), pp.146–154. ⟨10.1051/mmnp/20127212⟩. ⟨hal-00753092⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. On the solvability conditions for the diffusion equation with convection terms.. Communications on Pure and Applied Mathematics, Wiley, 2012, 11 (1), pp.365–373. ⟨hal-00753098⟩
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Samuel Bernard. Né pour sentir [Born to smell].. médecine/sciences, EDP Sciences, 2012, 28 (11), pp.937-9. ⟨10.1051/medsci/20122811012⟩. ⟨hal-00767595⟩
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Emmanuelle Terry, Jacqueline Marvel, Christophe Arpin, Olivier Gandrillon, Fabien Crauste. Mathematical model of the primary CD8 T cell immune response: stability analysis of a nonlinear age-structured system.. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2012, 65, pp.263-291. ⟨10.1007/s00285-011-0459-8⟩. ⟨hal-00649219⟩
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Philippe Michel, Tarik Touaoula. Asymptotic behavior for a class of the renewal nonlinear equation with diffusion. Mathematical Methods in the Applied Sciences, Wiley, 2012, 36 (3), pp.323-335. ⟨10.1002/mma.2591⟩. ⟨hal-00785171⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00785171/file/paper%20%281%29.pdf BibTex
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Olaf Bergmann, Jakob Liebl, Samuel Bernard, Kanar Alkass, Maggie S Y Yeung, et al.. The age of olfactory bulb neurons in humans.. Neuron, Elsevier, 2012, 74 (4), pp.634-639. ⟨10.1016/j.neuron.2012.03.030⟩. ⟨hal-00755464⟩
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Ionel Ciuperca, Erwan Hingant, Liviu Palade, Laurent Pujo-Menjouet. Fragmentation and monomer lengthening of rod-like polymers, a relevant model for prion proliferation. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2012, 17 (3), pp.775-799. ⟨10.3934/dcdsb.2012.17.775⟩. ⟨hal-00653362⟩
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S. Fischer, P. Kurbatova, N. Bessonov, Olivier Gandrillon, Vitaly Volpert, et al.. Modeling erythroblastic islands: using a hybrid model to assess the function of central macrophage.. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2012, 298, pp.92-106. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.01.002⟩. ⟨hal-00596682v2⟩
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Polina Kurbatova, Grigory Panasenko, Vitaly Volpert. Asymptotic-numerical analysis of the diffusion- discrete absorption equation. Mathematical Methods in the Applied Sciences, Wiley, 2012, 35 (4), pp.438-444. ⟨10.1002/mma.1572⟩. ⟨hal-00869285⟩
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Alexey Tokarev, G. Sirakov, G. Panasenko, Vitaly Volpert, E. Schnol, et al.. Continuous Mathematical Model of Platelet Thrombus Formation in Blood Flow.. Russian Journal of Numerical Analysis and Mathematical Modelling, De Gruyter, 2012, 27 (2), pp.192-212. ⟨10.1515/rnam-2012-0011⟩. ⟨hal-00753091⟩
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Mostafa Adimy, Catherine Marquet. On the stability of hematopoietic model with feedback control. Comptes Rendus Mathématique, Elsevier Masson, 2012, 350 (3-4), pp.173-176. ⟨10.1016/j.crma.2012.01.014⟩. ⟨hal-00763154⟩
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Olaf Bergmann, Sofia Zdunek, Jonas Frisén, Samuel Bernard, Henrik Druid, et al.. Cardiomyocyte renewal in humans.. Circulation Research, American Heart Association, 2012, 110 (1), e17-8; author reply e19-21. ⟨10.1161/CIRCRESAHA.111.259598⟩. ⟨hal-00755465⟩
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Mostafa Adimy, Khalil Ezzinbi, Catherine Marquet. Center manifolds for some partial functional differential equations with infinite delay in fading memory spaces. Journal of Concrete and Applicable Mathematics, Eudoxus Press, 2012, 10 (3-4), pp.168-185. ⟨hal-00763166⟩
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Mostafa Adimy, Fabien Crauste. Delay Differential Equations and Autonomous Oscillations in Hematopoietic Stem Cell Dynamics Modeling. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2012, 7 (6), pp.1-22. ⟨10.1051/mmnp/20127601⟩. ⟨hal-00766339⟩
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Raouf El Cheikh, Thomas Lepoutre, Samuel Bernard. Modeling Biological Rhythms in Cell Populations. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2012, 7 (6), pp.107–125. ⟨10.1051/mmnp/20127606⟩. ⟨hal-00847008⟩
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Thomas Lepoutre, Michel Pierre, Guillaume Rolland. Global well-posedness of a conservative relaxed cross diffusion system.. SIAM Journal on Mathematical Analysis, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2012, 44 (3), pp.1674-1693. ⟨10.1137/110848839⟩. ⟨hal-00683006⟩
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Communication dans un congrès

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Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon. Finding Collections of Protein Modules in Protein-Protein Interaction Networks. Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), 2012, Las Vegas, United States. pp.216-222. ⟨hal-00758858⟩
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Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon. Finding Collections of k-Clique Percolated Components in Attributed Graphs. Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD), 2012, Kuala Lumpur, Malaysia. pp.181–192. ⟨hal-00758843⟩
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Thèse

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Romain Yvinec. Modélisation probabiliste en biologie moléculaire et cellulaire. Probabilités [math.PR]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2012. Français. ⟨tel-00749633⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00749633/file/masterv3.pdf BibTex
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Erwan Hingant. Contributions à la modélisation mathématique et numérique de problèmes issus de la biologie – Applications aux Prions et à la maladie d’Alzheimer. Equations aux dérivées partielles [math.AP]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2012. Français. ⟨tel-00763444⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00763444/file/these.pdf BibTex
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Mohammed Belkasmi. Contributions à la théorie des modèles positive.. Logique [math.LO]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2012. Français. ⟨tel-00733592⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Alen Tosenberger, Fazly Ataullakhanov, Nikolai Bessonov, Mikhail A. Panteleev, Alexey Tokarev, et al.. The role of platelets in blood coagulation during thrombus formation in flow. 2012. ⟨hal-00729046v2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00729046/file/hal_20120910.pdf BibTex
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Romain Yvinec, Changjing Zhuge, Jinzhi Lei, Michael C. Mackey. Adiabatic reduction of a model of stochastic gene expression with jump Markoc process. 2012. ⟨hal-00674572⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00674572/file/JLMCMRYCZ_12_Adiabaticreductionbursting.pdf BibTex

2011

Article dans une revue

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Alen Tosenberger, Vsevolod Salnikov, Nikolai Bessonov, Evgeniya Babushkina, Vitaly Volpert. Particle Dynamics Methods of Blood Flow Simulations,. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2011, 6 (5), pp.320-332. ⟨10.1051/mmnp/20116512⟩. ⟨hal-00653688⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653688/file/mmnp-tosenberger.pdf BibTex
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. Solvability conditions for some non-Fredholm operators. Proceedings of the Edinburgh Mathematical Society, Cambridge University Press (CUP), 2011, 54 (1), pp.249-271. ⟨10.1017/S0013091509000236⟩. ⟨hal-00653658⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653658/file/fredholm.pdf BibTex
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Vitali Vougalter, Vitaly Volpert. On the existence of stationary solutions for some non-Fredholm integro-differential equations. Documenta Mathematica, Universität Bielefeld, 2011, 16, pp.561-580. ⟨hal-00653648⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653648/file/nfnl-revised.pdf BibTex
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Arnaud Ducrot, Martine Marion, Vitaly Volpert. Spectrum of some integro-differential operators and stability of travelling waves. Nonlinear Analysis: Theory, Methods and Applications, Elsevier, 2011, 74 (13), pp.4455-4473. ⟨10.1016/j.na.2011.04.009⟩. ⟨hal-00653653⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653653/file/int-spectrum15.pdf BibTex
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Nikolai Bessonov, Vitaly Volpert. Computational Algorithm for Some Problems with Variable Geometrical Structure. Lecture Notes in Computer Science, Springer, 2011, 6260/2011, pp.87-102. ⟨10.1007/978-3-642-16236-7_6⟩. ⟨hal-00653652⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653652/file/algorithm.pdf BibTex
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Narcisa Apreutesei, Vitaly Volpert. Properness and Topological Degree for Nonlocal Reaction-Diffusion Operators. Abstract and Applied Analysis, Hindawi Publishing Corporation, 2011, pp.ID 629692. ⟨hal-00653656⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653656/file/int-dif-prop_3_revised.pdf BibTex
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Peter Arner, Samuel Bernard, Mehran Salehpour, Göran Possnert, Jakob Liebl, et al.. Dynamics of human adipose lipid turnover in health and metabolic disease.. Nature, Nature Publishing Group, 2011, 478 (7367), pp.110-3. ⟨10.1038/nature10426⟩. ⟨hal-00649210⟩
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C. Mejia-Pous, F. Damiola, Olivier Gandrillon. Cholesterol synthesis-related enzyme oxidosqualene cyclase is required to maintain self-renewal in primary erythroid progenitors.. Cell Proliferation, Wiley, 2011, 44 (5), pp.441-52. ⟨10.1111/j.1365-2184.2011.00771.x⟩. ⟨hal-00652350⟩
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Maria-Teresa Alvarez-Martinez, Pascaline Fontes, Viviana Zomosa-Signoret, Jacques-Damien Arnaud, Erwan Hingant, et al.. Dynamics of polymerization shed light on the mechanisms that lead to multiple amyloid structures of the prion protein.. BBA – Biochimica et Biophysica Acta, Elsevier, 2011, 1814 (10), pp.1305-17. ⟨10.1016/j.bbapap.2011.05.016⟩. ⟨hal-00653368⟩
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Anuradha Chauhan, Stephan Lorenzen, Hanspeter Herzel, Samuel Bernard. Regulation of mammalian cell cycle progression in the regenerating liver.. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2011, 283 (1), pp.103-12. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.05.026⟩. ⟨hal-00649211⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00649211/file/jtb_finalreviewed.pdf BibTex
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Fabien Crauste. A review on local asymptotic stability analysis for mathematical models of hematopoiesis with delay and delay-dependent coefficients. Annals of the Tiberiu Popoviciu Seminar of functional equations, approximation and convexity, Zentralblatt fur Mathematik / Mathematical Reviews, 2011, 9, pp.121-143. ⟨hal-00750271⟩
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Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen, et al.. Les complexités : point de vue d’un institut des systèmes complexes. Hermès, La Revue- Cognition, communication, politique, CNRS-Editions, 2011, 2 (60), pp.145-150. ⟨10.4267/2042/45459⟩. ⟨hal-00744520⟩
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Olaf Bergmann, Sofia Zdunek, Kanar Alkass, Henrik Druid, Samuel Bernard, et al.. Identification of cardiomyocyte nuclei and assessment of ploidy for the analysis of cell turnover.. Experimental Cell Research, Elsevier, 2011, 317 (2), pp.188-94. ⟨10.1016/j.yexcr.2010.08.017⟩. ⟨hal-00542527⟩
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Polina Kurbatova, Samuel Bernard, Nikolai Bessonov, Fabien Crauste, Ivan Demin, et al.. HYBRID MODEL OF ERYTHROPOIESIS AND LEUKEMIA TREATMENT WITH CYTOSINE ARABINOSIDE. SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2011, 71 (6), pp.2246-2268. ⟨10.1137/100815517⟩. ⟨hal-00538496v2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00538496/file/FinalVersion.pdf BibTex
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Nikolai Bessonov, Fabien Crauste, Vitaly Volpert. Modelling of Plant Growth with Apical or Basal Meristem. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2011, 6 (2), pp.107-132. ⟨10.1051/mmnp/20116204⟩. ⟨hal-00649218⟩
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Nikolai Bessonov, Fabien Crauste, Stephan Fisher, Polina Kurbatova, Vitaly Volpert. Application of Hybrid Models to Blood Cell Production in the Bone Marrow. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2011, 6 (7), pp.2-12. ⟨10.1051/mmnp/20116701⟩. ⟨hal-00649217⟩
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Mostafa Adimy, Khalil Ezzinbi, Mohamed Alia. Extrapolation Spaces and Partial Neutral Functional Differential Equations with infinite delay. Differential and integral equations, Khayyam Publishing, 2011. ⟨inria-00554435⟩
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Communication dans un congrès

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Pierre-Nicolas Mougel, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon, Jean-François Boulicaut. Extraction sous Contraintes d’Ensembles de Cliques Homogènes. 11eme Conference Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC’11), 2011, Brest, France. pp.1-12. ⟨hal-00744808⟩
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Chapitre d’ouvrage

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Nikolai Bessonov, Ivan Demin, Polina Kurbatova, Laurent Pujo-Menjouet, Vitaly Volpert. Multi-Agent Systems and Blood Cell Formation. InTech. Multi-Agent Systems – Modeling, Interactions, Simulations and Case Studies, InTech, pp.502, 2011, Robotics, 978-953-307-176-3. ⟨10.5772/1936⟩. ⟨hal-00858507⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

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Vitaly Volpert. Elliptic Partial Differential Equations. Volume I. Fredholm theory of elliptic problems in unbounded domains. birkhauser, pp.655, 2011. ⟨hal-00653777⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Romain Yvinec, Alexandre F. Ramos. On the bursting of gene products. 2011. ⟨hal-00651588⟩
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Mohammed Belkasmi. Positive model theory and amalgamations. 2011. ⟨hal-00746275⟩
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Erwan Hingant. A numerical scheme for rod-like polymers with fragmentation and monomers lengthening. 2011. ⟨hal-00653394⟩
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2010

Article dans une revue

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Corinne Royer, Jérôme Briolay, Annie Garel, Patrick Brouilly, Shun-Ichi Sasanuma, et al.. Novel genes differentially expressed between posterior and median silk gland identified by SAGE-aided transcriptome analysis.. Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 2010, 41 (2), epub ahead of print. ⟨10.1016/j.ibmb.2010.11.003⟩. ⟨hal-00542448⟩
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Anh Thu Nguyen-Lefebvre, Sandrine Gonin-Giraud, Alexander Scherl, Patrizia Arboit, Laure Granger, et al.. Identification of human, rat and chicken ribosomal proteins by a combination of two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis and mass spectrometry.. Journal of Proteomics, Elsevier, 2010, epub ahead of print. ⟨10.1016/j.jprot.2010.10.007⟩. ⟨hal-00542454⟩
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Vitaly Volpert, K. Allali, F. Bikany, A. Taik. Linear stability analysis of reaction front propagation in liquids with vibrations. International Electronic Journal of Pure and Applied Mathematics, Sofia, 2010, 1 (2), pp.196-215. ⟨hal-00547725⟩
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Vitaly Volpert, Narcisa Apreutesei, Nikolai Bessonov, Vitali Vougalter. Spatial structures and generalized travelling waves for an integro-differential equation. Discrete and Continuous Dynamical Systems – Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2010, 13 (3), pp.537-557. ⟨10.3934/dcdsb.2010.13.537⟩. ⟨hal-00547574⟩
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Vitaly Volpert, Vitali Vougalter. On the solvability conditions for some non-Fredholm operators. International Journal of Pure and Applied Mathematics, Academic Publishing Ltd, 2010, 60 (2), pp.169-191. ⟨hal-00547729⟩
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Vitaly Volpert, I. Demin. Existence of Waves for a Nonlocal Reaction-Diffusion Equation.. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2010, pp.5 (2010), No. 5, 80-101. ⟨hal-00547724⟩
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Fabien Crauste, Ivan Demin, Olivier Gandrillon, Vitaly Volpert. Mathematical study of feedback control roles and relevance in stress erythropoiesis.. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2010, 263 (3), pp.303-16. ⟨10.1016/j.jtbi.2009.12.026⟩. ⟨hal-00542457⟩
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Erik Arner, Pål O Westermark, Kirsty L Spalding, Tom Britton, Mikael Rydén, et al.. Adipocyte turnover: relevance to human adipose tissue morphology.. Diabetes, American Diabetes Association, 2010, 59 (1), pp.105-9. ⟨10.2337/db09-0942⟩. ⟨hal-00542528⟩
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Samuel Bernard, Jonas Frisén, Kirsty Spalding. A mathematical model for the interpretation of nuclear bomb test derived 14C incorporation in biological systems. Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms, Elsevier, 2010, 268 (7-8), pp.1295-1298. ⟨10.1016/j.nimb.2009.10.156⟩. ⟨hal-00544517v2⟩
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Mostafa Adimy, Fabien Crauste, Hassan Hbid, Redouane Qesmi. Stability and Hopf bifurcation for a cell population model with state-dependent delay. SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2010, 70 (5), pp.1611-1633. ⟨10.1137/080742713⟩. ⟨hal-00542655⟩
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Samuel Bernard, Branka Cajavec Bernard, Francis Lévi, Hanspeter Herzel. Tumor growth rate determines the timing of optimal chronomodulated treatment schedules. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2010, 6 (3), pp.e1000712. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000712⟩. ⟨hal-00470302⟩
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Ivan Demin, Fabien Crauste, Olivier Gandrillon, Vitaly Volpert. A multi-scale model of erythropoiesis. Journal of Biological Dynamics, Taylor & Francis Open, 2010, 4 (1), pp.59-70. ⟨10.1080/17513750902777642⟩. ⟨hal-00542669⟩
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Mostafa Adimy, Fabien Crauste, Catherine Marquet. Asymptotic behavior and stability switch for a mature-immature model of cell differentiation. Nonlinear Analysis: Real World Applications, Elsevier, 2010, 11 (4), pp.2913-2929. ⟨10.1016/j.nonrwa.2009.11.001⟩. ⟨hal-00542644⟩
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Mostafa Adimy, Fabien Crauste, Abderrahim El Abdllaoui. Boundedness and Lyapunov Function for a Nonlinear System of Hematopoietic Stem Cell Dynamics. Comptes Rendus Mathématique, Elsevier Masson, 2010, 348 (7-8), pp.373-377. ⟨10.1016/j.crma.2010.02.018⟩. ⟨hal-00542477⟩
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Chapitre d’ouvrage

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Fabien Crauste. Stability and Hopf bifurcation for a first-order linear delay differential equation with distributed delay. Complex Time Delay Systems (Ed. F. Atay), Springer, pp.320, 2010, ⟨10.1007/978-3-642-02329-3_8⟩. ⟨hal-00542651⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Michael C. Mackey, Marta Tyran-Kamińska, Romain Yvinec. Molecular distributions in gene regulatory dynamics. 2010. ⟨hal-00651585⟩
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2009

Article dans une revue

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Marie Doumic, Thierry Goudon, Thomas Lepoutre. Scaling limit of a discrete prion dynamics model. Communications in Mathematical Sciences, International Press, 2009, 7 (4), ⟨10.4310/CMS.2009.v7.n4.a3⟩. ⟨inria-00403914⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00403914/file/Scaling_limit_2009_07_05.pdf BibTex
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Fabien Crauste, Mostafa Adimy. Mathematical model of hematopoiesis dynamics with growth factor-dependent apoptosis and proliferation regulation. Mathematical and Computer Modelling, Elsevier, 2009, 49, pp.2128-2137. ⟨10.1016/j.mcm.2008.07.014⟩. ⟨hal-00542665⟩
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Nikolai Bessonov, Fabien Crauste, Ivan Demin, Vitaly Volpert. Dynamics of erythroid progenitors and erythroleukemia. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2009, Cancer modelling (Part 2), 4 (3), pp.210-232. ⟨10.1051/mmnp/20094309⟩. ⟨hal-00542660⟩
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Nader El Khatib, Stéphane Génieys, Abdelmalek Zine, Vitaly Volpert. Non-Newtonian effects in a fluid-structure interaction model for atherosclerosis. Journal of Applied Mechanics and Technical Physics, Springer Verlag, 2009, 50 (1), pp.55-64. ⟨hal-00937323⟩
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2008

Article dans une revue

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Mostafa Adimy, Samuel Bernard, Jean Clairambault, Fabien Crauste, Stéphane Génieys, et al.. Modélisation de la dynamique de l’hématopoïèse normale et pathologique. Hématologie, John Libbey Eurotext, 2008, 14 (5), pp.339-350. ⟨10.1684/hma.2008.0282⟩. ⟨hal-00750278⟩
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Mostafa Adimy, Oscar Angulo, Fabien Crauste, Juan Carlos Lopez-Marcos. Numerical integration of a mathematical model of hematopoietic stem cell dynamics. Computers and Mathematics with Applications, Elsevier, 2008, 56, pp.594-606. ⟨10.1016/j.camwa.2008.01.003⟩. ⟨hal-00750283⟩
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Mostafa Adimy, Fabien Crauste, Abderrahim El Abdllaoui. Discrete maturity-structured model of cell differentiation with applications to acute myelogenous leukemia. Journal of Biological Systems, World Scientific Publishing, 2008, 16 (3), pp.395-424. ⟨10.1142/S0218339008002599⟩. ⟨hal-00750276⟩
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2006

Article dans une revue

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Mostafa Adimy, Fabien Crauste, Abderrahim El Abdllaoui. Asymptotic Behavior of a Discrete Maturity Structured System of Hematopoietic Stem Cells Dynamics with Several Delays. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2006, 1 (2), pp.1-22. ⟨10.1051/mmnp:2008001⟩. ⟨hal-00750285⟩
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Les commentaires sont clos.