the list above is very frequently updated. For more information (and more pdf files), please visit our individual homepages, that can be found here.
2024
Journal articles
- titre
- Accounting for the topology of road networks to better explain human‐mediated dispersal in terrestrial landscapes
- auteur
- Charles Rocabert, Serge Fenet, Bernard Kaufmann, Jérôme Gippet
- article
- Ecography, 2024, 3, pp.1-13. ⟨10.1111/ecog.07068⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”
- auteur
- Théo Tricou, Eric Tannier, Damien de Vienne
- article
- PLoS Biology, 2024, 22 (3), pp.e3002557. ⟨10.1371/journal.pbio.3002557⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Information gain-based selection of sequential patterns extracted from partial unimodal probabilistic bases of sequences
- auteur
- Nicolas Méger, Tuan Nguyen, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Emmanuel Trouvé
- article
- 2024-1, Laboratoire d’Informatique, Systèmes, Traitement de l’Information et de la Connaissance (LISTIC) – Polytech Annecy-Chambéry. 2024, pp.85
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- A Coupled Neural Field Model for the Standard Consolidation Theory
- auteur
- Lisa Blum Moyse, Hugues Berry
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Emergence of Supercoiling-Mediated Regulatory Networks through Bacterial Chromosome Organization
- auteur
- Théotime Grohens, Sam Meyer, Guillaume Beslon
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Effective pruning for top-k feature search on the basis of SHAP values
- auteur
- Lisa Chabrier, Anton Crombach, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2023
Journal articles
- titre
- Forward‐in‐time simulation of chromosomal rearrangements: The invisible backbone that sustains long‐term adaptation
- auteur
- Paul Banse, Juliette Luiselli, David P Parsons, Théotime Grohens, Marco Foley, Leonardo Trujillo, Jonathan Rouzaud‐cornabas, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- Molecular Ecology, 2023, ⟨10.1111/mec.17234⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
- auteur
- Aurore Comte, Théo Tricou, Eric Tannier, Julien Joseph, Aurélie Siberchicot, Simon Penel, Rémi Allio, Frédéric Delsuc, Stéphane Dray, Damien de Vienne
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (11), pp.msad234. ⟨10.1093/molbev/msad234⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Quantifying membrane binding and diffusion with fluorescence correlation spectroscopy diffusion laws
- auteur
- Anita Mouttou, Erwan Bremaud, Julien Noero, Rayane Dibsy, Coline Arone, Johnson Mak, Delphine Muriaux, Hugues Berry, Cyril Favard
- article
- Biophysical Journal, 2023, 122 (11), pp.2216-2229. ⟨10.1016/j.bpj.2023.01.006⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Host-symbiont-gene phylogenetic reconciliation
- auteur
- Hugo Menet, Alexia Nguyen Trung, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- Peer Community Journal, 2023, pp.1-22. ⟨10.24072/pcjournal.273⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Se réapproprier la production de connaissance
- auteur
- Alexandre Monnin, Eric Tannier, Maël Thomas
- article
- Analyse Opinion Critique, 2023, https://aoc.media/opinion/2023/05/17/se-reapproprier-la-production-de-connaissance/
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Classifying the Post-duplication Fate of Paralogous Genes
- auteur
- Reza Kalhor, Guillaume Beslon, Manuel Lafond, Celine Scornavacca
- article
- RECOMB-CG 2023 – 20th conference on Comparative Genomics, Apr 2023, Istanbul, Turkey. pp.1-18, ⟨10.1007/978-3-031-36911-7_1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Une extension de la décomposition tensorielle au phénotypage temporel
- auteur
- Hana Sebia, Thomas Guyet, Etienne Audureau
- article
- EGC 2023 – 23ème Conférence Francophone sur l’Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- IA et données de santé : regards croisés sur les droits, devoirs et responsabilités des personnes publiques
- auteur
- Thomas Guyet, Pierre Saurel, Hélène Muscat, Christine Paillard, Tristan Allard, Nolwenn Le Meur, Danièle Bourcier, Emmanuel Oger, André Happe
- article
- Enjeux scientifiques et sociaux de l’IA, MITI/CNRS, Jan 2023, Paris, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Towards alife-generated benchmarks for phylogeny
- auteur
- Marco Foley, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Eric Tannier, Guillaume Beslon
- article
- ALignements and PHYlogénie (Alphy), Jan 2023, Grenoble, France.
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- titre
- Back to the trees: Identifying plants with Human Intelligence
- auteur
- Simon Castellan, Jos Käfer, Eric Tannier
- article
- LIMITS 2023 – Ninth Workshop on Computing within Limits, LIMITS, pp.1-11, 2023, ⟨10.21428/bf6fb269.265c52ce⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Approche globale des éthiques dans les relations sociétés/nature
- auteur
- Rémi Beau, Catherine Aubertin, Annabelle Aish, Anne Atlan, Sébastien Barot, Olivier Barrière, Nadia Belaïdi, François Criscuolo, Claire Damesin, Vincent Daubin, Julien Dellaux, Frédéric Ducarme, Juan Fernández-Manjarrés, Renata Freitas Machado, Jessica Garcia de Silveira, Thibault Genissel, Sylvie Guillerme, Jane Lecomte, Hélène Melin, Marie Pelé, Florence F. Pinton, Sylvie Pouteau, Bernard Reber, François Sarrazin, Cédric Sueur, Eric Tannier
- article
- CNRS – INEE. 2023, pp.211-219
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reported speech detection in newspapers
- auteur
- Maxence Morin, Lisa Chabrier
- article
- Semaines Études Entreprises en Data Sciences (SEEDS). 2023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Computational neuroscience models at different levels of abstraction for synaptic plasticity, astrocyte modulation of synchronization and systems memory consolidation
- auteur
- Lisa Blum Moyse
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. INSA de Lyon, 2023. English. ⟨NNT : 2023ISAL0058⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2022
Journal articles
- titre
- Latest trends in bioimaging and building a proactive network of early-career young scientists around bioimaging in Europe
- auteur
- Hana Valenta, Nathan Quiblier, Valerio Laghi, Clément Cabriel, Justine Riti
- article
- Biology Open, 2022, 11 (12), pp.bio059630. ⟨10.1242/bio.059630⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Lactate supply overtakes glucose when neural computational and cognitive loads scale up
- auteur
- Yulia Dembitskaya, Charlotte Piette, Sylvie Perez, Hugues Berry, Pierre J Magistretti, Laurent Venance
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (47), ⟨10.1073/pnas.2212004119⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling
- auteur
- Théotime Grohens, Sam Meyer, Guillaume Beslon
- article
- Artificial Life, 2022, ⟨10.1162/artl_a_00373⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Getting higher on rugged landscapes: Inversion mutations open access to fitter adaptive peaks in NK fitness landscapes
- auteur
- Leonardo Trujillo, Paul Banse, Guillaume Beslon
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (10), pp.e1010647. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010647⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Digital evolution: Insights for biologists
- auteur
- Miguel A. Fortuna, Guillaume Beslon, Charles Ofria
- article
- Frontiers in Ecology and Evolution, 2022, ⟨10.3389/fevo.2022.1037040⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ghost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow
- auteur
- Théo Tricou, Eric Tannier, Damien M. de Vienne
- article
- PLoS Biology, 2022, 20 (9), pp.e3001776. ⟨10.1371/journal.pbio.3001776⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Control of Ca2+ signals by astrocyte nanoscale morphology at tripartite synapses
- auteur
- Audrey Denizot, Misa Arizono, Valentin Nägerl, Hugues Berry, Erik de Schutter
- article
- Glia, 2022, ⟨10.1002/glia.24258⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modelling the modulation of cortical Up-Down state switching by astrocytes
- auteur
- Lisa Blum Moyse, Hugues Berry
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (7), pp.e1010296. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010296⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Monitoring of grassland productivity using Sentinel-2 remote sensing data
- auteur
- Pauline Dusseux, Thomas Guyet, Pierre Pattier, Valentin Barbier, Hervé Nicolas
- article
- International Journal of Applied Earth Observation and Geoinformation, 2022, 111, pp.102843. ⟨10.1016/j.jag.2022.102843⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- The crisis of the scientific mind : an investigation, a tragedy and a collective redistribution of roles
- auteur
- Eric Tannier, Vincent Daubin, Sophie Quinton
- article
- Les Cahiers de Framespa : e-Storia, 2022, 40, ⟨10.4000/framespa.13150⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Thirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation
- auteur
- Simon Penel, Hugo Menet, Théo Tricou, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (8), pp.2350-2352. ⟨10.1093/bioinformatics/btac062⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Long-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness
- auteur
- Alexandre Laverré, Eric Tannier, Anamaria Necsulea
- article
- Genome Research, 2022, 32 (2), pp.280-296. ⟨10.1101/gr.275901.121⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phylogenetic reconciliation
- auteur
- Hugo Menet, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (11), pp.e1010621. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010621⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A hapless mathematical contribution to biology
- auteur
- Eric Tannier
- article
- History and Philosophy of the Life Sciences, 2022, 44 (34), ⟨10.1007/s40656-022-00514-x⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Predicted Impacts of Booster, Immunity Decline, Vaccination Strategies, and Non-Pharmaceutical Interventions on COVID-19 Outcomes in France
- auteur
- Simon Pageaud, Anne Eyraud-Loisel, Jean-Pierre Bertoglio, Alexis Bienvenüe, Nicolas Leboisne, Catherine Pothier, Christophe Rigotti, Nicolas Ponthus, Romain Gauchon, François Gueyffier, Philippe Vanhems, Jean Iwaz, Stéphane Loisel, Pascal Roy
- article
- Vaccines, 2022, 10 (12), pp.2033. ⟨10.3390/vaccines10122033⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ghost lineages highly influence the interpretation of introgression tests
- auteur
- Théo Tricou, Eric Tannier, Damien M. de Vienne
- article
- Systematic Biology, 2022, 71 (5), pp.1147-1158. ⟨10.1093/sysbio/syac011⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Logical forms of chronicles
- auteur
- Thomas Guyet, Nicolas Markey
- article
- TIME 2022 – 29th International Symposium on Temporal Representation and Reasoning, Nov 2022, Virtual, Heard & McDonald Islands. pp.1-15
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- VCNet: A self-explaining model for realistic counterfactual generation
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- ECML PKDD 2022 – European Conference on Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases., Sep 2022, Grenoble, France. pp.1-16
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Experimental study of time series forecasting methods for groundwater level prediction
- auteur
- Michael Franklin Mbouopda, Thomas Guyet, Nicolas Labroche, Abel Henriot
- article
- ECML/PKDD 2022 – ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2022, Grenoble, France. pp.1-16
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Imbalanced Classification with TPG Genetic Programming: Impact of Problem Imbalance and Selection Mechanisms
- auteur
- Nicolas Sourbier, Justine Bonnot, Karol Desnos, Frédéric Majorczyk, Olivier Gesny, Thomas Guyet, Maxime Pelcat
- article
- GECCO 2022 – Genetic and Evolutionary Computation Conference, Jul 2022, Boston, United States. pp.1-4, ⟨10.1145/3520304.3529008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Conceptions de phénotypes computationnels pour la recherche en santé publique
- auteur
- Pegdwendé Sawadogo, Thomas Guyet, Etienne Audureau
- article
- Santé et IA 2022, Jun 2022, Saint-Etienne, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Incremental Mining of Frequent Serial Episodes Considering Multiple Occurrences
- auteur
- Thomas Guyet, Wenbin Zhang, Albert Bifet
- article
- ICCS 2022 – 22nd International Conference on Computational Science, Jun 2022, London, United Kingdom. pp.460-472, ⟨10.1007/978-3-031-08751-6_33⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Temporal Disaggregation of the Cumulative Grass Growth
- auteur
- Thomas Guyet, Laurent Spillemaecker, Simon Malinowski, Anne-Isabelle Graux
- article
- ICPRAI 2022 – 3rd International Conference on Pattern Recognition and Artificial Intelligence, Jun 2022, Paris, France. pp.383-394, ⟨10.1007/978-3-031-09282-4_32⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Générer des explications contrefactuelles à l’aide d’un autoencodeur supervisé
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Tassadit Bouadi, Thomas Guyet
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, EGC’2022, Apr 2022, Blois, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Prédiction du niveau de nappes phréatiques : comparaison d’approches locale, globale et hybride
- auteur
- Lola Beuchée, Thomas Guyet, Simon Malinowski
- article
- EGC 2022 – Conférence francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2022, Blois, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Désagrégation temporelle du cumul annuel de croissance de l’herbe
- auteur
- Laurent Spillemaecker, Thomas Guyet, Simon Malinowski, Anne-Isabelle Graux
- article
- EGC 2022 – Conférence francophone sur l’Extraction et gestion des connaissances, Jan 2022, Blois, France. pp.27-38
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Anomaly Detection Based on Sequence Indexation and CFOF Score Approximation
- auteur
- Lucas Foulon, Christophe Rigotti, Serge Fenet, Denis Jouvin
- article
- Advances in Knowledge Discovery and Management, 1004, Springer International Publishing, pp.47-61, 2022, Studies in Computational Intelligence, ⟨10.1007/978-3-030-90287-2_3⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Pandémie de Covid-19. L’aide de l’IA et du numérique
- auteur
- Hugues Berry, Laurence Watier
- article
- Bernard NORDLINGER; Cedric VILLANI; Olivier de FRESNOYE. Médecine et intelligence artificielle, CNRS, 2022, 9782271141514
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Conférence Nationale d’Intelligence Artificielle Année 2022
- auteur
- Zied Bouraoui, Valérie Camps, Éric Gaussier, Maxime Guériau, Christelle Launois, Nicolas Prcovic, Céline Rouveirol, Fatiha Saïs, François Schwarzentruber, Anaelle Wilczynski, Yves Demazeau, Thomas Guyet, Dominique Longin, Davy Monticolo, Ahmed Samet
- article
- Association Française d’Intelligence Artificielle, pp.1-239, 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Uptake of fatty acids by the enterocyte: the role of intracellular metabolism
- auteur
- Julie Etienne, Armelle Penhoat, Marie-Caroline Michalski, Carole Knibbe
- article
- 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Semi-supervised learning for tree-based regressors to improve the prediction of the interactions between genes
- auteur
- Lisa Chabrier, Anton Crombach, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
- article
- Symposium MaDICS, Jul 2022, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Documents associated with scientific events
- titre
- Inversion mutations attenuate complexity catastrophe in NK fitness landscapes
- auteur
- Leonardo Trujillo, Paul Banse, Guillaume Beslon
- article
- CCS2022, Oct 2022, Palma de Mallorca, Spain. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Ride the supercoiling : Evolution of supercoiling-mediated gene regulatory networks through genomic inversions
- auteur
- Théotime Grohens
- article
- Modeling and Simulation. INSA de Lyon, 2022. English. ⟨NNT : 2022ISAL0126⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- GOntact: using chromatin contacts to infer Gene Ontology enrichments for cis -regulatory elements
- auteur
- Alexandre Laverré, Eric Tannier, Philippe Veber, Anamaria Necsulea
- article
- 2022
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards the optimization of ballistics in proton therapy using genetic algorithms: implementation issues
- auteur
- François Smekens, Nicolas Freud, Bruno Sixou, Guillaume Beslon, Jean Michel Létang
- article
- 2022
- Accès au bibtex
-
- titre
- Variable length genetic algorithm with continuous parameters optimization of beam layout in proton therapy
- auteur
- François Smekens, Nicolas Freud, Bruno Sixou, Guillaume Beslon, Jean Michel Létang
- article
- 2022
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling: extended version
- auteur
- Théotime Grohens, Sam Meyer, Guillaume Beslon
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- Obesity and hyperinsulinemia drive adipocytes to activate a cell cycle program and senesce
- auteur
- Qian Li, Carolina Hagberg, Helena Silva Cascales, Shuai Lang, Mervi Hyvönen, Firoozeh Salehzadeh, Ping Chen, Ida Alexandersson, Eleni Terezaki, Matthew Harms, Maria Kutschke, Nahida Arifen, Niels Krämer, Myriam Aouadi, Carole Knibbe, Jeremie Boucher, Anders Thorell, Kirsty Spalding
- article
- Nature Medicine, 2021, 27 (11), pp.1941-1953. ⟨10.1038/s41591-021-01501-8⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Molecular characterization of projection neuron subtypes in the mouse olfactory bulb
- auteur
- Sara Zeppilli, Tobias Ackels, Robin Attey, Nell Klimpert, Kimberly Ritola, Stefan Boeing, Anton Crombach, Andreas Schaefer, Alexander Fleischmann
- article
- eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/eLife.65445⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A model of on/off transitions in neurons of the deep cerebellar nuclei: deciphering the underlying ionic mechanisms
- auteur
- Hugues Berry, Stéphane Genet
- article
- Journal of Mathematical Neuroscience, 2021, 11 (1), pp.1-34. ⟨10.1186/s13408-021-00105-3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Expected Evolution of COVID-19 Epidemic in France for Several Combinations of Vaccination Strategies and Barrier Measures
- auteur
- Simon Pageaud, Catherine Pothier, Christophe Rigotti, Anne Eyraud-Loisel, Jean-Pierre Bertoglio, Alexis Bienvenüe, Nicolas Leboisne, Nicolas Ponthus, Romain Gauchon, François Gueyffier, Philippe Vanhems, Jean Iwaz, Stéphane Loisel, Pascal Roy
- article
- Vaccines, 2021, 9 (12), pp.1462. ⟨10.3390/vaccines9121462⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- The Complexity Ratchet
- auteur
- Guillaume Beslon, Vincent F Liard, Jonathan Rouzaud-Cornabas
- article
- CCS 2021 – International Conference on Complex Systems, Oct 2021, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Stochastic Spatially-Extended Simulations Predict the Effect of ER Distribution on Astrocytic Microdomain Ca2+ Activity
- auteur
- Audrey Denizot, Corrado Calì, Hugues Berry, Erik de Schutter
- article
- NANOCOM 2021: Eighth Annual ACM International Conference on Nanoscale Computing and Communication, Sep 2021, New York, NY, United States. pp.1-5, ⟨10.1145/3477206.3477456⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Simulating short-and long-term evolutionary dynamics on rugged landscapes
- auteur
- Leonardo Trujillo, Paul Banse, Guillaume Beslon
- article
- ALIFE 2021 – Conference on Artificial Life, Jul 2021, Prague, Czech Republic. pp.1-9
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling
- auteur
- Théotime Grohens, Sam Meyer, Guillaume Beslon
- article
- ALIFE 2021 – Conference on Artificial Life, Jul 2021, Prague, Czech Republic
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- X-Aevol: GPU implementation of an evolutionary experimentation simulator
- auteur
- Laurent Turpin, Thierry Gautier, Jonathan Rouzaud-Cornabas
- article
- GECCO 2021 – Genetic and Evolutionary Computation Conference, Jul 2021, Lille France, France. pp.1-9, ⟨10.1145/3449726.3463195⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Apprendre l’apprentissage automatique : un retour d’expérience
- auteur
- Noëlie Debs, Sergio Peignier, Clément Douarre, Théo Jourdan, Christophe Rigotti, Carole Frindel
- article
- CETSIS 2021 – Colloque de l’Enseignement des Technologies et des Sciences de l’Information et des Systèmes, Jun 2021, Valenciennes, France. pp.1-5
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Apprivoiser l’hétérogénéité en informatique 1ère année
- auteur
- Nadia Bennani, Sylvie Cazalens, Vincent Cheutet, Claire Leschi, Odyssée Merveille, Camille Moriot, Delphine Muller, Timothée Pecatte, Catherine Pothier, Christophe Rigotti, Hervé Rivano, Nicolas Stouls
- article
- COLLOQINSA 2021 – 7e Colloque pédagogie et formation, May 2021, Valenciennes, France. pp.1-6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Simulation of Astrocytic Calcium Dynamics in Lattice Light Sheet Microscopy Images
- auteur
- Anaïs Badoual, Misa Arizono, Audrey Denizot, Mathieu Ducros, Hugues Berry, U Valentin Nägerl, Charles Kervrann
- article
- ISBI 2021 – IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2021, Nice, France. pp.1-5, ⟨10.1109/ISBI48211.2021.9433984⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Of Evolution, Systems and Complexity
- auteur
- Guillaume Beslon, Vincent F Liard, David P. Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas
- article
- Evolutionary Systems Biology II, 2021, ⟨10.1007/978-3-030-71737-7_1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Seaview Version 5: A Multiplatform Software for Multiple Sequence Alignment, Molecular Phylogenetic Analyses, and Tree Reconciliation
- auteur
- Manolo Gouy, Eric Tannier, Nicolas Comte, David Parsons
- article
- Multiple Sequence Alignment, 2231, Humana, pp.241-260, 2021, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1036-7_15⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Life’s Attractors Continued: Progress in Understanding Developmental Systems Through Reverse Engineering and In Silico Evolution
- auteur
- Anton Crombach, Johannes Jaeger
- article
- Evolutionary Systems Biology: Advances, Questions, and Opportunities, 2021, 978-3-030-71736-0. ⟨10.1007/978-3-030-71737-7_4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Modèles computationnels de cellules biologiques pour l’évolution moléculaire et la nutrition
- auteur
- Carole Knibbe
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Institut National des Sciences Appliquées de Lyon, 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Other publications
- titre
- Evolutionary escape from local fitness peaks through inversion mutations
- auteur
- Leonardo Trujillo, Paul Banse, Guillaume Beslon
- article
- 2021, pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Evolutionary Systems Biology
- auteur
- Anton Crombach
- article
- Anton Crombach. Springer International Publishing, 2, pp.1-294, 2021, 978-3-030-71736-0. ⟨10.1007/978-3-030-71737-7⟩
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- A mathematical model for the uptake of fatty acids by the enterocyte
- auteur
- Julie Etienne, Armelle Penhoat, Marie-Caroline Michalski, Carole Knibbe
- article
- EDISS 205 2021 – Journée de l’Ecole Doctorale Interdisciplinaire Sciences-Santé, Nov 2021, Online, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- La captation des acides gras par l’entérocyte : apport de la modélisation mathématique
- auteur
- Julie Etienne, Armelle Penhoat, Marie-Caroline Michalski, Carole Knibbe
- article
- Journées Francophones de Nutrition 2021, Nov 2021, Lille, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Uptake of fatty acids by the enterocyte: New insights gained from mathematical modeling
- auteur
- Julie Etienne, Armelle Penhoat, Marie-Caroline Michalski, Carole Knibbe
- article
- GERLI 2021 – 16th Lipidomics Meeting, Sep 2021, Bordeaux, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Uptake of fatty acids by the enterocyte: New insights gained from mathematical modeling
- auteur
- Julie Etienne, Armelle Penhoat, Marie-Caroline Michalski, Carole Knibbe
- article
- AOCS Annual Meeting & Expo 2021, May 2021, Online, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Simulation of Astrocytic Calcium Dynamics in Lattice Light Sheet Microscopy Images
- auteur
- Anaïs Badoual, Misa Arizono, Audrey Denizot, Mathieu Ducros, Hugues Berry, U Valentin Nägerl, Charles Kervrann
- article
- ISBI 2021 – IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2021, Nice, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Adapting French COVID-19 vaccination campaign duration to variant dissemination
- auteur
- Simon Pageaud, Nicolas Ponthus, Romain Gauchon, Catherine Pothier, Christophe Rigotti, Anne Eyraud-Loisel, Jean-Pierre Bertoglio, Alexis Bienvenüe, François Gueyffier, Philippe Vanhems, Nicolas Leboisne, Jean Iwaz, Stéphane Loisel, Pascal Roy
- article
- [Research Report] Université Lyon 1; Ecole Centrale de Lyon; INSA Lyon. 2021, p. 24
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Lessons learnt from the use of compartmental models over the COVID-19 induced lockdown in France
- auteur
- Romain Gauchon, Nicolas Ponthus, Catherine Pothier, Christophe Rigotti, Vitaly Volpert, Stéphane Derrode, Jean-Pierre Bertoglio, Alexis Bienvenüe, Pierre-Olivier Goffard, Anne Eyraud-Loisel, Simon Pageaud, Jean Iwaz, Stéphane Loisel, Pascal Roy
- article
- [Research Report] Université Lyon 1; Ecole Centrale de Lyon; INSA Lyon. 2021, p. 39
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Accuracy of Mixed Precision Computation in Large Coupled Biological Systems
- auteur
- Aquilina Al Khoury, Samuel Bernard, Jonathan Rouzaud-Cornabas
- article
- 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Evolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies
- auteur
- Robert Waterhouse, Sergey Aganezov, Yoann Anselmetti, Jiyoung Lee, Livio Ruzzante, Maarten Reijnders, Romain Feron, Sèverine Bérard, Phillip George, Matthew Hahn, Paul Howell, Maryam Kamali, Sergey Koren, Daniel Lawson, Gareth Maslen, Ashley Peery, Adam Phillippy, Maria Sharakhova, Eric Tannier, Maria Unger, Simo Zhang, Max Alekseyev, Nora J Besansky, Cedric Chauve, Scott Emrich, Igor Sharakhov
- article
- BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-20. ⟨10.1186/s12915-019-0728-3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Interdisciplinary Research in Artificial Intelligence: Challenges and Opportunities
- auteur
- Remy Kusters, Dusan Misevic, Hugues Berry, Antoine Cully, Yann Le Cunff, Loic Dandoy, Natalia Díaz-Rodríguez, Marion Ficher, Jonathan Grizou, Alice Othmani, Themis Palpanas, Matthieu Komorowski, Patrick Loiseau, Clément Moulin-Frier, Santino Nanini, Daniele Quercia, Michele Sebag, Françoise Soulié Fogelman, Sofiane Taleb, Liubov Tupikina, Vaibhav Sahu, Jill-Jênn Vie, Fatima Wehbi
- article
- Frontiers in Big Data, 2020, 3, ⟨10.3389/fdata.2020.577974⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Rapeseed Lecithin Increases Lymphatic Lipid Output and α-Linolenic Acid Bioavailability in Rats
- auteur
- Chloé Robert, Leslie Couëdelo, Carole Knibbe, Laurence Fonseca, Charline Buisson, Elisabeth Errazuriz-Cerda, Emmanuelle Meugnier, Emmanuelle Loizon, Carole Vaysse, Marie-Caroline Michalski
- article
- Journal of Nutrition, 2020, 150 (11), pp.2900-2911. ⟨10.1093/jn/nxaa244⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Understanding and monitoring the evolution of the Covid-19 epidemic from medical emergency calls: the example of the Paris area
- auteur
- Stéphane Gaubert, Marianne Akian, Xavier Allamigeon, Marin Boyet, Baptiste Colin, Théotime Grohens, Laurent Massoulié, David P. Parsons, Frederic Adnet, Érick Chanzy, Laurent Goix, Frédéric Lapostolle, Éric Lecarpentier, Christophe Leroy, Thomas Loeb, Jean-Sébastien Marx, Caroline Télion, Laurent Treluyer, Pierre Carli
- article
- Comptes Rendus. Mathématique, 2020, 358 (7), pp.843-875. ⟨10.5802/crmath.99⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The genomic view of diversification
- auteur
- Julie Marin, Guillaume Achaz, Anton Crombach, Amaury Lambert
- article
- Journal of Evolutionary Biology, 2020, 33 (10), pp.1387-1404. ⟨10.1111/jeb.13677⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- L’informatique les pieds sur Terre
- auteur
- Eric Tannier
- article
- Interstices, 2020
- Accès au bibtex
-
- titre
- Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
- auteur
- Nicolas Comte, Benoît Morel, Damir Hasic, Laurent Guéguen, Bastien Boussau, Vincent Daubin, Simon Penel, Celine Scornavacca, Manolo Gouy, Alexandros Stamatakis, Eric Tannier, David P. Parsons
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (18), pp.4822-4824. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa615⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phenotypic noise and the cost of complexity
- auteur
- Charles Rocabert, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Samuel Bernard
- article
- Evolution – International Journal of Organic Evolution, 2020, ⟨10.1111/evo.14083⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities
- auteur
- Joel Lehman, Jeff Clune, Dusan Misevic, Christoph Adami, Julie Beaulieu, Peter J. Bentley, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, David M. Bryson, Nick Cheney, Antoine Cully, Stéphane Doncieux, Fred C. Dyer, Kai Olav Ellefsen, Robert Feldt, Stephan Fischer, Stephanie Forrest, Antoine Frenoy, Christian Gagneé, Leni Le Goff, Laura M. Grabowski, Babak Hodjat, Laurent Keller, Carole Knibbe, Peter Krcah, Richard E. Lenski, Hod Lipson, Robert Maccurdy, Carlos Maestre, Risto Miikkulainen, Sara Mitri, David E. Moriarty, Jean-Baptiste Mouret, Anh Duc Nguyen, Charles Ofria, Marc Parizeau, David Parsons, Robert T. Pennock, William F. Punch, Thomas S. Ray, Marc Schoenauer, Eric Shulte, Karl Sims, Kenneth O. Stanley, Francois Taddei, Danesh Tarapore, Simon Thibault, Westley Weimer, Richard Watson, Jason Yosinksi
- article
- Artificial Life, 2020, 26 (2), pp.274-306. ⟨10.1162/artl_a_00319⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Human milk pasteurisation reduces pre-lipolysis but not digestive lipolysis and moderately decreases intestinal lipid uptake in a combination of preterm infant in vitro models
- auteur
- Marine Vincent, Olivia Ménard, Julie Etienne, Jordane Ossemond, Annie Durand, Rachel Buffin, Emmanuelle Loizon, Emmanuelle Meugnier, Amélie Deglaire, Didier Dupont, Jean-Charles Picaud, Carole Knibbe, Marie-Caroline Michalski, Armelle Penhoat
- article
- Food Chemistry, 2020, 329, pp.126927. ⟨10.1016/j.foodchem.2020.126927⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The complexity ratchet: Stronger than selection, stronger than evolvability, weaker than robustness
- auteur
- Vincent F Liard, David P. Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Guillaume Beslon
- article
- Artificial Life, 2020, 26 (1), pp.38-57. ⟨10.1162/artl_a_00312⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Computational Model of Interactions Between Neuronal and Astrocytic Networks: The Role of Astrocytes in the Stability of the Neuronal Firing Rate
- auteur
- Kerstin Lenk, Eero Satuvuori, Jules Lallouette, Antonio Ladrón-De-Guevara, Hugues Berry, Jari a K Hyttinen
- article
- Frontiers in Computational Neuroscience, 2020, 13, pp.1-19. ⟨10.3389/fncom.2019.00092⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Impact of vegetable lecithin on lipid metabolism and the bioavailability of alpha-linolenic acid in rodents
- auteur
- Chloé Robert, Charline Buisson, Leslie Couedelo, Carole Knibbe, Emmanuelle Meugnier, Emmanuelle Loizon, Laurence Fonseca, Fabienne Laugerette, Carole Vaysse, Marie-Caroline Michalski
- article
- Journal of the American Oil Chemists’ Society, 2020, 97, pp.66-66
- Accès au bibtex
-
- titre
- Anomalous Subdiffusion in Living Cells: Bridging the Gap Between Experiments and Realistic Models Through Collaborative Challenges
- auteur
- Maxime Woringer, Ignacio Izeddin, Cyril Favard, Hugues Berry
- article
- Frontiers in Physics, 2020, 8, pp.134. ⟨10.3389/fphy.2020.00134⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evolutionary Subspace Clustering Using Variable Genome Length
- auteur
- Sergio Peignier, Christophe Rigotti, Guillaume Beslon
- article
- Computational Intelligence, 2020, 36 (2), pp.574-612. ⟨10.1111/coin.12254⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Scientific blog post
- titre
- La fin d’un tout petit monde
- auteur
- Eric Tannier
- article
- 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- P-Aevol: an OpenMP Parallelization of a Biological Evolution Simulator, Through Decomposition in Multiple Loops
- auteur
- Laurent Turpin, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Thierry Gautier, Christian Pérez
- article
- 16th International Workshop on OpenMP, Sep 2020, Austin, United States. pp.52-66, ⟨10.1007/978-3-030-58144-2_4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Ancestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics
- auteur
- Eric Tannier, Adelme Bazin, Adrián Davín, Laurent Guéguen, Sèverine Bérard, Cedric Chauve
- article
- Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas. Phylogenetics in the Genomic Era, No commercial publisher | Authors open access book, pp.2.5:1–2.5:19, 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Le trafic des triglycérides au travers de l’entérocyte : une vision mosaïque pour la modélisation mathématique
- auteur
- Julie Etienne, Armelle Penhoat, Hugues Berry, Marie-Caroline Michalski, Carole Knibbe
- article
- JFN 2020 – Journées Francophones de Nutrition, Nov 2020, En ligne, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Homogeneous triacylglycerol tracers can impact fat crystallization and its lipolysis rate under simulated physiological conditions
- auteur
- Sabine Danthine, Cécile Vors, Annie Durand, Frédéric Carrière, Carole Knibbe, Marion Létisse, Marie-Caroline Michalski
- article
- Virtual 2020 AOCS Annual Meeting and Expo, Jun 2020, Montréal, Canada
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Piecewise estimation of R0 by a simple SEIR model. Application to COVID-19 in French regions and departments until June 30, 2020
- auteur
- Stéphane Derrode, Romain Gauchon, Nicolas Ponthus, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Vitaly Volpert, Stéphane Loisel, Jean-Pierre Bertoglio, Pascal Roy
- article
- [Research Report] LIRIS UMR CNRS 5205; Ecole centrale de lyon; INSA LYON; Université Lyon 1 – Claude Bernard. 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Origine évolutive de la complexité des systèmes biologiques : Une étude par évolution expérimentale in silico
- auteur
- Vincent Liard
- article
- Sciences agricoles. Université de Lyon, 2020. Français. ⟨NNT : 2020LYSEI085⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2019
Journal articles
- titre
- Simulation of calcium signaling in fine astrocytic processes: effect of spatial properties on spontaneous activity
- auteur
- Audrey Denizot, Misa Arizono, Valentin U Nägerl, Hédi Soula, Hugues Berry
- article
- PLoS Computational Biology, 2019, 15 (8, e1006795), pp.1-33. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006795⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Thirst for Intention? Grasping a Glass Is a Thirst-Controlled Action
- auteur
- Patrice Revol, Sarah Collette, Zoe Boulot, Alexandre Foncelle, Chiharu Niki, David Thura, Akila Imai, Sophie Jacquin-Courtois, Michel Cabanac, François Osiurak, Yves Rossetti
- article
- Frontiers in Psychology, 2019, 10, pp.1-11. ⟨10.3389/fpsyg.2019.01248⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Water restriction influences intra-pair vocal behavior and the acoustic structure of vocalisations in the opportunistically breeding zebra finch (Taeniopygia guttata)
- auteur
- Nora H. Prior, Marie S.A. Fernandez, Hédi A. Soula, Clémentine Vignal
- article
- Behavioural Processes, 2019, 162, pp.147 – 156. ⟨10.1016/j.beproc.2019.02.007⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BDNF controls bidirectional endocannabinoid-plasticity at corticostriatal synapses
- auteur
- Giuseppe Gangarossa, Sylvie Perez, Yulia Dembitskaya, Ilya Prokin, Hugues Berry, Laurent Venance
- article
- Cerebral Cortex, 2019, bhz081, pp.1-18. ⟨10.1093/cercor/bhz081⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evolution of the Drosophila melanogaster Chromatin Landscape and Its Associated Proteins
- auteur
- Elise Parey, Anton Crombach
- article
- Genome Biology and Evolution, 2019, 11 (3), pp.660-677. ⟨10.1093/gbe/evz019⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Ranking evolution maps for Satellite Image Time Series exploration: application to crustal deformation and environmental monitoring
- auteur
- Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Tuan Nguyen, Felicity Lodge, Lionel Gueguen, Rémi Andréoli, Marie-Pierre Doin, Mihai Datcu
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2019, 33 (1), pp.131-167. ⟨10.1007/s10618-018-0591-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Zombi: A phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages
- auteur
- Adrian A Davin, Theo Tricou, Eric Tannier, Damien M. de Vienne, Gergely J Szöllosi
- article
- Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz710⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Introduction to the ECAL 2017 Special Issue
- auteur
- Carole Knibbe, Guillaume Beslon, Dusan Misevic
- article
- Artificial Life, 2019, 25 (4), pp.313-314. ⟨10.1162/artl_a_00298⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Quand les branches de l’arbre du vivant s’entremêlent
- auteur
- Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin
- article
- Pour la science, 2019, ⟨10.3917/pls.506.0056⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Adapting the engine to the fuel: mutator populations can reduce the mutational load by reorganizing their genome structure
- auteur
- Jacob Pieter Rutten, Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2019, 19 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s12862-019-1507-z⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Gene tree species tree reconciliation with gene conversion
- auteur
- Damir Hasic, Eric Tannier
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (6), pp.1981-2014. ⟨10.1007/s00285-019-01331-w⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Gene tree reconciliation including transfers with replacement is NP-hard and FPT
- auteur
- Damir Hasic, Eric Tannier
- article
- Journal of Combinatorial Optimization, 2019, 38 (2), pp.502-544. ⟨10.1007/s10878-019-00396-z⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Homogeneous triacylglycerol tracers have an impact on the thermal and structural properties of dietary fat and its lipolysis rate under simulated physiological conditions
- auteur
- Sabine Danthine, Cécile Vors, Damien Agopian, Annie Durand, Romain Guyon, Frédéric Carrière, Carole Knibbe, Marion Létisse, Marie-Caroline Michalski
- article
- Chemistry and Physics of Lipids, 2019, 225, ⟨10.1016/j.chemphyslip.2019.104815⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Scoring Message Stream Anomalies in Railway Communication Systems
- auteur
- Lucas Foulon, Serge Fenet, Christophe Rigotti, Denis Jouvin
- article
- LMID 2019 – IEEE Workshop on Learning and Mining with Industrial Data, Nov 2019, Beijing, China. pp.1-8, ⟨10.1109/ICDMW.2019.00114⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A pattern-based mining system for exploring Displacement Field Time Series
- auteur
- Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Noel Gourmelen, Emmanuel Trouvé
- article
- 19th IEEE International Conference on Data Mining (ICDM) Demo, Nov 2019, Beijing, China. pp.1110-1113, ⟨10.1109/ICDMW.2019.00165⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Data Standards for Artificial Life Software
- auteur
- Alexander Lalejini, Emily Dolson, Clifford Bohm, Austin J Ferguson, David P. Parsons, Penelope Faulkner Rainford, Paul Richmond, Charles Ofria
- article
- ALIFE 2019 – Conference on Artificial Life, Jul 2019, Newcastle, United Kingdom. pp.507-514, ⟨10.1162/isal_a_00213⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- How to reduce a genome? ALife as a tool to teach the scientific method to school pupils
- auteur
- Quentin Carde, Marco Foley, Carole Knibbe, David P. Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Guillaume Beslon
- article
- ALIFE 2019 – Conference on Artificial Life, Jul 2019, Newcastle, United Kingdom. pp.497-504, ⟨10.1162/isal_a_00211⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Approximation du score CFOF de détection d’anomalie dans un arbre d’indexation iSAX : Application au contexte SI de la SNCF
- auteur
- Lucas Foulon, Christophe Rigotti, Serge Fenet, Denis Jouvin
- article
- EGC 2019 – 19ème Conférence francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2019, Metz, France. pp.1-12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- A Neuron-Glial Perspective for Computational Neuroscience
- auteur
- Maurizio de Pittà, Hugues Berry
- article
- Maurizio de Pittà; Hugues Berry. Computational Glioscience, Spinger, pp.3-35, 2019, Springer Series in Computational Neuroscience, 978-3-030-00817-8. ⟨10.1007/978-3-030-00817-8_1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- G protein-coupled receptor-mediated calcium signaling in astrocytes
- auteur
- Maurizio de Pittà, Eshel Ben-Jacob, Hugues Berry
- article
- Maurizio De Pittà; Hugues Berry. Computational Glioscience, Springer, pp.115-150, 2019, Springer Series in Computational Neuroscience, 978-3-030-00817-8. ⟨10.1007/978-3-030-00817-8_5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling Neuron–Glia Interactions with the Brian 2 Simulator
- auteur
- Marcel Stimberg, Dan F M Goodman, Romain Brette, Maurizio de Pittà
- article
- Maurizio De Pittà; Hugues Berry. Computational Glioscience, pp.471-505, 2019, 978-3-030-00817-8. ⟨10.1007/978-3-030-00817-8_18⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Astrocyte networks and intercellular calcium propagation
- auteur
- Jules Lallouette, Maurizio de Pittà, Hugues Berry
- article
- Maurizio De Pittà; Hugues Berry. Computational Glioscience, pp.177-210, 2019, Springer Series in Computational Neuroscience, 978-3-030-00817-8. ⟨10.1007/978-3-030-00817-8_7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Intracellular Ca 2+ Dynamics in Astrocytes: Modeling the Underlying Spatiotemporal Diversity
- auteur
- Audrey Denizot, Hugues Berry, Sharmila Venugopal
- article
- Encyclopedia of Computational Neuroscience, pp.1-19, In press
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Computational Glioscience
- auteur
- Maurizio de Pittà, Hugues Berry
- article
- Springer, pp.1-505, 2019, Springer Series in Computational Neuroscience, 978-3-030-00817-8. ⟨10.1007/978-3-030-00817-8⟩
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Phenotypic Noise and the Cost of Complexity
- auteur
- Charles Rocabert, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Samuel Bernard
- article
- EvoLyon 2019, Nov 2019, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Detecting Anomalies over Message Streams in Railway Communication Systems
- auteur
- Lucas Foulon, Serge Fenet, Christophe Rigotti, Denis Jouvin
- article
- AALTD@ECML/PKDD 2019 – 4th Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data. Poster, Sep 2019, Wurzburg, Germany. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Sciences, Environnements et Sociétés
- auteur
- Françoise Berthoud, Pascal Guitton, Laurent Lefèvre, Sophie Quinton, Antoine Rousseau, Jacques Sainte-Marie, Céline Serrano, Jean-Bernard Stefani, Peter Sturm, Eric Tannier
- article
- [0] Inria. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Simulating calcium signaling in fine astrocytic processes
- auteur
- Audrey Denizot
- article
- Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2019. English. ⟨NNT : 2019LYSEI093⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- A pattern-based method for handling confidence measures while mining satellite displacement field time series. Application to Greenland ice sheet and Alpine glaciers
- auteur
- Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Emmanuel Trouvé, Noel Gourmelen, Jean-Louis Mugnier
- article
- IEEE Journal of Selected Topics in Applied Earth Observations and Remote Sensing, 2018, 11 (11), pp.4390 – 4402. ⟨10.1109/JSTARS.2018.2874499⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dopamine-endocannabinoid interactions mediate spike-timing dependent potentiation in the striatum
- auteur
- Hao Xu, Sylvie Perez, Amandine Cornil, Bérangère Detraux, Ilya Prokin, Yihui Cui, Bertrand Degos, Hugues Berry, Alban de Kerchove d’Exaerde, Laurent Venance
- article
- Nature Communications, 2018, 9, pp.4118. ⟨10.1038/s41467-018-06409-5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In vitro oxidized HDL and HDL from type 2 diabetes patients have reduced ability to efflux oxysterols from THP-1 macrophages
- auteur
- Yinan Chen, Maud Arnal-Levron, Françoise Hullin-Matsuda, Carole Knibbe, Philippe Moulin, Céline Luquain-Costaz, Isabelle Delton-Vandenbroucke
- article
- Biochimie, 2018, 153, pp.232-237. ⟨10.1016/j.biochi.2018.04.018⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modulation of spike-timing dependent plasticity: towards the inclusion of a third factor in computational models
- auteur
- Alexandre Foncelle, Alexandre Mendes, Joanna Jedrzejewska-Szmek, Silvana Valtcheva, Hugues Berry, Kim T. Blackwell, Laurent Venance
- article
- Frontiers in Computational Neuroscience, 2018, 12, pp.49. ⟨10.3389/fncom.2018.00049⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Robustness of STDP to spike timing jitter
- auteur
- Yihui Cui, Ilya Prokin, Alexandre Mendes, Hugues Berry, Laurent Venance
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.8139:1-15. ⟨10.1038/s41598-018-26436-y⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- ASaiM: a Galaxy-based framework to analyze microbiota data
- auteur
- Bérénice Batut, Kevin Gravouil, Clemence Defois, Saskia Hiltemann, Jean-François Brugère, Eric Peyretaillade, Pierre Peyret
- article
- GigaScience, 2018, 7 (6), pp.1-7. ⟨10.1093/gigascience/giy057⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees
- auteur
- Wandrille Duchemin, Guillaume Gence, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Lars Arvestad, Mukul Bansal, Vincent Berry, Bastien Boussau, François Chevenet, Nicolas Comte, Adrián Davín, Christophe Dessimoz, David Dylus, Damir Hasic, Diego Mallo, Rémi Planel, David Posada, Celine Scornavacca, Gergely Szöllősi, Louxin Zhang, Eric Tannier, Vincent Daubin
- article
- Bioinformatics, 2018, 34 (21), pp.3646-3652. ⟨10.1093/bioinformatics/bty389⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Gene transfers can date the tree of life
- auteur
- Adrián Davín, Eric Tannier, Tom A Williams, Bastien Boussau, Vincent Daubin, Gergely Szöllősi
- article
- Nature Ecology & Evolution, 2018, 2 (5), pp.904-909. ⟨10.1038/s41559-018-0525-3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes
- auteur
- Yoann Anselmetti, Wandrille Duchemin, Eric Tannier, Cedric Chauve, Sèverine Bérard
- article
- BMC Genomics, 2018, 19 (S2), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-4466-7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Progress and Prospects in Gender Visibility at SMBE Annual Meetings
- auteur
- Jos Käfer, Andrea Betancourt, Avelyne S. Villain, Marie Fernandez, Clémentine Vignal, Gabriel Marais, Maud Tenaillon
- article
- Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (3), pp.901-908. ⟨10.1093/gbe/evy056⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Souvenirs from ECAL 2017: create, play, experiment, discover – revealing the experimental power of virtual worlds
- auteur
- Carole Knibbe
- article
- Adaptive Behavior, 2018, 26 (1), pp.37-40
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A damped oscillator imposes temporal order on posterior gap gene expression in Drosophila
- auteur
- Berta Verd, Erik Clark, Karl Wotton, Hilde Janssens, Eva Jiménez-Guri, Anton Crombach, Johannes Jaeger
- article
- PLoS Biology, 2018, 16 (2), pp.24. ⟨10.1371/journal.pbio.2003174⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Astroglial-Kir4.1 in Lateral Habenula Drives Neuronal Bursts to Mediate Depression
- auteur
- Yihui Cui, Yan Yang, Zheyi Ni, Yiyan Dong, Guohong Cai, Alexandre Foncelle, Shuangshuang Ma, Kangning Sang, Siyang Tang, Yuezhou Li, Ying Shen, Hugues Berry, Shengxi Wu, Hailan Hu
- article
- Nature, 2018, 554, pp.323-327. ⟨10.1038/nature25752⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- From in silico astrocyte cell models to neuron-astrocyte network models: A review
- auteur
- Franziska Oschmann, Hugues Berry, Klaus Obermayer, Kerstin Lenk
- article
- Brain Research Bulletin, 2018, 136, pp.76-84. ⟨10.1016/j.brainresbull.2017.01.027⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Monitoring gap junctional communication in astrocytes from acute adult mouse brain slices using the gap-FRAP technique
- auteur
- Chenju Yi, Jérémy Theillon, Annette Koulakoff, Hugues Berry, Christian Giaume
- article
- Journal of Neuroscience Methods, 2018, 303, pp.103-113. ⟨10.1016/j.jneumeth.2018.03.005⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Evolving Living Technologies-Insights from the EvoEvo project
- auteur
- Guillaume Beslon, Santiago F Elena, Paulien Hogeweg, Dominique Schneider, Susan Stepney
- article
- SSBSE 2018 – 10th Symposium on Search-Based Software Engineering, Sep 2018, Montpellier, France. pp.46-62, ⟨10.1007/978-3-319-99241-9_2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Complexity Ratchet: Stronger than selection, weaker than robustness
- auteur
- Vincent F Liard, David P. Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Guillaume Beslon
- article
- ALIFE 2018 – the 2018 conference on artificial Life, Jul 2018, Tokyo, Japan. pp.1-8, ⟨10.1162/isal_a_00051⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finding Complementary and Reliable Patterns in Displacement Field Time Series of Alpine Glaciers
- auteur
- Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Emmanuel Trouvé, Jean-Louis Mugnier
- article
- IGARSS 2018 – IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2018, Valencia, Spain. pp.4213-4216
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Weight-based search to find clusters around medians in subspaces
- auteur
- Sergio Peignier, Christophe Rigotti, Anthony Rossi, Guillaume Beslon
- article
- SAC 2018 – ACM Symposium On Applied Computing, Apr 2018, Pau, France. pp.1-10
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Théorie des codes – 3e édition
- auteur
- Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette
- article
- Dunod, pp.416, 2018, 9782100781096
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- In silico experimental evolution shows that complexity can rise even in simple environments
- auteur
- Guillaume Beslon, Vincent F Liard, David P. Parsons, Jonathan Rouzaud-Cornabas
- article
- ICSB 2018 – 19th International Conference on Systems Biology, Oct 2018, Lyon, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Jump then Climb: can rearrangements predict the occurrence of mutational bursts?
- auteur
- Guillaume Beslon, Vincent F Liard, Santiago F Elena
- article
- Evolution 2018 – Congress on Evolutionary Biology, Aug 2018, Montpellier, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The complexity ratchet: stronger than selection
- auteur
- Vincent F Liard, Jonathan Rouzaud-Cornabas, David P. Parsons, Guillaume Beslon
- article
- Beacon congress 2018, Aug 2018, east-lansing, United States. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Data-driven computational modelling for some of the implications of dopamine in the brain : From subcellular signalling to area networks
- auteur
- Alexandre Foncelle
- article
- Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2018. English. ⟨NNT : 2018LYSEI028⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- Evolving Instrument Based on Symbiont-Host Metaphor: a Commensal Computation
- auteur
- Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
- article
- Journal of Creative Music Systems, 2017, 2 (1), pp.1-10. ⟨10.5920/JCMS.2017.11⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Appraisal of unimodal cues during agonistic interactions in Maylandia zebra
- auteur
- Laura Chabrolles, Imen Ben Ammar, Marie S. A. Fernandez, Nicolas Boyer, Joël Attia, Paulo J Fonseca, M Clara P Amorim, Marilyn Beauchaud
- article
- PeerJ, 2017, 5 (e3643), ⟨10.7717/peerj.3643⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Isee-resistance : using in silico experimental evolution to sensitize providers on antibiotic resistance
- auteur
- Guillaume Beslon, Dominique Schneider
- article
- Antimicrobial Resistance and Infection Control, 2017, Abstracts from the 4th International Conference on Prevention & Infection Control (ICPIC 2017), 6(Suppl 3) (52), pp.2
- Accès au bibtex
-
- titre
- Beware batch culture: Seasonality and niche construction predicted to favor bacterial adaptive diversification
- auteur
- Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider, Guillaume Beslon
- article
- PLoS Computational Biology, 2017, 13 (3), e1005459 (32 p.). ⟨10.1371/journal.pcbi.1005459.s006⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Impact of group size and social composition on group vocal activity and acoustic network in a social songbird
- auteur
- Marie S.A. Fernandez, Clémentine Vignal, Hédi Soula
- article
- Animal Behaviour, 2017, 127, pp.163-178. ⟨10.1016/j.anbehav.2017.03.013⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes
- auteur
- Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, 16 (11 p.). ⟨10.1186/s13015-017-0107-y⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Resolution and reconciliation of non-binary gene trees with transfers, duplications and losses
- auteur
- Edwin Jacox, Mathias Weller, Eric Tannier, Celine Scornavacca
- article
- Bioinformatics, 2017, 33 (7), pp.980-987. ⟨10.1093/bioinformatics/btw778⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
- auteur
- Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. ⟨10.1093/gbe/evx069⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- 3D Geomodelling Contribution to the Mapping of Gravitational Hazards on the Hill of Croix-Rousse
- auteur
- Elodie Scholastique, Catherine Pothier, Louis Vinet, Christophe Rigotti, Nicole Bouillod
- article
- Journées Aléas Gravitaires (JAG), Oct 2017, Besançon, France. pp.1-4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A 4-base model for the Aevol in-silico experimental evolution platform
- auteur
- Vincent Liard, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Nicolas Comte, Guillaume Beslon
- article
- European Conference on Artificial Life, Sep 2017, Villeurbanne, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Environmental seasonality drives digital populations towards stable cross-feeding
- auteur
- Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider, Guillaume Beslon
- article
- European Conference on Artificial Life (ECAL), Sep 2017, Villeurbanne, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoMove: Evolutionary-based living musical companion
- auteur
- Sergio Peignier, Jonas Abernot, Christophe Rigotti, Guillaume Beslon
- article
- European Conference on Artificial Life (ECAL), Sep 2017, Villeurbanne, France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Handling coherence measures of displacement field time series: Application to Greenland ice sheet glaciers
- auteur
- Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Emmanuel Trouvé, Noel Gourmelen
- article
- 9th International Workshop on the Analysis of Multitemporal Remote Sensing Images (MultiTemp), Jun 2017, Brugge, Belgium. pp.1-4, ⟨10.1109/Multi-Temp.2017.8035228⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Aevol-4b: Toward a new simulation platform to benchmark phylogenetic tools
- auteur
- Nicolas Comte, Vincent Liard, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- ALPHY (ALignments and PHYlogeny), Feb 2017, Villeurbanne, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization
- auteur
- Yoann Anselmetti, Nina Luhmann, Sèverine Bérard, Eric Tannier, Cedric Chauve
- article
- Comparative Genomics: Methods and Protocols, pp.343 – 362, 2017, ⟨10.1007/978-1-4939-7463-4_13⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Satellite Image Time Series: mathematical models for data mining and missing data restoration
- auteur
- Nicolas Méger, Edoardo Pasolli, Christophe Rigotti, Emmanuel Trouvé, Farid Melgani
- article
- Gabriele Moser; Josiane Zerubia. Mathematical Models for Remote Sensing Image Processing, Springer International Publishing, pp.357-398, 2017, 978-3-319-66330-2. ⟨10.1007/978-3-319-66330-2⟩
- Accès au bibtex
-
Other publications
- titre
- MaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers
- auteur
- Cédric Chauve, Akbar A Rafiey, Adrian A Davin, Celine Scornavacca, Philippe Veber, Bastien Boussau, Gergely J Szollosi, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- 2017, ⟨10.1101/127548⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Testing evolution predictability using the aevol software
- auteur
- Guillaume Beslon, Vincent F Liard, Santiago F Elena
- article
- 16th international meeting of the European Society of Evolutionary Biology (ESEB 2017) , Aug 2017, Groningen, Netherlands. 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Phylogeny of dependencies and dependencies of phylogenies in genes and genomes
- auteur
- Wandrille Duchemin
- article
- Molecular biology. Université de Lyon, 2017. English. ⟨NNT : 2017LYSE1264⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Studying the evolution of bacterial micro-organisms by modeling and numerical simulation approaches
- auteur
- Charles Rocabert
- article
- Populations and Evolution [q-bio.PE]. Université de Lyon, 2017. English. ⟨NNT : 2017LYSEI106⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Asymptotic Analysis of Partial Differential Equations Arising in Biological Processes of Anomalous Diffusion
- auteur
- Álvaro Mateos González
- article
- Analysis of PDEs [math.AP]. Université de Lyon, 2017. English. ⟨NNT : 2017LYSEN069⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- An overview of three pseudospectral methods for the numerical solution of optimal control problems
- auteur
- Divya Garg, Michael Patterson, William Hager, Anil Rao, David R. Benson, Geoffrey T Huntington
- article
- 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- A New Semi-automated Method for Assessing Avian Acoustic Networks Reveals that Juvenile and Adult Zebra Finches Have Separate Calling Networks.
- auteur
- Marie S. A. Fernandez, Hedi Soula, Mylène M. Mariette, Clémentine Vignal
- article
- Frontiers in Psychology, 2016, 7 (1816), ⟨10.3389/fpsyg.2016.01816⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Songbird mates change their call structure and intra-pair communication at the nest in response to environmental noise
- auteur
- Avelyne S. Villain, Marie S. A. Fernandez, Colette Bouchut, Hédi Soula, Clémentine Vignal
- article
- Animal Behaviour, 2016, 116, pp.113-129. ⟨10.1016/j.anbehav.2016.03.009⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Defining and simulating open-ended novelty: requirements, guidelines, and challenges.
- auteur
- Wolfgang Banzhaf, Bert Baumgaertner, Guillaume Beslon, René Doursat, James A Foster, Barry Mcmullin, Vinicius Veloso de Melo, Thomas Miconi, Lee Spector, Susan Stepney, Roger White
- article
- Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, 2016, ⟨10.1007/s12064-016-0229-7⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Endocannabinoid dynamics gate spike-timing dependent depression and potentiation
- auteur
- Yihui Cui, Ilya Prokin, Hao Xu, Bruno Delord, Stéphane Genet, Laurent Venance, Hugues Berry
- article
- eLife, 2016, 5, e13185 (32 p.). ⟨10.7554/eLife.13185⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modulation of Synaptic Plasticity by Glutamatergic Gliotransmission: A Modeling Study
- auteur
- Maurizio de Pittà, Nicolas Brunel
- article
- Neural plasticity, 2016, ⟨10.1155/2016/7607924⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Francisella IglG protein and the DUF4280 proteins: PAAR-like proteins in non-canonical Type VI secretion systems?
- auteur
- Claire Lays, Eric Tannier, Thomas Henry
- article
- Microbial Cell , 2016, 3 (11), pp.576-578. ⟨10.15698/mic2016.11.543⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Efficient gene tree correction guided by genome evolution
- auteur
- Emmanuel Noutahi, Magali Semeria, Manuel Lafond, Jonathan Seguin, Bastien Boussau, Laurent Guéguen, Nadia El-Mabrouk, Eric Tannier
- article
- PLoS ONE, 2016, 11 (8), e0159559 (22 p.). ⟨10.1371/journal.pone.0159559⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space
- auteur
- Laurent Bulteau, Guillaume Fertin, Eric Tannier
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (Suppl 14), 426 (7 p.). ⟨10.1186/s12859-016-1264-6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Quantitative convergence towards a self similar profile in an age-structured renewal equation for subdiffusion
- auteur
- Hugues Berry, Thomas Lepoutre, Álvaro Mateos González
- article
- Acta Applicandae Mathematicae, 2016, 145, pp.15-45
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation
- auteur
- Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe, Eric Tannier
- article
- Genome Biology and Evolution, 2016, 8 (5), pp.1427-1439. ⟨10.1093/gbe/evw083⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Open-Ended Evolution: Perspectives from the OEE Workshop in York
- auteur
- Tim Taylor, Mark Bedau, Alastair Channon, David Ackley, Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Emily Dolson, Tom Froese, Simon Hickinbotham, Takashi Ikegami, Barry Mcmullin, Norman Packard, Steen Rasmussen, Virgo Nathaniel, Eran Agmon, Clark Edward, Simon Mcgregor, Charles Ofria, Glen Ropella, Lee Spector, Kenneth O. Stanley, Adam Stanton, Christopher Timperley, Anya Vostinar, Michael Wiser
- article
- Artificial Life, 2016, 22 (3), pp.408-423. ⟨10.1162/ARTL_a_00210⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Astrocytes: Orchestrating Synaptic Plasticity?
- auteur
- Maurizio de Pittà, Nicolas Brunel, Andrea Volterra
- article
- Neuroscience, 2016, 323, pp.43-61. ⟨10.1016/j.neuroscience.2015.04.001⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Open-Endedness: Definitions and Shortcuts
- auteur
- Susan Stepney, Guillaume Beslon
- article
- 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evolvability drives innovation in viral genomes
- auteur
- Guillaume Beslon, Vincent F Liard, Santiago F Elena
- article
- 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evolution of mutator populations in constant environments
- auteur
- Jacob Pieter Rutten, Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
- article
- 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification
- auteur
- Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider, Guillaume Beslon
- article
- 2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SITS-P2miner: Pattern-Based Mining of Satellite Image Time Series
- auteur
- Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Rémi Andréoli
- article
- European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML-PKDD) Demo, Sep 2016, Riva del Garda, Italy. pp.63-66, ⟨10.1007/978-3-319-46131-1_14⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- MoRIS: Model of Routes of Invasive Spread. Human-mediated dispersal, road network and invasion parameters
- auteur
- Jérôme Gippet, Serge Fenet, Adeline Dumet, Bernard Kaufmann, Charles Rocabert
- article
- 5th International Conference on Ecology and Transportation: Integrating Transport Infrastructures with Living Landscapes, Aug 2016, Lyon, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Suivi de l’érosion par imagerie satellite et fouille de données spatio-temporelles
- auteur
- Catherine Pothier, Rémi Andréoli, Nicolas Méger, Christophe Rigotti
- article
- Journées Nationales de Géotechnique et de Géologie de l’Ingénieur, Jul 2016, Nancy, France. pp.1-8
- Accès au bibtex
-
- titre
- In Silico Experimental Evolution suggests a complex intertwining of selection, robustness and drift in the evolution of genetic networks complexity
- auteur
- Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Guillaume Beslon
- article
- Artificial Life, Jul 2016, Cancun, Mexico
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics
- auteur
- Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
- article
- Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. pp.79-82
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparative Genomics on Artificial Life
- auteur
- Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon, Eric Tannier
- article
- Computability in Europe, Jun 2016, Paris, France. pp.35-44
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Commensal Architecture for Evolving Living Instruments
- auteur
- Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
- article
- Conference on Computer Simulation of Musical Creativity, Jun 2016, Huddersfield, United Kingdom. pp.1-8
- Accès au bibtex
-
- titre
- Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
- auteur
- Vincent J. Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent V. Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra S. Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois J.-F. Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
- article
- IC2016 – Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Grouped frequent sequential patterns derived from terrestrial image time series tomonitor landslide behaviour – Application to the dynamics of the Sanières/Roche Plombée rockslide.
- auteur
- Youen Pericault, Catherine Pothier, Nicolas Méger, Emmanuel Trouvé, Flavien Vernier, Christophe Rigotti, Jean-Philippe Malet
- article
- Geophysical Research Abstracts – EGU General Assembly 2016, Apr 2016, Vienna, Austria. pp.1-1
- Accès au bibtex
-
- titre
- Genome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions
- auteur
- Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier
- article
- WABI 2016, 2016, Aarhus, Denmark. pp.162-173
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dating with transfers
- auteur
- Adrián Davín, Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l’assemblage de génomes actuels
- auteur
- Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, Sèverine Bérard
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Nucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all
- auteur
- Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Ancestral Reconstruction: Theory and Practice
- auteur
- Mathieu Groussin, Vincent Daubin, Eric Tannier, Manolo Gouy
- article
- Richard M. Kliman. Encyclopedia of Evolutionary Biology, Elsevier, pp.70-77, 2016, ⟨10.1016/B978-0-12-800049-6.00166-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence)
- auteur
- Eric Tannier
- article
- Kao, Ming-Yang. Encyclopedia of Algorithms, Springer, pp.2028-2032, 2016, 978-1-4939-2863-7
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Unexpected genome inflation and streamlining in variable environments
- auteur
- Bérénice Batut, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
- article
- Journées ouvertes de Biologie Informatique & Mathématiques 2016, Jun 2016, Lyon, France. pp.320-322, 2016
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- EvoEvo Deliverable 6.8
- auteur
- Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Santiago F. Elena, Dominique Schneider, Paulien Hogeweg, Susan Stepney, Christophe Rigotti
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 5.2
- auteur
- Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 3.4
- auteur
- Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon, Susan Stepney
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 1.5
- auteur
- Dominique Schneider, Guillaume Beslon, José-Luis Carrasco, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet, A. Willemsen
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 3.3
- auteur
- Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 3.2
- auteur
- Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 1.6
- auteur
- Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 5.1
- auteur
- Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 3.1
- auteur
- Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 4.3
- auteur
- Susan Stepney, Guillaume Beslon, Tim Hoverd
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 6.6
- auteur
- Guillaume Beslon, Paulien Hogeweg
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 1.2
- auteur
- Santiago F. Elena, Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Otmane Lamrabet
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 1.4
- auteur
- Santiago F. Elena, Guillaume Beslon, Otmane Lamrabet, Dominique Schneider
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 1.3
- auteur
- Santiago F. Elena, Guillaume Beslon, Otmane Lamrabet, Dominique Schneider
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Synaptic plasticity emerging from chemical reactions
- auteur
- Ilya Prokin
- article
- 2016
- Accès au bibtex
-
2015
Journal articles
- titre
- Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells
- auteur
- Ophélie Arnaud, Sam Meyer, Elodie Vallin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
- article
- BMC Molecular Biology, 2015, 16 (20), ⟨10.1186/s12867-015-0048-2⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Crystal orientation mapping via ion channeling: An alternative to EBSD
- auteur
- Cyril Langlois, Thierry Douillard, Hui Yuan, Nicholas P. Blanchard, Armel Descamps-Mandine, Bertrand van de Moortèle, Christophe Rigotti, Thierry Epicier
- article
- Ultramicroscopy, 2015, 157, pp.65-72. ⟨10.1016/j.ultramic.2015.05.023⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A mathematical model of leptin resistance
- auteur
- Marine Jacquier, Hédi A. Soula, Fabien Crauste
- article
- Mathematical Biosciences, 2015, 267, ⟨10.1016/j.mbs.2015.06.008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Suppression of IGF-I signals in neural stem cells enhances neurogenesis and olfactory function during aging
- auteur
- Zayna Chaker, Saba Aïd, Hugues Berry, Martin Holzenberger
- article
- Aging Cell, 2015, pp.847-856. ⟨10.1111/acel.12365⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Predicting pathogen-specific CD8 T cell immune responses from a modeling approach.
- auteur
- Fabien Crauste, Emmanuelle Terry, I Le Mercier, Julien Mafille, Sophie Djebali, Thibault Andrieu, Brigitte Mercier, Gaël Kaneko, C Arpin, Jacqueline Marvel, Olivier Gandrillon
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2015, 374, pp.66-82. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.03.033⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Impact of visual contact on vocal interaction dynamics of pair bonded birds
- auteur
- Emilie C. Perez, Marie S.A. Fernandez, Simon C. Griffith, Clémentine Vignal, Hedi A. Soula
- article
- Animal Behaviour, 2015, 107, pp.125-137. ⟨10.1016/j.anbehav.2015.05.019⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Model of adipose tissue cellularity dynamics during food restriction
- auteur
- Hédi Soula, Alain Geloen, Christophe Soulage
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2015, 364, pp.10. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.08.046⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join
- auteur
- Priscila Biller, Laurent Guéguen, Eric Tannier
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S7. ⟨10.1186/1471-2105-16-S14-S7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Physiological resonance between mates through calls as possible evidence of empathic processes in songbirds
- auteur
- Emilie C. Perez, Julie E. Elie, Ingrid C. A. Boucaud, Thomas Crouchet, Christophe Soulage, Frédéric E. Theunissen, Clémentine Vignal, Hedi A Soula
- article
- Hormones and Behavior, 2015, 75, pp.130–141. ⟨10.1016/j.yhbeh.2015.09.002⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Endocannabinoids mediate bidirectional striatal spike-timing dependent plasticity
- auteur
- Yihui Cui, Vincent Paille, Hao Xu, Stéphane Genet, Bruno Delord, Elodie Fino, Hugues Berry, Laurent Venance
- article
- The Journal of Physiology, 2015, 593 (13), pp.2833-2849. ⟨10.1113/JP270324⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding
- auteur
- Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, Sèverine Bérard
- article
- BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2164-16-S10-S11⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies
- auteur
- Magali Semeria, Eric Tannier, Laurent Guéguen
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-16-S14-S5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi
- auteur
- G.J. Szollosi, Adrián Arellano Davin, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau
- article
- Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), 2015, 370, 20140335 (11 p.). ⟨10.1098/rstb.2014.0335⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Hysteresis of White Adipose Tissue
- auteur
- Alain Geloen, Hédi Soula, Lilas Hadji, Emmanuelle Berger
- article
- Open Journal of Endocrine and Metabolic Diseases, 2015, 5 (10), pp.138
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence
- auteur
- Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S9. ⟨10.1007/978-3-319-19048-8_16⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The inference of gene trees with species trees
- auteur
- Gergely Szöllősi, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau
- article
- Systematic Biology, 2015, Special Issue: Mathematical and Computational Evolutionary Biology (2013), 64 (1), pp.e42-e62. ⟨10.1093/sysbio/syu048⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Karyotype and Gene Order Evolution from ReconstructedExtinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity ofModern Rosid Crops
- auteur
- Florent Murat, Rongzhi R. Zhang, Sébastien Guizard, Haris Gavranovic, Raphael Flores, Delphine Steinbach, Hadi Quesneville, Eric Tannier, Jérôme Salse
- article
- Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.735-749. ⟨10.1093/gbe/evv014⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Hysteresis of White Adipose Tissue
- auteur
- Alain Géloën, Hédi Soula, Lilas Hadji, Emmanuelle Berger
- article
- Open Journal of Endocrine and Metabolic Diseases, 2015, 05 (10), pp.138-147. ⟨10.4236/ojemd.2015.510018⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sequential pattern mining for discovering gene interactions and their contextual information from biomedical texts
- auteur
- Peggy Cellier, Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux, Olivier Gandrillon, Jiri Klema, Jean-Luc Manguin
- article
- Journal of Biomedical Semantics, 2015, 6, pp.1-27. ⟨10.1186/s13326-015-0023-3⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Enforcing Security and Assurance Properties in Cloud Environment
- auteur
- Aline Bousquet, Jérémy Briffaut, Eddy Caron, Eva María Dominguez, Javier Franco, Arnaud Lefray, Oscar López, Saioa Ros, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Christian Toinard, Mikel Uriarte
- article
- 8th IEEE/ACM International Conference on Utility and Cloud Computing (UCC 2015), University of Cyprus, Dec 2015, Limassol, Cyprus
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Crystal Orientation Mapping using ion image series: iCHORD
- auteur
- Cyril Langlois, Thierry Douillard, Hui Yuan, Nicholas P. Blanchard, Armel Descamps-Mandine, Bertrand van de Moortèle, Christophe Rigotti, Thierry Epicier, Sébastien Dubail
- article
- EUROMAT, Sep 2015, Warsaw, Poland
- Accès au bibtex
-
- titre
- Swap Randomization of Bases of Sequences for Mining Satellite Image Time Series
- auteur
- Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier
- article
- European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD), Sep 2015, Porto, Portugal. pp.190-205
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards a Integrated Evolutionary Model to Study Evolution of Evolution
- auteur
- Charles Rocabert, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- EvoEvo Workshop (Satellite workshop of ECAL 2015), Jul 2015, York, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Subspace Clustering for all Seasons
- auteur
- Sergio Peignier, Christophe Rigotti, Guillaume Beslon
- article
- EvoEvo Workshop (satellite workshop of ECAL 2015), Jul 2015, york, United Kingdom. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A swap randomization approach for mining motion field time series over the Argentiere glacier
- auteur
- Youen Pericault, Catherine Pothier, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Flavien Vernier, Ha-Tai Pham, Emmanuel Trouvé
- article
- 2015 8th International Workshop on the Analysis of Multitemporal Remote Sensing Images (Multi-Temp), Jul 2015, Annecy, France. pp.1-4, ⟨10.1109/Multi-Temp.2015.7245757⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Subspace Clustering Using Evolvable Genome Structure
- auteur
- Sergio Peignier, Christophe Rigotti, Guillaume Beslon
- article
- Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO), Jul 2015, Madrid, Spain. pp.575-582
- Accès au bibtex
-
- titre
- Epigenetic inheritance speeds up evolution of artificial organisms
- auteur
- Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Guillaume Beslon
- article
- European Conference on Artificial Life, Jul 2015, York, United Kingdom. ⟨10.7551/978-0-262-33027-5-ch078⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling and evaluating human-mediated dispersal mechanisms at landscape scale: a study of road network and invasion parameters for Lasius neglectus ants invasive species
- auteur
- Jérôme Gippet, Charles Rocabert, Serge Fenet, Adeline Dumet, Bernard Kaufmann
- article
- World Conference on Natural Resource Modeling, Jun 2015, Bordeaux, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Microarchitecture-Aware Virtual Machine Placement under Information Leakage Constraints
- auteur
- Arnaud Lefray, Eddy Caron, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Christian Toinard
- article
- 8th IEEE International Conference on Cloud Computing (IEEE Cloud 2015), http://www.thecloudcomputing.org/2015/, Jun 2015, New-York, United States. pp.588 – 595 ⟨10.1109/CLOUD.2015.84⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Crystal orientation mapping via ion channeling: an alternative to EBSD
- auteur
- Cyril Langlois, Thierry Douillard, Hui Yuan, Nicholas P. Blanchard, Armel Descamps-Mandine, Bertrand van de Moortèle, Christophe Rigotti, Thierry Epicier
- article
- Microscience Microscopy Congress 2015, Jun 2015, Manchester, United Kingdom
- Accès au bibtex
-
- titre
- Control of recurrent neural network dynamics by homeostatic intrinsic plasticity
- auteur
- Bruno Cessac, Jérémie Naudé, Hugues Berry, Bruno Delord
- article
- Workshop on neural population dynamics, Feb 2015, Gif sur Yvette, France
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Foundations of Coding: Compression, Encryption, Error-Correction
- auteur
- Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette
- article
- Wiley, pp.376, 2015, 978-1-118-88144-6
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- EvoEvo Deliverable 6.5
- auteur
- Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Paulien Hogeweg, Dominique Schneider, Susan Stepney
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 2.2
- auteur
- Guillaume Beslon, Charles Rocabert
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 2.8
- auteur
- Guillaume Beslon, Charles Rocabert
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 2.4
- auteur
- Guillaume Beslon, Charles Rocabert
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 2.6
- auteur
- Guillaume Beslon, Charles Rocabert
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 2.7
- auteur
- Guillaume Beslon, Charles Rocabert
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- Reductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum
- auteur
- Bérénice Batut, Carole Knibbe, Gabriel Marais, Vincent Daubin
- article
- Nature Reviews Microbiology, 2014, 12 (12), pp.841-850. ⟨10.1038/nrmicro3331⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Stochastic Fluctuations and Distributed Control of Gene Expression Impact Cellular Memory
- auteur
- Guillaume Corre, Daniel Stockholm, Ophélie Arnaud, Gaël Kaneko, José Viñuelas, Yoshiaki Yamagata, Thi My Anh Neildez-Nguyen, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, András Paldi
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (12), pp.e115574. ⟨10.1371/journal.pone.0115574⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Spatial distributions at equilibrium under heterogeneous transient subdiffusion
- auteur
- Hugues Berry, Hédi Soula
- article
- Frontiers in Physiology, 2014, 5, 437 (8 p.). ⟨10.3389/fphys.2014.00437⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Counting and sampling SCJ small parsimony solutions
- auteur
- István Miklós, Sándor Z. Kiss, Eric Tannier
- article
- Theoretical Computer Science, 2014, 552, pp.83-98. ⟨10.1016/j.tcs.2014.07.027⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Torsion-Mediated Interaction between Adjacent Genes
- auteur
- Sam Meyer, Guillaume Beslon
- article
- PLoS Computational Biology, 2014, 10 (9), pp.e1003785. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003785⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- White Adipose Tissue Resilience to Insulin Deprivation and Replacement
- auteur
- Lilas Hadji, Emmanuelle Berger, Hédi Soula, Hubert Vidal, Alain Geloen
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (8), pp.10. ⟨10.1371/journal.pone.0106214⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finding maximal homogeneous clique sets
- auteur
- Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Marc Plantevit, Olivier Gandrillon
- article
- Knowledge and Information Systems (KAIS), 2014, 39 (3), pp.579-608. ⟨10.1007/s10115-013-0625-y⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Anomalous diffusion due to hindering by mobile obstacles undergoing Brownian motion or Orstein-Ulhenbeck processes
- auteur
- Hugues Berry, Hugues Chaté
- article
- Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, 2014, 89 (2), 022708 (9 p.). ⟨10.1103/PhysRevE.89.022708⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Astrocytic theory of working memory
- auteur
- Maurizio de Pittà, Eshel Ben-Jacob, Hugues Berry
- article
- BMC Neuroscience, 2014, 15 (Suppl 1), P206 (2 p.)
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The topology of astrocyte networks controls the propagation of intercellular calcium waves
- auteur
- Jules Lallouette, Maurizio de Pittà, Eshel Ben-Jacob, Hugues Berry
- article
- BMC Neuroscience, 2014, 15 (Suppl 1), P205 (2 p.)
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Model for Genome Size Evolution
- auteur
- Stephan Fischer, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2014, 76 (9), pp.2249 – 2291. ⟨10.1007/s11538-014-9997-8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sparse short-distance connections enhance calcium wave propagation in a 3D model of astrocyte networks
- auteur
- Jules Lallouette, Maurizio de Pittà, Eshel Ben Jacob, Hugues Berry
- article
- Frontiers in Computational Neuroscience, 2014, 8, 45 (18 p.). ⟨10.3389/fncom.2014.00045⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Glutamate Mediated Astrocytic Filtering of Neuronal Activity
- auteur
- Gilad Wallach, Jules Lallouette, Nitzan Herzog, Maurizio de Pittà, Eshel Ben Jacob, Hugues Berry, Yael Hanein
- article
- PLoS Computational Biology, 2014, 12 (10), e1003964 (19 p.). ⟨10.1371/journal.pcbi.1003964⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A predictive model of the dynamics of body weight and food intake in rats submitted to caloric restrictions.
- auteur
- Marine Jacquier, Fabien Crauste, Christophe Soulage, Hédi A Soula
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (6), pp.e100073. ⟨10.1371/journal.pone.0100073⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Space-induced bifurcation in repression-based transcriptional circuits
- auteur
- Amanda Lo Van, Hédi Soula, Hugues Berry
- article
- BMC Systems Biology, 2014, 8, 125 (14 p.)
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comments to the Editor. Reply to the Comment by V.P. Shkilev on “Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium
- auteur
- Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon, Hugues Berry
- article
- Biophysical Journal, 2014, 106 (11), pp.2544-2546. ⟨10.1016/j.bpj.2014.03.052⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Que peut nous apprendre la dynamique vocale d’un groupe social d’oiseaux chanteurs sur la composition de ce groupe ?
- auteur
- Isabelle George, Hédi Soula, Martine Hausberger, Clémentine Vignal
- article
- Rencontres annuelles du GDR d’Ethologie, GDR CNRS 2822 Ethologie et UMR INRA PRC, Oct 2014, Tours, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- What happened to my genes? Insights on gene family dynamics from digital genetics experiments
- auteur
- Carole Knibbe, David P. Parsons
- article
- ALIFE 14 (14th Intl. Conf. on the Synthesis and Simulation of Living Systems), Jul 2014, New York, NY, United States. pp.33-40, ⟨10.7551/978-0-262-32621-6-ch006⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Iterative Summarization of Satellite Image Time Series
- auteur
- Felicity Lodge, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Marie-Pierre Doin
- article
- IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS 2014), Jul 2014, Québec, Canada. pp.1-4
- Accès au bibtex
-
- titre
- Monitoring of Tectonic Deformation by Mining Satellite Image Time Series
- auteur
- Christophe Rigotti, Felicity Lodge, Nicolas Méger, Catherine Pothier, Romain Jolivet, Cécile Lasserre
- article
- Reconnaissance de Formes et Intelligence Artificielle (RFIA) 2014, Jun 2014, Rouen, France. pp.1-6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improving Users’ Isolation in IaaS: Virtual Machine Placement with Security Constraints
- auteur
- Eddy Caron, Jonathan Rouzaud-Cornabas
- article
- 7th IEEE International Conference on Cloud Computing (IEEE Cloud 2014), Jun 2014, Anchorage, United States. pp.8, ⟨10.1109/CLOUD.2014.19⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Effects of Cellular Homeostatic Intrinsic Plasticity on Dynamical and Computational Properties of Biological Recurrent Neural Networks
- auteur
- Jeremie Naudé, Bruno Cessac, Hugues Berry, Bruno Delord
- article
- LACONEU 2014, Jan 2014, Valparaiso, Chile. 1 page
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- EvoEvo Deliverable 2.3
- auteur
- Guillaume Beslon, Paulien Hogeweg, Carole Knibbe, Charles Rocabert, Susan Stepney
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 6.2
- auteur
- Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Dominique Schneider
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 2.5
- auteur
- Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Charles Rocabert
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 2.1
- auteur
- Guillaume Beslon, Paul Andrews, Carole Knibbe, Charles Rocabert
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 6.1
- auteur
- Guillaume Beslon
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EvoEvo Deliverable 1.1
- auteur
- Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet
- article
- [Research Report] INRIA Grenoble – Rhone-Alpes. 2014
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- L’ADN, mémoire numérique du vivant
- auteur
- Vincent Daubin, Simon Penel, Eric Tannier
- article
- Pour la science, 2013, pp.102-108
- Accès au bibtex
-
- titre
- FPSAC: Fast Phylogenetic Scaffolding of Ancient Contigs
- auteur
- Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve
- article
- Bioinformatics, 2013, 29 (23), pp.2987-2994. ⟨10.1093/bioinformatics/btt527⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modelling adipocytes size distribution
- auteur
- H. A. Soula, H. Julienne, Christophe Soulage, Alain Geloen
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2013, 332, pp.89-95. ⟨10.1016/j.jtbi.2013.04.025⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Efficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees.
- auteur
- Gergely J Szöllosi, Wojciech Rosikiewicz, Bastien Boussau, Eric Tannier, Vincent Daubin
- article
- Systematic Biology, 2013, 62 (6), pp.901-912. ⟨10.1093/sysbio/syt054⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts.
- auteur
- José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Elodie Vallin, Valérie Morin, Camila Mejia-Pous, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
- article
- BMC Biology, 2013, 11 (1), pp.15. ⟨10.1186/1741-7007-11-15⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genome-scale coestimation of species and gene trees.
- auteur
- Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, L. Duret, Manolo Gouy, Eric Tannier, Vincent Daubin
- article
- Genome Research, 2013, 23 (2), pp.323-330. ⟨10.1101/gr.141978.112⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Chronic treatment with myo-inositol reduces white adipose tissue accretion and improves insulin sensitivity in female mice
- auteur
- Marine L Croze, Roxane E Vella, Nicolas J Pillon, Hédi A Soula, Lilas Hadji, Michel Guichardant, Christophe O Soulage
- article
- Journal of Nutritional Biochemistry, 2013, 24 (2), pp.457-66. ⟨10.1016/j.jnutbio.2012.01.008⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Lateral Gene Transfer from the Dead.
- auteur
- Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Nicolas Lartillot, Vincent Daubin
- article
- Systematic Biology, 2013, 62 (3), pp.386-397. ⟨10.1093/sysbio/syt003⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Receptor clustering affects signal transduction at the membrane level in the reaction-limited regime.
- auteur
- Bertrand R Caré, Hédi A Soula
- article
- Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, 2013, 87 (1), pp.012720. ⟨10.1103/PhysRevE.87.012720⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Gene tree correction guided by orthology
- auteur
- Manuel Lafond, Magali Semeria, Krister M. Swenson, Eric Tannier, Nadia El-Mabrouk
- article
- BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S5
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Effects of Cellular Homeostatic Intrinsic Plasticity on Dynamical and Computational Properties of Biological Recurrent Neural Networks.
- auteur
- Jérémie Naudé, Bruno Cessac, Hugues Berry, Bruno Delord
- article
- Journal of Neuroscience, 2013, 33 (38), pp.15032-15043. ⟨10.1523/JNEUROSCI.0870-13.2013⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Localization of protein aggregation in Escherichia coli is governed by diffusion and nucleoid macromolecular crowding effect
- auteur
- Anne-Sophie Coquel, Jean-Pascal Jacob, Maël Primet, Alice Demarez, Mariella Dimiccoli, Thomas Julou, Lionel Moisan, Ariel B. Lindner, Hugues Berry
- article
- PLoS Computational Biology, 2013, 9 (4), e1003038 (14 p.). ⟨10.1371/journal.pcbi.100303⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parameter-less co-clustering for star-structured heterogeneous data
- auteur
- Dino Ienco, Céline Robardet, Ruggero G. Pensa, Rosa Meo
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2013, 26 (2), pp.217-254. ⟨10.1007/s10618-012-0248-z⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In silico experimental evolution: a tool to test evolutionary scenarios
- auteur
- Bérénice Batut, David P. Parsons, Stephan Fischer, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
- article
- BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S11
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Lateral gene transfer, rearrangement, reconciliation
- auteur
- Murray Patterson, Gergely Szöllősi, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium
- auteur
- Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon, Hugues Berry
- article
- Biophysical Journal, 2013, 105 (9), pp.2064-2073. ⟨10.1016/j.bpj.2013.07.023⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- GFS-pattern extraction in satellite image time series: application to the monitoring of Mount Etna
- auteur
- Felicity Lodge, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Lionel Gueguen, Catherine Pothier, Remi Andreoli, Marie-Pierre Doin, Mihai Datcu
- article
- Atelier Mesure de Déformations par Imagerie Spatiale, Oct 2013, Autrans, France. pp.1-1
- Accès au bibtex
-
- titre
- An alife game to teach evolution of antibiotic resistance
- auteur
- Guillaume Beslon, Bérénice Batut, David P. Parsons, Dominique Schneider, Carole Knibbe
- article
- ECAL – 12th European Conference on Artificial Life – 2013, Sep 2013, Taormina, Italy. pp.43-50
- Accès au bibtex
-
- titre
- Endocannabinoids mediate spike-timing dependent potentiation and depression: a model-based experimental approach
- auteur
- Yihui Cui, Vincent Paille, Bruno Delord, Stéphane Genet, Elodie Fino, Laurent Venance, Hugues Berry
- article
- the Twenty Second Annual Computational Neuroscience Meeting: CNS*2013, Jul 2013, Paris, France. O1 (2 p.), ⟨10.1186/1471-2202-14-S1-O1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fouille de données spatio-temporelles appliquée aux séries d’images satellite
- auteur
- Christophe Rigotti, Nicolas Meger, Felicity Lodge, Catherine Pothier
- article
- Cité des Sciences et de l’Industrie – Rencontres du Numérique de l’ANR, Apr 2013, Paris, France
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Modélisation de la diffusion-réaction dans les milieux intracellulaires encombrés
- auteur
- Hugues Berry
- article
- Glade, Nicolas and Stéphanou, Angélique. Le vivant discret et continu, Editions Matériologiques, pp.241-266, 2013, 978-2-919694-24-2
- Accès au bibtex
-
- titre
- L’évolution expérimentale in silico
- auteur
- Carole Knibbe
- article
- Franck Varenne and Marc Silberstein. Modéliser et simuler – Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation – Tome 1, 1, Editions Matériologiques, pp.581-610, 2013, Sciences et Philosophie, 978-2-919694-19-8
- Accès au bibtex
-
- titre
- De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs
- auteur
- Hugues Berry, Guillaume Beslon
- article
- Franck Varenne and Marc Silberstein. Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, 1, Editions Matériologiques, Paris, 2013, 978-2-919694-19-8
- Accès au bibtex
-
- titre
- Duplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later
- auteur
- Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Laurent Gueguen, Magali Semeria, Eric Tannier
- article
- Models and Algorithms for Genome Evolution, 19, Springer, pp.47-62, 2013, Series Computational Molecular Biology, 978-1-4471-5297-2
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Théorie des Codes : compression, cryptage, correction, 2e edition
- auteur
- Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette
- article
- Dunod, pp.384, 2013, Sciences Sup, 9782100599110
- Accès au bibtex
-
- titre
- Models and Algorithms for Genome Evolution
- auteur
- Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Eric Tannier
- article
- Springer, pp.318, 2013, 978-1-4471-5297-2
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Endocannabinoids mediate spike-timing dependent potentiation and depression: a model-based experimental approach
- auteur
- Yihui Cui, Vincent Paille, Bruno Delord, Stéphane Genet, Elodie Fino, Laurent Venance, Hugues Berry
- article
- Twenty Second Annual Computational Neuroscience Meeting : CNS 2013, Jul 2013, Paris, France. 14 (Suppl 1), O1 (1 p.), 2013
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Analyse et modélisation de la stochasticité de l’expression génique dans des cellules eucaryotes
- auteur
- Gaël Kaneko
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. INSA de Lyon, 2013. Français. ⟨NNT : 2013ISAL0099⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- The genome of the medieval Black Death agent (extended abstract)
- auteur
- Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve
- article
- 2013
- Accès au bibtex
-
- titre
- Hypergraph covering problems motivated by genome assembly questions
- auteur
- Cedric Chauve, Murray Patterson, Ashok Rajaraman
- article
- 2013
- Accès au bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.
- auteur
- Gergely J Szöllosi, Bastien Boussau, Sophie S Abby, Eric Tannier, Vincent Daubin
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (43), pp.17513-17518. ⟨10.1073/pnas.1202997109⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies
- auteur
- Sèverine Bérard, Coralie Gallien, Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, Vincent Daubin, Eric Tannier
- article
- Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.i382-i388. ⟨10.1093/bioinformatics/bts374⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- ANGES: reconstructing ANcestral GEnomeS maps.
- auteur
- Bradley R Jones, Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve
- article
- Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.2388-2390. ⟨10.1093/bioinformatics/bts457⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Efficient Spatiotemporal Mining of Satellite Image Time Series for Agricultural Monitoring
- auteur
- Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Emmanuel Trouvé, Romain Jolivet, Philippe Bolon
- article
- Transactions on Machine Learning and Data Mining, 2012, 5 (1), pp.23-44
- Accès au bibtex
-
- titre
- Approximating the number of Double Cut-and-Join scenarios
- auteur
- Istvan Miklos, Eric Tannier
- article
- Theoretical Computer Science, 2012, 439, pp.30-40. ⟨10.1016/j.tcs.2012.03.006⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Chance at the heart of the cell
- auteur
- Olivier Gandrillon, Delphine Kolesnik-Antoine, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon
- article
- Progress in Biophysics and Molecular Biology, 2012, Special Issue: Chance at the heart of the cell, 110 (1), pp.1-4. ⟨10.1016/j.pbiomolbio.2012.05.006⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards experimental manipulation of stochasticity in gene expression.
- auteur
- José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
- article
- Progress in Biophysics and Molecular Biology, 2012, 100 (1), epub ahead of print. ⟨10.1016/j.pbiomolbio.2012.04.010⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling erythroblastic islands: using a hybrid model to assess the function of central macrophage.
- auteur
- S. Fischer, P. Kurbatova, N. Bessonov, Olivier Gandrillon, Vitaly Volpert, Fabien Crauste
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2012, 298, pp.92-106. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.01.002⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The acoustic expression of stress in a songbird : Does corticosterone drive isolaion-induced modifications of zebra finch call ?
- auteur
- Emilie C. Perez, Julie E. Elie, Christophe O. Soulage, Hedi Soula, Nicolas Mathevon, Clémentine Vignal
- article
- Hormones and Behavior, 2012, 61 (4), pp.573-581. ⟨10.1016/j.yhbeh.2012.02.004⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Lateral gene transfer as a support for the tree of life.
- auteur
- Sophie S Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (13), pp.4962-4967. ⟨10.1073/pnas.1116871109⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Computational quest for understanding the role of astrocyte signaling in synaptic transmission and plasticity
- auteur
- Maurizio de Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Vladimir Parpura, Andrea Volterra, Eshel Ben-Jacob
- article
- Frontiers in Computational Neuroscience, 2012, 6 (98), 98 (25 p.). ⟨10.3389/fncom.2012.00098⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An efficient kinetic model for assemblies of amyloid fibrils and its application to polyglutamine aggregation.
- auteur
- Stephanie Prigent, Annabelle Ballesta, Frédérique Charles, Natacha Lenuzza, Pierre Gabriel, Léon Matar Tine, Human Rezaei, Marie Doumic
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.e43273. ⟨10.1371/journal.pone.0043273⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A THEORY of RATE CODING CONTROL by INTRINSIC PLASTICITY EFFECTS
- auteur
- Jérémie Naudé, Jeanne T. Paz, Hugues Berry, Bruno Delord
- article
- PLoS Computational Biology, 2012, 8 (1), pp.e1002349. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002349⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity
- auteur
- Sebastian Grauwin, Guillaume Beslon, Eric Fleury, Sara Franceschelli, Céline Robardet, Jean-Baptiste Rouquier, Pablo Jensen
- article
- Journal of the American Society for Information Science and Technology, 2012, 63 (7), pp.10.1002/asi.22644. ⟨10.1002/asi.22644⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution
- auteur
- Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon, Dominique Schneider
- article
- Nature Reviews Microbiology, 2012, 10 (5), pp.352-365. ⟨10.1038/nrmicro2750⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Membrane microdomains emergence through non-homogeneous diffusion.
- auteur
- Hédi Soula, Antoine Coulon, Guillaume Beslon
- article
- BMC Biophysics, 2012, 5 (1), pp.6. ⟨10.1186/2046-1682-5-6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Large-scale Simulations on FPGAs: Finding the Asymptotic Critical Threshold of the Greenberg-Hastings Cellular Automata
- auteur
- Nikolaos Vlassopoulos, Nazim Fatès, Hugues Berry, Bernard Girau
- article
- Journal of Cellular Automata, 2012, 7 (1), pp.5-29
- Accès au bibtex
-
- titre
- Linearization of ancestral multichromosomal genomes
- auteur
- Ján Maňuch, Murray Patterson, Roland Wittler, Cedric Chauve, Eric Tannier
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 19), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2105-13-S19-S11⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Normalized Mutual Information-Based Ranking of Spatio-Temporal Localization Maps
- auteur
- Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Lionel Gueguen, Felicity Lodge, Catherine Pothier, Remi Andreoli, Mihai Datcu
- article
- 8th European Spatial Agency (ESA) – EUSC – JRC Conference on Image Information Mining, Oct 2012, Oberpfaffenhofen, Germany. pp.11-14
- Accès au bibtex
-
- titre
- Preserving Inversion Phylogeny Reconstruction
- auteur
- Matthias Bernt, Kun-Mao Chao, Jyun-Wei Kao, Martin Middendorf, Eric Tannier
- article
- WABI 2012 – 12th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.1-13, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_1⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Topology drives calcium wave propagation in 3d astrocyte network
- auteur
- Jules Lallouette, Hugues Berry
- article
- Proceedings of the European Conference on Complex Systems 2012, Sep 2012, Bruxelles, Belgium. pp.453-463, ⟨10.1007/978-3-319-00395-5_56⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- The Paradoxical Effects of Allelic Recombination on Fitness
- auteur
- David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- Proceedings of Artificial Life XIII, Jul 2012, East Lansing, France. pp.536–537
- Accès au bibtex
-
- titre
- Effects of public good properties on the evolution of cooperation
- auteur
- Dusan Misevic, Antoine Frenoy, David P. Parsons, Francois Taddei
- article
- Proceedings of Artificial Life XIII, Jul 2012, East Lansing, United States. pp.218–225
- Accès au bibtex
-
- titre
- Impact of Receptor clustering on the membrane-based stage of a signalling pathway
- auteur
- Bertrand Caré, Hedi Soula
- article
- BICOB, Feb 2012, Las Vegas, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- The Effect of Membrane Receptor Clustering on Spatio- temporal Cell Signalling Dynamics
- auteur
- Bertrand Caré, Hedi Soula
- article
- Proceedings of the 9th International Conference on Information Processing in Cells and Tissues 2012, 2012, Cambridge, United Kingdom. pp.50-61, ⟨10.1007/978-3-642-28792-3_8⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Topology drives calcium wave propagation in 3D astrocyte networks
- auteur
- Jules Lallouette, Hugues Berry
- article
- European Conference on Complex Systems 2012, 2012, Bruxelles, Belgium. pp.453-463
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finding Collections of Protein Modules in Protein-Protein Interaction Networks
- auteur
- Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon
- article
- Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), 2012, Las Vegas, United States. pp.216-222
- Accès au bibtex
-
- titre
- Finding Collections of k-Clique Percolated Components in Attributed Graphs
- auteur
- Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon
- article
- Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD), 2012, Kuala Lumpur, Malaysia. pp.181–192
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- The remarkable effect of network topology on calcium wave propagation in astrocyte networks
- auteur
- Jules Lallouette, Mati Goldberg, Maurizio de Pittà, Eshel Ben-Jacob, Hugues Berry
- article
- Multidisciplinary approaches to quantify astrocyte neuron signaling, Jul 2012, Barcelona, Spain. 1 p
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution
- auteur
- Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
- article
- SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, Jun 2012, Dublin, Ireland
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Individual-based models for the functional impact of signalling proteins spatial distribution and diffusion heterogeneity
- auteur
- Bertrand Caré
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. INSA de Lyon, 2012. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamique de l’agrégation protéique chez la bactérie Escherichia coli
- auteur
- Anne-Sophie Coquel
- article
- Sciences agricoles. INSA de Lyon, 2012. Français. ⟨NNT : 2012ISAL0108⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finding homogeneous collections of dense subgraphs using constraint-based data mining approaches
- auteur
- Pierre-Nicolas Mougel
- article
- Data Structures and Algorithms [cs.DS]. INSA de Lyon, 2012. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, …
- titre
- Optimal growth for linear processes with affine control
- auteur
- Vincent Calvez, Pierre Gabriel
- article
- 2012
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2011
Journal articles
- titre
- Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
- auteur
- Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
- article
- Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, 2011, 130 (3), pp.211-228. ⟨10.1007/s12064-010-0118-4⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem.
- auteur
- Haris Gavranović, Cedric Chauve, Jérôme Salse, Eric Tannier
- article
- Bioinformatics, 2011, 27 (13), pp.i257-65. ⟨10.1093/bioinformatics/btr224⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamics of communal vocalizations in a social songbird, the zebra finch (Taeniopygia guttata)
- auteur
- Julie E. Elie, Hédi A Soula, Nicolas Mathevon, Clémentine Vignal
- article
- Journal of the Acoustical Society of America, 2011, 129 (6), pp.4037-46. ⟨10.1121/1.3570959⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Les complexités : point de vue d’un institut des systèmes complexes
- auteur
- Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen, Nicolas Schabanel
- article
- Hermès, La Revue – Cognition, communication, politique, 2011, 2 (60), pp.145-150. ⟨10.4267/2042/45459⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Unsupervised Spatiotemporal Mining of Satellite Image Time Series Using Grouped Frequent Sequential Patterns
- auteur
- Andreea Julea, Nicolas Méger, Philippe Bolon, Christophe Rigotti, Marie-Pierre Doin, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé, Vasile N. Lazarescu
- article
- IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 2011, 49 (4), pp.1417-1430. ⟨10.1109/TGRS.2010.2081372⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- HYBRID MODEL OF ERYTHROPOIESIS AND LEUKEMIA TREATMENT WITH CYTOSINE ARABINOSIDE
- auteur
- Polina Kurbatova, Samuel Bernard, Nikolai Bessonov, Fabien Crauste, Ivan Demin, Charles Dumontet, Stephan Fischer, Vitaly Volpert
- article
- SIAM Journal on Applied Mathematics, 2011, 71 (6), pp.2246-2268. ⟨10.1137/100815517⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.
- auteur
- Aïda Ouangraoua, Eric Tannier, Cedric Chauve
- article
- Bioinformatics, 2011, 27, 27 (19), pp.2664-2671. ⟨10.1093/bioinformatics/btr461⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Application of Hybrid Models to Blood Cell Production in the Bone Marrow
- auteur
- Nikolai Bessonov, Fabien Crauste, Stephan Fisher, Polina Kurbatova, Vitaly Volpert
- article
- Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2011, 6 (7), pp.2-12. ⟨10.1051/mmnp/20116701⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Robustness of the Critical Behaviour in the Stochastic Greenberg-Hastings Cellular Automaton Model
- auteur
- Hugues Berry, Nazim Fatès
- article
- International Journal of Unconventional Computing, 2011, 7 (1-2), pp.65-85
- Accès au bibtex
-
- titre
- A tale of two stories: astrocyte regulation of synaptic depression and facilitation
- auteur
- Maurizio de Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob
- article
- PLoS Computational Biology, 2011, 7 (12), pp.e1002293. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002293⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Enhanced Stimulus Encoding Capabilities with Spectral Selectivity in Inhibitory Circuits by STDP
- auteur
- Antoine Coulon, Guillaume Beslon, Hédi Soula
- article
- Neural Computation, 2011, 23 (4), pp.882-908
- Accès au bibtex
-
- titre
- Impact of receptor clustering on ligand binding.
- auteur
- Bertrand Caré, Hédi Soula
- article
- BMC Systems Biology, 2011, 5 (1), pp.48. ⟨10.1186/1752-0509-5-48⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Mining Pixel Evolutions in Satellite Image Time Series for Agricultural Monitoring
- auteur
- Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Vasile Lazarescu
- article
- 11th Industrial Conference on Data Mining ICDM 2011, Aug 2011, New-York, United States. pp.189-203, ⟨10.1007/978-3-642-23184-1_15⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability.
- auteur
- David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), Aug 2011, Paris, France. pp.622–629
- Accès au bibtex
-
- titre
- Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes
- auteur
- Carole Knibbe, David P. Parsons, Guillaume Beslon
- article
- Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), Aug 2011, Paris, France. pp.414–415
- Accès au bibtex
-
- titre
- Polsar Radarsat-2 Satellite Image Time Series Mining Over the Chamonix Mont-Blanc Test Site
- auteur
- Andreea Julea, Fernanda Ledo, Nicolas Méger, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Christophe Rigotti, Renaud Fallourd, Jean-Marie Nicolas, Gabriel Vasile, Olivier Harant, Laurent Ferro-Famil
- article
- IGARSS 2011 – IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2011, Vancouver, Canada. pp 1191-1194
- Accès au bibtex
-
- titre
- Spatio-Temporal Mining of ENVISAT SAR Interferogram Time Series over the Haiyuan Fault in China
- auteur
- Nicolas Méger, Romain Jolivet, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé, Christophe Rigotti, Felicity Lodge, M.P. Doin, Stéphane Guillaso, Andreea Julea, Philippe Bolon
- article
- 2011 6th International Workshop on the Analysis of Multi-temporal Remote Sensing Images (Multi-Temp), Jul 2011, Trento, Italy. 10.1109/Multi-Temp.2011.6005067, ⟨10.1109/Multi-Temp.2011.6005067⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Automatic Abstraction and Fault Tolerance in Cortical Microachitectures
- auteur
- Atif Hashmi, Hugues Berry, Olivier Temam, Mikko Lipasti
- article
- 38th ACM/IEEE International Symposium on Computer Architecture, ISCA 2011, Jun 2011, San Jose, CA, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Extraction sous Contraintes d’Ensembles de Cliques Homogènes
- auteur
- Pierre-Nicolas Mougel, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon, Jean-François Boulicaut
- article
- 11eme Conference Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC’11), 2011, Brest, France. pp.1-12
- Accès au bibtex
-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Evolution Combinatoire, Algorithmique des Chromosomes
- auteur
- Eric Tannier
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- L’époque romantique contre la peine de mort
- auteur
- Eric Tannier
- article
- Editions Universitaires Européennes, pp.176, 2011, 978-613-1-56487-1
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Chromatin is a major player in regulating gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells
- auteur
- José Viñuelas, Gaël Kaneko, Valérie Morin, Elodie Vallin, Antoine Coulon, Camila Meijia-Pous, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
- article
- Stochastic Systems Biology conference, Jul 2011, Ascona, Switzerland. 2011
- Accès au bibtex
-
- titre
- Optimization of proton therapy ballistics using a genetic algorithm
- auteur
- François Smekens, Jean-Michel Létang, Nicolas Freud, Bruno Sixou, Guillaume Beslon
- article
- Particle Therapy Co-Operative Group, PTCOG, May 2011, Philadelphia (US), United States. 2011
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Sélection indirecte en évolution Darwinienne : Mécanismes et implications
- auteur
- David Parsons
- article
- Sciences agricoles. INSA de Lyon, 2011. Français. ⟨NNT : 2011ISAL0140⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2010
Journal articles
- titre
- Bayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join.
- auteur
- István Miklós, Eric Tannier
- article
- Bioinformatics, 2010, 26 (24), pp.3012-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btq574⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.
- auteur
- Florent Murat, Jian-Hong Xu, Eric Tannier, Michael Abrouk, Nicolas Guilhot, Caroline Pont, Joachim Messing, Jérôme Salse
- article
- Genome Research, 2010, 20 (11), pp.1545-57. ⟨10.1101/gr.109744.110⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Du chaos dans les neurones
- auteur
- Bruno Cessac, Hugues Berry
- article
- Interstices, 2010
- Accès au bibtex
-
- titre
- Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.
- auteur
- Cedric Chauve, Haris Gavranovic, Aida Ouangraoua, Eric Tannier
- article
- Journal of Computational Biology, 2010, 17 (9), pp.1097-112. ⟨10.1089/cmb.2010.0092⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.
- auteur
- Michael Abrouk, Florent Murat, Caroline Pont, Joachim Messing, Scott Jackson, Thomas Faraut, Eric Tannier, Christophe Plomion, Richard Cooke, Catherine Feuillet, Jérôme Salse
- article
- Trends in Plant Science, 2010, 15 (9), pp.479-87. ⟨10.1016/j.tplants.2010.06.001⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
- auteur
- Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, Marie-France Sagot
- article
- Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp.1897-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq301⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dendritic signals command firing dynamics in a mathematical model of cerebellar Purkinje cells.
- auteur
- Stéphane Genet, Loïc Sabarly, Emmanuel Guigon, Hugues Berry, Bruno Delord
- article
- Biophysical Journal, 2010, 99 (2), pp.427-36. ⟨10.1016/j.bpj.2010.04.056⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Quantitative structure-activity relationship for 4-hydroxy-2-alkenal induced cytotoxicity in L6 muscle cells
- auteur
- Nicolas J Pillon, Laurent Soulère, Roxane E Vella, Marine Croze, Bertrand R Caré, Hedi A Soula, Alain Doutheau, Michel Lagarde, Christophe O Soulage
- article
- Chemico-Biological Interactions, 2010, 188 (1), pp.171-80. ⟨10.1016/j.cbi.2010.06.015⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Cirsimarin, a potent antilipogenic flavonoid, decreases fat deposition in mice intra-abdominal adipose tissue
- auteur
- B. Zarrouki, N J Pillon, E Kalbacher, H. A. Soula, G Nia N’Jomen, L Grand, S. Chambert, A Geloen, C O Soulage
- article
- International Journal of Obesity, 2010, 34 (11), pp.1566-75. ⟨10.1038/ijo.2010.85⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Scaling Laws in Bacterial Genomes: A Side-Effect of Selection of Mutational Robustness
- auteur
- Guillaume Beslon, David P. Parsons, Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose-Maria Peña, Carole Knibbe
- article
- BioSystems, 2010, 102 (1), pp.32-40. ⟨10.1016/j.biosystems.2010.07.009⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Vocal communication at the nest between mates in wild zebra finches: a private vocal duet?
- auteur
- Julie E. Elie, Mylène M. Mariette, Simon C. Griffith, Nicolas Mathevon, Clémentine Vignal, Hedi A Soula
- article
- Animal Behaviour, 2010, 80, pp.597-605. ⟨10.1016/j.anbehav.2010.06.003⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- On the spontaneous stochastic dynamics of a single gene: complexity of the molecular interplay at the promoter.
- auteur
- Antoine Coulon, Olivier Gandrillon, Guillaume Beslon
- article
- BMC Systems Biology, 2010, 4, pp.2. ⟨10.1186/1752-0509-4-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- From Digital Genetics to Knowledge Discovery: Perspectives in Genetic Network Understanding
- auteur
- Guillaume Beslon, David P. Parsons, Jose-Maria Pena, Christophe Rigotti, Yolanda Sanchez-Dehesa
- article
- Intelligent Data Analysis, 2010, 14 (2), pp.173–191. ⟨10.3233/IDA-2010-0415⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Nonlinear gap junctions enable long-distance propagation of pulsating calcium waves in astrocyte networks.
- auteur
- Mati Goldberg, Maurizio de Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob
- article
- PLoS Computational Biology, 2010, 6 (8), ⟨10.1371/journal.pcbi.1000909⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Influence of the rearrangement rates on the organization of genome transcription
- auteur
- David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- Integrative Post-Genomics, Nov 2010, Lyon, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Aevol : un modèle individu-centré pour l’étude de la structuration des génomes
- auteur
- David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- MajecSTIC, Oct 2010, Bordeaux, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Importance of the rearrangement rates on the organization of transcription.
- auteur
- David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- Proceedings of Artificial Life XII, Aug 2010, Odense, Denmark. pp.479–486
- Accès au bibtex
-
- titre
- On the determinants of calcium wave propagation distance in astrocyte networks: nonlinear gap junctions and oscillatory modes
- auteur
- Mati Goldberg, Maurizio de Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob
- article
- Cinquième conférence plénière française de Neurosciences Computationnelles, “Neurocomp’10”, Aug 2010, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Extraction of Frequent Grouped Sequential Patterns from Satellite Image Time Series
- auteur
- Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, M.-P. Doin, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Vasile Lazarescu
- article
- IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, IGARSS 2010., Jul 2010, Honolulu, United States. pp.4
- Accès au bibtex
-
- titre
- Spatio-Temporal Mining of PolSAR Satellite Image Time Series
- auteur
- Andreea Julea, Nicolas Méger, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Christophe Rigotti, Renaud Fallourd, Jean-Marie Nicolas, Gabriel Vasile, Michel Gay, Olivier Harant, Laurent Ferro-Famil
- article
- The 2010 European Space Agency Living Planet Symposium, Jun 2010, Bergen, Norway. pp.6
- Accès au bibtex
-
- titre
- Influence of the rearrangement rates on the organization of genome transcription
- auteur
- David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- JOBIM, Jun 2010, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- CMA: Chip Multi-Accelerator
- auteur
- Dominik Auras, Sylvain Girbal, Hugues Berry, Olivier Temam, Sami Yehia
- article
- IEEE Symposium on Application Specific Processors, SASP 2010., Jun 2010, Anaheim, CA, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- An FPGA Design for the Stochastic Greenberg-Hastings Cellular Automata
- auteur
- Nikolaos Vlassopoulos, Nazim A. Fatès, Hugues Berry, Bernard Girau
- article
- International Conference on High Performance Computing & Simulation – HPCS 2010, Jun 2010, Caen, France. pp.565-574
- Accès au bibtex
-
- titre
- Guided genome halving: provably optimal solutions provide good insights into the preduplication ancestral genome of Saccharomyces cerevisiae.
- auteur
- Haris Gavranović, Eric Tannier
- article
- Pacific Symposium on Biocomputing, Jan 2010, Big Island, Hawaï, United States. pp.21-30, ⟨10.1142/9789814295291_0004⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Stream and Memory Hierarchy Design for Multi-Purpose Accelerators
- auteur
- Sylvain Girbal, Sami Yehia, Hugues Berry, Olivier Temam
- article
- 1st Workshop on SoC Architecture, Accelerators and Workloads (SAW-1), Jan 2010, Bangalore, India
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Memory Interface for Multi-Purpose Multi-Stream Accelerators
- auteur
- Dominik Auras, Sylvain Girbal, Hugues Berry, Olivier Temam, Sami Yehia
- article
- International Conference on Compilers, Architectures and Synthesis for Embedded Systems, CASES 2010, 2010, Scottsdale, AZ, United States
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Mining Constrained Cross-Graph Cliques in Dynamic Networks
- auteur
- Loïc Cerf, Tran Bao Nhan Nguyen, Jean-François Boulicaut
- article
- Dzeroski, Goethals, Panov. Inductive Databases and Constraint-based Data Mining, Springer, pp.199-228, 2010
- Accès au bibtex
-
Patents
- titre
- Procédé pour la conception d’accélérateurs
- auteur
- Sami Yehia, Olivier Temam, Hugues Berry
- article
- France, N° de brevet: FR2937762. 4833. 2010, pp.22
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- titre
- RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics
- auteur
- Eric Tannier
- article
- 8. Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics, 2010, Ottawa, Canada. Springer, pp.303, 2010, 978-3-642-16181-0
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Génération, visualisation et évaluation d’images HDR : application à la simulation de conduite nocturne
- auteur
- Josselin Petit
- article
- Autre [cs.OH]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2010. Français. ⟨NNT : 2010LYO10259⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Constraint-Based Mining of Closed Patterns in Noisy n-ary Relations
- auteur
- Loïc Cerf
- article
- Other [cs.OH]. INSA de Lyon, 2010. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Stochasticité de l’expression génique et régulation transcriptionnelle — Modélisation de la dynamique spatiale et temporelle des structures multiprotéiques
- auteur
- Antoine Coulon
- article
- Modélisation et simulation. INSA de Lyon, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2009
Journal articles
- titre
- Glutamate regulation of calcium and IP3 oscillating and pulsating dynamics in astrocytes.
- auteur
- Maurizio de Pittà, Mati Goldberg, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob
- article
- Journal of Biological Physics, 2009, 35 (4), pp.383-411. ⟨10.1007/s10867-009-9155-y⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Fouille de données séquentielles pour l’extraction d’information dans les textes
- auteur
- Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux
- article
- Revue TAL : traitement automatique des langues, 2009, pp59-87
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Evolution of scaling laws in artificial regulation networks
- auteur
- David P. Parsons, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena
- article
- Integrative Post-Genomics, Nov 2009, Lyon, France. pp.22-22
- Accès au bibtex
-
- titre
- Scaling Laws in Digital Organisms
- auteur
- Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa, David P. Parsons, Jose Maria Pena, Carole Knibbe
- article
- Proc. Information Processing in Cells and Tissues IPCAT’09, Apr 2009, Ascona, Switzerland. pp.111-114
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reconciling Specialization and Flexibility Through Compound Circuits.
- auteur
- Sami Yehia, Sylvain Girbal, Hugues Berry, Olivier Temam
- article
- 5th International Symposium on High-Performance Computer Architecture, HPCA, Feb 2009, Raleigh, North Carolina, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Robustness of the critical behaviour in a discrete stochastic reaction-diffusion medium
- auteur
- Nazim A. Fatès, Hugues Berry
- article
- IWNC’09, 2009, Himeji, Japan
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Relationship between chromosomal features and gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells
- auteur
- José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
- article
- Integrative Post-Genomics, Nov 2009, Lyon, France. pp.36-36, 2009
- Accès au bibtex
-
2008
Journal articles
- titre
- Quand les bactéries se mêlent du calcul des ordinateurs
- auteur
- Hugues Berry, Joanna Jongwane
- article
- Interstices, 2008
- Accès au bibtex
-
- titre
- The topology of the protein network influences the dynamics of gene order: from systems biology to a systemic understanding of evolution
- auteur
- C. Knibbe, J.M. Fayard, Guillaume Beslon
- article
- Artificial Life, 2008, 14 (1), pp.149-156. ⟨10.1162/artl.2008.14.1.149⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems
- auteur
- Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoï Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu, Adrien Six, Véronique Thomas-Vaslin, Paul Bourgine
- article
- Theoretical Biology Insights, 2008, 1, pp.13-22
- Accès au bibtex
-
- titre
- Large multiprotein structures modeling and simulation: the need for mesoscopic models.
- auteur
- Antoine Coulon, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
- article
- Methods in Molecular Biology, 2008, 484, pp.537-58. ⟨10.1007/978-1-59745-398-1_32⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Petits bricolages en évolution
- auteur
- Guillaume Beslon, Sara Franceschelli, Carole Knibbe
- article
- “Génies de la Bricole et du Bricolage”, colloque en hommage à Claude Levy-Strauss, Nov 2008, Lyon, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dynamique de la régulation transcriptionnelle et stochasticité de l’expression génique
- auteur
- Antoine Coulon
- article
- Séminaires de l’institut du thorax, Nov 2008, Nantes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling evolution of genetic regulation in artificial bacteria
- auteur
- Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena
- article
- European Conference on Complex Systems, Sep 2008, Jérusalem, Israel. pp.4
- Accès au bibtex
-
- titre
- Stochasticité de l’expression génique et dynamique des complexes de régulation
- auteur
- Antoine Coulon
- article
- Biomaths seminar, Jun 2008, Lyon, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Stochasticité de l’expression génique et dynamique des complexes de régulation
- auteur
- Antoine Coulon
- article
- Seminar of the Symbiose project, May 2008, Rennes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Evolution of genome structure : a computational approach
- auteur
- Guillaume Beslon
- article
- Workshop “Evolutionary Dynamics” , Mar 2008, Utrecht, Netherlands
- Accès au bibtex
-
- titre
- Optimisation incrémentale de réseaux de neurones RBF pour la régression via un algorithme évolutionnaire : RBF-Gene
- auteur
- Virginie Lefort, Guillaume Beslon
- article
- Actes 8° Journées Francophones Extraction et Gestion des Connaissances EGC’08, Jan 2008, Sophia-Antipolis, France. pp.331-336
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mécanismes moléculaires de la stochasticité de l’expression des gènes
- auteur
- Antoine Coulon
- article
- Le hasard au coeur de la cellule, Jan 2008, Paris, France
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Gene expression and the dynamics of transcriptional regulation : a model for theoretical and experimental investigations
- auteur
- Antoine Coulon, Olivier Gandrillon, Guillaume Beslon
- article
- Integrative Post-Genomics, IPG’08, Nov 2008, Lyon, France. 2008
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling membrane micro-domain formation through inhomogeneous diffusion
- auteur
- Hédi Soula, Guillaume Beslon
- article
- Integrative Post-Genomics, IPG’08, Nov 2008, Lyon, France. 2008
- Accès au bibtex
-
2007
Journal articles
- titre
- Fundamental aspects of biomass carbonisation
- auteur
- Vladimir Strezov, Michael Patterson, Victor Zymla, Keith Fisher, Tim J. Evans, Peter F. Nelson
- article
- Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2007, 79 (1-2), pp.91-100. ⟨10.1016/j.jaap.2006.10.014⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modélisation cellulaire pour l’émergence de structures multiprotéiques auto-organisées
- auteur
- Antoine Coulon, Hédi Soula, Olivier Mazet, Olivier Gandrillon, Guillaume Beslon
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l’Information – Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2007, 1-2, 26, pp.123-148. ⟨10.3166/tsi.26.123-148⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- RAevol, un modèle de génétique digitale des réseaux de régulation
- auteur
- Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena, Guillaume Beslon
- article
- Réseaux d’Interactions : Analyse, Modélisation, Simulation, RIAMS 2007, Nov 2007, Lyon, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Effect of bottlenecks on genome size: investigations by digital genetics
- auteur
- Gaël Kaneko, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
- article
- Integrative Post-Genomics, Nov 2007, Lyon, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Digital Genetics: Modéliser la dynamique évolutive des génomes
- auteur
- Guillaume Beslon
- article
- Journées communes des clusters environnement et informatique à l’INRIA Montbonnot, Nov 2007, Grenoble, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling evolution of Regulatory Networks in Artificial Organisms
- auteur
- Yolanda Sanchez-Dehesa, Guillaume Beslon, Jose Maria Pena
- article
- 3rd International Symposium on Computational Life Science CompLife’07, Oct 2007, Utrecht, Netherlands. pp.87-98, ⟨10.1063/1.2793407⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Artificial Regulatory Networks Evolution
- auteur
- Yolanda Sanchez-Dehesa, Loïc Cerf, Jose Maria Pena, Jean-François Boulicaut, Guillaume Beslon
- article
- Proc 1st Int Workshop on Machine Learning for Systems Biology MLSB 07, Sep 2007, Evry, France. pp.47-52
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Generating Data form the Evolution of Artificial Regulatory Networks
- auteur
- Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena, Guillaume Beslon
- article
- Workshop Data Mining in Functional Genomics and Proteomics. Current Trends and Future Directions co-located with ECML/PKDD 07, Sep 2007, Varsovie, Poland. pp.91-103
- Accès au bibtex
-
- titre
- Systems Biology, where is the network ?
- auteur
- Guillaume Beslon
- article
- Santa-Fe Institute, Jul 2007, Santa-Fe, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Evolution de Second Ordre : le hasard sélectionné.
- auteur
- Guillaume Beslon
- article
- Spring school on interdisciplinarity in biology “Hasard et Fluctuations en Biologie”, May 2007, Berder, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Vers des modèles multi-agents à l’échelle moléculaire
- auteur
- Antoine Coulon
- article
- Session publique de l’Atelier Épigénèse, Programme d’épigenomique, Jan 2007, Evry, France
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Binding cooperation and competition among transcription factors can cause complex stochastic properties in gene expression
- auteur
- Antoine Coulon, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
- article
- Integrative Post-Genomics, IPG’07, Nov 2007, Lyon, France. 2007
- Accès au bibtex
-
2006
Journal articles
- titre
- Stochastic dynamics of a finite-size spiking neural network
- auteur
- Hédi Soula, Carson C Chow
- article
- Neural Computation, 2006, 19 (12), pp.3262-92. ⟨10.1162/neco.2007.19.12.3262⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Guidelines: From artificial evolution to computational evolution: a research agenda
- auteur
- Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Stephen Christensen, A. James, François Képès, Virginie Lefort, F. Julian, Miroslav Radman, Jeremy J. Ramsden
- article
- Nature Reviews Genetics, 2006, 7 (9), pp.729–735. ⟨10.1038/nrg1921⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Evolution et Robustesse : un équilibre complexe aux conséquences inattendues.
- auteur
- Guillaume Beslon
- article
- Journées de Gerland “Systèmes complexes et biologie”, Dec 2006, Lyon, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multi-Agent Modeling of Nuclear Structures.
- auteur
- Guillaume Beslon
- article
- Spring workshop on biological systems modeling, Mar 2006, Bombannes, France
- Accès au bibtex
-
2004
Journal articles
- titre
- Non-convex onion peeling using a shape hull algorithm
- auteur
- Jalal M. Fadili, Mahmoud Melkemi, Abderrahim Elmoataz
- article
- Pattern Recognition Letters, 2004, 25 (14), pp.1577-1585. ⟨10.1016/j.patrec.2004.05.015⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
