Publications

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Publications HAL du labo/EPI BEAGLE;COMBINING

2017

Journal articles

titre
Isee-resistance : using in silico experimental evolution to sensitize providers on antibiotic resistance
auteur
Guillaume Beslon, Dominique Schneider
article
Antimicrobial Resistance and Infection Control, BioMed Central, 2017, Abstracts from the 4th International Conference on Prevention & Infection Control (ICPIC 2017), 6(Suppl 3) (52), pp.2
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titre
Beware batch culture: Seasonality and niche construction predicted to favor bacterial adaptive diversification
auteur
Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider, Guillaume Beslon
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2017, 13 (3), e1005459 (32 p.). <10.1371/journal.pcbi.1005459.s006>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01508751/file/journal.pcbi.1005459%20%281%29.pdf BibTex
titre
Impact of group size and social composition on group vocal activity and acoustic network in a social songbird
auteur
Marie Fernandez, Clémentine Vignal, Hedi Soula
article
Animal Behaviour, Elsevier Masson, 2017, 127, pp.163-178. <10.1016/j.anbehav.2017.03.013>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01537565/file/ANBEH-D-16-00487R2.pdf BibTex
titre
Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes
auteur
Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2017, 12, 16 (11 p.). <10.1186/s13015-017-0107-y>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01533200/file/Fertin_et_al_AMB2017.pdf BibTex
titre
Resolution and reconciliation of non-binary gene trees with transfers, duplications and losses
auteur
Edwin Jacox, Weller Mathias, Eric Tannier, Céline Scornavacca
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 33 (7), pp.980-987. <10.1093/bioinformatics/btw778>
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titre
DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
auteur
Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve, Celine Scornavacca, Vincent Daubin, Eric Tannier
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319
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https://hal.inria.fr/hal-01503766/file/evx069.pdf BibTex
titre
From in silico astrocyte cell models to neuron-astrocyte network models: A review
auteur
Franziska Oschmann, Hugues Berry, Klaus Obermayer, Kerstin Lenk
article
Brain Research Bulletin, Elsevier, 2017, 9 p. <http://dx.doi.org/10.1016/j.brainresbull.2017.01.027>. <10.1016/j.brainresbull.2017.01.027>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01461928/file/Oschmannetal_BRB2017.pdf BibTex

Conference papers

titre
A 4-base model for the Aevol in-silico experimental evolution platform
auteur
Vincent Liard, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Nicolas Comte, Guillaume Beslon
article
European Conference on Artificial Life, Sep 2017, Villeurbanne, France. 2017, Proceedings of the 14th European Conference on Artificial Life
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01569097/file/ECAL_2017_paper_86.pdf BibTex
titre
Environmental seasonality drives digital populations towards stable cross-feeding
auteur
Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider, Guillaume Beslon
article
European Conference on Artificial Life (ECAL), Sep 2017, Villeurbanne, France. 2017, Proceedings of the 14th European Conference on Artificial Life
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01569093/file/ECAL_2017_paper_81.pdf BibTex
titre
EvoMove: Evolutionary-based living musical companion
auteur
Sergio Peignier, Jonas Abernot, Christophe Rigotti, Guillaume Beslon
article
European Conference on Artificial Life (ECAL), Sep 2017, Villeurbanne, France. 2017, Proceedings of the 14th European Conference on Artificial Life
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01569091/file/subm-ecal-2017.pdf BibTex
titre
Aevol-4b: Toward a new simulation platform to benchmark phylogenetic tools
auteur
Nicolas Comte, Vincent Liard, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
article
ALPHY (ALignments and PHYlogeny), Feb 2017, Villeurbanne, France. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01569078/file/abstract.pdf BibTex

Poster communications

titre
Testing evolution predictability using the aevol software
auteur
Guillaume Beslon, Vincent Liard, Santiago F Elena
article
16th international meeting of the European Society of Evolutionary Biology (ESEB 2017) , Aug 2017, Groningen, Netherlands. 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577115/file/poster_SMBE_V2.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
MaxTiC: Fast ranking of a phylogenetic tree by Maximum Time Consistency with lateral gene Transfers
auteur
Cédric Chauve, Akbar Rafiey, Adrian Davin, Celine Scornavacca, Philippe Veber, Bastien Boussau, Gergely Szollosi, Vincent Daubin, Eric Tannier
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01532738/file/127548.full.pdf BibTex
titre
Gene tree species tree reconciliation with gene conversion
auteur
Damir Hasic, Eric Tannier
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01495707/file/gene-tree-species.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
A New Semi-automated Method for Assessing Avian Acoustic Networks Reveals that Juvenile and Adult Zebra Finches Have Separate Calling Networks.
auteur
Marie S. A. Fernandez, Hedi Soula, Mylène M. Mariette, Clémentine Vignal
article
Frontiers in Psychology, Frontiers, 2016, 7 (1816), <10.3389/fpsyg.2016.01816>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01435346/file/Fernandez_et_al_2016_Frontiers.pdf BibTex
titre
Songbird mates change their call structure and intra-pair communication at the nest in response to environmental noise
auteur
Avelyne S. Villain, Marie S. A. Fernandez, Colette Bouchut, Hédi Soula, Clémentine Vignal
article
Animal Behaviour, Elsevier Masson, 2016, 116, pp.113-129. <10.1016/j.anbehav.2016.03.009>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01404754/file/ANBEH-D-15-00630R2%281%29.pdf BibTex
titre
Defining and simulating open-ended novelty: requirements, guidelines, and challenges.
auteur
Wolfgang Banzhaf, Bert Baumgaertner, Guillaume Beslon, René Doursat, James A Foster, Barry Mcmullin, Vinicius Veloso De Melo, Thomas Miconi, Lee Spector, Susan Stepney, Roger White
article
Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, Springer Verlag, 2016, <10.1007/s12064-016-0229-7>
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BibTex
titre
Endocannabinoid dynamics gate spike-timing dependent depression and potentiation
auteur
Yihui Cui, Ilya Prokin, Hao Xu, Bruno Delord, Stéphane Genet, Laurent Venance, Hugues Berry
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2016, 5, e13185 (32 p.). <10.7554/eLife.13185>
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https://hal.inria.fr/hal-01279901/file/Cuietal2016_Revised.pdf BibTex
titre
Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation
auteur
Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe, Eric Tannier
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2016, 8 (5), pp.1427-1439. <10.1093/gbe/evw083>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01334923/file/BillerP2016_1779.pdf BibTex
titre
Modulation of Synaptic Plasticity by Glutamatergic Gliotransmission: A Modeling Study
auteur
Maurizio De Pittà, Nicolas Brunel
article
Neural plasticity, Hymie Anisman, 2016, <10.1155/2016/7607924>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01353306/file/DePitta.Brunel.NP2016.pdf BibTex
titre
Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space
auteur
Laurent Bulteau, Guillaume Fertin, Eric Tannier
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (Suppl 14), 426 (7 p.). <10.1186/s12859-016-1264-6>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01396842/file/bulteau.pdf BibTex
titre
Efficient gene tree correction guided by genome evolution
auteur
Emmanuel Noutahi, Magali Semeria, Manuel Lafond, Jonathan Seguin, Bastien Boussau, Laurent Guéguen, Nadia El-Mabrouk, Eric Tannier
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (8), e0159559 (22 p.). <10.1371/journal.pone.0159559>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01162963/file/journal.pone.0159559.PDF BibTex
titre
Open-Ended Evolution: Perspectives from the OEE Workshop in York
auteur
Tim Taylor, Mark Bedau, Alastair Channon, David Ackley, Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Emily Dolson, Tom Froese, Simon Hickinbotham, Takashi Ikegami, Barry Mcmullin, Norman Packard, Steen Rasmussen, Virgo Nathaniel, Eran Agmon, Clark Edward, Simon Mcgregor, Charles Ofria, Glen Ropella, Lee Spector, Kenneth O. Stanley, Adam Stanton, Christopher Timperley, Anya Vostinar, Michael Wiser
article
Artificial Life, Massachusetts Institute of Technology Press (MIT Press), 2016, 22 (3), pp.408-423. <10.1162/ARTL_a_00210>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01371116/file/artl_a_00210.pdf BibTex
titre
Astrocytes: Orchestrating Synaptic Plasticity?
auteur
Maurizio De Pittà, Nicolas Brunel, Andrea Volterra
article
Neuroscience, Elsevier – International Brain Research Organization, 2016, 323, pp.43-61. <10.1016/j.neuroscience.2015.04.001>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01353308/file/DePitta_NeurosciRev_Manuscript_ArxiV.pdf BibTex
titre
Quantitative convergence towards a self similar profile in an age-structured renewal equation for subdiffusion
auteur
Hugues Berry, Thomas Lepoutre, Álvaro Mateos González
article
Acta Applicandae Mathematicae, Springer Verlag, 2016, pp.15-45
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https://hal.inria.fr/hal-01136667/file/Berry-Lepoutre-Mateos.pdf BibTex
titre
Francisella IglG protein and the DUF4280 proteins: PAAR- like proteins in non-canonical Type VI secretion systems?
auteur
Claire Lays, Eric Tannier, Thomas Henry
article
Microbial Cell , Shared Science Publishers OG, 2016, 3 (11), pp.576-578. <10.15698/mic2016.11.543>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01394403/file/2016A-Lays-Microbial-Cell.pdf BibTex

Conference papers

titre
Evolution of mutator populations in constant environments
auteur
Jacob Rutten, Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
article
2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, Netherlands. <http://evoevo.liris.cnrs.fr/evoevo-2016/>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01375669/file/EvoEvo2016_Rutten%20%281%29.pdf BibTex
titre
Open-Endedness: Definitions and Shortcuts
auteur
Susan Stepney, Guillaume Beslon
article
2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, Netherlands. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01375671/file/EvoEvo2016_stepney.pdf BibTex
titre
In Silico Experimental Evolution Highlights the Influence of Environmental Seasonality on Bacterial Diversification
auteur
Charles Rocabert, Carole Knibbe, Jessika Consuegra, Dominique Schneider, Guillaume Beslon
article
2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, Netherlands. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01375677/file/EvoEvo2016_Rocabert.pdf BibTex
titre
Evolvability drives innovation in viral genomes
auteur
Guillaume Beslon, Vincent Liard, Santiago Elena
article
2nd EvoEvo Workshop, satellite workshop of CCS2016, Sep 2016, Amsterdam, France. <http://evoevo.liris.cnrs.fr/evoevo-2016/>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01375665/file/EvoEvo2016_Beslon%20%281%29.pdf BibTex
titre
SITS-P2miner: Pattern-Based Mining of Satellite Image Time Series
auteur
Tuan Nguyen, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Rémi Andréoli
article
European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML-PKDD) Demo, Sep 2016, Riva del Garda, Italy. pp.63-66, 2016, <http://ecmlpkdd2016.org>. <10.1007/978-3-319-46131-1_14>
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titre
MoRIS: Model of Routes of Invasive Spread. Human-mediated dispersal, road network and invasion parameters
auteur
Jérôme Gippet, Serge Fenet, Adeline Dumet, Bernard Kaufmann, Charles Rocabert
article
5th International Conference on Ecology and Transportation: Integrating Transport Infrastructures with Living Landscapes, Aug 2016, Lyon, France. Proceedings of the IENE 2016 conference
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titre
Suivi de l’érosion par imagerie satellite et fouille de données spatio-temporelles
auteur
Catherine Pothier, Rémi Andréoli, Nicolas Méger, Christophe Rigotti
article
Journées Nationales de Géotechnique et de Géologie de l’Ingénieur, Jul 2016, Nancy, France. pp.1-8, 2016, <https://jngg2016.sciencesconf.org>
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BibTex
titre
In Silico Experimental Evolution suggests a complex intertwining of selection, robustness and drift in the evolution of genetic networks complexity
auteur
Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Guillaume Beslon
article
Artificial Life, Jul 2016, Cancun, Mexico. MIT Press, 2016, Proceedings of the Artificial Life Conference 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01375645/file/978-0-262-33936-0-ch036.pdf BibTex
titre
In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics
auteur
Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
article
Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. pp.79-82, 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01375657/file/knibbe.pdf BibTex
titre
A Commensal Architecture for Evolving Living Instruments
auteur
Jonas Abernot, Guillaume Beslon, Simon Hickinbotham, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
article
Conference on Computer Simulation of Musical Creativity, Jun 2016, Huddersfield, United Kingdom. pp.1-8, 2016, <https://csmc2016.wordpress.com>
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BibTex
titre
Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
auteur
Vincent Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
article
IC2016: Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01442727/file/IC2016_paper_36RepresentationSystemique.pdf BibTex
titre
Grouped frequent sequential patterns derived from terrestrial image time series tomonitor landslide behaviour – Application to the dynamics of the Sanières/Roche Plombée rockslide.
auteur
Youen Pericault, Catherine Pothier, Nicolas Méger, Emmanuel Trouvé, Flavien Vernier, Christophe Rigotti, Jean-Philippe Malet
article
Geophysical Research Abstracts – EGU General Assembly 2016, Apr 2016, Vienna, Austria. <http://www.egu2016.eu/>
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BibTex
titre
Comparative Genomics on Artificial Life
auteur
Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon, Eric Tannier
article
Computability in Europe, 2016, Paris, France. 9709, pp.35-44, Pursuit of the Universal, Lecture Notes in Computer Science
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BibTex
titre
Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l’assemblage de génomes actuels
auteur
Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Château, Eric Tannier, Sèverine Bérard
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01394409/file/anselmetti.pdf BibTex
titre
Dating with transfers
auteur
Adrián Davín, Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01394410/file/adrian.pdf BibTex
titre
Nucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all
auteur
Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01394417/file/wandrille.pdf BibTex
titre
Genome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions
auteur
Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier
article
WABI 2016, 2016, Aarhus, Denmark. 9838, pp.162-173, Algorithms for Bioinformatics, Lecture Notes in Computer Science
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Book section

titre
Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence)
auteur
Eric Tannier
article
Kao, Ming-Yang. Encyclopedia of Algorithms, Springer, pp.2028-2032, 2016
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BibTex
titre
Ancestral Reconstruction: Theory and Practice
auteur
Mathieu Groussin, Manolo Gouy, Vincent Daubin, Eric Tannier
article
Richard M. Kliman. Encyclopedia of Evolutionary Biology, Elsevier, pp.70-77, 2016
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Poster communications

titre
Unexpected genome inflation and streamlining in variable environments
auteur
Bérénice Batut, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
article
Journées ouvertes de Biologie Informatique & Mathématiques 2016, Jun 2016, Lyon, France. pp.320-322, 2016
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Reports

titre
EvoEvo Deliverable 6.8
auteur
Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Santiago F. Elena, Dominique Schneider, Paulien Hogeweg, Susan Stepney, Christophe Rigotti
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577187/file/D6.8_V2.4.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 1.5
auteur
Dominique Schneider, Guillaume Beslon, José-Luis Carrasco, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet, A. Willemsen
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577130/file/D1.5_V2.1.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 1.6
auteur
Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577131/file/D1.6_V2.1.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 4.3
auteur
Susan Stepney, Guillaume Beslon, Tim Hoverd
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577166/file/EvoMachina-D4_3-v2.1.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 3.2
auteur
Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577155/file/D3.2_V1.2.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 3.1
auteur
Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577153/file/D3.1_V1.2.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 3.3
auteur
Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577156/file/D3.3_V1.2.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 3.4
auteur
Paulien Hogeweg, Guillaume Beslon, Susan Stepney
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577160/file/D3.4_V1.5.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 5.2
auteur
Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577180/file/evoevo-deliverable-d5.2.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 5.1
auteur
Guillaume Beslon, Jonas Abernot, Sergio Peignier, Christophe Rigotti
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577177/file/evoevo-deliverable-d5.1.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 6.6
auteur
Guillaume Beslon, Paulien Hogeweg
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577185/file/D6.6_V1.4.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 1.2
auteur
Santiago F. Elena, Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Otmane Lamrabet
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577126/file/D1.2_V1.5.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 1.4
auteur
Santiago F. Elena, Guillaume Beslon, Otmane Lamrabet, Dominique Schneider
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577128/file/D1.4_V1.6.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 1.3
auteur
Santiago F. Elena, Guillaume Beslon, Otmane Lamrabet, Dominique Schneider
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577127/file/D1.3_V1.5.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Synaptic plasticity emerging from chemical reactions
auteur
Ilya Prokin
article
T. 2016
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BibTex
titre
Limiting Hamilton-Jacobi equation for the large scale asymptotics of a subdiffusion jump-renewal equation.
auteur
Vincent Calvez, Pierre Gabriel, Álvaro Mateos González
article
2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Calvez-Gabriel-Mateos.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig3b2.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig2b.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig3c2.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig3c1.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig3b1.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig2a.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig1.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig3a2.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372949/file/Fig3a1.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells
auteur
Ophélie Arnaud, Sam Meyer, Elodie Vallin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
article
BMC Molecular Biology, BioMed Central, 2015, 16 (20), <10.1186/s12867-015-0048-2>
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titre
Crystal orientation mapping via ion channeling: An alternative to EBSD
auteur
Cyril Langlois, Thierry Douillard, Hui Yuan, Nicholas Blanchard, Armel Descamps-Mandine, Bertrand Van de Moortèle, Christophe Rigotti, Thierry Epicier
article
Ultramicroscopy, Elsevier, 2015, 157, pp.65-72. <10.1016/j.ultramic.2015.05.023>
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titre
A mathematical model of leptin resistance
auteur
Marine Jacquier, Hédi A. Soula, Fabien Crauste
article
Mathematical Biosciences, Elsevier, 2015, 267, <10.1016/j.mbs.2015.06.008>
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https://hal.inria.fr/hal-01233483/file/model_leptin_resistance.pdf BibTex
titre
Suppression of IGF-I signals in neural stem cells enhances neurogenesis and olfactory function during aging
auteur
Zayna Chaker, Saba Aïd, Hugues Berry, Martin Holzenberger
article
Aging Cell, Wiley Open Access, 2015, pp.847-856. <10.1111/acel.12365>
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https://hal.inria.fr/hal-01163564/file/ChakerAgingCell2015.pdf BibTex
titre
Predicting pathogen-specific CD8 T cell immune responses from a modeling approach.
auteur
F Crauste, E Terry, I Le Mercier, J Mafille, S Djebali, T Andrieu, Brigitte Mercier, G Kaneko, C Arpin, J Marvel, O Gandrillon
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2015, 374, pp.66-82. <10.1016/j.jtbi.2015.03.033>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01242319/file/Crauste-et-al-JTB-2015-final-version.pdf BibTex
titre
Impact of visual contact on vocal interaction dynamics of pair bonded birds
auteur
Emilie C Perez, Marie Fernandez, Simon C. Griffith, Clémentine Vignal, Hedi Soula
article
Animal Behaviour, Elsevier Masson, 2015, 107, pp.125-137. <10.1016/j.anbehav.2015.05.019>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01253146/file/manuscript_perez_et_al.pdf BibTex
titre
Model of adipose tissue cellularity dynamics during food restriction
auteur
Hédi Soula, A. Géloën, C.O. Soulage
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2015, 364, pp.10. <10.1016/j.jtbi.2014.08.046>
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titre
Endocannabinoids mediate bidirectional striatal spike-timing dependent plasticity
auteur
Yihui Cui, Vincent Paille, Hao Xu, Stéphane Genet, Bruno Delord, Elodie Fino, Hugues Berry, Laurent Venance
article
Journal of Physiology, Wiley, 2015, 593 (13), pp.2833-2849. <10.1113/JP270324>
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https://hal.inria.fr/hal-01141205/file/Cuietal2015JPhysiol_Final.pdf BibTex
titre
Physiological resonance between mates through calls as possible evidence of empathic processes in songbirds
auteur
Emilie C. Perez, Julie E. Elie, Ingrid C. A. Boucaud, Thomas Crouchet, Christophe O. Soulage, Frédéric E. Theunissen, Clémentine Vignal, Hedi A Soula
article
Hormones and Behavior, Elsevier, 2015, 75, pp.130–141. <10.1016/j.yhbeh.2015.09.002>
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titre
Karyotype and Gene Order Evolution from Reconstructed Extinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity of Modern Rosid Crops
auteur
Florent Murat, Rongzhi Zhang, Sébastien Guizard, Haris Gavranovic, Raphael Flores, Delphine Steinbach, Hadi Quesneville, Eric Tannier, Jérôme Salse
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.735-749. <10.1093/gbe/evv014>
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titre
Hysteresis of White Adipose Tissue
auteur
Alain Geloen, Hédi Soula, Lilas Hadji, Emmanuelle Berger
article
Open Journal of Endocrine and Metabolic Diseases, Scientific Research Publishing, 2015, 5 (10), pp.138
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titre
Sequential pattern mining for discovering gene interactions and their contextual information from biomedical texts
auteur
Peggy Cellier, Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux, Olivier Gandrillon, Jiri Klema, Jean-Luc Manguin
article
Journal of Biomedical Semantics, BioMed Central, 2015, 6, pp.1-27. <http://dx.doi.org/10.1186/s13326-015-0023-3>. <10.1186/s13326-015-0023-3>
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titre
The inference of gene trees with species trees
auteur
Gergely Szöllősi, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau
article
Systematic biology., 2015, Special Issue: Mathematical and Computational Evolutionary Biology (2013), 64 (1), pp.e42-e62. <10.1093/sysbio/syu048>
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titre
Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding
auteur
Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Château, Eric Tannier, Sèverine Bérard
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S11. <10.1186/1471-2164-16-S10-S11>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01180303/file/1471-2164-16-S10-S11.pdf BibTex
titre
Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join
auteur
Priscila Biller, Laurent Guéguen, Eric Tannier
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S7. <10.1186/1471-2105-16-S14-S7>
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https://hal.inria.fr/hal-01179597/file/1471-2105-16-S14-S7.pdf BibTex
titre
Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies
auteur
Magali Semeria, Eric Tannier, Laurent Guéguen
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S5. <10.1186/1471-2105-16-S14-S5>
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https://hal.inria.fr/hal-01179596/file/1471-2105-16-S14-S5.pdf BibTex
titre
Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence
auteur
Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S9. <10.1007/978-3-319-19048-8_16>
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https://hal.inria.fr/hal-01179197/file/1471-2164-16-S10-S9.pdf BibTex
titre
Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi
auteur
G.J. Szollosi, Adrián Davin, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau
article
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), Royal Society, The, 2015, 370, 20140335 (11 p.). <10.1098/rstb.2014.0335 >
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Conference papers

titre
Enforcing Security and Assurance Properties in Cloud Environment
auteur
Aline Bousquet, Jérémy Briffaut, Eddy Caron, Eva María Dominguez, Javier Franco, Arnaud Lefray, Oscar López, Saioa Ros, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Christian Toinard, Mikel Uriarte
article
8th IEEE/ACM International Conference on Utility and Cloud Computing (UCC 2015), Dec 2015, Limassol, Cyprus. 2015, 8th IEEE/ACM International Conference on Utility and Cloud Computing. <http://cyprusconferences.org/ucc2015>
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https://hal.inria.fr/hal-01240557/file/UCC_2015.pdf BibTex
titre
Swap Randomization of Bases of Sequences for Mining Satellite Image Time Series
auteur
Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier
article
European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD), Sep 2015, Porto, Portugal. pp.190-205, 2015, Lecture Notes in Computer Science volume 9285
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titre
Subspace Clustering for all Seasons
auteur
Sergio Peignier, Christophe Rigotti, Guillaume Beslon
article
EvoEvo Workshop (satellite workshop of ECAL 2015), Jul 2015, york, United Kingdom. pp.1-3, 2015
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https://hal.inria.fr/hal-01252793/file/EvoEvo2015_submission_2.pdf BibTex
titre
Towards a Integrated Evolutionary Model to Study Evolution of Evolution
auteur
Charles Rocabert, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
article
EvoEvo Workshop (Satellite workshop of ECAL 2015), Jul 2015, York, United Kingdom
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https://hal.inria.fr/hal-01252796/file/EvoEvo2015_submission_5.pdf BibTex
titre
A swap randomization approach for mining motion field time series over the Argentiere glacier
auteur
Youen Pericault, Catherine Pothier, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Flavien Vernier, Ha-Tai Pham, Emmanuel Trouvé
article
2015 8th International Workshop on the Analysis of Multitemporal Remote Sensing Images (Multi-Temp), Jul 2015, Annecy, France. 2015 8th International Workshop on the Analysis of Multitemporal Remote Sensing Images (Multi-Temp), pp.1-4, 2015, <http://www.ieee.org/>. <10.1109/Multi-Temp.2015.7245757>
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titre
Subspace Clustering Using Evolvable Genome Structure
auteur
Sergio Peignier, Christophe Rigotti, Guillaume Beslon
article
Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO), Jul 2015, Madrid, Spain. Proceedings of the 2015 on Genetic and Evolutionary Computation Conference, pp.575-582, 2015
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BibTex
titre
Modeling and evaluating human-mediated dispersal mechanisms at landscape scale: a study of road network and invasion parameters for Lasius neglectus ants invasive species
auteur
Jérôme Gippet, Charles Rocabert, Serge Fenet, Adeline Dumet, Bernard Kaufmann
article
World Conference on Natural Resource Modeling, Jul 2015, Bordeaux, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01242828/file/Gippet_Rocabert_Fenet_Dumet_Kaufmann-RMA-2015_Abstract.pdf BibTex
titre
Epigenetic inheritance speeds up evolution of artificial organisms
auteur
Yoram Vadée-Le-Brun, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Guillaume Beslon
article
European Conference on Artificial Life, Jul 2015, York, United Kingdom. Proceedings of the European Conference on Artificial Life. <10.7551/978-0-262-33027-5-ch078>
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https://hal.inria.fr/hal-01248383/file/main.pdf BibTex
titre
Microarchitecture-Aware Virtual Machine Placement under Information Leakage Constraints
auteur
Arnaud Lefray, Eddy Caron, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Christian Toinard
article
IEEE. 8th IEEE International Conference on Cloud Computing (IEEE Cloud 2015), Jun 2015, New-York, United States. pp.588 – 595 2015, Cloud Computing (CLOUD), 2015 IEEE 8th International Conference on <10.1109/CLOUD.2015.84>
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https://hal.inria.fr/hal-01240573/file/cloud-2015.pdf BibTex

Books

titre
Foundations of Coding: Compression, Encryption, Error-Correction
auteur
Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette
article
Wiley, pp.376, 2015, 978-1-118-88144-6
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Reports

titre
EvoEvo Deliverable 2.2
auteur
Guillaume Beslon, Charles Rocabert
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577135/file/D2.2_V2.1.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 2.4
auteur
Guillaume Beslon, Charles Rocabert
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577140/file/D2.4_V1.1.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 2.8
auteur
Guillaume Beslon, Charles Rocabert
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577149/file/D2.8_V1.1.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 2.6
auteur
Guillaume Beslon, Charles Rocabert
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577144/file/D2.6_V1.1.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 6.5
auteur
Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Paulien Hogeweg, Dominique Schneider, Susan Stepney
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577184/file/D6.5_V1.6.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 2.7
auteur
Guillaume Beslon, Charles Rocabert
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577147/file/D2.7_V1.3.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Reductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum
auteur
Bérénice Batut, Carole Knibbe, Gabriel Marais, Vincent Daubin
article
Nature Reviews Microbiology, 2014, 12 (12), pp.841-850. <10.1038/nrmicro3331>
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BibTex
titre
Stochastic Fluctuations and Distributed Control of Gene Expression Impact Cellular Memory
auteur
Guillaume Corre, Daniel Stockholm, Ophélie Arnaud, Gaël Kaneko, José Viñuelas, Yoshiaki Yamagata, Thi My Anh Neildez-Nguyen, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, András Paldi
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (12), pp.e115574. <10.1371/journal.pone.0115574>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01370311/file/PlosOne.pdf BibTex
titre
Spatial distributions at equilibrium under heterogeneous transient subdiffusion
auteur
Hugues Berry, H. A. Soula
article
Frontiers in Physiology, Frontiers, 2014, 5, 437 (8 p.). <http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fphys.2014.00437/>. <10.3389/fphys.2014.00437>
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https://hal.inria.fr/hal-01077735/file/BerrySoulaFrontPhys2014.pdf BibTex
titre
Counting and sampling SCJ small parsimony solutions
auteur
István Miklós, Sándor Z. Kiss, Eric Tannier
article
Journal of Theoretical Computer Science (TCS), Elsevier, 2014, 552, pp.83-98. <10.1016/j.tcs.2014.07.027>
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BibTex
titre
Torsion-Mediated Interaction between Adjacent Genes
auteur
Sam Meyer, Guillaume Beslon
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 10 (9), pp.e1003785. <10.1371/journal.pcbi.1003785>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01090990/file/Meyer14.pdf BibTex
titre
White Adipose Tissue Resilience to Insulin Deprivation and Replacement
auteur
Lilas Hadji, Emmanuelle Berger, Hédi Soula, Hubert Vidal, Alain Géloën
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (8), pp.10. <10.1371/journal.pone.0106214>
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BibTex
titre
Anomalous diffusion due to hindering by mobile obstacles undergoing Brownian motion or Orstein-Ulhenbeck processes
auteur
Hugues Berry, Hugues Chaté
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2014, 89 (2), 022708 (9 p.). <http://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevE.89.022708>. <10.1103/PhysRevE.89.022708>
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https://hal.inria.fr/inria-00575651/file/BerryChate_Revised.pdf BibTex
titre
Sparse short-distance connections enhance calcium wave propagation in a 3D model of astrocyte networks
auteur
Jules Lallouette, Maurizio De Pittà, Eshel Ben Jacob, Hugues Berry
article
Frontiers in Computational Neuroscience, Frontiers, 2014, 8, 45 (18 p.). <http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fncom.2014.00045>. <10.3389/fncom.2014.00045>
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https://hal.inria.fr/hal-00967106/file/LallouetteFrontiersCN2014.pdf BibTex
titre
Space-induced bifurcation in repression-based transcriptional circuits
auteur
Amanda Lo Van, Hédi Soula, Hugues Berry
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8, 125 (14 p.). <http://www.biomedcentral.com/1752-0509/8/125>
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https://hal.inria.fr/hal-01068558/file/LoVan2014_BMC.pdf BibTex
titre
The topology of astrocyte networks controls the propagation of intercellular calcium waves
auteur
Jules Lallouette, Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob, Hugues Berry
article
BMC Neuroscience, BioMed Central, 2014, 15 (Suppl 1), P205 (2 p.)
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https://hal.inria.fr/hal-01026523/file/1471-2202-15-S1-P205.pdf BibTex
titre
Astrocytic theory of working memory
auteur
Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob, Hugues Berry
article
BMC Neuroscience, BioMed Central, 2014, 15 (Suppl 1), P206 (2 p.)
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https://hal.inria.fr/hal-01026524/file/1471-2202-15-S1-P206.pdf BibTex
titre
A Model for Genome Size Evolution
auteur
Stephan Fischer, Samuel Bernard, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2014, 76 (9), pp.2249 – 2291. <10.1007/s11538-014-9997-8>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01090984/file/Fischer14.pdf BibTex
titre
Comments to the Editor. Reply to the Comment by V.P. Shkilev on “Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium
auteur
Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon, Hugues Berry
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2014, 106 (11), pp.2544-2546. <http://www.cell.com/biophysj/abstract/S0006-3495(14)00453-6>. <10.1016/j.bpj.2014.03.052>
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https://hal.inria.fr/hal-00956603/file/BJ2014_ReplyShkilev.pdf BibTex
titre
A predictive model of the dynamics of body weight and food intake in rats submitted to caloric restrictions.
auteur
Marine Jacquier, Fabien Crauste, Christophe O Soulage, Hédi A Soula
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (6), pp.e100073. <10.1371/journal.pone.0100073>
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https://hal.inria.fr/hal-01017357/file/journal.pone.0100073.pdf BibTex
titre
Glutamate Mediated Astrocytic Filtering of Neuronal Activity
auteur
Gilad Wallach, Jules Lallouette, Nitzan Herzog, Maurizio De Pittà, Eshel Ben Jacob, Hugues Berry, Yael Hanein
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 12 (10), e1003964 (19 p.). <10.1371/journal.pcbi.1003964>
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https://hal.inria.fr/hal-01077738/file/Wallach_etal_Final.pdf BibTex

Conference papers

titre
Que peut nous apprendre la dynamique vocale d’un groupe social d’oiseaux chanteurs sur la composition de ce groupe ?
auteur
Isabelle George, Hédi Soula, Martine Hausberger, Clémentine Vignal
article
Rencontres annuelles du GDR d’Ethologie, Oct 2014, Tours, France
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BibTex
titre
What happened to my genes? Insights on gene family dynamics from digital genetics experiments
auteur
Carole Knibbe, David Parsons
article
Sayama, H. et al. ALIFE 14 (14th Intl. Conf. on the Synthesis and Simulation of Living Systems), Jul 2014, New York, NY, United States. MIT Press, pp.33-40, 2014, <10.7551/978-0-262-32621-6-ch006>
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BibTex
titre
Iterative Summarization of Satellite Image Time Series
auteur
Felicity Lodge, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Catherine Pothier, Marie-Pierre Doin
article
IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS 2014), Jul 2014, Québec, Canada. 2014
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BibTex
titre
Monitoring of Tectonic Deformation by Mining Satellite Image Time Series
auteur
Christophe Rigotti, Felicity Lodge, Nicolas Méger, Catherine Pothier, Romain Jolivet, Cécile Lasserre
article
Reconnaissance de Formes et Intelligence Artificielle (RFIA) 2014, Jun 2014, Rouen, France. pp.6, 2014
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00988907/file/Rigotti_RFIA_2014_final.pdf BibTex
titre
Improving Users’ Isolation in IaaS: Virtual Machine Placement with Security Constraints
auteur
Eddy Caron, Jonathan Rouzaud-Cornabas
article
7th IEEE International Conference on Cloud Computing (IEEE Cloud 2014), Jun 2014, Anchorage, United States. IEEE, pp.8, 2014, IEEE 7th International Conference on Cloud Computing. <http://www.thecloudcomputing.org/2014/>. <10.1109/CLOUD.2014.19>
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https://hal.inria.fr/hal-01240592/file/IPDPS14_userisolation.pdf BibTex
titre
Effects of Cellular Homeostatic Intrinsic Plasticity on Dynamical and Computational Properties of Biological Recurrent Neural Networks
auteur
Jeremie Naudé, Bruno Cessac, Hugues Berry, Bruno Delord
article
LACONEU 2014, Jan 2014, Valparaiso, Chile. 33, 1 page, 2014
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BibTex

Reports

titre
EvoEvo Deliverable 2.3
auteur
Guillaume Beslon, Paulien Hogeweg, Carole Knibbe, Charles Rocabert, Susan Stepney
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577138/file/D2.3.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 6.2
auteur
Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Dominique Schneider
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577183/file/D6.2_V1.3.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 2.5
auteur
Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Charles Rocabert
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577142/file/D2.5_V1.2.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 6.1
auteur
Guillaume Beslon
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577182/file/D6.1_V1.2.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 2.1
auteur
Guillaume Beslon, Paul Andrews, Carole Knibbe, Charles Rocabert
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhône-Alpes. 2014
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577134/file/D2.1_V1.6.pdf BibTex
titre
EvoEvo Deliverable 1.1
auteur
Dominique Schneider, Guillaume Beslon, Santiago F. Elena, Otmane Lamrabet
article
[Research Report] INRIA Grenoble – Rhone-Alpes. 2014
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01577124/file/D1.1.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
L’ADN, mémoire numérique du vivant
auteur
Vincent Daubin, Simon Penel, Eric Tannier
article
Pour la science, Paris : E. Belin, 2013, pp.102-108
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BibTex
titre
FPSAC: Fast Phylogenetic Scaffolding of Ancient Contigs
auteur
Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (23), pp.2987-2994. <10.1093/bioinformatics/btt527>
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BibTex
titre
Modelling adipocytes size distribution
auteur
H. A. Soula, H. Julienne, C O Soulage, A Géloën
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2013, 332, pp.89-95. <10.1016/j.jtbi.2013.04.025>
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titre
Efficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees.
auteur
Gergely J Szöllosi, Wojciech Rosikiewicz, Bastien Boussau, Eric Tannier, Vincent Daubin
article
Systematic Biology, Oxford University Press (OUP), 2013, 62 (6), pp.901-912. <10.1093/sysbio/syt054>
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titre
Finding maximal homogeneous clique sets
auteur
Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Marc Plantevit, Olivier Gandrillon
article
Knowledge and Information Systems (KAIS), Springer, 2013, 35 (1), pp.1-30. <10.1007/s10115-013-0625-y>
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titre
Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts.
auteur
José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Elodie Vallin, Valérie Morin, Camila Mejia-Pous, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
article
BMC Biology, BioMed Central, 2013, 11 (1), pp.15. <10.1186/1741-7007-11-15>
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00817963/file/1741-7007-11-15.pdf BibTex
titre
Chronic treatment with myo-inositol reduces white adipose tissue accretion and improves insulin sensitivity in female mice
auteur
Marine L Croze, Roxane E Vella, Nicolas J Pillon, Hédi A Soula, Lilas Hadji, Michel Guichardant, Christophe O Soulage
article
Journal of Nutritional Biochemistry, Elsevier, 2013, 24 (2), pp.457-66. <10.1016/j.jnutbio.2012.01.008>
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titre
Genome-scale coestimation of species and gene trees.
auteur
Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, Laurent Duret, Manolo Gouy, Eric Tannier, Vincent Daubin
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2013, 23, pp.323-330. <10.1101/gr.141978.112>
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titre
Lateral Gene Transfer from the Dead.
auteur
Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Nicolas Lartillot, Vincent Daubin
article
Systematic Biology, Oxford University Press (OUP), 2013, 62 ( 3), pp.386-397. <10.1093/sysbio/syt003>
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titre
Receptor clustering affects signal transduction at the membrane level in the reaction-limited regime.
auteur
Bertrand R Caré, Hédi A Soula
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2013, 87 (1), pp.012720. <10.1103/PhysRevE.87.012720>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00858439/file/Care2013_PRE_receptor_clustering_transduction_author_manuscript.pdf BibTex
titre
p-Cresyl sulfate promotes insulin resistance associated with CKD
auteur
Laetitia Koppe, Nicolas J Pillon, Roxane E Vella, Marine L Croze, Caroline C Pelletier, Stéphane Chambert, Ziad Massy, Griet Glorieux, Raymond Vanholder, Yann Dugenet, Hédi A Soula, Denis Fouque, Christophe O Soulage
article
Journal of the American Society of Nephrology, American Society of Nephrology, 2013, 24 (1), pp.88-99. <10.1681/ASN.2012050503>
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titre
Parameter-less co-clustering for star-structured heterogeneous data
auteur
Dino Ienco, Céline Robardet, Ruggero Pensa, Rosa Meo
article
Data Mining and Knowledge Discovery, Springer Verlag, 2013, 26 (2), pp.217-254. <10.1007/s10618-012-0248-z>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00794744/file/mt2012-pub00036393.pdf BibTex
titre
Effects of Cellular Homeostatic Intrinsic Plasticity on Dynamical and Computational Properties of Biological Recurrent Neural Networks.
auteur
Jérémie Naudé, Bruno Cessac, Hugues Berry, Bruno Delord
article
Journal of Neuroscience, Society for Neuroscience, 2013, 33 (38), pp.15032-15043. <10.1523/JNEUROSCI.0870-13.2013>
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https://hal.inria.fr/hal-00844218/file/JN_Naude2013.pdf BibTex
titre
Lateral gene transfer, rearrangement, reconciliation
auteur
Murray Patterson, Gergely Szöllősi, Vincent Daubin, Eric Tannier
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S4
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https://hal.inria.fr/hal-00873233/file/1471-2105-14-S15-S4.pdf BibTex
titre
Gene tree correction guided by orthology
auteur
Manuel Lafond, Magali Semeria, Krister M. Swenson, Eric Tannier, Nadia El-Mabrouk
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S5
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https://hal.inria.fr/hal-00873235/file/1471-2105-14-S15-S5.pdf BibTex
titre
In silico experimental evolution: a tool to test evolutionary scenarios
auteur
Bérénice Batut, David P. Parsons, Stephan Fischer, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S11
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https://hal.inria.fr/hal-00873232/file/1471-2105-14-S15-S11.pdf BibTex
titre
Anomalous versus slowed-down Brownian diffusion in the ligand-binding equilibrium
auteur
Hédi Soula, Bertrand Caré, Guillaume Beslon, Hugues Berry
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2013, 105 (9), pp.2064-2073. <10.1016/j.bpj.2013.07.023>
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https://hal.inria.fr/hal-00720515/file/Soulaetal_2013.pdf BibTex
titre
Localization of protein aggregation in Escherichia coli is governed by diffusion and nucleoid macromolecular crowding effect
auteur
Anne-Sophie Coquel, Jean-Pascal Jacob, Maël Primet, Alice Demarez, Mariella Dimiccoli, Thomas Julou, Lionel Moisan, Ariel Lindner, Hugues Berry
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2013, 9 (4), e1003038 (14 p.). <http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1003038;jsessionid=69FBBBC71EF265175352FBF82B47FEE4>. <10.1371/journal.pcbi.100303>
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https://hal.inria.fr/hal-00798053/file/Coqueleal_PlosCB.pdf BibTex

Conference papers

titre
GFS-pattern extraction in satellite image time series: application to the monitoring of Mount Etna
auteur
Felicity Lodge, Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Lionel Gueguen, Catherine Pothier, Remi Andreoli, Marie-Pierre Doin, Mihai Datcu
article
Atelier Mesure de Déformations par Imagerie Spatiale, Oct 2013, Autrans, France. pp.1-1, 2013
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titre
An alife game to teach evolution of antibiotic resistance
auteur
Guillaume Beslon, Bérénice Batut, David P. Parsons, Dominique Schneider, Carole Knibbe
article
ECAL – 12th European Conference on Artificial Life – 2013, Sep 2013, Taormina, Italy. MIT Press, 2013
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titre
Endocannabinoids mediate spike-timing dependent potentiation and depression: a model-based experimental approach
auteur
Yihui Cui, Vincent Paille, Bruno Delord, Stéphane Genet, Elodie Fino, Laurent Venance, Hugues Berry
article
Cymbalyuk, Gennady S. and Prinz, Astrid A. the Twenty Second Annual Computational Neuroscience Meeting: CNS*2013, Jul 2013, Paris, France. Biomed Central, 14 (Suppl 1), O1 (2 p.), 2013, <10.1186/1471-2202-14-S1-O1>
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00842298/file/1471-2202-14-S1-O1.pdf BibTex
titre
Fouille de données spatio-temporelles appliquée aux séries d’images satellite
auteur
Christophe Rigotti, Nicolas Meger, Felicity Lodge, Catherine Pothier
article
Cité des Sciences et de l’Industrie – Rencontres du Numérique de l’ANR, Apr 2013, Paris, France. 2013
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Book section

titre
Modélisation de la diffusion-réaction dans les milieux intracellulaires encombrés
auteur
Hugues Berry
article
Glade, Nicolas and Stéphanou, Angélique. Le vivant discret et continu, Editions Matériologiques, pp.241-266, 2013, 978-2-919694-24-2
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titre
De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs
auteur
Hugues Berry, Guillaume Beslon
article
Franck Varenne and Marc Silberstein. Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, 1, Editions Matériologiques, Paris, 2013, 978-2-919694-19-8
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titre
L’évolution expérimentale in silico
auteur
Carole Knibbe
article
Franck Varenne and Marc Silberstein. Modéliser et simuler – Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation – Tome 1, Editions Matériologiques, pp.581-610, 2013, 978-2-919694-19-8
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BibTex
titre
Duplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later
auteur
Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Laurent Gueguen, Magali Semeria, Eric Tannier
article
Models and Algorithms for Genome Evolution, 19, Springer, pp.47-62, 2013, Series Computational Molecular Biology, 978-1-4471-5297-2
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Directions of work or proceedings

titre
Models and Algorithms for Genome Evolution
auteur
Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Eric Tannier
article
Springer, pp.318, 2013, 978-1-4471-5297-2
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Books

titre
Théorie des Codes : compression, cryptage, correction, 2e edition
auteur
Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette
article
Dunod, pp.384, 2013, Sciences Sup, 9782100599110
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Poster communications

titre
Endocannabinoids mediate spike-timing dependent potentiation and depression: a model-based experimental approach
auteur
Yihui Cui, Vincent Paille, Bruno Delord, Stéphane Genet, Elodie Fino, Laurent Venance, Hugues Berry
article
Twenty Second Annual Computational Neuroscience Meeting : CNS 2013, Jul 2013, Paris, France. 14 (Suppl 1), O1 (1 p.), 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00842299/file/1471-2202-14-S1-O1.pdf BibTex

Theses

titre
Analyse et modélisation de la stochasticité de l’expression génique dans des cellules eucaryotes
auteur
Gaël Kaneko
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. INSA de Lyon, 2013. Français. <NNT : 2013ISAL0099>
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00926607/file/these_Kaneko_Gael_2013.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
The genome of the medieval Black Death agent (extended abstract)
auteur
Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve
article
Extended abstract of a talk presented at the conference JOBIM 2013, https://colloque.inra.fr/jobi.. 2013
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https://arxiv.org/pdf/1307.7642 BibTex
titre
Hypergraph covering problems motivated by genome assembly questions
auteur
Cedric Chauve, Murray Patterson, Ashok Rajaraman
article
13 pages+3 page appendix A short version will appear in the proceedings of IWOCA 2013. 2013
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https://arxiv.org/pdf/1306.4353 BibTex

2012

Journal articles

titre
Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.
auteur
Gergely J Szöllosi, Bastien Boussau, Sophie S Abby, Eric Tannier, Vincent Daubin
article
Proceedings- National Academy of Sciences Usa, 2012, 109 (43), pp.17513-17518. <10.1073/pnas.1202997109>
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BibTex
titre
ANGES: reconstructing ANcestral GEnomeS maps.
auteur
Bradley R Jones, Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 28 (18), pp.2388-90. <10.1093/bioinformatics/bts457>
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BibTex
titre
Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies
auteur
Sèverine Bérard, Coralie Gallien, Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, Vincent Daubin, Eric Tannier
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 28 (18), pp.i382-i388. <10.1093/bioinformatics/bts374>
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BibTex
titre
Efficient Spatiotemporal Mining of Satellite Image Time Series for Agricultural Monitoring
auteur
Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Emmanuel Trouvé, Romain Jolivet, Philippe Bolon
article
Transactions on Machine Learning and Data Mining, IBAI Publishing, 2012, 5 (1), pp.23-44
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BibTex
titre
Approximating the number of Double Cut-and-Join scenarios
auteur
Istvan Miklos, Eric Tannier
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2012, 439, pp.30-40
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BibTex
titre
Chance at the heart of the cell.
auteur
Olivier Gandrillon, Delphine Kolesnik-Antoine, Jean-Jacques Kupiec, Guillaume Beslon
article
Prog Biophys Mol Biol, 2012, epub ahead of print. <10.1016/j.pbiomolbio.2012.05.006>
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BibTex
titre
Towards experimental manipulation of stochasticity in gene expression.
auteur
José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
article
Prog Biophys Mol Biol, 2012, epub ahead of print. <10.1016/j.pbiomolbio.2012.04.010>
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BibTex
titre
Modeling erythroblastic islands: using a hybrid model to assess the function of central macrophage.
auteur
S. Fischer, P. Kurbatova, N. Bessonov, Olivier Gandrillon, V. Volpert, Fabien Crauste
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2012, 298, pp.92-106. <10.1016/j.jtbi.2012.01.002>
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BibTex
titre
Lateral gene transfer as a support for the tree of life.
auteur
Sophie S Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2012, 109 (13), pp.4962-4967. <10.1073/pnas.1116871109>
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BibTex
titre
Computational quest for understanding the role of astrocyte signaling in synaptic transmission and plasticity
auteur
Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Vladimir Parpura, Andrea Volterra, Eshel Ben-Jacob
article
Frontiers in Computational Neuroscience, Frontiers, 2012, 6, 98 (25 p.). <10.3389/fncom.2012.00098>
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https://hal.inria.fr/hal-00762313/file/De_Pitta_2012_Frontiers_Manuscript.pdf BibTex
titre
The acoustic expression of stress in a songbird: does corticosterone drive isolation-induced modifications of zebra finch calls?
auteur
Emilie C Perez, Julie E Elie, Christophe O Soulage, Hédi A Soula, Nicolas Mathevon, Clémentine Vignal
article
Horm Behav, Journal-Full = Hormones and behavior, Elsevier, 2012, 61 (4), pp.573-81. <10.1016/j.yhbeh.2012.02.004>
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BibTex
titre
Membrane microdomains emergence through non-homogeneous diffusion.
auteur
Hédi Soula, Antoine Coulon, Guillaume Beslon
article
BMC Biophysics, BioMed Central, 2012, 5 (1), pp.6. <10.1186/2046-1682-5-6>
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00768564/file/2046-1682-5-6.pdf BibTex
titre
Linearization of ancestral multichromosomal genomes
auteur
Ján Maňuch, Murray Patterson, Roland Wittler, Cedric Chauve, Eric Tannier
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (Suppl 19), pp.S11. <10.1186/1471-2105-13-S19-S11>
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https://hal.inria.fr/hal-00773071/file/1471-2105-13-S19-S11.pdf BibTex
titre
An efficient kinetic model for assemblies of amyloid fibrils and its application to polyglutamine aggregation.
auteur
Stephanie Prigent, Annabelle Ballesta, Frédérique Charles, Natacha Lenuzza, Pierre Gabriel, Léon Matar Tine, Human Rezaei, Marie Doumic
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (11), pp.e43273. <10.1371/journal.pone.0043273>
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BibTex
titre
Large-scale Simulations on FPGAs: Finding the Asymptotic Critical Threshold of the Greenberg-Hastings Cellular Automata
auteur
Nikolaos Vlassopoulos, Nazim Fatès, Hugues Berry, Bernard Girau
article
Journal of Cellular Automata, Old City Publishing, 2012, 7 (1), pp.5-29. <http://www.oldcitypublishing.com/JCA/JCAabstracts/JCA7.1abstracts/JCAv7n1p5-29Vlassopoulos.html>
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BibTex
titre
Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity
auteur
Sebastian Grauwin, Guillaume Beslon, Eric Fleury, Sara Franceschelli, Céline Robardet, Jean-Baptiste Rouquier, Pablo Jensen
article
Journal of the American Society for Information Science and Technology, Association for Information Science and Technology (ASIS&T), 2012, pp.10.1002/asi.22644. <10.1002/asi.22644>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00706567/file/CSS.pdf BibTex
titre
New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution
auteur
Thomas Hindré, Carole Knibbe, Guillaume Beslon, Dominique Schneider
article
Nature Reviews Microbiology, Nature Publishing Group, 2012, 10, pp.352-365
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BibTex
titre
The acoustic expression of stress in a songbird : Does corticosterone drive isolaion-induced modifications of zebra finch call ?
auteur
Emilie C. Perez, Julie E. Elie, Christophe O. Soulage, Nicolas Mathevon, Clémentine Vignal, Hedi Soula
article
Hormones and Behavior, Elsevier, 2012, pp.573-581
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BibTex
titre
A THEORY of RATE CODING CONTROL by INTRINSIC PLASTICITY EFFECTS
auteur
Jérémie Naudé, Jeanne T. Paz, Hugues Berry, Bruno Delord
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2012, 8 (1), pp.e1002349. <10.1371/ journal.pcbi.1002349>
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https://hal.inria.fr/hal-00645336/file/PLoS2012_IP.pdf BibTex

Conference papers

titre
Normalized Mutual Information-Based Ranking of Spatio-Temporal Localization Maps
auteur
Nicolas Meger, Christophe Rigotti, Lionel Gueguen, Felicity Lodge, Catherine Pothier, Remi Andreoli, Mihai Datcu
article
8th European Spatial Agency (ESA) – EUSC – JRC Conference on Image Information Mining, Oct 2012, Oberpfaffenhofen, Germany. pp.11-14, 2012
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BibTex
titre
Topology drives calcium wave propagation in 3d astrocyte network
auteur
Jules Lallouette, Hugues Berry
article
Gilbert, Thomas and Kirkilionis, Markus and Nicolis, Gregoire. Proceedings of the European Conference on Complex Systems 2012, Sep 2012, Bruxelles, Belgium. pp.453-463, 2013, <10.1007/978-3-319-00395-5_56>
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BibTex
titre
Effects of public good properties on the evolution of cooperation
auteur
Dusan Misevic, Antoine Frenoy, David Parsons, Francois Taddei
article
Proceedings of Artificial Life XIII, Jul 2012, East Lansing, United States. pp.218–225, 2012
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BibTex
titre
The Paradoxical Effects of Allelic Recombination on Fitness
auteur
David Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
article
Proceedings of Artificial Life XIII, Jul 2012, East Lansing, France. pp.536–537, 2012
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BibTex
titre
Impact of Receptor clustering on the membrane-based stage of a signalling pathway
auteur
Bertrand Caré, Hedi Soula
article
BICOB, Feb 2012, Las Vegas, United States. 2012
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BibTex
titre
The Effect of Membrane Receptor Clustering on Spatio- temporal Cell Signalling Dynamics
auteur
Bertrand Caré, Hedi Soula
article
Proceedings of the 9th International Conference on Information Processing in Cells and Tissues 2012, 2012, Cambridge, United Kingdom. 7723, pp.50-61, 2012, LNCS. <10.1007/978-3-642-28792-3_8>
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BibTex
titre
Preserving Inversion Phylogeny Reconstruction
auteur
Matthias Bernt, Kun-Mao Chao, Jyun-Wei Kao, Martin Middendorf, Eric Tannier
article
WABI, 2012, Slovenia. pp.1-13, 2012
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BibTex
titre
Finding Collections of k-Clique Percolated Components in Attributed Graphs
auteur
Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon
article
Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD), 2012, Kuala Lumpur, Malaysia. 7302, pp.181–192, 2012, LNCS
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BibTex
titre
Finding Collections of Protein Modules in Protein-Protein Interaction Networks
auteur
Pierre-Nicolas Mougel, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon
article
Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), 2012, Las Vegas, United States. pp.216-222, 2012
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BibTex
titre
Topology drives calcium wave propagation in 3D astrocyte networks
auteur
Jules Lallouette, Hugues Berry
article
European Conference on Complex Systems 2012, 2012, Bruxelles, Belgium. pp.453-463, 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00758998/file/LallouetteBerryECCS2012.pdf BibTex

Poster communications

titre
The remarkable effect of network topology on calcium wave propagation in astrocyte networks
auteur
Jules Lallouette, Mati Goldberg, Maurizio De Pittà, Eshel Ben-Jacob, Hugues Berry
article
Multidisciplinary approaches to quantify astrocyte neuron signaling, Jul 2012, Barcelona, Spain. 1 p
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https://hal.inria.fr/hal-00759232/file/FENS_2012_poster.pdf BibTex
titre
Simulating evolutionary scenarios to test whether they can induce reductive evolution
auteur
Bérénice Batut, Mathilde Dumond, Gabriel Marais, Guillaume Beslon, Carole Knibbe
article
SMBE 2012 : Society for Molecular Biology and Evolution, Jun 2012, Dublin, Ireland
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BibTex

Theses

titre
Individual-based models for the functional impact of signalling proteins spatial distribution and diffusion heterogeneity
auteur
Bertrand Caré
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. INSA de Lyon, 2012. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00858499/file/Thesis_Bertrand_Care_Final.pdf BibTex
titre
Dynamique de l’agrégation protéique chez la bactérie Escherichia coli
auteur
Anne-Sophie Coquel
article
Sciences agricoles. INSA de Lyon, 2012. Français. <NNT : 2012ISAL0108>
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00778887/file/these.pdf BibTex
titre
Finding homogeneous collections of dense subgraphs using constraint-based data mining approaches
auteur
Pierre-Nicolas Mougel
article
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. INSA de Lyon, 2012. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00858751/file/thesis_2012_Mougel.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Optimal growth for linear processes with affine control
auteur
Vincent Calvez, Pierre Gabriel
article
2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00681920/file/CG_Ergodicity.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Robustness of the critical behavior in the stochastic Greenberg-Hastings cellular automaton model
auteur
Hugues Berry, Nazim Fatès
article
International Journal of Unconventional Computing, 2011, 7, pp.65-85
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BibTex
titre
Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
auteur
Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
article
Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, Springer Verlag, 2011, 130 (3), pp.211-228. <10.1007/s12064-010-0118-4>
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titre
Mapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem.
auteur
Haris Gavranović, Cedric Chauve, Jérôme Salse, Eric Tannier
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27 (13), pp.i257-65. <10.1093/bioinformatics/btr224>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00680540/file/GavranovicH2011.pdf BibTex
titre
Les complexités : point de vue d’un institut des systèmes complexes
auteur
Eric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sebastian Grauwin, Pablo Jensen, Nicolas Schabanel
article
Hermès, La Revue- Cognition, communication, politique, CNRS-Editions, 2011, pp.145-150
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titre
Unsupervised Spatiotemporal Mining of Satellite Image Time Series Using Grouped Frequent Sequential Patterns
auteur
Andreea Julea, Nicolas Méger, Philippe Bolon, Christophe Rigotti, Marie-Pierre Doin, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé, Vasile N. Lazarescu
article
IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 49 (4), pp.1417-1430. <10.1109/TGRS.2010.2081372>
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titre
Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.
auteur
Aïda Ouangraoua, Eric Tannier, Cedric Chauve
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27, pp.2664-2671
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titre
HYBRID MODEL OF ERYTHROPOIESIS AND LEUKEMIA TREATMENT WITH CYTOSINE ARABINOSIDE
auteur
Polina Kurbatova, Samuel Bernard, Nikolai Bessonov, Fabien Crauste, Ivan Demin, Charles Dumontet, Stephan Fischer, Vitaly Volpert
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2011, 71 (6), pp.2246-2268. <10.1137/100815517>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00538496/file/FinalVersion.pdf BibTex
titre
Application of Hybrid Models to Blood Cell Production in the Bone Marrow
auteur
Nikolai Bessonov, Fabien Crauste, Stephan Fisher, Polina Kurbatova, Vitaly Volpert
article
Math. Model. Nat. Phenom., 2011, 6 (7), pp.2-12
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titre
Impact of receptor clustering on ligand binding.
auteur
Bertrand Caré, Hédi Soula
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2011, 5 (1), pp.48. <10.1186/1752-0509-5-48>
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00663665/file/1752-0509-5-48.pdf BibTex
titre
Same-sex pair-bonds are equivalent to male-female bonds in a life-long socially monogamous songbird.
auteur
Julie E. Elie, Nicolas Mathevon, Clémentine Vignal, Hédi A Soula
article
Behavioral Ecology and Sociobiology, Springer Verlag, 2011, pp.2197-2208
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titre
Dynamics of communal vocalizations in a social songbird, the zebra finch (Taeniopygia guttata)
auteur
Julie E. Elie, Hédi A Soula, Nicolas Mathevon, Clémentine Vignal
article
Journal of the Acoustical Society of America, Acoustical Society of America, 2011, 129 (6), pp.4037-46. <10.1121/1.3570959>
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titre
Enhanced Stimulus Encoding Capabilities with Spectral Selectivity in Inhibitory Circuits by STDP
auteur
Antoine Coulon, Guillaume Beslon, Hédi Soula
article
Neural Computation, Massachusetts Institute of Technology Press (MIT Press), 2011, 23 (4), pp.882-908
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titre
Robustness of the Critical Behaviour in the Stochastic Greenberg-Hastings Cellular Automaton Model
auteur
Hugues Berry, Nazim Fatès
article
International Journal of Unconventional Computing, Old City Publishing, 2011, 7 (1-2), pp.65-85. <http://www.oldcitypublishing.com/IJUC/IJUCabstracts/IJUC7.1-2abstracts/IJUCv7n1-2p65-85Berry.html>
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titre
A tale of two stories: astrocyte regulation of synaptic depression and facilitation
auteur
Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2011, 7 (12), pp.e1002293. <http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1002293>. <10.1371/journal.pcbi.1002293>
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https://hal.inria.fr/inria-00633588/file/Manuscript_DePitta_PCB11_r1_final.pdf BibTex

Conference papers

titre
Mining Pixel Evolutions in Satellite Image Time Series for Agricultural Monitoring
auteur
Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Vasile Lazarescu
article
11th Industrial Conference on Data Mining ICDM 2011, Aug 2011, New-York, United States. pp.189-203, 2011, <10.1007/978-3-642-23184-1_15>
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titre
Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes
auteur
Carole Knibbe, David P. Parsons, Guillaume Beslon
article
Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), Aug 2011, Paris, France. MIT Press, pp.414–415, 2011, <https://mitpress.mit.edu/sites/default/files/titles/alife/0262297140chap63.pdf>
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titre
Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability.
auteur
David Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
article
Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), Aug 2011, Paris, France. pp.622–629, 2011, <https://mitpress.mit.edu/sites/default/files/titles/alife/0262297140chap95.pdf>
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titre
Polsar Radarsat-2 Satellite Image Time Series Mining Over the Chamonix Mont-Blanc Test Site
auteur
Andreea Julea, Fernanda Ledo, Nicolas Méger, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Christophe Rigotti, Renaud Fallourd, Jean-Marie Nicolas, Gabriel Vasile, Olivier Harant, Laurent Ferro-Famil
article
IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS 2011), Jul 2011, Vancouver, Canada. pp 1191-1194, 2011
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titre
Spatio-Temporal Mining of ENVISAT SAR Interferogram Time Series over the Haiyuan Fault in China
auteur
Nicolas Méger, Romain Jolivet, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé, Christophe Rigotti, Felicity Lodge, M.P. Doin, Stéphane Guillaso, Andreea Julea, Philippe Bolon
article
2011 6th International Workshop on the Analysis of Multi-temporal Remote Sensing Images (Multi-Temp), Jul 2011, Trento, Italy. 10.1109/Multi-Temp.2011.6005067, 2011, <10.1109/Multi-Temp.2011.6005067>
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titre
Automatic Abstraction and Fault Tolerance in Cortical Microachitectures
auteur
Atif Hashmi, Hugues Berry, Olivier Temam, Mikko Lipasti
article
38th ACM/IEEE International Symposium on Computer Architecture, ISCA 2011, Jun 2011, San Jose, CA, United States. 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00579771/file/ISCA_2011.pdf BibTex
titre
Extraction sous Contraintes d’Ensembles de Cliques Homogènes
auteur
Pierre-Nicolas Mougel, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Olivier Gandrillon, Jean-François Boulicaut
article
11eme Conference Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC’11), 2011, Brest, France. pp.1-12, 2011
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Accreditation to supervise research

titre
Evolution Combinatoire, Algorithmique des Chromosomes
auteur
Eric Tannier
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2011
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00750199/file/memoire_hdr.pdf BibTex

Books

titre
L’époque romantique contre la peine de mort
auteur
Eric Tannier
article
Editions Universitaires Européennes, pp.176, 2011
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Poster communications

titre
Chromatin is a major player in regulating gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells
auteur
José Viñuelas, Gaël Kaneko, Valérie Morin, Elodie Vallin, Antoine Coulon, Camila Meijia-Pous, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
article
Stochastic Systems Biology conference, Jul 2011, Ascona, Switzerland. 2011
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titre
Optimization of proton therapy ballistics using a genetic algorithm
auteur
François Smekens, Jean-Michel Létang, Nicolas Freud, Bruno Sixou, Guillaume Beslon
article
Particle Therapy Co-Operative Group, PTCOG, May 2011, Philadelphia (US), United States. 2011
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Theses

titre
Sélection indirecte en évolution Darwinienne : Mécanismes et implications
auteur
David Parsons
article
Sciences agricoles. INSA de Lyon, 2011. Français. <NNT : 2011ISAL0140>
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00715781/file/these.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Modelling Erythroblastic Islands: Using a Hybrid Model to Assess the Function of Central Macrophage
auteur
Stephan Fischer, Polina Kurbatova, Nikolai Bessonov, Olivier Gandrillon, Vitaly Volpert, Fabien Crauste
article
UMR5208. 2011
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00596682/file/manuscript.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Bayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join.
auteur
István Miklós, Eric Tannier
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (24), pp.3012-9. <10.1093/bioinformatics/btq574>
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titre
Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.
auteur
Florent Murat, Jian-Hong Xu, Eric Tannier, Michael Abrouk, Nicolas Guilhot, Caroline Pont, Joachim Messing, Jérôme Salse
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2010, 20 (11), pp.1545-57. <10.1101/gr.109744.110>
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titre
Du chaos dans les neurones
auteur
Bruno Cessac, Hugues Berry
article
Interstices, INRIA, 2010, <https://interstices.info/jcms/n_48652/du-chaos-dans-les-neurones>
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titre
Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.
auteur
Cedric Chauve, Haris Gavranovic, Aida Ouangraoua, Eric Tannier
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2010, 17 (9), pp.1097-112. <10.1089/cmb.2010.0092>
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titre
Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.
auteur
Michael Abrouk, Florent Murat, Caroline Pont, Joachim Messing, Scott Jackson, Thomas Faraut, Eric Tannier, Christophe Plomion, Richard Cooke, Catherine Feuillet, Jérôme Salse
article
Trends in Plant Science, Elsevier, 2010, 15 (9), pp.479-87. <10.1016/j.tplants.2010.06.001>
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BibTex
titre
Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
auteur
Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, Marie-France Sagot
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (15), pp.1897-8. <10.1093/bioinformatics/btq301>
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titre
Dendritic signals command firing dynamics in a mathematical model of cerebellar Purkinje cells.
auteur
Stéphane Genet, Loïc Sabarly, Emmanuel Guigon, Hugues Berry, Bruno Delord
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2010, 99 (2), pp.427-36. <10.1016/j.bpj.2010.04.056>
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BibTex
titre
Quantitative structure-activity relationship for 4-hydroxy-2-alkenal induced cytotoxicity in L6 muscle cells
auteur
Nicolas J Pillon, Laurent Soulère, Roxane E Vella, Marine Croze, Bertrand R Caré, Hedi A Soula, Alain Doutheau, Michel Lagarde, Christophe O Soulage
article
Chemico-Biological Interactions, Elsevier, 2010, 188 (1), pp.171-80. <10.1016/j.cbi.2010.06.015>
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titre
Cirsimarin, a potent antilipogenic flavonoid, decreases fat deposition in mice intra-abdominal adipose tissue
auteur
B. Zarrouki, N J Pillon, E Kalbacher, H. A. Soula, G Nia N’Jomen, L Grand, S. Chambert, A Geloen, C O Soulage
article
International Journal of Obesity, Nature Publishing Group, 2010, 34 (11), pp.1566-75. <10.1038/ijo.2010.85>
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titre
Vocal communication at the nest between mates in wild zebra finches: a private vocal duet?
auteur
Julie E. Elie, Mylène M. Mariette, Simon C. Griffith, Nicolas Mathevon, Clémentine Vignal, Hedi A Soula
article
Animal Behaviour, Elsevier Masson, 2010, 80, pp.597-605. <10.1016/j.anbehav.2010.06.003>
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titre
From Digital Genetics to Knowledge Discovery: Perspectives in Genetic Network Understanding
auteur
Guillaume Beslon, David P. Parsons, Jose-Maria Pena, Christophe Rigotti, Yolanda Sanchez-Dehesa
article
Intelligent Data Analysis, IOS Press, 2010, 14 (2), pp.173–191. <10.3233/IDA-2010-0415>
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titre
Guided genome halving: provably optimal solutions provide good insights into the preduplication ancestral genome of Saccharomyces cerevisiae.
auteur
Haris Gavranović, Eric Tannier
article
Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2010, pp.21-30
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titre
On the spontaneous stochastic dynamics of a single gene: complexity of the molecular interplay at the promoter.
auteur
Antoine Coulon, Olivier Gandrillon, Guillaume Beslon
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2010, 4, pp.2. <10.1186/1752-0509-4-2>
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BibTex
titre
Scaling Laws in Bacterial Genomes: A Side-Effect of Selection of Mutational Robustness
auteur
Guillaume Beslon, David Parsons, Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose-Maria Peña, Carole Knibbe
article
BioSystems, Elsevier, 2010, 102 (1), pp.32-40
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BibTex
titre
Nonlinear gap junctions enable long-distance propagation of pulsating calcium waves in astrocyte networks.
auteur
Mati Goldberg, Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2010, 6 (8), <10.1371/journal.pcbi.1000909>
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https://hal.inria.fr/inria-00575656/file/Goldberg2010PLoSCBAstro.pdf BibTex

Conference papers

titre
Influence of the rearrangement rates on the organization of genome transcription
auteur
David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
article
Integrative Post-Genomics, Nov 2010, Lyon, France. 2010
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BibTex
titre
Aevol : un modèle individu-centré pour l’étude de la structuration des génomes
auteur
David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
article
MajecSTIC, Oct 2010, Bordeaux, France. 2010
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BibTex
titre
Importance of the rearrangement rates on the organization of transcription.
auteur
David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
article
Proceedings of Artificial Life XII, Aug 2010, Odense, Denmark. pp.479–486, 2010, <https://mitpress.mit.edu/sites/default/files/titles/alife/0262290758chap92.pdf>
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BibTex
titre
On the determinants of calcium wave propagation distance in astrocyte networks: nonlinear gap junctions and oscillatory modes
auteur
Mati Goldberg, Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob
article
Cinquième conférence plénière française de Neurosciences Computationnelles, “Neurocomp’10”, Aug 2010, Lyon, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00553419/file/NEUROCOMP2010_0022_f1eebd0c63700a77a618c781cf4e0475.pdf BibTex
titre
Extraction of Frequent Grouped Sequential Patterns from Satellite Image Time Series
auteur
Andreea Julea, Nicolas Méger, Christophe Rigotti, M.-P. Doin, Cécile Lasserre, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Vasile Lazarescu
article
International Geoscience and Remote Sensing Symposium, 2010. IGARSS 2010., Jul 2010, Honolulu, United States. pp.4, 2010
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BibTex
titre
Spatio-Temporal Mining of PolSAR Satellite Image Time Series
auteur
Andreea Julea, Nicolas Méger, Emmanuel Trouvé, Philippe Bolon, Christophe Rigotti, Renaud Fallourd, Jean-Marie Nicolas, Gabriel Vasile, Michel Gay, Olivier Harant, Laurent Ferro-Famil
article
The 2010 European Space Agency Living Planet Symposium, Jun 2010, Bergen, Norway. pp.6, 2010
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BibTex
titre
Influence of the rearrangement rates on the organization of genome transcription
auteur
David P. Parsons, Carole Knibbe, Guillaume Beslon
article
JOBIM, Jun 2010, Montpellier, France. 2010
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BibTex
titre
An FPGA Design for the Stochastic Greenberg-Hastings Cellular Automata
auteur
Nikolaos Vlassopoulos, Nazim Fatès, Hugues Berry, Bernard Girau
article
International Conference on High Performance Computing & Simulation – HPCS 2010, Jun 2010, Caen, France. pp.565-574, 2010
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BibTex
titre
CMA: Chip Multi-Accelerator
auteur
Dominik Auras, Sylvain Girbal, Hugues Berry, Olivier Temam, Sami Yehia
article
IEEE Symposium on Application Specific Processors, SASP 2010., Jun 2010, Anaheim, CA, United States. 2010
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BibTex
titre
Memory Interface for Multi-Purpose Multi-Stream Accelerators
auteur
Dominik Auras, Sylvain Girbal, Hugues Berry, Olivier Temam, Sami Yehia
article
International Conference on Compilers, Architectures and Synthesis for Embedded Systems, CASES 2010, 2010, Scottsdale, AZ, United States. 2010
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Book section

titre
Mining Constrained Cross-Graph Cliques in Dynamic Networks
auteur
Loïc Cerf, Tran Bao Nhan Nguyen, Jean-François Boulicaut
article
Dzeroski, Goethals, Panov. Inductive Databases and Constraint-based Data Mining, Springer, pp.199-228, 2010
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Books

titre
RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics
auteur
Eric Tannier
article
Springer, pp.303, 2010
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Patents

titre
Procédé pour la conception d’accélérateurs
auteur
Sami Yehia, Olivier Temam, Hugues Berry
article
France, N° de brevet: FR2937762. 4833. 2010, pp.22
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Theses

titre
Génération, visualisation et évaluation d’images HDR : application à la simulation de conduite nocturne
auteur
Josselin Petit
article
Autre [cs.OH]. Université Claude Bernard – Lyon I, 2010. Français. <NNT : 2010LYO10259>
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00707723/file/TH2010_Petit_Josselin.pdf BibTex
titre
Constraint-Based Mining of Closed Patterns in Noisy n-ary Relations
auteur
Loïc Cerf
article
Other [cs.OH]. INSA de Lyon, 2010. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00508534/file/PhD_thesis_Loic_Cerf_1.pdf BibTex
titre
Stochasticité de l’expression génique et régulation transcriptionnelle — Modélisation de la dynamique spatiale et temporelle des structures multiprotéiques
auteur
Antoine Coulon
article
Modélisation et simulation. INSA de Lyon, 2010. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00538047/file/these_ACoulon.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
Glutamate regulation of calcium and IP3 oscillating and pulsating dynamics in astrocytes.
auteur
Maurizio De Pittà, Mati Goldberg, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob
article
Journal of Biological Physics, Springer Verlag, 2009, 35 (4), pp.383-411. <10.1007/s10867-009-9155-y>
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BibTex
titre
Fouille de données séquentielles pour l’extraction d’information dans les textes
auteur
Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux
article
Traitement Automatique des Langues, ATALA, 2009, pp59-87
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01011618/file/RIACL-CHARNOIS-2009-1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Evolution of scaling laws in artificial regulation networks
auteur
David P. Parsons, Guillaume Beslon, Carole Knibbe, Yolanda Sanchez-Dehesa, Jose Maria Pena
article
Integrative Post-Genomics, Nov 2009, Lyon, France. pp.22-22, 2009
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BibTex
titre
The impact of network topology on self-organizing maps.
auteur
Fei Jiang, Hugues Berry, Marc Schoenauer
article
First ACM/SIGEVO Summit on Genetic and Evolutionary Computation, GEC-2009, Jun 2009, Shangai, China. 2009
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BibTex
titre
Scaling Laws in Digital Organisms
auteur
Guillaume Beslon, Yolanda Sanchez-Dehesa, David P. Parsons, Jose Maria Pena, Carole Knibbe
article
Proc. Information Processing in Cells and Tissues IPCAT’09, Apr 2009, Ascona, Switzerland. pp.111-114, 2009
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BibTex
titre
Reconciling Specialization and Flexibility Through Compound Circuits.
auteur
Sami Yehia, Sylvain Girbal, Hugues Berry, Olivier Temam
article
5th International Symposium on High-Performance Computer Architecture, HPCA, Feb 2009, Raleigh, North Carolina, United States. 2009
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BibTex
titre
Robustness of the critical behaviour in a discrete stochastic reaction-diffusion medium
auteur
Nazim Fatès, Hugues Berry
article
Suzuki, Y. and Hagiya, M. and Umeo, H. and Adamatzky, A. IWNC’09, 2009, Himeji, Japan. Springer, 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00396473/file/ReacDiff.pdf BibTex

Poster communications

titre
Relationship between chromosomal features and gene expression stochasticity in higher eukaryotic cells
auteur
José Viñuelas, Gaël Kaneko, Antoine Coulon, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon
article
Integrative Post-Genomics, Nov 2009, Lyon, France. pp.36-36, 2009
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2008

Journal articles

titre
Quand les bactéries se mêlent du calcul des ordinateurs
auteur
Hugues Berry, Joanna Jongwane
article
Interstices, INRIA, 2008, <https://interstices.info/jcms/c_40644/quand-les-bacteries-se-melent-du-calcul-des-ordinateurs>
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BibTex
titre
From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems
auteur
Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoi Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu, Adrien Six, Véronique Thomas-Vaslin, Paul Bourgine
article
Theoretical Biology Insights, Libertas Academica, 2008, 1, pp.13-22
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Conference papers

titre
Dynamique de la régulation transcriptionnelle et stochasticité de l’expression génique
auteur
Antoine Coulon
article
Séminaires de l’institut du thorax, Nov 2008, Nantes, France. 2008
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BibTex
titre
Stochasticité de l’expression génique et dynamique des complexes de régulation
auteur
Antoine Coulon
article
Biomaths seminar, Jun 2008, Lyon, France. 2008
Accès au bibtex
BibTex
titre
Stochasticité de l’expression génique et dynamique des complexes de régulation
auteur
Antoine Coulon
article
Seminar of the Symbiose project, May 2008, Rennes, France. 2008
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BibTex
titre
Mécanismes moléculaires de la stochasticité de l’expression des gènes
auteur
Antoine Coulon
article
Le hasard au coeur de la cellule, Jan 2008, Paris, France. 2008
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2007

Journal articles

titre
Fundamental aspects of biomass carbonisation
auteur
Vladimir Strezov, Michael Patterson, Victor Zymla, Keith Fisher, Tim J. Evans, Peter F. Nelson
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, Elsevier, 2007, 79 (1-2), pp.91-100. <10.1016/j.jaap.2006.10.014>
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Conference papers

titre
Artificial Regulatory Networks Evolution
auteur
Yolanda Sanchez-Dehesa, Loïc Cerf, Jose Maria Pena, Jean-François Boulicaut, Guillaume Beslon
article
Proc 1st Int Workshop on Machine Learning for Systems Biology MLSB 07, Sep 2007, Evry, France. pp.47-52, 2007
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01502737/file/Liris-2999.pdf BibTex
titre
Vers des modèles multi-agents à l’échelle moléculaire
auteur
Antoine Coulon
article
Session publique de l’Atelier Épigénèse, Programme d’épigenomique, Jan 2007, Evry, France. 2007
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2006

Journal articles

titre
Stochastic dynamics of a finite-size spiking neural network
auteur
Hédi Soula, Carson C Chow
article
Neural Comput, Journal-Full = Neural computation, MIT Press, 2006, 19 (12), pp.3262-92. <10.1162/neco.2007.19.12.3262>
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titre
Guidelines: From artificial evolution to computational evolution: a research agenda
auteur
Wolfgang Banzhaf, Guillaume Beslon, Stephen Christensen, A. James, François Képès, Virginie Lefort, F. Julian, Miroslav Radman, Jeremy J. Ramsden
article
Nature Reviews Genetics, Nature Publishing Group, 2006, 7 (9), pp.729–735
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2004

Journal articles

titre
Non-convex onion peeling using a shape hull algorithm
auteur
Jalal M. Fadili, Mahmoud Melkemi, Abderrahim Elmoataz
article
Pattern Recognition Letters, Elsevier, 2004, 25 (14), pp.1577-1585. <10.1016/j.patrec.2004.05.015>
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